New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
namelist_pisces_ref in branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/SHARED – NEMO

source: branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_pisces_ref @ 7162

Last change on this file since 7162 was 7162, checked in by cetlod, 6 years ago

new top interface : Add PISCES quota model

File size: 31.6 KB
Line 
1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES reference namelist
3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext)
4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio)
5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
12!-----------------------------------------------------------------------
13&nampismod     !  Model used
14!-----------------------------------------------------------------------
15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used
16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used
17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used
18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands
19/
20!-----------------------------------------------------------------------
21&nampisext     !   air-sea exchange
22!-----------------------------------------------------------------------
23   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
24   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
25   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
26   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
27!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
28!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
29/
30!-----------------------------------------------------------------------
31&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
32!-----------------------------------------------------------------------
33!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
34!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
35   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
36   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1            , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
37   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
38!
39   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
40   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE
41/
42!-----------------------------------------------------------------------
43&nampisbio     !   biological parameters
44!-----------------------------------------------------------------------
45   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology
46   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed
47   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality
48   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton
49   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed
50   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed
51   wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking
52   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC
53   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC
54!                         !  ln_ligand enabled
55   wfep       =  0.       ! FeP sinking speed
56   ldocp      =  0.       ! Phyto ligand production per unit doc
57   ldocz      =  0.       ! Zoo ligand production per unit doc
58   lthet      =  0.       ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake
59!                         !  ln_p5z enabled
60   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton
61   po4rat3    =  0.0094   ! P/C ratio in zooplankton
62/
63!-----------------------------------------------------------------------
64&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z
65!-----------------------------------------------------------------------
66   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
67   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms
68   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
69   concdnh4   =  3.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
70   concnfer   =  1.E-9    ! Iron half saturation for phyto
71   concdfer   =  3.E-9    ! Iron half saturation for diatoms
72   concbfe    =  1.E-11   ! Iron half-saturation for DOC remin.
73   concbnh4   =  2.E-8    ! NH4 half saturation for DOC remin.
74   concbno3   =  2.E-7    ! Nitrate half saturation for DOC remin.
75   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
76   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
77   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
78   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms
79   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
80   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
81   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
82   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto
83   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
84   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio
85   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
86/
87!-----------------------------------------------------------------------
88&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z
89!-----------------------------------------------------------------------
90   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
91   concpno3   =  1e-6
92   concdno3   =  4E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms
93   concnnh4   =  1.5E-6   ! NH4 half saturation for phyto
94   concpnh4   =  4E-7
95   concdnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for diatoms
96   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto
97   concppo4   =  1.5E-6
98   concdpo4   =  4E-6     ! PO4 half saturation for diatoms
99   concnfer   =  3E-9   ! Iron half saturation for phyto
100   concpfer   =  1.5E-9
101   concdfer   =  4E-9   ! Iron half saturation for diatoms
102   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria
103   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
104   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms
105   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria
106   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
107   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
108   xsizepic   =  1.E-6
109   xsizern    =  1.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
110   xsizerp    =  1.0
111   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms
112   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
113   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C
114   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
115   caco3r     =  0.35     ! mean rain ratio
116   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia
117/
118!-----------------------------------------------------------------------
119&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z
120!-----------------------------------------------------------------------
121   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto
122   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto
123   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
124   qnnmin     =  0.29     ! Minimal N quota for nano
125   qnnmax     =  1.39     ! Maximal N quota for nano
126   qpnmin     =  0.28     ! Minimal P quota for nano
127   qpnmax     =  1.06     ! Maximal P quota for nano
128   qnpmin     =  0.42     ! Minimal N quota for pico
129   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico
130   qppmin     =  0.25     ! Minimal P quota for pico
131   qppmax     =  0.7      ! Maximal P quota for pico
132   qndmin     =  0.25     ! Minimal N quota for diatoms
133   qndmax     =  1.39     ! Maximal N quota for diatoms
134   qpdmin     =  0.29     ! Minimal P quota for diatoms
135   qpdmax     =  1.32     ! Maximal P quota for diatoms
136   qfnmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for nano
137   qfpmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for pico
