source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90 @ 8441

Last change on this file since 8441 was 8441, checked in by frrh, 4 years ago

Commit changes relating to Met Office GMED ticket 339 for the modularisation of
of trcbio_medusa.F90.

Branch http://fcm3/projects/NEMO.xm/log/branches/NERC/dev_r5518_GO6_split_trcbiomedusa
from revisions 8394 to 8423 inclusive refer.

File size: 31.7 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_init_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_init  ***
4   !! Initialisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_medusa
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!                                                   MEDUSA bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13
14   IMPLICIT NONE
15   PRIVATE
16     
17   PUBLIC   bio_medusa_init    ! Called in trcbio_medusa.F90
18
19   !!----------------------------------------------------------------------
20   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
21   !! $Id$
22   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
23   !!----------------------------------------------------------------------
24
25CONTAINS
26
27   SUBROUTINE bio_medusa_init( kt )
28      !!---------------------------------------------------------------------
29      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_init  ***
30      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
31      !!  - zeroes arrays used in TRC_BIO_MEDUSA
32      !!  - sets up the arrays needed for the diagnostics
33      !!----------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod
35      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj, jpk
36      USE sms_medusa,        ONLY: jdms
37      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000,     &
38                                   trc2d, trc3d
39
40# if defined key_iomput
41      USE iom,               ONLY: lk_iomput, numout
42      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa
43# endif
44
45      !! time (integer timestep)
46      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
47
48      IF( ln_diatrc ) THEN
49         !! blank 2D diagnostic array
50         trc2d(:,:,:) = 0.e0
51         !!
52         !! blank 3D diagnostic array
53         trc3d(:,:,:,:) = 0.e0
54      ENDIF
55
56      !!----------------------------------------------------------------------
57      !! Zero fast-sinking detritus 2D fields
58      !!----------------------------------------------------------------------
59      !!
60      ffastn(:,:)  = 0.0        !! organic nitrogen
61      ffastsi(:,:) = 0.0        !! biogenic silicon
62      ffastfe(:,:) = 0.0        !! organic iron
63      ffastc(:,:)  = 0.0        !! organic carbon
64      ffastca(:,:) = 0.0        !! biogenic calcium carbonate
65      !!
66      fsedn(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of N
67      fsedsi(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Si
68      fsedfe(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of Fe
69      fsedc(:,:)   = 0.0        !! Seafloor flux of C
70      fsedca(:,:)  = 0.0        !! Seafloor flux of CaCO3
71      !!
72      fregenfast(:,:)   = 0.0   !! integrated  N regeneration (fast detritus)
73      fregenfastsi(:,:) = 0.0   !! integrated Si regeneration (fast detritus)
74# if defined key_roam
75      fregenfastc(:,:)  = 0.0   !! integrated  C regeneration (fast detritus)
76# endif
77      !!
78      fccd(:,:)    = 0.0        !! last depth level before CCD
79
80      !!----------------------------------------------------------------------
81      !! blank nutrient/flux inventories
82      !!----------------------------------------------------------------------
83      !!
84      fflx_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen flux total
85      fflx_si(:,:) = 0.0        !! silicon  flux total
86      fflx_fe(:,:) = 0.0        !! iron     flux total
87      fifd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus production
88      fifd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus production
89      fifd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus production
90      fofd_n(:,:)  = 0.0        !! nitrogen fast detritus remineralisation
91      fofd_si(:,:) = 0.0        !! silicon  fast detritus remineralisation
92      fofd_fe(:,:) = 0.0        !! iron     fast detritus remineralisation
93# if defined key_roam
94      fflx_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     flux total
95      fflx_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity flux total
96      fflx_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     flux total
97      ftot_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     inventory
98      ftot_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity inventory
99      ftot_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     inventory
100      fifd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus production
101! I don't think fifd_a or fifd_o2 are used - marc 11/5/17
102!      fifd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus production
103!      fifd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus production
104      fofd_c(:,:)  = 0.0        !! carbon     fast detritus remineralisation
105! I don't think fofd_a or fofd_o2 are used - marc 11/5/17
106!      fofd_a(:,:)  = 0.0        !! alkalinity fast detritus remineralisation
107!      fofd_o2(:,:) = 0.0        !! oxygen     fast detritus remineralisation
108      !!
109      fnit_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen production
110      fnit_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   nitrogen consumption
111      fsil_prod(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon production
112      fsil_cons(:,:) = 0.0      !! (inorganic) silicon consumption
113      fcar_prod(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon production
114      fcar_cons(:,:) = 0.0      !! (organic)   carbon consumption
115      !!
