New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 15480 – NEMO

Changeset 15480


Ignore:
Timestamp:
2021-11-08T15:51:42+01:00 (7 months ago)
Author:
jcastill
Message:

Changes as in the git branch NEMO-FABMv1-ERSEM

Location:
NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem
Files:
324 added
51 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/ADM/DOC_SCRIPTS/extract_rst.sh

    r8058 r15480  
    109109# ========== 
    110110# 
    111 # $Id: extract_rst.sh 2246 2010-10-13 09:47:23Z rblod $ 
     111# $Id$ 
    112112# 
    113113# - fplod 2009-04-20T08:13:37Z aedon.locean-ipsl.upmc.fr (Darwin) 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/ADM/DOC_SCRIPTS/install.sh

    r8058 r15480  
    4747# ========== 
    4848# 
    49 # $Id: install.sh 2246 2010-10-13 09:47:23Z rblod $ 
     49# $Id$ 
    5050# 
    5151# - fplod 2008-09-16T15:24:26Z aedon.locean-ipsl.upmc.fr (Darwin) 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/ADM/DOC_SCRIPTS/makefile_compile

    r8058 r15480  
    2121# ========== 
    2222# 
    23 # $Id: makefile_compile 2520 2010-12-27 14:43:36Z rblod $ 
     23# $Id$ 
    2424# 
    2525# - fplod 20100419T145702Z aedon.locean-ipsl.upmc.fr (Darwin) 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/CONFIG/C1D_PAPA/cpp_C1D_PAPA.fcm

    r4667 r15480  
    1  bld::tool::fppkeys key_c1d key_zdfgls 
     1 bld::tool::fppkeys key_c1d key_zdfgls key_nosignedzero 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r10728 r15480  
    11741174/ 
    11751175!----------------------------------------------------------------------- 
     1176&nam_diatmb    !   Output Top, Middle, Bottom Diagnostics 
     1177!----------------------------------------------------------------------- 
     1178    ln_diatmb   = .false. 
     1179/ 
     1180!----------------------------------------------------------------------- 
     1181&nam_dia25h    !   Output 25 hour mean diagnostics 
     1182!----------------------------------------------------------------------- 
     1183    ln_dia25h   = .true. 
     1184/ 
     1185!----------------------------------------------------------------------- 
    11761186&namdct        ! transports through sections 
    11771187!----------------------------------------------------------------------- 
     
    11961206   ln_s3d     = .false.    ! Logical switch for S profile observations 
    11971207   ln_ena     = .false.    ! Logical switch for ENACT insitu data set 
    1198    !                       !     ln_cor                  Logical switch for Coriolis insitu data set 
     1208   ln_cor     = .false.    ! Logical switch for Coriolis insitu data set 
    11991209   ln_profb   = .false.    ! Logical switch for feedback insitu data set 
    12001210   ln_sla     = .false.    ! Logical switch for SLA observations 
    1201  
    12021211   ln_sladt   = .false.    ! Logical switch for AVISO SLA data 
    1203  
    12041212   ln_slafb   = .false.    ! Logical switch for feedback SLA data 
    1205                            !     ln_ssh                  Logical switch for SSH observations 
    1206  
    1207    ln_sst     = .false.     ! Logical switch for SST observations 
    1208    ln_reysst  = .false.     !     ln_reysst               Logical switch for Reynolds observations 
    1209    ln_ghrsst  = .false.    !     ln_ghrsst               Logical switch for GHRSST observations 
    1210  
     1213   ln_ssh     = .false.    ! Logical switch for SSH observations 
     1214   ln_sst     = .false.    ! Logical switch for SST observations 
     1215   ln_reysst  = .false.    ! Logical switch for Reynolds observations 
     1216   ln_ghrsst  = .false.    ! Logical switch for GHRSST observations 
    12111217   ln_sstfb   = .false.    ! Logical switch for feedback SST data 
    1212                            !     ln_sss                  Logical switch for SSS observations 
     1218   ln_sss     = .false.    ! Logical switch for SSS observations 
    12131219   ln_seaice  = .false.    ! Logical switch for Sea Ice observations 
    1214                            !     ln_vel3d                Logical switch for velocity observations 
    1215                            !     ln_velavcur             Logical switch for velocity daily av. cur. 
    1216                            !     ln_velhrcur             Logical switch for velocity high freq. cur. 
    1217                            !     ln_velavadcp            Logical switch for velocity daily av. ADCP 
    1218                            !     ln_velhradcp            Logical switch for velocity high freq. ADCP 
    1219                            !     ln_velfb                Logical switch for feedback velocity data 
    1220                            !     ln_grid_global          Global distribtion of observations 
    1221                            !     ln_grid_search_lookup   Logical switch for obs grid search w/lookup table 
    1222                            !     grid_search_file        Grid search lookup file header 
    1223                            !     enactfiles              ENACT input observation file names 
    1224                            !     coriofiles              Coriolis input observation file name 
    1225    !                       ! profbfiles: Profile feedback input observation file name 
    1226    profbfiles = 'profiles_01.nc' 
    1227                            !     ln_profb_enatim         Enact feedback input time setting switch 
    1228                            !     slafilesact             Active SLA input observation file name 
    1229                            !     slafilespas             Passive SLA input observation file name 
    1230    !                       ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file name 
    1231    slafbfiles = 'sla_01.nc' 
    1232                            !     sstfiles                GHRSST input observation file name 
    1233    !                       ! sstfbfiles: Feedback SST input observation file name 
    1234    sstfbfiles = 'sst_01.nc' 
    1235                            !     seaicefiles             Sea Ice input observation file names 
    1236    seaicefiles = 'seaice_01.nc' 
    1237                            !     velavcurfiles           Vel. cur. daily av. input file name 
    1238                            !     velhvcurfiles           Vel. cur. high freq. input file name 
    1239                            !     velavadcpfiles          Vel. ADCP daily av. input file name 
    1240                            !     velhvadcpfiles          Vel. ADCP high freq. input file name 
    1241                            !     velfbfiles              Vel. feedback input observation file name 
    1242                            !     dobsini                 Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1243                            !     dobsend                 Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1244                            !     n1dint                  Type of vertical interpolation method 
    1245                            !     n2dint                  Type of horizontal interpolation method 
    1246                            !     ln_nea                  Rejection of observations near land switch 
    1247    nmsshc     = 0          ! MSSH correction scheme 
    1248                            !     mdtcorr                 MDT  correction 
    1249                            !     mdtcutoff               MDT cutoff for computed correction 
     1220   ln_vel3d   = .false.    ! Logical switch for velocity observations 
     1221   ln_velavcur= .false     ! Logical switch for velocity daily av. cur. 
     1222   ln_velhrcur= .false     ! Logical switch for velocity high freq. cur. 
     1223   ln_velavadcp = .false.  ! Logical switch for velocity daily av. ADCP 
     1224   ln_velhradcp = .false.  ! Logical switch for velocity high freq. ADCP 
     1225   ln_velfb   = .false.    ! Logical switch for feedback velocity data 
     1226   ln_grid_global = .false. ! Global distribtion of observations 
     1227   ln_grid_search_lookup = .false. !  Logical switch for obs grid search w/lookup table 
     1228   grid_search_file = 'grid_search'  !  Grid search lookup file header 
     1229! All of the *files* variables below are arrays. Use namelist_cfg to add more files 
     1230   enactfiles = 'enact.nc' !  ENACT input observation file names (specify full array in namelist_cfg) 
     1231   coriofiles = 'corio.nc' !  Coriolis input observation file name 
     1232   profbfiles = 'profiles_01.nc' ! Profile feedback input observation file name 
     1233   ln_profb_enatim = .false !        Enact feedback input time setting switch 
     1234   slafilesact = 'sla_act.nc' !  Active SLA input observation file names 
     1235   slafilespas = 'sla_pass.nc' ! Passive SLA input observation file names 
     1236   slafbfiles = 'sla_01.nc' ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file names 
     1237   sstfiles = 'ghrsst.nc'   ! GHRSST input observation file names 
     1238   sstfbfiles = 'sst_01.nc' ! Feedback SST input observation file names 
     1239   seaicefiles = 'seaice_01.nc' ! Sea Ice input observation file names 
     1240   velavcurfiles = 'velavcurfile.nc'  ! Vel. cur. daily av. input file name 
     1241   velhrcurfiles = 'velhrcurfile.nc'  ! Vel. cur. high freq. input file name 
     1242   velavadcpfiles = 'velavadcpfile.nc' ! Vel. ADCP daily av. input file name 
     1243   velhradcpfiles = 'velhradcpfile.nc' ! Vel. ADCP high freq. input file name 
     1244   velfbfiles = 'velfbfile.nc' ! Vel. feedback input observation file name 
     1245   dobsini = 20000101.000000  !  Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
     1246   dobsend = 20010101.000000  !  Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
     1247   n1dint = 0  !               Type of vertical interpolation method 
     1248   n2dint = 0  !               Type of horizontal interpolation method 
     1249   ln_nea = .false.   !        Rejection of observations near land switch 
     1250   nmsshc     = 0     !        MSSH correction scheme 
     1251   mdtcorr = 1.61     !        MDT  correction 
     1252   mdtcutoff = 65.0   !        MDT cutoff for computed correction 
    12501253   ln_altbias = .false.    ! Logical switch for alt bias 
    12511254   ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files 
    1252                            !     endailyavtypes   ENACT daily average types 
     1255   endailyavtypes = 820    ! ENACT daily average types - array (use namelist_cfg to set more values) 
    12531256   ln_grid_global = .true. 
    12541257   ln_grid_search_lookup = .false. 
     
    12571260&nam_asminc   !   assimilation increments                               ('key_asminc') 
    12581261!----------------------------------------------------------------------- 
    1259     ln_bkgwri      = .false. !  Logical switch for writing out background state 
    1260     ln_balwri      = .false. !  Logical switch for writing out balancing increments 
    1261     ln_trainc      = .false. !  Logical switch for applying tracer increments 
    1262     ln_dyninc      = .false. !  Logical switch for applying velocity increments 
    1263     ln_sshinc      = .false. !  Logical switch for applying SSH increments 
    1264     ln_asmdin      = .false. !  Logical switch for Direct Initialization (DI) 
    1265     ln_asmiau      = .false. !  Logical switch for Incremental Analysis Updating (IAU) 
    1266     ln_phytobal    = .false. !  Logical switch for phytoplankton multivariate balancing 
    1267     ln_slchltotinc = .false. !  Logical switch for applying slchltot increments 
    1268     ln_slchldiainc = .false. !  Logical switch for applying slchldia increments 
    1269     ln_slchlnoninc = .false. !  Logical switch for applying slchlnon increments 
    1270     ln_slchlnaninc = .false. !  Logical switch for applying slchlnan increments 
    1271     ln_slchlpicinc = .false. !  Logical switch for applying slchlpic increments 
    1272     ln_slchldininc = .false. !  Logical switch for applying slchldin increments 
    1273     ln_schltotinc  = .false. !  Logical switch for applying schltot increments 
    1274     ln_slphytotinc = .false. !  Logical switch for applying slphytot increments 
    1275     ln_slphydiainc = .false. !  Logical switch for applying slphydia increments 
    1276     ln_slphynoninc = .false. !  Logical switch for applying slphynon increments 
    1277     ln_sfco2inc    = .false. !  Logical switch for applying sfCO2 increments 
    1278     ln_spco2inc    = .false. !  Logical switch for applying spCO2 increments 
    1279     ln_plchltotinc = .false. !  Logical switch for applying plchltot increments 
    1280     ln_pchltotinc  = .false. !  Logical switch for applying pchltot increments 
    1281     ln_pno3inc     = .false. !  Logical switch for applying pno3 increments 
    1282     ln_psi4inc     = .false. !  Logical switch for applying psi4 increments 
    1283     ln_ppo4inc     = .false. !  Logical switch for applying ppo4 increments 
    1284     ln_pdicinc     = .false. !  Logical switch for applying pdic increments 
    1285     ln_palkinc     = .false. !  Logical switch for applying palk increments 
    1286     ln_pphinc      = .false. !  Logical switch for applying pph increments 
    1287     ln_po2inc      = .false. !  Logical switch for applying po2 increments 
    1288     nitbkg         = 0       !  Timestep of background in [0,nitend-nit000-1] 
    1289     nitdin         = 0       !  Timestep of background for DI in [0,nitend-nit000-1] 
    1290     nitiaustr      = 1       !  Timestep of start of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
    1291     nitiaufin      = 15      !  Timestep of end of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
    1292     niaufn         = 0       !  Type of IAU weighting function 
    1293     ln_salfix      = .false. !  Logical switch for ensuring that the sa > salfixmin 
    1294     salfixmin      = -9999   !  Minimum salinity after applying the increments 
    1295     nn_divdmp      = 0       !  Number of iterations of divergence damping operator 
    1296     mld_choice_bgc = 1       !  MLD criterion to use for biogeochemistry assimilation 
    1297     rn_maxchlinc   = -999.0  !  maximum absolute non-log chlorophyll increment from ocean colour assimilation 
    1298                              !  <= 0 implies no maximum applied (switch turned off) 
    1299                              !   > 0 implies maximum absolute chl increment capped at this value 
     1262    ln_bkgwri = .false.    !  Logical switch for writing out background state 
     1263    ln_trainc = .false.    !  Logical switch for applying tracer increments 
     1264    ln_dyninc = .false.    !  Logical switch for applying velocity increments 
     1265    ln_sshinc = .false.    !  Logical switch for applying SSH increments 
     1266    ln_asmdin = .false.    !  Logical switch for Direct Initialization (DI) 
     1267    ln_asmiau = .false.    !  Logical switch for Incremental Analysis Updating (IAU) 
     1268    nitbkg    = 0          !  Timestep of background in [0,nitend-nit000-1] 
     1269    nitdin    = 0          !  Timestep of background for DI in [0,nitend-nit000-1] 
     1270    nitiaustr = 1          !  Timestep of start of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
     1271    nitiaufin = 15         !  Timestep of end of IAU interval in [0,nitend-nit000-1] 
     1272    niaufn    = 0          !  Type of IAU weighting function 
     1273    ln_salfix = .false.    !  Logical switch for ensuring that the sa > salfixmin 
     1274    salfixmin = -9999      !  Minimum salinity after applying the increments 
     1275    nn_divdmp = 0          !  Number of iterations of divergence damping operator 
    13001276/ 
    13011277!----------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r8058 r15480  
    44ORCA2_SAS_LIM OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    55C1D_PAPA OPA_SRC 
     6C1D_PAPA_FABM_ERSEM OPA_SRC TOP_SRC 
    67GYRE_BFM OPA_SRC TOP_SRC 
    78AMM12 OPA_SRC 
    89ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     10ORCA2_LIM_FABM_ERSEM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    911GYRE OPA_SRC 
    1012ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
    1113ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    1214ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
     15AMM7 OPA_SRC 
     16AMM7_MYTRC OPA_SRC TOP_SRC 
     17AMM7_FABM_ERSEM OPA_SRC TOP_SRC 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r10162 r15480  
    7575# ========== 
    7676# 
    77 # $Id: makenemo 5144 2015-03-11 15:51:28Z timgraham $ 
     77# $Id$ 
    7878# 
    7979# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/EXTERNAL/IOIPSL/tools/rebuild

