source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp @ 633

Last change on this file since 633 was 633, checked in by mhnguyen, 6 years ago

Correcting value written on an distributed axis

+) Seperate writing value on axis in multiple file and one file case

Test
+) On curie
+) test_complet and test_client pass

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 65.6 KB
Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12#include "netCdfException.hpp"
13#include "exception.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23      {
24         StdString timeid = StdString("time_counter");
25         SuperClass::type = MULTI_FILE;
26//         if (!exist)
27//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
28      }
29
30      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
31         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat,
32          MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
33            : SuperClass()
34            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, &comm_file, multifile)
35            , comm_file(comm_file)
36            , filename(filename)
37            , isCollective(isCollective)
38      {
39         StdString timeid = StdString("time_counter");
40
41         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
42
43 //        if (!exist)
44//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
45      }
46
47
48      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
49      { /* Ne rien faire de plus */ }
50
51      ///--------------------------------------------------------------
52
53      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
54      {
55         return (this->filename);
56      }
57
58      //---------------------------------------------------------------
59
60      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
61      {
62         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
63         {
64           writeUnstructuredDomain(domain) ;
65           return ;
66         }
67
68         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
69         CContextServer* server=context->server ;
70
71         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
72         domain->checkAttributes();
73
74         if (domain->isEmpty())
75           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
76
77         std::vector<StdString> dim0, dim1;
78         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
79                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
80         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
81
82
83         StdString dimXid, dimYid ;
84
85         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::regular);
86         switch (domain->type)
87         {
88           case CDomain::type_attr::curvilinear :
89             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
90             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
91             break ;
92           case CDomain::type_attr::regular :
93             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
94             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
95             break;
96         }
97
98         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
99
100         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
101         string areaId = "area" + appendDomid;
102/*
103         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
104                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
105                             : lonid;
106         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
107                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
108                             : latid;
109*/
110
111         try
112         {
113           switch (SuperClass::type)
114           {
115              case (MULTI_FILE) :
116              {
117  //               if (domain->isEmpty()) return;
118
119                 if (server->intraCommSize > 1)
120                 {
121  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
122  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
123                 }
124
125                 switch (domain->type)
126                 {
127                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
128                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
129                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
130                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
131                     break ;
132                   case CDomain::type_attr::regular :
133                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
134                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
135                     dim0.push_back(dimYid);
136                     dim1.push_back(dimXid);
137                     break;
138                 }
139
140                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
141                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
142
143                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
144                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
145
146                 if (domain->hasBounds)
147                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
148
149                 if (server->intraCommSize > 1)
150                 {
151                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
152                                              domain->zoom_ni_srv,
153                                              domain->zoom_jbegin_srv,
154                                              domain->zoom_nj_srv,
155                                              appendDomid);
156
157                   if (singleDomain)
158                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
159                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
160                                                      domain->zoom_ni_srv,
161                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
162                                                      domain->zoom_nj_srv,
163                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
164                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
165                 }
166
167                 switch (domain->type)
168                 {
169                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
170                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
172                     break ;
173                    case CDomain::type_attr::regular :
174                      SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
175                      SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
176                      break ;
177                 }
178
179                 this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
180                 this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
181
182                 if (domain->hasBounds)
183                 {
184                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
185                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
186
187                   dim0.clear();
188                   dim0.push_back(dimYid);
189                   dim0.push_back(dimXid);
190                   dim0.push_back(dimVertId);
191                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
192                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
193                 }
194
195                 dim0.clear();
196                 dim0.push_back(dimYid);
197                 dim0.push_back(dimXid);
198
199
200  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
201  // supress mask               {
202  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
203  // supress mask
204  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
205  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
206  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
207  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
208  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
209  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
210  // supress mask               }
211
212                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
213
214                 if (domain->hasArea)
215                 {
216                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
217                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
218                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
219                 }
220
221                 SuperClassWriter::definition_end();
222
223                 switch (domain->type)
224                 {
225                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
226                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
227                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
228                     break;
229                   case CDomain::type_attr::regular :
230                     CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
231                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
232                     CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
233                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
234                     break;
235                 }
236
237                 if (domain->hasBounds)
238                 {
