Changeset 4148


Ignore:
Timestamp:
2013-11-04T13:54:28+01:00 (8 years ago)
Author:
cetlod
Message:

merge in trunk changes between r3853 and r3940 and commit the changes, see ticket #1169

Location:
branches/2013/dev_LOCEAN_2013
Files:
20 deleted
51 edited
10 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/DOC/TexFiles/Chapters/Chap_DIA.tex

    r4147 r4148  
    11% ================================================================ 
    2 % Chapter I/O & Diagnostics 
     2% Chapter � I/O & Diagnostics 
    33% ================================================================ 
    44\chapter{Ouput and Diagnostics (IOM, DIA, TRD, FLO)} 
     
    3131"\textit{grep -i numout}" in the source code directory. 
    3232 
    33 In the standard configuration, the user will find the model results in  
    34 NetCDF files containing mean values (or instantaneous values if  
    35 \key{diainstant} is defined) for every time-step where output is demanded. 
    36 These outputs are defined in the \mdl{diawri} module.  
    37 When defining \key{dimgout}, the output are written in DIMG format, 
    38 an IEEE output format. 
    39  
    40 Since version 3.2, an I/O server has been added which provides more 
    41 flexibility in the choice of the fields to be output as well as how the  
    42 writing work is distributed over the processors in massively parallel 
    43 computing. It is presented in next section.  
    44  
     33By default, outpout files are written in NetCDF format but an IEEE output format, called DIMG, can be choosen when defining \key{dimgout}. Since version 3.2, when defining \key{iomput}, an I/O server has been added which provides more flexibility in the choice of the fields to be outputted as well as how the writing work is distributed over the processors in massively parallel computing. The complete description of the use of this I/O server is presented in next section. If neither \key{iomput} nor \key{dimgout} are defined, NEMO is producing NetCDF with the old IOIPSL library which has been kept for compatibility and its easy installation, but it is quite inefficient on parrallel machines. If \key{iomput} is not defined, output files are defined in the \mdl{diawri} module and containing mean (or instantaneous if \key{diainstant} is defined) values over a period of nn\_write time-step (namelist parameter).  
    4534 
    4635%\gmcomment{                    % start of gmcomment 
     
    5342 
    5443 
    55 Since version 3.2, iom\_put is the NEMO output interface. It was designed to be simple to use,  
    56 flexible and efficient. Two main functionalities are covered by iom\_put:  
    57 (1) the control of the output files through an external xml file defined by the user ;  
    58 (2) the distribution (or not) of all task related to output files on dedicated processors. 
    59 The first functionality allows the user to specify, without touching anything into the code,  
    60 the way he want to output data: \\ 
     44Since version 3.2, iomput is the NEMO output interface. It was designed to be simple to use, flexible and efficient. The two main purposes of iomput are: \\ 
     45(1) the complete and flexible control of the output files through an external xml file defined by the user \\ 
     46(2) to achieve high performance outputs through the distribution (or not) of all tasks related to output files on dedicated processes. \\ 
     47The first functionality allows the user to specify, without touching anything into the code, the way he want to output data: \\ 
    6148- choice of output frequencies that can be different for each file (including real months and years) \\ 
    62 - choice of file contents: decide which data will be written in which file (the same data can be  
    63 outputted in different files) \\ 
    64 - possibility to extract a subdomain (for example all TAO-PIRATA-RAMA moorings are already defined)  \\ 
    65 - choice of the temporal operation to perform: mean, instantaneous, min, max  \\ 
     49- choice of file contents: decide which data will be written in which file (the same data can be outputted in different files)  \\ 
     50- possibility to split output files at a choosen frequency \\ 
     51- possibility to extract a vertical or an horizontal subdomain  \\ 
     52- choice of the temporal operation to perform: average, accumulate, instantaneous, min, max and once  \\ 
    6653- extremely large choice of data available   \\ 
    6754- redefine variables name and long\_name  \\ 
    68 In addition, iom\_put allows the user to output any variable (scalar, 2D or 3D) in the code  
    69 in a very easy way. All details of iom\_put functionalities are listed in the following subsections. 
    70 An example of the iodef.xml file that control the outputs can be found here:  
    71 NEMOGCM/CONFIG/ORCA2\_LIM/EXP00/iodef.xml 
    72  
    73 The second functionality targets outputs performances when running on a very large number of processes.  
    74 The idea is to dedicate N specific processes to write the outputs, where N is defined by the user.  
    75 In the current version, this functionality is technically working however, its performance are usually poor  
    76 (for known reasons). Users can therefore test this functionality but they must be aware that expected  
    77 performance improvement will not be achieved before the release 3.4. 
    78 An example of xmlio\_server.def NEMOGCM/CONFIG/ORCA2\_LIM/EXP00/xmlio\_server.def 
    79   
     55In addition, iomput allows the user to output any variable (scalar, 2D or 3D) in the code in a very easy way. All details of iomput functionalities are listed in the following subsections. Example of the iodef.xml files that control the outputs can be found here: NEMOGCM/CONFIG/ORCA2\_LIM/EXP00/iodef*.xml 
     56 
     57The second functionality targets outputs performances when running on a very large number of processes. First, iomput provides the possibility to dedicate N specific processes (in addition to NEMO processes) to write the outputs, where N is big enough (and defined by the user) to suppress the bottle neck associated with the the writing of the output files. Since version 3.5, this interface depends on an external code called \href{http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver}{XIOS}. This new IO server takes advantage of the new functionalitiy of NetCDF4 that allows the user to write files in parallel and therefore to bypass the rebuilding phase. Note that writting in parallel into the same NetCDF files requires that your NetCDF4 library is linked to an HDF5 library that has been correctly compiled (i.e. with the configure option $--$enable-parallel). Note that the files created by iomput trough xios are incompatible with NetCDF3. All post-processsing and visualization tools must therefore be compatible with NetCDF4 and not only NetCDF3. 
    8058 
    8159\subsection{Basic knowledge} 
     
