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add default ORCA2_LIM3_PISCES, & remove old useless config

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1<?xml version="1.0"?>
2<simulation> 
3
4 <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" >
5   
6    <!-- $id$ -->
7   
8    <!--
9============================================================================================================
10=                                  definition of all existing variables                                    =
11=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
12============================================================================================================
13    -->
14    <field_definition src="./field_def.xml"/>
15    <!--
16============================================================================================================
17=                                           output files definition                                        =
18=                                            Define your own files                                         =
19=                                         put the variables you want...                                    =
20============================================================================================================
21    -->
22   
23    <file_definition type="one_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4">
24   
25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files -->
26
27      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files -->
28
29      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files -->
30
31      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->     
32
33      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files -->
34
35      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->     
36
37      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files -->
38     
39      <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->
40     
41      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->   
42   
43   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" >
44     <field field_ref="e3t"      />
45     <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field>
46     <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field>
47     <field field_ref="sst"          name="tos"   />
48     <field field_ref="sss"          name="sos"   />
49     <field field_ref="ssh"          name="zos"   />
50     <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field>
51     <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field>
52     <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field>
53     <field field_ref="mldkz5"   />
54     <field field_ref="mldr10_1" />
55     <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field>
56     <field field_ref="sbt"      />
57     <field field_ref="heatc"        name="heatc" />
58     <field field_ref="saltc"        name="saltc" />
59   </file>
60
61   <file id="file2" name_suffix="_SBC" description="surface fluxes variables" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc -->
62     <field field_ref="empmr"        name="wfo"      />
63     <field field_ref="qsr_oce"      name="qsr_oce"  />
64     <field field_ref="qns_oce"      name="qns_oce"  />
65     <field field_ref="qt_oce"       name="qt_oce"   />
66     <field field_ref="qsr_ice"      name="qsr_ice"  />
67     <field field_ref="qns_ice"      name="qns_ice"  />
68     <field field_ref="qtr_ice"      name="qtr_ice"  />
69     <field field_ref="qt_ice"       name="qt_ice"   />
70     <field field_ref="saltflx"      name="sfx"      />
71     <field field_ref="taum"         name="taum"     />
72     <field field_ref="wspd"         name="windsp"   />
73     <field field_ref="precip"       name="precip"   />
74     <!-- ice and snow -->
75     <field field_ref="snowpre" />
76     <field field_ref="utau_ice"     name="utau_ice" />
77     <field field_ref="vtau_ice"     name="vtau_ice" />
78   </file>
79
80   <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" >
81     <field field_ref="e3u" />
82     <field field_ref="ssu"          name="uos"      />
83     <field field_ref="uoce"         name="uo"       operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field>
84     <field field_ref="utau"         name="tauuo"    />
85          <!-- available with key_diaar5 -->
86     <field field_ref="u_masstr"     name="vozomatr" />
87     <field field_ref="u_heattr"     name="sozohetr" />
88      <field field_ref="u_salttr"     name="sozosatr" />
89   </file>
90   
91   <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" >
92     <field field_ref="e3v" />
93     <field field_ref="ssv"          name="vos"      />
94     <field field_ref="voce"         name="vo"       operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field>
95     <field field_ref="vtau"         name="tauvo"    />
96          <!-- available with key_diaar5 -->
97     <field field_ref="v_masstr"     name="vomematr" />
98     <field field_ref="v_heattr"     name="somehetr" />
99      <field field_ref="v_salttr"     name="somesatr" />
100   </file>
101   
102   <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" >
103     <field field_ref="e3w" />
104     <field field_ref="woce"         name="wo"       />
105     <field field_ref="avt"          name="difvho"   />
106     <field field_ref="w_masstr"     name="vovematr" />
107   </file>
108
109   <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" enabled=".true." >
110          <field field_ref="snowthic_cea"    name="snthic" />
111          <field field_ref="icethic_cea"     name="sithic" />