239                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
240                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 switch (domain->type)
259                 {
260                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
261                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
262                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
263                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
264                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
265                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
266                     break;
267
268                   case CDomain::type_attr::regular :
269                     dim0.push_back(dimYid);
270                     dim1.push_back(dimXid);
271                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
272                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
273                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
274                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
275                     break;
276                 }
277
278                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
279                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
280
281                 if (domain->hasArea)
282                 {
283                   dim0.clear();
284                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
285                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
286                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
287                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
288                   dim0.clear();
289                 }
290
291                 this->writeAxisAttributes
292                    (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
293                 this->writeAxisAttributes
294                    (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
295
296                 if (domain->hasBounds)
297                 {
298                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
299                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
300
301                   dim0.clear();
302                   dim0.push_back(dimYid);
303                   dim0.push_back(dimXid);
304                   dim0.push_back(dimVertId);
305                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
306                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
307                 }
308
309                 SuperClassWriter::definition_end();
310
311                 switch (domain->type)
312                 {
313                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
314                   {
315                     std::vector<StdSize> start(2) ;
316                     std::vector<StdSize> count(2) ;
317                     if (domain->isEmpty())
318                     {
319                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
320                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
321                     }
322                     else
323                     {
324                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
325                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
326                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
327                     }
328
329                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
330                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
331                     break;
332                   }
333                   case CDomain::type_attr::regular :
334                   {
335                     std::vector<StdSize> start(1) ;
336                     std::vector<StdSize> count(1) ;
337                     if (domain->isEmpty())
338                     {
339                       start[0]=0 ;
340                       count[0]=0 ;
341                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
342                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
343                     }
344                     else
345                     {
346                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
347                       count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
348                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
349                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
350
351                       start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
352                       count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
353                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
354                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
355                     }
356                     break;
357                   }
358                 }
359
360                 if (domain->hasBounds)
361                 {
362                   std::vector<StdSize> start(3);
363                   std::vector<StdSize> count(3);
364                   if (domain->isEmpty())
365                   {
366                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
367                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
368                   }
369                   else
370                   {
371                     start[2] = 0;
372                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
373                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
374                     count[2] = domain->nvertex;
375                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
376                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
377                   }
378
379                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
380                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
381                 }
382
383                 if (domain->hasArea)
384                 {
385                   std::vector<StdSize> start(2);
386                   std::vector<StdSize> count(2);
387
388                   if (domain->isEmpty())
389                   {
390                     start[0] = 0; start[1] = 0;
391                     count[0] = 0; count[1] = 0;
392                   }
393                   else
394                   {
395                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
396                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
397                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
398                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
399                   }
400
401                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
402                 }
403
404                 SuperClassWriter::definition_start();
405                 break;
406              }
407              default :
408                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
409                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
410                       << " not implemented yet !");
411           }
412         }
413         catch (CNetCdfException& e)
414         {
415           StdString msg("On writing the domain : ");
416           msg.append(domid); msg.append("\n");
417           msg.append("In the context : ");
418           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
419           msg.append(e.what());
420           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
421         }
422
423         domain->addRelFile(this->filename);
424      }
425
426      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
427      {
428         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
429         CContextServer* server=context->server ;
430
431         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
432         domain->checkAttributes();
433
434         if (domain->isEmpty())
435           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
436
437         std::vector<StdString> dim0, dim1;
438         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
439                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
440         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
441
442
443         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
444         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
445
446         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
447         string areaId = "area" + appendDomid;
448
449         try
450         {
451           switch (SuperClass::type)
452           {
453              case (MULTI_FILE) :
454              {
455                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
456                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
457                 dim0.push_back(dimXid);
458
459                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_nj_srv);
460                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
461                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
462
463                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
464                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
465
466
467                 this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
468                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
469                 this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
470                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
