New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
bio_medusa_init.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_key_comp/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_key_comp/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90 @ 9991

Last change on this file since 9991 was 9991, checked in by frrh, 6 years ago

Fixes to allow MEDUSA to compile with C1D without
the need for multiple (apparently) unrelated CPP keys
merely to satisfy spurious code interdependencies.

File size: 32.6 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_init_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_init  ***
4   !! Initialisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Add slow-sinking detrius variables
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_init    ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_init( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_init  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - zeroes arrays used in TRC_BIO_MEDUSA
33      !!  - sets up the arrays needed for the diagnostics
34      !!----------------------------------------------------------------------
35      USE bio_medusa_mod
36      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk
37      USE sms_medusa,        ONLY: jdms
38      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000 
39      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
40
41      USE iom,               ONLY: lk_iomput
42      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa
43
44      IMPLICIT NONE 
45
46      !! time (integer timestep)
47      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
48
49      IF( ln_diatrc ) THEN
50         IF (lwp) write (numout,*) 'Diagnostics are now ALL through XIOS (key_xios)'
51         IF (lwp) write (numout,*) 'No more key_diatrc anymore.'
52      ENDIF
53
54      !!----------------------------------------------------------------------
55      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields
56      !!----------------------------------------------------------------------
57      !!
58      ffastn(:,:)  = 0.0        !! organic nitrogen
59      ffastsi(:,:) = 0.0        !! biogenic silicon
60      ffastfe(:,:) = 0.0        !! organic iron
61      ffastc(:,:)  = 0.0        !! organic carbon
62      ffastca(:,:) = 0.0        !! biogenic calcium carbonate
63      !!
64      fsedn(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of N
65      fsedsi(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Si
66      fsedfe(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Fe
67      fsedc(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of C
68      fsedca(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of CaCO3
69      !!
70      fregenfast(:,:)   = 0.0   !! integrated  N regeneration (fast detritus)
71      fregenfastsi(:,:) = 0.0   !! integrated Si regeneration (fast detritus)
72# if defined key_roam
73      fregenfastc(:,:)  = 0.0   !! integrated  C regeneration (fast detritus)
74# endif
75      !!
76      fccd(:,:)    = 0.0        !! last depth level before CCD
77
78      !!----------------------------------------------------------------------
79      !! blank nutrient/flux inventories
80      !!----------------------------------------------------------------------
81      !!
82      fflx_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen flux total
83      fflx_si(:,:) = 0.0        !! silicon  flux total
84      fflx_fe(:,:) = 0.0        !! iron     flux total
85      fifd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus production
86      fifd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus production
87      fifd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus production
88      fofd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus remineralisation
89      fofd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus remineralisation
90      fofd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus remineralisation
91# if defined key_roam
92      fflx_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     flux total
93      fflx_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity flux total
94      fflx_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     flux total
95      ftot_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     inventory
96      ftot_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity inventory
97      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory
98      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production
99! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17
100!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production
101!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production
102      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation
103! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17
104!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation
105!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation
106      !!
107      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production
108      fnit_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen consumption
109      fsil_prod(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon production
110      fsil_cons(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon consumption
111      fcar_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon production
112      fcar_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon consumption
113      !!
114      foxy_prod(:,:) = 0.0      !! oxygen production
115      foxy_cons(:,:) = 0.0      !! oxygen consumption
116      foxy_anox(:,:) = 0.0      !! unrealised oxygen consumption
117      !!
118# endif
119      ftot_n(:,:)   = 0.0       !! N inventory
120      ftot_si(:,:)  = 0.0       !! Si inventory
121      ftot_fe(:,:)  = 0.0       !! Fe inventory
122      ftot_pn(:,:)  = 0.0       !! integrated non-diatom phytoplankton
123      ftot_pd(:,:)  = 0.0       !! integrated diatom     phytoplankton
124      ftot_zmi(:,:) = 0.0       !! integrated microzooplankton
125      ftot_zme(:,:) = 0.0       !! integrated mesozooplankton
126      ftot_det(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, nitrogen
127      ftot_dtc(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, carbon
128      !!
