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p4zlim.F90 in branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z – NEMO

source: branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlim.F90 @ 6204

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back the nemo_v3_6_STABLE_XIOS2 branch into 3_6_STABLE, including bugfixes, XIOS2 and new AGRIF
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Line 
1MODULE p4zlim
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p4zlim  ***
4   !! TOP :   PISCES
5   !!======================================================================
6   !! History :   1.0  !  2004     (O. Aumont) Original code
7   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90
8   !!             3.4  !  2011-04  (O. Aumont, C. Ethe) Limitation for iron modelled in quota
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_pisces
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14   !!   p4z_lim        :   Compute the nutrients limitation terms
15   !!   p4z_lim_init   :   Read the namelist
16   !!----------------------------------------------------------------------
17   USE oce_trc         ! Shared ocean-passive tracers variables
18   USE trc             ! Tracers defined
19   USE sms_pisces      ! PISCES variables
20   USE p4zopt          ! Optical
21   USE iom             !  I/O manager
22
23   IMPLICIT NONE
24   PRIVATE
25
26   PUBLIC p4z_lim   
27   PUBLIC p4z_lim_init   
28
29   !! * Shared module variables
30   REAL(wp), PUBLIC ::  concnno3    !:  NO3, PO4 half saturation   
31   REAL(wp), PUBLIC ::  concdno3    !:  Phosphate half saturation for diatoms 
32   REAL(wp), PUBLIC ::  concnnh4    !:  NH4 half saturation for phyto 
33   REAL(wp), PUBLIC ::  concdnh4    !:  NH4 half saturation for diatoms
34   REAL(wp), PUBLIC ::  concnfer    !:  Iron half saturation for nanophyto
35   REAL(wp), PUBLIC ::  concdfer    !:  Iron half saturation for diatoms 
36   REAL(wp), PUBLIC ::  concbno3    !:  NO3 half saturation  for bacteria
37   REAL(wp), PUBLIC ::  concbnh4    !:  NH4 half saturation for bacteria
38   REAL(wp), PUBLIC ::  xsizedia    !:  Minimum size criteria for diatoms
39   REAL(wp), PUBLIC ::  xsizephy    !:  Minimum size criteria for nanophyto
40   REAL(wp), PUBLIC ::  xsizern     !:  Size ratio for nanophytoplankton
41   REAL(wp), PUBLIC ::  xsizerd     !:  Size ratio for diatoms
42   REAL(wp), PUBLIC ::  xksi1       !:  half saturation constant for Si uptake
43   REAL(wp), PUBLIC ::  xksi2       !:  half saturation constant for Si/C
44   REAL(wp), PUBLIC ::  xkdoc       !:  2nd half-sat. of DOC remineralization 
45   REAL(wp), PUBLIC ::  concbfe     !:  Fe half saturation for bacteria
46   REAL(wp), PUBLIC ::  qnfelim     !:  optimal Fe quota for nanophyto
47   REAL(wp), PUBLIC ::  qdfelim     !:  optimal Fe quota for diatoms
48   REAL(wp), PUBLIC ::  caco3r      !:  mean rainratio
49
50   ! Coefficient for iron limitation
51   REAL(wp) ::  xcoef1   = 0.0016  / 55.85 
52   REAL(wp) ::  xcoef2   = 1.21E-5 * 14. / 55.85 / 7.625 * 0.5 * 1.5
53   REAL(wp) ::  xcoef3   = 1.15E-4 * 14. / 55.85 / 7.625 * 0.5 
54   !!* Substitution
55#  include "top_substitute.h90"
56   !!----------------------------------------------------------------------
57   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010)
58   !! $Id: p4zlim.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $
59   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
60   !!----------------------------------------------------------------------
61
62CONTAINS
63
64   SUBROUTINE p4z_lim( kt, knt )
65      !!---------------------------------------------------------------------
66      !!                     ***  ROUTINE p4z_lim  ***
67      !!
68      !! ** Purpose :   Compute the co-limitations by the various nutrients
69      !!              for the various phytoplankton species
70      !!
71      !! ** Method  : - ???
72      !!---------------------------------------------------------------------
73      !