471                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
472                 dim0.clear();
473                 if (domain->hasBounds)
474                 {
475                   dim0.push_back(dimXid);
476                   dim0.push_back(dimVertId);
477                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
478                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
479                 }
480
481                 dim0.clear();
482                 dim0.push_back(dimXid);
483
484                 if (domain->hasArea)
485                 {
486                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
487                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
488                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
489                 }
490
491                 SuperClassWriter::definition_end();
492
493                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
494                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
495
496                 if (domain->hasBounds)
497                 {
498                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
499                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
500                 }
501
502                 if (domain->hasArea)
503                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
504
505                 SuperClassWriter::definition_start();
506                 break ;
507              }
508
509              case (ONE_FILE) :
510              {
511                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
512                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
513                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
514                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
515                 dim0.push_back(dimXid);
516                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
517                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
518                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
519                 this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
520                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
521                 this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
522                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
523                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
524                 dim0.clear();
525
526                 if (domain->hasBounds)
527                 {
528                   dim0.push_back(dimXid);
529                   dim0.push_back(dimVertId);
530                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
531                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
532                 }
533
534                 if (domain->hasArea)
535                 {
536                   dim0.clear();
537                   dim0.push_back(dimXid);
538                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
539                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
540                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
541                 }
542
543                 SuperClassWriter::definition_end();
544
545                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
546                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
547                 if (domain->isEmpty())
548                 {
549                   start[0]=0 ;
550                   count[0]=0 ;
551                   startBounds[1]=0 ;
552                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
553                   startBounds[0]=0 ;
554                   countBounds[0]=0 ;
555                 }
556                 else
557                 {
558                   start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
559                   count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
560                   startBounds[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
561                   startBounds[1]=0 ;
562                   countBounds[0]=domain->zoom_nj_srv ;
563                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
564                 }
565                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
566                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
567                 if (domain->hasBounds)
568                 {
569                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
570                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
571                 }
572
573                 if (domain->hasArea)
574                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
575
576                 SuperClassWriter::definition_start();
577
578                 break;
579              }
580              default :
581                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
582                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
583                       << " not implemented yet !");
584           }
585         }
586         catch (CNetCdfException& e)
587         {
588           StdString msg("On writing the domain : ");
589           msg.append(domid); msg.append("\n");
590           msg.append("In the context : ");
591           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
592           msg.append(e.what());
593           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
594         }
595         domain->addRelFile(this->filename);
596      }
597      //--------------------------------------------------------------
598
599      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
600      {
601        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
602        axis->checkAttributes();
603        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
604        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
605        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
606                                                              : axis->global_zoom_size;
607        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
608                                                              : axis->global_zoom_begin;
609
610        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
611
612        std::vector<StdString> dims;
613        StdString axisid = !axis->name.isEmpty() ? axis->name.getValue() : axis->getId();
614        try
615        {
616          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
617          dims.push_back(axisid);
618          SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
619
620          if (!axis->name.isEmpty())
621            SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
622
623          if (!axis->standard_name.isEmpty())
624            SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
625
626          if (!axis->long_name.isEmpty())
627            SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
628
629          if (!axis->unit.isEmpty())
630            SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
631
632          if (!axis->positive.isEmpty())
633          {
634            SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
635            SuperClassWriter::addAttribute("positive",
636                                           (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
637                                           &axisid);
638          }
639
640          StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
641          if (!axis->bounds.isEmpty())
642          {
643            dims.push_back("axis_nbounds");
644            SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
645            SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
646          }
647
648          SuperClassWriter::definition_end();
649          switch (SuperClass::type)
650          {
651            case MULTI_FILE:
652            {
653              CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
654              for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
655              SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
656
657              if (!axis->bounds.isEmpty())
658              {
659                CArray<double,2> axisBounds(2, zoom_size_srv);
660                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++)
661                {
662                  axisBounds(0, i) = axis->bound_srv(i, 0);
663                  axisBounds(1, i) = axis->bound_srv(i, 1);
664                }
665                SuperClassWriter::writeData(axisBounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
666              }
667
668              SuperClassWriter::definition_start();
669
670              break;
671            }
672            case ONE_FILE:
673            {
674              CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
675              axis_value = axis->value_srv;
676
677              std::vector<StdSize> start(1) ;
678              std::vector<StdSize> count(1) ;
679              start[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
680              count[0] = zoom_size_srv;
681              SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
682
683              if (!axis->bounds.isEmpty())
684              {
685                CArray<double,2> axisBounds(2, zoom_size_srv);
686                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; ++i)
687                {