112          <field field_ref="icevolu"         name="sivolu" />
113          <field field_ref="snowvol"         name="snvolu" />
114          <field field_ref="iceconc"         name="siconc" />
115
116          <field field_ref="vfxbog"          name="vfxbog" />
117          <field field_ref="vfxdyn"          name="vfxdyn" />
118          <field field_ref="vfxopw"          name="vfxopw" />
119          <field field_ref="vfxsni"          name="vfxsni" />
120          <field field_ref="vfxsum"          name="vfxsum" />
121          <field field_ref="vfxbom"          name="vfxbom" />
122          <field field_ref="vfxres"          name="vfxres" />
123          <field field_ref="vfxice"          name="vfxice" />
124          <field field_ref="vfxsnw"          name="vfxsnw" />
125          <field field_ref="vfxsub"          name="vfxsub" />
126          <field field_ref="vfxspr"          name="vfxspr" />
127
128          <field field_ref="icetrp"          name="sivtrp" />
129          <field field_ref="snwtrp"          name="snvtrp" />
130          <field field_ref="saltrp"          name="saltrp" />
131          <field field_ref="deitrp"          name="deitrp" />
132          <field field_ref="destrp"          name="destrp" />
133
134          <field field_ref="sfxbri"          name="sfxbri" />
135          <field field_ref="sfxdyn"          name="sfxdyn" />
136          <field field_ref="sfxres"          name="sfxres" />
137          <field field_ref="sfxbog"          name="sfxbog" />
138          <field field_ref="sfxbom"          name="sfxbom" />
139          <field field_ref="sfxsum"          name="sfxsum" />
140          <field field_ref="sfxsni"          name="sfxsni" />
141          <field field_ref="sfxopw"          name="sfxopw" />
142          <field field_ref="sfx"             name="sfx"    />
143
144          <field field_ref="hfxsum"          name="hfxsum"     />
145          <field field_ref="hfxbom"          name="hfxbom"     />
146          <field field_ref="hfxbog"          name="hfxbog"     />
147          <field field_ref="hfxdif"          name="hfxdif"     />
148          <field field_ref="hfxopw"          name="hfxopw"     />
149          <field field_ref="hfxout"          name="hfxout"     />
150          <field field_ref="hfxin"           name="hfxin"      />
151          <field field_ref="hfxsnw"          name="hfxsnw"     />
152          <field field_ref="hfxerr"          name="hfxerr"     />
153          <field field_ref="hfxerr_rem"      name="hfxerr_rem" />
154
155     <!-- ice-ocean heat flux from mass exchange -->
156          <field field_ref="hfxdyn"          name="hfxdyn" />
157          <field field_ref="hfxres"          name="hfxres" />
158          <field field_ref="hfxthd"          name="hfxthd" />
159     <!-- ice-atm. heat flux from mass exchange -->
160          <field field_ref="hfxsub"          name="hfxsub" />
161          <field field_ref="hfxspr"          name="hfxspr" />
162
163     <!-- diags -->
164          <field field_ref="hfxdhc"          name="hfxdhc" />
165          <field field_ref="hfxtur"          name="hfxtur" />
166
167          <field field_ref="isst"            name="sst"    />
168          <field field_ref="isss"            name="sss"    />
169          <field field_ref="micesalt"        name="sisali" />
170          <field field_ref="micet"           name="sitemp" />
171          <field field_ref="icest"           name="sistem" />
172          <field field_ref="icehc"           name="siheco" />
173          <field field_ref="isnowhc"         name="snheco" />
174          <field field_ref="miceage"         name="siages" />
175
176          <field field_ref="uice_ipa"        name="sivelu" />
177          <field field_ref="vice_ipa"        name="sivelv" />
178          <field field_ref="icevel"          name="sivelo" />
179          <field field_ref="idive"           name="sidive" />
180          <field field_ref="ishear"          name="sishea" />
181          <field field_ref="icestr"          name="sistre" />
182
183          <field field_ref="ibrinv"          name="sibrin" />
184          <field field_ref="icecolf"         name="sicolf" />
185
186          <field field_ref="iceage_cat"      name="siagecat" />
187          <field field_ref="iceconc_cat"     name="siconcat" />
188          <field field_ref="icethic_cat"     name="sithicat" />
189          <field field_ref="snowthic_cat"    name="snthicat" />
190          <field field_ref="salinity_cat"    name="salincat" />
191          <field field_ref="brinevol_cat"    name="sibricat" />
192     <field field_ref="icetemp_cat"     name="sitemcat" />
193     <field field_ref="snwtemp_cat"     name="sntemcat" />
194
195   </file>
196
197        <file id="file7" name_suffix="_scalar" description="scalar variables" enabled=".true." >
198          <field field_ref="voltot"       name="scvoltot"   />
199          <field field_ref="sshtot"       name="scsshtot"   />
200          <field field_ref="sshsteric"    name="scsshste"   />
201          <field field_ref="sshthster"    name="scsshtst"   />
202          <field field_ref="masstot"      name="scmastot"   />
203          <field field_ref="temptot"      name="sctemtot"   />
204          <field field_ref="saltot"       name="scsaltot"   />
205
206          <field field_ref="bgtemper"     name="bgtemper"   />
207          <field field_ref="bgsaline"     name="bgsaline"   />
208          <field field_ref="bgheatco"     name="bgheatco"   />
209          <field field_ref="bgsaltco"     name="bgsaltco"   />
210          <field field_ref="bgvolssh"     name="bgvolssh"   /> 
