Changeset 10120


Ignore:
Timestamp:
2018-09-12T19:12:15+02:00 (3 years ago)
Author:
charris
Message:

Added in obsoper updates (and commented out some lines in bias.F90 which don't work as intended currently).

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM
Files:
19 deleted
18 edited
4 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r10005 r10120  
    12241224&namobs       !  observation usage switch                               ('key_diaobs') 
    12251225!----------------------------------------------------------------------- 
    1226    ln_t3d     = .false.    ! Logical switch for T profile observations 
    1227    ln_s3d     = .false.    ! Logical switch for S profile observations 
    1228    ln_ena     = .false.    ! Logical switch for ENACT insitu data set 
    1229    !                       !     ln_cor                  Logical switch for Coriolis insitu data set 
    1230    ln_profb   = .false.    ! Logical switch for feedback insitu data set 
    1231    ln_sla     = .false.    ! Logical switch for SLA observations 
    1232  
    1233    ln_sladt   = .false.    ! Logical switch for AVISO SLA data 
    1234  
    1235    ln_slafb   = .false.    ! Logical switch for feedback SLA data 
    1236                            !     ln_ssh                  Logical switch for SSH observations 
    1237  
    1238    ln_sst     = .false.     ! Logical switch for SST observations 
    1239    ln_reysst  = .false.     !     ln_reysst               Logical switch for Reynolds observations 
    1240    ln_ghrsst  = .false.    !     ln_ghrsst               Logical switch for GHRSST observations 
    1241  
    1242    ln_sstfb   = .false.    ! Logical switch for feedback SST data 
    1243                            !     ln_sss                  Logical switch for SSS observations 
    1244    ln_seaice  = .false.    ! Logical switch for Sea Ice observations 
    1245                            !     ln_vel3d                Logical switch for velocity observations 
    1246                            !     ln_velavcur             Logical switch for velocity daily av. cur. 
    1247                            !     ln_velhrcur             Logical switch for velocity high freq. cur. 
    1248                            !     ln_velavadcp            Logical switch for velocity daily av. ADCP 
    1249                            !     ln_velhradcp            Logical switch for velocity high freq. ADCP 
    1250                            !     ln_velfb                Logical switch for feedback velocity data 
    1251                            !     ln_grid_global          Global distribtion of observations 
    1252                            !     ln_grid_search_lookup   Logical switch for obs grid search w/lookup table 
    1253                            !     grid_search_file        Grid search lookup file header 
    1254                            !     enactfiles              ENACT input observation file names 
    1255                            !     coriofiles              Coriolis input observation file name 
    1256    !                       ! profbfiles: Profile feedback input observation file name 
    1257    profbfiles = 'profiles_01.nc' 
    1258                            !     ln_profb_enatim         Enact feedback input time setting switch 
    1259                            !     slafilesact             Active SLA input observation file name 
    1260                            !     slafilespas             Passive SLA input observation file name 
    1261    !                       ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file name 
    1262    slafbfiles = 'sla_01.nc' 
    1263                            !     sstfiles                GHRSST input observation file name 
    1264    !                       ! sstfbfiles: Feedback SST input observation file name 
    1265    sstfbfiles = 'sst_01.nc' 
    1266                            !     seaicefiles             Sea Ice input observation file names 
    1267    seaicefiles = 'seaice_01.nc' 
    1268                            !     velavcurfiles           Vel. cur. daily av. input file name 
    1269                            !     velhvcurfiles           Vel. cur. high freq. input file name 
    1270                            !     velavadcpfiles          Vel. ADCP daily av. input file name 
    1271                            !     velhvadcpfiles          Vel. ADCP high freq. input file name 
    1272                            !     velfbfiles              Vel. feedback input observation file name 
    1273                            !     dobsini                 Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1274                            !     dobsend                 Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1275                            !     n1dint                  Type of vertical interpolation method 
    1276                            !     n2dint                  Type of horizontal interpolation method 
    1277                            !     ln_nea                  Rejection of observations near land switch 
    1278    nmsshc     = 0          ! MSSH correction scheme 
    1279                            !     mdtcorr                 MDT  correction 
    1280                            !     mdtcutoff               MDT cutoff for computed correction 
    1281    ln_altbias = .false.    ! Logical switch for alt bias 
    1282    ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files 
    1283                            !     endailyavtypes   ENACT daily average types 
    1284    ln_grid_global = .true. 
    1285    ln_grid_search_lookup = .false. 
     1226   ln_diaobs  = .false.             ! Logical switch for the observation operator 
     1227   ln_t3d     = .false.             ! Logical switch for T profile observations 
     1228   ln_s3d     = .false.             ! Logical switch for S profile observations 
     1229   ln_sla     = .false.             ! Logical switch for SLA observations 
     1230   ln_sst     = .false.             ! Logical switch for SST observations 
     1231   ln_sic     = .false.             ! Logical switch for Sea Ice observations 
     1232   ln_vel3d   = .false.             ! Logical switch for velocity observations 
     1233   ln_sss     = .false.             ! Logical swithc for SSS observations 
     1234   ln_logchl  = .false.             ! Logical switch for log(Chl) obs 
     1235   ln_spm     = .false.             ! Logical switch for SPM obs 
     1236   ln_fco2    = .false.              
     1237   ln_pco2    = .false. 
     1238   ln_altbias = .false.             ! Logical switch for altimeter bias correction 
     1239   ln_sstbias = .false.             ! Logical switch for SST bias correction 
     1240   ln_nea     = .false.             ! Logical switch for rejection of observations near land 
     1241   ln_grid_global = .true.          ! Logical switch for global distribution of observations 
     1242   ln_grid_search_lookup = .false.  ! Logical switch for obs grid search w/lookup table 
     1243   ln_ignmis  = .true.              ! Logical switch for ignoring missing files 
     1244   ln_s_at_t  = .false.             ! Logical switch for computing model S at T obs if not there 
     1245   ln_sstnight = .false.            ! Logical switch for calculating night-time average for SST obs 
     1246   ln_sla_fp_indegs = .true.        ! Logical: T=> averaging footpring is in degrees, F=> in metres 
     1247   ln_sst_fp_indegs = .true. 
     1248   ln_sss_fp_indegs = .true. 
     1249   ln_sic_fp_indegs = .true. 
     1250! All of the *files* variables below are arrays. Use namelist_cfg to add more files 
     1251   cn_profbfiles = 'profiles_01.nc'    ! Profile feedback input observation file names 
     1252   cn_slafbfiles = 'sla_01.nc'         ! SLA feedback input observation file names 
     1253   cn_sstfbfiles = 'sst_01.nc'         ! SST feedback input observation file names 
     1254   cn_sicfbfiles = 'sic_01.nc'         ! SIC feedback input observation file names 
     1255   cn_velfbfiles = 'vel_01.nc'         ! Velocity feedback input observation file names 
     1256   cn_sssfbfiles = 'sss_01.nc'         ! SSS feedback input observation file names 
     1257   cn_altbiasfile = 'altbias.nc'       ! Altimeter bias input file name 
     1258   cn_sstbiasfiles = 'sstbias.nc'      ! SST bias input file names 
     1259   cn_gridsearchfile = 'gridsearch.nc' ! Grid search file name 
     1260   rn_gridsearchres = 0.5              ! Grid search resolution 
     1261   rn_sla_avglamscl = 0.               ! E/W diameter of SLA observation footprint (metres/degrees) 
     1262   rn_sla_avgphiscl = 0.               ! N/S diameter of SLA observation footprint (metres/degrees) 
     1263   rn_sst_avglamscl = 0. 
     1264   rn_sst_avgphiscl = 0. 
     1265   rn_sss_avglamscl = 0. 
     1266   rn_sss_avgphiscl = 0. 
     1267   rn_sic_avglamscl = 0. 
     1268   rn_sic_avgphiscl = 0. 
     1269   nn_1dint = 0                        ! Type of vertical interpolation method 
     1270   nn_2dint = 0                        ! Default horizontal interpolation method 
     1271   nn_2dint_sla = 0                    ! Horizontal interpolation method for SLA 
     1272   nn_2dint_sst = 0                    ! Horizontal interpolation method for SST 
     1273   nn_2dint_sss = 0                    ! Horizontal interpolation method for SSS 
     1274   nn_2dint_sic = 0                    ! Horizontal interpolation method for SIC 
     1275   nn_msshc = 0                        ! MSSH correction scheme 
     1276   rn_mdtcorr = 1.61                   ! MDT  correction 
     1277   rn_mdtcutoff = 65.0                 ! MDT cutoff for computed correction 
     1278   nn_profdavtypes = -1                ! Profile daily average types - array 
    12861279/ 
    12871280!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/bias.F90

    r8447 r10120  
    243243      ! Set additional default values (note that most values are set in the reference namelist) 
    244244       
     245      ! This doesn't work because nitiaufin hasn't been set yet 
    245246      IF ( ln_asmiau ) nn_bias_itwrt = nitiaufin 
    246247       
    … …  
    318319         IF ( (.NOT. ln_incpc) .AND. ln_incpc_only) &    
    319320            &   CALL ctl_stop (' if you set ln_incpc_only to .true. then you need to set ln_incpc to .true. as well' ) 
    320           
    321          WRITE(numout,*) '     time step is    = ',rdt,'you choose to write pcbias at nn_bias_itwrt  = ',nn_bias_itwrt,'and end of iau is rday/rdt=',rday/rdt  
     321 
     322         ! This doesn't work because nitiaufin hasn't been set yet (but the old code with rday/rdt was also wrong)         
     323!         WRITE(numout,*) '     time step is    = ',rdt,'you choose to write pcbias at nn_bias_itwrt  = ',nn_bias_itwrt,'and end of iau is nitiaufin=',nitiaufin  
    322324      ENDIF 
    323325      IF( .NOT. ln_bias ) RETURN 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/diaobs.F90

    r10005 r10120  
    66   !!====================================================================== 
    77 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   'key_diaobs' : Switch on the observation diagnostic computation 
    108   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119   !!   dia_obs_init : Reading and prepare observations 
    … …  
    1513   !!   fin_date     : Compute the final date YYYYMMDD.HHMMSS 
    1614   !!---------------------------------------------------------------------- 
    17    !! * Modules used    
     15   !! * Modules used 
    1816   USE wrk_nemo                 ! Memory Allocation 
    1917   USE par_kind                 ! Precision variables 
    … …  
    2119   USE par_oce 
    2220   USE dom_oce                  ! Ocean space and time domain variables 
    23    USE obs_fbm, ONLY: ln_cl4    ! Class 4 diagnostic switch 
    24    USE obs_read_prof            ! Reading and allocation of observations (Coriolis) 
    25    USE obs_read_sla             ! Reading and allocation of SLA observations   
    26    USE obs_read_sst             ! Reading and allocation of SST observations   
     21   USE obs_read_prof            ! Reading and allocation of profile obs 
     22   USE obs_read_surf            ! Reading and allocation of surface obs 
    2723   USE obs_readmdt              ! Reading and allocation of MDT for SLA. 
    28    USE obs_read_seaice          ! Reading and allocation of Sea Ice observations   
    29    USE obs_read_vel             ! Reading and allocation of velocity component observations 
    3024   USE obs_prep                 ! Preparation of obs. (grid search etc). 
    3125   USE obs_oper                 ! Observation operators 
    … …  
    3327   USE obs_grid                 ! Grid searching 
    3428   USE obs_read_altbias         ! Bias treatment for altimeter 
     29   USE obs_sstbias              ! Bias correction routine for SST 
    3530   USE obs_profiles_def         ! Profile data definitions 
    36    USE obs_profiles             ! Profile data storage 
    3731   USE obs_surf_def             ! Surface data definitions 
    38    USE obs_sla                  ! SLA data storage 
    39    USE obs_sst                  ! SST data storage 
    40    USE obs_seaice               ! Sea Ice data storage 
    4132   USE obs_types                ! Definitions for observation types 
    4233   USE mpp_map                  ! MPP mapping 
    … …  
    5344      &   calc_date           ! Compute the date of a timestep 
    5445 
    55    !! * Shared Module variables 
    56    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER :: & 
    57 #if defined key_diaobs 
    58       & lk_diaobs = .TRUE.   !: Logical switch for observation diangostics 
    59 #else 
    60       & lk_diaobs = .FALSE.  !: Logical switch for observation diangostics 
    61 #endif 
    62  
    6346   !! * Module variables 
    64    LOGICAL, PUBLIC :: ln_t3d         !: Logical switch for temperature profiles 
    65    LOGICAL, PUBLIC :: ln_s3d         !: Logical switch for salinity profiles 
    66    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ena         !: Logical switch for the ENACT data set 
    67    LOGICAL, PUBLIC :: ln_cor         !: Logical switch for the Coriolis data set 
    68    LOGICAL, PUBLIC :: ln_profb       !: Logical switch for profile feedback datafiles 
    69    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sla         !: Logical switch for sea level anomalies  
    70    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sladt       !: Logical switch for SLA from AVISO files 
    71    LOGICAL, PUBLIC :: ln_slafb       !: Logical switch for SLA from feedback files 
    72    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sst         !: Logical switch for sea surface temperature 
    73    LOGICAL, PUBLIC :: ln_reysst      !: Logical switch for Reynolds sea surface temperature 
    74    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ghrsst      !: Logical switch for GHRSST data 
    75    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sstfb       !: Logical switch for SST from feedback files 
    76    LOGICAL, PUBLIC :: ln_seaice      !: Logical switch for sea ice concentration 
    77    LOGICAL, PUBLIC :: ln_vel3d       !: Logical switch for velocity component (u,v) observations 
    78    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velavcur    !: Logical switch for raw daily averaged netCDF current meter vel. data  
    79    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velhrcur    !: Logical switch for raw high freq netCDF current meter vel. data  
    80    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velavadcp   !: Logical switch for raw daily averaged netCDF ADCP vel. data  
    81    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velhradcp   !: Logical switch for raw high freq netCDF ADCP vel. data  
    82    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velfb       !: Logical switch for velocities from feedback files 
    83    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ssh         !: Logical switch for sea surface height 
    84    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sss         !: Logical switch for sea surface salinity 
    85    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sstnight    !: Logical switch for night mean SST observations 
    86    LOGICAL, PUBLIC :: ln_nea         !: Remove observations near land 
    87    LOGICAL, PUBLIC :: ln_altbias     !: Logical switch for altimeter bias   
    88    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ignmis      !: Logical switch for ignoring missing files 
    89    LOGICAL, PUBLIC :: ln_s_at_t      !: Logical switch to compute model S at T observations 
    90  
    91    REAL(KIND=dp), PUBLIC :: dobsini   !: Observation window start date YYYYMMDD.HHMMSS 
    92    REAL(KIND=dp), PUBLIC :: dobsend   !: Observation window end date YYYYMMDD.HHMMSS 
    93    
    94    INTEGER, PUBLIC :: n1dint       !: Vertical interpolation method 
    95    INTEGER, PUBLIC :: n2dint       !: Horizontal interpolation method  
    96  
     47   LOGICAL, PUBLIC :: & 
     48      &       lk_diaobs = .TRUE.  !: Include this for backwards compatibility at NEMO 3.6. 
     49   LOGICAL :: ln_diaobs           !: Logical switch for the obs operator 
     50   LOGICAL :: ln_sstnight         !: Logical switch for night mean SST obs 
     51   LOGICAL :: ln_sla_fp_indegs    !: T=> SLA obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     52   LOGICAL :: ln_sst_fp_indegs    !: T=> SST obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     53   LOGICAL :: ln_sss_fp_indegs    !: T=> SSS obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     54   LOGICAL :: ln_sic_fp_indegs    !: T=> sea-ice obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     55 
     56   REAL(wp) :: rn_sla_avglamscl !: E/W diameter of SLA observation footprint (metres) 
     57   REAL(wp) :: rn_sla_avgphiscl !: N/S diameter of SLA observation footprint (metres) 
     58   REAL(wp) :: rn_sst_avglamscl !: E/W diameter of SST observation footprint (metres) 
     59   REAL(wp) :: rn_sst_avgphiscl !: N/S diameter of SST observation footprint (metres) 
     60   REAL(wp) :: rn_sss_avglamscl !: E/W diameter of SSS observation footprint (metres) 
     61   REAL(wp) :: rn_sss_avgphiscl !: N/S diameter of SSS observation footprint (metres) 
     62   REAL(wp) :: rn_sic_avglamscl !: E/W diameter of sea-ice observation footprint (metres) 
     63   REAL(wp) :: rn_sic_avgphiscl !: N/S diameter of sea-ice observation footprint (metres) 
     64 
     65   INTEGER :: nn_1dint       !: Vertical interpolation method 
     66   INTEGER :: nn_2dint       !: Default horizontal interpolation method 
     67   INTEGER :: nn_2dint_sla   !: SLA horizontal interpolation method  
     68   INTEGER :: nn_2dint_sst   !: SST horizontal interpolation method  
     69   INTEGER :: nn_2dint_sss   !: SSS horizontal interpolation method  
     70   INTEGER :: nn_2dint_sic   !: Seaice horizontal interpolation method  
     71  
    9772   INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    98       & endailyavtypes !: ENACT data types which are daily average 
    99  
    100    INTEGER, PARAMETER :: MaxNumFiles = 1000 
    101    LOGICAL, DIMENSION(MaxNumFiles) :: & 
    102       & ln_profb_ena, & !: Is the feedback files from ENACT data ? 
    103    !                    !: If so use endailyavtypes 
    104       & ln_profb_enatim !: Change tim for 820 enact data set. 
    105     
    106    LOGICAL, DIMENSION(MaxNumFiles) :: & 
    107       & ln_velfb_av   !: Is the velocity feedback files daily average? 
     73      & nn_profdavtypes      !: Profile data types representing a daily average 
     74   INTEGER :: nproftypes     !: Number of profile obs types 
     75   INTEGER :: nsurftypes     !: Number of surface obs types 
     76   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     77      & nvarsprof, &         !: Number of profile variables 
     78      & nvarssurf            !: Number of surface variables 
     79   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     80      & nextrprof, &         !: Number of profile extra variables 
     81      & nextrsurf            !: Number of surface extra variables 
     82   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     83      & n2dintsurf           !: Interpolation option for surface variables 
     84   REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     85      & ravglamscl, &        !: E/W diameter of averaging footprint for surface variables 
     86      & ravgphiscl           !: N/S diameter of averaging footprint for surface variables 
    10887   LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    109       & ld_enact     !: Profile data is ENACT so use endailyavtypes 
    110    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    111       & ld_velav     !: Velocity data is daily averaged 
    112    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    113       & ld_sstnight  !: SST observation corresponds to night mean 
     88      & lfpindegs, &         !: T=> surface obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     89      & llnightav            !: Logical for calculating night-time averages 
     90 
     91   TYPE(obs_surf), PUBLIC, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     92      & surfdata, &          !: Initial surface data 
     93      & surfdataqc           !: Surface data after quality control 
     94   TYPE(obs_prof), PUBLIC, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     95      & profdata, &          !: Initial profile data 
     96      & profdataqc           !: Profile data after quality control 
     97 
     98   CHARACTER(len=6), PUBLIC, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     99      & cobstypesprof, &     !: Profile obs types 
     100      & cobstypessurf        !: Surface obs types 
    114101 
    115102   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    119106   !!---------------------------------------------------------------------- 
    120107 
     108   !! * Substitutions  
     109#  include "domzgr_substitute.h90" 
    121110CONTAINS 
    122111 
    … …  
    136125      !!        !  06-10  (A. Weaver) Cleaning and add controls 
    137126      !!        !  07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
     127      !!        !  14-08  (J.While) Incorporated SST bias correction 
     128      !!        !  15-02  (M. Martin) Simplification of namelist and code 
    138129      !!---------------------------------------------------------------------- 
    139130 
    … …  
    141132 
    142133      !! * Local declarations 
    143       CHARACTER(len=128) :: enactfiles(MaxNumFiles) 
    144       CHARACTER(len=128) :: coriofiles(MaxNumFiles) 
    145       CHARACTER(len=128) :: profbfiles(MaxNumFiles) 
    146       CHARACTER(len=128) :: sstfiles(MaxNumFiles)       
    147       CHARACTER(len=128) :: sstfbfiles(MaxNumFiles)  
    148       CHARACTER(len=128) :: slafilesact(MaxNumFiles)       
    149       CHARACTER(len=128) :: slafilespas(MaxNumFiles)       
    150       CHARACTER(len=128) :: slafbfiles(MaxNumFiles) 
    151       CHARACTER(len=128) :: seaicefiles(MaxNumFiles)            
    152       CHARACTER(len=128) :: velcurfiles(MaxNumFiles)   
    153       CHARACTER(len=128) :: veladcpfiles(MaxNumFiles)     
    154       CHARACTER(len=128) :: velavcurfiles(MaxNumFiles) 
    155       CHARACTER(len=128) :: velhrcurfiles(MaxNumFiles) 
    156       CHARACTER(len=128) :: velavadcpfiles(MaxNumFiles) 
    157       CHARACTER(len=128) :: velhradcpfiles(MaxNumFiles) 
    158       CHARACTER(len=128) :: velfbfiles(MaxNumFiles) 
    159       CHARACTER(LEN=128) :: reysstname 
    160       CHARACTER(LEN=12)  :: reysstfmt 
    161       CHARACTER(LEN=128) :: bias_file 
    162       CHARACTER(LEN=20)  :: datestr=" ", timestr=" " 
    163       NAMELIST/namobs/ln_ena, ln_cor, ln_profb, ln_t3d, ln_s3d,       & 
    164          &            ln_sla, ln_sladt, ln_slafb,                     & 
    165          &            ln_ssh, ln_sst, ln_sstfb, ln_sss, ln_nea,       & 
    166          &            enactfiles, coriofiles, profbfiles,             & 
    167          &            slafilesact, slafilespas, slafbfiles,           & 
    168          &            sstfiles, sstfbfiles,                           & 
    169          &            ln_seaice, seaicefiles,                         & 
    170          &            dobsini, dobsend, n1dint, n2dint,               & 
    171          &            nmsshc, mdtcorr, mdtcutoff,                     & 
    172          &            ln_reysst, ln_ghrsst, reysstname, reysstfmt,    & 
     134      INTEGER, PARAMETER :: & 
     135         & jpmaxnfiles = 1000    ! Maximum number of files for each obs type 
     136      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     137         & ifilesprof, &         ! Number of profile files 
     138         & ifilessurf            ! Number of surface files 
     139      INTEGER :: ios             ! Local integer output status for namelist read 
     140      INTEGER :: jtype           ! Counter for obs types 
     141      INTEGER :: jvar            ! Counter for variables 
     142      INTEGER :: jfile           ! Counter for files 
     143      INTEGER :: jnumsstbias     ! Number of SST bias files to read and apply 
     144 
     145      CHARACTER(len=128), DIMENSION(jpmaxnfiles) :: & 
     146         & cn_profbfiles,    &   ! T/S profile input filenames 
     147         & cn_sstfbfiles,    &   ! Sea surface temperature input filenames 
     148         & cn_slafbfiles,    &   ! Sea level anomaly input filenames 
     149         & cn_sicfbfiles,    &   ! Seaice concentration input filenames 
     150         & cn_velfbfiles,    &   ! Velocity profile input filenames 
     151         & cn_sssfbfiles,    &   ! Sea surface salinity input filenames 
     152         & cn_logchlfbfiles, &   ! Log(Chl) input filenames 
     153         & cn_spmfbfiles,    &   ! Sediment input filenames 
     154         & cn_fco2fbfiles,   &   ! fco2 input filenames 
     155         & cn_pco2fbfiles,   &   ! pco2 input filenames 
     156         & cn_sstbiasfiles       ! SST bias input filenames 
     157 
     158      CHARACTER(LEN=128) :: & 
     159         & cn_altbiasfile        ! Altimeter bias input filename 
     160 
     161 
     162      LOGICAL :: ln_t3d          ! Logical switch for temperature profiles 
     163      LOGICAL :: ln_s3d          ! Logical switch for salinity profiles 
     164      LOGICAL :: ln_sla          ! Logical switch for sea level anomalies  
     165      LOGICAL :: ln_sst          ! Logical switch for sea surface temperature 
     166      LOGICAL :: ln_sic          ! Logical switch for sea ice concentration 
     167      LOGICAL :: ln_sss          ! Logical switch for sea surface salinity obs 
     168      LOGICAL :: ln_vel3d        ! Logical switch for velocity (u,v) obs 
     169      LOGICAL :: ln_logchl       ! Logical switch for log(Chl) obs 
     170      LOGICAL :: ln_spm          ! Logical switch for sediment obs 
     171      LOGICAL :: ln_fco2         ! Logical switch for fco2 obs 
     172      LOGICAL :: ln_pco2         ! Logical switch for pco2 obs 
     173      LOGICAL :: ln_nea          ! Logical switch to remove obs near land 
     174      LOGICAL :: ln_altbias      ! Logical switch for altimeter bias 
     175      LOGICAL :: ln_sstbias      ! Logical switch for bias correction of SST 
     176      LOGICAL :: ln_ignmis       ! Logical switch for ignoring missing files 
     177      LOGICAL :: ln_s_at_t       ! Logical switch to compute model S at T obs 
     178      LOGICAL :: ln_bound_reject ! Logical switch for rejecting obs near the boundary 
     179 
     180      REAL(dp) :: rn_dobsini     ! Obs window start date YYYYMMDD.HHMMSS 
     181      REAL(dp) :: rn_dobsend     ! Obs window end date   YYYYMMDD.HHMMSS 
     182 
     183      CHARACTER(len=128), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: & 
     184         & clproffiles, &        ! Profile filenames 
     185         & clsurffiles           ! Surface filenames 
     186 
     187      LOGICAL :: llvar1          ! Logical for profile variable 1 
     188      LOGICAL :: llvar2          ! Logical for profile variable 1 
     189 
     190      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     191         & zglam1, &             ! Model longitudes for profile variable 1 
     192         & zglam2                ! Model longitudes for profile variable 2 
     193      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     194         & zgphi1, &             ! Model latitudes for profile variable 1 
     195         & zgphi2                ! Model latitudes for profile variable 2 
     196      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     197         & zmask1, &             ! Model land/sea mask associated with variable 1 
     198         & zmask2                ! Model land/sea mask associated with variable 2 
     199 
     200 
     201      NAMELIST/namobs/ln_diaobs, ln_t3d, ln_s3d, ln_sla,              & 
     202         &            ln_sst, ln_sic, ln_sss, ln_vel3d,               & 
     203         &            ln_logchl, ln_spm, ln_fco2, ln_pco2,            & 
     204         &            ln_altbias, ln_sstbias, ln_nea,                 & 
     205         &            ln_grid_global, ln_grid_search_lookup,          & 
     206         &            ln_ignmis, ln_s_at_t, ln_bound_reject,          & 
    173207         &            ln_sstnight,                                    & 
    174          &            ln_grid_search_lookup,                          & 
    175          &            grid_search_file, grid_search_res,              & 
    176          &            ln_grid_global, bias_file, ln_altbias,          & 
    177          &            endailyavtypes, ln_s_at_t, ln_profb_ena,        & 
    178          &            ln_vel3d, ln_velavcur, velavcurfiles,           & 
    179          &            ln_velhrcur, velhrcurfiles,                     & 
    180          &            ln_velavadcp, velavadcpfiles,                   & 
    181          &            ln_velhradcp, velhradcpfiles,                   & 
    182          &            ln_velfb, velfbfiles, ln_velfb_av,              & 
    183          &            ln_profb_enatim, ln_ignmis, ln_cl4 
    184  
    185       INTEGER :: jprofset 
    186       INTEGER :: jveloset 
    187       INTEGER :: jvar 
    188       INTEGER :: jnumenact 
    189       INTEGER :: jnumcorio 
    190       INTEGER :: jnumprofb 
    191       INTEGER :: jnumslaact 
    192       INTEGER :: jnumslapas 
    193       INTEGER :: jnumslafb 
    194       INTEGER :: jnumsst 
    195       INTEGER :: jnumsstfb 
    196       INTEGER :: jnumseaice 
    197       INTEGER :: jnumvelavcur 
    198       INTEGER :: jnumvelhrcur   
    199       INTEGER :: jnumvelavadcp 
    200       INTEGER :: jnumvelhradcp    
    201       INTEGER :: jnumvelfb 
    202       INTEGER :: ji 
    203       INTEGER :: jset 
    204       INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    205       LOGICAL :: lmask(MaxNumFiles), ll_u3d, ll_v3d 
     208         &            ln_sla_fp_indegs, ln_sst_fp_indegs,             & 
     209         &            ln_sss_fp_indegs, ln_sic_fp_indegs,             & 
     210         &            cn_profbfiles, cn_slafbfiles,                   & 
     211         &            cn_sstfbfiles, cn_sicfbfiles,                   & 
     212         &            cn_velfbfiles, cn_sssfbfiles,                   & 
     213         &            cn_logchlfbfiles, cn_spmfbfiles,                & 
     214         &            cn_fco2fbfiles, cn_pco2fbfiles,                 & 
     215         &            cn_sstbiasfiles, cn_altbiasfile,                & 
     216         &            cn_gridsearchfile, rn_gridsearchres,            & 
     217         &            rn_dobsini, rn_dobsend,                         & 
     218         &            rn_sla_avglamscl, rn_sla_avgphiscl,             & 
     219         &            rn_sst_avglamscl, rn_sst_avgphiscl,             & 
     220         &            rn_sss_avglamscl, rn_sss_avgphiscl,             & 
     221         &            rn_sic_avglamscl, rn_sic_avgphiscl,             & 
     222         &            nn_1dint, nn_2dint,                             & 
     223         &            nn_2dint_sla, nn_2dint_sst,                     & 
     224         &            nn_2dint_sss, nn_2dint_sic,                     & 
     225         &            nn_msshc, rn_mdtcorr, rn_mdtcutoff,             & 
     226         &            nn_profdavtypes 
     227 
     228      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     229      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     230      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     231      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
     232      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zmask1 ) 
     233      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zmask2 ) 
    206234 
    207235      !----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    209237      !----------------------------------------------------------------------- 
    210238 
    211       enactfiles(:) = '' 
    212       coriofiles(:) = '' 
    213       profbfiles(:) = '' 
    214       slafilesact(:) = '' 
    215       slafilespas(:) = '' 
    216       slafbfiles(:) = '' 
    217       sstfiles(:)   = '' 
    218       sstfbfiles(:) = '' 
    219       seaicefiles(:) = '' 
    220       velcurfiles(:) = '' 
    221       veladcpfiles(:) = '' 
    222       velavcurfiles(:) = '' 
    223       velhrcurfiles(:) = '' 
    224       velavadcpfiles(:) = '' 
    225       velhradcpfiles(:) = '' 
    226       velfbfiles(:) = '' 
    227       velcurfiles(:) = '' 
    228       veladcpfiles(:) = '' 
    229       endailyavtypes(:) = -1 
    230       endailyavtypes(1) = 820 
    231       ln_profb_ena(:) = .FALSE. 
