source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_split_trcbiomedusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90 @ 8434

Last change on this file since 8434 was 8434, checked in by jpalmier, 4 years ago

JPALM — 11-08-2017 — MEDUSA cleaned and purged

File size: 31.6 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_init_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_init  ***
4   !! Initialisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_medusa
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!                                                   MEDUSA bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13
14   IMPLICIT NONE
15   PRIVATE
16     
17   PUBLIC   bio_medusa_init    ! Called in trcbio_medusa.F90
18
19   !!----------------------------------------------------------------------
20   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
21   !! $Id$
22   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
23   !!----------------------------------------------------------------------
24
25CONTAINS
26
27   SUBROUTINE bio_medusa_init( kt )
28      !!---------------------------------------------------------------------
29      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_init  ***
30      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
31      !!  - zeroes arrays used in TRC_BIO_MEDUSA
32      !!  - sets up the arrays needed for the diagnostics
33      !!----------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod
35      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk
36      USE sms_medusa,        ONLY: jdms
37      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000 
38      USE in_out_manager,    ONLY: lwp
39
40# if defined key_iomput
41      USE iom,               ONLY: lk_iomput, numout
42      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa
43# endif
44
45      !! time (integer timestep)
46      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
47
48      IF( ln_diatrc ) THEN
49         IF (lwp) write (numout,*) 'Diagnostics are now ALL through XIOS (key_xios)'
50         IF (lwp) write (numout,*) 'No more key_diatrc anymore.'
51      ENDIF
52
53      !!----------------------------------------------------------------------
54      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields
55      !!----------------------------------------------------------------------
56      !!
57      ffastn(:,:)  = 0.0        !! organic nitrogen
58      ffastsi(:,:) = 0.0        !! biogenic silicon
59      ffastfe(:,:) = 0.0        !! organic iron
60      ffastc(:,:)  = 0.0        !! organic carbon
61      ffastca(:,:) = 0.0        !! biogenic calcium carbonate
62      !!
63      fsedn(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of N
64      fsedsi(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Si
65      fsedfe(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Fe
66      fsedc(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of C
67      fsedca(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of CaCO3
68      !!
69      fregenfast(:,:)   = 0.0   !! integrated  N regeneration (fast detritus)
70      fregenfastsi(:,:) = 0.0   !! integrated Si regeneration (fast detritus)
71# if defined key_roam
72      fregenfastc(:,:)  = 0.0   !! integrated  C regeneration (fast detritus)
73# endif
74      !!
75      fccd(:,:)    = 0.0        !! last depth level before CCD
76
77      !!----------------------------------------------------------------------
78      !! blank nutrient/flux inventories
79      !!----------------------------------------------------------------------
80      !!
81      fflx_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen flux total
82      fflx_si(:,:) = 0.0        !! silicon  flux total
83      fflx_fe(:,:) = 0.0        !! iron     flux total
84      fifd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus production
85      fifd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus production
86      fifd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus production
87      fofd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus remineralisation
88      fofd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus remineralisation
89      fofd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus remineralisation
90# if defined key_roam
91      fflx_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     flux total
92      fflx_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity flux total
93      fflx_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     flux total
94      ftot_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     inventory
95      ftot_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity inventory
96      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory
97      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production
98! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17
99!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production
100!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production
101      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation
102! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17
103!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation
104!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation
105      !!
106      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production
107      fnit_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen consumption
108      fsil_prod(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon production
109      fsil_cons(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon consumption
110      fcar_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon production
111      fcar_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon consumption
112      !!
113      foxy_prod(:,:) = 0.0      !! oxygen production
114      foxy_cons(:,:) = 0.0      !! oxygen consumption
115      foxy_anox(:,:) = 0.0      !! unrealised oxygen consumption
116      !!