138   qfdmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms
139/
140!-----------------------------------------------------------------------
141&nampisopt     !   parameters for optics
142!-----------------------------------------------------------------------
143!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
144!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
145   sn_par      = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'  ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
146   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
147   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable
148   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR
149/
150!-----------------------------------------------------------------------
151&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z
152!-----------------------------------------------------------------------
153   pislopen   =  2.       ! P-I slope
154   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms
155   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
156   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
157   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
158   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)
159   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate
160   chlcnm     =  0.033    ! Maximum Chl/C in nanophytoplankton
161   chlcdm     =  0.05     ! Maximum Chl/C in diatoms
162   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
163   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
164   fecdm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in diatoms
165   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio
166/
167!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
168&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z
169!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
170   pislopen   =  3.       ! P-I slope
171   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton
172   pisloped   =  3.       ! P-I slope  for diatoms
173   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
174   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton
175   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
176   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
177   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate
178   thetannm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton
179   thetanpm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in picophytoplankton
180   thetandm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in diatoms
181   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
182   grosip     =  0.131    ! mean Si/C ratio
183   xlimmxln   =  2.       ! Critical time scale for mixing (nano)
184   xlimmxlp   =  2.       ! Critical time scale for mixing (pico)
185   xlimmxld   =  4.       ! Critical time scale for mixing (diatoms)
186/
187!-----------------------------------------------------------------------
188&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z
189!-----------------------------------------------------------------------
190   wchl       =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton
191   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
192   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
193   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
194   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
195/
196!-----------------------------------------------------------------------
197&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z
198!-----------------------------------------------------------------------
199   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton
200   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton
201   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
202   wchldm     =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms
203   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate
204   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate
205   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
206/
207!-----------------------------------------------------------------------
208&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z
209!-----------------------------------------------------------------------
210   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
211   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate
212   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
213   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
214   xprefc     =  1.       ! mesozoo preference for diatoms
215   xprefp     =  0.3      ! mesozoo preference for nanophyto.
216   xprefz     =  1.       ! mesozoo preference for microzoo.
217   xprefpoc   =  0.3      ! mesozoo preference for poc
218   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
219   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
220   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
221   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
222   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing
223   xkgraz2    =  20.E-6   ! half saturation constant for meso grazing
224   epsher2    =  0.35     ! Efficicency of Mesozoo growth
225   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
226   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
227   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate
228/
229!-----------------------------------------------------------------------
230&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton
231!-----------------------------------------------------------------------
232   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
233   grazrat2   =  0.85     ! maximal mesozoo grazing rate
234   bmetexc2   =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
235   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
236   mzrat2     =  0.02     ! mesozooplankton mortality rate
237   xpref2d    =  1.       ! zoo preference for phyto
238   xpref2p    =  1.       ! zoo preference for POC
239   xpref2z    =  1.       ! zoo preference for zoo
240   xpref2m    =  0.2      ! meso preference for zoo
241   xpref2c    =  0.3      ! zoo preference for poc
242   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
243   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
244   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
245   xthresh2mes = 1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton
246   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
247   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing
248   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing
249   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth
250   ssigma2     =  0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM
251   srespir2    =  0.2     ! Active respiration
252   unass2c     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo
253   unass2n     =  0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo
254   unass2p     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo
255   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate
256/
257!-----------------------------------------------------------------------
258&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z
259!-----------------------------------------------------------------------
260   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts
261   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
262   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
263   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate
264   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM
265   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
266   xpref2d    =  0.5      ! Microzoo preference for Diatoms
267   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
