New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
obs_read_prof.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_read_prof.F90 @ 11468

Last change on this file since 11468 was 11468, checked in by mattmartin, 5 years ago

Merged changes to allow writing of climatological information to feedback files.
File size: 31.1 KB
Line 
1MODULE obs_read_prof
2   !!======================================================================
3   !!                       ***  MODULE obs_read_prof  ***
4   !! Observation diagnostics: Read the T and S profile observations
5   !!======================================================================
6
7   !!----------------------------------------------------------------------
8   !!   obs_rea_pro_dri : Driver for reading profile obs
9   !!----------------------------------------------------------------------
10
11   !! * Modules used   
12   USE par_kind                 ! Precision variables
13   USE par_oce                  ! Ocean parameters
14   USE in_out_manager           ! I/O manager
15   USE dom_oce                  ! Ocean space and time domain variables
16   USE obs_mpp                  ! MPP support routines for observation diagnostics
17   USE julian                   ! Julian date routines
18   USE obs_utils                ! Observation operator utility functions
19   USE obs_prep                 ! Prepare observation arrays
20   USE obs_grid                 ! Grid search
21   USE obs_sort                 ! Sorting observation arrays
22   USE obs_profiles_def         ! Profile definitions
23   USE obs_conv                 ! Various conversion routines
24   USE obs_types                ! Observation type definitions
25   USE netcdf                   ! NetCDF library
26   USE obs_oper                 ! Observation operators
27   USE lib_mpp                  ! For ctl_warn/stop
28   USE obs_fbm                  ! Feedback routines
29
30   IMPLICIT NONE
31
32   !! * Routine accessibility
33   PRIVATE
34
35   PUBLIC obs_rea_prof  ! Read the profile observations
36
37   !!----------------------------------------------------------------------
38   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010)
39   !! $Id$
40   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
41   !!----------------------------------------------------------------------
42
43CONTAINS
44
45   SUBROUTINE obs_rea_prof( profdata, knumfiles, cdfilenames, &
46      &                     kvars, kextr, kstp, ddobsini, ddobsend, &
47      &                     ldvar, ldignmis, ldsatt, &
48      &                     ldmod, ldclim, kdailyavtypes )
49      !!---------------------------------------------------------------------
50      !!
51      !!                   *** ROUTINE obs_rea_prof ***
52      !!
53      !! ** Purpose : Read from file the profile observations
54      !!
55      !! ** Method  : Read feedback data in and transform to NEMO internal
56      !!              profile data structure
57      !!
58      !! ** Action  :
59      !!
60      !! References :
61      !!
62      !! History : 
63      !!      ! :  2009-09 (K. Mogensen) : New merged version of old routines
64      !!      ! :  2015-08 (M. Martin) : Merged profile and velocity routines
65      !!----------------------------------------------------------------------
66
67      !! * Arguments
68      TYPE(obs_prof), INTENT(OUT) :: &
69         & profdata                     ! Profile data to be read
70      INTEGER, INTENT(IN) :: knumfiles  ! Number of files to read
71      CHARACTER(LEN=128), INTENT(IN) ::  &
72         & cdfilenames(knumfiles)        ! File names to read in
73      INTEGER, INTENT(IN) :: kvars      ! Number of variables in profdata
74      INTEGER, INTENT(IN) :: kextr      ! Number of extra fields for each var
75      INTEGER, INTENT(IN) :: kstp       ! Ocean time-step index
76      LOGICAL, DIMENSION(kvars), INTENT(IN) :: ldvar     ! Observed variables switches
77      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldignmis   ! Ignore missing files
78      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldsatt     ! Compute salinity at all temperature points
79      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldmod      ! Initialize model from input data