116      foxy_prod(:,:) = 0.0      !! oxygen production
117      foxy_cons(:,:) = 0.0      !! oxygen consumption
118      foxy_anox(:,:) = 0.0      !! unrealised oxygen consumption
119      !!
120# endif
121      ftot_n(:,:)   = 0.0       !! N inventory
122      ftot_si(:,:)  = 0.0       !! Si inventory
123      ftot_fe(:,:)  = 0.0       !! Fe inventory
124      ftot_pn(:,:)  = 0.0       !! integrated non-diatom phytoplankton
125      ftot_pd(:,:)  = 0.0       !! integrated diatom     phytoplankton
126      ftot_zmi(:,:) = 0.0       !! integrated microzooplankton
127      ftot_zme(:,:) = 0.0       !! integrated mesozooplankton
128      ftot_det(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, nitrogen
129      ftot_dtc(:,:) = 0.0       !! integrated slow detritus, carbon
130      !!
131      fzmi_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by microzooplankton
132      fzmi_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
133      fzme_i(:,:)  = 0.0        !! material grazed by  mesozooplankton
134      fzme_o(:,:)  = 0.0        !! ... sum of fate of this material
135      !!
136      f_sbenin_n(:,:)  = 0.0    !! slow detritus N  -> benthic pool
137      f_sbenin_fe(:,:) = 0.0    !! slow detritus Fe -> benthic pool
138      f_sbenin_c(:,:)  = 0.0    !! slow detritus C  -> benthic pool
139      f_fbenin_n(:,:)  = 0.0    !! fast detritus N  -> benthic pool
140      f_fbenin_fe(:,:) = 0.0    !! fast detritus Fe -> benthic pool
141      f_fbenin_si(:,:) = 0.0    !! fast detritus Si -> benthic pool
142      f_fbenin_c(:,:)  = 0.0    !! fast detritus C  -> benthic pool
143      f_fbenin_ca(:,:) = 0.0    !! fast detritus Ca -> benthic pool
144      !!
145      f_benout_n(:,:)  = 0.0    !! benthic N  pool  -> dissolved
146      f_benout_fe(:,:) = 0.0    !! benthic Fe pool  -> dissolved
147      f_benout_si(:,:) = 0.0    !! benthic Si pool  -> dissolved
148      f_benout_c(:,:)  = 0.0    !! benthic C  pool  -> dissolved
149      f_benout_ca(:,:) = 0.0    !! benthic Ca pool  -> dissolved
150      !!
151      f_benout_lyso_ca(:,:) = 0.0 !! benthic Ca pool  -> dissolved (when it shouldn't!)
152      !!
153      f_runoff(:,:)  = 0.0      !! riverine runoff
154      f_riv_n(:,:)   = 0.0      !! riverine N   input
155      f_riv_si(:,:)  = 0.0      !! riverine Si  input
156      f_riv_c(:,:)   = 0.0      !! riverine C   input
157      f_riv_alk(:,:) = 0.0      !! riverine alk input
158      !!
159      !! Jpalm -- 06-03-2017 -- Forgotten var to init
160      f_omarg(:,:) = 0.0        !!
161      f_omcal(:,:) = 0.0 
162      xFree(:,:) = 0.0          !! state variables for iron-ligand system
163      fcomm_resp(:,:) = 0.0 
164      fprn_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
165      fprd_ml(:,:) = 0.0        !! mixed layer PP diagnostics
166      !!
167      fslownflux(:,:) = 0.0 
168      fslowcflux(:,:) = 0.0 
169      !!
170      !! allocate and initiate 2D diag
171      !! -----------------------------
172      !! Juju :: add kt condition !!
173      IF ( lk_iomput .AND. .NOT.  ln_diatrc ) THEN 
174
175         !! initialise iom_use test
176         IF ( kt == nittrc000 )   CALL trc_nam_iom_medusa 
177
178         ALLOCATE( zw2d(1:jpi, 1:jpj) )
179         zw2d(:,:)      = 0.0   !!
180         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
181            ALLOCATE( fprn2d(1:jpi, 1:jpj) )
182            fprn2d(:,:)      = 0.0 !!
183         ENDIF
184         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
185            ALLOCATE( fdpn2d(1:jpi, 1:jpj) )
186            fdpn2d(:,:)      = 0.0 !!
187         ENDIF
188         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
189            ALLOCATE( fprd2d(1:jpi, 1:jpj) )
190            fprd2d(:,:)      = 0.0 !!