688                  axisBounds(0, i+zoom_begin_srv) = axis->bound_srv(i, 0);
689                  axisBounds(1, i+zoom_begin_srv) = axis->bound_srv(i, 1);
690                }
691                SuperClassWriter::writeData(axisBounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &start, &count);
692              }
693
694              SuperClassWriter::definition_start();
695
696              break;
697            }
698            default :
699              ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
700                    << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
701                    << " not implemented yet !");
702          }
703        }
704        catch (CNetCdfException& e)
705        {
706          StdString msg("On writing the axis : ");
707          msg.append(axisid); msg.append("\n");
708          msg.append("In the context : ");
709          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
710          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
711          msg.append(e.what());
712          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
713        }
714        axis->addRelFile(this->filename);
715     }
716
717     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
718     {
719       try
720       {
721        SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
722       }
723       catch (CNetCdfException& e)
724       {
725         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
726         msg.append("In the context : ");
727         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
728         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
729         msg.append(e.what());
730         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
731       }
732     }
733      //--------------------------------------------------------------
734
735      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
736      {
737         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
738         CContextServer* server=context->server ;
739
740         std::vector<StdString> dims, coodinates;
741         CGrid* grid = field->grid;
742         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
743          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
744
745         CArray<bool,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
746         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0;
747         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
748         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
749
750         StdString timeid  = StdString("time_counter");
751         StdString dimXid,dimYid;
752         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
753         bool hasArea = false;
754         StdString cellMeasures = "area:";
755
756         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
757         {
758           if (axisDomainOrder(i))
759           {
760             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
761             StdString domid = (!domain->name.isEmpty())
762                                 ? domain->name.getValue() : domain->getId();
763             StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
764             switch (domain->type)
765             {
766               case CDomain::type_attr::curvilinear :
767                 dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
768                 dimIdList.push_back(dimXid);
769                 dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
770                 dimIdList.push_back(dimYid);
771                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
772                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
773                 break ;
774               case CDomain::type_attr::regular :
775                 dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
776                 dimIdList.push_back(dimXid);
777                 dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
778                 dimIdList.push_back(dimYid);
779                 break ;
780               case CDomain::type_attr::unstructured :
781                 dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
782                 dimIdList.push_back(dimXid);
783                 dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
784                 dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
785                 break ;
786            }
787            if (domain->hasArea)
788            {
789              hasArea = true;
790              cellMeasures += " area" + appendDomid;
791            }
792            ++idxDomain;
793           }
794           else
795           {
796             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
797             StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
798                                ? axis->name.getValue() : axis->getId();
799             dimIdList.push_back(axisid);
800             dimCoordList.push_back(axisid);
801            ++idxAxis;
802           }
803         }
804
805/*
806         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
807                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
808                             : lonid;
809         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
810                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
811                             : latid;
812*/
813         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
814                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
815
816//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
817//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
818//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
819
820         nc_type type ;
821         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
822         else
823         {
824           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
825           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
826           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
827         }
828
829         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
830
831         if (wtime)
832         {
833
834            //StdOStringStream oss;
835           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
836           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
837          //oss
838            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
839            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
840            dims.push_back(timeid);
841         }
842
843         while (!dimIdList.empty())
844         {
845           dims.push_back(dimIdList.back());
846           dimIdList.pop_back();
847         }
848
849         while (!dimCoordList.empty())
850         {
851           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
852           dimCoordList.pop_back();
853         }
854
855         try
856         {
857           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
858
859           if (!field->standard_name.isEmpty())
860              SuperClassWriter::addAttribute
861                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
862
863           if (!field->long_name.isEmpty())
864              SuperClassWriter::addAttribute
865                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
866
867           if (!field->unit.isEmpty())
868              SuperClassWriter::addAttribute
869                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
870
871            if (!field->valid_min.isEmpty())
872              SuperClassWriter::addAttribute
873                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
874
875           if (!field->valid_max.isEmpty())
876              SuperClassWriter::addAttribute
877                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
878
879            if (!field->scale_factor.isEmpty())
880              SuperClassWriter::addAttribute
881                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
882
883             if (!field->add_offset.isEmpty())
884              SuperClassWriter::addAttribute
885                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
886
887           SuperClassWriter::addAttribute
888                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
889
890          // write child variables as attributes
891
892
893           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
894           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
895
896
897           if (wtime)
898           {
899              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
900              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
901              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
902              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
903
904              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
905              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
906              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
907
908              StdString cellMethods = "time: ";
909              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
910              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
911              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
912              else cellMethods += field->operation;
913              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
914                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
