New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
namelist_sediment_ref in NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED – NEMO

source: NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED/namelist_sediment_ref @ 15428

Last change on this file since 15428 was 15428, checked in by aumont, 11 months ago

update on the namelist and xml files

File size: 9.2 KB
Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! SEDIMENT reference namelist
3!!              1  - run characteristics                      (nam_run)
4!!              2  - sediment geometry                        (nam_geom)
5!!              3  - prognostic variables                     (nam_trased)
6!!              4  - diagnostic arrays                        (nam_diased)   
7!!              5  - parameters for clay/silicium             (nam_reac)
8!!              6  - parameters for redox reactions           (nam_poc)
9!!              7  - parameters for calcite                   (nam_cal)
10!!              8  - parameters for restarting                (nam_rst)
11!-----------------------------------------------------------------------
12&nam_run      !  Characteristics of the simulation
13!-----------------------------------------------------------------------
14  ln_sed_2way = .false.  ! 2 way coupling with pisces
15  nrosorder   = 3        ! Order of the rosenbrock methode (3,4)
16  rosatol     = 1.E-4    ! Tolerance for the absolute error
17  rosrtol     = 1.E-4    ! Tolerance for the relative error
18/
19!-----------------------------------------------------------------------
20&nam_geom     !  Characteristics of the sediment columns
21!-----------------------------------------------------------------------
22  jpksed  = 18         ! Number of vertical layers
23  sedzmin = 0.1        ! Minimum vertical spacing
24  sedhmax = 15.0       ! Maximum depth of the sediment
25  sedkth  = 9.0        ! Default parameters
26  sedacr  = 2.0        ! Default parameters
27  porsurf = 0.9        ! Sediment porosity at the surface
28  porinf  = 0.75       ! Sediment porosity at infinite depth
29  rhox    = 0.25       ! Length scale of porosity variation (cm)
30/
31!-----------------------------------------------------------------------
32&nam_trased     !   Prognostic variables
33!-----------------------------------------------------------------------
34!                 !           !                                          !             !
35!                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not !
36!                 !           !                                          !             !
37   sedsol(1)      = 'SedFeO  ' , 'Fe(OH)3 Concentration                  ',  '%'
38   sedsol(2)      = 'SedFeS  ' , 'FeS Concentration                      ',  '%'
39   sedsol(3)      = 'SedPOC  ' , 'POC Concentration                      ',  '%'
40   sedsol(4)      = 'SedPOS  ' , 'Semi-ref POC Concentration             ',  '%'
41   sedsol(5)      = 'SedPOR  ' , 'Refractory POC Concentration           ',  '%'
42   sedsol(6)      = 'SedCaCO3' , 'Calcite Concentration                  ',  '%'
43   sedsol(7)      = 'SedBSi  ' , 'Biogenic Silicate Concentration        ',  '%'
44   sedsol(8)      = 'SedClay ' , 'Clay Concentration                     ',  '%'
45   sedwat(1)      = 'SedO2   ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol/L'
46   sedwat(2)      = 'SedNO3  ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol/L'
47   sedwat(3)      = 'SedPO4  ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol/L'
48   sedwat(4)      = 'SedNH4  ' , 'Total Ammonium Concentration           ',  'mol/L '
49   sedwat(5)      = 'SedH2S  ' , 'Total H2S Concentration                ',  'mol/L '
50   sedwat(6)      = 'SedSO4  ' , 'Total SO4 Concentration                ',  'mol/L '
51   sedwat(7)      = 'SedFe2  ' , 'Total Fe2+ Concentration               ',  'mol/L '
52   sedwat(8)      = 'SedAlkalini' , 'Total Alkalinity Concentration      ',  'eq/L '
53   sedwat(9)      = 'Sedligand  ' , 'Total ligand Concentration          ',  'mol/L '
54   sedwat(10)     = 'SedDIC  ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol/L'
55   sedwat(11)     = 'SedSil  ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol/L'
56/
57!-----------------------------------------------------------------------
58&nam_diased     !  Diagnostic arrays
59!-----------------------------------------------------------------------
60!
61   seddiag3d(1)   = 'SedpH      ' , 'pH                                     ',  '-      '
62   seddiag3d(2)   = 'SedCO3por  ' , 'Dissolved CO3 concentration            ',  'mol/L'
63   seddiag3d(3)   = 'SaturCO3   ' , 'CO3 saturation                         ',  '-'
64   seddiag2d(1)   = 'FlxO2      ' , 'Dissolved Oxygen Flux                  ',  'mol/L'
65   seddiag2d(2)   = 'FlxNO3     ' , 'Nitrates flux                          ',  'mol/cm2/s'
66   seddiag2d(3)   = 'FlxPO4     ' , 'Phosphate flux                         ',  'mol/cm2/s'
67   seddiag2d(4)   = 'FlxNH4     ' , 'Total Ammonium flux                    ',  'mol/cm2/s'