    232       ln_profb_enatim(:) = .TRUE. 
    233       ln_velfb_av(:) = .FALSE. 
    234       ln_ignmis = .FALSE. 
    235        
    236       CALL ini_date( dobsini ) 
    237       CALL fin_date( dobsend ) 
    238   
    239       ! Read Namelist namobs : control observation diagnostics 
    240       REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namobs in reference namelist : Diagnostic: control observation 
     239      ! Some namelist arrays need initialising 
     240      cn_profbfiles(:)    = '' 
     241      cn_slafbfiles(:)    = '' 
     242      cn_sstfbfiles(:)    = '' 
     243      cn_sicfbfiles(:)    = '' 
     244      cn_velfbfiles(:)    = '' 
     245      cn_sssfbfiles(:)    = '' 
     246      cn_logchlfbfiles(:) = '' 
     247      cn_spmfbfiles(:)    = '' 
     248      cn_fco2fbfiles(:)   = '' 
     249      cn_pco2fbfiles(:)   = '' 
     250      cn_sstbiasfiles(:)  = '' 
     251      nn_profdavtypes(:)  = -1 
     252 
     253      CALL ini_date( rn_dobsini ) 
     254      CALL fin_date( rn_dobsend ) 
     255 
     256      ! Read namelist namobs : control observation diagnostics 
     257      REWIND( numnam_ref )   ! Namelist namobs in reference namelist 
    241258      READ  ( numnam_ref, namobs, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    242259901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namobs in reference namelist', lwp ) 
    243260 
    244       REWIND( numnam_cfg )              ! Namelist namobs in configuration namelist : Diagnostic: control observation 
     261      REWIND( numnam_cfg )   ! Namelist namobs in configuration namelist 
    245262      READ  ( numnam_cfg, namobs, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    246263902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namobs in configuration namelist', lwp ) 
    247264      IF(lwm) WRITE ( numond, namobs ) 
    248265 
    249       ! Count number of files for each type 
    250       IF (ln_ena) THEN 
    251          lmask(:) = .FALSE. 
    252          WHERE (enactfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    253          jnumenact = COUNT(lmask) 
    254       ENDIF 
    255       IF (ln_cor) THEN 
    256          lmask(:) = .FALSE. 
    257          WHERE (coriofiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    258          jnumcorio = COUNT(lmask) 
    259       ENDIF 
    260       IF (ln_profb) THEN 
    261          lmask(:) = .FALSE. 
    262          WHERE (profbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    263          jnumprofb = COUNT(lmask) 
    264       ENDIF 
    265       IF (ln_sladt) THEN 
    266          lmask(:) = .FALSE. 
    267          WHERE (slafilesact(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    268          jnumslaact = COUNT(lmask) 
    269          lmask(:) = .FALSE. 
    270          WHERE (slafilespas(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    271          jnumslapas = COUNT(lmask) 
    272       ENDIF 
    273       IF (ln_slafb) THEN 
    274          lmask(:) = .FALSE. 
    275          WHERE (slafbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    276          jnumslafb = COUNT(lmask) 
    277          lmask(:) = .FALSE. 
    278       ENDIF 
    279       IF (ln_ghrsst) THEN 
    280          lmask(:) = .FALSE. 
    281          WHERE (sstfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    282          jnumsst = COUNT(lmask) 
    283       ENDIF       
    284       IF (ln_sstfb) THEN 
    285          lmask(:) = .FALSE. 
    286          WHERE (sstfbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    287          jnumsstfb = COUNT(lmask) 
    288          lmask(:) = .FALSE. 
    289       ENDIF 
    290       IF (ln_seaice) THEN 
    291          lmask(:) = .FALSE. 
    292          WHERE (seaicefiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    293          jnumseaice = COUNT(lmask) 
    294       ENDIF 
    295       IF (ln_velavcur) THEN 
    296          lmask(:) = .FALSE. 
    297          WHERE (velavcurfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    298          jnumvelavcur = COUNT(lmask) 
    299       ENDIF 
    300       IF (ln_velhrcur) THEN 
    301          lmask(:) = .FALSE. 
    302          WHERE (velhrcurfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    303          jnumvelhrcur = COUNT(lmask) 
    304       ENDIF 
    305       IF (ln_velavadcp) THEN 
    306          lmask(:) = .FALSE. 
    307          WHERE (velavadcpfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    308          jnumvelavadcp = COUNT(lmask) 
    309       ENDIF 
    310       IF (ln_velhradcp) THEN 
    311          lmask(:) = .FALSE. 
    312          WHERE (velhradcpfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    313          jnumvelhradcp = COUNT(lmask) 
    314       ENDIF 
    315       IF (ln_velfb) THEN 
    316          lmask(:) = .FALSE. 
    317          WHERE (velfbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    318          jnumvelfb = COUNT(lmask) 
    319          lmask(:) = .FALSE. 
    320       ENDIF 
    321        
    322       ! Control print 
     266      lk_diaobs = .FALSE. 
     267#if defined key_diaobs 
     268      IF ( ln_diaobs ) lk_diaobs = .TRUE. 
     269#endif 
     270 
     271      IF ( .NOT. lk_diaobs ) THEN 
     272         IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
     273         IF(lwp) WRITE(numout,*)' ln_diaobs is set to false or key_diaobs is not set, so not calling dia_obs' 
     274         RETURN 
     275      ENDIF 
     276 
    323277      IF(lwp) THEN 
    324278         WRITE(numout,*) 
    … …  
    326280         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
    327281         WRITE(numout,*) '          Namelist namobs : set observation diagnostic parameters'  
    328          WRITE(numout,*) '             Logical switch for T profile observations          ln_t3d = ', ln_t3d 
    329          WRITE(numout,*) '             Logical switch for S profile observations          ln_s3d = ', ln_s3d 
    330          WRITE(numout,*) '             Logical switch for ENACT insitu data set           ln_ena = ', ln_ena 
    331          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Coriolis insitu data set        ln_cor = ', ln_cor 
    332          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback insitu data set      ln_profb = ', ln_profb 
    333          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SLA observations                ln_sla = ', ln_sla 
    334          WRITE(numout,*) '             Logical switch for AVISO SLA data                ln_sladt = ', ln_sladt 
    335          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback SLA data             ln_slafb = ', ln_slafb 
    336          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSH observations                ln_ssh = ', ln_ssh 
    337          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SST observations                ln_sst = ', ln_sst 
    338          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Reynolds observations        ln_reysst = ', ln_reysst     
    339          WRITE(numout,*) '             Logical switch for GHRSST observations          ln_ghrsst = ', ln_ghrsst 
    340          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback SST data             ln_sstfb = ', ln_sstfb 
    341          WRITE(numout,*) '             Logical switch for night-time SST obs         ln_sstnight = ', ln_sstnight 
    342          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSS observations                ln_sss = ', ln_sss 
    343          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Sea Ice observations         ln_seaice = ', ln_seaice 
    344          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity observations         ln_vel3d = ', ln_vel3d 
    345          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity daily av. cur.    ln_velavcur = ', ln_velavcur 
    346          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity high freq. cur.   ln_velhrcur = ', ln_velhrcur 
    347          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity daily av. ADCP   ln_velavadcp = ', ln_velavadcp 
    348          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity high freq. ADCP  ln_velhradcp = ', ln_velhradcp 
    349          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback velocity data        ln_velfb = ', ln_velfb 
    350          WRITE(numout,*) '             Global distribtion of observations         ln_grid_global = ',ln_grid_global 
    351          WRITE(numout,*) & 
    352    '             Logical switch for obs grid search w/lookup table  ln_grid_search_lookup = ',ln_grid_search_lookup 
     282         WRITE(numout,*) '             Logical switch for T profile observations                ln_t3d = ', ln_t3d 
     283         WRITE(numout,*) '             Logical switch for S profile observations                ln_s3d = ', ln_s3d 
     284         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SLA observations                      ln_sla = ', ln_sla 
     285         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SST observations                      ln_sst = ', ln_sst 
     286         WRITE(numout,*) '             Logical switch for Sea Ice observations                  ln_sic = ', ln_sic 
     287         WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity observations               ln_vel3d = ', ln_vel3d 
     288         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSS observations                      ln_sss = ', ln_sss 
     289         WRITE(numout,*) '             Logical switch for log(Chl) observations              ln_logchl = ', ln_logchl 
     290         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SPM observations                      ln_spm = ', ln_spm 
     291         WRITE(numout,*) '             Logical switch for FCO2 observations                    ln_fco2 = ', ln_fco2 
     292         WRITE(numout,*) '             Logical switch for PCO2 observations                    ln_pco2 = ', ln_pco2 
     293         WRITE(numout,*) '             Global distribution of observations              ln_grid_global = ', ln_grid_global 
     294         WRITE(numout,*) '             Logical switch for obs grid search lookup ln_grid_search_lookup = ', ln_grid_search_lookup 
    353295         IF (ln_grid_search_lookup) & 
    354             WRITE(numout,*) '             Grid search lookup file header       grid_search_file = ', grid_search_file 
    355          IF (ln_ena) THEN 
    356             DO ji = 1, jnumenact 
    357                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             ENACT input observation file name          enactfiles = ', & 
    358                   TRIM(enactfiles(ji)) 
    359             END DO 
     296            WRITE(numout,*) '             Grid search lookup file header                cn_gridsearchfile = ', cn_gridsearchfile 
     297         WRITE(numout,*) '             Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS               rn_dobsini = ', rn_dobsini 
     298         WRITE(numout,*) '             Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS                 rn_dobsend = ', rn_dobsend 
     299         WRITE(numout,*) '             Type of vertical interpolation method                  nn_1dint = ', nn_1dint 
     300         WRITE(numout,*) '             Type of horizontal interpolation method                nn_2dint = ', nn_2dint 
     301         WRITE(numout,*) '             Rejection of observations near land switch               ln_nea = ', ln_nea 
     302         WRITE(numout,*) '             Rejection of obs near open bdys                 ln_bound_reject = ', ln_bound_reject 
     303         WRITE(numout,*) '             MSSH correction scheme                                 nn_msshc = ', nn_msshc 
     304         WRITE(numout,*) '             MDT  correction                                      rn_mdtcorr = ', rn_mdtcorr 
     305         WRITE(numout,*) '             MDT cutoff for computed correction                 rn_mdtcutoff = ', rn_mdtcutoff 
     306         WRITE(numout,*) '             Logical switch for alt bias                          ln_altbias = ', ln_altbias 
     307         WRITE(numout,*) '             Logical switch for sst bias                          ln_sstbias = ', ln_sstbias 
     308         WRITE(numout,*) '             Logical switch for ignoring missing files             ln_ignmis = ', ln_ignmis 
     309         WRITE(numout,*) '             Daily average types                             nn_profdavtypes = ', nn_profdavtypes 
     310         WRITE(numout,*) '             Logical switch for night-time SST obs               ln_sstnight = ', ln_sstnight 
     311      ENDIF 
     312      !----------------------------------------------------------------------- 
     313      ! Set up list of observation types to be used 
     314      ! and the files associated with each type 
     315      !----------------------------------------------------------------------- 
     316 
     317      nproftypes = COUNT( (/ln_t3d .OR. ln_s3d, ln_vel3d /) ) 
     318      nsurftypes = COUNT( (/ln_sla, ln_sst, ln_sic, ln_sss, & 
     319         &                  ln_logchl, ln_spm, ln_fco2, ln_pco2 /) ) 
     320 
     321      IF ( nproftypes == 0 .AND. nsurftypes == 0 ) THEN 
     322         IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
     323         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ln_diaobs is set to true, but all obs operator logical flags', & 
     324            &                    ' are set to .FALSE. so turning off calls to dia_obs' 
     325         nwarn = nwarn + 1 
     326         lk_diaobs = .FALSE. 
     327         RETURN 
     328      ENDIF 
     329 
     330      IF(lwp) WRITE(numout,*) '          Number of profile obs types: ',nproftypes 
     331      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     332 
     333         ALLOCATE( cobstypesprof(nproftypes) ) 
     334         ALLOCATE( ifilesprof(nproftypes) ) 
     335         ALLOCATE( clproffiles(nproftypes,jpmaxnfiles) ) 
     336 
     337         jtype = 0 
     338         IF (ln_t3d .OR. ln_s3d) THEN 
     339            jtype = jtype + 1 
     340            CALL obs_settypefiles( nproftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'prof  ', & 
     341               &                   cn_profbfiles, ifilesprof, cobstypesprof, clproffiles ) 
    360342         ENDIF 
    361          IF (ln_cor) THEN 
    362             DO ji = 1, jnumcorio 
    363                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Coriolis input observation file name       coriofiles = ', & 
    364                   TRIM(coriofiles(ji)) 
    365             END DO 
     343         IF (ln_vel3d) THEN 
     344            jtype = jtype + 1 
     345            CALL obs_settypefiles( nproftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'vel   ', & 
     346               &                   cn_velfbfiles, ifilesprof, cobstypesprof, clproffiles ) 
    366347         ENDIF 
    367          IF (ln_profb) THEN 
    368             DO ji = 1, jnumprofb 
    369                IF (ln_profb_ena(ji)) THEN 
    370                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '       Enact feedback input observation file name       profbfiles = ', & 
    371                      TRIM(profbfiles(ji)) 
    372                ELSE 
    373                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback input observation file name       profbfiles = ', & 
    374                      TRIM(profbfiles(ji)) 
    375                ENDIF 
    376                WRITE(numout,'(1X,2A)') '       Enact feedback input time setting switch    ln_profb_enatim = ', ln_profb_enatim(ji) 
    377             END DO 
     348 
     349      ENDIF 
     350 
     351      IF(lwp) WRITE(numout,*)'          Number of surface obs types: ',nsurftypes 
     352      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     353 
     354         ALLOCATE( cobstypessurf(nsurftypes) ) 
     355         ALLOCATE( ifilessurf(nsurftypes) ) 
     356         ALLOCATE( clsurffiles(nsurftypes, jpmaxnfiles) ) 
     357         ALLOCATE(n2dintsurf(nsurftypes)) 
     358         ALLOCATE(ravglamscl(nsurftypes)) 
     359         ALLOCATE(ravgphiscl(nsurftypes)) 
     360         ALLOCATE(lfpindegs(nsurftypes)) 
     361         ALLOCATE(llnightav(nsurftypes)) 
     362 
     363         jtype = 0 
     364         IF (ln_sla) THEN 
     365            jtype = jtype + 1 
     366            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sla   ', & 
     367               &                   cn_slafbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     368            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sla   ',      & 
     369               &                  nn_2dint, nn_2dint_sla,             & 
     370               &                  rn_sla_avglamscl, rn_sla_avgphiscl, & 
     371               &                  ln_sla_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     372               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     373               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    378374         ENDIF 
    379          IF (ln_sladt) THEN 
    380             DO ji = 1, jnumslaact 
    381                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Active SLA input observation file name    slafilesact = ', & 
    382                   TRIM(slafilesact(ji)) 
    383             END DO 
    384             DO ji = 1, jnumslapas 
    385                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Passive SLA input observation file name   slafilespas = ', & 
    386                   TRIM(slafilespas(ji)) 
    387             END DO 
     375         IF (ln_sst) THEN 
     376            jtype = jtype + 1 
     377            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sst   ', & 
     378               &                   cn_sstfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     379            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sst   ',      & 
     380               &                  nn_2dint, nn_2dint_sst,             & 
     381               &                  rn_sst_avglamscl, rn_sst_avgphiscl, & 
     382               &                  ln_sst_fp_indegs, ln_sstnight,      & 
     383               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     384               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    388385         ENDIF 
    389          IF (ln_slafb) THEN 
    390             DO ji = 1, jnumslafb 
    391                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback SLA input observation file name   slafbfiles = ', & 
    392                   TRIM(slafbfiles(ji)) 
    393             END DO 
     386#if defined key_lim2 || defined key_lim3 || defined key_cice 
     387         IF (ln_sic) THEN 
     388            jtype = jtype + 1 
     389            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sic   ', & 
     390               &                   cn_sicfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     391            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sic   ',      & 
     392               &                  nn_2dint, nn_2dint_sic,             & 
     393               &                  rn_sic_avglamscl, rn_sic_avgphiscl, & 
     394               &                  ln_sic_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     395               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     396               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    394397         ENDIF 
    395          IF (ln_ghrsst) THEN 
    396             DO ji = 1, jnumsst 
    397                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             GHRSST input observation file name           sstfiles = ', & 
    398                   TRIM(sstfiles(ji)) 
    399             END DO 
     398#endif 
     399         IF (ln_sss) THEN 
     400            jtype = jtype + 1 
     401            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sss   ', & 
     402               &                   cn_sssfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     403            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sss   ',      & 
     404               &                  nn_2dint, nn_2dint_sss,             & 
     405               &                  rn_sss_avglamscl, rn_sss_avgphiscl, & 
     406               &                  ln_sss_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     407               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     408               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    400409         ENDIF 
    401          IF (ln_sstfb) THEN 
    402             DO ji = 1, jnumsstfb 
    403                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback SST input observation file name   sstfbfiles = ', & 
    404                   TRIM(sstfbfiles(ji)) 
    405             END DO 
     410 
     411         IF (ln_logchl) THEN 
     412            jtype = jtype + 1 
     413            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'logchl', & 
     414               &                   cn_logchlfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     415            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'logchl',         & 
     416               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     417               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     418               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    406419         ENDIF 
    407          IF (ln_seaice) THEN 
    408             DO ji = 1, jnumseaice 
    409                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Sea Ice input observation file name       seaicefiles = ', & 
    410                   TRIM(seaicefiles(ji)) 
    411             END DO 
     420 
     421         IF (ln_spm) THEN 
     422            jtype = jtype + 1 
     423            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'spm   ', & 
     424               &                   cn_spmfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     425            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'spm   ',         & 
     426               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     427               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     428               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    412429         ENDIF 
    413          IF (ln_velavcur) THEN 
    414             DO ji = 1, jnumvelavcur 
    415                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. cur. daily av. input file name     velavcurfiles = ', & 
    416                   TRIM(velavcurfiles(ji)) 
    417             END DO 
     430 
     431         IF (ln_fco2) THEN 
     432            jtype = jtype + 1 
     433            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'fco2  ', & 
     434               &                   cn_fco2fbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     435            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'fco2  ',         & 
     436               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     437               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     438               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    418439         ENDIF 
    419          IF (ln_velhrcur) THEN 
    420             DO ji = 1, jnumvelhrcur 
    421                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. cur. high freq. input file name    velhvcurfiles = ', & 
    422                   TRIM(velhrcurfiles(ji)) 
    423             END DO 
     440 
     441         IF (ln_pco2) THEN 
     442            jtype = jtype + 1 
     443            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'pco2  ', & 
     444               &                   cn_pco2fbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     445            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'pco2  ',         & 
     446               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     447               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     448               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    424449         ENDIF 
    425          IF (ln_velavadcp) THEN 
    426             DO ji = 1, jnumvelavadcp 
    427                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. ADCP daily av. input file name    velavadcpfiles = ', & 
    428                   TRIM(velavadcpfiles(ji)) 
    429             END DO 
    430          ENDIF 
    431          IF (ln_velhradcp) THEN 
    432             DO ji = 1, jnumvelhradcp 
    433                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. ADCP high freq. input file name   velhvadcpfiles = ', & 
    434                   TRIM(velhradcpfiles(ji)) 
    435             END DO 
    436          ENDIF 
    437          IF (ln_velfb) THEN 
    438             DO ji = 1, jnumvelfb 
    439                IF (ln_velfb_av(ji)) THEN 
    440                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. feedback daily av. input file name    velfbfiles = ', & 
    441                      TRIM(velfbfiles(ji)) 
    442                ELSE 
    443                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. feedback input observation file name  velfbfiles = ', & 
    444                      TRIM(velfbfiles(ji)) 
    445                ENDIF 
    446             END DO 
    447          ENDIF 
    448          WRITE(numout,*) '             Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS        dobsini = ', dobsini 
    449          WRITE(numout,*) '             Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS          dobsend = ', dobsend 
    450          WRITE(numout,*) '             Type of vertical interpolation method          n1dint = ', n1dint 
    451          WRITE(numout,*) '             Type of horizontal interpolation method        n2dint = ', n2dint 
    452          WRITE(numout,*) '             Rejection of observations near land swithch    ln_nea = ', ln_nea 
    453          WRITE(numout,*) '             MSSH correction scheme                         nmsshc = ', nmsshc 
    454          WRITE(numout,*) '             MDT  correction                               mdtcorr = ', mdtcorr 
    455          WRITE(numout,*) '             MDT cutoff for computed correction          mdtcutoff = ', mdtcutoff 
    456          WRITE(numout,*) '             Logical switch for alt bias                ln_altbias = ', ln_altbias 
    457          WRITE(numout,*) '             Logical switch for ignoring missing files   ln_ignmis = ', ln_ignmis 
    458          WRITE(numout,*) '             ENACT daily average types                             = ',endailyavtypes 
    459  
    460       ENDIF 
    461        
     450 
     451      ENDIF 
     452 
     453      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
     454 
     455 
     456      !----------------------------------------------------------------------- 
     457      ! Obs operator parameter checking and initialisations 
     458      !----------------------------------------------------------------------- 
     459 
    462460      IF ( ln_vel3d .AND. ( .NOT. ln_grid_global ) ) THEN 
    463461         CALL ctl_stop( 'Velocity data only works with ln_grid_global=.true.' ) 
    … …  
    465463      ENDIF 
    466464 
    467       CALL obs_typ_init 
    468        
    469       CALL mppmap_init 
    470        
    471       ! Parameter control 
    472 #if defined key_diaobs 
    473       IF ( ( .NOT. ln_t3d ).AND.( .NOT. ln_s3d ).AND.( .NOT. ln_sla ).AND. & 
    474          & ( .NOT. ln_vel3d ).AND.                                         & 
    475          & ( .NOT. ln_ssh ).AND.( .NOT. ln_sst ).AND.( .NOT. ln_sss ).AND. & 
    476          & ( .NOT. ln_seaice ).AND.( .NOT. ln_vel3d ) ) THEN 
    477          IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
    478          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' key_diaobs is activated but logical flags', & 
    479             &                    ' ln_t3d, ln_s3d, ln_sla, ln_ssh, ln_sst, ln_sss, ln_seaice, ln_vel3d are all set to .FALSE.' 
