New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
p2zbio.F90 in trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z – NEMO

source: trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zbio.F90 @ 6140

Last change on this file since 6140 was 6140, checked in by timgraham, 9 years ago

Merge of branches/2015/dev_merge_2015 back into trunk. Merge excludes NEMOGCM/TOOLS/OBSTOOLS/ for now due to issues with the change of file type. Will sort these manually with further commits.

Branch merged as follows:
In the working copy of branch ran:
svn merge ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk@HEAD
Small conflicts due to bug fixes applied to trunk since the dev_merge_2015 was copied. Bug fixes were applied to the branch as well so these were easy to resolve.
Branch committed at this stage

In working copy run:
svn switch ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
to switch working copy

Run:
svn merge --reintegrate ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2015/dev_merge_2015
to merge the branch into the trunk and then commit - no conflicts at this stage.
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 29.1 KB
Line 
1MODULE p2zbio
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p2zbio  ***
4   !! TOP :   LOBSTER
5   !!======================================================================
6   !! History :    -   !  1999-07  (M. Levy) Original code
7   !!              -   !  2000-12  (E. Kestenare) assign a parameter to name individual tracers
8   !!              -   !  2001-03  (M. Levy)  LNO3 + dia2d
9   !!             2.0  !  2007-12  (C. Deltel, G. Madec)  F90
10   !!----------------------------------------------------------------------
11#if defined key_pisces_reduced
12   !!----------------------------------------------------------------------
13   !!   'key_pisces_reduced'                                     LOBSTER bio-model
14   !!----------------------------------------------------------------------
15   !!   p2z_bio        : 
16   !!----------------------------------------------------------------------
17   USE oce_trc         !
18   USE trc             !
19   USE sms_pisces
20   USE p2zopt
21   USE lbclnk          !
22   USE prtctl_trc      ! Print control for debbuging
23   USE trd_oce
24   USE trdtrc
25   USE iom
26   
27   IMPLICIT NONE
28   PRIVATE
29
30   PUBLIC   p2z_bio         ! called in ???
31   PUBLIC   p2z_bio_init    ! called in ???
32
33   REAL(wp) ::   tmumax     ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
34   REAL(wp) ::   rgamma     ! phytoplankton exudation fraction             [%]
35   REAL(wp) ::   fphylab    ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation
36   REAL(wp) ::   tmminp     ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
37   REAL(wp) ::   aki        ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
38   !
39   REAL(wp) ::   akno3      ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
40   REAL(wp) ::   aknh4      ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
41   REAL(wp) ::   taunn      ! nitrification rate                           [s-1]
42   REAL(wp) ::   psinut     ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
43   !
44   REAL(wp) ::   taudn      ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
45   REAL(wp) ::   fdetlab    ! NH4 fraction of detritus dissolution
46   !
47   REAL(wp) ::   taudomn    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
48   !                        ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
49   !
50   REAL(wp) ::   rppz       ! ivlev coeff for zoo mortality
51   REAL(wp) ::   taus       ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
52   !                                     ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
53   REAL(wp) ::   aks        ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
54   REAL(wp) ::   rpnaz      ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
55   REAL(wp) ::   rdnaz      ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
56   REAL(wp) ::   tauzn      ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
57   REAL(wp) ::   tmminz     ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
58   REAL(wp) ::   fzoolab    ! NH4 fraction of zooplankton excretion
59   REAL(wp) ::   fdbod      ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
60
61   !! * Substitutions
62#  include "vectopt_loop_substitute.h90"
63   !!----------------------------------------------------------------------
64   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010)
65   !! $Id$
66   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
67   !!----------------------------------------------------------------------
68CONTAINS
69
70   SUBROUTINE p2z_bio( kt )
71      !!---------------------------------------------------------------------
72      !!                     ***  ROUTINE p2z_bio  ***
73      !!
74      !! ** Purpose :   compute the now trend due to biogeochemical processes
75      !!              and add it to the general trend of passive tracers equations
76      !!
77      !! ** Method  :   each now biological flux is calculated in function of now
78      !!              concentrations of tracers.
79      !!              depending on the tracer, these fluxes are sources or sinks.
80      !!              the total of the sources and sinks for each tracer
81      !!              is added to the general trend.
82      !!       
83      !!                      tra = tra + zf...tra - zftra...
84      !!                                     |         |
85      !!                                     |         |
86      !!                                  source      sink
87      !!       