129      fzmi_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by microzooplankton
130      fzmi_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
131      fzme_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by  mesozooplankton
132      fzme_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
133      !!
134      f_sbenin_n(:,:)  = 0.0    !! slow detritus N  -> benthic pool
135      f_sbenin_fe(:,:) = 0.0    !! slow detritus Fe -> benthic pool
136      f_sbenin_c(:,:)  = 0.0    !! slow detritus C  -> benthic pool
137      f_fbenin_n(:,:)  = 0.0    !! fast detritus N  -> benthic pool
138      f_fbenin_fe(:,:) = 0.0    !! fast detritus Fe -> benthic pool
139      f_fbenin_si(:,:) = 0.0    !! fast detritus Si -> benthic pool
140      f_fbenin_c(:,:)  = 0.0    !! fast detritus C  -> benthic pool
141      f_fbenin_ca(:,:) = 0.0    !! fast detritus Ca -> benthic pool
142      !!
143      f_benout_n(:,:)  = 0.0    !! benthic N  pool  -> dissolved
144      f_benout_fe(:,:) = 0.0    !! benthic Fe pool  -> dissolved
145      f_benout_si(:,:) = 0.0    !! benthic Si pool  -> dissolved
146      f_benout_c(:,:)  = 0.0    !! benthic C  pool  -> dissolved
147      f_benout_ca(:,:) = 0.0    !! benthic Ca pool  -> dissolved
148      !!
149      f_benout_lyso_ca(:,:) = 0.0 !! benthic Ca pool  -> dissolved (when it shouldn't!)
150      !!
151      f_runoff(:,:)  = 0.0      !! riverine runoff
152      f_riv_n(:,:)   = 0.0      !! riverine N   input
153      f_riv_si(:,:)  = 0.0      !! riverine Si  input
154      f_riv_c(:,:)   = 0.0      !! riverine C   input
155      f_riv_alk(:,:) = 0.0      !! riverine alk input
156      !!
157      !! Jpalm -- 06-03-2017 -- Forgotten var to init
158      f_omarg(:,:) = 0.0        !!
159      f_omcal(:,:) = 0.0 
160      xFree(:,:) = 0.0          !! state variables for iron-ligand system
161      fcomm_resp(:,:) = 0.0 
162      fprn_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
163      fprd_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
164      !! AXY (16/08/17)
165      fchl_ml(:,:) = 0.0   !! mixed layer chlorophyll diagnostics
166      !!
167      fslownflux(:,:) = 0.0 
168      fslowcflux(:,:) = 0.0 
169      !!
170      !! JPALM -- 21-09-2017 -- needed to debug air-sea carb
171      f_xco2a(:,:)  = 0.0
172      f_pco2w(:,:)  = 0.0
173      f_ph(:,:)     = 0.0
174      f_kw660(:,:)  = 0.0
175      ztmp(:,:)  = 0.0
176      zsal(:,:)  = 0.0
177      zalk(:,:)  = 0.0
178      zdic(:,:)  = 0.0
179      zsil(:,:)  = 0.0
180# if defined key_mocsy
181      ! zpho is only defined if key_mocsy
182      ! is active, so we must protect this
183      ! initialisation accordingly.
184      zpho(:,:)  = 0.0
185# endif
186      f_co2flux(:,:)  = 0.0 
187      f_pco2atm(:,:)  = 0.0
188      f_h2co3(:,:)    = 0.0
189      f_hco3(:,:)     = 0.0
190      f_co3(:,:)      = 0.0
191      f_omarg(:,:)    = 0.0
192      f_omcal(:,:)    = 0.0
193      !!
194      !! AXY (08/08/17): zero slow detritus fluxes
195      fslowsink(:,:)  = 0.0
196# if defined key_roam
197      fslowsinkc(:,:) = 0.0
198# endif     
199      !!
200      !! allocate and initiate 2D diag
201      !! -----------------------------
202      !! Juju :: add kt condition !!
