New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
namelist_sediment_ref in NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED – NEMO

source: NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED/namelist_sediment_ref @ 15076

Last change on this file since 15076 was 15076, checked in by aumont, 15 months ago

major update of the sediment module - config files

File size: 9.0 KB
Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! SEDIMENT reference namelist
3!!              1  - run characteristics                      (nam_run)
4!!              2  - sediment geometry                        (nam_geom)
5!!              3  - prognostic variables                     (nam_trased)
6!!              4  - diagnostic arrays                        (nam_diased)   
7!!              5  - parameters for clay/silicium             (nam_reac)
8!!              6  - parameters for redox reactions           (nam_poc)
9!!              7  - parameters for calcite                   (nam_cal)
10!!              8  - parameters for restarting                (nam_rst)
11!-----------------------------------------------------------------------
12&nam_run      !  Characteristics of the simulation
13!-----------------------------------------------------------------------
14  ln_sed_2way = .false.  ! 2 way coupling with pisces
15/
16!-----------------------------------------------------------------------
17&nam_geom     !  Characteristics of the sediment columns
18!-----------------------------------------------------------------------
19  jpksed  = 18         ! Number of vertical layers
20  sedzmin = 0.1        ! Minimum vertical spacing
21  sedhmax = 15.0       ! Maximum depth of the sediment
22  sedkth  = 9.0        ! Default parameters
23  sedacr  = 2.0        ! Default parameters
24  porsurf = 0.9        ! Sediment porosity at the surface
25  porinf  = 0.75       ! Sediment porosity at infinite depth
26  rhox    = 0.25       ! Length scale of porosity variation (cm)
27/
28!-----------------------------------------------------------------------
29&nam_trased     !   Prognostic variables
30!-----------------------------------------------------------------------
31!                 !           !                                          !             !
32!                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not !
33!                 !           !                                          !             !
34   sedsol(1)      = 'SedFeO  ' , 'Fe(OH)3 Concentration                  ',  '%'
35   sedsol(2)      = 'SedFeS  ' , 'FeS Concentration                      ',  '%'
36   sedsol(3)      = 'SedPOC  ' , 'POC Concentration                      ',  '%'
37   sedsol(4)      = 'SedPOS  ' , 'Semi-ref POC Concentration             ',  '%'
38   sedsol(5)      = 'SedPOR  ' , 'Refractory POC Concentration           ',  '%'
39   sedsol(6)      = 'SedCaCO3' , 'Calcite Concentration                  ',  '%'
40   sedsol(7)      = 'SedBSi  ' , 'Biogenic Silicate Concentration        ',  '%'
41   sedsol(8)      = 'SedClay ' , 'Clay Concentration                     ',  '%'
42   sedwat(1)      = 'SedO2   ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol/L'
43   sedwat(2)      = 'SedNO3  ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol/L'
44   sedwat(3)      = 'SedPO4  ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol/L'
45   sedwat(4)      = 'SedNH4  ' , 'Total Ammonium Concentration           ',  'mol/L '
46   sedwat(5)      = 'SedH2S  ' , 'Total H2S Concentration                ',  'mol/L '
47   sedwat(6)      = 'SedSO4  ' , 'Total SO4 Concentration                ',  'mol/L '
48   sedwat(7)      = 'SedFe2  ' , 'Total Fe2+ Concentration               ',  'mol/L '
49   sedwat(8)      = 'SedAlkalini' , 'Total Alkalinity Concentration      ',  'eq/L '
50   sedwat(9)      = 'Sedligand  ' , 'Total ligand Concentration          ',  'mol/L '
51   sedwat(10)     = 'SedDIC  ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol/L'
52   sedwat(11)     = 'SedSil  ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol/L'
53/
54!-----------------------------------------------------------------------
55&nam_diased     !  Diagnostic arrays
56!-----------------------------------------------------------------------
57!
58   seddiag3d(1)   = 'SedpH      ' , 'pH                                     ',  '-      '
59   seddiag3d(2)   = 'SedCO3por  ' , 'Dissolved CO3 concentration            ',  'mol/L'
60   seddiag3d(3)   = 'SaturCO3   ' , 'CO3 saturation                         ',  '-'
61   seddiag2d(1)   = 'FlxO2      ' , 'Dissolved Oxygen Flux                  ',  'mol/L'
62   seddiag2d(2)   = 'FlxNO3     ' , 'Nitrates flux                          ',  'mol/cm2/s'
63   seddiag2d(3)   = 'FlxPO4     ' , 'Phosphate flux                         ',  'mol/cm2/s'
64   seddiag2d(4)   = 'FlxNH4     ' , 'Total Ammonium flux                    ',  'mol/cm2/s'
65   seddiag2d(5)   = 'FlxH2S     ' , 'Total H2S flux                         ',  'mol/cm2/s'