80      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldclim     ! Set flag to show climatology will be output
81      REAL(dp), INTENT(IN) :: ddobsini  ! Obs. ini time in YYYYMMDD.HHMMSS
82      REAL(dp), INTENT(IN) :: ddobsend  ! Obs. end time in YYYYMMDD.HHMMSS
83      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: &
84         & kdailyavtypes                ! Types of daily average observations
85
86      !! * Local declarations
87      CHARACTER(LEN=15), PARAMETER :: cpname='obs_rea_prof'
88      CHARACTER(len=8) :: clrefdate
89      CHARACTER(len=8), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: clvars
90      INTEGER :: jvar
91      INTEGER :: ji
92      INTEGER :: jj
93      INTEGER :: jk
94      INTEGER :: ij
95      INTEGER :: iflag
96      INTEGER :: inobf
97      INTEGER :: i_file_id
98      INTEGER :: inowin
99      INTEGER :: iyea
100      INTEGER :: imon
101      INTEGER :: iday
102      INTEGER :: ihou
103      INTEGER :: imin
104      INTEGER :: isec
105      INTEGER :: iprof
106      INTEGER :: iproftot
107      INTEGER, DIMENSION(kvars) :: ivart0
108      INTEGER, DIMENSION(kvars) :: ivart
109      INTEGER :: ip3dt
110      INTEGER :: ios
111      INTEGER :: ioserrcount
112      INTEGER, DIMENSION(kvars) :: ivartmpp
113      INTEGER :: ip3dtmpp
114      INTEGER :: itype
115      INTEGER, DIMENSION(knumfiles) :: &
116         & irefdate
117      INTEGER, DIMENSION(ntyp1770+1,kvars) :: &
118         & itypvar,    &
119         & itypvarmpp
120      INTEGER, DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: &
121         & iobsi,    &
122         & iobsj,    &
123         & iproc
124      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: &
125         & iindx,    &
126         & ifileidx, &
127         & iprofidx
128      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: &
129         & idailyavtypes
130      INTEGER, DIMENSION(kvars) :: &
131         & iv3dt
132      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: &
133         & zphi, &
134         & zlam
135      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: &
136         & zdat
137      REAL(wp), DIMENSION(knumfiles) :: &
138         & djulini, &
139         & djulend
140      LOGICAL :: llvalprof
141      LOGICAL :: lldavtimset
142      LOGICAL :: llcycle
143      TYPE(obfbdata), POINTER, DIMENSION(:) :: &
144         & inpfiles
145
146      ! Local initialization
147      iprof = 0
148      ivart0(:) = 0
149      ip3dt = 0
150
151      ! Daily average types
152      lldavtimset = .FALSE.
153      IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN
154         idailyavtypes(:) = kdailyavtypes(:)
155         IF ( ANY (idailyavtypes(:) /= -1) ) lldavtimset = .TRUE.
156      ELSE
157         idailyavtypes(:) = -1
158      ENDIF
159
160      !-----------------------------------------------------------------------
161      ! Count the number of files needed and allocate the obfbdata type
162      !-----------------------------------------------------------------------
163
164      inobf = knumfiles
165
166      ALLOCATE( inpfiles(inobf) )
167
168      prof_files : DO jj = 1, inobf
169
170         !---------------------------------------------------------------------
171         ! Prints
172         !---------------------------------------------------------------------
173         IF(lwp) THEN
174            WRITE(numout,*)
175            WRITE(numout,*) ' obs_rea_pro_dri : Reading from file = ', &
176               & TRIM( TRIM( cdfilenames(jj) ) )
177            WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~~'
178            WRITE(numout,*)
179         ENDIF
180
181         !---------------------------------------------------------------------
182         !  Initialization: Open file and get dimensions only
183         !---------------------------------------------------------------------
184
185         iflag = nf90_open( TRIM( cdfilenames(jj) ), nf90_nowrite, &
186            &                      i_file_id )
187
188         IF ( iflag /= nf90_noerr ) THEN
189
190            IF ( ldignmis ) THEN
191               inpfiles(jj)%nobs = 0
192               CALL ctl_warn( 'File ' // TRIM( cdfilenames(jj) ) // &