    r8058 r15480  
    11#!/bin/ksh 
    22# 
    3 #$Id: rebuild 2281 2010-10-15 14:21:13Z smasson $ 
     3#$Id$ 
    44# 
    55# This software is governed by the CeCILL license 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/EXTERNAL/IOIPSL/tools/tkcond.c

    r8058 r15480  
    11/* parser config.in 
    2  * $Id: tkcond.c 2281 2010-10-15 14:21:13Z smasson $ 
     2 * $Id$ 
    33 * 
    44 * This software is governed by the CeCILL license 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/EXTERNAL/IOIPSL/tools/tkgen.c

    r8058 r15480  
    11/* Generate tk script based upon config.in 
    2  * $Id: tkgen.c 2281 2010-10-15 14:21:13Z smasson $ 
     2 * $Id$ 
    33 * 
    44 * This software is governed by the CeCILL license 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/EXTERNAL/IOIPSL/tools/tkparse.c

    r8058 r15480  
    11/* parser config.in 
    2  * $Id: tkparse.c 2281 2010-10-15 14:21:13Z smasson $ 
     2 * $Id$ 
    33 * 
    44 * This software is governed by the CeCILL license 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/EXTERNAL/fcm/lib/Fcm/Config.pm

    r8058 r15480  
    478478        FC_OUTPUT    => '-o',              # FC flag, specify output file name 
    479479        FC_INCLUDE   => '-I',              # FC flag, specify "include" path 
    480         FC_MODSEARCH => '',                # FC flag, specify "module" path 
     480        FC_MODSEARCH => '-J',                # FC flag, specify "module" path 
    481481        FC_DEFINE    => '-D',              # FC flag, define macro 
    482482 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdylib.F90

    r8059 r15480  
    419419               ip = nint(bdypmask(ii+1,ij  )*pmask(ii+1,ij,ik) - bdypmask(ii-1,ij  )*pmask(ii-1,ij,ik))  
    420420               jp = nint(bdypmask(ii  ,ij+1)*pmask(ii,ij+1,ik) - bdypmask(ii  ,ij-1)*pmask(ii,ij-1,ik))  
    421                phia(ii,ij,ik) = phia(ii+ip,ij+jp,ik) * pmask(ii+ip,ij+jp,ik)  
     421               phia(ii,ij,ik) = phia(ii+ip,ij+jp,ik) * pmask(ii+ip,ij+jp,ik) * pmask(ii,ij,ik) 
    422422            ENDIF  
    423423         END DO  
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdytra.F90

    r8059 r15480  
    9191      !!  
    9292      REAL(wp) ::   zwgt           ! boundary weight 
    93       REAL(wp) ::   zcoef, zcoef1,zcoef2  
    94       INTEGER  ::   ib, ik, igrd   ! dummy loop indices  
    95       INTEGER  ::   ii, ij, ip, jp   ! 2D addresses  
     93      INTEGER  ::   ib, ik, igrd   ! dummy loop indices 
     94      INTEGER  ::   ii, ij         ! 2D addresses 
    9695      !!---------------------------------------------------------------------- 
    9796      ! 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diatmb.F90

    r10390 r15480  
    114114      DO jj = 1,jpj 
    115115         DO ji = 1,jpi 
    116             jk              = max(1,mbathy(ji,jj) ) 
     116            jk              = max(1,mbathy(ji,jj) - 1) 
    117117            pouttmb(ji,jj,3) = pinfield(ji,jj,jk)*tmask(ji,jj,jk)  + zmdi*(1.0-tmask(ji,jj,jk)) 
    118118         END DO 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diawri.F90

    r8561 r15480  
    194194               zztmpy = (  bfrva(ji,  jj) * vn(ji,jj  ,mbkv(ji,jj  ))  & 
    195195                      &  + bfrva(ji,jj-1) * vn(ji,jj-1,mbkv(ji,jj-1))  )  
    196                z2d(ji,jj) = rau0 * SQRT( zztmpx * zztmpx + zztmpy * zztmpy ) * tmask(ji,jj,1)  
     196               z2d(ji,jj) = 0.5_wp * rau0 * SQRT( zztmpx * zztmpx + zztmpy * zztmpy ) * tmask(ji,jj,1)  
    197197               ! 
    198198            ENDDO 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/dommsk.F90

    r8059 r15480  
    136136      INTEGER  ::   ios 
    137137      INTEGER  ::   isrow                    ! index for ORCA1 starting row 
     138#if defined key_bdy && defined key_cs15 
     139      INTEGER  ::   inum !slwa 
     140#endif 
    138141      INTEGER , POINTER, DIMENSION(:,:) ::  imsk 
    139142      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) ::  zwf 
     
    173176         CALL ctl_stop( ctmp1 ) 
    174177      ENDIF 
     178!slwa 
     179! read in mask for unstructured open boundaries 
     180#if defined key_bdy && defined key_cs15 
     181         CALL iom_open( 'mask_CS15.nc', inum ) 
     182         CALL iom_get ( inum, jpdom_data, 'bdy_msk', zwf(:,:) ) 
     183         CALL iom_close( inum ) 
     184#endif 
     185!slwa 
    175186 
    176187      ! 1. Ocean/land mask at t-point (computed from mbathy) 
     
    183194            DO ji = 1, jpi 
    184195               IF( REAL( mbathy(ji,jj) - jk, wp ) + 0.1_wp >= 0._wp )   tmask(ji,jj,jk) = 1._wp 
     196#if defined key_bdy && defined key_cs15 
     197               tmask(ji,jj,jk) = tmask(ji,jj,jk) * zwf(ji,jj)  ! slwa 
     198#endif 
    185199            END DO   
    186200         END DO   
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r8058 r15480  
    17771777#else 
    17781778            idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
    1779             DO WHILE ( idx /= 0 )  
    1780               IF ( output_freq%hour /= 0 ) THEN 
     1779            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
     1780              IF ( output_freq%timestep /= 0) THEN 
     1781                  WRITE(clfreq,'(I18,A2)')INT(output_freq%timestep),'ts'  
     1782                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq)) 
     1783              ELSE IF ( output_freq%second /= 0 ) THEN 
     1784                  WRITE(clfreq,'(I19,A1)')INT(output_freq%second),'s'  
     1785                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq)) 
     1786              ELSE IF ( output_freq%minute /= 0 ) THEN 
     1787                  WRITE(clfreq,'(I18,A2)')INT(output_freq%minute),'mi'  
     1788                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq))  
     1789              ELSE IF ( output_freq%hour /= 0 ) THEN 
    17811790                  WRITE(clfreq,'(I19,A1)')INT(output_freq%hour),'h'  
    17821791                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq)) 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRD/trdtra.F90

    r8059 r15480  
    204204            DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
    205205#if defined key_tracer_budget 
    206 !              ptrd(ji,jj,jk) = - (     pf (ji,jj,jk) - pf (ji-ii,jj-ij,jk-ik)  )  * tmask(ji,jj,jk) 
    207                ptrd(ji,jj,jk) = -      pf (ji,jj,jk) * tmask(ji,jj,jk) 
     206               ptrd(ji,jj,jk) = - (     pf (ji,jj,jk) - pf (ji-ii,jj-ij,jk-ik)  )  * tmask(ji,jj,jk)  & 
     207                 &              / ( e1t(ji,jj) * e2t(ji,jj) ) 
    208208#else 
    209209               ptrd(ji,jj,jk) = - (     pf (ji,jj,jk) - pf (ji-ii,jj-ij,jk-ik)                        & 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/module_example

    r8058 r15480  
    5252   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5353   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    54    !! $Id: module_example 4147 2013-11-04 11:51:55Z cetlod $  
     54   !! $Id$  
    5555   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5656   !!---------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/inputs_fabm.F90

    r10158 r15480  
    1919   USE fldread 
    2020   USE par_fabm 
    21    USE fabm 
     21   USE fabm, only: type_fabm_horizontal_variable_id 
    2222 
    2323   IMPLICIT NONE 
     24 
     25#  include "vectopt_loop_substitute.h90" 
    2426 
    2527   PRIVATE 
     
    4042 
    4143   TYPE, PUBLIC, EXTENDS(type_input_variable) :: type_input_data 
    42       TYPE(type_horizontal_variable_id)  :: horizontal_id 
    43       TYPE(type_input_data), POINTER   :: next => null() 
     44      TYPE(type_fabm_horizontal_variable_id) :: horizontal_id 
     45      TYPE(type_input_data), POINTER         :: next => null() 
    4446   END TYPE 
    4547   TYPE (type_input_data), POINTER, PUBLIC :: first_input_data => NULL() 
     
    8789           ALLOCATE(input_data, STAT=ierr) 
    8890           IF( ierr > 0 ) CALL ctl_stop( 'STOP', 'inputs_fabm:initialize_inputs: unable to allocate input_data object for variable '//TRIM(name) ) 
    89            input_data%horizontal_id = fabm_get_horizontal_variable_id(model,name) 
    90            IF (.NOT.fabm_is_variable_used(input_data%horizontal_id)) THEN 
     91           input_data%horizontal_id = model%get_horizontal_variable_id(name) 
     92           IF (.NOT.model%is_variable_used(input_data%horizontal_id)) THEN 
    9193              ! This variable was not found among FABM's horizontal variables (at least, those that are read by one or more FABM modules) 
    9294              CALL ctl_stop('STOP', 'inputs_fabm:initialize_inputs: variable "'//TRIM(name)//'" was not found among horizontal FABM variables.') 
     
    130132           ! within tracer field 
    131133           DO jn=1,jp_fabm 
    132              IF (TRIM(name) == TRIM(model%state_variables(jn)%name)) THEN 
     134             IF (TRIM(name) == TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name)) THEN 
    133135               river_data%jp_pos = jp_fabm_m1+jn 
    134136             END IF 
     
    173175         ! Provide FABM with pointer to field that will receive prescribed data. 
    174176         ! NB source=data_source_user guarantees that the prescribed data takes priority over any data FABM may already have for that variable. 
    175          CALL fabm_link_horizontal_data(model,input_data%horizontal_id,input_data%sf(1)%fnow(:,:,1),source=data_source_user) 
     177         CALL model%link_horizontal_data(input_data%horizontal_id,input_data%sf(1)%fnow(:,:,1),source=data_source_user) 
    176178         input_data => input_data%next 
    177179      END DO 
     
    226228#endif 
    227229        IF( kt == nit000 .OR. ( kt /= nit000 ) ) THEN 
    228             DO jj = 1, jpj 
    229               DO ji = 1, jpi 
     230            DO jj = 2, jpjm1 
     231              DO ji = fs_2, fs_jpim1 
    230232                ! convert units and divide by surface area 
    231233                ! loading / cell volume * vertical fraction of riverload 
     
    235237                DO jk = 1,nk_rnf(ji,jj) 
    236238                  ! Add river loadings 
    237                   tra(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) = tra(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) + river_data%sf(1)%fnow(ji,jj,1)*zcoef 
     239                  if (river_data%rn_trrnfac>=0) then 
     240                    tra(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) = tra(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) + river_data%sf(1)%fnow(ji,jj,1)*zcoef 
     241                  else 
     242                    !this is for the no river dilution option, where we give the runoff as riverload and we multiply by the current concentration 
     243                    ! no need to use the full zcoeff because the run off is already surface specific, 1000. is to convert kg freshwater to m3 
     244                    tra(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) = tra(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) + river_data%sf(1)%fnow(ji,jj,1)/1000._wp*trn(ji,jj,jk,river_data%jp_pos) / h_rnf(ji,jj) 
     245                  endif 
    238246#if defined key_trdtrc && defined key_iomput 
    239247                  tr_inp(ji,jj,jk) = river_data%sf(1)%fnow(ji,jj,1)*zcoef 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/par_fabm.F90

    r10728 r15480  
    11MODULE par_fabm 
    22 
     3#if defined key_fabm 
     4#  include "fabm_version.h" 
     5#  if _FABM_API_VERSION_ < 1 
     6#    error You need FABM 1.0 or later 
     7#  endif 
    38   USE fabm 
     9#endif 
    410 
    511   IMPLICIT NONE 
    6  
    7    TYPE (type_model) :: model !FABM model instance 
    812 
    913   INTEGER, PUBLIC :: jp_fabm0, jp_fabm1, jp_fabm, & 
     
    3842 
    3943#if defined key_fabm 
     44   CLASS (type_fabm_model), POINTER :: model !FABM model instance 
     45 
    4046   !!--------------------------------------------------------------------- 
    4147   !!   'key_fabm'                     FABM tracers 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcini_fabm.F90

    r10728 r15480  
    44   !! TOP :   initialisation of the FABM tracers 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
     6   !! History :   1.0  !  2015-04  (PML) Original code 
     7   !! History :   1.1  !  2020-06  (PML) Update to FABM 1.0, improved performance 
    78   !!---------------------------------------------------------------------- 
    89#if defined key_fabm 
     