    480          nwarn = nwarn + 1 
    481       ENDIF 
    482 #endif 
    483  
    484       CALL obs_grid_setup( ) 
    485       IF ( ( n1dint < 0 ).OR.( n1dint > 1 ) ) THEN 
     465      IF ( ( nn_1dint < 0 ) .OR. ( nn_1dint > 1 ) ) THEN 
    486466         CALL ctl_stop(' Choice of vertical (1D) interpolation method', & 
    487467            &                    ' is not available') 
    488468      ENDIF 
    489       IF ( ( n2dint < 0 ).OR.( n2dint > 4 ) ) THEN 
     469 
     470      IF ( ( nn_2dint < 0 ) .OR. ( nn_2dint > 6 ) ) THEN 
    490471         CALL ctl_stop(' Choice of horizontal (2D) interpolation method', & 
    491472            &                    ' is not available') 
    492473      ENDIF 
     474 
     475      CALL obs_typ_init 
     476 
     477      CALL mppmap_init 
     478 
     479      CALL obs_grid_setup( ) 
    493480 
    494481      !----------------------------------------------------------------------- 
    495482      ! Depending on switches read the various observation types 
    496483      !----------------------------------------------------------------------- 
    497       !  - Temperature/salinity profiles 
    498  
    499       IF ( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    500  
    501          ! Set the number of variables for profiles to 2 (T and S) 
    502          nprofvars = 2 
    503          ! Set the number of extra variables for profiles to 1 (insitu temp). 
    504          nprofextr = 1 
    505  
    506          ! Count how may insitu data sets we have and allocate data. 
    507          jprofset = 0 
    508          IF ( ln_ena ) jprofset = jprofset + 1 
    509          IF ( ln_cor ) jprofset = jprofset + 1 
    510          IF ( ln_profb ) jprofset = jprofset + jnumprofb 
    511          nprofsets = jprofset 
    512          IF ( nprofsets > 0 ) THEN 
    513             ALLOCATE(ld_enact(nprofsets)) 
    514             ALLOCATE(profdata(nprofsets)) 
    515             ALLOCATE(prodatqc(nprofsets)) 
    516          ENDIF 
    517  
    518          jprofset = 0 
    519            
    520          ! ENACT insitu data 
    521  
    522          IF ( ln_ena ) THEN 
    523  
    524             jprofset = jprofset + 1 
    525              
    526             ld_enact(jprofset) = .TRUE. 
    527  
    528             CALL obs_rea_pro_dri( 1, profdata(jprofset),          & 
    529                &                  jnumenact, enactfiles(1:jnumenact), & 
    530                &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    531                &                  nitend-nit000+2,             & 
    532                &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    533                &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, .TRUE., .FALSE., & 
    534                &                  kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    535  
    536             DO jvar = 1, 2 
    537  
    538                CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    539  
     484 
     485      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     486 
     487         ALLOCATE(profdata(nproftypes)) 
     488         ALLOCATE(profdataqc(nproftypes)) 
     489         ALLOCATE(nvarsprof(nproftypes)) 
     490         ALLOCATE(nextrprof(nproftypes)) 
     491 
     492         DO jtype = 1, nproftypes 
     493 
     494            nvarsprof(jtype) = 2 
     495            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'prof' ) THEN 
     496               nextrprof(jtype) = 1 
     497               llvar1 = ln_t3d 
     498               llvar2 = ln_s3d 
     499               zglam1 = glamt 
     500               zgphi1 = gphit 
     501               zmask1 = tmask 
     502               zglam2 = glamt 
     503               zgphi2 = gphit 
     504               zmask2 = tmask 
     505            ENDIF 
     506            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'vel' )  THEN 
     507               nextrprof(jtype) = 2 
     508               llvar1 = ln_vel3d 
     509               llvar2 = ln_vel3d 
     510               zglam1 = glamu 
     511               zgphi1 = gphiu 
     512               zmask1 = umask 
     513               zglam2 = glamv 
     514               zgphi2 = gphiv 
     515               zmask2 = vmask 
     516            ENDIF 
     517 
     518            !Read in profile or profile obs types 
     519            CALL obs_rea_prof( profdata(jtype), ifilesprof(jtype),       & 
     520               &               clproffiles(jtype,1:ifilesprof(jtype)), & 
     521               &               nvarsprof(jtype), nextrprof(jtype), nitend-nit000+2, & 
     522               &               rn_dobsini, rn_dobsend, llvar1, llvar2, & 
     523               &               ln_ignmis, ln_s_at_t, .FALSE., & 
     524               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     525 
     526            DO jvar = 1, nvarsprof(jtype) 
     527               CALL obs_prof_staend( profdata(jtype), jvar ) 
    540528            END DO 
    541529 
    542             CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    543                &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea, & 
    544                &              kdailyavtypes=endailyavtypes ) 
    545              
    546          ENDIF 
    547  
    548          ! Coriolis insitu data 
    549  
    550          IF ( ln_cor ) THEN 
    551             
    552             jprofset = jprofset + 1 
    553  
    554             ld_enact(jprofset) = .FALSE. 
    555  
    556             CALL obs_rea_pro_dri( 2, profdata(jprofset),          & 
    557                &                  jnumcorio, coriofiles(1:jnumcorio), & 
    558                &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    559                &                  nitend-nit000+2,             & 
    560                &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    561                &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, .FALSE., .FALSE. ) 
    562  
    563             DO jvar = 1, 2 
    564  
    565                CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    566  
    567             END DO 
    568  
    569             CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    570                  &            ln_t3d, ln_s3d, ln_nea ) 
    571              
    572          ENDIF 
    573   
    574          ! Feedback insitu data 
    575  
    576          IF ( ln_profb ) THEN 
    577             
    578             DO jset = 1, jnumprofb 
    579                 
    580                jprofset = jprofset + 1 
    581                ld_enact (jprofset) = ln_profb_ena(jset) 
    582  
    583                CALL obs_rea_pro_dri( 0, profdata(jprofset),          & 
    584                   &                  1, profbfiles(jset:jset), & 
    585                   &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    586                   &                  nitend-nit000+2,             & 
    587                   &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    588                   &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, & 
    589                   &                  ld_enact(jprofset).AND.& 
    590                   &                  ln_profb_enatim(jset), & 
    591                   &                  .FALSE., kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    592                 
    593                DO jvar = 1, 2 
    594                    
    595                   CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    596                    
     530            CALL obs_pre_prof( profdata(jtype), profdataqc(jtype), & 
     531               &               llvar1, llvar2, & 
     532               &               jpi, jpj, jpk, & 
     533               &               zmask1, zglam1, zgphi1, zmask2, zglam2, zgphi2,  & 
     534               &               ln_nea, ln_bound_reject, & 
     535               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     536 
     537         END DO 
     538 
     539         DEALLOCATE( ifilesprof, clproffiles ) 
     540 
     541      ENDIF 
     542 
     543      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     544 
     545         ALLOCATE(surfdata(nsurftypes)) 
     546         ALLOCATE(surfdataqc(nsurftypes)) 
     547         ALLOCATE(nvarssurf(nsurftypes)) 
     548         ALLOCATE(nextrsurf(nsurftypes)) 
     549 
     550         DO jtype = 1, nsurftypes 
     551 
     552            nvarssurf(jtype) = 1 
     553            nextrsurf(jtype) = 0 
     554            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sla' ) nextrsurf(jtype) = 2 
     555 
     556            !Read in surface obs types 
     557            CALL obs_rea_surf( surfdata(jtype), ifilessurf(jtype), & 
     558               &               clsurffiles(jtype,1:ifilessurf(jtype)), & 
     559               &               nvarssurf(jtype), nextrsurf(jtype), nitend-nit000+2, & 
     560               &               rn_dobsini, rn_dobsend, ln_ignmis, .FALSE., llnightav(jtype) ) 
     561 
     562            CALL obs_pre_surf( surfdata(jtype), surfdataqc(jtype), ln_nea, ln_bound_reject ) 
     563 
     564            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sla' ) THEN 
     565               CALL obs_rea_mdt( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype) ) 
     566               IF ( ln_altbias ) & 
     567                  & CALL obs_rea_altbias ( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype), cn_altbiasfile ) 
     568            ENDIF 
     569 
     570            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sst' .AND. ln_sstbias ) THEN 
     571               jnumsstbias = 0 
     572               DO jfile = 1, jpmaxnfiles 
     573                  IF ( TRIM(cn_sstbiasfiles(jfile)) /= '' ) & 
     574                     &  jnumsstbias = jnumsstbias + 1 
    597575               END DO 
    598                 
    599                IF ( ld_enact(jprofset) ) THEN 
    600                   CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    601                      &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea, & 
    602                      &              kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    603                ELSE 
    604                   CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    605                      &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea ) 
     576               IF ( jnumsstbias == 0 ) THEN 
     577                  CALL ctl_stop("ln_sstbias set but no bias files to read in")     
    606578               ENDIF 
    607                 
    608             END DO 
    609  
    610          ENDIF 
    611  
    612       ENDIF 
    613  
    614       !  - Sea level anomalies 
    615       IF ( ln_sla ) THEN 
    616         ! Set the number of variables for sla to 1 
    617          nslavars = 1 
    618  
    619          ! Set the number of extra variables for sla to 2 
    620          nslaextr = 2 
    621           
    622          ! Set the number of sla data sets to 2 
    623          nslasets = 0 
    624          IF ( ln_sladt ) THEN 
    625             nslasets = nslasets + 2 
    626          ENDIF 
    627          IF ( ln_slafb ) THEN 
    628             nslasets = nslasets + jnumslafb 
    629          ENDIF 
    630           
    631          ALLOCATE(sladata(nslasets)) 
    632          ALLOCATE(sladatqc(nslasets)) 
    633          sladata(:)%nsurf=0 
    634          sladatqc(:)%nsurf=0 
    635  
    636          nslasets = 0 
    637  
    638          ! AVISO SLA data 
    639  
    640          IF ( ln_sladt ) THEN 
    641  
    642             ! Active SLA observations 
    643              
    644             nslasets = nslasets + 1 
    645              
    646             CALL obs_rea_sla( 1, sladata(nslasets), jnumslaact, & 
    647                &              slafilesact(1:jnumslaact), & 
    648                &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    649                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    650             CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    651                &              ln_sla, ln_nea ) 
    652              
    653             ! Passive SLA observations 
    654              
    655             nslasets = nslasets + 1 
    656              
    657             CALL obs_rea_sla( 1, sladata(nslasets), jnumslapas, & 
    658                &              slafilespas(1:jnumslapas), & 
    659                &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    660                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    661              
    662             CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    663                &              ln_sla, ln_nea ) 
    664  
    665          ENDIF 
    666           
    667          ! Feedback SLA data 
    668  
    669          IF ( ln_slafb ) THEN 
    670  
    671             DO jset = 1, jnumslafb 
    672              
    673                nslasets = nslasets + 1 
    674              
    675                CALL obs_rea_sla( 0, sladata(nslasets), 1, & 
    676                   &              slafbfiles(jset:jset), & 
    677                   &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    678                   &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    679                CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    680                   &              ln_sla, ln_nea ) 
    681  
    682             END DO                
    683  
    684          ENDIF 
    685           
    686          CALL obs_rea_mdt( nslasets, sladatqc, n2dint ) 
    687              
    688          ! read in altimeter bias 
    689           
    690          IF ( ln_altbias ) THEN      
    691             CALL obs_rea_altbias ( nslasets, sladatqc, n2dint, bias_file ) 
    692          ENDIF 
    693       
    694       ENDIF 
    695  
    696       !  - Sea surface height 
    697       IF ( ln_ssh ) THEN 
    698          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSH currently not available' 
    699       ENDIF 
    700  
    701       !  - Sea surface temperature 
    702       IF ( ln_sst ) THEN 
    703  
    704          ! Set the number of variables for sst to 1 
    705          nsstvars = 1 
    706  
    707          ! Set the number of extra variables for sst to 0 
    708          nsstextr = 0 
    709  
    710          nsstsets = 0 
    711  
    712          IF (ln_reysst) nsstsets = nsstsets + 1 
    713          IF (ln_ghrsst) nsstsets = nsstsets + 1 
    714          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    715             nsstsets = nsstsets + jnumsstfb 
    716          ENDIF 
    717  
    718          ALLOCATE(sstdata(nsstsets)) 
    719          ALLOCATE(sstdatqc(nsstsets)) 
    720          ALLOCATE(ld_sstnight(nsstsets)) 
    721          sstdata(:)%nsurf=0 
    722          sstdatqc(:)%nsurf=0     
    723          ld_sstnight(:)=.false. 
    724  
    725          nsstsets = 0 
    726  
    727          IF (ln_reysst) THEN 
    728  
    729             nsstsets = nsstsets + 1 
    730  
    731             ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    732  
    733             CALL obs_rea_sst_rey( reysstname, reysstfmt, sstdata(nsstsets), & 
    734                &                  nsstvars, nsstextr, & 
    735                &                  nitend-nit000+2, dobsini, dobsend ) 
    736             CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), ln_sst, & 
    737                &              ln_nea ) 
    738  
    739         ENDIF 
    740          
    741         IF (ln_ghrsst) THEN 
    742          
    743             nsstsets = nsstsets + 1 
    744  
    745             ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    746            
    747             CALL obs_rea_sst( 1, sstdata(nsstsets), jnumsst, & 
    748                &              sstfiles(1:jnumsst), & 
    749                &              nsstvars, nsstextr, nitend-nit000+2, & 
    750                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    751             CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), ln_sst, & 
    752                &              ln_nea ) 
    753  
    754         ENDIF 
    755                 
    756          ! Feedback SST data 
    757  
    758          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    759  
    760             DO jset = 1, jnumsstfb 
    761              
    762                nsstsets = nsstsets + 1 
    763  
    764                ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    765              
    766                CALL obs_rea_sst( 0, sstdata(nsstsets), 1, & 
    767                   &              sstfbfiles(jset:jset), & 
    768                   &              nsstvars, nsstextr, nitend-nit000+2, & 
    769                   &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    770                CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), & 
    771                   &              ln_sst, ln_nea ) 
    772  
    773             END DO                
    774  
    775          ENDIF 
    776  
    777       ENDIF 
    778  
    779       !  - Sea surface salinity 
    780       IF ( ln_sss ) THEN 
    781          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    782       ENDIF 
    783  
    784       !  - Sea Ice Concentration 
    785        
    786       IF ( ln_seaice ) THEN 
    787  
    788          ! Set the number of variables for seaice to 1 
    789          nseaicevars = 1 
    790  
    791          ! Set the number of extra variables for seaice to 0 
    792          nseaiceextr = 0 
    793           
    794          ! Set the number of data sets to 1 
    795          nseaicesets = 1 
    796  
    797          ALLOCATE(seaicedata(nseaicesets)) 
    798          ALLOCATE(seaicedatqc(nseaicesets)) 
    799          seaicedata(:)%nsurf=0 
    800          seaicedatqc(:)%nsurf=0 
    801  
    802          CALL obs_rea_seaice( 1, seaicedata(nseaicesets), jnumseaice, & 
    803             &                 seaicefiles(1:jnumseaice), & 
    804             &                 nseaicevars, nseaiceextr, nitend-nit000+2, & 
    805             &                 dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    806  
    807          CALL obs_pre_seaice( seaicedata(nseaicesets), seaicedatqc(nseaicesets), & 
    808             &                 ln_seaice, ln_nea ) 
    809   
    810       ENDIF 
    811  
    812       IF (ln_vel3d) THEN 
    813  
    814          ! Set the number of variables for profiles to 2 (U and V) 
    815          nvelovars = 2 
    816  
    817          ! Set the number of extra variables for profiles to 2 to store  
    818          ! rotation parameters 
    819          nveloextr = 2 
    820  
    821          jveloset = 0 
    822           
    823          IF ( ln_velavcur ) jveloset = jveloset + 1 
    824          IF ( ln_velhrcur ) jveloset = jveloset + 1 
    825          IF ( ln_velavadcp ) jveloset = jveloset + 1 
    826          IF ( ln_velhradcp ) jveloset = jveloset + 1 
    827          IF (ln_velfb) jveloset = jveloset + jnumvelfb 
    828  
    829          nvelosets = jveloset 
    830          IF ( nvelosets > 0 ) THEN 
    831             ALLOCATE( velodata(nvelosets) ) 
    832             ALLOCATE( veldatqc(nvelosets) ) 
    833             ALLOCATE( ld_velav(nvelosets) ) 
    834          ENDIF 
    835           
    836          jveloset = 0 
    837           
    838          ! Daily averaged data 
    839  
    840          IF ( ln_velavcur ) THEN 
    841              
    842             jveloset = jveloset + 1 
    843              
    844             ld_velav(jveloset) = .TRUE. 
    845              
    846             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelavcur, & 
    847                &                  velavcurfiles(1:jnumvelavcur), & 
    848                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    849                &                  nitend-nit000+2,              & 
    850                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    851                &                  ld_velav(jveloset), & 
    852                &                  .FALSE. ) 
    853              
    854             DO jvar = 1, 2 
    855                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    856             END DO 
    857              
    858             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    859                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    860              
    861          ENDIF 
    862  
    863          ! High frequency data 
    864  
    865          IF ( ln_velhrcur ) THEN 
    866              
    867             jveloset = jveloset + 1 
    868              
    869             ld_velav(jveloset) = .FALSE. 
    870                 
    871             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelhrcur, & 
    872                &                  velhrcurfiles(1:jnumvelhrcur), & 
    873                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    874                &                  nitend-nit000+2,              & 
    875                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    876                &                  ld_velav(jveloset), & 
    877                &                  .FALSE. ) 
    878              
    879             DO jvar = 1, 2 
    880                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    881             END DO 
    882              
    883             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    884                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    885              
    886          ENDIF 
    887  
    888          ! Daily averaged data 
    889  
    890          IF ( ln_velavadcp ) THEN 
    891              
    892             jveloset = jveloset + 1 
    893              
    894             ld_velav(jveloset) = .TRUE. 
    895              
    896             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelavadcp, & 
    897                &                  velavadcpfiles(1:jnumvelavadcp), & 
    898                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    899                &                  nitend-nit000+2,              & 
    900                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    901                &                  ld_velav(jveloset), & 
    902                &                  .FALSE. ) 
    903              
    904             DO jvar = 1, 2 
    905                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    906             END DO 
    907              
    908             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    909                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    910              
    911          ENDIF 
    912  
    913          ! High frequency data 
    914  
    915          IF ( ln_velhradcp ) THEN 
    916              
    917             jveloset = jveloset + 1 
    918              
    919             ld_velav(jveloset) = .FALSE. 
    920                 
    921             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelhradcp, & 
    922                &                  velhradcpfiles(1:jnumvelhradcp), & 
    923                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    924                &                  nitend-nit000+2,              & 
    925                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    926                &                  ld_velav(jveloset), & 
    927                &                  .FALSE. ) 
    928              
    929             DO jvar = 1, 2 
    930                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    931             END DO 
    932              
    933             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    934                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    935              
    936          ENDIF 
    937  
    938          IF ( ln_velfb ) THEN 
    939  
    940             DO jset = 1, jnumvelfb 
    941              
    942                jveloset = jveloset + 1 
    943  
    944                ld_velav(jveloset) = ln_velfb_av(jset) 
    945                 
    946                CALL obs_rea_vel_dri( 0, velodata(jveloset), 1, & 
    947                   &                  velfbfiles(jset:jset), & 
    948                   &                  nvelovars, nveloextr, & 
    949                   &                  nitend-nit000+2,              & 
    950                   &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    951                   &                  ld_velav(jveloset), & 
    952                   &                  .FALSE. ) 
    953                 
    954                DO jvar = 1, 2 
    955                   CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    956                END DO 
    957                 
    958                CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    959                   &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    960  
    961  
    962             END DO 
    963              
    964          ENDIF 
    965  
    966       ENDIF 
    967       
     579 
     580               CALL obs_app_sstbias( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype), &  
     581                  &                  jnumsstbias, cn_sstbiasfiles(1:jnumsstbias) )  
     582 
     583            ENDIF 
     584 
     585         END DO 
     586 
     587         DEALLOCATE( ifilessurf, clsurffiles ) 
     588 
     589      ENDIF 
     590 
     591      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     592      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     593      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     594      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
     595      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zmask1 ) 
     596      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zmask2 ) 
     597 
    968598   END SUBROUTINE dia_obs_init 
    969599 
    … …  
    975605      !! 
    976606      !! ** Method  : Call the observation operators on each time step to 
    977       !!              compute the model equivalent of the following date: 
    978       !!               - T profiles 
    979       !!               - S profiles 
    980       !!               - Sea surface height (referenced to a mean) 
    981       !!               - Sea surface temperature 
    982       !!               - Sea surface salinity 
    983       !!               - Velocity component (U,V) profiles 
    984       !! 
    985       !! ** Action  :  
     607      !!              compute the model equivalent of the following data: 
     608      !!               - Profile data, currently T/S or U/V 
     609      !!               - Surface data, currently SST, SLA or sea-ice concentration. 
     610      !! 
     611      !! ** Action  : 
    986612      !! 
    987613      !! History : 
    … …  
    992618      !!        !  07-04  (G. Smith) Generalized surface operators 
    993619      !!        !  08-10  (M. Valdivieso) obs operator for velocity profiles 
     620      !!        !  15-08  (M. Martin) Combined surface/profile routines. 
    994621      !!---------------------------------------------------------------------- 
    995622      !! * Modules used 
    996       USE dom_oce, ONLY : &             ! Ocean space and time domain variables 
    997          & rdt,           &                        
    998          & gdept_1d,       &              
    999          & tmask, umask, vmask                             
    1000       USE phycst, ONLY : &              ! Physical constants 
    1001          & rday                          
    1002       USE oce, ONLY : &                 ! Ocean dynamics and tracers variables 
    1003          & tsn,  &              
    1004          & un, vn,  & 
     623      USE phycst, ONLY : &         ! Physical constants 
     624         & rday 
     625      USE oce, ONLY : &            ! Ocean dynamics and tracers variables 
     626         & tsn,       & 
     627         & un,        & 
     628         & vn,        & 
    1005629         & sshn 
    1006630#if defined  key_lim3 
    1007       USE ice, ONLY : &                     ! LIM Ice model variables 
     631      USE ice, ONLY : &            ! LIM3 Ice model variables 
    1008632         & frld 
    1009633#endif 
    1010634#if defined key_lim2 
    1011       USE ice_2, ONLY : &                     ! LIM Ice model variables 
     635      USE ice_2, ONLY : &          ! LIM2 Ice model variables 
    1012636         & frld 
    1013637#endif 
     638#if defined key_cice 
     639      USE sbc_oce, ONLY : fr_i     ! ice fraction 
     640#endif 
     641#if defined key_hadocc 
     642      USE trc, ONLY :  &           ! HadOCC chlorophyll, fCO2 and pCO2 
     643         & HADOCC_CHL, & 
     644         & HADOCC_FCO2, & 
     645         & HADOCC_PCO2, & 
     646         & HADOCC_FILL_FLT 
     647#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     648      USE trc, ONLY :  &           ! MEDUSA chlorophyll, fCO2 and pCO2 
     649         & trn 
     650      USE par_medusa, ONLY: & 
     651         & jpchn, & 
     652         & jpchd 
     653#if defined key_roam 
     654      USE sms_medusa, ONLY: & 
     655         & f2_pco2w, & 
     656         & f2_fco2w 
     657#endif 
     658#elif defined key_fabm 
     659      USE fabm 
     660      USE par_fabm 
     661#endif 
     662#if defined key_spm 
     663      USE par_spm, ONLY: &         ! ERSEM/SPM sediments 
     664         & jp_spm 
     665      USE trc, ONLY :  & 
     666         & trn 
     667#endif 
     668 
    1014669      IMPLICIT NONE 
    1015670 
    1016671      !! * Arguments 
    1017       INTEGER, INTENT(IN) :: kstp                         ! Current timestep 
     672      INTEGER, INTENT(IN) :: kstp  ! Current timestep 
    1018673      !! * Local declarations 
    1019       INTEGER :: idaystp                ! Number of timesteps per day 
    1020       INTEGER :: jprofset               ! Profile data set loop variable 
    1021       INTEGER :: jslaset                ! SLA data set loop variable 
    1022       INTEGER :: jsstset                ! SST data set loop variable 
    1023       INTEGER :: jseaiceset             ! sea ice data set loop variable 
    1024       INTEGER :: jveloset               ! velocity profile data loop variable 
    1025       INTEGER :: jvar                   ! Variable number     
    1026 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1027       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: frld    
    1028 #endif 
    1029       CHARACTER(LEN=20) :: datestr=" ",timestr=" " 
    1030   
    1031 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1032       CALL wrk_alloc(jpi,jpj,frld)  
    1033 #endif 
     674      INTEGER :: idaystp           ! Number of timesteps per day 
     675      INTEGER :: jtype             ! Data loop variable 
     676      INTEGER :: jvar              ! Variable number 
     677      INTEGER :: ji, jj            ! Loop counters 
     678      REAL(wp) :: tiny                  ! small number 
     679      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     680         & zprofvar1, &            ! Model values for 1st variable in a prof ob 
     681         & zprofvar2               ! Model values for 2nd variable in a prof ob 
     682      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     683         & zprofmask1, &           ! Mask associated with zprofvar1 
     684         & zprofmask2              ! Mask associated with zprofvar2 
     685      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     686         & zsurfvar, &             ! Model values equivalent to surface ob. 