    9371\subsubsection{Structure of the xml file used in NEMO} 
    9472 
    95 The xml file is split into 3 parts: 
     73The XML file used in XIOS is structured by 7 families of tags: context, axis, domain, grid, field, file and variable. Each tag family has hierarchy of three flavors (except for context): 
    9674\begin{description} 
    97 \item[field definition]: define all variables that can be output \\ 
    98 all lines in between the following two tags\\ 
    99 \verb?   <field\_definition ...> ?  \\ 
    100 \verb?   </field\_definition ...> ?  
     75\item[root]: declaration of the root element that can contain element groups or elements, for example : $<$file\_definition ...$/>$ \\ 
     76\item[group]: declaration of a group element that can contain element groups or elements, for example : $<$file\_group ...$/>$ \\ 
     77\item[element]: declaration of an element that can contain elements, for example : $<$file ...$/>$  \\ 
     78\end{description} 
     79 
     80Each element may have several attributes. Some attributes are mandatory, other are optional but have a default value and other are are completely optional. Id is a special attribute used to identify an element or a group of elements. It must be unique for a kind of element. It is optional, but no reference to the corresponding element can be done if it is not defined. 
     81 
     82The XML file is split into context tags that are used to isolate IO definition from different codes or different parts of a code. No interference is possible between 2 different contexts. Each context has its own calendar and an associated timestep. In NEMO, we used the following contexts (that can be defined in any order): 
     83\begin{description} 
     84\item[contex xios]: context containing informations for XIOS \\ 
     85\verb?   <context id="xios" ... ?  
     86\item[context nemo]: contex containing IO informations for NEMO (mother grid when using AGRIF) \\ 
     87\verb?   <context id="nemo" ... ?  
     88\item[context 1\_nemo]: contex containing IO informations for NEMO child grid 1 (when using AGRIF) \\ 
     89\verb?   <context id="1_nemo" ... ?   
     90\item[context n\_nemo]: contex containing IO informations for NEMO child grid n (when using AGRIF) \\ 
     91\verb?   <context id="n_nemo" ... ? 
     92\end{description} 
     93 
     94Each context tag related to NEMO (mother or child grids) is divided into 5 parts (that can be defined in any order): 
     95\begin{description} 
     96\item[field definition]: define all variables that can potentially be outputted \\ 
     97\verb?   <field_definition ... ? 
    10198\item[file definition]: define the netcdf files to be created and the variables they will contain \\ 
    102 all lines in between the following two tags \\ 
    103 \verb?   <field\_definition> ?  \\ 
    104 \verb?   </field\_definition> ? 
    105 \item[axis and grid definitions]: define the horizontal and vertical grids \\ 
    106 all lines in between the following two set of two tags\\ 
    107 \verb?   <axis\_definition ...> ?  \\ 
    108 \verb?   </axis\_definition ...> ? 
    109 and \\ 
    110 \verb?   <grid\_definition ...> ?  \\ 
    111 \verb?   </grid\_definition ...> ? 
     99\verb?   <file_definition ... ?  
     100\item[axis definitions]: define vertical axis \\ 
     101\verb?   <axis_definition ... ? 
     102\item[domain definitions]: define the horizontal grids \\ 
     103\verb?   <domain_definition ... ? 
     104\item[grid definitions]: define the 2D and 3D grids (association of an axis and a domain) \\ 
     105\verb?   <grid_definition ... ?  
    112106\end{description} 
    113107 
    114 \subsubsection{Inheritance and group } 
    115  
    116  Xml extensively uses the concept of inheritance. \\ 
     108the xios context contains only 1 tag: 
     109\begin{description} 
     110\item[variable definition]: define variables needed by xios. This can be seen as a kind of namelist for xios. \\ 
     111\verb?   <variable_definition ... ?  
     112\end{description} 
     113 
     114The XML file can be split in different parts to improve its readability and facilitate its use. The inclusing of XML files into the main XML file can be done through the attribute src: \\ 
     115\verb?   <context src="./nemo_def.xml" /> ?  
     116In NEMO, by default, the field and domain définition is done in 2 séparate files: \\ 
     117NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field\_def.xml and \\ 
     118NEMOGCM/CONFIG/SHARED/domain\_def.xml that are included in the main iodef.xml file through the following commands: \\ 
     119\verb?   <field_definition src="./field_def.xml" /> ? \\ 
     120\verb?   <domain_definition src="./domain_def.xml" /> ?  
     121 
     122 
     123\subsubsection{Use of inheritance} 
     124 
     125XML extensively uses the concept of inheritance. XML has a based tree structure with a parent-child oriented relation: all children inherit attributes from parent, but an attribute defined in a child replace the inherited attribute value. Note that the special attribute ''id'' is never inherited.  \\ 
    117126\\ 
    118 example 1: \\ 
    119 \vspace{-30pt} 
     127example 1: Direct inheritance. \\ 
    120128\begin{alltt}  {{\scriptsize     
    121129\begin{verbatim} 
    122    <field_definition operation="ave(X)" > 
     130   <field_definition operation="average" > 
    123131      <field id="sst"                    />   <!-- averaged      sst -->  
    124       <field id="sss" operation="inst(X)"/>   <!-- instantaneous sss -->  
     132      <field id="sss" operation="instant"/>   <!-- instantaneous sss -->  
    125133   </field_definition>  
    126134\end{verbatim} 
    127135}}\end{alltt}  
    128136 
    129 The field ''sst'' which is part (or a child) of the field\_definition will inherit the value ''ave(X)''  
    130 of the attribute ''operation'' from its parent ''field definition''. Note that a child can overwrite  
     137The field ''sst'' which is part (or a child) of the field\_definition will inherit the value ''average''  
     138of the attribute ''operation'' from its parent. Note that a child can overwrite  
    131139the attribute definition inherited from its parents. In the example above, the field ''sss'' will  
    132 therefore output instantaneous values instead of average values. 
    133  
    134 example 2: Use (or overwrite) attributes value of a field when listing the variables included in a file 
    135 \vspace{-20pt} 
     140for example output instantaneous values instead of average values. \\ 
     141\\ 
     142example 2: Inheritance by reference. \\ 
    136143\begin{alltt}  {{\scriptsize 
    137144\begin{verbatim} 
    138145   <field_definition> 
    139       <field id="sst" description="sea surface temperature" />    
    140       <field id="sss" description="sea surface salinity"    />   
     146      <field id="sst" long_name="sea surface temperature" />    
     147      <field id="sss" long_name="sea surface salinity"    />   
    141148   </field_definition>       
    142149 
    143150   <file_definition> 
    144       <file id="file_1" />    
    145             <field ref="sst"                              />  <!-- default def --> 
    146             <field ref="sss" description="my description" />  <!-- overwrite   --> 
     151      <file id="myfile" output_freq="1d" />    
     152            <field field_ref="sst"                            />  <!-- default def --> 
     153            <field field_ref="sss" long_name="my description" />  <!-- overwrite   --> 
    147154      </file>    
    148155   </file_definition>  
    149156\end{verbatim} 
    150157}}\end{alltt}  
    151  
    152 With the help of the inheritance, the concept of group allow to define a set of attributes  
    153 for several fields or files.  
    154  
    155 example 3, group of fields: define a group ''T\_grid\_variables'' identified with the name  
    156 ''grid\_T''. By default variables of this group have no vertical axis but, following inheritance  
    157 rules, ''axis\_ref'' can be redefined for the field ''toce'' that is a 3D variable. 
    158 \vspace{-30pt} 
    159 \begin{alltt}  {{\scriptsize 
    160 \begin{verbatim} 
    161    <field_definition> 
    162       <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="T_grid_variables"> 
    163             <field id="sst"/>   
    164             <field id="sss"/>   
    165             <field id="toce" axis_ref="deptht"/>  <!-- overwrite axis def --> 
    166       </group> 
    167    </field_definition>  
    168 \end{verbatim} 
    169 }}\end{alltt}  
    170  
    171 example 4, group of files: define a group of file with the attribute output\_freq equal to 432000 (5 days) 
    172 \vspace{-30pt} 
    173 \begin{alltt}  {{\scriptsize 
    174 \begin{verbatim} 
    175    <file_definition> 
    176       <group id="5d" output_freq="432000">    <!-- 5d files --> 
    177          <file id="5d_grid_T" name="auto">   <!-- T grid file --> 
     158Inherite (and overwrite, if needed) the attributes of a tag you are refering to. 
     159 
     160\subsubsection{Use of Group} 
     161 
     162Groups can be used fort 2 purposes. \\ 
     163 
     164First, the group can be used to define common attributes to be shared by the elements of the group through the inheritance. In the following example, we define a group of field that will share a common grid ''grid\_T\_2D''. Note that for the field ''toce'', we overwrite the grid definition inherited from the group by ''grid\_T\_3D''. 
     165\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     166\begin{verbatim} 
     167   <field_group id="grid_T" grid_ref="grid_T_2D"> 
     168      <field id="toce" long_name="temperature"             unit="degC" grid_ref="grid_T_3D"/> 
     169      <field id="sst"  long_name="sea surface temperature" unit="degC"                     /> 
     170      <field id="sss"  long_name="sea surface salinity"    unit="psu"                      /> 
     171      <field id="ssh"  long_name="sea surface height"      unit="m"                        /> 
    178172         ... 
    179          </file> 
    180          <file id="5d_grid_U" name="auto">   <!-- U grid file --> 
     173\end{verbatim} 
     174}}\end{alltt}  
     175 
     176Second, the group can be used to replace a list of elements. Several examples of groups of fields are proposed at the end of the file \\ 
     177NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field\_def.xml. For example, a short list of usual variables related to the U grid: 
     178\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     179\begin{verbatim} 
     180   <field_group id="groupU" > 
     181      <field field_ref="uoce"  /> 
     182      <field field_ref="suoce" /> 
     183      <field field_ref="utau"  /> 
     184   </field_group> 
     185\end{verbatim} 
     186}}\end{alltt}  
     187that can be directly include in a file through the following syntaxe: 
     188\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     189\begin{verbatim} 
     190   <file id="myfile_U" output_freq="1d" />    
     191      <field_group group_ref="groupU"/>   
     192      <field field_ref="uocetr_eff"  />  <!-- add another field --> 
     193   </file>    
     194\end{verbatim} 
     195}}\end{alltt}  
     196 
     197\subsection{Detailed functionalities } 
     198 
     199The file NEMOGCM/CONFIG/ORCA2\_LIM/iodef\_demo.xml provides several examples of the use of the new functionalities offered by the XML interface of XIOS.  
     200 
     201\subsubsection{Define horizontal subdomains} 
     202Horizontal subdomains are defined through the attributs zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj of the tag family domain. It must therefore be done in the domain part of the XML file. For example, in NEMOGCM/CONFIG/SHARED/domain\_def.xml, we provide the following example of a definition of a 5 by 5 box with the bottom left corner at point (10,10). 
     203\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     204\begin{verbatim} 
     205   <domain_group id="grid_T"> 
     206      <domain id="myzoom" zoom_ibegin="10" zoom_jbegin="10" zoom_ni="5" zoom_nj="5" /> 
     207\end{verbatim} 
     208}}\end{alltt}  
     209The use of this subdomain is done through the redefinition of the attribute domain\_ref of the tag family field. For example: 
     210\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     211\begin{verbatim} 
     212   <file id="myfile_vzoom" output_freq="1d" > 
     213      <field field_ref="toce" domain_ref="myzoom"/> 
     214   </file> 
     215\end{verbatim} 
     216}}\end{alltt}  
     217Moorings are seen as an extrem case corresponding to a 1 by 1 subdomain. The Equatorial section, the TAO, RAMA and PIRATA moorings are alredy registered in the code and can therefore be outputted without taking care of their (i,j) position in the grid. These predefined domains can be activated by the use of specific domain\_ref: ''EqT'', ''EqU'' or ''EqW'' for the equatorial sections and the mooring position for TAO, RAMA and PIRATA followed by ''T'' (for example: ''8s137eT'', ''1.5s80.5eT'' ...) 
     218\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     219\begin{verbatim} 
     220   <file id="myfile_vzoom" output_freq="1d" > 
     221      <field field_ref="toce" domain_ref="0n180wT"/> 
     222   </file> 
     223\end{verbatim} 
     224}}\end{alltt}  
     225Note that if the domain decomposition used in XIOS cuts the subdomain in several parts and if you use the ''multiple\_file'' type for your output files, you will endup with several files you will need to rebuild using unprovided tools (like ncpdq and ncrcat, \href{http://nco.sourceforge.net/nco.html#Concatenation}{see nco manual}). We are therefore advising to use the ''one\_file'' type in this case. 
     226 
     227\subsubsection{Define vertical zooms} 
     228Vertical zooms are defined through the attributs zoom\_begin and zoom\_end of the tag family axis. It must therefore be done in the axis part of the XML file. For example, in NEMOGCM/CONFIG/ORCA2\_LIM/iodef\_demo.xml, we provide the following example: 
     229\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     230\begin{verbatim} 
     231   <axis_group id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" > 
     232      <axis id="deptht" /> 
     233      <axis id="deptht_myzoom" zoom_begin="1" zoom_end="10" /> 
     234\end{verbatim} 
     235}}\end{alltt}  
     236The use of this vertical zoom is done through the redefinition of the attribute axis\_ref of the tag family field. For example: 
     237\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     238\begin{verbatim} 
     239   <file id="myfile_hzoom" output_freq="1d" > 
     240      <field field_ref="toce" axis_ref="deptht_myzoom"/> 
     241   </file> 
     242\end{verbatim} 
     243}}\end{alltt}  
     244 
     245\subsubsection{Control of the output file names} 
     246 
     247The output file names are defined by the attributs ''name'' and ''name\_suffix'' of the tag family file. for example: 
     248\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     249\begin{verbatim} 
     250   <file_group id="1d" output_freq="1d" name="myfile_1d" >  
     251      <file id="myfileA" name_suffix="_AAA" > <!-- will create file "myfile_1d_AAA"  --> 
    181252         ... 
    182          </file> 
    183       </group> 
    184    </file_definition>  
    185 \end{verbatim} 
    186 }}\end{alltt}  
    187  
    188 \subsubsection{Control of the xml attributes from NEMO} 
    189  
    190 The values of some attributes are automatically defined by NEMO (and any definition  
    191 given in the xml file is overwritten). By convention, these attributes are defined to ''auto''  
    192 (for string) or ''0000'' (for integer) in the xml file (but this is not necessary).  
     253      </file> 
     254      <file id="myfileB" name_suffix="_BBB" > <!-- will create file "myfile_1d_BBB" --> 
     255         ... 
     256      </file> 
     257   </file_group> 
     258\end{verbatim} 
     259}}\end{alltt}  
     260However it is also often very convienent to define the file name with the name of the experience, the output file frequency and the date of the beginning and the end of the simulation (which are informations stored either in the namelist or in the XML file). To do so, we added the following rule: if the id of the tag file is ''fileN''(where N = 1 to 99) or one of the predefined section or mooring (see next subsection), the following part of the name and the name\_suffix (that can be inherited) will be automatically replaced by: \\ 
     261\\ 
     262\begin{tabular}{|p{4cm}|p{8cm}|} 
     263   \hline 
     264   \centering part of the name automatically to be replaced & 
     265   by \\ 
     266   \hline 
     267   \hline 
     268   \centering @expname@ & 
     269   the experience name (from cn\_exp in the namelist) \\ 
     270   \hline 
     271   \centering @freq@ & 
     272   output frequency (from attribute output\_freq) \\ 
     273   \hline 
     274   \centering @startdate@  & 
     275   starting date of the simulation (from nn\_date0 in the restart or the namelist). \verb?yyyymmdd? format \\ 
     276   \hline 
     277   \centering @startdatefull@  &  
     278   starting date of the simulation (from nn\_date0 in the restart or the namelist). \verb?yyyymmdd_hh:mm:ss? format \\ 
     279   \hline 
     280   \centering @enddate@  & 
     281   ending date of the simulation (from nn\_date0 and nn\_itend in the namelist). \verb?yyyymmdd? format \\ 
     282   \hline 
     283   \centering @enddatefull@  &  
     284   ending date of the simulation (from nn\_date0 and nn\_itend in the namelist). \verb?yyyymmdd_hh:mm:ss? format \\ 
     285   \hline 
     286\end{tabular} 
     287\\ 
     288 
     289For example,  
     290 
     291\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     292\begin{verbatim} 
     293   <file id="myfile_hzoom" name="myfile_@expname@_@startdate@_freq@freq@" output_freq="1d" > 
     294\end{verbatim} 
     295}}\end{alltt}  
     296 
     297With, in the namelist: 
     298 
     299\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     300\begin{verbatim} 
     301   cn_exp      =  "ORCA2" 
     302   nn_date0    =  19891231 
     303   ln_rstart   = .false. 
     304\end{verbatim} 
     305}}\end{alltt}  
     306 
     307will give the following file name radical: 
     308 
     309\begin{alltt}  {{\scriptsize 
     310\begin{verbatim} 
     311   myfile_ORCA2_19891231_freq1d  
     312\end{verbatim} 
     313}}\end{alltt}  
     314 
     315 
     316\subsubsection{Other controls of the xml attributes from NEMO} 
     317 
     318The values of some attributes are automatically defined by NEMO (and any definition given in the xml file is overwritten). By convention, these attributes are defined to ''auto'' (for string) or ''0000'' (for integer) in the xml file (but this is not necessary).  
    193319 
    194320Here is the list of these attributes: \\ 
     
