Changeset 586 for XIOS


Ignore:
Timestamp:
04/01/15 17:53:02 (9 years ago)
Author:
mhnguyen
Message:

Fixing some bugs on writting non-distributed data

+) Implement scalar grid: Allow to send scalar real data
+) Modify the way to compute the mapping of buffer size from one client to a server
+) Fix a bug of writting axis on one_file mode
+) Make some changes in test_new_features.f90 and test_complete.f90

Test
+) On Curie,
+) test_client and test_complete pass and results are correct

Location:
XIOS/trunk
Files:
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • XIOS/trunk/inputs/COMPLETE/context_atmosphere.xml

    r584 r586  
    1717 
    1818  <axis_definition> 
    19     <axis id="axis_atm" zoom_size="2" zoom_end="3" /> 
     19    <axis id="axis_atm" zoom_size="2" zoom_end="2" /> 
    2020  </axis_definition> 
    2121 

  • XIOS/trunk/inputs/Version2/iodef.xml

    r569 r586  
    66 
    77 
    8    <field_definition level="1" enabled=".TRUE."> 
     8   <field_definition level="1" enabled=".FALSE."> 
    99     <field id="field_AA"  operation="average" freq_op="3600s" domain_ref="domain_A"  axis_ref="axis_A" /> 
    1010     <field id="field_A"  operation="average" freq_op="3600s" grid_ref="grid_A" /> 
    1111     <field id="field_Axis"  operation="average" freq_op="3600s" grid_ref="grid_Axis" /> 
    1212     <field id="field_All_Axis" operation="average" freq_op="3600s" grid_ref="grid_All_Axis" /> 
     13     <field id="field_Scalar" operation="average" freq_op="3600s" grid_ref="ScalarGrid" /> 
    1314   </field_definition> 
    1415 
    … …  
    1617   <file_definition type="multiple_file" par_access="collective" output_freq="6h" output_level="10" enabled=".TRUE."> 
    1718     <file id="output" name="output"> 
    18         <field field_ref="field_A" /> 
     19<!--        <field field_ref="field_A" />--> 
    1920     </file> 
    20      <file id="output_Axis" name="output_Axis"> 
    21 <!--        <field field_ref="field_Axis" />--> 
    22         <field field_ref="field_All_Axis" /> 
     21     <file id="output_Axis" name="output_Axis" type="one_file"> 
     22        <field field_ref="field_Axis" /> 
     23     </file> 
     24     <file id="output_All_Axis" name="output_All_Axis" type="one_file"> 
     25<!--        <field field_ref="field_All_Axis" />--> 
     26     </file> 
     27     <file id="output_Scalar" name="output_Scalar" type="one_file"> 
     28<!--        <field field_ref="field_Scalar" />--> 
    2329     </file> 
    2430   </file_definition> 
    … …  
    5056         <axis axis_ref="axis_C" /> 
    5157       </grid> 
     58       <grid id="ScalarGrid"> 
     59       </grid> 
    5260     </grid_group> 
    5361   </grid_definition> 
    … …  
    6876        <variable_group id="buffer"> 
    6977            <variable id="optimal_buffer_size" type="string">performance</variable> 
    70             <variable id="buffer_factor_size" type="double">10.0</variable> 
     78            <variable id="buffer_factor_size" type="double">1.0</variable> 
    7179         </variable_group> 
    7280 