117# endif
118      ftot_n(:,:)   = 0.0       !! N inventory
119      ftot_si(:,:)  = 0.0       !! Si inventory
120      ftot_fe(:,:)  = 0.0       !! Fe inventory
121      ftot_pn(:,:)  = 0.0       !! integrated non-diatom phytoplankton
122      ftot_pd(:,:)  = 0.0       !! integrated diatom     phytoplankton
123      ftot_zmi(:,:) = 0.0       !! integrated microzooplankton
124      ftot_zme(:,:) = 0.0       !! integrated mesozooplankton
125      ftot_det(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, nitrogen
126      ftot_dtc(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, carbon
127      !!
128      fzmi_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by microzooplankton
129      fzmi_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
130      fzme_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by  mesozooplankton
131      fzme_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
132      !!
133      f_sbenin_n(:,:)  = 0.0    !! slow detritus N  -> benthic pool
134      f_sbenin_fe(:,:) = 0.0    !! slow detritus Fe -> benthic pool
135      f_sbenin_c(:,:)  = 0.0    !! slow detritus C  -> benthic pool
136      f_fbenin_n(:,:)  = 0.0    !! fast detritus N  -> benthic pool
137      f_fbenin_fe(:,:) = 0.0    !! fast detritus Fe -> benthic pool
138      f_fbenin_si(:,:) = 0.0    !! fast detritus Si -> benthic pool
139      f_fbenin_c(:,:)  = 0.0    !! fast detritus C  -> benthic pool
140      f_fbenin_ca(:,:) = 0.0    !! fast detritus Ca -> benthic pool
141      !!
142      f_benout_n(:,:)  = 0.0    !! benthic N  pool  -> dissolved
143      f_benout_fe(:,:) = 0.0    !! benthic Fe pool  -> dissolved
144      f_benout_si(:,:) = 0.0    !! benthic Si pool  -> dissolved
145      f_benout_c(:,:)  = 0.0    !! benthic C  pool  -> dissolved
146      f_benout_ca(:,:) = 0.0    !! benthic Ca pool  -> dissolved
147      !!
148      f_benout_lyso_ca(:,:) = 0.0 !! benthic Ca pool  -> dissolved (when it shouldn't!)
149      !!
150      f_runoff(:,:)  = 0.0      !! riverine runoff
151      f_riv_n(:,:)   = 0.0      !! riverine N   input
152      f_riv_si(:,:)  = 0.0      !! riverine Si  input
153      f_riv_c(:,:)   = 0.0      !! riverine C   input
154      f_riv_alk(:,:) = 0.0      !! riverine alk input
155      !!
156      !! Jpalm -- 06-03-2017 -- Forgotten var to init
157      f_omarg(:,:) = 0.0        !!
158      f_omcal(:,:) = 0.0 
159      xFree(:,:) = 0.0          !! state variables for iron-ligand system
160      fcomm_resp(:,:) = 0.0 
161      fprn_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
162      fprd_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
163      !!
164      fslownflux(:,:) = 0.0 
165      fslowcflux(:,:) = 0.0 
166      !!
167      !! allocate and initiate 2D diag
168      !! -----------------------------
169      !! Juju :: add kt condition !!
170      IF ( lk_iomput ) THEN 
171
172         !! initialise iom_use test
173         IF ( kt == nittrc000 )   CALL trc_nam_iom_medusa 
174
175         ALLOCATE( zw2d(1:jpi, 1:jpj) )
176         zw2d(:,:)      = 0.0   !!
177         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
178            ALLOCATE( fprn2d(1:jpi, 1:jpj) )
179            fprn2d(:,:)      = 0.0 !!
180         ENDIF
181         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
182            ALLOCATE( fdpn2d(1:jpi, 1:jpj) )
183            fdpn2d(:,:)      = 0.0 !!
184         ENDIF
185         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
186            ALLOCATE( fprd2d(1:jpi, 1:jpj) )
187            fprd2d(:,:)      = 0.0 !!
188         ENDIF
189         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
190            ALLOCATE( fdpd2d(1:jpi, 1:jpj) )
191            fdpd2d(:,:)      = 0.0 !!
