source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_split_trcbiomedusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag_slice.F90 @ 8434

Last change on this file since 8434 was 8434, checked in by jpalmier, 4 years ago

JPALM — 11-08-2017 — MEDUSA cleaned and purged

File size: 16.2 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_diag_slice_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_diag_slice_mod  ***
4   !! Diagnostic calculations at different levels
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_medusa
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!                                                   MEDUSA bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13
14   IMPLICIT NONE
15   PRIVATE
16     
17   PUBLIC   bio_medusa_diag_slice     ! Called in trcbio_medusa.F90
18
19   !!----------------------------------------------------------------------
20   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
21   !! $Id$
22   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
23   !!----------------------------------------------------------------------
24
25CONTAINS
26
27   SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice( jk )
28      !!---------------------------------------------------------------------
29      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_diag_slice  ***
30      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
31      !!  - ...
32      !!----------------------------------------------------------------------
33      USE bio_medusa_mod
34      USE par_medusa,        ONLY: jpchd, jpchn     
35      USE dom_oce,           ONLY: tmask
36      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
37# if defined key_iomput
38      USE iom,               ONLY: iom_put
39# endif
40      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
41      USE trc,               ONLY: trn
42      USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl, chloro_out_cpl
43      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj
44      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis, qsr, wndm
45      USE sms_medusa,        ONLY: i0100, i0150, i0200, i0500, i1000,      &
46                                   f2_ccd_arg, f2_ccd_cal,                 &
47                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3, f3_pH,       &
48                                   jdms, ocal_ccd, xpar, xze,              &
49                                   zb_co2_flx, zb_dms_srf,                 &
50                                   zn_co2_flx, zn_dms_srf, zn_chl_srf
51      USE trc,               ONLY: med_diag
52
53      !! The vertical level
54      INTEGER, INTENT( in ) ::    jk
55      !!----------------------------------------------------------------------
56
57      !!-----------------------------------------
58      !!
59      !! 2d specific k level diags
60      !!
61      !!-----------------------------------------
62#   if defined key_debug_medusa
63         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_diag_slice: start jk = ', jk
64         CALL flush(numout)
65#   endif
66      !!
67      IF (jk.eq.1) THEN
68         !! JPALM -- 02-06-2017 --
69         !! add Chl surf coupling
70         !! no need to output, just pass to cpl var
71         IF (lk_oasis) THEN
72            zn_chl_srf(:,:) = (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * 1.0E-6  !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
73            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:)        !! Coupling Chl
74         END IF
75         IF( med_diag%MED_QSR%dgsave ) THEN
76            CALL iom_put( "MED_QSR"  , qsr ) !
77         ENDIF
78         IF( med_diag%MED_XPAR%dgsave ) THEN
79            CALL iom_put( "MED_XPAR"  , xpar(:,:,jk) ) !
80         ENDIF       
81         IF( med_diag%OCAL_CCD%dgsave ) THEN
82            CALL iom_put( "OCAL_CCD"  , ocal_ccd ) !
83         ENDIF
84         IF( med_diag%FE_0000%dgsave ) THEN
85            CALL iom_put( "FE_0000"  , xFree ) !
86         ENDIF                     
87         IF( med_diag%MED_XZE%dgsave ) THEN
88            CALL iom_put( "MED_XZE"  , xze ) !
89         ENDIF 
90# if defined key_roam                     
91         IF( med_diag%WIND%dgsave ) THEN
92            CALL iom_put( "WIND"  , wndm )
93         ENDIF
94         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
95            CALL iom_put( "ATM_PCO2"  , f_pco2a2d )
96            DEALLOCATE( f_pco2a2d )
97         ENDIF
98         IF( med_diag%OCN_PH%dgsave ) THEN
99            zw2d(:,:) = f3_pH(:,:,jk)
100            CALL iom_put( "OCN_PH"  , zw2d )
101         ENDIF
102         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
103            CALL iom_put( "OCN_PCO2"  , f_pco2w2d )
104            DEALLOCATE( f_pco2w2d )
105         ENDIF
106         IF( med_diag%OCNH2CO3%dgsave ) THEN
107            zw2d(:,:) = f3_h2co3(:,:,jk)
108            CALL iom_put( "OCNH2CO3"  , zw2d )
109         ENDIF
110         IF( med_diag%OCN_HCO3%dgsave ) THEN
111            zw2d(:,:) = f3_hco3(:,:,jk)
112            CALL iom_put( "OCN_HCO3"  , zw2d )
113         ENDIF
114         IF( med_diag%OCN_CO3%dgsave ) THEN
115            zw2d(:,:) = f3_co3(:,:,jk)
116            CALL iom_put( "OCN_CO3"  , zw2d )
117         ENDIF
118         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
119            CALL iom_put( "CO2FLUX"  , f_co2flux2d )
120            DEALLOCATE( f_co2flux2d )
121         ENDIF
122         !!
