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rfurner
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    r3602 r3603  
    55ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    66AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
     7ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    78ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    8 ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
  • branches/2012/dev_UKMO_2012/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_2/limdmp_2.F90

    r2715 r3603  
    1111   !!   'key_lim2'                                    LIM 2.0 sea-ice model 
    1212   !!---------------------------------------------------------------------- 
    13    !!   lim_dmp_2      : ice model damping 
     13   !!   lim_dmp_2     : ice model damping 
    1414   !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    USE ice_2           ! ice variables  
     15   USE ice_2          ! ice variables  
    1616   USE sbc_oce, ONLY : nn_fsbc ! for fldread 
    17    USE dom_oce         ! for mi0; mi1 etc ... 
    18    USE fldread         ! read input fields 
    19    USE in_out_manager  ! I/O manager 
    20    USE lib_mpp         ! MPP library 
     17   USE dom_oce        ! for mi0; mi1 etc ... 
     18   USE fldread        ! read input fields 
     19   USE in_out_manager ! I/O manager 
     20   USE lib_mpp        ! MPP library 
    2121 
    2222   IMPLICIT NONE 
     
    2525   PUBLIC   lim_dmp_2     ! called by sbc_ice_lim2 
    2626 
    27    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::   resto_ice   ! restoring coeff. on ICE   [s-1] 
    28  
    29    INTEGER, PARAMETER :: jp_hicif = 1 , jp_frld = 2 
    30    TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: sf_icedmp    ! structure of ice damping input 
     27   INTEGER  , PARAMETER :: jp_hicif = 1 , jp_frld = 2 
     28   REAL(wp) , ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   resto_ice   ! restoring coeff. on ICE   [s-1] 
     29   TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:)     ::   sf_icedmp   ! structure of ice damping input 
    3130    
    3231   !! * Substitution 
     
    4342      !!                   ***  ROUTINE lim_dmp_2  *** 
    4443      !! 
    45       !! ** purpose : ice model damping : restoring ice thickness and fraction leads 
     44      !! ** purpose :   restore ice thickness and lead fraction 
    4645      !! 
    47       !! ** method  : the key_tradmp must be used to compute resto(:,:,1) coef. 
     46      !! ** method  :   restore ice thickness and lead fraction using a restoring 
     47      !!              coefficient defined by the user in lim_dmp_init 
     48      !! 
     49      !! ** Action  : - update hicif and frld   
     50      !! 
    4851      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4952      INTEGER, INTENT(in) ::   kt   ! ocean time-step 
     
    5356      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5457      ! 
    55       IF (kt == nit000) THEN  
     58      IF( kt == nit000 ) THEN  
    5659         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    5760         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'lim_dmp_2 : Ice thickness and ice concentration restoring' 
     
    7174            &         hicif(:,:) - rdt_ice * resto_ice(:,:,1) * ( hicif(:,:) - sf_icedmp(jp_hicif)%fnow(:,:,1) )  )  
    7275!CDIR COLLAPSE 
    73          hicif(:,:) = MAX( 0._wp, MIN( 1._wp,         &        ! 0<= frld<=1    values which blow the run up 
     76         frld (:,:) = MAX( 0._wp, MIN( 1._wp,         &        ! 0<= frld<=1    values which blow the run up 
    7477            &         frld (:,:) - rdt_ice * resto_ice(:,:,1) * ( frld (:,:) - sf_icedmp(jp_frld )%fnow(:,:,1) )  )  ) 
    7578         ! 
     
    8386      !!                   ***  ROUTINE lim_dmp_init  *** 
    8487      !! 
    85       !! ** Purpose :   Initialization for the ice thickness and concentration  
    86       !!                restoring 
    87       !!              restoring will be used. It is used to mimic ice open 
    88       !!              boundaries. 
     88      !! ** Purpose :   set the coefficient for the ice thickness and lead fraction restoring 
    8989      !! 
    90       !! ** Method  :  ????? 
     90      !! ** Method  :   restoring is used to mimic ice open boundaries. 
     91      !!              the restoring coef. (a 2D array) has to be defined by the user. 
     92      !!              here is given as an example a restoring along north and south boundaries 
    9193      !!       
    9294      !! ** Action  :   define resto_ice(:,:,1) 
  • branches/2012/dev_UKMO_2012/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limtrp.F90

