Ignore:
Timestamp:
2010-12-27T18:33:53+01:00 (10 years ago)
Author:
rblod
Message:

Update NEMOGCM from branch nemo_v3_3_beta

Location:
trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER
Files:
3 deleted
5 edited
2 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/AA_job

    • Property svn:keywords set to Id
    r2521 r2528  
    9797cp ${R_EXPER}/namelist_top     namelist_top 
    9898cp ${R_EXPER}/namelist_lobster namelist_lobster 
    99 cp ${R_EXPER}/iodef.xml . 
    100 cp ${R_EXPER}/xmlio_server.def . 
    101  
    10299ls -alF 
    103100 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/iodef.xml

    r1802 r2528  
    5454      <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    5555 
    56    <field id="emp"          description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    57    <field id="emps"         description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     56   <field id="emp-rnf"      description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
     57   <field id="emps-rnf"     description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
    5858   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    5959   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     
    133133   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    134134   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    135    <field id="uoce_eff"     description="Effective ocean current along i-axis"        unit="m/s"                  /> 
     135   <field id="uoce_eff"     description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
    136136   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    137137   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    138138   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    139139   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     140   <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    140141   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    141142   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     
    150151   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    151152   <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    152    <field id="voce_eff"     description="Effective ocean current along j-axis"        unit="m/s"                  /> 
     153   <field id="voce_eff"     description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
    153154   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    154155   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    155156   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    156157   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     158   <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
    157159   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
    158160   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     
    166168      <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
    167169   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
    168    <field id="woce_eff"     description="effective ocean vertical velocity"           unit="m/s"                  /> 
     170   <field id="woce_eff"     description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    169171   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    170172   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    171173   <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    172    <field id="woce_bbl"     description="BBL ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    173174   <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
    174175   <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
     
    272273 
    273274      <group id="2d" output_freq="172800" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2d files --> 
    274  
    275         <file id="2d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    276           <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    277           <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    278           <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    279         </file> 
    280  
    281        <file id="2d_ptrc_T" name="auto" description="lobster sms variables" > 
    282          <field ref="ZOO"      /> 
    283          <field ref="PHY"      /> 
    284          <field ref="NO3"      /> 
    285        </file> 
    286  
    287  
    288275      </group> 
    289276 
     
    296283          <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    297284          <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    298           <field ref="emp"          name="sowaflup"  /> 
     285          <field ref="emp-rnf"      name="sowaflup"  /> 
    299286          <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    300           <field ref="emps"         name="sowaflcd"  /> 
     287          <field ref="emps-rnf"     name="sowaflcd"  /> 
    301288          <field ref="qns+qsr"      name="sohefldo"  /> 
    302289          <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/namelist_lobster

    • Property svn:keywords set to Id
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/namelist_top

