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1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES  :    1  - air-sea exchange                         (nampisext)
3!! namelists    2  - biological parameters                    (nampisbio)
4!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
5!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
6!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
7!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
8!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
9!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
10!!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs)
11!!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia)
12!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
13!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
14!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
15&nampisext     !   air-sea exchange
16!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
17   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
18   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
19   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
20   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
21!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
22!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
23/
24!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
25&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
26!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
27!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation !
28!              !              !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  !
29   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
30   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
31!
32   ln_presatm  = .true.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
33/
34!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
35&nampisbio     !   biological parameters
36!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
37   nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology
38   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed
39   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality
40   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton
41   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed
42/
43!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
44&nampislim     !   parameters for nutrient limitations
45!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
46   conc0      =  1.e-6    ! Phosphate half saturation
47   conc1      =  8E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms
48   conc2      =  1E-9     ! Iron half saturation for phyto
49   conc2m     =  3E-9     ! Max iron half saturation for phyto
50   conc3      =  3E-9     ! Iron half saturation for diatoms
51   conc3m     =  8E-9     ! Maxi iron half saturation for diatoms
52   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
53   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
54   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
55   concdnh4   =  8.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
56   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
57   xksi2      =  3.33E-6  ! half saturation constant for Si/C
58   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
59   concfebac  =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
60   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto
61   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
62   caco3r     =  0.16     ! mean rain ratio
63/
64!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
65&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth
66!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
67   pislope    =  2.       ! P-I slope
68   pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms
69   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
70   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
71   ln_newprod =  .true.  ! Enable new parame. of production (T/F)
72   bresp      =  0.00333  ! Basal respiration rate
73   chlcnm     =  0.033    ! Minimum Chl/C in nanophytoplankton
74   chlcdm     =  0.05     ! Minimum Chl/C in diatoms
75   chlcmin    =  0.0033   ! Maximum Chl/c in phytoplankton
76   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
77   fecdm      =  40E-6    ! Minimum Fe/C in diatoms
78   grosip     =  0.151    ! mean Si/C ratio
79/
80!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
81&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks
82!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
83   wchl       =  0.001    ! quadratic mortality of phytoplankton
84   wchld      =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms
85   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
86   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
87   mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate
88/
89!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
90&nampismes     !   parameters for mesozooplankton
91!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
92   part2      =  0.75    ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
93   grazrat2   =  0.7      ! maximal mesozoo grazing rate
94   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
95   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
96   xprefc     =  1.       ! zoo preference for phyto
97   xprefp     =  0.3      ! zoo preference for POC
98   xprefz     =  1.       ! zoo preference for zoo
99   xprefpoc   =  0.3      ! zoo preference for poc
100   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
101   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
102   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
103   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
104   xthresh2   =  2E-7    ! Food threshold for grazing
105   xkgraz2    =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing
106   epsher2    =  0.3      ! Efficicency of Mesozoo growth
107   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
108   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
109   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate
110/
111!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
112&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton
113!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
114   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
115   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
116   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
117   mzrat      =  0.001    ! zooplankton mortality rate
118   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM
119   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
120   xpref2d    =  0.5      ! Microzoo preference for Diatoms
121   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
122   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
123   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
124   xthresh    =  2.E-7    ! Food threshold for feeding
125   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
126   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth
127   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
128   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
129/
130!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
131&nampisrem     !   parameters for remineralization
132!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
133   xremik    =  0.25      ! remineralization rate of DOC
134   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC
135   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
136   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
137   xsiremlab =  0.025     ! fast remineralization rate of Si
138   xsilab    =  0.31      ! Fraction of labile biogenic silica
139   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron
140   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia
141   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration
142/
143!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
144&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
145!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
146   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time)
147   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
148/
149!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
150&nampissed     !   parameters for inputs deposition
151!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
152!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable   ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation !
153!              !                   !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  !
154   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'     ,  .true.      , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
155   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdic' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
156   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    -12            , 'riverdoc' ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
157   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'     ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
158   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'    ,  .false.     , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''
159!
160   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
161   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
162   ln_river    =  .false.   ! boolean for river input of nutrients
163   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N
164   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments
165   sedfeinput  =  1E-9     ! Coastal release of Iron
166   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust
167   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
168   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate
169   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
170   concfediaz  =  1.E-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
171/
172!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
173&nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest"
174!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
175   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent
176   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent
177   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates
178   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates
179/
180!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
181&nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest"
182!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
183   xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor
184   xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness
185   xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class
186   xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class
187   xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class
188   xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class
189/
190!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
191&nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics
192!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
193!              !    name   !           title of the field          !     units      !
194!              !           !                                       !                ! 
195   pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    '
196   pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    '
197   pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm'
198   pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         '
199   pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    '
200   pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    '
201   pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   '
202   pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   '
203   pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   '
204   pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    '
205   pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            '
206   pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   '
207   pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    '
208   pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            '
209   pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        '
210   pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        '
211   pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         '
212   pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    '
213   pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    '
214   pisdia3d(7)  = 'PPNEWN   ' , 'New Primary production of nano    ',  'molC/m3/s    '
215   pisdia3d(8)  = 'PPNEWD   ' , 'New Primary production of diat    ',  'molC/m3/s    '
216   pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   '
217   pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   '
218   pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   '
219/
220!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
221&nampisdmp     !  Damping
222!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
223   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value
224   nn_pisdmp    =  1460       !  Frequency of Relaxation
225/
226!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
227&nampismass     !  Mass conservation
228!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
229   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
230/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.