191         ENDIF
192         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
193            ALLOCATE( fdpd2d(1:jpi, 1:jpj) )
194            fdpd2d(:,:)      = 0.0 !!
195         ENDIF
196         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
197            ALLOCATE( fprds2d(1:jpi, 1:jpj) )
198            fprds2d(:,:)      = 0.0 !!
199         ENDIF
200         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
201            ALLOCATE( fsdiss2d(1:jpi, 1:jpj) )
202            fsdiss2d(:,:)      = 0.0 !!
203         ENDIF
204         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
205            ALLOCATE( fgmipn2d(1:jpi, 1:jpj) )
206            fgmipn2d(:,:)      = 0.0 !!
207         ENDIF
208         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
209            ALLOCATE( fgmid2d(1:jpi, 1:jpj) )
210            fgmid2d(:,:)      = 0.0 !!
211         ENDIF
212         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
213            ALLOCATE( fdzmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
214            fdzmi2d(:,:)      = 0.0 !!
215         ENDIF
216         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
217            ALLOCATE( fgmepn2d(1:jpi, 1:jpj) )
218            fgmepn2d(:,:)      = 0.0 !!
219         ENDIF
220         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
221            ALLOCATE( fgmepd2d(1:jpi, 1:jpj) )
222            fgmepd2d(:,:)      = 0.0 !!
223         ENDIF
224         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
225            ALLOCATE( fgmezmi2d(1:jpi, 1:jpj) )
226            fgmezmi2d(:,:)      = 0.0 !!
227         ENDIF
228         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
229            ALLOCATE( fgmed2d(1:jpi, 1:jpj) )
230            fgmed2d(:,:)      = 0.0 !!
231         ENDIF
232         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
233            ALLOCATE( fdzme2d(1:jpi, 1:jpj) )
234            fdzme2d(:,:)      = 0.0 !!
235         ENDIF
236         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
237            ALLOCATE( fslown2d(1:jpi, 1:jpj) )
238            fslown2d(:,:)      = 0.0 !!
239         ENDIF
240         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
241            ALLOCATE( fdd2d(1:jpi, 1:jpj) )
242            fdd2d(:,:)      = 0.0 !!
243         ENDIF     
244         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
245            ALLOCATE( ffetop2d(1:jpi, 1:jpj) )
246            ffetop2d(:,:)      = 0.0 !!
247         ENDIF
248         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
249            ALLOCATE( ffebot2d(1:jpi, 1:jpj) )
250            ffebot2d(:,:)      = 0.0 !!
251         ENDIF
252         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
253            ALLOCATE( ffescav2d(1:jpi, 1:jpj) )
254            ffescav2d(:,:)      = 0.0 !!
255         ENDIF
256         IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
257            ALLOCATE( fjln2d(1:jpi, 1:jpj) )
258            fjln2d(:,:)      = 0.0 !!
259         ENDIF
260         IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
261            ALLOCATE( fnln2d(1:jpi, 1:jpj) )
262            fnln2d(:,:)      = 0.0 !!
263         ENDIF
264         IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
265            ALLOCATE( ffln2d(1:jpi, 1:jpj) )
266            ffln2d(:,:)      = 0.0 !!
267         ENDIF
268         IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
269            ALLOCATE( fjld2d(1:jpi, 1:jpj) )
270            fjld2d(:,:)      = 0.0 !!
271         ENDIF
272         IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
273            ALLOCATE( fnld2d(1:jpi, 1:jpj) )
274            fnld2d(:,:)      = 0.0 !!
275         ENDIF
276         IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
277            ALLOCATE( ffld2d(1:jpi, 1:jpj) )
278            ffld2d(:,:)      = 0.0 !!
279         ENDIF
280         IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
281            ALLOCATE( fsld2d2(1:jpi, 1:jpj) )
282            fsld2d2(:,:)      = 0.0 !!
283         ENDIF
284         IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
285            ALLOCATE( fsld2d(1:jpi, 1:jpj) )
286            fsld2d(:,:)      = 0.0 !!
287         ENDIF
288!!
289!! skip SDT_XXXX diagnostics here
290!!
291         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
292            ALLOCATE( fregen2d(1:jpi, 1:jpj) )
293            fregen2d(:,:)      = 0.0 !!
294         ENDIF
295         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
296            ALLOCATE( fregensi2d(1:jpi, 1:jpj) )
297            fregensi2d(:,:)      = 0.0 !!
298         ENDIF
299!!