192         ENDIF
193         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
194            ALLOCATE( fprds2d(1:jpi, 1:jpj) )
195            fprds2d(:,:)      = 0.0 !!
196         ENDIF
197         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
198            ALLOCATE( fsdiss2d(1:jpi, 1:jpj) )
199            fsdiss2d(:,:)      = 0.0 !!
200         ENDIF
201         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
202            ALLOCATE( fgmipn2d(1:jpi, 1:jpj) )
203            fgmipn2d(:,:)      = 0.0 !!
204         ENDIF
205         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
206            ALLOCATE( fgmid2d(1:jpi, 1:jpj) )
207            fgmid2d(:,:)      = 0.0 !!
208         ENDIF
209         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
210            ALLOCATE( fdzmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
211            fdzmi2d(:,:)      = 0.0 !!
212         ENDIF
213         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
214            ALLOCATE( fgmepn2d(1:jpi, 1:jpj) )
215            fgmepn2d(:,:)      = 0.0 !!
216         ENDIF
217         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
218            ALLOCATE( fgmepd2d(1:jpi, 1:jpj) )
219            fgmepd2d(:,:)      = 0.0 !!
220         ENDIF
221         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
222            ALLOCATE( fgmezmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
223            fgmezmi2d(:,:)      = 0.0 !!
224         ENDIF
225         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
226            ALLOCATE( fgmed2d(1:jpi, 1:jpj) )
227            fgmed2d(:,:)      = 0.0 !!
228         ENDIF
229         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
230            ALLOCATE( fdzme2d(1:jpi, 1:jpj) )
231            fdzme2d(:,:)      = 0.0 !!
232         ENDIF
233         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
234            ALLOCATE( fslown2d(1:jpi, 1:jpj) )
235            fslown2d(:,:)      = 0.0 !!
236         ENDIF
237         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
238            ALLOCATE( fdd2d(1:jpi, 1:jpj) )
239            fdd2d(:,:)      = 0.0 !!
240         ENDIF     
241         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
242            ALLOCATE( ffetop2d(1:jpi, 1:jpj) )
243            ffetop2d(:,:)      = 0.0 !!
244         ENDIF
245         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
246            ALLOCATE( ffebot2d(1:jpi, 1:jpj) )
247            ffebot2d(:,:)      = 0.0 !!
248         ENDIF
249         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
250            ALLOCATE( ffescav2d(1:jpi, 1:jpj) )
251            ffescav2d(:,:)      = 0.0 !!
252         ENDIF
253         IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
254            ALLOCATE( fjln2d(1:jpi, 1:jpj) )
255            fjln2d(:,:)      = 0.0 !!
256         ENDIF
257         IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
258            ALLOCATE( fnln2d(1:jpi, 1:jpj) )
259            fnln2d(:,:)      = 0.0 !!
260         ENDIF
261         IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
262            ALLOCATE( ffln2d(1:jpi, 1:jpj) )
263            ffln2d(:,:)      = 0.0 !!
264         ENDIF
265         IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
266            ALLOCATE( fjld2d(1:jpi, 1:jpj) )
267            fjld2d(:,:)      = 0.0 !!
268         ENDIF
269         IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
270            ALLOCATE( fnld2d(1:jpi, 1:jpj) )
271            fnld2d(:,:)      = 0.0 !!
272         ENDIF
273         IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
274            ALLOCATE( ffld2d(1:jpi, 1:jpj) )
275            ffld2d(:,:)      = 0.0 !!
276         ENDIF
277         IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
278            ALLOCATE( fsld2d2(1:jpi, 1:jpj) )
279            fsld2d2(:,:)      = 0.0 !!
280         ENDIF
281         IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
282            ALLOCATE( fsld2d(1:jpi, 1:jpj) )
283            fsld2d(:,:)      = 0.0 !!
284         ENDIF
285!!
286!! skip SDT_XXXX diagnostics here
287!!
