New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
namelist_pisces_ref in NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED – NEMO

source: NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED/namelist_pisces_ref @ 15284

Last change on this file since 15284 was 15284, checked in by aumont, 13 months ago

bug fixes in p4zlys and p4zsed

  • Property svn:mime-type set to text/x-fortran
File size: 31.8 KB
Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES reference namelist
3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext)
4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio)
5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
12!-----------------------------------------------------------------------
13&nampismod     !  Model used
14!-----------------------------------------------------------------------
15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used
16  ln_p4z    = .true.        !  PISCES model used
17  ln_p5z    = .false.         !  PISCES QUOTA model used
18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands
19  ln_sediment = .false.      !  Enable sediment module
20/
21!-----------------------------------------------------------------------
22&nampisext     !   air-sea exchange
23!-----------------------------------------------------------------------
24   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
25   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
26   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
27   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
28!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
29!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
30/
31!-----------------------------------------------------------------------
32&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
33!-----------------------------------------------------------------------
34!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
35!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
36   sn_patm     = 'presatm.orca2'    ,     24.           , 'presatm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
37   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1.           , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
38   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
39!
40   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
41   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE
42/
43!-----------------------------------------------------------------------
44&nampisbio     !   biological parameters
45!-----------------------------------------------------------------------
46   nrdttrc     =  1       ! time step frequency for biology
47   wsbio       =  2.      ! POC sinking speed
48   xkmort      =  1.E-7   ! half saturation constant for mortality
49   feratz      =  10.E-6  ! Fe/C in zooplankton
50   feratm      =  15.E-6  ! Fe/C in mesozooplankton
51   wsbio2      =  50.     ! Big particles sinking speed
52   wsbio2max   =  50.     ! Big particles maximum sinking speed
53   wsbio2scale =  5000.   ! Big particles length scale of sinking
54!                         !  ln_ligand enabled
55   ldocp       =  1.E-4   ! Phyto ligand production per unit doc
56   ldocz       =  1.E-4   ! Zoo ligand production per unit doc
57   lthet       =  1.0     ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake
58!                         !  ln_p5z enabled
59   no3rat3     =  0.151   ! N/C ratio in zooplankton
60   po4rat3     =  0.00943 ! P/C ratio in zooplankton
61/
62!-----------------------------------------------------------------------
63&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z
64!-----------------------------------------------------------------------
65   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
66   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms
67   concnnh4   =  1.E-6    ! NH4 half saturation for phyto
68   concdnh4   =  3.E-6    ! NH4 half saturation for diatoms
69   concnfer   =  3.E-9    ! Iron half saturation for phyto
70   concdfer   =  9.E-9    ! Iron half saturation for diatoms
71   concbfe    =  3.E-11   ! Iron half-saturation for DOC remin.
72   concbnh4   =  3.E-7    ! NH4 half saturation for DOC remin.
73   concbno3   =  3.E-7    ! Nitrate half saturation for DOC remin.
74   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
75   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
76   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
77   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms
78   xksi1      =  8.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
79   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
80   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
81   qnfelim    =  9.E-6    ! Optimal quota of phyto
82   qdfelim    =  9.E-6    ! Optimal quota of diatoms
83   caco3r     =  0.2      ! mean rain ratio
84   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
85/
86!-----------------------------------------------------------------------
87&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z
88!-----------------------------------------------------------------------
89   concnno3   =  2e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
90   concpno3   =  7e-7     ! Nitrate half saturation of picophytoplankton
91   concdno3   =  3E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms
92   concnnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for phyto
93   concpnh4   =  7E-7     ! NH4 half saturation for picophytoplankton
94   concdnh4   =  3E-6     ! NH4 half saturation for diatoms
95   concnpo4   =  2E-6     ! PO4 half saturation for phyto
96   concppo4   =  7E-7     ! PO4 half saturation for picophytoplankton
97   concdpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for diatoms
98   concnfer   =  6E-9     ! Iron half saturation for phyto
99   concpfer   =  2E-9     ! Iron half saturation for picophytoplankton
100   concdfer   =  9E-9     ! Iron half saturation for diatoms
101   concbfe    =  3E-11    ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
102   concbnh4   =  4.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
103   concbno3   =  4.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms
104   concbpo4   =  4.E-7    ! Phosphate half saturation for bacteria
105   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