211          <field field_ref="bgvole3t"     name="bgvole3t"   />
212          <field field_ref="bgfrcvol"     name="bgfrcvol"   />
213          <field field_ref="bgfrctem"     name="bgfrctem"   />
214          <field field_ref="bgfrcsal"     name="bgfrcsal"   />
215
216          <field field_ref="ibgvoltot"    name="ibgvoltot"  />
217          <field field_ref="sbgvoltot"    name="sbgvoltot"  />
218          <field field_ref="ibgarea"      name="ibgarea"    />
219          <field field_ref="ibgsaline"    name="ibgsaline"  />
220          <field field_ref="ibgtemper"    name="ibgtemper"  />
221          <field field_ref="ibgheatco"    name="ibgheatco"  />
222          <field field_ref="sbgheatco"    name="sbgheatco"  />
223          <field field_ref="ibgsaltco"    name="ibgsaltco"  />
224
225          <field field_ref="ibgvfx"       name="ibgvfx"     />
226          <field field_ref="ibgvfxbog"    name="ibgvfxbog"  />
227          <field field_ref="ibgvfxopw"    name="ibgvfxopw"  />
228          <field field_ref="ibgvfxsni"    name="ibgvfxsni"  />
229          <field field_ref="ibgvfxdyn"    name="ibgvfxdyn"  />
230          <field field_ref="ibgvfxbom"    name="ibgvfxbom"  />
231          <field field_ref="ibgvfxsum"    name="ibgvfxsum"  />
232          <field field_ref="ibgvfxres"    name="ibgvfxres"  />
233          <field field_ref="ibgvfxspr"    name="ibgvfxspr"  />
234          <field field_ref="ibgvfxsnw"    name="ibgvfxsnw"  />
235          <field field_ref="ibgvfxsub"    name="ibgvfxsub"  />
236
237          <field field_ref="ibgsfx"       name="ibgsfx"     />
238          <field field_ref="ibgsfxbri"    name="ibgsfxbri"  />
239          <field field_ref="ibgsfxdyn"    name="ibgsfxdyn"  />
240          <field field_ref="ibgsfxres"    name="ibgsfxres"  />
241          <field field_ref="ibgsfxbog"    name="ibgsfxbog"  />
242          <field field_ref="ibgsfxopw"    name="ibgsfxopw"  />
243          <field field_ref="ibgsfxsni"    name="ibgsfxsni"  />
244          <field field_ref="ibgsfxbom"    name="ibgsfxbom"  />
245          <field field_ref="ibgsfxsum"    name="ibgsfxsum"  />
246
247          <field field_ref="ibghfxdhc"    name="ibghfxdhc"  />
248          <field field_ref="ibghfxspr"    name="ibghfxspr"  />
249
250          <field field_ref="ibghfxres"    name="ibghfxres"  />
251          <field field_ref="ibghfxsub"    name="ibghfxsub"  />
252          <field field_ref="ibghfxdyn"    name="ibghfxdyn"  />
253          <field field_ref="ibghfxthd"    name="ibghfxthd"  />
254          <field field_ref="ibghfxsum"    name="ibghfxsum"  />
255          <field field_ref="ibghfxbom"    name="ibghfxbom"  />
256          <field field_ref="ibghfxbog"    name="ibghfxbog"  />
257          <field field_ref="ibghfxdif"    name="ibghfxdif"  />
258          <field field_ref="ibghfxopw"    name="ibghfxopw"  />
259          <field field_ref="ibghfxout"    name="ibghfxout"  />
260          <field field_ref="ibghfxin"     name="ibghfxin"   />
261          <field field_ref="ibghfxsnw"    name="ibghfxsnw"  />
262
263          <field field_ref="ibgfrcvol"    name="ibgfrcvol"  />
264          <field field_ref="ibgfrcsfx"    name="ibgfrcsfx"  />
265          <field field_ref="ibgvolgrm"    name="ibgvolgrm"  />
266
267        </file>
268
269        <file id="file9" name_suffix="_bioscalar" description="pisces sms variables" >
270          <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field>
271          <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field>
272          <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field>
273          <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field>
274          <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field>
275          <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field>
276          <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field>
277          <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field>
278          <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field>
279          <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field>
280        <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field>
281        </file>
282   <!--
283   <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" >
284     <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       />
285     <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  />
286     <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       />
287     <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  />
288     <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       />
289     <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  />
290   </file>
291   -->
292
293      </file_group>
294
295      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files -->
296
297   <file id="file10" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" >
298          <field field_ref="DIC"      />
299          <field field_ref="Alkalini" />
300          <field field_ref="O2"       />
301          <field field_ref="PO4"      />
302          <field field_ref="Si"       />
303          <field field_ref="Fer"      />
304          <field field_ref="NCHL"     />
305          <field field_ref="DCHL"     />
306          <field field_ref="NO3"      />
307   </file>
308   
309   <file id="file11" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" >
310          <field field_ref="Cflx"     />
311          <field field_ref="Dpco2"    />
312   </file>
313
314      </file_group>
315      <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files -->
316      <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files -->