    r3294 r3603  
    174174         ELSE 
    175175            DO jk = 1, initad 
    176                CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   &             !--- ice open water area 
     176               CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   &             !--- ice open water area 
    177177                  &                                       sxxopw(:,:), syopw(:,:), syyopw(:,:), sxyopw(:,:)  ) 
    178                CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   & 
     178               CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   & 
    179179                  &                                       sxxopw(:,:), syopw(:,:), syyopw(:,:), sxyopw(:,:)  ) 
    180180               DO jl = 1, jpl 
    181                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   &    !--- ice volume  --- 
     181                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   &    !--- ice volume  --- 
    182182                     &                                       sxxice(:,:,jl), syice(:,:,jl), syyice(:,:,jl), sxyice(:,:,jl)  ) 
    183                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   & 
     183                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   & 
    184184                     &                                       sxxice(:,:,jl), syice(:,:,jl), syyice(:,:,jl), sxyice(:,:,jl)  ) 
    185                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   &    !--- snow volume  --- 
     185                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   &    !--- snow volume  --- 
    186186                     &                                       sxxsn (:,:,jl), sysn (:,:,jl), syysn (:,:,jl), sxysn (:,:,jl)  ) 
    187                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   & 
     187                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   & 
    188188                     &                                       sxxsn (:,:,jl), sysn (:,:,jl), syysn (:,:,jl), sxysn (:,:,jl)  ) 
    189                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   &    !--- ice salinity --- 
     189                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   &    !--- ice salinity --- 
    190190                     &                                       sxxsal(:,:,jl), sysal(:,:,jl), syysal(:,:,jl), sxysal(:,:,jl)  ) 
    191                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   & 
     191                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   & 
    192192                     &                                       sxxsal(:,:,jl), sysal(:,:,jl), syysal(:,:,jl), sxysal(:,:,jl)  ) 
    193193 
    194                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   &   !--- ice age      --- 
     194                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   &   !--- ice age      --- 
    195195                     &                                       sxxage(:,:,jl), syage(:,:,jl), syyage(:,:,jl), sxyage(:,:,jl)  ) 
    196                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   & 
     196                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   & 
    197197                     &                                       sxxage(:,:,jl), syage(:,:,jl), syyage(:,:,jl), sxyage(:,:,jl)  ) 
    198                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   &   !--- ice concentrations --- 
     198                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   &   !--- ice concentrations --- 
    199199                     &                                       sxxa  (:,:,jl), sya  (:,:,jl), syya  (:,:,jl), sxya  (:,:,jl)  ) 
    200                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   & 
     200                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   & 
    201201                     &                                       sxxa  (:,:,jl), sya  (:,:,jl), syya  (:,:,jl), sxya  (:,:,jl)  ) 
    202                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   &  !--- snow heat contents --- 
     202                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   &  !--- snow heat contents --- 
    203203                     &                                       sxxc0 (:,:,jl), syc0 (:,:,jl), syyc0 (:,:,jl), sxyc0 (:,:,jl)  ) 
    204                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   & 
     204                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   & 
    205205                     &                                       sxxc0 (:,:,jl), syc0 (:,:,jl), syyc0 (:,:,jl), sxyc0 (:,:,jl)  ) 
    206206                  DO layer = 1, nlay_i                                                           !--- ice heat contents --- 
    207                      CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
     207                     CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
    208208                        &                                       sxxe(:,:,layer,jl), sye (:,:,layer,jl),   & 
    209209                        &                                       syye(:,:,layer,jl), sxye(:,:,layer,jl) ) 
    210                      CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
     210                     CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
    211211                        &                                       sxxe(:,:,layer,jl), sye (:,:,layer,jl),   & 
    212212                        &                                       syye(:,:,layer,jl), sxye(:,:,layer,jl) ) 
  • branches/2012/dev_UKMO_2012/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg

    r3294 r3603  
    1 ORCA2_LIM_AGRIF_nemo_v3.3.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_UKMO_2012/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg

