New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 10004 – NEMO

Changeset 10004


Ignore:
Timestamp:
2018-07-26T11:45:40+02:00 (5 years ago)
Author:
frrh
Message:

Various fixes

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO
Files:
19 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diawri.F90

    r9830 r10004  
    253253      CALL iom_put( "avt" , avt                        )    ! T vert. eddy diff. coef. 
    254254      CALL iom_put( "avm" , avmu                       )    ! T vert. eddy visc. coef. 
     255#if defined key_zdftke 
    255256      IF( lk_zdftke ) THEN    
    256257         CALL iom_put( "tke"      , en                               )    ! TKE budget: Turbulent Kinetic Energy    
    257258         CALL iom_put( "tke_niw"  , e_niw                            )    ! TKE budget: Near-inertial waves    
    258259      ENDIF  
     260#endif 
    259261      CALL iom_put( "avs" , fsavs(:,:,:)               )    ! S vert. eddy diff. coef. (useful only with key_zdfddm) 
    260262                                                            ! Log of eddy diff coef 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRA/traadv_tvd.F90

    r7771 r10004  
    3333   USE wrk_nemo       ! Memory Allocation 
    3434   USE timing         ! Timing 
     35   USE phycst         ! Physical constants 
    3536   USE lib_fortran    ! Fortran utilities (allows no signed zero when 'key_nosignedzero' defined)   
    3637   USE iom 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trdken.F90

    r7179 r10004  
    195195                    CALL ken_p2k( kt , zke ) 
    196196                      CALL iom_put( "ketrd_convP2K", zke )     ! conversion -rau*g*w 
     197# if defined key_ldfslp || key_esopa 
    197198        CASE( jpdyn_eivke ) 
    198199            ! CMIP6 diagnostic tknebto = tendency of KE from 
    … …  
    216217            CALL iom_put("ketrd_eiv", zke2d) 
    217218            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zke2d ) 
     219#endif 
    218220         ! 
    219221      END SELECT 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/air_sea.F90

    r9385 r10004  
    6262# endif 
    6363                                   zchd, zchn, zdin, zsil 
    64       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gphit, tmask, mig, mjg 
    65 # if defined key_iomput 
     64      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, gphit, tmask, mig, mjg 
    6665      USE iom,               ONLY: lk_iomput 
    67 # endif 
    6866      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    6967      USE par_kind,          ONLY: wp 
    … …  
    185183               call trc_rst_dia_stat(zpho(:,:), 'zpho') 
    186184#   endif 
     185#  if defined key_axy_carbchem 
     186#   if defined key_mocsy 
    187187      DO jj = 2,jpjm1 
    188188         DO ji = 2,jpim1 
    189189            if (tmask(ji,jj,1) == 1) then 
    190190               !! 
    191 #  if defined key_axy_carbchem 
    192 #   if defined key_mocsy 
    193191               !! Jpalm -- 12-09-2017 -- add extra check after reccurent 
    194192               !!          carbonate failure in the coupled run. 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_med_diag_iomput.F90

    r8442 r10004  
    3131      !!------------------------------------------------------------------- 
    3232      USE bio_medusa_mod 
    33       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, mbathy, tmask 
     33      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, mbathy, tmask 
    3434      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    3535      USE par_oce,           ONLY: jpim1, jpjm1 
    … …  
    718718CONTAINS 
    719719   SUBROUTINE bio_med_diag_iomput( )                    ! Empty routine 
     720      IMPLICIT NONE 
    720721      WRITE(*,*) 'bio_med_diag_iomput: You should not have seen this print! error?' 
    721722   END SUBROUTINE bio_med_diag_iomput 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag.F90

    r8442 r10004  
    3232      USE bio_med_diag_iomput_mod,  ONLY: bio_med_diag_iomput 
    3333      USE bio_medusa_mod 
    34       USE dom_oce,                  ONLY: e3t_0, e3t_n,                  & 
    35                                           gdepw_0, gdepw_n, tmask 
     34      USE dom_oce,                  ONLY: e3t_0, gdepw_0, tmask 
    3635      USE in_out_manager,           ONLY: lwp, numout 
    37 # if defined key_iomput 
    3836      USE iom,                      ONLY: lk_iomput 
    39 # endif 
    4037      USE par_oce,                  ONLY: jpim1, jpjm1 
    4138      USE sms_medusa,               ONLY: xrfn, xthetapd, xthetapn,      & 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag_slice.F90

    r9114 r10004  
    3535      USE dom_oce,           ONLY: tmask 
    3636      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    37 # if defined key_iomput 
    3837      USE iom,               ONLY: iom_put 
    39 # endif 
    4038      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk 
    4139      USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90

    r9114 r10004  
    3333      !!---------------------------------------------------------------------- 
    3434      USE bio_medusa_mod 
    35       USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt, e3t_n, tmask 
     35      USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt, tmask 
    3636      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    37 # if defined key_iomput 
    38       USE iom,               ONLY: iom_put, lk_iomput 
    39 # endif 
     37      USE iom,               ONLY: iom_put 
    4038      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk 
    4139      USE oce,               ONLY: chloro_out_cpl  