    • Property svn:keywords set to Id
    r1578 r2528  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/TOP1 :  1 - tracer definition                     (namtoptrc) 
    3 !! namelists    2 - dynamical tracer trends               (namtoptrd) 
    4 !!              6 - tracer advection                      (namtopadv) 
    5 !!              7 - tracer bottom boundary                (namtopbbl) 
    6 !!              8 - tracer lateral diffusion              (namtopldf) 
    7 !!              3 - tracer vertical physics               (namtopzdf) 
    8 !!              9 - tracer newtonian damping              (namtopdmp) 
     2!! NEMO/TOP1 :  1 - tracer definition                     (namtrc    ) 
     3!! namelists    2 - dynamical tracer trends               (namtrc_trd) 
     4!!              3 - tracer advection                      (namtrc_adv) 
     5!!              4 - tracer lateral diffusion              (namtrc_ldf) 
     6!!              5 - tracer vertical physics               (namtrc_zdf) 
     7!!              6 - tracer newtonian damping              (namtrc_dmp) 
    98!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    109!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    11 &namtoptrc     !   tracers definition 
     10&namtrc     !   tracers definition 
    1211!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    13    ndttrc      =  1        !  time step frequency for passive tracers       
    14    nwritetrc   = 360       !  time step frequency for tracer outputs 
    15    ln_rsttr    = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    16    nrsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
     12   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers 
     13   nn_writetrc   =  360      !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     14   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
     15   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
    1716                           !                  = 1 do not use the value in the restart file 
    1817                           !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
    19    cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. tracer restart name (input) 
    20    cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. tracer restart name (output) 
     18   cn_trcrst_in  = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (input) 
     19   cn_trcrst_out = "restart_trc"   !  suffix of pass. sn_tracer restart name (output) 
    2120! 
    2221!              ! name  !     title of the field       !   units       ! initial data ! save   ! 
    2322!              !       !                              !               ! from file    ! or not !  
    2423!              !       !                              !               ! or not       !        ! 
    25    tracer(1)   = 'DET' , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    26    tracer(2)   = 'ZOO' , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    27    tracer(3)   = 'PHY' , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    28    tracer(4)   = 'NO3' , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    29    tracer(5)   = 'NH4' , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    30    tracer(6)   = 'DOM' , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     24   sn_tracer(1)   = 'DET' , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     25   sn_tracer(2)   = 'ZOO' , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     26   sn_tracer(3)   = 'PHY' , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     27   sn_tracer(4)   = 'NO3' , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     28   sn_tracer(5)   = 'NH4' , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
     29   sn_tracer(6)   = 'DOM' , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    3130/ 
    3231!----------------------------------------------------------------------- 
    33 &namtopadv    !   advection scheme for passive tracer  
     32&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer 
    3433!----------------------------------------------------------------------- 
    35    ln_trcadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme    
    36    ln_trcadv_tvd    =  .true.  !  TVD scheme    
    37    ln_trcadv_muscl  =  .false.   !  MUSCL scheme 
     34   ln_trcadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme 
     35   ln_trcadv_tvd    =  .true.   !  TVD scheme 
     36   ln_trcadv_muscl  =  .false.  !  MUSCL scheme 
    3837   ln_trcadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries 
    39    ln_trcadv_smolar =  .false.  !  SMOLAR scheme 
    40    rsc              =  1.       !  tuning coefficient for Smolar. scheme  
    41    ncortrc          =  1        !  number of corrective phases for Smolar. scheme  
    42    crosster         =  .false.  !  computes Smolar crossterms (T) or not (F) 
     38   ln_trcadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme 
     39   ln_trcadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
    4340/ 
    4441!----------------------------------------------------------------------- 
    45 &namtopbbl    !   bottom boundary layer scheme for passive tracer  
    46 !----------------------------------------------------------------------- 
    47    atrcbbl          = 1000.     !  lateral mixing coefficient in the bbl  [m2/s] 
    48 / 
    49 !----------------------------------------------------------------------- 
    50 &namtopldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
     42&namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
    5143!----------------------------------------------------------------------- 
    5244   ln_trcldf_diff   =  .true.   !  performs lateral diffusion (T) or not (F) 
     
