Changeset 1460


Ignore:
Timestamp:
03/22/18 10:43:20 (4 years ago)
Author:
yushan
Message:

branch_openmp merged with XIOS_DEV_CMIP6@1459

Location:
XIOS/dev/branch_openmp
Files:
31 added
164 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • XIOS/dev/branch_openmp/arch/arch-X64_ADA.fcm

    r1287 r1460  
    1010%PROD_CFLAGS    -O3 -D BOOST_DISABLE_ASSERTS 
    1111%DEV_CFLAGS     -g -traceback 
    12 %DEBUG_CFLAGS   -DBZ_DEBUG -g  -fno-inline -std=c++11 
     12%DEBUG_CFLAGS   -DBZ_DEBUG -g  -fno-inline  
     13#-std=c++11 
    1314 
    1415%BASE_FFLAGS    -D__NONE__  

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/remap/src/gridRemap.hpp

    r1335 r1460  
    1414Coord readPole(std::istream&); 
    1515 
    16  
     16//extern CRemapGrid srcGrid; 
     17//extern CRemapGrid tgtGrid; 
    1718 
    1819} 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/remap/src/mapper.cpp

    r1341 r1460  
    2929void cptOffsetsFromLengths(const int *lengths, int *offsets, int sz) 
    3030{ 
    31   offsets[0] = 0; 
    32   for (int i = 1; i < sz; i++) 
    33     offsets[i] = offsets[i-1] + lengths[i-1]; 
     31        offsets[0] = 0; 
     32        for (int i = 1; i < sz; i++) 
     33                offsets[i] = offsets[i-1] + lengths[i-1]; 
    3434} 
    3535 
    … …  
    3939  srcGrid.pole = Coord(pole[0], pole[1], pole[2]); 
    4040 
    41   int mpiRank, mpiSize; 
    42   MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
    43   MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
    44  
    45   sourceElements.reserve(nbCells); 
    46   sourceMesh.reserve(nbCells); 
     41        int mpiRank, mpiSize; 
     42        MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
     43        MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
     44 
     45        sourceElements.reserve(nbCells); 
     46        sourceMesh.reserve(nbCells); 
    4747  sourceGlobalId.resize(nbCells) ; 
    4848 
    … …  
    5757  else sourceGlobalId.assign(globalId,globalId+nbCells); 
    5858 
    59   for (int i = 0; i < nbCells; i++) 
    60   { 
    61     int offs = i*nVertex; 
    62     Elt elt(boundsLon + offs, boundsLat + offs, nVertex); 
    63     elt.src_id.rank = mpiRank; 
    64     elt.src_id.ind = i; 
     59        for (int i = 0; i < nbCells; i++) 
     60        { 
     61                int offs = i*nVertex; 
     62                Elt elt(boundsLon + offs, boundsLat + offs, nVertex); 
     63                elt.src_id.rank = mpiRank; 
     64                elt.src_id.ind = i; 
    6565    elt.src_id.globalId = sourceGlobalId[i]; 
    66     sourceElements.push_back(elt); 
    67     sourceMesh.push_back(Node(elt.x, cptRadius(elt), &sourceElements.back())); 
    68     cptEltGeom(sourceElements[i], Coord(pole[0], pole[1], pole[2])); 
    69   } 
     66                sourceElements.push_back(elt); 
     67                sourceMesh.push_back(Node(elt.x, cptRadius(elt), &sourceElements.back())); 
     68                cptEltGeom(sourceElements[i], Coord(pole[0], pole[1], pole[2])); 
     69        } 
    7070 
    7171} 
    … …  
    7575  tgtGrid.pole = Coord(pole[0], pole[1], pole[2]); 
    7676 
    77   int mpiRank, mpiSize; 
    78   MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
    79   MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
    80  
    81   targetElements.reserve(nbCells); 
    82   targetMesh.reserve(nbCells); 
     77        int mpiRank, mpiSize; 
     78        MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
     79        MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
     80 
     81        targetElements.reserve(nbCells); 
     82        targetMesh.reserve(nbCells); 
    8383 
    8484  targetGlobalId.resize(nbCells) ; 
    … …  
    9393  else targetGlobalId.assign(globalId,globalId+nbCells); 
    9494 
    95   for (int i = 0; i < nbCells; i++) 
    96   { 
    97     int offs = i*nVertex; 
    98     Elt elt(boundsLon + offs, boundsLat + offs, nVertex); 
    99     targetElements.push_back(elt); 
    100     targetMesh.push_back(Node(elt.x, cptRadius(elt), &sourceElements.back())); 
    101     cptEltGeom(targetElements[i], Coord(pole[0], pole[1], pole[2])); 
    102   } 
     95        for (int i = 0; i < nbCells; i++) 
     96        { 
     97                int offs = i*nVertex; 
     98                Elt elt(boundsLon + offs, boundsLat + offs, nVertex); 
     99                targetElements.push_back(elt); 
     100                targetMesh.push_back(Node(elt.x, cptRadius(elt), &sourceElements.back())); 
     101                cptEltGeom(targetElements[i], Coord(pole[0], pole[1], pole[2])); 
     102        } 
    103103 
    104104 
    … …  
    119119vector<double> Mapper::computeWeights(int interpOrder, bool renormalize, bool quantity) 
    120120{ 
    121   vector<double> timings; 
    122   int mpiSize, mpiRank; 
    123   MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
    124   MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
    125  
     121        vector<double> timings; 
     122        int mpiSize, mpiRank; 
     123        MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
     124        MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
    126125 
    127126  this->buildSSTree(sourceMesh, targetMesh); 
    128127 
    129   if (mpiRank == 0 && verbose) cout << "Computing intersections ..." << endl; 
    130   double tic = cputime(); 
    131   computeIntersection(&targetElements[0], targetElements.size()); 
    132   timings.push_back(cputime() - tic); 
    133  
    134   tic = cputime(); 
    135   if (interpOrder == 2)  
    136   { 
    137     if (mpiRank == 0 && verbose) cout << "Computing grads ..." << endl; 
    138     buildMeshTopology(); 
    139     computeGrads(); 
    140   } 
    141   timings.push_back(cputime() - tic); 
    142  
    143   /* Prepare computation of weights */ 
    144   /* compute number of intersections which for the first order case 
    145      corresponds to the number of edges in the remap matrix */ 
    146   int nIntersections = 0; 
    147   for (int j = 0; j < targetElements.size(); j++) 
    148   { 
    149     Elt &elt = targetElements[j]; 
    150     for (list<Polyg*>::iterator it = elt.is.begin(); it != elt.is.end(); it++) 
    151       nIntersections++; 
    152   } 
    153   /* overallocate for NMAX neighbours for each elements */ 
    154   remapMatrix = new double[nIntersections*NMAX]; 
    155   srcAddress = new int[nIntersections*NMAX]; 
    156   srcRank = new int[nIntersections*NMAX]; 
    157   dstAddress = new int[nIntersections*NMAX]; 
     128        if (mpiRank == 0 && verbose) cout << "Computing intersections ..." << endl; 
     129        double tic = cputime(); 
     130        computeIntersection(&targetElements[0], targetElements.size()); 
     131        timings.push_back(cputime() - tic); 
     132 
     133        tic = cputime(); 
     134        if (interpOrder == 2) { 
     135                if (mpiRank == 0 && verbose) cout << "Computing grads ..." << endl; 
     136                buildMeshTopology(); 
     137                computeGrads(); 
     138        } 
     139        timings.push_back(cputime() - tic); 
     140 
     141        /* Prepare computation of weights */ 
     142        /* compute number of intersections which for the first order case 
     143           corresponds to the number of edges in the remap matrix */ 
     144        int nIntersections = 0; 
     145        for (int j = 0; j < targetElements.size(); j++) 
     146        { 
     147                Elt &elt = targetElements[j]; 
     148                for (list<Polyg*>::iterator it = elt.is.begin(); it != elt.is.end(); it++) 
     149                        nIntersections++; 
     150        } 
     151        /* overallocate for NMAX neighbours for each elements */ 
     152        remapMatrix = new double[nIntersections*NMAX]; 
     153        srcAddress = new int[nIntersections*NMAX]; 
     154        srcRank = new int[nIntersections*NMAX]; 
     155        dstAddress = new int[nIntersections*NMAX]; 
    158156  sourceWeightId =new long[nIntersections*NMAX]; 
    159157  targetWeightId =new long[nIntersections*NMAX]; 
    160158 
    161159 
    162   if (mpiRank == 0 && verbose) cout << "Remapping..." << endl; 
    163   tic = cputime(); 
    164   nWeights = remap(&targetElements[0], targetElements.size(), interpOrder, renormalize, quantity); 
    165   timings.push_back(cputime() - tic); 
     160        if (mpiRank == 0 && verbose) cout << "Remapping..." << endl; 
     161        tic = cputime(); 
     162        nWeights = remap(&targetElements[0], targetElements.size(), interpOrder, renormalize, quantity); 
     163        timings.push_back(cputime() - tic); 
    166164 
    167165  for (int i = 0; i < targetElements.size(); i++) targetElements[i].delete_intersections(); 
    168166 
    169   return timings; 
     167        return timings; 
    170168} 
    171169 
    … …  
    178176int Mapper::remap(Elt *elements, int nbElements, int order, bool renormalize, bool quantity) 
    179177{ 
    180   int mpiSize, mpiRank; 
    181   MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
    182   MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
    183  
    184   /* create list of intersections (super mesh elements) for each rank */ 
    185   multimap<int, Polyg *> *elementList = new multimap<int, Polyg *>[mpiSize]; 
    186   for (int j = 0; j < nbElements; j++) 
    187   { 
    188     Elt& e = elements[j]; 
    189     for (list<Polyg *>::iterator it = e.is.begin(); it != e.is.end(); it++) 
    190     { 
    191       elementList[(*it)->id.rank].insert(pair<int, Polyg *>((*it)->id.ind, *it)); 
    192       //std::cout<<"elementList["<<(*it)->id.rank<<"].size = "<< elementList[(*it)->id.rank].size()<<std::endl; 
    193     } 
    194   } 
    195  
    196   int *nbSendElement = new int[mpiSize]; 
    197   int **sendElement = new int*[mpiSize]; /* indices of elements required from other rank */ 
    198   double **recvValue = new double*[mpiSize]; 
    199   double **recvArea = new double*[mpiSize]; 
    200   Coord **recvGrad = new Coord*[mpiSize]; 
    201   GloId **recvNeighIds = new GloId*[mpiSize]; /* ids of the of the source neighbours which also contribute through gradient */ 
    202   for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
    203   { 
    204     /* get size for allocation */ 
    205     int last = -1; /* compares unequal to any index */ 
    206     int index = -1; /* increased to starting index 0 in first iteration */ 
    207     for (multimap<int, Polyg *>::iterator it = elementList[rank].begin(); it != elementList[rank].end(); ++it) 
    208     { 
    209       if (last != it->first) 
    210         index++; 
    211       (it->second)->id.ind = index; 
    212       last = it->first; 
    213     } 
    214     nbSendElement[rank] = index + 1; 
    215  
    216     /* if size is non-zero allocate and collect indices of elements on other ranks that we intersect */ 
    217     if (nbSendElement[rank] > 0) 
    218     { 
    219       sendElement[rank] = new int[nbSendElement[rank]]; 
    220       recvValue[rank]   = new double[nbSendElement[rank]]; 
    221       recvArea[rank]    = new double[nbSendElement[rank]]; 
    222       if (order == 2) 
    223       { 
    224         recvNeighIds[rank] = new GloId[nbSendElement[rank]*(NMAX+1)]; 
    225         recvGrad[rank]    = new Coord[nbSendElement[rank]*(NMAX+1)]; 
    226       } 
    227       else 
    228         recvNeighIds[rank] = new GloId[nbSendElement[rank]]; 
    229  
    230       last = -1; 
    231       index = -1; 
    232       for (multimap<int, Polyg *>::iterator it = elementList[rank].begin(); it != elementList[rank].end(); ++it) 
    233       { 
    234         if (last != it->first) 
    235           index++; 
    236         sendElement[rank][index] = it->first; 
    237         last = it->first; 
    238       } 
    239     } 
    240   } 
    241  
    242   /* communicate sizes of source elements to be sent (index lists and later values and gradients) */ 
    243   int *nbRecvElement = new int[mpiSize]; 
    244   MPI_Alltoall(nbSendElement, 1, MPI_INT, nbRecvElement, 1, MPI_INT, communicator); 
    245    
    246  
    247   /* communicate indices of source elements on other ranks whoes value and gradient we need (since intersection) */ 
    248   int nbSendRequest = 0; 
    249   int nbRecvRequest = 0; 
    250   int **recvElement = new int*[mpiSize]; 
    251   double **sendValue = new double*[mpiSize]; 
    252   double **sendArea = new double*[mpiSize]; 
    253   Coord **sendGrad = new Coord*[mpiSize]; 
    254   GloId **sendNeighIds = new GloId*[mpiSize]; 
    255   MPI_Request *sendRequest = new MPI_Request[4*mpiSize]; 
    256   MPI_Request *recvRequest = new MPI_Request[4*mpiSize]; 
    257   for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
    258   { 
    259     if (nbSendElement[rank] > 0) 
    260     { 
    261       MPI_Issend(sendElement[rank], nbSendElement[rank], MPI_INT, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
    262       nbSendRequest++; 
    263     } 
    264  
    265     if (nbRecvElement[rank] > 0) 
    266     { 
    267       recvElement[rank] = new int[nbRecvElement[rank]]; 
    268       sendValue[rank]   = new double[nbRecvElement[rank]]; 
    269       sendArea[rank]   = new double[nbRecvElement[rank]]; 
    270       if (order == 2) 
    271       { 
    272         sendNeighIds[rank] = new GloId[nbRecvElement[rank]*(NMAX+1)]; 
    273         sendGrad[rank]    = new Coord[nbRecvElement[rank]*(NMAX+1)]; 
    274       } 
    275       else 
    276       { 
    277         sendNeighIds[rank] = new GloId[nbRecvElement[rank]]; 
    278       } 
    279       MPI_Irecv(recvElement[rank], nbRecvElement[rank], MPI_INT, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
    280       nbRecvRequest++; 
    281     } 
    282   } 
    283  
    284   MPI_Status *status = new MPI_Status[4*mpiSize]; 
    285  
    286   MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
    287   MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
    288  
    289   /* for all indices that have been received from requesting ranks: pack values and gradients, then send */ 
    290   nbSendRequest = 0; 
    291   nbRecvRequest = 0; 
    292   for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
    293   { 
    294     if (nbRecvElement[rank] > 0) 
    295     { 
    296       int jj = 0; // jj == j if no weight writing 
    297       for (int j = 0; j < nbRecvElement[rank]; j++) 
    298       { 
    299         sendValue[rank][j] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].val; 
    300         sendArea[rank][j] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].area; 
    301         if (order == 2) 
    302         { 
    303           sendGrad[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].grad; 
    304           sendNeighIds[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].src_id; 
    305           jj++; 
    306           for (int i = 0; i < NMAX; i++) 
    307           { 
    308             sendGrad[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].gradNeigh[i]; 
     178        int mpiSize, mpiRank; 
     179        MPI_Comm_size(communicator, &mpiSize); 
     180        MPI_Comm_rank(communicator, &mpiRank); 
     181 
     182        /* create list of intersections (super mesh elements) for each rank */ 
     183        multimap<int, Polyg *> *elementList = new multimap<int, Polyg *>[mpiSize]; 
     184        for (int j = 0; j < nbElements; j++) 
     185        { 
     186                Elt& e = elements[j]; 
     187                for (list<Polyg *>::iterator it = e.is.begin(); it != e.is.end(); it++) 
     188                        elementList[(*it)->id.rank].insert(pair<int, Polyg *>((*it)->id.ind, *it)); 
     189        } 
     190 
     191        int *nbSendElement = new int[mpiSize]; 
     192        int **sendElement = new int*[mpiSize]; /* indices of elements required from other rank */ 
     193        double **recvValue = new double*[mpiSize]; 
     194        double **recvArea = new double*[mpiSize]; 
     195        Coord **recvGrad = new Coord*[mpiSize]; 
     196        GloId **recvNeighIds = new GloId*[mpiSize]; /* ids of the of the source neighbours which also contribute through gradient */ 
     197        for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
     198        { 
     199                /* get size for allocation */ 
     200                int last = -1; /* compares unequal to any index */ 
     201                int index = -1; /* increased to starting index 0 in first iteration */ 
     202                for (multimap<int, Polyg *>::iterator it = elementList[rank].begin(); it != elementList[rank].end(); ++it) 
     203                { 
     204                        if (last != it->first) 
     205                                index++; 
     206                        (it->second)->id.ind = index; 
     207                        last = it->first; 
     208                } 
     209                nbSendElement[rank] = index + 1; 
     210 
     211                /* if size is non-zero allocate and collect indices of elements on other ranks that we intersect */ 
     212                if (nbSendElement[rank] > 0) 
     213                { 
     214                        sendElement[rank] = new int[nbSendElement[rank]]; 
     215                        recvValue[rank]   = new double[nbSendElement[rank]]; 
     216                        recvArea[rank]    = new double[nbSendElement[rank]]; 
     217                        if (order == 2) 
     218                        { 
     219                                recvNeighIds[rank] = new GloId[nbSendElement[rank]*(NMAX+1)]; 
     220                                recvGrad[rank]    = new Coord[nbSendElement[rank]*(NMAX+1)]; 
     221                        } 
     222                        else 
     223                                recvNeighIds[rank] = new GloId[nbSendElement[rank]]; 
     224 
     225                        last = -1; 
     226                        index = -1; 
     227                        for (multimap<int, Polyg *>::iterator it = elementList[rank].begin(); it != elementList[rank].end(); ++it) 
     228                        { 
     229                                if (last != it->first) 
     230                                        index++; 
     231                                sendElement[rank][index] = it->first; 
     232                                last = it->first; 
     233                        } 
     234                } 
     235        } 
     236 
     237        /* communicate sizes of source elements to be sent (index lists and later values and gradients) */ 
     238        int *nbRecvElement = new int[mpiSize]; 
     239        MPI_Alltoall(nbSendElement, 1, MPI_INT, nbRecvElement, 1, MPI_INT, communicator); 
     240 
     241        /* communicate indices of source elements on other ranks whoes value and gradient we need (since intersection) */ 
     242        int nbSendRequest = 0; 
     243        int nbRecvRequest = 0; 
     244        int **recvElement = new int*[mpiSize]; 
     245        double **sendValue = new double*[mpiSize]; 
     246        double **sendArea = new double*[mpiSize]; 
     247        Coord **sendGrad = new Coord*[mpiSize]; 
     248        GloId **sendNeighIds = new GloId*[mpiSize]; 
     249        MPI_Request *sendRequest = new MPI_Request[4*mpiSize]; 
     250        MPI_Request *recvRequest = new MPI_Request[4*mpiSize]; 
     251        for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
     252        { 
     253                if (nbSendElement[rank] > 0) 
     254                { 
     255                        MPI_Issend(sendElement[rank], nbSendElement[rank], MPI_INT, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
     256                        nbSendRequest++; 
     257                } 
     258 
     259                if (nbRecvElement[rank] > 0) 
     260                { 
     261                        recvElement[rank] = new int[nbRecvElement[rank]]; 
     262                        sendValue[rank]   = new double[nbRecvElement[rank]]; 
     263                        sendArea[rank]   = new double[nbRecvElement[rank]]; 
     264                        if (order == 2) 
     265                        { 
     266                                sendNeighIds[rank] = new GloId[nbRecvElement[rank]*(NMAX+1)]; 
     267                                sendGrad[rank]    = new Coord[nbRecvElement[rank]*(NMAX+1)]; 
     268                        } 
     269                        else 
     270                        { 
     271                                sendNeighIds[rank] = new GloId[nbRecvElement[rank]]; 
     272                        } 
     273                        MPI_Irecv(recvElement[rank], nbRecvElement[rank], MPI_INT, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
     274                        nbRecvRequest++; 
     275                } 
     276        } 
     277        MPI_Status *status = new MPI_Status[4*mpiSize]; 
     278         
     279        MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
     280        MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
     281 
     282        /* for all indices that have been received from requesting ranks: pack values and gradients, then send */ 
     283        nbSendRequest = 0; 
     284        nbRecvRequest = 0; 
     285        for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
     286        { 
     287                if (nbRecvElement[rank] > 0) 
     288                { 
     289                        int jj = 0; // jj == j if no weight writing 
     290                        for (int j = 0; j < nbRecvElement[rank]; j++) 
     291                        { 
     292                                sendValue[rank][j] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].val; 
     293                                sendArea[rank][j] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].area; 
     294                                if (order == 2) 
     295                                { 
     296                                        sendGrad[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].grad; 
     297//          cout<<"grad  "<<jj<<"  "<<recvElement[rank][j]<<"  "<<sendGrad[rank][jj]<<" "<<sstree.localElements[recvElement[rank][j]].grad<<endl ; 
     298                                        sendNeighIds[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].src_id; 
     299                                        jj++; 
     300                                        for (int i = 0; i < NMAX; i++) 
     301                                        { 
     302                                                sendGrad[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].gradNeigh[i]; 
     303//            cout<<"grad  "<<jj<<"  "<<sendGrad[rank][jj]<<" "<<sstree.localElements[recvElement[rank][j]].grad<<endl ; 
    309304            sendNeighIds[rank][jj] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].neighId[i]; 
    310             jj++; 
    311           } 
    312         } 
    313         else 
    314           sendNeighIds[rank][j] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].src_id; 
    315       } 
    316       MPI_Issend(sendValue[rank],  nbRecvElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
    317       nbSendRequest++; 
    318       MPI_Issend(sendArea[rank],  nbRecvElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 1, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
    319       nbSendRequest++; 
    320       if (order == 2) 
    321       { 
    322         MPI_Issend(sendGrad[rank], 3*nbRecvElement[rank]*(NMAX+1), MPI_DOUBLE, rank, 2, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
    323         nbSendRequest++; 
    324         MPI_Issend(sendNeighIds[rank], 4*nbRecvElement[rank]*(NMAX+1), MPI_INT, rank, 3, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
     305                                                jj++; 
     306                                        } 
     307                                } 
     308                                else 
     309                                        sendNeighIds[rank][j] = sstree.localElements[recvElement[rank][j]].src_id; 
     310                        } 
     311                        MPI_Issend(sendValue[rank],  nbRecvElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
     312                        nbSendRequest++; 
     313                        MPI_Issend(sendArea[rank],  nbRecvElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
     314                        nbSendRequest++; 
     315                        if (order == 2) 
     316                        { 
     317                                MPI_Issend(sendGrad[rank], 3*nbRecvElement[rank]*(NMAX+1), 
     318                                                                MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
     319                                nbSendRequest++; 
     320                                MPI_Issend(sendNeighIds[rank], 4*nbRecvElement[rank]*(NMAX+1), MPI_INT, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
    325321//ym  --> attention taille GloId 
    326         nbSendRequest++; 
    327       } 
    328       else 
    329       { 
    330         MPI_Issend(sendNeighIds[rank], 4*nbRecvElement[rank], MPI_INT, rank, 4, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
     322                                nbSendRequest++; 
     323                        } 
     324                        else 
     325                        { 
     326                                MPI_Issend(sendNeighIds[rank], 4*nbRecvElement[rank], MPI_INT, rank, 0, communicator, &sendRequest[nbSendRequest]); 
    331327//ym  --> attention taille GloId 
    332         nbSendRequest++; 
    333       } 
    334     } 
    335     if (nbSendElement[rank] > 0) 
    336     { 
    337       MPI_Irecv(recvValue[rank],  nbSendElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
    338       nbRecvRequest++; 
    339       MPI_Irecv(recvArea[rank],  nbSendElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 1, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
    340       nbRecvRequest++; 
    341       if (order == 2) 
    342       { 
    343         MPI_Irecv(recvGrad[rank], 3*nbSendElement[rank]*(NMAX+1), MPI_DOUBLE, rank, 2, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
    344         nbRecvRequest++; 
    345         MPI_Irecv(recvNeighIds[rank], 4*nbSendElement[rank]*(NMAX+1), MPI_INT, rank, 3, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
     328                                nbSendRequest++; 
     329                        } 
     330                } 
     331                if (nbSendElement[rank] > 0) 
     332                { 
     333                        MPI_Irecv(recvValue[rank],  nbSendElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
     334                        nbRecvRequest++; 
     335                        MPI_Irecv(recvArea[rank],  nbSendElement[rank], MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
     336                        nbRecvRequest++; 
     337                        if (order == 2) 
     338                        { 
     339                                MPI_Irecv(recvGrad[rank], 3*nbSendElement[rank]*(NMAX+1), 
     340                                                MPI_DOUBLE, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
     341                                nbRecvRequest++; 
     342                                MPI_Irecv(recvNeighIds[rank], 4*nbSendElement[rank]*(NMAX+1), MPI_INT, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
    346343//ym  --> attention taille GloId 
    347         nbRecvRequest++; 
    348       } 
    349       else 
    350       { 
    351         MPI_Irecv(recvNeighIds[rank], 4*nbSendElement[rank], MPI_INT, rank, 4, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
     344                                nbRecvRequest++; 
     345                        } 
     346                        else 
     347                        { 
     348                                MPI_Irecv(recvNeighIds[rank], 4*nbSendElement[rank], MPI_INT, rank, 0, communicator, &recvRequest[nbRecvRequest]); 
    352349//ym  --> attention taille GloId 
    353         nbRecvRequest++; 
    354       } 
    355     } 
    356   } 
     350                                nbRecvRequest++; 
     351                        } 
     352                } 
     353        } 
    357354         
    358   MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
    359   MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
     355        MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
     356        MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
    360357         
    361358 
    362   /* now that all values and gradients are available use them to computed interpolated values on target 
    363     and also to compute weights */ 
    364   int i = 0; 
    365   for (int j = 0; j < nbElements; j++) 
    366   { 
    367     Elt& e = elements[j]; 
    368  
    369     /* since for the 2nd order case source grid elements can contribute to a destination grid element over several "paths" 
    370     (step1: gradient is computed using neighbours on same grid, step2: intersection uses several elements on other grid) 
    371     accumulate them so that there is only one final weight between two elements */ 
    372     map<GloId,double> wgt_map; 
    373  
    374     /* for destination element `e` loop over all intersetions/the corresponding source elements */ 
    375     for (list<Polyg *>::iterator it = e.is.begin(); it != e.is.end(); it++) 
    376     { 
    377       /* it is the intersection element, so it->x and it->area are barycentre and area of intersection element (super mesh) 
    378       but it->id is id of the source element that it intersects */ 
    379       int n1 = (*it)->id.ind; 
    380       int rank = (*it)->id.rank; 
    381       double fk = recvValue[rank][n1]; 
    382       double srcArea = recvArea[rank][n1]; 
    383       double w = (*it)->area; 
     359        /* now that all values and gradients are available use them to computed interpolated values on target 
     360           and also to compute weights */ 
     361        int i = 0; 
     362        for (int j = 0; j < nbElements; j++) 
     363        { 
     364                Elt& e = elements[j]; 
     365 
     366                /* since for the 2nd order case source grid elements can contribute to a destination grid element over several "paths" 
     367                   (step1: gradient is computed using neighbours on same grid, step2: intersection uses several elements on other grid) 
     368                   accumulate them so that there is only one final weight between two elements */ 
     369                map<GloId,double> wgt_map; 
     370 
     371                /* for destination element `e` loop over all intersetions/the corresponding source elements */ 
     372                for (list<Polyg *>::iterator it = e.is.begin(); it != e.is.end(); it++) 
     373                { 
     374                        /* it is the intersection element, so it->x and it->area are barycentre and area of intersection element (super mesh) 
     375                        but it->id is id of the source element that it intersects */ 
     376                        int n1 = (*it)->id.ind; 
     377                        int rank = (*it)->id.rank; 
     378                        double fk = recvValue[rank][n1]; 
     379                        double srcArea = recvArea[rank][n1]; 
     380                        double w = (*it)->area; 
    384381      if (quantity) w/=srcArea ; 
    385382 
    386       /* first order: src value times weight (weight = supermesh area), later divide by target area */ 
    387       int kk = (order == 2) ? n1 * (NMAX + 1) : n1; 
    388       GloId neighID = recvNeighIds[rank][kk]; 
    389       wgt_map[neighID] += w; 
    390  
    391       if (order == 2) 
    392       { 
    393         for (int k = 0; k < NMAX+1; k++) 
    394         { 
    395           int kk = n1 * (NMAX + 1) + k; 
    396           GloId neighID = recvNeighIds[rank][kk]; 
    397           if (neighID.ind != -1)  wgt_map[neighID] += w * scalarprod(recvGrad[rank][kk], (*it)->x); 
    398         } 
    399  
    400       } 
    401     } 
     383                        /* first order: src value times weight (weight = supermesh area), later divide by target area */ 
     384                        int kk = (order == 2) ? n1 * (NMAX + 1) : n1; 
     385                        GloId neighID = recvNeighIds[rank][kk]; 
     386                        wgt_map[neighID] += w; 
     387 
     388                        if (order == 2) 
     389                        { 
     390                                for (int k = 0; k < NMAX+1; k++) 
     391                                { 
     392                                        int kk = n1 * (NMAX + 1) + k; 
     393                                        GloId neighID = recvNeighIds[rank][kk]; 
     394                                        if (neighID.ind != -1)  wgt_map[neighID] += w * scalarprod(recvGrad[rank][kk], (*it)->x); 
     395                                } 
     396 
     397                        } 
     398                } 
    402399 
    403400    double renorm=0; 
    … …  
    407404 
    408405    for (map<GloId,double>::iterator it = wgt_map.begin(); it != wgt_map.end(); it++) 
    409     { 
     406                { 
    410407      if (quantity)  this->remapMatrix[i] = (it->second ) / renorm; 
    411       else this->remapMatrix[i] = (it->second / e.area) / renorm; 
    412       this->srcAddress[i] = it->first.ind; 
    413       this->srcRank[i] = it->first.rank; 
    414       this->dstAddress[i] = j; 
     408                        else this->remapMatrix[i] = (it->second / e.area) / renorm; 
     409                        this->srcAddress[i] = it->first.ind; 
     410                        this->srcRank[i] = it->first.rank; 
     411                        this->dstAddress[i] = j; 
    415412      this->sourceWeightId[i]= it->first.globalId ; 
    416413      this->targetWeightId[i]= targetGlobalId[j] ; 
    417       i++; 
    418     } 
    419   } 
    420  
    421   /* free all memory allocated in this function */ 
    422   for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
    423   { 
    424     if (nbSendElement[rank] > 0) 
    425     { 
    426       delete[] sendElement[rank]; 
    427       delete[] recvValue[rank]; 
    428       delete[] recvArea[rank]; 
    429       if (order == 2) 
    430       { 
    431         delete[] recvGrad[rank]; 
    432       } 
    433       delete[] recvNeighIds[rank]; 
    434     } 
    435     if (nbRecvElement[rank] > 0) 
    436     { 
    437       delete[] recvElement[rank]; 
    438       delete[] sendValue[rank]; 
    439       delete[] sendArea[rank]; 
    440       if (order == 2) 
    441         delete[] sendGrad[rank]; 
    442       delete[] sendNeighIds[rank]; 
    443     } 
    444   } 
    445   delete[] status; 
    446   delete[] sendRequest; 
    447   delete[] recvRequest; 
    448   delete[] elementList; 
    449   delete[] nbSendElement; 
    450   delete[] nbRecvElement; 
    451   delete[] sendElement; 
    452   delete[] recvElement; 
    453   delete[] sendValue; 
    454   delete[] recvValue; 
    455   delete[] sendGrad; 
    456   delete[] recvGrad; 
    457   delete[] sendNeighIds; 
    458   delete[] recvNeighIds; 
    459   return i; 
     414                        i++; 
     415                } 
     416        } 
     417 
     418        /* free all memory allocated in this function */ 
     419        for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
     420        { 
     421                if (nbSendElement[rank] > 0) 
     422                { 
     423                        delete[] sendElement[rank]; 
     424                        delete[] recvValue[rank]; 
     425                        delete[] recvArea[rank]; 
     426                        if (order == 2) 
     427                        { 
     428                                delete[] recvGrad[rank]; 
     429                        } 
     430                        delete[] recvNeighIds[rank]; 
     431                } 
     432                if (nbRecvElement[rank] > 0) 
     433                { 
     434                        delete[] recvElement[rank]; 
     435                        delete[] sendValue[rank]; 
     436                        delete[] sendArea[rank]; 
     437                        if (order == 2) 
     438                                delete[] sendGrad[rank]; 
     439                        delete[] sendNeighIds[rank]; 
     440                } 
     441        } 
     442        delete[] status; 
     443        delete[] sendRequest; 
     444        delete[] recvRequest; 
     445        delete[] elementList; 
     446        delete[] nbSendElement; 
     447        delete[] nbRecvElement; 
     448        delete[] sendElement; 
     449        delete[] recvElement; 
     450        delete[] sendValue; 
     451        delete[] recvValue; 
     452        delete[] sendGrad; 
     453        delete[] recvGrad; 
     454        delete[] sendNeighIds; 
     455        delete[] recvNeighIds; 
     456        return i; 
    460457} 
    461458 
    … …  
    496493        mpiRoute.init(routes); 
    497494        int nRecv = mpiRoute.getTotalSourceElement(); 
     495// cout << mpiRank << " NRECV " << nRecv << "(" << routes.size() << ")"<< endl; 
    498496 
    499497        int *nbSendNode = new int[mpiSize]; 
    … …  
    558556        } 
    559557 
    560   MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
    561   MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
     558        MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
     559        MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
    562560 
    563561        for (int rank = 0; rank < mpiSize; rank++) 
    … …  
    702700                } 
    703701 
     702/* 
     703                for (int i = 0; i < elt->n; i++) 
     704                { 
     705                        if (elt->neighbour[i] == NOT_FOUND) 
     706                                error_exit("neighbour not found"); 
     707                } 
     708*/ 
    704709        } 
    705710} 
    … …  
    809814        MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
    810815        MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
    811  
    812816        char **sendBuffer2 = new char*[mpiSize]; 
    813817        char **recvBuffer2 = new char*[mpiSize]; 
    … …  
    836840                                        intersect_ym(&recvElt[j], elt2); 
    837841                                } 
     842 
    838843                                if (recvElt[j].is.size() > 0) sentMessageSize[rank] += packIntersectionSize(recvElt[j]); 
    839844 
    … …  
    854859                        } 
    855860                        delete [] recvElt; 
     861 
    856862                } 
    857863        } 
    … …  
    889895        } 
    890896 
    891   MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
    892   MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
     897        MPI_Waitall(nbRecvRequest, recvRequest, status); 
     898        MPI_Waitall(nbSendRequest, sendRequest, status); 
    893899 
    894900        delete [] sendRequest; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/remap/src/node.cpp