268   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
269   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
270   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
271   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
272   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth
273   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
274   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
275/
276!-----------------------------------------------------------------------
277&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton
278!-----------------------------------------------------------------------
279   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
280   grazrat    =  2.75     ! maximal zoo grazing rate
281   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon
282   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
283   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate
284   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM
285   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
286   xprefp     =  1.6      ! Microzoo preference for picophyto
287   xprefd     =  1.0      ! Microzoo preference for Diatoms
288   xprefz     =  0.3      ! Microzoo preference for microzooplankton
289   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
290   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
291   xthreshpic =  1.E-8
292   xthreshzoo =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
293   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
294   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
295   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
296   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth
297   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM
298   srespir    =  0.2      ! Active respiration
299   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
300   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
301   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo
302/
303!-----------------------------------------------------------------------
304&nampisfer     !   parameters for iron chemistry
305!-----------------------------------------------------------------------
306   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F )
307   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration
308   ln_fecolloid = .false. ! variable colloidal fraction
309   xlam1        =  0.005  ! scavenging rate of Iron
310   xlamdust     =  150.0  ! Scavenging rate of dust
311   ligand       =  0.6E-9 ! Ligands concentration
312   kfep         =  0.     ! Nanoparticle formation rate constant
313/
314!----------------------------------------------------------------------- 
315&nampisrem     !   parameters for remineralization
316!-----------------------------------------------------------------------
317   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC
318   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
319   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
320   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si
321   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica
322   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria
323   xkferb    =  2.5E-10   ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C
324!                         ! ln_p5z
325   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC
326   xremikn   =  0.35      ! remineralization rate of DON
327   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP
328!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio
329!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C
330/
331!-----------------------------------------------------------------------
332&nampispoc     !   parameters for organic particles
333!-----------------------------------------------------------------------
334   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of PON
335   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes
336   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function
337!                         ! ln_p5z
338   xremipc   =  0.02      ! remineralisation rate of POC
339   xremipn   =  0.025     ! remineralisation rate of PON
340   xremipp   =  0.03      ! remineralisation rate of POP
341/
342!-----------------------------------------------------------------------
343&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
344!-----------------------------------------------------------------------
345   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time)
346   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
347/
348!-----------------------------------------------------------------------
349&nampissbc     !   parameters for inputs deposition
350!-----------------------------------------------------------------------
351!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
352!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
353   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
354   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
355   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
356   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
357   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
358   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
359   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
360   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
361   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
362   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'        ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
363   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
364   sn_hydrofe  = 'hydrofe.orca'    ,    -12            , 'epsdb'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
365!
366   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
367   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
368   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron
369   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients
370   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N
371   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments
372   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice
373   ln_hydrofe  =  .false.  ! boolean for from hydrothermal vents
374   sedfeinput  =  2.e-9    ! Coastal release of Iron
375   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dusta
376   mfrac       =  0.035    ! Fe mineral fraction of dust
377   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
378   icefeinput  =  15.e-9   ! Iron concentration in sea ice
379   nitrfix     =  1.e-7    ! Nitrogen fixation rate
380   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
381   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
382   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply
383!                          ! ln_ligand
384   fep_rats    =  0.       ! Fep/Fer ratio from sed sources
385   fep_rath    =  0.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources
386/
387!-----------------------------------------------------------------------
388&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers
389!-----------------------------------------------------------------------
390! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90 (Global, Arctic, Antarctic and Baltic)
391! trc_ice_ratio     * betw 0 and 1: prescribed ice/ocean tracer concentration ratio
392!                   * -1 => the ice-ocean tracer concentration ratio follows the
393!                           ice-ocean salinity ratio
394!                   * -2 => tracer concentration in sea ice is prescribed and
395!                           trc_ice_prescr is used
396! trc_ice_prescr    * prescribed tracer concentration. used only if
397!                     trc_ice_ratio = -2. equals -99 if not used.