68   seddiag2d(5)   = 'FlxH2S     ' , 'Total H2S flux                         ',  'mol/cm2/s'
69   seddiag2d(6)   = 'FlxSO4     ' , 'Total SO4 flux                         ',  'mol/cm2/s'
70   seddiag2d(7)   = 'FlxFe2     ' , 'Total Fe2+ flux                        ',  'mol/cm2/s'
71   seddiag2d(8)   = 'FlxAlkalini' , 'Total Alkalinity flux                  ',  'mol/cm2/s'
72   seddiag2d(9)   = 'FlxLig     ' , 'Total Ligand flux                      ',  'mol/cm2/s'
73   seddiag2d(10)  = 'FlxDIC     ' , 'Dissolved inorganic carbon flux        ',  'mol/cm2/s'
74   seddiag2d(11)  = 'FlxSi      ' , 'Silicate flux                          ',  'mol/cm2/s'
75   seddiag2d(12)  = 'FlxFeO     ' , 'FeO burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
76   seddiag2d(13)  = 'FlxFeS     ' , 'FeS burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
77   seddiag2d(14)  = 'FlxPOC     ' , 'POC burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
78   seddiag2d(15)  = 'FlxPOS     ' , 'POS burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
79   seddiag2d(16)  = 'FlxPOR     ' , 'POR burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
80   seddiag2d(17)  = 'FlxCaCO3   ' , 'Calcite burial flux                    ',  'mol/cm2/s'
81   seddiag2d(18)  = 'FlxBSi     ' , 'BSi burial flux                        ',  'mol/cm2/s'
82   seddiag2d(19)  = 'FlxClay    ' , 'Clay burial flux                       ',  'mol/cm2/s'
83   seddiag2d(20)  = 'Flxtot     ' , 'Total burial flux                      ',  'mol/cm2/s'
84   seddiag2d(21)  = 'dzdep      ' , 'Sedimentation rate                     ',  'cm/s'
85   seddiag2d(22)  = 'Rstepros   ' , 'Number of iterations                   ',  '-'
86/
87!-----------------------------------------------------------------------
88&nam_inorg     !   Inorganic chemistry in sediments (CacO3, Si)
89!-----------------------------------------------------------------------
90   rcopal   =  1.25     ! Reactivity for clay  [l.mol-1.an-1]
91   rccal    =  0.1      ! Dissolution rate of calcite [in yr-1]
92   rcligc   =  0.1      ! Degradation rate of ligands [in yr-1]
93   ratligc  =  1.E-4    ! L/C ratio in POC
94/
95!-----------------------------------------------------------------------
96&nam_poc     !   parameters for the redox reactions of the sediment module
97!-----------------------------------------------------------------------
98   redO2    =  138.    ! Redfield coef for Oxygen
99   redNo3   =  16.     ! Redfield coef for Nitrate
100   redPo4   =  1.      ! Redfield coef for Phosphate
101   redC     =  117.    ! Redfield coef for Carbon
102   redfep   =  0.05    ! Ration of Fe bound P
103   rcorgl   =  10.     ! Reactivity for labile POC [an-1]
104   rcorgs   =  0.1     ! Reactivity for semi-refractory POC [an-1]
105   rcorgr   =  1.E-4   ! Reactivity for refractory POC [an-1]
106   rcnh4    =  1E7     ! Reactivity for O2/NH4 [l.mol-1.an-1]
107   rch2s    =  1E8     ! Reactivity for O2/H2S [l.mol-1.an-1]
108   rcfe2    =  5E8     ! Reactivity for O2/Fe2+ [l.mol-1.an-1]
109   rcfeh2s  =  1E4     ! Reactivity for FEOH/H2S [l.mol-1.an-1]
110   rcfeso   =  2E6     ! Reactivity for FES/O2 [l.mol-1.an-1]
111   rcfesp   =  1E-4    ! Precipitation of FeS [mol.l-1.an-1]
112   rcfesd   =  1.E-3   ! Dissolution of FeS [an-1]
113   xksedo2  =  1.E-6   ! Half-saturation constant for oxic remin [mol/l]
114   xksedno3 =  5.E-6   ! Half-saturation constant for denitrification [mol/l]
115   xksedfeo =  0.006   ! Half-saturation constant for iron remin [%]
116   xksedso4 =  5E-4    ! Half-saturation constant for SO4 remin [mol/l]
117/
118!-----------------------------------------------------------------------
119&nam_btb     !   parameters for bioturbation and bioirrigation
120!-----------------------------------------------------------------------
121   dbiot       =  8.        ! Bioturbation coefficient (in cm2/yr)
122   ln_btbz     =  .true.    ! Depth varying bioturbation
123   dbtbzsc     =  5.0       ! coefficient for btb attenuation. If no variation, depth of the mixed layer
124   adsnh4      =  4.16      ! Adsorption coefficient of NH4
125   adsfe2      =  697.0     ! Adsorption coefficient of Fe2
126   ln_irrig    =  .true.    ! Bioirrigation in sediment
127   xirrzsc     =  2.0       ! Vertical scale of the attentuation of bioirrigation [cm]
128/
129!-----------------------------------------------------------------------
130&nam_rst     !   parameters for restarting the sediment module
131!-----------------------------------------------------------------------
132   ln_rst_sed   =  .false.         !  restart flag
133   cn_sedrst_in  = "restart_sed"   !  name of the input restart file name of the sediment module
134   cn_sedrst_indir = "."           !  directory from which to read input sediment restarts
135   cn_sedrst_out = "restart_sed"   !  suffix of pass. [sediment] restart name (output)
136   cn_sedrst_outdir = "."          !  directory to which to write output sediment restarts
137/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.