74      INTEGER, INTENT(in)  :: kt, knt
75      !
76      INTEGER  ::   ji, jj, jk
77      REAL(wp) ::   zlim1, zlim2, zlim3, zlim4, zno3, zferlim
78      REAL(wp) ::   zconcd, zconcd2, zconcn, zconcn2
79      REAL(wp) ::   z1_trbdia, z1_trbphy, ztem1, ztem2, zetot1, zetot2
80      REAL(wp) ::   zdenom, zratio, zironmin
81      REAL(wp) ::   zconc1d, zconc1dnh4, zconc0n, zconc0nnh4   
82      !!---------------------------------------------------------------------
83      !
84      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_lim')
85      !
86      DO jk = 1, jpkm1
87         DO jj = 1, jpj
88            DO ji = 1, jpi
89               
90               ! Tuning of the iron concentration to a minimum level that is set to the detection limit
91               !-------------------------------------
92               zno3    = trb(ji,jj,jk,jpno3) / 40.e-6
93               zferlim = MAX( 3e-11 * zno3 * zno3, 5e-12 )
94               zferlim = MIN( zferlim, 7e-11 )
95               trb(ji,jj,jk,jpfer) = MAX( trb(ji,jj,jk,jpfer), zferlim )
96
97               ! Computation of a variable Ks for iron on diatoms taking into account
98               ! that increasing biomass is made of generally bigger cells
99               !------------------------------------------------
100               zconcd   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpdia) - xsizedia )
101               zconcd2  = trb(ji,jj,jk,jpdia) - zconcd
102               zconcn   = MAX( 0.e0 , trb(ji,jj,jk,jpphy) - xsizephy )
103               zconcn2  = trb(ji,jj,jk,jpphy) - zconcn
104               z1_trbphy   = 1. / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn )
105               z1_trbdia   = 1. / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn )
106
107               concdfe(ji,jj,jk) = MAX( concdfer, ( zconcd2 * concdfer + concdfer * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia )
108               zconc1d           = MAX( concdno3, ( zconcd2 * concdno3 + concdno3 * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia )
109               zconc1dnh4        = MAX( concdnh4, ( zconcd2 * concdnh4 + concdnh4 * xsizerd * zconcd ) * z1_trbdia )
110
111               concnfe(ji,jj,jk) = MAX( concnfer, ( zconcn2 * concnfer + concnfer * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy )
112               zconc0n           = MAX( concnno3, ( zconcn2 * concnno3 + concnno3 * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy )
113               zconc0nnh4        = MAX( concnnh4, ( zconcn2 * concnnh4 + concnnh4 * xsizern * zconcn ) * z1_trbphy )
114
115               ! Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Small bacteria
116               ! -------------------------------------------------------------
117               zdenom = 1. /  ( concbno3 * concbnh4 + concbnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + concbno3 * trb(ji,jj,jk,jpnh4) )
118               xnanono3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * concbnh4 * zdenom
119               xnanonh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * concbno3 * zdenom
120               !
121               zlim1    = xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk)
122               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + concbnh4 )
123               zlim3    = trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( concbfe + trb(ji,jj,jk,jpfer) )
124               zlim4    = trb(ji,jj,jk,jpdoc) / ( xkdoc   + trb(ji,jj,jk,jpdoc) )
125               xlimbacl(ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 )
126               xlimbac (ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 ) * zlim4
127
128               ! Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Small flagellates
129               ! -----------------------------------------------
130               zdenom = 1. /  ( zconc0n * zconc0nnh4 + zconc0nnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + zconc0n * trb(ji,jj,jk,jpnh4) )
131               xnanono3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * zconc0nnh4 * zdenom
132               xnanonh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc0n    * zdenom
133               !
134               zlim1    = xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk)
135               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + zconc0nnh4 )
136               zratio   = trb(ji,jj,jk,jpnfe) * z1_trbphy 
137               zironmin = xcoef1 * trb(ji,jj,jk,jpnch) * z1_trbphy + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xnanono3(ji,jj,jk)
138               zlim3    = MAX( 0.,( zratio - zironmin ) / qnfelim )
139               xnanopo4(ji,jj,jk) = zlim2
140               xlimnfe (ji,jj,jk) = MIN( 1., zlim3 )
141               xlimphy (ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3 )
142               !