915              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
916           }
917
918           if (hasArea)
919             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
920
921           if (!field->default_value.isEmpty())
922           {
923              double default_value = field->default_value.getValue();
924              float fdefault_value = (float)default_value;
925              if (type == NC_DOUBLE)
926                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
927              else
928                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
929           }
930           else
931              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
932
933            if (field->compression_level.isEmpty())
934              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
935            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
936
937           {  // Ecriture des coordonnées
938
939              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
940              std::vector<StdString>::iterator
941                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
942
943              for (; itc!= endc; itc++)
944              {
945                 StdString & coord = *itc;
946                 if (itc+1 != endc)
947                       coordstr.append(coord).append(" ");
948                 else  coordstr.append(coord);
949              }
950
951              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
952
953           }
954         }
955         catch (CNetCdfException& e)
956         {
957           StdString msg("On writing field : ");
958           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
959           msg.append("In the context : ");
960           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
961           msg.append(e.what());
962           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
963         }
964      }
965
966      //--------------------------------------------------------------
967
968      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
969      {
970         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
971                            ? file->name.getValue() : file->getId();
972         StdString description = (!file->description.isEmpty())
973                               ? file->description.getValue()
974                               : StdString("Created by xios");
975
976         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
977
978         try
979         {
980           this->writeFileAttributes(filename, description,
981                                     StdString("CF-1.5"),
982                                     StdString("An IPSL model"),
983                                     this->getTimeStamp());
984
985           SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
986         }
987         catch (CNetCdfException& e)
988         {
989           StdString msg("On writing file : ");
990           msg.append(filename); msg.append("\n");
991           msg.append("In the context : ");
992           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
993           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
994           msg.append(e.what());
995           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
996         }
997      }
998
999      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1000      {
1001        string name ;
1002        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
1003        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
1004        else return ;
1005
1006        try
1007        {
1008          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1009            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1010          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1011            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1012          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1013            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1014          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1015            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1016          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1017            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1018          else
1019            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1020                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1021        }
1022       catch (CNetCdfException& e)
1023       {
1024         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1025         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1026         msg.append("In the context : ");
1027         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1028         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1029         msg.append(e.what());
1030         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1031       }
1032     }
1033
1034     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1035     {
1036        string name ;
1037        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
1038        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
1039        else return ;
1040        try
1041        {
1042          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1043            addAttribute(name, var->getData<int>());
1044          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1045            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1046          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1047            addAttribute(name, var->getData<float>());
1048          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1049            addAttribute(name, var->getData<double>());
1050          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1051            addAttribute(name, var->getData<string>());
1052          else
1053            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1054                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1055        }
1056       catch (CNetCdfException& e)
1057       {
1058         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1059         msg.append(name); msg.append("\n");
1060         msg.append("In the context : ");
1061         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1062         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1063         msg.append(e.what());
1064         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1065       }
1066     }
1067
1068      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1069      {
1070        try
1071        {
1072          SuperClassWriter::sync() ;
1073        }
1074        catch (CNetCdfException& e)
1075        {
1076         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1077         msg.append("In the context : ");
1078         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1079         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1080         msg.append(e.what());
1081         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1082        }
1083      }
1084
1085      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1086      {
1087        try
1088        {
1089          SuperClassWriter::close() ;
1090        }
1091        catch (CNetCdfException& e)
1092        {
1093         StdString msg("On closing file");
1094         msg.append("In the context : ");
1095         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1096         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1097         msg.append(e.what());
1098         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1099        }
1100
1101      }
1102
1103      //---------------------------------------------------------------
1104
1105      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1106      {
1107         const int buffer_size = 100;
1108         time_t rawtime;
1109         struct tm * timeinfo = NULL;
1110         char buffer [buffer_size];
1111
1112         time ( &rawtime );
1113         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1114         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1115
1116         return (StdString(buffer));
1117      }
1118
1119      //---------------------------------------------------------------
1120
1121      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1122      {
1123         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1124//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
1125         CContextServer* server=context->server ;
1126
1127         CGrid* grid = field->grid ;
1128
1129         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1130          if (SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) return ;
1131
1132         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
1133                             ? field->name.getValue()
1134                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
1135
1136         StdOStringStream oss;
1137         string timeAxisId ;
1138         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
1139         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
1140
1141         StdString timeBoundId("time_counter_bounds");
1142
1143         StdString timeAxisBoundId;
1144         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisBoundId="time_instant_bounds" ;
1145         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisBoundId="time_centered_bounds" ;
1146
1147         CArray<double,1> time_data(1) ;
