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p4zsms.F90 in branches/2013/dev_r3940_CNRS4_IOCRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z – NEMO

source: branches/2013/dev_r3940_CNRS4_IOCRS/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsms.F90 @ 4077

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2013/dev_r3940_CNRS4_IOCRS : minor improvment
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Line 
1MODULE p4zsms
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p4zsms  ***
4   !! TOP :   PISCES Source Minus Sink manager
5   !!======================================================================
6   !! History :   1.0  !  2004-03 (O. Aumont) Original code
7   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_pisces
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13   !!   p4zsms        :  Time loop of passive tracers sms
14   !!----------------------------------------------------------------------
15   USE oce_trc         !  shared variables between ocean and passive tracers
16   USE trc             !  passive tracers common variables
17   USE trcdta
18   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables
19   USE p4zbio          !  Biological model
20   USE p4zche          !  Chemical model
21   USE p4zlys          !  Calcite saturation
22   USE p4zflx          !  Gas exchange
23   USE p4zsbc          !  External source of nutrients
24   USE p4zsed          !  Sedimentation
25   USE p4zint          !  time interpolation
26   USE iom             !  I/O manager
27   USE trdmod_oce      !  Ocean trends variables
28   USE trdmod_trc      !  TOP trends variables
29   USE sedmodel        !  Sediment model
30   USE prtctl_trc      !  print control for debugging
31
32   IMPLICIT NONE
33   PRIVATE
34
35   PUBLIC   p4z_sms_init    ! called in p4zsms.F90
36   PUBLIC   p4z_sms    ! called in p4zsms.F90
37
38   REAL(wp) :: alkbudget, no3budget, silbudget, ferbudget
39   INTEGER ::  numco2, numnut  !: logical unit for co2 budget
40
41   !!----------------------------------------------------------------------
42   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010)
43   !! $Id: p4zsms.F90 3320 2012-03-05 16:37:52Z cetlod $
44   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
45   !!----------------------------------------------------------------------
46
47CONTAINS
48
49   SUBROUTINE p4z_sms( kt )
50      !!---------------------------------------------------------------------
51      !!                     ***  ROUTINE p4z_sms  ***
52      !!
53      !! ** Purpose :   Managment of the call to Biological sources and sinks
54      !!              routines of PISCES bio-model
55      !!
56      !! ** Method  : - at each new day ...
57      !!              - several calls of bio and sed ???
58      !!              - ...
59      !!---------------------------------------------------------------------
60      !
61      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index     
62      !!
63      INTEGER ::   jnt, jn, jl
64      CHARACTER (len=25) :: charout
65      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:)  :: ztrdpis
66      !!---------------------------------------------------------------------
67      !
68      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_sms')
69      !
70      IF( l_trdtrc )  THEN
71         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis ) 
72         DO jn = 1, jp_pisces
73            jl = jn + jp_pcs0 - 1
74            ztrdpis(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jl)
75         ENDDO
76      ENDIF
77      !
78      IF( kt == nittrc000 ) THEN
79        !
80        CALL p4z_che                              ! initialize the chemical constants
81        !
82        IF( .NOT. ln_rsttr ) THEN  ;   CALL p4z_ph_ini   !  set PH at kt=nit000
83        ELSE                       ;   CALL p4z_rst( nittrc000, 'READ' )  !* read or initialize all required fields
84        ENDIF
85        !
86      ENDIF
87      !
88      IF( ln_pisdmp .AND. MOD( kt - nn_dttrc, nn_pisdmp ) == 0 )   CALL p4z_dmp( kt )      ! Relaxation of some tracers
89      !
90      IF( ndayflxtr /= nday_year ) THEN      ! New days
91         !
92         ndayflxtr = nday_year
93
94         IF(lwp) write(numout,*)
95         IF(lwp) write(numout,*) ' New chemical constants and various rates for biogeochemistry at new day : ', nday_year
96         IF(lwp) write(numout,*) '~~~~~~'
97
98         CALL p4z_che              ! computation of chemical constants
99         CALL p4z_int( kt )        ! computation of various rates for biogeochemistry
100         !