123         !! AXY (10/11/16): repeat CO2 flux diagnostic in UKMO/CMIP6 units;
124         !!                 this both outputs the CO2 flux in specified units
125         !!                 and sends the resulting field to the coupler
126         !! JPALM (17/11/16): put CO2 flux (fgco2) alloc/unalloc/pass to zn
127         !!                   out of diag list request
128         CALL lbc_lnk( fgco2(:,:),'T',1. )
129         IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
130            CALL iom_put( "FGCO2"  , fgco2 )
131         ENDIF
132         !! JPALM (17/11/16): should mv this fgco2 part
133         !!                   out of lk_iomput loop
134         zb_co2_flx = zn_co2_flx
135         zn_co2_flx = fgco2
136         IF (lk_oasis) THEN
137            CO2Flux_out_cpl = zn_co2_flx
138         ENDIF
139         DEALLOCATE( fgco2 )
140         !! ---
141         IF( med_diag%OM_CAL%dgsave ) THEN
142            CALL iom_put( "OM_CAL"  , f_omcal )
143         ENDIF
144         IF( med_diag%OM_ARG%dgsave ) THEN
145            CALL iom_put( "OM_ARG"  , f_omarg )
146         ENDIF
147         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
148            CALL iom_put( "TCO2"  , f_TDIC2d )
149            DEALLOCATE( f_TDIC2d )
150         ENDIF
151         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
152            CALL iom_put( "TALK"  , f_TALK2d )
153            DEALLOCATE( f_TALK2d )
154         ENDIF
155         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
156            CALL iom_put( "KW660"  , f_kw6602d )
157            DEALLOCATE( f_kw6602d )
158         ENDIF
159         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
160            CALL iom_put( "ATM_PP0"  , f_pp02d )
161            DEALLOCATE( f_pp02d )
162         ENDIF
163         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
164            CALL iom_put( "O2FLUX"  , f_o2flux2d )
165            DEALLOCATE( f_o2flux2d )
166         ENDIF
167         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
168            CALL iom_put( "O2SAT"  , f_o2sat2d )
169            DEALLOCATE( f_o2sat2d )
170         ENDIF
171         IF( med_diag%CAL_CCD%dgsave ) THEN
172            CALL iom_put( "CAL_CCD"  , f2_ccd_cal )
173         ENDIF
174         IF( med_diag%ARG_CCD%dgsave ) THEN
175            CALL iom_put( "ARG_CCD"  , f2_ccd_arg )
176         ENDIF
177         IF (jdms .eq. 1) THEN
178            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
179               CALL lbc_lnk(dms_surf2d(:,:),'T',1. )
180               CALL iom_put( "DMS_SURF"  , dms_surf2d )
181               zb_dms_srf = zn_dms_srf
182               zn_dms_srf = dms_surf2d
183               IF (lk_oasis) THEN
184                  DMS_out_cpl = zn_dms_srf
185               ENDIF
186               DEALLOCATE( dms_surf2d ) 
187            ENDIF
188            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
189               CALL iom_put( "DMS_ANDR"  , dms_andr2d )
190               DEALLOCATE( dms_andr2d )
191            ENDIF
192            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
193               CALL iom_put( "DMS_SIMO"  , dms_simo2d )
194               DEALLOCATE( dms_simo2d )
195            ENDIF
196            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
197               CALL iom_put( "DMS_ARAN"  , dms_aran2d )
198               DEALLOCATE( dms_aran2d )
199            ENDIF
200            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
201               CALL iom_put( "DMS_HALL"  , dms_hall2d )
202               DEALLOCATE( dms_hall2d )
203            ENDIF
204            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
205               CALL iom_put( "DMS_ANDM"  , dms_andm2d )
206               DEALLOCATE( dms_andm2d )
207            ENDIF
208         ENDIF
209         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics
210         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
211            CALL iom_put( "ATM_XCO2"  ,   f_xco2a_2d      )
212            DEALLOCATE( f_xco2a_2d )
213         ENDIF
214         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
215            CALL iom_put( "OCN_FCO2"  ,   f_fco2w_2d      )
216            DEALLOCATE( f_fco2w_2d )
217         ENDIF
218         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
219            CALL iom_put( "ATM_FCO2"  ,   f_fco2a_2d      )
