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2018-11-08T11:48:53+01:00 (3 years ago)
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francesca
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NEMO/branches/2018/dev_r9866_HPC_03_globcom/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF
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    r9572 r10289  
    66<context id="nemo"> 
    77<!-- $id$ --> 
    8     <variable_definition> 
    9     <!-- Year of time origin for NetCDF files; defaults to 1800 --> 
    10        <variable id="ref_year" type="int"   > 1800 </variable> 
    11        <variable id="rau0"     type="float" > 1026.0 </variable> 
    12        <variable id="cpocean"  type="float" > 3991.86795711963 </variable> 
    13        <variable id="convSpsu" type="float" > 0.99530670233846  </variable> 
    14        <variable id="rhoic"    type="float" > 917.0 </variable> 
    15        <variable id="rhosn"    type="float" > 330.0 </variable> 
    16        <variable id="missval"  type="float" > 1.e20 </variable> 
    17     </variable_definition> 
    188<!-- Fields definition --> 
    19     <field_definition src="./field_def_nemo-oce.xml"/>    <!--  NEMO ocean dynamics     --> 
    20     <field_definition src="./field_def_nemo-ice.xml"/>    <!--  NEMO sea-ice model      --> 
    21     <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/> <!--  NEMO ocean biology      --> 
     9    <field_definition src="./field_def_nemo-oce.xml"/>    <!--  NEMO ocean dynamics     -->  
     10    <field_definition src="./field_def_nemo-ice.xml"/>    <!--  NEMO sea-ice model      -->  
     11    <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/> <!--  NEMO ocean biology      -->  
    2212 
    2313<!-- Files definition --> 
    24     <file_definition src="./file_def_nemo-oce.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics      --> 
    25     <file_definition src="./file_def_nemo-ice.xml"/>     <!--  NEMO sea-ice model       --> 
    26     <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>  <!--  NEMO ocean biology       --> 
     14    <file_definition src="./file_def_nemo-oce.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics      -->  
     15    <file_definition src="./file_def_nemo-ice.xml"/>     <!--  NEMO sea-ice model       -->  
     16    <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>  <!--  NEMO ocean biology       -->  
    2717    <!--  
    2818============================================================================================================ 
     
    3222     
    3323    <axis_definition> 
    34       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    35       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    36       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    37       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    38       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="-"                 /> 
    39       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    40       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    41       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    42       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
     24      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     25      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
     26      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
     27      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
     28      <axis id="profsed" long_name="Vertical S levels" unit="cm" positive="down" /> 
     29      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"                 /> 
     30      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"               /> 
     31      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"               /> 
     32      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
     33      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"            /> 
    4334    </axis_definition> 
    4435  
    4536    <domain_definition src="./domain_def_nemo.xml"/> 
    4637   
    47     <grid_definition>     
    48  
    49         <!--  --> 
    50        <grid id="grid_T_2D" > 
    51          <domain id="grid_T" /> 
    52        </grid> 
    53         <!--  --> 
    54        <grid id="grid_T_3D_ncatice" > 
    55          <domain id="grid_T" /> 
    56          <axis id="ncatice" /> 
    57        </grid> 
    58         <!--  --> 
    59        <grid id="grid_T_3D" > 
    60          <domain id="grid_T" /> 
    61          <axis id="deptht" /> 
    62        </grid> 
    63         <!--  --> 
    64        <grid id="grid_U_2D" > 
    65          <domain id="grid_U" /> 
    66        </grid> 
    67         <!--  --> 
    68        <grid id="grid_U_3D" > 
    69          <domain id="grid_U" /> 
    70          <axis id="depthu" /> 
    71        </grid> 
    72         <!--  --> 
    73        <grid id="grid_V_2D" > 
    74          <domain id="grid_V" /> 
    75        </grid> 
    76         <!--  --> 
    77        <grid id="grid_V_3D" > 
    78          <domain id="grid_V" /> 
    79          <axis id="depthv" /> 
    80        </grid> 
    81         <!--  --> 
    82        <grid id="grid_W_2D" > 
    83          <domain id="grid_W" /> 
    84        </grid> 
    85         <!--  --> 
    86        <grid id="grid_W_3D" > 
    87          <domain id="grid_W" /> 
    88          <axis id="depthw" /> 
    89        </grid> 
    90         <!--  --> 
    91        <grid id="grid_1point" > 
    92          <domain domain_ref="1point"/> 
    93        </grid> 
    94         <!--  --> 
    95        <grid id="grid_T_nfloat" > 
    96          <domain id="grid_T" /> 
    97          <axis id="nfloat" /> 
    98        </grid> 
    99         <!--  --> 
    100        <grid id="grid_EqT" > 
    101          <domain domain_ref="EqT" /> 
    102        </grid> 
    103         <!--  --> 
    104        <grid id="grid_znl_T_2D"> 
    105          <domain id="gznl" /> 
    106        </grid> 
    107         <!--  --> 
    108        <grid id="grid_znl_T_3D"> 
    109          <domain id="gznl" /> 
    110          <axis id="deptht" /> 
    111        </grid> 
    112         <!--  --> 
    113        <grid id="grid_znl_W_3D"> 
    114          <domain id="gznl" /> 
    115          <axis id="depthw" /> 
    116        </grid> 
    117  
    118       <grid id="grid_ptr_T_2D"> 
    119        <domain id="ptr" /> 
    120       </grid> 
    121  
    122       <grid id="grid_ptr_T_3D"> 
    123        <domain id="ptr" /> 
    124          <axis id="deptht" /> 
    125        </grid> 
    126  
    127       <grid id="grid_ptr_W_3D"> 
    128        <domain id="ptr" /> 
    129          <axis id="depthw" /> 
    130       </grid> 
    131  
    132     </grid_definition>    
    133  
     38    <grid_definition src="./grid_def_nemo.xml"/> 
     39     
    13440</context> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r9866_HPC_03_globcom/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/file_def_nemo-ice.xml

    r9572 r10289  
    55============================================================================================================ 
    66=                                           output files definition                                        = 
    7 =                                            Define your own files for lim3                                = 
     7=                                      Define your own files for sea ice                                   = 
    88=                                         put the variables you want...                                    = 
    99============================================================================================================ 
     
