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branches/2019/dev_r10721_KERNEL-02_Storkey_Coward_IMMERSE_first_steps : changes to top-level modules.

  • Property svn:keywords set to Id
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Line 
1MODULE nemogcm
2   !!======================================================================
3   !!                       ***  MODULE nemogcm   ***
4   !! Ocean system   : NEMO GCM (ocean dynamics, on-line tracers, biochemistry and sea-ice)
5   !!======================================================================
6   !! History :  OPA  ! 1990-10  (C. Levy, G. Madec)  Original code
7   !!            7.0  ! 1991-11  (M. Imbard, C. Levy, G. Madec)
8   !!            7.1  ! 1993-03  (M. Imbard, C. Levy, G. Madec, O. Marti, M. Guyon, A. Lazar,
9   !!                             P. Delecluse, C. Perigaud, G. Caniaux, B. Colot, C. Maes) release 7.1
10   !!             -   ! 1992-06  (L.Terray)  coupling implementation
11   !!             -   ! 1993-11  (M.A. Filiberti) IGLOO sea-ice
12   !!            8.0  ! 1996-03  (M. Imbard, C. Levy, G. Madec, O. Marti, M. Guyon, A. Lazar,
13   !!                             P. Delecluse, L.Terray, M.A. Filiberti, J. Vialar, A.M. Treguier, M. Levy) release 8.0
14   !!            8.1  ! 1997-06  (M. Imbard, G. Madec)
15   !!            8.2  ! 1999-11  (M. Imbard, H. Goosse)  sea-ice model
16   !!                 ! 1999-12  (V. Thierry, A-M. Treguier, M. Imbard, M-A. Foujols)  OPEN-MP
17   !!                 ! 2000-07  (J-M Molines, M. Imbard)  Open Boundary Conditions  (CLIPPER)
18   !!   NEMO     1.0  ! 2002-08  (G. Madec)  F90: Free form and modules
19   !!             -   ! 2004-06  (R. Redler, NEC CCRLE, Germany) add OASIS[3/4] coupled interfaces
20   !!             -   ! 2004-08  (C. Talandier) New trends organization
21   !!             -   ! 2005-06  (C. Ethe) Add the 1D configuration possibility
22   !!             -   ! 2005-11  (V. Garnier) Surface pressure gradient organization
23   !!             -   ! 2006-03  (L. Debreu, C. Mazauric)  Agrif implementation
24   !!             -   ! 2006-04  (G. Madec, R. Benshila)  Step reorganization
25   !!             -   ! 2007-07  (J. Chanut, A. Sellar) Unstructured open boundaries (BDY)
26   !!            3.2  ! 2009-08  (S. Masson)  open/write in the listing file in mpp
27   !!            3.3  ! 2010-05  (K. Mogensen, A. Weaver, M. Martin, D. Lea) Assimilation interface
28   !!             -   ! 2010-10  (C. Ethe, G. Madec) reorganisation of initialisation phase
29   !!            3.3.1! 2011-01  (A. R. Porter, STFC Daresbury) dynamical allocation
30   !!             -   ! 2011-11  (C. Harris) decomposition changes for running with CICE
31   !!            3.6  ! 2012-05  (C. Calone, J. Simeon, G. Madec, C. Ethe) Add grid coarsening
32   !!             -   ! 2014-12  (G. Madec) remove KPP scheme and cross-land advection (cla)
33   !!            4.0  ! 2016-10  (G. Madec, S. Flavoni)  domain configuration / user defined interface
34   !!----------------------------------------------------------------------
35
36   !!----------------------------------------------------------------------
37   !!   nemo_gcm      : solve ocean dynamics, tracer, biogeochemistry and/or sea-ice
