source: NEMO/branches/2019/dev_r11708_aumont_PISCES_QUOTA/cfgs/SHARED/namelist_pisces_ref @ 12525

Last change on this file since 12525 was 12525, checked in by aumont, 14 months ago

DVM of mesozooplankton + slight changes on prognostic ligands

  • Property svn:mime-type set to text/x-fortran
File size: 32.7 KB
Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES reference namelist
3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext)
4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio)
5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
12!-----------------------------------------------------------------------
13&nampismod     !  Model used
14!-----------------------------------------------------------------------
15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used
16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used
17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used
18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands
19  ln_sediment = .false.      !  Enable sediment module
20/
21!-----------------------------------------------------------------------
22&nampisext     !   air-sea exchange
23!-----------------------------------------------------------------------
24   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
25   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
26   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
27   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
28!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
29!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
30/
31!-----------------------------------------------------------------------
32&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
33!-----------------------------------------------------------------------
34!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
35!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
36   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1.           , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
37   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1.           , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
38   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
39!
40   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
41   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE
42/
43!-----------------------------------------------------------------------
44&nampisbio     !   biological parameters
45!-----------------------------------------------------------------------
46   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology
47   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed
48   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality
49   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton
50   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed
51   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed
52   wsbio2scale =  5000.    ! Big particles length scale of sinking
53!                         !  ln_ligand enabled
54   ldocp      =  1.E-4    ! Phyto ligand production per unit doc
55   ldocz      =  1.E-4    ! Zoo ligand production per unit doc
56   lthet      =  1.0      ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake
57!                         !  ln_p5z enabled
58   no3rat3    =  0.151    ! N/C ratio in zooplankton
59   po4rat3    =  0.00943  ! P/C ratio in zooplankton
60/
61!-----------------------------------------------------------------------
62&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z
63!-----------------------------------------------------------------------
64   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
65   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms
66   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
67   concdnh4   =  3.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
68   concnfer   =  1.E-9    ! Iron half saturation for phyto
69   concdfer   =  3.E-9    ! Iron half saturation for diatoms
70   concbfe    =  1.E-11   ! Iron half-saturation for DOC remin.
71   concbnh4   =  2.E-8    ! NH4 half saturation for DOC remin.
72   concbno3   =  2.E-7    ! Nitrate half saturation for DOC remin.
73   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
74   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
75   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
76   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms
77   xksi1      =  4.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
78   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
79   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
80   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto
81   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
82   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio
83   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
84/
85!-----------------------------------------------------------------------
86&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z
87!-----------------------------------------------------------------------
88   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
89   concpno3   =  8e-7     ! Nitrate half saturation of picophytoplankton
90   concdno3   =  5E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms
91   concnnh4   =  1E-6     ! NH4 half saturation for phyto
92   concpnh4   =  2.3E-7   ! NH4 half saturation for picophytoplankton
93   concdnh4   =  1.7E-6   ! NH4 half saturation for diatoms
94   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto
95   concppo4   =  8E-7     ! PO4 half saturation for picophytoplankton
96   concdpo4   =  5E-6     ! PO4 half saturation for diatoms
97   concnfer   =  3E-9     ! Iron half saturation for phyto
98   concpfer   =  8E-10    ! Iron half saturation for picophytoplankton
99   concdfer   =  5E-9     ! Iron half saturation for diatoms
100   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
101   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
102   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms
103   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria
104   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
105   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
106   xsizepic   =  5.E-7    ! Minimum size criteria for picophyto
107   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
108   xsizerp    =  2.0      ! Size ratio for picophytoplankton
109   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms
110   xksi1      =  8.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
111   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
112   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
113   caco3r     =  0.5      ! mean rain ratio
114   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
115/
116!-----------------------------------------------------------------------
117&namp5zquota   !   parameters for nutrient limitations PISCES quota    - ln_p5z
118!-----------------------------------------------------------------------
119   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto
120   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto
121   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
122   qnnmin     =  0.61     ! Minimal N quota for nano
123   qnnmax     =  1.25     ! Maximal N quota for nano
124   qpnmin     =  0.24     ! Minimal P quota for nano
125   qpnmax     =  1.35     ! Maximal P quota for nano
126   qnpmin     =  1.04     ! Minimal N quota for pico
127   qnpmax     =  1.525    ! Maximal N quota for pico
128   qppmin     =  0.19     ! Minimal P quota for pico
129   qppmax     =  1.15     ! Maximal P quota for pico
130   qndmin     =  0.53     ! Minimal N quota for diatoms
131   qndmax     =  1.25     ! Maximal N quota for diatoms
132   qpdmin     =  0.24     ! Minimal P quota for diatoms
133   qpdmax     =  1.525    ! Maximal P quota for diatoms
134   qfnmax     =  80E-6    ! Maximal Fe quota for nano
135   qfpmax     =  80E-6    ! Maximal Fe quota for pico
136   qfdmax     =  80E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms
137/
138!-----------------------------------------------------------------------
139&nampisopt     !   parameters for optics
140!-----------------------------------------------------------------------
141!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
142!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
143   sn_par      = 'par.orca'       ,     24.           , 'fr_par'  ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