101      ENDIF
102
103      IF( ll_sbc ) CALL p4z_sbc( kt )   ! external sources of nutrients
104
105      DO jnt = 1, nrdttrc          ! Potential time splitting if requested
106         !
107         CALL p4z_bio (kt, jnt)    ! Biology
108         CALL p4z_sed (kt, jnt)    ! Sedimentation
109         !
110         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1
111            trb(:,:,:,jn) = trn(:,:,:,jn)
112         ENDDO
113         !
114      END DO
115
116      IF( l_trdtrc )  THEN
117         DO jn = 1, jp_pisces
118            jl = jn + jp_pcs0 - 1
119            ztrdpis(:,:,:,jn) = ( ztrdpis(:,:,:,jn) - trn(:,:,:,jl) ) * rfact2r
120         ENDDO
121      ENDIF
122
123      CALL p4z_lys( kt )             ! Compute CaCO3 saturation
124      CALL p4z_flx( kt )             ! Compute surface fluxes
125
126      DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1
127        CALL lbc_lnk( trn(:,:,:,jn), 'T', 1. )
128        CALL lbc_lnk( trb(:,:,:,jn), 'T', 1. )
129        CALL lbc_lnk( tra(:,:,:,jn), 'T', 1. )
130      END DO
131      !
132      IF( lk_sed ) THEN 
133         !
134         CALL sed_model( kt )     !  Main program of Sediment model
135         !
136         DO jn = jp_pcs0, jp_pcs1
137           CALL lbc_lnk( trn(:,:,:,jn), 'T', 1. )
138         END DO
139         !
140      ENDIF
141      !
142      IF( lrst_trc )  CALL p4z_rst( kt, 'WRITE' )  !* Write PISCES informations in restart file
143      !
144      IF( l_trdtrc ) THEN
145         DO jn = 1, jp_pisces
146            jl = jn + jp_pcs0 - 1
147             ztrdpis(:,:,:,jn) = ztrdpis(:,:,:,jn) + tra(:,:,:,jl)
148             CALL trd_mod_trc( ztrdpis(:,:,:,jn), jn, jptra_trd_sms, kt )   ! save trends
149          END DO
150          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, jp_pisces, ztrdpis ) 
151      END IF
152      !
153      CALL p4z_chk_mass( kt ) ! Mass conservation checking
154
155      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p4z_sms')
156      !
157      !
158   END SUBROUTINE p4z_sms
159
160   SUBROUTINE p4z_sms_init
161      !!----------------------------------------------------------------------
162      !!                     ***  p4z_sms_init  *** 
163      !!
164      !! ** Purpose :   read PISCES namelist
165      !!
166      !! ** input   :   file 'namelist.trc.s' containing the following
167      !!             namelist: natext, natbio, natsms
168      !!                       natkriest ("key_kriest")
169      !!----------------------------------------------------------------------
170      NAMELIST/nampisbio/ nrdttrc, wsbio, xkmort, ferat3, wsbio2, niter1max, niter2max
171#if defined key_kriest
172      NAMELIST/nampiskrp/ xkr_eta, xkr_zeta, xkr_ncontent, xkr_mass_min, xkr_mass_max
173#endif
174      NAMELIST/nampisdmp/ ln_pisdmp, nn_pisdmp
175      NAMELIST/nampismass/ ln_check_mass
176      !!----------------------------------------------------------------------
177
178
179      REWIND( numnatp )
180      READ  ( numnatp, nampisbio )
181
182      IF(lwp) THEN                         ! control print
183         WRITE(numout,*) ' Namelist : nampisbio'
184         WRITE(numout,*) '    frequence pour la biologie                nrdttrc   =', nrdttrc
185         WRITE(numout,*) '    POC sinking speed                         wsbio     =', wsbio
186         WRITE(numout,*) '    half saturation constant for mortality    xkmort    =', xkmort
187         WRITE(numout,*) '    Fe/C in zooplankton                       ferat3    =', ferat3
188         WRITE(numout,*) '    Big particles sinking speed               wsbio2    =', wsbio2
189         WRITE(numout,*) '    Maximum number of iterations for POC      niter1max =', niter1max
190         WRITE(numout,*) '    Maximum number of iterations for GOC      niter2max =', niter2max
191      ENDIF
192
193#if defined key_kriest
194
195      !                               ! nampiskrp : kriest parameters
196      !                               ! -----------------------------
197      xkr_eta      = 0.62
198      xkr_zeta     = 1.62
199      xkr_ncontent = 5.7E-6
200      xkr_mass_min = 0.0002
201      xkr_mass_max = 1.