193                  &           ' not found' )
194            ELSE
195               CALL ctl_stop( 'File ' // TRIM( cdfilenames(jj) ) // &
196                  &           ' not found' )
197            ENDIF
198
199         ELSE 
200
201            !------------------------------------------------------------------
202            !  Close the file since it is opened in read_obfbdata
203            !------------------------------------------------------------------
204
205            iflag = nf90_close( i_file_id )
206
207            !------------------------------------------------------------------
208            !  Read the profile file into inpfiles
209            !------------------------------------------------------------------
210            CALL init_obfbdata( inpfiles(jj) )
211            CALL read_obfbdata( TRIM( cdfilenames(jj) ), inpfiles(jj), &
212               &                ldgrid = .TRUE. )
213
214            IF ( inpfiles(jj)%nvar /= kvars ) THEN
215               CALL ctl_stop( 'Feedback format error: ', &
216                  &           ' unexpected number of vars in profile file' )
217            ENDIF
218
219            IF ( ldmod .AND. ( inpfiles(jj)%nadd == 0 ) ) THEN
220               CALL ctl_stop( 'Model not in input data' )
221            ENDIF
222
223            IF ( jj == 1 ) THEN
224               ALLOCATE( clvars( inpfiles(jj)%nvar ) )
225               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nvar
226                 clvars(ji) = inpfiles(jj)%cname(ji)
227               END DO
228            ELSE
229               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nvar
230                  IF ( inpfiles(jj)%cname(ji) /= clvars(ji) ) THEN
231                     CALL ctl_stop( 'Feedback file variables not consistent', &
232                        &           ' with previous files for this type' )
233                  ENDIF
234               END DO
235            ENDIF
236
237            !------------------------------------------------------------------
238            !  Change longitude (-180,180)
239            !------------------------------------------------------------------
240
241            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs 
242
243               IF ( inpfiles(jj)%plam(ji) < -180. ) &
244                  &   inpfiles(jj)%plam(ji) = inpfiles(jj)%plam(ji) + 360.
245
246               IF ( inpfiles(jj)%plam(ji) >  180. ) &
247                  &   inpfiles(jj)%plam(ji) = inpfiles(jj)%plam(ji) - 360.
248
249            END DO
250
251            !------------------------------------------------------------------
252            !  Calculate the date  (change eventually)
253            !------------------------------------------------------------------
254            clrefdate=inpfiles(jj)%cdjuldref(1:8)
255            READ(clrefdate,'(I8)') irefdate(jj)
256
257            CALL ddatetoymdhms( ddobsini, iyea, imon, iday, ihou, imin, isec )
258            CALL greg2jul( isec, imin, ihou, iday, imon, iyea, djulini(jj), &
259               &           krefdate = irefdate(jj) )
260            CALL ddatetoymdhms( ddobsend, iyea, imon, iday, ihou, imin, isec )
261            CALL greg2jul( isec, imin, ihou, iday, imon, iyea, djulend(jj), &
262               &           krefdate = irefdate(jj) )
263
264            ioserrcount=0
265            IF ( lldavtimset ) THEN
266
267               IF ( ANY ( idailyavtypes(:) /= -1 ) .AND. lwp) THEN
268                  WRITE(numout,*)' Resetting time of daily averaged', &
269                     &           ' observations to the end of the day'
270               ENDIF
271
272               DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
273                  READ( inpfiles(jj)%cdtyp(ji), '(I4)', IOSTAT = ios, ERR = 900 ) itype
274900               IF ( ios /= 0 ) THEN
275                     ! Set type to zero if there is a problem in the string conversion
276                     itype = 0
277                  ENDIF
278
279                  IF ( ANY ( idailyavtypes(:) == itype ) ) THEN
280                  !  for daily averaged data force the time
281                  !  to be the last time-step of the day, but still within the day.