144   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
145   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable
146   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR
147/ 
148!-----------------------------------------------------------------------
149&namp4zprod    !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std  - ln_p4z
150!-----------------------------------------------------------------------
151   pislopen   =  2.       ! P-I slope
152   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms
153   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
154   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
155   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
156   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate
157   chlcnm     =  0.033    ! Maximum Chl/C in nanophytoplankton
158   chlcdm     =  0.05     ! Maximum Chl/C in diatoms
159   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
160   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
161   fecdm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in diatoms
162   grosip     =  0.13     ! mean Si/C ratio
163/
164!-----------------------------------------------------------------------
165&namp5zprod    !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota- ln_p5z
166!-----------------------------------------------------------------------
167   pislopen   =  4.       ! P-I slope of nanophytoplankton
168   pislopep   =  4.       ! P-I slope for picophytoplankton
169   pisloped   =  4.       ! P-I slope  for diatoms
170   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
171   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton
172   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
173   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
174   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate
175   thetannm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton
176   thetanpm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in picophytoplankton
177   thetandm   =  0.4      ! Maximum Chl/N in diatoms
178   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
179   grosip     =  0.11     ! mean Si/C ratio
180/
181!-----------------------------------------------------------------------
182&namp4zmort    !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std   - ln_p4z
183!-----------------------------------------------------------------------
184   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton
185   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
186   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
187   mpratn     =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
188   mpratd     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
189/
190!-----------------------------------------------------------------------
191&namp5zmort    !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z
192!-----------------------------------------------------------------------
193   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton
194   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton
195   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
196   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
197   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate
198   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate
199   mpratd     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
200/
201!-----------------------------------------------------------------------
202&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std       - ln_p4z
203!-----------------------------------------------------------------------
204   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
205   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate
206   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
207   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
208   xpref2d    =  1.       ! mesozoo preference for diatoms
209   xpref2n    =  0.3      ! mesozoo preference for nanophyto.
210   xpref2z    =  1.       ! mesozoo preference for microzoo.
211   xpref2c    =  0.3      ! mesozoo preference for poc
212   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
213   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
214   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
215   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
216   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing
217   xkgraz2    =  20.E-6   ! half saturation constant for meso grazing
218   epsher2    =  0.35     ! Efficicency of Mesozoo growth
219   epsher2min =  0.35     ! Minimum efficiency of mesozoo growth
220   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
221   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
222   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate
223   ln_dvm_meso = .false.  ! Activates DVM for mesozooplankton
224   xfracmig    = 0.3      ! Fraction of mesozooplankton performing DVM
225/
226!-----------------------------------------------------------------------
227&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton
228!-----------------------------------------------------------------------
229   part2       = 0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
230   grazrat2    = 0.75    ! maximal mesozoo grazing rate
231   bmetexc2    = .true.  ! Metabolic use of excess carbon
232   resrat2     = 0.005   ! exsudation rate of mesozooplankton
233   mzrat2      = 0.03    ! mesozooplankton mortality rate
234   xpref2d     = 1.      ! meso preference for diatoms
235   xpref2n     = 0.3     ! meso preference for nano
236   xpref2z     = 1.      ! meso preference for zoo
237   xpref2m     = 0.1     ! meso preference for zoo
238   xpref2c     = 0.3     ! meso preference for poc
239   xthresh2zoo = 1E-8    ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
240   xthresh2dia = 1E-8    ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
241   xthresh2phy = 1E-8    ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
242   xthresh2mes = 1E-8    ! meso feeding threshold for mesozooplankton
243   xthresh2poc = 1E-8    ! poc feeding threshold for mesozooplankton
244   xthresh2    = 3E-7    ! Food threshold for grazing
245   xkgraz2     = 20.E-6  ! half sturation constant for meso grazing
246   epsher2     = 0.5     ! Efficicency of Mesozoo growth
247   epsher2min  = 0.5     ! Minimum efficiency of mesozoo growth
248   ssigma2     = 0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM
249   srespir2    = 0.2     ! Active respiration
250   unass2c     = 0.3     ! non assimilated fraction of C by mesozoo
251   unass2n     = 0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo
252   unass2p     = 0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo
253   grazflux    = 3.e3    ! flux-feeding rate
254   ln_dvm_meso = .false.  ! Activates DVM for mesozooplankton
255   xfracmig    = 0.3      ! Fraction of mesozooplankton performing DVM
256/
257!-----------------------------------------------------------------------
258&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std      - ln_p4z
259!-----------------------------------------------------------------------
260   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts
261   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
262   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
263   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate
264   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM
265   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
266   xprefd     =  0.6      ! Microzoo preference for Diatoms
267   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
268   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
269   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
270   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
271   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
272   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth
273   epshermin  =  0.3      ! Minimum efficiency of microzoo growth
274   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
275   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
276/
277!-----------------------------------------------------------------------
278&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton
279!-----------------------------------------------------------------------
280   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