202
203      REWIND( numnatp )                     ! read natkriest
204      READ  ( numnatp, nampiskrp )
205
206      IF(lwp) THEN
207         WRITE(numout,*)
208         WRITE(numout,*) ' Namelist : nampiskrp'
209         WRITE(numout,*) '    Sinking  exponent                        xkr_eta      = ', xkr_eta
210         WRITE(numout,*) '    N content exponent                       xkr_zeta     = ', xkr_zeta
211         WRITE(numout,*) '    N content factor                         xkr_ncontent = ', xkr_ncontent
212         WRITE(numout,*) '    Minimum mass for Aggregates              xkr_mass_min = ', xkr_mass_min
213         WRITE(numout,*) '    Maximum mass for Aggregates              xkr_mass_max = ', xkr_mass_max
214         WRITE(numout,*)
215     ENDIF
216
217
218     ! Computation of some variables
219     xkr_massp = xkr_ncontent * 7.625 * xkr_mass_min**xkr_zeta
220
221#endif
222
223      ln_pisdmp = .true.
224      nn_pisdmp = 1
225
226      REWIND( numnatp )
227      READ  ( numnatp, nampisdmp )
228
229      IF(lwp) THEN                         ! control print
230         WRITE(numout,*)
231         WRITE(numout,*) ' Namelist : nampisdmp'
232         WRITE(numout,*) '    Relaxation of tracer to glodap mean value             ln_pisdmp      =', ln_pisdmp
233         WRITE(numout,*) '    Frequency of Relaxation                               nn_pisdmp      =', nn_pisdmp
234         WRITE(numout,*) ' '
235      ENDIF
236
237      ln_check_mass = .false.
238      REWIND( numnatp )       
239      READ  ( numnatp, nampismass )
240      IF(lwp) THEN                         ! control print
241         WRITE(numout,*) ' '
242         WRITE(numout,*) ' Namelist parameter for mass conservation checking'
243         WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~'
244         WRITE(numout,*) '    Flag to check mass conservation of NO3/Si/TALK ln_check_mass = ', ln_check_mass
245      ENDIF
246
247   END SUBROUTINE p4z_sms_inita
248
249   SUBROUTINE p4z_ph_ini
250      !!---------------------------------------------------------------------
251      !!                   ***  ROUTINE p4z_ini_ph  ***
252      !!
253      !!  ** Purpose : Initialization of chemical variables of the carbon cycle
254      !!---------------------------------------------------------------------
255      INTEGER  ::  ji, jj, jk
256      REAL(wp) ::  zcaralk, zbicarb, zco3
257      REAL(wp) ::  ztmas, ztmas1
258      !!---------------------------------------------------------------------
259
260      ! Set PH from  total alkalinity, borat (???), akb3 (???) and ak23 (???)
261      ! --------------------------------------------------------
262      DO jk = 1, jpk
263         DO jj = 1, jpj
264            DO ji = 1, jpi
265               ztmas   = tmask(ji,jj,jk)
266               ztmas1  = 1. - tmask(ji,jj,jk)
267               zcaralk = trn(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  )
268               zco3    = ( zcaralk - trn(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1
269               zbicarb = ( 2. * trn(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk )
270               hi(ji,jj,jk) = ( ak23(ji,jj,jk) * zbicarb / zco3 ) * ztmas + 1.e-9 * ztmas1
271            END DO
272         END DO
273     END DO
274     !
275   END SUBROUTINE p4z_ph_ini
276
277
278   SUBROUTINE p4z_rst( kt, cdrw )
279      !!---------------------------------------------------------------------
280      !!                   ***  ROUTINE p4z_rst  ***
281      !!
282      !!  ** Purpose : Read or write variables in restart file:
283      !!