220            DEALLOCATE( f_fco2a_2d )
221         ENDIF
222         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
223            CALL iom_put( "OCN_RHOSW"  ,  f_ocnrhosw_2d   )
224            DEALLOCATE( f_ocnrhosw_2d )
225         ENDIF
226         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
227            CALL iom_put( "OCN_SCHCO2"  , f_ocnschco2_2d  )
228            DEALLOCATE( f_ocnschco2_2d )
229         ENDIF
230         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
231            CALL iom_put( "OCN_KWCO2"  ,  f_ocnkwco2_2d   )
232            DEALLOCATE( f_ocnkwco2_2d )
233         ENDIF
234         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
235            CALL iom_put( "OCN_K0"  ,     f_ocnk0_2d      )
236            DEALLOCATE( f_ocnk0_2d )
237         ENDIF
238         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
239            CALL iom_put( "CO2STARAIR"  , f_co2starair_2d )
240            DEALLOCATE( f_co2starair_2d )
241         ENDIF
242         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
243            CALL iom_put( "OCN_DPCO2"  ,  f_ocndpco2_2d   )
244            DEALLOCATE( f_ocndpco2_2d )
245         ENDIF
246# endif                     
247      ELSE IF (jk.eq.i0100) THEN
248         IF( med_diag%SDT__100%dgsave ) THEN
249            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
250            CALL iom_put( "SDT__100"  , zw2d )
251         ENDIF
252         IF( med_diag%REG__100%dgsave ) THEN
253            CALL iom_put( "REG__100"  , fregen2d )
254         ENDIF
255         IF( med_diag%FDT__100%dgsave ) THEN
256            CALL iom_put( "FDT__100"  , ffastn )
257         ENDIF           
258         IF( med_diag%RG__100F%dgsave ) THEN
259            CALL iom_put( "RG__100F"  , fregenfast )
260         ENDIF
261         IF( med_diag%FDS__100%dgsave ) THEN
262            CALL iom_put( "FDS__100"  , ffastsi )
263         ENDIF         
264         IF( med_diag%RGS_100F%dgsave ) THEN
265            CALL iom_put( "RGS_100F"  , fregenfastsi )
266         ENDIF
267         IF( med_diag%FE_0100%dgsave ) THEN
268            CALL iom_put( "FE_0100"  , xFree )
269         ENDIF
270# if defined key_roam                     
271         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
272            CALL iom_put( "RR_0100"  , ffastca2d )
273         ENDIF                     
274         IF( med_diag%SDC__100%dgsave ) THEN
275            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
276            CALL iom_put( "SDC__100"  , zw2d )
277         ENDIF                 
278         IF( med_diag%epC100%dgsave    ) THEN
279            zw2d(:,:) = (fslowcflux + ffastc) * tmask(:,:,jk)
280            CALL iom_put( "epC100"    , zw2d )
281         ENDIF         
282         IF( med_diag%epCALC100%dgsave ) THEN
283            CALL iom_put( "epCALC100" , ffastca )
284         ENDIF         
285         IF( med_diag%epN100%dgsave    ) THEN
286            zw2d(:,:) = (fslownflux + ffastn) * tmask(:,:,jk)
287            CALL iom_put( "epN100"    , zw2d )
288         ENDIF         
289         IF( med_diag%epSI100%dgsave   ) THEN
290            CALL iom_put( "epSI100"   , ffastsi )
291         ENDIF         
292# endif                     
293      ELSE IF (jk.eq.i0200) THEN
294         IF( med_diag%SDT__200%dgsave ) THEN
295            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
296            CALL iom_put( "SDT__200"  , zw2d )
297         ENDIF
298         IF( med_diag%REG__200%dgsave ) THEN
299            CALL iom_put( "REG__200"  , fregen2d )
300         ENDIF
301         IF( med_diag%FDT__200%dgsave ) THEN
302            CALL iom_put( "FDT__200"  , ffastn )
303         ENDIF
304         IF( med_diag%RG__200F%dgsave ) THEN
305            CALL iom_put( "RG__200F"  , fregenfast )
306         ENDIF
307         IF( med_diag%FDS__200%dgsave ) THEN
308            CALL iom_put( "FDS__200"  , ffastsi )
309         ENDIF
310         IF( med_diag%RGS_200F%dgsave ) THEN
311            CALL iom_put( "RGS_200F"  , fregenfastsi )
312         ENDIF
313         IF( med_diag%FE_0200%dgsave ) THEN
314            CALL iom_put( "FE_0200"   , xFree )
315         ENDIF
316# if defined key_roam                     
317         IF( med_diag%SDC__200%dgsave ) THEN
318            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