300!! skip REG_XXXX diagnostics here
301!!
302         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
303            ALLOCATE( ftempn2d(1:jpi, 1:jpj) )
304            ftempn2d(:,:)      = 0.0 !!
305         ENDIF
306         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
307            ALLOCATE( ftempsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
308            ftempsi2d(:,:)      = 0.0 !!
309         ENDIF
310         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
311            ALLOCATE( ftempfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
312            ftempfe2d(:,:)      = 0.0 !!
313         ENDIF
314         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
315            ALLOCATE( ftempc2d(1:jpi, 1:jpj) )
316            ftempc2d(:,:)      = 0.0 !!
317         ENDIF
318         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
319            ALLOCATE( ftempca2d(1:jpi, 1:jpj) )
320            ftempca2d(:,:)      = 0.0 !!
321         ENDIF     
322!!
323!! skip FDT_XXXX, RG_XXXXF, FDS_XXXX, RGS_XXXXF diagnostics here
324!!
325         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
326            ALLOCATE( freminn2d(1:jpi, 1:jpj) )
327            freminn2d(:,:)      = 0.0 !!
328         ENDIF
329         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
330            ALLOCATE( freminsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
331            freminsi2d(:,:)      = 0.0 !!
332         ENDIF
333         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
334            ALLOCATE( freminfe2d(1:jpi, 1:jpj) )
335            freminfe2d(:,:)      = 0.0 !!
336         ENDIF
337         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
338            ALLOCATE( freminc2d(1:jpi, 1:jpj) )
339            freminc2d(:,:)      = 0.0 !!
340         ENDIF
341         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
342            ALLOCATE( freminca2d(1:jpi, 1:jpj) )
343            freminca2d(:,:)      = 0.0 !!
344         ENDIF
345
346# if defined key_roam
347!!
348!! skip SEAFLRXX, MED_XXXX, INTFLX_XX, INT_XX, ML_XXX, OCAL_XXX, FE_XXXX, MED_XZE, WIND diagnostics here
349!!
350         IF( med_diag%RR_0100%dgsave ) THEN
351            ALLOCATE( ffastca2d(1:jpi, 1:jpj) )
352            ffastca2d(:,:)      = 0.0 !!
353         ENDIF
354
355         IF( med_diag%ATM_PCO2%dgsave ) THEN
356            ALLOCATE( f_pco2a2d(1:jpi, 1:jpj) )
357            f_pco2a2d(:,:)      = 0.0 !!
358         ENDIF
359!!
360!! skip OCN_PH diagnostic here
361!!
362         IF( med_diag%OCN_PCO2%dgsave ) THEN
363            ALLOCATE( f_pco2w2d(1:jpi, 1:jpj) )
364            f_pco2w2d(:,:)      = 0.0 !!
365         ENDIF
366!!
367!! skip OCNH2CO3, OCN_HCO3, OCN_CO3 diagnostics here
368!!
369         IF( med_diag%CO2FLUX%dgsave ) THEN
370            ALLOCATE( f_co2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
371            f_co2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
372         ENDIF
373!!
374!! skip OM_XXX diagnostics here
375!!
376         IF( med_diag%TCO2%dgsave ) THEN
377            ALLOCATE( f_TDIC2d(1:jpi, 1:jpj) )
378            f_TDIC2d(:,:)      = 0.0 !!
379         ENDIF
380         IF( med_diag%TALK%dgsave ) THEN
381            ALLOCATE( f_TALK2d(1:jpi, 1:jpj) )
382            f_TALK2d(:,:)      = 0.0 !!
383         ENDIF
384         IF( med_diag%KW660%dgsave ) THEN
385            ALLOCATE( f_kw6602d(1:jpi, 1:jpj) )
386            f_kw6602d(:,:)      = 0.0 !!
387         ENDIF
388         IF( med_diag%ATM_PP0%dgsave ) THEN
389            ALLOCATE( f_pp02d(1:jpi, 1:jpj) )
390            f_pp02d(:,:)      = 0.0 !!
391         ENDIF
392         IF( med_diag%O2FLUX%dgsave ) THEN
393            ALLOCATE( f_o2flux2d(1:jpi, 1:jpj) )
394            f_o2flux2d(:,:)      = 0.0 !!
395         ENDIF
396         IF( med_diag%O2SAT%dgsave ) THEN
397            ALLOCATE( f_o2sat2d(1:jpi, 1:jpj) )
398            f_o2sat2d(:,:)      = 0.0 !!
399         ENDIF 
400!!