    1718   USE par_fabm 
    1819   USE trcsms_fabm 
    19    USE fabm_config,ONLY: fabm_create_model_from_yaml_file 
    20    USE fabm,ONLY: type_external_variable, fabm_initialize_library 
    21    USE inputs_fabm,ONLY: initialize_inputs,link_inputs, & 
     20   USE fabm, only: fabm_create_model, type_fabm_variable 
     21   USE fabm_driver 
     22   USE inputs_fabm,ONLY: initialize_inputs, link_inputs, & 
    2223     type_input_variable,type_input_data,type_river_data, & 
    2324     first_input_data,first_river_data 
     
    2829#endif 
    2930 
    30  
    3131   IMPLICIT NONE 
    3232   PRIVATE 
    3333 
    3434#if defined key_git_version 
    35 !#include "gitversion.h90" 
     35include "gitversion.h90" 
    3636   CHARACTER(len=*),parameter :: git_commit_id = _NEMO_COMMIT_ID_ 
    3737   CHARACTER(len=*),parameter :: git_branch_name = _NEMO_BRANCH_ 
     
    3939 
    4040   PUBLIC   trc_ini_fabm   ! called by trcini.F90 module 
    41    PUBLIC   nemo_fabm_init 
     41   PUBLIC   nemo_fabm_configure 
     42 
     43   TYPE,extends(type_base_driver) :: type_nemo_fabm_driver 
     44   contains 
     45      procedure :: fatal_error => nemo_fabm_driver_fatal_error 
     46      procedure :: log_message => nemo_fabm_driver_log_message 
     47   end type 
    4248 
    4349   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    4854CONTAINS 
    4955 
    50    SUBROUTINE nemo_fabm_init() 
     56   SUBROUTINE nemo_fabm_configure() 
    5157      INTEGER :: jn 
    5258      INTEGER, PARAMETER :: xml_unit = 1979 
     
    5561      CLASS (type_input_variable),POINTER :: input_pointer 
    5662 
     63      ALLOCATE(type_nemo_fabm_driver::driver) 
     64 
    5765      ! Allow FABM to parse fabm.yaml. This ensures numbers of variables are known. 
    58       call fabm_create_model_from_yaml_file(model) 
    59  
    60       jp_fabm = size(model%state_variables) 
     66      model => fabm_create_model() 
     67 
     68      jp_fabm = size(model%interior_state_variables) 
    6169      jp_fabm_bottom = size(model%bottom_state_variables) 
    6270      jp_fabm_surface = size(model%surface_state_variables) 
     
    6573      jp_fabm_m1=jptra 
    6674      jptra = jptra + jp_fabm 
    67       jp_fabm_2d = size(model%horizontal_diagnostic_variables) 
    68       jp_fabm_3d = size(model%diagnostic_variables) 
    69       jpdia2d = jpdia2d + jp_fabm_2d 
    70       jpdia3d = jpdia3d + jp_fabm_3d 
     75      jpdia2d = jpdia2d + size(model%horizontal_diagnostic_variables) 
     76      jpdia3d = jpdia3d + size(model%interior_diagnostic_variables) 
    7177      jpdiabio = jpdiabio + jp_fabm 
    7278 
    73       !Initialize input data structures. 
     79      ! Read inputs (river and additional 2D forcing) from fabm_input.nml 
     80      ! This must be done before writing field_def_fabm.xml, as that file 
     81      ! also describes the additional input variables. 
    7482      call initialize_inputs 
    7583 
     
    138146         WRITE (xml_unit,1000) ' <field_group id="ptrc_T" grid_ref="grid_T_3D">' 
    139147         DO jn=1,jp_fabm 
    140             CALL write_variable_xml(xml_unit,model%state_variables(jn)) 
     148            CALL write_variable_xml(xml_unit,model%interior_state_variables(jn)) 
    141149#if defined key_trdtrc 
    142             CALL write_trends_xml(xml_unit,model%state_variables(jn)) 
     150            CALL write_trends_xml(xml_unit,model%interior_state_variables(jn)) 
    143151#endif 
    144152            CALL write_25hourm_xml(xml_unit,model%state_variables(jn)) 
     
    159167 
    160168         WRITE (xml_unit,1000) ' <field_group id="diad_T" grid_ref="grid_T_2D">' 
    161          DO jn=1,size(model%diagnostic_variables) 
    162             CALL write_variable_xml(xml_unit,model%diagnostic_variables(jn),3) 
    163             CALL write_25hourm_xml(xml_unit,model%diagnostic_variables(jn),3) 
    164             CALL write_tmb_xml(xml_unit,model%diagnostic_variables(jn)) 
     169         DO jn=1,size(model%interior_diagnostic_variables) 
     170            CALL write_variable_xml(xml_unit,model%interior_diagnostic_variables(jn),3) 
     171            CALL write_25hourm_xml(xml_unit,model%interior_diagnostic_variables(jn),3) 
     172            CALL write_tmb_xml(xml_unit,model%interior_diagnostic_variables(jn)) 
    165173         END DO 
    166174         DO jn=1,size(model%horizontal_diagnostic_variables) 
    167175            CALL write_variable_xml(xml_unit,model%horizontal_diagnostic_variables(jn)) 
    168176            CALL write_25hourm_xml(xml_unit,model%horizontal_diagnostic_variables(jn)) 
     177         END DO 
     178         DO jn=1,size(model%interior_state_variables) 
     179            WRITE (xml_unit,'(A)') '  <field id="'//TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name)//'_VINT" & 
     180            long_name="depth-integrated '//TRIM(model%interior_state_variables(jn)%long_name)//'" unit="'//TRIM(model%interior_state_variables(jn)%units)//'*m" default_value="0.0" />' 
     181         END DO 
     182         DO jn=1,size(model%interior_diagnostic_variables) 
     183            WRITE (xml_unit,'(A)') '  <field id="'//TRIM(model%interior_diagnostic_variables(jn)%name)//'_VINT" & 
     184            long_name="depth-integrated '//TRIM(model%interior_diagnostic_variables(jn)%long_name)//'" unit="'//TRIM(model%interior_diagnostic_variables(jn)%units)//'*m" default_value="0.0" />' 
    169185         END DO 
    170186         WRITE (xml_unit,1000) ' </field_group>' 
     
    1992151000 FORMAT (A) 
    200216 
    201    END SUBROUTINE nemo_fabm_init 
     217   END SUBROUTINE nemo_fabm_configure 
    202218 
    203219   SUBROUTINE write_variable_xml(xml_unit,variable,flag_grid_ref) 
    204220      INTEGER,INTENT(IN) :: xml_unit 
    205221      INTEGER,INTENT(IN),OPTIONAL :: flag_grid_ref 
    206       CLASS (type_external_variable),INTENT(IN) :: variable 
     222      CLASS (type_fabm_variable),INTENT(IN) :: variable 
    207223 
    208224      CHARACTER(LEN=20) :: missing_value,string_dimensions 
     
    283299      INTEGER,INTENT(IN) :: xml_unit 
    284300      INTEGER,INTENT(IN),OPTIONAL :: flag_grid_ref 
    285       CLASS (type_external_variable),INTENT(IN) :: variable 
     301      CLASS (type_fabm_variable),INTENT(IN) :: variable 
    286302 
    287303      INTEGER :: number_dimensions,i 
     
    325341        END DO 
    326342        WRITE (xml_unit,'(A)') '  <field id="'//TRIM(variable%name)//'_e3t" long_name="'//TRIM(variable%long_name)// & 
    327            &                   ' cell depth integrated" unit="'//TRIM(variable%units)//'/s" default_value="'//       & 
     343           &                   ' cell depth integrated" unit="'//TRIM(variable%units)//'*m" default_value="'//       & 
    328344           &                   TRIM(ADJUSTL(missing_value))//'" grid_ref="grid_T_3D" />' 
    329345#endif 
     
    342358        END DO 
    343359        WRITE (xml_unit,'(A)') '  <field id="'//TRIM(variable%name)//'_e3t" long_name="'//TRIM(variable%long_name)// & 
    344            &                   ' cell depth integrated" unit="'//TRIM(variable%units)//'/s" default_value="'//       & 
     360           &                   ' cell depth integrated" unit="'//TRIM(variable%units)//'*m" default_value="'//       & 
    345361           &                   TRIM(ADJUSTL(missing_value))//'" />' 
    346362#endif 
     
    387403      !! ** Purpose :   initialization for FABM model 
    388404      !! 
    389       !! ** Method  : - Read the namcfc namelist and check the parameter values 
     405      !! ** Method  : - Allocate FABM arrays, configure domain, send data 
    390406      !!---------------------------------------------------------------------- 
    391407#if defined key_git_version 
     
    417433      ! Log mapping of FABM states: 
    418434      IF (lwp) THEN 
    419          IF (jp_fabm.gt.0) WRITE(numout,*) " FABM tracers:" 
     435         IF (jp_fabm > 0) WRITE(numout,*) " FABM tracers:" 
    420436         DO jn=1,jp_fabm 
    421             WRITE(numout,*) "   State",jn,":",trim(model%state_variables(jn)%name), & 
    422                " (",trim(model%state_variables(jn)%long_name), & 
    423                ") [",trim(model%state_variables(jn)%units),"]" 
     437            WRITE(numout,*) "   State",jn,":",trim(model%interior_state_variables(jn)%name), & 
     438               " (",trim(model%interior_state_variables(jn)%long_name), & 
     439               ") [",trim(model%interior_state_variables(jn)%units),"]" 
    424440         ENDDO 
    425          IF (jp_fabm_surface.gt.0) WRITE(numout,*) "FABM seasurface states:" 
     441         IF (jp_fabm_surface > 0) WRITE(numout,*) "FABM seasurface states:" 
    426442         DO jn=1,jp_fabm_surface 
    427443            WRITE(numout,*) "   State",jn,":",trim(model%surface_state_variables(jn)%name), & 
     
    429445               ") [",trim(model%surface_state_variables(jn)%units),"]" 
    430446         ENDDO 
    431          IF (jp_fabm_bottom.gt.0) WRITE(numout,*) "FABM seafloor states:" 
     447         IF (jp_fabm_bottom > 0) WRITE(numout,*) "FABM seafloor states:" 
    432448         DO jn=1,jp_fabm_bottom 
    433449            WRITE(numout,*) "   State",jn,":",trim(model%bottom_state_variables(jn)%name), & 
     
    438454 
    439455   END SUBROUTINE trc_ini_fabm 
     456 
     457   SUBROUTINE nemo_fabm_driver_fatal_error(self, location, message) 
     458      CLASS (type_nemo_fabm_driver), INTENT(INOUT) :: self 
     459      CHARACTER(len=*),              INTENT(IN)    :: location, message 
     460 
     461      CALL ctl_stop('STOP', TRIM(location)//': '//TRIM(message)) 
     462      STOP 
     463   END SUBROUTINE 
     464 
     465   SUBROUTINE nemo_fabm_driver_log_message(self, message) 
     466      CLASS (type_nemo_fabm_driver), INTENT(INOUT) :: self 
     467      CHARACTER(len=*),              INTENT(IN)    :: message 
     468 
     469      IF(lwp) WRITE (numout,*) TRIM(message) 
     470   END SUBROUTINE 
    440471 
    441472   INTEGER FUNCTION fabm_state_index( state_name ) 
     
    508539   !!---------------------------------------------------------------------- 
    509540CONTAINS 
    510    SUBROUTINE nemo_fabm_init 
    511    END SUBROUTINE nemo_fabm_init 
     541   SUBROUTINE nemo_fabm_configure 
     542   END SUBROUTINE nemo_fabm_configure 
    512543 
    513544   SUBROUTINE trc_ini_fabm            ! Empty routine 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcnam_fabm.F90

    r10270 r15480  
    44   !! TOP :   initialisation of some run parameters for FABM bio-model 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
     6   !! History :   1.0  !  2015-04  (PML) Original code 
     7   !! History :   1.1  !  2020-06  (PML) Update to FABM 1.0, improved performance 
    78   !!---------------------------------------------------------------------- 
     9   USE trc             ! TOP variables 
    810#if defined key_fabm 
    911   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    1416   USE oce_trc         ! Ocean variables 
    1517   USE par_trc         ! TOP parameters 
    16    USE trc             ! TOP variables 
    1718 
    1819   USE par_fabm 
    1920   USE trcsms_fabm 
    20  
    2121 
    2222   IMPLICIT NONE 
     
    3535 
    3636   SUBROUTINE trc_nam_fabm 
     37      LOGICAL :: l_ext 
     38      INTEGER :: nmlunit, ios 
     39      NAMELIST/namfabm/ nn_adv 
     40 
     41      ! Read NEMO-FABM coupler settings from namfabm 
     42      nn_adv = 3 
     43      INQUIRE( FILE='namelist_fabm_ref', EXIST=l_ext ) 
     44      IF (l_ext) then 
     45         CALL ctl_opn( nmlunit, 'namelist_fabm_ref', 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE.) 
     46         READ(nmlunit, nml=namfabm, iostat=ios) 
     47         IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namfabm in namelist_fabm_ref', .TRUE. ) 
     48      END IF 
     49      INQUIRE( FILE='namelist_fabm_cfg', EXIST=l_ext ) 
     50      IF (l_ext) then 
     51         CALL ctl_opn( nmlunit, 'namelist_fabm_cfg', 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, 6, .FALSE.) 
     52         READ(nmlunit, nml=namfabm, iostat=ios) 
     53         IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namfabm in namelist_fabm_cfg', .TRUE. ) 
     54      END IF 
     55      IF (nn_adv /= 1 .and. nn_adv /= 3) CALL ctl_stop( 'STOP', 'trc_ini_fabm: nn_adv must be 1 or 3.' ) 
    3756   END SUBROUTINE trc_nam_fabm 
    3857 
    39    SUBROUTINE trc_nam_fabm_override 
     58   SUBROUTINE trc_nam_fabm_override(sn_tracer) 
     59      TYPE(PTRACER), DIMENSION(jpmaxtrc), INTENT(INOUT) :: sn_tracer 
     60 
    4061      INTEGER :: jn 
     62      CHARACTER(LEN=3) :: index 
    4163 
    4264      DO jn=1,jp_fabm 
    43          ctrcnm(jp_fabm_m1+jn) = model%state_variables(jn)%name 
    44          ctrcln(jp_fabm_m1+jn) = model%state_variables(jn)%long_name 
    45          ctrcun(jp_fabm_m1+jn) = model%state_variables(jn)%units 
    46          ln_trc_ini(jp_fabm_m1+jn) = .FALSE. 
     65         IF (sn_tracer(jn)%clsname /= 'NONAME' .AND. sn_tracer(jn)%clsname /= model%interior_state_variables(jn)%name) THEN 
     66            WRITE (index,'(i0)') jn 
     67            CALL ctl_stop('Tracer name mismatch in namtrc: '//TRIM(sn_tracer(jn)%clsname)//' found at sn_tracer('//TRIM(index)//') where '//TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name)//' was expected.') 
     68         END IF 
     69         sn_tracer(jn)%clsname = TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name) 
     70         sn_tracer(jn)%cllname = TRIM(model%interior_state_variables(jn)%long_name) 
     71         sn_tracer(jn)%clunit = TRIM(model%interior_state_variables(jn)%units) 
     72         sn_tracer(jn)%llinit = .FALSE. 
    4773      END DO 
    4874   END SUBROUTINE trc_nam_fabm_override 
    49     
     75 
    5076#else 
    5177   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    5682   END  SUBROUTINE  trc_nam_fabm 
    5783 
    58    SUBROUTINE trc_nam_fabm_override 
     84   SUBROUTINE trc_nam_fabm_override (dummy) 
     85       TYPE(PTRACER), DIMENSION(jpmaxtrc), INTENT(INOUT), optional :: dummy 
    5986   END SUBROUTINE trc_nam_fabm_override 
    6087#endif   
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcrst_fabm.F90