88      !!              IF 'key_diabio' defined , the biogeochemical trends
89      !!              for passive tracers are saved for futher diagnostics.
90      !!---------------------------------------------------------------------
91      !!
92      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index     
93      !!
94      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jl
95      REAL(wp) ::   zdet, zzoo, zphy, zno3, znh4, zdom      ! now concentrations
96      REAL(wp) ::   zlno3, zlnh4, zle, zlt                  ! limitation terms for phyto
97      REAL(wp) ::   zno3phy, znh4phy, zphynh4, zphydom
98      REAL(wp) ::   zphydet, zphyzoo, zdetzoo
99      REAL(wp) ::   zzoonh4, zzoodom, zzoodet, zdetnh4, zdetdom
100      REAL(wp) ::   znh4no3, zdomnh4, zppz, zpdz, zpppz, zppdz, zfood
101      REAL(wp) ::   zfilpz, zfildz, zphya, zzooa, zno3a
102      REAL(wp) ::   znh4a, zdeta, zdoma, zzoobod, zboddet, zdomaju
103      REAL(wp) ::   ze3t
104      REAL(wp), POINTER,   DIMENSION(:,:,:) :: zw2d
105      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) :: zw3d
106      CHARACTER (len=25) :: charout
107      !!---------------------------------------------------------------------
108      !
109      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p2z_bio')
110      !
111      IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN
112         CALL wrk_alloc( jpi, jpj,     17, zw2d )
113         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, 3, zw3d )
114      ENDIF
115
116      IF( kt == nittrc000 ) THEN
117         IF(lwp) WRITE(numout,*)
118         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' p2z_bio: LOBSTER bio-model'
119         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~'
120      ENDIF
121
122      xksi(:,:) = 0.e0        ! zooplakton closure ( fbod)
123      IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN
124         zw2d  (:,:,:) = 0.e0
125         zw3d(:,:,:,:) = 0.e0
126      ENDIF
127
128      !                                      ! -------------------------- !
129      DO jk = 1, jpkbm1                      !  Upper ocean (bio-layers)  !
130         !                                   ! -------------------------- !
131         DO jj = 2, jpjm1
132            DO ji = fs_2, fs_jpim1 
133               ! trophic variables( det, zoo, phy, no3, nh4, dom)
134               ! ------------------------------------------------
135
136               ! negative trophic variables DO not contribute to the fluxes
137               zdet = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpdet) )
138               zzoo = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpzoo) )
139               zphy = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpphy) )
140               zno3 = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpno3) )
141               znh4 = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpnh4) )
142               zdom = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpdom) )
143
144               ! Limitations
145               zlt   = 1.
146               zle   = 1. - EXP( -etot(ji,jj,jk) / aki / zlt )
147               ! psinut,akno3,aknh4 added by asklod AS Kremeur 2005-03
148               zlno3 = zno3 * EXP( -psinut * znh4 ) / ( akno3 + zno3 )
149               zlnh4 = znh4 / (znh4+aknh4) 
150
151               ! sinks and sources
152               !    phytoplankton production and exsudation
153               zno3phy = tmumax * zle * zlt * zlno3 * zphy
154               znh4phy = tmumax * zle * zlt * zlnh4 * zphy
155
156               !    fphylab added by asklod AS Kremeur 2005-03
157               zphydom = rgamma * (1 - fphylab) * (zno3phy + znh4phy)
158               zphynh4 = rgamma * fphylab * (zno3phy + znh4phy)
159               ! zooplankton production
160               !    preferences
161               zppz = rppz
162               zpdz = 1. - rppz
163               zpppz = ( zppz * zphy ) / ( ( zppz * zphy + zpdz * zdet ) + 1.e-13 )
164               zppdz = ( zpdz * zdet ) / ( ( zppz * zphy + zpdz * zdet ) + 1.e-13 )
165               zfood = zpppz * zphy + zppdz * zdet
166               !    filtration
167               zfilpz = taus * zpppz / (aks + zfood)
168               zfildz = taus * zppdz / (aks + zfood)
169               !    grazing
170               zphyzoo = zfilpz * zphy * zzoo
171               zdetzoo = zfildz * zdet * zzoo
172
173               ! fecal pellets production
174               zzoodet = rpnaz * zphyzoo + rdnaz * zdetzoo
175
176               ! zooplankton liquide excretion
177               zzoonh4 = tauzn * fzoolab * zzoo 
178               zzoodom = tauzn * (1 - fzoolab) * zzoo
179
180               ! mortality
181               !    phytoplankton mortality
182               zphydet = tmminp * zphy
183
184               !    zooplankton mortality
185               !    closure : flux grazing is redistributed below level jpkbio