    r2732 r3603  
    1 ORCA2_LIM_nemo_v3.3.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_UKMO_2012/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3294 r3603  
    209209 
    210210     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
    211        <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="molC/L"     /> 
    212        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L"       /> 
    213        <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="molO2/L"    /> 
    214        <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="molC/L"     /> 
    215        <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    216        <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="molC/L"     /> 
    217        <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="molSi/L"    /> 
    218        <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="molC/L"     /> 
    219        <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    220        <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="molC/L"     /> 
    221        <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="molC/L"     /> 
    222        <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="molC/L"     /> 
    223        <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    224        <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="molFe/L"    /> 
    225        <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="molFe/L"    /> 
    226        <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="molC/L"     /> 
    227        <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="molFe/L"    /> 
    228        <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="molFe/L"    /> 
    229        <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L"     /> 
    230        <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    231        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/L"     /> 
    232        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="gChl/L"     /> 
    233        <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="molC/L"     /> 
    234        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="molC/L"     /> 
    235        <field id="DET"      description="Detritus"                                 unit="mmole-N/m3" /> 
    236        <field id="ZOO"      description="Zooplankton Concentration"                unit="mmole-N/m3" /> 
    237        <field id="PHY"      description="Phytoplankton Concentration"              unit="mmole-N/m3" /> 
    238        <field id="NO3"      description="Nitrate Concentration"                    unit="mmole-N/m3" /> 
    239        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmole-N/m3" /> 
    240        <field id="DOM"      description="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmole-N/m3" /> 
    241  
     211       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     212       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     213       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     214       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     215       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     216       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     217       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     218       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     219       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     220       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     221       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     222       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     223       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     224       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     225       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     226       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     227       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     228       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     229       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     230       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     231       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     232       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     233       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     234       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    242235     </group> 
    243236 
     
    245238 
    246239     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    247        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" /> 
    248        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    249        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    250        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
     240       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     241       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     242       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     243       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    251244       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    252245       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    253246       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    254247       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     248       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     249       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     250       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     251       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    258252       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259253       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"       /> 
    262        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"       /> 
    263        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"      /> 
    264        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"      /> 
    265        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"       /> 
    266        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"       /> 
    267        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"       /> 
    268        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm"  /> 
    269        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            /> 
    270        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
    271        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               /> 
    272        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"      /> 
    273        <field id="FNO3PHY"     description="FNO3PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    274        <field id="FNH4PHY"     description="FNH4PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    275        <field id="FNH4NO3"     description="FNH4NO3"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    276        <field id="TNO3PHY"     description="TNO3PHY"                                  unit="-"  />  
    277        <field id="TNH4PHY"     description="TNH4PHY"                                  unit="-"  />  
    278        <field id="TPHYDOM"     description="TPHYDOM"                                  unit="-"  />  
    279        <field id="TPHYNH4"     description="TPHYNH4"                                  unit="-"  />  
    280        <field id="TPHYZOO"     description="TPHYZOO"                                  unit="-"  />  
    281        <field id="TPHYDET"     description="TPHYDET"                                  unit="-"  />  
    282        <field id="TDETZOO"     description="TDETZOO"                                  unit="-"  />  
    283        <field id="TDETSED"     description="TDETSED"                                  unit="-"  />  
    284        <field id="TZOODET"     description="TZOODET"                                  unit="-"  />  
    285        <field id="TZOOBOD"     description="TZOOBOD"                                  unit="-"  />  
    286        <field id="TZOONH4"     description="TZOONH4"                                  unit="-"  />  
    287        <field id="TZOODOM"     description="TZOODOM"                                  unit="-"  />  
    288        <field id="TNH4NO3"     description="TNH4NO3"                                  unit="-"  />  
    289        <field id="TDOMNH4"     description="TDOMNH4"                                  unit="-"  />  
    290        <field id="TDETNH4"     description="TDETNH4"                                  unit="-"  />  
    291        <field id="TPHYTOT"     description="TPHYTOT"                                  unit="-"  />  
    292        <field id="TZOOTOT"     description="TZOOTOT"                                  unit="-"  />  
    293        <field id="TDETDOM"     description="TDETDOM"                                  unit="-"  />  
    294        <field id="SEDPOC"      description="SEDPOC"                                   unit="-"  />  
     254       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     276       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     279       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     280       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     281       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     282       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     283       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     284       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     285       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     286       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     287       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     288       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     289       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     290       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     291       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     292       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    295293     </group> 
    296294        
     
