source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_split_trcbiomedusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcini.F90 @ 8434

Last change on this file since 8434 was 8434, checked in by jpalmier, 4 years ago

JPALM — 11-08-2017 — MEDUSA cleaned and purged

File size: 10.7 KB
Line 
1MODULE trcini
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE trcini  ***
4   !! TOP :   Manage the passive tracer initialization
5   !!======================================================================
6   !! History :   -   ! 1991-03 (O. Marti)  original code
7   !!            1.0  ! 2005-03 (O. Aumont, A. El Moussaoui) F90
8   !!            2.0  ! 2005-10 (C. Ethe, G. Madec) revised architecture
9   !!            4.0  ! 2011-01 (A. R. Porter, STFC Daresbury) dynamical allocation
10   !!             -   ! 2014-06 (A. Yool, J. Palmieri) adding MEDUSA-2
11   !!----------------------------------------------------------------------
12#if defined key_top
13   !!----------------------------------------------------------------------
14   !!   'key_top'                                                TOP models
15   !!----------------------------------------------------------------------
16   !!   trc_init  :   Initialization for passive tracer
17   !!   top_alloc :   allocate the TOP arrays
18   !!----------------------------------------------------------------------
19   USE oce_trc         ! shared variables between ocean and passive tracers
20   USE trc             ! passive tracers common variables
21   USE trcrst          ! passive tracers restart
22   USE trcnam          ! Namelist read
23   USE trcini_cfc      ! CFC      initialisation
24   USE trcini_pisces   ! PISCES   initialisation
25   USE trcini_c14b     ! C14 bomb initialisation
26   USE trcini_age      ! AGE      initialisation
27   USE trcini_my_trc   ! MY_TRC   initialisation
28   USE trcini_idtra    ! idealize tracer initialisation
29   USE trcini_medusa   ! MEDUSA   initialisation
30   USE trcdta          ! initialisation from files
31   USE daymod          ! calendar manager
32   USE prtctl_trc      ! Print control passive tracers (prt_ctl_trc_init routine)
33   USE trcsub          ! variables to substep passive tracers
34   USE lib_mpp         ! distribued memory computing library
35   USE sbc_oce
36   USE trcice          ! tracers in sea ice
37 
38   IMPLICIT NONE
39   PRIVATE
40   
41   PUBLIC   trc_init   ! called by opa
42
43    !! * Substitutions
44#  include "domzgr_substitute.h90"
45   !!----------------------------------------------------------------------
46   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2011)
47   !! $Id$
48   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
49   !!----------------------------------------------------------------------
50CONTAINS
51   
52   SUBROUTINE trc_init
53      !!---------------------------------------------------------------------
54      !!                     ***  ROUTINE trc_init  ***
55      !!
56      !! ** Purpose :   Initialization of the passive tracer fields
57      !!
58      !! ** Method  : - read namelist
59      !!              - control the consistancy
60      !!              - compute specific initialisations
61      !!              - set initial tracer fields (either read restart
62      !!                or read data or analytical formulation
63      !!---------------------------------------------------------------------
64      INTEGER ::   jk, jn, jl    ! dummy loop indices
65      CHARACTER (len=25) :: charout
66      !!---------------------------------------------------------------------
67      !
68      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_start('trc_init')
69      !
70      IF(lwp) WRITE(numout,*)
71      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_init : initial set up of the passive tracers'
72      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~'
73
74      CALL top_alloc()              ! allocate TOP arrays
75
76      l_trcdm2dc = ln_dm2dc .OR. ( ln_cpl .AND. ncpl_qsr_freq /= 1 )
77      l_trcdm2dc = l_trcdm2dc  .AND. .NOT. lk_offline
78      IF( l_trcdm2dc .AND. lwp ) &
79         &   CALL ctl_warn(' Coupling with passive tracers and used of diurnal cycle. &
80         & Computation of a daily mean shortwave for some biogeochemical models) ')
81
82      IF( nn_cla == 1 )   &
83         &  CALL ctl_stop( ' Cross Land Advection not yet implemented with passive tracer ; nn_cla must be 0' )
84
85      CALL trc_nam      ! read passive tracers namelists
86      !
