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1MODULE p4zbio
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p4zbio  ***
4   !! TOP :   PISCES bio-model
5   !!======================================================================
6   !! History :   1.0  !  2004     (O. Aumont) Original code
7   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9   !!   p4z_bio        :   computes the interactions between the different
10   !!                      compartments of PISCES
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   USE oce_trc         !  shared variables between ocean and passive tracers
13   USE trc             !  passive tracers common variables
14   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables
15   USE p4zsink         !  vertical flux of particulate matter due to sinking
16   USE p4zopt          !  optical model
17   USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients
18   USE p4zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups
19   USE p4zmort         !  Mortality terms for phytoplankton
20   USE p4zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton
21   USE p4zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton
22   USE p5zlim          !  Co-limitations of differents nutrients
23   USE p5zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups
24   USE p5zmort         !  Mortality terms for phytoplankton
25   USE p5zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton
26   USE p5zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton
27   USE p4zrem          !  Remineralisation of organic matter
28   USE p4zpoc          !  Remineralization of organic particles
29   USE p4zagg          !  Aggregation of particles
30   USE p4zfechem
31   USE p4zligand       !  Prognostic ligand model
32   USE prtctl_trc      !  print control for debugging
33   USE iom             !  I/O manager
34 
35   IMPLICIT NONE
36   PRIVATE
37
38   PUBLIC  p4z_bio   
39
40   !! * Substitutions
41#  include "do_loop_substitute.h90"
42#  include "domzgr_substitute.h90"
43   !!----------------------------------------------------------------------
44   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018)
45   !! $Id$
46   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE)
47   !!----------------------------------------------------------------------
48CONTAINS
49
50   SUBROUTINE p4z_bio ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )
51      !!---------------------------------------------------------------------
52      !!                     ***  ROUTINE p4z_bio  ***
53      !!
54      !! ** Purpose :   Ecosystem model in the whole ocean: computes the
55      !!              different interactions between the different compartments
56      !!              of PISCES
57      !!
58      !! ** Method  : - ???
59      !!---------------------------------------------------------------------
60      INTEGER, INTENT(in) :: kt, knt
61      INTEGER, INTENT(in) :: Kbb, Kmm, Krhs  ! time level indices
62      !
63      INTEGER             :: ji, jj, jk, jn
64      CHARACTER (len=25) :: charout
65      !!---------------------------------------------------------------------
66      !
67      IF( ln_timing )   CALL timing_start('p4z_bio')
68      !
69      !     ASSIGN THE SHEAR RATE THAT IS USED FOR AGGREGATION
70      !     OF PHYTOPLANKTON AND DETRITUS
71
72      xdiss(:,:,:) = 1.
73!!gm the use of nmld should be better here?
74      DO_3D_11_11( 2, jpkm1 )
75!!gm  :  use nmln  and test on jk ...  less memory acces
76         IF( gdepw(ji,jj,jk+1,Kmm) > hmld(ji,jj) )   xdiss(ji,jj,jk) = 0.01
77      END_3D
78
79      CALL p4z_opt     ( kt, knt, Kbb, Kmm       )     ! Optic: PAR in the water column
80      CALL p4z_sink    ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! vertical flux of particulate organic matter
81      CALL p4z_fechem  ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! Iron chemistry/scavenging
82      !
83      IF( ln_p4z ) THEN
84         CALL p4z_lim  ( kt, knt, Kbb, Kmm       )     ! co-limitations by the various nutrients
85         CALL p4z_prod ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.
86         !                                          ! (for each element : C, Si, Fe, Chl )
87         CALL p4z_mort ( kt,      Kbb,      Krhs )     ! phytoplankton mortality
88         !                                          ! zooplankton sources/sinks routines
89         CALL p4z_micro( kt, knt, Kbb,      Krhs )     ! microzooplankton
90         CALL p4z_meso ( kt, knt, Kbb,      Krhs )     ! mesozooplankton
91      ELSE
92         CALL p5z_lim  ( kt, knt, Kbb, Kmm       )     ! co-limitations by the various nutrients
93         CALL p5z_prod ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.
94         !                                          ! (for each element : C, Si, Fe, Chl )
95         CALL p5z_mort ( kt,      Kbb,      Krhs      )     ! phytoplankton mortality
96         !                                          ! zooplankton sources/sinks routines
97         CALL p5z_micro( kt, knt, Kbb,      Krhs )           ! microzooplankton
98         CALL p5z_meso ( kt, knt, Kbb,      Krhs )           ! mesozooplankton
99      ENDIF
100      !
101      CALL p4z_agg     ( kt, knt, Kbb,      Krhs )     ! Aggregation of particles
102      CALL p4z_rem     ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe
103      CALL p4z_poc     ( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs )     ! Remineralization of organic particles
104      !
105      IF( ln_ligand )  &
106      & CALL p4z_ligand( kt, knt, Kbb,      Krhs )
107      !                                                             !
108      IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging)
109         WRITE(charout, FMT="('bio ')")
110         CALL prt_ctl_trc_info(charout)
111         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm)
112      ENDIF
113      !
114      IF( ln_timing )   CALL timing_stop('p4z_bio')
115      !
116   END SUBROUTINE p4z_bio
117
118   !!======================================================================
119END MODULE p4zbio
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.