New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 10728 – NEMO

Changeset 10728


Ignore:
Timestamp:
2019-02-28T13:10:20+01:00 (6 years ago)
Author:
dford
Message:

Changes for assimilation of biogeochemical variables. See ​https://code.metoffice.gov.uk/trac/utils/ticket/174.

Location:
branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM
Files:
11 edited
5 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r10268 r10728  
    12571257&nam_asminc   !   assimilation increments                               ('key_asminc') 
    12581258!----------------------------------------------------------------------- 
    1259     ln_bkgwri = .false.    !  Logical switch for writing out background state 
    1260     ln_trainc = .false.    !  Logical switch for applying tracer increments 
    1261     ln_dyninc = .false.    !  Logical switch for applying velocity increments 
    1262     ln_sshinc = .false.    !  Logical switch for applying SSH increments 
    1263     ln_asmdin = .false.    !  Logical switch for Direct Initialization (DI) 
    1264     ln_asmiau = .false.    !  Logical switch for Incremental Analysis Updating (IAU) 
    1265     nitbkg    = 0          !  Timestep of background in [0,nitend-nit000-1] 
    1266     nitdin    = 0          !  Timestep of background for DI in [0,nitend-nit000-1] 
    1267     nitiaustr = 1          !  Timestep of start of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
    1268     nitiaufin = 15         !  Timestep of end of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
    1269     niaufn    = 0          !  Type of IAU weighting function 
    1270     ln_salfix = .false.    !  Logical switch for ensuring that the sa > salfixmin 
    1271     salfixmin = -9999      !  Minimum salinity after applying the increments 
    1272     nn_divdmp = 0          !  Number of iterations of divergence damping operator 
     1259    ln_bkgwri      = .false. !  Logical switch for writing out background state 
     1260    ln_balwri      = .false. !  Logical switch for writing out balancing increments 
     1261    ln_trainc      = .false. !  Logical switch for applying tracer increments 
     1262    ln_dyninc      = .false. !  Logical switch for applying velocity increments 
     1263    ln_sshinc      = .false. !  Logical switch for applying SSH increments 
     1264    ln_asmdin      = .false. !  Logical switch for Direct Initialization (DI) 
     1265    ln_asmiau      = .false. !  Logical switch for Incremental Analysis Updating (IAU) 
     1266    ln_phytobal    = .false. !  Logical switch for phytoplankton multivariate balancing 
     1267    ln_slchltotinc = .false. !  Logical switch for applying slchltot increments 
     1268    ln_slchldiainc = .false. !  Logical switch for applying slchldia increments 
     1269    ln_slchlnoninc = .false. !  Logical switch for applying slchlnon increments 
     1270    ln_slchlnaninc = .false. !  Logical switch for applying slchlnan increments 
     1271    ln_slchlpicinc = .false. !  Logical switch for applying slchlpic increments 
     1272    ln_slchldininc = .false. !  Logical switch for applying slchldin increments 
     1273    ln_schltotinc  = .false. !  Logical switch for applying schltot increments 
     1274    ln_slphytotinc = .false. !  Logical switch for applying slphytot increments 
     1275    ln_slphydiainc = .false. !  Logical switch for applying slphydia increments 
     1276    ln_slphynoninc = .false. !  Logical switch for applying slphynon increments 
     1277    ln_sfco2inc    = .false. !  Logical switch for applying sfCO2 increments 
     1278    ln_spco2inc    = .false. !  Logical switch for applying spCO2 increments 
     1279    ln_plchltotinc = .false. !  Logical switch for applying plchltot increments 
     1280    ln_pchltotinc  = .false. !  Logical switch for applying pchltot increments 
     1281    ln_pno3inc     = .false. !  Logical switch for applying pno3 increments 
     1282    ln_psi4inc     = .false. !  Logical switch for applying psi4 increments 
     1283    ln_ppo4inc     = .false. !  Logical switch for applying ppo4 increments 
     1284    ln_pdicinc     = .false. !  Logical switch for applying pdic increments 
     1285    ln_palkinc     = .false. !  Logical switch for applying palk increments 
     1286    ln_pphinc      = .false. !  Logical switch for applying pph increments 
     1287    ln_po2inc      = .false. !  Logical switch for applying po2 increments 
     1288    nitbkg         = 0       !  Timestep of background in [0,nitend-nit000-1] 
     1289    nitdin         = 0       !  Timestep of background for DI in [0,nitend-nit000-1] 
     1290    nitiaustr      = 1       !  Timestep of start of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
     1291    nitiaufin      = 15      !  Timestep of end of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
     1292    niaufn         = 0       !  Type of IAU weighting function 
     1293    ln_salfix      = .false. !  Logical switch for ensuring that the sa > salfixmin 