    r1328 r1460  
    281281        } 
    282282 
     283 
    283284  return q; 
    284285} 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/remap/src/parallel_tree.cpp

    r1355 r1460  
    197197        delete[] displs; 
    198198 
     199        /* unpack */ 
     200/* 
     201        randomArray.resize(nrecv); 
     202        randomizeArray(randomArray); 
     203        tree.leafs.resize(nrecv); 
     204        index = 0; 
     205 
     206 
     207  for (int i = 0; i < nrecv; i++) 
     208        { 
     209                Coord x = *(Coord *)(&recvBuffer[index]); 
     210                index += sizeof(Coord)/sizeof(*recvBuffer); 
     211                double radius = recvBuffer[index++]; 
     212                tree.leafs[randomArray[i]].centre = x; 
     213                tree.leafs[randomArray[i]].radius = radius; 
     214 
     215        } 
     216*/ 
    199217 
    200218  randomArray.resize(blocSize); 
    … …  
    231249    cerr << comm.rank << ": PROBLEM: (node assign)" << tree.levelSize[assignLevel] << " != " << comm.group_size << " (keepNodes)"  
    232250         << "   node size : "<<node.size()<<"   bloc size : "<<blocSize<<"  total number of leaf : "<<tree.leafs.size()<<endl ; 
    233  
     251/* 
     252        MPI_Allreduce(&ok, &allok, 1, MPI_INT, MPI_PROD, communicator); 
     253        if (!allok) { 
     254                MPI_Finalize(); 
     255                exit(1); 
     256        } 
     257*/ 
    234258    MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD,-1) ; 
    235259  } 
    … …  
    302326  nb=nb1+nb2 ; 
    303327  MPI_Allreduce(&nb, &nbTot, 1, MPI_LONG, MPI_SUM, communicator) ; 
    304  
    305  
    306328  int commSize ; 
    307329  MPI_Comm_size(communicator,&commSize) ; 
    … …  
    326348        randomizeArray(randomArray2); 
    327349 
     350/*       
     351        int s1,s2 ; 
     352         
     353        if (node.size()< nbSampleNodes/2) 
     354        {  
     355          s1 = node.size() ; 
     356          s2 = nbSampleNodes-s1 ; 
     357        } 
     358        else if (node2.size()< nbSampleNodes/2) 
     359        { 
     360          s2 = node.size() ; 
     361          s1 = nbSampleNodes-s2 ; 
     362        } 
     363        else 
     364        { 
     365          s1=nbSampleNodes/2 ; 
     366          s2=nbSampleNodes/2 ; 
     367        } 
     368*/ 
    328369        for (int i = 0; i <nbSampleNodes1; i++) sampleNodes.push_back(Node(node[randomArray1[i%nb1]].centre,  node[randomArray1[i%nb1]].radius, NULL)); 
    329370        for (int i = 0; i <nbSampleNodes2; i++) sampleNodes.push_back(Node(node2[randomArray2[i%nb2]].centre, node2[randomArray2[i%nb2]].radius, NULL)); 
    330371 
     372/*           
     373        for (int i = 0; i < nbSampleNodes/2; i++) 
     374        { 
     375          sampleNodes.push_back(Node(node[randomArray1[i]].centre,  node[randomArray1[i]].radius, NULL)); 
     376          sampleNodes.push_back(Node(node2[randomArray2[i]].centre, node2[randomArray2[i]].radius, NULL)); 
     377        } 
     378*/ 
    331379        CTimer::get("buildParallelSampleTree").resume(); 
    332380        //sampleTree.buildParallelSampleTree(sampleNodes, cascade); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/remap/src/parallel_tree.hpp

    r1328 r1460  
    66#include "mpi_cascade.hpp" 
    77#include "mpi.hpp" 
     8 
    89namespace sphereRemap { 
    910 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/src_ep_dev/ep_declaration.cpp

    r1373 r1460  
    2424::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_LONG_STD = MPI_UNSIGNED_LONG; 
    2525::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_CHAR_STD = MPI_UNSIGNED_CHAR; 
     26::MPI_Datatype MPI_UINT64_T_STD = MPI_UINT64_T; 
    2627 
    2728#undef MPI_INT 
    … …  
    3233#undef MPI_UNSIGNED_LONG 
    3334#undef MPI_UNSIGNED_CHAR 
     35#undef MPI_UINT64_T 
    3436 
    3537 
    … …  
    3739::MPI_Op MPI_MAX_STD = MPI_MAX; 
    3840::MPI_Op MPI_MIN_STD = MPI_MIN; 
     41::MPI_Op MPI_LOR_STD = MPI_LOR; 
    3942 
    4043#undef MPI_SUM 
    4144#undef MPI_MAX 
    4245#undef MPI_MIN 
    43  
    44  
    45 /*#undef MPI_INT 
    46 #undef MPI_FLOAT 
    47 #undef MPI_DOUBLE 
    48 #undef MPI_CHAR 
    49 #undef MPI_LONG 
    50 #undef MPI_UNSIGNED_LONG 
    51 #undef MPI_UNSIGNED_CHAR 
    52  
    53 #undef MPI_SUM 
    54 #undef MPI_MAX 
    55 #undef MPI_MIN 
    56  
    57 #undef MPI_COMM_WORLD 
    58 #undef MPI_COMM_NULL 
    59  
    60 #undef MPI_STATUS_IGNORE 
    61 #undef MPI_REQUEST_NULL 
    62 #undef MPI_INFO_NULL 
    63 */ 
     46#undef MPI_LOR 
    6447 
    6548 
    … …  
    7356extern ::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_LONG_STD; 
    7457extern ::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_CHAR_STD; 
     58extern ::MPI_Datatype MPI_UINT64_T_STD; 
     59 
    7560 
    7661extern ::MPI_Op MPI_SUM_STD; 
    7762extern ::MPI_Op MPI_MAX_STD; 
    7863extern ::MPI_Op MPI_MIN_STD; 
     64extern ::MPI_Op MPI_LOR_STD; 
    7965 
    8066extern ::MPI_Comm MPI_COMM_WORLD_STD; 
    … …  
    9278ep_lib::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_LONG = &MPI_UNSIGNED_LONG_STD; 
    9379ep_lib::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_CHAR = &MPI_UNSIGNED_CHAR_STD; 
     80ep_lib::MPI_Datatype MPI_UINT64_T = &MPI_UINT64_T_STD; 
     81 
    9482 
    9583ep_lib::MPI_Op MPI_SUM = &MPI_SUM_STD; 
    9684ep_lib::MPI_Op MPI_MAX = &MPI_MAX_STD; 
    9785ep_lib::MPI_Op MPI_MIN = &MPI_MIN_STD; 
     86ep_lib::MPI_Op MPI_LOR = &MPI_LOR_STD; 
    9887 
    9988ep_lib::MPI_Comm MPI_COMM_WORLD(&MPI_COMM_WORLD_STD); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/src_ep_dev/ep_declaration.hpp

    r1369 r1460  
    99#undef MPI_UNSIGNED_LONG 
    1010#undef MPI_UNSIGNED_CHAR 
     11#undef MPI_UINT64_T 
    1112 
    1213#undef MPI_SUM 
    1314#undef MPI_MAX 
    1415#undef MPI_MIN 
     16#undef MPI_LOR 
    1517 
    1618#undef MPI_COMM_WORLD 
    … …  
    2830extern ep_lib::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_LONG; 
    2931extern ep_lib::MPI_Datatype MPI_UNSIGNED_CHAR; 
     32extern ep_lib::MPI_Datatype MPI_UINT64_T; 
    3033 
    3134extern ep_lib::MPI_Op MPI_SUM; 
    3235extern ep_lib::MPI_Op MPI_MAX; 
    3336extern ep_lib::MPI_Op MPI_MIN; 
     37extern ep_lib::MPI_Op MPI_LOR; 
    3438 
    3539extern ep_lib::MPI_Comm MPI_COMM_WORLD; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/extern/src_ep_dev/ep_reduce.cpp

    r1365 r1460  
    2929 
    3030  template<typename T> 
     31  T lor_op(T a, T b) 
     32  { 
     33    return a||b; 
     34  } 
     35 
     36  template<typename T> 
    3137  void reduce_max(const T * buffer, T* recvbuf, int count) 
    3238  { 
    … …  
    4450  { 
    4551    transform(buffer, buffer+count, recvbuf, recvbuf, std::plus<T>()); 
     52  } 
     53 
     54  template<typename T> 
     55  void reduce_lor(const T * buffer, T* recvbuf, int count) 
     56  { 
     57    transform(buffer, buffer+count, recvbuf, recvbuf, lor_op<T>); 
    4658  } 
    4759 
    … …  
    112124        } 
    113125 
     126        else if(datatype == MPI_UINT64_T) 
     127        { 
     128          assert(datasize == sizeof(uint64_t)); 
     129          for(int i=1; i<num_ep; i++) 
     130            reduce_max<uint64_t>(static_cast<uint64_t*>(comm.my_buffer->void_buffer[i]), static_cast<uint64_t*>(recvbuf), count); 
     131        } 
     132 
    114133        else printf("datatype Error\n"); 
    115134 
    … …  
    160179        } 
    161180 
     181        else if(datatype == MPI_UINT64_T) 
     182        { 
     183          assert(datasize == sizeof(uint64_t)); 
     184          for(int i=1; i<num_ep; i++) 
     185            reduce_min<uint64_t>(static_cast<uint64_t*>(comm.my_buffer->void_buffer[i]), static_cast<uint64_t*>(recvbuf), count); 
     186        } 
     187 
    162188        else printf("datatype Error\n"); 
    163189 
    … …  
    209235        } 
    210236 
     237        else if(datatype ==MPI_UINT64_T) 
     238        { 
     239          assert(datasize == sizeof(uint64_t)); 
     240          for(int i=1; i<num_ep; i++) 
     241            reduce_sum<uint64_t>(static_cast<uint64_t*>(comm.my_buffer->void_buffer[i]), static_cast<uint64_t*>(recvbuf), count); 
     242        } 
     243 
    211244        else printf("datatype Error\n"); 
    212245 
     246      } 
     247 
     248      if(op == MPI_SUM) 
     249      { 
     250        if(datatype != MPI_INT) 
     251          printf("datatype Error, must be MPI_INT\n"); 
     252        else 
     253        { 
     254          assert(datasize == sizeof(int)); 
     255          for(int i=1; i<num_ep; i++) 
     256            reduce_lor<int>(static_cast<int*>(comm.my_buffer->void_buffer[i]), static_cast<int*>(recvbuf), count); 
     257        } 
    213258      } 
    214259    } 

  • XIOS/dev/branch_openmp/inputs/TOY/iodef.xml

    r1118 r1460  
    99  <context id="xios"> 
    1010    <variable_definition> 
     11       <variable_group id="server"> 
     12        <variable id="using_server2" type="bool">false</variable> 
     13      </variable_group> 
     14      
    1115      <variable_group id="buffer"> 
    1216        <variable id="optimal_buffer_size" type="string">performance</variable> 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/array_new.hpp

    r1334 r1460  
    307307        size_t nbArr  = array.numElements(); 
    308308        if (nbThis != nbArr) return false; 
     309        if (nbThis==0 && nbArr==0) return true; 
    309310        typename Array<T_numtype,N_rank>::const_iterator itx=array.begin(), itxe=array.end(), ity=this->begin() ; 
    310311        for(;itx!=itxe;++itx,++ity) if (*itx!=*ity) return false ; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute.hpp

    r1112 r1460  
    4545            //! Returns true if and only if the attribute should be publicly exposed in the API 
    4646            virtual bool isPublic() const { return true; } 
     47             
     48            //! Return true if the attribute should be sent to other clients or servers 
     49            virtual bool doSend() const { return true; } 
    4750 
    4851            /* 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute_array.hpp

    r1112 r1460  
    4343            CArray<T_numtype, N_rank> getInheritedValue(void) const ; 
    4444            bool hasInheritedValue(void) const; 
    45              
    46             bool isEqual(const CAttributeArray& attr); 
     45                         
    4746            bool isEqual(const CAttribute& attr); 
    4847 
    … …  
    6766 
    6867         private : 
     68          bool isEqual_(const CAttributeArray& attr); 
    6969          CArray<T_numtype, N_rank> inheritedValue ; 
    7070          StdString _toString(void) const; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute_array_impl.hpp

    r1112 r1460  
    104104 
    105105    template <typename T_numtype, int N_rank> 
    106     bool CAttributeArray<T_numtype,N_rank>::isEqual(const CAttributeArray& attr) 
     106    bool CAttributeArray<T_numtype,N_rank>::isEqual(const CAttribute& attr) 
    107107    { 
    108       return ((dynamic_cast<CArray<T_numtype,N_rank>& >(*this)) == (dynamic_cast<const CArray<T_numtype,N_rank>& >(attr)));       
     108      const CAttributeArray<T_numtype,N_rank>& tmp = dynamic_cast<const CAttributeArray<T_numtype,N_rank>& >(attr); 
     109      return this->isEqual_(tmp);       
    109110    } 
    110111 
    111112    template <typename T_numtype, int N_rank> 
    112     bool CAttributeArray<T_numtype,N_rank>::isEqual(const CAttribute& attr) 
     113    bool CAttributeArray<T_numtype,N_rank>::isEqual_(const CAttributeArray& attr) 
    113114    { 
    114       return ((*this) == (dynamic_cast<const CAttributeArray<T_numtype,N_rank>& >(attr)));       
     115      if ((!this->hasInheritedValue() && !attr.hasInheritedValue())) 
     116          return true; 
     117      if (this->hasInheritedValue() && attr.hasInheritedValue()) 
     118          return (this->getInheritedValue() == attr.getInheritedValue()); 
     119      else  
     120        return false;       
    115121    } 
    116122 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute_enum.hpp

    r1328 r1460  
    4949            T_enum getInheritedValue(void)  const; 
    5050            string getInheritedStringValue(void) const; 
    51             bool hasInheritedValue(void) const;           
    52            
    53             bool isEqual(const CAttributeEnum& attr ); 
     51            bool hasInheritedValue(void) const;                     
     52             
    5453            bool isEqual(const CAttribute& attr ); 
    5554 
    … …  
    7776 
    7877         private : 
     78          bool isEqual_(const CAttributeEnum& attr ); 
    7979          StdString _toString(void) const; 
    8080          void _fromString(const StdString & str); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute_enum_impl.hpp