  • XIOS/trunk/src/interface/c/icdata.cpp

    r576 r586  
    365365   // ---------------------- Ecriture des données ------------------------------ 
    366366 
    367    void cxios_write_data_k81(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize) 
     367   void cxios_write_data_k80(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize) 
    368368   { 
    369369      std::string fieldid_str; 
    … …  
    380380   } 
    381381 
    382    void cxios_write_data_k82(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize, int data_Ysize) 
    383    { 
    384       std::string fieldid_str; 
    385       if (!cstr2string(fieldid, fieldid_size, fieldid_str)) return; 
    386  
    387       CTimer::get("XIOS").resume() ; 
    388       CTimer::get("XIOS send field").resume() ; 
    389       CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
    390       if (!context->hasServer) context->client->checkBuffers() ; 
    391  
    392       CArray<double,2>data(data_k8,shape(data_Xsize,data_Ysize),neverDeleteData) ; 
    393       CField::get(fieldid_str)->setData(data) ; 
    394       CTimer::get("XIOS send field").suspend() ; 
    395       CTimer::get("XIOS").suspend() ; 
    396    } 
    397  
    398    void cxios_write_data_k83(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize, int data_Ysize, int data_Zsize) 
    399    { 
    400       std::string fieldid_str; 
    401       if (!cstr2string(fieldid, fieldid_size, fieldid_str)) return; 
    402  
    403       CTimer::get("XIOS").resume() ; 
    404       CTimer::get("XIOS send field").resume() ; 
    405       CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
    406       if (!context->hasServer) context->client->checkBuffers() ; 
    407  
    408       CArray<double,3>data(data_k8,shape(data_Xsize,data_Ysize,data_Zsize),neverDeleteData) ; 
    409       CField::get(fieldid_str)->setData(data) ; 
    410       CTimer::get("XIOS send field").suspend() ; 
    411       CTimer::get("XIOS").suspend() ; 
    412    } 
    413  
    414    void cxios_write_data_k41(const char * fieldid, int fieldid_size, float * data_k4, int data_Xsize) 
     382   void cxios_write_data_k40(const char * fieldid, int fieldid_size, float * data_k4, int data_Xsize) 
    415383   { 
    416384      std::string fieldid_str; 
    … …  
    430398   } 
    431399 
     400   void cxios_write_data_k81(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize) 
     401   { 
     402      std::string fieldid_str; 
     403      if (!cstr2string(fieldid, fieldid_size, fieldid_str)) return; 
     404 
     405      CTimer::get("XIOS").resume() ; 
     406      CTimer::get("XIOS send field").resume() ; 
     407      CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
     408      if (!context->hasServer) context->client->checkBuffers() ; 
     409      CArray<double,(StdSize)1> data(data_k8,shape(data_Xsize),neverDeleteData) ; 
     410      CField::get(fieldid_str)->setData(data) ; 
     411      CTimer::get("XIOS send field").suspend() ; 
     412      CTimer::get("XIOS").suspend() ; 
     413   } 
     414 
     415   void cxios_write_data_k82(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize, int data_Ysize) 
     416   { 
     417      std::string fieldid_str; 
     418      if (!cstr2string(fieldid, fieldid_size, fieldid_str)) return; 
     419 
     420      CTimer::get("XIOS").resume() ; 
     421      CTimer::get("XIOS send field").resume() ; 
     422      CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
     423      if (!context->hasServer) context->client->checkBuffers() ; 
     424 
     425      CArray<double,2>data(data_k8,shape(data_Xsize,data_Ysize),neverDeleteData) ; 
     426      CField::get(fieldid_str)->setData(data) ; 
     427      CTimer::get("XIOS send field").suspend() ; 
     428      CTimer::get("XIOS").suspend() ; 
     429   } 
     430 
     431   void cxios_write_data_k83(const char * fieldid, int fieldid_size, double * data_k8, int data_Xsize, int data_Ysize, int data_Zsize) 
     432   { 
     433      std::string fieldid_str; 
     434      if (!cstr2string(fieldid, fieldid_size, fieldid_str)) return; 
     435 
     436      CTimer::get("XIOS").resume() ; 
     437      CTimer::get("XIOS send field").resume() ; 
     438      CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
     439      if (!context->hasServer) context->client->checkBuffers() ; 
     440 
     441      CArray<double,3>data(data_k8,shape(data_Xsize,data_Ysize,data_Zsize),neverDeleteData) ; 
     442      CField::get(fieldid_str)->setData(data) ; 
     443      CTimer::get("XIOS send field").suspend() ; 
     444      CTimer::get("XIOS").suspend() ; 
     445   } 
     446 
     447   void cxios_write_data_k41(const char * fieldid, int fieldid_size, float * data_k4, int data_Xsize) 
     448   { 
     449      std::string fieldid_str; 
     450     if (!cstr2string(fieldid, fieldid_size, fieldid_str)) return; 
     451 
     452      CTimer::get("XIOS").resume() ; 
     453      CTimer::get("XIOS send field").resume() ; 
     454      CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
     455      if (!context->hasServer) context->client->checkBuffers() ; 
     456 
     457      CArray<float,1> data_tmp(data_k4,shape(data_Xsize),neverDeleteData) ; 
     458      CArray<double,1> data(data_Xsize) ; 
     459      data=data_tmp ; 
     460      CField::get(fieldid_str)->setData(data) ; 
     461      CTimer::get("XIOS send field").suspend() ; 
     462      CTimer::get("XIOS").suspend() ; 
     463   } 
     464 
    432465   void cxios_write_data_k42(const char * fieldid, int fieldid_size, float * data_k4, int data_Xsize, int data_Ysize) 
    433466   { 