    202328    \multicolumn{2}{|c|}{field\_definition} & freq\_op & \np{rn\_rdt} \\ 
    203329   \hline 
    204     \multicolumn{2}{|c|}{SBC}                  & freq\_op & \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_fsbc} \\ 
    205    \hline 
    206     1h, 2h, 3h, 4h, 6h, 12h & \_grid\_T, \_grid\_U,  &  name & filename defined by   \\ 
    207     1d, 3d, 5d                     & \_grid\_V, \_grid\_W, &            & a call to rou{dia\_nam}  \\ 
    208     1m, 2m, 3m, 4m, 6m    & \_icemod, \_ptrc\_T,  &            & following NEMO \\ 
    209     1y, 2y, 5y, 10y               &  \_diad\_T, \_scalar   &            & nomenclature \\ 
     330    \multicolumn{2}{|c|}{SBC}               & freq\_op & \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_fsbc}  \\ 
     331   \hline 
     332    \multicolumn{2}{|c|}{ptrc\_T}           & freq\_op & \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_dttrc} \\ 
     333   \hline 
     334    \multicolumn{2}{|c|}{diad\_T}           & freq\_op & \np{rn\_rdt} $\times$ \np{nn\_dttrc} \\ 
    210335   \hline 
    211336    \multicolumn{2}{|c|}{EqT, EqU, EqW} & jbegin, ni,      & according to the grid    \\ 
    212337    \multicolumn{2}{|c|}{                         } & name\_suffix &                                      \\ 
    213338   \hline 
    214     \multicolumn{2}{|c|}{TAO, RAMA and PIRATA moorings} & ibegin, jbegin,      & according to the grid    \\ 
     339   \multicolumn{2}{|c|}{TAO, RAMA and PIRATA moorings} & zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, & according to the grid    \\ 
    215340    \multicolumn{2}{|c|}{                                                       } & name\_suffix &                                      \\ 
    216341   \hline 
     
