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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
detritus.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/detritus.F90 @ 8441

Last change on this file since 8441 was 8441, checked in by frrh, 7 years ago

Commit changes relating to Met Office GMED ticket 339 for the modularisation of
of trcbio_medusa.F90.

Branch ​http://fcm3/projects/NEMO.xm/log/branches/NERC/dev_r5518_GO6_split_trcbiomedusa
from revisions 8394 to 8423 inclusive refer.
File size: 7.0 KB
Line 
1MODULE detritus_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE detritus_mod  ***
4   !! Calculates detritus processes and fast-sinking detritus
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_medusa
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!                                                   MEDUSA bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13
14   IMPLICIT NONE
15   PRIVATE
16     
17   PUBLIC   detritus        ! Called in trcbio_medusa.F90
18
19   !!----------------------------------------------------------------------
20   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
21   !! $Id$
22   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
23   !!----------------------------------------------------------------------
24
25CONTAINS
26
27   SUBROUTINE detritus( jk, iball  )
28      !!-------------------------------------------------------------------
29      !!                     ***  ROUTINE detritus  ***
30      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
31      !!  - Calculates detritus processes
32      !!  - Fast-sinking detritus
33      !!-------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod,         ONLY: f_sbenin_c, f_sbenin_fe,           &
35                                        f_sbenin_n, fdd,                   &
36                                        idf, idfval,                       &   
37# if defined key_roam
38                                        fddc,                              &
39# endif
40                                        fun_T, fun_Q10, zdet, zdtc
41      USE detritus_fast_sink_mod, ONLY: detritus_fast_sink
42      USE dom_oce,                ONLY: mbathy, tmask
43      USE in_out_manager,         ONLY: lwp, numout
44      USE par_oce,                ONLY: jpim1, jpjm1
45      USE sms_medusa,             ONLY: jmd, jorgben, jsfd, vsed,          &
46                                        xrfn, xmd, xmdc, xthetad
47
48      !! Level
49      INTEGER, INTENT( in ) :: jk
50      !! Fast detritus ballast scheme (0 = no; 1 = yes)
51      INTEGER, INTENT( in ) :: iball
52
53      INTEGER :: ji, jj
54
55      !!------------------------------------------------------------------
56      !! Detritus remineralisation
57      !! Constant or temperature-dependent
58      !!------------------------------------------------------------------
59      DO jj = 2,jpjm1
60         DO ji = 2,jpim1
61            !! OPEN wet point IF..THEN loop
62            if (tmask(ji,jj,jk) == 1) then
63               !!
64               if (jmd.eq.1) then
65                  !! temperature-dependent
66                  fdd(ji,jj)  = xmd  * fun_T(ji,jj) * zdet(ji,jj)
67# if defined key_roam
68                  fddc(ji,jj) = xmdc * fun_T(ji,jj) * zdtc(ji,jj)
69# endif
70               elseif (jmd.eq.2) then
71                  !! AXY (16/05/13): add in Q10-based parameterisation
72                  !! (def in nmlst)
73                  !! temperature-dependent
74                  fdd(ji,jj)  = xmd  * fun_Q10(ji,jj) * zdet(ji,jj)
75#if defined key_roam
76                  fddc(ji,jj) = xmdc * fun_Q10(ji,jj) * zdtc(ji,jj)
77#endif
78               else
79                  !! temperature-independent
80                  fdd(ji,jj)  = xmd  * zdet(ji,jj)
81# if defined key_roam
82                  fddc(ji,jj) = xmdc * zdtc(ji,jj)
83# endif
84               endif
85               !!
86               !! AXY (22/07/09): accelerate detrital remineralisation
87               !! in the bottom box
88               if ((jk.eq.mbathy(ji,jj)) .and. jsfd.eq.1) then
89                  fdd(ji,jj)  = 1.0  * zdet(ji,jj)
90# if defined key_roam
91                  fddc(ji,jj) = 1.0  * zdtc(ji,jj)
92# endif
93               endif
94               
95# if defined key_debug_medusa
96               !! report plankton mortality and remineralisation
97               if (idf.eq.1.AND.idfval.eq.1) then
98                  IF (lwp) write (numout,*) '------------------------------'
99! I've removed the lines below, because the variables are not in this
100! routine. If these debug prints need to stay, they should probably be
101! moved - marc 27/4/17
102!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdpn2(',jk,') = ', fdpn2(ji,jj)
103!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdpd2(',jk,') = ', fdpd2(ji,jj)
104!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdpds2(',jk,')= ', fdpds2(ji,jj)
105!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdzmi2(',jk,')= ', fdzmi2(ji,jj)
106!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdzme2(',jk,')= ', fdzme2(ji,jj)
107!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdpn(',jk,')  = ', fdpn(ji,jj)
108!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdpd(',jk,')  = ', fdpd(ji,jj)
109!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdpds(',jk,') = ', fdpds(ji,jj)
110!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdzmi(',jk,') = ', fdzmi(ji,jj)
111!                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdzme(',jk,') = ', fdzme(ji,jj)
112                  IF (lwp) write (numout,*) 'fdd(',jk,')   = ', fdd(ji,jj)
113#  if defined key_roam
114                  IF (lwp) write (numout,*) 'fddc(',jk,')  = ', fddc(ji,jj)
115#  endif
116               endif
117# endif
118            ENDIF
119         ENDDO
120      ENDDO
121
122      DO jj = 2,jpjm1
123         DO ji = 2,jpim1
124            if (tmask(ji,jj,jk) == 1) then
125               !!---------------------------------------------------------
126               !! Detritus addition to benthos
127               !! If activated, slow detritus in the bottom box will enter
128               !! the benthic pool
129               !!---------------------------------------------------------
130               !!
131               if ((jk.eq.mbathy(ji,jj)) .and. jorgben.eq.1) then
132                  !! this is the BOTTOM OCEAN BOX -> into the benthic pool!
133                  !!
134                  f_sbenin_n(ji,jj)  = (zdet(ji,jj) * vsed * 86400.)
135                  f_sbenin_fe(ji,jj) = (zdet(ji,jj) * vsed * 86400. * xrfn)
136# if defined key_roam
137                  f_sbenin_c(ji,jj)  = (zdtc(ji,jj) * vsed * 86400.)
138# else
139                  f_sbenin_c(ji,jj)  = (zdet(ji,jj) * vsed * 86400. * xthetad)
140# endif
141               endif
142
143            ENDIF
144         ENDDO
145      ENDDO
146
147      !!------------------------------------------------------------------
148      !! Fast-sinking detritus
149      !!------------------------------------------------------------------
150      CALL detritus_fast_sink( jk, iball )
151
152   END SUBROUTINE detritus
153
154#else
155   !!======================================================================
156   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
157   !!======================================================================
158CONTAINS
159   SUBROUTINE detritus( )                    ! Empty routine
160      WRITE(*,*) 'detritus: You should not have seen this print! error?'
161   END SUBROUTINE detritus
162#endif 
163
164   !!======================================================================
165END MODULE detritus_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.