    549547  </context> 
    550548   
     549 
     550  <context id="1_nemo"> 
     551     
     552    <!-- $id$ --> 
     553 
     554    <!--  
     555============================================================================================================ 
     556=                                  definition of all existing variables                                    = 
     557=                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
     558============================================================================================================ 
     559    --> 
     560     
     561    <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
     562 
     563      <!-- T grid --> 
     564       
     565      <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     566   <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   /> 
     567         <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   /> 
     568   <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     /> 
     569   <field id="sst2"         description="square of sea surface temperature"         unit="degC2"                    /> 
     570   <field id="sstgrad"      description="module of sst gradient"                    unit="degC/m"                   /> 
     571   <field id="sstgrad2"     description="square of module of sst gradient"          unit="degC2/m2"                 /> 
     572   <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      /> 
     573   <field id="sss2"         description="square of sea surface salinity"            unit="psu2"                     /> 
     574   <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        /> 
     575   <field id="ssh2"         description="square of sea surface height"              unit="m2"                       /> 
     576   <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        /> 
     577   <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        /> 
     578         <field id="rhop"         description="potential density (sigma0)"                unit="kg/m3" axis_ref="deptht"  /> 
     579   <!-- next variables available with key_diahth --> 
     580   <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        /> 
     581   <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        /> 
     582   <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
     583   <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
     584   <field id="mld_dt02"     description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        /> 
     585   <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        /> 
     586   <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        /> 
     587   <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        /> 
     588   <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     /> 
     589   <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        /> 
     590        <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        /> 
     591   <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        /> 
     592   <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        /> 
     593   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     594   <field id="botpres"      description="Pressure at sea floor"                     unit="dbar"                     /> 
     595   <field id="cellthc"      description="Cell thickness"                            unit="m"     axis_ref="deptht"  /> 
     596     </group> 
     597 
     598      <!-- SBC --> 
     599       
     600      <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
     601 
     602   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
     603   <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     604   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
     605   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     606 
     607   <field id="qt"           description="Net Downward Heat Flux"                                       unit="W/m2"     /> 
     608   <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"                                 unit="W/m2"     /> 
     609   <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                                          unit="W/m2"     /> 
     610   <field id="qsr3d"        description="Shortwave Radiation 3D distribution"        axis_ref="deptht" unit="W/m2"     /> 
     611   <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                                   unit="W/m2"     /> 
     612   <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"                                  unit="Kg/m2/s"  /> 
     613   <field id="taum"         description="wind stress module"                                           unit="N/m2"     /> 
     614   <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m"                                    unit="m/s"      /> 
     615 
     616        <!-- * variable relative to atmospheric pressure forcing : available with ln_apr_dyn --> 
     617        <field id="ssh_ib"       description="Inverse barometer sea surface height"                         unit="m"        /> 
     618    
     619   <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
     620   <field id="qns_oce"      description="Non solar Downward Heat Flux over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
     621   <field id="qlw_oce"      description="Longwave Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
     622   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
     623   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     624   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
     625 
     626   <field id="ice_cover"    description="Ice fraction"                                                 unit="1"        /> 
     627 
     628   <field id="ioceflxb"     description="Oceanic flux at the ice base"                                 unit="W/m2"     /> 
     629   <field id="qsr_ai_cea"   description="Air-Ice downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
     630   <field id="qns_ai_cea"   description="Air-Ice downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
     631   <field id="qla_ai_cea"   description="Air-Ice downward Latent heat flux (cell average)"             unit="W/m2"     /> 
     632    
     633   <field id="qsr_io_cea"   description="Ice-Oce downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
     634   <field id="qns_io_cea"   description="Ice-Oce downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
     635    
     636   <field id="snowthic_cea" description="Snow thickness (cell average)"                                unit="m"        /> 
     637   <field id="icethic_cea"  description="Ice thickness (cell average)"                                 unit="m"        /> 
     638   <field id="iceprod_cea"  description="Ice production (cell average)"                                unit="m/s"      /> 
     639    
     640   <field id="ice_pres"     description="Ice presence"                                                 unit="-"        /> 
     641   <field id="ist_cea"      description="Ice surface temperature (cell average)"                       unit="degC"     /> 
     642   <field id="ist_ipa"      description="Ice surface temperature (ice presence average)"               unit="degC"     />       
     643   <field id="uice_ipa"     description="Ice velocity along i-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
     644   <field id="vice_ipa"     description="Ice velocity along j-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
     645    
     646   <field id="utau_ice"     description="Wind stress along i-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
     647   <field id="vtau_ice"     description="Wind stress along j-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
     648    
     649   <field id="u_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along i-axis"                          unit="kg/s"     /> 
     650   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
     651 
     652   <!-- available key_coupled --> 
     653   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     654   <field id="snow_ai_cea"  description="Snow over sea-ice (cell average)"                             unit="kg/m2/s"  /> 
     655   <field id="subl_ai_cea"  description="Sublimation over sea-ice (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     656   <field id="icealb_cea"   description="Ice albedo (cell average)"                                    unit="1"        /> 
     657   <field id="calving"      description="Calving"                                                      unit="kg/m2/s"  /> 
     658   <!-- available if key_coupled + conservative method --> 
     659   <field id="rain"         description="Liquid precipitation"                                         unit="Kg/m2/s"  /> 
     660   <field id="evap_ao_cea"  description="Evaporation over ice-free ocean (cell average)"               unit="kg/m2/s"  /> 
     661   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     662   <field id="isnwmlt_cea"   description="Snow over Ice melting (cell average)"                        unit="kg/m2/s"  /> 
     663   <field id="fsal_virt_cea" description="Virtual salt flux due to ice formation (cell average)"       unit="kg/m2/s"  /> 
     664   <field id="fsal_real_cea" description="Real salt flux due to ice formation (cell average)"          unit="kg/m2/s"  /> 
     665   <field id="hflx_rain_cea" description="heat flux due to rainfall"                                   unit="W/m2"     /> 
     666   <field id="hflx_evap_cea" description="heat flux due to evaporation"                                unit="W/m2"     /> 
     667   <field id="hflx_snow_cea" description="heat flux due to snow falling over ice-free ocean"           unit="W/m2"     /> 
     668   <field id="hflx_ice_cea"  description="heat flux due to ice thermodynamics"                         unit="W/m2"     /> 
     669   <field id="hflx_rnf_cea"  description="heat flux due to runoffs"                                    unit="W/m2"     /> 
     670   <field id="hflx_cal_cea"  description="heat flux due to calving"                                    unit="W/m2"     /> 
     671   <field id="bicemel_cea"  description="Rate of Melt at Sea Ice Base (cell average)"                  unit="kg/m2/s"  /> 
     672   <field id="licepro_cea"  description="Lateral Sea Ice Growth Rate (cell average)"                   unit="kg/m2/s"  /> 
     673   <field id="snowmel_cea"  description="Snow Melt Rate (cell average)"                                unit="kg/m2/s"  /> 
     674   <field id="sntoice_cea"  description="Snow-Ice Formation Rate (cell average)"                       unit="kg/m2/s"  /> 
     675   <field id="ticemel_cea"  description="Rate of Melt at Upper Surface of Sea Ice (cell average)"      unit="kg/m2/s"  /> 
     676 
     677      </group> 
     678 
     679      <!-- U grid --> 
     680       