    7979       <field field_ref="vfxsnw"           name="vfxsnw" /> 
    8080        
     81       <!-- diag error for negative ice volume after advection --> 
     82       <field field_ref="iceneg_pres"      name="sineg_pres" /> 
     83       <field field_ref="iceneg_volu"      name="sineg_volu" /> 
     84       <field field_ref="iceneg_hfx"       name="sineg_hfx"  /> 
     85 
    8186       <!-- categories --> 
    8287       <field field_ref="icemask_cat"      name="simskcat"/> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r9866_HPC_03_globcom/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/file_def_nemo-oce.xml

    r9572 r10289  
    3737     <field field_ref="wspd"         name="windsp"   /> 
    3838     <field field_ref="precip"       name="precip"   /> 
     39     <field field_ref="berg_melt_qlat"  name="berg_melt_qlat" /> 
    3940     <!-- ice and snow --> 
    4041     <field field_ref="snowpre" /> 
  • NEMO/branches/2018/dev_r9866_HPC_03_globcom/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/file_def_nemo-pisces.xml

    r9572 r10289  
    1414 
    1515        <file id="file31" name_suffix="_bioscalar" description="pisces sms variables" > 
    16           <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    17           <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
    18           <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    19           <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field> 
    20           <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    21           <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    22           <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
    23           <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    24           <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    25           <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
    26           <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field> 
     16          <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   grid_ref="grid_1point" unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
     17          <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    grid_ref="grid_1point" unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
     18          <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    grid_ref="grid_1point" unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
     19          <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" grid_ref="grid_1point" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field> 
     20          <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    grid_ref="grid_1point" unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
     21          <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   grid_ref="grid_1point" unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
     22          <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  grid_ref="grid_1point" unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
     23          <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  grid_ref="grid_1point" unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
     24          <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  grid_ref="grid_1point" unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
     25          <field field_ref="palktot"  name="palktot"  grid_ref="grid_1point" unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
     26          <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  grid_ref="grid_1point" unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field> 
    2727        </file> 
    2828 
  • NEMO/branches/2018/dev_r9866_HPC_03_globcom/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_cfg

    r9838 r10289  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
     2!! NEMO/OCE  Configuration namelist : overwrite default values defined in SHARED/namelist_ref 
    33!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!!             ORCA2 - ICE - PISCES configuration                     !! 
     
    8888   nn_fwb      = 2         !  FreshWater Budget:  
    8989   !                       !    =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
     90   ln_wave     = .false.   !  Activate coupling with wave  (T => fill namsbc_wave) 
     91   ln_cdgw     = .false.   !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     92   ln_sdw      = .false.   !  Read 2D Surf Stokes Drift & Computation of 3D stokes drift (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave)  
     93   nn_sdrift   =  0        !  Parameterization for the calculation of 3D-Stokes drift from the surface Stokes drift 
     94      !                    !   = 0 Breivik 2015 parameterization: v_z=v_0*[exp(2*k*z)/(1-8*k*z)] 
     95      !                    !   = 1 Phillips:                      v_z=v_o*[exp(2*k*z)-beta*sqrt(-2*k*pi*z)*erfc(sqrt(-2*k*z))] 
     96      !                    !   = 2 Phillips as (1) but using the wave frequency from a wave model 
     97   ln_tauwoc   = .false.   !  Activate ocean stress modified by external wave induced stress (T => ln_wave=.true. & fill namsbc_wave) 
     98   ln_tauw     = .false.   !  Activate ocean stress components from wave model 
     99   ln_stcor    = .false.   !  Activate Stokes Coriolis term (T => ln_wave=.true. & ln_sdw=.true. & fill namsbc_wave) 
    90100/ 
    91101!----------------------------------------------------------------------- 
     
    135145&namsbc_rnf    !   runoffs                                              (ln_rnf =T) 
    136146!----------------------------------------------------------------------- 
    137    ln_rnf_mouth= .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
     147   ln_rnf_mouth = .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
    138148      rn_hrnf     =  15.e0    !  depth over which enhanced vertical mixing is used    (ln_rnf_mouth=T) 
    139149      rn_avt_rnf  =   1.e-3   !  value of the additional vertical mixing coef. [m2/s] (ln_rnf_mouth=T) 
     
    149159   sn_t_rnf    = 'runoffs'            ,    24    , 'rotemper',   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    150160   sn_dep_rnf  = 'runoffs'            ,     0    , 'rodepth' ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     161/ 
     162!----------------------------------------------------------------------- 
     163&namsbc_wave   ! External fields from wave model                        (ln_wave=T) 
     164!----------------------------------------------------------------------- 
    151165/ 
    152166!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/2018/dev_r9866_HPC_03_globcom/cfgs/ORCA2_ICE_PISCES/EXPREF/namelist_pisces_cfg

    r9572 r10289  
    1616/ 
    1717!----------------------------------------------------------------------- 
    18 &namp4zice     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
     18&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std  - ln_p4z 
    1919!----------------------------------------------------------------------- 
    2020/ 
    2121!----------------------------------------------------------------------- 
    22 &namp5zice     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
     22&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA    - ln_p5z 
    2323!----------------------------------------------------------------------- 
    2424/ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.