106   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
107   xsizepic   =  5.E-7    ! Minimum size criteria for picophyto
108   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
109   xsizerp    =  2.0      ! Size ratio for picophytoplankton
110   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms
111   xksi1      =  8.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
112   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
113   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
114   caco3r     =  0.5      ! mean rain ratio
115   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
116/
117!-----------------------------------------------------------------------
118&namp5zquota   !   parameters for nutrient limitations PISCES quota    - ln_p5z
119!-----------------------------------------------------------------------
120   qfnopt     =  10.E-6   ! Optimal Fe quota of nanophyto
121   qfpopt     =  10.E-6   ! Optimal Fe quota of picophyto
122   qfdopt     =  10.E-6   ! Optimal quota of diatoms
123   qnnmin     =  0.61     ! Minimal N quota for nano
124   qnnmax     =  1.25     ! Maximal N quota for nano
125   qpnmin     =  0.24     ! Minimal P quota for nano
126   qpnmax     =  1.35     ! Maximal P quota for nano
127   qnpmin     =  1.02     ! Minimal N quota for pico
128   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico
129   qppmin     =  0.19     ! Minimal P quota for pico
130   qppmax     =  1.15     ! Maximal P quota for pico
131   qndmin     =  0.51     ! Minimal N quota for diatoms
132   qndmax     =  1.25     ! Maximal N quota for diatoms
133   qpdmin     =  0.24     ! Minimal P quota for diatoms
134   qpdmax     =  1.525    ! Maximal P quota for diatoms
135   qfnmax     =  60E-6    ! Maximal Fe quota for nano
136   qfpmax     =  60E-6    ! Maximal Fe quota for pico
137   qfdmax     =  60E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms
138/
139!-----------------------------------------------------------------------
140&nampisopt     !   parameters for optics
141!-----------------------------------------------------------------------
142!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
143!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
144   sn_par      = 'par.orca'       ,     24.           , 'fr_par'  ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
145   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
146   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable
147   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR
148   ln_p4z_dcyc =  .false.  ! Diurnal cycle in PISCES
149/ 
150!-----------------------------------------------------------------------
151&namp4zprod    !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std  - ln_p4z
152!-----------------------------------------------------------------------
153   pislopen   =  2.5      ! P-I slope
154   pisloped   =  2.5      ! P-I slope  for diatoms
155   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
156   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
157   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
158   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate
159   chlcnm     =  0.033    ! Maximum Chl/C in nanophytoplankton
160   chlcdm     =  0.05     ! Maximum Chl/C in diatoms
161   chlcmin    =  0.003    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
162   fecnm      =  60E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
163   fecdm      =  60E-6    ! Maximum Fe/C in diatoms
164   grosip     =  0.13     ! mean Si/C ratio
165/
166!-----------------------------------------------------------------------
167&namp5zprod    !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota- ln_p5z
168!-----------------------------------------------------------------------
169   pislopen   =  5        ! P-I slope of nanophytoplankton
170   pislopep   =  5        ! P-I slope for picophytoplankton
171   pisloped   =  5        ! P-I slope  for diatoms
172   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
173   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton
174   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
175   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
176   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate
177   thetannm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton
178   thetanpm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in picophytoplankton
179   thetandm   =  0.4      ! Maximum Chl/N in diatoms
180   chlcmin    =  0.003    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
181   grosip     =  0.12     ! mean Si/C ratio
182/
183!-----------------------------------------------------------------------
184&namp4zmort    !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std   - ln_p4z
185!-----------------------------------------------------------------------
186   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton
187   wchld      =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
188   mpratn     =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
189   mpratd     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
190/
191!-----------------------------------------------------------------------
192&namp5zmort    !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z
193!-----------------------------------------------------------------------
194   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton
195   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton
196   wchld      =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
197   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate
198   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate
199   mpratd     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
200/
201!-----------------------------------------------------------------------
202&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std       - ln_p4z
203!-----------------------------------------------------------------------
204   part2       =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
205   grazrat2    =  0.5      ! maximal mesozoo grazing rate
206   resrat2     =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
207   mzrat2      =  0.01     ! mesozooplankton mortality rate
208   xpref2d     =  1.       ! mesozoo preference for diatoms
209   xpref2n     =  0.3      ! mesozoo preference for nanophyto.