    r10156 r15480  
    44   !! Read and write additional restart fields used by FABM 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History : 
     6   !! History :   1.0  !  2015-04  (PML) Original code 
     7   !! History :   1.1  !  2020-06  (PML) Update to FABM 1.0, improved performance 
    78   !!---------------------------------------------------------------------- 
    89#if defined key_fabm 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcsms_fabm.F90

    r10728 r15480  
    2424 
    2525   USE oce, only: tsn  ! Needed? 
    26    USE sbc_oce, only: lk_oasis 
     26   USE sbc_oce, only: lk_oasis,fr_i 
    2727   USE dom_oce 
    2828   USE zdf_oce 
    29    !USE iom 
     29   USE iom 
    3030   USE xios 
    3131   USE cpl_oasis3 
     
    5454   PUBLIC   compute_fabm ! Compute FABM sources, sinks and diagnostics 
    5555 
    56    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) :: flux    ! Cross-interface flux of pelagic variables (# m-2 s-1) 
     56   ! Work arrays 
     57   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: flux          ! Cross-interface flux of pelagic variables (# m-2 s-1) 
     58   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: current_total ! Totals of conserved quantities 
    5759 
    5860   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:)   :: ext     ! Light extinction coefficient (m-1) 
    5961 
    60    ! Work array for mass aggregation 
    61    REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, TARGET, DIMENSION(:,:)   :: current_total 
    62  
    63  
    64    ! Arrays for environmental variables 
    65    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, TARGET, DIMENSION(:,:,:) :: prn,rho 
    66    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, TARGET, DIMENSION(:,:) :: taubot 
    67  
    68    ! repair counters 
    69    INTEGER :: repair_interior_count,repair_surface_count,repair_bottom_count 
     62   ! State repair counters 
     63   INTEGER, SAVE :: repair_interior_count = 0 
     64   INTEGER, SAVE :: repair_surface_count  = 0 
     65   INTEGER, SAVE :: repair_bottom_count   = 0 
     66 
     67   ! Coupler parameters 
     68   INTEGER, PUBLIC :: nn_adv  ! Vertical advection scheme for sinking/floating/movement 
     69                              ! (1: 1st order upwind, 3: 3rd order TVD) 
     70 
     71   ! Arrays for environmental variables that are computed by the coupler 
     72   REAL(wp), PUBLIC, TARGET, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) :: prn,rho 
     73   REAL(wp), PUBLIC, TARGET, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: taubot 
     74   REAL(wp), PUBLIC, TARGET :: daynumber_in_year 
    7075 
    7176   ! state check type 
     
    7580   END TYPE 
    7681 
    77    REAL(wp), PUBLIC :: daynumber_in_year 
     82   ! Flag indicating whether model%start has been called (will be done on-demand) 
     83   LOGICAL, SAVE :: started = .false. 
    7884 
    7985   TYPE (type_bulk_variable_id),SAVE :: swr_id 
     
    96102      ! 
    97103      INTEGER, INTENT(in) ::   kt   ! ocean time-step index 
    98       INTEGER :: jn 
    99       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: ztrfabm 
     104      INTEGER :: jn, jk 
     105      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: ztrfabm, pdat 
     106      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)    :: vint 
    100107 
    101108!!---------------------------------------------------------------------- 
     
    109116      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~' 
    110117 
     118      IF (.NOT. started) CALL nemo_fabm_start 
     119 
    111120      CALL update_inputs( kt ) 
    112121 
    113       CALL compute_fabm 
    114  
    115       CALL compute_vertical_movement( kt ) 
     122      CALL compute_fabm( kt ) 
     123 
     124      CALL compute_vertical_movement( kt, nn_adv ) 
    116125 
    117126      CALL st2d_fabm_nxt( kt ) 
     
    123132      CALL trc_bc_read  ( kt )       ! tracers: surface and lateral Boundary Conditions 
    124133      CALL trc_rnf_fabm ( kt ) ! River forcings 
     134 
     135      ! Send 3D diagnostics to output (these apply to time "n") 
     136      DO jn = 1, size(model%interior_diagnostic_variables) 
     137         IF (model%interior_diagnostic_variables(jn)%save) THEN 
     138            ! Save 3D field 
     139            pdat => model%get_interior_diagnostic_data(jn) 
     140            CALL iom_put(model%interior_diagnostic_variables(jn)%name, pdat) 
     141 
     142            ! Save depth integral if selected for output in XIOS 
     143            IF (iom_use(TRIM(model%interior_diagnostic_variables(jn)%name)//'_VINT')) THEN 
     144               vint = 0._wp 
     145               DO jk = 1, jpkm1 
     146                  vint = vint + pdat(:,:,jk) * fse3t(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     147               END DO 
     148               CALL iom_put(TRIM(model%interior_diagnostic_variables(jn)%name)//'_VINT', vint) 
     149            END IF 
     150         END IF 
     151      END DO 
     152 
     153      ! Send 2D diagnostics to output (these apply to time "n") 
     154      DO jn = 1, size(model%horizontal_diagnostic_variables) 
     155         IF (model%horizontal_diagnostic_variables(jn)%save) & 
     156             CALL iom_put( model%horizontal_diagnostic_variables(jn)%name, model%get_horizontal_diagnostic_data(jn)) 
     157      END DO 
    125158 
    126159      IF( l_trdtrc ) THEN      ! Save the trends in the mixed layer 
     
    220253   END SUBROUTINE asmdiags_fabm 
    221254 
    222    SUBROUTINE compute_fabm() 
     255   SUBROUTINE compute_fabm( kt ) 
     256      INTEGER, INTENT(in) :: kt   ! ocean time-step index 
     257 
    223258      INTEGER :: ji,jj,jk,jn 
    224       TYPE(type_state) :: valid_state 
     259      LOGICAL :: valid, repaired 
    225260      REAL(wp) :: zalfg,zztmpx,zztmpy 
    226261 
    227262      ! Validate current model state (setting argument to .TRUE. enables repair=clipping) 
    228       valid_state = check_state(.TRUE.) 
    229       IF (.NOT.valid_state%valid) THEN 
     263      CALL check_state(.TRUE., valid, repaired) 
     264      IF (.NOT. valid) THEN 
    230265         WRITE(numout,*) "Invalid value in FABM encountered in area ",narea,"!!!" 
    231266#if defined key_iomput 
     
    240275#endif 
    241276      END IF 
    242       IF (valid_state%repaired) THEN 
     277      IF (repaired) THEN 
    243278         WRITE(numout,*) "Total interior repairs up to now on process",narea,":",repair_interior_count 
    244279         WRITE(numout,*) "Total surface repairs up to now on process",narea,":",repair_surface_count 
     
    246281      ENDIF 
    247282 
     283      daynumber_in_year=(fjulday-fjulstartyear+1)*1._wp 
     284 
    248285      ! Compute the now hydrostatic pressure 
    249286      ! copied from istate.F90 
    250287      ! ------------------------------------ 
    251288 
    252       zalfg = 0.5e-4 * grav ! FABM wants dbar, convert from Pa 
    253  
    254       rho = rau0 * ( 1. + rhd ) 
    255  
    256       prn(:,:,1) = 10.1325 + zalfg * fse3t(:,:,1) * rho(:,:,1) 
    257  
    258       daynumber_in_year=(fjulday-fjulstartyear+1)*1._wp 
    259  
    260       DO jk = 2, jpk                                              ! Vertical integration from the surface 
    261          prn(:,:,jk) = prn(:,:,jk-1) + zalfg * ( & 
    262                      fse3t(:,:,jk-1) * rho(:,:,jk-1)  & 
    263                      + fse3t(:,:,jk) * rho(:,:,jk) ) 
    264       END DO 
    265  
    266       ! Bottom stress 
    267       taubot(:,:) = 0._wp 
    268       DO jj = 2, jpjm1 
    269          DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
    270                zztmpx = (  bfrua(ji  ,jj) * un(ji  ,jj,mbku(ji  ,jj))  & 
    271                       &  + bfrua(ji-1,jj) * un(ji-1,jj,mbku(ji-1,jj))  ) 
    272                zztmpy = (  bfrva(ji,  jj) * vn(ji,jj  ,mbkv(ji,jj  ))  & 
    273                       &  + bfrva(ji,jj-1) * vn(ji,jj-1,mbkv(ji,jj-1))  ) 
    274                taubot(ji,jj) = 0.5_wp * rau0 * SQRT( zztmpx * zztmpx + zztmpy * zztmpy ) * tmask(ji,jj,1) 
    275                ! 
     289      IF (ALLOCATED(rho)) rho = rau0 * ( 1._wp + rhd ) 
     290 
     291      IF (ALLOCATED(prn)) THEN 
     292         zalfg = 0.5e-4_wp * grav ! FABM wants dbar, convert from Pa (and multiply with 0.5 to average 2 cell thicknesses below) 
     293         prn(:,:,1) = 10.1325_wp + zalfg * fse3t(:,:,1) * rho(:,:,1) 
     294         DO jk = 2, jpkm1                                              ! Vertical integration from the surface 
     295            prn(:,:,jk) = prn(:,:,jk-1) + zalfg * ( & 
     296                        fse3t(:,:,jk-1) * rho(:,:,jk-1)  & 
     297                        + fse3t(:,:,jk) * rho(:,:,jk) ) 
     298         END DO 
     299      END IF 
     300 
     301      ! Compute the bottom stress 
     302      ! copied from diawri.F90 
     303      ! ------------------------------------ 
     304 
     305      IF (ALLOCATED(taubot)) THEN 
     306         taubot(:,:) = 0._wp 
     307         DO jj = 2, jpjm1 
     308            DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     309                  zztmpx = (  bfrua(ji  ,jj) * un(ji  ,jj,mbku(ji  ,jj))  & 
     310                        &  + bfrua(ji-1,jj) * un(ji-1,jj,mbku(ji-1,jj))  ) 
     311                  zztmpy = (  bfrva(ji,  jj) * vn(ji,jj  ,mbkv(ji,jj  ))  & 
     312                        &  + bfrva(ji,jj-1) * vn(ji,jj-1,mbkv(ji,jj-1))  ) 
     313                  taubot(ji,jj) = 0.5_wp * rau0 * SQRT( zztmpx * zztmpx + zztmpy * zztmpy ) * tmask(ji,jj,1) 
     314                  ! 
     315            ENDDO 
    276316         ENDDO 
    277       ENDDO 
     317      ENDIF 
     318 
    278319      ! Compute light extinction 
    279320      DO jk=1,jpk 
     