  • XIOS/trunk/src/interface/fortran/idata.F90

    r501 r586  
    4848      SUBROUTINE  cxios_solve_inheritance() BIND(C) 
    4949      END SUBROUTINE cxios_solve_inheritance 
     50 
     51      SUBROUTINE cxios_write_data_k80(fieldid, fieldid_size, data_k8, data_Xsize) BIND(C) 
     52         USE ISO_C_BINDING 
     53         CHARACTER(kind = C_CHAR)  , DIMENSION(*) :: fieldid 
     54         REAL     (kind = C_DOUBLE)               :: data_k8 
     55         INTEGER  (kind = C_INT)   , VALUE        :: fieldid_size 
     56         INTEGER  (kind = C_INT)   , VALUE        :: data_Xsize 
     57      END SUBROUTINE cxios_write_data_k80 
     58 
     59      SUBROUTINE cxios_write_data_k40(fieldid, fieldid_size, data_k4, data_Xsize) BIND(C) 
     60         USE ISO_C_BINDING 
     61         CHARACTER(kind = C_CHAR)  , DIMENSION(*) :: fieldid 
     62         REAL     (kind = C_FLOAT)                :: data_k4 
     63         INTEGER  (kind = C_INT)   , VALUE        :: fieldid_size 
     64         INTEGER  (kind = C_INT)   , VALUE        :: data_Xsize 
     65      END SUBROUTINE cxios_write_data_k40 
    5066 
    5167 
    … …  
    261277 
    262278 
     279   SUBROUTINE xios(send_field_r8)(fieldid, data_k8) 
     280   IMPLICIT NONE 
     281      CHARACTER(len = *) , INTENT(IN) :: fieldid 
     282      REAL     (kind = 8), INTENT(IN) :: data_k8 
     283      CALL cxios_write_data_k80(fieldid, len(fieldid), data_k8, 1) 
     284   END SUBROUTINE xios(send_field_r8) 
     285 
     286   SUBROUTINE xios(send_field_r4)(fieldid, data_k4) 
     287   IMPLICIT NONE 
     288      CHARACTER(len = *) , INTENT(IN) :: fieldid 
     289      REAL     (kind = 4), INTENT(IN) :: data_k4 
     290      CALL cxios_write_data_k40(fieldid, len(fieldid), data_k4, 1) 
     291   END SUBROUTINE xios(send_field_r4) 
     292 
     293 
     294 
    263295   SUBROUTINE xios(send_field_r8_1d)(fieldid, data1d_k8) 
    264296   IMPLICIT NONE 

  • XIOS/trunk/src/interface/fortran/ixios.F90

    • Property svn:executable set to *
    r576 r586  
    1111 
    1212USE icontext_attr, ONLY : xios(set_context_attr), xios(get_context_attr), xios(is_defined_context_attr) 
     13                  xios(setVar_logic), xios(setVar_char), xios(send_field_r8), xios(send_field_r4) 
    1314 
    1415USE idata, ONLY : xios(initialize), xios(init_server), xios(finalize), xios(context_initialize), xios(context_is_initialized), & 
    … …  
    3839 
    3940USE ifield, ONLY : txios(field), txios(fieldgroup), xios(is_valid_field), xios(is_valid_fieldgroup) 
     41                    xios(send_field_r4_1d), xios(send_field_r4_2d), xios(send_field_r4_3d),              & 
     42                    xios(send_field_r8), xios(send_field_r4) 
    4043 
    4144USE ifield_attr, ONLY : xios(set_field_attr), xios(get_field_attr), xios(is_defined_field_attr) 

  • XIOS/trunk/src/node/axis.cpp

    r570 r586  
    280280      zoom_begin_srv=0 ; zoom_end_srv=0 ; zoom_size_srv=0 ; 
    281281    } 
     282 
     283    if (size == ni) 
     284    { 
     285      zoom_begin_srv = zoom_begin.getValue(); 
     286      zoom_end_srv   = zoom_end; 
     287      zoom_size_srv  = zoom_end_srv-zoom_begin_srv+1 ; 
     288    } 
    282289  } 
    283290 

  • XIOS/trunk/src/node/field.cpp

    r569 r586  
    1111#include "type.hpp" 
    1212#include "context_client.hpp" 
     13#include "context_server.hpp" 
    1314#include <set> 
    1415 
    … …  
    254255  { 
    255256    if (!getRelFile()->allDomainEmpty) 
     257    { 
    256258      if (grid->doGridHaveDataToWrite() || getRelFile()->type == CFile::type_attr::one_file) //      if (! grid->domain->isEmpty() || getRelFile()->type == CFile::type_attr::one_file) 
    257259      { 
    … …  
    260262        getRelFile()->getDataOutput()->writeFieldData(CField::get(this)); 
    261263      } 
     264    } 
    262265  } 
    263266 
    … …  
    560563           domList = grid->getDomainList(); 
    561564           axisList = grid->getAxisList(); 
     565           if (domList.empty() && axisList.empty() && (!(this->grid->scalar_grid.getValue()))) 
     566           { 
     567             this->grid = CGrid::createGrid(vecDom, vecAxis); 
     568           } 
    562569         } 
    563570         else 
    … …  
    566573                  << grid_ref.getValue() << "\' is wrong"); 
    567574      } 
     575      else 
     576      { 
     577         this->grid = CGrid::createGrid(vecDom, vecAxis); 
     578      } 
    568579 
    569580      if (grid_ref.isEmpty() && domain_ref.isEmpty() && axis_ref.isEmpty()) 
    … …  
    572583                  << "At least one dimension must be defined for this field."); 
    573584      } 
    574  
    575  
    576      if (domList.empty() && axisList.empty()) 
    577      { 
    578        this->grid = CGrid::createGrid(vecDom, vecAxis); 
    579      } 
    580585   } 
    581586 