288         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
289            ALLOCATE( fregen2d(1:jpi, 1:jpj) )
290            fregen2d(:,:)      = 0.0 !!
291         ENDIF
292         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
293            ALLOCATE( fregensi2d(1:jpi, 1:jpj) )
294            fregensi2d(:,:)      = 0.0 !!
295         ENDIF
296!!
297!! skip REG_XXXX diagnostics here
298!!
299         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
300            ALLOCATE( ftempn2d(1:jpi, 1:jpj) )
301            ftempn2d(:,:)      = 0.0 !!
302         ENDIF
303         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
304            ALLOCATE( ftempsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
305            ftempsi2d(:,:)      = 0.0 !!
306         ENDIF
307         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
308            ALLOCATE( ftempfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
309            ftempfe2d(:,:)      = 0.0 !!
310         ENDIF
311         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
312            ALLOCATE( ftempc2d(1:jpi, 1:jpj) )
313            ftempc2d(:,:)      = 0.0 !!
314         ENDIF
315         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
316            ALLOCATE( ftempca2d(1:jpi, 1:jpj) )
317            ftempca2d(:,:)      = 0.0 !!
318         ENDIF     
319!!
320!! skip FDT_XXXX, RG_XXXXF, FDS_XXXX, RGS_XXXXF diagnostics here
321!!
322         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
323            ALLOCATE( freminn2d(1:jpi, 1:jpj) )
324            freminn2d(:,:)      = 0.0 !!
325         ENDIF
326         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
327            ALLOCATE( freminsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
328            freminsi2d(:,:)      = 0.0 !!
329         ENDIF
330         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
331            ALLOCATE( freminfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
332            freminfe2d(:,:)      = 0.0 !!
333         ENDIF
334         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
335            ALLOCATE( freminc2d(1:jpi, 1:jpj) )
336            freminc2d(:,:)      = 0.0 !!
337         ENDIF
338         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
339            ALLOCATE( freminca2d(1:jpi, 1:jpj) )
340            freminca2d(:,:)      = 0.0 !!
341         ENDIF
342
343# if defined key_roam
344!!
345!! skip SEAFLRXX, MED_XXXX, INTFLX_XX, INT_XX, ML_XXX, OCAL_XXX, FE_XXXX, MED_XZE, WIND diagnostics here
346!!
347         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
348            ALLOCATE( ffastca2d(1:jpi, 1:jpj) )
349            ffastca2d(:,:)      = 0.0 !!
350         ENDIF
351
352         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
353            ALLOCATE( f_pco2a2d(1:jpi, 1:jpj) )
354            f_pco2a2d(:,:)      = 0.0 !!
355         ENDIF
356!!
357!! skip OCN_PH diagnostic here
358!!
359         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
360            ALLOCATE( f_pco2w2d(1:jpi, 1:jpj) )
361            f_pco2w2d(:,:)      = 0.0 !!
362         ENDIF
363!!
364!! skip OCNH2CO3, OCN_HCO3, OCN_CO3 diagnostics here
365!!
366         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
367            ALLOCATE( f_co2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
368            f_co2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
369         ENDIF
370!!
371!! skip OM_XXX diagnostics here
372!!
373         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
374            ALLOCATE( f_TDIC2d(1:jpi, 1:jpj) )
375            f_TDIC2d(:,:)      = 0.0 !!
376         ENDIF
377         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
378            ALLOCATE( f_TALK2d(1:jpi, 1:jpj) )
379            f_TALK2d(:,:)      = 0.0 !!
380         ENDIF
381         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
382            ALLOCATE( f_kw6602d(1:jpi, 1:jpj) )
383            f_kw6602d(:,:)      = 0.0 !!
384         ENDIF
385         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
386            ALLOCATE( f_pp02d(1:jpi, 1:jpj) )
387            f_pp02d(:,:)      = 0.0 !!