    296337 
    297338      ! Compute interfacial source terms and fluxes 
    298       DO jj=1,jpj 
    299          ! Process bottom (fabm_do_bottom increments rather than sets, so zero flux array first) 
     339      DO jj=2,jpjm1 
     340         ! Process bottom (get_bottom_sources increments rather than sets, so zero flux array first) 
    300341         flux = 0._wp 
    301          CALL fabm_do_bottom(model,1,jpi,jj,flux,fabm_st2Da(:,jj,jp_fabm_surface+1:)) 
     342         CALL model%get_bottom_sources(fs_2,fs_jpim1,jj,flux,fabm_st2Da(fs_2:fs_jpim1,jj,jp_fabm_surface+1:)) 
    302343         DO jn=1,jp_fabm 
    303              DO ji=1,jpi 
    304                  ! Divide bottom fluxes by height of bottom layer and add to source terms. 
    305                  ! TODO: is there perhaps an existing variable for fse3t(ji,jj,mbkt(ji,jj))?? 
    306                  tra(ji,jj,mbkt(ji,jj),jp_fabm_m1+jn) = tra(ji,jj,mbkt(ji,jj),jp_fabm_m1+jn) + flux(ji,jn)/fse3t(ji,jj,mbkt(ji,jj)) 
    307              END DO 
    308          END DO 
    309  
    310          ! Process surface (fabm_do_surface increments rather than sets, so zero flux array first) 
     344            ! Divide bottom fluxes by height of bottom layer and add to source terms. 
     345            DO ji=fs_2,fs_jpim1 
     346               tra(ji,jj,mbkt(ji,jj),jp_fabm_m1+jn) = tra(ji,jj,mbkt(ji,jj),jp_fabm_m1+jn) + flux(ji,jn)/fse3t(ji,jj,mbkt(ji,jj)) 
     347            END DO 
     348         END DO 
     349 
     350         ! Process surface (get_surface_sources increments rather than sets, so zero flux array first) 
    311351         flux = 0._wp 
    312352         CALL fabm_do_surface(model,1,jpi,jj,flux,fabm_st2Da(:,jj,1:jp_fabm_surface)) 
    313353         DO jn=1,jp_fabm 
    314              ! Divide surface fluxes by height of surface layer and add to source terms. 
    315              tra(:,jj,1,jp_fabm_m1+jn) = tra(:,jj,1,jp_fabm_m1+jn) + flux(:,jn)/fse3t(:,jj,1) 
    316          END DO 
    317       END DO 
    318  
    319       ! Compute interior source terms (NB fabm_do increments rather than sets) 
    320       DO jk=1,jpk 
    321           DO jj=1,jpj 
    322               CALL fabm_do(model,1,jpi,jj,jk,tra(:,jj,jk,jp_fabm0:jp_fabm1)) 
    323           END DO 
    324       END DO 
     354            DO ji=fs_2,fs_jpim1 
     355               tra(ji,jj,1,jp_fabm_m1+jn) = tra(ji,jj,1,jp_fabm_m1+jn) + flux(ji,jn)/fse3t(ji,jj,1) 
     356            END DO 
     357         END DO 
     358      END DO 
     359 
     360      ! Compute interior source terms (NB get_interior_sources increments rather than sets) 
     361      DO jk=1,jpkm1 
     362         DO jj=2,jpjm1 
     363            CALL model%get_interior_sources(fs_2,fs_jpim1,jj,jk,tra(fs_2:fs_jpim1,jj,jk,jp_fabm0:jp_fabm1)) 
     364         END DO 
     365      END DO 
     366 
     367      CALL model%finalize_outputs() 
    325368   END SUBROUTINE compute_fabm 
    326369 
    327    FUNCTION check_state(repair) RESULT(exit_state) 
    328       LOGICAL, INTENT(IN) :: repair 
    329       TYPE(type_state) :: exit_state 
    330  
    331       INTEGER             :: jj,jk 
    332       LOGICAL             :: valid_int,valid_sf,valid_bt 
    333  
    334       exit_state%valid = .TRUE. 
    335       exit_state%repaired =.FALSE. 
    336       DO jk=1,jpk 
    337          DO jj=1,jpj 
    338             CALL fabm_check_state(model,1,jpi,jj,jk,repair,valid_int) 
    339             IF (repair.AND..NOT.valid_int) THEN 
     370   SUBROUTINE check_state(repair, valid, repaired) 
     371      LOGICAL, INTENT(IN)  :: repair 
     372      LOGICAL, INTENT(OUT) :: valid, repaired 
     373 
     374      INTEGER :: jj, jk 
     375      LOGICAL :: valid_int, valid_sf, valid_bt 
     376 
     377      valid = .TRUE.     ! Whether the model state is valid after this subroutine returns 
     378      repaired = .FALSE. ! Whether the model state has been repaired by this subroutine 
     379      DO jk=1,jpkm1 
     380         DO jj=2,jpjm1 
     381            CALL model%check_interior_state(fs_2, fs_jpim1, jj, jk, repair, valid_int) 
     382            IF (repair .AND. .NOT. valid_int) THEN 
    340383               repair_interior_count = repair_interior_count + 1 
    341                exit_state%repaired = .TRUE. 
     384               repaired = .TRUE. 
    342385            END IF 
    343             IF (.NOT.(valid_int.OR.repair)) exit_state%valid = .FALSE. 
    344          END DO 
    345       END DO 
    346       DO jj=1,jpj 
    347          CALL fabm_check_surface_state(model,1,jpi,jj,repair,valid_sf) 
    348          IF (repair.AND..NOT.valid_sf) THEN 
     386            IF (.NOT. (valid_int .OR. repair)) valid = .FALSE. 
     387         END DO 
     388      END DO 
     389      DO jj=2,jpjm1 
     390         CALL model%check_surface_state(fs_2, fs_jpim1, jj, repair, valid_sf) 
     391         IF (repair .AND. .NOT. valid_sf) THEN 
    349392            repair_surface_count = repair_surface_count + 1 
    350             exit_state%repaired = .TRUE. 
     393            repaired = .TRUE. 
    351394         END IF 
    352          IF (.NOT.(valid_sf.AND.valid_bt).AND..NOT.repair) exit_state%valid = .FALSE. 
    353          CALL fabm_check_bottom_state(model,1,jpi,jj,repair,valid_bt) 
    354          IF (repair.AND..NOT.valid_bt) THEN 
     395         IF (.NOT. (valid_sf .AND. valid_bt) .AND. .NOT. repair) valid = .FALSE. 
     396         CALL model%check_bottom_state(fs_2, fs_jpim1, jj, repair, valid_bt) 
     397         IF (repair .AND. .NOT. valid_bt) THEN 
    355398            repair_bottom_count = repair_bottom_count + 1 
    356             exit_state%repaired = .TRUE. 
     399            repaired = .TRUE. 
    357400         END IF 
    358          IF (.NOT.(valid_sf.AND.valid_bt).AND..NOT.repair) exit_state%valid = .FALSE. 
    359       END DO 
    360    END FUNCTION 
     401         IF (.NOT. (valid_sf .AND. valid_bt) .AND. .NOT. repair) valid = .FALSE. 
     402      END DO 
     403   END SUBROUTINE 
    361404 
    362405   SUBROUTINE trc_sms_fabm_check_mass() 
    363406      REAL(wp) :: total(SIZE(model%conserved_quantities)) 
    364       INTEGER :: jk,jj,jn 
     407      INTEGER :: ji,jk,jj,jn 
    365408 
    366409      total = 0._wp 
    367410 
    368       DO jk=1,jpk 
    369          DO jj=1,jpj 
    370             CALL fabm_get_conserved_quantities(model,1,jpi,jj,jk,current_total) 
     411      IF (.NOT. started) CALL nemo_fabm_start 
     412 
     413      DO jk=1,jpkm1 
     414         DO jj=2,jpjm1 
     415            CALL model%get_interior_conserved_quantities(fs_2,fs_jpim1,jj,jk,current_total) 
    371416            DO jn=1,SIZE(model%conserved_quantities) 
    372                total(jn) = total(jn) + SUM(cvol(:,jj,jk)*current_total(:,jn)*tmask_i(:,jj)) 
     417               DO ji=fs_2,fs_jpim1 
     418                  total(jn) = total(jn) + cvol(ji,jj,jk) * current_total(ji,jn) * tmask_i(ji,jj) 
     419               END DO 
    373420            END DO 
    374421         END DO 
    375422      END DO 
    376423 
    377       DO jj=1,jpj 
    378          CALL fabm_get_horizontal_conserved_quantities(model,1,jpi,jj,current_total) 
     424      DO jj=2,jpjm1 
     425         CALL model%get_horizontal_conserved_quantities(fs_2,fs_jpim1,jj,current_total) 
    379426         DO jn=1,SIZE(model%conserved_quantities) 
    380             total(jn) = total(jn) + SUM(e1e2t(:,jj)*current_total(:,jn)*tmask_i(:,jj)) 
     427            DO ji=fs_2,fs_jpim1 
     428               total(jn) = total(jn) + e1e2t(ji,jj) * current_total(ji,jn) * tmask_i(ji,jj) 
     429            END DO 
    381430         END DO 
    382431      END DO 
     
    434483 
    435484   INTEGER FUNCTION trc_sms_fabm_alloc() 
    436       INTEGER :: jj,jk,jn 
     485      INTEGER :: jn 
    437486      !!---------------------------------------------------------------------- 
    438487      !!              ***  ROUTINE trc_sms_fabm_alloc  *** 
     
    441490      ! ALLOCATE here the arrays specific to FABM 
    442491      ALLOCATE( lk_rad_fabm(jp_fabm)) 
    443       ALLOCATE( prn(jpi, jpj, jpk)) 
    444       ALLOCATE( rho(jpi, jpj, jpk)) 
    445       ALLOCATE( taubot(jpi, jpj)) 
     492      IF (model%variable_needs_values(fabm_standard_variables%pressure)) ALLOCATE(prn(jpi, jpj, jpk)) 
     493      IF (ALLOCATED(prn) .or. model%variable_needs_values(fabm_standard_variables%density)) ALLOCATE(rho(jpi, jpj, jpk)) 
     494      IF (model%variable_needs_values(fabm_standard_variables%bottom_stress)) ALLOCATE(taubot(jpi, jpj)) 
    446495      ! ALLOCATE( tab(...) , STAT=trc_sms_fabm_alloc ) 
    447496 
     
    452501 
    453502      ! Work array to hold surface and bottom fluxes 
    454       ALLOCATE(flux(jpi,jp_fabm)) 
    455  
    456       ! Work array to hold extinction coefficients 
    457       ALLOCATE(ext(jpi)) 
    458       ext=0._wp 
     503      ALLOCATE(flux(fs_2:fs_jpim1,jp_fabm)) 
    459504 
    460505      ! Allocate work arrays for vertical movement 
    461       ALLOCATE(w_ct(jpi,jpk,jp_fabm)) 
    462       ALLOCATE(w_if(jpk,jp_fabm)) 
    463       ALLOCATE(zwgt_if(jpk,jp_fabm)) 
    464       ALLOCATE(flux_if(jpk,jp_fabm)) 
    465       ALLOCATE(current_total(jpi,SIZE(model%conserved_quantities))) 
     506      ALLOCATE(w_ct(fs_2:fs_jpim1,1:jpkm1,jp_fabm)) 
     507      ALLOCATE(current_total(fs_2:fs_jpim1,SIZE(model%conserved_quantities))) 
    466508#if defined key_trdtrc && defined key_iomput 
    467509      IF( lk_trdtrc ) ALLOCATE(tr_vmv(jpi,jpj,jpk,jp_fabm)) 
     
    474516      ! 
    475517 
    476       ! Make FABM aware of diagnostics that are not needed [not included in output] 
    477       DO jn=1,size(model%diagnostic_variables) 
    478           !model%diagnostic_variables(jn)%save = iom_use(model%diagnostic_variables(jn)%name) 
    479       END DO 
    480       DO jn=1,size(model%horizontal_diagnostic_variables) 
    481           !model%horizontal_diagnostic_variables(jn)%save = iom_use(model%horizontal_diagnostic_variables(jn)%name) 
    482       END DO 
    483  
    484       ! Provide FABM with domain extents [after this, the save attribute of diagnostic variables can no longe change!] 
    485       call fabm_set_domain(model,jpi, jpj, jpk) 
    486  
    487       ! Provide FABM with the vertical indices of the surface and bottom, and the land-sea mask. 
    488       call model%set_bottom_index(mbkt)  ! NB mbkt extents should match dimension lengths provided to fabm_set_domain 
    489       call model%set_surface_index(1) 
    490       call fabm_set_mask(model,tmask,tmask(:,:,1)) ! NB tmask extents should match dimension lengths provided to fabm_set_domain 
    491  
    492       ! Send pointers to state data to FABM 
    493       do jn=1,jp_fabm 
    494          call fabm_link_bulk_state_data(model,jn,trn(:,:,:,jp_fabm_m1+jn)) 
    495       end do 
     518      ! Provide FABM with domain extents 
     519      CALL model%set_domain(jpi, jpj, jpk, rdt) 
     520      CALL model%set_domain_start(fs_2, 2, 1) 
     521      CALL model%set_domain_stop(fs_jpim1, jpjm1, jpkm1) 
     522 
     523      ! Provide FABM with the vertical indices of the bottom, and the land-sea mask. 
     524      CALL model%set_bottom_index(mbkt)  ! NB mbkt extents should match dimension lengths provided to set_domain 
     525      CALL model%set_mask(tmask,tmask(:,:,1)) ! NB tmask extents should match dimension lengths provided to set_domain 
     526 
     527      ! Initialize state and send pointers to state data to FABM 
     528      ! We mask land points in states with zeros, as per with NEMO "convention" 
     529      ! NB we cannot call model%initialize_*_state at this point, because model%start has not been called yet. 
     530      DO jn=1,jp_fabm 
     531         trn(:,:,:,jp_fabm_m1+jn) = model%interior_state_variables(jn)%initial_value * tmask 
     532         CALL model%link_interior_state_data(jn,trn(:,:,:,jp_fabm_m1+jn)) 
     533      END DO 
    496534      DO jn=1,jp_fabm_surface 
    497          CALL fabm_link_surface_state_data(model,jn,fabm_st2Dn(:,:,jn)) 
     535         fabm_st2Dn(:,:,jn) = model%surface_state_variables(jn)%initial_value * tmask(:,:,1) 
     536         CALL model%link_surface_state_data(jn,fabm_st2Dn(:,:,jn)) 
    498537      END DO 
    499538      DO jn=1,jp_fabm_bottom 
    500          CALL fabm_link_bottom_state_data(model,jn,fabm_st2Dn(:,:,jp_fabm_surface+jn)) 
     539         fabm_st2Dn(:,:,jp_fabm_surface+jn) = model%bottom_state_variables(jn)%initial_value * tmask(:,:,1) 
     540         CALL model%link_bottom_state_data(jn,fabm_st2Dn(:,:,jp_fabm_surface+jn)) 
    501541      END DO 
    502542 
    503543      ! Send pointers to environmental data to FABM 
    504       call fabm_link_bulk_data(model,standard_variables%temperature,tsn(:,:,:,jp_tem)) 
    505       call fabm_link_bulk_data(model,standard_variables%practical_salinity,tsn(:,:,:,jp_sal)) 
    506       call fabm_link_bulk_data(model,standard_variables%density,rho(:,:,:)) 
    507       call fabm_link_bulk_data(model,standard_variables%pressure,prn) 
    508       call fabm_link_horizontal_data(model,standard_variables%bottom_stress,taubot(:,:)) 
    509       ! correct target for cell thickness depends on NEMO configuration: 
    510 #ifdef key_vvl 
    511       call fabm_link_bulk_data(model,standard_variables%cell_thickness,e3t_n) 
    512 #else 
    513       call fabm_link_bulk_data(model,standard_variables%cell_thickness,e3t_0) 
    514 #endif 
    515       call fabm_link_horizontal_data(model,standard_variables%latitude,gphit) 
    516       call fabm_link_horizontal_data(model,standard_variables%longitude,glamt) 
    517       call fabm_link_scalar_data(model,standard_variables%number_of_days_since_start_of_the_year,daynumber_in_year) 
    518       call fabm_link_horizontal_data(model,standard_variables%wind_speed,wndm(:,:)) 
    519       call fabm_link_horizontal_data(model,standard_variables%surface_downwelling_shortwave_flux,qsr(:,:)) 
    520       call fabm_link_horizontal_data(model,standard_variables%bottom_depth_below_geoid,bathy(:,:)) 
    521  
    522       swr_id = model%get_bulk_variable_id(standard_variables%downwelling_shortwave_flux) 
     544      CALL model%link_interior_data(fabm_standard_variables%depth, fsdept(:,:,:)) 
     545      CALL model%link_interior_data(fabm_standard_variables%temperature, tsn(:,:,:,jp_tem)) 
     546      CALL model%link_interior_data(fabm_standard_variables%practical_salinity, tsn(:,:,:,jp_sal)) 
     547      IF (ALLOCATED(rho)) CALL model%link_interior_data(fabm_standard_variables%density, rho(:,:,:)) 
     548      IF (ALLOCATED(prn)) CALL model%link_interior_data(fabm_standard_variables%pressure, prn) 
     549      IF (ALLOCATED(taubot)) CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%bottom_stress, taubot(:,:)) 
     550      CALL model%link_interior_data(fabm_standard_variables%cell_thickness, fse3t(:,:,:)) 
     551      CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%latitude, gphit) 
     552      CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%longitude, glamt) 
     553      CALL model%link_scalar(fabm_standard_variables%number_of_days_since_start_of_the_year, daynumber_in_year) 
     554      CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%wind_speed, wndm(:,:)) 
     555      CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%surface_downwelling_shortwave_flux, qsr(:,:)) 
     556      CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%bottom_depth_below_geoid, bathy(:,:)) 
     557      CALL model%link_horizontal_data(fabm_standard_variables%ice_area_fraction, fr_i(:,:)) 
    523558 
    524559      ! Obtain user-specified input variables (read from NetCDF file) 
    525       call link_inputs 
    526       call update_inputs( nit000, .false. ) 
    527  
    528       ! Check whether FABM has all required data 
    529       call fabm_check_ready(model) 
    530  
    531       ! Initialize state 
    532       DO jj=1,jpj 
    533          CALL fabm_initialize_surface_state(model,1,jpi,jj) 
    534          CALL fabm_initialize_bottom_state(model,1,jpi,jj) 
    535       END DO 
    536       DO jk=1,jpk 
    537          DO jj=1,jpj 
    538             CALL fabm_initialize_state(model,1,jpi,jj,jk) 
    539          END DO 
    540       END DO 
     560      CALL link_inputs 
     561      CALL update_inputs(nit000, .FALSE.) 
    541562 
    542563      ! Set mask for negativity corrections to the relevant states 
    543       lk_rad_fabm = .FALSE. 
     564      lk_rad_fabm(:) = .FALSE. 
    544565      DO jn=1,jp_fabm 
    545         IF (model%state_variables(jn)%minimum.ge.0) THEN 
    546           lk_rad_fabm(jn)=.TRUE. 
    547           IF(lwp) WRITE(numout,*) 'FABM clipping for '//TRIM(model%state_variables(jn)%name)//' activated.' 
     566        IF (model%interior_state_variables(jn)%minimum >= 0._wp) THEN 
     567          lk_rad_fabm(jn) = .TRUE. 
     568          IF(lwp) WRITE(numout,*) 'FABM clipping for '//TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name)//' activated.' 
    548569        END IF 
    549570      END DO 
     