     687         & zsurfmask               ! Mask associated with surface variable 
     688      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     689         & zglam1,    &            ! Model longitudes for prof variable 1 
     690         & zglam2,    &            ! Model longitudes for prof variable 2 
     691         & zgphi1,    &            ! Model latitudes for prof variable 1 
     692         & zgphi2                  ! Model latitudes for prof variable 2 
     693 
     694 
     695      !Allocate local work arrays 
     696      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar1 ) 
     697      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar2 ) 
     698      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask1 ) 
     699      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask2 ) 
     700      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsurfvar ) 
     701      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsurfmask ) 
     702      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     703      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     704      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     705      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
    1034706 
    1035707      IF(lwp) THEN 
    … …  
    1037709         WRITE(numout,*) 'dia_obs : Call the observation operators', kstp 
    1038710         WRITE(numout,*) '~~~~~~~' 
     711         CALL FLUSH(numout) 
    1039712      ENDIF 
    1040713 
    … …  
    1042715 
    1043716      !----------------------------------------------------------------------- 
    1044       ! No LIM => frld == 0.0_wp 
     717      ! Call the profile and surface observation operators 
    1045718      !----------------------------------------------------------------------- 
    1046 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1047       frld(:,:) = 0.0_wp 
     719 
     720      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     721 
     722         DO jtype = 1, nproftypes 
     723 
     724            SELECT CASE ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) ) 
     725            CASE('prof') 
     726               zprofvar1(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_tem) 
     727               zprofvar2(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_sal) 
     728               zprofmask1(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     729               zprofmask2(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     730               zglam1(:,:) = glamt(:,:) 
     731               zglam2(:,:) = glamt(:,:) 
     732               zgphi1(:,:) = gphit(:,:) 
     733               zgphi2(:,:) = gphit(:,:) 
     734            CASE('vel') 
     735               zprofvar1(:,:,:) = un(:,:,:) 
     736               zprofvar2(:,:,:) = vn(:,:,:) 
     737               zprofmask1(:,:,:) = umask(:,:,:) 
     738               zprofmask2(:,:,:) = vmask(:,:,:) 
     739               zglam1(:,:) = glamu(:,:) 
     740               zglam2(:,:) = glamv(:,:) 
     741               zgphi1(:,:) = gphiu(:,:) 
     742               zgphi2(:,:) = gphiv(:,:) 
     743            CASE DEFAULT 
     744               CALL ctl_stop( 'Unknown profile observation type '//TRIM(cobstypesprof(jtype))//' in dia_obs' ) 
     745            END SELECT 
     746 
     747            CALL obs_prof_opt( profdataqc(jtype), kstp, jpi, jpj, jpk,  & 
     748               &               nit000, idaystp,                         & 
     749               &               zprofvar1, zprofvar2,                    & 
     750               &               fsdept(:,:,:), fsdepw(:,:,:),            &  
     751               &               zprofmask1, zprofmask2,                  & 
     752               &               zglam1, zglam2, zgphi1, zgphi2,          & 
     753               &               nn_1dint, nn_2dint,                      & 
     754               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     755 
     756         END DO 
     757 
     758      ENDIF 
     759 
     760      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     761 
     762         DO jtype = 1, nsurftypes 
     763 
     764            !Defaults which might be changed 
     765            zsurfmask(:,:) = tmask(:,:,1) 
     766 
     767            SELECT CASE ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) ) 
     768            CASE('sst') 
     769               zsurfvar(:,:) = tsn(:,:,1,jp_tem) 
     770            CASE('sla') 
     771               zsurfvar(:,:) = sshn(:,:) 
     772            CASE('sss') 
     773               zsurfvar(:,:) = tsn(:,:,1,jp_sal) 
     774            CASE('sic') 
     775               IF ( kstp == 0 ) THEN 
     776                  IF ( lwp .AND. surfdataqc(jtype)%nsstpmpp(1) > 0 ) THEN 
     777                     CALL ctl_warn( 'Sea-ice not initialised on zeroth '// & 
     778                        &           'time-step but some obs are valid then.' ) 
     779                     WRITE(numout,*)surfdataqc(jtype)%nsstpmpp(1), & 
     780                        &           ' sea-ice obs will be missed' 
     781                  ENDIF 
     782                  surfdataqc(jtype)%nsurfup = surfdataqc(jtype)%nsurfup + & 
     783                     &                        surfdataqc(jtype)%nsstp(1) 
     784                  CYCLE 
     785               ELSE 
     786#if defined key_cice 
     787                  zsurfvar(:,:) = fr_i(:,:) 
     788#elif defined key_lim2 || defined key_lim3 
     789                  zsurfvar(:,:) = 1._wp - frld(:,:) 
     790#else 
     791               CALL ctl_stop( ' Trying to run sea-ice observation operator', & 
     792                  &           ' but no sea-ice model appears to have been defined' ) 
    1048793#endif 
    1049       !----------------------------------------------------------------------- 
    1050       ! Depending on switches call various observation operators 
    1051       !----------------------------------------------------------------------- 
    1052  
    1053       !  - Temperature/salinity profiles 
    1054       IF ( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    1055          DO jprofset = 1, nprofsets 
    1056             IF ( ld_enact(jprofset) ) THEN 
    1057                CALL obs_pro_opt( prodatqc(jprofset),                     & 
    1058                   &              kstp, jpi, jpj, jpk, nit000, idaystp,   & 
    1059                   &              tsn(:,:,:,jp_tem), tsn(:,:,:,jp_sal),   & 
    1060                   &              gdept_1d, tmask, n1dint, n2dint,        & 
    1061                   &              kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    1062             ELSE 
    1063                CALL obs_pro_opt( prodatqc(jprofset),                     & 
    1064                   &              kstp, jpi, jpj, jpk, nit000, idaystp,   & 
    1065                   &              tsn(:,:,:,jp_tem), tsn(:,:,:,jp_sal),   & 
    1066                   &              gdept_1d, tmask, n1dint, n2dint              ) 
    1067             ENDIF 
     794               ENDIF 
     795 
     796            CASE('logchl') 
     797#if defined key_hadocc 
     798               zsurfvar(:,:) = HADOCC_CHL(:,:,1)    ! (not log) chlorophyll from HadOCC 
     799#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     800               ! Add non-diatom and diatom surface chlorophyll from MEDUSA 
     801               zsurfvar(:,:) = trn(:,:,1,jpchn) + trn(:,:,1,jpchd) 
     802#elif defined key_fabm 
     803               chl_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabmdia_chltot) 
     804               zsurfvar(:,:) = chl_3d(:,:,1) 
     805#else 
     806               CALL ctl_stop( ' Trying to run logchl observation operator', & 
     807                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     808#endif 
     809               zsurfmask(:,:) = tmask(:,:,1)         ! create a special mask to exclude certain things 
     810               ! Take the log10 where we can, otherwise exclude 
     811               tiny = 1.0e-20 
     812               WHERE(zsurfvar(:,:) > tiny .AND. zsurfvar(:,:) /= obfillflt ) 
     813                  zsurfvar(:,:)  = LOG10(zsurfvar(:,:)) 
     814               ELSEWHERE 
     815                  zsurfvar(:,:)  = obfillflt 
     816                  zsurfmask(:,:) = 0 
     817               END WHERE 
     818            CASE('spm') 
     819#if defined key_spm 
     820               zsurfvar(:,:) = 0.0 
     821               DO jn = 1, jp_spm 
     822                  zsurfvar(:,:) = zsurfvar(:,:) + trn(:,:,1,jn)   ! sum SPM sizes 
     823               END DO 
     824#else 
     825               CALL ctl_stop( ' Trying to run spm observation operator', & 
     826                  &           ' but no spm model appears to have been defined' ) 
     827#endif 
     828            CASE('fco2') 
     829#if defined key_hadocc 
     830               zsurfvar(:,:) = HADOCC_FCO2(:,:)    ! fCO2 from HadOCC 
     831               IF ( ( MINVAL( HADOCC_FCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) .AND. & 
     832                  & ( MAXVAL( HADOCC_FCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) ) THEN 
     833                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     834                  zsurfmask(:,:) = 0 
     835                  CALL ctl_warn( ' HadOCC fCO2 values masked out for observation operator', & 
     836                     &           ' as HADOCC_FCO2(:,:) == HADOCC_FILL_FLT' ) 
     837               ENDIF 
     838#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa && defined key_roam 
     839               zsurfvar(:,:) = f2_fco2w(:,:) 
     840#elif defined key_fabm 
     841               ! First, get pCO2 from FABM 
     842               pco2_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_o3pc) 
     843               zsurfvar(:,:) = pco2_3d(:,:,1) 
     844               ! Now, convert pCO2 to fCO2, based on SST in K. This follows the standard methodology of: 
     845               ! Pierrot et al. (2009), Recommendations for autonomous underway pCO2 measuring systems 
     846               ! and data reduction routines, Deep-Sea Research II, 56: 512-522. 
     847               ! and 
     848               ! Weiss (1974), Carbon dioxide in water and seawater: the solubility of a non-ideal gas, 
     849               ! Marine Chemistry, 2: 203-215. 
     850               ! In the implementation below, atmospheric pressure has been assumed to be 1 atm and so 
     851               ! not explicitly included - atmospheric pressure is not necessarily available so this is 
     852               ! the best assumption. 
     853               ! Further, the (1-xCO2)^2 term has been neglected. This is common practice 
     854               ! (see e.g. Zeebe and Wolf-Gladrow (2001), CO2 in Seawater: Equilibrium, Kinetics, Isotopes) 
     855               ! because xCO2 in atm is ~0, and so this term will only affect the result to the 3rd decimal 
     856               ! place for typical values, and xCO2 would need to be approximated from pCO2 anyway. 
     857               zsurfvar(:,:) = zsurfvar(:,:) * EXP((-1636.75                                                          + & 
     858                  &            12.0408      * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)                                                 - & 
     859                  &            0.0327957    * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)                         + & 
     860                  &            0.0000316528 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0) + & 
     861                  &            2.0 * (57.7 - 0.118 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)))                                        / & 
     862                  &            (82.0578 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0))) 
     863#else 
     864               CALL ctl_stop( ' Trying to run fco2 observation operator', & 
     865                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     866#endif 
     867            CASE('pco2') 
     868#if defined key_hadocc 
     869               zsurfvar(:,:) = HADOCC_PCO2(:,:)    ! pCO2 from HadOCC 
     870               IF ( ( MINVAL( HADOCC_PCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) .AND. & 
     871                  & ( MAXVAL( HADOCC_PCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) ) THEN 
     872                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     873                  zsurfmask(:,:) = 0 
     874                  CALL ctl_warn( ' HadOCC pCO2 values masked out for observation operator', & 
     875                     &           ' as HADOCC_PCO2(:,:) == HADOCC_FILL_FLT' ) 
     876               ENDIF 
     877#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa && defined key_roam 
     878               zsurfvar(:,:) = f2_pco2w(:,:) 
     879#elif defined key_fabm 
     880               pco2_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_o3pc) 
     881               zsurfvar(:,:) = pco2_3d(:,:,1) 
     882#else 
     883               CALL ctl_stop( ' Trying to run pCO2 observation operator', & 
     884                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     885#endif 
     886 
     887            CASE DEFAULT 
     888 
     889               CALL ctl_stop( 'Unknown surface observation type '//TRIM(cobstypessurf(jtype))//' in dia_obs' ) 
     890 
     891            END SELECT 
     892 
     893            CALL obs_surf_opt( surfdataqc(jtype), kstp, jpi, jpj,       & 
     894               &               nit000, idaystp, zsurfvar, zsurfmask,    & 
     895               &               n2dintsurf(jtype), llnightav(jtype),     & 
     896               &               ravglamscl(jtype), ravgphiscl(jtype),     & 
     897               &               lfpindegs(jtype) ) 
     898 
    1068899         END DO 
    1069       ENDIF 
    1070  
    1071       !  - Sea surface anomaly 
    1072       IF ( ln_sla ) THEN 
    1073          DO jslaset = 1, nslasets 
    1074             CALL obs_sla_opt( sladatqc(jslaset),            & 
    1075                &              kstp, jpi, jpj, nit000, sshn, & 
    1076                &              tmask(:,:,1), n2dint ) 
    1077          END DO          
    1078       ENDIF 
    1079  
    1080       !  - Sea surface temperature 
    1081       IF ( ln_sst ) THEN 
    1082          DO jsstset = 1, nsstsets 
    1083             CALL obs_sst_opt( sstdatqc(jsstset),                & 
    1084                &              kstp, jpi, jpj, nit000, idaystp,  & 
    1085                &              tsn(:,:,1,jp_tem), tmask(:,:,1),  & 
    1086                &              n2dint, ld_sstnight(jsstset) ) 
    1087          END DO 
    1088       ENDIF 
    1089  
    1090       !  - Sea surface salinity 
    1091       IF ( ln_sss ) THEN 
    1092          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    1093       ENDIF 
    1094  
    1095 #if defined key_lim2 || defined key_lim3 
    1096       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1097          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1098             CALL obs_seaice_opt( seaicedatqc(jseaiceset),      & 
    1099                &              kstp, jpi, jpj, nit000, 1.-frld, & 
    1100                &              tmask(:,:,1), n2dint ) 
    1101          END DO 
    1102       ENDIF       
    1103 #endif 
    1104  
    1105       !  - Velocity profiles 
    1106       IF ( ln_vel3d ) THEN 
    1107          DO jveloset = 1, nvelosets 
    1108            ! zonal component of velocity 
    1109            CALL obs_vel_opt( veldatqc(jveloset), kstp, jpi, jpj, jpk, & 
    1110               &              nit000, idaystp, un, vn, gdept_1d, umask, vmask, & 
    1111                              n1dint, n2dint, ld_velav(jveloset) ) 
    1112          END DO 
    1113       ENDIF 
    1114  
    1115 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1116       CALL wrk_dealloc(jpi,jpj,frld)  
    1117 #endif 
     900 
     901      ENDIF 
     902 
     903      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar1 ) 
     904      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar2 ) 
     905      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask1 ) 
     906      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask2 ) 
     907      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsurfvar ) 
     908      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsurfmask ) 
     909      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     910      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     911      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     912      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
    1118913 
    1119914   END SUBROUTINE dia_obs 
    1120    
    1121    SUBROUTINE dia_obs_wri  
     915 
     916   SUBROUTINE dia_obs_wri 
    1122917      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1123918      !!                    ***  ROUTINE dia_obs_wri  *** 
    … …  
    1127922      !! ** Method  : Call observation diagnostic output routines 
    1128923      !! 
    1129       !! ** Action  :  
     924      !! ** Action  : 
    1130925      !! 
    1131926      !! History : 
    … …  
    1135930      !!        !  07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
    1136931      !!        !  08-09  (M. Valdivieso) Velocity component (U,V) profiles 
    1137       !!---------------------------------------------------------------------- 
     932      !!        !  15-08  (M. Martin) Combined writing for prof and surf types 
     933      !!---------------------------------------------------------------------- 
     934      !! * Modules used 
     935      USE obs_rot_vel          ! Rotation of velocities 
     936 
    1138937      IMPLICIT NONE 
    1139938 
    1140939      !! * Local declarations 
    1141  
    1142       INTEGER :: jprofset                 ! Profile data set loop variable 
    1143       INTEGER :: jveloset                 ! Velocity data set loop variable 
    1144       INTEGER :: jslaset                  ! SLA data set loop variable 
    1145       INTEGER :: jsstset                  ! SST data set loop variable 
    1146       INTEGER :: jseaiceset               ! Sea Ice data set loop variable 
    1147       INTEGER :: jset 
    1148       INTEGER :: jfbini 
    1149       CHARACTER(LEN=20) :: datestr=" ",timestr=" " 
    1150       CHARACTER(LEN=10) :: cdtmp 
     940      INTEGER :: jtype                    ! Data set loop variable 
     941      INTEGER :: jo, jvar, jk 
     942      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     943         & zu, & 
     944         & zv 
     945 
    1151946      !----------------------------------------------------------------------- 
    1152947      ! Depending on switches call various observation output routines 
    1153948      !----------------------------------------------------------------------- 
    1154949 
    1155       !  - Temperature/salinity profiles 
    1156  
    1157       IF( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    1158  
    1159          ! Copy data from prodatqc to profdata structures 
    1160          DO jprofset = 1, nprofsets 
    1161  
    1162             CALL obs_prof_decompress( prodatqc(jprofset), & 
    1163                  &                    profdata(jprofset), .TRUE., numout ) 
     950      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     951 
     952         DO jtype = 1, nproftypes 
     953 
     954            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'vel' ) THEN 
     955 
     956               ! For velocity data, rotate the model velocities to N/S, E/W 
     957               ! using the compressed data structure. 
     958               ALLOCATE( & 
     959                  & zu(profdataqc(jtype)%nvprot(1)), & 
     960                  & zv(profdataqc(jtype)%nvprot(2))  & 
     961                  & ) 
     962 
     963               CALL obs_rotvel( profdataqc(jtype), nn_2dint, zu, zv ) 
     964 
     965               DO jo = 1, profdataqc(jtype)%nprof 
     966                  DO jvar = 1, 2 
     967                     DO jk = profdataqc(jtype)%npvsta(jo,jvar), profdataqc(jtype)%npvend(jo,jvar) 
     968 
     969                        IF ( jvar == 1 ) THEN 
     970                           profdataqc(jtype)%var(jvar)%vmod(jk) = zu(jk) 
     971                        ELSE 
     972                           profdataqc(jtype)%var(jvar)%vmod(jk) = zv(jk) 
     973                        ENDIF 
     974 
     975                     END DO 
     976                  END DO 
     977               END DO 
     978 
     979               DEALLOCATE( zu ) 
     980               DEALLOCATE( zv ) 
     981 
     982            END IF 
     983 
     984            CALL obs_prof_decompress( profdataqc(jtype), & 
     985               &                      profdata(jtype), .TRUE., numout ) 
     986 
     987            CALL obs_wri_prof( profdata(jtype) ) 
    1164988 
    1165989         END DO 
    1166990 
    1167          ! Write the profiles. 
    1168  
    1169          jprofset = 0 
    1170  
    1171          ! ENACT insitu data 
    1172  
    1173          IF ( ln_ena ) THEN 
    1174             
    1175             jprofset = jprofset + 1 
    1176  
    1177             CALL obs_wri_p3d( 'enact', profdata(jprofset) ) 
    1178  
    1179          ENDIF 
    1180  
    1181          ! Coriolis insitu data 
    1182  
    1183          IF ( ln_cor ) THEN 
    1184              
    1185             jprofset = jprofset + 1 
    1186  
    1187             CALL obs_wri_p3d( 'corio', profdata(jprofset) ) 
    1188              
    1189          ENDIF 
    1190           
    1191          ! Feedback insitu data 
    1192  
    1193          IF ( ln_profb ) THEN 
    1194  
    1195             jfbini = jprofset + 1 
    1196  
    1197             DO jprofset = jfbini, nprofsets 
    1198                 
    1199                jset = jprofset - jfbini + 1 
    1200                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'profb_',jset 
    1201                CALL obs_wri_p3d( cdtmp, profdata(jprofset) ) 
    1202  
    1203             END DO 
    1204  
    1205          ENDIF 
    1206  
    1207       ENDIF 
    1208  
    1209       !  - Sea surface anomaly 
    1210       IF ( ln_sla ) THEN 
    1211  
    1212          ! Copy data from sladatqc to sladata structures 
    1213          DO jslaset = 1, nslasets 
    1214  
    1215               CALL obs_surf_decompress( sladatqc(jslaset), & 
    1216                  &                    sladata(jslaset), .TRUE., numout ) 
     991      ENDIF 
     992 
     993      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     994 
     995         DO jtype = 1, nsurftypes 
     996 
     997            CALL obs_surf_decompress( surfdataqc(jtype), & 
     998               &                      surfdata(jtype), .TRUE., numout ) 
     999 
     1000            CALL obs_wri_surf( surfdata(jtype) ) 
    12171001 
    12181002         END DO 
    12191003 
    1220          jslaset = 0  
    1221  
    1222          ! Write the AVISO SLA data 
    1223  
    1224          IF ( ln_sladt ) THEN 
    1225              
    1226             jslaset = 1 
    1227             CALL obs_wri_sla( 'aviso_act', sladata(jslaset) ) 
    1228             jslaset = 2 
    1229             CALL obs_wri_sla( 'aviso_pas', sladata(jslaset) ) 
    1230  
    1231          ENDIF 
    1232  
    1233          IF ( ln_slafb ) THEN 
    1234              
    1235             jfbini = jslaset + 1 
    1236  
    1237             DO jslaset = jfbini, nslasets 
    1238                 
    1239                jset = jslaset - jfbini + 1 
    1240                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'slafb_',jset 
    1241                CALL obs_wri_sla( cdtmp, sladata(jslaset) ) 
    1242  
    1243             END DO 
    1244  
    1245          ENDIF 
    1246  
    1247       ENDIF 
    1248  
    1249       !  - Sea surface temperature 
    1250       IF ( ln_sst ) THEN 
    1251  
    1252          ! Copy data from sstdatqc to sstdata structures 
    1253          DO jsstset = 1, nsstsets 
    1254       
    1255               CALL obs_surf_decompress( sstdatqc(jsstset), & 
    1256                  &                    sstdata(jsstset), .TRUE., numout ) 
    1257  
    1258          END DO 
    1259  
    1260          jsstset = 0  
    1261  
    1262          ! Write the AVISO SST data 
    1263  
    1264          IF ( ln_reysst ) THEN 
    1265              
    1266             jsstset = jsstset + 1 
    1267             CALL obs_wri_sst( 'reynolds', sstdata(jsstset) ) 
    1268  
    1269          ENDIF 
    1270  
    1271          IF ( ln_ghrsst ) THEN 
    1272              
    1273             jsstset = jsstset + 1 
    1274             CALL obs_wri_sst( 'ghr', sstdata(jsstset) ) 
    1275  
    1276          ENDIF 
    1277  
    1278          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    1279              
    1280             jfbini = jsstset + 1 
    1281  
    1282             DO jsstset = jfbini, nsstsets 
    1283                 
    1284                jset = jsstset - jfbini + 1 
    1285                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'sstfb_',jset 
    1286                CALL obs_wri_sst( cdtmp, sstdata(jsstset) ) 
    1287  
    1288             END DO 
    1289  
    1290          ENDIF 
    1291  
    1292       ENDIF 
    1293  
    1294       !  - Sea surface salinity 
    1295       IF ( ln_sss ) THEN 
    1296          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    1297       ENDIF 
    1298  
    1299       !  - Sea Ice Concentration 
    1300       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1301  
    1302          ! Copy data from seaicedatqc to seaicedata structures 
    1303          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1304  
    1305               CALL obs_surf_decompress( seaicedatqc(jseaiceset), & 
    1306                  &                    seaicedata(jseaiceset), .TRUE., numout ) 
    1307  
    1308          END DO 
    1309  
    1310          ! Write the Sea Ice data 
    1311          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1312        
    1313             WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'seaicefb_',jseaiceset 
    1314             CALL obs_wri_seaice( cdtmp, seaicedata(jseaiceset) ) 
    1315  
    1316          END DO 
    1317  
    1318       ENDIF 
    1319        
    1320       ! Velocity data 
    1321       IF( ln_vel3d ) THEN 
    1322  
    1323          ! Copy data from veldatqc to velodata structures 
    1324          DO jveloset = 1, nvelosets 
    1325  
    1326             CALL obs_prof_decompress( veldatqc(jveloset), & 
    1327                  &                    velodata(jveloset), .TRUE., numout ) 
    1328  
    1329          END DO 
    1330  
    1331          ! Write the profiles. 
    1332  
    1333          jveloset = 0 
    1334  
    1335          ! Daily averaged data 
    1336  
    1337          IF ( ln_velavcur ) THEN 
    1338              
    1339             jveloset = jveloset + 1 
    1340  
    1341             CALL obs_wri_vel( 'velavcurr', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1342  
    1343          ENDIF 
    1344  
    1345          ! High frequency data 
    1346  
    1347          IF ( ln_velhrcur ) THEN 
    1348              
    1349             jveloset = jveloset + 1 
    1350  
    1351             CALL obs_wri_vel( 'velhrcurr', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1352  
    1353          ENDIF 
    1354  
    1355          ! Daily averaged data 
    1356  
    1357          IF ( ln_velavadcp ) THEN 
    1358              
    1359             jveloset = jveloset + 1 
    1360  
    1361             CALL obs_wri_vel( 'velavadcp', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1362  
    1363          ENDIF 
    1364  
    1365          ! High frequency data 
    1366  
    1367          IF ( ln_velhradcp ) THEN 
    1368              
    1369             jveloset = jveloset + 1 
    1370              
    1371             CALL obs_wri_vel( 'velhradcp', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1372                 
    1373          ENDIF 
    1374  
    1375          ! Feedback velocity data 
    1376  
    1377          IF ( ln_velfb ) THEN 
    1378  
    1379             jfbini = jveloset + 1 
    1380  
    1381             DO jveloset = jfbini, nvelosets 
    1382                 
    1383                jset = jveloset - jfbini + 1 
    1384                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'velfb_',jset 
    1385                CALL obs_wri_vel( cdtmp, velodata(jveloset), n2dint ) 
    1386  
    1387             END DO 
    1388  
    1389          ENDIF 
    1390           
    13911004      ENDIF 
    13921005 
    … …  
    14061019      !! 