    218343 
    219344 
    220 \subsection{ Detailed functionalities } 
    221  
    222345\subsubsection{Tag list} 
    223346 
    224 \begin{description} 
    225  
    226 \item[context]: define the model using the xml file. Id is the only attribute accepted.  
    227 Its value must be ''nemo'' or ''n\_nemo'' for the nth AGRIF zoom. Child of simulation tag. 
    228  
    229 \item[field]: define the field to be output. Accepted attributes are axis\_ref, description, enable,  
    230 freq\_op, grid\_ref, id (if child of field\_definition), level, operation, name, ref (if child of file),  
    231 unit, zoom\_ref. Child of field\_definition, file or group of fields tag. 
    232  
    233 \item[field\_definition]: definition of the part of the xml file corresponding to the field definition.  
    234 Accept the same attributes as field tag. Child of context tag. 
    235  
    236 \item[group]: define a group of file or field. Accept the same attributes as file or field. 
    237  
    238 \item[file]: define the output file's characteristics. Accepted attributes are description, enable,  
    239 output\_freq, output\_level, id, name, name\_suffix. Child of file\_definition or group of files tag. 
    240  
    241 \item[file\_definition]: definition of the part of the xml file corresponding to the file definition.  
    242 Accept the same attributes as file tag. Child of context tag. 
    243  
    244 \item[axis]: definition of the vertical axis. Accepted attributes are description, id, positive, size, unit.  
    245 Child of axis\_definition tag. 
    246  
    247 \item[axis\_definition]: definition of the part of the xml file corresponding to the vertical axis definition.  
    248 Accept the same attributes as axis tag. Child of context tag 
    249  
    250 \item[grid]: definition of the horizontal grid. Accepted attributes are description and id.  
    251 Child of axis\_definition tag. 
    252  
    253 \item[grid\_definition]: definition of the part of the xml file corresponding to the horizontal grid definition.  
    254 Accept the same attributes as grid tag. Child of context tag 
    255  
    256 \item[zoom]: definition of a subdomain of an horizontal grid. Accepted attributes are description, id,  
    257 i/jbegin, ni/j. Child of grid tag. 
    258  
    259 \end{description} 
     347 
     348\begin{tabular}{|p{2cm}|p{2.5cm}|p{3.5cm}|p{2cm}|p{2cm}|} 
     349   \hline 
     350   tag name &  
     351   description &  
     352   accepted attribute &  
     353   child of & 
     354   parent of \\ 
     355   \hline    
     356   \hline    
     357   simulation &  
     358   this tag is the root tag which encapsulates all the content of the xml file & 
     359   none & 
     360   none & 
     361   context \\ 
     362   \hline    
     363   context & 
     364   encapsulates parts of the xml file dédicated to different codes or different parts of a code & 
     365   id (''xios'', ''nemo'' or ''n\_nemo'' for the nth AGRIF zoom), src, time\_origin & 
     366   simulation & 
     367   all root tags: ...\_definition \\ 
     368   \hline    
     369   \hline    
     370   field\_definition & 
     371   encapsulates the definition of all the fields that can potentially be outputted & 
     372   axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, grid\_ref, level, operation, prec, src & 
     373   context & 
     374   field or field\_group \\ 
     375   \hline    
     376   field\_group & 
     377   encapsulates a group of fields & 
     378   axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, group\_ref, grid\_ref, id, level, operation, prec, src & 
     379   field\_definition, field\_group, file & 
     380   field or field\_group \\ 
     381   \hline    
     382   field & 
     383   define a specific field & 
     384   axis\_ref, default\_value, domain\_ref, enabled, field\_ref, grid\_ref, id, level, long\_name, name, operation, prec, standard\_name, unit & 
     385   field\_definition, field\_group, file & 
     386   none \\ 
     387   \hline    
     388   \hline    
     389   file\_definition &  
     390   encapsulates the definition of all the files that will be outputted & 
     391   enabled, min\_digits, name, name\_suffix, output\_level, split\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src & 
     392   context &  
     393   file or file\_group \\ 
     394   \hline    
     395   file\_group &  
     396   encapsulates a group of files that will be outputted & 
     397   enabled, description, id, min\_digits, name, name\_suffix, output\_freq, output\_level, split\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src & 
     398   file\_definition, file\_group &  
     399   file or file\_group \\ 
     400   \hline    
     401   file &  
     402   defile the contentof a file to be outputted & 
     403   enabled, description, id, min\_digits, name, name\_suffix, output\_freq, output\_level, split\_format, split\_freq, sync\_freq, type, src & 
     404   file\_definition, file\_group &  
     405   field \\ 
     406   \hline    
     407\end{tabular} 
     408\begin{tabular}{|p{2cm}|p{2.5cm}|p{3.5cm}|p{2cm}|p{2cm}|} 
     409   \hline 
     410   tag name &  
     411   description &  
     412   accepted attribute &  
     413   child of & 
     414   parent of \\ 
     415   \hline    
     416   \hline    
     417   axis\_definition &  
     418   define all the vertical axis potentially used by the variables & 
     419   src & 
     420   context &   
     421   axis\_group, axis \\ 
     422   \hline    
     423   axis\_group &  
     424   encapsulates a group of vertical axis & 
     425   id, lon\_name, positive, src, standard\_name, unit, zoom\_begin, zoom\_end, zoom\_size & 
     426   axis\_definition, axis\_group &  
     427   axis\_group, axis \\ 
     428   \hline    
     429   axis &  
     430   define a vertical axis & 
     431   id, lon\_name, positive, src, standard\_name, unit, zoom\_begin, zoom\_end, zoom\_size & 
     432   axis\_definition, axis\_group  &  
     433   none \\ 
     434   \hline    
     435   \hline    
     436   domain\_definition &  
     437   define all the horizontal domains potentially used by the variables & 
     438   src & 
     439   context &  
     440   domain\_group, domain \\ 
     441   \hline    
     442   domain\_group &  
     443   encapsulates a group of horizontal domains & 
     444   id, lon\_name, src, zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj & 
     445   domain\_definition, domain\_group &  
     446   domain\_group, domain \\ 
     447   \hline    
     448   domain &  
     449   define an horizontal domain & 
     450   id, lon\_name, src, zoom\_ibegin, zoom\_jbegin, zoom\_ni, zoom\_nj & 
     451   domain\_definition, domain\_group &  
     452   none \\ 
     453   \hline    
     454   \hline    
     455   grid\_definition &  
     456   define all the grid (association of a domain and/or an axis) potentially used by the variables & 
     457   src & 
     458   context &  
     459   grid\_group, grid \\ 
     460   \hline    
     461   grid\_group &  
     462   encapsulates a group of grids & 
     463   id, domain\_ref, axis\_ref & 
     464   grid\_definition, grid\_group &  
     465   grid\_group, grid \\ 
     466   \hline    
     467   grid &  
     468   define a grid & 
     469   id, domain\_ref, axis\_ref & 
     470   grid\_definition, grid\_group &  
     471   none \\ 
     472   \hline    
     473\end{tabular} 
    260474 
    261475 
    262476\subsubsection{Attributes list} 
    263477 
    264 Applied to a tag or a group of tags. 
    265  
    266 % table to be added ? 
    267 Another table, perhaps? 
    268  
    269 %%%% 
    270  
    271 Attribute 
    272 Applied to? 
    273 Definition 
    274 Comment 
    275 axis\_ref 
    276 field 
    277 String defining the vertical axis of the variable. It refers to the id of the vertical axis defined in the axis tag. 
    278 Use ''non'' if the variable has no vertical axis 
    279  
    280 %%%%%% 
    281  
    282 \begin{description} 
    283  
    284 \item[axis\_ref]: field attribute. String defining the vertical axis of the variable.  
    285 It refers to the id of the vertical axis defined in the axis tag.  
    286 Use ''none'' if the variable has no vertical axis 
    287  
    288 \item[description]: this attribute can be applied to all tags but it is used only with the field tag.  
    289 In this case, the value of description will be used to define, in the output netcdf file,  
    290 the attributes long\_name and standard\_name of the variable. 
    291  
    292 \item[enabled]: field and file attribute. Logical to switch on/off the output of a field or a file.  
    293  
    294 \item[freq\_op]: field attribute (automatically defined, see part 1.4 (''control of the xml attributes'')).  
    295 An integer defining the frequency in seconds at which NEMO is calling iom\_put for this variable.  
    296 It corresponds to the model time step (rn\_rdt in the namelist) except for the variables computed  
    297 at the frequency of the surface boundary condition (rn\_rdt ? nn\_fsbc in the namelist).    
    298  
    299 \item[grid\_ref]: field attribute. String defining the horizontal grid of the variable.  
    300 It refers to the id of the grid tag. 
    301  
    302 \item[ibegin]: zoom attribute. Integer defining the zoom starting point along x direction.  
    303 Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings (see part 1.4).   
    304  
    305 \item[id]: exists for all tag. This is a string defining the name to a specific tag that will be used  
    306 later to refer to this tag. Tags of the same category must have different ids. 
    307  
    308 \item[jbegin]: zoom attribute. Integer defining the zoom starting point along y direction.  
    309 Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings and equatorial section (see part 1.4).  
    310  
    311 \item[level]: field attribute. Integer from 0 to 10 defining the output priority of a field.  
    312 See output\_level attribute definition 
    313  
    314 \item[operation]: field attribute. String defining the type of temporal operation to perform on a variable.  
    315 Possible choices are ''ave(X)'' for temporal mean, ''inst(X)'' for instantaneous, ''t\_min(X)'' for temporal min  
    316 and ''t\_max(X)'' for temporal max. 
    317  
    318 \item[output\_freq]: file attribute. Integer defining the operation frequency in seconds.  
    319 For example 86400 for daily mean. 
    320  
    321 \item[output\_level]: file attribute. Integer from 0 to 10 defining the output priority of variables in a file:  
    322 all variables listed in the file with a level smaller or equal to output\_level will be output.  
    323 Other variables won't be output even if they are listed in the file.   
    324  
    325 \item[positive]: axis attribute (always .FALSE.). Logical defining the vertical axis convention used  
    326 in \NEMO (positive downward). Define the attribute positive of the variable in the netcdf output file. 
    327  
    328 \item[prec]: field attribute. Integer defining the output precision.  
    329 Not implemented, we always output real4 arrays.  
    330  
    331 \item[name]: field or file attribute. String defining the name of a variable or a file.  
    332 If the name of a file is undefined, its id is used as a name. 2 files must have different names.  
    333 Files with specific ids will have their name automatically defined (see part 1.4).  
    334 Note that is name will be automatically completed by the cpu number (if needed) and ''.nc'' 
    335  
    336 \item[name\_suffix]: file attribute. String defining a suffix to be inserted after the name  
    337 and before the cpu number and the ''.nc'' termination. Files with specific ids have an  
    338 automatic definition of their suffix (see part 1.4). 
    339  
    340 \item[ni]: zoom attribute. Integer defining the zoom extent along x direction.  
    341 Automatically defined for equatorial sections (see part 1.4).   
    342  
    343 \item[nj]: zoom attribute. Integer defining the zoom extent along x direction.  
    344  
    345 \item[ref]: field attribute. String referring to the id of the field we want to add in a file. 
    346  
    347 \item[size]: axis attribute. use unknown... 
    348  
    349 \item[unit]: field attribute. String defining the unit of a variable and the associated  
    350 attribute in the netcdf output file. 
    351  
    352 \item[zoom\_ref]: field attribute. String defining the subdomain of data on which  
    353 the file should be written (to ouput data only in a limited area).  
    354 It refers to the id of a zoom defined in the zoom tag. 
    355 \end{description} 
    356  
    357  
    358 \subsection{IO\_SERVER} 
     478\begin{tabular}{|p{2cm}|p{4cm}|p{4cm}|p{2cm}|} 
     479   \hline 
     480   attribute name &  
     481   description &  
     482   example &  
     483   accepted by \\  
     484   \hline    
     485   \hline    
     486   axis\_ref &  
     487   refers to the id of a vertical axis &  
     488   axis\_ref="deptht" &  
     489   field, grid families \\  
     490   \hline    
     491   enabled &  
     492   switch on/off the output of a field or a file &  
     493   enabled=".TRUE." &  
     494   field, file families \\  
     495   \hline    
     496   default\_value &  
     497   missing\_value definition &  
     498   default\_value="1.e20" &  
     499   field family \\  
     500   \hline    
     501   description &  
     502   just for information, not used &  
     503   description="ocean T grid variables" &  
     504   all tags \\  
     505   \hline    
     506   domain\_ref &  
     507   refers to the id of a domain &  
     508   domain\_ref="grid\_T" &  
     509   field or grid families \\  
     510   \hline    
     511   field\_ref= &  
     512   id of the field we want to add in a file &  
     513   field\_ref="toce" &  
     514   field \\  
     515   \hline    
     516   grid\_ref &  
     517   refers to the id of a grid &  
     518   grid\_ref="grid\_T\_2D" &  
     519   field family \\  
     520   \hline    
     521   group\_ref &  
     522   refer to a group of variables &  
     523   group\_ref="mooring" &  
     524   field\_group \\  
     525   \hline    
     526   id &  
     527   allow to identify a tag &  
     528   id="nemo" & 
     529   accepted by all tags except simulation \\  
     530   \hline    
     531   level &  
     532   output priority of a field: 0 (high) to 10 (low)&  
     533   level="1" &  
     534   field family \\  
     535   \hline    
     536   long\_name &  
     537   define the long\_name attribute in the NetCDF file &  
     538   long\_name="Vertical T levels" &  
     539   field \\  
     540   \hline    
     541   min\_digits &  
     542   specify the minimum of digits used in the core number in the name of the NetCDF file &  
     543   min\_digits="4" &  
     544   file family \\  
     545   \hline    
     546   name &  
     547   name of a variable or a file. If the name of a file is undefined, its id is used as a name &  
     548   name="tos" &  
     549   field or file families \\  
     550   \hline    
     551   name\_suffix &  
     552   suffix to be inserted after the name and before the cpu number and the ''.nc'' termination of a file &  
     553   name\_suffix="\_myzoom" &  
     554   file family \\  
     555   \hline    
     556\end{tabular} 
     557\begin{tabular}{|p{2cm}|p{4cm}|p{4cm}|p{2cm}|} 
     558   \hline 
     559   attribute name &  
     560   description &  
     561   example &  
     562   accepted by \\  
     563   \hline    
     564   \hline    
     565   operation &  
     566   type of temporal operation: average, accumulate, instantaneous, min, max and once &  
     567   operation="average" &  
     568   field family \\  
     569   \hline    
     570   output\_freq &  
     571   operation frequency. units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s. &  
     572   output\_freq="1d12h" &  
     573   field family \\  
     574   \hline    
     575   output\_level &  
     576   output priority of variables in a file: 0 (high) to 10 (low). All variables listed in the file with a level smaller or equal to output\_level will be output. Other variables won't be output even if they are listed in the file. &   
     577   output\_level="10"&  
     578   file family \\  
     579   \hline    
     580   positive &  
     581   convention used for the orientation of vertival axis (positive downward in \NEMO). &  
     582   positive="down" &  
     583   axis family \\  
     584   \hline    
     585   prec &  
     586   output precision: real 4 or real 8 &  
     587   prec="4" &  
     588   field family \\  
     589   \hline    
     590   split\_format &  
     591   date format used in the name of splitted output files. can be spécified using the following syntaxe: \%y, \%mo, \%d, \%h \%mi and \%s &  
     592   split\_format="\%yy\%mom\%dd" &  
     593   file family \\  
     594   \hline    
     595   split\_freq &  
     596   split output files frequency. units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s. &  
     597   split\_freq="1mo" &  
     598   file family \\  
     599   \hline    
     600   src &  
     601   allow to include a file &  
     602   src="./field\_def.xml" &  
     603   accepted by all tags except simulation \\  
     604   \hline    
     605   standard\_name &  
     606   define the standard\_name attribute in the NetCDF file &  
     607   standard\_name="Eastward\_Sea\_Ice\_Transport" &  
     608   field \\  
     609   \hline    
     610   sync\_freq &  
     611   NetCDF file synchronization frequency (update of the time\_counter). units can be ts (timestep), y, mo, d, h, mi, s. &  
     612   sync\_freq="10d" &  
     613   file family \\  
     614   \hline    
     615\end{tabular} 
     616\begin{tabular}{|p{2cm}|p{4cm}|p{4cm}|p{2cm}|} 
     617   \hline 
     618   attribute name &  
     619   description &  
     620   example &  
     621   accepted by \\  
     622   \hline    
     623   \hline    
     624   time\_origin &  
     625   specify the origin of the time counter &  
     626   time\_origin="1900-01-01 00:00:00"&  
     627   context \\  
     628   \hline    
     629   type (1)&  
     630   specify if the output files must be splitted (multiple\_file) or not (one\_file) &  
     631   type="multiple\_file" &  
     632   file familly \\  
     633   \hline    
     634   type (2)&  
     635   define the type of a variable tag &  
     636   type="boolean" &  
     637   variable \\  
     638   \hline    
     639   unit &  
     640   unit of a variable or the vertical axis &  
     641   unit="m" &  
     642   field and axis families \\  
     643   \hline    
     644   zoom\_ibegin &  
     645   starting point along x direction of the zoom. Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings &  
     646   zoom\_ibegin="1" &  
     647   domain family \\  
     648   \hline    
     649   zoom\_jbegin &  
     650   starting point along y direction of the zoom. Automatically defined for TAO/RAMA/PIRATA moorings &  
     651   zoom\_jbegin="1" &  
     652   domain family \\  
     653   \hline    
     654   zoom\_ni &  
     655   zoom extent along x direction &  
     656   zoom\_ni="1" &  
     657   domain family \\  
     658   \hline    
     659   zoom\_nj &  
     660   zoom extent along y direction &  
     661   zoom\_nj="1" &  
     662   domain family \\  
     663   \hline    
     664\end{tabular} 
     665 
     666\subsection{XIOS: the IO\_SERVER} 
    359667 
    360668\subsubsection{Attached or detached mode?} 
    361669 
    362 Iom\_put is based on the io\_server developed by Yann Meurdesoif from IPSL  
    363 (see \href{http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver/browser}{here} for the source code or  
    364 see its copy in NEMOGCM/EXTERNAL directory).  
    365 This server can be used in ''attached mode'' (as a library) or in ''detached mode''  
    366 (as an external executable on n cpus). In attached mode, each cpu of NEMO will output  
    367 its own subdomain. In detached mode, the io\_server will gather data from NEMO  
    368 and output them split over n files with n the number of cpu dedicated to the io\_server. 
    369  
    370 \subsubsection{Control the io\_server: the namelist file xmlio\_server.def} 
    371  
    372 % 
    373 %Again, a small table might be more readable? 
    374 %Name 
    375 %Type 
    376 %Description 
    377 %Comment 
    378 %Using_server 
    379 %Logical  
    380 %Switch to use the server in attached or detached mode 
    381 %(.TRUE. corresponding to detached mode). 
    382  
    383 The control of the use of the io\_server is done through the namelist file of the io\_server  
    384 called xmlio\_server.def. 
    385  
    386 \textbf{using\_server}: logical, switch to use the server in attached or detached mode  
    387 (.TRUE. corresponding to detached mode). 
    388  
    389 \textbf{using\_oasis}: logical, set to .TRUE. if NEMO is used in coupled mode. 
    390  
    391 \textbf{client\_id} = ''oceanx'' : character, used only in coupled mode.  
    392 Specify the id used in OASIS to refer to NEMO. The same id must be used to refer to NEMO  
    393 in the \$NBMODEL part of OASIS namcouple in the call of prim\_init\_comp\_proto in cpl\_oasis3f90 
    394  
    395 \textbf{server\_id} = ''ionemo'' : character, used only in coupled mode.  
    396 Specify the id used in OASIS to refer to the IO\_SERVER when used in detached mode.  
    397 Use the same id to refer to the io\_server in the \$NBMODEL part of OASIS namcouple. 
    398  
    399 \textbf{global\_mpi\_buffer\_size}: integer; define the size in Mb of the MPI buffer used by the io\_server. 
    400  
    401 \subsubsection{Number of cpu used by the io\_server in detached mode} 
    402  
    403 The number of cpu used by the io\_server is specified only when launching the model. 
    404 Here is an example of 2 cpus for the io\_server and 6 cpu for opa using mpirun: 
    405  
    406 \texttt{ -p 2 -e ./ioserver} 
    407  
    408 \texttt{ -p 6 -e ./opa } 
    409  
     670Iomput is based on \href{http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver/wiki}{XIOS}, the io\_server developed by Yann Meurdesoif from IPSL. This server can be used in ''attached mode'' (as a library) or in ''detached mode'' (as an external executable on n cpus). The ''attached mode'' is simpler to use but much less efficient. If the type of file is ''multiple\_file'', then in attached(detached) mode, each NEMO(XIOS) process will output its own subdomain: if NEMO(XIOS) is runnning on N cores, the ouput files will be splitted into N files. If the type of file is ''one\_file'', the output files will be directly recombined into one unique file either in ''detached mode'' or ''attached mode''.   
     671 
     672\subsubsection{Control of xios: the xios context in iodef.xml} 
     673 
     674The control of the use of xios is done through the xios context in iodef.xml. 
     675 
     676\begin{tabular}{|p{3cm}|p{6.5cm}|p{2.5cm}|} 
     677   \hline 
     678   variable name &  
     679   description &  
     680   example \\  
     681   \hline    
     682   \hline 
     683   buffer\_size &  
     684   buffer size used by XIOS to send data from NEMO to XIOS. Larger is more efficient. Note that needed/used buffer sizes are summarized at the end of the job &  
     685   25000000 \\  
     686   \hline    
     687   buffer\_server\_factor\_size &  
     688   ratio between NEMO and XIOS buffer size. Should be 2. &  
     689   2 \\  
     690   \hline 
     691   info\_level &  
     692   verbosity level (0 to 100) &  
     693   0 \\  
     694   \hline 
     695   using\_server &  
     696   activate attached(false) or detached(true) mode &  
     697   true \\  
     698   \hline 
     699   using\_oasis &  
     700   xios is used with OASIS(true) or not (false) &  
     701   false \\  
     702   \hline 
     703   oasis\_codes\_id &  
     704   when using oasis, define the identifier of NEMO in the namcouple. Not that the identifier of XIOS is xios.x &  
     705   oceanx \\  
     706   \hline    
     707\end{tabular} 
     708 
     709\subsubsection{Number of cpu used by XIOS in detached mode} 
     710 
     711The number of cores used by the xios is specified only when launching the model. The number or cores dedicated to XIOS should be from ~1/10 to ~1/50 of the number or cores dedicated to NEMO (according of the amount of data to be created). Here is an example of 2 cpus for the io\_server and 62 cpu for opa using mpirun: 
     712 
     713\texttt{ mpirun -np 2 ./nemo.exe : -np 62 ./xios\_server.exe } 
    410714 
    411715\subsection{Practical issues} 
     