38   !!   nemo_init     : initialization of the NEMO system
39   !!   nemo_ctl      : initialisation of the contol print
40   !!   nemo_closefile: close remaining open files
41   !!   nemo_alloc    : dynamical allocation
42   !!----------------------------------------------------------------------
43   USE step_oce       ! module used in the ocean time stepping module (step.F90)
44   USE phycst         ! physical constant                  (par_cst routine)
45   USE domain         ! domain initialization   (dom_init & dom_cfg routines)
46   USE closea         ! treatment of closed seas (for ln_closea)
47   USE usrdef_nam     ! user defined configuration
48   USE tideini        ! tidal components initialization   (tide_ini routine)
49   USE bdy_oce,  ONLY : ln_bdy
50   USE bdyini         ! open boundary cond. setting       (bdy_init routine)
51   USE istate         ! initial state setting          (istate_init routine)
52   USE ldfdyn         ! lateral viscosity setting      (ldfdyn_init routine)
53   USE ldftra         ! lateral diffusivity setting    (ldftra_init routine)
54   USE trdini         ! dyn/tra trends initialization     (trd_init routine)
55   USE asminc         ! assimilation increments     
56   USE asmbkg         ! writing out state trajectory
57   USE diaptr         ! poleward transports           (dia_ptr_init routine)
58   USE diadct         ! sections transports           (dia_dct_init routine)
59   USE diaobs         ! Observation diagnostics       (dia_obs_init routine)
60   USE diacfl         ! CFL diagnostics               (dia_cfl_init routine)
61   USE step           ! NEMO time-stepping                 (stp     routine)
62   USE icbini         ! handle bergs, initialisation
63   USE icbstp         ! handle bergs, calving, themodynamics and transport
64   USE cpl_oasis3     ! OASIS3 coupling
65   USE c1d            ! 1D configuration
66   USE step_c1d       ! Time stepping loop for the 1D configuration
67   USE dyndmp         ! Momentum damping
68   USE stopar         ! Stochastic param.: ???
69   USE stopts         ! Stochastic param.: ???
70   USE diurnal_bulk   ! diurnal bulk SST
71   USE step_diu       ! diurnal bulk SST timestepping (called from here if run offline)
72   USE crsini         ! initialise grid coarsening utility
73   USE diatmb         ! Top,middle,bottom output
74   USE dia25h         ! 25h mean output
75   USE sbc_oce , ONLY : lk_oasis
76   USE wet_dry        ! Wetting and drying setting   (wad_init routine)
77#if defined key_top
78   USE trcini         ! passive tracer initialisation
79#endif
80#if defined key_nemocice_decomp
81   USE ice_domain_size, only: nx_global, ny_global
82#endif
83   !
84   USE lib_mpp        ! distributed memory computing
85   USE mppini         ! shared/distributed memory setting (mpp_init routine)
86   USE lbcnfd  , ONLY : isendto, nsndto, nfsloop, nfeloop   ! Setup of north fold exchanges
87   USE lib_fortran    ! Fortran utilities (allows no signed zero when 'key_nosignedzero' defined)
88#if defined key_iomput
89   USE xios           ! xIOserver
90#endif
91#if defined key_agrif
92   USE agrif_all_update   ! Master Agrif update
93#endif
94
95   IMPLICIT NONE
96   PRIVATE
97
98   PUBLIC   nemo_gcm    ! called by model.F90
99   PUBLIC   nemo_init   ! needed by AGRIF
100   PUBLIC   nemo_alloc  ! needed by TAM
101
102   CHARACTER(lc) ::   cform_aaa="( /, 'AAAAAAAA', / ) "     ! flag for output listing
103
104#if defined key_mpp_mpi
105   INCLUDE 'mpif.h'
106#endif
107
108   !!----------------------------------------------------------------------
109   !! NEMO/OCE 4.0 , NEMO Consortium (2018)
110   !! $Id$
111   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE)
112   !!----------------------------------------------------------------------
113CONTAINS
114
115   SUBROUTINE nemo_gcm
116      !!----------------------------------------------------------------------
117      !!                     ***  ROUTINE nemo_gcm  ***
118      !!
119      !! ** Purpose :   NEMO solves the primitive equations on an orthogonal
120      !!              curvilinear mesh on the sphere.
121      !!
122      !! ** Method  : - model general initialization
123      !!              - launch the time-stepping (stp routine)
124      !!              - finalize the run by closing files and communications
125      !!
126      !! References : Madec, Delecluse, Imbard, and Levy, 1997:  internal report, IPSL.
127      !!              Madec, 2008, internal report, IPSL.
128      !!----------------------------------------------------------------------
129      INTEGER ::   istp   ! time step index
130      !!----------------------------------------------------------------------
131      !
132#if defined key_agrif
133      CALL Agrif_Init_Grids()      ! AGRIF: set the meshes
134#endif
135      !                            !-----------------------!
136      CALL nemo_init               !==  Initialisations  ==!
137      !                            !-----------------------!
138#if defined key_agrif
139      CALL Agrif_Declare_Var_dom   ! AGRIF: set the meshes for DOM
140      CALL Agrif_Declare_Var       !  "      "   "   "      "  DYN/TRA
141# if defined key_top
142      CALL Agrif_Declare_Var_top   !  "      "   "   "      "  TOP
143# endif
144# if defined key_si3
145      CALL Agrif_Declare_Var_ice   !  "      "   "   "      "  Sea ice
146# endif
147#endif
148      ! check that all process are still there... If some process have an error,
149      ! they will never enter in step and other processes will wait until the end of the cpu time!
150      CALL mpp_max( 'nemogcm', nstop )
151
152      IF(lwp) WRITE(numout,cform_aaa)   ! Flag AAAAAAA
153
154      !                            !-----------------------!
155      !                            !==   time stepping   ==!
156      !                            !-----------------------!
157      istp = nit000
158      !