    573594   END FUNCTION trc_sms_fabm_alloc 
    574595 
     596   SUBROUTINE nemo_fabm_start() 
     597      INTEGER :: jn 
     598 
     599      ! Make FABM aware of diagnostics that are not needed [not included in output] 
     600      ! This works only after iom has completely initialised, because it depends on iom_use 
     601      DO jn=1,size(model%interior_diagnostic_variables) 
     602         model%interior_diagnostic_variables(jn)%save = iom_use(model%interior_diagnostic_variables(jn)%name) & 
     603            .or. iom_use(TRIM(model%interior_diagnostic_variables(jn)%name)//'_VINT') 
     604      END DO 
     605      DO jn=1,size(model%horizontal_diagnostic_variables) 
     606         model%horizontal_diagnostic_variables(jn)%save = iom_use(model%horizontal_diagnostic_variables(jn)%name) 
     607      END DO 
     608 
     609      ! Check whether FABM has all required data 
     610      ! [after this, the save attribute of diagnostic variables can no longer change!] 
     611      CALL model%start() 
     612 
     613      started = .TRUE. 
     614   END SUBROUTINE 
     615 
    575616#else 
    576617   !!---------------------------------------------------------------------- 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/trcwri_fabm.F90

    r10270 r15480  
    44   !!    fabm :   Output of FABM tracers 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   1.0  !  2009-05 (C. Ethe)  Original code 
     6   !! History :   1.0  !  2015-04  (PML) Original code 
     7   !! History :   1.1  !  2020-06  (PML) Update to FABM 1.0, improved performance 
    78   !!---------------------------------------------------------------------- 
    89#if defined key_top && key_fabm && defined key_iomput 
     
    1819   USE par_fabm 
    1920   USE st2d_fabm 
    20    USE fabm, only: fabm_get_bulk_diagnostic_data, fabm_get_horizontal_diagnostic_data 
     21   USE,INTRINSIC :: iso_fortran_env, only: output_unit 
    2122 
    2223   IMPLICIT NONE 
     
    3132       MODULE PROCEDURE wri_fabm,wri_fabm_fl 
    3233   END INTERFACE trc_wri_fabm 
    33  
    3434 
    3535   PUBLIC trc_wri_fabm  
     
    5858! depth integrated 
    5959! for strict budgetting write this out at end of timestep as an average between 'now' and 'after' at kt 
    60       DO jn = 1, jp_fabm1 
    61         IF(ln_trdtrc (jn))THEN 
    62          trpool(:,:,:) = 0.5 * ( trn(:,:,:,jp_fabm0+jn-1)*fse3t_a(:,:,:) + & 
     60      DO jn = 1, jp_fabm 
     61        IF(ln_trdtrc (jp_fabm_m1+jn))THEN 
     62         trpool(:,:,:) = 0.5 * ( trn(:,:,:,jp_fabm_m1+jn)*fse3t_a(:,:,:) + & 
    6363                             tr_temp(:,:,:,jn)*fse3t(:,:,:) ) 
    64          cltra = TRIM( model%state_variables(jn)%name )//"_e3t"     ! depth integrated output 
    65          IF( kt == nittrc000 ) write(6,*)'output pool ',cltra 
     64         cltra = TRIM( model%interior_state_variables(jn)%name )//"_e3t"     ! depth integrated output 
     65         IF( kt == nittrc000 ) write(output_unit,*)'output pool ',cltra 
    6666         CALL iom_put( cltra, trpool) 
    6767        ENDIF 
     
    8080      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8181      INTEGER, INTENT( in )               :: kt 
    82       INTEGER              :: jn 
     82      INTEGER              :: jn, jk 
     83      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)    :: vint 
    8384 
    8485#if defined key_tracer_budget 
     
    9091#endif 
    9192      DO jn = 1, jp_fabm 
    92          CALL iom_put( model%state_variables(jn)%name, trn(:,:,:,jp_fabm0+jn-1) ) 
     93         ! Save 3D field 
     94         CALL iom_put(model%interior_state_variables(jn)%name, trn(:,:,:,jp_fabm_m1+jn)) 
     95 
     96         ! Save depth integral if selected for output in XIOS 
     97         IF (iom_use(TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name)//'_VINT')) THEN 
     98            vint = 0._wp 
     99            DO jk = 1, jpkm1 
     100               vint = vint + trn(:,:,jk,jp_fabm_m1+jn) * fse3t(:,:,jk) * tmask(:,:,jk) 
     101            END DO 
     102            CALL iom_put(TRIM(model%interior_state_variables(jn)%name)//'_VINT', vint) 
     103         END IF 
    93104      END DO 
    94105      DO jn = 1, jp_fabm_surface 
     
    121132   !!  Dummy module :                                     No passive tracer 
    122133   !!---------------------------------------------------------------------- 
     134   INTERFACE trc_wri_fabm 
     135       MODULE PROCEDURE wri_fabm,wri_fabm_fl 
     136   END INTERFACE trc_wri_fabm 
     137 
    123138   PUBLIC trc_wri_fabm 
    124 CONTAINS 
    125    SUBROUTINE trc_wri_fabm                     ! Empty routine   
    126    END SUBROUTINE trc_wri_fabm 
     139 
     140   CONTAINS 
     141 
     142   SUBROUTINE wri_fabm_fl(kt,fl) 
     143      INTEGER, INTENT( in )               :: fl 
     144      INTEGER, INTENT( in )               :: kt 
     145   END SUBROUTINE wri_fabm_fl 
     146 
     147   SUBROUTINE wri_fabm(kt)                 ! Empty routine   
     148      INTEGER, INTENT( in )               :: kt 
     149   END SUBROUTINE wri_fabm 
     150 
    127151#endif 
    128152 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/FABM/vertical_movement_fabm.F90

    r10156 r15480  
    2525 
    2626#  include "domzgr_substitute.h90" 
     27#  include "vectopt_loop_substitute.h90" 
    2728 
    2829   PRIVATE 
     
    4142   CONTAINS 
    4243 
    43    SUBROUTINE compute_vertical_movement( kt ) 
     44   SUBROUTINE compute_vertical_movement( kt, method ) 
    4445      !!---------------------------------------------------------------------- 
    4546      !!                     ***  compute_vertical_movement  *** 
    4647      !! 
    47       !! ** Purpose :   compute vertical movement of FABM tracers 
     48      !! ** Purpose : compute vertical movement of FABM tracers through the water 
     49      !!              (sinking/floating/active movement) 
    4850      !! 
    49       !! ** Method  : Sets additional vertical velocity field and computes 
    50       !!              resulting advection using a conservative 3rd upwind 
    51       !!              scheme with QUICKEST TVD limiter, based on GOTM 
    52       !!              module adv_center.F90 (www.gotm.net). Currently assuming 
    53       !!              zero flux at sea surface and sea floor. 
     51      !! ** Method  : Retrieves additional vertical velocity field and applies 
     52      !!              advection scheme. 
    5453      !!---------------------------------------------------------------------- 
    5554      ! 
    56       INTEGER, INTENT(in) ::   kt   ! ocean time-step index 
    57       INTEGER :: ji,jj,jk,jn,k_floor,n_iter,n_count 
    58       INTEGER,PARAMETER :: n_itermax=100 
    59       REAL(wp) :: cmax_no,z2dt 
    60       REAL(wp),DIMENSION(jpk) :: tr_it,tr_u,tr_d,tr_c,tr_slope,c_no,flux_lim 
    61       REAL(wp),DIMENSION(jpk) :: phi_lim,x_fac 
     55      INTEGER, INTENT(in) ::   kt     ! ocean time-step index 
     56      INTEGER, INTENT(in) ::   method ! advection method (1: 1st order upstream, 3: 3rd order TVD with QUICKEST limiter) 
     57 
     58      INTEGER :: ji,jj,jk,jn,k_floor 
     59      REAL(wp) :: zwgt_if(1:jpkm1-1), dc(1:jpkm1), w_if(1:jpkm1-1), z2dt, h(1:jpkm1) 
    6260#if defined key_trdtrc 
    6361      CHARACTER (len=20) :: cltra 
     
