Ignore:
Timestamp:
02/10/16 14:35:03 (6 years ago)
Author:
mhnguyen
Message:

Making some improvements of transformation algorithm

+) Correct the way to enlisting transformations in an element (domain, axis)
+) Optimize generic transformation to make sure temporary grid to be created on demand
+) Update some mpi tag to prevent conflict
+) Correct some minor stuffs
+) Update documents

Test
+) On Curie
+) all test pass

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • XIOS/trunk/doc/XIOS_reference_guide.lyx

    r797 r821  
    14181418\end_layout 
    14191419 
     1420\begin_layout Subsection* 
     1421index:  
     1422\begin_inset Flex Emph 
     1423status collapsed 
     1424 
     1425\begin_layout Plain Layout 
     14261D-array of double 
     1427\end_layout 
     1428 
     1429\end_inset 
     1430 
     1431 
     1432\end_layout 
     1433 
     1434\begin_layout Standard 
     1435Fortran: 
     1436\end_layout 
     1437 
     1438\begin_layout LyX-Code 
     1439DOUBLE PRECISION :: index(:) 
     1440\end_layout 
     1441 
     1442\begin_layout Standard 
     1443Define the global index of axis which the local axis holds. 
     1444 This attribute is optional and the size of the array is equal to  
     1445\begin_inset Flex Strong 
     1446status collapsed 
     1447 
     1448\begin_layout Plain Layout 
     1449n 
     1450\end_layout 
     1451 
     1452\end_inset 
     1453 
     1454. 
     1455\end_layout 
     1456 
    14201457\begin_layout Section 
    14211458Domain attribute reference 
     
    15431580\begin_layout Standard 
    15441581Define the type of the grid. 
     1582 This attribute is mandatory. 
    15451583\end_layout 
    15461584 
     
    18771915 
    18781916. 
    1879  This attribute is mandatory. 
     1917 This attribute is optional. 
    18801918\end_layout 
    18811919 
     
    19471985 
    19481986. 
    1949  This attribute is mandatory. 
     1987 This attribute is optional. 
    19501988\end_layout 
    19511989 
     
    24232461 
    24242462\begin_layout Standard 
    2425 Define the size of the field data for the first dimension. 
    2426  This attribute is take account only if  
     2463Define the size of the field data for the second dimension. 
     2464 This attribute is taken account only if  
    24272465\begin_inset Flex Strong 
    24282466status collapsed 
     
    25612599 in the output file. 
    25622600 This value is useful in case a field is stored linearly in memory. 
    2563   
     2601 This attribute is optional. 
    25642602\end_layout 
    25652603 
     
    26102648\begin_layout Standard 
    26112649Define the reference of the domain. 
    2612  All attributes are inherited from the referenced domain with the classical 
     2650 All attributes are inherited from the referenced domain with the classic 
    26132651 inheritance mechanism. 
    26142652 The value assigned to the referenced domain is transmitted to to current 
     
    26172655\end_layout 
    26182656 
     2657\begin_layout Subsection* 
     2658i_index:  
     2659\begin_inset Flex Emph 
     2660status collapsed 
     2661 
     2662\begin_layout Plain Layout 
     26631D-array of double 
     2664\end_layout 
     2665 
     2666\end_inset 
     2667 
     2668 
     2669\end_layout 
     2670 
     2671\begin_layout Standard 
     2672Fortran: 
     2673\end_layout 
     2674 
     2675\begin_layout LyX-Code 
     2676DOUBLE PRECISION :: i_index(:) 
     2677\end_layout 
     2678 
     2679\begin_layout Standard 
     2680Define the global index of the first dimension of domain which the local 
     2681 domain holds. 
     2682 This attribute is optional and by default, the size of the array is equal 
     2683 to  
     2684\begin_inset Flex Strong 
     2685status collapsed 
     2686 
     2687\begin_layout Plain Layout 
     2688ni*nj 
     2689\end_layout 
     2690 
     2691\end_inset 
     2692 
     2693. 
     2694\end_layout 
     2695 
     2696\begin_layout Subsection* 
     2697j_index:  
     2698\begin_inset Flex Emph 
     2699status collapsed 
     2700 
     2701\begin_layout Plain Layout 
     27021D-array of double 
     2703\end_layout 
     2704 
     2705\end_inset 
     2706 
     2707 
     2708\end_layout 
     2709 
     2710\begin_layout Standard 
     2711Fortran: 
     2712\end_layout 
     2713 
     2714\begin_layout LyX-Code 
     2715DOUBLE PRECISION :: j_index(:) 
     2716\end_layout 
     2717 
     2718\begin_layout Standard 
     2719Define the global index of the second dimension of domain which the local 
     2720 domain holds. 
     2721 This attribute is optional and by default, the size of the array is equal 
     2722 to  
     2723\begin_inset Flex Strong 
     2724status collapsed 
     2725 
     2726\begin_layout Plain Layout 
     2727ni*nj 
     2728\end_layout 
     2729 
     2730\end_inset 
     2731 
     2732. 
     2733\end_layout 
     2734 
    26192735\begin_layout Section 
    26202736Grid attribute reference 
     