159#if defined key_c1d
160      DO WHILE ( istp <= nitend .AND. nstop == 0 )    !==  C1D time-stepping  ==!
161         CALL stp_c1d( istp )
162         istp = istp + 1
163      END DO
164#else
165      !
166# if defined key_agrif
167      !                                               !==  AGRIF time-stepping  ==!
168      CALL Agrif_Regrid()
169      !
170      ! Recursive update from highest nested level to lowest:
171      CALL Agrif_step_child_adj(Agrif_Update_All)
172      !
173      DO WHILE( istp <= nitend .AND. nstop == 0 )
174         CALL stp
175         istp = istp + 1
176      END DO
177      !
178      IF( .NOT. Agrif_Root() ) THEN
179         CALL Agrif_ParentGrid_To_ChildGrid()
180         IF( ln_diaobs )   CALL dia_obs_wri
181         IF( ln_timing )   CALL timing_finalize
182         CALL Agrif_ChildGrid_To_ParentGrid()
183      ENDIF
184      !
185# else
186      !
187      IF( .NOT.ln_diurnal_only ) THEN                 !==  Standard time-stepping  ==!
188         !
189         DO WHILE( istp <= nitend .AND. nstop == 0 )
190#if defined key_mpp_mpi
191            ncom_stp = istp
192            IF ( istp == ( nit000 + 1 ) ) elapsed_time = MPI_Wtime()
193            IF ( istp ==         nitend ) elapsed_time = MPI_Wtime() - elapsed_time
194#endif
195            CALL stp        ( istp ) 
196            istp = istp + 1
197         END DO
198         !
199      ELSE                                            !==  diurnal SST time-steeping only  ==!
200         !
201         DO WHILE( istp <= nitend .AND. nstop == 0 )
202            CALL stp_diurnal( istp )   ! time step only the diurnal SST
203            istp = istp + 1
204         END DO
205         !
206      ENDIF
207      !
208# endif
209      !
210#endif
211      !
212      IF( ln_diaobs   )   CALL dia_obs_wri
213      !
214      IF( ln_icebergs )   CALL icb_end( nitend )
215
216      !                            !------------------------!
217      !                            !==  finalize the run  ==!
218      !                            !------------------------!
219      IF(lwp) WRITE(numout,cform_aaa)        ! Flag AAAAAAA
220      !
221      IF( nstop /= 0 .AND. lwp ) THEN        ! error print
222         WRITE(numout,cform_err)
223         WRITE(numout,*) '   ==>>>   nemo_gcm: a total of ', nstop, ' errors have been found'
224         WRITE(numout,*)
225      ENDIF
226      !
227      IF( ln_timing )   CALL timing_finalize
228      !
229      CALL nemo_closefile
230      !
231#if defined key_iomput
232                                    CALL xios_finalize  ! end mpp communications with xios
233      IF( lk_oasis     )            CALL cpl_finalize   ! end coupling and mpp communications with OASIS
234#else
235      IF    ( lk_oasis ) THEN   ;   CALL cpl_finalize   ! end coupling and mpp communications with OASIS
236      ELSEIF( lk_mpp   ) THEN   ;   CALL mppstop( ldfinal = .TRUE. )   ! end mpp communications
237      ENDIF
238#endif
239      !
240      IF(lwm) THEN
241         IF( nstop == 0 ) THEN   ;   STOP 0
242         ELSE                    ;   STOP 999
243         ENDIF
244      ENDIF
245      !
246   END SUBROUTINE nemo_gcm
247
248
249   SUBROUTINE nemo_init
250      !!----------------------------------------------------------------------
251      !!                     ***  ROUTINE nemo_init  ***
252      !!
253      !! ** Purpose :   initialization of the NEMO GCM
254      !!----------------------------------------------------------------------
255      INTEGER  ::   ji                 ! dummy loop indices
256      INTEGER  ::   ios, ilocal_comm   ! local integers
257      CHARACTER(len=120), DIMENSION(60) ::   cltxt, cltxt2, clnam
258      !!
259      NAMELIST/namctl/ ln_ctl   , sn_cfctl, nn_print, nn_ictls, nn_ictle,   &
260         &             nn_isplt , nn_jsplt, nn_jctls, nn_jctle,             &
261         &             ln_timing, ln_diacfl
262      NAMELIST/namcfg/ ln_read_cfg, cn_domcfg, ln_closea, ln_write_cfg, cn_domcfg_out, ln_use_jattr
263      !!----------------------------------------------------------------------
264      !
265      cltxt  = ''
266      cltxt2 = ''
267      clnam  = '' 
268      cxios_context = 'nemo'
269      !
270      !                             ! Open reference namelist and configuration namelist files
271      CALL ctl_opn( numnam_ref, 'namelist_ref', 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE. )
272      CALL ctl_opn( numnam_cfg, 'namelist_cfg', 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE. )
273      !