284      !!  WRITE(READ) mode:
285      !!       kt        : number of time step since the begining of the experiment at the
286      !!                   end of the current(previous) run
287      !!---------------------------------------------------------------------
288      INTEGER         , INTENT(in) ::   kt         ! ocean time-step
289      CHARACTER(len=*), INTENT(in) ::   cdrw       ! "READ"/"WRITE" flag
290      !
291      INTEGER  ::  ji, jj, jk
292      REAL(wp) ::  zcaralk, zbicarb, zco3
293      REAL(wp) ::  ztmas, ztmas1
294      !!---------------------------------------------------------------------
295
296      IF( TRIM(cdrw) == 'READ' ) THEN
297         !
298         IF(lwp) WRITE(numout,*)
299         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' p4z_rst : Read specific variables from pisces model '
300         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~'
301         !
302         IF( iom_varid( numrtr, 'PH', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN
303            CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'PH' , hi(:,:,:)  )
304         ELSE
305!            hi(:,:,:) = 1.e-9
306           CALL p4z_ph_ini
307         ENDIF
308         CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'Silicalim', xksi(:,:) )
309         IF( iom_varid( numrtr, 'Silicamax', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN
310            CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'Silicamax' , xksimax(:,:)  )
311         ELSE
312            xksimax(:,:) = xksi(:,:)
313         ENDIF
314         !
315      ELSEIF( TRIM(cdrw) == 'WRITE' ) THEN
316         IF( kt == nitrst ) THEN
317            IF(lwp) WRITE(numout,*)
318            IF(lwp) WRITE(numout,*) 'p4z_rst : write pisces restart file  kt =', kt
319            IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~'
320         ENDIF
321         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'PH', hi(:,:,:) )
322         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'Silicalim', xksi(:,:) )
323         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'Silicamax', xksimax(:,:) )
324      ENDIF
325      !
326   END SUBROUTINE p4z_rst
327
328   SUBROUTINE p4z_dmp( kt )
329      !!----------------------------------------------------------------------
330      !!                    ***  p4z_dmp  ***
331      !!
332      !! ** purpose  : Relaxation of some tracers
333      !!----------------------------------------------------------------------
334      !
335      INTEGER, INTENT( in )  ::     kt ! time step
336      !
337      REAL(wp) ::  alkmean = 2426.     ! mean value of alkalinity ( Glodap ; for Goyet 2391. )
338      REAL(wp) ::  po4mean = 2.165     ! mean value of phosphates
339      REAL(wp) ::  no3mean = 30.90     ! mean value of nitrate
340      REAL(wp) ::  silmean = 91.51     ! mean value of silicate
341      !
342      REAL(wp) :: zarea, zalksum, zpo4sum, zno3sum, zsilsum
343      !!---------------------------------------------------------------------
344
345
346      IF(lwp)  WRITE(numout,*)
347      IF(lwp)  WRITE(numout,*) ' p4z_dmp : Restoring of nutrients at time-step kt = ', kt
348      IF(lwp)  WRITE(numout,*)
349
350      IF( cp_cfg == "orca" .AND. .NOT. lk_c1d ) THEN      ! ORCA configuration (not 1D) !
351         !                                                    ! --------------------------- !
352         ! set total alkalinity, phosphate, nitrate & silicate
353         zarea          = 1._wp / glob_sum( cvol(:,:,:) ) * 1e6             
354
355         zalksum = glob_sum( trn(:,:,:,jptal) * cvol(:,:,:)  ) * zarea
356         zpo4sum = glob_sum( trn(:,:,:,jppo4) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * po4r
357         zno3sum = glob_sum( trn(:,:,:,jpno3) * cvol(:,:,:)  ) * zarea * rno3
358         zsilsum = glob_sum( trn(:,:,:,jpsil) * cvol(:,:,:)  ) * zarea
359 
360         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       TALK mean : ', zalksum
361         trn(:,:,:,jptal) = trn(:,:,:,jptal) * alkmean / zalksum
362
363         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       PO4  mean : ', zpo4sum
364         trn(:,:,:,jppo4) = trn(:,:,:,jppo4) * po4mean / zpo4sum
365
366         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       NO3  mean : ', zno3sum
367         trn(:,:,:,jpno3) = trn(:,:,:,jpno3) * no3mean / zno3sum
368
369         IF(lwp) WRITE(numout,*) '       SiO3 mean : ', zsilsum
370         trn(:,:,:,jpsil) = MIN( 400.e-6,trn(:,:,:,jpsil) * silmean / zsilsum )
371         !