401!! skip XXX_CCD diagnostics here
402!!
403         IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
404            ALLOCATE( sfr_ocal2d(1:jpi, 1:jpj) )
405            sfr_ocal2d(:,:)      = 0.0 !!
406         ENDIF
407         IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
408            ALLOCATE( sfr_oarg2d(1:jpi, 1:jpj) )
409            sfr_oarg2d(:,:)      = 0.0 !!
410         ENDIF
411!!
412!! skip XX_PROD, XX_CONS, O2_ANOX, RR_XXXX diagnostics here
413!!
414         IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
415            ALLOCATE( iben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
416            iben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
417         ENDIF
418         IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
419            ALLOCATE( iben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
420            iben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
421         ENDIF
422         IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
423            ALLOCATE( iben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
424            iben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
425         ENDIF
426         IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
427            ALLOCATE( iben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
428            iben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
429         ENDIF
430         IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
431            ALLOCATE( iben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
432            iben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
433         ENDIF
434         IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
435            ALLOCATE( oben_n2d(1:jpi, 1:jpj) )
436            oben_n2d(:,:)      = 0.0 !!
437         ENDIF
438         IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
439            ALLOCATE( oben_fe2d(1:jpi, 1:jpj) )
440            oben_fe2d(:,:)      = 0.0 !!
441         ENDIF
442         IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
443            ALLOCATE( oben_c2d(1:jpi, 1:jpj) )
444            oben_c2d(:,:)      = 0.0 !!
445         ENDIF
446         IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
447            ALLOCATE( oben_si2d(1:jpi, 1:jpj) )
448            oben_si2d(:,:)      = 0.0 !!
449         ENDIF
450         IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
451            ALLOCATE( oben_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
452            oben_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
453         ENDIF
454!!
455!! skip BEN_XX diagnostics here
456!!
457
458         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
459            ALLOCATE( rivn2d(1:jpi, 1:jpj) )
460            rivn2d(:,:)      = 0.0 !!
461         ENDIF
462         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
463            ALLOCATE( rivsi2d(1:jpi, 1:jpj) )
464            rivsi2d(:,:)      = 0.0 !!
465         ENDIF
466         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
467            ALLOCATE( rivc2d(1:jpi, 1:jpj) )
468            rivc2d(:,:)      = 0.0 !!
469         ENDIF
470         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
471            ALLOCATE( rivalk2d(1:jpi, 1:jpj) )
472            rivalk2d(:,:)      = 0.0 !!
473         ENDIF
474         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
475            ALLOCATE( fslowc2d(1:jpi, 1:jpj) )
476            fslowc2d(:,:)      = 0.0 !!
477         ENDIF 
478!!
479!! skip SDC_XXXX, INVTXXX diagnostics here
480!!
481         IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
482            ALLOCATE( lyso_ca2d(1:jpi, 1:jpj) )
483            lyso_ca2d(:,:)      = 0.0 !!
484         ENDIF
485!!
486!! skip COM_RESP diagnostic here
487!!
488         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
489            ALLOCATE( fdpn22d(1:jpi, 1:jpj) )
490            fdpn22d(:,:)      = 0.0 !!
491         ENDIF
492         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
493            ALLOCATE( fdpd22d(1:jpi, 1:jpj) )
494            fdpd22d(:,:)      = 0.0 !!
495         ENDIF
496         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
497            ALLOCATE( fdzmi22d(1:jpi, 1:jpj) )
498            fdzmi22d(:,:)      = 0.0 !!
499         ENDIF
500         IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
501            ALLOCATE( fdzme22d(1:jpi, 1:jpj) )
502            fdzme22d(:,:)      = 0.0 !!
503         ENDIF
504         IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN   
505            ALLOCATE( zimesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
506            zimesn2d(:,:)      = 0.0 !!
507         ENDIF
508         IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
509            ALLOCATE( zimesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
510            zimesd2d(:,:)      = 0.0 !!
511         ENDIF
512         IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
513            ALLOCATE( zimesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
514            zimesc2d(:,:)      = 0.0 !!
515         ENDIF
516         IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
517            ALLOCATE( zimesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
518            zimesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
519         ENDIF
520         IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
521            ALLOCATE( ziexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
522            ziexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
523         ENDIF
524         IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
525            ALLOCATE( ziresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
526            ziresp2d(:,:)      = 0.0 !!
527         ENDIF
528         IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
529            ALLOCATE( zigrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
530            zigrow2d(:,:)      = 0.0 !!