87      IF(lwp) WRITE(numout,*)
88      !
89      IF( ln_rsttr .AND. .NOT. lk_offline ) CALL trc_rst_cal( nit000, 'READ' )   ! calendar
90      !
91      IF(lwp) WRITE(numout,*)
92                                                              ! masked grid volume
93      !                                                              ! masked grid volume
94      DO jk = 1, jpk
95         cvol(:,:,jk) = e1e2t(:,:) * fse3t(:,:,jk) * tmask(:,:,jk)
96      END DO
97      IF( lk_degrad ) cvol(:,:,:) = cvol(:,:,:) * facvol(:,:,:)      ! degrad option: reduction by facvol
98      !                                                              ! total volume of the ocean
99      areatot = glob_sum( cvol(:,:,:) )
100
101      IF( lk_pisces  )       CALL trc_ini_pisces       ! PISCES  bio-model
102      IF( lk_cfc     )       CALL trc_ini_cfc          ! CFC     tracers
103      IF( lk_c14b    )       CALL trc_ini_c14b         ! C14 bomb  tracer
104      IF( lk_age     )       CALL trc_ini_age          ! AGE       tracer
105      IF( lk_my_trc  )       CALL trc_ini_my_trc       ! MY_TRC  tracers
106      IF( lk_idtra   )       CALL trc_ini_idtra        ! Idealize tracers
107      IF( lk_medusa  )       CALL trc_ini_medusa       ! MEDUSA  tracers
108
109      CALL trc_ice_ini                                 ! Tracers in sea ice
110
111      IF( ln_ctl ) THEN
112         !
113         IF (narea == 1) THEN 
114            ! The tracer.stat file only contains global tracer sum values, if
115            ! it contains anything at all. Hence it only needs to be opened
116            ! and written to on the master PE, not on all PEs. 
117            CALL ctl_opn( numstr, 'tracer.stat', 'REPLACE','FORMATTED',  & 
118                          'SEQUENTIAL', -1, numout, lwp , narea ) 
119         ENDIF 
120         !
121      ENDIF
122
123      IF( ln_trcdta ) THEN
124         CALL trc_dta_init(jptra)
125      ENDIF
126
127      IF( ln_rsttr ) THEN
128        !
129        CALL trc_rst_read              ! restart from a file
130        !
131      ELSE
132        !
133        IF( ln_trcdta .AND. nb_trcdta > 0 ) THEN  ! Initialisation of tracer from a file that may also be used for damping
134            !
135            DO jn = 1, jptra
136               IF( ln_trc_ini(jn) ) THEN      ! update passive tracers arrays with input data read from file
137                  jl = n_trc_index(jn) 
138                  CALL trc_dta( nit000, sf_trcdta(jl), rf_trfac(jl) )   ! read tracer data at nit000
139                  trn(:,:,:,jn) = sf_trcdta(jl)%fnow(:,:,:) 
140                  IF( .NOT.ln_trcdmp .AND. .NOT.ln_trcdmp_clo ) THEN      !== deallocate data structure   ==!
141                     !                                                    (data used only for initialisation)
142                     IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_dta: deallocate data arrays as they are only used to initialize the run'
143                                                  DEALLOCATE( sf_trcdta(jl)%fnow )     !  arrays in the structure
144                     IF( sf_trcdta(jl)%ln_tint )  DEALLOCATE( sf_trcdta(jl)%fdta )
145                     !
146                  ENDIF
147               ENDIF
148            ENDDO
149            !
150        ENDIF
151        !
152        trb(:,:,:,:) = trn(:,:,:,:)
153        !
154      ENDIF
155 
156      tra(:,:,:,:) = 0._wp
157      !
158      IF( nn_dttrc /= 1 )        CALL trc_sub_ini      ! Initialize variables for substepping passive tracers
159      !