    413717\subsubsection{Add your own outputs} 
    414718 
    415 It is very easy to add you own outputs with iom\_put. 4 points must be followed. 
     719It is very easy to add you own outputs with iomput. 4 points must be followed. 
    416720\begin{description} 
    417721\item[1-] in NEMO code, add a \\ 
     
    429733   <field_definition> 
    430734      ... 
    431       <field id="identifier" description="blabla" />    
     735      <field id="identifier" long_name="blabla" ... />    
    432736      ... 
    433737   </field_definition>  
    434738\end{verbatim} 
    435739}}\end{alltt}  
    436 attributes axis\_ref and grid\_ref must be consistent with the size of the array to pass to iom\_put. 
     740attributes axis\_ref and grid\_ref must be consistent with the size of the array to pass to iomput. 
    437741if your array is computed within the surface module each nn\_fsbc time\_step,  
    438742add the field definition within the group defined with the id ''SBC'': $<$group id=''SBC''...$>$ 
     
    442746\begin{alltt}  {{\scriptsize 
    443747\begin{verbatim} 
    444    <file id="file_1" .../>    
     748   <file id="file1" .../>    
    445749      ... 
    446750      <field ref="identifier" />    
     
    451755 
    452756\end{description} 
    453  
    454 \subsubsection{Several time axes in the output file} 
    455  
    456 If your output file contains variables with different operations (see operation definition),  
    457 IOIPSL will create one specific time axis for each operation. Note that inst(X) will have  
    458 a time axis corresponding to the end each output period whereas all other operators  
    459 will have a time axis centred in the middle of the output periods. 
    460  
    461 \subsubsection{Error/bug messages from IOIPSL} 
    462  
    463 If you get the following error in the standard output file: 
    464 \vspace{-20pt} 
    465 \begin{alltt}  {{\scriptsize 
    466 \begin{verbatim} 
    467 FATAL ERROR FROM ROUTINE flio_dom_set 
    468  --> too many domains simultaneously defined  
    469  --> please unset useless domains  
    470  --> by calling flio_dom_unset  
    471 \end{verbatim} 
    472 }}\end{alltt}  
    473  
    474 You must increase the value of dom\_max\_nb in fliocom.f90 (multiply it by 10 for example).  
    475  
    476 If you mix, in the same file, variables with different freq\_op (see definition above),  
    477 like for example variables from the surface module with other variables,  
    478 IOIPSL will print in the standard output file warning messages saying there may be a bug.  
    479 \vspace{-20pt} 
    480 \begin{alltt}  {{\scriptsize 
    481 \begin{verbatim} 
    482 WARNING FROM ROUTINE histvar_seq    
    483  --> There were 10 errors in the learned sequence of variables   
    484  --> for file   4  
    485  --> This looks like a bug, please report it. 
    486 \end{verbatim} 
    487 }}\end{alltt}  
    488  
    489 Don't worry, there is no bug, everything is properly working! 
    490  
    491  %    }      %end  \gmcomment 
    492757 
    493758 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r4147 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    2424     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     26 
    2527      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    2628      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/iodef.xml

    r4147 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    2526      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    2627      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
     
    3334      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->   
    3435  
    35         <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     36   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    3637     <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    3738     <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
     
    4748        </file> 
    4849    
    49         <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     50   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    5051          <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    5152          <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    5253        </file> 
    5354    
    54         <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     55   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    5556          <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    5657          <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    5758        </file> 
    5859    
    59         <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     60   <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    6061          <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    6162          <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    2424     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     26 
    2527      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    2628      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    2424     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     26 
    2527      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    2628      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
     
    3335      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    3436  
    35         <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     37        <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    3638     <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    3739     <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
     
    4749        </file> 
    4850    
    49         <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     51        <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    5052          <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    5153          <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    5254        </file> 
    5355    
    54         <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     56        <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    5557          <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    5658          <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    5759        </file> 
    5860    
    59         <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     61        <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    6062          <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    6163          <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
     
    6365        </file> 
    6466 
    65    <file id="5d_ptrc_T" name="auto" description="lobster sms variables" > 
     67   <file id="file5" name="_ptrc_T" description="lobster sms variables" > 
    6668          <field field_ref="DET"      /> 
    6769          <field field_ref="ZOO"      /> 
     
    8284      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    8385 
    84    <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional lobster diagnostics" >   
     86   <file id="file6" name_suffix="_diad_T" description="additional lobster diagnostics" >   
    8587          <field field_ref="FNO3PHY"   />  
    8688          <field field_ref="FNH4PHY"   />  
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_ar5.xml

    r3771 r4148  
    2626    --> 
    2727     
    28     <file_definition type="multiple_file" output_level="10" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     28    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" output_level="10" sync_freq="2mo" min_digits="4"> 
    2929      <!-- 
    3030+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++   daily   ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 
    3131        --> 
    3232      <file_group id="1d" output_freq="1d"  enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files --> 
    33    <file id="1d_grid_T" name="auto" name_suffix="_table2.2" >         <!-- grid T  --> 
     33   <file id="file1" name_suffix="_grid_T_table2.2" >         <!-- grid T  --> 
    3434     <field field_ref="sst"          name='tos'      long_name="sea_surface_temperature"                              level="2"                      /> 
    3535     <field field_ref="sst2"         name='tossq'    long_name="square_of_sea_surface_temperature"                    level="2"                      /> 
     