531         ENDIF
532         IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
533            ALLOCATE( zemesn2d(1:jpi, 1:jpj) )
534            zemesn2d(:,:)      = 0.0 !!
535         ENDIF
536         IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
537            ALLOCATE( zemesd2d(1:jpi, 1:jpj) )
538            zemesd2d(:,:)      = 0.0 !!
539         ENDIF
540         IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
541            ALLOCATE( zemesc2d(1:jpi, 1:jpj) )
542            zemesc2d(:,:)      = 0.0 !!
543         ENDIF
544         IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
545            ALLOCATE( zemesdc2d(1:jpi, 1:jpj) )
546            zemesdc2d(:,:)      = 0.0 !!
547         ENDIF
548         IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
549            ALLOCATE( zeexcr2d(1:jpi, 1:jpj) )
550            zeexcr2d(:,:)      = 0.0 !!
551         ENDIF                 
552         IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
553            ALLOCATE( zeresp2d(1:jpi, 1:jpj) )
554            zeresp2d(:,:)      = 0.0 !!
555         ENDIF
556         IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
557            ALLOCATE( zegrow2d(1:jpi, 1:jpj) )
558            zegrow2d(:,:)      = 0.0 !!
559         ENDIF
560         IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
561            ALLOCATE( mdetc2d(1:jpi, 1:jpj) )
562            mdetc2d(:,:)      = 0.0 !!
563         ENDIF
564         IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
565            ALLOCATE( gmidc2d(1:jpi, 1:jpj) )
566            gmidc2d(:,:)      = 0.0 !!
567         ENDIF
568         IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
569            ALLOCATE( gmedc2d(1:jpi, 1:jpj) )
570            gmedc2d(:,:)      = 0.0 !!
571         ENDIF
572!!
573!! skip INT_XXX diagnostics here
574!!
575         IF (jdms .eq. 1) THEN
576            IF( med_diag%DMS_SURF%dgsave ) THEN
577               ALLOCATE( dms_surf2d(1:jpi, 1:jpj) )
578               dms_surf2d(:,:)      = 0.0 !!
579            ENDIF
580            IF( med_diag%DMS_ANDR%dgsave ) THEN
581               ALLOCATE( dms_andr2d(1:jpi, 1:jpj) )
582               dms_andr2d(:,:)      = 0.0 !!
583            ENDIF
584            IF( med_diag%DMS_SIMO%dgsave ) THEN
585               ALLOCATE( dms_simo2d(1:jpi, 1:jpj) )
586               dms_simo2d(:,:)      = 0.0 !!
587            ENDIF
588            IF( med_diag%DMS_ARAN%dgsave ) THEN
589               ALLOCATE( dms_aran2d(1:jpi, 1:jpj) )
590               dms_aran2d(:,:)      = 0.0 !!
591            ENDIF
592            IF( med_diag%DMS_HALL%dgsave ) THEN
593               ALLOCATE( dms_hall2d(1:jpi, 1:jpj) )
594               dms_hall2d(:,:)      = 0.0 !!
595            ENDIF
596            IF( med_diag%DMS_ANDM%dgsave ) THEN
597               ALLOCATE( dms_andm2d(1:jpi, 1:jpj) )
598               dms_andm2d(:,:)      = 0.0 !!
599            ENDIF
600         ENDIF   
601         !!
602         !! AXY (24/11/16): extra MOCSY diagnostics, 2D
603         IF( med_diag%ATM_XCO2%dgsave ) THEN
604            ALLOCATE( f_xco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
605            f_xco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
606         ENDIF
607         IF( med_diag%OCN_FCO2%dgsave ) THEN
608            ALLOCATE( f_fco2w_2d(1:jpi, 1:jpj) )
609            f_fco2w_2d(:,:)      = 0.0 !!
610         ENDIF
611         IF( med_diag%ATM_FCO2%dgsave ) THEN
612            ALLOCATE( f_fco2a_2d(1:jpi, 1:jpj) )
613            f_fco2a_2d(:,:)      = 0.0 !!
614         ENDIF
615         IF( med_diag%OCN_RHOSW%dgsave ) THEN
616            ALLOCATE( f_ocnrhosw_2d(1:jpi, 1:jpj) )
617            f_ocnrhosw_2d(:,:)      = 0.0 !!