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_init.F90

    r9257 r10004  
    3737      USE sms_medusa,        ONLY: jdms 
    3838      USE trc,               ONLY: ln_diatrc, med_diag, nittrc000  
    39       USE in_out_manager,    ONLY: lwp 
    40  
    41 # if defined key_iomput 
    42       USE iom,               ONLY: lk_iomput, numout 
     39      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
     40 
     41      USE iom,               ONLY: lk_iomput 
    4342      USE trcnam_medusa,     ONLY: trc_nam_iom_medusa 
    44 # endif 
    4543 
    4644      !! time (integer timestep) 
    … …  
    178176      zdic(:,:)  = 0.0 
    179177      zsil(:,:)  = 0.0 
     178# if defined key_mocsy 
     179      ! zpho is only defined if key_mocsy 
     180      ! is active, so we must protect this 
     181      ! initialisation accordingly.  
    180182      zpho(:,:)  = 0.0 
     183# endif 
    181184      f_co2flux(:,:)  = 0.0  
    182185      f_pco2atm(:,:)  = 0.0 
    … …  
    864867CONTAINS 
    865868   SUBROUTINE bio_medusa_init( )                   ! Empty routine 
     869      IMPLICIT NONE 
    866870      WRITE(*,*) 'bio_medusa_init: You should not have seen this print! error?' 
    867871   END SUBROUTINE bio_medusa_init 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_update.F90

    r9975 r10004  
    7171# endif 
    7272                                   zpds, zphd, zphn 
    73       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gphit, mbathy, tmask 
     73      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, gphit, mbathy, tmask 
    7474      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    7575      USE lib_mpp,           ONLY: ctl_stop 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/carb_chem.F90

    r9385 r10004  
    4040# endif 
    4141                                   zalk, zdic, zsal, zsil, ztmp  
    42       USE dom_oce,           ONLY: gdept_0, gdept_n, gdepw_0, gdepw_n,    & 
    43                                    gphit, mbathy, tmask 
     42      USE dom_oce,           ONLY: gdept_0, gdepw_0, gphit, mbathy, tmask 
    4443      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    4544      USE oce,               ONLY: PCO2a_in_cpl, tsb, tsn 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/detritus.F90

    r8521 r10004  
    4545                                        fun_T, fun_Q10, zdet, zdtc 
    4646      USE detritus_fast_sink_mod, ONLY: detritus_fast_sink 
    47       USE dom_oce,                ONLY: mbathy, e3t_0, e3t_n, gphit, tmask 
     47      USE dom_oce,                ONLY: mbathy, e3t_0, gphit, tmask 
    4848      USE in_out_manager,         ONLY: lwp, numout 
    4949      USE par_oce,                ONLY: jpim1, jpjm1 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/detritus_fast_sink.F90

    r8441 r10004  
    6666                                   idf, idfval,                            & 
    6767                                   zdet, zdtc 
    68       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gdepw_0, gdepw_n,         & 
    69                                    gphit, mbathy, tmask 
     68      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, gdepw_0, gphit, mbathy, tmask 
    7069      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    7170      USE oce,               ONLY: tsn 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/iron_chem_scav.F90

    r8441 r10004  
    3535                                   zdet, zfer, zphd, zphn, zzme, zzmi,    & 
    3636                                   idf, idfval                           
    37       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gdepw_0, gdepw_n,        & 
    38                                    mbathy, tmask 
     37      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, gdepw_0, mbathy, tmask 
    3938      USE par_kind,          ONLY: wp 
    4039      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/phytoplankton.F90

    r9114 r10004  
    4444                                   zfer, zpds, zphd, zphn, zsil,         & 
    4545                                   zzme, zzmi, fchl_ml 
    46       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, gdepw_0, gdepw_n, tmask 
     46      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, gdepw_0, tmask 
    4747      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 
    4848      USE oce,               ONLY: tsn 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/trcbio_medusa.F90

    r9975 r10004  
    7878                                            zfer, zpds, zphd, zphn, zsil,   & 
    7979                                            zzme, zzmi 
    80       USE dom_oce,                    ONLY: e3t_0, e3t_n,                   & 
    81                                             gdept_0, gdept_n,               & 
    82                                             gdepw_0, gdepw_n,               & 
     80      USE dom_oce,                    ONLY: e3t_0,                          & 
     81                                            gdept_0,                        & 
     82                                            gdepw_0,                        & 
    8383                                            nday_year, nsec_day,            & 
    8484                                            nyear, nyear_len, ndastp,       & 
    … …  
    8787                                            njmpp  
    8888      USE in_out_manager,             ONLY: lwp, numout, nn_date0 
    89 # if defined key_iomput 
    9089      USE iom,                        ONLY: lk_iomput 
    91 # endif 
    9290      USE lbclnk,                     ONLY: lbc_lnk 
    9391      USE lib_mpp,                    ONLY: mpp_max, mpp_maxloc,            &  
    … …  
    10021000CONTAINS 
    10031001   SUBROUTINE trc_bio_medusa( kt )                   ! Empty routine 
     1002      IMPLICIT NONE 
    10041003      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    10051004      WRITE(*,*) 'trc_bio_medusa: You should not have seen this print! error?', kt 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/zooplankton.F90

    r8441 r10004  
    4141                                   idf, idfval,                          & 
    4242                                   zdet, zdtc, zphd, zphn, zzme, zzmi 
    43       USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_n, tmask 
     43      USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, tmask 
    4444      USE par_kind,          ONLY: wp 
    4545      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r9262 r10004  
    110110   END TYPE DIAG 
    111111 
    112 #if defined key_medusa && defined key_iomput 
     112#if defined key_medusa 
    113113   TYPE, PUBLIC :: BDIAG 
    114114      LOGICAL              :: dgsave 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_fix_cpp_keys/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcstat.F90

    r9163 r10004  
    2828   USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj 
    2929   USE par_trc,           ONLY: jptra 
    30    USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, e3t_a, e3t_n, gdepw_0, gdepw_n,     & 
    31                           tmask, e1e2t 
     30   USE dom_oce,           ONLY: e3t_0, gdepw_0, tmask, e1e2t 
    3231   !* MPP library                          
    3332   USE lib_mpp 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.