    r1328 r1460  
    114114  bool CAttributeEnum<T>::isEqual(const CAttribute& attr) 
    115115  { 
    116     return (this->isEqual(dynamic_cast<const CAttributeEnum<T>& >(attr))); 
    117   } 
    118  
    119   template <class T> 
    120   bool CAttributeEnum<T>::isEqual(const CAttributeEnum& attr) 
    121   { 
    122     return ((dynamic_cast<const CEnum<T>& >(*this)) == (dynamic_cast<const CEnum<T>& >(attr))); 
     116    const CAttributeEnum<T>& tmp = dynamic_cast<const CAttributeEnum<T>& >(attr); 
     117    return this->isEqual_(tmp); 
     118  } 
     119 
     120  template <class T> 
     121  bool CAttributeEnum<T>::isEqual_(const CAttributeEnum& attr) 
     122  { 
     123    if ((!this->hasInheritedValue() && !attr.hasInheritedValue())) 
     124        return true; 
     125    if (this->hasInheritedValue() && attr.hasInheritedValue()) 
     126        return (this->getInheritedValue() == attr.getInheritedValue()); 
     127    else  
     128      return false;     
    123129  } 
    124130 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute_map.cpp

    r1117 r1460  
    278278      } 
    279279 */ 
    280  
    281280       
    282281      void CAttributeMap::generateCInterface(ostream& oss, const string& className) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/attribute_template.hpp

    r1117 r1460  
    5757            T getInheritedValue(void) const ; 
    5858            bool hasInheritedValue(void) const; 
    59  
    60             bool isEqual_(const CAttributeTemplate& attr ); 
     59             
    6160            bool isEqual(const CAttribute& attr ); 
    6261 
    … …  
    9594//            CAttributeTemplate(void); // Not implemented. 
    9695         private : 
     96          bool isEqual_(const CAttributeTemplate& attr); 
    9797          StdString _toString(void) const; 
    9898          void _fromString(const StdString & str); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/buffer_client.cpp

    r1360 r1460  
    4444  } 
    4545 
    46   int CClientBuffer::remain(void) 
     46  StdSize CClientBuffer::remain(void) 
    4747  { 
    4848    return bufferSize - count; 
    4949  } 
    5050 
    51   bool CClientBuffer::isBufferFree(int size) 
     51  bool CClientBuffer::isBufferFree(StdSize size) 
    5252  { 
    5353    if (size > bufferSize) 
    54       ERROR("bool CClientBuffer::isBufferFree(int size)", 
     54      ERROR("bool CClientBuffer::isBufferFree(StdSize size)", 
    5555            << "The requested size (" << size << " bytes) is too big to fit the buffer (" << bufferSize << " bytes), please increase the client buffer size." << endl); 
    5656 
    … …  
    7171 
    7272 
    73   CBufferOut* CClientBuffer::getBuffer(int size) 
     73  CBufferOut* CClientBuffer::getBuffer(StdSize size) 
    7474  { 
    7575    if (size <= remain()) 
    … …  
    8282    else 
    8383    { 
    84       ERROR("CBufferOut* CClientBuffer::getBuffer(int size)", 
     84      ERROR("CBufferOut* CClientBuffer::getBuffer(StdSize size)", 
    8585            << "Not enough space in buffer, this should not have happened..."); 
    8686      return NULL; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/buffer_client.hpp

    r1355 r1460  
    1818      ~CClientBuffer(); 
    1919 
    20       bool isBufferFree(int size); 
    21       CBufferOut* getBuffer(int size); 
     20      bool isBufferFree(StdSize size); 
     21      CBufferOut* getBuffer(StdSize size); 
    2222      bool checkBuffer(void); 
    2323      bool hasPendingRequest(void); 
    24       int remain(void); 
     24      StdSize remain(void); 
    2525 
    2626    private: 
    … …  
    2828 
    2929      int current; 
    30       int count; 
    31       int bufferedEvents; 
    32       int maxEventSize; 
    33       const int maxBufferedEvents; 
    34       const int bufferSize; 
    35       const int estimatedMaxEventSize; 
     30 
     31      StdSize count; 
     32      StdSize bufferedEvents; 
     33      StdSize maxEventSize; 
     34      const StdSize maxBufferedEvents; 
     35      const StdSize bufferSize; 
     36      const StdSize estimatedMaxEventSize; 
     37 
     38 
    3639      const int serverRank; 
    3740      bool pending; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/calendar.cpp

    r1342 r1460  
    99      CCalendar::CCalendar(void) 
    1010         : CObject() 
     11         , step(0) 
    1112         , initDate(*this) 
    1213         , timeOrigin(*this) 
    … …  
    1617      CCalendar::CCalendar(const StdString& id) 
    1718               : CObject(id) 
     19               , step(0) 
    1820               , initDate(*this) 
    1921               , timeOrigin(*this) 
    … …  
    2527                           int hr /*= 0*/, int min /*= 0*/, int sec /*= 0*/) 
    2628               : CObject(id) 
     29               , step(0) 
    2730               , initDate(*this) 
    2831               , timeOrigin(*this) 
    … …  
    3437      CCalendar::CCalendar(const StdString& id, const CDate& startDate) 
    3538               : CObject(id) 
     39               , step(0) 
    3640               , initDate(startDate) 
    3741               , timeOrigin(startDate) 
    … …  
    4448      CCalendar::CCalendar(const StdString& id, const CDate& startDate, const CDate& timeOrigin) 
    4549               : CObject(id) 
     50               , step(0) 
    4651               , initDate(startDate) 
    4752               , timeOrigin(timeOrigin) 
    … …  
    115120      } 
    116121 
     122      int CCalendar::getStep(void) const 
     123      { 
     124        return step; 
     125      } 
     126 
    117127      const CDate& CCalendar::update(int step) 
    118128      { 
    119129        #pragma omp critical (_output) 
    120130        info(20) << "update step : " << step << " timestep " << this->timestep << std::endl; 
     131        this->step = step; 
    121132        return (this->currentDate = this->getInitDate() + step * this->timestep); 
    122133      } 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/calendar.hpp

    r591 r1460  
    7070            virtual StdString getType(void) const; 
    7171 
     72            int getStep(void) const; 
     73 
    7274            virtual int getMonthLength(const CDate& date) const; 
    7375 
    … …  
    112114 
    113115         private : 
     116            int step; 
    114117 
    115118            /// Propriétés privées /// 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client.cpp

    r1374 r1460  
    2222    int CClient::serverLeader ; 
    2323    bool CClient::is_MPI_Initialized ; 
    24     int CClient::rank = INVALID_RANK; 
     24    int CClient::rank_ = INVALID_RANK; 
    2525    StdOFStream CClient::m_infoStream; 
    2626    StdOFStream CClient::m_errorStream; 
    … …  
    2828    StdOFStream CClient::array_infoStream[16]; 
    2929 
    30     void CClient::initialize(const string& codeId,MPI_Comm& localComm,MPI_Comm& returnComm) 
     30    MPI_Comm& CClient::getInterComm(void)   { return (interComm); } 
     31 
     32///--------------------------------------------------------------- 
     33/*! 
     34 * \fn void CClient::initialize(const string& codeId, MPI_Comm& localComm, MPI_Comm& returnComm) 
     35 * Function creates intraComm (CClient::intraComm) for client group with id=codeId and interComm (CClient::interComm) between client and server groups. 
     36 * \param [in] codeId identity of context. 
     37 * \param [in/out] localComm local communicator. 
     38 * \param [in/out] returnComm (intra)communicator of client group. 
     39 */ 
     40 
     41    void CClient::initialize(const string& codeId, MPI_Comm& localComm, MPI_Comm& returnComm) 
    3142    { 
    3243      int initialized ; 
    … …  
    3445      if (initialized) is_MPI_Initialized=true ; 
    3546      else is_MPI_Initialized=false ; 
     47      int rank ; 
    3648 
    3749// don't use OASIS 
    3850      if (!CXios::usingOasis) 
    3951      { 
    40 // localComm doesn't given 
     52// localComm isn't given 
    4153        if (localComm == MPI_COMM_NULL) 
    4254        { 
    … …  
    5870 
    5971          MPI_Comm_size(CXios::globalComm,&size) ; 
    60           MPI_Comm_rank(CXios::globalComm,&rank); 
     72          MPI_Comm_rank(CXios::globalComm,&rank_); 
    6173 
    6274          hashAll=new unsigned long[size] ; 
    … …  
    88100          } 
    89101 
    90           myColor=colors[hashClient] ; 
    91  
    92           MPI_Comm_split(CXios::globalComm,myColor,rank,&intraComm) ; 
     102          myColor=colors[hashClient]; 
     103          MPI_Comm_split(CXios::globalComm,myColor,rank_,&intraComm) ; 
    93104 
    94105          if (CXios::usingServer) 
    … …  
    96107            int clientLeader=leaders[hashClient] ; 
    97108            serverLeader=leaders[hashServer] ; 
    98  
    99109            int intraCommSize, intraCommRank ; 
    100110            MPI_Comm_size(intraComm,&intraCommSize) ; 
    … …  
    102112            #pragma omp critical (_output) 
    103113            { 
    104               info(50)<<"intercommCreate::client "<<rank<<" intraCommSize : "<<intraCommSize 
    105                       <<" intraCommRank :"<<intraCommRank<<"  serverLeader "<< serverLeader<<endl ; 
    106             } 
    107             MPI_Intercomm_create(intraComm,0,CXios::globalComm,serverLeader,0,&interComm) ; 
     114              info(50)<<"intercommCreate::client "<<rank_<<" intraCommSize : "<<intraCommSize 
     115                   <<" intraCommRank :"<<intraCommRank<<"  clientLeader "<< serverLeader<<endl ; 
     116            }  
     117            MPI_Intercomm_create(intraComm, 0, CXios::globalComm, serverLeader, 0, &interComm) ; 
     118            //rank_ = intraCommRank; 
    108119          } 
    109120          else 
    … …  
    128139      } 
    129140      // using OASIS 
    130 /*      else 
    131       { 
    132         // localComm doesn't given 
     141      else 
     142      { 
     143        // localComm isn't given 
    133144        if (localComm == MPI_COMM_NULL) 
    134145        { 
    … …  
    144155        { 
    145156          MPI_Status status ; 
    146           MPI_Comm_rank(intraComm,&rank) ; 
     157          MPI_Comm_rank(intraComm,&rank_) ; 
    147158 
    148159          oasis_get_intercomm(interComm,CXios::xiosCodeId) ; 
    149           if (rank==0) MPI_Recv(&serverLeader,1, MPI_INT, 0, 0, interComm, &status) ; 
     160          if (rank_==0) MPI_Recv(&serverLeader,1, MPI_INT, 0, 0, interComm, &status) ; 
    150161          MPI_Bcast(&serverLeader,1,MPI_INT,0,intraComm) ; 
    151  
    152162        } 
    153163        else MPI_Comm_dup(intraComm,&interComm) ; 
    154164      } 
    155 */ 
     165 
    156166      MPI_Comm_dup(intraComm,&returnComm) ; 
    157167    } 
    158168 
    159  
    160     void CClient::registerContext(const string& id,MPI_Comm contextComm) 
     169///--------------------------------------------------------------- 
     170/*! 
     171 * \fn void CClient::registerContext(const string& id, MPI_Comm contextComm) 
     172 * \brief Sends a request to create a context to server. Creates client/server contexts. 
     173 * \param [in] id id of context. 
     174 * \param [in] contextComm. 
     175 * Function is only called by client. 
     176 */ 
     177    void CClient::registerContext(const string& id, MPI_Comm contextComm) 
    161178    { 
    162179      CContext::setCurrent(id) ; 
    … …  
    165182      idServer += "_server"; 
    166183 
    167       if (!CXios::isServer) 
     184      if (CXios::isServer && !context->hasServer) 
     185      // Attached mode 
     186      { 
     187        MPI_Comm contextInterComm ; 
     188        MPI_Comm_dup(contextComm,&contextInterComm) ; 
     189        CContext* contextServer = CContext::create(idServer); 
     190 
     191        // Firstly, initialize context on client side 
     192        context->initClient(contextComm,contextInterComm, contextServer); 
     193 
     194        // Secondly, initialize context on server side 
     195        contextServer->initServer(contextComm,contextInterComm, context); 
     196 
     197        // Finally, we should return current context to context client 
     198        CContext::setCurrent(id); 
     199 
     200        //contextInterComms.push_back(contextInterComm); 
     201        if(contextInterComms_ptr == NULL) contextInterComms_ptr = new std::list<MPI_Comm>; 
     202        contextInterComms_ptr->push_back(contextInterComm); 
     203      } 
     204      else 
    168205      { 
    169206        int size,rank,globalRank ; 
    … …  
    177214        if (rank!=0) globalRank=0 ; 
    178215 
    179  
    180216        CMessage msg ; 
    181217        msg<<idServer<<size<<globalRank ; 
    … …  
    189225        MPI_Send((void*)buff,buffer.count(),MPI_CHAR,serverLeader,1,CXios::globalComm) ; 
    190226 
    191         delete [] buff ; 
    192  
    193         //MPI_Barrier(CXios::globalComm); 
    194  
    195227        MPI_Intercomm_create(contextComm,0,CXios::globalComm,serverLeader,10+globalRank,&contextInterComm) ; 
    196228        #pragma omp critical (_output) 
    197         { 
    198           info(10)<<"Register new Context : "<<id<<endl ; 
    199         } 
    200  
     229        info(10)<<"Register new Context : "<<id<<endl ; 
    201230        MPI_Comm inter ; 
    202231        MPI_Intercomm_merge(contextInterComm,0,&inter) ; 
    … …  
    208237        if(contextInterComms_ptr == NULL) contextInterComms_ptr = new std::list<MPI_Comm>; 
    209238        contextInterComms_ptr->push_back(contextInterComm); 
     239 
    210240        MPI_Comm_free(&inter); 
    211       } 
    212       else 
    213       { 
    214         MPI_Comm contextInterComm ; 
    215         MPI_Comm_dup(contextComm,&contextInterComm) ; 
    216         CContext* contextServer = CContext::create(idServer); 
    217  
    218         // Firstly, initialize context on client side 
    219         context->initClient(contextComm,contextInterComm, contextServer); 
    220  
    221         // Secondly, initialize context on server side 
    222         contextServer->initServer(contextComm,contextInterComm, context); 
    223  
    224         // Finally, we should return current context to context client 
    225         CContext::setCurrent(id); 
    226  
    227         //contextInterComms.push_back(contextInterComm); 
    228         if(contextInterComms_ptr == NULL) contextInterComms_ptr = new std::list<MPI_Comm>; 
    229         contextInterComms_ptr->push_back(contextInterComm); 
     241        delete [] buff ; 
     242 
    230243      } 
    231244    } 
    … …  
    264277      #pragma omp critical (_output) 
    265278      info(20) << "Client side context is finalized"<<endl ; 
    266        
    267  
    268       /*#pragma omp critical (_output) 
     279 
     280      #pragma omp critical (_output) 
    269281      { 
    270282        report(0) <<" Performance report : Whole time from XIOS init and finalize: "<< CTimer::get("XIOS init/finalize").getCumulatedTime()<<" s"<<endl ; 
    … …  
    273285        report(0)<< " Performance report : Ratio : "<< CTimer::get("Blocking time").getCumulatedTime()/CTimer::get("XIOS init/finalize").getCumulatedTime()*100.<<" %"<<endl ; 
    274286        report(0)<< " Performance report : This ratio must be close to zero. Otherwise it may be usefull to increase buffer size or numbers of server"<<endl ; 
     287//      report(0)<< " Memory report : Current buffer_size : "<<CXios::bufferSize<<endl ; 
    275288        report(0)<< " Memory report : Minimum buffer size required : " << CClientBuffer::maxRequestSize << " bytes" << endl ; 
    276289        report(0)<< " Memory report : increasing it by a factor will increase performance, depending of the volume of data wrote in file at each time step of the file"<<endl ; 
    277290        report(100)<<CTimer::getAllCumulatedTime()<<endl ; 
    278       }*/ 
     291      } 
    279292   } 
    280293 
     294    /*! 
     295    * Return global rank without oasis and current rank in model intraComm in case of oasis 
     296    */ 
    281297   int CClient::getRank() 
    282298   { 
    283      return rank; 
     299     return rank_; 
    284300   } 
    285301 
    … …  
    297313      int numDigit = 0; 
    298314      int size = 0; 
     315      int rank; 
    299316      MPI_Comm_size(CXios::globalComm, &size); 
    300317      while (size) 
    … …  
    304321      } 
    305322 
    306       fileNameClient << fileName << "_" << std::setfill('0') << std::setw(numDigit) << getRank() << ext; 
     323      if (CXios::usingOasis) 
     324      { 
     325        MPI_Comm_rank(CXios::globalComm,&rank); 
     326        fileNameClient << fileName << "_" << std::setfill('0') << std::setw(numDigit) << rank << ext; 
     327      } 
     328      else 
     329        fileNameClient << fileName << "_" << std::setfill('0') << std::setw(numDigit) << getRank() << ext; 
     330 
     331 
    307332      fb->open(fileNameClient.str().c_str(), std::ios::out); 
    308333      if (!fb->is_open()) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client.hpp

    r1342 r1460  
    1616      static ep_lib::MPI_Comm intraComm; 
    1717      #pragma omp threadprivate(intraComm) 
    18     
     18 
    1919      static ep_lib::MPI_Comm interComm; 
    2020      #pragma omp threadprivate(interComm) 
    … …  
    2626      static int serverLeader; 
    2727      #pragma omp threadprivate(serverLeader) 
    28        
     28 
    2929      static bool is_MPI_Initialized ; 
    3030      #pragma omp threadprivate(is_MPI_Initialized) 
    3131 
    32       //! Get rank of the current process 
     32      static ep_lib::MPI_Comm& getInterComm(); 
     33 
     34      //! Get global rank without oasis and current rank in model intraComm in case of oasis 
    3335      static int getRank(); 
    3436 
    … …  
    4850 
    4951    protected: 
    50       static int rank; 
    51       #pragma omp threadprivate(rank) 
     52      static int rank_;                 //!< Rank in model intraComm 
     53      #pragma omp threadprivate(rank_) 
    5254 
    5355      static StdOFStream m_infoStream; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client_client_dht_template_impl.hpp

    r1373 r1460  
    330330      sendInfoToClients(rank, client2ClientInfoOnReturn[rank], 
    331331                        sendNbIndexOnReturn[idx]*ProcessDHTElement<InfoType>::typeSize(), commLevel, &requestOnReturn[requestOnReturn_position++]); 
    332        
    333332    } 
    334333    currentIndex += recvNbIndexClientCount[idx]; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client_server_mapping.cpp

    r1365 r1460  
    9999} 
    100100 
     101CClientServerMapping::GlobalIndexMap& CClientServerMapping::getGlobalIndexOnServer() 
     102{ 
     103  return indexGlobalOnServer_; 
     104} 
     105 
    101106} //namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client_server_mapping.hpp

    r1328 r1460  
    3434 
    3535    // Only need global index on client to calculate mapping (supposed client has info of distribution) 
    36     virtual void computeServerIndexMapping(const CArray<size_t,1>& globalIndexOnClient) = 0; 
     36    virtual void computeServerIndexMapping(const CArray<size_t,1>& globalIndexOnClient, int nbServer) = 0; 
    3737 
    3838    static std::map<int,int> computeConnectedClients(int nbServer, int nbClient, 
    … …  
    4141 
    4242    const GlobalIndexMap& getGlobalIndexOnServer() const; 
     43 
     44    GlobalIndexMap& getGlobalIndexOnServer(); 
    4345 
    4446  protected: 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client_server_mapping_distributed.cpp

    r1328 r1460  
    3636   Compute mapping global index of server which client sends to. 
    3737   \param [in] globalIndexOnClient global index client has 
     38   \param [in] nbServer size of server's intracomm 
    3839*/ 
    39 void CClientServerMappingDistributed::computeServerIndexMapping(const CArray<size_t,1>& globalIndexOnClient) 
     40void CClientServerMappingDistributed::computeServerIndexMapping(const CArray<size_t,1>& globalIndexOnClient, int nbServer) 
    4041{ 
    41   CContext* context=CContext::getCurrent() ; 
    42   CContextClient* client=context->client ; 
    43   int nbServer=client->serverSize; 
    4442 
    4543  ccDHT_->computeIndexInfoMapping(globalIndexOnClient); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/client_server_mapping_distributed.hpp

    r1134 r1460  
    3838                                    bool isDataDistributed = true); 
    3939 
    40     virtual void computeServerIndexMapping(const CArray<size_t,1>& globalIndexOnClientSendToServer); 
     40    virtual void computeServerIndexMapping(const CArray<size_t,1>& globalIndexOnClientSendToServer, int nbServer); 
    4141 
    4242    /** Default destructor */ 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/axis_attribute.conf

    r1050 r1460  
    44 
    55DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, unit) 
     6DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, formula) 
     7DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, formula_term) 
     8DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, formula_bounds) 
     9DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, formula_term_bounds) 
     10DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, bounds_name) 
    611 
    712DECLARE_ATTRIBUTE(int,       n_glo) 
    813DECLARE_ENUM2(positive, up, down) 
     14DECLARE_ENUM4(axis_type, X, Y, Z, T) 
     15 
     16DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, dim_name) 
    917 
    1018/* GLOBAL */ 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/axis_attribute_private.conf

    r1205 r1460  
    22DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int, global_zoom_n) 
    33DECLARE_ARRAY_PRIVATE(int,  1, global_zoom_index) 
     4 
     5/* LOCAL DATA*/ 
     6DECLARE_ARRAY_PRIVATE(int    ,   1 , zoom_index) 
     7DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int, zoom_begin) 
     8DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int, zoom_n) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/domain_attribute.conf

    r1045 r1460  
    33DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , standard_name) 
    44DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , long_name) 
     5DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , lon_name) 
     6DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , lat_name) 
     7DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , bounds_lon_name) 
     8DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , bounds_lat_name) 
     9DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , dim_i_name) 
     10DECLARE_ATTRIBUTE(StdString       , dim_j_name) 
    511 
    612/* GLOBAL */ 
    … …  
    915 
    1016/* LOCAL */ 
    11 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , ibegin) 
    12 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , ni) 
     17DECLARE_ATTRIBUTE(int             , ibegin, false) 
     18DECLARE_ATTRIBUTE(int             , ni, false) 
    1319 
    1420/* LOCAL */ 
    15 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , jbegin) 
    16 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , nj) 
     21DECLARE_ATTRIBUTE(int             , jbegin, false) 
     22DECLARE_ATTRIBUTE(int             , nj, false) 
    1723 
    1824 
    19 DECLARE_ARRAY(int,1             , i_index) 
    20 DECLARE_ARRAY(int,1             , j_index) 
     25DECLARE_ARRAY(int,1             , i_index, false) 
     26DECLARE_ARRAY(int,1             , j_index, false) 
    2127 
    2228/* LOCAL */ 
    23 DECLARE_ARRAY(bool, 1 , mask_1d) 
    24 DECLARE_ARRAY(bool, 2 , mask_2d) 
     29DECLARE_ARRAY(bool, 1 , mask_1d, false) 
     30DECLARE_ARRAY(bool, 2 , mask_2d, false) 
    2531 
    2632/* GLOBAL */ 
    … …  
    2834 
    2935/* LOCAL */ 
    30 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_ni) 
    31 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_nj) 
    32 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_ibegin) 
    33 DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_jbegin) 
     36DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_ni, false) 
     37DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_nj, false) 
     38DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_ibegin, false) 
     39DECLARE_ATTRIBUTE(int             , data_jbegin, false) 
    3440 
    3541/* LOCAL */ 
    36 DECLARE_ARRAY(int, 1 , data_i_index) 
    37 DECLARE_ARRAY(int, 1,  data_j_index) 
     42DECLARE_ARRAY(int, 1 , data_i_index, false) 
     43DECLARE_ARRAY(int, 1,  data_j_index, false) 
    3844 
    3945/* LOCAL */ 
    40 DECLARE_ARRAY(double, 1, lonvalue_1d) 
    41 DECLARE_ARRAY(double, 1, latvalue_1d) 
    42 DECLARE_ARRAY(double, 2, lonvalue_2d) 
    43 DECLARE_ARRAY(double, 2, latvalue_2d) 
     46DECLARE_ARRAY(double, 1, lonvalue_1d, false) 
     47DECLARE_ARRAY(double, 1, latvalue_1d, false) 
     48DECLARE_ARRAY(double, 2, lonvalue_2d, false) 
     49DECLARE_ARRAY(double, 2, latvalue_2d, false) 
    4450 
    4551DECLARE_ATTRIBUTE(int, nvertex) 
    46 DECLARE_ARRAY(double, 2, bounds_lon_1d) 
    47 DECLARE_ARRAY(double, 2, bounds_lat_1d) 
    48 DECLARE_ARRAY(double, 3, bounds_lon_2d) 
    49 DECLARE_ARRAY(double, 3, bounds_lat_2d) 
     52DECLARE_ARRAY(double, 2, bounds_lon_1d, false) 
     53DECLARE_ARRAY(double, 2, bounds_lat_1d, false) 
     54DECLARE_ARRAY(double, 3, bounds_lon_2d, false) 
     55DECLARE_ARRAY(double, 3, bounds_lat_2d, false) 
    5056 
    5157DECLARE_ARRAY(double, 2, area) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/domain_attribute_private.conf