372      ENDIF
373
374   END SUBROUTINE p4z_dmp
375
376
377   SUBROUTINE p4z_chk_mass( kt )
378      !!----------------------------------------------------------------------
379      !!                  ***  ROUTINE p4z_chk_mass  ***
380      !!
381      !! ** Purpose :  Mass conservation check
382      !!
383      !!---------------------------------------------------------------------
384      !
385      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index     
386      !!
387      !!---------------------------------------------------------------------
388
389      IF( kt == nittrc000 ) THEN
390         IF( ln_check_mass .AND. lwp) THEN      !   Open budget file of NO3, ALK, Si, Fer
391            CALL ctl_opn( numco2, 'carbon.budget'  , 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea )
392            CALL ctl_opn( numnut, 'nutrient.budget', 'REPLACE', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE., narea )
393         ENDIF
394      ENDIF
395
396      IF( ln_check_mass .AND. kt == nitend ) THEN      !   Compute the budget of NO3, ALK, Si, Fer
397         no3budget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpno3) + trn(:,:,:,jpnh4)  &
398            &                    + trn(:,:,:,jpphy) + trn(:,:,:,jpdia)  &
399            &                    + trn(:,:,:,jpzoo) + trn(:,:,:,jpmes)  &
400            &                    + trn(:,:,:,jppoc)                     &
401#if ! defined key_kriest
402            &                    + trn(:,:,:,jpgoc)                     &
403#endif
404            &                    + trn(:,:,:,jpdoc)                     ) * cvol(:,:,:)  ) 
405         !
406         silbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpsil) + trn(:,:,:,jpgsi)  &
407            &                    + trn(:,:,:,jpdsi)                     ) * cvol(:,:,:)  )
408         !
409         alkbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpno3) * rno3              &
410            &                    + trn(:,:,:,jptal)                     &
411            &                    + trn(:,:,:,jpcal) * 2.                ) * cvol(:,:,:)  )
412         !
413         ferbudget = glob_sum( (   trn(:,:,:,jpfer) + trn(:,:,:,jpnfe)  &
414            &                    + trn(:,:,:,jpdfe)                     &
415#if ! defined key_kriest
416            &                    + trn(:,:,:,jpbfe)                     &
417#endif
418            &                    + trn(:,:,:,jpsfe)                     &
419            &                    + trn(:,:,:,jpzoo)                     &
420            &                    + trn(:,:,:,jpmes) * ferat3            ) * cvol(:,:,:)  )
421
422         !
423         t_atm_co2_flx  = t_atm_co2_flx / glob_sum( e1e2t(:,:) )
424         t_oce_co2_flx  = t_oce_co2_flx         * 12. / 1.e15 * (-1 )
425         tpp            = tpp           * 1000. * 12. / 1.E15
426         t_oce_co2_exp  = t_oce_co2_exp * 1000. * 12. / 1.E15
427         !
428         no3budget = no3budget / areatot
429         silbudget = silbudget / areatot
430         alkbudget = alkbudget / areatot
431         ferbudget = ferbudget / areatot
432         !
433         IF(lwp) THEN
434            WRITE(numco2,9000) ndastp, t_atm_co2_flx, t_oce_co2_flx, tpp, t_oce_co2_exp
435            WRITE(numnut,9500) ndastp, alkbudget, no3budget, silbudget, ferbudget
436         ENDIF
437         !
438      ENDIF
439       !
440 9000  FORMAT(i8,f10.5,e18.10,f10.5,f10.5)
441 9500  FORMAT(i8,4e18.10)     
442       !
443   END SUBROUTINE p4z_chk_mass
444
445#else
446   !!======================================================================
447   !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model
448   !!======================================================================
449CONTAINS
450   SUBROUTINE p4z_sms( kt )                   ! Empty routine
451      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt
452      WRITE(*,*) 'p4z_sms: You should not have seen this print! error?', kt
453   END SUBROUTINE p4z_sms
454#endif 
455
456   !!======================================================================
457END MODULE p4zsms 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.