    4343   <!-- 
    4444..............................................    grid T   ................................................. 
    45      --> 
    46    <file_group id="1m_grid_T" name="auto" >                                                        <!-- grid T --> 
    47       
    48      <file id="1m grid_T table 2.2" name_suffix="_table2.2" > 
    49        <field field_ref="botpres"      name="pbo"      long_name="sea_water_pressure_at_sea_floor"                               /> 
    50        <!-- pso : sea_water_pressure_at_sea_water_surface = 0 --> 
    51        <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                                 /> 
    52        <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"             level="2" /> 
    53        <!-- masscello : sea_water_mass_per_unit_area = cellthc*rau0                                          no time changes --> 
    54        <field field_ref="cellthc"      name="thkcello" long_name="cell_thickness"                                                 /> <!-- no time changes --> 
    55        <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"                                /> 
    56        <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                              level="1" /> 
    57        <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"                    level="2" /> 
    58        <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                                             /> 
    59        <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                                 level="1" /> 
    60        <field field_ref="rhop"         name="rhopoto"  long_name="sea_water_potential_density"                          level="2" /> 
    61        <!-- no agessc : sea_water_age_since_surface_contact --> 
    62        <!-- no cfc11  : moles_per_unit_mass_of_cfc11_in_sea_water --> 
    63        <!-- msftbarot : ocean_barotropic_mass_streamfunction : offline --> 
    64        <!-- mlotst    :           ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_t : must be done offline --> 
    65        <!-- mlotstsq  : square_of_ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_t : must be done offline --> 
    66        <field field_ref="mldkz5"       name='omlmax'   long_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_mixing_scheme" level="2" operation="maximum" /> 
    67      </file>    
    68       
    69      <file id="1m grid_T table 2.5" name_suffix="_table2.5" > 
    70        <field field_ref="rain"         name="pr"       long_name="rainfall_flux"                                           level="1" /> 
    71        <field field_ref="snow_ao_cea"  name="prsn"     long_name="snowfall_flux"                                           level="1" /> 
    72        <field field_ref="evap_ao_cea"  name="evs"      long_name="water_evaporation_flux"                                  level="1" /> 
    73        <field field_ref="runoffs"      name="friver"   long_name="water_flux_into_sea_water_from_rivers"                   level="1" /> 
    74        <field field_ref="calving"      name="ficeberg" long_name="water_flux_into_sea_water_from_icebergs"                 level="1" /> 
    75        <field field_ref="isnwmlt_cea"  name="fsitherm" long_name="water_flux_into_sea_water_due_to_sea_ice_thermodynamics" level="1" /> 
    76        <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                               level="1" /> 
    77        <!-- wfonocorr : water_flux_into_sea_water_without_flux_correction : emp - erp -->   
    78        <field field_ref="erp"          name="wfcorr"   long_name="water_flux_correction"                                   level="1" /> <!-- usually = 0 --> 
    79      </file>    
    80       
    81      <file id="1m grid_T table 2.6" name_suffix="_table2.6" > 
    82        <!-- vsfpr    : virtual_salt_flux_into_sea_water_due_to_rainfall    = 0 -->  
    83        <!-- vsfevap  : virtual_salt_flux_into_sea_water_due_to_evaporation = 0 -->  
    84        <!-- vsfriver : virtual_salt_flux_into_sea_water_from_rivers        = 0 -->     
    85        <field field_ref="fsal_virt_cea" name="vsfsit" long_name="virtual_salt_flux_into_sea_water_due_to_sea_ice_thermodynamics" level="1" /> 
    86        <!-- vsf      : virtual_salt_flux_into_sea_water = fsal_virtual + fsal_real --> 
    87        <!-- wfcorr   : virtual_salt_flux_correction                        = 0 -->  
    88        <field field_ref="fsal_virt_cea" name="sfdsi"  long_name="downward_sea_ice_basal_salt_flux"                               level="1" /> 
    89        <!-- sfriver  : salt_flux_into_sea_water_from_rivers                = 0 -->  
    90      </file>    
    91       
    92      <file id="1m grid_T table 2.7" name_suffix="_table2.7" > 
    93        <!-- hfgeou : upward_geothermal_heat_flux_at_sea_floor : cte, see nambbc and trabbc.F90 --> 
    94        <field field_ref="hflx_rain_cea" name="hfrainds"    long_name="temperature_flux_due_to_rainfall_expressed_as_heat_flux_into_sea_water"      level="1" /> 
    95        <field field_ref="hflx_evap_cea" name="hfevapds"    long_name="temperature_flux_due_to_evaporation_expressed_as_heat_flux_out_of_sea_water" level="1" /> 
    96        <field field_ref="hflx_rnf_cea"  name="hfrunoffds"  long_name="temperature_flux_due_to_runoff_expressed_as_heat_flux_into_sea_water"        level="1" /> 
    97        <field field_ref="hflx_snow_cea" name="hfsnthermds" long_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_snow_thermodynamics"                         level="1" /> 
    98        <field field_ref="hflx_ice_cea"  name="hfsithermds" long_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_sea_ice_thermodynamics"                      level="1" /> 
    99        <field field_ref="hflx_cal_cea"  name="hfibthermds" long_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_iceberg_thermodynamics"                      level="1" /> 
    100        <!-- rlds   : surface_net_downward_longwave_flux : not available --> 
    101        <!-- hfls   : surface_downward_latent_heat_flux  : not available --> 
    102        <!-- hfss   : surface_downward_sensible_heat_flux: not available --> 
    103        <field field_ref="qns"           name="nshfls"      long_name="surface_net_downward_non_solar_flux"                                         level="1" /> 
    104        <field field_ref="qsr"           name="rsntds"      long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"                                         level="1" /> 
    105        <field field_ref="qsr3d"         name="rsds"        long_name="downwelling_shortwave_flux_in_sea_water"                                     level="1" /> 
    106        <field field_ref="qrp"           name="hfcorr"      long_name="heat_flux_correction"                                                        level="1" /> 
    107      </file>    
    108    </file_group> 
     45     -->    
     46   <file id="file2" name_suffix="_grid_T_table2.2" > 
     47     <field field_ref="botpres"      name="pbo"      long_name="sea_water_pressure_at_sea_floor"                               /> 
     48     <!-- pso : sea_water_pressure_at_sea_water_surface = 0 --> 
     49     <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                                 /> 
     50     <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"             level="2" /> 
     51     <!-- masscello : sea_water_mass_per_unit_area = cellthc*rau0                                          no time changes --> 
     52     <field field_ref="cellthc"      name="thkcello" long_name="cell_thickness"                                                 /> <!-- no time changes --> 
     53     <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"                                /> 
     54     <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                              level="1" /> 
     55     <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"                    level="2" /> 
     56     <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                                             /> 
     57     <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                                 level="1" /> 
     58     <field field_ref="rhop"         name="rhopoto"  long_name="sea_water_potential_density"                          level="2" /> 
     59     <!-- no agessc : sea_water_age_since_surface_contact --> 
     60     <!-- no cfc11  : moles_per_unit_mass_of_cfc11_in_sea_water --> 
     61     <!-- msftbarot : ocean_barotropic_mass_streamfunction : offline --> 
     62     <!-- mlotst    :           ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_t : must be done offline --> 
     63     <!-- mlotstsq  : square_of_ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_t : must be done offline --> 
     64     <field field_ref="mldkz5"       name='omlmax'   long_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_mixing_scheme" level="2" operation="maximum" /> 
     65   </file>    
     66    
     67   <file id="file3" name_suffix="_grid_T_table2.5" > 
     68     <field field_ref="rain"         name="pr"       long_name="rainfall_flux"                                           level="1" /> 
     69     <field field_ref="snow_ao_cea"  name="prsn"     long_name="snowfall_flux"                                           level="1" /> 
     70     <field field_ref="evap_ao_cea"  name="evs"      long_name="water_evaporation_flux"                                  level="1" /> 
     71     <field field_ref="runoffs"      name="friver"   long_name="water_flux_into_sea_water_from_rivers"                   level="1" /> 
     72     <field field_ref="calving"      name="ficeberg" long_name="water_flux_into_sea_water_from_icebergs"                 level="1" /> 
     73     <field field_ref="isnwmlt_cea"  name="fsitherm" long_name="water_flux_into_sea_water_due_to_sea_ice_thermodynamics" level="1" /> 
     74     <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                               level="1" /> 
     75     <!-- wfonocorr : water_flux_into_sea_water_without_flux_correction : emp - erp -->   
     76     <field field_ref="erp"          name="wfcorr"   long_name="water_flux_correction"                                   level="1" /> <!-- usually = 0 --> 
     77   </file>    
     78    
     79   <file id="file4" name_suffix="_grid_T_table2.6" > 
     80     <!-- vsfpr    : virtual_salt_flux_into_sea_water_due_to_rainfall    = 0 -->  
     81     <!-- vsfevap  : virtual_salt_flux_into_sea_water_due_to_evaporation = 0 -->  
     82     <!-- vsfriver : virtual_salt_flux_into_sea_water_from_rivers        = 0 -->       
     83     <field field_ref="fsal_virt_cea" name="vsfsit" long_name="virtual_salt_flux_into_sea_water_due_to_sea_ice_thermodynamics" level="1" /> 
     84     <!-- vsf      : virtual_salt_flux_into_sea_water = fsal_virtual + fsal_real --> 
     85     <!-- wfcorr   : virtual_salt_flux_correction                        = 0 -->  
     86     <field field_ref="fsal_virt_cea" name="sfdsi"  long_name="downward_sea_ice_basal_salt_flux"                               level="1" /> 
     87     <!-- sfriver  : salt_flux_into_sea_water_from_rivers                = 0 -->  
     88   </file>    
     89    
     90   <file id="file5" name_suffix="_grid_T_table2.7" > 
     91     <!-- hfgeou : upward_geothermal_heat_flux_at_sea_floor : cte, see nambbc and trabbc.F90 --> 
     92     <field field_ref="hflx_rain_cea" name="hfrainds"    long_name="temperature_flux_due_to_rainfall_expressed_as_heat_flux_into_sea_water"      level="1" /> 
     93     <field field_ref="hflx_evap_cea" name="hfevapds"    long_name="temperature_flux_due_to_evaporation_expressed_as_heat_flux_out_of_sea_water" level="1" /> 
     94     <field field_ref="hflx_rnf_cea"  name="hfrunoffds"  long_name="temperature_flux_due_to_runoff_expressed_as_heat_flux_into_sea_water"        level="1" /> 
     95     <field field_ref="hflx_snow_cea" name="hfsnthermds" long_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_snow_thermodynamics"                         level="1" /> 
     96     <field field_ref="hflx_ice_cea"  name="hfsithermds" long_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_sea_ice_thermodynamics"                      level="1" /> 
     97     <field field_ref="hflx_cal_cea"  name="hfibthermds" long_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_iceberg_thermodynamics"                      level="1" /> 
     98     <!-- rlds   : surface_net_downward_longwave_flux : not available --> 
     99     <!-- hfls   : surface_downward_latent_heat_flux  : not available --> 
     100     <!-- hfss   : surface_downward_sensible_heat_flux: not available --> 
     101     <field field_ref="qns"           name="nshfls"      long_name="surface_net_downward_non_solar_flux"                                         level="1" /> 
     102     <field field_ref="qsr"           name="rsntds"      long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"                                         level="1" /> 