     681      <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U"> 
     682   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
     683   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
     684   <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     685   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     686   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     687   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
     688   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
     689   <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
     690   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     691   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     692   <field id="u_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along i-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
     693   <field id="ueiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along i-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
     694   <field id="udiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along i-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
     695     </group> 
     696       
     697      <!-- V grid --> 
     698       
     699      <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V"> 
     700   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
     701   <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
     702   <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     703   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     704   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     705   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
     706   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
     707   <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
     708   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     709   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     710   <field id="v_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along j-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
     711   <field id="veiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along j-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
     712   <field id="vdiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along j-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
     713      </group> 
     714       
     715      <!-- W grid --> 
     716       
     717      <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
     718   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
     719   <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
     720   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     721   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
     722   <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
     723   <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
     724   <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
     725   <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
     726   <field id="avs"          description="salt vertical eddy diffusivity"              unit="m2/s"                 /> 
     727   <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
     728   <field id="avt_evd"      description="enhanced vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
     729   <field id="avm_evd"      description="enhanced vertical viscosity"                 unit="m2/s"                 /> 
     730   <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d --> 
     731   <field id="aht2d"        description="lateral eddy diffusivity"                    unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
     732   <field id="aht2d_eiv"    description="EIV lateral eddy diffusivity"                unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
     733   <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
     734   <field id="av_tide"      description="tidal vertical diffusivity"                  unit="m2/s"                 /> 
     735   <!-- variables available with key_diaar5 -->    
     736   <field id="w_masstr"     description="vertical mass trasport"                      unit="kg/s"                 /> 
     737   <field id="w_masstr2"    description="square of vertical mass trasport"            unit="kg2/s2"               /> 
     738      </group> 
     739           
     740      <!-- scalar --> 
     741       
     742      <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     743      <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" > 
     744   <field id="voltot"     description="global mean volume"                         unit="m3"   /> 
     745   <field id="sshtot"     description="global mean ssh"                            unit="m"    /> 
     746   <field id="sshsteric"  description="global mean ssh steric"                     unit="m"    /> 
     747   <field id="sshthster"  description="global mean ssh thermosteric"               unit="m"    /> 
     748   <field id="masstot"    description="global mean mass"                           unit="kg"   /> 
     749   <field id="temptot"    description="global mean temperature"                    unit="degC" /> 
     750   <field id="saltot"     description="global mean salinity"                       unit="psu"  /> 
     751   <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
     752      </group> 
     753          
     754      <!-- ptrc on T grid --> 
     755 
     756     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
     757       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     758       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     759       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     760       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     761       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     762       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     763       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     764       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     765       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     766       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     767       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     768       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     769       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     770       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     771       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     772       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     773       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     774       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     775       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     776       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     777       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     778       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     779       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     780       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     781     </group> 
     782 
     783      <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc --> 
     784 
     785     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     786       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     787       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     788       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     789       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     790       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     791       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     792       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     793       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     794       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     795       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     796       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     797       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     798       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     799       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     800       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     801       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     802       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     803       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     804       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     805       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     806       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     807       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     808       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     809       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     810       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     811       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     812       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     813       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     814       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     815       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     816       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     817       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     818       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     819       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     820       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     821       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     822       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     823       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     824       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     825       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     826       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     827       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     828       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     829       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     830       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     831       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     832       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     833       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     834       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     835       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     836       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     837       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     838       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
     839     </group> 
     840        
     841    </field_definition> 
     842     
     843    <!--  