     1294    salfixmin      = -9999   !  Minimum salinity after applying the increments 
     1295    nn_divdmp      = 0       !  Number of iterations of divergence damping operator 
     1296    mld_choice_bgc = 1       !  MLD criterion to use for biogeochemistry assimilation 
     1297    rn_maxchlinc   = -999.0  !  maximum absolute non-log chlorophyll increment from ocean colour assimilation 
     1298                             !  <= 0 implies no maximum applied (switch turned off) 
     1299                             !   > 0 implies maximum absolute chl increment capped at this value 
    12731300/ 
    12741301!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asmbkg.F90

    r9180 r10728  
    5151#endif 
    5252   USE asminc, ONLY: ln_avgbkg 
     53#if defined key_top 
     54   USE asmbgc, ONLY: asm_bgc_bkg_alloc, & 
     55      &              asm_bgc_bkg_tavg,  & 
     56      &              asm_bgc_bkg_wri 
     57#endif 
    5358   IMPLICIT NONE 
    5459   PRIVATE 
    … …  
    137142          
    138143         numtimes_tavg = REAL ( nitavgbkg_r -  nn_it000 + 1 ) 
    139       ENDIF    
     144      ENDIF 
     145       
     146#if defined key_top 
     147      ! Allocate BGC average arrays whatever, to save code repetition later 
     148      IF ( kt == ( nn_it000 - 1) ) THEN 
     149         CALL asm_bgc_bkg_alloc 
     150      ENDIF 
     151#endif 
    140152 
    141153      ! If creating an averaged assim bkg, sum the contribution every timestep 
    … …  
    154166#if defined key_zdftke 
    155167         en_tavg(:,:,:)       = en_tavg(:,:,:) + en(:,:,:) / numtimes_tavg 
     168#endif 
     169#if defined key_top 
     170         CALL asm_bgc_bkg_tavg( kt, numtimes_tavg ) 
    156171#endif 
    157172      ENDIF 
    … …  
    222237            ENDIF 
    223238             
     239#if defined key_top 
     240            CALL asm_bgc_bkg_wri( kt, inum, ln_avgbkg ) 
     241#endif 
    224242            CALL iom_close( inum ) 
    225243 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asminc.F90

    r9537 r10728  
    5252   USE bdy_oce, ONLY: bdytmask   
    5353#endif   
     54   USE asmbgc           ! Biogeochemistry assimilation 
    5455 
    5556   IMPLICIT NONE 
    … …  
    6263   PUBLIC   ssh_asm_inc    !: Apply the SSH increment 
    6364   PUBLIC   seaice_asm_inc !: Apply the seaice increment 
     65   PUBLIC   bgc_asm_inc    !: Apply the biogeochemistry increments 
    6466 
    6567#if defined key_asminc 
    … …  
    7678   LOGICAL, PUBLIC :: ln_sshinc = .FALSE.      !: No sea surface height assimilation increment 
    7779   LOGICAL, PUBLIC :: ln_seaiceinc             !: No sea ice concentration increment 
     80   LOGICAL, PUBLIC :: lk_bgcinc = .FALSE.      !: No biogeochemistry increments 
    7881   LOGICAL, PUBLIC :: ln_salfix = .FALSE.      !: Apply minimum salinity check 
    7982   LOGICAL, PUBLIC :: ln_temnofreeze = .FALSE. !: Don't allow the temperature to drop below freezing 
    … …  
    161164                               !               so only apply surft increments. 
    162165      !! 
    163       NAMELIST/nam_asminc/ ln_bkgwri, ln_avgbkg,                           & 
     166      NAMELIST/nam_asminc/ ln_bkgwri, ln_avgbkg, ln_balwri,                & 
    164167         &                 ln_trainc, ln_dyninc, ln_sshinc,                & 
     168         &                 ln_phytobal, ln_slchltotinc, ln_slchldiainc,    & 
     169         &                 ln_slchlnaninc, ln_slchlpicinc, ln_slchldininc, & 
     170         &                 ln_slchlnoninc, ln_schltotinc, ln_slphytotinc,  & 
     171         &                 ln_slphydiainc, ln_slphynoninc, ln_spco2inc,    & 
     172         &                 ln_sfco2inc, ln_plchltotinc, ln_pchltotinc,     & 
     173         &                 ln_pno3inc, ln_psi4inc, ln_pdicinc, ln_palkinc, & 
     174         &                 ln_pphinc, ln_po2inc, ln_ppo4inc,               & 
    165175         &                 ln_asmdin, ln_asmiau,                           & 
    166176         &                 nitbkg, nitdin, nitiaustr, nitiaufin, niaufn,   & 
    167          &                 ln_salfix, salfixmin, nn_divdmp, nitavgbkg, mld_choice 
     177         &                 ln_salfix, salfixmin, nn_divdmp, nitavgbkg,     & 
     178         &                 mld_choice, mld_choice_bgc, rn_maxchlinc 
    168179      !!---------------------------------------------------------------------- 
    169180 
    … …  
    205216         WRITE(numout,*) 'asm_inc_init : Assimilation increment initialization :' 
    206217         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
    207          WRITE(numout,*) '   Namelist namasm : set assimilation increment parameters' 
     218         WRITE(numout,*) '   Namelist nam_asminc : set assimilation increment parameters' 
    208219         WRITE(numout,*) '      Logical switch for writing out background state          ln_bkgwri = ', ln_bkgwri 
    209220         WRITE(numout,*) '      Logical switch for writing mean background state         ln_avgbkg = ', ln_avgbkg 