186               zzoobod = tmminz * zzoo * zzoo
187               xksi(ji,jj) = xksi(ji,jj) + (1-fdbod) * zzoobod * e3t_n(ji,jj,jk)
188               zboddet = fdbod * zzoobod
189
190               ! detritus and dom breakdown
191               zdetnh4 = taudn * fdetlab * zdet
192               zdetdom = taudn * (1 - fdetlab) * zdet
193
194               zdomnh4 = taudomn * zdom
195
196               ! flux added to express how the excess of nitrogen from
197               ! PHY, ZOO and DET to DOM goes directly to NH4 (flux of ajustment)
198               zdomaju = (1 - redf/reddom) * (zphydom + zzoodom + zdetdom)
199
200               ! Nitrification
201               znh4no3 = taunn * znh4
202
203               ! determination of trends
204               !    total trend for each biological tracer
205               zphya =   zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet
206               zzooa =   zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoodom - zzoonh4 - zzoobod
207               zno3a = - zno3phy + znh4no3
208               znh4a = - znh4phy - znh4no3 + zphynh4 + zzoonh4 + zdomnh4 + zdetnh4 + zdomaju
209               zdeta =   zphydet + zzoodet - zdetzoo - zdetnh4 - zdetdom + zboddet
210               zdoma =   zphydom + zzoodom + zdetdom - zdomnh4 - zdomaju
211
212               ! tracer flux at totox-point added to the general trend
213               tra(ji,jj,jk,jpdet) = tra(ji,jj,jk,jpdet) + zdeta
214               tra(ji,jj,jk,jpzoo) = tra(ji,jj,jk,jpzoo) + zzooa
215               tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) + zphya
216               tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) + zno3a
217               tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + znh4a
218               tra(ji,jj,jk,jpdom) = tra(ji,jj,jk,jpdom) + zdoma
219
220
221               IF( ( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput ) .OR. l_trdtrc ) THEN
222                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd     ) = zno3phy
223                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  1) = znh4phy
224                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  2) = zphynh4
225                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  3) = zphydom
226                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  4) = zphyzoo
227                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  5) = zphydet
228                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  6) = zdetzoo
229                  !  trend number 8 in p2zsed
230                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  8) = zzoodet
231                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  9) = zzoobod
232                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 10) = zzoonh4
233                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 11) = zzoodom
234                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 12) = znh4no3
235                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 13) = zdomnh4
236                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 14) = zdetnh4
237                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 15) = zdetdom
238                  !  trend number 17 in p2zexp
239                ENDIF
240                IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN
241                  ! convert fluxes in per day
242                  ze3t = e3t_n(ji,jj,jk) * 86400._wp
243                  zw2d(ji,jj,1)  = zw2d(ji,jj,1)  + zno3phy * ze3t
244                  zw2d(ji,jj,2)  = zw2d(ji,jj,2)  + znh4phy * ze3t
245                  zw2d(ji,jj,3)  = zw2d(ji,jj,3)  + zphydom * ze3t
246                  zw2d(ji,jj,4)  = zw2d(ji,jj,4)  + zphynh4 * ze3t
247                  zw2d(ji,jj,5)  = zw2d(ji,jj,5)  + zphyzoo * ze3t
248                  zw2d(ji,jj,6)  = zw2d(ji,jj,6)  + zphydet * ze3t
249                  zw2d(ji,jj,7)  = zw2d(ji,jj,7)  + zdetzoo * ze3t
250                  zw2d(ji,jj,8)  = zw2d(ji,jj,8)  + zzoodet * ze3t
251                  zw2d(ji,jj,9)  = zw2d(ji,jj,9)  + zzoobod * ze3t
252                  zw2d(ji,jj,10) = zw2d(ji,jj,10) + zzoonh4 * ze3t
253                  zw2d(ji,jj,11) = zw2d(ji,jj,11) + zzoodom * ze3t
254                  zw2d(ji,jj,12) = zw2d(ji,jj,12) + znh4no3 * ze3t
255                  zw2d(ji,jj,13) = zw2d(ji,jj,13) + zdomnh4 * ze3t
256                  zw2d(ji,jj,14) = zw2d(ji,jj,14) + zdetnh4 * ze3t
257                  zw2d(ji,jj,15) = zw2d(ji,jj,15) + ( zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet ) * ze3t
258                  zw2d(ji,jj,16) = zw2d(ji,jj,16) + ( zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoobod - zzoonh4 - zzoodom ) * ze3t
259                  zw2d(ji,jj,17) = zw2d(ji,jj,17) + zdetdom * ze3t
260                  !   