    6967 
    7068      IF( neuler == 0 .AND. kt == nittrc000 ) THEN 
    71           z2dt = rdt                  ! set time step size (Euler) 
     69         z2dt = rdt                  ! set time step size (Euler) 
    7270      ELSE 
    73           z2dt = 2._wp * rdt          ! set time step size (Leapfrog) 
     71         z2dt = 2._wp * rdt          ! set time step size (Leapfrog) 
    7472      ENDIF 
     73 
    7574      ! Compute interior vertical velocities and include them in source array. 
    76       DO jj=1,jpj ! j-loop 
    77          ! Get vertical velocities at layer centres (entire 1:jpi,1:jpk slice). 
    78          DO jk=1,jpk 
    79             CALL fabm_get_vertical_movement(model,1,jpi,jj,jk,w_ct(:,jk,:)) 
     75      DO jj=2,jpjm1 ! j-loop 
     76         ! Get vertical velocities at layer centres (entire i-k slice). 
     77         DO jk=1,jpkm1 
     78            CALL model%get_vertical_movement(fs_2,fs_jpim1,jj,jk,w_ct(:,jk,:)) 
    8079         END DO 
    81  
    82          DO ji=1,jpi ! i-loop 
     80         DO ji=fs_2,fs_jpim1 ! i-loop 
    8381            ! Only process this horizontal point (ji,jj) if number of layers exceeds 1 
    84             IF (mbkt(ji,jj)>1) THEN ! Level check 
    85                k_floor=mbkt(ji,jj) 
     82            k_floor = mbkt(ji,jj) 
     83            IF (k_floor > 1) THEN 
    8684               ! Linearly interpolate to velocities at the interfaces between layers 
    8785               ! Note: 
    88                !    - interface k sits between cell centre k and k-1, 
    89                !    - k [1,jpk] increases downwards 
     86               !    - interface k sits between cell centre k and k+1 (k=0 for surface) 
     87               !    - k [1,jpkm1] increases downwards 
    9088               !    - upward velocity is positive, downward velocity is negative 
    91                zwgt_if(1,:)=0._wp ! surface 
    92                w_if(1,:)=0._wp ! surface 
    93                zwgt_if(2:k_floor,:)=spread(& 
    94                    fse3t(ji,jj,2:k_floor)/ (fse3t(ji,jj,1:k_floor-1)+fse3t(ji,jj,2:k_floor))& 
    95                    ,2,jp_fabm) 
    96                w_if(2:k_floor,:) = zwgt_if(2:k_floor,:)*w_ct(ji,1:k_floor-1,:)& 
    97                   +(1._wp-zwgt_if(1:k_floor-1,:))*w_ct(ji,2:k_floor,:) 
    98                zwgt_if(k_floor+1:,:)=0._wp ! sea floor and below 
    99                w_if(k_floor+1:,:)=0._wp ! sea floor and below 
     89               h(1:k_floor) = fse3t(ji,jj,1:k_floor) 
     90               zwgt_if(1:k_floor-1) = h(2:k_floor) / (h(1:k_floor-1) + h(2:k_floor)) 
    10091 
    10192               ! Advect: 
    10293               DO jn=1,jp_fabm ! State loop 
    103                   ! get maximum Courant number: 
    104                   c_no(2:k_floor)=abs(w_if(2:k_floor,jn))*z2dt/ & 
    105                                 ( 0.5_wp*(fse3t(ji,jj,2:k_floor) + & 
    106                                 fse3t(ji,ji,1:k_floor-1)) ) 
    107                   cmax_no=MAXVAL(c_no(2:k_floor)) 
    108  
    109                   ! number of iterations: 
    110                   n_iter=min(n_itermax,int(cmax_no)+1) 
    111                   IF (ln_ctl.AND.(n_iter .gt. 1)) THEN 
    112                       WRITE(numout,*) 'vertical_movement_fabm():' 
    113                       WRITE(numout,*) '   Maximum Courant number is ',cmax_no,'.' 
    114                       WRITE(numout,*) '   ',n_iter,' iterations used for vertical advection.' 
    115                   ENDIF 
    116  
    117                   ! effective Courant number: 
    118                   c_no=c_no/n_iter 
    119  
    120                   tr_it(1:k_floor)=trb(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn) 
    121                   DO n_count=1,n_iter ! Iterative loop 
    122                      !Compute slope ratio 
    123                      IF (k_floor.gt.2) THEN !More than 2 vertical wet points 
    124                         IF (k_floor.gt.3) THEN 
    125                           WHERE (w_if(3:k_floor-1,jn).ge.0._wp) !upward movement 
    126                            tr_u(3:k_floor-1)=tr_it(4:k_floor) 
    127                            tr_c(3:k_floor-1)=tr_it(3:k_floor-1) 
    128                            tr_d(3:k_floor-1)=tr_it(2:k_floor-2) 
    129                           ELSEWHERE !downward movement 
    130                            tr_u(3:k_floor-1)=tr_it(1:k_floor-3) 
    131                            tr_c(3:k_floor-1)=tr_it(2:k_floor-2) 
    132                            tr_d(3:k_floor-1)=tr_it(3:k_floor-1) 
    133                           ENDWHERE 
    134                         ENDIF 
    135                         IF (w_if(2,jn).ge.0._wp) THEN 
    136                            tr_u(2)=tr_it(3) 
    137                            tr_c(2)=tr_it(2) 
    138                            tr_d(2)=tr_it(1) 
    139                         ELSE 
    140                            tr_u(2)=tr_it(1) 
    141                            tr_c(2)=tr_it(1) 
    142                            tr_d(2)=tr_it(2) 
    143                         ENDIF 
    144                         IF (w_if(k_floor,jn).ge.0._wp) THEN 
    145                            tr_u(k_floor)=tr_it(k_floor) 
    146                            tr_c(k_floor)=tr_it(k_floor) 
    147                            tr_d(k_floor)=tr_it(k_floor-1) 
    148                         ELSE 
    149                            tr_u(k_floor)=tr_it(k_floor-2) 
    150                            tr_c(k_floor)=tr_it(k_floor-1) 
    151                            tr_d(k_floor)=tr_it(k_floor) 
    152                         ENDIF 
    153                      ELSE !only 2 vertical wet points, i.e. only 1 interface 
    154                         IF (w_if(k_floor,jn).ge.0._wp) THEN 
    155                            tr_u(2)=tr_it(2) 
    156                            tr_c(2)=tr_it(2) 
    157                            tr_d(2)=tr_it(1) 
    158                         ELSE 
    159                            tr_u(2)=tr_it(1) 
    160                            tr_c(2)=tr_it(1) 
    161                            tr_d(2)=tr_it(2) 
    162                         ENDIF 
    163                      ENDIF 
    164                      WHERE (abs(tr_d(2:k_floor)-tr_c(2:k_floor)).gt.1.e-10_wp) 
    165                         tr_slope(2:k_floor)= & 
    166                            (tr_c(2:k_floor)-tr_u(2:k_floor))/ & 
    167                            (tr_d(2:k_floor)-tr_c(2:k_floor)) 
    168                      ELSEWHERE 
    169                         tr_slope(2:k_floor)=SIGN(1._wp,w_if(2:k_floor,jn))* & 
    170                               (tr_c(2:k_floor)-tr_u(2:k_floor))*1.e10_wp 
    171                      ENDWHERE 
    172  
    173                      !QUICKEST flux limiter: 
    174                      x_fac(2:k_floor)=(1._wp-2._wp*c_no(2:k_floor))/6._wp 
    175                      phi_lim(2:k_floor)=(0.5_wp+x_fac(2:k_floor)) + & 
    176                         (0.5_wp-x_Fac(2:k_floor))*tr_slope(2:k_floor) 
    177                      flux_lim(2:k_floor)=max( 0._wp, & 
    178                        min( phi_lim(2:k_floor),2._wp/(1._wp-c_no(2:k_floor)), & 
    179                          2._wp*tr_slope(2:k_floor)/(c_no(2:k_floor)+1.e-10_wp)) ) 
    180  
    181                      ! Compute limited flux: 
    182                      flux_if(2:k_floor,jn) = w_if(2:k_floor,jn)* & 
    183                         ( tr_c(2:k_floor) + & 
    184                         0.5_wp*flux_lim(2:k_floor)*(1._wp-c_no(2:k_floor))* & 
    185                         (tr_d(2:k_floor)-tr_c(2:k_floor)) ) 
    186  
    187                      ! Compute pseudo update for trend aggregation: 
    188                      tr_it(1:k_floor-1) = tr_it(1:k_floor-1) + & 
    189                         z2dt/float(n_iter)/fse3t(ji,jj,1:k_floor-1)* & 
    190                         flux_if(2:k_floor,jn) 
    191                      tr_it(2:k_floor) = tr_it(2:k_floor) - & 
    192                         z2dt/float(n_iter)/fse3t(ji,jj,2:k_floor)* & 
    193                         flux_if(2:k_floor,jn) 
    194  
    195                   ENDDO ! Iterative loop 
    196  
    197                   ! Estimate rate of change from pseudo state updates (source 
    198                   ! splitting): 
    199                   tra(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn) = & 
    200                      tra(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn) + & 
    201                      (tr_it(1:k_floor) - trb(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn))/z2dt 
    202 #if defined key_trdtrc && defined key_iomput 
    203                   IF( lk_trdtrc .AND. ln_trdtrc( jp_fabm_m1+jn ) ) THEN 
    204                     tr_vmv(ji,jj,1:k_floor,jn)=(tr_it(1:k_floor) - trb(ji,jj,1:k_floor,jn))/z2dt 
     94                  IF (ALL(w_ct(ji,1:k_floor,jn) == 0._wp)) CYCLE 
     95 
     96                  ! Compute velocities at interfaces 
     97                  w_if(1:k_floor-1) = zwgt_if(1:k_floor-1) * w_ct(ji,1:k_floor-1,jn) + (1._wp - zwgt_if(1:k_floor-1)) * w_ct(ji,2:k_floor,jn) 
     98 
     99                  ! Compute change (per volume) due to vertical movement per layer 
     100                  IF (method == 1) THEN 
     101                     CALL advect_1(k_floor, trn(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn), w_if(1:k_floor-1), h(1:k_floor), z2dt, dc(1:k_floor)) 
     102                  ELSE 
     103                     CALL advect_3(k_floor, trb(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn), w_if(1:k_floor-1), h(1:k_floor), z2dt, dc(1:k_floor)) 
    205104                  END IF 
     105 
     106                  ! Incorporate change due to vertical movement in sources-sinks 
     107                  tra(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn) = tra(ji,jj,1:k_floor,jp_fabm_m1+jn) + dc(1:k_floor) 
     108 
     109#if defined key_trdtrc && defined key_iomput 
     110                  ! Store change due to vertical movement as diagnostic 
     111                  IF( lk_trdtrc .AND. ln_trdtrc( jp_fabm_m1+jn)) tr_vmv(ji,jj,1:k_floor,jn) = dc(1:k_floor) 
    206112#endif 
    207113               ENDDO ! State loop 
     
    209115         END DO ! i-loop 
    210116      END DO ! j-loop 
     117 
    211118#if defined key_trdtrc && defined key_iomput 
    212119      DO jn=1,jp_fabm ! State loop 
     
    220127   END SUBROUTINE compute_vertical_movement 
    221128 
     129   SUBROUTINE advect_1(nk, c, w, h, dt, trend) 
     130      INTEGER,  INTENT(IN)  :: nk 
     131      REAL(wp), INTENT(IN)  :: c(1:nk) 
     132      REAL(wp), INTENT(IN)  :: w(1:nk-1) 
     133      REAL(wp), INTENT(IN)  :: h(1:nk) 
     134      REAL(wp), INTENT(IN)  :: dt 
     135      REAL(wp), INTENT(OUT) :: trend(1:nk) 
     136 
     137      REAL(wp) :: flux(0:nk) 
     138      INTEGER  :: jk 
     139      ! Compute fluxes (per surface area) over at interfaces (remember: positive for upwards) 
     140      flux(0) = 0._wp 
     141      DO jk=1,nk-1 ! k-loop 
     142         IF (w(jk) > 0) THEN 
     143            ! Upward movement (source layer is jk+1) 
     144            flux(jk) = min(w(jk), h(jk+1)/dt) * c(jk+1) 
     145         ELSE 
     146            ! Downward movement (source layer is jk) 
     147            flux(jk) = max(w(jk), -h(jk)/dt) * c(jk) 
     148         END IF 
     149      END DO 
     150      flux(nk) = 0._wp 
     151      trend = (flux(1:nk) - flux(0:nk-1)) / h 
     152   END SUBROUTINE 
     153 
     154   SUBROUTINE advect_3(nk, c_old, w, h, dt, trend) 
     155      INTEGER,  INTENT(IN)  :: nk 
     156      REAL(wp), INTENT(IN)  :: c_old(1:nk) 
     157      REAL(wp), INTENT(IN)  :: w(1:nk-1) 
     158      REAL(wp), INTENT(IN)  :: h(1:nk) 
     159      REAL(wp), INTENT(IN)  :: dt 
     160      REAL(wp), INTENT(OUT) :: trend(1:nk) 
     161 
     162      INTEGER, PARAMETER :: n_itermax=100 
     163      REAL(wp) :: cmax_no 
     164      REAL(wp) :: cfl(1:nk-1) 
     165      INTEGER  :: n_iter, n_count, jk 
     166      REAL(wp) :: c(1:nk) 
     167      REAL(wp) :: tr_u(1:nk-1) 
     168      REAL(wp) :: tr_c(1:nk-1) 
     169      REAL(wp) :: tr_d(1:nk-1) 
     170      REAL(wp) :: delta_tr_u(1:nk-1) 
     171      REAL(wp) :: delta_tr(1:nk-1) 
     172      REAL(wp) :: ratio(1:nk-1) 
     173      REAL(wp) :: x_fac(1:nk-1) 
     174      REAL(wp) :: phi_lim(1:nk-1) 
     175      REAL(wp) :: limiter(1:nk-1) 
     176      REAL(wp) :: flux_if(1:nk-1) 
     177 
     178      c(:) = c_old(:) 
     179 
     180      ! get maximum Courant number: 
     181      cfl = ABS(w) * dt / (0.5_wp * (h(2:nk) + h(1:nk-1))) 
     182      cmax_no = MAXVAL(cfl) 
     183 
     184      ! number of iterations: 
     185      n_iter = MIN(n_itermax, INT(cmax_no) + 1) 
     186      IF (ln_ctl.AND.(n_iter .gt. 1)) THEN 
     187         WRITE(numout,*) 'compute_vertical_movement::advect_3():' 
     188         WRITE(numout,*) '   Maximum Courant number is ',cmax_no,'.' 
     189         WRITE(numout,*) '   ',n_iter,' iterations used for vertical advection.' 
     190      ENDIF 
     191 
     192      ! effective Courant number: 
     193      cfl = cfl/n_iter 
     194 
     195      DO n_count=1,n_iter ! Iterative loop 
     196         ! Determine tracer concentration at 1.5 upstream (tr_u), 0.5 upstream (tr_c), 0.5 downstream (tr_d) from interface 
     197         IF (nk.gt.2) THEN 
     198            ! More than 2 vertical wet points 
     199            IF (nk.gt.3) THEN 
     200               WHERE (w(2:nk-2).ge.0._wp) 
     201                  !upward movement 
     202                  tr_u(2:nk-2)=c(4:nk) 
     203                  tr_c(2:nk-2)=c(3:nk-1) 
     204                  tr_d(2:nk-2)=c(2:nk-2) 
     205               ELSEWHERE 
     206                  ! downward movement 
     207                  tr_u(2:nk-2)=c(1:nk-3) 
     208                  tr_c(2:nk-2)=c(2:nk-2) 
     209                  tr_d(2:nk-2)=c(3:nk-1) 
     210               ENDWHERE 
     211            ENDIF 
     212 
     213            ! Interface between surface layer and the next 
     214            IF (w(1).ge.0._wp) THEN 
     215               ! upward movement 
     216               tr_u(1)=c(3) 
     217               tr_c(1)=c(2) 
     218               tr_d(1)=c(1) 
     219            ELSE 
     220               ! downward movement 
     221               tr_u(1)=c(1) 
     222               tr_c(1)=c(1) 
     223               tr_d(1)=c(2) 
     224            ENDIF 
     225 
     226            ! Interface between bottom layer and the previous 
     227            IF (w(nk-1).ge.0._wp) THEN 
     228               ! upward movement 
     229               tr_u(nk-1)=c(nk) 
     230               tr_c(nk-1)=c(nk) 
     231               tr_d(nk-1)=c(nk-1) 
     232            ELSE 
     233               ! downward movement 
     234               tr_u(nk-1)=c(nk-2) 
     235               tr_c(nk-1)=c(nk-1) 
     236               tr_d(nk-1)=c(nk) 
     237            ENDIF 
     238         ELSE 
     239            ! only 2 vertical wet points, i.e. only 1 interface 
     240            IF (w(1).ge.0._wp) THEN 
     241               ! upward movement 
     242               tr_u(1)=c(2) 
     243               tr_c(1)=c(2) 
     244               tr_d(1)=c(1) 
     245            ELSE 
     246               ! downward movement 
     247               tr_u(1)=c(1) 
     248               tr_c(1)=c(1) 
     249               tr_d(1)=c(2) 
     250            ENDIF 
     251         ENDIF 
     252 
     253         delta_tr_u = tr_c - tr_u 
     254         delta_tr = tr_d - tr_c 
     255         WHERE (delta_tr * delta_tr_u > 0._wp) 
     256            ! Monotonic function over tr_u, tr_c, r_d 
     257 
     258            ! Compute slope ratio 
     259            ratio = delta_tr_u / delta_tr 
     260 
     261            ! QUICKEST flux limiter 
     262            x_fac = (1._wp - 2._wp * cfl) / 6._wp 
     263            phi_lim = (0.5_wp + x_fac) + (0.5_wp - x_fac) * ratio 
     264            limiter = MIN(phi_lim, 2._wp / (1._wp - cfl), 2._wp * ratio / (cfl + 1.e-10_wp)) 
     265 
     266            ! Compute limited flux 
     267            flux_if = w * (tr_c + 0.5_wp * limiter * (1._wp - cfl) * delta_tr) 
     268         ELSEWHERE 
     269            ! Non-monotonic, use 1st order upstream 
     270            flux_if = w * tr_c 
     271         ENDWHERE 
     272 
     273         ! Compute pseudo update for trend aggregation: 
     274         c(1:nk-1) = c(1:nk-1) + dt / real(n_iter, wp) / h(1:nk-1) * flux_if 
     275         c(2:nk)   = c(2:nk)   - dt / real(n_iter, wp) / h(2:nk)   * flux_if 
     276 
     277      ENDDO ! Iterative loop 
     278 
     279      ! Estimate rate of change from pseudo state updates (source splitting): 
     280      trend = (c - c_old) / dt 
     281   END SUBROUTINE 
     282 
    222283#endif 
    223284END MODULE 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcwri_my_trc.F90

    r10162 r15480  
    1414   USE trc         ! passive tracers common variables  
    1515   USE iom         ! I/O manager 
     16   USE trdtrc_oce 
    1617 
    1718   IMPLICIT NONE 
     