319            CALL iom_put( "SDC__200"  , zw2d )
320         ENDIF
321# endif                     
322      ELSE IF (jk.eq.i0500) THEN
323         IF( med_diag%SDT__500%dgsave ) THEN
324            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
325            CALL iom_put( "SDT__500"  , zw2d )
326         ENDIF
327         IF( med_diag%REG__500%dgsave ) THEN
328            CALL iom_put( "REG__500"  , fregen2d )
329         ENDIF     
330         IF( med_diag%FDT__500%dgsave ) THEN
331            CALL iom_put( "FDT__500"  , ffastn )
332         ENDIF
333         IF( med_diag%RG__500F%dgsave ) THEN
334            CALL iom_put( "RG__500F"  , fregenfast )
335         ENDIF
336         IF( med_diag%FDS__500%dgsave ) THEN
337            CALL iom_put( "FDS__500"  , ffastsi )
338         ENDIF
339         IF( med_diag%RGS_500F%dgsave ) THEN
340            CALL iom_put( "RGS_500F"  , fregenfastsi )
341         ENDIF
342         IF( med_diag%FE_0500%dgsave ) THEN
343            CALL iom_put( "FE_0500"  , xFree )
344         ENDIF
345# if defined key_roam                     
346         IF( med_diag%RR_0500%dgsave ) THEN
347            CALL iom_put( "RR_0500"  , ffastca2d )
348         ENDIF
349         IF( med_diag%SDC__500%dgsave ) THEN
350            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
351            CALL iom_put( "SDC__500"  , zw2d )
352         ENDIF 
353# endif                     
354      ELSE IF (jk.eq.i1000) THEN
355         IF( med_diag%SDT_1000%dgsave ) THEN
356            zw2d(:,:) = fslownflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
357            CALL iom_put( "SDT_1000"  , zw2d )
358         ENDIF
359         IF( med_diag%REG_1000%dgsave ) THEN
360            CALL iom_put( "REG_1000"  , fregen2d )
361         ENDIF 
362         IF( med_diag%FDT_1000%dgsave ) THEN
363            CALL iom_put( "FDT_1000"  , ffastn )
364         ENDIF
365         IF( med_diag%RG_1000F%dgsave ) THEN
366            CALL iom_put( "RG_1000F"  , fregenfast )
367         ENDIF
368         IF( med_diag%FDS_1000%dgsave ) THEN
369            CALL iom_put( "FDS_1000"  , ffastsi )
370         ENDIF
371         IF( med_diag%RGS1000F%dgsave ) THEN
372            CALL iom_put( "RGS1000F"  , fregenfastsi )
373         ENDIF
374         IF( med_diag%FE_1000%dgsave ) THEN
375            CALL iom_put( "FE_1000"  , xFree )
376         ENDIF
377# if defined key_roam                     
378         IF( med_diag%RR_1000%dgsave ) THEN
379            CALL iom_put( "RR_1000"  , ffastca2d )
380            DEALLOCATE( ffastca2d )
381         ENDIF
382         IF( med_diag%SDC_1000%dgsave ) THEN
383            zw2d(:,:) = fslowcflux(:,:) * tmask(:,:,jk)
384            CALL iom_put( "SDC_1000"  , zw2d )
385         ENDIF 
386# endif                     
387      ENDIF
388      !! to do on every k loop :
389      IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
390         !! detrital flux
391         detflux3d(:,:,jk) = (fslownflux(:,:) + ffastn(:,:)) * tmask(:,:,jk)
392         !CALL iom_put( "DETFLUX3"  , ftot_n )
393      ENDIF
394# if defined key_roam                     
395      IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
396         expc3(:,:,jk) = (fslowcflux(:,:) + ffastc(:,:)) * tmask(:,:,jk)
397      ENDIF         
398      IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
399         expn3(:,:,jk) = (fslownflux(:,:) + ffastn(:,:)) * tmask(:,:,jk)
400      ENDIF         
401# endif         
402#   if defined key_debug_medusa
403         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_diag_slice: end jk = ', jk
404         CALL flush(numout)
405#   endif
406
407   END SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice
408
409#else
410   !!======================================================================
411   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
412   !!======================================================================
413CONTAINS
414   SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice( )                  ! Empty routine
415      WRITE(*,*) 'bio_medusa_diag_slice: You should not have seen this print! error?'
416   END SUBROUTINE bio_medusa_diag_slice
417#endif 
418
419   !!======================================================================
420END MODULE bio_medusa_diag_slice_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.