66   seddiag2d(6)   = 'FlxSO4     ' , 'Total SO4 flux                         ',  'mol/cm2/s'
67   seddiag2d(7)   = 'FlxFe2     ' , 'Total Fe2+ flux                        ',  'mol/cm2/s'
68   seddiag2d(8)   = 'FlxAlkalini' , 'Total Alkalinity flux                  ',  'mol/cm2/s'
69   seddiag2d(9)   = 'FlxLig     ' , 'Total Ligand flux                      ',  'mol/cm2/s'
70   seddiag2d(10)  = 'FlxDIC     ' , 'Dissolved inorganic carbon flux        ',  'mol/cm2/s'
71   seddiag2d(11)  = 'FlxSi      ' , 'Silicate flux                          ',  'mol/cm2/s'
72   seddiag2d(12)  = 'FlxFeO     ' , 'FeO burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
73   seddiag2d(13)  = 'FlxFeS     ' , 'FeS burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
74   seddiag2d(14)  = 'FlxPOC     ' , 'POC burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
75   seddiag2d(15)  = 'FlxPOS     ' , 'POS burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
76   seddiag2d(16)  = 'FlxPOR     ' , 'POR burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
77   seddiag2d(17)  = 'FlxCaCO3   ' , 'Calcite burial flux                    ',  'mol/cm2/s'
78   seddiag2d(18)  = 'FlxBSi     ' , 'BSi burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
79   seddiag2d(19)  = 'FlxClay    ' , 'Clay burial flux                       ',  'mol/cm2/s'
80   seddiag2d(20)  = 'Flxtot     ' , 'Total burial flux                      ',  'mol/cm2/s'
81   seddiag2d(21)  = 'dzdep      ' , 'Sedimentation rate                     ',  'cm/s'
82/
83!-----------------------------------------------------------------------
84&nam_inorg     !   Inorganic chemistry in sediments (CacO3, Si)
85!-----------------------------------------------------------------------
86   rcopal   =  0.1      ! Reactivity for clay  [l.mol-1.an-1]
87   dcoef    =  8.0E-6   ! Diffusion coefficient in sediments (in cm**2/s)
88   rccal    =  1.4      ! Dissolution rate of calcite [in yr-1]
89   rcligc   =  0.1      ! Degradation rate of ligands [in yr-1]
90   ratligc  =  1.E-4    ! L/C ratio in POC
91/
92!-----------------------------------------------------------------------
93&nam_poc     !   parameters for the redox reactions of the sediment module
94!-----------------------------------------------------------------------
95   redO2    =  140.    ! Redfield coef for Oxygen
96   redNo3   =  16.     ! Redfield coef for Nitrate
97   redPo4   =  1.      ! Redfield coef for Phosphate
98   redC     =  122.    ! Redfield coef for Carbon
99   redfep   =  0.05    ! Ration of Fe bound P
100   rcorgl   =  10.     ! Reactivity for labile POC [an-1]
101   rcorgs   =  0.1     ! Reactivity for semi-refractory POC [an-1]
102   rcorgr   =  1.E-4   ! Reactivity for refractory POC [an-1]
103   rcnh4    =  1E7     ! Reactivity for O2/NH4 [l.mol-1.an-1]
104   rch2s    =  1E7     ! Reactivity for O2/H2S [l.mol-1.an-1]
105   rcfe2    =  1E9     ! Reactivity for O2/Fe2+ [l.mol-1.an-1]
106   rcfeh2s  =  1E4     ! Reactivity for FEOH/H2S [l.mol-1.an-1]
107   rcfeso   =  2E6     ! Reactivity for FES/O2 [l.mol-1.an-1]
108   rcfesp   =  5E-6    ! Precipitation of FeS [mol.l-1.an-1]
109   rcfesd   =  1.E-3   ! Dissolution of FeS [an-1]
110   xksedo2  =  1.E-6   ! Half-saturation constant for oxic remin [mol/l]
111   xksedno3 =  5.E-6  ! Half-saturation constant for denitrification [mol/l]
112   xksedfeo =  0.007   ! Half-saturation constant for iron remin [%]
113   xksedso4 =  2E-3    ! Half-saturation constant for SO4 remin [mol/l]
114/
115!-----------------------------------------------------------------------
116&nam_btb     !   parameters for bioturbation and bioirrigation
117!-----------------------------------------------------------------------
118   dbiot       =  8.        ! Bioturbation coefficient (in cm2/yr)
119   ln_btbz     =  .true.    ! Depth varying bioturbation
120   dbtbzsc     =  4.0       ! coefficient for btb attenuation. If no variation, depth of the mixed layer
121   adsnh4      =  4.16      ! Adsorption coefficient of NH4
122   adsfe2      =  0.0       ! Adsorption coefficient of Fe2
123   ln_irrig    =  .true.    ! Bioirrigation in sediment
124   xirrzsc     =  1.5       ! Vertical scale of the attentuation of bioirrigation [cm]
125/
126!-----------------------------------------------------------------------
127&nam_rst     !   parameters for restarting the sediment module
128!-----------------------------------------------------------------------
129   ln_rst_sed   =  .false.         !  restart flag
130   cn_sedrst_in  = "restart_sed"   !  name of the input restart file name of the sediment module
131   cn_sedrst_indir = "."           !  directory from which to read input sediment restarts
132   cn_sedrst_out = "restart_sed"   !  suffix of pass. [sediment] restart name (output)
133   cn_sedrst_outdir = "."          !  directory to which to write output sediment restarts
134/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.