281   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
282   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
283   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
284   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate
285   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM
286   xprefn     =  1.0      ! Microzoo preference for Nanophyto
287   xprefp     =  1.0      ! Microzoo preference for picophyto
288   xprefd     =  0.8      ! Microzoo preference for Diatoms
289   xprefz     =  0.1      ! Microzoo preference for microzooplankton
290   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
291   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
292   xthreshpic =  1.E-8    ! Picophyto feeding threshold for microzooplankton
293   xthreshzoo =  1.E-8    ! Microzoo feeding threshold for microzooplankton
294   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
295   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
296   xkgraz     =  20.E-6   ! half saturation constant for grazing
297   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth
298   epshermin  =  0.5      ! Minimum efficiency of microzoo growth
299   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM
300   srespir    =  0.2      ! Active respiration
301   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
302   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of N by zoo
303   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by zoo
304/
305!-----------------------------------------------------------------------
306&nampisfer     !   parameters for iron chemistry
307!-----------------------------------------------------------------------
308   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration
309   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron by biogenic particles
310   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of Iron by dust
311   ligand    =  0.7E-9    ! Ligands concentration
312   kfep      =  0.01      ! Nanoparticle formation rate constant
313/
314!----------------------------------------------------------------------- 
315&nampisrem     !   parameters for remineralization
316!-----------------------------------------------------------------------
317   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC
318   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
319   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
320   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si
321   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica
322   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria
323   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C
324!                         ! ln_p5z
325   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC
326   xremikn   =  0.3       ! remineralization rate of DON
327   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP
328!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio
329!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C
330/
331!-----------------------------------------------------------------------
332&nampispoc     !   parameters for organic particles
333!-----------------------------------------------------------------------
334   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of POC
335   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes
336   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function
337!                         ! ln_p5z
338   xremipc   =  0.028     ! remineralisation rate of POC
339   xremipn   =  0.03      ! remineralisation rate of PON
340   xremipp   =  0.035     ! remineralisation rate of POP
341/
342!-----------------------------------------------------------------------
343&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
344!-----------------------------------------------------------------------
345   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time)
346   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
347/
348!-----------------------------------------------------------------------
349&nampissbc     !   parameters for inputs deposition
350!-----------------------------------------------------------------------
351!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
352!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
353   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1.           , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
354   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12.           , 'solubility1' ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
355   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
356   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdoc'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
357   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdin'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
358   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdon'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
359   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdip'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
360   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdop'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
361   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120.           , 'riverdsi'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
362   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12.           , 'ndep'        ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
363   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12.           , 'bathy'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
364   sn_hydrofe  = 'hydrofe.orca'    ,    -12.           , 'epsdb'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
365!
366   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
367   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
368   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron
369   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients
370   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N
371   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments
372   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice
373   ln_hydrofe  =  .true.   ! boolean for from hydrothermal vents
374   sedfeinput  =  2.e-9    ! Coastal release of Iron
375   distcoast   =  5.e3     ! Distance off the coast for Iron from sediments
376   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dusta
377   mfrac       =  0.035    ! Fe mineral fraction of dust
378   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
379   icefeinput  =  15.e-9   ! Iron concentration in sea ice
380   nitrfix     =  1.e-7    ! Nitrogen fixation rate
381   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
382   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
383   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply
384!                          ! ln_ligand
385   lgw_rath    =  0.5      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources
386/
387!-----------------------------------------------------------------------
388&nampislig     !   Namelist parameters for ligands, nampislig
389!-----------------------------------------------------------------------
390   rlgw        =  200.     ! Lifetime (years) of weak ligands
391   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C
392   prlgw       =  5.E-4    ! Photolysis of weak ligand
393   rlgs        =  1.       ! Lifetime (years) of strong ligands
394   xklig       =  1.E-9    ! 1/2 saturation constant of photolysis
395/
396!-----------------------------------------------------------------------
397&nampisice     !   Prescribed sea ice tracers
398!-----------------------------------------------------------------------
399!========================================================================
400! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90
401!                               (Global, Arctic, Antarctic and Baltic)
402! trc_ice_ratio  : >=0 & <=1 => prescribed ice/ocean tracer concentration ratio
403!                :  = -1     => the ice-ocean tracer concentration ratio
404!                               follows the ice-ocean salinity ratio
405!                :  = -2     => tracer concentration in sea ice is prescribed
406!                               and trc_ice_prescr is used
407! trc_ice_prescr : prescribed tracer concentration. used only if
408!                  trc_ice_ratio = -2. equals -99 if not used.