    26572773 
    26582774\begin_layout Subsection* 
    2659 mask:  
     2775mask_1d:  
    26602776\emph on 
    266127771D-array of bool 
     
    26672783 
    26682784\begin_layout LyX-Code 
    2669 LOGICAL :: mask(:) 
     2785LOGICAL :: mask_1d(:) 
    26702786\end_layout 
    26712787 
     
    26882804 
    26892805\begin_layout Subsection* 
    2690 mask:  
     2806mask_2d:  
    26912807\emph on 
    269228082D-array of bool 
     
    26982814 
    26992815\begin_layout LyX-Code 
    2700 LOGICAL :: mask(:,:) 
     2816LOGICAL :: mask_2d(:,:) 
    27012817\end_layout 
    27022818 
     
    27192835 
    27202836\begin_layout Subsection* 
    2721 mask:  
     2837mask_3d:  
    27222838\emph on 
    272328393D-array of bool 
     
    27292845 
    27302846\begin_layout LyX-Code 
    2731 LOGICAL :: mask(:,:,:) 
     2847LOGICAL :: mask_3d(:,:,:) 
    27322848\end_layout 
    27332849 
     
    32373353 
    32383354\begin_layout Subsection* 
     3355grid_path:  
     3356\emph on 
     3357string 
     3358\end_layout 
     3359 
     3360\begin_layout Standard 
     3361Fortran:  
     3362\end_layout 
     3363 
     3364\begin_layout LyX-Code 
     3365CHARACTER(LEN=*) :: grid_path 
     3366\end_layout 
     3367 
     3368\begin_layout Standard 
     3369Define the way operations passing from a grid to others. 
     3370 This attribute is optional. 
     3371\end_layout 
     3372 
     3373\begin_layout Subsection* 
    32393374default_value:  
    32403375\emph on 
     
    36243759 
    36253760\begin_layout Subsection* 
     3761description:  
     3762\emph on 
     3763string 
     3764\end_layout 
     3765 
     3766\begin_layout Standard 
     3767Fortran: 
     3768\end_layout 
     3769 
     3770\begin_layout LyX-Code 
     3771CHARACTER(LEN=*) :: description 
     3772\end_layout 
     3773 
     3774\begin_layout Standard 
     3775Define the description of the file. 
     3776 This attribute is optional. 
     3777\end_layout 
     3778 
     3779\begin_layout Subsection* 
    36263780name_suffix:  
    36273781\emph on 
     
    40314185\emph default 
    40324186. 
    4033 \begin_inset Newline newline 
    4034 \end_inset 
    4035  
    4036  
    4037 \begin_inset Newline newline 
    4038 \end_inset 
    4039  
    4040 Note that the  
     4187 Note that the  
    40414188\series bold 
    40424189\emph on 
     
    42374384 
    42384385\begin_layout Subsection* 
     4386time_counter_name:  
     4387\emph on 
     4388string 
     4389\end_layout 
     4390 
     4391\begin_layout Standard 
     4392Fortran: 
     4393\end_layout 
     4394 
     4395\begin_layout LyX-Code 
     4396CHARACTER(LEN=*) :: time_counter_name 
     4397\end_layout 
     4398 
     4399\begin_layout Standard 
     4400Define the name of the time counter. 
     4401 This attribute is optional. 
     4402\end_layout 
     4403 
     4404\begin_layout Subsection* 
    42394405timeseries:  
    42404406\emph on 
     
    42474413 
    42484414\begin_layout LyX-Code 
    4249 CHARACTER(LEN=*) :: time_counter 
     4415CHARACTER(LEN=*) :: time_series 
    42504416\end_layout 
    42514417 
     
    43264492\series default 
    43274493 will be used. 
     4494\end_layout 
     4495 
     4496\begin_layout Subsection* 
     4497record_offset:  
     4498\emph on 
     4499integer 
     4500\end_layout 
     4501 
     4502\begin_layout Standard 
     4503Fortran: 
     4504\end_layout 
     4505 
     4506\begin_layout LyX-Code 
     4507INTEGER :: record_offset 
     4508\end_layout 
     4509 
     4510\begin_layout Standard 
     4511Define offset of record from the beginning record. 
     4512 This attribute is optional, by default, its value is 0. 
    43284513\end_layout 
    43294514 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.