143               !   Michaelis-Menten Limitation term for nutrients Diatoms
144               !   ----------------------------------------------
145               zdenom   = 1. / ( zconc1d * zconc1dnh4 + zconc1dnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + zconc1d * trb(ji,jj,jk,jpnh4) )
146               xdiatno3(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpno3) * zconc1dnh4 * zdenom
147               xdiatnh4(ji,jj,jk) = trb(ji,jj,jk,jpnh4) * zconc1d    * zdenom
148               !
149               zlim1    = xdiatno3(ji,jj,jk) + xdiatnh4(ji,jj,jk)
150               zlim2    = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + zconc1dnh4  )
151               zlim3    = trb(ji,jj,jk,jpsil) / ( trb(ji,jj,jk,jpsil) + xksi(ji,jj) )
152               zratio   = trb(ji,jj,jk,jpdfe) * z1_trbdia
153               zironmin = xcoef1 * trb(ji,jj,jk,jpdch) * z1_trbdia + xcoef2 * zlim1 + xcoef3 * xdiatno3(ji,jj,jk)
154               zlim4    = MAX( 0., ( zratio - zironmin ) / qdfelim )
155               xdiatpo4(ji,jj,jk) = zlim2
156               xlimdfe (ji,jj,jk) = MIN( 1., zlim4 )
157               xlimdia (ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim3, zlim4 )
158               xlimsi  (ji,jj,jk) = MIN( zlim1, zlim2, zlim4 )
159           END DO
160         END DO
161      END DO
162
163      ! Compute the fraction of nanophytoplankton that is made of calcifiers
164      ! --------------------------------------------------------------------
165      DO jk = 1, jpkm1
166         DO jj = 1, jpj
167            DO ji = 1, jpi
168               zlim1 =  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) * concnnh4 + trb(ji,jj,jk,jpnh4) * concnno3 )    &
169                  &   / ( concnno3 * concnnh4 + concnnh4 * trb(ji,jj,jk,jpno3) + concnno3 * trb(ji,jj,jk,jpnh4) ) 
170               zlim2  = trb(ji,jj,jk,jppo4) / ( trb(ji,jj,jk,jppo4) + concnnh4 )
171               zlim3  = trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( trb(ji,jj,jk,jpfer) +  5.E-11   )
172               ztem1  = MAX( 0., tsn(ji,jj,jk,jp_tem) )
173               ztem2  = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - 10.
174               zetot1 = MAX( 0., etot_ndcy(ji,jj,jk) - 1.) / ( 4. + etot_ndcy(ji,jj,jk) ) 
175               zetot2 = 30. / ( 30. + etot_ndcy(ji,jj,jk) ) 
176
177               xfracal(ji,jj,jk) = caco3r * MIN( zlim1, zlim2, zlim3 )                  &
178                  &                       * ztem1 / ( 0.1 + ztem1 )                     &
179                  &                       * MAX( 1., trb(ji,jj,jk,jpphy) * 1.e6 / 2. )  &
180                  &                       * zetot1 * zetot2               &
181                  &                       * ( 1. + EXP(-ztem2 * ztem2 / 25. ) )         &
182                  &                       * MIN( 1., 50. / ( hmld(ji,jj) + rtrn ) )
183               xfracal(ji,jj,jk) = MIN( 0.8 , xfracal(ji,jj,jk) )
184               xfracal(ji,jj,jk) = MAX( 0.02, xfracal(ji,jj,jk) )
185            END DO
186         END DO
187      END DO
188      !
189      !
190      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN        ! save output diagnostics
191        IF( iom_use( "xfracal" ) ) CALL iom_put( "xfracal", xfracal(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! euphotic layer deptht
192        IF( iom_use( "LNnut"   ) ) CALL iom_put( "LNnut"  , xlimphy(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Nutrient limitation term
193        IF( iom_use( "LDnut"   ) ) CALL iom_put( "LDnut"  , xlimdia(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Nutrient limitation term
194        IF( iom_use( "LNFe"    ) ) CALL iom_put( "LNFe"   , xlimnfe(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Iron limitation term
195        IF( iom_use( "LDFe"    ) ) CALL iom_put( "LDFe"   , xlimdfe(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Iron limitation term
196      ENDIF
197      !