     103     <field field_ref="qsr3d"         name="rsds"        long_name="downwelling_shortwave_flux_in_sea_water"                                     level="1" /> 
     104     <field field_ref="qrp"           name="hfcorr"      long_name="heat_flux_correction"                                                        level="1" /> 
     105   </file>    
    109106   <!-- 
    110107..............................................    grid U   ................................................. 
    111      --> 
    112    <file_group id="1m_grid_U" name="auto" >                                                        <!-- grid U --> 
    113  
    114      <file id="1m grid_U table 2.3" name_suffix="_table2.3" > 
    115        <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"                                       /> 
    116        <field field_ref="u_masstr"     name="umo"     long_name="ocean_mass_x_transport"                           level="1" /> 
    117        <field field_ref="u_heattr"     name="hfx"     long_name="ocean_heat_x_transport"                           level="1" /> 
    118        <field field_ref="ueiv_heattr"  name="hfxba"   long_name="ocean_heat_x_transport_due_to_bolus_advection"    level="2" /> 
    119        <field field_ref="udiff_heattr" name="hfxdiff" long_name="ocean_heat_x_transport_due_to_diffusion"          level="2" /> 
    120      </file>    
    121  
    122      <file id="1m grid_U table 2.8" name_suffix="_table2.8" > 
    123        <field field_ref="utau"         name="tauuo" long_name="surface_downward_x_stress"                          level="1" /> 
    124        <!-- tauucorr : surface_downward_x_stress_correction = 0 --> 
    125      </file>    
    126  
    127    </file_group> 
     108   --> 
     109   <file id="file6" name_suffix="_grid_U_table2.3" > 
     110     <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"                                       /> 
     111     <field field_ref="u_masstr"     name="umo"     long_name="ocean_mass_x_transport"                           level="1" /> 
     112     <field field_ref="u_heattr"     name="hfx"     long_name="ocean_heat_x_transport"                           level="1" /> 
     113     <field field_ref="ueiv_heattr"  name="hfxba"   long_name="ocean_heat_x_transport_due_to_bolus_advection"    level="2" /> 
     114     <field field_ref="udiff_heattr" name="hfxdiff" long_name="ocean_heat_x_transport_due_to_diffusion"          level="2" /> 
     115   </file>    
     116    
     117   <file id="file7" name_suffix="_grid_U_table2.8" > 
     118     <field field_ref="utau"         name="tauuo" long_name="surface_downward_x_stress"                          level="1" /> 
     119     <!-- tauucorr : surface_downward_x_stress_correction = 0 --> 
     120   </file>    
    128121   <!-- 
    129122..............................................    grid V   ................................................. 
    130      --> 
    131    <file_group id="1m_grid_V" name="auto" >                                                        <!-- grid V --> 
    132  
    133      <file id="1m grid_V table 2.3" name_suffix="_table2.3" > 
    134        <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"                                       /> 
    135        <field field_ref="v_masstr"     name="vmo"     long_name="ocean_mass_y_transport"                           level="1" /> 
    136        <field field_ref="v_heattr"     name="hfy"     long_name="ocean_heat_y_transport"                           level="1" /> 
    137        <field field_ref="veiv_heattr"  name="hfyba"   long_name="ocean_heat_y_transport_due_to_bolus_advection"    level="2" /> 
    138        <field field_ref="vdiff_heattr" name="hfydiff" long_name="ocean_heat_y_transport_due_to_diffusion"          level="2" /> 
    139      </file>    
    140  
    141      <file id="1m grid_V table 2.8" name_suffix="_table2.8" > 
    142        <field field_ref="vtau"         name="tauvo" long_name="surface_downward_y_stress"                          level="1" /> 
    143        <!-- tauvcorr : surface_downward_y_stress_correction = 0 --> 
    144      </file>    
    145  
    146    </file_group> 
     123   --> 
     124   <file id="file8" name_suffix="_grid_V_table2.3" > 
     125     <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"                                       /> 
     126     <field field_ref="v_masstr"     name="vmo"     long_name="ocean_mass_y_transport"                           level="1" /> 
     127     <field field_ref="v_heattr"     name="hfy"     long_name="ocean_heat_y_transport"                           level="1" /> 
     128     <field field_ref="veiv_heattr"  name="hfyba"   long_name="ocean_heat_y_transport_due_to_bolus_advection"    level="2" /> 
     129     <field field_ref="vdiff_heattr" name="hfydiff" long_name="ocean_heat_y_transport_due_to_diffusion"          level="2" /> 
     130   </file>    
     131    
     132   <file id="file9" name_suffix="_grid_V_table2.8" > 
     133     <field field_ref="vtau"         name="tauvo" long_name="surface_downward_y_stress"                          level="1" /> 
     134     <!-- tauvcorr : surface_downward_y_stress_correction = 0 --> 
     135   </file>    
    147136   <!-- 
    148137..............................................    grid W   ................................................. 
    149      --> 
    150    <file_group id="1m_grid_W" name="auto" >                                                        <!-- grid W --> 
    151       
    152      <file id="1m grid_W table 2.3" name_suffix="_table2.3" > 
    153        <field field_ref="w_masstr"   name="wmo"   long_name="upward_ocean_mass_transport"                                    /> 
    154        <field field_ref="w_masstr2"  name="wmosq" long_name="square_pf_upward_ocean_mass_transport"                          /> 
    155      </file>    
    156       
    157      <file id="1m grid_W table 2.9" name_suffix="_table2.9" > 
    158        <field field_ref="avt"     name="difvho"   long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"                  level="2" /> 
    159        <field field_ref="avs"     name="difvso"   long_name="ocean_vertical_salt_diffusivity"                  level="2" /> 
    160        <!-- difvtrbo : ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_background : cte with time, see namelist parameters nn_avb and  nn_havtb --> 
    161        <field field_ref="av_tide" name="difvtrto" long_name="ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_tides"   level="2" /> 
    162        <!-- tnpeo     : tendency_of_ocean_potential_energy_content                   : not available --> 
    163        <!-- tnpeot    : tendency_of_ocean_potential_energy_content_due_to_tides      : not available --> 
    164        <!-- tnpeotb   : tendency_of_ocean_potential_energy_content_due_to_background : not available --> 
    165        <field field_ref="avm"     name="difvmo"   long_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity"              level="2" /> 
    166        <!-- difvmbo : ocean_vertical_momentum_diffusivity_due_to_background : cte with time, see namelist parameters nn_avb --> 
    167        <field field_ref="av_tide" name="difvmto"  long_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity_due_to_tides" level="2" /> <!-- same as tracer --> 
    168        <!-- difvmfdo : ocean_vertical_momentum_diffusivity_due_to_form_drag : ??? --> 
    169        <!-- dispkevfo : ocean_kinetic_energy_dissipation_per_unit_area_due_to_vertical_friction : not available --> 
    170      </file> 
    171  
    172      <file id="1m grid_W table 2.10" name_suffix="_table2.10" > 
    173        <!-- if ln_traldf_lap    =  .true. --> 
    174        <field field_ref="aht2d_eiv" name="diftrblo" long_name="ocean_tracer_bolus_laplacian_diffusivity"                     level="2" /> 
    175        <!-- diftrelo : ocean_tracer_epineutral_laplacian_diffusivity : cte with time, see ln_traldf_iso --> 
    176        <!-- diftrxylo : ocean_tracer_xy_laplacian_diffusivity : cte with time --> 
    177        <!-- if ln_traldf_bilap  =  .true. --> 
    178        <!-- field field_ref="diftrbbo" name="aht2d_eiv" long_name="ocean_tracer_bolus_biharmonic_diffusivity"                    level="2" /--> 
    179        <!-- diftrebo : ocean_tracer_epineutral_biharmonic_diffusivity : cte with time, see ln_traldf_iso --> 
    180        <!-- diftrxybo : ocean_tracer_xy_biharmonic_diffusivity : cte with time --> 
    181        <!-- tnkebto : tendency_of_ocean_eddy_kinetic_energy_content_due_to_bolus_transport : not available --> 
    182        <!-- difmxylo : ocean_momentum_xy_laplacian_diffusivity : cte with time, see ln_dynldf_lap --> 
    183        <!-- difmxybo : ocean_momentum_xy_biharmonic_diffusivity : cte with time, see ln_dynldf_bilap --> 
    184        <!-- dispkexyfo : ocean_kinetic_energy_dissipation_per_unit_area_due_to_xy_friction : not available --> 
    185      </file>    
    186  
    187    </file_group> 
     138   --> 
     139   <file id="file10" name_suffix="_grid_W_table2.3" > 
     140     <field field_ref="w_masstr"   name="wmo"   long_name="upward_ocean_mass_transport"                                    /> 
     141     <field field_ref="w_masstr2"  name="wmosq" long_name="square_pf_upward_ocean_mass_transport"                          /> 
     142   </file>    
     143    
     144   <file id="file11" name_suffix="_grid_W_table2.9" > 
     145     <field field_ref="avt"     name="difvho"   long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"                  level="2" /> 
     146     <field field_ref="avs"     name="difvso"   long_name="ocean_vertical_salt_diffusivity"                  level="2" /> 
     147     <!-- difvtrbo : ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_background : cte with time, see namelist parameters nn_avb and  nn_havtb --> 
     148     <field field_ref="av_tide" name="difvtrto" long_name="ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_tides"   level="2" /> 
     149     <!-- tnpeo     : tendency_of_ocean_potential_energy_content                   : not available --> 
     150     <!-- tnpeot    : tendency_of_ocean_potential_energy_content_due_to_tides      : not available --> 
     151     <!-- tnpeotb   : tendency_of_ocean_potential_energy_content_due_to_background : not available --> 
     152     <field field_ref="avm"     name="difvmo"   long_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity"              level="2" /> 
     153     <!-- difvmbo : ocean_vertical_momentum_diffusivity_due_to_background : cte with time, see namelist parameters nn_avb --> 
     154     <field field_ref="av_tide" name="difvmto"  long_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity_due_to_tides" level="2" /> <!-- same as tracer --> 
     155     <!-- difvmfdo : ocean_vertical_momentum_diffusivity_due_to_form_drag : ??? --> 
     156     <!-- dispkevfo : ocean_kinetic_energy_dissipation_per_unit_area_due_to_vertical_friction : not available --> 
     157   </file> 
     158    
     159   <file id="file12" name_suffix="_grid_W_table2.10" > 
     160     <!-- if ln_traldf_lap    =  .true. --> 
     161     <field field_ref="aht2d_eiv" name="diftrblo" long_name="ocean_tracer_bolus_laplacian_diffusivity"                     level="2" /> 
     162     <!-- diftrelo : ocean_tracer_epineutral_laplacian_diffusivity : cte with time, see ln_traldf_iso --> 
     163     <!-- diftrxylo : ocean_tracer_xy_laplacian_diffusivity : cte with time --> 
     164     <!-- if ln_traldf_bilap  =  .true. --> 
     165     <!-- field field_ref="diftrbbo" name="aht2d_eiv" long_name="ocean_tracer_bolus_biharmonic_diffusivity"                    level="2" /--> 
     166     <!-- diftrebo : ocean_tracer_epineutral_biharmonic_diffusivity : cte with time, see ln_traldf_iso --> 
     167     <!-- diftrxybo : ocean_tracer_xy_biharmonic_diffusivity : cte with time --> 
     168     <!-- tnkebto : tendency_of_ocean_eddy_kinetic_energy_content_due_to_bolus_transport : not available --> 
     169     <!-- difmxylo : ocean_momentum_xy_laplacian_diffusivity : cte with time, see ln_dynldf_lap --> 
     170     <!-- difmxybo : ocean_momentum_xy_biharmonic_diffusivity : cte with time, see ln_dynldf_bilap --> 
     171     <!-- dispkexyfo : ocean_kinetic_energy_dissipation_per_unit_area_due_to_xy_friction : not available --> 
     172   </file>    
    188173   <!-- 
    189174..............................................    scalar   ................................................. 
    190      --> 
    191    <file id="1m_scalar" name="auto" name_suffix="_table2.2" >         <!-- scalar --> 
     175   --> 
     176   <file id="file13" name_suffix="_scalar_table2.2" >         <!-- scalar --> 
    192177     <field field_ref="masstot"    name="masso"    long_name="sea_water_mass"                                /> 
    193178     <field field_ref="voltot"     name="volo"     long_name="sea_water_volume"                              /> 
     