203      IF ( lk_iomput ) THEN 
204
205         !! initialise iom_use test
206         IF ( kt == nittrc000 )   CALL trc_nam_iom_medusa 
207
208         ALLOCATE( zw2d(1:jpi, 1:jpj) )
209         zw2d(:,:)      = 0.0   !!
210         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
211            ALLOCATE( fprn2d(1:jpi, 1:jpj) )
212            fprn2d(:,:)      = 0.0 !!
213         ENDIF
214         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
215            ALLOCATE( fdpn2d(1:jpi, 1:jpj) )
216            fdpn2d(:,:)      = 0.0 !!
217         ENDIF
218         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
219            ALLOCATE( fprd2d(1:jpi, 1:jpj) )
220            fprd2d(:,:)      = 0.0 !!
221         ENDIF
222         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
223            ALLOCATE( fdpd2d(1:jpi, 1:jpj) )
224            fdpd2d(:,:)      = 0.0 !!
225         ENDIF
226         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
227            ALLOCATE( fprds2d(1:jpi, 1:jpj) )
228            fprds2d(:,:)      = 0.0 !!
229         ENDIF
230         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
231            ALLOCATE( fsdiss2d(1:jpi, 1:jpj) )
232            fsdiss2d(:,:)      = 0.0 !!
233         ENDIF
234         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
235            ALLOCATE( fgmipn2d(1:jpi, 1:jpj) )
236            fgmipn2d(:,:)      = 0.0 !!
237         ENDIF
238         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
239            ALLOCATE( fgmid2d(1:jpi, 1:jpj) )
240            fgmid2d(:,:)      = 0.0 !!
241         ENDIF
242         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
243            ALLOCATE( fdzmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
244            fdzmi2d(:,:)      = 0.0 !!
245         ENDIF
246         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
247            ALLOCATE( fgmepn2d(1:jpi, 1:jpj) )
248            fgmepn2d(:,:)      = 0.0 !!
249         ENDIF
250         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
251            ALLOCATE( fgmepd2d(1:jpi, 1:jpj) )
252            fgmepd2d(:,:)      = 0.0 !!
253         ENDIF
254         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
255            ALLOCATE( fgmezmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
256            fgmezmi2d(:,:)      = 0.0 !!
257         ENDIF
258         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
259            ALLOCATE( fgmed2d(1:jpi, 1:jpj) )
260            fgmed2d(:,:)      = 0.0 !!
261         ENDIF
262         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
263            ALLOCATE( fdzme2d(1:jpi, 1:jpj) )
264            fdzme2d(:,:)      = 0.0 !!
265         ENDIF
266         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
267            ALLOCATE( fslown2d(1:jpi, 1:jpj) )
268            fslown2d(:,:)      = 0.0 !!
269         ENDIF
270         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
271            ALLOCATE( fdd2d(1:jpi, 1:jpj) )
272            fdd2d(:,:)      = 0.0 !!
273         ENDIF     
274         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
275            ALLOCATE( ffetop2d(1:jpi, 1:jpj) )
276            ffetop2d(:,:)      = 0.0 !!
277         ENDIF
278         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
279            ALLOCATE( ffebot2d(1:jpi, 1:jpj) )
280            ffebot2d(:,:)      = 0.0 !!
281         ENDIF
282         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
283            ALLOCATE( ffescav2d(1:jpi, 1:jpj) )
284            ffescav2d(:,:)      = 0.0 !!
285         ENDIF
286         IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
287            ALLOCATE( fjln2d(1:jpi, 1:jpj) )
288            fjln2d(:,:)      = 0.0 !!
289         ENDIF
290         IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
291            ALLOCATE( fnln2d(1:jpi, 1:jpj) )
292            fnln2d(:,:)      = 0.0 !!
293         ENDIF
294         IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
295            ALLOCATE( ffln2d(1:jpi, 1:jpj) )
296            ffln2d(:,:)      = 0.0 !!
297         ENDIF
298         IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
299            ALLOCATE( fjld2d(1:jpi, 1:jpj) )
300            fjld2d(:,:)      = 0.0 !!
301         ENDIF
302         IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
303            ALLOCATE( fnld2d(1:jpi, 1:jpj) )
304            fnld2d(:,:)      = 0.0 !!