282                     IF ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >= 0. ) THEN
283                        inpfiles(jj)%ptim(ji) = &
284                           & INT(inpfiles(jj)%ptim(ji)) + 0.9999
285                     ELSE
286                        inpfiles(jj)%ptim(ji) = &
287                           & INT(inpfiles(jj)%ptim(ji)) - 0.0001
288                     ENDIF
289                  ENDIF
290
291               END DO
292
293            ENDIF
294
295            IF ( inpfiles(jj)%nobs > 0 ) THEN
296               inpfiles(jj)%iproc(:,:) = -1
297               inpfiles(jj)%iobsi(:,:) = -1
298               inpfiles(jj)%iobsj(:,:) = -1
299            ENDIF
300            inowin = 0
301            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
302               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
303               llcycle = .TRUE.
304               DO jvar = 1, kvars
305                  IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
306                     llcycle = .FALSE.
307                     EXIT
308                  ENDIF
309               END DO
310               IF ( llcycle ) CYCLE
311               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. &
312                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN
313                  inowin = inowin + 1
314               ENDIF
315            END DO
316            ALLOCATE( zlam(inowin)  )
317            ALLOCATE( zphi(inowin)  )
318            ALLOCATE( iobsi(inowin,kvars) )
319            ALLOCATE( iobsj(inowin,kvars) )
320            ALLOCATE( iproc(inowin,kvars) )
321            inowin = 0
322            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
323               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
324               llcycle = .TRUE.
325               DO jvar = 1, kvars
326                  IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
327                     llcycle = .FALSE.
328                     EXIT
329                  ENDIF
330               END DO
331               IF ( llcycle ) CYCLE
332               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. &
333                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN
334                  inowin = inowin + 1
335                  zlam(inowin) = inpfiles(jj)%plam(ji)
336                  zphi(inowin) = inpfiles(jj)%pphi(ji)
337               ENDIF
338            END DO
339
340            ! Assume anything other than velocity is on T grid
341            IF ( TRIM( inpfiles(jj)%cname(1) ) == 'UVEL' ) THEN
342               CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi(:,1), iobsj(:,1), &
343                  &                  iproc(:,1), 'U' )
344               CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi(:,2), iobsj(:,2), &
345                  &                  iproc(:,2), 'V' )
346            ELSE
347               CALL obs_grid_search( inowin, zlam, zphi, iobsi(:,1), iobsj(:,1), &
348                  &                  iproc(:,1), 'T' )
349               IF ( kvars > 1 ) THEN
350                  DO jvar = 2, kvars
351                     iobsi(:,jvar) = iobsi(:,1)
352                     iobsj(:,jvar) = iobsj(:,1)
353                     iproc(:,jvar) = iproc(:,1)
354                  END DO
355               ENDIF
356            ENDIF
357
358            inowin = 0
359            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
360               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
361               llcycle = .TRUE.
362               DO jvar = 1, kvars
363                  IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
364                     llcycle = .FALSE.
365                     EXIT
366                  ENDIF
367               END DO
368               IF ( llcycle ) CYCLE
369               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. &
370                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN
371                  inowin = inowin + 1
372                  DO jvar = 1, kvars
373                     inpfiles(jj)%iproc(ji,jvar) = iproc(inowin,jvar)
374                     inpfiles(jj)%iobsi(ji,jvar) = iobsi(inowin,jvar)
375                     inpfiles(jj)%iobsj(ji,jvar) = iobsj(inowin,jvar)
376                  END DO
377                  IF ( kvars > 1 ) THEN
378                     DO jvar = 2, kvars
379                        IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,jvar) /= &
380                           & inpfiles(jj)%iproc(ji,1) ) THEN
381                           CALL ctl_stop( 'Error in obs_read_prof:', &
382                              & 'observation on different processors for different vars')
383                        ENDIF
384                     END DO
385                  ENDIF
386               ENDIF
387            END DO
388            DEALLOCATE( zlam, zphi, iobsi, iobsj, iproc )
389
390            DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
391               IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
392               llcycle = .TRUE.
393               DO jvar = 1, kvars
394                  IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
395                     llcycle = .FALSE.