     221         WRITE(numout,*) '      Logical switch for writing out balancing increments      ln_balwri = ', ln_balwri 
    210222         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying tracer increments            ln_trainc = ', ln_trainc 
    211223         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying velocity increments          ln_dyninc = ', ln_dyninc 
    … …  
    213225         WRITE(numout,*) '      Logical switch for Direct Initialization (DI)            ln_asmdin = ', ln_asmdin 
    214226         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying sea ice increments        ln_seaiceinc = ', ln_seaiceinc 
     227         WRITE(numout,*) '      Logical switch for phytoplankton balancing             ln_phytobal = ', ln_phytobal 
     228         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slchltot increments     ln_slchltotinc = ', ln_slchltotinc 
     229         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slchldia increments     ln_slchldiainc = ', ln_slchldiainc 
     230         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slchlnon increments     ln_slchlnoninc = ', ln_slchlnoninc 
     231         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slchlnan increments     ln_slchlnaninc = ', ln_slchlnaninc 
     232         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slchlpic increments     ln_slchlpicinc = ', ln_slchlpicinc 
     233         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slchldin increments     ln_slchldininc = ', ln_slchldininc 
     234         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying schltot increments       ln_schltotinc = ', ln_schltotinc 
     235         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slphytot increments     ln_slphytotinc = ', ln_slphytotinc 
     236         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slphydia increments     ln_slphydiainc = ', ln_slphydiainc 
     237         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying slphynon increments     ln_slphynoninc = ', ln_slphynoninc 
     238         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying spco2 increments           ln_spco2inc = ', ln_spco2inc 
     239         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying sfco2 increments           ln_sfco2inc = ', ln_sfco2inc 
     240         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying plchltot increments     ln_plchltotinc = ', ln_plchltotinc 
     241         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying pchltot increments       ln_pchltotinc = ', ln_pchltotinc 
     242         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying pno3 increments             ln_pno3inc = ', ln_pno3inc 
     243         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying psi4 increments             ln_psi4inc = ', ln_psi4inc 
     244         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying ppo4 increments             ln_ppo4inc = ', ln_ppo4inc 
     245         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying pdic increments             ln_pdicinc = ', ln_pdicinc 
     246         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying palk increments             ln_palkinc = ', ln_palkinc 
     247         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying pph increments               ln_pphinc = ', ln_pphinc 
     248         WRITE(numout,*) '      Logical switch for applying po2 increments               ln_po2inc = ', ln_po2inc 
    215249         WRITE(numout,*) '      Logical switch for Incremental Analysis Updating (IAU)   ln_asmiau = ', ln_asmiau 
    216250         WRITE(numout,*) '      Timestep of background in [0,nitend-nit000-1]            nitbkg    = ', nitbkg 
    … …  
    223257         WRITE(numout,*) '      Minimum salinity after applying the increments           salfixmin = ', salfixmin 
    224258         WRITE(numout,*) '      Choice of MLD for physics assimilation                  mld_choice = ', mld_choice 
     259         WRITE(numout,*) '      Choice of MLD for BGC assimilation                  mld_choice_bgc = ', mld_choice_bgc 
     260         WRITE(numout,*) '      Maximum absolute chlorophyll increment (<=0 = off)    rn_maxchlinc = ', rn_maxchlinc 
    225261      ENDIF 
    226262 
    … …  
    263299         WRITE(numout,*) '       iitavgbkg_date = ', iitavgbkg_date 
    264300      ENDIF 
     301      IF ( ln_slchltotinc .OR. ln_slchldiainc .OR. ln_slchlnoninc .OR. & 
     302         & ln_slchlnaninc .OR. ln_slchlpicinc .OR. ln_slchldininc .OR. & 
     303         & ln_schltotinc  .OR. ln_slphytotinc .OR. ln_slphydiainc .OR. & 
     304         & ln_slphynoninc .OR. ln_spco2inc    .OR. ln_sfco2inc    .OR. & 
     305         & ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc  .OR. ln_pno3inc     .OR. & 
     306         & ln_psi4inc     .OR. ln_pdicinc     .OR. ln_palkinc     .OR. & 
     307         & ln_pphinc      .OR. ln_po2inc      .OR. ln_ppo4inc ) THEN 
     308         lk_bgcinc = .TRUE. 