388         ENDIF
389         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
390            ALLOCATE( f_o2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
391            f_o2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
392         ENDIF
393         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
394            ALLOCATE( f_o2sat2d(1:jpi, 1:jpj) )
395            f_o2sat2d(:,:)      = 0.0 !!
396         ENDIF 
397!!
398!! skip XXX_CCD diagnostics here
399!!
400         IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
401            ALLOCATE( sfr_ocal2d(1:jpi, 1:jpj) )
402            sfr_ocal2d(:,:)      = 0.0 !!
403         ENDIF
404         IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
405            ALLOCATE( sfr_oarg2d(1:jpi, 1:jpj) )
406            sfr_oarg2d(:,:)      = 0.0 !!
407         ENDIF
408!!
409!! skip XX_PROD, XX_CONS, O2_ANOX, RR_XXXX diagnostics here
410!!
411         IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
412            ALLOCATE( iben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
413            iben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
414         ENDIF
415         IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
416            ALLOCATE( iben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
417            iben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
418         ENDIF
419         IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
420            ALLOCATE( iben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
421            iben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
422         ENDIF
423         IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
424            ALLOCATE( iben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
425            iben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
426         ENDIF
427         IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
428            ALLOCATE( iben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
429            iben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
430         ENDIF
431         IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
432            ALLOCATE( oben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
433            oben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
434         ENDIF
435         IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
436            ALLOCATE( oben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
437            oben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
438         ENDIF
439         IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
440            ALLOCATE( oben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
441            oben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
442         ENDIF
443         IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
444            ALLOCATE( oben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
445            oben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
446         ENDIF
447         IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
448            ALLOCATE( oben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
449            oben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
450         ENDIF
451!!
452!! skip BEN_XX diagnostics here
453!!
454
455         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
456            ALLOCATE( rivn2d(1:jpi, 1:jpj) )
457            rivn2d(:,:)      = 0.0 !!
458         ENDIF
459         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
460            ALLOCATE( rivsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
461            rivsi2d(:,:)      = 0.0 !!
462         ENDIF
463         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
464            ALLOCATE( rivc2d(1:jpi, 1:jpj) )
465            rivc2d(:,:)      = 0.0 !!
466         ENDIF
467         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
468            ALLOCATE( rivalk2d(1:jpi, 1:jpj) )
469            rivalk2d(:,:)      = 0.0 !!
470         ENDIF
471         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
472            ALLOCATE( fslowc2d(1:jpi, 1:jpj) )
473            fslowc2d(:,:)      = 0.0 !!
474         ENDIF 
475!!
476!! skip SDC_XXXX, INVTXXX diagnostics here
477!!
478         IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
479            ALLOCATE( lyso_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
480            lyso_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
481         ENDIF
482!!
483!! skip COM_RESP diagnostic here
484!!
485         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
486            ALLOCATE( fdpn22d(1:jpi, 1:jpj) )
487            fdpn22d(:,:)      = 0.0 !!
488         ENDIF
489         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
490            ALLOCATE( fdpd22d(1:jpi, 1:jpj) )
491            fdpd22d(:,:)      = 0.0 !!
492         ENDIF
493         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
494            ALLOCATE( fdzmi22d(1:jpi, 1:jpj) )
495            fdzmi22d(:,:)      = 0.0 !!
496         ENDIF
497         IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
498            ALLOCATE( fdzme22d(1:jpi, 1:jpj) )
499            fdzme22d(:,:)      = 0.0 !!
500         ENDIF
501         IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN   
502            ALLOCATE( zimesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
503            zimesn2d(:,:)      = 0.0 !!
504         ENDIF
505         IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
506            ALLOCATE( zimesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
507            zimesd2d(:,:)      = 0.0 !!
508         ENDIF
509         IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
510            ALLOCATE( zimesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
511            zimesc2d(:,:)      = 0.0 !!
512         ENDIF
513         IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
514            ALLOCATE( zimesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
515            zimesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
516         ENDIF
517         IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
518            ALLOCATE( ziexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
519            ziexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
520         ENDIF
521         IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
522            ALLOCATE( ziresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
523            ziresp2d(:,:)      = 0.0 !!