305         ENDIF
306         IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
307            ALLOCATE( ffld2d(1:jpi, 1:jpj) )
308            ffld2d(:,:)      = 0.0 !!
309         ENDIF
310         IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
311            ALLOCATE( fsld2d2(1:jpi, 1:jpj) )
312            fsld2d2(:,:)      = 0.0 !!
313         ENDIF
314         IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
315            ALLOCATE( fsld2d(1:jpi, 1:jpj) )
316            fsld2d(:,:)      = 0.0 !!
317         ENDIF
318!!
319!! skip SDT_XXXX diagnostics here
320!!
321         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
322            ALLOCATE( fregen2d(1:jpi, 1:jpj) )
323            fregen2d(:,:)      = 0.0 !!
324         ENDIF
325         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
326            ALLOCATE( fregensi2d(1:jpi, 1:jpj) )
327            fregensi2d(:,:)      = 0.0 !!
328         ENDIF
329!!
330!! skip REG_XXXX diagnostics here
331!!
332         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
333            ALLOCATE( ftempn2d(1:jpi, 1:jpj) )
334            ftempn2d(:,:)      = 0.0 !!
335         ENDIF
336         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
337            ALLOCATE( ftempsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
338            ftempsi2d(:,:)      = 0.0 !!
339         ENDIF
340         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
341            ALLOCATE( ftempfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
342            ftempfe2d(:,:)      = 0.0 !!
343         ENDIF
344         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
345            ALLOCATE( ftempc2d(1:jpi, 1:jpj) )
346            ftempc2d(:,:)      = 0.0 !!
347         ENDIF
348         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
349            ALLOCATE( ftempca2d(1:jpi, 1:jpj) )
350            ftempca2d(:,:)      = 0.0 !!
351         ENDIF     
352!!
353!! skip FDT_XXXX, RG_XXXXF, FDS_XXXX, RGS_XXXXF diagnostics here
354!!
355         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
356            ALLOCATE( freminn2d(1:jpi, 1:jpj) )
357            freminn2d(:,:)      = 0.0 !!
358         ENDIF
359         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
360            ALLOCATE( freminsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
361            freminsi2d(:,:)      = 0.0 !!
362         ENDIF
363         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
364            ALLOCATE( freminfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
365            freminfe2d(:,:)      = 0.0 !!
366         ENDIF
367         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
368            ALLOCATE( freminc2d(1:jpi, 1:jpj) )
369            freminc2d(:,:)      = 0.0 !!
370         ENDIF
371         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
372            ALLOCATE( freminca2d(1:jpi, 1:jpj) )
373            freminca2d(:,:)      = 0.0 !!
374         ENDIF
375
376# if defined key_roam
377!!
378!! skip SEAFLRXX, MED_XXXX, INTFLX_XX, INT_XX, ML_XXX, OCAL_XXX, FE_XXXX, MED_XZE, WIND diagnostics here
379!!
380         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
381            ALLOCATE( ffastca2d(1:jpi, 1:jpj) )
382            ffastca2d(:,:)      = 0.0 !!
383         ENDIF
384
385         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
386            ALLOCATE( f_pco2a2d(1:jpi, 1:jpj) )
387            f_pco2a2d(:,:)      = 0.0 !!
388         ENDIF
389!!
390!! skip OCN_PH diagnostic here
391!!
392         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
393            ALLOCATE( f_pco2w2d(1:jpi, 1:jpj) )
394            f_pco2w2d(:,:)      = 0.0 !!
395         ENDIF
396!!
397!! skip OCNH2CO3, OCN_HCO3, OCN_CO3 diagnostics here
398!!
399         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
400            ALLOCATE( f_co2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
401            f_co2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
402         ENDIF
403!!
404!! skip OM_XXX diagnostics here
405!!
406         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
407            ALLOCATE( f_TDIC2d(1:jpi, 1:jpj) )
408            f_TDIC2d(:,:)      = 0.0 !!
409         ENDIF
410         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
411            ALLOCATE( f_TALK2d(1:jpi, 1:jpj) )
412            f_TALK2d(:,:)      = 0.0 !!