     309      ENDIF 
    265310 
    266311      IF ( nacc /= 0 ) & 
    … …  
    274319 
    275320      IF (      ( ( .NOT. ln_asmdin ).AND.( .NOT. ln_asmiau ) ) & 
    276            .AND.( ( ln_trainc ).OR.( ln_dyninc ).OR.( ln_sshinc ) .OR. ( ln_seaiceinc) )) & 
    277          & CALL ctl_stop( ' One or more of ln_trainc, ln_dyninc, ln_sshinc and ln_seaiceinc is set to .true.', & 
     321         & .AND.( ( ln_trainc ).OR.( ln_dyninc ).OR.( ln_sshinc ).OR.( ln_seaiceinc ).OR. & 
     322         &        ( lk_bgcinc ) )) & 
     323         & CALL ctl_stop( ' One or more of ln_trainc, ln_dyninc, ln_sshinc, ln_seaiceinc,', & 
     324         &                ' ln_(bgc-variable)inc is set to .true.', & 
    278325         &                ' but ln_asmdin and ln_asmiau are both set to .false. :', & 
    279326         &                ' Inconsistent options') 
    … …  
    284331 
    285332      IF ( ( .NOT. ln_trainc ).AND.( .NOT. ln_dyninc ).AND.( .NOT. ln_sshinc ).AND.( .NOT. ln_seaiceinc ) & 
    286          &                     )  & 
    287          & CALL ctl_warn( ' ln_trainc, ln_dyninc, ln_sshinc and ln_seaiceinc are set to .false. :', & 
     333         & .AND.( .NOT. lk_bgcinc ) )  & 
     334         & CALL ctl_warn( ' ln_trainc, ln_dyninc, ln_sshinc, ln_seaiceinc,', & 
     335         &                ' ln_(bgc-variable)inc are set to .false. :', & 
    288336         &                ' The assimilation increments are not applied') 
    289337 
    … …  
    310358         &                ' Assim bkg averaging period is outside', & 
    311359         &                ' the cycle interval') 
     360       
     361      IF ( lk_bgcinc ) CALL asm_bgc_check_options 
    312362 
    313363      IF ( nstop > 0 ) RETURN       ! if there are any errors then go no further 
    … …  
    412462      ssh_iau(:,:)    = 0.0 
    413463#endif 
    414       IF ( ( ln_trainc ).OR.( ln_dyninc ).OR.( ln_sshinc ).OR.( ln_seaiceinc ) ) THEN 
     464      IF ( ( ln_trainc ).OR.( ln_dyninc ).OR.( ln_sshinc ).OR.( ln_seaiceinc ) & 
     465         &  .OR.( lk_bgcinc ) ) THEN 
    415466 
    416467         !-------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    545596         ENDIF 
    546597 
     598         IF ( lk_bgcinc ) THEN 
     599            CALL asm_bgc_init_incs( inum ) 
     600         ENDIF 
     601 
    547602         CALL iom_close( inum ) 
    548603  
    … …  
    655710         CALL iom_close( inum ) 
    656711 
     712      ENDIF 
     713          
     714      IF ( lk_bgcinc ) THEN 
     715         CALL asm_bgc_init_bkg 
    657716      ENDIF 
    658717      ! 
    … …  
    12761335 
    12771336   END SUBROUTINE seaice_asm_inc 
     1337 
     1338 
     1339   SUBROUTINE bgc_asm_inc( kt ) 
     1340      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1341      !!                    ***  ROUTINE bgc_asm_inc  *** 
     1342      !!           
     1343      !! ** Purpose : Apply the biogeochemistry assimilation increments 
     1344      !! 
     1345      !! ** Method  : Call relevant routines in asmbgc 
     1346      !! 
     1347      !! ** Action  : Call relevant routines in asmbgc 
     1348      !! 
     1349      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1350      !! 
     1351      INTEGER, INTENT(in   ) :: kt        ! Current time step 
     1352      ! 
     1353      INTEGER                :: icycper   ! Dimension of wgtiau 
     1354      !! 