    4546#endif 
    4647      CHARACTER (len=20)   :: cltra 
    47       INTEGER              :: jn,jk ! JC TODO jk defined here but may not be used 
     48      INTEGER              :: jn,jk 
    4849      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4950  
     
    6061            trpool(:,:,:) = 0.5 * ( trn(:,:,:,jn) * fse3t_a(:,:,:) +  & 
    6162                                        trb_temp(:,:,:,jn) * fse3t(:,:,:) ) 
    62             cltra = TRIM( ctrcnm(jn) )//"e3t"     ! depth integrated output 
     63            cltra = TRIM( ctrcnm(jn) )//"_e3t"     ! depth integrated output 
    6364            IF( kt == nittrc000 ) write(6,*)'output pool ',cltra 
    6465            DO jk = 1, jpk 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trdtrc.F90

    r10162 r15480  
    103103                                          cltra = TRIM(cltra)//TRIM(ctrcnm(kjn)) 
    104104         ! +++>>>FABM 
    105 #if defined key_tracer_budget 
     105#if defined key_tracer_budget && defined key_fabm 
    106106! for outputting depth integrated 
    107107         SELECT CASE( ktrd ) 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r10728 r15480  
    111111! +++ FABM 
    112112       LOGICAL              :: llinit=.FALSE.   !: read in a file or not 
    113 #if defined key_fabm 
     113#if defined key_my_trc || key_fabm 
    114114       LOGICAL              :: llsbc=.FALSE.   !: read in a file or not 
    115115       LOGICAL              :: llcbc=.FALSE.   !: read in a file or not 
     
    257257! FABM <<<--- 
    258258! +++>>> FABM 
    259 #if defined key_fabm 
     259#if defined key_my_trc || defined key_fabm 
    260260! FABM <<<+++ 
    261261         &      ln_trc_sbc(jptra)     , ln_trc_cbc(jptra)     , ln_trc_obc(jptra)     ,       & 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcbdy.F90

    r10270 r15480  
    6262            CASE('frs') 
    6363               CALL bdy_trc_frs( jn, idx_bdy(ib_bdy), trcdta_bdy(jn,ib_bdy), kt ) 
     64            CASE('frs_damped') 
     65               CALL bdy_trc_frs_damped( jn, idx_bdy(ib_bdy), trcdta_bdy(jn,ib_bdy), kt ) 
    6466            CASE('specified') 
    6567               CALL bdy_trc_spe( jn, idx_bdy(ib_bdy), trcdta_bdy(jn,ib_bdy), kt ) 
     
    120122      ! 
    121123   END SUBROUTINE bdy_trc_frs 
     124 
     125   SUBROUTINE bdy_trc_frs_damped ( jn, idx, dta, kt ) 
     126      !!---------------------------------------------------------------------- 
     127      !!                 ***  SUBROUTINE bdy_trc_frs  *** 
     128      !!                     
     129      !! ** Purpose : Apply the Flow Relaxation Scheme for tracers at open boundaries. 
     130      !!  
     131      !! Reference : Engedahl H., 1995, Tellus, 365-382. 
     132      !!---------------------------------------------------------------------- 
     133      INTEGER,         INTENT(in) ::   kt 
     134      INTEGER,         INTENT(in) ::   jn   ! Tracer index 
     135      TYPE(OBC_INDEX), INTENT(in) ::   idx  ! OBC indices 
     136      TYPE(OBC_DATA),  INTENT(in) ::   dta  ! OBC external data 
     137      !!  
     138      REAL(wp) ::   zwgt           ! boundary weight 
     139      INTEGER  ::   ib, ik, igrd   ! dummy loop indices 
     140      INTEGER  ::   ii, ij         ! 2D addresses 
     141      !!---------------------------------------------------------------------- 
     142      ! 
     143      IF( nn_timing == 1 ) CALL timing_start('bdy_trc_frs') 
     144      !  
     145      igrd = 1                       ! Everything is at T-points here 
     146      DO ib = 1, idx%nblen(igrd) 
     147         DO ik = 1, jpkm1 
     148            ii = idx%nbi(ib,igrd) 
     149            ij = idx%nbj(ib,igrd) 
     150            zwgt = idx%nbw(ib,igrd)* rdttrc(ik) / 86400.d0  ! damping with a timescale of day 
     151            tra(ii,ij,ik,jn) = ( tra(ii,ij,ik,jn) + zwgt * ( ( dta%trc(ib,ik) * dta%rn_fac)  & 
     152                        &  - tra(ii,ij,ik,jn) ) ) * tmask(ii,ij,ik) 
     153         END DO 
     154      END DO 
     155      ! 
     156      IF( kt .eq. nit000 ) CLOSE( unit = 102 ) 
     157      ! 
     158      IF( nn_timing == 1 ) CALL timing_stop('bdy_trc_frs') 
     159      ! 
     160   END SUBROUTINE bdy_trc_frs_damped 
     161 
    122162   
    123163   SUBROUTINE bdy_trc_spe( jn, idx, dta, kt ) 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcini.F90

    r10162 r15480  
    7676      ! +++>>> FABM 
    7777      ! Allow FABM to update numbers of biogeochemical tracers, diagnostics (jptra etc.) 
    78       IF( lk_fabm ) CALL nemo_fabm_init 
     78      IF( lk_fabm ) CALL nemo_fabm_configure 
    7979      ! FABM <<<+++ 
    8080 
     
    163163      ! FABM +++>>> 
    164164! Initialisation of FABM diagnostics and tracer boundary conditions (so that you can use initial condition as boundary) 
    165       IF( lk_fabm )     THEN 
    166           wndm=0._wp !uninitiased field at this point 
    167           qsr=0._wp !uninitiased field at this point 
    168           CALL compute_fabm ! only needed to set-up diagnostics 
    169           CALL trc_bc_init(jptra) 
    170       ENDIF 
     165      IF( lk_my_trc .or. lk_fabm )     CALL trc_bc_init(jptra)  
    171166      ! FABM <<<+++ 
    172   
     167 
    173168      tra(:,:,:,:) = 0._wp 
    174169      IF( ln_zps .AND. .NOT. lk_c1d .AND. .NOT. ln_isfcav )   &              ! Partial steps: before horizontal gradient of passive 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcnam.F90

    r10162 r15480  
    321321      sn_tracer(:)%llinit = .FALSE. 
    322322      sn_tracer(:)%llsave = .FALSE. 
    323 #ifdef key_fabm 
     323#if defined key_my_trc || defined key_fabm 
    324324      sn_tracer(:)%llsbc = .FALSE. 
    325325      sn_tracer(:)%llcbc = .FALSE. 
    326326      sn_tracer(:)%llcbc = .FALSE. 
     327      sn_tracer(:)%clsname = 'NONAME' 
    327328#endif 
    328329 
     
    335336902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namtrc in configuration namelist', lwp ) 
    336337      IF(lwm) WRITE ( numont, namtrc ) 
     338 
     339      ! +++>>> FABM 
     340      if (lk_fabm) CALL trc_nam_fabm_override(sn_tracer) 
     341      ! FABM <<<+++ 
    337342 
    338343      DO jn = 1, jptra 
     
    345350! FABM <<<--- 
    346351! +++>>> FABM 
    347 #if defined key_fabm 
     352#if defined key_my_trc || defined key_fabm 
    348353! FABM <<<+++ 
    349354         ln_trc_sbc(jn) =       sn_tracer(jn)%llsbc 
     
    354359      END DO 
    355360      
    356       ! +++>>> FABM 
    357       if (lk_fabm) CALL trc_nam_fabm_override 
    358       ! FABM <<<+++ 
    359361    END SUBROUTINE trc_nam_trc 
    360362 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/SETTE/all_functions.sh

    r8058 r15480  
    7979# ========== 
    8080# 
    81 # $Id: all_functions.sh 6224 2016-01-07 17:02:43Z acc $ 
     81# $Id$ 
    8282# 
    8383#   * creation 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_archfile.sh

    r8058 r15480  
    5252# ========== 
    5353# 
    54 # $Id: Fcheck_archfile.sh 4162 2013-11-07 10:19:49Z cetlod $ 
     54# $Id$ 
    5555# 
    5656# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_config.sh

    r8058 r15480  
    5858# ========== 
    5959# 
    60 # $Id: Fcheck_config.sh 4990 2014-12-15 16:42:49Z timgraham $ 
     60# $Id$ 
    6161# 
    6262# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_script.sh

    r8058 r15480  
    4545# ========== 
    4646# 
    47 # $Id: Fcheck_script.sh 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     47# $Id$ 
    4848# 
    4949# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fclean_var.sh

    r8058 r15480  
    4545# ========== 
    4646# 
    47 # $Id: Fclean_var.sh 4990 2014-12-15 16:42:49Z timgraham $ 
     47# $Id$ 
    4848# 
    4949# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcopy_dir.sh

    r8058 r15480  
    4646# ========== 
    4747# 
    48 # $Id: Fcopy_dir.sh 4990 2014-12-15 16:42:49Z timgraham $ 
     48# $Id$ 
    4949# 
    5050# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fgo_to_TOOLS.sh

    r8058 r15480  
    4545# ========== 
    4646# 
    47 # $Id: Fgo_to_TOOLS.sh 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     47# $Id$ 
    4848# 
    4949# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Flist_archfile.sh

    r8058 r15480  
    4848# ========== 
    4949# 
    50 # $Id: Flist_archfile.sh 4148 2013-11-04 12:54:28Z cetlod $ 
     50# $Id$ 
    5151# 
    5252# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fmake_WORK.sh

    r8058 r15480  
    5757# ========== 
    5858# 
    59 # $Id: Fmake_WORK.sh 4990 2014-12-15 16:42:49Z timgraham $ 
     59# $Id$ 
    6060# 
    6161# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fmake_bld.sh

    r8058 r15480  
    5151# ========== 
    5252# 
    53 # $Id: Fmake_bld.sh 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     53# $Id$ 
    5454# 
    5555# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fmake_config.sh

    r8058 r15480  
    5050# ========== 
    5151# 
    52 # $Id: Fmake_config.sh 6224 2016-01-07 17:02:43Z acc $ 
     52# $Id$ 
    5353# 
    5454# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fprep_agrif.sh

    r8058 r15480  
    4747# ========== 
    4848# 
    49 # $Id: Fprep_agrif.sh 6204 2016-01-04 13:47:06Z cetlod $ 
     49# $Id$ 
    5050# 
    5151# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fread_dir.sh

    r8058 r15480  
    4545# ========== 
    4646# 
    47 # $Id: Fread_dir.sh 3294 2012-01-28 16:44:18Z rblod $ 
     47# $Id$ 
    4848# 
    4949# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/bld.cfg

    r8058 r15480  
    5555bld::excl_dep        use::mod_oasis 
    5656bld::excl_dep        use::mkl_dfti 
     57# +++>>> FABM 
     58bld::excl_dep        use::fabm 
     59bld::excl_dep        use::fabm_types 
     60bld::excl_dep        use::fabm_driver 
     61bld::excl_dep        use::fabm_version 
     62# FABM <<<+++ 
    5763# Don't generate interface files 
    5864bld::tool::geninterface none 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/bldxag.cfg

    r8058 r15480  
    5151bld::excl_dep        use::mod_oasis 
    5252bld::excl_dep        use::mkl_dfti 
     53# +++>>> FABM 
     54bld::excl_dep        use::fabm 
     55bld::excl_dep        use::fabm_types 
     56bld::excl_dep        use::fabm_driver 
     57bld::excl_dep        use::fabm_version 
     58# <<<+++ FABM 
    5359# Don't generate interface files 
    5460bld::tool::geninterface none 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/MISCELLANEOUS/chk_iomput.sh

    r8058 r15480  
    11#!/bin/bash 
    22#------------------------------------------------ 
    3 #$Id: chk_iomput.sh 4162 2013-11-07 10:19:49Z cetlod $ 
     3#$Id$ 
    44#------------------------------------------------ 
    55# 
  • NEMO/branches/UKMO/AMM15_v3_6_STABLE_new_ersem/NEMOGCM/TOOLS/maketools

    r8058 r15480  
    6464# ========== 
    6565# 
    66 # $Id: maketools 4363 2014-01-22 11:11:47Z rfurner $ 
     66# $Id$ 
    6767# 
    6868# 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.