210   xpref2z     =  1.       ! mesozoo preference for microzoo.
211   xpref2c     =  0.3      ! mesozoo preference for poc
212   xthresh2zoo =  1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
213   xthresh2dia =  1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
214   xthresh2phy =  1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
215   xthresh2poc =  1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
216   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing
217   xkgraz2     =  20.E-6   ! half saturation constant for meso grazing
218   epsher2     =  0.4      ! Efficicency of Mesozoo growth
219   epsher2min  =  0.4      ! Minimum efficiency of mesozoo growth
220   sigma2      =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
221   unass2      =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
222   grazflux    =  3.e3     ! flux-feeding rate
223   xsigma2     =  0.5      ! Predation window size
224   xsigma2del  =  1.0      ! Predation window size scaling
225   ln_dvm_meso =  .false.  ! Activates DVM for mesozooplankton
226   xfracmig    =  0.3      ! Fraction of mesozooplankton performing DVM
227/
228!-----------------------------------------------------------------------
229&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton
230!-----------------------------------------------------------------------
231   part2       =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
232   grazrat2    =  0.5      ! maximal mesozoo grazing rate
233   bmetexc2    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
234   resrat2     =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
235   mzrat2      =  0.01     ! mesozooplankton mortality rate
236   xpref2d     =  1.       ! meso preference for diatoms
237   xpref2n     =  0.3      ! meso preference for nano
238   xpref2z     =  1.       ! meso preference for zoo
239   xpref2m     =  0.       ! meso preference for zoo
240   xpref2c     =  0.3      ! meso preference for poc
241   xthresh2zoo =  1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
242   xthresh2dia =  1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
243   xthresh2phy =  1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
244   xthresh2mes =  1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton
245   xthresh2poc =  1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
246   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing
247   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing
248   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth
249   epsher2min  =  0.5      ! Minimum efficiency of mesozoo growth
250   ssigma2     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM
251   srespir2    =  0.2      ! Active respiration
252   unass2c     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by mesozoo
253   unass2n     =  0.3      ! non assimilated fraction of N by mesozoo
254   unass2p     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
255   xsigma2     =  0.5      ! Predation window size
256   xsigma2del  =  1.0      ! Predation window size scaling
257   grazflux    =  3.e3     ! flux-feeding rate
258   ln_dvm_meso =  .false.  ! Activates DVM for mesozooplankton
259   xfracmig    =  0.25     ! Fraction of mesozooplankton performing DVM
260/
261!-----------------------------------------------------------------------
262&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std      - ln_p4z
263!-----------------------------------------------------------------------
264   part       =  0.75     ! part of calcite not dissolved in microzoo guts
265   grazrat    =  2.0      ! maximal zoo grazing rate
266   resrat     =  0.02     ! Linear mortality rate of zooplankton
267   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate
268   xprefc     =  0.15      ! Microzoo preference for POM
269   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
270   xprefd     =  0.8      ! Microzoo preference for Diatoms
271   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
272   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
273   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
274   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
275   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
276   epsher     =  0.4     ! Efficiency of microzoo growth
277   epshermin  =  0.4     ! Minimum efficiency of microzoo growth
278   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
279   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
280   xsigma     =  0.5      ! Predation window size
281   xsigmadel  =  1.0      ! Predation window size scaling
282/
283!-----------------------------------------------------------------------
284&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton
285!-----------------------------------------------------------------------
286   part       =  0.75     ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
287   grazrat    =  2.0      ! maximal zoo grazing rate
288   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
289   resrat     =  0.02     ! exsudation rate of zooplankton
290   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate
291   xprefc     =  0.15     ! Microzoo preference for POM
292   xprefn     =  1.0      ! Microzoo preference for Nanophyto
293   xprefp     =  1.0      ! Microzoo preference for picophyto
294   xprefd     =  0.8      ! Microzoo preference for Diatoms
295   xprefz     =  0.       ! Microzoo preference for microzooplankton
296   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
297   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
298   xthreshpic =  1.E-8    ! Picophyto feeding threshold for microzooplankton
299   xthreshzoo =  1.E-8    ! Microzoo feeding threshold for microzooplankton
300   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
301   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
302   xkgraz     =  20.E-6   ! half saturation constant for grazing
303   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth
304   epshermin  =  0.5      ! Minimum efficiency of microzoo growth