     1355      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1356       
     1357      icycper = SIZE( wgtiau ) 
     1358       
     1359      ! Ocean colour variables first 
     1360      IF ( ln_slchltotinc .OR. ln_slchldiainc .OR. ln_slchlnoninc .OR. & 
     1361         & ln_slchlnaninc .OR. ln_slchlpicinc .OR. ln_slchldininc .OR. & 
     1362         & ln_schltotinc  .OR. ln_slphytotinc .OR. ln_slphydiainc .OR. & 
     1363         & ln_slphynoninc ) THEN 
     1364         CALL phyto2d_asm_inc( kt, ln_asmdin, ln_asmiau, icycper, wgtiau ) 
     1365      ENDIF 
     1366       
     1367      ! Surface pCO2/fCO2 next 
     1368      IF ( ln_sfco2inc .OR. ln_spco2inc ) THEN 
     1369         CALL pco2_asm_inc( kt, ln_asmdin, ln_asmiau, icycper, wgtiau, & 
     1370            &               ln_trainc, t_bkginc, s_bkginc ) 
     1371      ENDIF 
     1372       
     1373      ! Profile pH next 
     1374      IF ( ln_pphinc ) THEN 
     1375         CALL ph_asm_inc( kt, ln_asmdin, ln_asmiau, icycper, wgtiau, & 
     1376            &             ln_trainc, t_bkginc, s_bkginc ) 
     1377      ENDIF 
     1378       
     1379      ! Then chlorophyll profiles 
     1380      IF ( ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc ) THEN 
     1381         CALL phyto3d_asm_inc( kt, ln_asmdin, ln_asmiau, icycper, wgtiau ) 
     1382      ENDIF 
     1383       
     1384      ! Remaining bgc profile variables 
     1385      IF ( ln_pno3inc .OR. ln_psi4inc .OR. ln_pdicinc .OR. & 
     1386         & ln_palkinc .OR. ln_po2inc  .OR. ln_ppo4inc ) THEN 
     1387         CALL bgc3d_asm_inc( kt, ln_asmdin, ln_asmiau, icycper, wgtiau ) 
     1388      ENDIF 
     1389 
     1390   END SUBROUTINE bgc_asm_inc 
    12781391    
    12791392   !!====================================================================== 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asmpar.F90

    r9180 r10728  
    2020      & c_asmtrj = 'assim_trj',                  & !: Filename for storing the  
    2121                                                   !: reference trajectory 
    22       & c_asminc = 'assim_background_increments'  !: Filename for storing the  
     22      & c_asminc = 'assim_background_increments', & !: Filename for storing the  
    2323                                                   !: increments to the background 
    2424                                                   !: state 
     25      & c_asmbal = 'assim.balincs'                 !: Filename for storing the  
     26                                                   !: balancing increments calculated 
     27                                                   !: for biogeochemistry 
    2528 
    2629   INTEGER, PUBLIC :: nitbkg_r      !: Background time step referenced to nit000 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ZDF/zdftmx.F90

    r8058 r10728  
    3838   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_zdftmx = .TRUE.    !: tidal mixing flag 
    3939 
    40    !                       !!* Namelist  namzdf_tmx : tidal mixing * 
    41    REAL(wp) ::  rn_htmx     ! vertical decay scale for turbulence (meters) 
    42    REAL(wp) ::  rn_n2min    ! threshold of the Brunt-Vaisala frequency (s-1) 
    43    REAL(wp) ::  rn_tfe      ! tidal dissipation efficiency (St Laurent et al. 2002) 
    44    REAL(wp) ::  rn_me       ! mixing efficiency (Osborn 1980) 
    45    LOGICAL  ::  ln_tmx_itf  ! Indonesian Through Flow (ITF): Koch-Larrouy et al. (2007) parameterization 
    46    REAL(wp) ::  rn_tfe_itf  ! ITF tidal dissipation efficiency (St Laurent et al. 2002) 
    47  
    48    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   en_tmx     ! energy available for tidal mixing (W/m2) 
    49    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)  ::   mask_itf   ! mask to use over Indonesian area 
    50    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   az_tmx     ! coefficient used to evaluate the tidal induced Kz 
     40   !                              !!* Namelist  namzdf_tmx : tidal mixing * 
     41   REAL(wp)        ::  rn_htmx     ! vertical decay scale for turbulence (meters) 
     42   REAL(wp)        ::  rn_n2min    ! threshold of the Brunt-Vaisala frequency (s-1) 
     43   REAL(wp)        ::  rn_tfe      ! tidal dissipation efficiency (St Laurent et al. 2002) 
     44   REAL(wp)        ::  rn_me       ! mixing efficiency (Osborn 1980) 
     45   LOGICAL, PUBLIC ::  ln_tmx_itf  ! Indonesian Through Flow (ITF): Koch-Larrouy et al. (2007) parameterization 
     46   REAL(wp)        ::  rn_tfe_itf  ! ITF tidal dissipation efficiency (St Laurent et al. 2002) 
     47 
     48   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)         ::   en_tmx     ! energy available for tidal mixing (W/m2) 
     49   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:), PUBLIC ::   mask_itf   ! mask to use over Indonesian area 
     50   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)       ::   az_tmx     ! coefficient used to evaluate the tidal induced Kz 
    5151 
    5252   !! * Substitutions 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/nemogcm.F90

    r9181 r10728  
    6161   USE asminc          ! assimilation increments      
    6262   USE asmbkg          ! writing out state trajectory 
     63   USE asmbgc          ! biogeochemical assimilation increments 
    6364   USE diaptr          ! poleward transports           (dia_ptr_init routine) 
    6465   USE diadct          ! sections transports           (dia_dct_init routine) 
    … …  
    162163                IF( ln_dyninc ) CALL dyn_asm_inc( nit000 - 1 )    ! Dynamics 
    163164                IF( ln_sshinc ) CALL ssh_asm_inc( nit000 - 1 )    ! SSH 
     165                IF( lk_bgcinc ) CALL bgc_asm_inc( nit000 - 1 )    ! BGC 
    164166             ENDIF 
    165167          ENDIF 
    … …  
    181183 
    182184      IF( lk_diaobs   )   CALL dia_obs_wri 
     185      ! 