  • XIOS/trunk/src/node/grid.cpp

    • Property svn:executable set to *
    r585 r586  
    2424      , vDomainGroup_(), vAxisGroup_(), axisList_(), isAxisListSet(false), isDomListSet(false), clientDistribution_(0), isIndexSent(false) 
    2525      , serverDistribution_(0), serverDistributionDescription_(0), clientServerMap_(0), writtenDataSize_(0), globalDim_() 
    26       , connectedDataSize_(), connectedServerRank_() 
     26      , connectedDataSize_(), connectedServerRank_(), isDataDistributed_(true) 
    2727   { 
    2828     setVirtualDomainGroup(); 
    … …  
    3535      , vDomainGroup_(), vAxisGroup_(), axisList_(), isAxisListSet(false), isDomListSet(false), clientDistribution_(0), isIndexSent(false) 
    3636      , serverDistribution_(0), serverDistributionDescription_(0), clientServerMap_(0), writtenDataSize_(0), globalDim_() 
    37       , connectedDataSize_(), connectedServerRank_() 
     37      , connectedDataSize_(), connectedServerRank_(), isDataDistributed_(true) 
    3838   { 
    3939     setVirtualDomainGroup(); 
    … …  
    166166   StdSize CGrid::getDataSize(void) const 
    167167   { 
     168     StdSize retvalue = 1; 
     169     if (true == scalar_grid.getValue()) return retvalue; 
    168170      std::vector<int> dataNindex = clientDistribution_->getDataNIndex(); 
    169       StdSize retvalue = 1; 
     171 
    170172      for (int i = 0; i < dataNindex.size(); ++i) retvalue *= dataNindex[i]; 
    171173      return (retvalue); 
    … …  
    175177   { 
    176178     double secureFactor = 2.5 * sizeof(double) * CXios::bufferServerFactorSize; 
    177      StdSize retVal; 
     179     StdSize retVal = 1; 
    178180     std::map<int, StdSize> ret; 
    179      std::map<int, size_t >::const_iterator it = connectedDataSize_.begin(), itE = connectedDataSize_.end(); 
    180      for (; it != itE; ++it) 
     181     std::map<int, size_t >::const_iterator itb = connectedDataSize_.begin(), it, itE = connectedDataSize_.end(); 
     182 
     183     if (true == scalar_grid.getValue()) 
     184     { 
     185       for (it = itb; it != itE; ++it) 
     186       { 
     187         retVal *= secureFactor; 
     188         ret.insert(std::make_pair(it->first, retVal)); 
     189       } 
     190       return ret; 
     191     } 
     192 
     193     for (it = itb; it != itE; ++it) 
    181194     { 
    182195        retVal = it->second; 
    … …  
    185198     } 
    186199 
     200     if (connectedDataSize_.empty()) 
     201     { 
     202       for (int i = 0; i < connectedServerRank_.size(); ++i) 
     203       { 
     204         retVal = 1; 
     205         retVal *= secureFactor; 
     206         ret.insert(std::make_pair<int,StdSize>(connectedServerRank_[i], retVal)); 
     207       } 
     208     } 
     209 
    187210     return ret; 
    188211   } 
    … …  
    203226     CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
    204227     CContextClient* client=context->client ; 
     228 
     229     if (true == scalar_grid) 
     230     { 
     231       if (context->hasClient) 
     232          if (this->isChecked && doSendingIndex && !isIndexSent) { sendIndexScalarGrid(); this->isIndexSent = true; } 
     233 
     234       if (this->isChecked) return; 
     235       if (context->hasClient) 
     236       { 
     237          this->computeIndexScalarGrid(); 
     238       } 
     239 
     240       this->isChecked = true; 
     241       return; 
     242     } 
    205243 
    206244     if (context->hasClient) 
    … …  
    315353     // First of all, compute distribution on client side 
    316354     clientDistribution_ = new CDistributionClient(client->clientRank, this); 
     355     // Get local data index on client 
     356     storeIndex_client.resize(clientDistribution_->getLocalDataIndexOnClient().numElements()); 
     357     storeIndex_client = (clientDistribution_->getLocalDataIndexOnClient()); 
     358     isDataDistributed_= clientDistribution_->isDataDistributed(); 
     359 
     360     if (!doGridHaveDataDistributed()) 
     361     { 
     362        if (0 == client->clientRank) 
     363        { 
     364          size_t ssize = clientDistribution_->getLocalDataIndexOnClient().numElements(); 
     365          for (int rank = 0; rank < client->serverSize; ++rank) 
     366            connectedDataSize_[rank] = ssize; 
     367        } 
     368        return; 
     369     } 
     370 
     371     // Compute mapping between client and server 
    317372     size_t globalSizeIndex = 1, indexBegin, indexEnd; 
    318373     int range, clientSize = client->clientSize; 
    … …  
    377432 
    378433    nbSenders = clientServerMap_->computeConnectedClients(client->serverSize, client->clientSize, client->intraComm, connectedServerRank_); 
    379  
    380      // Get local data index on client 
    381      storeIndex_client.resize(clientDistribution_->getLocalDataIndexOnClient().numElements()); 
    382      storeIndex_client = (clientDistribution_->getLocalDataIndexOnClient()); 
    383434   } 
    384435 
    … …  
    409460      if (!domains.empty()) for (int i = 0; i < domains.size(); ++i) new_id += domains[i]->getId() + StdString("_"); 
    410461      if (!axis.empty()) for (int i = 0; i < axis.size(); ++i) new_id += axis[i]->getId() + StdString("_") ; 
     462      if (domains.empty() && axis.empty()) new_id += StdString("scalar_grid"); 