274      REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namctl in reference namelist
275      READ  ( numnam_ref, namctl, IOSTAT = ios, ERR = 901 )
276901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namctl in reference namelist', .TRUE. )
277      REWIND( numnam_cfg )              ! Namelist namctl in confguration namelist
278      READ  ( numnam_cfg, namctl, IOSTAT = ios, ERR = 902 )
279902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namctl in configuration namelist', .TRUE. )
280      !
281      REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namcfg in reference namelist
282      READ  ( numnam_ref, namcfg, IOSTAT = ios, ERR = 903 )
283903   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namcfg in reference namelist', .TRUE. )
284      REWIND( numnam_cfg )              ! Namelist namcfg in confguration namelist
285      READ  ( numnam_cfg, namcfg, IOSTAT = ios, ERR = 904 )
286904   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namcfg in configuration namelist', .TRUE. )   
287
288      !                             !--------------------------!
289      !                             !  Set global domain size  !   (control print return in cltxt2)
290      !                             !--------------------------!
291      IF( ln_read_cfg ) THEN              ! Read sizes in domain configuration file
292         CALL domain_cfg ( cltxt2,        cn_cfg, nn_cfg, jpiglo, jpjglo, jpkglo, jperio )
293         !
294      ELSE                                ! user-defined namelist
295         CALL usr_def_nam( cltxt2, clnam, cn_cfg, nn_cfg, jpiglo, jpjglo, jpkglo, jperio )
296      ENDIF
297      !
298      !
299      !                             !--------------------------------------------!
300      !                             !  set communicator & select the local node  !
301      !                             !  NB: mynode also opens output.namelist.dyn !
302      !                             !      on unit number numond on first proc   !
303      !                             !--------------------------------------------!
304#if defined key_iomput
305      IF( Agrif_Root() ) THEN
306         IF( lk_oasis ) THEN
307            CALL cpl_init( "oceanx", ilocal_comm )                               ! nemo local communicator given by oasis
308            CALL xios_initialize( "not used"       ,local_comm= ilocal_comm )    ! send nemo communicator to xios
309         ELSE
310            CALL xios_initialize( "for_xios_mpi_id",return_comm=ilocal_comm )    ! nemo local communicator given by xios
311         ENDIF
312      ENDIF
313      ! Nodes selection (control print return in cltxt)
314      narea = mynode( cltxt, 'output.namelist.dyn', numnam_ref, numnam_cfg, numond , nstop, ilocal_comm )
315#else
316      IF( lk_oasis ) THEN
317         IF( Agrif_Root() ) THEN
318            CALL cpl_init( "oceanx", ilocal_comm )          ! nemo local communicator given by oasis
319         ENDIF
320         ! Nodes selection (control print return in cltxt)
321         narea = mynode( cltxt, 'output.namelist.dyn', numnam_ref, numnam_cfg, numond , nstop, ilocal_comm )
322      ELSE
323         ilocal_comm = 0                                    ! Nodes selection (control print return in cltxt)
324         narea = mynode( cltxt, 'output.namelist.dyn', numnam_ref, numnam_cfg, numond , nstop )
325      ENDIF
326#endif
327
328      narea = narea + 1                                     ! mynode return the rank of proc (0 --> jpnij -1 )
329
330      IF( sn_cfctl%l_config ) THEN
331         ! Activate finer control of report outputs
332         ! optionally switch off output from selected areas (note this only
333         ! applies to output which does not involve global communications)
334         IF( ( narea < sn_cfctl%procmin .OR. narea > sn_cfctl%procmax  ) .OR. &
335           & ( MOD( narea - sn_cfctl%procmin, sn_cfctl%procincr ) /= 0 ) )    &
336           &   CALL nemo_set_cfctl( sn_cfctl, .FALSE., .FALSE. )
337      ELSE
338         ! Use ln_ctl to turn on or off all options.
339         CALL nemo_set_cfctl( sn_cfctl, ln_ctl, .TRUE. )
340      ENDIF
341
342      lwm = (narea == 1)                                    ! control of output namelists
343      lwp = (narea == 1) .OR. ln_ctl                        ! control of all listing output print
344
345      IF(lwm) THEN               ! write merged namelists from earlier to output namelist
346         !                       ! now that the file has been opened in call to mynode.
347         !                       ! NB: nammpp has already been written in mynode (if lk_mpp_mpi)
348         WRITE( numond, namctl )
349         WRITE( numond, namcfg )
350         IF( .NOT.ln_read_cfg ) THEN
351            DO ji = 1, SIZE(clnam)
352               IF( TRIM(clnam(ji)) /= '' )   WRITE(numond, * ) clnam(ji)     ! namusr_def print
353            END DO
354         ENDIF
355      ENDIF
356
357      IF(lwp) THEN                            ! open listing units
358         !
