source: branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh @ 9480

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modify SETTE for new MERCATOR cluster ( KARA )

  • Property svn:executable set to *
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Line 
1#####################################################
2# Author : Simona Flavoni for NEMO
3# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr
4#
5# ----------------------------------------------------------------------
6# NEMO/SETTE , NEMO Consortium (2010)
7# Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
8# ----------------------------------------------------------------------
9#
10# Some scripts called by sette.sh
11# prepare_job.sh   : creates the job script for running job
12######################################################
13#set -vx
14set -o posix
15#set -u
16#set -e
17#+
18#
19# ================
20# prepare_job.sh
21# ================
22#
23# -------------------------------------------------
24# script that creates the job script for NEMO tests
25# -------------------------------------------------
26#
27# SYNOPSIS
28# ========
29#
30# ::
31#
32#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE
33#
34#
35# DESCRIPTION
36# ===========
37#
38# Part of the SETTE package to run tests for NEMO
39#
40# prepare the script $JOB_FILE to run the tests
41#
42# EXAMPLES
43# ========
44#
45# ::
46#
47#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG $JOB_FILE
48#
49# prepare the $JOB_FILE for execution
50#
51#
52# TODO
53# ====
54#
55# option debug
56#
57#
58# EVOLUTIONS
59# ==========
60#
61# $Id: prepare_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $
62#
63#
64#
65#   * creation
66#
67#-
68#
69
70usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE NUM_XIO_SERVERS"
71usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE 0 2"
72
73
74minargcount=6
75        if [ ${#} -lt ${minargcount} ]
76        then
77                echo "not enough arguments for prepare_job.sh script"
78                echo "control number of argument of prepare_job.sh in sette.sh"
79                echo "${usage}"
80        exit 1
81        fi
82        unset minargcount
83   if [ ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then
84           touch ${SETTE_DIR}/output.sette
85   fi
86       
87#
88# set and export TEST_NAME. It will be used within the post_test_tidyup function
89#
90INPUTARFILE=$1
91NB_PROC=$2
92TEST_NAME=$3
93MPI_FLAG=$4
94JOB_FILE=$5
95NXIO_PROC=$6
96
97# export EXE_DIR. This directory is used to execute model
98#
99#
100#
101echo "date: `date`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
102echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
103echo "running config: ${NEW_CONF}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
104echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
105echo "list of cpp_keys: " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
106echo "`more ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
107echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
108echo "compiling with: ${CMP_NAM}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
109echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
110echo "executing script : \"fcm_job $@\" " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
111echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
112
113################################################################
114# SET INPUT
115# get the input tarfile if needed
116if [ "$(cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE | wc -w)" -ne 0 ] ; then
117   echo "looking for input files in ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
118# number of tarfiles: NBTAR
119   NBTAR=`cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE |wc -l` 
120   echo "NB of tarfiles ${NBTAR} " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
121# loop on tarfiles
122# read file name and directory
123while read tar_file dir_conf_forc
124do
125      echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ; echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} >> ${SETTE_DIR}/output.sette
126      if [ -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] && [ -d ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ] ; then
127# Tarfile and input dir ar there, only check the links
128         echo "Tarfile and input dir ar there, only check the links" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
129# extract tarfile
130      else
131
132if [ ! -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] ; then 
133     echo "tarfile  ${FORCING_DIR}/${tar_file} cannot be found we stop " ; exit 2 ; fi
134
135echo "mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
136         mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} 
137         cd    ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
138echo " extract from tarfile ${FORCING_DIR}/${tar_file} in  ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
139         tar xvof ${FORCING_DIR}/${tar_file} ; gunzip -f `find . -name "*.gz"` 
140      fi
141# Tarfile and input dir ar there, only check the links
142      cd ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
143      for fida in *
144         do
145           [ -f ${EXE_DIR}/${fida} ] || ln -s ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}/${fida} ${EXE_DIR}/${fida}
146         done
147    done < ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE
148
149else
150  echo "no input file to be searched "
151fi
152################################################################
153
154################################################################
155# RUN OPA
156cd ${EXE_DIR}
157if [ ! -r ${EXE_DIR}/opa ]
158    then
159    echo "executable opa does not exist"
160    echo "executable opa does not exist, exit"  >> ${SETTE_DIR}/output.sette
161    exit 1
162fi
163
164# example for NOCS ClusterVision system using SLURM batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file)
165#
166  #  if [ ${MPI_FLAG} == "no" ] ; then
167      case ${COMPILER} in
168         X64_MOBILIS)
169                                NB_REM=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 + $2 ) % 16}')
170               if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
171               # number of processes required is an integer multiple of 16
172               #
173               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + $2 ) / 16}')
174            else
175               #
176               # number of processes required is not an integer multiple of 16
177               # round up the number of nodes required.
178               #
179               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1 + $2 ) / 16 + 1 )}')
180                  fi
181            ;;
182                        XC_ARCHER_INTEL)
183                                # ocean cores are packed 24 to a node
184                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 24 ) }')
185                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
186                                        # number of processes required is an integer multiple of 24
187                                        #
188                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 24}')
189                                else
190                                        #
191                                        # number of processes required is not an integer multiple of 24
192                                        # round up the number of nodes required.
193                                        #
194                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 24 + 1 )}')
195                                fi
196                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
197                                # but can not share nodes with the ocean cores
198                                NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $2 % 4 ) }')
199                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
200                                        # number of processes required is an integer multiple of 4                           
201                                        #
202                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ))}')                   
203                                else
204                                        #
205                                        # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
206                                        # round up the number of nodes required.