     844============================================================================================================ 
     845=                                           output files definition                                        = 
     846=                                            Define your own files                                         = 
     847=                                         put the variables you want...                                    = 
     848============================================================================================================ 
     849    --> 
     850     
     851    <file_definition > 
     852 
     853      <group id="1h" output_freq="3600"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1h files --> 
     854      </group> 
     855       
     856      <group id="2h" output_freq="7200"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2h files --> 
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     859      <group id="3h" output_freq="10800"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3h files --> 
     860      </group> 
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     862      <group id="4h" output_freq="14400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 4h files --> 
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     865      <group id="6h" output_freq="21600"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 6h files --> 
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     868      <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files --> 
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     901      <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files --> 
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     904    </file_definition> 
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     907============================================================================================================ 
     908=                                           grid definition                                                = 
     909=                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
     910============================================================================================================ 
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     912     
     913    <axis_definition>   
     914      <axis id="deptht" description="Vertical T levels" unit="m" positive=".false." /> 
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     921    <grid_definition> 
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     923    <!--   Eq section   --> 
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     925    <!--   TAO   --> 
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     927        <zoom id="2n137eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     928        <zoom id="5n137eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     929        <zoom id="8n137eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     930      <!--   147e   --> 
     931        <zoom id="0n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     932        <zoom id="2n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     933        <zoom id="5n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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     935        <zoom id="5s156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     936        <zoom id="2s156eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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     978        <zoom id="2n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     979        <zoom id="5n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     980        <zoom id="8n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     981      <!--   125w   --> 
     982        <zoom id="8s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     983        <zoom id="5s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     984        <zoom id="2s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     985        <zoom id="0n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     986        <zoom id="2n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     987        <zoom id="5n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     988        <zoom id="8n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     989      <!--   110w   --> 
     990        <zoom id="8s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     991        <zoom id="5s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     992        <zoom id="2s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     993        <zoom id="0n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     994        <zoom id="2n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     995        <zoom id="5n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     996        <zoom id="8n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     997      <!--   95w   --> 
     998        <zoom id="8s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     999        <zoom id="5s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1000        <zoom id="2s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1001        <zoom id="0n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1002        <zoom id="2n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1003        <zoom id="5n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1004        <zoom id="8n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1005    <!--   RAMA   --> 
     1006      <!--   55e   --> 
     1007        <zoom id="16s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1008        <zoom id="12s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1009        <zoom id="8s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1010        <zoom id="4s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1011        <zoom id="1.5s55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1012        <zoom id="0n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1013        <zoom id="1.5n55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1014        <zoom id="4n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1015      <!--   65e   --> 
     1016        <zoom id="15n65eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1017      <!--   67e   --> 
     1018        <zoom id="16s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1019        <zoom id="12s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1020        <zoom id="8s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1021        <zoom id="4s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1022        <zoom id="1.5s67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1023        <zoom id="0n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1024        <zoom id="1.5n67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1025        <zoom id="4n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1026        <zoom id="8n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1027      <!--   80.5e   --> 
     1028        <zoom id="16s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1029        <zoom id="12s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1030        <zoom id="8s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1031        <zoom id="4s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1032        <zoom id="1.5s80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1033        <zoom id="0n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1034        <zoom id="1.5n80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1035        <zoom id="4n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1036      <!--   90e   --> 
     1037        <zoom id="1.5s90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1038        <zoom id="0n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1039        <zoom id="1.5n90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1040        <zoom id="4n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1041        <zoom id="8n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1042        <zoom id="12n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1043        <zoom id="15n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1044      <!--   95e   --> 
     1045        <zoom id="16s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1046        <zoom id="12s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1047        <zoom id="8s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1048        <zoom id="5s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1049    <!--   PIRATA   --> 
     1050      <!--   38w-30w   --> 
     1051        <zoom id="19s34wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1052        <zoom id="14s32wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1053        <zoom id="8s30wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1054        <zoom id="0n35wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1055        <zoom id="4n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1056        <zoom id="8n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1057        <zoom id="12n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1058        <zoom id="15n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1059        <zoom id="20n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1060      <!--   23w   --> 
     1061        <zoom id="0n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1062        <zoom id="4n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1063        <zoom id="12n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1064        <zoom id="21n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1065      <!--   10w   --> 
     1066        <zoom id="10s10wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1067        <zoom id="6s10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1068        <zoom id="0n10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1069      <!--   0e   --> 
     1070        <zoom id="0n0eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1071      </grid> 
     1072 
     1073      <grid id="grid_U" description="grid U" > 
     1074    <!--   Eq section   --> 
     1075        <zoom id="EqU" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     1076      </grid> 
     1077 
     1078      <grid id="grid_V" description="grid V" > 
     1079      </grid> 
     1080 
     1081      <grid id="grid_W" description="grid W" > 
     1082    <!--   Eq section   --> 
     1083        <zoom id="EqW" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     1084      </grid> 
     1085 
     1086      <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
     1087        <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
     1088      </grid> 
     1089 
     1090 
     1091    </grid_definition>     
     1092     
     1093</context> 
     1094 
    5511095</simulation> 
  • branches/2012/dev_UKMO_2012/NEMOGCM/SETTE/sette_beginner.sh