524         ENDIF
525         IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
526            ALLOCATE( zigrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
527            zigrow2d(:,:)      = 0.0 !!
528         ENDIF
529         IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
530            ALLOCATE( zemesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
531            zemesn2d(:,:)      = 0.0 !!
532         ENDIF
533         IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
534            ALLOCATE( zemesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
535            zemesd2d(:,:)      = 0.0 !!
536         ENDIF
537         IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
538            ALLOCATE( zemesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
539            zemesc2d(:,:)      = 0.0 !!
540         ENDIF
541         IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
542            ALLOCATE( zemesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
543            zemesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
544         ENDIF
545         IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
546            ALLOCATE( zeexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
547            zeexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
548         ENDIF                 
549         IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
550            ALLOCATE( zeresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
551            zeresp2d(:,:)      = 0.0 !!
552         ENDIF
553         IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
554            ALLOCATE( zegrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
555            zegrow2d(:,:)      = 0.0 !!
556         ENDIF
557         IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
558            ALLOCATE( mdetc2d(1:jpi, 1:jpj) )
559            mdetc2d(:,:)      = 0.0 !!
560         ENDIF
561         IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
562            ALLOCATE( gmidc2d(1:jpi, 1:jpj) )
563            gmidc2d(:,:)      = 0.0 !!
564         ENDIF
565         IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
566            ALLOCATE( gmedc2d(1:jpi, 1:jpj) )
567            gmedc2d(:,:)      = 0.0 !!
568         ENDIF
569!!
570!! skip INT_XXX diagnostics here
571!!
572         IF (jdms .eq. 1) THEN
573            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
574               ALLOCATE( dms_surf2d(1:jpi, 1:jpj) )
575               dms_surf2d(:,:)      = 0.0 !!
576            ENDIF
577            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
578               ALLOCATE( dms_andr2d(1:jpi, 1:jpj) )
579               dms_andr2d(:,:)      = 0.0 !!
580            ENDIF
581            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
582               ALLOCATE( dms_simo2d(1:jpi, 1:jpj) )
583               dms_simo2d(:,:)      = 0.0 !!
584            ENDIF
585            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
586               ALLOCATE( dms_aran2d(1:jpi, 1:jpj) )
587               dms_aran2d(:,:)      = 0.0 !!
588            ENDIF
589            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
590               ALLOCATE( dms_hall2d(1:jpi, 1:jpj) )
591               dms_hall2d(:,:)      = 0.0 !!
592            ENDIF
593            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
594               ALLOCATE( dms_andm2d(1:jpi, 1:jpj) )
595               dms_andm2d(:,:)      = 0.0 !!
596            ENDIF
597         ENDIF   
598         !!
599         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics, 2D
600         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
601            ALLOCATE( f_xco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
602            f_xco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
603         ENDIF
604         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
605            ALLOCATE( f_fco2w_2d(1:jpi, 1:jpj) )
606            f_fco2w_2d(:,:)      = 0.0 !!
607         ENDIF
608         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
609            ALLOCATE( f_fco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
610            f_fco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
611         ENDIF
612         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
613            ALLOCATE( f_ocnrhosw_2d(1:jpi, 1:jpj) )
614            f_ocnrhosw_2d(:,:)      = 0.0 !!
615         ENDIF
616         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
617            ALLOCATE( f_ocnschco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
618            f_ocnschco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
619         ENDIF
620         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
621            ALLOCATE( f_ocnkwco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
622            f_ocnkwco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
623         ENDIF
624         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
625            ALLOCATE( f_ocnk0_2d(1:jpi, 1:jpj) )
626            f_ocnk0_2d(:,:)      = 0.0 !!
627         ENDIF
628         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
629            ALLOCATE( f_co2starair_2d(1:jpi, 1:jpj) )
630            f_co2starair_2d(:,:)      = 0.0 !!