     186      IF( ( lk_asminc ).AND.( ln_balwri ) ) CALL asm_bgc_bal_wri( nitend )  ! Output balancing increments 
    183187      ! 
    184188      IF( ln_icebergs )   CALL icb_end( nitend ) 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/step.F90

    r9189 r10728  
    278278      ! Passive Tracer Model 
    279279      !<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
     280      IF( lk_asminc .AND. ln_asmiau .AND. lk_bgcinc ) & 
     281         &               CALL bgc_asm_inc( kstp )     ! biogeochemistry assimilation 
    280282                         CALL trc_stp( kstp )         ! time-stepping 
    281283#endif 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/par_fabm.F90

    r10390 r10728  
    1212 
    1313   ! Variables needed for OBS/ASM 
    14    INTEGER, PUBLIC :: jp_fabm_chl1, jp_fabm_chl2, & 
    15                       jp_fabm_chl3, jp_fabm_chl4, & 
    16                       jp_fabm_p1c,  jp_fabm_p1n,  & 
    17                       jp_fabm_p1p,  jp_fabm_p1s,  & 
    18                       jp_fabm_p2c,  jp_fabm_p2n,  & 
    19                       jp_fabm_p2p,  jp_fabm_p3c,  & 
    20                       jp_fabm_p3n,  jp_fabm_p3p,  & 
    21                       jp_fabm_p4c,  jp_fabm_p4n,  & 
    22                       jp_fabm_p4p,  jp_fabm_z4c,  & 
    23                       jp_fabm_z5c,  jp_fabm_z5n,  & 
    24                       jp_fabm_z5p,  jp_fabm_z6c,  & 
    25                       jp_fabm_z6n,  jp_fabm_z6p,  & 
    26                       jp_fabm_n1p,  jp_fabm_n3n,  & 
    27                       jp_fabm_n4n,  jp_fabm_n5s,  & 
    28                       jp_fabm_o2o,  jp_fabm_o3c,  & 
    29                       jp_fabm_o3a,  jp_fabm_o3ph, & 
    30                       jp_fabm_o3pc 
     14   INTEGER, PUBLIC :: jp_fabm_chl1,  jp_fabm_chl2, & 
     15                      jp_fabm_chl3,  jp_fabm_chl4, & 
     16                      jp_fabm_p1c,   jp_fabm_p1n,  & 
     17                      jp_fabm_p1p,   jp_fabm_p1s,  & 
     18                      jp_fabm_p2c,   jp_fabm_p2n,  & 
     19                      jp_fabm_p2p,   jp_fabm_p3c,  & 
     20                      jp_fabm_p3n,   jp_fabm_p3p,  & 
     21                      jp_fabm_p4c,   jp_fabm_p4n,  & 
     22                      jp_fabm_p4p,   jp_fabm_z4c,  & 
     23                      jp_fabm_z5c,   jp_fabm_z5n,  & 
     24                      jp_fabm_z5p,   jp_fabm_z6c,  & 
     25                      jp_fabm_z6n,   jp_fabm_z6p,  & 
     26                      jp_fabm_n1p,   jp_fabm_n3n,  & 
     27                      jp_fabm_n4n,   jp_fabm_n5s,  & 
     28                      jp_fabm_o2o,   jp_fabm_o3c,  & 
     29                      jp_fabm_o3ta,  jp_fabm_o3ba, & 
     30                      jp_fabm_o3pc,  jp_fabm_o3ph, & 
     31                      jp_fabm_r4n,   jp_fabm_r4c,  & 
     32                      jp_fabm_r4p,   jp_fabm_r6n,  & 
     33                      jp_fabm_r6c,   jp_fabm_r6p,  & 
     34                      jp_fabm_r6s,   jp_fabm_r8n,  & 
     35                      jp_fabm_r8c,   jp_fabm_r8p,  & 
     36                      jp_fabm_r8s,                 & 
     37                      jp_fabm_pgrow, jp_fabm_ploss 
    3138 
    3239#if defined key_fabm 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcini_fabm.F90

    r10390 r10728  
    105105      jp_fabm_o2o  = fabm_state_index( 'O2_o' ) 
    106106      jp_fabm_o3c  = fabm_state_index( 'O3_c' ) 
    107       jp_fabm_o3a  = fabm_state_index( 'O3_bioalk' ) 
     107      jp_fabm_o3ba = fabm_state_index( 'O3_bioalk' ) 
     108      jp_fabm_r4n  = fabm_state_index( 'R4_n' ) 
     109      jp_fabm_r4c  = fabm_state_index( 'R4_c' ) 
     110      jp_fabm_r4p  = fabm_state_index( 'R4_p' ) 
     111      jp_fabm_r6n  = fabm_state_index( 'R6_n' ) 
     112      jp_fabm_r6c  = fabm_state_index( 'R6_c' ) 
     113      jp_fabm_r6p  = fabm_state_index( 'R6_p' ) 
     114      jp_fabm_r6s  = fabm_state_index( 'R6_s' ) 
     115      jp_fabm_r8n  = fabm_state_index( 'R8_n' ) 
     116      jp_fabm_r8c  = fabm_state_index( 'R8_c' ) 
     117      jp_fabm_r8p  = fabm_state_index( 'R8_p' ) 