    14071020      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1408       !! obs_grid deallocation 
     1021      ! obs_grid deallocation 
    14091022      CALL obs_grid_deallocate 
    14101023 
    1411       !! diaobs deallocation 
    1412       IF ( nprofsets > 0 ) THEN 
    1413           DEALLOCATE(ld_enact, & 
    1414                   &  profdata, & 
    1415                   &  prodatqc) 
    1416       END IF 
    1417       IF ( ln_sla ) THEN 
    1418           DEALLOCATE(sladata, & 
    1419                   &  sladatqc) 
    1420       END IF 
    1421       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1422           DEALLOCATE(sladata, & 
    1423                   &  sladatqc) 
    1424       END IF 
    1425       IF ( ln_sst ) THEN 
    1426           DEALLOCATE(sstdata, & 
    1427                   &  sstdatqc) 
    1428       END IF 
    1429       IF ( ln_vel3d ) THEN 
    1430           DEALLOCATE(ld_velav, & 
    1431                   &  velodata, & 
    1432                   &  veldatqc) 
    1433       END IF 
     1024      ! diaobs deallocation 
     1025      IF ( nproftypes > 0 ) & 
     1026         &   DEALLOCATE( cobstypesprof, profdata, profdataqc, nvarsprof, nextrprof ) 
     1027 
     1028      IF ( nsurftypes > 0 ) & 
     1029         &   DEALLOCATE( cobstypessurf, surfdata, surfdataqc, nvarssurf, nextrsurf, & 
     1030         &               n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, lfpindegs, llnightav ) 
     1031 
    14341032   END SUBROUTINE dia_obs_dealloc 
    14351033 
    … …  
    14541052      USE phycst, ONLY : &            ! Physical constants 
    14551053         & rday 
    1456 !      USE daymod, ONLY : &            ! Time variables 
    1457 !         & nmonth_len            
    14581054      USE dom_oce, ONLY : &           ! Ocean space and time domain variables 
    14591055         & rdt 
    … …  
    14721068      INTEGER :: imin 
    14731069      INTEGER :: imday         ! Number of days in month. 
    1474       REAL(KIND=wp) :: zdayfrc ! Fraction of day 
     1070      REAL(wp) :: zdayfrc ! Fraction of day 
    14751071 
    14761072      INTEGER, DIMENSION(12) ::   imonth_len    !: length in days of the months of the current year 
    14771073 
    1478       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1479       !! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    1480       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1074      !---------------------------------------------------------------------- 
     1075      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
     1076      !---------------------------------------------------------------------- 
    14811077      iyea =   ndate0 / 10000 
    14821078      imon = ( ndate0 - iyea * 10000 ) / 100 
    … …  
    14851081      imin = ( nn_time0 - ihou * 100 )  
    14861082 
    1487       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1488       !! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
    1489       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1083      !---------------------------------------------------------------------- 
     1084      ! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
     1085      !---------------------------------------------------------------------- 
    14901086      zdayfrc = kstp * rdt / rday 
    14911087      zdayfrc = zdayfrc - aint(zdayfrc) 
    … …  
    15011097      iday = iday + kstp * rdt / rday  
    15021098 
    1503       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1504       !! Convert number of days (iday) into a real date 
    1505       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1099      !----------------------------------------------------------------------- 
     1100      ! Convert number of days (iday) into a real date 
     1101      !---------------------------------------------------------------------- 
    15061102 
    15071103      CALL calc_month_len( iyea, imonth_len ) 
    … …  
    15171113      END DO 
    15181114 
    1519       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1520       !! Convert it into YYYYMMDD.HHMMSS format. 
    1521       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1115      !---------------------------------------------------------------------- 
     1116      ! Convert it into YYYYMMDD.HHMMSS format. 
     1117      !---------------------------------------------------------------------- 
    15221118      ddobs = iyea * 10000_dp + imon * 100_dp + & 
    15231119         &    iday + ihou * 0.01_dp + imin * 0.0001_dp 
    … …  
    15281124      !!---------------------------------------------------------------------- 
    15291125      !!                    ***  ROUTINE ini_date  *** 
    1530       !!           
    1531       !! ** Purpose : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1532       !! 
    1533       !! ** Method  : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1534       !! 
    1535       !! ** Action  : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1126      !! 
     1127      !! ** Purpose : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1128      !! 
     1129      !! ** Method  : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1130      !! 
     1131      !! ** Action  : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    15361132      !! 
    15371133      !! History : 
    … …  
    15461142 
    15471143      !! * Arguments 
    1548       REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: ddobsini                   ! Initial date in YYYYMMDD.HHMMSS 
     1144      REAL(dp), INTENT(OUT) :: ddobsini  ! Initial date in YYYYMMDD.HHMMSS 
    15491145 
    15501146      CALL calc_date( nit000 - 1, ddobsini ) 
    … …  
    15551151      !!---------------------------------------------------------------------- 
    15561152      !!                    ***  ROUTINE fin_date  *** 
    1557       !!           
    1558       !! ** Purpose : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1559       !! 
    1560       !! ** Method  : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1561       !! 
    1562       !! ** Action  : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1153      !! 
     1154      !! ** Purpose : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1155      !! 
     1156      !! ** Method  : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1157      !! 
     1158      !! ** Action  : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    15631159      !! 
    15641160      !! History : 
    … …  
    15721168 
    15731169      !! * Arguments 
    1574       REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: ddobsfin                  ! Final date in YYYYMMDD.HHMMSS 
     1170      REAL(dp), INTENT(OUT) :: ddobsfin ! Final date in YYYYMMDD.HHMMSS 
    15751171 
    15761172      CALL calc_date( nitend, ddobsfin ) 
    15771173 
    1578    END SUBROUTINE fin_date 
    1579     
     1174    END SUBROUTINE fin_date 
     1175 
     1176    SUBROUTINE obs_settypefiles( ntypes, jpmaxnfiles, jtype, ctypein, & 
     1177       &                         cfilestype, ifiles, cobstypes, cfiles ) 
     1178 
     1179    INTEGER, INTENT(IN) :: ntypes      ! Total number of obs types 
     1180    INTEGER, INTENT(IN) :: jpmaxnfiles ! Maximum number of files allowed for each type 
     1181    INTEGER, INTENT(IN) :: jtype       ! Index of the current type of obs 
     1182    INTEGER, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1183       &                   ifiles      ! Out appended number of files for this type 
     1184 
     1185    CHARACTER(len=6), INTENT(IN) :: ctypein  
     1186    CHARACTER(len=128), DIMENSION(jpmaxnfiles), INTENT(IN) :: & 
     1187       &                   cfilestype  ! In list of files for this obs type 
     1188    CHARACTER(len=6), DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1189       &                   cobstypes   ! Out appended list of obs types 
     1190    CHARACTER(len=128), DIMENSION(ntypes, jpmaxnfiles), INTENT(INOUT) :: & 
     1191       &                   cfiles      ! Out appended list of files for all types 
     1192 
     1193    !Local variables 
     1194    INTEGER :: jfile 
     1195 
     1196    cfiles(jtype,:) = cfilestype(:) 
     1197    cobstypes(jtype) = ctypein 
     1198    ifiles(jtype) = 0 
     1199    DO jfile = 1, jpmaxnfiles 
     1200       IF ( trim(cfiles(jtype,jfile)) /= '' ) & 
     1201                 ifiles(jtype) = ifiles(jtype) + 1 
     1202    END DO 
     1203 
     1204    IF ( ifiles(jtype) == 0 ) THEN 
     1205         CALL ctl_stop( 'Logical for observation type '//TRIM(ctypein)//   & 
     1206            &           ' set to true but no files available to read' ) 
     1207    ENDIF 
     1208 
     1209    IF(lwp) THEN     
     1210       WRITE(numout,*) '             '//cobstypes(jtype)//' input observation file names:' 
     1211       DO jfile = 1, ifiles(jtype) 
     1212          WRITE(numout,*) '                '//TRIM(cfiles(jtype,jfile)) 
     1213       END DO 
     1214    ENDIF 
     1215 
     1216    END SUBROUTINE obs_settypefiles 
     1217 
     1218    SUBROUTINE obs_setinterpopts( ntypes, jtype, ctypein,             & 
     1219               &                  n2dint_default, n2dint_type,        & 
     1220               &                  ravglamscl_type, ravgphiscl_type,   & 
     1221               &                  lfp_indegs_type, lavnight_type,     & 
     1222               &                  n2dint, ravglamscl, ravgphiscl,     & 
     1223               &                  lfpindegs, lavnight ) 
     1224 
     1225    INTEGER, INTENT(IN)  :: ntypes             ! Total number of obs types 
     1226    INTEGER, INTENT(IN)  :: jtype              ! Index of the current type of obs 
     1227    INTEGER, INTENT(IN)  :: n2dint_default     ! Default option for interpolation type 
     1228    INTEGER, INTENT(IN)  :: n2dint_type        ! Option for interpolation type 
     1229    REAL(wp), INTENT(IN) :: & 
     1230       &                    ravglamscl_type, & !E/W diameter of obs footprint for this type 
     1231       &                    ravgphiscl_type    !N/S diameter of obs footprint for this type 
     1232    LOGICAL, INTENT(IN)  :: lfp_indegs_type    !T=> footprint in degrees, F=> in metres 
     1233    LOGICAL, INTENT(IN)  :: lavnight_type      !T=> obs represent night time average 
     1234    CHARACTER(len=6), INTENT(IN) :: ctypein  
     1235 
     1236    INTEGER, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1237       &                    n2dint  
     1238    REAL(wp), DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1239       &                    ravglamscl, ravgphiscl 
     1240    LOGICAL, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1241       &                    lfpindegs, lavnight 
     1242 
     1243    lavnight(jtype) = lavnight_type 
     1244 
     1245    IF ( (n2dint_type >= 1) .AND. (n2dint_type <= 6) ) THEN 
     1246       n2dint(jtype) = n2dint_type 
     1247    ELSE 
     1248       n2dint(jtype) = n2dint_default 
     1249    ENDIF 
     1250 
     1251    ! For averaging observation footprints set options for size of footprint  
     1252    IF ( (n2dint(jtype) > 4) .AND. (n2dint(jtype) <= 6) ) THEN 
     1253       IF ( ravglamscl_type > 0._wp ) THEN 
     1254          ravglamscl(jtype) = ravglamscl_type 
     1255       ELSE 
     1256          CALL ctl_stop( 'Incorrect value set for averaging footprint '// & 
     1257                         'scale (ravglamscl) for observation type '//TRIM(ctypein) )       
     1258       ENDIF 
     1259 
     1260       IF ( ravgphiscl_type > 0._wp ) THEN 
     1261          ravgphiscl(jtype) = ravgphiscl_type 
     1262       ELSE 
     1263          CALL ctl_stop( 'Incorrect value set for averaging footprint '// & 
     1264                         'scale (ravgphiscl) for observation type '//TRIM(ctypein) )       
     1265       ENDIF 
     1266 
     1267       lfpindegs(jtype) = lfp_indegs_type  
     1268 
     1269    ENDIF 
     1270 
     1271    ! Write out info  
     1272    IF(lwp) THEN 
     1273       IF ( n2dint(jtype) <= 4 ) THEN 
     1274          WRITE(numout,*) '             '//TRIM(ctypein)// & 
     1275             &            ' model counterparts will be interpolated horizontally' 
     1276       ELSE IF ( n2dint(jtype) <= 6 ) THEN 
     1277          WRITE(numout,*) '             '//TRIM(ctypein)// & 
     1278             &            ' model counterparts will be averaged horizontally' 
     1279          WRITE(numout,*) '             '//'    with E/W scale: ',ravglamscl(jtype) 
     1280          WRITE(numout,*) '             '//'    with N/S scale: ',ravgphiscl(jtype) 
     1281          IF ( lfpindegs(jtype) ) THEN 
     1282              WRITE(numout,*) '             '//'    (in degrees)' 
     1283          ELSE 
     1284              WRITE(numout,*) '             '//'    (in metres)' 
     1285          ENDIF 
     1286       ENDIF 
     1287    ENDIF 
     1288 
     1289    END SUBROUTINE obs_setinterpopts 
     1290 
    15801291END MODULE diaobs 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_grd_bruteforce.h90

    r2358 r10120  
    325325         CALL obs_mpp_max_integer( kobsj, kobs ) 
    326326      ELSE 
    327          CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobsi, kobsj, kobs ) 
     327         CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc,kobs ) 
    328328      ENDIF 
    329329 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_grid.F90

    r6486 r10120  
    5252 
    5353   !! Default values 
    54    REAL, PUBLIC :: grid_search_res = 0.5    ! Resolution of grid 
     54   REAL, PUBLIC :: rn_gridsearchres = 0.5   ! Resolution of grid 
    5555   INTEGER, PRIVATE :: gsearch_nlons_def    ! Num of longitudes 
    5656   INTEGER, PRIVATE :: gsearch_nlats_def    ! Num of latitudes 
    … …  
    8383   LOGICAL, PUBLIC :: ln_grid_global         ! Use global distribution of observations 
    8484   CHARACTER(LEN=44), PUBLIC :: & 
    85       & grid_search_file    ! file name head for grid search lookup  
     85      & cn_gridsearchfile    ! file name head for grid search lookup  
    8686 
    8787   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    613613         CALL obs_mpp_max_integer( kobsj, kobs ) 
    614614      ELSE 
    615          CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobsi, kobsj, kobs ) 
     615         CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobs ) 
    616616      ENDIF 
    617617 
    … …  
    690690          
    691691         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    692          IF(lwp) WRITE(numout,*)'Grid search resolution : ', grid_search_res 
    693           
    694          gsearch_nlons_def  = NINT( 360.0_wp / grid_search_res )  
    695          gsearch_nlats_def  = NINT( 180.0_wp / grid_search_res ) 
    696          gsearch_lonmin_def = -180.0_wp + 0.5_wp * grid_search_res 
    697          gsearch_latmin_def =  -90.0_wp + 0.5_wp * grid_search_res 
    698          gsearch_dlon_def   = grid_search_res 
    699          gsearch_dlat_def   = grid_search_res 
     692         IF(lwp) WRITE(numout,*)'Grid search resolution : ', rn_gridsearchres 
     693          
     694         gsearch_nlons_def  = NINT( 360.0_wp / rn_gridsearchres )  
     695         gsearch_nlats_def  = NINT( 180.0_wp / rn_gridsearchres ) 
     696         gsearch_lonmin_def = -180.0_wp + 0.5_wp * rn_gridsearchres 
     697         gsearch_latmin_def =  -90.0_wp + 0.5_wp * rn_gridsearchres 
     698         gsearch_dlon_def   = rn_gridsearchres 
     699         gsearch_dlat_def   = rn_gridsearchres 
    700700          
    701701         IF (lwp) THEN 
    … …  
    710710         IF ( ln_grid_global ) THEN 
    711711            WRITE(cfname, FMT="(A,'_',A)") & 
    712                &          TRIM(grid_search_file), 'global.nc' 
     712               &          TRIM(cn_gridsearchfile), 'global.nc' 
    713713         ELSE 
    714714            WRITE(cfname, FMT="(A,'_',I4.4,'of',I4.4,'by',I4.4,'.nc')") & 
    715                &          TRIM(grid_search_file), nproc, jpni, jpnj 
     715               &          TRIM(cn_gridsearchfile), nproc, jpni, jpnj 
    716716         ENDIF 
    717717 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_inter_sup.F90

    r6486 r10120  
    3535CONTAINS 
    3636 
    37    SUBROUTINE obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     37   SUBROUTINE obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    3838      &                        pval, pgval, kproc ) 
    3939      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    5757      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj     ! Number of j horizontal points per stencil 
    5858      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs      ! Local number of observations 
     59      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Number of points in i direction 
     60      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj       ! Number of points in j direction 
    5961      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk       ! Number of levels 
    6062      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    … …  
    6365      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    6466         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    65       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     67      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    6668         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    6769      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
    … …  
    7375         IF (PRESENT(kproc)) THEN 
    7476 
    75             CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, & 
     77            CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, & 
    7678               &                         kgrdj, pval, pgval, kproc=kproc ) 
    7779 
    7880         ELSE 
    7981 
    80             CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, & 
     82            CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, & 
    8183               &                         kgrdj, pval, pgval ) 
    8284 
    … …  
    8587      ELSE 
    8688 
    87          CALL obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     89         CALL obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    8890            &                        pval, pgval ) 
    8991 
    … …  
    9294   END SUBROUTINE obs_int_comm_3d 
    9395 
    94    SUBROUTINE obs_int_comm_2d( kptsi, kptsj, kobs, kgrdi, kgrdj, pval, pgval, & 
     96   SUBROUTINE obs_int_comm_2d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kgrdi, kgrdj, pval, pgval, & 
    9597      &                        kproc ) 
    9698      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    111113      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj        ! Number of j horizontal points per stencil 
    112114      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs          ! Local number of observations 
     115      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi          ! Number of model grid points in i direction 
     116      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj          ! Number of model grid points in j direction 
    113117      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    114118         & kgrdi, &         ! i,j indicies for each stencil 
    … …  
    116120      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    117121         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    118       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(IN) ::& 
     122      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj), INTENT(IN) ::& 
    119123         & pval             ! Local 3D array to extra data from 
    120124      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(OUT) ::& 
    … …  
    136140      IF (PRESENT(kproc)) THEN 
    137141 
    138          CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
     142         CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
    139143            &                  zgval, kproc=kproc ) 
    140144      ELSE 
    141145 
    142          CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
     146         CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
    143147            &                  zgval ) 
    144148 
    … …  
    154158   END SUBROUTINE obs_int_comm_2d 
    155159 
    156    SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     160   SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    157161      &                               pval, pgval, kproc ) 
    158162      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    174178      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj     ! Number of j horizontal points per stencil 
    175179      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs      ! Local number of observations 
     180      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Number of model points in i direction 
     181      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj       ! Number of model points in j direction 
    176182      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk       ! Number of levels 
    177183      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    … …  
    180186      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    181187         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    182       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     188      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    183189         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    184190      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
    … …  
    207213 
    208214      ! Check valid points 
    209        
     215 
    210216      IF ( ( MAXVAL(kgrdi) > jpiglo ) .OR. ( MINVAL(kgrdi) < 1 ) .OR. & 
    211217         & ( MAXVAL(kgrdj) > jpjglo ) .OR. ( MINVAL(kgrdj) < 1 ) ) THEN 
    212           
     218 
    213219         CALL ctl_stop( 'Error in obs_int_comm_3d_global', & 
    214220            &           'Point outside global domain' ) 
    215           
     221 
    216222      ENDIF 
    217223 
    … …  
    323329   END SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global 
    324330    
    325    SUBROUTINE obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     331   SUBROUTINE obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    326332      &                              pval, pgval ) 
    327333      !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    343349      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj        ! Number of j horizontal points per stencil 
    344350      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs         ! Local number of observations 
     351      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi          ! Number of model points in i direction 
     352      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj          ! Number of model points in j direction 
    345353      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk          ! Number of levels 
    346354      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    347355         & kgrdi, &         ! i,j indicies for each stencil 
    348356         & kgrdj 
    349       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     357      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    350358         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    351359      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_mpp.F90

    r6486 r10120  
    77   !!             -   ! 2006-05  (K. Mogensen)  Reformatted 
    88   !!             -   ! 2008-01  (K. Mogensen)  add mpp_global_max 
     9   !!            3.6  ! 2015-01  (J. Waters) obs_mpp_find_obs_proc  
     10   !!                            rewritten to avoid global arrays 
    911   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1012#  define mpivar mpi_double_precision 
    … …  
    1214   !! obs_mpp_bcast_integer : Broadcast an integer array from a processor to all processors 
    1315   !! obs_mpp_max_integer   : Find maximum on all processors of each value in an integer on all processors 
    14    !! obs_mpp_find_obs_proc : Find processors which should hold the observations 
     16   !! obs_mpp_find_obs_proc : Find processors which should hold the observations, avoiding global arrays 
    1517   !! obs_mpp_sum_integers  : Sum an integer array from all processors 
    1618   !! obs_mpp_sum_integer   : Sum an integer from all processors 
    … …  
    9698      ! 
    9799      INTEGER :: ierr  
    98       INTEGER, DIMENSION(kno) ::   ivals 
    99       ! 
    100 INCLUDE 'mpif.h' 
    101       !!---------------------------------------------------------------------- 
     100      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::   ivals 
     101      ! 
     102INCLUDE 'mpif.h' 
     103      !!---------------------------------------------------------------------- 
     104 
     105      ALLOCATE( ivals(kno) ) 
    102106 
    103107      ! Call the MPI library to find the maximum across processors 
    … …  
    105109         &                mpi_max, mpi_comm_opa, ierr ) 
    106110      kvals(:) = ivals(:) 
     111 
     112      DEALLOCATE( ivals ) 
    107113#else 
    108114      ! no MPI: empty routine 
    … …  
    111117 
    112118 
    113    SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc( kobsp, kobsi, kobsj, kno ) 
    114       !!---------------------------------------------------------------------- 
    115       !!               ***  ROUTINE obs_mpp_find_obs_proc *** 
    116       !!           
    117       !! ** Purpose : From the array kobsp containing the results of the grid 
     119   SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc( kobsp,kno ) 
     120      !!---------------------------------------------------------------------- 
     121      !!               ***  ROUTINE obs_mpp_find_obs_proc  *** 
     122      !!          
     123      !! ** Purpose : From the array kobsp containing the results of the 
    118124      !!              grid search on each processor the processor return a 
    119125      !!              decision of which processors should hold the observation. 
    120126      !! 
    121       !! ** Method  : A temporary 2D array holding all the decisions is 
    122       !!              constructed using mpi_allgather on each processor. 
    123       !!              If more than one processor has found the observation 
    124       !!              with the observation in the inner domain gets it 
    125       !! 
    126       !! ** Action  : This does only work for MPI.  
     127      !! ** Method  : Synchronize the processor number for each obs using 
     128      !!              obs_mpp_max_integer. If an observation exists on two  
     129      !!              processors it will be allocated to the lower numbered 
     130      !!              processor. 
     131      !! 
     132      !! ** Action  : This does only work for MPI. 
    127133      !!              It does not work for SHMEM. 
    128134      !! 
    … …  
    130136      !!---------------------------------------------------------------------- 
    131137      INTEGER                , INTENT(in   ) ::   kno 
    132       INTEGER, DIMENSION(kno), INTENT(in   ) ::   kobsi, kobsj 
    133138      INTEGER, DIMENSION(kno), INTENT(inout) ::   kobsp 
    134139      ! 
    135140#if defined key_mpp_mpi 
    136141      ! 
    137       INTEGER :: ji 
    138       INTEGER :: jj 
    139       INTEGER :: size 
    140       INTEGER :: ierr 
    141       INTEGER :: iobsip 
    142       INTEGER :: iobsjp 
    143       INTEGER :: num_sus_obs 
    144       INTEGER, DIMENSION(kno) ::   iobsig, iobsjg 
    145       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::   iobsp, iobsi, iobsj 
    146       !! 
    147 INCLUDE 'mpif.h' 
    148       !!---------------------------------------------------------------------- 
    149  
    150       !----------------------------------------------------------------------- 
    151       ! Call the MPI library to find the maximum accross processors 
    152       !----------------------------------------------------------------------- 
    153       CALL mpi_comm_size( mpi_comm_opa, size, ierr ) 
    154       !----------------------------------------------------------------------- 
    155       ! Convert local grids points to global grid points 
    156       !----------------------------------------------------------------------- 
     142      ! 
     143      INTEGER :: ji, isum 
     144      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::   iobsp 
     145      !! 
     146      !! 
     147 
     148      ALLOCATE( iobsp(kno) ) 
     149 
     150      iobsp(:)=kobsp(:) 
     151 
     152      WHERE( iobsp(:) == -1 ) 
     153         iobsp(:) = 9999999 
     154      END WHERE 
     155 
     156      iobsp(:)=-1*iobsp(:) 
     157 
     158      CALL obs_mpp_max_integer( iobsp, kno ) 
     159 
     160      kobsp(:)=-1*iobsp(:) 
     161 
     162      isum=0 
    157163      DO ji = 1, kno 
    158          IF ( ( kobsi(ji) >= 1 ) .AND. ( kobsi(ji) <= jpi ) .AND. & 
    159             & ( kobsj(ji) >= 1 ) .AND. ( kobsj(ji) <= jpj ) ) THEN 
    160             iobsig(ji) = mig( kobsi(ji) ) 
    161             iobsjg(ji) = mjg( kobsj(ji) ) 
    162          ELSE 
    163             iobsig(ji) = -1 
    164             iobsjg(ji) = -1 
     164         IF ( kobsp(ji) == 9999999 ) THEN 
     165            isum=isum+1 
     166            kobsp(ji)=-1 
    165167         ENDIF 
    166       END DO 
    167       !----------------------------------------------------------------------- 
    168       ! Get the decisions from all processors 
    169       !----------------------------------------------------------------------- 
    170       ALLOCATE( iobsp(kno,size) ) 
    171       ALLOCATE( iobsi(kno,size) ) 
    172       ALLOCATE( iobsj(kno,size) ) 
    173       CALL mpi_allgather( kobsp, kno, mpi_integer, & 
    174          &                iobsp, kno, mpi_integer, & 
    175          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    176       CALL mpi_allgather( iobsig, kno, mpi_integer, & 
    177          &                iobsi, kno, mpi_integer, & 
    178          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    179       CALL mpi_allgather( iobsjg, kno, mpi_integer, & 
    180          &                iobsj, kno, mpi_integer, & 
    181          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    182  
    183       !----------------------------------------------------------------------- 
    184       ! Find the processor with observations from the lowest processor  
    185       ! number among processors holding the observation. 