305   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM
306   srespir    =  0.2      ! Active respiration
307   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
308   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of N by zoo
309   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by zoo
310   xsigma     =  0.5      ! Predation window size
311   xsigmadel  =  1.0      ! Predation window size scaling
312/
313!-----------------------------------------------------------------------
314&nampisfer     !   parameters for iron chemistry
315!-----------------------------------------------------------------------
316   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration
317   xlam1     =  0.02      ! scavenging rate of Iron by biogenic particles
318   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of Iron by dust
319   ligand    =  1E-9     ! Ligands concentration
320   kfep      =  0.01      ! Nanoparticle formation rate constant
321   scaveff   =  1.0       ! Fraction of scavenged Fe that goes to POFe
322/
323!----------------------------------------------------------------------- 
324&nampisrem     !   parameters for remineralization
325!-----------------------------------------------------------------------
326   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
327   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
328   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si
329   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica
330   feratb    =  60.E-6    ! Fe/C quota in bacteria
331   xkferb    =  4E-10     ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C
332!                         ! ln_p5z
333   xremikc   =  0.4       ! remineralization rate of DOC
334   xremikn   =  0.4       ! remineralization rate of DON
335   xremikp   =  0.5       ! remineralization rate of DOP
336/
337!-----------------------------------------------------------------------
338&nampispoc     !   parameters for organic particles
339!-----------------------------------------------------------------------
340   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of POC
341   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes
342   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function
343!                         ! ln_p5z
344   xremipc   =  0.028     ! remineralisation rate of POC
345   xremipn   =  0.03      ! remineralisation rate of PON
346   xremipp   =  0.035     ! remineralisation rate of POP
347/
348!-----------------------------------------------------------------------
349&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
350!-----------------------------------------------------------------------
351   kdca       =  100.     ! calcite dissolution rate constant (1/time)
352   nca        =  4.7      ! order of dissolution reaction (dimensionless)
353/
354!-----------------------------------------------------------------------
355&nampisbc     !   parameters for inputs deposition
356!-----------------------------------------------------------------------
357!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
358!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
359   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
360   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
361   sn_hydrofe  = 'hydrofe.orca'    ,    -12            , 'epsdb'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
362!
363   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
364   ln_ironsed  =  .false.   ! boolean for Fe input from sediments
365   ln_ironice  =  .false.   ! boolean for Fe input from sea ice
366   ln_hydrofe  =  .false.   ! boolean for from hydrothermal vents
367   sedfeinput  =  2.e-9    ! Coastal release of Iron
368   distcoast   =  5.e3     ! Distance off the coast for Iron from sediments
369   mfrac       =  0.035    ! Fe mineral fraction of dust
370   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
371   icefeinput  =  15.e-9   ! Iron concentration in sea ice
372   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply
373!                          ! ln_ligand
374   lgw_rath    =  0.2      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources
375/
376!-----------------------------------------------------------------------
377&nampislig     !   Namelist parameters for ligands, nampislig
378!-----------------------------------------------------------------------
379   rlgw        =  300.     ! Lifetime (years) of weak ligands
380   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C
381   prlgw       =  3.E-4    ! Photolysis of weak ligand
382   rlgs        =  1.       ! Lifetime (years) of strong ligands
383   xklig       =  1.E-9    ! 1/2 saturation constant of photolysis
384/
385!-----------------------------------------------------------------------
386&nampissed     !   Namelist parameters for sediment mobilisation
387!-----------------------------------------------------------------------
388   nitrfix     =  2.e-7    ! Nitrogen fixation rate
389   diazolight  =  30.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
390   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
391/
392!-----------------------------------------------------------------------
393&nampisice     !   Prescribed sea ice tracers
394!-----------------------------------------------------------------------
395!========================================================================
396! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90
397!                               (Global, Arctic, Antarctic and Baltic)
398! trc_ice_ratio  : >=0 & <=1 => prescribed ice/ocean tracer concentration ratio
399!                :  = -1     => the ice-ocean tracer concentration ratio
400!                               follows the ice-ocean salinity ratio
401!                :  = -2     => tracer concentration in sea ice is prescribed
402!                               and trc_ice_prescr is used
403! trc_ice_prescr : prescribed tracer concentration. used only if
404!                  trc_ice_ratio = -2. equals -99 if not used.