261                  zw3d(ji,jj,jk,1) = zno3phy * 86400
262                  zw3d(ji,jj,jk,2) = znh4phy * 86400     
263                  zw3d(ji,jj,jk,3) = znh4no3 * 86400   
264                   !
265                ENDIF
266            END DO
267         END DO
268      END DO
269
270      !                                      ! -------------------------- !
271      DO jk = jpkb, jpkm1                    !  Upper ocean (bio-layers)  !
272         !                                   ! -------------------------- !
273         DO jj = 2, jpjm1
274            DO ji = fs_2, fs_jpim1 
275               ! remineralisation of all quantities towards nitrate
276
277               !    trophic variables( det, zoo, phy, no3, nh4, dom)
278               !       negative trophic variables DO not contribute to the fluxes
279               zdet = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpdet) )
280               zzoo = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpzoo) )
281               zphy = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpphy) )
282               zno3 = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpno3) )
283               znh4 = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpnh4) )
284               zdom = MAX( 0.e0, trn(ji,jj,jk,jpdom) )
285
286               !    Limitations
287               zlt   = 0.e0
288               zle   = 0.e0
289               zlno3 = 0.e0
290               zlnh4 = 0.e0
291
292               !    sinks and sources
293               !       phytoplankton production and exsudation
294               zno3phy = 0.e0
295               znh4phy = 0.e0
296               zphydom = 0.e0
297               zphynh4 = 0.e0
298
299               !    zooplankton production
300               zphyzoo = 0.e0      ! grazing
301               zdetzoo = 0.e0
302
303               zzoodet = 0.e0      ! fecal pellets production
304
305               zzoonh4 = tauzn * fzoolab * zzoo         ! zooplankton liquide excretion
306               zzoodom = tauzn * (1 - fzoolab) * zzoo
307
308               !    mortality
309               zphydet = tmminp * zphy      ! phytoplankton mortality
310
311               zzoobod = 0.e0               ! zooplankton mortality
312               zboddet = 0.e0               ! closure : flux fbod is redistributed below level jpkbio
313
314               !    detritus and dom breakdown
315               zdetnh4 = taudn * fdetlab * zdet
316               zdetdom = taudn * (1 - fdetlab) * zdet
317
318               zdomnh4 = taudomn * zdom
319               zdomaju = (1 - redf/reddom) * (zphydom + zzoodom + zdetdom)
320
321               !    Nitrification
322               znh4no3 = taunn * znh4
323
324
325               ! determination of trends
326               !     total trend for each biological tracer
327               zphya =   zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet
328               zzooa =   zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoodom - zzoonh4 - zzoobod
329               zno3a = - zno3phy + znh4no3 
330               znh4a = - znh4phy - znh4no3 + zphynh4 + zzoonh4 + zdomnh4 + zdetnh4 + zdomaju
331               zdeta = zphydet + zzoodet  - zdetzoo - zdetnh4 - zdetdom + zboddet
332               zdoma = zphydom + zzoodom + zdetdom - zdomnh4 - zdomaju
333
334               ! tracer flux at totox-point added to the general trend
335               tra(ji,jj,jk,jpdet) = tra(ji,jj,jk,jpdet) + zdeta
336               tra(ji,jj,jk,jpzoo) = tra(ji,jj,jk,jpzoo) + zzooa
337               tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) + zphya
338               tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) + zno3a
339               tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + znh4a
340               tra(ji,jj,jk,jpdom) = tra(ji,jj,jk,jpdom) + zdoma
341               !