631         ENDIF
632         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
633            ALLOCATE( f_ocndpco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
634            f_ocndpco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
635         ENDIF
636# endif 
637         IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
638            ALLOCATE( tpp3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
639            tpp3d(:,:,:)      = 0.0 !!
640         ENDIF
641         IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
642            ALLOCATE( detflux3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
643            detflux3d(:,:,:)      = 0.0 !!
644         ENDIF
645         IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
646             ALLOCATE( remin3dn(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
647             remin3dn(:,:,:)      = 0.0 !!
648         ENDIF
649         !!
650         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 2D
651         !! JPALM -- 17-11-16 -- put fgco2 alloc out of diag request
652         !!                   needed for coupling/passed through restart
653         !! IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
654            ALLOCATE( fgco2(1:jpi, 1:jpj) )
655            fgco2(:,:)      = 0.0 !!
656         !! ENDIF
657         IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
658            ALLOCATE( intdissic(1:jpi, 1:jpj) )
659            intdissic(:,:)  = 0.0 !!
660         ENDIF         
661         IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
662            ALLOCATE( intdissin(1:jpi, 1:jpj) )
663            intdissin(:,:)  = 0.0 !!
664         ENDIF         
665         IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
666            ALLOCATE( intdissisi(1:jpi, 1:jpj) )
667            intdissisi(:,:)  = 0.0 !!
668         ENDIF         
669         IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
670            ALLOCATE( inttalk(1:jpi, 1:jpj) )
671            inttalk(:,:)  = 0.0 !!
672         ENDIF         
673         IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
674            ALLOCATE( o2min(1:jpi, 1:jpj) )
675            o2min(:,:)  = 1.e3 !! set to high value as we're looking for min(o2)
676         ENDIF         
677         IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
678            ALLOCATE( zo2min(1:jpi, 1:jpj) )
679            zo2min(:,:)  = 0.0 !!
680         ENDIF         
681         IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave  ) THEN
682            ALLOCATE( fbddtalk(1:jpi, 1:jpj) )
683            fbddtalk(:,:)  = 0.0 !!
684         ENDIF
685         IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave  ) THEN
686            ALLOCATE( fbddtdic(1:jpi, 1:jpj) )
687            fbddtdic(:,:)  = 0.0 !!
688         ENDIF
689         IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
690            ALLOCATE( fbddtdife(1:jpi, 1:jpj) )
691            fbddtdife(:,:) = 0.0 !!
692         ENDIF
693         IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave  ) THEN
694            ALLOCATE( fbddtdin(1:jpi, 1:jpj) )
695            fbddtdin(:,:)  = 0.0 !!
696         ENDIF
697         IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
698            ALLOCATE( fbddtdisi(1:jpi, 1:jpj) )
699            fbddtdisi(:,:) = 0.0 !!
700         ENDIF
701         !!
702         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 3D
703         IF( med_diag%TPPD3%dgsave     ) THEN
704            ALLOCATE( tppd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
705            tppd3(:,:,:)     = 0.0 !!
706         ENDIF
707         IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave  ) THEN
708            ALLOCATE( bddtalk3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
709            bddtalk3(:,:,:)  = 0.0 !!
710         ENDIF
711         IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave  ) THEN
712            ALLOCATE( bddtdic3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
713            bddtdic3(:,:,:)  = 0.0 !!
714         ENDIF
715         IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
716            ALLOCATE( bddtdife3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
717            bddtdife3(:,:,:) = 0.0 !!
718         ENDIF
719         IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave  ) THEN
720            ALLOCATE( bddtdin3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
721            bddtdin3(:,:,:)  = 0.0 !!
722         ENDIF
723         IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
724            ALLOCATE( bddtdisi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
725            bddtdisi3(:,:,:) = 0.0 !!
726         ENDIF
727         IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave   ) THEN
728            ALLOCATE( fd_nit3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
729            fd_nit3(:,:,:)   = 0.0 !!