    411463      new_id += StdString("_"); 
    412464 
    … …  
    427479      } 
    428480 
    429       grid->computeGridGlobalDimension(domains, axis, grid->axis_domain_order); 
     481      if (domains.empty() && axis.empty()) grid->scalar_grid = true; 
     482      else grid->scalar_grid = false; 
     483 
     484      grid->computeGridGlobalDimension(domains, axis, grid->axisDomainOrder); 
    430485 
    431486      return (grid); 
    … …  
    463518      for(StdSize i = 0; i < size; i++) stored(i) = data[storeIndex_client(i)] ; 
    464519   } 
     520 
     521  void CGrid::computeIndexScalarGrid() 
     522  { 
     523    CContext* context = CContext::getCurrent(); 
     524    CContextClient* client=context->client; 
     525 
     526    storeIndex_client.resize(1); 
     527    storeIndex_client[0] = 0; 
     528    if (0 == client->clientRank) 
     529    { 
     530      for (int rank = 0; rank < client->serverSize; ++rank) 
     531        connectedDataSize_[rank] = 1; 
     532    } 
     533    isDataDistributed_ = false; 
     534  } 
     535 
     536  void CGrid::sendIndexScalarGrid() 
     537  { 
     538    CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
     539    CContextClient* client=context->client ; 
     540 
     541    CEventClient event(getType(),EVENT_ID_INDEX); 
     542    list<shared_ptr<CMessage> > list_msg ; 
     543    list< CArray<size_t,1>* > listOutIndex; 
     544    if (0 == client->clientRank) 
     545    { 
     546      for (int rank = 0; rank < client->serverSize; ++rank) 
     547      { 
     548        int nb = 1; 
     549        CArray<size_t, 1> outGlobalIndexOnServer(nb); 
     550        CArray<int, 1> outLocalIndexToServer(nb); 
     551        for (int k = 0; k < nb; ++k) 
     552        { 
     553          outGlobalIndexOnServer(k) = 0; 
     554          outLocalIndexToServer(k)  = 0; 
     555        } 
     556 
     557        storeIndex_toSrv.insert( pair<int,CArray<int,1>* >(rank,new CArray<int,1>(outLocalIndexToServer) )); 
     558        listOutIndex.push_back(new CArray<size_t,1>(outGlobalIndexOnServer)); 
     559 
     560        list_msg.push_back(shared_ptr<CMessage>(new CMessage)); 
     561        *list_msg.back()<<getId()<<isDataDistributed_<<*listOutIndex.back(); 
     562 
     563        event.push(rank, 1, *list_msg.back()); 
     564      } 
     565      client->sendEvent(event); 
     566    } 
     567    else 
     568      client->sendEvent(event); 
     569 
     570    for(list<CArray<size_t,1>* >::iterator it=listOutIndex.begin();it!=listOutIndex.end();++it) delete *it ; 
     571  } 
    465572 
    466573  void CGrid::sendIndex(void) 
    … …  
    477584    const CArray<size_t,1>& globalIndexSendToServer = clientDistribution_->getGlobalDataIndexSendToServer(); 
    478585 
    479     std::map<int, std::vector<size_t> >::const_iterator iteGlobalMap, itbGlobalMap, itGlobalMap; 
    480     itbGlobalMap = itGlobalMap = globalIndexOnServer.begin(); 
    481     iteGlobalMap = globalIndexOnServer.end(); 
    482  
    483     int nbGlobalIndex = globalIndexSendToServer.numElements(); 
    484     std::map<int,std::vector<int> >localIndexTmp; 
    485     std::map<int,std::vector<size_t> > globalIndexTmp; 
    486     for (; itGlobalMap != iteGlobalMap; ++itGlobalMap) 
    487     { 
    488       int serverRank = itGlobalMap->first; 
    489       std::vector<size_t>::const_iterator itbVecGlobal = (itGlobalMap->second).begin(), 
    490                                           iteVecGlobal = (itGlobalMap->second).end(); 
    491       for (int i = 0; i < nbGlobalIndex; ++i) 
    492       { 
    493         if (iteVecGlobal != std::find(itbVecGlobal, iteVecGlobal, globalIndexSendToServer(i))) 
    494         { 
    495           globalIndexTmp[serverRank].push_back(globalIndexSendToServer(i)); 
    496           localIndexTmp[serverRank].push_back(localIndexSendToServer(i)); 
    497         } 
    498       } 
    499     } 
    500  
    501  
    502586    if (!doGridHaveDataDistributed()) 
    503587    { 
    504588      if (0 == client->clientRank) 
    505589      { 
     590        CArray<size_t, 1> outGlobalIndexOnServer = globalIndexSendToServer; 
     591        CArray<int,1> outLocalIndexToServer = localIndexSendToServer; 
    506592        for (rank = 0; rank < client->serverSize; ++rank) 
    507593        { 
    508           int nb = 0; 
    509           if (globalIndexTmp.end() != globalIndexTmp.find(rank)) 
    510             nb = globalIndexTmp[rank].size(); 
    511  
    512           CArray<size_t, 1> outGlobalIndexOnServer(nb); 
    513           CArray<int, 1> outLocalIndexToServer(nb); 
    514           for (int k = 0; k < nb; ++k) 
    515           { 
    516             outGlobalIndexOnServer(k) = globalIndexTmp[rank].at(k); 
    517             outLocalIndexToServer(k)  = localIndexTmp[rank].at(k); 
    518           } 
    519  
    520           storeIndex_toSrv.insert( pair<int,CArray<int,1>* >(rank,new CArray<int,1>(outLocalIndexToServer) )); 
     594          storeIndex_toSrv.insert( pair<int,CArray<int,1>* >(rank,new CArray<int,1>(outLocalIndexToServer))); 
    521595          listOutIndex.push_back(new CArray<size_t,1>(outGlobalIndexOnServer)); 
    522596 
    523597          list_msg.push_back(shared_ptr<CMessage>(new CMessage)); 