413         ENDIF
414         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
415            ALLOCATE( f_kw6602d(1:jpi, 1:jpj) )
416            f_kw6602d(:,:)      = 0.0 !!
417         ENDIF
418         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
419            ALLOCATE( f_pp02d(1:jpi, 1:jpj) )
420            f_pp02d(:,:)      = 0.0 !!
421         ENDIF
422         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
423            ALLOCATE( f_o2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
424            f_o2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
425         ENDIF
426         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
427            ALLOCATE( f_o2sat2d(1:jpi, 1:jpj) )
428            f_o2sat2d(:,:)      = 0.0 !!
429         ENDIF 
430!!
431!! skip XXX_CCD diagnostics here
432!!
433         IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
434            ALLOCATE( sfr_ocal2d(1:jpi, 1:jpj) )
435            sfr_ocal2d(:,:)      = 0.0 !!
436         ENDIF
437         IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
438            ALLOCATE( sfr_oarg2d(1:jpi, 1:jpj) )
439            sfr_oarg2d(:,:)      = 0.0 !!
440         ENDIF
441!!
442!! skip XX_PROD, XX_CONS, O2_ANOX, RR_XXXX diagnostics here
443!!
444         IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
445            ALLOCATE( iben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
446            iben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
447         ENDIF
448         IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
449            ALLOCATE( iben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
450            iben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
451         ENDIF
452         IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
453            ALLOCATE( iben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
454            iben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
455         ENDIF
456         IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
457            ALLOCATE( iben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
458            iben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
459         ENDIF
460         IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
461            ALLOCATE( iben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
462            iben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
463         ENDIF
464         IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
465            ALLOCATE( oben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
466            oben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
467         ENDIF
468         IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
469            ALLOCATE( oben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
470            oben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
471         ENDIF
472         IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
473            ALLOCATE( oben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
474            oben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
475         ENDIF
476         IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
477            ALLOCATE( oben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
478            oben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
479         ENDIF
480         IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
481            ALLOCATE( oben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
482            oben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
483         ENDIF
484!!
485!! skip BEN_XX diagnostics here
486!!
487
488         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
489            ALLOCATE( rivn2d(1:jpi, 1:jpj) )
490            rivn2d(:,:)      = 0.0 !!
491         ENDIF
492         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
493            ALLOCATE( rivsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
494            rivsi2d(:,:)      = 0.0 !!
495         ENDIF
496         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
497            ALLOCATE( rivc2d(1:jpi, 1:jpj) )
498            rivc2d(:,:)      = 0.0 !!
499         ENDIF
500         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
501            ALLOCATE( rivalk2d(1:jpi, 1:jpj) )
502            rivalk2d(:,:)      = 0.0 !!
503         ENDIF
504         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
505            ALLOCATE( fslowc2d(1:jpi, 1:jpj) )
506            fslowc2d(:,:)      = 0.0 !!
507         ENDIF 
508!!
509!! skip SDC_XXXX, INVTXXX diagnostics here
510!!
511         IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
512            ALLOCATE( lyso_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
513            lyso_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
514         ENDIF
515!!
516!! skip COM_RESP diagnostic here
517!!
518         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
519            ALLOCATE( fdpn22d(1:jpi, 1:jpj) )
520            fdpn22d(:,:)      = 0.0 !!
521         ENDIF
522         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
523            ALLOCATE( fdpd22d(1:jpi, 1:jpj) )
524            fdpd22d(:,:)      = 0.0 !!
525         ENDIF
526         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
527            ALLOCATE( fdzmi22d(1:jpi, 1:jpj) )
528            fdzmi22d(:,:)      = 0.0 !!
529         ENDIF
530         IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
531            ALLOCATE( fdzme22d(1:jpi, 1:jpj) )
532            fdzme22d(:,:)      = 0.0 !!
533         ENDIF
534         IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN   
535            ALLOCATE( zimesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
536            zimesn2d(:,:)      = 0.0 !!