342               IF( ( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput ) .OR. l_trdtrc ) THEN
343                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd     ) = zno3phy
344                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  1) = znh4phy
345                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  2) = zphynh4
346                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  3) = zphydom
347                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  4) = zphyzoo
348                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  5) = zphydet
349                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  6) = zdetzoo
350                  !  trend number 8 in p2zsed
351                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  8) = zzoodet
352                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  9) = zzoobod
353                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 10) = zzoonh4
354                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 11) = zzoodom
355                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 12) = znh4no3
356                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 13) = zdomnh4
357                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 14) = zdetnh4
358                  trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 15) = zdetdom
359                  !  trend number 17 in p2zexp
360                ENDIF
361                IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN
362                  ! convert fluxes in per day
363                  ze3t = e3t_n(ji,jj,jk) * 86400._wp
364                  zw2d(ji,jj,1)  = zw2d(ji,jj,1)  + zno3phy * ze3t
365                  zw2d(ji,jj,2)  = zw2d(ji,jj,2)  + znh4phy * ze3t
366                  zw2d(ji,jj,3)  = zw2d(ji,jj,3)  + zphydom * ze3t
367                  zw2d(ji,jj,4)  = zw2d(ji,jj,4)  + zphynh4 * ze3t
368                  zw2d(ji,jj,5)  = zw2d(ji,jj,5)  + zphyzoo * ze3t
369                  zw2d(ji,jj,6)  = zw2d(ji,jj,6)  + zphydet * ze3t
370                  zw2d(ji,jj,7)  = zw2d(ji,jj,7)  + zdetzoo * ze3t
371                  zw2d(ji,jj,8)  = zw2d(ji,jj,8)  + zzoodet * ze3t
372                  zw2d(ji,jj,9)  = zw2d(ji,jj,9)  + zzoobod * ze3t
373                  zw2d(ji,jj,10) = zw2d(ji,jj,10) + zzoonh4 * ze3t
374                  zw2d(ji,jj,11) = zw2d(ji,jj,11) + zzoodom * ze3t
375                  zw2d(ji,jj,12) = zw2d(ji,jj,12) + znh4no3 * ze3t
376                  zw2d(ji,jj,13) = zw2d(ji,jj,13) + zdomnh4 * ze3t
377                  zw2d(ji,jj,14) = zw2d(ji,jj,14) + zdetnh4 * ze3t
378                  zw2d(ji,jj,15) = zw2d(ji,jj,15) + ( zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet ) * ze3t
379                  zw2d(ji,jj,16) = zw2d(ji,jj,16) + ( zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoobod - zzoonh4 - zzoodom ) * ze3t
380                  zw2d(ji,jj,17) = zw2d(ji,jj,17) + zdetdom * ze3t
381                  !   
382                  zw3d(ji,jj,jk,1) = zno3phy * 86400._wp
383                  zw3d(ji,jj,jk,2) = znh4phy * 86400._wp
384                  zw3d(ji,jj,jk,3) = znh4no3 * 86400._wp
385                   !
386                ENDIF
387            END DO
388         END DO
389      END DO
390
391      IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN
392         DO jl = 1, 17 
393            CALL lbc_lnk( zw2d(:,:,jl),'T', 1. )
394         END DO
395         DO jl = 1, 3
396            CALL lbc_lnk( zw3d(:,:,:,jl),'T', 1. )
397         END DO
398      ENDIF
399      IF( lk_iomput ) THEN
400            ! Save diagnostics
401        CALL iom_put( "TNO3PHY", zw2d(:,:,1) )
402        CALL iom_put( "TNH4PHY", zw2d(:,:,2) )
403        CALL iom_put( "TPHYDOM", zw2d(:,:,3) )
404        CALL iom_put( "TPHYNH4", zw2d(:,:,4) )
405        CALL iom_put( "TPHYZOO", zw2d(:,:,5) )
406        CALL iom_put( "TPHYDET", zw2d(:,:,6) )
407        CALL iom_put( "TDETZOO", zw2d(:,:,7) )
408        CALL iom_put( "TZOODET", zw2d(:,:,8) )
409        CALL iom_put( "TZOOBOD", zw2d(:,:,9) )
410        CALL iom_put( "TZOONH4", zw2d(:,:,10) )
411        CALL iom_put( "TZOODOM", zw2d(:,:,11) )
412        CALL iom_put( "TNH4NO3", zw2d(:,:,12) )
413        CALL iom_put( "TDOMNH4", zw2d(:,:,13) )
414        CALL iom_put( "TDETNH4", zw2d(:,:,14) )
415        CALL iom_put( "TPHYTOT", zw2d(:,:,15) )
416        CALL iom_put( "TZOOTOT", zw2d(:,:,16) )
417         !
418        CALL iom_put( "FNO3PHY", zw3d(:,:,:,1) )
419        CALL iom_put( "FNH4PHY", zw3d(:,:,:,2) )
420        CALL iom_put( "FNH4NO3", zw3d(:,:,:,3) )
421         !