    r1064 r1460  
    1010DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(double,  bounds_lat_end) 
    1111 
    12 // Array contain whole value (non distributed) of longitude and latitude of rectilinear read from a file 
     12//  Array contain whole value (non distributed) of longitude and latitude read from a file 
    1313DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 1, lonvalue_rectilinear_read_from_file) 
    1414DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 1, latvalue_rectilinear_read_from_file) 
    1515 
    16 // Array contain whole value (non distributed) of longitude and latitude of curvilinear read from a file 
     16// Array containing longitude and latitude of LOCAL curvilinear domain to be read from a file 
    1717DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 2, lonvalue_curvilinear_read_from_file) 
    1818DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 2, latvalue_curvilinear_read_from_file) 
    … …  
    2020DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 3, bounds_latvalue_curvilinear_read_from_file) 
    2121 
    22 // Array contain whole value (non distributed) of longitude and latitude of unstructured read from a file 
     22// Array containing longitude and latitude of LOCAL unstructured domain to be read from a file 
    2323DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 1, lonvalue_unstructured_read_from_file) 
    2424DECLARE_ARRAY_PRIVATE(double, 1, latvalue_unstructured_read_from_file) 
    … …  
    3030DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int,  global_zoom_jbegin) 
    3131DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int,  global_zoom_nj) 
     32 
     33// Local zoom information 
     34DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int,  zoom_ibegin) 
     35DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int,  zoom_ni) 
     36DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int,  zoom_jbegin) 
     37DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(int,  zoom_nj) 
     38 
     39 
     40DECLARE_ARRAY_PRIVATE(int    ,   1 , zoom_i_index, false) 
     41DECLARE_ARRAY_PRIVATE(int    ,   1 , zoom_j_index, false) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/file_attribute.conf

    r1205 r1460  
    2525DECLARE_ENUM2(time_units, seconds, days) 
    2626DECLARE_ATTRIBUTE(int,       record_offset) 
    27 DECLARE_ATTRIBUTE(bool,       cyclic) 
     27DECLARE_ATTRIBUTE(bool,      cyclic) 
    2828 
    2929DECLARE_ATTRIBUTE(int,       compression_level) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/grid_attribute.conf

    r932 r1460  
    22DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, description) 
    33 
    4 DECLARE_ARRAY(bool, 1, mask_1d) 
    5 DECLARE_ARRAY(bool, 2, mask_2d) 
    6 DECLARE_ARRAY(bool, 3, mask_3d) 
    7 DECLARE_ARRAY(bool, 4, mask_4d) 
    8 DECLARE_ARRAY(bool, 5, mask_5d) 
    9 DECLARE_ARRAY(bool, 6, mask_6d) 
    10 DECLARE_ARRAY(bool, 7, mask_7d) 
     4DECLARE_ARRAY(bool, 1, mask_1d, false) 
     5DECLARE_ARRAY(bool, 2, mask_2d, false) 
     6DECLARE_ARRAY(bool, 3, mask_3d, false) 
     7DECLARE_ARRAY(bool, 4, mask_4d, false) 
     8DECLARE_ARRAY(bool, 5, mask_5d, false) 
     9DECLARE_ARRAY(bool, 6, mask_6d, false) 
     10DECLARE_ARRAY(bool, 7, mask_7d, false) 
    1111 
     12// Meaningless, only server for coherent purpose (for scalar grid) 
     13DECLARE_ARRAY(bool, 1, mask_0d, false) 
    1214 
    1315// An array contains order of axis and domains composing of the grid 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/interpolate_domain_attribute.conf

    r1114 r1460  
    33DECLARE_ATTRIBUTE(bool, renormalize) 
    44DECLARE_ATTRIBUTE(bool, quantity) 
     5DECLARE_ATTRIBUTE(bool, detect_missing_value) 
    56 
    67/* Write interpolation weights into file */ 
    … …  
    89DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, weight_filename) 
    910DECLARE_ATTRIBUTE(bool, write_weight) 
     11DECLARE_ENUM2(read_write_convention, c, fortran) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/node_type.conf

    r976 r1460  
    6767#endif //__XIOS_CReduceDomainToAxis__ 
    6868 
     69#ifdef __XIOS_CReduceAxisToAxis__ 
     70   DECLARE_NODE(ReduceAxisToAxis, reduce_axis_to_axis) 
     71#endif //__XIOS_CReduceAxisToAxis__ 
     72 
    6973#ifdef __XIOS_CExtractDomainToAxis__ 
    7074   DECLARE_NODE(ExtractDomainToAxis, extract_domain) 
    … …  
    8791#endif //__XIOS_CReduceDomainToScalar__ 
    8892 
     93#ifdef __XIOS_CTemporalSplitting__ 
     94   DECLARE_NODE(TemporalSplitting, temporal_splitting) 
     95#endif //__XIOS_CTemporalSplitting__ 
     96 
     97#ifdef __XIOS_CDuplicateScalarToAxis__ 
     98   DECLARE_NODE(DuplicateScalarToAxis, duplicate_scalar_to_axis) 
     99#endif //__XIOS_CDuplicateScalarToAxis__ 
     100 
     101#ifdef __XIOS_CReduceScalarToScalar__ 
     102   DECLARE_NODE(ReduceScalarToScalar, reduce_scalar_to_scalar) 
     103#endif //__XIOS_CReduceScalarToScalar_ 
     104 
     105#ifdef __XIOS_CReorderDomain__ 
     106   DECLARE_NODE(ReorderDomain, reorder_domain) 
     107#endif //__XIOS_CReduceScalarToScalar_ 
     108 
    89109#ifdef __XIOS_CContext__ 
    90110   DECLARE_NODE_PAR(Context, context) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/reduce_domain_to_axis_attribute.conf

    r980 r1460  
    33/* Direction to apply operation (i, j) */ 
    44DECLARE_ENUM2(direction,  iDir, jDir) 
     5DECLARE_ATTRIBUTE(bool, local) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/reduce_domain_to_scalar_attribute.conf

    r976 r1460  
    11DECLARE_ENUM4(operation, min, max, sum, average) 
     2DECLARE_ATTRIBUTE(bool, local) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/config/scalar_attribute.conf

    r1045 r1460  
    77/* LOCAL and GLOBAL*/ 
    88DECLARE_ATTRIBUTE(double, value) 
     9DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, bounds_name) 
     10DECLARE_ARRAY(double, 1 , bounds) 
    911 
    1012DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, scalar_ref) 
    1113DECLARE_ATTRIBUTE(int, prec) 
     14 
     15DECLARE_ENUM4(axis_type, X, Y, Z, T) 
     16DECLARE_ENUM2(positive, up, down) 
     17DECLARE_ATTRIBUTE(StdString, label) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/context_client.cpp

    r1356 r1460  
    1111#include "timer.hpp" 
    1212#include "cxios.hpp" 
     13#include "server.hpp" 
    1314using namespace ep_lib; 
    1415 
    … …  
    1920    \param [in] intraComm_ communicator of group client 
    2021    \param [in] interComm_ communicator of group server 
    21     \cxtSer [in] cxtSer Pointer to context of server side. (It is only used on case of attached mode) 
     22    \cxtSer [in] cxtSer Pointer to context of server side. (It is only used in case of attached mode). 
    2223    */ 
    2324    CContextClient::CContextClient(CContext* parent, MPI_Comm intraComm_, MPI_Comm interComm_, CContext* cxtSer) 
    … …  
    4041      else  MPI_Comm_size(interComm, &serverSize); 
    4142 
     43      computeLeader(clientRank, clientSize, serverSize, ranksServerLeader, ranksServerNotLeader); 
     44 
     45      timeLine = 0; 
     46    } 
     47 
     48    void CContextClient::computeLeader(int clientRank, int clientSize, int serverSize, 
     49                                       std::list<int>& rankRecvLeader, 
     50                                       std::list<int>& rankRecvNotLeader) 
     51    { 
     52      if ((0 == clientSize) || (0 == serverSize)) return; 
     53 
    4254      if (clientSize < serverSize) 
    4355      { 
    … …  
    5567 
    5668        for (int i = 0; i < serverByClient; i++) 
    57           ranksServerLeader.push_back(rankStart + i); 
    58  
    59         ranksServerNotLeader.resize(0); 
     69          rankRecvLeader.push_back(rankStart + i); 
     70 
     71        rankRecvNotLeader.resize(0); 
    6072      } 
    6173      else 
    … …  
    6779        { 
    6880          if (clientRank % (clientByServer + 1) == 0) 
    69             ranksServerLeader.push_back(clientRank / (clientByServer + 1)); 
     81            rankRecvLeader.push_back(clientRank / (clientByServer + 1)); 
    7082          else 
    71             ranksServerNotLeader.push_back(clientRank / (clientByServer + 1)); 
     83            rankRecvNotLeader.push_back(clientRank / (clientByServer + 1)); 
    7284        } 
    7385        else 
    … …  
    7587          int rank = clientRank - (clientByServer + 1) * remain; 
    7688          if (rank % clientByServer == 0) 
    77             ranksServerLeader.push_back(remain + rank / clientByServer); 
     89            rankRecvLeader.push_back(remain + rank / clientByServer); 
    7890          else 
    79             ranksServerNotLeader.push_back(remain + rank / clientByServer); 
    80         }         
    81       } 
    82  
    83       timeLine = 0; 
     91            rankRecvNotLeader.push_back(remain + rank / clientByServer); 
     92        } 
     93      } 
    8494    } 
    8595 
    … …  
    92102      list<int> ranks = event.getRanks(); 
    93103 
     104      if (CXios::checkEventSync) 
     105      { 
     106        int typeId, classId, typeId_in, classId_in, timeLine_out; 
     107        typeId_in=event.getTypeId() ; 
     108        classId_in=event.getClassId() ; 
     109        MPI_Allreduce(&timeLine,&timeLine_out, 1, MPI_UINT64_T, MPI_SUM, intraComm) ; 
     110        MPI_Allreduce(&typeId_in,&typeId, 1, MPI_INT, MPI_SUM, intraComm) ; 
     111        MPI_Allreduce(&classId_in,&classId, 1, MPI_INT, MPI_SUM, intraComm) ; 
     112        if (typeId/clientSize!=event.getTypeId() || classId/clientSize!=event.getClassId() || timeLine_out/clientSize!=timeLine) 
     113        { 
     114           ERROR("void CContextClient::sendEvent(CEventClient& event)", 
     115               << "Event are not coherent between client."); 
     116        } 
     117      } 
     118 
    94119      if (!event.isEmpty()) 
    95120      { 
    96121        list<int> sizes = event.getSizes(); 
    97122 
    98         // We force the getBuffers call to be non-blocking on the servers 
     123        // We force the getBuffers call to be non-blocking on classical servers 
    99124        list<CBufferOut*> buffList; 
    100         bool couldBuffer = getBuffers(ranks, sizes, buffList, !CXios::isClient); 
     125        bool couldBuffer = getBuffers(ranks, sizes, buffList, (!CXios::isClient && (CServer::serverLevel == 0) )); 
     126//        bool couldBuffer = getBuffers(ranks, sizes, buffList, CXios::isServer ); 
    101127 
    102128        if (couldBuffer) 
    … …  
    119145          for (list<int>::const_iterator it = sizes.begin(); it != sizes.end(); it++) 
    120146            tmpBufferedEvent.buffers.push_back(new CBufferOut(*it)); 
    121  
     147          info(100)<<"DEBUG : temporaly event created : timeline "<<timeLine<<endl ; 
    122148          event.send(timeLine, tmpBufferedEvent.sizes, tmpBufferedEvent.buffers); 
    123149        } 
    … …  
    146172            (*itBuffer)->put((char*)(*it)->start(), (*it)->count()); 
    147173 
     174          info(100)<<"DEBUG : temporaly event sent "<<endl ; 
    148175          checkBuffers(tmpBufferedEvent.ranks); 
    149176 
    … …  
    187214     * \return whether the already allocated buffers could be used 
    188215    */ 
    189     bool CContextClient::getBuffers(const list<int>& serverList, const list<int>& sizeList, list<CBufferOut*>& retBuffers, bool nonBlocking /*= false*/) 
     216    bool CContextClient::getBuffers(const list<int>& serverList, const list<int>& sizeList, list<CBufferOut*>& retBuffers, 
     217                                    bool nonBlocking /*= false*/) 
    190218    { 
    191219      list<int>::const_iterator itServer, itSize; 
    … …  
    216244        { 
    217245          checkBuffers(); 
    218           context->server->listen(); 
     246          if (CServer::serverLevel == 0) 
     247            context->server->listen(); 
     248 
     249          else if (CServer::serverLevel == 1) 
     250          { 
     251            context->server->listen(); 
     252            for (int i = 0; i < context->serverPrimServer.size(); ++i) 
     253              context->serverPrimServer[i]->listen(); 
     254            CServer::contextEventLoop(false) ; // avoid dead-lock at finalize... 
     255          } 
     256 
     257          else if (CServer::serverLevel == 2) 
     258            context->server->listen(); 
     259 
    219260        } 
    220261      } while (!areBuffersFree && !nonBlocking); 
     262 
    221263      CTimer::get("Blocking time").suspend(); 
    222264 
    … …  
    257299      map<int,CClientBuffer*>::iterator itBuff; 
    258300      bool pending = false; 
    259       for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) pending |= itBuff->second->checkBuffer(); 
     301      for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) 
     302        pending |= itBuff->second->checkBuffer(); 
    260303      return pending; 
    261304   } 
    262305 
    263306   //! Release all buffers 
    264    void CContextClient::releaseBuffers(void) 
     307   void CContextClient::releaseBuffers() 
    265308   { 
    266309      map<int,CClientBuffer*>::iterator itBuff; 
    267       for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) delete itBuff->second; 
     310      for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) 
     311      { 
     312          delete itBuff->second; 
     313      } 
     314      buffers.clear(); 
    268315   } 
    269316 
    … …  
    362409 
    363410   /*! 
    364    Finalize context client and do some reports 
    365    */ 
    366    void CContextClient::finalize(void) 
    367    { 
    368      map<int,CClientBuffer*>::iterator itBuff; 
    369      bool stop = false; 
    370  
    371      CTimer::get("Blocking time").resume(); 
    372      while (hasTemporarilyBufferedEvent()) 
    373      { 
    374        checkBuffers(); 
    375        sendTemporarilyBufferedEvent(); 
    376      } 
    377      CTimer::get("Blocking time").suspend(); 
    378  
    379      CEventClient event(CContext::GetType(), CContext::EVENT_ID_CONTEXT_FINALIZE); 
    380      if (isServerLeader()) 
    381      { 
    382        CMessage msg; 
    383        const std::list<int>& ranks = getRanksServerLeader(); 
    384        for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
    385          event.push(*itRank, 1, msg); 
    386        sendEvent(event); 
    387      } 
    388      else sendEvent(event); 
    389  
    390      CTimer::get("Blocking time").resume(); 
    391      while (!stop) 
    392      { 
    393        checkBuffers(); 
    394        if (hasTemporarilyBufferedEvent()) 
    395          sendTemporarilyBufferedEvent(); 
    396  
    397        stop = true; 
    398        for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) stop &= !itBuff->second->hasPendingRequest(); 
    399      } 
    400      CTimer::get("Blocking time").suspend(); 
    401  
    402      std::map<int,StdSize>::const_iterator itbMap = mapBufferSize_.begin(), 
    403                                            iteMap = mapBufferSize_.end(), itMap; 
    404      StdSize totalBuf = 0; 
    405      for (itMap = itbMap; itMap != iteMap; ++itMap) 
    406      { 
    407        //report(10) << " Memory report : Context <" << context->getId() << "> : client side : memory used for buffer of each connection to server" << endl 
    408        //           << "  +) To server with rank " << itMap->first << " : " << itMap->second << " bytes " << endl; 
    409        totalBuf += itMap->second; 
    410      } 
    411      //report(0) << " Memory report : Context <" << context->getId() << "> : client side : total memory used for buffer " << totalBuf << " bytes" << endl; 
    412  
    413      releaseBuffers(); 
    414    } 
     411   * Finalize context client and do some reports. Function is non-blocking. 
     412   */ 
     413  void CContextClient::finalize(void) 
     414  { 
     415    map<int,CClientBuffer*>::iterator itBuff; 
     416    bool stop = false; 
     417 
     418    CTimer::get("Blocking time").resume(); 
     419    while (hasTemporarilyBufferedEvent()) 
     420    { 
     421      checkBuffers(); 
     422      sendTemporarilyBufferedEvent(); 
     423    } 
     424    CTimer::get("Blocking time").suspend(); 
     425 
     426    CEventClient event(CContext::GetType(), CContext::EVENT_ID_CONTEXT_FINALIZE); 
     427    if (isServerLeader()) 
     428    { 
     429      CMessage msg; 
     430      const std::list<int>& ranks = getRanksServerLeader(); 
     431      for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
     432      { 
     433        #pragma omp critical (_output) 
     434        info(100)<<"DEBUG : Sent context Finalize event to rank "<<*itRank<<endl ; 
     435        event.push(*itRank, 1, msg); 
     436      } 
     437      sendEvent(event); 
     438    } 
     439    else sendEvent(event); 
     440 
     441    CTimer::get("Blocking time").resume(); 
     442//    while (!stop) 
     443    { 
     444      checkBuffers(); 
     445      if (hasTemporarilyBufferedEvent()) 
     446        sendTemporarilyBufferedEvent(); 
     447 
     448      stop = true; 
     449//      for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) stop &= !itBuff->second->hasPendingRequest(); 
     450    } 
     451    CTimer::get("Blocking time").suspend(); 
     452 
     453    std::map<int,StdSize>::const_iterator itbMap = mapBufferSize_.begin(), 
     454                                          iteMap = mapBufferSize_.end(), itMap; 
     455 
     456    StdSize totalBuf = 0; 
     457    for (itMap = itbMap; itMap != iteMap; ++itMap) 
     458    { 
     459      #pragma omp critical (_output) 
     460      report(10) << " Memory report : Context <" << context->getId() << "> : client side : memory used for buffer of each connection to server" << endl 
     461                 << "  +) To server with rank " << itMap->first << " : " << itMap->second << " bytes " << endl; 
     462      totalBuf += itMap->second; 
     463    } 
     464    #pragma omp critical (_output) 
     465    report(0) << " Memory report : Context <" << context->getId() << "> : client side : total memory used for buffer " << totalBuf << " bytes" << endl; 
     466 
     467    //releaseBuffers(); // moved to CContext::finalize() 
     468  } 
     469 
     470 
     471  /*! 
     472  */ 
     473  bool CContextClient::havePendingRequests(void) 
     474  { 
     475    bool pending = false; 
     476    map<int,CClientBuffer*>::iterator itBuff; 
     477    for (itBuff = buffers.begin(); itBuff != buffers.end(); itBuff++) 
     478      pending |= itBuff->second->hasPendingRequest(); 
     479    return pending; 
     480  } 
     481 
     482 
    415483} 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/context_client.hpp

    r1205 r1460  
    4040      bool checkBuffers(void); 
    4141      void releaseBuffers(void); 
     42      bool havePendingRequests(void); 
    4243 
    4344      bool isServerLeader(void) const; 
    … …  
    4748 
    4849      bool isAttachedModeEnabled() const; 
    49  
    5050      bool hasTemporarilyBufferedEvent() const { return !tmpBufferedEvent.isEmpty(); }; 
    5151 
     52      static void computeLeader(int clientRank, int clientSize, int serverSize, 
     53                                std::list<int>& rankRecvLeader, 
     54                                std::list<int>& rankRecvNotLeader); 
     55 
    5256      // Close and finalize context client 
    53       void closeContext(void); 
     57//      void closeContext(void);  Never been implemented. 
    5458      void finalize(void); 
    5559 
    … …  
    106110      std::list<int> ranksServerNotLeader; 
    107111 
    108     public: // Some function should be removed in the future 
    109       //    void registerEvent(CEventClient& event); 
    110 //    list<CBufferOut*> newEvent(CEventClient& event,list<int>& sizes); 
    111 //    bool locked; 
    112 //    set<int> connectedServer; 
    113  
    114112  }; 
    115113} 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/context_server.cpp

    r1342 r1460  
    2929    MPI_Comm_size(intraComm,&intraCommSize); 
    3030    MPI_Comm_rank(intraComm,&intraCommRank); 
     31 
    3132    interComm=interComm_; 
    3233    int flag; 
    … …  
    3435    if (flag) MPI_Comm_remote_size(interComm,&commSize); 
    3536    else  MPI_Comm_size(interComm,&commSize); 
     37 
    3638    currentTimeLine=0; 
    3739    scheduled=false; 
    3840    finished=false; 
    39  
    4041    boost::hash<string> hashString; 
    41     hashId=hashString(context->getId()); 
    42  
    43   } 
     42    if (CServer::serverLevel == 1) 
     43      hashId=hashString(context->getId() + boost::lexical_cast<string>(context->clientPrimServer.size())); 
     44    else 
     45      hashId=hashString(context->getId()); 
     46  } 
     47 
    4448  void CContextServer::setPendingEvent(void) 
    4549  { 
    … …  
    142146  } 
    143147 
     148 
    144149  void CContextServer::checkPendingRequest(void) 
    145150  { 
    … …  
    182187    map<size_t,CEventServer*>::iterator it; 
    183188 
     189    CTimer::get("Process request").resume(); 
    184190    while(count>0) 
    185191    { 
    … …  
    195201      count=buffer.remain(); 
    196202    } 
    197  
     203    CTimer::get("Process request").suspend(); 
    198204  } 
    199205 
    … …  
    241247  } 
    242248 
    243  
    244249  void CContextServer::dispatchEvent(CEventServer& event) 
    245250  { 
    … …  
    249254    int rank; 
    250255    list<CEventServer::SSubEvent>::iterator it; 
    251     CContext::setCurrent(context->getId()); 
     256    StdString ctxId = context->getId(); 
     257    CContext::setCurrent(ctxId); 
     258    StdSize totalBuf = 0; 
    252259 
    253260    if (event.classId==CContext::GetType() && event.type==CContext::EVENT_ID_CONTEXT_FINALIZE) 
    … …  
    255262      finished=true; 
    256263      #pragma omp critical (_output) 
    257       info(20)<<"Server Side context <"<<context->getId()<<"> finalized"<<endl; 
     264      info(20)<<" CContextServer: Receive context <"<<context->getId()<<"> finalize."<<endl; 
     265      context->finalize(); 
    258266      std::map<int, StdSize>::const_iterator itbMap = mapBufferSize_.begin(), 
    259                                              iteMap = mapBufferSize_.end(), itMap; 
    260       StdSize totalBuf = 0; 
     267                           iteMap = mapBufferSize_.end(), itMap; 
    261268      for (itMap = itbMap; itMap != iteMap; ++itMap) 
    262269      { 
    263         //report(10)<< " Memory report : Context <"<<context->getId()<<"> : server side : memory used for buffer of each connection to client" << endl 
    264         //          << "  +) With client of rank " << itMap->first << " : " << itMap->second << " bytes " << endl; 
     270        rank = itMap->first; 
     271        #pragma omp critical (_output) 
     272        report(10)<< " Memory report : Context <"<<ctxId<<"> : server side : memory used for buffer of each connection to client" << endl 
     273            << "  +) With client of rank " << rank << " : " << itMap->second << " bytes " << endl; 
    265274        totalBuf += itMap->second; 
    266275      } 
    267       context->finalize(); 
    268       //report(0)<< " Memory report : Context <"<<context->getId()<<"> : server side : total memory used for buffer "<<totalBuf<<" bytes"<<endl; 
     276      #pragma omp critical (_output) 
     277      report(0)<< " Memory report : Context <"<<ctxId<<"> : server side : total memory used for buffer "<<totalBuf<<" bytes"<<endl; 
    269278    } 
    270279    else if (event.classId==CContext::GetType()) CContext::dispatchEvent(event); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/context_server.hpp

    r1328 r1460  
    2121    void processRequest(int rank, char* buff,int count) ; 
    2222    void processEvents(void) ; 
     23    bool hasFinished(void); 
    2324    void dispatchEvent(CEventServer& event) ; 
    2425    void setPendingEvent(void) ; 
    2526    bool hasPendingEvent(void) ; 
    26     bool hasFinished(void); 
    2727 
    2828    ep_lib::MPI_Comm intraComm ; 
    … …  
    4545    bool scheduled  ;    /*!< event of current timeline is alreading scheduled ? */ 
    4646    size_t hashId ; 
     47 
    4748    ~CContextServer() ; 
    4849 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/cxios.cpp