396                     EXIT
397                  ENDIF
398               END DO
399               IF ( llcycle ) CYCLE
400               IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. &
401                  & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN
402                  IF ( nproc == 0 ) THEN
403                     IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) >  nproc ) CYCLE
404                  ELSE
405                     IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) /= nproc ) CYCLE
406                  ENDIF
407                  llvalprof = .FALSE.
408                  DO jvar = 1, kvars
409                     IF ( ldvar(jvar) ) THEN
410                        DO ij = 1,inpfiles(jj)%nlev
411                           IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) &
412                              & CYCLE
413                           IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar),2) .AND. &
414                              & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN
415                              ivart0(jvar) = ivart0(jvar) + 1
416                           ENDIF
417                        END DO
418                     ENDIF
419                  END DO
420                  DO ij = 1,inpfiles(jj)%nlev
421                     IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) &
422                        & CYCLE
423                     DO jvar = 1, kvars
424                        IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar),2) .AND. &
425                           &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. &
426                           &    ldvar(jvar) ) ) THEN
427                           ip3dt = ip3dt + 1
428                           llvalprof = .TRUE.
429                           EXIT
430                        ENDIF
431                     END DO
432                  END DO
433
434                  IF ( llvalprof ) iprof = iprof + 1
435
436               ENDIF
437            END DO
438
439         ENDIF
440
441      END DO prof_files
442
443      !-----------------------------------------------------------------------
444      ! Get the time ordered indices of the input data
445      !-----------------------------------------------------------------------
446
447      !---------------------------------------------------------------------
448      !  Loop over input data files to count total number of profiles
449      !---------------------------------------------------------------------
450      iproftot = 0
451      DO jj = 1, inobf
452         DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
453            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
454            llcycle = .TRUE.
455            DO jvar = 1, kvars
456               IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
457                  llcycle = .FALSE.
458                  EXIT
459               ENDIF
460            END DO
461            IF ( llcycle ) CYCLE
462            IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. &
463               & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN
464               iproftot = iproftot + 1
465            ENDIF
466         END DO
467      END DO
468
469      ALLOCATE( iindx(iproftot), ifileidx(iproftot), &
470         &      iprofidx(iproftot), zdat(iproftot) )
471      jk = 0
472      DO jj = 1, inobf
473         DO ji = 1, inpfiles(jj)%nobs
474            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
475            llcycle = .TRUE.
476            DO jvar = 1, kvars
477               IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
478                  llcycle = .FALSE.
479                  EXIT
480               ENDIF
481            END DO
482            IF ( llcycle ) CYCLE
483            IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND. &
484               & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) )       ) THEN
485               jk = jk + 1
486               ifileidx(jk) = jj
487               iprofidx(jk) = ji
488               zdat(jk)     = inpfiles(jj)%ptim(ji)
489            ENDIF
490         END DO
491      END DO
492      CALL sort_dp_indx( iproftot, &
493         &               zdat,     &
494         &               iindx   )
495
496      iv3dt(:) = -1
497      IF (ldsatt) THEN
498         iv3dt(:) = ip3dt
499      ELSE
500         iv3dt(:) = ivart0(:)
501      ENDIF
502      CALL obs_prof_alloc( profdata, kvars, kextr, iprof, iv3dt, &
503         &                 kstp, jpi, jpj, jpk, ldclim )
504
505      ! * Read obs/positions, QC, all variable and assign to profdata
506
507      profdata%nprof     = 0
508      profdata%nvprot(:) = 0
509      profdata%cvars(:)  = clvars(:)
510      iprof = 0
511
512      ip3dt = 0
513      ivart(:) = 0
514      itypvar   (:,:) = 0
515      itypvarmpp(:,:) = 0
516
517      ioserrcount = 0
518      DO jk = 1, iproftot
519
520         jj = ifileidx(iindx(jk))
521         ji = iprofidx(iindx(jk))
522
523         IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
524         llcycle = .TRUE.
525         DO jvar = 1, kvars
526            IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
527               llcycle = .FALSE.