422       ELSE
423          IF( ln_diatrc ) THEN
424            !
425            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d    ) = zw2d(:,:,1) 
426            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 1) = zw2d(:,:,2) 
427            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 2) = zw2d(:,:,3) 
428            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 3) = zw2d(:,:,4) 
429            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 4) = zw2d(:,:,5) 
430            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 5) = zw2d(:,:,6) 
431            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 6) = zw2d(:,:,7) 
432                     ! trend number 8 is in p2zsed.F
433            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d +  8) = zw2d(:,:,8) 
434            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d +  9) = zw2d(:,:,9) 
435            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 10) = zw2d(:,:,10) 
436            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 11) = zw2d(:,:,11) 
437            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 12) = zw2d(:,:,12) 
438            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 13) = zw2d(:,:,13) 
439            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 14) = zw2d(:,:,14) 
440            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 15) = zw2d(:,:,15) 
441            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 16) = zw2d(:,:,16) 
442            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 17) = zw2d(:,:,17) 
443            ! trend number 19 is in p2zexp.F
444            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = zw3d(:,:,:,1) 
445            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 1) = zw3d(:,:,:,2) 
446            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 2) = zw3d(:,:,:,3) 
447         ENDIF
448        !
449      ENDIF
450
451      IF( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput )  THEN
452         DO jl = jp_pcs0_trd, jp_pcs1_trd
453            CALL lbc_lnk( trbio(:,:,1,jl),'T', 1. )
454         END DO
455      ENDIF
456      !
457      IF( l_trdtrc ) THEN
458         DO jl = jp_pcs0_trd, jp_pcs1_trd
459            CALL trd_trc( trbio(:,:,:,jl), jl, kt )   ! handle the trend
460         END DO
461      ENDIF
462
463      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging)
464         WRITE(charout, FMT="('bio')")
465         CALL prt_ctl_trc_info(charout)
466         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm)
467      ENDIF
468      !
469      IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN
470         CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,     17, zw2d )
471         CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, 3, zw3d )
472      ENDIF
473      !
474      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p2z_bio')
475      !
476   END SUBROUTINE p2z_bio
477
478   SUBROUTINE p2z_bio_init
479      !!----------------------------------------------------------------------
480      !!                  ***  ROUTINE p2z_bio_init  ***
481      !!
482      !! ** Purpose :  biological parameters
483      !!
484      !! ** Method  :   Read namelist and check the parameters
485      !!
486      !!----------------------------------------------------------------------
487      NAMELIST/namlobphy/ tmumax, rgamma, fphylab, tmminp, aki
488      NAMELIST/namlobnut/ akno3, aknh4, taunn, psinut
489      NAMELIST/namlobzoo/ rppz, taus, aks, rpnaz, rdnaz, tauzn, fzoolab, fdbod, tmminz
490      NAMELIST/namlobdet/  taudn, fdetlab
491      NAMELIST/namlobdom/ taudomn
492      INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read
493      !!----------------------------------------------------------------------
494
495      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobphy in reference namelist : Lobster biological parameters
496      READ  ( numnatp_ref, namlobphy, IOSTAT = ios, ERR = 901)
497901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobphy in reference namelist', lwp )
498
499      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobphy in configuration namelist : Lobster biological parameters
500      READ  ( numnatp_cfg, namlobphy, IOSTAT = ios, ERR = 902 )
501902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobphy in configuration namelist', lwp )
502      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobphy )
503
504      IF(lwp) THEN
505          WRITE(numout,*) ' Namelist namlobphy'
506          WRITE(numout,*) '    phyto max growth rate                                tmumax    =', 86400 * tmumax, ' d'
507          WRITE(numout,*) '    phytoplankton exudation fraction                     rgamma    =', rgamma
508          WRITE(numout,*) '    NH4 fraction of phytoplankton exsudation             fphylab   =', fphylab
509          WRITE(numout,*) '    minimal phyto mortality rate                         tmminp    =', 86400 * tmminp
510          WRITE(numout,*) '    light hlaf saturation constant                       aki       =', aki
511          WRITE(numout,*) ' '
512      ENDIF
513
514      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobnut in reference namelist : Lobster nutriments parameters
515      READ  ( numnatp_ref, namlobnut, IOSTAT = ios, ERR = 903)