537         ENDIF
538         IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
539            ALLOCATE( zimesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
540            zimesd2d(:,:)      = 0.0 !!
541         ENDIF
542         IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
543            ALLOCATE( zimesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
544            zimesc2d(:,:)      = 0.0 !!
545         ENDIF
546         IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
547            ALLOCATE( zimesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
548            zimesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
549         ENDIF
550         IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
551            ALLOCATE( ziexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
552            ziexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
553         ENDIF
554         IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
555            ALLOCATE( ziresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
556            ziresp2d(:,:)      = 0.0 !!
557         ENDIF
558         IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
559            ALLOCATE( zigrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
560            zigrow2d(:,:)      = 0.0 !!
561         ENDIF
562         IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
563            ALLOCATE( zemesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
564            zemesn2d(:,:)      = 0.0 !!
565         ENDIF
566         IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
567            ALLOCATE( zemesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
568            zemesd2d(:,:)      = 0.0 !!
569         ENDIF
570         IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
571            ALLOCATE( zemesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
572            zemesc2d(:,:)      = 0.0 !!
573         ENDIF
574         IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
575            ALLOCATE( zemesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
576            zemesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
577         ENDIF
578         IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
579            ALLOCATE( zeexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
580            zeexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
581         ENDIF                 
582         IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
583            ALLOCATE( zeresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
584            zeresp2d(:,:)      = 0.0 !!
585         ENDIF
586         IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
587            ALLOCATE( zegrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
588            zegrow2d(:,:)      = 0.0 !!
589         ENDIF
590         IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
591            ALLOCATE( mdetc2d(1:jpi, 1:jpj) )
592            mdetc2d(:,:)      = 0.0 !!
593         ENDIF
594         IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
595            ALLOCATE( gmidc2d(1:jpi, 1:jpj) )
596            gmidc2d(:,:)      = 0.0 !!
597         ENDIF
598         IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
599            ALLOCATE( gmedc2d(1:jpi, 1:jpj) )
600            gmedc2d(:,:)      = 0.0 !!
601         ENDIF
602!!
603!! skip INT_XXX diagnostics here
604!!
605         IF (jdms .eq. 1) THEN
606            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
607               ALLOCATE( dms_surf2d(1:jpi, 1:jpj) )
608               dms_surf2d(:,:)      = 0.0 !!
609            ENDIF
610            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
611               ALLOCATE( dms_andr2d(1:jpi, 1:jpj) )
612               dms_andr2d(:,:)      = 0.0 !!
613            ENDIF
614            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
615               ALLOCATE( dms_simo2d(1:jpi, 1:jpj) )
616               dms_simo2d(:,:)      = 0.0 !!
617            ENDIF
618            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
619               ALLOCATE( dms_aran2d(1:jpi, 1:jpj) )
620               dms_aran2d(:,:)      = 0.0 !!
621            ENDIF
622            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
623               ALLOCATE( dms_hall2d(1:jpi, 1:jpj) )
624               dms_hall2d(:,:)      = 0.0 !!
625            ENDIF
626            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
627               ALLOCATE( dms_andm2d(1:jpi, 1:jpj) )
628               dms_andm2d(:,:)      = 0.0 !!
629            ENDIF
630         ENDIF   
631         !!
632         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics, 2D
633         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
634            ALLOCATE( f_xco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
635            f_xco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
636         ENDIF
637         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
638            ALLOCATE( f_fco2w_2d(1:jpi, 1:jpj) )
639            f_fco2w_2d(:,:)      = 0.0 !!
640         ENDIF
641         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
642            ALLOCATE( f_fco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
643            f_fco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
644         ENDIF
645         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
646            ALLOCATE( f_ocnrhosw_2d(1:jpi, 1:jpj) )
647            f_ocnrhosw_2d(:,:)      = 0.0 !!
648         ENDIF
649         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
650            ALLOCATE( f_ocnschco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
651            f_ocnschco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
652         ENDIF
653         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
654            ALLOCATE( f_ocnkwco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
655            f_ocnkwco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
656         ENDIF
657         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
658            ALLOCATE( f_ocnk0_2d(1:jpi, 1:jpj) )
659            f_ocnk0_2d(:,:)      = 0.0 !!