730         ENDIF
731         IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave   ) THEN
732            ALLOCATE( fd_sil3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
733            fd_sil3(:,:,:)   = 0.0 !!
734         ENDIF
735         IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave   ) THEN
736            ALLOCATE( fd_car3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
737            fd_car3(:,:,:)   = 0.0 !!
738         ENDIF
739         IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave   ) THEN
740            ALLOCATE( fd_cal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
741            fd_cal3(:,:,:)   = 0.0 !!
742         ENDIF
743         IF( med_diag%DCALC3%dgsave    ) THEN
744            ALLOCATE( dcalc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
745            dcalc3(:,:,: )   = 0.0 !!
746         ENDIF
747         IF( med_diag%EXPC3%dgsave     ) THEN
748            ALLOCATE( expc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
749            expc3(:,:,: )    = 0.0 !!
750         ENDIF
751         IF( med_diag%EXPN3%dgsave     ) THEN
752            ALLOCATE( expn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
753            expn3(:,:,: )    = 0.0 !!
754         ENDIF
755         IF( med_diag%FEDISS3%dgsave   ) THEN
756            ALLOCATE( fediss3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
757            fediss3(:,:,: )  = 0.0 !!
758         ENDIF
759         IF( med_diag%FESCAV3%dgsave   ) THEN
760            ALLOCATE( fescav3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
761            fescav3(:,:,: )  = 0.0 !!
762         ENDIF
763         IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave   ) THEN
764            ALLOCATE( migrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
765            migrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
766         ENDIF
767         IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave   ) THEN
768            ALLOCATE( migrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
769            migrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
770         ENDIF
771         IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave   ) THEN
772            ALLOCATE( megrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
773            megrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
774         ENDIF
775         IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave   ) THEN
776            ALLOCATE( megrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
777            megrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
778         ENDIF
779         IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave   ) THEN
780            ALLOCATE( megrazz3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
781            megrazz3(:,:,: )  = 0.0 !!
782         ENDIF
783         IF( med_diag%O2SAT3%dgsave     ) THEN
784            ALLOCATE( o2sat3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
785            o2sat3(:,:,: )    = 0.0 !!
786         ENDIF
787         IF( med_diag%PBSI3%dgsave      ) THEN
788            ALLOCATE( pbsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
789            pbsi3(:,:,: )     = 0.0 !!
790         ENDIF
791         IF( med_diag%PCAL3%dgsave      ) THEN
792            ALLOCATE( pcal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
793            pcal3(:,:,: )     = 0.0 !!
794         ENDIF
795         IF( med_diag%REMOC3%dgsave     ) THEN
796            ALLOCATE( remoc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
797            remoc3(:,:,: )    = 0.0 !!
798         ENDIF
799         IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave    ) THEN
800            ALLOCATE( pnlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
801            pnlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
802         ENDIF
803         IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave    ) THEN
804            ALLOCATE( pnlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
805            pnlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
806         ENDIF
807         IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave   ) THEN
808            ALLOCATE( pnlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
809            pnlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
810         ENDIF
811         IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave    ) THEN
812            ALLOCATE( pdlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
813            pdlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
814         ENDIF
815         IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave    ) THEN
816            ALLOCATE( pdlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
817            pdlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
818         ENDIF
819         IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave   ) THEN
820            ALLOCATE( pdlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
821            pdlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
822         ENDIF
823         IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave   ) THEN
824            ALLOCATE( pdlimsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
825            pdlimsi3(:,:,: )  = 0.0 !!
826         ENDIF
827      ENDIF
828      !! lk_iomput
829
830   END SUBROUTINE bio_medusa_init
831
832#else
833   !!======================================================================
834   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
835   !!======================================================================
836CONTAINS
837   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine
838      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?'
839   END SUBROUTINE bio_medusa_init
840#endif 
841
842   !!======================================================================
843END MODULE bio_medusa_init_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.