618         ENDIF
619         IF( med_diag%OCN_SCHCO2%dgsave ) THEN
620            ALLOCATE( f_ocnschco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
621            f_ocnschco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
622         ENDIF
623         IF( med_diag%OCN_KWCO2%dgsave ) THEN
624            ALLOCATE( f_ocnkwco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
625            f_ocnkwco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
626         ENDIF
627         IF( med_diag%OCN_K0%dgsave ) THEN
628            ALLOCATE( f_ocnk0_2d(1:jpi, 1:jpj) )
629            f_ocnk0_2d(:,:)      = 0.0 !!
630         ENDIF
631         IF( med_diag%CO2STARAIR%dgsave ) THEN
632            ALLOCATE( f_co2starair_2d(1:jpi, 1:jpj) )
633            f_co2starair_2d(:,:)      = 0.0 !!
634         ENDIF
635         IF( med_diag%OCN_DPCO2%dgsave ) THEN
636            ALLOCATE( f_ocndpco2_2d(1:jpi, 1:jpj) )
637            f_ocndpco2_2d(:,:)      = 0.0 !!
638         ENDIF
639# endif 
640         IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
641            ALLOCATE( tpp3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
642            tpp3d(:,:,:)      = 0.0 !!
643         ENDIF
644         IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
645            ALLOCATE( detflux3d(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
646            detflux3d(:,:,:)      = 0.0 !!
647         ENDIF
648         IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
649             ALLOCATE( remin3dn(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
650             remin3dn(:,:,:)      = 0.0 !!
651         ENDIF
652         !!
653         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 2D
654         !! JPALM -- 17-11-16 -- put fgco2 alloc out of diag request
655         !!                   needed for coupling/passed through restart
656         !! IF( med_diag%FGCO2%dgsave ) THEN
657            ALLOCATE( fgco2(1:jpi, 1:jpj) )
658            fgco2(:,:)      = 0.0 !!
659         !! ENDIF
660         IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
661            ALLOCATE( intdissic(1:jpi, 1:jpj) )
662            intdissic(:,:)  = 0.0 !!
663         ENDIF         
664         IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
665            ALLOCATE( intdissin(1:jpi, 1:jpj) )
666            intdissin(:,:)  = 0.0 !!
667         ENDIF         
668         IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
669            ALLOCATE( intdissisi(1:jpi, 1:jpj) )
670            intdissisi(:,:)  = 0.0 !!
671         ENDIF         
672         IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
673            ALLOCATE( inttalk(1:jpi, 1:jpj) )
674            inttalk(:,:)  = 0.0 !!
675         ENDIF         
676         IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
677            ALLOCATE( o2min(1:jpi, 1:jpj) )
678            o2min(:,:)  = 1.e3 !! set to high value as we're looking for min(o2)
679         ENDIF         
680         IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
681            ALLOCATE( zo2min(1:jpi, 1:jpj) )
682            zo2min(:,:)  = 0.0 !!
683         ENDIF         
684         IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave  ) THEN
685            ALLOCATE( fbddtalk(1:jpi, 1:jpj) )
686            fbddtalk(:,:)  = 0.0 !!
687         ENDIF
688         IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave  ) THEN
689            ALLOCATE( fbddtdic(1:jpi, 1:jpj) )
690            fbddtdic(:,:)  = 0.0 !!
691         ENDIF
692         IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
693            ALLOCATE( fbddtdife(1:jpi, 1:jpj) )
694            fbddtdife(:,:) = 0.0 !!
695         ENDIF
696         IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave  ) THEN
697            ALLOCATE( fbddtdin(1:jpi, 1:jpj) )
698            fbddtdin(:,:)  = 0.0 !!
699         ENDIF
700         IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
701            ALLOCATE( fbddtdisi(1:jpi, 1:jpj) )
702            fbddtdisi(:,:) = 0.0 !!
703         ENDIF
704         !!
705         !! AXY (10/11/16): CMIP6 diagnostics, 3D
706         IF( med_diag%TPPD3%dgsave     ) THEN
707            ALLOCATE( tppd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
708            tppd3(:,:,:)     = 0.0 !!
709         ENDIF
710         IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave  ) THEN
711            ALLOCATE( bddtalk3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
712            bddtalk3(:,:,:)  = 0.0 !!
713         ENDIF
714         IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave  ) THEN
715            ALLOCATE( bddtdic3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
716            bddtdic3(:,:,:)  = 0.0 !!
717         ENDIF
718         IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
719            ALLOCATE( bddtdife3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
720            bddtdife3(:,:,:) = 0.0 !!
721         ENDIF
722         IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave  ) THEN
723            ALLOCATE( bddtdin3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
724            bddtdin3(:,:,:)  = 0.0 !!