160
161      trai(:) = 0._wp                                                   ! initial content of all tracers
162      DO jn = 1, jptra
163         trai(jn) = trai(jn) + glob_sum( trn(:,:,:,jn) * cvol(:,:,:)   )
164      END DO
165
166      IF(lwp) THEN               ! control print
167         WRITE(numout,*)
168         WRITE(numout,*)
169         WRITE(numout,*) '          *** Total number of passive tracer jptra = ', jptra
170         WRITE(numout,*) '          *** Total volume of ocean                = ', areatot
171         WRITE(numout,*) '          *** Total inital content of all tracers '
172         WRITE(numout,*)
173# if defined key_debug_medusa
174         CALL flush(numout)
175# endif
176         !
177# if defined key_debug_medusa
178         WRITE(numout,*) ' litle check :  ', ctrcnm(1)
179         CALL flush(numout)
180# endif
181         DO jn = 1, jptra
182            WRITE(numout,9000) jn, TRIM( ctrcnm(jn) ), trai(jn)
183         ENDDO
184         WRITE(numout,*)
185      ENDIF
186      IF(lwp) WRITE(numout,*)
187      IF(ln_ctl) THEN            ! print mean trends (used for debugging)
188         CALL prt_ctl_trc_init
189         WRITE(charout, FMT="('ini ')")
190         CALL prt_ctl_trc_info( charout )
191         CALL prt_ctl_trc( tab4d=trn, mask=tmask, clinfo=ctrcnm )
192      ENDIF
193
194      IF(lwp) WRITE(numout,*)
195      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_init : passive tracer set up completed'
196      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~'
197      IF(lwp) CALL flush(numout)
198# if defined key_debug_medusa
199         CALL trc_rst_stat
200         CALL flush(numout)
201# endif
202
2039000  FORMAT(' tracer nb : ',i2,'      name :',a10,'      initial content :',e18.10)
204      !
205      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_stop('trc_init')
206      !
207   END SUBROUTINE trc_init
208
209
210   SUBROUTINE top_alloc
211      !!----------------------------------------------------------------------
212      !!                     ***  ROUTINE top_alloc  ***
213      !!
214      !! ** Purpose :   Allocate all the dynamic arrays of the OPA modules
215      !!----------------------------------------------------------------------
216      USE trcadv        , ONLY:   trc_adv_alloc          ! TOP-related alloc routines...
217      USE trc           , ONLY:   trc_alloc
218      USE trcnxt        , ONLY:   trc_nxt_alloc
219      USE trczdf        , ONLY:   trc_zdf_alloc
220      USE trdtrc_oce    , ONLY:   trd_trc_oce_alloc
221#if defined key_trdmxl_trc 
222      USE trdmxl_trc    , ONLY:   trd_mxl_trc_alloc
223#endif
224# if defined key_medusa
225      USE bio_medusa_mod, ONLY:   bio_medusa_alloc
226# endif
227
228      !
229      INTEGER :: ierr
230      !!----------------------------------------------------------------------
231      !
232      ierr =        trc_adv_alloc()          ! Start of TOP-related alloc routines...
233      ierr = ierr + trc_alloc    ()
234      ierr = ierr + trc_nxt_alloc()
235      ierr = ierr + trc_zdf_alloc()
236      ierr = ierr + trd_trc_oce_alloc()
237#if defined key_trdmxl_trc 
238      ierr = ierr + trd_mxl_trc_alloc()
239#endif
240#if defined key_medusa
241      ierr = ierr + bio_medusa_alloc()
242#endif
243      !
244      IF( lk_mpp    )   CALL mpp_sum( ierr )
245      IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'top_alloc : unable to allocate standard ocean arrays' )
246      !
247   END SUBROUTINE top_alloc
248
249#else
250   !!----------------------------------------------------------------------
251   !!  Empty module :                                     No passive tracer
252   !!----------------------------------------------------------------------
253CONTAINS
254   SUBROUTINE trc_init                      ! Dummy routine   
255   END SUBROUTINE trc_init
256#endif
257
258   !!======================================================================
259END MODULE trcini
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.