    r3336 r3603  
    4141export BATCH_COMMAND_PAR="llsubmit" 
    4242export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
    43 # export MPI_INTERACT="no" 
     43export INTERACT_FLAG="no" 
     44export MPIRUN_FLAG="yes" 
    4445 
    4546# Directory to run the tests 
     
    5859# small test to start 
    5960# compile GYRE configuration with gfortran_osx compiler run with 1 proc, by default in cpp_GYRE.fcm file :  
    60 export TEST_NAME="TEST02" 
     61export TEST_NAME="prova_beginner" 
    6162cd ${SETTE_DIR} 
    62 . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_SHORT -r GYRE 
     63. ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_SHORT -r GYRE -j 10 add_key "key_mpp_mpi" 
    6364cd ${SETTE_DIR} 
    6465. param.cfg  
     
    6768. prepare_exe_dir.sh 
    6869JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     70NPROC=4 
     71\rm $JOB_FILE 
    6972cd ${EXE_DIR} 
    7073# setting namelist parameters 
     
    7982 
    8083cd ${SETTE_DIR} 
    81 # . ./prepare_job.sh input_file_config_name NB_PROCS TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE 
    82 . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT no $JOB_FILE 
     84. ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    8385# run job, with 1 processor, test named SHORT (= 60 time steps) 
    84 #. ./fcm_job.sh NB_PROCS JOB_FILE INTERACT_FLAG MPI_FLAG 
    85     cd ${SETTE_DIR}    
    86 . ./fcm_job.sh 1 $JOB_FILE no no 
    87  
     86cd ${SETTE_DIR}    
     87. ./fcm_job.sh 4 ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.