    186       !----------------------------------------------------------------------- 
    187       kobsp(:) = -1 
    188       num_sus_obs = 0 
    189       DO ji = 1, kno 
    190          DO jj = 1, size 
    191             IF ( ( kobsp(ji) == -1 ) .AND. ( iobsp(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    192                kobsp(ji) = iobsp(ji,jj) 
    193                iobsip = iobsi(ji,jj) 
    194                iobsjp = iobsj(ji,jj) 
    195             ENDIF 
    196             IF ( ( kobsp(ji) /= -1 ) .AND. ( iobsp(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    197                IF ( ( iobsip /= iobsi(ji,jj) ) .OR. & 
    198                   & ( iobsjp /= iobsj(ji,jj) ) ) THEN 
    199                   IF ( ( kobsp(ji) < 1000000 ) .AND. & 
    200                      & ( iobsp(ji,jj) < 1000000 ) ) THEN 
    201                      num_sus_obs=num_sus_obs+1 
    202                   ENDIF 
    203                ENDIF 
    204                IF ( mppmap(iobsip,iobsjp) /= ( kobsp(ji)+1 ) ) THEN 
    205                   IF ( ( iobsi(ji,jj) /= -1 ) .AND. & 
    206                      & ( iobsj(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    207                      IF ((mppmap(iobsi(ji,jj),iobsj(ji,jj)) == (iobsp(ji,jj)+1))& 
    208                         & .OR. ( iobsp(ji,jj) < kobsp(ji) ) ) THEN 
    209                         kobsp(ji) = iobsp(ji,jj) 
    210                         iobsip = iobsi(ji,jj) 
    211                         iobsjp = iobsj(ji,jj) 
    212                      ENDIF 
    213                   ENDIF 
    214                ENDIF 
    215             ENDIF 
    216          END DO 
    217       END DO 
    218       IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Number of suspicious observations: ',num_sus_obs 
    219  
    220       DEALLOCATE( iobsj ) 
    221       DEALLOCATE( iobsi ) 
     168      ENDDO 
     169 
     170 
     171      IF ( isum > 0 ) THEN 
     172         IF (lwp) WRITE(numout,*) isum, ' observations failed the grid search.' 
     173         IF (lwp) WRITE(numout,*)'If ln_grid_search_lookup=.TRUE., try reducing grid_search_res' 
     174      ENDIF 
     175 
    222176      DEALLOCATE( iobsp ) 
     177 
    223178#else 
    224179      ! no MPI: empty routine 
    225 #endif 
    226       ! 
     180#endif      
     181       
    227182   END SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc 
    228183 

  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_starthour_obsoper/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_oper.F90

    r6486 r10120  
    77 
    88   !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   obs_pro_opt :    Compute the model counterpart of temperature and 
    10    !!                    salinity observations from profiles 
    11    !!   obs_sla_opt :    Compute the model counterpart of sea level anomaly 
    12    !!                    observations 
    13    !!   obs_sst_opt :    Compute the model counterpart of sea surface temperature 
    14    !!                    observations 
    15    !!   obs_sss_opt :    Compute the model counterpart of sea surface salinity 
    16    !!                    observations 
    17    !!   obs_seaice_opt : Compute the model counterpart of sea ice concentration 
    18    !!                    observations 
    19    !! 
    20    !!   obs_vel_opt :    Compute the model counterpart of zonal and meridional 
    21    !!                    components of velocity from observations. 
     9   !!   obs_prof_opt :    Compute the model counterpart of profile data 
     10   !!   obs_surf_opt :    Compute the model counterpart of surface data 
    2211   !!---------------------------------------------------------------------- 
    2312 
    24    !! * Modules used    
     13   !! * Modules used 
    2514   USE par_kind, ONLY : &         ! Precision variables 
    2615      & wp 
    2716   USE in_out_manager             ! I/O manager 
    2817   USE obs_inter_sup              ! Interpolation support 
    29    USE obs_inter_h2d, ONLY : &    ! Horizontal interpolation to the observation pt 
     18   USE obs_inter_h2d, ONLY : &    ! Horizontal interpolation to the obs pt 
    3019      & obs_int_h2d, & 
    3120      & obs_int_h2d_init 
    32    USE obs_inter_z1d, ONLY : &    ! Vertical interpolation to the observation pt 
     21   USE obs_averg_h2d, ONLY : &    ! Horizontal averaging to the obs footprint 
     22      & obs_avg_h2d, & 
     23      & obs_avg_h2d_init, & 
     24      & obs_max_fpsize 
     25   USE obs_inter_z1d, ONLY : &    ! Vertical interpolation to the obs pt 
    3326      & obs_int_z1d,    & 
    3427      & obs_int_z1d_spl 
    35    USE obs_const,  ONLY :     & 
    36       & obfillflt      ! Fillvalue    
     28   USE obs_const,  ONLY :    &    ! Obs fill value 
     29      & obfillflt 
    3730   USE dom_oce,       ONLY : & 
    38       & glamt, glamu, glamv, & 
    39       & gphit, gphiu, gphiv 
    40    USE lib_mpp,       ONLY : & 
     31      & glamt, glamf, & 
     32      & gphit, gphif 
     33   USE lib_mpp,       ONLY : &    ! Warning and stopping routines 
    4134      & ctl_warn, ctl_stop 
     35   USE sbcdcy,        ONLY : &    ! For calculation of where it is night-time 
     36      & sbc_dcy, nday_qsr 
     37   USE obs_grid,      ONLY : &  
     38      & obs_level_search      
    4239 
    4340   IMPLICIT NONE 
    … …  
    4643   PRIVATE 
    4744 
    48    PUBLIC obs_pro_opt, &  ! Compute the model counterpart of profile observations 
    49       &   obs_sla_opt, &  ! Compute the model counterpart of SLA observations 
    50       &   obs_sst_opt, &  ! Compute the model counterpart of SST observations 
    51       &   obs_sss_opt, &  ! Compute the model counterpart of SSS observations 
    52       &   obs_seaice_opt, & 
    53       &   obs_vel_opt     ! Compute the model counterpart of velocity profile data 
    54  
    55    INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: imaxavtypes = 20 ! Max number of daily avgd obs types 
     45   PUBLIC obs_prof_opt, &  ! Compute the model counterpart of profile obs 
     46      &   obs_surf_opt     ! Compute the model counterpart of surface obs 
     47 
     48   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: & 
     49      & imaxavtypes = 20   ! Max number of daily avgd obs types 
    5650 
    5751   !!---------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6155   !!---------------------------------------------------------------------- 
    6256 
     57   !! * Substitutions  
     58#  include "domzgr_substitute.h90"  
    6359CONTAINS 
    6460 
    65    SUBROUTINE obs_pro_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk, kit000, kdaystp, & 
    66       &                    ptn, psn, pgdept, ptmask, k1dint, k2dint, & 
    67       &                    kdailyavtypes ) 
     61 
     62   SUBROUTINE obs_prof_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk,          & 
     63      &                     kit000, kdaystp,                      & 
     64      &                     pvar1, pvar2, pgdept, pgdepw,         & 
     65      &                     pmask1, pmask2,                       &   
     66      &                     plam1, plam2, pphi1, pphi2,           & 
     67      &                     k1dint, k2dint, kdailyavtypes ) 
     68 
    6869      !!----------------------------------------------------------------------- 
    6970      !! 
    … …  
    7879      !! 
    7980      !!    First, a vertical profile of horizontally interpolated model 
    80       !!    now temperatures is computed at the obs (lon, lat) point. 
     81      !!    now values is computed at the obs (lon, lat) point. 
    8182      !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    8283      !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    … …  
    8687      !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    8788      !! 
    88       !!    Next, the vertical temperature profile is interpolated to the 
     89      !!    Next, the vertical profile is interpolated to the 
    8990      !!    data depth points. Two vertical interpolation schemes are 
    9091      !!    available: 
    … …  
    9697      !!    routine. 
    9798      !! 
    98       !!    For ENACT moored buoy data (e.g., TAO), the model equivalent is 
     99      !!    If the logical is switched on, the model equivalent is 
    99100      !!    a daily mean model temperature field. So, we first compute 
    100101      !!    the mean, then interpolate only at the end of the day. 
    101102      !! 
    102       !!    Note: the in situ temperature observations must be converted 
     103      !!    Note: in situ temperature observations must be converted 
    103104      !!    to potential temperature (the model variable) prior to 
    104105      !!    assimilation.  
    105       !!?????????????????????????????????????????????????????????????? 
    106       !!    INCLUDE POTENTIAL TEMP -> IN SITU TEMP IN OBS OPERATOR??? 
    107       !!?????????????????????????????????????????????????????????????? 
    108106      !! 
    109107      !! ** Action  : 
    … …  
    115113      !!      ! 07-01 (K. Mogensen) Merge of temperature and salinity 
    116114      !!      ! 07-03 (K. Mogensen) General handling of profiles 
     115      !!      ! 15-02 (M. Martin) Combined routine for all profile types 
     116      !!      ! 17-02 (M. Martin) Include generalised vertical coordinate changes 
    117117      !!----------------------------------------------------------------------- 
    118    
     118 
    119119      !! * Modules used 
    120120      USE obs_profiles_def ! Definition of storage space for profile obs. 
    … …  
    123123 
    124124      !! * Arguments 
    125       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: prodatqc  ! Subset of profile data not failing screening 
    126       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    127       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
     125      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: & 
     126         & prodatqc                  ! Subset of profile data passing QC 
     127      INTEGER, INTENT(IN) :: kt      ! Time step 
     128      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi     ! Model grid parameters 
    128129      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    129130      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk 
    130       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    131                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    132       INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint    ! Vertical interpolation type (see header) 
    133       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    134       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day                     
     131      INTEGER, INTENT(IN) :: kit000  ! Number of the first time step 
     132                                     !   (kit000-1 = restart time) 
     133      INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint  ! Vertical interpolation type (see header) 
     134      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint  ! Horizontal interpolation type (see header) 
     135      INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp ! Number of time steps per day 
    135136      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
    136          & ptn,    &    ! Model temperature field 
    137          & psn,    &    ! Model salinity field 
    138          & ptmask       ! Land-sea mask 
    139       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpk) :: & 
    140          & pgdept       ! Model array of depth levels 
     137         & pvar1,    &               ! Model field 1 
     138         & pvar2,    &               ! Model field 2 
     139         & pmask1,   &               ! Land-sea mask 1 
     140         & pmask2                    ! Land-sea mask 2 
     141      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     142         & plam1,    &               ! Model longitudes for variable 1 
     143         & plam2,    &               ! Model longitudes for variable 2 
     144         & pphi1,    &               ! Model latitudes for variable 1 
     145         & pphi2                     ! Model latitudes for variable 2 
     146      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: &  
     147         & pgdept, &                 ! Model array of depth T levels  
     148         & pgdepw                    ! Model array of depth W levels  
    141149      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
    142          & kdailyavtypes! Types for daily averages 
     150         & kdailyavtypes             ! Types for daily averages 
     151 
    143152      !! * Local declarations 
    144153      INTEGER ::   ji 
    … …  
    152161      INTEGER ::   iend 
    153162      INTEGER ::   iobs 
     163      INTEGER ::   iin, ijn, ikn, ik   ! looping indices over interpolation nodes  
     164      INTEGER ::   inum_obs 
    154165      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    155166         & idailyavtypes 
     167      INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
     168         & igrdi1, & 
     169         & igrdi2, & 
     170         & igrdj1, & 
     171         & igrdj2 
     172      INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: iv_indic 
     173 
    156174      REAL(KIND=wp) :: zlam 
    157175      REAL(KIND=wp) :: zphi 
    158176      REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    159177      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpk) :: & 
    160          & zobsmask, & 
     178         & zobsmask1, & 
     179         & zobsmask2, & 
    161180         & zobsk,    & 
    162181         & zobs2k 
    163       REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk) :: & 
     182      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
     183         & zweig1, & 
     184         & zweig2, & 
    164185         & zweig 
    165186      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    166          & zmask, & 
    167          & zintt, & 
    168          & zints, & 
    169          & zinmt, & 
    170          & zinms 
     187         & zmask1, & 
     188         & zmask2, & 
     189         & zint1,  & 
     190         & zint2,  & 
     191         & zinm1,  & 
     192         & zinm2,  & 
     193         & zgdept, &  
     194         & zgdepw 
    171195      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    172          & zglam, & 
    173          & zgphi 
    174       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    175          & igrdi, & 
    176          & igrdj 
     196         & zglam1, & 
     197         & zglam2, & 
     198         & zgphi1, & 
     199         & zgphi2 
     200      REAL(KIND=wp), DIMENSION(1) :: zmsk_1, zmsk_2    
     201      REAL(KIND=wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: interp_corner 
     202 
     203      LOGICAL :: ld_dailyav 
    177204 
    178205      !------------------------------------------------------------------------ 
    179206      ! Local initialization  
    180207      !------------------------------------------------------------------------ 
    181       ! ... Record and data counters 
     208      ! Record and data counters 
    182209      inrc = kt - kit000 + 2 
    183210      ipro = prodatqc%npstp(inrc) 
    184   
     211 
    185212      ! Daily average types 
     213      ld_dailyav = .FALSE. 
    186214      IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN 
    187215         idailyavtypes(:) = kdailyavtypes(:) 
     216         IF ( ANY (idailyavtypes(:) /= -1) ) ld_dailyav = .TRUE. 
    188217      ELSE 
    189218         idailyavtypes(:) = -1 
    190219      ENDIF 
    191220 
    192       ! Initialize daily mean for first timestep 
     221      ! Daily means are calculated for values over timesteps: 
     222      !  [1 <= kt <= kdaystp], [kdaystp+1 <= kt <= 2*kdaystp], ... 
    193223      idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    194224 
    195       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    196       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    197          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
     225      IF ( ld_dailyav ) THEN 
     226 
     227         ! Initialize daily mean for first timestep of the day 
     228         IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0 ) THEN 
     229            DO jk = 1, jpk 
     230               DO jj = 1, jpj 
     231                  DO ji = 1, jpi 
     232                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = 0.0 
     233                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = 0.0 
     234                  END DO 
     235               END DO 
     236            END DO 
     237         ENDIF 
     238 
    198239         DO jk = 1, jpk 
    199240            DO jj = 1, jpj 
    200241               DO ji = 1, jpi 
    201                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = 0.0 
    202                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = 0.0 
     242                  ! Increment field 1 for computing daily mean 
     243                  prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
     244                     &                        + pvar1(ji,jj,jk) 
     245                  ! Increment field 2 for computing daily mean 
     246                  prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
     247                     &                        + pvar2(ji,jj,jk) 
    203248               END DO 
    204249            END DO 
    205250         END DO 
    206       ENDIF 
    207  
    208       DO jk = 1, jpk 
    209          DO jj = 1, jpj 
    210             DO ji = 1, jpi 
    211                ! Increment the temperature field for computing daily mean 
    212                prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
    213                   &                        + ptn(ji,jj,jk) 
    214                ! Increment the salinity field for computing daily mean 
    215                prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
    216                   &                        + psn(ji,jj,jk) 
    217             END DO 
    218          END DO 
    219       END DO 
    220     
    221       ! Compute the daily mean at the end of day 
    222       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    223       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    224          DO jk = 1, jpk 
    225             DO jj = 1, jpj 
    226                DO ji = 1, jpi 
    227                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
    228                      &                        * zdaystp 
    229                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
    230                   &                           * zdaystp 
     251 
     252         ! Compute the daily mean at the end of day 
     253         zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
     254         IF ( idayend == 0 ) THEN 
     255            IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Calculating prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
     256            CALL FLUSH(numout) 
     257            DO jk = 1, jpk 
     258               DO jj = 1, jpj 
     259                  DO ji = 1, jpi 
     260                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
     261                        &                        * zdaystp 
     262                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
     263                        &                        * zdaystp 
     264                  END DO 
    231265               END DO 
    232266            END DO 
    233          END DO 
     267         ENDIF 
     268 
    234269      ENDIF 
    235270 
    236271      ! Get the data for interpolation 
    237272      ALLOCATE( & 
    238          & igrdi(2,2,ipro),      & 
    239          & igrdj(2,2,ipro),      & 
    240          & zglam(2,2,ipro),      & 
    241          & zgphi(2,2,ipro),      & 
    242          & zmask(2,2,kpk,ipro),  & 
    243          & zintt(2,2,kpk,ipro),  & 
    244          & zints(2,2,kpk,ipro)   & 
     273         & igrdi1(2,2,ipro),      & 
     274         & igrdi2(2,2,ipro),      & 
     275         & igrdj1(2,2,ipro),      & 
     276         & igrdj2(2,2,ipro),      & 
     277         & zglam1(2,2,ipro),      & 
     278         & zglam2(2,2,ipro),      & 
     279         & zgphi1(2,2,ipro),      & 
     280         & zgphi2(2,2,ipro),      & 
     281         & zmask1(2,2,kpk,ipro),  & 
     282         & zmask2(2,2,kpk,ipro),  & 
     283         & zint1(2,2,kpk,ipro),   & 
     284         & zint2(2,2,kpk,ipro),   & 
     285         & zgdept(2,2,kpk,ipro),  &  
     286         & zgdepw(2,2,kpk,ipro)   &  
    245287         & ) 
    246288 
    247289      DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    248290         iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    249          igrdi(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    250          igrdj(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    251          igrdi(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    252          igrdj(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    253          igrdi(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    254          igrdj(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    255          igrdi(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    256          igrdj(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     291         igrdi1(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
     292         igrdj1(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
     293         igrdi1(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
     294         igrdj1(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     295         igrdi1(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
     296         igrdj1(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
     297         igrdi1(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
     298         igrdj1(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     299         igrdi2(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
     300         igrdj2(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
     301         igrdi2(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
     302         igrdj2(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
     303         igrdi2(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
     304         igrdj2(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
     305         igrdi2(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
     306         igrdj2(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    257307      END DO 
    258308 
    259       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    260       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    261       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, ptmask,zmask ) 
    262       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, ptn,   zintt ) 
    263       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, psn,   zints ) 
     309      ! Initialise depth arrays 
     310      zgdept(:,:,:,:) = 0.0 
     311      zgdepw(:,:,:,:) = 0.0 
     312 
     313      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi1, igrdj1, plam1, zglam1 ) 
     314      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi1, igrdj1, pphi1, zgphi1 ) 
     315      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pmask1, zmask1 ) 
     316      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pvar1,   zint1 ) 
     317       
     318      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi2, igrdj2, plam2, zglam2 ) 
     319      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi2, igrdj2, pphi2, zgphi2 ) 
     320      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, pmask2, zmask2 ) 
     321      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, pvar2,   zint2 ) 
     322 
     323      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pgdept, zgdept )  
     324      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pgdepw, zgdepw )  
    264325 
    265326      ! At the end of the day also get interpolated means 
    266       IF ( idayend == 0 ) THEN 
     327      IF ( ld_dailyav .AND. idayend == 0 ) THEN 
    267328 
    268329         ALLOCATE( & 
    269             & zinmt(2,2,kpk,ipro),  & 
    270             & zinms(2,2,kpk,ipro)   & 
     330            & zinm1(2,2,kpk,ipro),  & 
     331            & zinm2(2,2,kpk,ipro)   & 
    271332            & ) 
    272333 
    273          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, & 
    274             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinmt ) 
    275          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, & 
    276             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinms ) 
     334         CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, & 
     335            &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinm1 ) 
     336         CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, & 
     337            &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinm2 ) 
    277338 
    278339      ENDIF 
    279340 
     341      ! Return if no observations to process  
     342      ! Has to be done after comm commands to ensure processors  
     343      ! stay in sync  
     344      IF ( ipro == 0 ) RETURN  
     345 
    280346      DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    281347 
    … …  
    283349 
    284350         IF ( kt /= prodatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    285              
     351 
    286352            IF(lwp) THEN 
    287353               WRITE(numout,*) 
    … …  
    298364            CALL ctl_stop( 'obs_pro_opt', 'Inconsistent time' ) 
    299365         ENDIF 
    300           
     366 
    301367         zlam = prodatqc%rlam(jobs) 
    302368         zphi = prodatqc%rphi(jobs) 
     369 
     370         ! Horizontal weights  
     371         ! Masked values are calculated later.   