660         ENDIF
661         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
662            ALLOCATE( f_co2starair_2d(1:jpi, 1:jpj) )
663            f_co2starair_2d(:,:)      = 0.0 !!
664         ENDIF
665         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
666            ALLOCATE( f_ocndpco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
667            f_ocndpco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
668         ENDIF
669# endif 
670         IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
671            ALLOCATE( tpp3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
672            tpp3d(:,:,:)      = 0.0 !!
673         ENDIF
674         IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
675            ALLOCATE( detflux3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
676            detflux3d(:,:,:)      = 0.0 !!
677         ENDIF
678         IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
679             ALLOCATE( remin3dn(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
680             remin3dn(:,:,:)      = 0.0 !!
681         ENDIF
682         !!
683         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 2D
684         !! JPALM -- 17-11-16 -- put fgco2 alloc out of diag request
685         !!                   needed for coupling/passed through restart
686         !! IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
687            ALLOCATE( fgco2(1:jpi, 1:jpj) )
688            fgco2(:,:)      = 0.0 !!
689         !! ENDIF
690         IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
691            ALLOCATE( intdissic(1:jpi, 1:jpj) )
692            intdissic(:,:)  = 0.0 !!
693         ENDIF         
694         IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
695            ALLOCATE( intdissin(1:jpi, 1:jpj) )
696            intdissin(:,:)  = 0.0 !!
697         ENDIF         
698         IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
699            ALLOCATE( intdissisi(1:jpi, 1:jpj) )
700            intdissisi(:,:)  = 0.0 !!
701         ENDIF         
702         IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
703            ALLOCATE( inttalk(1:jpi, 1:jpj) )
704            inttalk(:,:)  = 0.0 !!
705         ENDIF         
706         IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
707            ALLOCATE( o2min(1:jpi, 1:jpj) )
708            o2min(:,:)  = 1.e3 !! set to high value as we're looking for min(o2)
709         ENDIF         
710         IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
711            ALLOCATE( zo2min(1:jpi, 1:jpj) )
712            zo2min(:,:)  = 0.0 !!
713         ENDIF         
714         IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave  ) THEN
715            ALLOCATE( fbddtalk(1:jpi, 1:jpj) )
716            fbddtalk(:,:)  = 0.0 !!
717         ENDIF
718         IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave  ) THEN
719            ALLOCATE( fbddtdic(1:jpi, 1:jpj) )
720            fbddtdic(:,:)  = 0.0 !!
721         ENDIF
722         IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
723            ALLOCATE( fbddtdife(1:jpi, 1:jpj) )
724            fbddtdife(:,:) = 0.0 !!
725         ENDIF
726         IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave  ) THEN
727            ALLOCATE( fbddtdin(1:jpi, 1:jpj) )
728            fbddtdin(:,:)  = 0.0 !!
729         ENDIF
730         IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
731            ALLOCATE( fbddtdisi(1:jpi, 1:jpj) )
732            fbddtdisi(:,:) = 0.0 !!
733         ENDIF
734         !!
735         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 3D
736         IF( med_diag%TPPD3%dgsave     ) THEN
737            ALLOCATE( tppd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
738            tppd3(:,:,:)     = 0.0 !!
739         ENDIF
740         IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave  ) THEN
741            ALLOCATE( bddtalk3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
742            bddtalk3(:,:,:)  = 0.0 !!
743         ENDIF
744         IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave  ) THEN
745            ALLOCATE( bddtdic3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
746            bddtdic3(:,:,:)  = 0.0 !!
747         ENDIF
748         IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
749            ALLOCATE( bddtdife3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
750            bddtdife3(:,:,:) = 0.0 !!
751         ENDIF
752         IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave  ) THEN
753            ALLOCATE( bddtdin3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
754            bddtdin3(:,:,:)  = 0.0 !!
755         ENDIF
756         IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
757            ALLOCATE( bddtdisi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
758            bddtdisi3(:,:,:) = 0.0 !!