359         CALL ctl_opn( numout, 'ocean.output', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea )
360         !
361         WRITE(numout,*)
362         WRITE(numout,*) '   CNRS - NERC - Met OFFICE - MERCATOR-ocean - INGV - CMCC'
363         WRITE(numout,*) '                       NEMO team'
364         WRITE(numout,*) '            Ocean General Circulation Model'
365         WRITE(numout,*) '                NEMO version 4.0  (2019) '
366         WRITE(numout,*)
367         WRITE(numout,*) "           ._      ._      ._      ._      ._    "
368         WRITE(numout,*) "       _.-._)`\_.-._)`\_.-._)`\_.-._)`\_.-._)`\_ "
369         WRITE(numout,*)
370         WRITE(numout,*) "           o         _,           _,             "
371         WRITE(numout,*) "            o      .' (        .-' /             "
372         WRITE(numout,*) "           o     _/..._'.    .'   /              "
373         WRITE(numout,*) "      (    o .-'`      ` '-./  _.'               "
374         WRITE(numout,*) "       )    ( o)           ;= <_         (       "
375         WRITE(numout,*) "      (      '-.,\\__ __.-;`\   '.        )      "
376         WRITE(numout,*) "       )  )       \) |`\ \)  '.   \      (   (   "
377         WRITE(numout,*) "      (  (           \_/       '-._\      )   )  "
378         WRITE(numout,*) "       )  ) jgs                     `    (   (   "
379         WRITE(numout,*) "     ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ "
380         WRITE(numout,*)
381         
382         DO ji = 1, SIZE(cltxt)
383            IF( TRIM(cltxt (ji)) /= '' )   WRITE(numout,*) TRIM(cltxt(ji))    ! control print of mynode
384         END DO
385         WRITE(numout,*)
386         WRITE(numout,*)
387         DO ji = 1, SIZE(cltxt2)
388            IF( TRIM(cltxt2(ji)) /= '' )   WRITE(numout,*) TRIM(cltxt2(ji))   ! control print of domain size
389         END DO
390         !
391         WRITE(numout,cform_aaa)                                        ! Flag AAAAAAA
392         !
393      ENDIF
394      ! open /dev/null file to be able to supress output write easily
395      CALL ctl_opn( numnul, '/dev/null', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE. )
396      !
397      !                                      ! Domain decomposition
398      CALL mpp_init                          ! MPP
399
400      ! Now we know the dimensions of the grid and numout has been set: we can allocate arrays
401      CALL nemo_alloc()
402
403      ! Initialise time level indices
404      Nbb = 1; Nnn = 2; Naa = 3; Nrhs = Naa
405
406      ! Initialisation of temporary pointers (to be deleted after development finished)
407      CALL update_pointers()
408      !                             !-------------------------------!
409      !                             !  NEMO general initialization  !
410      !                             !-------------------------------!
411
412      CALL nemo_ctl                          ! Control prints
413      !
414      !                                      ! General initialization
415      IF( ln_timing    )   CALL timing_init     ! timing
416      IF( ln_timing    )   CALL timing_start( 'nemo_init')
417      !
418                           CALL     phy_cst         ! Physical constants
419                           CALL     eos_init        ! Equation of state
420      IF( lk_c1d       )   CALL     c1d_init        ! 1D column configuration
421                           CALL     wad_init        ! Wetting and drying options
422                           CALL     dom_init("OPA") ! Domain
423      IF( ln_crs       )   CALL     crs_init        ! coarsened grid: domain initialization
424      IF( ln_ctl       )   CALL prt_ctl_init        ! Print control
425     
426      CALL diurnal_sst_bulk_init                ! diurnal sst
427      IF( ln_diurnal   )   CALL diurnal_sst_coolskin_init   ! cool skin   
428      !                           
429      IF( ln_diurnal_only ) THEN                   ! diurnal only: a subset of the initialisation routines
430         CALL  istate_init                            ! ocean initial state (Dynamics and tracers)
431         CALL     sbc_init                            ! Forcings : surface module
432         CALL tra_qsr_init                            ! penetrative solar radiation qsr
433         IF( ln_diaobs ) THEN                         ! Observation & model comparison
434            CALL dia_obs_init                            ! Initialize observational data
435            CALL dia_obs( nit000 - 1 )                   ! Observation operator for restart
436         ENDIF     
437         IF( lk_asminc )   CALL asm_inc_init          ! Assimilation increments
438         !