    r1355 r1460  
    1919  const string CXios::clientFile="./xios_client"; 
    2020  const string CXios::serverFile="./xios_server"; 
     21  const string CXios::serverPrmFile="./xios_server1"; 
     22  const string CXios::serverSndFile="./xios_server2"; 
    2123 
    2224  bool CXios::isClient ; 
    … …  
    2527  bool CXios::usingOasis ; 
    2628  bool CXios::usingServer = false; 
     29  bool CXios::usingServer2 = false; 
     30  int CXios::ratioServer2 = 50; 
     31  int CXios::nbPoolsServer2 = 1; 
    2732  double CXios::bufferSizeFactor = 1.0; 
    2833  const double CXios::defaultBufferSizeFactor = 1.0; 
    2934  StdSize CXios::minBufferSize = 1024 * sizeof(double); 
     35  StdSize CXios::maxBufferSize = std::numeric_limits<int>::max() ; 
    3036  bool CXios::printLogs2Files; 
    3137  bool CXios::isOptPerformance = true; 
    3238  CRegistry* CXios::globalRegistry = 0; 
    33   double CXios::recvFieldTimeout = 10.0; 
    34  
     39  double CXios::recvFieldTimeout = 300.0; 
     40  bool CXios::checkEventSync=false ; 
     41  
    3542  //! Parse configuration file and create some objects from it 
    3643  void CXios::initialize() 
    … …  
    5764    usingOasis=getin<bool>("using_oasis",false) ; 
    5865    usingServer=getin<bool>("using_server",false) ; 
     66    usingServer2=getin<bool>("using_server2",false) ; 
     67    ratioServer2=getin<int>("ratio_server2",50); 
     68    nbPoolsServer2=getin<int>("number_pools_server2",1); 
    5969    info.setLevel(getin<int>("info_level",0)) ; 
    6070    report.setLevel(getin<int>("info_level",50)); 
    … …  
    7383    bufferSizeFactor = getin<double>("buffer_size_factor", defaultBufferSizeFactor); 
    7484    minBufferSize = getin<int>("min_buffer_size", 1024 * sizeof(double)); 
    75     recvFieldTimeout = getin<double>("recv_field_timeout", 10.0); 
     85    maxBufferSize = getin<int>("max_buffer_size", std::numeric_limits<int>::max()); 
     86    recvFieldTimeout = getin<double>("recv_field_timeout", recvFieldTimeout); 
    7687    if (recvFieldTimeout < 0.0) 
    7788      ERROR("CXios::parseXiosConfig()", "recv_field_timeout cannot be negative."); 
     89 
     90    checkEventSync = getin<bool>("check_event_sync", checkEventSync); 
    7891 
    7992    //globalComm=MPI_COMM_WORLD ; 
    … …  
    112125  { 
    113126    isClient = true; 
    114      
     127 
    115128    initialize() ; 
    116129 
    … …  
    179192    isClient = false; 
    180193    isServer = true; 
    181      
     194 
    182195    initServer(); 
    183196 
    184197    // Initialize all aspects MPI 
    185198    CServer::initialize(); 
    186     if (CServer::getRank()==0) globalRegistry = new CRegistry(CServer::intraComm) ; 
     199    if (CServer::getRank()==0 && CServer::serverLevel != 1) globalRegistry = new CRegistry(CServer::intraComm) ; 
    187200     
    188201    if (printLogs2Files) 
    189202    { 
    190       CServer::openInfoStream(serverFile); 
    191       CServer::openErrorStream(serverFile); 
     203      if (CServer::serverLevel == 0) 
     204      { 
     205        CServer::openInfoStream(serverFile); 
     206        CServer::openErrorStream(serverFile); 
     207      } 
     208      else if (CServer::serverLevel == 1) 
     209      { 
     210        CServer::openInfoStream(serverPrmFile); 
     211        CServer::openErrorStream(serverPrmFile); 
     212      } 
     213      else 
     214      { 
     215        CServer::openInfoStream(serverSndFile); 
     216        CServer::openErrorStream(serverSndFile); 
     217      } 
    192218    } 
    193219    else 
    … …  
    201227 
    202228    // Finalize 
    203      if (CServer::getRank()==0) 
    204      { 
    205        info(80)<<"Write data base Registry"<<endl<<globalRegistry->toString()<<endl ; 
    206        globalRegistry->toFile("xios_registry.bin") ; 
    207        delete globalRegistry ; 
    208      } 
     229    if (CServer::serverLevel == 0) 
     230    { 
     231      if (CServer::getRank()==0) 
     232      { 
     233        info(80)<<"Write data base Registry"<<endl<<globalRegistry->toString()<<endl ; 
     234        globalRegistry->toFile("xios_registry.bin") ; 
     235        delete globalRegistry ; 
     236      } 
     237    } 
     238    else 
     239    { 
     240      // If using two server levels: 
     241      // (1) merge registries on each pool 
     242      // (2) send merged registries to the first pool 
     243      // (3) merge received registries on the first pool 
     244      if (CServer::serverLevel == 2) 
     245      { 
     246        vector<int>& secondaryServerGlobalRanks = CServer::getSecondaryServerGlobalRanks(); 
     247        int firstPoolGlobalRank = secondaryServerGlobalRanks[0]; 
     248        int rankGlobal; 
     249        MPI_Comm_rank(globalComm, &rankGlobal); 
     250 
     251        // Merge registries defined on each pools 
     252        CRegistry globalRegistrySndServers (CServer::intraComm); 
     253 
     254        // All pools (except the first): send globalRegistry to the first pool 
     255        for (int i=1; i<secondaryServerGlobalRanks.size(); i++) 
     256        { 
     257          if (rankGlobal == secondaryServerGlobalRanks[i]) 
     258          { 
     259            globalRegistrySndServers.mergeRegistry(*globalRegistry) ; 
     260            int registrySize = globalRegistrySndServers.size(); 
     261            MPI_Send(&registrySize,1,MPI_LONG,firstPoolGlobalRank,15,CXios::globalComm) ; 
     262            CBufferOut buffer(registrySize) ; 
     263            globalRegistrySndServers.toBuffer(buffer) ; 
     264            MPI_Send(buffer.start(),registrySize,MPI_CHAR,firstPoolGlobalRank,15,CXios::globalComm) ; 
     265          } 
     266        } 
     267 
     268        // First pool: receive globalRegistry of all secondary server pools, merge and write the resultant registry 
     269        if (rankGlobal == firstPoolGlobalRank) 
     270        { 
     271          MPI_Status status; 
     272          char* recvBuff; 
     273 
     274          globalRegistrySndServers.mergeRegistry(*globalRegistry) ; 
     275 
     276          for (int i=1; i< secondaryServerGlobalRanks.size(); i++) 
     277          { 
     278            int rank = secondaryServerGlobalRanks[i]; 
     279            int registrySize = 0; 
     280            MPI_Recv(&registrySize, 1, MPI_LONG, rank, 15, CXios::globalComm, &status); 
     281            recvBuff = new char[registrySize]; 
     282            MPI_Recv(recvBuff, registrySize, MPI_CHAR, rank, 15, CXios::globalComm, &status); 
     283            CBufferIn buffer(recvBuff, registrySize) ; 
     284            CRegistry recvRegistry; 
     285            recvRegistry.fromBuffer(buffer) ; 
     286            globalRegistrySndServers.mergeRegistry(recvRegistry) ; 
     287            delete[] recvBuff; 
     288          } 
     289 
     290          info(80)<<"Write data base Registry"<<endl<<globalRegistrySndServers.toString()<<endl ; 
     291          globalRegistrySndServers.toFile("xios_registry.bin") ; 
     292 
     293        } 
     294      } 
     295      delete globalRegistry; 
     296    } 
    209297    CServer::finalize(); 
    210298 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/cxios.hpp

    r1331 r1460  
    2727 
    2828    public: 
    29       static const string rootFile ; //!< Configuration filename 
    30       static const string xiosCodeId ; //!< Identity for XIOS 
    31       static const string clientFile; //!< Filename template for client 
    32       static const string serverFile; //!< Filename template for server 
    33       //#pragma omp threadprivate(rootFile, xiosCodeId, clientFile, serverFile) 
     29     static const string rootFile ; //!< Configuration filename 
     30     static const string xiosCodeId ; //!< Identity for XIOS 
     31     static const string clientFile;        //!< Filename template for client 
     32     static const string serverFile;        //!< Filename template for server 
     33     static const string serverPrmFile;  //!< Filename template for primary server in case of two server levels 
     34     static const string serverSndFile;  //!< Filename template for secondary server in case of two server levels 
    3435 
    35       static bool isClient ; //!< Check if xios is client 
    36       #pragma omp threadprivate(isClient) 
    37       static bool isServer ; //!< Check if xios is server 
    38       #pragma omp threadprivate(isServer) 
     36     static bool isClient ; //!< Check if xios is client 
     37     #pragma omp threadprivate(isClient) 
     38     static bool isServer ; //!< Check if xios is server 
     39     #pragma omp threadprivate(isServer) 
    3940 
    40       static ep_lib::MPI_Comm globalComm ; //!< Global communicator 
    41       #pragma omp threadprivate(globalComm) 
     41     static ep_lib::MPI_Comm globalComm ; //!< Global communicator 
     42     #pragma omp threadprivate(globalComm) 
    4243 
    43       static bool printLogs2Files; //!< Printing out logs into files 
    44       #pragma omp threadprivate(printLogs2Files) 
    45       static bool usingOasis ; //!< Using Oasis 
    46       #pragma omp threadprivate(usingOasis) 
    47       static bool usingServer ; //!< Using server (server mode) 
    48       #pragma omp threadprivate(usingServer) 
    49       static double bufferSizeFactor; //!< Factor used to tune the buffer size 
    50       #pragma omp threadprivate(bufferSizeFactor) 
    51       static const double defaultBufferSizeFactor; //!< Default factor value 
    52       static StdSize minBufferSize; //!< Minimum buffer size 
    53       #pragma omp threadprivate(minBufferSize) 
    54       static bool isOptPerformance; //!< Check if buffer size is for performance (as large as possible) 
    55       #pragma omp threadprivate(isOptPerformance) 
    56       static CRegistry* globalRegistry ; //!< global registry which is wrote by the root process of the servers 
    57       #pragma omp threadprivate(globalRegistry) 
    58       static double recvFieldTimeout; //!< Time to wait for data before issuing an error when receiving a field 
    59       #pragma omp threadprivate(recvFieldTimeout) 
     44     static bool printLogs2Files; //!< Printing out logs into files 
     45     #pragma omp threadprivate(printLogs2Files) 
     46     static bool usingOasis ;     //!< Using Oasis 
     47     #pragma omp threadprivate(usingOasis) 
     48     static bool usingServer ;    //!< Using server (server mode) 
     49     #pragma omp threadprivate(usingServer) 
     50     static bool usingServer2 ;   //!< Using secondary server (server mode). IMPORTANT: Use this variable ONLY in CServer::initialize(). 
     51     #pragma omp threadprivate(usingServer2) 
     52     static int ratioServer2 ;    //!< Percentage of server processors dedicated to secondary server 
     53     #pragma omp threadprivate(ratioServer2) 
     54     static int nbPoolsServer2 ;  //!< Number of pools created on the secondary server 
     55     #pragma omp threadprivate(nbPoolsServer2) 
     56     static double bufferSizeFactor; //!< Factor used to tune the buffer size 
     57     #pragma omp threadprivate(bufferSizeFactor) 
     58     static const double defaultBufferSizeFactor; //!< Default factor value 
     59     static StdSize minBufferSize; //!< Minimum buffer size 
     60     #pragma omp threadprivate(minBufferSize) 
     61     static StdSize maxBufferSize; //!< Maximum buffer size 
     62     #pragma omp threadprivate(minBufferSize) 
     63     static bool isOptPerformance; //!< Check if buffer size is for performance (as large as possible) 
     64     #pragma omp threadprivate(isOptPerformance) 
     65     static CRegistry* globalRegistry ; //!< global registry which is wrote by the root process of the servers 
     66     #pragma omp threadprivate(globalRegistry) 
     67     static double recvFieldTimeout; //!< Time to wait for data before issuing an error when receiving a field 
     68     #pragma omp threadprivate(recvFieldTimeout) 
     69     static bool checkEventSync; //!< For debuuging, check if event are coherent and synchrone on client side 
    6070 
    6171    public: 
    62       //! Setting xios to use server mode 
    63       static void setUsingServer(); 
     72     //! Setting xios to use server mode 
     73     static void setUsingServer(); 
    6474 
    65       //! Setting xios NOT to use server mode 
    66       static void setNotUsingServer(); 
     75     //! Setting xios NOT to use server mode 
     76     static void setNotUsingServer(); 
    6777 
    68       //! Initialize server (if any) 
    69       static  void initServer(); 
     78     //! Initialize server (if any) 
     79     static  void initServer(); 
    7080 
    7181    private: 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/declare_attribute.hpp

    r778 r1460  
    33 
    44/// ///////////////////////////// Macros ///////////////////////////// /// 
    5 #define DECLARE_ATTRIBUTE(type, name)                             \ 
     5#define DECLARE_ATTRIBUTE(type, name, ...)                        \ 
    66   class name##_attr : public CAttributeTemplate<type>            \ 
    77   {                                                              \ 
    88      public :                                                    \ 
    9          name##_attr(void)                                          \ 
     9         name##_attr(void)                                        \ 
    1010            : CAttributeTemplate<type>                            \ 
    1111            (#name, *CAttributeMap::Current)                      \ 
    … …  
    1313         type operator=(const type & value)                       \ 
    1414         { return (CAttributeTemplate<type>::operator=(value)); } \ 
    15          virtual ~name##_attr(void)                                 \ 
     15         virtual bool doSend() const { return helper(__VA_ARGS__); }   \ 
     16         bool helper(bool returnTrue=true) const { return returnTrue; }   \ 
     17         virtual ~name##_attr(void)                               \ 
    1618         { /* Ne rien faire de plus */ }                          \ 
    1719   } name; 
    1820 
    19 #define DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(type, name)                    \ 
    20    class name##_attr : public CAttributeTemplate<type>           \ 
     21#define DECLARE_ATTRIBUTE_PRIVATE(type, name, ...)                \ 
     22   class name##_attr : public CAttributeTemplate<type>            \ 
    2123   {                                                              \ 
    2224      public :                                                    \ 
    23          name##_attr(void)                                          \ 
     25         name##_attr(void)                                        \ 
    2426            : CAttributeTemplate<type>                            \ 
    2527            (#name, *CAttributeMap::Current)                      \ 
    … …  
    2931         virtual bool isPublic() const                            \ 
    3032         { return false; }                                        \ 
     33         virtual bool doSend() const { return helper(__VA_ARGS__); }   \ 
     34         bool helper(bool returnTrue=true) const { return returnTrue; }   \ 
    3135         virtual ~name##_attr(void)                               \ 
    3236         { /* Ne rien faire de plus */ }                          \ 
    3337   } name; 
    3438 
    35 #define DECLARE_ARRAY(T_num, T_rank, name)                        \ 
     39#define DECLARE_ARRAY(T_num, T_rank, name, ...)                   \ 
    3640   class name##_attr : public CAttributeArray<T_num, T_rank>      \ 
    3741   {                                                              \ 
    … …  
    3943         using CAttributeArray<T_num, T_rank>::operator = ;       \ 
    4044         name##_attr(void) : CAttributeArray<T_num, T_rank> (#name, *CAttributeMap::Current) {} \ 
     45         virtual bool doSend() const { return helper(__VA_ARGS__); }   \ 
     46         bool helper(bool returnTrue=true) const { return returnTrue; }   \ 
    4147         virtual ~name##_attr(void) {}                            \ 
    4248   } name; 
    4349 
    44 #define DECLARE_ARRAY_PRIVATE(T_num, T_rank, name)                        \ 
     50#define DECLARE_ARRAY_PRIVATE(T_num, T_rank, name, ...)           \ 
    4551   class name##_attr : public CAttributeArray<T_num, T_rank>      \ 
    4652   {                                                              \ 
    … …  
    5056         virtual bool isPublic() const                            \ 
    5157         { return false; }                                        \ 
     58         virtual bool doSend() const { return helper(__VA_ARGS__); }   \ 
     59         bool helper(bool returnTrue=true) const { return returnTrue; }   \ 
    5260         virtual ~name##_attr(void) {}                            \ 
    5361   } name; 
    5462 
    55 #define DECLARE_CLASS_ENUM(name)                                   \ 
    56    class name##_attr : public CAttributeEnum<Enum_##name>          \ 
     63#define DECLARE_CLASS_ENUM(name, ...)                             \ 
     64   class name##_attr : public CAttributeEnum<Enum_##name>         \ 
    5765   {                                                              \ 
    5866      public :                                                    \ 
    5967         name##_attr(void) : CAttributeEnum<Enum_##name>(#name, *CAttributeMap::Current) { } \ 
    60          virtual ~name##_attr(void) {}                           \ 
     68         virtual bool doSend() const { return helper(__VA_ARGS__); }   \ 
     69         bool helper(bool returnTrue=true) const { return returnTrue; }   \ 
     70         virtual ~name##_attr(void) {}                            \ 
    6171   } name; 
    6272 
    … …  
    7181   DECLARE_CLASS_ENUM(name) 
    7282 
    73 #define DECLARE_ENUM3(name,arg1,arg2,arg3)                             \ 
     83#define DECLARE_ENUM3(name,arg1,arg2,arg3)                        \ 
    7484   class Enum_##name                                              \ 
    7585   {                                                              \ 
    7686     public:                                                      \ 
    77      enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3} ;                                \ 
     87     enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3} ;                          \ 
    7888     const char** getStr(void) const { static const char * enumStr[] = { #arg1, #arg2, #arg3 } ; return enumStr ; }   \ 
    7989     int getSize(void) const { return 3 ; }                       \ 
    … …  
    8191   DECLARE_CLASS_ENUM(name) 
    8292 
    83 #define DECLARE_ENUM4(name,arg1,arg2,arg3,arg4)                             \ 
     93#define DECLARE_ENUM4(name,arg1,arg2,arg3,arg4)                   \ 
    8494   class Enum_##name                                              \ 
    8595   {                                                              \ 
    8696     public:                                                      \ 
    87      enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4} ;                                \ 
     97     enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4} ;                     \ 
    8898     const char** getStr(void) const { static const char * enumStr[] = { #arg1, #arg2, #arg3,#arg4 } ; return enumStr ; }   \ 
    8999     int getSize(void) const { return 4 ; }                       \ 
    … …  
    91101   DECLARE_CLASS_ENUM(name) 
    92102 
    93 #define DECLARE_ENUM5(name,arg1,arg2,arg3,arg4,arg5)                             \ 
     103#define DECLARE_ENUM5(name,arg1,arg2,arg3,arg4,arg5)              \ 
    94104   class Enum_##name                                              \ 
    95105   {                                                              \ 
    96106     public:                                                      \ 
    97      enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5} ;                                \ 
     107     enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5} ;                \ 
    98108     const char** getStr(void) const { static const char * enumStr[] = { #arg1, #arg2, #arg3,#arg4,#arg5 } ; return enumStr ; }   \ 
    99109     int getSize(void) const { return 5 ; }                       \ 
    … …  
    101111   DECLARE_CLASS_ENUM(name) 
    102112 
    103 #define DECLARE_ENUM6(name,arg1,arg2,arg3,arg4,arg5,arg6)                             \ 
     113#define DECLARE_ENUM6(name,arg1,arg2,arg3,arg4,arg5,arg6)         \ 
    104114   class Enum_##name                                              \ 
    105115   {                                                              \ 
    106116     public:                                                      \ 
    107      enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5,arg6} ;                                \ 
     117     enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5,arg6} ;           \ 
    108118     const char** getStr(void) const { static const char * enumStr[] = { #arg1, #arg2, #arg3,#arg4,#arg5,#arg6 } ; return enumStr ; }   \ 
    109119     int getSize(void) const { return 6 ; }                       \ 
    … …  
    111121   DECLARE_CLASS_ENUM(name) 
    112122 
    113 #define DECLARE_ENUM7(name,arg1,arg2,arg3,arg4,arg5,arg6,arg7)                             \ 
     123#define DECLARE_ENUM7(name,arg1,arg2,arg3,arg4,arg5,arg6,arg7)    \ 
    114124   class Enum_##name                                              \ 
    115125   {                                                              \ 
    116126     public:                                                      \ 
    117      enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5,arg6,arg7} ;                                \ 
     127     enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5,arg6,arg7} ;      \ 
    118128     const char** getStr(void) const { static const char * enumStr[] = { #arg1, #arg2, #arg3,#arg4,#arg5,#arg6,#arg7 } ; return enumStr ; }   \ 
    119129     int getSize(void) const { return 7 ; }                       \ 
    … …  
    125135   {                                                              \ 
    126136     public:                                                      \ 
    127      enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5,arg6,arg7,arg8} ;                                \ 
     137     enum t_enum { arg1=0, arg2, arg3,arg4,arg5,arg6,arg7,arg8} ; \ 
    128138     const char** getStr(void) const { static const char * enumStr[] = { #arg1, #arg2, #arg3,#arg4,#arg5,#arg6,#arg7,#arg8 } ; return enumStr ; }   \ 
    129139     int getSize(void) const { return 8 ; }                       \ 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/declare_ref_func.hpp

    r996 r1460  
    5151    SuperClassAttribute::setAttributes(refer_ptr, apply);              \ 
    5252  }                                                                    \ 
    53   if (this->hasAttribute("name") && this->name.isEmpty()) \ 
     53  if (this->hasAttribute("name") && this->name.isEmpty())              \ 
    5454    this->name.setValue(this->get##type##OutputName());                \ 
    5555}                                                                      \ 
    … …  
    7171bool C##type::hasDirect##type##Reference(void) const                   \ 
    7272{                                                                      \ 
    73   return !this->name_##_ref.isEmpty();                                 \ 
     73  return (!this->name_##_ref.isEmpty() &&                              \ 
     74          C##type::has(this->name_##_ref));                            \ 
    7475}                                                                      \ 
    7576                                                                       \ 
    … …  
    8990}                                                                      \ 
    9091                                                                       \ 
    91 const StdString C##type::get##type##OutputName(void) const            \ 
     92const StdString C##type::get##type##OutputName(void) const             \ 
    9293{                                                                      \ 
    93   if (!this->name.isEmpty())                                           \ 
    94     return this->name;                                                 \ 
    95   else if (hasDirect##type##Reference())                               \ 
     94  if (!this->name.isEmpty())  return this->name;                       \ 
     95  else if (this->hasAutoGeneratedId() && hasDirect##type##Reference()) \ 
    9696  {                                                                    \ 
    9797    const C##type* refer_ptr = this, *tmp_ptr;                         \ 
    9898    StdString nameRef = this->name_##_ref;                             \ 
    99     std::set<const C##type*> tmpRefObjects;                                  \ 
     99    std::set<const C##type*> tmpRefObjects;                            \ 
    100100    while (refer_ptr->hasAutoGeneratedId() &&                          \ 
    101101          (C##type::has(nameRef)))                                     \ 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/distribution.cpp

    r887 r1460  
    1818} 
    1919 
     20const CArray<size_t,1>& CDistribution:: getGlobalIndex() const  
     21{  
     22  return globalIndex_;  
     23} 
     24 
    2025CDistribution::~CDistribution() 
    2126{ /* Nothing to do */ } 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/distribution.hpp

    r930 r1460  
    3535    int getDims() const; //! Get dimension size 
    3636    int getRank() const; //! Get rank of current process 
    37  
     37    const CArray<size_t,1>& getGlobalIndex() const; 
     38     
    3839  protected: 
    3940    virtual void createGlobalIndex() {}; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/distribution_client.cpp