198      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p4z_lim')
199      !
200   END SUBROUTINE p4z_lim
201
202   SUBROUTINE p4z_lim_init
203
204      !!----------------------------------------------------------------------
205      !!                  ***  ROUTINE p4z_lim_init  ***
206      !!
207      !! ** Purpose :   Initialization of nutrient limitation parameters
208      !!
209      !! ** Method  :   Read the nampislim namelist and check the parameters
210      !!      called at the first timestep (nittrc000)
211      !!
212      !! ** input   :   Namelist nampislim
213      !!
214      !!----------------------------------------------------------------------
215
216      NAMELIST/nampislim/ concnno3, concdno3, concnnh4, concdnh4, concnfer, concdfer, concbfe,   &
217         &                concbno3, concbnh4, xsizedia, xsizephy, xsizern, xsizerd,          & 
218         &                xksi1, xksi2, xkdoc, qnfelim, qdfelim, caco3r
219      INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read
220
221      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist nampislim in reference namelist : Pisces nutrient limitation parameters
222      READ  ( numnatp_ref, nampislim, IOSTAT = ios, ERR = 901)
223901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'nampislim in reference namelist', lwp )
224
225      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist nampislim in configuration namelist : Pisces nutrient limitation parameters
226      READ  ( numnatp_cfg, nampislim, IOSTAT = ios, ERR = 902 )
227902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'nampislim in configuration namelist', lwp )
228      IF(lwm) WRITE ( numonp, nampislim )
229
230      IF(lwp) THEN                         ! control print
231         WRITE(numout,*) ' '
232         WRITE(numout,*) ' Namelist parameters for nutrient limitations, nampislim'
233         WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~'
234         WRITE(numout,*) '    mean rainratio                           caco3r    = ', caco3r
235         WRITE(numout,*) '    NO3 half saturation of nanophyto         concnno3  = ', concnno3
236         WRITE(numout,*) '    NO3 half saturation of diatoms           concdno3  = ', concdno3
237         WRITE(numout,*) '    NH4 half saturation for phyto            concnnh4  = ', concnnh4
238         WRITE(numout,*) '    NH4 half saturation for diatoms          concdnh4  = ', concdnh4
239         WRITE(numout,*) '    half saturation constant for Si uptake   xksi1     = ', xksi1
240         WRITE(numout,*) '    half saturation constant for Si/C        xksi2     = ', xksi2
241         WRITE(numout,*) '    half-sat. of DOC remineralization        xkdoc     = ', xkdoc
242         WRITE(numout,*) '    Iron half saturation for nanophyto       concnfer  = ', concnfer
243         WRITE(numout,*) '    Iron half saturation for diatoms         concdfer  = ', concdfer
244         WRITE(numout,*) '    size ratio for nanophytoplankton         xsizern   = ', xsizern
245         WRITE(numout,*) '    size ratio for diatoms                   xsizerd   = ', xsizerd
246         WRITE(numout,*) '    NO3 half saturation of bacteria          concbno3  = ', concbno3
247         WRITE(numout,*) '    NH4 half saturation for bacteria         concbnh4  = ', concbnh4
248         WRITE(numout,*) '    Minimum size criteria for diatoms        xsizedia  = ', xsizedia
249         WRITE(numout,*) '    Minimum size criteria for nanophyto      xsizephy  = ', xsizephy
250         WRITE(numout,*) '    Fe half saturation for bacteria          concbfe   = ', concbfe
251         WRITE(numout,*) '    optimal Fe quota for nano.               qnfelim   = ', qnfelim
252         WRITE(numout,*) '    Optimal Fe quota for diatoms             qdfelim   = ', qdfelim
253      ENDIF
254
255   END SUBROUTINE p4z_lim_init
256
257#else
258   !!======================================================================
259   !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model
260   !!======================================================================
261CONTAINS
262   SUBROUTINE p4z_lim                   ! Empty routine
263   END SUBROUTINE p4z_lim
264#endif 
265
266   !!======================================================================
267END MODULE p4zlim
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.