     118      jp_fabm_r8s  = fabm_state_index( 'R8_s' ) 
    108119 
    109120      ! Get indexes for select diagnostic variables 
    110       jp_fabm_o3ph = fabm_diag_index( 'O3_pH' ) 
    111       jp_fabm_o3pc = fabm_diag_index( 'O3_pCO2' ) 
     121      jp_fabm_o3ta  = fabm_diag_index( 'O3_TA' ) 
     122      jp_fabm_o3ph  = fabm_diag_index( 'O3_pH' ) 
     123      jp_fabm_o3pc  = fabm_diag_index( 'O3_pCO2' ) 
     124      jp_fabm_pgrow = fabm_diag_index( 'p_grow_sum_result' ) 
     125      jp_fabm_ploss = fabm_diag_index( 'p_loss_sum_result' ) 
     126       
     127      MLD_MAX(:,:)   = 0.0 
     128      PGROW_AVG(:,:) = 0.0 
     129      PLOSS_AVG(:,:) = 0.0 
     130      PHYT_AVG(:,:)  = 0.0 
    112131 
    113132      IF (lwp) THEN 
    … …  
    445464      END DO 
    446465      IF (fabm_state_index == -1) THEN 
    447          CALL ctl_stop( 'Could not find '//TRIM(state_name)//' state variable' ) 
     466         CALL ctl_warn( 'Could not find '//TRIM(state_name)//' state variable' ) 
    448467      ELSE 
    449468         IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Index for '//TRIM(state_name)//' is: ', fabm_state_index 
    … …  
    477496      END DO 
    478497      IF (fabm_diag_index == -1) THEN 
    479          CALL ctl_stop( 'Could not find '//TRIM(diag_name)//' diagnostic' ) 
     498         CALL ctl_warn( 'Could not find '//TRIM(diag_name)//' diagnostic' ) 
    480499      ELSE 
    481500         IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Index for '//TRIM(diag_name)//' is: ', fabm_diag_index 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcsms_fabm.F90

    r10156 r10728  
    3333   USE inputs_fabm 
    3434   USE vertical_movement_fabm 
     35   USE zdfmxl 
     36   USE asmbgc, ONLY: mld_choice_bgc 
     37   USE lbclnk 
    3538 
    3639   !USE fldread         !  time interpolation 
    … …  
    113116 
    114117      CALL st2d_fabm_nxt( kt ) 
     118       
     119      CALL asmdiags_fabm( kt ) 
    115120 
    116121      IF( l_trdtrc )  CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrfabm ) 
    … …  
    130135 
    131136   END SUBROUTINE trc_sms_fabm 
     137    
     138   SUBROUTINE asmdiags_fabm( kt ) 
     139      INTEGER, INTENT(IN) :: kt 
     140      INTEGER :: ji,jj,jk,jkmax 
     141      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: pgrow_3d, ploss_3d, zmld 
     142       
     143      IF (kt == nittrc000) THEN 
     144         MLD_MAX(:,:) = 0.0 
     145      ENDIF 
     146      PGROW_AVG(:,:) = 0.0 
     147      PLOSS_AVG(:,:) = 0.0 
     148      PHYT_AVG(:,:)  = 0.0 
     149         
     150      pgrow_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_pgrow) 
     151      ploss_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_ploss) 
     152       
     153      SELECT CASE( mld_choice_bgc ) 
     154      CASE ( 1 )                   ! Turbocline/mixing depth [W points] 
     155         zmld(:,:) = hmld(:,:) 
     156      CASE ( 2 )                   ! Density criterion (0.01 kg/m^3 change from 10m) [W points] 
     157         zmld(:,:) = hmlp(:,:) 
     158      CASE ( 3 )                   ! Kara MLD [Interpolated] 
     159#if defined key_karaml 
     160         IF ( ln_kara ) THEN 
     161            zmld(:,:) = hmld_kara(:,:) 
     162         ELSE 
     163            CALL ctl_stop( ' Kara mixed layer requested for BGC assimilation,', & 
     164               &           ' but ln_kara=.false.' ) 
     165         ENDIF 
     166#else 
     167         CALL ctl_stop( ' Kara mixed layer requested for BGC assimilation,', & 
     168            &           ' but is not defined' ) 
     169#endif 
     170      CASE ( 4 )                   ! Temperature criterion (0.2 K change from surface) [T points] 
     171         zmld(:,:) = hmld_tref(:,:) 
     172      CASE ( 5 )                   ! Density criterion (0.01 kg/m^3 change from 10m) [T points] 
     173         zmld(:,:) = hmlpt(:,:) 
     174      END SELECT 
     175    
     176      DO jj = 2, jpjm1 
     177         DO ji = 2, jpim1 
     178            ! 