    r932 r1460  
    1010 
    1111namespace xios { 
    12  
    13 CDistributionClient::CDistributionClient(int rank, int dims, const CArray<size_t,1>& globalIndex) 
    14    : CDistribution(rank, dims, globalIndex) 
    15    , axisDomainOrder_() 
    16    , nLocal_(), nGlob_(), nBeginLocal_(), nBeginGlobal_(),nZoomBegin_(), nZoomEnd_() 
    17    , dataNIndex_(), dataDims_(), dataBegin_(), dataIndex_(), domainMasks_(), axisMasks_() 
    18    , gridMask_(), indexMap_() 
    19    , isDataDistributed_(true), axisNum_(0), domainNum_(0) 
    20    , localDataIndex_(), localMaskIndex_() 
    21    , globalLocalDataSendToServerMap_() 
    22    , infoIndex_(), isComputed_(false) 
    23    , elementLocalIndex_(), elementGlobalIndex_(), elementIndexData_() 
    24    , elementZoomMask_(), elementNLocal_(), elementNGlobal_() 
    25 { 
    26 } 
    2712 
    2813CDistributionClient::CDistributionClient(int rank, CGrid* grid) 
    … …  
    4631{ /* Nothing to do */ } 
    4732 
     33void CDistributionClient::partialClear() 
     34{ 
     35  GlobalLocalMap void1 ; 
     36  GlobalLocalMap void2 ; 
     37  std::vector<int> void3 ; 
     38  std::vector<int> void4 ; 
     39 
     40  globalLocalDataSendToServerMap_.swap(void1) ; 
     41  globalDataIndex_.swap(void2) ; 
     42  localDataIndex_.swap(void3); 
     43  localMaskIndex_.swap(void4) ; 
     44} 
     45 
    4846/*! 
    4947  Read information of a grid to generate distribution. 
    … …  
    123121  for (int i = 0; i < domainNum_;++i) 
    124122  { 
    125     domainMasks_[i].resize(domList[i]->mask_1d.numElements()); 
    126     domainMasks_[i] = domList[i]->mask_1d; 
     123    domainMasks_[i].resize(domList[i]->domainMask.numElements()); 
     124    domainMasks_[i] = domList[i]->domainMask; 
    127125  } 
    128126 
    … …  
    197195      nBeginLocal_.at(indexMap_[idx]+1) = 0; 
    198196      nBeginGlobal_.at(indexMap_[idx]+1) = domList[domIndex]->jbegin; 
    199       nZoomBegin_.at((indexMap_[idx]+1)) = domList[domIndex]->global_zoom_jbegin; 
    200       nZoomEnd_.at((indexMap_[idx]+1))   = domList[domIndex]->global_zoom_jbegin + domList[domIndex]->global_zoom_nj-1; 
     197      nZoomBegin_.at((indexMap_[idx]+1)) = 0; //domList[domIndex]->global_zoom_jbegin; 
     198      nZoomEnd_.at((indexMap_[idx]+1))   = domList[domIndex]->nj_glo.getValue()- 1; //domList[domIndex]->global_zoom_jbegin + domList[domIndex]->global_zoom_nj-1; 
    201199 
    202200      dataBegin_.at(indexMap_[idx]+1) = domList[domIndex]->data_jbegin.getValue(); 
    … …  
    209207      nBeginLocal_.at(indexMap_[idx]) = 0; 
    210208      nBeginGlobal_.at(indexMap_[idx]) = domList[domIndex]->ibegin; 
    211       nZoomBegin_.at((indexMap_[idx])) = domList[domIndex]->global_zoom_ibegin; 
    212       nZoomEnd_.at((indexMap_[idx]))   = domList[domIndex]->global_zoom_ibegin + domList[domIndex]->global_zoom_ni-1; 
     209      nZoomBegin_.at((indexMap_[idx])) = 0; // domList[domIndex]->global_zoom_ibegin; 
     210      nZoomEnd_.at((indexMap_[idx]))   = domList[domIndex]->ni_glo.getValue() -1; //domList[domIndex]->global_zoom_ibegin + domList[domIndex]->global_zoom_ni-1; 
    213211 
    214212      dataBegin_.at(indexMap_[idx]) = domList[domIndex]->data_ibegin.getValue(); 
    … …  
    231229      nBeginLocal_.at(indexMap_[idx]) = 0; 
    232230      nBeginGlobal_.at(indexMap_[idx]) = axisList[axisIndex]->begin.getValue(); 
    233       nZoomBegin_.at((indexMap_[idx])) = axisList[axisIndex]->global_zoom_begin; 
    234       nZoomEnd_.at((indexMap_[idx])) = axisList[axisIndex]->global_zoom_begin + axisList[axisIndex]->global_zoom_n-1; 
     231      nZoomBegin_.at((indexMap_[idx])) = 0; //axisList[axisIndex]->global_zoom_begin; 
     232      nZoomEnd_.at((indexMap_[idx])) = axisList[axisIndex]->n_glo.getValue() - 1; //axisList[axisIndex]->global_zoom_begin + axisList[axisIndex]->global_zoom_n-1; 
    235233 
    236234      dataBegin_.at(indexMap_[idx]) = axisList[axisIndex]->data_begin.getValue(); 
    … …  
    493491  localDataIndex_.resize(indexLocalDataOnClientCount); 
    494492  localMaskIndex_.resize(indexSend2ServerCount); 
     493  localMaskedDataIndex_.resize(indexSend2ServerCount); 
     494  globalDataIndex_.rehash(std::ceil(indexLocalDataOnClientCount/globalDataIndex_.max_load_factor())); //globalLocalDataSendToServerMap_.reserve(indexSend2ServerCount); 
    495495  globalLocalDataSendToServerMap_.rehash(std::ceil(indexSend2ServerCount/globalLocalDataSendToServerMap_.max_load_factor())); //globalLocalDataSendToServerMap_.reserve(indexSend2ServerCount); 
    496496 
    … …  
    558558          if (gridMask_(gridMaskIndex)) 
    559559          { 
     560            size_t globalIndex = 0; 
     561            for (int k = 0; k < numElement_; ++k) 
     562            { 
     563              globalIndex += (currentGlobalIndex[k])*elementNGlobal_[k]; 
     564            } 
     565            globalDataIndex_[globalIndex] = indexLocalDataOnClientCount; 
    560566            localDataIndex_[indexLocalDataOnClientCount] = countLocalData; 
    561567            bool isIndexOnServer = true; 
    … …  
    567573            if (isIndexOnServer) 
    568574            { 
    569               size_t globalIndex = 0; 
    570               for (int k = 0; k < numElement_; ++k) 
    571               { 
    572                 globalIndex += (currentGlobalIndex[k])*elementNGlobal_[k]; 
    573               } 
    574575              globalLocalDataSendToServerMap_[globalIndex] = indexLocalDataOnClientCount; 
    575576              localMaskIndex_[indexSend2ServerCount] = gridMaskIndex; 
     577              localMaskedDataIndex_[indexSend2ServerCount] = indexLocalDataOnClientCount; 
    576578              ++indexSend2ServerCount; 
    577579            } 
    … …  
    642644} 
    643645 
     646CDistributionClient::GlobalLocalDataMap& CDistributionClient::getGlobalDataIndexOnClient() 
     647{ 
     648  if (!isComputed_) createGlobalIndexSendToServer(); 
     649  return globalDataIndex_; 
     650} 
     651 
    644652/*! 
    645653  Return local data index of client 
    … …  
    660668} 
    661669 
     670/*! 
     671  Return local mask index of client 
     672*/ 
     673const std::vector<int>& CDistributionClient::getLocalMaskedDataIndexOnClient() 
     674{ 
     675  if (!isComputed_) createGlobalIndexSendToServer(); 
     676  return localMaskedDataIndex_; 
     677} 
     678 
    662679} // namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/distribution_client.hpp

    r930 r1460  
    3333 
    3434  public: 
    35     /** Default constructor */ 
    36     CDistributionClient(int rank, int dims, const CArray<size_t,1>& globalIndex = CArray<size_t,1>()); 
     35    /** Default constructor */         
    3736    CDistributionClient(int rank, CGrid* grid); 
    3837 
    … …  
    4443    virtual const std::vector<int>& getLocalDataIndexOnClient(); 
    4544    GlobalLocalDataMap& getGlobalLocalDataSendToServer(); 
     45    GlobalLocalDataMap& getGlobalDataIndexOnClient(); 
    4646    const std::vector<int>& getLocalMaskIndexOnClient(); 
     47    const std::vector<int>& getLocalMaskedDataIndexOnClient(); 
    4748 
    4849    std::vector<int> getNGlob() { return nGlob_; } 
    … …  
    5556                                     const int& dataDim, const int& ni, int& j); 
    5657    static int getAxisIndex(const int& dataIndex, const int& dataBegin, const int& ni); 
     58 
     59    void partialClear(void) ;  //! clear heavy sized attibutes 
    5760 
    5861  protected: 
    … …  
    7982    //!< LocalData index on client 
    8083    GlobalLocalDataMap globalLocalDataSendToServerMap_; 
     84    GlobalLocalDataMap globalDataIndex_; 
    8185    std::vector<int> localDataIndex_; 
    8286    std::vector<int> localMaskIndex_; 
     87    std::vector<int> localMaskedDataIndex_; 
    8388 
    8489  private: 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/distribution_server.cpp

    r1205 r1460  
    1111 
    1212namespace xios { 
    13  
    14 CDistributionServer::CDistributionServer(int rank, int dims, const CArray<size_t,1>& globalIndex) 
    15   : CDistribution(rank, dims, globalIndex), nGlobal_(), nZoomSize_(), nZoomBegin_(), globalLocalIndexMap_() 
    16 { 
    17 } 
    18  
    19 CDistributionServer::CDistributionServer(int rank, const std::vector<int>& nZoomBegin, 
    20                                          const std::vector<int>& nZoomSize, const std::vector<int>& nGlobal) 
    21   : CDistribution(rank, nGlobal.size()), nGlobal_(nGlobal), nZoomSize_(nZoomSize), nZoomBegin_(nZoomBegin), globalLocalIndexMap_() 
    22 { 
    23   createGlobalIndex(); 
    24 } 
    2513 
    2614CDistributionServer::CDistributionServer(int rank, const std::vector<int>& nZoomBegin, 
    … …  
    3725                                        const std::vector<CArray<int,1> >& globalIndexElements, 
    3826                                        const CArray<int,1>& elementOrder, 
    39                                         const std::vector<int>& nZoomBeginServer, 
    40                                         const std::vector<int>& nZoomSizeServer, 
     27                                        const std::vector<int>& nZoomBegin, 
     28                                        const std::vector<int>& nZoomSize, 
    4129                                        const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal, 
    4230                                        const std::vector<int>& nGlobal) 
    4331  : CDistribution(rank, nGlobal.size()), nGlobal_(nGlobal), nZoomBeginGlobal_(nZoomBeginGlobal), 
    44     nZoomSize_(nZoomSizeServer), nZoomBegin_(nZoomBeginServer), globalLocalIndexMap_() 
     32    nZoomSize_(nZoomSize), nZoomBegin_(nZoomBegin), globalLocalIndexMap_() 
    4533{ 
    4634  createGlobalIndex(globalIndexElements, elementOrder); 
    … …  
    184172/*! 
    185173  Compute local index for writing data on server 
    186   \param [in] globalIndex global index received from client 
    187   \return local index of written data 
    188 */ 
    189 CArray<size_t,1> CDistributionServer::computeLocalIndex(const CArray<size_t,1>& globalIndex) 
    190 { 
    191   int ssize = globalIndex.numElements(); 
    192   CArray<size_t,1> localIndex(ssize); 
     174  \param [in] globalIndex Global index received from client 
     175*/ 
     176void CDistributionServer::computeLocalIndex(CArray<size_t,1>& globalIndex) 
     177{ 
     178  size_t ssize = globalIndex.numElements(); 
     179  size_t localIndexSize = std::min(globalIndex_.numElements(), ssize); 
     180  CArray<size_t,1> localIndex(localIndexSize); 
    193181  GlobalLocalMap::const_iterator ite = globalLocalIndexMap_.end(), it; 
    194   for (int idx = 0; idx < ssize; ++idx) 
     182  int i = 0; 
     183  for (size_t idx = 0; idx < ssize; ++idx) 
    195184  { 
    196185    it = globalLocalIndexMap_.find(globalIndex(idx)); 
    197186    if (ite != it) 
    198       localIndex(idx) = it->second; 
    199   } 
    200  
    201   return localIndex; 
    202 } 
    203  
    204 /*! 
    205   Compute local index for writing data on server 
    206   \param [in] globalIndex Global index received from client 
    207 */ 
    208 void CDistributionServer::computeLocalIndex(CArray<size_t,1>& globalIndex) 
    209 { 
    210   int ssize = globalIndex.numElements(); 
    211   CArray<size_t,1> localIndex(ssize); 
    212   GlobalLocalMap::const_iterator ite = globalLocalIndexMap_.end(), it; 
    213   for (int idx = 0; idx < ssize; ++idx) 
    214   { 
    215     it = globalLocalIndexMap_.find(globalIndex(idx)); 
    216     if (ite != it) 
    217       localIndex(idx) = it->second; 
     187    { 
     188      localIndex(i) = it->second; 
     189      ++i; 
     190    } 
    218191  } 
    219192 
    … …  
    234207} 
    235208 
     209/*! 
     210  Get the size of grid index in server (e.x: sizeGrid *= size of each dimensiion) 
     211*/ 
     212int CDistributionServer::getGridSize() const 
     213{ 
     214   return globalLocalIndexMap_.size(); 
     215} 
    236216 
    237217const std::vector<int>& CDistributionServer::getZoomBeginGlobal() const 
    … …  
    249229  return nZoomSize_; 
    250230} 
     231 
     232void CDistributionServer::partialClear(void) 
     233{ 
     234  GlobalLocalMap void1 ; 
     235  globalLocalIndexMap_.swap(void1) ; 
     236} 
     237   
    251238} // namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/distribution_server.hpp

    r1205 r1460  
    4545    const std::vector<int>& getZoomBeginServer() const; 
    4646    const std::vector<int>& getZoomSizeServer() const; 
    47  
    48     virtual CArray<size_t,1> computeLocalIndex(const CArray<size_t,1>& globalIndex); 
     47    const GlobalLocalMap& getGlobalLocalIndex() const { return globalLocalIndexMap_; }     
     48    int getGridSize() const; 
     49     
    4950    virtual void computeLocalIndex(CArray<size_t,1>& globalIndex); 
    5051    virtual void computeGlobalIndex(CArray<int,1>& indexes) const; 
     52    virtual void partialClear(void); //! clear heavy sized attibutes 
    5153 
    5254  protected: 
    … …  
    5456    void createGlobalIndex(const std::vector<CArray<int,1> >& globalIndexElements, 
    5557                           const CArray<int,1>& elementOrder); 
    56  
     58     
    5759  protected: 
    5860    GlobalLocalMap globalLocalIndexMap_; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/event_client.cpp

    r814 r1460  
    55#include "type.hpp" 
    66#include "mpi.hpp" 
     7#include "cxios.hpp" 
    78 
    89namespace xios 
    … …  
    4950     std::list<CMessage*>::iterator itMsg = messages.begin(); 
    5051 
     52     if (CXios::checkEventSync) 
     53     { 
     54       #pragma omp critical(_output) 
     55       info(100)<<"Send event "<<timeLine<<" classId : "<<classId<<"  typeId : "<<typeId<<endl ; 
     56     } 
    5157     for (; itBuff != buffers.end(); ++itBuff, ++itSizes, ++itSenders, ++itMsg) 
    5258     { 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/event_client.hpp

    r731 r1460  
    2121      std::list<int> getRanks(void); 
    2222      std::list<int> getSizes(void); 
    23  
     23      int getClassId(void) { return classId; } 
     24      int getTypeId(void) { return typeId; } 
     25       
    2426    private: 
    2527      int classId; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/event_scheduler.cpp

    r1365 r1460  
    22#include "xios_spl.hpp" 
    33#include "mpi.hpp" 
     4#include "tracer.hpp" 
    45 
    56using namespace ep_lib; 
    … …  
    8283  { 
    8384        
     85    traceOff() ; 
    8486    SPendingRequest* sentRequest=new SPendingRequest ; 
    8587    sentRequest->buffer[0]=timeLine ; 
    … …  
    8991    pendingSentParentRequest.push(sentRequest) ; 
    9092    MPI_Isend(sentRequest->buffer,3, MPI_UNSIGNED_LONG, parent[lev], 0, communicator, &sentRequest->request) ; 
     93    traceOn() ; 
    9194  }  
    9295 
    … …  
    104107  void CEventScheduler::checkEvent(void) 
    105108  { 
     109    traceOff() ; 
    106110    checkChildRequest() ; 
    107111    checkParentRequest() ; 
    108      
    109   } 
    110    
    111    
     112    traceOn() ; 
     113     
     114  } 
    112115   
    113116  void CEventScheduler::checkParentRequest(void) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/file_writer_filter.cpp

    r1328 r1460  
    3737  } 
    3838 
     39  bool CFileWriterFilter::mustAutoTrigger() const 
     40  { 
     41    return true; 
     42  } 
     43 
    3944  bool CFileWriterFilter::isDataExpected(const CDate& date) const 
    4045  { 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/file_writer_filter.hpp

    r1119 r1460  
    2424 
    2525      /*! 
     26       * Tests if the filter must auto-trigger. 
     27       * 
     28       * \return true if the filter must auto-trigger 
     29       */ 
     30      bool virtual mustAutoTrigger() const; 
     31 
     32      /*! 
    2633       * Tests whether data is expected for the specified date. 
    2734       * 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/filter.cpp

    r1119 r1460  
    4141  } 
    4242 
     43  bool CFilter::mustAutoTrigger() const 
     44  { 
     45    return COutputPin::mustAutoTrigger(); 
     46  } 
     47 
    4348  bool CFilter::isDataExpected(const CDate& date) const 
    4449  { 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/filter.hpp

    r1119 r1460  
    4949 
    5050      /*! 
     51       * Tests if the filter must auto-trigger. 
     52       * 
     53       * \return true if the filter must auto-trigger 
     54       */ 
     55      bool virtual mustAutoTrigger() const; 
     56 
     57      /*! 
    5158       * Tests whether data is expected for the specified date. 
    5259       * 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/input_pin.hpp

    r1119 r1460  
    6060 
    6161      /*! 
     62       * Tests if the pin must auto-trigger. 
     63       * 
     64       * \return true if the pin must auto-trigger 
     65       */ 
     66      bool virtual mustAutoTrigger() const = 0; 
     67 
     68      /*! 
    6269       * Tests whether data is expected for the specified date. 
    6370       * 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/output_pin.cpp

    r1119 r1460  
    6666  } 
    6767 
     68  bool COutputPin::mustAutoTrigger() const 
     69  { 
     70    std::vector<std::pair<boost::shared_ptr<CInputPin>, size_t> >::const_iterator it, itEnd; 
     71    for (it = outputs.begin(), itEnd = outputs.end(); it != itEnd; ++it) 
     72    { 
     73      if (it->first->mustAutoTrigger()) 
     74        return true; 
     75    } 
     76 
     77    return false; 
     78  } 
     79 
    6880  void COutputPin::setOutputTriggers() 
    6981  { 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/output_pin.hpp

    r1119 r1460  
    4444       */ 
    4545      bool virtual canBeTriggered() const; 
     46 
     47      /*! 
     48       * Tests if the pin must auto-trigger. 
     49       * 
     50       * \return true if the pin must auto-trigger 
     51       */ 
     52      bool virtual mustAutoTrigger() const; 
    4653 
    4754      /*! 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/source_filter.cpp

    r1328 r1460  
    77namespace xios 
    88{ 
    9   CSourceFilter::CSourceFilter(CGarbageCollector& gc, CGrid* grid, 
     9  CSourceFilter::CSourceFilter(CGarbageCollector& gc, CGrid* grid, bool compression,  
    1010                               const CDuration offset /*= NoneDu*/, bool manualTrigger /*= false*/, 
    1111                               bool hasMissingValue /*= false*/, 
    … …  
    1313    : COutputPin(gc, manualTrigger) 
    1414    , grid(grid) 
     15    , compression(compression) 
    1516    , offset(offset) 
    1617    , hasMissingValue(hasMissingValue), defaultValue(defaultValue) 
    … …  
    3132    packet->status = CDataPacket::NO_ERROR; 
    3233 
    33     packet->data.resize(grid->storeIndex_client.numElements()); 
    34     grid->inputField(data, packet->data); 
     34    packet->data.resize(grid->storeIndex_client.numElements());     
     35     
     36    if (compression) 
     37    { 
     38      packet->data = defaultValue; 
     39      grid->uncompressField(data, packet->data);     
     40    } 
     41    else 
     42      grid->inputField(data, packet->data); 
    3543 
     44     
     45     
     46    // if (compression) grid->inputField(data, packet->data) ; 
     47    // else 
     48    // { 
     49    //   // just make a flat copy 
     50    //   CArray<double, N> data_tmp(data.copy()) ; // supress const attribute 
     51    //   CArray<double,1> dataTmp2(data_tmp.dataFirst(),shape(data.numElements()),neverDeleteData) ; 
     52    //   packet->data = dataTmp2 ; 
     53    // } 
    3654    // Convert missing values to NaN 
    3755    if (hasMissingValue) 
    … …  
    6583    packet->timestamp = date; 
    6684    packet->status = CDataPacket::NO_ERROR; 
    67  
    68     // if (data.size() != grid->storeIndex_toSrv.size()) 
     85     
    6986    if (data.size() != grid->storeIndex_fromSrv.size()) 
    7087      ERROR("CSourceFilter::streamDataFromServer(CDate date, const std::map<int, CArray<double, 1> >& data)", 
    … …  
    7592    std::map<int, CArray<double, 1> >::const_iterator it, itEnd = data.end(); 
    7693    for (it = data.begin(); it != itEnd; it++) 
    77     { 
    78       // CArray<int,1>& index = grid->storeIndex_toSrv[it->first]; 
     94    {       
    7995      CArray<int,1>& index = grid->storeIndex_fromSrv[it->first]; 
    8096      for (int n = 0; n < index.numElements(); n++) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/source_filter.hpp

    r1205 r1460  
    2727       */ 
    2828      CSourceFilter(CGarbageCollector& gc, CGrid* grid, 
     29                    bool compression=true, 
    2930                    const CDuration offset = NoneDu, bool manualTrigger = false, 
    3031                    bool hasMissingValue = false, 
    … …  
    6465      const bool hasMissingValue; 
    6566      const double defaultValue; 
     67      const bool compression ; //!< indicate if the data need to be compressed : on client size : true, on server side : false 
    6668  }; // class CSourceFilter 
    6769} // namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/spatial_transform_filter.cpp

    r1328 r1460  
    44#include "context.hpp" 
    55#include "context_client.hpp" 
     6#include "timer.hpp" 
    67using namespace ep_lib; 
    78 
    … …  
    2930      size_t inputCount = 1 + (auxInputs.empty() ? 0 : auxInputs.size()); 
    3031      double defaultValue  = (hasMissingValue) ? std::numeric_limits<double>::quiet_NaN() : 0.0; 
    31       boost::shared_ptr<CSpatialTransformFilter> filter(new CSpatialTransformFilter(gc, engine, defaultValue, inputCount)); 
    32  
     32 
     33 
     34      const CGridTransformationSelector::ListAlgoType& algoList = gridTransformation->getAlgoList() ; 
     35      CGridTransformationSelector::ListAlgoType::const_iterator it  ; 
     36 
     37      bool isSpatialTemporal=false ; 
     38      for (it=algoList.begin();it!=algoList.end();++it)  if (it->second.first == TRANS_TEMPORAL_SPLITTING) isSpatialTemporal=true ; 
     39 
     40      boost::shared_ptr<CSpatialTransformFilter> filter ; 
     41      if( isSpatialTemporal) filter = boost::shared_ptr<CSpatialTransformFilter>(new CSpatialTemporalFilter(gc, engine, gridTransformation, defaultValue, inputCount)); 
     42      else filter = boost::shared_ptr<CSpatialTransformFilter>(new CSpatialTransformFilter(gc, engine, defaultValue, inputCount)); 
     43 
     44       
    3345      if (!lastFilter) 
    3446        lastFilter = filter; 
    … …  
    5870      onOutputReady(outputPacket); 
    5971  } 
     72 
     73 
     74 
     75 
     76 
     77  CSpatialTemporalFilter::CSpatialTemporalFilter(CGarbageCollector& gc, CSpatialTransformFilterEngine* engine, CGridTransformation* gridTransformation, double outputValue, size_t inputSlotsCount) 
     78    : CSpatialTransformFilter(gc, engine, outputValue, inputSlotsCount), record(0) 
     79  { 
     80      const CGridTransformationSelector::ListAlgoType& algoList = gridTransformation->getAlgoList() ; 
     81      CGridTransformationSelector::ListAlgoType::const_iterator it  ; 
     82 
     83      int pos ; 
     84      for (it=algoList.begin();it!=algoList.end();++it)  
     85        if (it->second.first == TRANS_TEMPORAL_SPLITTING) 
     86        { 
     87          pos=it->first ; 
     88          if (pos < algoList.size()-1) 
     89            ERROR("SpatialTemporalFilter::CSpatialTemporalFilter(CGarbageCollector& gc, CSpatialTransformFilterEngine* engine, CGridTransformation* gridTransformation, double outputValue, size_t inputSlotsCount))", 
     90                  "temporal splitting operation must be the last of whole transformation on same grid") ; 
     91        } 
     92           
     93      CGrid* grid=gridTransformation->getGridDestination() ; 
     94 
     95      CAxis* axis = grid->getAxis(gridTransformation->getElementPositionInGridDst2AxisPosition().find(pos)->second) ; 
     96 
     97      nrecords = axis->index.numElements() ; 
     98  } 
     99 
     100 
     101  void CSpatialTemporalFilter::onInputReady(std::vector<CDataPacketPtr> data) 
     102  { 
     103    CSpatialTransformFilterEngine* spaceFilter = static_cast<CSpatialTransformFilterEngine*>(engine); 
     104    CDataPacketPtr outputPacket = spaceFilter->applyFilter(data, outputDefaultValue); 
     105 
     106    if (outputPacket) 
     107    { 
     108      size_t nelements=outputPacket->data.numElements() ; 
     109      if (!tmpData.numElements()) 
     110      { 
     111        tmpData.resize(nelements); 
     112        tmpData=outputDefaultValue ; 
     113      } 
     114 
     115      nelements/=nrecords ; 
     116      size_t offset=nelements*record ; 
     117      for(size_t i=0;i<nelements;++i)  tmpData(i+offset) = outputPacket->data(i) ; 
     118     
     119      record ++ ; 
     120      if (record==nrecords) 
     121      { 
     122        record=0 ; 
     123        CDataPacketPtr packet = CDataPacketPtr(new CDataPacket); 
     124        packet->date = data[0]->date; 
     125        packet->timestamp = data[0]->timestamp; 
     126        packet->status = data[0]->status; 
     127        packet->data.resize(tmpData.numElements()); 
     128        packet->data = tmpData; 
     129        onOutputReady(packet); 
     130        tmpData.resize(0) ; 
     131      } 
     132    } 
     133  } 
     134 
    60135 
    61136  CSpatialTransformFilterEngine::CSpatialTransformFilterEngine(CGridTransformation* gridTransformation) 
    … …  
    122197  void CSpatialTransformFilterEngine::apply(const CArray<double, 1>& dataSrc, CArray<double,1>& dataDest) 
    123198  { 
     199    CTimer::get("CSpatialTransformFilterEngine::apply").resume();  
     200     
    124201    CContextClient* client = CContext::getCurrent()->client; 
    125202 
    … …  
    235312 
    236313    dataDest = dataCurrentDest; 
     314 
     315    CTimer::get("CSpatialTransformFilterEngine::apply").suspend() ; 
    237316  } 
    238317} // namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/spatial_transform_filter.hpp