    524           *list_msg.back()<<getId()<<*listOutIndex.back(); 
     598          *list_msg.back()<<getId()<<isDataDistributed_<<*listOutIndex.back(); 
    525599 
    526600          event.push(rank, 1, *list_msg.back()); 
    … …  
    533607    else 
    534608    { 
     609      std::map<int, std::vector<size_t> >::const_iterator iteGlobalMap, itbGlobalMap, itGlobalMap; 
     610      itbGlobalMap = itGlobalMap = globalIndexOnServer.begin(); 
     611      iteGlobalMap = globalIndexOnServer.end(); 
     612 
     613      int nbGlobalIndex = globalIndexSendToServer.numElements(); 
     614      std::map<int,std::vector<int> >localIndexTmp; 
     615      std::map<int,std::vector<size_t> > globalIndexTmp; 
     616      for (; itGlobalMap != iteGlobalMap; ++itGlobalMap) 
     617      { 
     618        int serverRank = itGlobalMap->first; 
     619        std::vector<size_t>::const_iterator itbVecGlobal = (itGlobalMap->second).begin(), 
     620                                            iteVecGlobal = (itGlobalMap->second).end(); 
     621        for (int i = 0; i < nbGlobalIndex; ++i) 
     622        { 
     623          if (iteVecGlobal != std::find(itbVecGlobal, iteVecGlobal, globalIndexSendToServer(i))) 
     624          { 
     625            globalIndexTmp[serverRank].push_back(globalIndexSendToServer(i)); 
     626            localIndexTmp[serverRank].push_back(localIndexSendToServer(i)); 
     627          } 
     628        } 
     629      } 
     630 
    535631      for (int ns = 0; ns < connectedServerRank_.size(); ++ns) 
    536632      { 
    … …  
    552648 
    553649        list_msg.push_back(shared_ptr<CMessage>(new CMessage)); 
    554         *list_msg.back()<<getId()<<*listOutIndex.back(); 
     650        *list_msg.back()<<getId()<<isDataDistributed_<<*listOutIndex.back(); 
    555651 
    556652        event.push(rank, nbSenders[rank], *list_msg.back()); 
    … …  
    612708  bool CGrid::doGridHaveDataToWrite() 
    613709  { 
    614 //    return (0 != serverDistribution_); 
    615     return (0 != writtenDataSize_); 
     710    size_t ssize = 0; 
     711    for (map<int, CArray<size_t, 1>* >::const_iterator it = outIndexFromClient.begin(); 
     712                                                       it != outIndexFromClient.end(); ++it) 
     713    { 
     714      ssize += (it->second)->numElements(); 
     715    } 
     716    return (0 != ssize); 
    616717  } 
    617718 
    … …  
    627728  } 
    628729 
    629  
    630730  const CDistributionServer* CGrid::getDistributionServer() const 
    631731  { 
    … …  
    635735  bool CGrid::doGridHaveDataDistributed() 
    636736  { 
    637     return clientDistribution_->isDataDistributed(); 
     737    if (true == scalar_grid.getValue()) return false; 
     738    else 
     739      return isDataDistributed_; 
    638740  } 
    639741 
    640742  void CGrid::recvIndex(int rank, CBufferIn& buffer) 
    641743  { 
     744    CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
     745    CContextServer* server=context->server ; 
     746    buffer>>isDataDistributed_; 
     747    size_t dataSize = 0; 
     748 
     749    if (true == scalar_grid) 
     750    { 
     751       writtenDataSize_ = 1; 
     752       CArray<size_t,1> outIndex; 
     753       buffer>>outIndex; 
     754       outIndexFromClient.insert(std::pair<int, CArray<size_t,1>* >(rank, new CArray<size_t,1>(outIndex))); 
     755       std::vector<int> nZoomBegin(1,0), nZoomSize(1,1), nGlob(1,1), nZoomBeginGlobal(1,0); 
     756       serverDistribution_ = new CDistributionServer(server->intraCommRank, nZoomBegin, nZoomSize, 
     757                                                     nZoomBeginGlobal, nGlob); 
     758       return; 
     759    } 
     760 
     761 
    642762     if (0 == serverDistribution_) 
    643763     { 
    644        CContext* context = CContext::getCurrent() ; 
    645        CContextServer* server=context->server ; 
    646        int idx = 0, numElement = axis_domain_order.numElements(); 
    647764       int ssize = numElement; 
    648765       std::vector<int> indexMap(numElement); 
    … …  
    687804         } 
    688805       } 
    689        writtenDataSize_ = 1; 
     806       dataSize = 1; 
    690807       for (int i = 0; i < nZoomSize.size(); ++i) 
    691         writtenDataSize_ *= nZoomSize[i]; 
     808        dataSize *= nZoomSize[i]; 
    692809 
    693810       serverDistribution_ = new CDistributionServer(server->intraCommRank, nZoomBegin, nZoomSize, 
    … …  
    697814     CArray<size_t,1> outIndex; 
    698815     buffer>>outIndex; 
    699      serverDistribution_->computeLocalIndex(outIndex); 
     816     if (isDataDistributed_) 
     817      serverDistribution_->computeLocalIndex(outIndex); 
     818     else 
     819     { 
     820       dataSize = outIndex.numElements(); 
     821       for (int i = 0; i < outIndex.numElements(); ++i) outIndex(i) = i; 
     822     } 
     823     writtenDataSize_ += dataSize; 
     824 
    700825     outIndexFromClient.insert(std::pair<int, CArray<size_t,1>* >(rank, new CArray<size_t,1>(outIndex))); 
    701826  } 
    … …  
    10811206        axis_domain_order(i) = order[i]; 
    10821207      } 
    1083     } 
     1208      scalar_grid = false; 
     1209    } 
     1210    else scalar_grid = true; 
    10841211 
    10851212    setDomainList(); 