439         RETURN                                       ! end of initialization
440      ENDIF
441     
442                           CALL  istate_init    ! ocean initial state (Dynamics and tracers)
443
444      !                                      ! external forcing
445                           CALL    tide_init    ! tidal harmonics
446                           CALL     sbc_init    ! surface boundary conditions (including sea-ice)
447                           CALL     bdy_init    ! Open boundaries initialisation
448
449      !                                      ! Ocean physics
450                           CALL zdf_phy_init    ! Vertical physics
451                                     
452      !                                         ! Lateral physics
453                           CALL ldf_tra_init      ! Lateral ocean tracer physics
454                           CALL ldf_eiv_init      ! eddy induced velocity param.
455                           CALL ldf_dyn_init      ! Lateral ocean momentum physics
456
457      !                                      ! Active tracers
458      IF( ln_traqsr    )   CALL tra_qsr_init      ! penetrative solar radiation qsr
459                           CALL tra_bbc_init      ! bottom heat flux
460                           CALL tra_bbl_init      ! advective (and/or diffusive) bottom boundary layer scheme
461                           CALL tra_dmp_init      ! internal tracer damping
462                           CALL tra_adv_init      ! horizontal & vertical advection
463                           CALL tra_ldf_init      ! lateral mixing
464
465      !                                      ! Dynamics
466      IF( lk_c1d       )   CALL dyn_dmp_init      ! internal momentum damping
467                           CALL dyn_adv_init      ! advection (vector or flux form)
468                           CALL dyn_vor_init      ! vorticity term including Coriolis
469                           CALL dyn_ldf_init      ! lateral mixing
470                           CALL dyn_hpg_init      ! horizontal gradient of Hydrostatic pressure
471                           CALL dyn_spg_init      ! surface pressure gradient
472
473#if defined key_top
474      !                                      ! Passive tracers
475                           CALL     trc_init
476#endif
477      IF( l_ldfslp     )   CALL ldf_slp_init    ! slope of lateral mixing
478
479      !                                      ! Icebergs
480                           CALL icb_init( rdt, nit000)   ! initialise icebergs instance
481
482      !                                      ! Misc. options
483                           CALL sto_par_init    ! Stochastic parametrization
484      IF( ln_sto_eos   )   CALL sto_pts_init    ! RRandom T/S fluctuations
485     
486      !                                      ! Diagnostics
487      IF( lk_floats    )   CALL     flo_init    ! drifting Floats
488      IF( ln_diacfl    )   CALL dia_cfl_init    ! Initialise CFL diagnostics
489                           CALL dia_ptr_init    ! Poleward TRansports initialization
490      IF( lk_diadct    )   CALL dia_dct_init    ! Sections tranports
491                           CALL dia_hsb_init    ! heat content, salt content and volume budgets
492                           CALL     trd_init    ! Mixed-layer/Vorticity/Integral constraints trends
493                           CALL dia_obs_init    ! Initialize observational data
494                           CALL dia_tmb_init    ! TMB outputs
495                           CALL dia_25h_init    ! 25h mean  outputs
496      IF( ln_diaobs    )   CALL dia_obs( nit000-1 )   ! Observation operator for restart
497
498      !                                      ! Assimilation increments
499      IF( lk_asminc    )   CALL asm_inc_init    ! Initialize assimilation increments
500      !
501      IF(lwp) WRITE(numout,cform_aaa)           ! Flag AAAAAAA
502      !
503      IF( ln_timing    )   CALL timing_stop( 'nemo_init')
504      !
505   END SUBROUTINE nemo_init
506
507
508   SUBROUTINE nemo_ctl
509      !!----------------------------------------------------------------------
510      !!                     ***  ROUTINE nemo_ctl  ***
511      !!
512      !! ** Purpose :   control print setting
513      !!
514      !! ** Method  : - print namctl information and check some consistencies
515      !!----------------------------------------------------------------------
516      !
517      IF(lwp) THEN                  ! control print
518         WRITE(numout,*)
519         WRITE(numout,*) 'nemo_ctl: Control prints'
520         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~'
521         WRITE(numout,*) '   Namelist namctl'
522         WRITE(numout,*) '      run control (for debugging)     ln_ctl     = ', ln_ctl
523         WRITE(numout,*) '       finer control over o/p sn_cfctl%l_config  = ', sn_cfctl%l_config
524         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%l_runstat = ', sn_cfctl%l_runstat
525         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%l_trcstat = ', sn_cfctl%l_trcstat
526         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%l_oceout  = ', sn_cfctl%l_oceout
527         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%l_layout  = ', sn_cfctl%l_layout
528         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%l_mppout  = ', sn_cfctl%l_mppout
529         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%l_mpptop  = ', sn_cfctl%l_mpptop
530         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%procmin   = ', sn_cfctl%procmin 
531         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%procmax   = ', sn_cfctl%procmax 
532         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%procincr  = ', sn_cfctl%procincr 
533         WRITE(numout,*) '                              sn_cfctl%ptimincr  = ', sn_cfctl%ptimincr 
534         WRITE(numout,*) '      level of print                  nn_print   = ', nn_print
535         WRITE(numout,*) '      Start i indice for SUM control  nn_ictls   = ', nn_ictls
536         WRITE(numout,*) '      End i indice for SUM control    nn_ictle   = ', nn_ictle
537         WRITE(numout,*) '      Start j indice for SUM control  nn_jctls   = ', nn_jctls
538         WRITE(numout,*) '      End j indice for SUM control    nn_jctle   = ', nn_jctle
539         WRITE(numout,*) '      number of proc. following i     nn_isplt   = ', nn_isplt
540         WRITE(numout,*) '      number of proc. following j     nn_jsplt   = ', nn_jsplt
541         WRITE(numout,*) '      timing by routine               ln_timing  = ', ln_timing
542         WRITE(numout,*) '      CFL diagnostics                 ln_diacfl  = ', ln_diacfl
543      ENDIF
544      !