    r1334 r1460  
    33 
    44#include "filter.hpp" 
     5 
    56namespace xios 
    67{ 
    … …  
    4849      double outputDefaultValue; 
    4950  }; // class CSpatialTransformFilter 
     51 
     52 
     53 /*! 
     54   * A specific spatial filter for the temporal_splitting transformation scalar -> axis. An incoming flux will be stored in an aditional dimension given by the destination axis. 
     55   * At each flux received, the storing index (record) is increased. When it reach the size of the axis (nrecords) a new flux is generated and the record is reset to 0 
     56   */ 
     57 
     58 class CSpatialTemporalFilter : public CSpatialTransformFilter 
     59  { 
     60    public: 
     61      /*! 
     62       * Constructs a filter wrapping the specified spatial transformation. 
     63       * 
     64       * \param gc the associated garbage collector 
     65       * \param engine the engine defining the spatial transformation 
     66       * \param [in] gridTransformation the associated transformations 
     67       * \param outputValue default value of output pin 
     68       * \param [in] inputSlotsCount number of input, by default there is only one for field src 
     69       */ 
     70      CSpatialTemporalFilter(CGarbageCollector& gc, CSpatialTransformFilterEngine* engine, CGridTransformation* gridTransformation, double outputValue, size_t inputSlotsCount = 1); 
     71 
     72 
     73    protected: 
     74      /*! 
     75        Overriding this function to process transformations with auxillary inputs 
     76      */ 
     77      void virtual onInputReady(std::vector<CDataPacketPtr> data); 
     78      //! Current record in the filter 
     79      int record ; 
     80      //! Maximum number of records 
     81      int nrecords; 
     82      //! Temporary storage for output flux 
     83      CArray<double, 1> tmpData;  
     84 
     85 
     86  }; // class CSpatialTemporalFilter 
     87 
    5088 
    5189  /*! 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/store_filter.cpp

    r1328 r1460  
    111111  } 
    112112 
     113  bool CStoreFilter::mustAutoTrigger() const 
     114  { 
     115    return false; 
     116  } 
     117 
    113118  bool CStoreFilter::isDataExpected(const CDate& date) const 
    114119  { 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/store_filter.hpp

    r1205 r1460  
    5353 
    5454      /*! 
     55       * Tests if the filter must auto-trigger. 
     56       * 
     57       * \return true if the filter must auto-trigger 
     58       */ 
     59      bool virtual mustAutoTrigger() const; 
     60 
     61      /*! 
    5562       * Tests whether data is expected for the specified date. 
    5663       * 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/temporal_filter.cpp

    r1328 r1460  
    55namespace xios 
    66{ 
    7   static func::CFunctor* createFunctor(const std::string& opId, bool ignoreMissingValue, double missingValue, CArray<double, 1>& tmpData); 
     7  static func::CFunctor* createFunctor(const std::string& opId, bool ignoreMissingValue, CArray<double, 1>& tmpData); 
    88 
    99  CTemporalFilter::CTemporalFilter(CGarbageCollector& gc, const std::string& opId, 
    1010                                   const CDate& initDate, const CDuration samplingFreq, const CDuration samplingOffset, const CDuration opFreq, 
    11                                    bool ignoreMissingValue /*= false*/, double missingValue /*= 0.0*/) 
     11                                   bool ignoreMissingValue /*= false*/) 
    1212    : CFilter(gc, 1, this) 
    13     , functor(createFunctor(opId, ignoreMissingValue, missingValue, tmpData)) 
     13    , functor(createFunctor(opId, ignoreMissingValue, tmpData)) 
    1414    , isOnceOperation(functor->timeType() == func::CFunctor::once) 
    1515    , isInstantOperation(functor->timeType() == func::CFunctor::instant) 
    … …  
    1717    , samplingOffset(samplingOffset) 
    1818    , opFreq(opFreq) 
    19     , nextSamplingDate(initDate + this->samplingOffset + initDate.getRelCalendar().getTimeStep()) 
    20     , nextOperationDate(initDate + this->samplingOffset + opFreq) 
     19    , offsetMonth({0, this->samplingOffset.month, 0, 0, 0, 0, 0}) 
     20    , offsetAllButMonth({this->samplingOffset.year, 0 , this->samplingOffset.day, 
     21                       this->samplingOffset.hour, this->samplingOffset.minute, 
     22                       this->samplingOffset.second, this->samplingOffset.timestep}) 
     23    , initDate(initDate) 
     24    , nextSamplingDate(initDate + (this->samplingOffset + initDate.getRelCalendar().getTimeStep())) 
     25    , nbOperationDates(1) 
     26//    , nextOperationDate(initDate + opFreq + this->samplingOffset) 
    2127    , isFirstOperation(true) 
    2228  { 
    … …  
    3541      { 
    3642        usePacket = (data[0]->date >= nextSamplingDate); 
    37         outputResult = (data[0]->date + samplingFreq > nextOperationDate); 
     43//        outputResult = (data[0]->date + samplingFreq > nextOperationDate); 
     44        outputResult = (data[0]->date  > initDate + nbOperationDates*opFreq - samplingFreq + offsetMonth + offsetAllButMonth); 
    3845        copyLess = (isInstantOperation && usePacket && outputResult); 
    3946      } 
    … …  
    5461      if (outputResult) 
    5562      { 
     63        nbOperationDates ++; 
    5664        if (!copyLess) 
    5765        { 
    … …  
    6977 
    7078        isFirstOperation = false; 
    71         nextOperationDate = nextOperationDate + samplingFreq + opFreq - samplingFreq; 
     79//        nextOperationDate = initDate + samplingFreq + nbOperationDates*opFreq - samplingFreq + offsetMonth + offsetAllButMonth; 
    7280      } 
    7381    } 
    … …  
    7684  } 
    7785 
     86  bool CTemporalFilter::mustAutoTrigger() const 
     87  { 
     88    return true; 
     89  } 
     90 
    7891  bool CTemporalFilter::isDataExpected(const CDate& date) const 
    7992  { 
    80     return isOnceOperation ? isFirstOperation : (date >= nextSamplingDate || date + samplingFreq > nextOperationDate); 
     93//    return isOnceOperation ? isFirstOperation : (date >= nextSamplingDate || date + samplingFreq > nextOperationDate); 
     94    return isOnceOperation ? isFirstOperation : (date >= nextSamplingDate || date > initDate + nbOperationDates*opFreq - samplingFreq + offsetMonth + offsetAllButMonth); 
    8195  } 
    8296 
    83   static func::CFunctor* createFunctor(const std::string& opId, bool ignoreMissingValue, double missingValue, CArray<double, 1>& tmpData) 
     97  static func::CFunctor* createFunctor(const std::string& opId, bool ignoreMissingValue, CArray<double, 1>& tmpData) 
    8498  { 
    8599    func::CFunctor* functor = NULL; 
    86100 
    87     double defaultValue = ignoreMissingValue ? std::numeric_limits<double>::quiet_NaN() : missingValue; 
     101    double defaultValue = std::numeric_limits<double>::quiet_NaN(); 
    88102 
    89103#define DECLARE_FUNCTOR(MType, mtype) \ 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/filter/temporal_filter.hpp

    r1205 r1460  
    2626       * \param ignoreMissingValue true if and only if the missing value must be ignored 
    2727                                   when doing the operation 
    28        * \param missingValue the missing value 
    2928       */ 
    3029      CTemporalFilter(CGarbageCollector& gc, const std::string& opId, 
    3130                      const CDate& initDate, const CDuration samplingFreq, const CDuration samplingOffset, const CDuration opFreq, 
    32                       bool ignoreMissingValue = false, double missingValue = 0.0); 
     31                      bool ignoreMissingValue = false); 
    3332 
    3433      /*! 
    … …  
    3938       */ 
    4039      CDataPacketPtr virtual apply(std::vector<CDataPacketPtr> data); 
     40 
     41      /*! 
     42       * Tests if the filter must auto-trigger. 
     43       * 
     44       * \return true if the filter must auto-trigger 
     45       */ 
     46      bool virtual mustAutoTrigger() const; 
    4147 
    4248      /*! 
    … …  
    5662      const CDuration samplingOffset; //!< The sampling offset, i.e. the offset after which the input data will be used 
    5763      const CDuration opFreq; //!< The operation frequency, i.e. the frequency at which the output data will be computed 
     64      const CDuration offsetMonth; //!< The month duration of samplingOffset 
     65      CDuration offsetAllButMonth; //!< All but the month duration of samplingOffset 
     66      const CDate initDate; 
    5867      CDate nextSamplingDate; //!< The date of the next sampling 
    59       CDate nextOperationDate; //!< The date of the next operation 
     68      int nbOperationDates; //!< The number of times an operation is performed 
     69//      CDate nextOperationDate; //!< The date of the next operation 
    6070      bool isFirstOperation; //!< True before the first operation was been computed 
    6171  }; // class CTemporalFilter 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/generate_fortran_interface.cpp

    r981 r1460  
    3535  CComputeConnectivityDomain compConDomain; 
    3636  CExpandDomain expandDomain; 
     37  CReorderDomain reorderDomain; 
    3738 
    3839  CInterpolateAxis interpolateAxis; 
    … …  
    4041  CInverseAxis inverseAxis; 
    4142  CReduceDomainToAxis reduceDomainToAxis; 
     43  CReduceAxisToAxis reduceAxisToAxis; 
    4244  CExtractDomainToAxis extractDomainToAxis; 
     45  CTemporalSplitting temporalSplitting; 
    4346 
    4447  CReduceAxisToScalar reduceAxisToScalar; 
    4548  CExtractAxisToScalar extractAxisToScalar; 
    4649  CReduceDomainToScalar reduceDomainToScalar; 
    47  
     50  CDuplicateScalarToAxis duplicateScalarToAxis; 
     51  CReduceScalarToScalar reduceScalarToScalar; 
     52   
    4853  ostringstream oss; 
    4954  ofstream file; 
    … …  
    297302  file.open((path+"iexpand_domain_attr.F90").c_str()); 
    298303  expandDomain.generateFortranInterface(file); 
     304 
     305  file.open((path+"reorder_domain_interface_attr.F90").c_str()); 
     306  reorderDomain.generateFortran2003Interface(file); 
     307  file.close(); 
     308 
     309  file.open((path+"icreorder_domain_attr.cpp").c_str()); 
     310  reorderDomain.generateCInterface(file); 
     311  file.close(); 
     312 
     313  file.open((path+"ireorder_domain_attr.F90").c_str()); 
     314  reorderDomain.generateFortranInterface(file); 
     315 
    299316  file.close(); 
    300317   
    … …  
    341358  reduceDomainToAxis.generateFortran2003Interface(file); 
    342359  file.close(); 
    343  
     360  
    344361  file.open((path+"icreduce_domain_to_axis_attr.cpp").c_str()); 
    345362  reduceDomainToAxis.generateCInterface(file); 
    … …  
    348365  file.open((path+"ireduce_domain_to_axis_attr.F90").c_str()); 
    349366  reduceDomainToAxis.generateFortranInterface(file); 
     367  file.close(); 
     368 
     369  file.open((path+"reduce_axis_to_axis_interface_attr.F90").c_str()); 
     370  reduceAxisToAxis.generateFortran2003Interface(file); 
     371  file.close(); 
     372  
     373  file.open((path+"icreduce_axis_to_axis_attr.cpp").c_str()); 
     374  reduceAxisToAxis.generateCInterface(file); 
     375  file.close(); 
     376 
     377  file.open((path+"ireduce_axis_to_axis_attr.F90").c_str()); 
     378  reduceAxisToAxis.generateFortranInterface(file); 
    350379  file.close(); 
    351380   
    … …  
    363392 
    364393 
     394  file.open((path+"temporal_splitting_interface_attr.F90").c_str()); 
     395  temporalSplitting.generateFortran2003Interface(file); 
     396  file.close(); 
     397 
     398  file.open((path+"ictemporal_splitting_attr.cpp").c_str()); 
     399  temporalSplitting.generateCInterface(file); 
     400  file.close(); 
     401 
     402  file.open((path+"itemporal_splitting_attr.F90").c_str()); 
     403  temporalSplitting.generateFortranInterface(file); 
     404  file.close(); 
     405 
     406 
     407  file.open((path+"duplicate_scalar_to_axis_interface_attr.F90").c_str()); 
     408  duplicateScalarToAxis.generateFortran2003Interface(file); 
     409  file.close(); 
     410   
     411  file.open((path+"icduplicate_scalar_to_axis_attr.cpp").c_str()); 
     412  duplicateScalarToAxis.generateCInterface(file); 
     413  file.close(); 
     414   
     415  file.open((path+"iduplicate_scalar_to_axis_attr.F90").c_str()); 
     416  duplicateScalarToAxis.generateFortranInterface(file); 
     417  file.close(); 
    365418  /*! 
    366419    Scalar transformations 
    … …  
    390443  file.close(); 
    391444 
     445 
    392446  file.open((path+"reduce_domain_to_scalar_interface_attr.F90").c_str()); 
    393447  reduceDomainToScalar.generateFortran2003Interface(file); 
    … …  
    402456  file.close(); 
    403457 
     458 
     459  file.open((path+"reduce_scalar_to_scalar_interface_attr.F90").c_str()); 
     460  reduceScalarToScalar.generateFortran2003Interface(file); 
     461  file.close(); 
     462 
     463  file.open((path+"icreduce_scalar_to_scalar_attr.cpp").c_str()); 
     464  reduceScalarToScalar.generateCInterface(file); 
     465  file.close(); 
     466 
     467  file.open((path+"ireduce_scalar_to_scalar_attr.F90").c_str()); 
     468  reduceScalarToScalar.generateFortranInterface(file); 
     469  file.close(); 
     470 
     471 
     472 
     473 
     474 
    404475  file.open((path+"context_interface_attr.F90").c_str()); 
    405476  context->generateFortran2003Interface(file); 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/group_factory_decl.cpp

    r1334 r1460  
    3434  macro(CReduceAxisToScalarGroup) 
    3535  macro(CReduceDomainToAxisGroup) 
     36  macro(CReduceAxisToAxisGroup) 
    3637  macro(CExtractDomainToAxisGroup) 
    3738  macro(CComputeConnectivityDomainGroup) 
    … …  
    3940  macro(CExtractAxisToScalarGroup) 
    4041  macro(CReduceDomainToScalarGroup) 
     42  macro(CTemporalSplittingGroup) 
     43  macro(CDuplicateScalarToAxisGroup) 
     44  macro(CReduceScalarToScalarGroup) 
     45  macro(CReorderDomainGroup) 
    4146} 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/group_template.hpp

    r591 r1460  
    66#include "event_server.hpp" 
    77#include "object_template.hpp" 
     8#include "context_client.hpp" 
    89 
    910namespace xios 
    … …  
    7273         static bool dispatchEvent(CEventServer& event) ; 
    7374         void sendCreateChild(const string& id="") ; 
     75         void sendCreateChild(const string& id, CContextClient* client) ; 
    7476         void sendCreateChildGroup(const string& id="") ; 
    7577         static void recvCreateChild(CEventServer& event) ; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/group_template_decl.cpp

    r976 r1460  
    2323  macro(ReduceAxisToScalar) 
    2424  macro(ReduceDomainToAxis) 
     25  macro(ReduceAxisToAxis) 
    2526  macro(ExtractDomainToAxis) 
    2627  macro(ComputeConnectivityDomain) 
    … …  
    2829  macro(ExtractAxisToScalar) 
    2930  macro(ReduceDomainToScalar) 
     31  macro(TemporalSplitting) 
     32  macro(DuplicateScalarToAxis) 
     33  macro(ReduceScalarToScalar) 
     34  macro(ReorderDomain) 
    3035 
    3136} 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/group_template_impl.hpp

    r595 r1460  
    373373   void CGroupTemplate<U, V, W>::sendCreateChild(const string& id) 
    374374   { 
     375    CContext* context=CContext::getCurrent() ;   
     376 
     377    if (context->hasClient) 
     378    // if (!context->hasServer ) 
     379    { 
     380      // Use correct context client to send message 
     381//      CContextClient* contextClientTmp = (0 != context->clientPrimServer) ? context->clientPrimServer : context->client; 
     382      int nbSrvPools = (context->hasServer) ? context->clientPrimServer.size() : 1; 
     383      for (int i = 0; i < nbSrvPools; ++i) 
     384      { 
     385         CContextClient* contextClientTmp = (context->hasServer) ? context->clientPrimServer[i] : context->client; 
     386 
     387         CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_CREATE_CHILD) ; 
     388         if (contextClientTmp->isServerLeader()) 
     389         { 
     390           CMessage msg ; 
     391           msg<<this->getId() ; 
     392           msg<<id ; 
     393           const std::list<int>& ranks = contextClientTmp->getRanksServerLeader(); 
     394           for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
     395             event.push(*itRank,1,msg) ; 
     396           contextClientTmp->sendEvent(event) ; 
     397         } 
     398         else contextClientTmp->sendEvent(event) ; 
     399      } 
     400    } 
     401       
     402   } 
     403 
     404   template <class U, class V, class W> 
     405   void CGroupTemplate<U, V, W>::sendCreateChild(const string& id, CContextClient* client) 
     406   { 
     407 
     408    CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_CREATE_CHILD) ; 
     409    if (client->isServerLeader()) 
     410    { 
     411      CMessage msg ; 
     412      msg<<this->getId() ; 
     413      msg<<id ; 
     414      const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader(); 
     415      for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
     416       event.push(*itRank,1,msg) ; 
     417      client->sendEvent(event) ; 
     418    } 
     419    else client->sendEvent(event) ; 
     420   } 
     421 
     422 
     423   template <class U, class V, class W> 
     424   void CGroupTemplate<U, V, W>::sendCreateChildGroup(const string& id) 
     425   { 
    375426    CContext* context=CContext::getCurrent() ; 
    376      
    377     if (! context->hasServer ) 
     427    if (context->hasClient) 
    378428    { 
    379        CContextClient* client=context->client ; 
    380  
    381        CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_CREATE_CHILD) ;    
    382        if (client->isServerLeader()) 
    383        { 
    384          CMessage msg ; 
    385          msg<<this->getId() ; 
    386          msg<<id ; 
    387          const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader(); 
    388          for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
    389            event.push(*itRank,1,msg) ; 
    390          client->sendEvent(event) ; 
    391        } 
    392        else client->sendEvent(event) ; 
     429      // Use correct context client to send message 
     430      // int nbSrvPools = (context->hasServer) ? context->clientPrimServer.size() : 1; 
     431      int nbSrvPools = (context->hasServer) ? (context->hasClient ? context->clientPrimServer.size() : 1) : 1; 
     432      for (int i = 0; i < nbSrvPools; ++i) 
     433      { 
     434        CContextClient* contextClientTmp = (context->hasServer) ? context->clientPrimServer[i] : context->client; 
     435        CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_CREATE_CHILD_GROUP) ; 
     436        if (contextClientTmp->isServerLeader()) 
     437        { 
     438          CMessage msg ; 
     439          msg<<this->getId() ; 
     440          msg<<id ; 
     441          const std::list<int>& ranks = contextClientTmp->getRanksServerLeader(); 
     442          for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
     443            event.push(*itRank,1,msg) ; 
     444          contextClientTmp->sendEvent(event) ; 
     445        } 
     446        else contextClientTmp->sendEvent(event) ; 
     447      } 
    393448    } 
    394        
    395    } 
    396     
    397    template <class U, class V, class W> 
    398    void CGroupTemplate<U, V, W>::sendCreateChildGroup(const string& id) 
    399    { 
    400     CContext* context=CContext::getCurrent() ; 
    401     if (! context->hasServer ) 
    402     { 
    403        CContextClient* client=context->client ; 
    404  
    405        CEventClient event(this->getType(),EVENT_ID_CREATE_CHILD_GROUP) ;    
    406        if (client->isServerLeader()) 
    407        { 
    408          CMessage msg ; 
    409          msg<<this->getId() ; 
    410          msg<<id ; 
    411          const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader(); 
    412          for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank) 
    413            event.push(*itRank,1,msg) ; 
    414          client->sendEvent(event) ; 
    415        } 
    416        else client->sendEvent(event) ; 
    417     } 
    418        
    419449   } 
    420450    
    … …  
    422452   void CGroupTemplate<U, V, W>::recvCreateChild(CEventServer& event) 
    423453   { 
    424        
    425454      CBufferIn* buffer=event.subEvents.begin()->buffer; 
    426455      string id; 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/indent_xml.hpp

    r1331 r1460  
    88namespace xios 
    99{ 
    10   /// ////////////////////// Déclarations ////////////////////// /// 
    11   class CIndent 
    12   { 
    13     public : 
     10   /// ////////////////////// Déclarations ////////////////////// /// 
     11   class CIndent 
     12   { 
     13      public : 
    1414 
    15       /// Méthodes statiques /// 
    16       static StdOStream & NIndent  (StdOStream & out); 
    17       static StdOStream & IncIndent(StdOStream & out); 
    18       static StdOStream & DecEndl  (StdOStream & out); 
     15         /// Méthodes statiques /// 
     16         static StdOStream & NIndent  (StdOStream & out); 
     17         static StdOStream & IncIndent(StdOStream & out); 
     18         static StdOStream & DecEndl  (StdOStream & out); 
    1919 
    20     private : 
     20      private : 
    2121 
    22       /// Propriétés  statiques /// 
    23       static unsigned int Indent; 
    24       #pragma omp threadprivate(Indent) 
    25       static StdString    Increm; 
    26       #pragma omp threadprivate(Increm) 
    27       static bool         WithLine; 
    28       #pragma omp threadprivate(WithLine) 
     22         /// Propriétés  statiques /// 
     23         static unsigned int Indent; 
     24         #pragma omp threadprivate(Indent) 
     25         static StdString    Increm; 
     26         #pragma omp threadprivate(Increm) 
     27         static bool         WithLine; 
     28         #pragma omp threadprivate(WithLine) 
    2929 
    30   }; // class CIndent 
     30   }; // class CIndent 
    3131 
    32   ///-------------------------------------------------------------- 
     32    ///-------------------------------------------------------------- 
    3333     
    34   class CIndentedXml 
    35   { 
    36     public : 
    37       /// Méthode statique /// 
    38       static StdString Indented(const StdString & content); 
     34   class CIndentedXml 
     35   { 
     36      public : 
    3937 
    40   }; // class CIndentedXml 
     38         /// Méthode statique /// 
     39         static StdString Indented(const StdString & content); 
    4140 
    42   ///-------------------------------------------------------------- 
     41   }; // class CIndentedXml 
     42 
     43    ///-------------------------------------------------------------- 
    4344 
    4445} // namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/interface/c/icdata.cpp