     179            jkmax = jpk-1 
     180            DO jk = jpk-1, 1, -1 
     181               IF ( ( zmld(ji,jj) >  gdepw_n(ji,jj,jk)   ) .AND. & 
     182                  & ( zmld(ji,jj) <= gdepw_n(ji,jj,jk+1) ) ) THEN 
     183                  zmld(ji,jj) = gdepw_n(ji,jj,jk+1) 
     184                  jkmax = jk 
     185               ENDIF 
     186            END DO 
     187            ! 
     188            DO jk = 1, jkmax 
     189               PHYT_AVG(ji,jj) = PHYT_AVG(ji,jj) + & 
     190                  &              trn(ji,jj,jk,jp_fabm_m1+jp_fabm_p1n) + & 
     191                  &              trn(ji,jj,jk,jp_fabm_m1+jp_fabm_p2n) + & 
     192                  &              trn(ji,jj,jk,jp_fabm_m1+jp_fabm_p3n) + & 
     193                  &              trn(ji,jj,jk,jp_fabm_m1+jp_fabm_p4n) 
     194               IF ( pgrow_3d(ji,jj,jk) .GT. 0.0 ) THEN 
     195                  PGROW_AVG(ji,jj) = PGROW_AVG(ji,jj) + & 
     196                     &               pgrow_3d(ji,jj,jk) 
     197               ENDIF 
     198               IF ( ploss_3d(ji,jj,jk) .GT. 0.0 ) THEN 
     199                  PLOSS_AVG(ji,jj) = PLOSS_AVG(ji,jj) + & 
     200                     &               ploss_3d(ji,jj,jk) 
     201               ENDIF 
     202            END DO 
     203            
     204            PHYT_AVG(ji,jj)  = PHYT_AVG(ji,jj)  / REAL(jkmax) 
     205            PGROW_AVG(ji,jj) = PGROW_AVG(ji,jj) / REAL(jkmax) 
     206            PLOSS_AVG(ji,jj) = PLOSS_AVG(ji,jj) / REAL(jkmax) 
     207    
     208            IF ( zmld(ji,jj) .GT. MLD_MAX(ji,jj) ) THEN 
     209               MLD_MAX(ji,jj) = zmld(ji,jj) 
     210            ENDIF 
     211            ! 
     212         END DO 
     213      END DO 
     214       
     215      PHYT_AVG(:,:)  = PHYT_AVG(:,:)  * tmask(:,:,1) 
     216      PGROW_AVG(:,:) = PGROW_AVG(:,:) * tmask(:,:,1) 
     217      PLOSS_AVG(:,:) = PLOSS_AVG(:,:) * tmask(:,:,1) 
     218      MLD_MAX(:,:)   = MLD_MAX(:,:)   * tmask(:,:,1) 
     219       
     220   END SUBROUTINE asmdiags_fabm 
    132221 
    133222   SUBROUTINE compute_fabm() 

  • branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_package_collate/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r10162 r10728  
    225225#endif 
    226226 
     227#if defined key_fabm 
     228   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  PGROW_AVG  !: Phytoplankton growth for use in ASM code 
     229   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  PLOSS_AVG  !: Phytoplankton loss   for use in ASM code 
     230   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  PHYT_AVG   !: Phytoplankton        for use in ASM code 
     231   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  MLD_MAX    !: Maximum MLD          for use in ASM code 
     232#endif 
     233 
    227234   !!---------------------------------------------------------------------- 
    228235   !! NEMO/TOP 3.3.1 , NEMO Consortium (2010) 
    … …  
    253260! FABM <<<+++ 
    254261         &      ln_trc_sbc(jptra)     , ln_trc_cbc(jptra)     , ln_trc_obc(jptra)     ,       & 
     262         &      PGROW_AVG(jpi,jpj)    , PLOSS_AVG(jpi,jpj)    , PHYT_AVG(jpi,jpj)     ,       & 
     263         &      MLD_MAX(jpi,jpj)      ,                                                       & 
    255264#endif 
    256265#if defined key_bdy 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.