409! cn_trc_o       :  = 'GL'   => use global ocean values making the Baltic
410!                               distinction only
411!                :  = 'AA'   => use specific Arctic/Antarctic/Baltic values
412!========================================================================
413!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o
414   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA'
415   sn_tri_doc =            0.,           -99.,          'AA'
416   sn_tri_tal =           -1.,           -99.,          'AA'
417   sn_tri_oxy =           -1.,           -99.,          'AA'
418   sn_tri_cal =            0.,           -99.,          'AA'
419   sn_tri_po4 =           -1.,           -99.,          'AA'
420   sn_tri_poc =            0.,           -99.,          'AA'
421   sn_tri_goc =            0.,           -99.,          'AA'
422   sn_tri_bfe =            0.,           -99.,          'AA'
423   sn_tri_num =            0.,           -99.,          'AA'
424   sn_tri_sil =           -1.,           -99.,          'AA'
425   sn_tri_dsi =            0.,           -99.,          'AA'
426   sn_tri_gsi =            0.,           -99.,          'AA'
427   sn_tri_phy =            0.,           -99.,          'AA'
428   sn_tri_dia =            0.,           -99.,          'AA'
429   sn_tri_zoo =            0.,           -99.,          'AA'
430   sn_tri_mes =            0.,           -99.,          'AA'
431   sn_tri_fer =           -2.,          15E-9,          'AA'
432   sn_tri_sfe =            0.,           -99.,          'AA'
433   sn_tri_dfe =            0.,           -99.,          'AA'
434   sn_tri_nfe =            0.,           -99.,          'AA'
435   sn_tri_nch =            0.,           -99.,          'AA'
436   sn_tri_dch =            0.,           -99.,          'AA'
437   sn_tri_no3 =           -1.,           -99.,          'AA'
438   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA'
439/
440!-----------------------------------------------------------------------
441&nampisdmp     !   Damping
442!-----------------------------------------------------------------------
443   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation for some tracers to a mean value
444   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation
445/
446!-----------------------------------------------------------------------
447&nampismass    !   Mass conservation
448!-----------------------------------------------------------------------
449   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
450/
451!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
452!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists
453!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy)
454!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut)
455!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)   
456!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet)
457!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom)
458!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed)
459!!              7  - general coefficients                       (namlobrat)
460!!              8  - optical parameters                         (namlobopt)
461!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
462!-----------------------------------------------------------------------
463&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton
464!-----------------------------------------------------------------------
465   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
466   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%]
467   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation     
468   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
469   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
470/
471!-----------------------------------------------------------------------
472&namlobnut     !   biological parameters for nutrients
473!-----------------------------------------------------------------------
474   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
475   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
476   taunn   =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1] 
477   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
478/
479!-----------------------------------------------------------------------
480&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton
481!-----------------------------------------------------------------------
482   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%]
483   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
484!                       ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
485   aks     = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
486   rpnaz   = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
487   rdnaz   = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
488   tauzn   = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
489   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion
490   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
491   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
492/
493!-----------------------------------------------------------------------
494&namlobdet     !   biological parameters for detritus
495!-----------------------------------------------------------------------
496   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
497   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution           
498/
499!-----------------------------------------------------------------------
500&namlobdom     !   biological parameters for DOM
501!-----------------------------------------------------------------------
502   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
503!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
504/
505!-----------------------------------------------------------------------
506&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment
507!-----------------------------------------------------------------------
508   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1]
509   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments
510   vsed       = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s]
511   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile
512/
513!-----------------------------------------------------------------------
514&namlobrat     !   general coefficients
515!-----------------------------------------------------------------------
516   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1]
517   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto
518   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM
519/
520!-----------------------------------------------------------------------
521&namlobopt     !   optical parameters
522!-----------------------------------------------------------------------
523   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water
524   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water
525   xkgp   = 0.074      ! green absorption coefficient of chl
526   xkrp   = 0.037      ! red absorption coefficient of chl
527   xlg    = 0.674      ! green chl exposant for absorption
528   xlr    = 0.629      ! red chl exposant for absorption
529   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio
530/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.