207                                        #
208                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ) + 1)}') 
209                                fi
210                                ;;
211                        XC40_METO*) #Setup for Met Office XC40 with any compiler
212                                # ocean cores are packed 32 to a node
213                                # If we need more than one node then have to use parallel queue and XIOS must have a node to itself
214                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 32 ) }')
215                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
216                                        # number of processes required is an integer multiple of 32
217                                        #
218                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 32}')
219                                else
220                                        #
221                                        # number of processes required is not an integer multiple of 32
222                                        # round up the number of nodes required.
223                                        #
224                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 32 + 1 )}')
225                                fi
226                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
227                                if [ $NXIO_PROC == 0 ] ; then
228                                    NB_XNODES=0
229                                else
230                                    NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 % 4 ) }')
231                                    if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
232                                            # number of processes required is an integer multiple of 4                           
233                                            #
234                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print (( $1 / 4 ) + 1)}') 
235                                    else
236                                            #
237                                            # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
238                                            # round up the number of nodes required.
239                                            #
240                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 4 + 1) }')                   
241                                    fi
242                                fi
243                                if [ ${NB_XNODES} -ge 1 ] ; then
244                                   NB_NODES=$((NB_NODES+NB_XNODES))
245                                fi
246                                echo NB_XNODES=${NB_XNODES} 
247                                echo Total NB_NODES=${NB_NODES}
248                                QUEUE=normal
249                                SELECT="select=$NB_NODES"
250                                module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded
251                                ;;
252                        openmpi_NAVITI_MERCATOR)
253                                echo NB_PROCS ${NB_PROC}
254                                echo NB_NODES ${NB_NODES}
255                                echo  NB_PROC ${NB_PROC}
256                                if [ ${NB_PROC} -eq 1 ] ; then
257                                   NB_NODES=1
258                                   QUEUE=monoproc
259                                   NB_PROC_NODE=${NB_PROC}
260                                else
261                                   if [ ${NB_PROC} -le 16 ] ; then
262                                      NB_NODES=1
263                                      QUEUE=mono
264                                      NB_PROC_NODE=${NB_PROC}
265                                   else
266                                      NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 16}'  | awk '{print $1 / 16 }')
267                                      QUEUE=multi
268                                      NB_PROC_NODE=16
269                                  fi
270                                fi
271                                echo NB_PROCS     ${NB_PROC}
272                                echo NB_NODES     ${NB_NODES}
273                                echo NB_PROC_NODE ${NB_PROC_NODE}
274                                ;;
275                        openmpi_KARA_MERCATOR_XIOS)
276                                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 32}'  | awk '{print $1 / 32 }')
277                                NB_PROC_NODE=16
278
279                                if [ ${NB_PROC} -le 128 ] ; then
280                                      QUEUE=multi
281                                      NB_PROC_NODE=32
282                                fi
283                                echo NB_PROCS     ${NB_PROC}
284                                echo NB_NODES     ${NB_NODES}
285                                echo NB_PROC_NODE ${NB_PROC_NODE}
286                                ;;
287         *)
288            NB_NODES=${NB_PROC}
289            ;;
290
291      esac
292#
293# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings
294#
295        TOTAL_NPROCS=$(( $NB_PROC + $NXIO_PROC ))
296        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" \
297             -e"s/TOTAL_NPROCS/${TOTAL_NPROCS}/" \
298             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \
299             -e"s/NXIOPROCS/${NXIO_PROC}/" \
300             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \
301             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \
302             -e"s:DEF_CONFIG_DIR:${CONFIG_DIR}:" \
303             -e"s:DEF_TOOLS_DIR:${TOOLS_DIR}:" \
304             -e"s:MPI_FLAG:${MPI_FLAG}:" \
305             -e"s:DEF_NEMO_VALIDATION:${NEMO_VALIDATION_DIR}:" -e"s:DEF_NEW_CONF:${NEW_CONF}:" \
306             -e"s:DEF_CMP_NAM:${CMP_NAM}:" -e"s:DEF_TEST_NAME:${TEST_NAME}:" > run_sette_test.job
307
308        case ${COMPILER} in
309              openmpi_NAVITI_MERCATOR )
310                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" \
311                                                 -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job
312                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
313                    ;;
314              openmpi_KARA_MERCATOR_XIOS )
315                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" \
316                                                 -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job
317                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
318                    ;;
319              XC40_METO*)
320                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job
321                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
322                    ;;
323   esac
324#
325# create the unique submission job script
326#
327   if [ ! -f $JOB_FILE ] ; then
328      mv run_sette_test.job $JOB_FILE
329   else
330       e=`grep -n "# END_BODY" ${JOB_FILE} | cut -d : -f 1`
331            e=$(($e - 1))
332       head -$e $JOB_FILE > ${JOB_FILE}_new
333       mv ${JOB_FILE}_new ${JOB_FILE}
334       l=`wc -l run_sette_test.job | sed -e "s:run_sette_test.job::"`
335       b=`grep -n "# BODY" run_sette_test.job | cut -d : -f 1`
336       t=$(($l - $b))
337       tail -$t run_sette_test.job >> $JOB_FILE
338   fi
339   
340   chmod a+x $JOB_FILE ; echo "$JOB_FILE is ready"
341
342#fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.