528               EXIT
529            ENDIF
530         END DO
531         IF ( llcycle ) CYCLE
532
533         IF ( ( inpfiles(jj)%ptim(ji) >  djulini(jj) ) .AND.  &
534            & ( inpfiles(jj)%ptim(ji) <= djulend(jj) ) ) THEN
535
536            IF ( nproc == 0 ) THEN
537               IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) >  nproc ) CYCLE
538            ELSE
539               IF ( inpfiles(jj)%iproc(ji,1) /= nproc ) CYCLE
540            ENDIF
541
542            llvalprof = .FALSE.
543
544            IF ( inpfiles(jj)%ioqc(ji) > 2 ) CYCLE
545
546            IF ( BTEST(inpfiles(jj)%ioqc(ji),2 ) ) CYCLE
547            llcycle = .TRUE.
548            DO jvar = 1, kvars
549               IF ( .NOT. ( BTEST(inpfiles(jj)%ivqc(ji,jvar),2) ) ) THEN
550                  llcycle = .FALSE.
551                  EXIT
552               ENDIF
553            END DO
554            IF ( llcycle ) CYCLE
555
556            loop_prof : DO ij = 1, inpfiles(jj)%nlev
557
558               IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) &
559                  & CYCLE
560
561               DO jvar = 1, kvars
562                  IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar),2) .AND. &
563                     & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN
564
565                     llvalprof = .TRUE. 
566                     EXIT loop_prof
567
568                  ENDIF
569               END DO
570
571            END DO loop_prof
572
573            ! Set profile information
574
575            IF ( llvalprof ) THEN
576
577               iprof = iprof + 1
578
579               CALL jul2greg( isec,                   &
580                  &           imin,                   &
581                  &           ihou,                   &
582                  &           iday,                   &
583                  &           imon,                   &
584                  &           iyea,                   &
585                  &           inpfiles(jj)%ptim(ji), &
586                  &           irefdate(jj) )
587
588
589               ! Profile time coordinates
590               profdata%nyea(iprof) = iyea
591               profdata%nmon(iprof) = imon
592               profdata%nday(iprof) = iday
593               profdata%nhou(iprof) = ihou
594               profdata%nmin(iprof) = imin
595
596               ! Profile space coordinates
597               profdata%rlam(iprof) = inpfiles(jj)%plam(ji)
598               profdata%rphi(iprof) = inpfiles(jj)%pphi(ji)
599
600               ! Coordinate search parameters
601               DO jvar = 1, kvars
602                  profdata%mi  (iprof,jvar) = inpfiles(jj)%iobsi(ji,jvar)
603                  profdata%mj  (iprof,jvar) = inpfiles(jj)%iobsj(ji,jvar)
604               END DO
605
606               ! Profile WMO number
607               profdata%cwmo(iprof) = inpfiles(jj)%cdwmo(ji)
608
609               ! Instrument type
610               READ( inpfiles(jj)%cdtyp(ji), '(I4)', IOSTAT = ios, ERR = 901 ) itype
611901            IF ( ios /= 0 ) THEN
612                  IF (ioserrcount == 0) CALL ctl_warn ( 'Problem converting an instrument type to integer. Setting type to zero' )
613                  ioserrcount = ioserrcount + 1
614                  itype = 0
615               ENDIF
616
617               profdata%ntyp(iprof) = itype
618
619               ! QC stuff
620
621               profdata%nqc(iprof)     = inpfiles(jj)%ioqc(ji)
622               profdata%nqcf(:,iprof)  = inpfiles(jj)%ioqcf(:,ji)
623               profdata%ipqc(iprof)    = inpfiles(jj)%ipqc(ji)
624               profdata%ipqcf(:,iprof) = inpfiles(jj)%ipqcf(:,ji)
625               profdata%itqc(iprof)    = inpfiles(jj)%itqc(ji)
626               profdata%itqcf(:,iprof) = inpfiles(jj)%itqcf(:,ji)
627               profdata%ivqc(iprof,:)  = inpfiles(jj)%ivqc(ji,:)
628               profdata%ivqcf(:,iprof,:) = inpfiles(jj)%ivqcf(:,ji,:)
629
630               ! Bookkeeping data to match profiles
631               profdata%npidx(iprof) = iprof
632               profdata%npfil(iprof) = iindx(jk)
633
634               ! Observation QC flag (whole profile)
635               profdata%nqc(iprof)  = 0 !TODO
636
637               loop_p : DO ij = 1, inpfiles(jj)%nlev
638
639                  IF ( inpfiles(jj)%pdep(ij,ji) >= 6000. ) &
640                     & CYCLE
641
642                  IF (ldsatt) THEN
643
644                     DO jvar = 1, kvars
645                        IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar),2) .AND. &