1148         CArray<double,1> time_counter(1) ;
1149         CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1150         CArray<double,1> time_data_bound(2);
1151
1152        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
1153
1154        if (wtime)
1155        {
1156          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv) + Time(*field->lastlast_Write_srv)) / 2;
1157          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1158            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv);
1159          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
1160
1161          time_counter_bound(0) = Time(*field->lastlast_Write_srv);
1162          time_counter_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
1163          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1164            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
1165          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)
1166          {
1167            time_data_bound(0) = time_counter_bound(0);
1168            time_data_bound(1) = time_counter_bound(1);
1169          }
1170         }
1171
1172         bool isRoot ;
1173         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
1174         else isRoot=false ;
1175
1176         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1177         {
1178           double scaleFactor=1. ;
1179           double addOffset=0. ;
1180           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
1181           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
1182           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
1183         }
1184
1185         try
1186         {
1187           CArray<double,1> fieldData(grid->getWrittenDataSize());
1188           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
1189           field->outputField(fieldData);
1190           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) fieldData=round(fieldData) ;
1191
1192           switch (SuperClass::type)
1193           {
1194              case (MULTI_FILE) :
1195              {
1196                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
1197                 if (wtime)
1198                 {
1199                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
1200                   SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
1201                   SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1202                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1203                 }
1204                 break ;
1205              }
1206              case (ONE_FILE) :
1207              {
1208                std::vector<int> nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
1209                std::vector<int> nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
1210                std::vector<int> nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
1211
1212                int ssize = nZoomBeginGlobal.size();
1213
1214                std::vector<StdSize> start(ssize) ;
1215                std::vector<StdSize> count(ssize) ;
1216
1217                for (int i = 0; i < ssize; ++i)
1218                {
1219                  start[i] = nZoomBeginServer[ssize-i-1] - nZoomBeginGlobal[ssize-i-1];
1220                  count[i] = nZoomSizeServer[ssize-i-1];
1221                }
1222
1223                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
1224                if (wtime)
1225                {
1226                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1227                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1228                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot );
1229                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1230                }
1231
1232                break;
1233              }
1234            }
1235         }
1236         catch (CNetCdfException& e)
1237         {
1238           StdString msg("On writing field data: ");
1239           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1240           msg.append("In the context : ");
1241           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1242           msg.append(e.what());
1243           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
1244         }
1245      }
1246
1247      //---------------------------------------------------------------
1248
1249      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
1250                  (CField*    field,
1251                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
1252      {
1253         StdOStringStream oss;
1254
1255//         if (field->operation.getValue().compare("once") == 0) return ;
1256         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once) return ;
1257
1258//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
1259//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1260
1261//         StdString axisid = oss.str();
1262//         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
1263//         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
1264
1265         StdString axisid("time_centered") ;
1266         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
1267         StdString timeid("time_counter");
1268         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
1269
1270         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1271         {
1272            axisid = "time_instant";
1273            axisBoundId = "time_instant_bounds";
1274         }
1275
1276         try
1277         {
1278          // Adding time_instant or time_centered
1279           std::vector<StdString> dims;
1280           dims.push_back(timeid);
1281           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1282           {
1283              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1284
1285              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1286              StdOStringStream oss2;
1287  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
1288  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
1289              StdString strInitdate=oss2.str() ;
1290              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1291              this->writeTimeAxisAttributes
1292                 (axisid, cal->getType(),
1293                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1294                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1295           }
1296
1297           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
1298           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1299           {
1300              dims.clear() ;
1301              dims.push_back(timeid);
1302              dims.push_back(timeBoundId);
1303              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1304           }
1305
1306           // Adding time_counter
1307           axisid = "time_counter" ;
1308           axisBoundId = "time_counter_bounds" ;
1309           dims.clear() ;
1310           dims.push_back(timeid);
1311           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1312           {
1313              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1314              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1315              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1316              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1317
1318              this->writeTimeAxisAttributes
1319                 (axisid, cal->getType(),
1320                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1321                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1322           }
1323
1324           // Adding time_counter_bound dimension
1325           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1326           {
1327              dims.clear();
1328              dims.push_back(timeid);
1329              dims.push_back(timeBoundId);
1330              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1331           }
1332         }
1333         catch (CNetCdfException& e)
1334         {
1335           StdString msg("On writing time axis data: ");
1336           msg.append("In the context : ");
1337           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1338           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1339           msg.append(e.what());
1340           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
1341                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
1342         }
1343      }
1344
1345      //---------------------------------------------------------------
1346
1347      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1348                                                   const StdString & calendar,
1349                                                   const StdString & units,
1350                                                   const StdString & time_origin,
1351                                                   const StdString & time_bounds,
1352                                                   const StdString & standard_name,
1353                                                   const StdString & long_name)
1354      {
1355         try
1356         {
1357           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1358           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
1359           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
1360           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