759         ENDIF
760         IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave   ) THEN
761            ALLOCATE( fd_nit3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
762            fd_nit3(:,:,:)   = 0.0 !!
763         ENDIF
764         IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave   ) THEN
765            ALLOCATE( fd_sil3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
766            fd_sil3(:,:,:)   = 0.0 !!
767         ENDIF
768         IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave   ) THEN
769            ALLOCATE( fd_car3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
770            fd_car3(:,:,:)   = 0.0 !!
771         ENDIF
772         IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave   ) THEN
773            ALLOCATE( fd_cal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
774            fd_cal3(:,:,:)   = 0.0 !!
775         ENDIF
776         IF( med_diag%DCALC3%dgsave    ) THEN
777            ALLOCATE( dcalc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
778            dcalc3(:,:,: )   = 0.0 !!
779         ENDIF
780         IF( med_diag%EXPC3%dgsave     ) THEN
781            ALLOCATE( expc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
782            expc3(:,:,: )    = 0.0 !!
783         ENDIF
784         IF( med_diag%EXPN3%dgsave     ) THEN
785            ALLOCATE( expn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
786            expn3(:,:,: )    = 0.0 !!
787         ENDIF
788         IF( med_diag%FEDISS3%dgsave   ) THEN
789            ALLOCATE( fediss3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
790            fediss3(:,:,: )  = 0.0 !!
791         ENDIF
792         IF( med_diag%FESCAV3%dgsave   ) THEN
793            ALLOCATE( fescav3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
794            fescav3(:,:,: )  = 0.0 !!
795         ENDIF
796         IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave   ) THEN
797            ALLOCATE( migrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
798            migrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
799         ENDIF
800         IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave   ) THEN
801            ALLOCATE( migrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
802            migrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
803         ENDIF
804         IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave   ) THEN
805            ALLOCATE( megrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
806            megrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
807         ENDIF
808         IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave   ) THEN
809            ALLOCATE( megrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
810            megrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
811         ENDIF
812         IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave   ) THEN
813            ALLOCATE( megrazz3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
814            megrazz3(:,:,: )  = 0.0 !!
815         ENDIF
816         IF( med_diag%O2SAT3%dgsave     ) THEN
817            ALLOCATE( o2sat3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
818            o2sat3(:,:,: )    = 0.0 !!
819         ENDIF
820         IF( med_diag%PBSI3%dgsave      ) THEN
821            ALLOCATE( pbsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
822            pbsi3(:,:,: )     = 0.0 !!
823         ENDIF
824         IF( med_diag%PCAL3%dgsave      ) THEN
825            ALLOCATE( pcal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
826            pcal3(:,:,: )     = 0.0 !!
827         ENDIF
828         IF( med_diag%REMOC3%dgsave     ) THEN
829            ALLOCATE( remoc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
830            remoc3(:,:,: )    = 0.0 !!
831         ENDIF
832         IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave    ) THEN
833            ALLOCATE( pnlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
834            pnlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
835         ENDIF
836         IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave    ) THEN
837            ALLOCATE( pnlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
838            pnlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
839         ENDIF
840         IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave   ) THEN
841            ALLOCATE( pnlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
842            pnlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
843         ENDIF
844         IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave    ) THEN
845            ALLOCATE( pdlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
846            pdlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
847         ENDIF
848         IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave    ) THEN
849            ALLOCATE( pdlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
850            pdlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
851         ENDIF
852         IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave   ) THEN
853            ALLOCATE( pdlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
854            pdlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
855         ENDIF
856         IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave   ) THEN
857            ALLOCATE( pdlimsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
858            pdlimsi3(:,:,: )  = 0.0 !!
859         ENDIF
860      ENDIF
861      !! lk_iomput
862
863   END SUBROUTINE bio_medusa_init
864
865#else
866   !!======================================================================
867   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
868   !!======================================================================
869CONTAINS
870   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine
871      IMPLICIT NONE
872      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?'
873   END SUBROUTINE bio_medusa_init
874#endif 
875
876   !!======================================================================
877END MODULE bio_medusa_init_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.