398! cn_trc_o          * 'GL' use global ocean values making the Baltic distinction only
399!                     'AA' use specific Arctic/Antarctic/Baltic values
400!-----------------------------------------------------------------------
401!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o
402   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA'
403   sn_tri_doc =            0.,           -99.,          'AA'
404   sn_tri_tal =           -1.,           -99.,          'AA'
405   sn_tri_oxy =           -1.,           -99.,          'AA'
406   sn_tri_cal =            0.,           -99.,          'AA'
407   sn_tri_po4 =           -1.,           -99.,          'AA'
408   sn_tri_poc =            0.,           -99.,          'AA'
409   sn_tri_goc =            0.,           -99.,          'AA'
410   sn_tri_bfe =            0.,           -99.,          'AA'
411   sn_tri_num =            0.,           -99.,          'AA'
412   sn_tri_sil =           -1.,           -99.,          'AA'
413   sn_tri_dsi =            0.,           -99.,          'AA'
414   sn_tri_gsi =            0.,           -99.,          'AA'
415   sn_tri_phy =            0.,           -99.,          'AA'
416   sn_tri_dia =            0.,           -99.,          'AA'
417   sn_tri_zoo =            0.,           -99.,          'AA'
418   sn_tri_mes =            0.,           -99.,          'AA'
419   sn_tri_fer =           -2.,          15E-9,          'AA'
420   sn_tri_sfe =            0.,           -99.,          'AA'
421   sn_tri_dfe =            0.,           -99.,          'AA'
422   sn_tri_nfe =            0.,           -99.,          'AA'
423   sn_tri_nch =            0.,           -99.,          'AA'
424   sn_tri_dch =            0.,           -99.,          'AA'
425   sn_tri_no3 =           -1.,           -99.,          'AA'
426   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA'
427/
428!-----------------------------------------------------------------------
429&nampisdmp     !  Damping
430!-----------------------------------------------------------------------
431   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value
432   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation
433/
434!-----------------------------------------------------------------------
435&nampismass     !  Mass conservation
436!-----------------------------------------------------------------------
437   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
438/
439!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
440!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists
441!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy)
442!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut)
443!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)   
444!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet)
445!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom)
446!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed)
447!!              7  - general coefficients                       (namlobrat)
448!!              8  - optical parameters                         (namlobopt)
449!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
450!-----------------------------------------------------------------------
451&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton
452!-----------------------------------------------------------------------
453   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
454   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%]
455   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation     
456   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
457   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
458/
459!-----------------------------------------------------------------------
460&namlobnut     !   biological parameters for nutrients
461!-----------------------------------------------------------------------
462   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
463   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
464   taunn   =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1] 
465   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
466/
467!-----------------------------------------------------------------------
468&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton
469!-----------------------------------------------------------------------
470   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%]
471   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
472!                       ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
473   aks     = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
474   rpnaz   = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
475   rdnaz   = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
476   tauzn   = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
477   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion
478   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
479   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
480/
481!-----------------------------------------------------------------------
482&namlobdet     !   biological parameters for detritus
483!-----------------------------------------------------------------------
484   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
485   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution           
486/
487!-----------------------------------------------------------------------
488&namlobdom     !   biological parameters for DOM
489!-----------------------------------------------------------------------
490   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
491!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
492/
493!-----------------------------------------------------------------------
494&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment
495!-----------------------------------------------------------------------
496   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1]
497   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments
498   vsed       = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s]
499   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile
500/
501!-----------------------------------------------------------------------
502&namlobrat     !   general coefficients
503!-----------------------------------------------------------------------
504   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1]
505   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto
506   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM
507/
508!-----------------------------------------------------------------------
509&namlobopt     !   optical parameters
510!-----------------------------------------------------------------------
511   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water
512   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water
513   xkgp   = 0.074      ! green absorption coefficient of chl
514   xkrp   = 0.037      ! red absorption coefficient of chl
515   xlg    = 0.674      ! green chl exposant for absorption
516   xlr    = 0.629      ! red chl exposant for absorption
517   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio
518/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.