405! cn_trc_o       :  = 'GL'   => use global ocean values making the Baltic
406!                               distinction only
407!                :  = 'AA'   => use specific Arctic/Antarctic/Baltic values
408!========================================================================
409!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o
410   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA'
411   sn_tri_doc =            0.,           -99.,          'AA'
412   sn_tri_tal =           -1.,           -99.,          'AA'
413   sn_tri_oxy =           -1.,           -99.,          'AA'
414   sn_tri_cal =            0.,           -99.,          'AA'
415   sn_tri_po4 =           -1.,           -99.,          'AA'
416   sn_tri_poc =            0.,           -99.,          'AA'
417   sn_tri_goc =            0.,           -99.,          'AA'
418   sn_tri_bfe =            0.,           -99.,          'AA'
419   sn_tri_num =            0.,           -99.,          'AA'
420   sn_tri_sil =           -1.,           -99.,          'AA'
421   sn_tri_dsi =            0.,           -99.,          'AA'
422   sn_tri_gsi =            0.,           -99.,          'AA'
423   sn_tri_phy =            0.,           -99.,          'AA'
424   sn_tri_dia =            0.,           -99.,          'AA'
425   sn_tri_zoo =            0.,           -99.,          'AA'
426   sn_tri_mes =            0.,           -99.,          'AA'
427   sn_tri_fer =           -2.,          15E-9,          'AA'
428   sn_tri_sfe =            0.,           -99.,          'AA'
429   sn_tri_dfe =            0.,           -99.,          'AA'
430   sn_tri_nfe =            0.,           -99.,          'AA'
431   sn_tri_nch =            0.,           -99.,          'AA'
432   sn_tri_dch =            0.,           -99.,          'AA'
433   sn_tri_no3 =           -1.,           -99.,          'AA'
434   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA'
435/
436!-----------------------------------------------------------------------
437&nampisdmp     !   Damping
438!-----------------------------------------------------------------------
439   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation for some tracers to a mean value
440   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation
441/
442!-----------------------------------------------------------------------
443&nampismass    !   Mass conservation
444!-----------------------------------------------------------------------
445   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
446/
447!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
448!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists
449!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy)
450!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut)
451!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)   
452!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet)
453!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom)
454!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed)
455!!              7  - general coefficients                       (namlobrat)
456!!              8  - optical parameters                         (namlobopt)
457!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
458!-----------------------------------------------------------------------
459&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton
460!-----------------------------------------------------------------------
461   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
462   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%]
463   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation     
464   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
465   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
466/
467!-----------------------------------------------------------------------
468&namlobnut     !   biological parameters for nutrients
469!-----------------------------------------------------------------------
470   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
471   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
472   taunn   =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1] 
473   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
474/
475!-----------------------------------------------------------------------
476&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton
477!-----------------------------------------------------------------------
478   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%]
479   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
480!                       ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
481   aks     = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
482   rpnaz   = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
483   rdnaz   = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
484   tauzn   = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
485   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion
486   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
487   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
488/
489!-----------------------------------------------------------------------
490&namlobdet     !   biological parameters for detritus
491!-----------------------------------------------------------------------
492   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
493   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution           
494/
495!-----------------------------------------------------------------------
496&namlobdom     !   biological parameters for DOM
497!-----------------------------------------------------------------------
498   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
499!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
500/
501!-----------------------------------------------------------------------
502&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment
503!-----------------------------------------------------------------------
504   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1]
505   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments
506   vsed       = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s]
507   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile
508/
509!-----------------------------------------------------------------------
510&namlobrat     !   general coefficients
511!-----------------------------------------------------------------------
512   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1]
513   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto
514   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM
515/
516!-----------------------------------------------------------------------
517&namlobopt     !   optical parameters
518!-----------------------------------------------------------------------
519   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water
520   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water
521   xkgp   = 0.074      ! green absorption coefficient of chl
522   xkrp   = 0.037      ! red absorption coefficient of chl
523   xlg    = 0.674      ! green chl exposant for absorption
524   xlr    = 0.629      ! red chl exposant for absorption
525   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio
526/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.