1361           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
1362           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
1363         }
1364         catch (CNetCdfException& e)
1365         {
1366           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
1367           msg.append("In the context : ");
1368           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1369           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1370           msg.append(e.what());
1371           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1372                                                          const StdString & calendar,\
1373                                                          const StdString & units, \
1374                                                          const StdString & time_origin, \
1375                                                          const StdString & time_bounds, \
1376                                                          const StdString & standard_name, \
1377                                                          const StdString & long_name)", << msg);
1378         }
1379      }
1380
1381      //---------------------------------------------------------------
1382
1383      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1384                                               const StdString & axis,
1385                                               const StdString & standard_name,
1386                                               const StdString & long_name,
1387                                               const StdString & units,
1388                                               const StdString & nav_model)
1389      {
1390         try
1391         {
1392          if (!axis.empty())
1393            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
1394
1395          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1396          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
1397          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
1398          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
1399         }
1400         catch (CNetCdfException& e)
1401         {
1402           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
1403           msg.append("In the context : ");
1404           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1405           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1406           msg.append(e.what());
1407           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1408                                                      const StdString & axis, \
1409                                                      const StdString & standard_name, \
1410                                                      const StdString & long_name, \
1411                                                      const StdString & units, \
1412                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
1413         }
1414      }
1415
1416      //---------------------------------------------------------------
1417
1418      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
1419         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
1420      {
1421        try
1422        {
1423         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
1424         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
1425         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
1426         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
1427        }
1428        catch (CNetCdfException& e)
1429        {
1430           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
1431           msg.append("In the context : ");
1432           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1433           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1434           msg.append(e.what());
1435           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
1436                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
1437        }
1438
1439      }
1440
1441      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
1442                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
1443      {
1444         CArray<int,1> array(2) ;
1445
1446         try
1447         {
1448           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
1449           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
1450           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
1451           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
1452           array=ni_glo,nj_glo ;
1453           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
1454           array=ni,nj ;
1455           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
1456           array=ibegin,jbegin ;
1457           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
1458           array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
1459           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
1460           array=0,0 ;
1461           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
1462           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
1463           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
1464  /*
1465           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
1466           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
1467           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
1468           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
1469  */
1470         }
1471         catch (CNetCdfException& e)
1472         {
1473           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
1474           msg.append("In the context : ");
1475           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1476           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1477           msg.append(e.what());
1478           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
1479                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
1480         }
1481      }
1482      //---------------------------------------------------------------
1483
1484      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
1485                                                const StdString & description,
1486                                                const StdString & conventions,
1487                                                const StdString & production,
1488                                                const StdString & timeStamp)
1489      {
1490         try
1491         {
1492           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
1493           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
1494           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
1495           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
1496           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
1497           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
1498         }
1499         catch (CNetCdfException& e)
1500         {
1501           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
1502           msg.append("In the context : ");
1503           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1504           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1505           msg.append(e.what());
1506           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
1507                                                const StdString & description, \
1508                                                const StdString & conventions, \
1509                                                const StdString & production, \
1510                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
1511         }
1512      }
1513
1514      //---------------------------------------------------------------
1515
1516      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1517                                               int data_dim,
1518                                               int data_ni,
1519                                               int data_nj,
1520                                               int data_ibegin,
1521                                               int data_jbegin)
1522      {
1523         try
1524         {
1525           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1526           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1527           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1528           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1529           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1530         }
1531         catch (CNetCdfException& e)
1532         {
1533           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
1534           msg.append("In the context : ");
1535           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1536           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1537           msg.append(e.what());
1538           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
1539                                               int data_dim, \
1540                                               int data_ni, \
1541                                               int data_nj, \
1542                                               int data_ibegin, \
1543                                               int data_jbegin)", << msg);
1544         }
1545      }
1546
1547      ///--------------------------------------------------------------
1548
1549} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.