  • XIOS/trunk/src/node/grid.hpp

    r584 r586  
    3636   BEGIN_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CGrid) 
    3737#  include "grid_attribute.conf" 
     38     DECLARE_ATTRIBUTE(bool, scalar_grid) 
    3839   END_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CGrid) 
    3940 
    … …  
    134135         void computeIndexServer(void); 
    135136         void computeIndex(void); 
     137         void computeIndexScalarGrid(); 
    136138 
    137139         void solveDomainRef(bool checkAtt); 
    … …  
    154156         void recvIndex(int rank, CBufferIn& buffer) ; 
    155157         void sendIndex(void) ; 
     158         void sendIndexScalarGrid(); 
    156159 
    157160         void computeDomConServer(); 
    … …  
    225228        std::map<int,size_t> connectedDataSize_; 
    226229        std::vector<int> connectedServerRank_; 
     230        bool isDataDistributed_; 
    227231   }; // class CGrid 
    228232 

  • XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp

    r575 r586  
    118118                 if (server->intraCommSize > 1) 
    119119                 { 
     120 
    120121  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue()); 
    121122  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue()); 
    … …  
    485486         StdSize zoom_size_srv=axis->zoom_size_srv; 
    486487         StdSize zoom_begin_srv=axis->zoom_begin_srv; 
     488         StdSize zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv 
     489                                                              : axis->zoom_size; 
     490         StdSize zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv 
     491                                                              : axis->zoom_begin; 
    487492 
    488493 
    … …  
    492497         try 
    493498         { 
    494            SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size_srv); 
     499           SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size); 
    495500           dims.push_back(axisid); 
    496501 
    … …  
    527532                 SuperClassWriter::definition_end(); 
    528533 
    529                  CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv) ; 
     534                 CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ; 
    530535                 for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size_srv ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin_srv) ; 
    531536                 SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0); 
    … …  
    12351240                } 
    12361241 
    1237                  SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count ); 
    1238                  if (wtime) 
    1239                  { 
    1240                    SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot ); 
    1241                    SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot ); 
    1242                    SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot ); 
    1243                    SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot); 
    1244                  } 
    1245                  break; 
     1242                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count ); 
     1243                if (wtime) 
     1244                { 
     1245                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot ); 
     1246                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot ); 
     1247                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot ); 
     1248                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot); 
     1249                } 
     1250 
     1251                break; 
    12461252              } 
    12471253            } 