    5951   ln_trcldf_iso    =  .true.   !     iso-neutral                       (require "key_ldfslp") 
    6052!                               !  Coefficient 
    61    ahtrc0      =   300.         !     horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    62    ahtrb0      =     0.         !     background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    63    aeivtr0     =  1000.         !     eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_trcldf_eiv") 
    64    trcrat      =  1.            !  ratio betweeen passive and active tracer diffusion coeff 
     53   rn_ahtrb_0       =     0.    !     background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    6554/ 
    6655!----------------------------------------------------------------------- 
    67 &namtopzdf        !   vertical physics 
     56&namtrc_zdf        !   vertical physics 
    6857!----------------------------------------------------------------------- 
    6958   ln_trczdf_exp   =  .false.  !  split explicit (T) or implicit (F) time stepping 
    70    n_trczdf_exp    =   3       !  number of sub-timestep for ln_trczdfexp=T 
     59   nn_trczdf_exp   =   3       !  number of sub-timestep for ln_trczdfexp=T 
    7160/ 
    7261!----------------------------------------------------------------------- 
    73 &namtoprad        !  treatment of negative concentrations  
     62&namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations 
    7463!----------------------------------------------------------------------- 
    75    ln_trcrad   =  .true.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
     64   ln_trcrad   =  .false.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
    7665/ 
    7766!----------------------------------------------------------------------- 
    78 &namtopdmp        !   passive tracer newtonian damping                 ('key_trcdmp') 
     67&namtrc_dmp    !   passive tracer newtonian damping    ('key_tradmp && key_trcdmp') 
    7968!----------------------------------------------------------------------- 
    80    ndmptr      =   20      !  type of damping in passive tracers 
    81                            !     ='latitude', damping poleward of 'ndmp' degrees and function  
    82                            !                  of the distance-to-coast. Red and Med Seas as ndmptr=-1 
    83                            !     =-1 damping only in Med and Red Seas 
    84    ndmpftr     =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
    85    nmldmptr    =    1      !  type of damping: =0 damping throughout the water column 
    86                            !                   =1 no damping in the mixed layer defined by avt >5cm2/s ) 
    87                            !                   =2 no damping in the mixed layer defined rho<rho(surf)+.01 ) 
    88    sdmptr      =   50.     !  surface time scale for internal damping (days) 
    89    bdmptr      =  360.     !  bottom  time scale for internal damping (days) 
    90    hdmptr      =  800.     !  depth of transition between sdmptr and bdmptr (meters) 
     69   nn_hdmp_tr  =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
     70                           !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 
     71                           !                      + F(distance-to-coast) + Red and Med Seas 
     72   nn_zdmp_tr  =    1      !  vertical   shape =0    damping throughout the water column 
     73                           !                   =1 no damping in the mixing layer (kz  criteria) 
     74                           !                   =2 no damping in the mixed  layer (rho crieria) 
     75   rn_surf_tr  =   50.     !  surface time scale of damping   [days] 
     76   rn_bot_tr   =  360.     !  bottom  time scale of damping   [days] 
     77   rn_dep_tr   =  800.     !  depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
     78   nn_file_tr  =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
    9179/ 
    9280!----------------------------------------------------------------------- 
    93 &namtoptrd       !   diagnostics on tracer trends 
     81&namtrc_trd       !   diagnostics on tracer trends        ('key_trdtrc') 
    9482!                          or mixed-layer trends          ('key_trdmld_trc') 
    9583!---------------------------------------------------------------------- 
    96    ntrd_trc   =  360      !  time step frequency and tracers trends 
    97    nctls_trc  =   0       !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    98    ucf_trc    =  86400    !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
     84   nn_trd_trc   =  360      !  time step frequency and tracers trends 
     85   nn_ctls_trc  =   0       !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
     86   rn_ucf_trc   =  86400    !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
    9987   ln_trdmld_trc_restart = .false.  !  restart for ML diagnostics 
    10088   ln_trdmld_trc_instant = .false.  !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
    101    luttrd(1)  =   .true. 
    102    luttrd(2)  =   .true. 
    103    luttrd(3)  =   .true. 
    104    luttrd(4)  =   .true. 
    105    luttrd(5)  =   .true. 
    106    luttrd(6)  =   .true. 
     89   ln_trdtrc(1)  =   .true. 
     90   ln_trdtrc(2)  =   .true. 
     91   ln_trdtrc(3)  =   .true. 
     92   ln_trdtrc(4)  =   .true. 
     93   ln_trdtrc(5)  =   .true. 
     94   ln_trdtrc(6)  =   .true. 
    10795/ 
  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/xmlio_server.def

    • Property svn:keywords set to Id
    r1552 r2528  
    1717  global_mpi_buffer_size = 512 
    1818 
     19 
     20!!====================================================================== 
     21!!   namnc4            netcdf4 chunking and compression settings 
     22!!====================================================================== 
     23!----------------------------------------------------------------------- 
     24&namnc4         !  netcdf4 chunking and compression settings 
     25                !  (benign if "key_netcdf4" is not used) 
     26!----------------------------------------------------------------------- 
     27   nn_nchunks_i   =   4       !  number of chunks in i-dimension 
     28   nn_nchunks_j   =   4       !  number of chunks in j-dimension 
     29   nn_nchunks_k   =   31      !  number of chunks in k-dimension 
     30                              !  setting nn_nchunks_k = jpk will give a chunk size of 1 in the vertical which 
     31                              !  is optimal for postprocessing which works exclusively with horizontal slabs 
     32   ln_nc4zip      =   .TRUE.  !  (T) use netcdf4 chunking and compression 
     33                              !  (F) ignore chunking information and produce netcdf3-compatible files   
     34/ 
    1935   
    20    
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.