646                           &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. &
647                           &    ldvar(jvar) ) ) THEN
648                           ip3dt = ip3dt + 1
649                           EXIT
650                        ELSE IF ( jvar == kvars ) THEN
651                           CYCLE loop_p
652                        ENDIF
653                     END DO
654
655                  ENDIF
656
657                  DO jvar = 1, kvars
658                 
659                     IF ( ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar),2) .AND. &
660                       &   .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) .AND. &
661                       &    ldvar(jvar) ) .OR. ldsatt ) THEN
662
663                        IF (ldsatt) THEN
664
665                           ivart(jvar) = ip3dt
666
667                        ELSE
668
669                           ivart(jvar) = ivart(jvar) + 1
670
671                        ENDIF
672
673                        ! Depth of jvar observation
674                        profdata%var(jvar)%vdep(ivart(jvar)) = &
675                           &                inpfiles(jj)%pdep(ij,ji)
676
677                        ! Depth of jvar observation QC
678                        profdata%var(jvar)%idqc(ivart(jvar)) = &
679                           &                inpfiles(jj)%idqc(ij,ji)
680
681                        ! Depth of jvar observation QC flags
682                        profdata%var(jvar)%idqcf(:,ivart(jvar)) = &
683                           &                inpfiles(jj)%idqcf(:,ij,ji)
684
685                        ! Profile index
686                        profdata%var(jvar)%nvpidx(ivart(jvar)) = iprof
687
688                        ! Vertical index in original profile
689                        profdata%var(jvar)%nvlidx(ivart(jvar)) = ij
690
691                        ! Profile jvar value
692                        IF ( .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar),2) .AND. &
693                           & .NOT. BTEST(inpfiles(jj)%idqc(ij,ji),2) ) THEN
694                           profdata%var(jvar)%vobs(ivart(jvar)) = &
695                              &                inpfiles(jj)%pob(ij,ji,jvar)
696                           IF ( ldmod ) THEN
697                              profdata%var(jvar)%vmod(ivart(jvar)) = &
698                                 &                inpfiles(jj)%padd(ij,ji,1,jvar)
699                           ENDIF
700                           IF ( profdata%lclim ) THEN
701                               profdata%var(jvar)%vclm(ivart(jvar)) = fbrmdi
702                           ENDIF                         
703                           ! Count number of profile var1 data as function of type
704                           itypvar( profdata%ntyp(iprof) + 1, jvar ) = &
705                              & itypvar( profdata%ntyp(iprof) + 1, jvar ) + 1
706                        ELSE
707                           profdata%var(jvar)%vobs(ivart(jvar)) = fbrmdi
708                        ENDIF
709
710                        ! Profile jvar qc
711                        profdata%var(jvar)%nvqc(ivart(jvar)) = &
712                           & inpfiles(jj)%ivlqc(ij,ji,jvar)
713
714                        ! Profile jvar qc flags
715                        profdata%var(jvar)%nvqcf(:,ivart(jvar)) = &
716                           & inpfiles(jj)%ivlqcf(:,ij,ji,jvar)
717
718                        ! Profile insitu T value
719                        IF ( TRIM( inpfiles(jj)%cname(jvar) ) == 'POTM' ) THEN
720                           profdata%var(jvar)%vext(ivart(jvar),1) = &
721                              &                inpfiles(jj)%pext(ij,ji,1)
722                        ENDIF
723
724                     ENDIF
725                 
726                  END DO
727
728               END DO loop_p
729
730            ENDIF
731
732         ENDIF
733
734      END DO
735
736      !-----------------------------------------------------------------------
737      ! Sum up over processors
738      !-----------------------------------------------------------------------
739
740      DO jvar = 1, kvars
741         CALL obs_mpp_sum_integer ( ivart0(jvar), ivartmpp(jvar) )
742      END DO
743      CALL obs_mpp_sum_integer ( ip3dt,   ip3dtmpp  )
744
745      DO jvar = 1, kvars
746         CALL obs_mpp_sum_integers( itypvar(:,jvar), itypvarmpp(:,jvar), ntyp1770 + 1 )
747      END DO
748
749      !-----------------------------------------------------------------------
750      ! Output number of observations.