516903   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobnut in reference namelist', lwp )
517
518      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobnut in configuration namelist : Lobster nutriments parameters
519      READ  ( numnatp_cfg, namlobnut, IOSTAT = ios, ERR = 904 )
520904   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobnut in configuration namelist', lwp )
521      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobnut )
522
523      IF(lwp) THEN
524          WRITE(numout,*) ' Namelist namlobnut'
525          WRITE(numout,*) '    half-saturation nutrient for no3 uptake              akno3     =', akno3
526          WRITE(numout,*) '    half-saturation nutrient for nh4 uptake              aknh4     =', aknh4
527          WRITE(numout,*) '    nitrification rate                                   taunn     =', taunn
528          WRITE(numout,*) '    inhibition of no3 uptake by nh4                      psinut    =', psinut
529          WRITE(numout,*) ' '
530      ENDIF
531
532      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobzoo in reference namelist : Lobster zooplankton parameters
533      READ  ( numnatp_ref, namlobzoo, IOSTAT = ios, ERR = 905)
534905   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobzoo in reference namelist', lwp )
535
536      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobzoo in configuration namelist : Lobster zooplankton parameters
537      READ  ( numnatp_cfg, namlobzoo, IOSTAT = ios, ERR = 906 )
538906   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobzoo in configuration namelist', lwp )
539      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobzoo )
540
541      IF(lwp) THEN
542          WRITE(numout,*) ' Namelist namlobzoo'
543          WRITE(numout,*) '    zoo preference for phyto                             rppz      =', rppz
544          WRITE(numout,*) '    maximal zoo grazing rate                             taus      =', 86400 * taus, ' d'
545          WRITE(numout,*) '    half saturation constant for zoo food                aks       =', aks
546          WRITE(numout,*) '    non-assimilated phyto by zoo                         rpnaz     =', rpnaz
547          WRITE(numout,*) '    non-assimilated detritus by zoo                      rdnaz     =', rdnaz
548          WRITE(numout,*) '    zoo specific excretion rate                          tauzn     =', 86400 * tauzn
549          WRITE(numout,*) '    minimal zoo mortality rate                           tmminz    =', 86400 * tmminz
550          WRITE(numout,*) '    NH4 fraction of zooplankton excretion                fzoolab   =', fzoolab
551          WRITE(numout,*) '    Zooplankton mortality fraction that goes to detritus fdbod     =', fdbod
552          WRITE(numout,*) ' '
553      ENDIF
554
555      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobdet in reference namelist : Lobster detritus parameters
556      READ  ( numnatp_ref, namlobdet, IOSTAT = ios, ERR = 907)
557907   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdet in reference namelist', lwp )
558
559      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobdet in configuration namelist : Lobster detritus parameters
560      READ  ( numnatp_cfg, namlobdet, IOSTAT = ios, ERR = 908 )
561908   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdet in configuration namelist', lwp )
562      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobdet )
563
564      IF(lwp) THEN
565          WRITE(numout,*) ' Namelist namlobdet'
566          WRITE(numout,*) '    detrital breakdown rate                              taudn     =', 86400 * taudn , ' d'
567          WRITE(numout,*) '    NH4 fraction of detritus dissolution                 fdetlab   =', fdetlab
568          WRITE(numout,*) ' '
569      ENDIF
570
571      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist namlobdom in reference namelist : Lobster DOM breakdown rate
572      READ  ( numnatp_ref, namlobdom, IOSTAT = ios, ERR = 909)
573909   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdom in reference namelist', lwp )
574
575      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist namlobdom in configuration namelist : Lobster DOM breakdown rate
576      READ  ( numnatp_cfg, namlobdom, IOSTAT = ios, ERR = 910 )
577910   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdom in configuration namelist', lwp )
578      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobdom )
579
580      IF(lwp) THEN
581          WRITE(numout,*) ' Namelist namlobdom'
582          WRITE(numout,*) '    DOM breakdown rate                                 taudomn     =', 86400 * taudn , ' d'
583          WRITE(numout,*) ' '
584      ENDIF
585      !
586   END SUBROUTINE p2z_bio_init
587
588#else
589   !!======================================================================
590   !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model
591   !!======================================================================
592CONTAINS
593   SUBROUTINE p2z_bio( kt )                   ! Empty routine
594      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt
595      WRITE(*,*) 'p2z_bio: You should not have seen this print! error?', kt
596   END SUBROUTINE p2z_bio
597#endif 
598
599   !!======================================================================
600END MODULE p2zbio
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.