545      nprint    = nn_print          ! convert DOCTOR namelist names into OLD names
546      nictls    = nn_ictls
547      nictle    = nn_ictle
548      njctls    = nn_jctls
549      njctle    = nn_jctle
550      isplt     = nn_isplt
551      jsplt     = nn_jsplt
552
553      IF(lwp) THEN                  ! control print
554         WRITE(numout,*)
555         WRITE(numout,*) '   Namelist namcfg'
556         WRITE(numout,*) '      read domain configuration file                ln_read_cfg      = ', ln_read_cfg
557         WRITE(numout,*) '         filename to be read                           cn_domcfg     = ', TRIM(cn_domcfg)
558         WRITE(numout,*) '         keep closed seas in the domain (if exist)     ln_closea     = ', ln_closea
559         WRITE(numout,*) '      create a configuration definition file        ln_write_cfg     = ', ln_write_cfg
560         WRITE(numout,*) '         filename to be written                        cn_domcfg_out = ', TRIM(cn_domcfg_out)
561         WRITE(numout,*) '      use file attribute if exists as i/p j-start   ln_use_jattr     = ', ln_use_jattr
562      ENDIF
563      IF( .NOT.ln_read_cfg )   ln_closea = .false.   ! dealing possible only with a domcfg file
564      !
565      !                             ! Parameter control
566      !
567      IF( ln_ctl ) THEN                 ! sub-domain area indices for the control prints
568         IF( lk_mpp .AND. jpnij > 1 ) THEN
569            isplt = jpni   ;   jsplt = jpnj   ;   ijsplt = jpni*jpnj   ! the domain is forced to the real split domain
570         ELSE
571            IF( isplt == 1 .AND. jsplt == 1  ) THEN
572               CALL ctl_warn( ' - isplt & jsplt are equal to 1',   &
573                  &           ' - the print control will be done over the whole domain' )
574            ENDIF
575            ijsplt = isplt * jsplt            ! total number of processors ijsplt
576         ENDIF
577         IF(lwp) WRITE(numout,*)'          - The total number of processors over which the'
578         IF(lwp) WRITE(numout,*)'            print control will be done is ijsplt : ', ijsplt
579         !
580         !                              ! indices used for the SUM control
581         IF( nictls+nictle+njctls+njctle == 0 )   THEN    ! print control done over the default area
582            lsp_area = .FALSE.
583         ELSE                                             ! print control done over a specific  area
584            lsp_area = .TRUE.
585            IF( nictls < 1 .OR. nictls > jpiglo )   THEN
586               CALL ctl_warn( '          - nictls must be 1<=nictls>=jpiglo, it is forced to 1' )
587               nictls = 1
588            ENDIF
589            IF( nictle < 1 .OR. nictle > jpiglo )   THEN
590               CALL ctl_warn( '          - nictle must be 1<=nictle>=jpiglo, it is forced to jpiglo' )
591               nictle = jpiglo
592            ENDIF
593            IF( njctls < 1 .OR. njctls > jpjglo )   THEN
594               CALL ctl_warn( '          - njctls must be 1<=njctls>=jpjglo, it is forced to 1' )
595               njctls = 1
596            ENDIF
597            IF( njctle < 1 .OR. njctle > jpjglo )   THEN
598               CALL ctl_warn( '          - njctle must be 1<=njctle>=jpjglo, it is forced to jpjglo' )
599               njctle = jpjglo
600            ENDIF
601         ENDIF
602      ENDIF
603      !
604      IF( 1._wp /= SIGN(1._wp,-0._wp)  )   CALL ctl_stop( 'nemo_ctl: The intrinsec SIGN function follows f2003 standard.',  &
605         &                                                'Compile with key_nosignedzero enabled:',   &
606         &                                                '--> add -Dkey_nosignedzero to the definition of %CPP in your arch file' )
607      !
608#if defined key_agrif
609      IF( ln_timing )   CALL ctl_stop( 'AGRIF not implemented with ln_timing = true')
610#endif
611      !