317      <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files -->
318      <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files -->
319
320      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files -->
321
322   <file id="file12" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" >
323          <field field_ref="DIC"      />
324          <field field_ref="Alkalini" />
325          <field field_ref="O2"       />
326          <field field_ref="CaCO3"    />
327          <field field_ref="PO4"      />
328          <field field_ref="POC"      />
329          <field field_ref="Si"       />
330          <field field_ref="PHY"      />
331          <field field_ref="ZOO"      />
332          <field field_ref="DOC"      />
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334          <field field_ref="ZOO2"     />
335          <field field_ref="DSi"      />
336          <field field_ref="Fer"      />
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344          <field field_ref="DCHL"     />
345          <field field_ref="NO3"      />
346          <field field_ref="NH4"      />
347   </file>
348
349   <file id="file13" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" >
350          <field field_ref="PH"       />
351          <field field_ref="CO3"      />
352          <field field_ref="CO3sat"   />
353          <field field_ref="PAR"      />
354          <field field_ref="PPPHY"    />
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360          <field field_ref="PFeD"     />
361          <field field_ref="xfracal"  />
362          <field field_ref="PCAL"     />
363          <field field_ref="DCAL"     />
364          <field field_ref="GRAZ1"    />
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366          <field field_ref="EPC100"   />
367          <field field_ref="EPFE100"  />
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369          <field field_ref="EPCAL100" />
370          <field field_ref="Cflx"     />
371          <field field_ref="Oflx"     />
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373          <field field_ref="Dpco2"    />
374          <field field_ref="Dpo2"     />
375          <field field_ref="Heup"     />
376          <field field_ref="Irondep"  />
377          <field field_ref="Ironsed"  />
378          <field field_ref="Ironice"  />
379          <field field_ref="Nfix"     />
380          <field field_ref="MuN"      />
381          <field field_ref="MuD"      />
382          <field field_ref="LNnut"    />
383          <field field_ref="LDnut"    />
384          <field field_ref="LNFe"     />
385          <field field_ref="LDFe"     />
386          <field field_ref="LNlight"  />
387          <field field_ref="LDlight"  />
388          <field field_ref="pdust"    />
389          <field field_ref="Fe2"      />
390          <field field_ref="Fe3"      />
391          <field field_ref="FeL1"     />
392          <field field_ref="FeL2"     />
393          <field field_ref="FeP"      />
394          <field field_ref="TL1"      />
395          <field field_ref="TL2"      />
396          <field field_ref="Sdenit"   />
397          <field field_ref="Totlig"   />
398   </file>
399      <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files -->
400      <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files -->
401      <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files -->
402
403   </file_definition>
404   
405    <!--
406============================================================================================================
407= grid definition = = DO NOT CHANGE =
408============================================================================================================
409    -->
410   
411   <axis_definition> 
412      <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" />
413      <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" />
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417      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 />
418      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 />
419      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              />
420      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              />
421   </axis_definition> 
422   
423   <domain_definition src="./domain_def.xml"/>
424   
425   <grid_definition>   
426     <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/>
427     <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/>
428     <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/>
429     <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/>
430     <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/>
431     <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/>
432     <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/>
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437    </grid_definition>   
438  </context>
439 
440
441  <context id="xios">
442
443      <variable_definition>
444   
445     <!--
446        We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size)
447-->
448     <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable>
449     <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable>
450     <variable id="info_level"                type="integer">0</variable>
451     <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable>
452     <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable>
453     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable>
454   
455      </variable_definition>
456               
457  </context>
458 
459</simulation>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.