  • XIOS/trunk/src/test/test_complete.f90

    r565 r586  
    9696  CALL xios_set_domain_attr("domain_atm_zoom",data_dim=2, data_ibegin=-1, data_ni=ni+2, data_jbegin=-2, data_nj=nj+4) 
    9797  CALL xios_set_domain_attr("domain_atm_zoom",lonvalue=RESHAPE(lon,(/ni*nj/)),latvalue=RESHAPE(lat,(/ni*nj/))) 
    98   CALL xios_set_domain_attr("domain_atm_zoom",zoom_ibegin=40, zoom_ni=20, zoom_jbegin=40, zoom_nj=10) 
     98  CALL xios_set_domain_attr("domain_atm_zoom",zoom_ibegin=39, zoom_ni=20, zoom_jbegin=39, zoom_nj=5) 
    9999 
    100100!!! Activation du groupe field_definition 

  • XIOS/trunk/src/test/test_new_features.f90

    r569 r586  
    1717  INTEGER,PARAMETER :: ni_glo=100 
    1818  INTEGER,PARAMETER :: nj_glo=100 
    19   INTEGER,PARAMETER :: llm=10 
    20   DOUBLE PRECISION  :: lval(llm)=1 
     19  INTEGER,PARAMETER :: llm=5 
     20  DOUBLE PRECISION  :: lval(llm)=1, tsTemp 
    2121  TYPE(xios_field) :: field_hdl 
    2222  TYPE(xios_fieldgroup) :: fieldgroup_hdl 
    … …  
    8686  CALL xios_set_current_context(ctx_hdl) 
    8787 
    88 !  CALL xios_get_calendar_type(calendar_type) 
    89 !  PRINT *, "calendar_type = ", calendar_type 
     88  CALL xios_get_calendar_type(calendar_type) 
     89  PRINT *, "calendar_type = ", calendar_type 
    9090 
    9191  CALL xios_set_axis_attr("axis_A", size=ni_glo, ibegin=ibegin, ni=ni, value=lval_ni) 
    9292  CALL xios_set_axis_attr("axis_B", size=nj_glo, ibegin=jbegin, ni=nj, value=lval_nj) 
    9393  CALL xios_set_axis_attr("axis_C", size=llm, value=lval) 
    94   CALL xios_set_axis_attr("axis_D", size=llm, value=lval) 
     94  CALL xios_set_axis_attr("axis_D", size=llm, ibegin=axisBegin, ni=nAxis, value=lval) 
    9595  CALL xios_set_domain_attr("domain_A",ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, ni=ni,jbegin=jbegin,nj=nj) 
    9696  CALL xios_set_domain_attr("domain_A",data_dim=2, data_ibegin=-1, data_ni=ni+2, data_jbegin=-2, data_nj=nj+4) 
    9797  CALL xios_set_domain_attr("domain_A",lonvalue=RESHAPE(lon,(/ni*nj/)),latvalue=RESHAPE(lat,(/ni*nj/))) 
     98  CALL xios_set_domain_attr("domain_A",zoom_ibegin=40, zoom_ni=20, zoom_jbegin=40, zoom_nj=10) 
    9899  CALL xios_set_fieldgroup_attr("field_definition",enabled=.TRUE.) 
    99100 
    … …  
    106107  CALL xios_set_attr(field_hdl,field_ref="field_A",name="field_C") 
    107108 
    108   CALL xios_get_handle("output_Axis",file_hdl) 
     109  CALL xios_get_handle("output_All_Axis",file_hdl) 
    109110  CALL xios_add_child(file_hdl,field_hdl) 
    110111  CALL xios_set_attr(field_hdl,field_ref="field_All_Axis",name="field_C") 
    … …  
    146147    CALL xios_update_calendar(ts) 
    147148    CALL xios_send_field("field_A",field_A) 
    148 !    CALL xios_send_field("field_Axis",field_Axis) 
     149    CALL xios_send_field("field_Axis",field_Axis) 
    149150    CALL xios_send_field("field_All_Axis",field_All_Axis) 
     151    tsTemp = ts 
     152    CALL xios_send_field("field_Scalar", tsTemp) 
    150153    CALL wait_us(5000) ; 
    151154  ENDDO 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.