612   END SUBROUTINE nemo_ctl
613
614
615   SUBROUTINE nemo_closefile
616      !!----------------------------------------------------------------------
617      !!                     ***  ROUTINE nemo_closefile  ***
618      !!
619      !! ** Purpose :   Close the files
620      !!----------------------------------------------------------------------
621      !
622      IF( lk_mpp )   CALL mppsync
623      !
624      CALL iom_close                                 ! close all input/output files managed by iom_*
625      !
626      IF( numstp          /= -1 )   CLOSE( numstp          )   ! time-step file
627      IF( numrun          /= -1 )   CLOSE( numrun          )   ! run statistics file
628      IF( numnam_ref      /= -1 )   CLOSE( numnam_ref      )   ! oce reference namelist
629      IF( numnam_cfg      /= -1 )   CLOSE( numnam_cfg      )   ! oce configuration namelist
630      IF( lwm.AND.numond  /= -1 )   CLOSE( numond          )   ! oce output namelist
631      IF( numnam_ice_ref  /= -1 )   CLOSE( numnam_ice_ref  )   ! ice reference namelist
632      IF( numnam_ice_cfg  /= -1 )   CLOSE( numnam_ice_cfg  )   ! ice configuration namelist
633      IF( lwm.AND.numoni  /= -1 )   CLOSE( numoni          )   ! ice output namelist
634      IF( numevo_ice      /= -1 )   CLOSE( numevo_ice      )   ! ice variables (temp. evolution)
635      IF( numout          /=  6 )   CLOSE( numout          )   ! standard model output file
636      IF( numdct_vol      /= -1 )   CLOSE( numdct_vol      )   ! volume transports
637      IF( numdct_heat     /= -1 )   CLOSE( numdct_heat     )   ! heat transports
638      IF( numdct_salt     /= -1 )   CLOSE( numdct_salt     )   ! salt transports
639      !
640      numout = 6                                     ! redefine numout in case it is used after this point...
641      !
642   END SUBROUTINE nemo_closefile
643
644
645   SUBROUTINE nemo_alloc
646      !!----------------------------------------------------------------------
647      !!                     ***  ROUTINE nemo_alloc  ***
648      !!
649      !! ** Purpose :   Allocate all the dynamic arrays of the OPA modules
650      !!
651      !! ** Method  :
652      !!----------------------------------------------------------------------
653      USE diawri    , ONLY : dia_wri_alloc
654      USE dom_oce   , ONLY : dom_oce_alloc
655      USE trc_oce   , ONLY : trc_oce_alloc
656      USE bdy_oce   , ONLY : bdy_oce_alloc
657#if defined key_diadct 
658      USE diadct    , ONLY : diadct_alloc 
659#endif 
660      !
661      INTEGER :: ierr
662      !!----------------------------------------------------------------------
663      !
664      ierr =        oce_alloc    ()    ! ocean
665      ierr = ierr + dia_wri_alloc()
666      ierr = ierr + dom_oce_alloc()    ! ocean domain
667      ierr = ierr + zdf_oce_alloc()    ! ocean vertical physics
668      ierr = ierr + trc_oce_alloc()    ! shared TRC / TRA arrays
669      ierr = ierr + bdy_oce_alloc()    ! bdy masks (incl. initialization)
670      !
671#if defined key_diadct 
672      ierr = ierr + diadct_alloc ()    !
673#endif 
674      !
675      CALL mpp_sum( 'nemogcm', ierr )
676      IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'nemo_alloc: unable to allocate standard ocean arrays' )
677      !
678   END SUBROUTINE nemo_alloc
679
680   SUBROUTINE nemo_set_cfctl(sn_cfctl, setto, for_all )
681      !!----------------------------------------------------------------------
682      !!                     ***  ROUTINE nemo_set_cfctl  ***
683      !!
684      !! ** Purpose :   Set elements of the output control structure to setto.
685      !!                for_all should be .false. unless all areas are to be
686      !!                treated identically.
687      !!
688      !! ** Method  :   Note this routine can be used to switch on/off some
689      !!                types of output for selected areas but any output types
690      !!                that involve global communications (e.g. mpp_max, glob_sum)
691      !!                should be protected from selective switching by the
692      !!                for_all argument
693      !!----------------------------------------------------------------------
694      LOGICAL :: setto, for_all
695      TYPE(sn_ctl) :: sn_cfctl
696      !!----------------------------------------------------------------------
697      IF( for_all ) THEN
698         sn_cfctl%l_runstat = setto
699         sn_cfctl%l_trcstat = setto
700      ENDIF
701      sn_cfctl%l_oceout  = setto
702      sn_cfctl%l_layout  = setto
703      sn_cfctl%l_mppout  = setto
704      sn_cfctl%l_mpptop  = setto
705   END SUBROUTINE nemo_set_cfctl
706
707   !!======================================================================
708END MODULE nemogcm
709
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.