725         ENDIF
726         IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
727            ALLOCATE( bddtdisi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
728            bddtdisi3(:,:,:) = 0.0 !!
729         ENDIF
730         IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave   ) THEN
731            ALLOCATE( fd_nit3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
732            fd_nit3(:,:,:)   = 0.0 !!
733         ENDIF
734         IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave   ) THEN
735            ALLOCATE( fd_sil3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
736            fd_sil3(:,:,:)   = 0.0 !!
737         ENDIF
738         IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave   ) THEN
739            ALLOCATE( fd_car3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
740            fd_car3(:,:,:)   = 0.0 !!
741         ENDIF
742         IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave   ) THEN
743            ALLOCATE( fd_cal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
744            fd_cal3(:,:,:)   = 0.0 !!
745         ENDIF
746         IF( med_diag%DCALC3%dgsave    ) THEN
747            ALLOCATE( dcalc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
748            dcalc3(:,:,: )   = 0.0 !!
749         ENDIF
750         IF( med_diag%EXPC3%dgsave     ) THEN
751            ALLOCATE( expc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
752            expc3(:,:,: )    = 0.0 !!
753         ENDIF
754         IF( med_diag%EXPN3%dgsave     ) THEN
755            ALLOCATE( expn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
756            expn3(:,:,: )    = 0.0 !!
757         ENDIF
758         IF( med_diag%FEDISS3%dgsave   ) THEN
759            ALLOCATE( fediss3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
760            fediss3(:,:,: )  = 0.0 !!
761         ENDIF
762         IF( med_diag%FESCAV3%dgsave   ) THEN
763            ALLOCATE( fescav3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
764            fescav3(:,:,: )  = 0.0 !!
765         ENDIF
766         IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave   ) THEN
767            ALLOCATE( migrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
768            migrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
769         ENDIF
770         IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave   ) THEN
771            ALLOCATE( migrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
772            migrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
773         ENDIF
774         IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave   ) THEN
775            ALLOCATE( megrazp3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
776            megrazp3(:,:,: )  = 0.0 !!
777         ENDIF
778         IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave   ) THEN
779            ALLOCATE( megrazd3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
780            megrazd3(:,:,: )  = 0.0 !!
781         ENDIF
782         IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave   ) THEN
783            ALLOCATE( megrazz3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
784            megrazz3(:,:,: )  = 0.0 !!
785         ENDIF
786         IF( med_diag%O2SAT3%dgsave     ) THEN
787            ALLOCATE( o2sat3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
788            o2sat3(:,:,: )    = 0.0 !!
789         ENDIF
790         IF( med_diag%PBSI3%dgsave      ) THEN
791            ALLOCATE( pbsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
792            pbsi3(:,:,: )     = 0.0 !!
793         ENDIF
794         IF( med_diag%PCAL3%dgsave      ) THEN
795            ALLOCATE( pcal3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
796            pcal3(:,:,: )     = 0.0 !!
797         ENDIF
798         IF( med_diag%REMOC3%dgsave     ) THEN
799            ALLOCATE( remoc3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
800            remoc3(:,:,: )    = 0.0 !!
801         ENDIF
802         IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave    ) THEN
803            ALLOCATE( pnlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
804            pnlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
805         ENDIF
806         IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave    ) THEN
807            ALLOCATE( pnlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
808            pnlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
809         ENDIF
810         IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave   ) THEN
811            ALLOCATE( pnlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
812            pnlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
813         ENDIF
814         IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave    ) THEN
815            ALLOCATE( pdlimj3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
816            pdlimj3(:,:,: )   = 0.0 !!
817         ENDIF
818         IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave    ) THEN
819            ALLOCATE( pdlimn3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
820            pdlimn3(:,:,: )   = 0.0 !!
821         ENDIF
822         IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave   ) THEN
823            ALLOCATE( pdlimfe3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
824            pdlimfe3(:,:,: )  = 0.0 !!
825         ENDIF
826         IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave   ) THEN
827            ALLOCATE( pdlimsi3(1:jpi, 1:jpj, 1:jpk) )
828            pdlimsi3(:,:,: )  = 0.0 !!
829         ENDIF
830      ENDIF
831      !! lk_iomput
832
833   END SUBROUTINE bio_medusa_init
834
835#else
836   !!======================================================================
837   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
838   !!======================================================================
839CONTAINS
840   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine
841      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?'
842   END SUBROUTINE bio_medusa_init
843#endif 
844
845   !!======================================================================
846END MODULE bio_medusa_init_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.