     372         IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     373 
     374            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,     & 
     375               &                   zglam1(:,:,iobs), zgphi1(:,:,iobs), & 
     376               &                   zmask1(:,:,1,iobs), zweig1, zmsk_1 ) 
     377 
     378         ENDIF 
     379 
     380         IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
     381 
     382            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,     & 
     383               &                   zglam2(:,:,iobs), zgphi2(:,:,iobs), & 
     384               &                   zmask2(:,:,1,iobs), zweig2, zmsk_2 ) 
     385  
     386         ENDIF 
     387 
     388         IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     389 
     390            zobsk(:) = obfillflt 
     391 
     392            IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
     393 
     394               IF ( idayend == 0 )  THEN 
     395                  ! Daily averaged data 
     396 
     397                  ! vertically interpolate all 4 corners  
     398                  ista = prodatqc%npvsta(jobs,1)  
     399                  iend = prodatqc%npvend(jobs,1)  
     400                  inum_obs = iend - ista + 1  
     401                  ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs),iv_indic(inum_obs))  
     402 
     403                  DO iin=1,2  
     404                     DO ijn=1,2  
     405 
     406                        IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     407                           CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     408                              &     zinm1(iin,ijn,:,iobs), &  
     409                              &     zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     410                              &     zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     411                        ENDIF  
     412        
     413                        CALL obs_level_search(kpk, &  
     414                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     415                           &    inum_obs, prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     416                           &    iv_indic)  
     417 
     418                        CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs, &  
     419                           &    prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     420                           &    zinm1(iin,ijn,:,iobs), &  
     421                           &    zobs2k, interp_corner(iin,ijn,:), &  
     422                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     423                           &    zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     424        
     425                     ENDDO  
     426                  ENDDO  
     427 
     428               ENDIF !idayend 
     429 
     430            ELSE    
     431 
     432               ! Point data  
     433      
     434               ! vertically interpolate all 4 corners  
     435               ista = prodatqc%npvsta(jobs,1)  
     436               iend = prodatqc%npvend(jobs,1)  
     437               inum_obs = iend - ista + 1  
     438               ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs), iv_indic(inum_obs))  
     439               DO iin=1,2   
     440                  DO ijn=1,2  
     441                     
     442                     IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     443                        CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     444                           &    zint1(iin,ijn,:,iobs),&  
     445                           &    zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     446                           &    zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     447   
     448                     ENDIF  
     449        
     450                     CALL obs_level_search(kpk, &  
     451                         &        zgdept(iin,ijn,:,iobs),&  
     452                         &        inum_obs, prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     453                         &        iv_indic)  
     454 
     455                     CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs,     &  
     456                         &          prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend),     &  
     457                         &          zint1(iin,ijn,:,iobs),            &  
     458                         &          zobs2k,interp_corner(iin,ijn,:), &  
     459                         &          zgdept(iin,ijn,:,iobs),         &  
     460                         &          zmask1(iin,ijn,:,iobs) )       
    303461          
    304          ! Horizontal weights and vertical mask 
    305  
    306          IF ( ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) .OR. & 
    307             & ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) ) THEN 
    308  
    309             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    310                &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    311                &                   zmask(:,:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    312  
    313          ENDIF 
    314  
    315          IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     462                  ENDDO  
     463               ENDDO  
     464              
     465            ENDIF  
     466 
     467            !-------------------------------------------------------------  
     468            ! Compute the horizontal interpolation for every profile level  
     469            !-------------------------------------------------------------  
     470              
     471            DO ikn=1,inum_obs  
     472               iend=ista+ikn-1 
     473                   
     474               zweig(:,:,1) = 0._wp  
     475    
     476               ! This code forces the horizontal weights to be   
     477               ! zero IF the observation is below the bottom of the   
     478               ! corners of the interpolation nodes, Or if it is in   
     479               ! the mask. This is important for observations near   
     480               ! steep bathymetry  
     481               DO iin=1,2  
     482                  DO ijn=1,2  
     483      
     484                     depth_loop1: DO ik=kpk,2,-1  
     485                        IF(zmask1(iin,ijn,ik-1,iobs ) > 0.9 )THEN    
     486                             
     487                           zweig(iin,ijn,1) = &   
     488                              & zweig1(iin,ijn,1) * &  
     489                              & MAX( SIGN(1._wp,(zgdepw(iin,ijn,ik,iobs) ) &  
     490                              &  - prodatqc%var(1)%vdep(iend)),0._wp)  
     491                             
     492                           EXIT depth_loop1  
     493 
     494                        ENDIF  
     495 
     496                     ENDDO depth_loop1  
     497      
     498                  ENDDO  
     499               ENDDO  
     500    
     501               CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, interp_corner(:,:,ikn), &  
     502                  &              prodatqc%var(1)%vmod(iend:iend) )  
     503 
     504                  ! Set QC flag for any observations found below the bottom 
     505                  ! needed as the check here is more strict than that in obs_prep 
     506               IF (sum(zweig) == 0.0_wp) prodatqc%var(1)%nvqc(iend:iend)=4 
     507  
     508            ENDDO  
     509  
     510            DEALLOCATE(interp_corner,iv_indic)  
     511           
     512         ENDIF  
     513 
     514         ! For the second variable 
     515         IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    316516 
    317517            zobsk(:) = obfillflt 
    318518 
    319        IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
     519            IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
    320520 
    321521               IF ( idayend == 0 )  THEN 
     522                  ! Daily averaged data 
     523 
     524                  ! vertically interpolate all 4 corners  
     525                  ista = prodatqc%npvsta(jobs,2)  
     526                  iend = prodatqc%npvend(jobs,2)  
     527                  inum_obs = iend - ista + 1  
     528                  ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs),iv_indic(inum_obs))  
     529 
     530                  DO iin=1,2  
     531                     DO ijn=1,2  
     532 
     533                        IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     534                           CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     535                              &     zinm2(iin,ijn,:,iobs), &  
     536                              &     zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     537                              &     zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     538                        ENDIF  
     539        
     540                        CALL obs_level_search(kpk, &  
     541                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     542                           &    inum_obs, prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     543                           &    iv_indic)  
     544 
     545                        CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs, &  
     546                           &    prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     547                           &    zinm2(iin,ijn,:,iobs), &  
     548                           &    zobs2k, interp_corner(iin,ijn,:), &  
     549                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     550                           &    zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     551        
     552                     ENDDO  
     553                  ENDDO  
     554 
     555               ENDIF !idayend 
     556 
     557            ELSE    
     558 
     559               ! Point data  
     560      
     561               ! vertically interpolate all 4 corners  
     562               ista = prodatqc%npvsta(jobs,2)  
     563               iend = prodatqc%npvend(jobs,2)  
     564               inum_obs = iend - ista + 1  
     565               ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs), iv_indic(inum_obs))  
     566               DO iin=1,2   
     567                  DO ijn=1,2  
     568                     
     569                     IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     570                        CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     571                           &    zint2(iin,ijn,:,iobs),&  
     572                           &    zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     573                           &    zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     574   
     575                     ENDIF  
     576        
     577                     CALL obs_level_search(kpk, &  
     578                         &        zgdept(iin,ijn,:,iobs),&  
     579                         &        inum_obs, prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     580                         &        iv_indic)  
     581 
     582                     CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs,     &  
     583                         &          prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),     &  
     584                         &          zint2(iin,ijn,:,iobs),            &  
     585                         &          zobs2k,interp_corner(iin,ijn,:), &  
     586                         &          zgdept(iin,ijn,:,iobs),         &  
     587                         &          zmask2(iin,ijn,:,iobs) )       
     588          
     589                  ENDDO  
     590               ENDDO  
     591              
     592            ENDIF  
     593 
     594            !-------------------------------------------------------------  
     595            ! Compute the horizontal interpolation for every profile level  
     596            !-------------------------------------------------------------  
     597              
     598            DO ikn=1,inum_obs  
     599               iend=ista+ikn-1 
    322600                   
    323                   ! Daily averaged moored buoy (MRB) data 
    324                    
    325                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    326                      &              zweig, zinmt(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    327                    
    328                    
    329                ELSE 
    330                 
    331                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    332                      &           ' number of profile T BUOY data should' // & 
    333                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    334  
    335                ENDIF 
    336            
    337             ELSE  
    338                 
    339                ! Point data 
    340  
    341                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    342                   &              zweig, zintt(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    343  
    344             ENDIF 
    345  
    346             !------------------------------------------------------------- 
    347             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    348             ! polynomial at obs points 
    349             !------------------------------------------------------------- 
    350              
    351             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    352                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k,   & 
    353                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    354             ENDIF 
    355              
    356             !----------------------------------------------------------------- 
    357             !  Vertical interpolation to the observation point 
    358             !----------------------------------------------------------------- 
    359             ista = prodatqc%npvsta(jobs,1) 
    360             iend = prodatqc%npvend(jobs,1) 
    361             CALL obs_int_z1d( kpk,                & 
    362                & prodatqc%var(1)%mvk(ista:iend),  & 
    363                & k1dint, iend - ista + 1,         & 
    364                & prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), & 
    365                & zobsk, zobs2k,                   & 
    366                & prodatqc%var(1)%vmod(ista:iend), & 
    367                & pgdept, zobsmask ) 
    368  
    369          ENDIF 
    370  
    371          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    372  
    373             zobsk(:) = obfillflt 
    374  
    375             IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
    376  
    377                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    378  
    379                   ! Daily averaged moored buoy (MRB) data 
    380                    
    381                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    382                      &              zweig, zinms(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    383                    
    384                ELSE 
    385  
    386                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    387                      &           ' number of profile S BUOY data should' // & 
    388                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    389  
    390                ENDIF 
    391  
    392             ELSE 
    393                 
    394                ! Point data 
    395  
    396                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    397                   &              zweig, zints(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    398  
    399             ENDIF 
    400  
    401  
    402             !------------------------------------------------------------- 
    403             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    404             ! polynomial at obs points 
    405             !------------------------------------------------------------- 
    406              
    407             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    408                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k, & 
    409                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    410             ENDIF 
    411              
    412             !---------------------------------------------------------------- 
    413             !  Vertical interpolation to the observation point 
    414             !---------------------------------------------------------------- 
    415             ista = prodatqc%npvsta(jobs,2) 
    416             iend = prodatqc%npvend(jobs,2) 
    417             CALL obs_int_z1d( kpk, & 
    418                & prodatqc%var(2)%mvk(ista:iend),& 
    419                & k1dint, iend - ista + 1, & 
    420                & prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),& 
    421                & zobsk, zobs2k, & 
    422                & prodatqc%var(2)%vmod(ista:iend),& 
    423                & pgdept, zobsmask ) 
    424  
    425          ENDIF 
    426  
    427       END DO 
     601               zweig(:,:,1) = 0._wp  
     602    
     603               ! This code forces the horizontal weights to be   
     604               ! zero IF the observation is below the bottom of the   
     605               ! corners of the interpolation nodes, Or if it is in   
     606               ! the mask. This is important for observations near   
     607               ! steep bathymetry  
     608               DO iin=1,2  
     609                  DO ijn=1,2  
     610      
     611                     depth_loop2: DO ik=kpk,2,-1  
     612                        IF(zmask2(iin,ijn,ik-1,iobs ) > 0.9 )THEN    
     613                             
     614                           zweig(iin,ijn,1) = &   
     615                              & zweig2(iin,ijn,1) * &  
     616                              & MAX( SIGN(1._wp,(zgdepw(iin,ijn,ik,iobs) ) &  
     617                              &  - prodatqc%var(2)%vdep(iend)),0._wp)  
     618                             
     619                           EXIT depth_loop2  
     620 
     621                        ENDIF  
     622 
     623                     ENDDO depth_loop2  
     624      
     625                  ENDDO  
     626               ENDDO  
     627    
     628               CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, interp_corner(:,:,ikn), &  
     629                  &              prodatqc%var(2)%vmod(iend:iend) )  
     630 
     631                  ! Set QC flag for any observations found below the bottom 
     632                  ! needed as the check here is more strict than that in obs_prep 
     633               IF (sum(zweig) == 0.0_wp) prodatqc%var(2)%nvqc(iend:iend)=4 
    428634  
     635            ENDDO  
     636  
     637            DEALLOCATE(interp_corner,iv_indic)  
     638           
     639         ENDIF  
     640 
     641      ENDDO 
     642 
    429643      ! Deallocate the data for interpolation 
    430644      DEALLOCATE( & 
    431          & igrdi, & 
    432          & igrdj, & 
    433          & zglam, & 
    434          & zgphi, & 
    435          & zmask, & 
    436          & zintt, & 
    437          & zints  & 
     645         & igrdi1, & 
     646         & igrdi2, & 
     647         & igrdj1, & 
     648         & igrdj2, & 
     649         & zglam1, & 
     650         & zglam2, & 
     651         & zgphi1, & 
     652         & zgphi2, & 
     653         & zmask1, & 
     654         & zmask2, & 
     655         & zint1,  & 
     656         & zint2,  & 
     657         & zgdept, & 
     658         & zgdepw  & 
    438659         & ) 
     660 
    439661      ! At the end of the day also get interpolated means 
    440       IF ( idayend == 0 ) THEN 
     662      IF ( ld_dailyav .AND. idayend == 0 ) THEN 
    441663         DEALLOCATE( & 
    442             & zinmt,  & 
    443             & zinms   & 
     664            & zinm1,  & 
     665            & zinm2   & 
    444666            & ) 
    445667      ENDIF 
    446668 
    447669      prodatqc%nprofup = prodatqc%nprofup + ipro  
    448        
    449    END SUBROUTINE obs_pro_opt 
    450  
    451    SUBROUTINE obs_sla_opt( sladatqc, kt, kpi, kpj, kit000, & 
    452       &                    psshn, psshmask, k2dint ) 
     670 
     671   END SUBROUTINE obs_prof_opt 
     672 
     673   SUBROUTINE obs_surf_opt( surfdataqc, kt, kpi, kpj,            & 
     674      &                     kit000, kdaystp, psurf, psurfmask,   & 
     675      &                     k2dint, ldnightav, plamscl, pphiscl, & 
     676      &                     lindegrees ) 
     677 
    453678      !!----------------------------------------------------------------------- 
    454679      !! 
    455       !!                     ***  ROUTINE obs_sla_opt  *** 
    456       !! 
    457       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of sea level anomaly 
     680      !!                     ***  ROUTINE obs_surf_opt  *** 
     681      !! 
     682      !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface 
    458683      !!              data by interpolating from the model grid to the  
    459684      !!              observation point. 
    … …  
    462687      !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    463688      !! 
    464       !!    The now model SSH is first computed at the obs (lon, lat) point. 
     689      !!    The new model value is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    465690      !! 
    466691      !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    … …  
    470695      !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    471696      !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    472       !!   
    473       !!    The sea level anomaly at the observation points is then computed  
    474       !!    by removing a mean dynamic topography (defined at the obs. point). 
     697      !! 
     698      !!    Two horizontal averaging schemes are also available: 
     699      !!        - weighted radial footprint        (k2dint = 5) 
     700      !!        - weighted rectangular footprint   (k2dint = 6) 
     701      !! 
    475702      !! 
    476703      !! ** Action  : 
    … …  
    478705      !! History : 
    479706      !!      ! 07-03 (A. Weaver) 
     707      !!      ! 15-02 (M. Martin) Combined routine for surface types 
     708      !!      ! 17-03 (M. Martin) Added horizontal averaging options 
    480709      !!----------------------------------------------------------------------- 
    481    
     710 
    482711      !! * Modules used 
    483712      USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    … …  
    486715 
    487716      !! * Arguments 
    488       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sladatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    489       INTEGER, INTENT(IN) :: kt      ! Time step 
    490       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi     ! Model grid parameters 
     717      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
     718         & surfdataqc                  ! Subset of surface data passing QC 
     719      INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
     720      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    491721      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    492       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000   ! Number of the first time step  
    493                                       !   (kit000-1 = restart time) 
    494       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint   ! Horizontal interpolation type (see header) 
    495       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    496          & psshn,  &    ! Model SSH field 
    497          & psshmask     ! Land-sea mask 
    498           
     722      INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
     723                                       !   (kit000-1 = restart time) 
     724      INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day 
     725      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
     726      REAL(wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     727         & psurf,  &                   ! Model surface field 
     728         & psurfmask                   ! Land-sea mask 
     729      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldnightav ! Logical for averaging night-time data 
     730      REAL(KIND=wp), INTENT(IN) :: & 
     731         & plamscl, &                  ! Diameter in metres of obs footprint in E/W, N/S directions 
     732         & pphiscl                     ! This is the full width (rather than half-width) 
     733      LOGICAL, INTENT(IN) :: & 
     734         & lindegrees                  ! T=> plamscl and pphiscl are specified in degrees, F=> in metres 
     735 
    499736      !! * Local declarations 
    500737      INTEGER :: ji 
    … …  
    502739      INTEGER :: jobs 
    503740      INTEGER :: inrc 
    504       INTEGER :: isla 
     741      INTEGER :: isurf 
    505742      INTEGER :: iobs 
    506       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    507       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    508       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    509       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    510          & zweig 
     743      INTEGER :: imaxifp, imaxjfp 
     744      INTEGER :: imodi, imodj 
     745      INTEGER :: idayend 
     746      INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
     747         & igrdi,   & 
     748         & igrdj,   & 
     749         & igrdip1, & 
     750         & igrdjp1 
     751      INTEGER, DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
     752         & icount_night,      & 
     753         & imask_night 
     754      REAL(wp) :: zlam 
     755      REAL(wp) :: zphi 
     756      REAL(wp), DIMENSION(1) :: zext, zobsmask 
     757      REAL(wp) :: zdaystp 
    511758      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    512          & zmask, & 
    513          & zsshl, & 
    514          & zglam, & 
    515          & zgphi 
    516       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    517          & igrdi, & 
    518          & igrdj 
     759         & zweig,  & 
     760         & zmask,  & 
     761         & zsurf,  & 
     762         & zsurfm, & 
     763         & zsurftmp, & 
     764         & zglam,  & 
     765         & zgphi,  & 
     766         & zglamf, & 
     767         & zgphif 
     768 
     769      REAL(wp), DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
     770         & zintmp,  & 
     771         & zouttmp, & 
     772         & zmeanday    ! to compute model sst in region of 24h daylight (pole) 
    519773 
    520774      !------------------------------------------------------------------------ 
    521775      ! Local initialization  
    522776      !------------------------------------------------------------------------ 
    523       ! ... Record and data counters 
     777      ! Record and data counters 
    524778      inrc = kt - kit000 + 2 
    525       isla = sladatqc%nsstp(inrc) 
     779      isurf = surfdataqc%nsstp(inrc) 
     780 
     781      ! Work out the maximum footprint size for the  
     782      ! interpolation/averaging in model grid-points - has to be even. 
     783 
     784      CALL obs_max_fpsize( k2dint, plamscl, pphiscl, lindegrees, psurfmask, imaxifp, imaxjfp ) 
     785 
     786 
     787      IF ( ldnightav ) THEN 
     788 
     789      ! Initialize array for night mean 
     790         IF ( kt == 0 ) THEN 
     791            ALLOCATE ( icount_night(kpi,kpj) ) 
     792            ALLOCATE ( imask_night(kpi,kpj) ) 
     793            ALLOCATE ( zintmp(kpi,kpj) ) 
     794            ALLOCATE ( zouttmp(kpi,kpj) ) 
     795            ALLOCATE ( zmeanday(kpi,kpj) ) 
     796            nday_qsr = -1   ! initialisation flag for nbc_dcy 
     797         ENDIF 
     798 
     799         ! Night-time means are calculated for night-time values over timesteps: 
     800         !  [1 <= kt <= kdaystp], [kdaystp+1 <= kt <= 2*kdaystp], ..... 
     801         idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
     802 
     803         ! Initialize night-time mean for first timestep of the day 
     804         IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0 ) THEN 
     805            DO jj = 1, jpj 
     806               DO ji = 1, jpi 
     807                  surfdataqc%vdmean(ji,jj) = 0.0 
     808                  zmeanday(ji,jj) = 0.0 
     809                  icount_night(ji,jj) = 0 
     810               END DO 
     811            END DO 
     812         ENDIF 
     813 
     814         zintmp(:,:) = 0.0 
     815         zouttmp(:,:) = sbc_dcy( zintmp(:,:), .TRUE. ) 
     816         imask_night(:,:) = INT( zouttmp(:,:) ) 
     817 
     818         DO jj = 1, jpj 
     819            DO ji = 1, jpi 
     820               ! Increment the temperature field for computing night mean and counter 
     821               surfdataqc%vdmean(ji,jj) = surfdataqc%vdmean(ji,jj)  & 
     822                      &                    + psurf(ji,jj) * REAL( imask_night(ji,jj) ) 
     823               zmeanday(ji,jj)          = zmeanday(ji,jj) + psurf(ji,jj) 
     824               icount_night(ji,jj)      = icount_night(ji,jj) + imask_night(ji,jj) 
     825            END DO 
     826         END DO 
     827 
     828         ! Compute the night-time mean at the end of the day 
     829         zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
     830         IF ( idayend == 0 ) THEN 
     831            IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Calculating surfdataqc%vdmean on time-step: ',kt 
     832            DO jj = 1, jpj 
     833               DO ji = 1, jpi 
     834                  ! Test if "no night" point 
     835                  IF ( icount_night(ji,jj) > 0 ) THEN 
     836                     surfdataqc%vdmean(ji,jj) = surfdataqc%vdmean(ji,jj) & 
     837                       &                        / REAL( icount_night(ji,jj) ) 
     838                  ELSE 
     839                     !At locations where there is no night (e.g. poles), 
     840                     ! calculate daily mean instead of night-time mean. 
     841                     surfdataqc%vdmean(ji,jj) = zmeanday(ji,jj) * zdaystp 
     842                  ENDIF 
     843               END DO 
     844            END DO 
     845         ENDIF 
     846 
     847      ENDIF 
    526848 
    527849      ! Get the data for interpolation 
    528850 
    529851      ALLOCATE( & 
    530          & igrdi(2,2,isla), & 
    531          & igrdj(2,2,isla), & 
    532          & zglam(2,2,isla), & 
    533          & zgphi(2,2,isla), & 
    534          & zmask(2,2,isla), & 
    535          & zsshl(2,2,isla)  & 
     852         & zweig(imaxifp,imaxjfp,1),      & 
     853         & igrdi(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     854         & igrdj(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     855         & zglam(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     856         & zgphi(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     857         & zmask(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     858         & zsurf(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     859         & zsurftmp(imaxifp,imaxjfp,isurf),  & 
     860         & zglamf(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     861         & zgphif(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     862         & igrdip1(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     863         & igrdjp1(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf) & 
    536864         & ) 
    537        
    538       DO jobs = sladatqc%nsurfup + 1, sladatqc%nsurfup + isla 
    539          iobs = jobs - sladatqc%nsurfup 
    540          igrdi(1,1,iobs) = sladatqc%mi(jobs)-1 
    541          igrdj(1,1,iobs) = sladatqc%mj(jobs)-1 
    542          igrdi(1,2,iobs) = sladatqc%mi(jobs)-1 
    543          igrdj(1,2,iobs) = sladatqc%mj(jobs) 
    544          igrdi(2,1,iobs) = sladatqc%mi(jobs) 
    545          igrdj(2,1,iobs) = sladatqc%mj(jobs)-1 
    546          igrdi(2,2,iobs) = sladatqc%mi(jobs) 
    547          igrdj(2,2,iobs) = sladatqc%mj(jobs) 
     865 
     866      DO jobs = surfdataqc%nsurfup + 1, surfdataqc%nsurfup + isurf 
     867         iobs = jobs - surfdataqc%nsurfup 
     868         DO ji = 0, imaxifp 
     869            imodi = surfdataqc%mi(jobs) - int(imaxifp/2) + ji - 1 
     870             
     871            !Deal with wrap around in longitude 
     872            IF ( imodi < 1      ) imodi = imodi + jpiglo 
     873            IF ( imodi > jpiglo ) imodi = imodi - jpiglo 
     874             
     875            DO jj = 0, imaxjfp 
     876               imodj = surfdataqc%mj(jobs) - int(imaxjfp/2) + jj - 1 
     877               !If model values are out of the domain to the north/south then 
     878               !set them to be the edge of the domain 
     879               IF ( imodj < 1      ) imodj = 1 
     880               IF ( imodj > jpjglo ) imodj = jpjglo 
     881 
     882               igrdip1(ji+1,jj+1,iobs) = imodi 
     883               igrdjp1(ji+1,jj+1,iobs) = imodj 
     884                
     885               IF ( ji >= 1 .AND. jj >= 1 ) THEN 
     886                  igrdi(ji,jj,iobs) = imodi 
     887                  igrdj(ji,jj,iobs) = imodj 
     888               ENDIF 
     889                
     890            END DO 
     891         END DO 
    548892      END DO 
    549893 
    550       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
     894      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
    551895         &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    552       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
     896      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
    553897         &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    554       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
    555          &                  igrdi, igrdj, psshmask, zmask ) 
    556       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
    557          &                  igrdi, igrdj, psshn, zsshl ) 
     898      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
     899         &                  igrdi, igrdj, psurfmask, zmask ) 
     900      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
     901         &                  igrdi, igrdj, psurf, zsurf ) 
     902      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp+1, imaxjfp+1, isurf, kpi, kpj, & 
     903         &                  igrdip1, igrdjp1, glamf, zglamf ) 
     904      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp+1, imaxjfp+1, isurf, kpi, kpj, & 
     905         &                  igrdip1, igrdjp1, gphif, zgphif ) 
     906 
     907      ! At the end of the day get interpolated means 
     908      IF ( idayend == 0 .AND. ldnightav ) THEN 
     909 
     910         ALLOCATE( & 
     911            & zsurfm(imaxifp,imaxjfp,isurf)  & 
     912            & ) 
     913 
     914         CALL obs_int_comm_2d( imaxifp,imaxjfp, isurf, kpi, kpj, igrdi, igrdj, & 
     915            &               surfdataqc%vdmean(:,:), zsurfm ) 
     916 
     917      ENDIF 
    558918 
    559919      ! Loop over observations 
    560  
    561       DO jobs = sladatqc%nsurfup + 1, sladatqc%nsurfup + isla 
    562  
    563          iobs = jobs - sladatqc%nsurfup 
    564  
    565          IF ( kt /= sladatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    566              
     920      DO jobs = surfdataqc%nsurfup + 1, surfdataqc%nsurfup + isurf 
     921 
     922         iobs = jobs - surfdataqc%nsurfup 
     923 
     924         IF ( kt /= surfdataqc%mstp(jobs) ) THEN 
     925 
    567926            IF(lwp) THEN 
    568927               WRITE(numout,*) 
    … …  
    574933               WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    575934                  &            ' kt      = ', kt,                  & 
    576                   &            ' mstp    = ', sladatqc%mstp(jobs), & 
    577                   &            ' ntyp    = ', sladatqc%ntyp(jobs) 
     935                  &            ' mstp    = ', surfdataqc%mstp(jobs), & 
     936                  &            ' ntyp    = ', surfdataqc%ntyp(jobs) 
    578937            ENDIF 
    579             CALL ctl_stop( 'obs_sla_opt', 'Inconsistent time' ) 
    580              
     938            CALL ctl_stop( 'obs_surf_opt', 'Inconsistent time' ) 
     939 
     940         ENDIF 
     941 
     942         zlam = surfdataqc%rlam(jobs) 
     943         zphi = surfdataqc%rphi(jobs) 
     944 
     945         IF ( ldnightav .AND. idayend == 0 ) THEN 
     946            ! Night-time averaged data 
     947            zsurftmp(:,:,iobs) = zsurfm(:,:,iobs) 
     948         ELSE 
     949            zsurftmp(:,:,iobs) = zsurf(:,:,iobs) 
     950         ENDIF 
     951 
     952         IF ( k2dint <= 4 ) THEN 
     953 
     954            ! Get weights to interpolate the model value to the observation point 
     955            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
     956               &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
     957               &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
     958 
     959            ! Interpolate the model value to the observation point  
     960            CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, zsurftmp(:,:,iobs), zext ) 
     961 
     962         ELSE 
     963 
     964            ! Get weights to average the model SLA to the observation footprint 
     965            CALL obs_avg_h2d_init( 1, 1, imaxifp, imaxjfp, k2dint, zlam,  zphi, & 
     966               &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
     967               &                   zglamf(:,:,iobs), zgphif(:,:,iobs), & 
     968               &                   zmask(:,:,iobs), plamscl, pphiscl, & 
     969               &                   lindegrees, zweig, zobsmask ) 
     970 
     971            ! Average the model SST to the observation footprint 
     972            CALL obs_avg_h2d( 1, 1, imaxifp, imaxjfp, & 
     973               &              zweig, zsurftmp(:,:,iobs),  zext ) 
     974 
     975         ENDIF 
     976 
     977         IF ( TRIM(surfdataqc%cvars(1)) == 'SLA' .AND. surfdataqc%nextra == 2 ) THEN 
     978            ! ... Remove the MDT from the SSH at the observation point to get the SLA 
     979            surfdataqc%rext(jobs,1) = zext(1) 
     980            surfdataqc%rmod(jobs,1) = surfdataqc%rext(jobs,1) - surfdataqc%rext(jobs,2) 
     981         ELSE 
     982            surfdataqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    581983         ENDIF 
    582984          
    583          zlam = sladatqc%rlam(jobs) 
    584          zphi = sladatqc%rphi(jobs) 
    585  
    586          ! Get weights to interpolate the model SSH to the observation point 
    587          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    588             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    589             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    590           
    591  
    592          ! Interpolate the model SSH to the observation point 
    593          CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    594             &              zweig, zsshl(:,:,iobs),  zext ) 
    595           
    596          sladatqc%rext(jobs,1) = zext(1) 
    597          ! ... Remove the MDT at the observation point 
    598          sladatqc%rmod(jobs,1) = sladatqc%rext(jobs,1) - sladatqc%rext(jobs,2) 
     985         IF ( zext(1) == obfillflt ) THEN 
     986            ! If the observation value is a fill value, set QC flag to bad 
     987            surfdataqc%nqc(jobs) = 4 
     988         ENDIF 
    599989 
    600990      END DO 
    … …  
    602992      ! Deallocate the data for interpolation 
    603993      DEALLOCATE( & 
     994         & zweig, & 
    604995         & igrdi, & 
    605996         & igrdj, & 
    … …  
    607998         & zgphi, & 
    608999         & zmask, & 
    609          & zsshl  & 
     1000         & zsurf, & 
     1001         & zsurftmp, & 
     1002         & zglamf, & 
     1003         & zgphif, & 
     1004         & igrdip1,& 
     1005         & igrdjp1 & 
    6101006         & ) 
    6111007 
    612       sladatqc%nsurfup = sladatqc%nsurfup + isla 
    613  
    614    END SUBROUTINE obs_sla_opt 
    615  
    616    SUBROUTINE obs_sst_opt( sstdatqc, kt, kpi, kpj, kit000, kdaystp, & 
    617       &                    psstn, psstmask, k2dint, ld_nightav ) 
    618       !!----------------------------------------------------------------------- 
    619       !! 
    620       !!                     ***  ROUTINE obs_sst_opt  *** 
    621       !! 
    622       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface temperature 
    623       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    624       !!              observation point. 
    625       !! 
    626       !! ** Method  : Linearly interpolate to each observation point using  
    627       !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    628       !! 
    629       !!    The now model SST is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    630       !! 
    631       !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    632       !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    633       !!        - distance-weighted (small angle)  (k2dint = 1) 
    634       !!        - bilinear (geographical grid)     (k2dint = 2) 
    635       !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    636       !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    637       !! 
    638       !! 
    639       !! ** Action  : 
    640       !! 
    641       !! History : 
    642       !!        !  07-07  (S. Ricci ) : Original 
    643       !!       