751      !-----------------------------------------------------------------------
752      IF(lwp) THEN
753         WRITE(numout,*) 
754         WRITE(numout,'(A)') ' Profile data'
755         WRITE(numout,'(1X,A)') '------------'
756         WRITE(numout,*) 
757         DO jvar = 1, kvars
758            WRITE(numout,'(1X,A)') 'Profile data, '//TRIM( profdata%cvars(jvar) )
759            WRITE(numout,'(1X,A)') '------------------------'
760            DO ji = 0, ntyp1770
761               IF ( itypvarmpp(ji+1,jvar) > 0 ) THEN
762                  WRITE(numout,'(1X,A3,1X,A48,A3,I8)') ctypshort(ji), &
763                     & cwmonam1770(ji)(1:52),' = ', &
764                     & itypvarmpp(ji+1,jvar)
765               ENDIF
766            END DO
767            WRITE(numout,'(1X,A)') &
768               & '---------------------------------------------------------------'
769            WRITE(numout,'(1X,A55,I8)') &
770               & 'Total profile data for variable '//TRIM( profdata%cvars(jvar) )// &
771               & '             = ', ivartmpp(jvar)
772            WRITE(numout,'(1X,A)') &
773               & '---------------------------------------------------------------'
774            WRITE(numout,*) 
775         END DO
776      ENDIF
777
778      IF (ldsatt) THEN
779         profdata%nvprot(:)    = ip3dt
780         profdata%nvprotmpp(:) = ip3dtmpp
781      ELSE
782         DO jvar = 1, kvars
783            profdata%nvprot(jvar)    = ivart(jvar)
784            profdata%nvprotmpp(jvar) = ivartmpp(jvar)
785         END DO
786      ENDIF
787      profdata%nprof        = iprof
788
789      !-----------------------------------------------------------------------
790      ! Model level search
791      !-----------------------------------------------------------------------
792      DO jvar = 1, kvars
793         IF ( ldvar(jvar) ) THEN
794            CALL obs_level_search( jpk, gdept_1d, &
795               & profdata%nvprot(jvar), profdata%var(jvar)%vdep, &
796               & profdata%var(jvar)%mvk )
797         ENDIF
798      END DO
799
800      !-----------------------------------------------------------------------
801      ! Set model equivalent to 99999
802      !-----------------------------------------------------------------------
803      IF ( .NOT. ldmod ) THEN
804         DO jvar = 1, kvars
805            profdata%var(jvar)%vmod(:) = fbrmdi
806         END DO
807      ENDIF
808      !-----------------------------------------------------------------------
809      ! Deallocate temporary data
810      !-----------------------------------------------------------------------
811      DEALLOCATE( ifileidx, iprofidx, zdat, clvars )
812
813      !-----------------------------------------------------------------------
814      ! Deallocate input data
815      !-----------------------------------------------------------------------
816      DO jj = 1, inobf
817         CALL dealloc_obfbdata( inpfiles(jj) )
818      END DO
819      DEALLOCATE( inpfiles )
820
821   END SUBROUTINE obs_rea_prof
822
823END MODULE obs_read_prof
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.