    r1369 r1460  
    11/* ************************************************************************** * 
    2  *      Copyright IPSL/LSCE, xios, Avril 2010 - Octobre 2011         * 
     2 *      Copyright © IPSL/LSCE, xios, Avril 2010 - Octobre 2011         * 
    33 * ************************************************************************** */ 
    44 
    … …  
    2525 
    2626#include "timer.hpp" 
     27#include "array_new.hpp" 
     28 
    2729 
    2830extern "C" 
    2931{ 
    30 // /////////////////////////////// Dfinitions ////////////////////////////// // 
    31  
    32    // ----------------------- Redfinition de types ---------------------------- 
     32// /////////////////////////////// Définitions ////////////////////////////// // 
     33 
     34   // ----------------------- Redéfinition de types ---------------------------- 
    3335 
    3436   typedef enum { NETCDF4 = 0 } XFileType; 
    … …  
    3638   typedef xios::CContext* XContextPtr; 
    3739 
    38    // -------------------- Traitement des donnes ------------------------------ 
     40   // -------------------- Traitement des données ------------------------------ 
    3941 
    4042   // This function is not exported to the public Fortran interface, 
    … …  
    5557      ep_lib::MPI_Comm local_comm; 
    5658      ep_lib::MPI_Comm return_comm; 
    57        
    5859 
    5960      if (!cstr2string(client_id, len_client_id, str)) return; 
    … …  
    379380 
    380381 
    381    // ---------------------- Ecriture des donnes ------------------------------ 
     382   // ---------------------- Ecriture des données ------------------------------ 
    382383 
    383384   void cxios_write_data_k80(const char* fieldid, int fieldid_size, double* data_k8, int data_Xsize) 
    … …  
    712713    } 
    713714 
    714    // ---------------------- Lecture des donnes ------------------------------ 
     715   // ---------------------- Lecture des données ------------------------------ 
    715716 
    716717   void cxios_read_data_k80(const char* fieldid, int fieldid_size, double* data_k8, int data_Xsize) 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/io/inetcdf4.cpp

    r1362 r1460  
    8585    std::pair<nc_type, StdSize> retvalue; 
    8686    int grpid = this->getGroup(path); 
    87     int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
     87    int varid = (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
    8888    CNetCdfInterface::inqAtt(grpid, varid, attname, retvalue.first, retvalue.second); 
    8989    return retvalue; 
    … …  
    218218    int nbdim = 0, *dimid = NULL; 
    219219    int grpid = this->getGroup(path); 
    220     int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
     220    int varid = (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
    221221    std::list<StdString> retvalue; 
    222222 
    223     if (var != NULL) 
     223    if (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) 
    224224    { 
    225225      CNetCdfInterface::inqVarNDims(grpid, varid, nbdim); 
    … …  
    249249    int nbdim = 0, *dimid = NULL; 
    250250    int grpid = this->getGroup(path); 
    251     int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
     251    int varid = (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
    252252    std::map<StdString, StdSize> retvalue; 
    253253 
    254     if (var != NULL) 
     254    if (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) 
    255255    { 
    256256      CNetCdfInterface::inqVarNDims(grpid, varid, nbdim); 
    … …  
    284284    std::list<StdString> retvalue; 
    285285    int grpid = this->getGroup(path); 
    286     int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
    287  
    288     if (var != NULL) 
     286    int varid = (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
     287 
     288    if (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) 
    289289      CNetCdfInterface::inqVarNAtts(grpid, varid, nbatt); 
    290290    else 
    … …  
    378378  { 
    379379    int grpid = this->getGroup(path); 
    380     int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
     380    int varid = (var != NULL && this->hasVariable(*var, path)) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL; 
    381381    std::pair<nc_type , StdSize> attinfos = this->getAttribute(name, var, path); 
    382382    std::vector<T> retvalue(attinfos.second); 
    … …  
    496496  bool CINetCDF4::isRectilinear(const StdString& name, const CVarPath* const path) 
    497497  { 
    498     std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path); 
    499     std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end(); 
     498    std::list<StdString> varCoords = this->getCoordinatesIdList(name, path); 
     499    std::list<StdString> varDims = this->getDimensionsList(&name, path); 
     500    std::list<StdString>::const_iterator it = varCoords.begin(), end = varCoords.end(); 
     501    std::set<StdString> varDims1D; 
     502 
     503    // Firstly, loop over coordinate list 
    500504    for (; it != end; it++) 
    501505    { 
    502506      const StdString& coord = *it; 
    503       if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path)) 
    504       { 
    505         std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path); 
    506         if ((dimvar.size() == 1) && (dimvar.find(coord) != dimvar.end())) 
     507      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path) ) 
     508      { 
     509        std::map<StdString, StdSize> coordDims = this->getDimensions(&coord, path); 
     510        for (std::map<StdString, StdSize>::const_iterator itTmp = coordDims.begin(); itTmp != coordDims.end(); itTmp++) 
     511        { 
     512          varDims.remove(itTmp->first); 
     513        } 
     514        if (this->isLonOrLat(coord, path) && coordDims.size() == 1) 
     515        { 
     516          varDims1D.insert(coordDims.begin()->first); 
    507517          continue; 
    508         else 
    509           return false; 
    510       } 
    511     } 
    512     return true; 
     518        } 
     519      } 
     520    } 
     521    // Secondly, loop over remaining dimensions 
     522    for (it= varDims.begin(); it != varDims.end(); it++) 
     523    { 
     524      const StdString& coord = *it; 
     525      std::map<StdString, StdSize> coordDims = this->getDimensions(&coord, path); 
     526      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path) ) 
     527      { 
     528        if (this->isLonOrLat(coord, path) && coordDims.size() == 1) 
     529        { 
     530          varDims1D.insert(coordDims.begin()->first); 
     531          continue; 
     532        } 
     533      } 
     534    } 
     535 
     536    return (varDims1D.size() == 2); 
    513537  } 
    514538 
    … …  
    525549    { 
    526550      const StdString& coord = *it; 
    527       if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path)) 
     551      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path) && this->isLonOrLat(coord, path)) 
    528552      { 
    529553        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path); 
    … …  
    552576    { 
    553577      const StdString& coord = *it; 
    554       if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path)) 
     578      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path) && this->isLonOrLat(coord, path)) 
    555579      { 
    556580        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path); 
    … …  
    782806      return *(++(++clist.rbegin())); 
    783807  } 
     808 
     809  bool CINetCDF4::isLonOrLat(const StdString& varname, const CVarPath* const path) 
     810  { 
     811  if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &varname, path)) 
     812  { 
     813    StdString unit = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &varname, path); 
     814    return (CCFConvention::XIOS_CF_Latitude_units.end() != CCFConvention::XIOS_CF_Latitude_units.find(unit) 
     815            || CCFConvention::XIOS_CF_Longitude_units.end() != CCFConvention::XIOS_CF_Longitude_units.find(unit)); 
     816    } 
     817  } 
     818 
    784819} // namespace xios 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/io/inetcdf4.hpp

    r1328 r1460  
    135135      bool isCellGrid(const StdString& name, const CVarPath* const path = NULL); 
    136136 
     137      bool isLonOrLat(const StdString& varname, const CVarPath* const path = NULL); 
     138 
    137139    protected: 
    138140      /// Getters /// 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/io/nc4_data_input.cpp

    r1338 r1460  
    188188      listDimSize.push_front(*itMap); 
    189189*/ 
    190     for (std::list<StdString>::const_iterator it = dimList.begin(); it != dimList.end(); ++it) 
    191       listDimSize.push_front(*dimSizeMap.find(*it)); 
     190 
     191    if (!SuperClassWriter::isRectilinear(fieldId)) 
     192    { 
     193      for (std::list<StdString>::const_iterator it = dimList.begin(); it != dimList.end(); ++it) 
     194        listDimSize.push_front(*dimSizeMap.find(*it)); 
     195    } 
     196    else 
     197    { 
     198       std::list<StdString> coords = SuperClassWriter::getCoordinatesIdList(fieldId); 
     199       std::list<StdString>::const_iterator itCoord = coords.begin(); 
     200       for (; itCoord != coords.end(); itCoord++) 
     201       { 
     202         const StdString& coord = *itCoord; 
     203         if (SuperClassWriter::hasVariable(coord) && !SuperClassWriter::isTemporal(coord)) 
     204         { 
     205           std::map<StdString, StdSize> dimsTmp = SuperClassWriter::getDimensions(&coord); 
     206           StdString dimNameTmp = dimsTmp.begin()->first; 
     207           StdSize dimSizeTmp = dimsTmp.begin()->second; 
     208           listDimSize.push_front(make_pair(coord, dimSizeTmp)); 
     209           dimSizeMap.erase(dimNameTmp); 
     210           dimList.remove(dimNameTmp); 
     211         } 
     212       } 
     213       for (std::list<StdString>::const_iterator it = dimList.begin(); it != dimList.end(); ++it) 
     214        listDimSize.push_front(*dimSizeMap.find(*it)); 
     215    } 
    192216 
    193217    // Now process domain and axis 
    … …  
    268292    if ((CDomain::type_attr::rectilinear == domain->type)) 
    269293    { 
    270       // Ok, try to read some f.. attributes such as longitude and latitude 
     294      // Ok, try to read some attributes such as longitude and latitude 
    271295      bool hasLat = SuperClassWriter::hasVariable(itMapNj->first); 
    272296      if (hasLat) 
    … …  
    287311    else if ((CDomain::type_attr::curvilinear == domain->type)) 
    288312    { 
    289       int ni = domain->ni; 
    290       int nj = domain->nj; 
     313      // Make sure that if there is no local domain defined on a process, the process still reads just one value. 
     314      int ni, nj, ibegin, jbegin; 
     315      if (domain->ni == 0) 
     316      { 
     317        ni = 1; 
     318        ibegin = 0; 
     319      } 
     320      else 
     321      { 
     322        ni = domain->ni; 
     323        ibegin = domain->ibegin; 
     324      } 
     325      if (domain->nj == 0) 
     326      { 
     327        nj = 1; 
     328        jbegin = 0; 
     329      } 
     330      else 
     331      { 
     332        nj = domain->nj; 
     333        jbegin = domain->jbegin; 
     334      } 
     335 
    291336      std::vector<StdSize> nBeginLatLon(2), nSizeLatLon(2); 
    292       nBeginLatLon[0] = 0; nBeginLatLon[1] = 0; 
    293       nSizeLatLon[0]  = domain->nj_glo.getValue(); nSizeLatLon[1] = domain->ni_glo.getValue(); 
     337      nBeginLatLon[0] = jbegin; nBeginLatLon[1] = ibegin; 
     338      nSizeLatLon[0]  = nj; nSizeLatLon[1] = ni; 
    294339 
    295340      StdString latName = this->getLatCoordName(fieldId); 
    296341      if (SuperClassWriter::hasVariable(latName)) 
    297342      { 
    298         domain->latvalue_curvilinear_read_from_file.resize(domain->ni_glo,domain->nj_glo); 
     343        domain->latvalue_curvilinear_read_from_file.resize(ni, nj); 
    299344        readFieldVariableValue(domain->latvalue_curvilinear_read_from_file, latName, nBeginLatLon, nSizeLatLon); 
    300345      } 
    … …  
    302347      if (SuperClassWriter::hasVariable(lonName)) 
    303348      { 
    304         domain->lonvalue_curvilinear_read_from_file.resize(domain->ni_glo,domain->nj_glo); 
     349        domain->lonvalue_curvilinear_read_from_file.resize(ni, nj); 
    305350        readFieldVariableValue(domain->lonvalue_curvilinear_read_from_file, lonName, nBeginLatLon, nSizeLatLon); 
    306351      } 
    … …  
    309354      StdString boundsLonName = this->getBoundsId(lonName); 
    310355 
    311       int nbVertex = this->getNbVertex(fieldId); 
     356      int nbVertex = 4; //this->getNbVertex(fieldId); 
    312357      if (!domain->nvertex.isEmpty() && (domain->nvertex != nbVertex)) 
    313358      { 
    … …  
    324369 
    325370      std::vector<StdSize> nBeginBndsLatLon(3), nSizeBndsLatLon(3); 
    326       nBeginBndsLatLon[0] = 0; nSizeBndsLatLon[0] = domain->nj_glo.getValue(); 
    327       nBeginBndsLatLon[1] = 0; nSizeBndsLatLon[1] = domain->ni_glo.getValue(); 
     371      nBeginBndsLatLon[0] = jbegin; nSizeBndsLatLon[0] = nj; 
     372      nBeginBndsLatLon[1] = ibegin; nSizeBndsLatLon[1] = ni; 
    328373      nBeginBndsLatLon[2] = 0; nSizeBndsLatLon[2] = nbVertex; 
    329374 
    330375      if (SuperClassWriter::hasVariable(boundsLatName)) 
    331376      { 
    332         domain->bounds_latvalue_curvilinear_read_from_file.resize(nbVertex,domain->ni_glo,domain->nj_glo); 
     377        domain->bounds_latvalue_curvilinear_read_from_file.resize(nbVertex, ni, nj); 
    333378        readFieldVariableValue(domain->bounds_latvalue_curvilinear_read_from_file, boundsLatName, nBeginBndsLatLon, nSizeBndsLatLon); 
    334379 
    … …  
    336381      if (SuperClassWriter::hasVariable(boundsLonName))  
    337382      { 
    338         domain->bounds_lonvalue_curvilinear_read_from_file.resize(nbVertex,domain->ni_glo,domain->nj_glo); 
     383        domain->bounds_lonvalue_curvilinear_read_from_file.resize(nbVertex, ni, nj); 
    339384        readFieldVariableValue(domain->bounds_lonvalue_curvilinear_read_from_file, boundsLonName, nBeginBndsLatLon, nSizeBndsLatLon); 
    340385      }       
    … …  
    342387    else if ((CDomain::type_attr::unstructured == domain->type))// || (this->isUnstructured(fieldId))) 
    343388    { 
     389      // Make sure that if there is no local domain defined on a process, the process still reads just one value. 
     390      int ni, ibegin; 
     391      if (domain->ni == 0) 
     392      { 
     393        ni = 1; 
     394        ibegin = 0; 
     395      } 
     396      else 
     397      { 
     398        ni = domain->ni; 
     399        ibegin = domain->ibegin; 
     400      } 
     401 
    344402      std::vector<StdSize> nBeginLatLon(1,0), nSizeLatLon(1,0); 
    345       nSizeLatLon[0]  = domain->ni_glo.getValue(); 
    346       CArray<double,1> globalLonLat(domain->ni_glo.getValue()); 
     403      nBeginLatLon[0] = ibegin; 
     404      nSizeLatLon[0]  = ni; 
    347405 
    348406      StdString latName = this->getLatCoordName(fieldId); 
    349407      if (SuperClassWriter::hasVariable(latName)) 
    350408      { 
    351         domain->latvalue_unstructured_read_from_file.resize(domain->ni_glo); 
     409        domain->latvalue_unstructured_read_from_file.resize(ni); 
    352410        readFieldVariableValue(domain->latvalue_unstructured_read_from_file, latName, nBeginLatLon, nSizeLatLon);   
    353411      } 
    … …  
    356414      if (SuperClassWriter::hasVariable(lonName)) //(0 != lonName.compare("")) 
    357415      { 
    358         // readFieldVariableValue(globalLonLat, lonName, nBeginLatLon, nSizeLatLon); 
    359         domain->lonvalue_unstructured_read_from_file.resize(domain->ni_glo); 
     416        domain->lonvalue_unstructured_read_from_file.resize(ni); 
    360417        readFieldVariableValue(domain->lonvalue_unstructured_read_from_file, lonName, nBeginLatLon, nSizeLatLon); 
    361418      } 
    … …  
    379436 
    380437      std::vector<StdSize> nBeginBndsLatLon(2), nSizeBndsLatLon(2); 
    381       nBeginBndsLatLon[0] = 0; nSizeBndsLatLon[0] = domain->ni_glo.getValue(); 
     438      nBeginBndsLatLon[0] = ibegin; nSizeBndsLatLon[0] = ni; 
    382439      nBeginBndsLatLon[1] = 0; nSizeBndsLatLon[1] = nbVertex; 
    383440 
    … …  
    496553 
    497554    { // Read axis value 
    498       std::vector<StdSize> nBegin(1, 0), nSize(1, itMapN->second); 
    499       CArray<double,1> readAxisValue(itMapN->second); 
    500       readFieldVariableValue(readAxisValue, itMapN->first, nBegin, nSize, true); 
    501       int begin = 0, n = itMapN->second; 
    502       if (!axis->begin.isEmpty()) begin = axis->begin.getValue(); 
    503       if (!axis->n.isEmpty()) n = axis->n.getValue(); 
    504       axis->value.resize(n); 
    505       for (int i = 0; i < n; ++i) axis->value(i) = readAxisValue(begin + i); 
     555      bool hasValue = SuperClassWriter::hasVariable(itMapN->first); 
     556      if (hasValue) 
     557      { 
     558        std::vector<StdSize> nBegin(1, 0), nSize(1, itMapN->second); 
     559        CArray<double,1> readAxisValue(itMapN->second); 
     560        readFieldVariableValue(readAxisValue, itMapN->first, nBegin, nSize, true); 
     561        int begin = 0, n = itMapN->second; 
     562        if (!axis->begin.isEmpty()) begin = axis->begin.getValue(); 
     563        if (!axis->n.isEmpty()) n = axis->n.getValue(); 
     564        axis->value.resize(n); 
     565        for (int i = 0; i < n; ++i) axis->value(i) = readAxisValue(begin + i); 
     566      } 
    506567    } 
    507568  } 

  • XIOS/dev/branch_openmp/src/io/nc4_data_output.cpp

    r1328 r1460  
    11#include "nc4_data_output.hpp" 
    22 
    3 #include <boost/lexical_cast.hpp> 
    43#include "attribute_template.hpp" 
    54#include "group_template.hpp" 
    … …  
    2423      { 
    2524        SuperClass::type = MULTI_FILE; 
     25        compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ; 
    2626      } 
    2727 
    … …  
    3737      { 
    3838        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE; 
     39        if (file==NULL) compressionLevel = 0 ; 
     40        else compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ; 
    3941      } 
    4042 
    … …  
    5355      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain) 
    5456      { 
     57        StdString lonName,latName ; 
     58          
     59        domain->computeWrittenIndex(); 
     60        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file); 
     61 
    5562        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured) 
    5663        { 
    … …  
    7683         if (isWrittenDomain(domid)) return ; 
    7784         else setWrittenDomain(domid); 
     85         
     86         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex; 
    7887 
    7988 
    … …  
    8998         { 
    9099           case CDomain::type_attr::curvilinear : 
    91              dimXid     = StdString("x").append(appendDomid); 
    92              dimYid     = StdString("y").append(appendDomid); 
     100 
     101             if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "nav_lon"; 
     102             else lonName = domain->lon_name; 
     103 
     104             if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "nav_lat"; 
     105             else latName = domain->lat_name; 
     106 
     107             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid=StdString("x").append(appendDomid); 
     108             else dimXid=domain->dim_i_name.getValue() + appendDomid; 
     109 
     110             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid=StdString("y").append(appendDomid); 
     111             else dimYid=domain->dim_j_name.getValue() + appendDomid; 
     112 
    93113             break ; 
     114 
    94115           case CDomain::type_attr::rectilinear : 
    95              dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid); 
    96              dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid); 
     116 
     117             if (domain->lon_name.isEmpty()) 
     118             { 
     119               if (domain->dim_i_name.isEmpty()) 
     120                   lonName = "lon"; 
     121               else 
     122                 lonName = domain->dim_i_name.getValue(); 
     123             } 
     124             else lonName = domain->lon_name; 
     125 
     126             if (domain->lat_name.isEmpty()) 
     127             { 
     128               if (domain->dim_j_name.isEmpty()) 
     129                 latName = "lat"; 
     130               else 
     131                 latName = domain->dim_j_name.getValue(); 
     132             } 
     133             else latName = domain->lat_name; 
     134              
     135             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid = lonName+appendDomid; 
     136             else dimXid = domain->dim_i_name.getValue()+appendDomid; 
     137 
     138             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid = latName+appendDomid; 
     139             else dimYid = domain->dim_j_name.getValue()+appendDomid; 
    97140             break; 
    98141         } 
    … …  
    111154*/ 
    112155 
     156         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer; 
     157         int nbWritten = indexToWrite.numElements(); 
     158         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon; 
     159         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon; 
     160         CArray<double,1> writtenArea; 
     161 
     162         if (domain->hasLonLat) 
     163         { 
     164           writtenLat.resize(nbWritten); 
     165           writtenLon.resize(nbWritten); 
     166           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx) 
     167           { 
     168                  if (idx < domain->latvalue.numElements()) 
     169                  { 
     170                writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx)); 
     171                writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx)); 
     172                  } 
     173                  else 
     174                  { 
     175                writtenLat(idx) = 0.; 
     176                writtenLon(idx) = 0.; 
     177                  } 
     178           } 
     179          
     180 
     181           if (domain->hasBounds) 
     182           {          
     183             int nvertex = domain->nvertex, idx; 
     184             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten); 
     185             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten); 
     186             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue; 
     187             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;    
     188             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx) 
     189               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv) 
     190               { 
     191                 if (idx < boundslat.columns()) 
     192                 { 
     193                   writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx))); 
     194                   writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx))); 
     195                 } 
     196                 else 
     197                 { 
     198                   writtenBndsLat(nv, idx) = 0.; 
     199                   writtenBndsLon(nv, idx) = 0.; 
     200                 } 
     201               } 
     202           } 
     203         } 
     204 
     205         if (domain->hasArea) 
     206         { 
     207           writtenArea.resize(nbWritten);            
     208           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx) 
     209           { 
     210                  if (idx < domain->areavalue.numElements()) 
     211                writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx)); 
     212                  else 
     213                writtenArea(idx) = 0.; 
     214           } 
     215         } 
     216 
    113217         try 
    114218         { 
    … …  
    129233                   case CDomain::type_attr::curvilinear : 
    130234                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid); 
    131                      lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid); 
    132                      latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid); 
     235                     lonid = lonName+appendDomid; 
     236                     latid = latName+appendDomid; 
    133237                     break ; 
    134238                   case CDomain::type_attr::rectilinear : 
    135                      lonid = StdString("lon").append(appendDomid); 
    136                      latid = StdString("lat").append(appendDomid); 
     239                     lonid = lonName+appendDomid; 
     240                     latid = latName+appendDomid; 
    137241                     dim0.push_back(dimYid); 
    138242                     dim1.push_back(dimXid); 
    139243                     break; 
    140244                 } 
    141  
    142                  bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid); 
    143                  bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid); 
    144  
    145                  SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv); 
    146                  SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv); 
     245                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name; 
     246                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid; 
     247                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name; 
     248                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid; 
     249 
     250                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni); 
     251                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj); 
    147252 
    148253                 if (domain->hasBounds) 
    … …  
    151256                 if (server->intraCommSize > 1) 
    152257                 { 
    153                    this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv, 
    154                                               domain->zoom_ni_srv, 
    155                                               domain->zoom_jbegin_srv, 
    156                                               domain->zoom_nj_srv, 
     258                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin, 
     259                                              domain->zoom_ni, 
     260                                              domain->zoom_jbegin, 
     261                                              domain->zoom_nj, 
    157262                                              appendDomid); 
    158263 
    159264                   if (singleDomain) 
    160265                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid, 
    161                                                       domain->zoom_ibegin_srv, 
    162                                                       domain->zoom_ni_srv, 
    163                                                       domain->zoom_jbegin_srv, 
    164                                                       domain->zoom_nj_srv, 
     266                                                      domain->zoom_ibegin, 
     267                                                      domain->zoom_ni, 
     268                                                      domain->zoom_jbegin, 
     269                                                      domain->zoom_nj, 
    165270                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo, 
    166271                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize); 
    … …  
    172277                   { 
    173278                     case CDomain::type_attr::curvilinear : 
    174                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0); 
    175                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0); 
     279                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel); 
     280                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel); 
    176281                       break ; 
    177282                      case CDomain::type_attr::rectilinear : 
    178                         SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0); 
    179                         SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1); 
     283                        SuperClassWriter::addVariable(lat