    644       !!----------------------------------------------------------------------- 
    645  
    646       !! * Modules used 
    647       USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    648       USE sbcdcy 
    649  
    650       IMPLICIT NONE 
    651  
    652       !! * Arguments 
    653       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
    654          & sstdatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    655       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    656       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    657       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    658       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    659                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    660       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    661       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day   
    662       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    663          & psstn,  &    ! Model SST field 
    664          & psstmask     ! Land-sea mask 
    665  
    666       !! * Local declarations 
    667       INTEGER :: ji 
    668       INTEGER :: jj 
    669       INTEGER :: jobs 
    670       INTEGER :: inrc 
    671       INTEGER :: isst 
    672       INTEGER :: iobs 
    673       INTEGER :: idayend 
    674       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    675       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    676       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    677       REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    678       INTEGER, DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
    679          & icount_sstnight,      & 
    680          & imask_night 
    681       REAL(kind=wp), DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
    682          & zintmp, & 
    683          & zouttmp, &  
    684          & zmeanday    ! to compute model sst in region of 24h daylight (pole) 
    685       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    686          & zweig 
    687       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    688          & zmask, & 
    689          & zsstl, & 
    690          & zsstm, & 
    691          & zglam, & 
    692          & zgphi 
    693       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    694          & igrdi, & 
    695          & igrdj 
    696       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nightav 
    697  
    698       !----------------------------------------------------------------------- 
    699       ! Local initialization  
    700       !----------------------------------------------------------------------- 
    701       ! ... Record and data counters 
    702       inrc = kt - kit000 + 2 
    703       isst = sstdatqc%nsstp(inrc) 
    704  
    705       IF ( ld_nightav ) THEN 
    706  
    707       ! Initialize array for night mean 
    708  
    709       IF ( kt .EQ. 0 ) THEN 
    710          ALLOCATE ( icount_sstnight(kpi,kpj) ) 
    711          ALLOCATE ( imask_night(kpi,kpj) ) 
    712          ALLOCATE ( zintmp(kpi,kpj) ) 
    713          ALLOCATE ( zouttmp(kpi,kpj) ) 
    714          ALLOCATE ( zmeanday(kpi,kpj) ) 
    715          nday_qsr = -1   ! initialisation flag for nbc_dcy 
    716       ENDIF 
    717  
    718       ! Initialize daily mean for first timestep 
    719       idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    720  
    721       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    722       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    723          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset sstdatqc%vdmean on time-step: ',kt 
    724          DO jj = 1, jpj 
    725             DO ji = 1, jpi 
    726                sstdatqc%vdmean(ji,jj) = 0.0 
    727                zmeanday(ji,jj) = 0.0 
    728                icount_sstnight(ji,jj) = 0 
    729             END DO 
    730          END DO 
    731       ENDIF 
    732  
    733       zintmp(:,:) = 0.0 
    734       zouttmp(:,:) = sbc_dcy( zintmp(:,:), .TRUE. ) 
    735       imask_night(:,:) = INT( zouttmp(:,:) ) 
    736  
    737       DO jj = 1, jpj 
    738          DO ji = 1, jpi 
    739             ! Increment the temperature field for computing night mean and counter 
    740             sstdatqc%vdmean(ji,jj) = sstdatqc%vdmean(ji,jj)  & 
    741                    &                        + psstn(ji,jj)*imask_night(ji,jj) 
    742             zmeanday(ji,jj)        = zmeanday(ji,jj) + psstn(ji,jj) 
    743             icount_sstnight(ji,jj) = icount_sstnight(ji,jj) + imask_night(ji,jj) 
    744          END DO 
    745       END DO 
    746     
    747       ! Compute the daily mean at the end of day 
    748  
    749       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    750  
    751       IF ( idayend == 0 ) THEN  
    752          DO jj = 1, jpj 
    753             DO ji = 1, jpi 
    754                ! Test if "no night" point 
    755                IF ( icount_sstnight(ji,jj) .NE. 0 ) THEN 
    756                   sstdatqc%vdmean(ji,jj) = sstdatqc%vdmean(ji,jj) & 
    757                     &                        / icount_sstnight(ji,jj)  
    758                ELSE 
    759                   sstdatqc%vdmean(ji,jj) = zmeanday(ji,jj) * zdaystp 
    760                ENDIF 
    761             END DO 
    762          END DO 
    763       ENDIF 
    764  
    765       ENDIF 
    766  
    767       ! Get the data for interpolation 
    768        
    769       ALLOCATE( & 
    770          & igrdi(2,2,isst), & 
    771          & igrdj(2,2,isst), & 
    772          & zglam(2,2,isst), & 
    773          & zgphi(2,2,isst), & 
    774          & zmask(2,2,isst), & 
    775          & zsstl(2,2,isst)  & 
    776          & ) 
    777        
    778       DO jobs = sstdatqc%nsurfup + 1, sstdatqc%nsurfup + isst 
    779          iobs = jobs - sstdatqc%nsurfup 
    780          igrdi(1,1,iobs) = sstdatqc%mi(jobs)-1 
    781          igrdj(1,1,iobs) = sstdatqc%mj(jobs)-1 
    782          igrdi(1,2,iobs) = sstdatqc%mi(jobs)-1 
    783          igrdj(1,2,iobs) = sstdatqc%mj(jobs) 
    784          igrdi(2,1,iobs) = sstdatqc%mi(jobs) 
    785          igrdj(2,1,iobs) = sstdatqc%mj(jobs)-1 
    786          igrdi(2,2,iobs) = sstdatqc%mi(jobs) 
    787          igrdj(2,2,iobs) = sstdatqc%mj(jobs) 
    788       END DO 
    789        
    790       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    791          &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    792       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    793          &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    794       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    795          &                  igrdi, igrdj, psstmask, zmask ) 
    796       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    797          &                  igrdi, igrdj, psstn, zsstl ) 
    798  
    799       ! At the end of the day get interpolated means 
    800       IF ( idayend == 0 .AND. ld_nightav ) THEN 
    801  
    802          ALLOCATE( & 
    803             & zsstm(2,2,isst)  & 
    804             & ) 
    805  
    806          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, igrdi, igrdj, & 
    807             &               sstdatqc%vdmean(:,:), zsstm ) 
    808  
    809       ENDIF 
    810  
    811       ! Loop over observations 
    812  
    813       DO jobs = sstdatqc%nsurfup + 1, sstdatqc%nsurfup + isst 
    814           
    815          iobs = jobs - sstdatqc%nsurfup 
    816           
    817          IF ( kt /= sstdatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    818              
    819             IF(lwp) THEN 
    820                WRITE(numout,*) 
    821                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    822                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    823                   &            ' model time step' 
    824                WRITE(numout,*) ' =========' 
    825                WRITE(numout,*) 
    826                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    827                   &            ' kt      = ', kt,                  & 
    828                   &            ' mstp    = ', sstdatqc%mstp(jobs), & 
    829                   &            ' ntyp    = ', sstdatqc%ntyp(jobs) 
    830             ENDIF 
    831             CALL ctl_stop( 'obs_sst_opt', 'Inconsistent time' ) 
    832              
    833          ENDIF 
    834           
    835          zlam = sstdatqc%rlam(jobs) 
    836          zphi = sstdatqc%rphi(jobs) 
    837           
    838          ! Get weights to interpolate the model SST to the observation point 
    839          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    840             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    841             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    842              
    843          ! Interpolate the model SST to the observation point  
    844  
    845          IF ( ld_nightav ) THEN 
    846  
    847            IF ( idayend == 0 )  THEN 
    848                ! Daily averaged/diurnal cycle of SST  data 
    849                CALL obs_int_h2d( 1, 1,      &  
    850                      &              zweig, zsstm(:,:,iobs), zext ) 
    851             ELSE  
    852                CALL ctl_stop( ' ld_nightav is set to true: a nonzero' //     & 
    853                      &           ' number of night SST data should' // & 
    854                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    855             ENDIF 
    856  
    857          ELSE 
    858  
    859             CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    860             &              zweig, zsstl(:,:,iobs),  zext ) 
    861  
    862          ENDIF 
    863          sstdatqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    864           
    865       END DO 
    866        
    867       ! Deallocate the data for interpolation 
    868       DEALLOCATE( & 
    869          & igrdi, & 
    870          & igrdj, & 
    871          & zglam, & 
    872          & zgphi, & 
    873          & zmask, & 
    874          & zsstl  & 
    875          & ) 
    876  
    877       ! At the end of the day also get interpolated means 
    878       IF ( idayend == 0 .AND. ld_nightav ) THEN 
     1008      ! At the end of the day also deallocate night-time mean array 
     1009      IF ( idayend == 0 .AND. ldnightav ) THEN 
    8791010         DEALLOCATE( & 
    880             & zsstm  & 
     1011            & zsurfm  & 
    8811012            & ) 
    8821013      ENDIF 
    883        
    884       sstdatqc%nsurfup = sstdatqc%nsurfup + isst 
    885  
    886    END SUBROUTINE obs_sst_opt 
    887  
    888    SUBROUTINE obs_sss_opt 
    889       !!----------------------------------------------------------------------- 
    890       !! 
    891       !!                     ***  ROUTINE obs_sss_opt  *** 
    892       !! 
    893       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of sea surface salinity 
    894       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    895       !!              observation point. 
    896       !! 
    897       !! ** Method  :  
    898       !! 
    899       !! ** Action  : 
    900       !! 
    901       !! History : 
    902       !!      ! ??-??  
    903       !!----------------------------------------------------------------------- 
    904  
    905       IMPLICIT NONE 
    906  
    907    END SUBROUTINE obs_sss_opt 
    908  
    909    SUBROUTINE obs_seaice_opt( seaicedatqc, kt, kpi, kpj, kit000, & 
    910       &                    pseaicen, pseaicemask, k2dint ) 
    911  
    912       !!----------------------------------------------------------------------- 
    913       !! 
    914       !!                     ***  ROUTINE obs_seaice_opt  *** 
    915       !! 
    916       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface temperature 
    917       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    918       !!              observation point. 
    919       !! 
    920       !! ** Method  : Linearly interpolate to each observation point using  
    921       !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    922       !! 
    923       !!    The now model sea ice is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    924       !! 
    925       !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    926       !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    927       !!        - distance-weighted (small angle)  (k2dint = 1) 
    928       !!        - bilinear (geographical grid)     (k2dint = 2) 
    929       !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    930       !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    931       !! 
    932       !! 
    933       !! ** Action  : 
    934       !! 
    935       !! History : 
    936       !!        !  07-07  (S. Ricci ) : Original 
    937       !!       
    938       !!----------------------------------------------------------------------- 
    939  
    940       !! * Modules used 
    941       USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    942  
    943       IMPLICIT NONE 
    944  
    945       !! * Arguments 
    946       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: seaicedatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    947       INTEGER, INTENT(IN) :: kt       ! Time step 
    948       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi      ! Model grid parameters 
    949       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    950       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000   ! Number of the first time step  
    951                                       !   (kit000-1 = restart time) 
    952       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint   ! Horizontal interpolation type (see header) 
    953       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    954          & pseaicen,  &    ! Model sea ice field 
    955          & pseaicemask     ! Land-sea mask 
    956           
    957       !! * Local declarations 
    958       INTEGER :: ji 
    959       INTEGER :: jj 
    960       INTEGER :: jobs 
    961       INTEGER :: inrc 
    962       INTEGER :: iseaice 
    963       INTEGER :: iobs 
    964         
    965       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    966       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    967       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    968       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    969          & zweig 
    970       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    971          & zmask, & 
    972          & zseaicel, & 
    973          & zglam, & 
    974          & zgphi 
    975       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    976          & igrdi, & 
    977          & igrdj 
    978  
    979       !------------------------------------------------------------------------ 
    980       ! Local initialization  
    981       !------------------------------------------------------------------------ 
    982       ! ... Record and data counters 
    983       inrc = kt - kit000 + 2 
    984       iseaice = seaicedatqc%nsstp(inrc) 
    985  
    986       ! Get the data for interpolation 
    987        
    988       ALLOCATE( & 
    989          & igrdi(2,2,iseaice), & 
    990          & igrdj(2,2,iseaice), & 
    991          & zglam(2,2,iseaice), & 
    992          & zgphi(2,2,iseaice), & 
    993          & zmask(2,2,iseaice), & 
    994          & zseaicel(2,2,iseaice)  & 
    995          & ) 
    996        
    997       DO jobs = seaicedatqc%nsurfup + 1, seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    998          iobs = jobs - seaicedatqc%nsurfup 
    999          igrdi(1,1,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs)-1 
    1000          igrdj(1,1,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs)-1 
    1001          igrdi(1,2,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs)-1 
    1002          igrdj(1,2,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs) 
    1003          igrdi(2,1,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs) 
    1004          igrdj(2,1,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs)-1 
    1005          igrdi(2,2,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs) 
    1006          igrdj(2,2,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs) 
    1007       END DO 
    1008        
    1009       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1010          &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    1011       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1012          &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    1013       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1014          &                  igrdi, igrdj, pseaicemask, zmask ) 
    1015       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1016          &                  igrdi, igrdj, pseaicen, zseaicel ) 
    1017        
    1018       DO jobs = seaicedatqc%nsurfup + 1, seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    1019           
    1020          iobs = jobs - seaicedatqc%nsurfup 
    1021           
    1022          IF ( kt /= seaicedatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    1023              
    1024             IF(lwp) THEN 
    1025                WRITE(numout,*) 
    1026                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    1027                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    1028                   &            ' model time step' 
    1029                WRITE(numout,*) ' =========' 
    1030                WRITE(numout,*) 
    1031                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    1032                   &            ' kt      = ', kt,                  & 
    1033                   &            ' mstp    = ', seaicedatqc%mstp(jobs), & 
    1034                   &            ' ntyp    = ', seaicedatqc%ntyp(jobs) 
    1035             ENDIF 
    1036             CALL ctl_stop( 'obs_seaice_opt', 'Inconsistent time' ) 
    1037              
    1038          ENDIF 
    1039           
    1040          zlam = seaicedatqc%rlam(jobs) 
    1041          zphi = seaicedatqc%rphi(jobs) 
    1042           
    1043          ! Get weights to interpolate the model sea ice to the observation point 
    1044          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    1045             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    1046             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    1047           
    1048          ! ... Interpolate the model sea ice to the observation point 
    1049          CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    1050             &              zweig, zseaicel(:,:,iobs),  zext ) 
    1051           
    1052          seaicedatqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    1053           
    1054       END DO 
    1055        
    1056       ! Deallocate the data for interpolation 
    1057       DEALLOCATE( & 
    1058          & igrdi,    & 
    1059          & igrdj,    & 
    1060          & zglam,    & 
    1061          & zgphi,    & 
    1062          & zmask,    & 
    1063          & zseaicel  & 
    1064          & ) 
    1065        
    1066       seaicedatqc%nsurfup = seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    1067  
    1068    END SUBROUTINE obs_seaice_opt 
    1069  
    1070    SUBROUTINE obs_vel_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk, kit000, kdaystp, & 
    1071       &                    pun, pvn, pgdept, pumask, pvmask, k1dint, k2dint, & 
    1072       &                    ld_dailyav ) 
    1073       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1074       !! 
    1075       !!                     ***  ROUTINE obs_vel_opt  *** 
    1076       !! 
    1077       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of velocity profile 
    1078       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    1079       !!              observation point. 
    1080       !! 
    1081       !! ** Method  : Linearly interpolate zonal and meridional components of velocity  
    1082       !!              to each observation point using the model values at the corners of  
    1083       !!              the surrounding grid box. The model velocity components are on a  
    1084       !!              staggered C- grid. 
    1085       !! 
    1086       !!    For velocity data from the TAO array, the model equivalent is 
    1087       !!    a daily mean velocity field. So, we first compute 
    1088       !!    the mean, then interpolate only at the end of the day. 
    1089       !! 
    1090       !! ** Action  : 
    1091       !! 
    1092       !! History : 
    1093       !!    ! 07-03 (K. Mogensen)      : Temperature and Salinity profiles 
    1094       !!    ! 08-10 (Maria Valdivieso) : Velocity component (U,V) profiles 
    1095       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1096      
    1097       !! * Modules used 
    1098       USE obs_profiles_def ! Definition of storage space for profile obs. 
    1099  
    1100       IMPLICIT NONE 
    1101  
    1102       !! * Arguments 
    1103       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: & 
    1104          & prodatqc        ! Subset of profile data not failing screening 
    1105       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    1106       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    1107       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    1108       INTEGER, INTENT(IN) :: kpk  
    1109       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    1110                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    1111       INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint    ! Vertical interpolation type (see header) 
    1112       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    1113       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day                     
    1114       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
    1115          & pun,    &    ! Model zonal component of velocity 
    1116          & pvn,    &    ! Model meridional component of velocity 
    1117          & pumask, &    ! Land-sea mask 
    1118          & pvmask       ! Land-sea mask 
    1119       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpk) :: & 
    1120          & pgdept       ! Model array of depth levels 
    1121       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_dailyav 
    1122           
    1123       !! * Local declarations 
    1124       INTEGER :: ji 
    1125       INTEGER :: jj 
    1126       INTEGER :: jk 
    1127       INTEGER :: jobs 
    1128       INTEGER :: inrc 
    1129       INTEGER :: ipro 
    1130       INTEGER :: idayend 
    1131       INTEGER :: ista 
    1132       INTEGER :: iend 
    1133       INTEGER :: iobs 
    1134       INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    1135          & idailyavtypes 
    1136       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    1137       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    1138       REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    1139       REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpk) :: & 
    1140          & zobsmasku, & 
    1141          & zobsmaskv, & 
    1142          & zobsmask,  & 
    1143          & zobsk,     & 
    1144          & zobs2k 
    1145       REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk) :: & 
    1146          & zweigu,zweigv 
    1147       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1148          & zumask, zvmask, & 
    1149          & zintu, & 
    1150          & zintv, & 
    1151          & zinmu, & 
    1152          & zinmv 
    1153       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1154          & zglamu, zglamv, & 
    1155          & zgphiu, zgphiv 
    1156       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1157          & igrdiu, & 
    1158          & igrdju, & 
    1159          & igrdiv, & 
    1160          & igrdjv 
    1161  
    1162       !------------------------------------------------------------------------ 
    1163       ! Local initialization  
    1164       !------------------------------------------------------------------------ 
    1165       ! ... Record and data counters 
    1166       inrc = kt - kit000 + 2 
    1167       ipro = prodatqc%npstp(inrc) 
    1168  
    1169       ! Initialize daily mean for first timestep 
    1170       idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    1171  
    1172       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    1173       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    1174          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
    1175          prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = 0.0 
    1176          prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = 0.0 
    1177       ENDIF 
    1178  
    1179       ! Increment the zonal velocity field for computing daily mean 
    1180       prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = prodatqc%vdmean(:,:,:,1) + pun(:,:,:) 
    1181       ! Increment the meridional velocity field for computing daily mean 
    1182       prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = prodatqc%vdmean(:,:,:,2) + pvn(:,:,:) 
    1183     
    1184       ! Compute the daily mean at the end of day 
    1185       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    1186       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1187          prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = prodatqc%vdmean(:,:,:,1) * zdaystp 
    1188          prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = prodatqc%vdmean(:,:,:,2) * zdaystp 
    1189       ENDIF 
    1190  
    1191       ! Get the data for interpolation 
    1192       ALLOCATE( & 
    1193          & igrdiu(2,2,ipro),      & 
    1194          & igrdju(2,2,ipro),      & 
    1195          & igrdiv(2,2,ipro),      & 
    1196          & igrdjv(2,2,ipro),      & 
    1197          & zglamu(2,2,ipro), zglamv(2,2,ipro), & 
    1198          & zgphiu(2,2,ipro), zgphiv(2,2,ipro), & 
    1199          & zumask(2,2,kpk,ipro), zvmask(2,2,kpk,ipro), & 
    1200          & zintu(2,2,kpk,ipro),  & 
    1201          & zintv(2,2,kpk,ipro)   & 
    1202          & ) 
    1203  
    1204       DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    1205          iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    1206          igrdiu(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    1207          igrdju(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    1208          igrdiu(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    1209          igrdju(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    1210          igrdiu(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    1211          igrdju(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    1212          igrdiu(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    1213          igrdju(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    1214          igrdiv(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
    1215          igrdjv(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
    1216          igrdiv(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
    1217          igrdjv(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    1218          igrdiv(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
    1219          igrdjv(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
    1220          igrdiv(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
    1221          igrdjv(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    1222       END DO 
    1223  
    1224       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiu, igrdju, glamu, zglamu ) 
    1225       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiu, igrdju, gphiu, zgphiu ) 
    1226       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, pumask, zumask ) 
    1227       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, pun, zintu ) 
    1228  
    1229       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiv, igrdjv, glamv, zglamv ) 
    1230       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiv, igrdjv, gphiv, zgphiv ) 
    1231       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, pvmask, zvmask ) 
    1232       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, pvn, zintv ) 
    1233  
    1234       ! At the end of the day also get interpolated means 
    1235       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1236  
    1237          ALLOCATE( & 
    1238             & zinmu(2,2,kpk,ipro),  & 
    1239             & zinmv(2,2,kpk,ipro)   & 
    1240             & ) 
    1241  
    1242          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, & 
    1243             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinmu ) 
    1244          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, & 
    1245             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinmv ) 
    1246  
    1247       ENDIF 
    1248  
    1249 ! loop over observations 
    1250  
    1251       DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    1252  
    1253          iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    1254  
    1255          IF ( kt /= prodatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    1256              
    1257             IF(lwp) THEN 
    1258                WRITE(numout,*) 
    1259                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    1260                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    1261                   &            ' model time step' 
    1262                WRITE(numout,*) ' =========' 
    1263                WRITE(numout,*) 
    1264                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                    & 
    1265                   &            ' kt      = ', kt,                      & 
    1266                   &            ' mstp    = ', prodatqc%mstp(jobs), & 
    1267                   &            ' ntyp    = ', prodatqc%ntyp(jobs) 
    1268             ENDIF 
    1269             CALL ctl_stop( 'obs_pro_opt', 'Inconsistent time' ) 
    1270          ENDIF 
    1271           
    1272          zlam = prodatqc%rlam(jobs) 
    1273          zphi = prodatqc%rphi(jobs) 
    1274  
    1275          ! Initialize observation masks 
    1276  
    1277          zobsmasku(:) = 0.0 
    1278          zobsmaskv(:) = 0.0 
    1279           
    1280          ! Horizontal weights and vertical mask 
    1281  
    1282          IF  ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
    1283  
    1284             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    1285                &                   zglamu(:,:,iobs), zgphiu(:,:,iobs), & 
    1286                &                   zumask(:,:,:,iobs), zweigu, zobsmasku ) 
    1287  
    1288          ENDIF 
    1289  
    1290           
    1291          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    1292  
    1293             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    1294                &                   zglamv(:,:,iobs), zgphiv(:,:,iobs), & 
    1295                &                   zvmask(:,:,:,iobs), zweigv, zobsmasku ) 
    1296  
    1297          ENDIF 
    1298  
    1299          ! Ensure that the vertical mask on u and v are consistent. 
    1300  
    1301          zobsmask(:) = MIN( zobsmasku(:), zobsmaskv(:) ) 
    1302  
    1303          IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
    1304  
    1305             zobsk(:) = obfillflt 
    1306  
    1307        IF ( ld_dailyav ) THEN 
    1308  
    1309                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    1310                    
    1311                   ! Daily averaged data 
    1312                    
    1313                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1314                      &              zweigu, zinmu(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1315                    
    1316                    
    1317                ELSE 
    1318                 
    1319                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    1320                      &           ' number of U profile data should' // & 
    1321                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    1322  
    1323                ENDIF 
    1324            
    1325             ELSE  
    1326                 
    1327                ! Point data 
    1328  
    1329                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1330                   &              zweigu, zintu(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1331  
    1332             ENDIF 
    1333  
    1334             !------------------------------------------------------------- 
    1335             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    1336             ! polynomial at obs points 
    1337             !------------------------------------------------------------- 
    1338              
    1339             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    1340                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k,   & 
    1341                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    1342             ENDIF 
    1343              
    1344             !----------------------------------------------------------------- 
    1345             !  Vertical interpolation to the observation point 
    1346             !----------------------------------------------------------------- 
    1347             ista = prodatqc%npvsta(jobs,1) 
    1348             iend = prodatqc%npvend(jobs,1) 
    1349             CALL obs_int_z1d( kpk,                & 
    1350                & prodatqc%var(1)%mvk(ista:iend),  & 
    1351                & k1dint, iend - ista + 1,         & 
    1352                & prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), & 
    1353                & zobsk, zobs2k,                   & 
    1354                & prodatqc%var(1)%vmod(ista:iend), & 
    1355                & pgdept, zobsmask ) 
    1356  
    1357          ENDIF 
    1358  
    1359          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    1360  
    1361             zobsk(:) = obfillflt 
    1362  
    1363             IF ( ld_dailyav ) THEN 
    1364  
    1365                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    1366  
    1367                   ! Daily averaged data 
    1368                    
    1369                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1370                      &              zweigv, zinmv(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1371                    
    1372                ELSE 
    1373  
    1374                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    1375                      &           ' number of V profile data should' // & 
    1376                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    1377  
    1378                ENDIF 
    1379  
    1380             ELSE 
    1381                 
    1382                ! Point data 
    1383  
    1384                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1385                   &              zweigv, zintv(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1386  
    1387             ENDIF 
    1388  
    1389  
    1390             !------------------------------------------------------------- 
    1391             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    1392             ! polynomial at obs points 
    1393             !------------------------------------------------------------- 
    1394              
    1395             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    1396                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k, & 
    1397                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    1398             ENDIF 
    1399              
    1400             !---------------------------------------------------------------- 
    1401             !  Vertical interpolation to the observation point 
    1402             !---------------------------------------------------------------- 
    1403             ista = prodatqc%npvsta(jobs,2) 
    1404             iend = prodatqc%npvend(jobs,2) 
    1405             CALL obs_int_z1d( kpk, & 
    1406                & prodatqc%var(2)%mvk(ista:iend),& 
    1407                & k1dint, iend - ista + 1, & 
    1408                & prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),& 
    1409                & zobsk, zobs2k, & 
    1410                & prodatqc%var(2)%vmod(ista:iend),& 
    1411                & pgdept, zobsmask ) 
    1412  
    1413          ENDIF 
    1414  
    1415       END DO 
    1416   
    1417       ! Deallocate the data for interpolation