    200185   <!-- 
    201186..............................................    icemod   ................................................. 
    202      --> 
    203    <file id="1m_icemod" name="auto" name_suffix="_table2.2" >         <!-- scalar --> 
     187   --> 
     188   <file id="file14" name_suffix="_icemod_table2.2" >         <!-- scalar --> 
    204189     <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    205190     <field field_ref="ice_cover"    name="sic"        long_name="sea_ice_area_fraction"                            /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_default.xml

    r3771 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    2424     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     26 
    2527      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    2628      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
     
    3133      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    3234 
    33    <file id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     35   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    3436     <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    3537     <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
     
    3739   </file> 
    3840 
    39    <file id="1d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     41   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    4042     <field field_ref="suoce"        name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    4143   </file> 
    4244    
    43    <file id="1d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     45   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    4446     <field field_ref="svoce"        name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    4547   </file> 
    4648    
    4749      </file_group> 
     50 
    4851      <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    4952 
    5053      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    5154 
    52    <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     55   <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    5356     <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    5457     <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
     
    6669   </file> 
    6770    
    68    <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     71   <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    6972     <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    7073     <field field_ref="suoce"        name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     
    7275   </file> 
    7376    
    74    <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     77   <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    7578     <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    7679     <field field_ref="svoce"        name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
     
    7881   </file> 
    7982    
    80    <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     83   <file id="file7" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    8184     <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    8285     <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
    8386   </file> 
    8487    
    85    <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
     88   <file id="file8" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    8689     <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    8790     <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_demo.xml

    r3771 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1h files --> 
    26    <file id="1h_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     26   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    2727     <field field_ref="sst"  /> 
    2828     <field field_ref="qsr"  /> 
     
    3232      
    3333      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    34  
    35    <file_group id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
    36  
    37      <!-- example of "hand made" zoom  --> 
    38      <file id="blabla_1" name_suffix="_myzoom" > 
    39        <!-- group of variables sharing the same zoom. see zoom definition in domain_def.xml --> 
    40        <field_group id="blabla" domain_ref="myzoom" >     
    41          <field field_ref="toce" /> 
    42          <field field_ref="soce" /> 
    43        </field_group> 
    44      </file> 
    45  
    46      <!-- mooring: automatic definition of the file name suffix based on id="0n180wT"  --> 
    47      <!-- include a group of variables. see field_def.xml for mooring variables definition  --> 
    48      <file id="0n180wT" name_suffix="auto" > 
    49          <field_group group_ref="mooring"/>   
    50      </file> 
    51  
    52      <!-- Equatorial section: automatic definition of the file name suffix based on id="EqT" --> 
    53      <!-- Zoom over vertical axis. def of axis_ref in the axis_definition bellow --> 
    54      <file id="EqT" name_suffix="auto" > 
    55        <field_group id="EqT" domain_ref="EqT" > 
    56          <field field_ref="toce" name="votemper" axis_ref="deptht_zoom"  /> 
    57        </field_group> 
    58      </file> 
    59  
    60      <!-- global file with different operations on data   --> 
    61      <file id="blabla_2" > 
    62        <field field_ref="toce"   default_value="-10" />    <!-- redefine the missing value --> 
    63        <field field_ref="sst"    name="sstmooring1" domain_ref="0n180wT"  />   <!-- include a mooring --> 
    64        <field field_ref="sst"    name="sst_1d_ave"  />                         <!-- mean --> 
    65        <field field_ref="sst"    name="sst_1d_inst" operation="instant" />     <!-- instant value --> 
    66        <field field_ref="sst"    name="sst_1d_max"  operation="maximum" />     <!-- max --> 
    67        <field field_ref="suoce"  />   <!-- include a U-grid variable in the list --> 
    68      </file> 
    69  
    70    </file_group> 
     34    
     35   <!-- example of "hand made" zoom  --> 
     36   <file id="file2" name_suffix="_grid_T_myzoom" > 
     37     <!-- group of variables sharing the same zoom. see zoom definition in domain_def.xml --> 
     38     <field_group id="blabla" domain_ref="myzoom" >     
     39       <field field_ref="toce" /> 
     40       <field field_ref="soce" /> 
     41     </field_group> 
     42   </file> 
     43    
     44   <!-- mooring: automatic definition of the file name suffix based on id="0n180wT"  --> 
     45   <!-- include a group of variables. see field_def.xml for mooring variables definition  --> 
     46   <file id="0n180wT" > 
     47     <field_group group_ref="mooring"/>   
     48   </file> 
     49    
     50   <!-- Equatorial section: automatic definition of the file name suffix based on id="EqT" --> 
     51   <!-- Zoom over vertical axis. def of axis_ref in the axis_definition bellow --> 
     52   <file id="EqT" > 
     53     <field_group id="EqT" domain_ref="EqT" > 
     54       <field field_ref="toce" name="votemper" axis_ref="deptht_myzoom"  /> 
     55     </field_group> 
     56   </file> 
     57    
     58   <!-- global file with different operations on data   --> 
     59   <file id="file3" > 
     60     <field field_ref="toce"   default_value="-10" />    <!-- redefine the missing value --> 
     61     <field field_ref="sst"    name="sstmooring1" domain_ref="0n180wT"  />   <!-- include a mooring --> 
     62     <field field_ref="sst"    name="sst_1d_ave"  />                         <!-- mean --> 
     63     <field field_ref="sst"    name="sst_1d_inst" operation="instant" />     <!-- instant value --> 
     64     <field field_ref="sst"    name="sst_1d_max"  operation="maximum" />     <!-- max --> 
     65     <field field_ref="suoce"  />   <!-- include a U-grid variable in the list --> 
     66   </file> 
     67    
    7168      </file_group> 
    72  
    73    </file_definition> 
     69       
     70    </file_definition> 
    7471     
    7572    <!--  
     
    8279     <axis_group id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" > 
    8380       <axis id="deptht" /> 
    84        <axis id="deptht_zoom" zoom_begin="1" zoom_end="10" /> 
     81       <axis id="deptht_myzoom" zoom_begin="1" zoom_end="10" /> 
    8582     </axis_group> 
    8683      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_oldstyle.xml

    r3771 r4148  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1mo" min_digits="4"> 
    2424     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     26 
    2527      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    2628      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
     
    3335      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    3436 
    35    <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     37   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    3638     <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    3739     <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
     
    5254   </file> 
    5355    
    54    <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     56   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    5557     <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    5658     <field field_ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
     
    5860   </file> 
    5961    
    60    <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     62   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    6163     <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    6264     <field field_ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
     
    6466   </file> 
    6567    
    66    <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     68   <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean V grid variables" > 
    6769     <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    6870     <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
     
    7173   </file> 
    7274    
    73    <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
     75   <file id="file5" name_suffix="_icemod" description="ocean V grid variables" > 
    7476     <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    7577     <field field_ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4148  
    5858     <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    5959          <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
     60          <field field_ref="fmmflx"       name="sofmflup"  /> 
    6061     <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    6162     <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r4147 r4148  
    55&namtrc     !   tracers definition 
    66!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     7   ln_top_euler  = .true.   !  use Euler time-stepping for TOP 
    78!                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
    89!                !           !                                           !  units       ! from file    ! or not !  
     
    5859&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    5960!----------------------------------------------------------------------- 
     61   ln_trcadv_tvd     =  .false.  !  TVD scheme 
     62   ln_trcadv_muscl   =  .true.   !  MUSCL scheme 
    6063/ 
    6164!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r4147 r4148  
    9797   sn_mld  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'somixhgt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    9898   sn_emp  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflup' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    99    sn_sfx  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     99   sn_fmf  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'iowaflup' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    100100   sn_ice  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'soicecov' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
    101101   sn_qsr  = 'dyna_grid_T' ,    120            , 'soshfldo' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r4147 r4148  
    55&namtrc     !   tracers definition 
    66!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,        
     7   ln_top_euler  = .true.   !  use Euler time-stepping for TOP 
    78   nn_writetrc   =  1460     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    89! 
     
    6162&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    6263!----------------------------------------------------------------------- 
     64   ln_trcadv_tvd     =  .false.  !  TVD scheme 
     65   ln_trcadv_muscl   =  .true.   !  MUSCL scheme 
    6366/ 
    6467!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r3824 r4148  
    5353 
    5454         <field id="empmr"        long_name="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
    55          <field id="saltflx"      long_name="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
     55         <field id="saltflx"      long_name="Downward salt flux"                                           unit="PSU/m2/s"  /> 
     56         <field id="fmmflx"       long_name="Water flux due to freezing/melting"                           unit="kg/m2/s"  /> 
    5657         <field id="snowpre"      long_name="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
    5758         <field id="runoffs"      long_name="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ice_lim2_ref

    r4147 r4148  
    8989!              !              !  (if <0  months)  !   name   !  (logical)   !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
    9090   sn_hicif    = 'ice_damping',  -1.              , 'hicif'  ,   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    91    sn_cnf      = 'ice_damping',  -1.              , 'frld'   ,   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
     91   sn_frld     = 'ice_damping',  -1.              , 'frld'   ,   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , '' 
    9292! 
    9393   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_ref

    r4147 r4148  
    1414   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers       
    1515   nn_writetrc   =  5475     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     16   ln_top_euler  = .false.   !  use Euler time-stepping for TOP 
    1617   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
    1718   nn_rsttr      =   0       !  restart control = 0 initial time step is not compared to the restart file value 
     
    3334!----------------------------------------------------------------------- 
    3435   ln_trcadv_cen2    =  .false.  !  2nd order centered scheme    
    35    ln_trcadv_tvd     =  .false.  !  TVD scheme 
    36    ln_trcadv_muscl   =  .true.   !  MUSCL scheme 
     36   ln_trcadv_tvd     =  .true.  !  TVD scheme 
     37   ln_trcadv_muscl   =  .false.   !  MUSCL scheme 
    3738   ln_trcadv_muscl2  =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries 
    3839   ln_trcadv_ubs     =  .false.  !  UBS scheme 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r4147 r4148  
    11ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 
    2 O2L3 OPA_SRC LIM_SRC_3 TOP_SRC 
    32GYRE_BFM OPA_SRC TOP_SRC 
    43GYRE OPA_SRC 
     
    98GYRE_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    109ORCA2_LIM_CFC_C14b OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    11 ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    12 AGRIF OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    13 GYRE_LONG OPA_SRC 
    14 GYRE_4 OPA_SRC 
    15 ORCA2LIMPIS_LONG OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    16 ORCA2LIMPIS_16 OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    17 ORCA2OFFPIS_LONG OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    18 ORCA2OFFPIS_16 OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    19 AMM12_LONG OPA_SRC 
    20 AMM12_32 OPA_SRC 
    21 ORCA2AGUL_1_2 OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    22 SAS_LONG OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    23 SAS_32 OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r3764 r4148  
    106106export AGRIFUSE=10 
    107107declare -a TAB 
     108list_key=0 
     109chk_key=1 
    108110#- 
    109111#- FCM and functions location --- 
     
    112114#- 
    113115#- Choice of the options --- 
    114 while getopts :hd:n:r:m:j:e:s:v:t: V 
     116while getopts :hd:n:r:m:j:e:s:v:t:k: V 
    115117do 
    116118    case $V in 
    117119   (h) x_h=${OPTARG}; 
    118120        echo "Usage   : "${b_n} \ 
    119        " [-h] [-n name] [-m arch] [-d "dir1 dir2"] [-r conf] [-s Path] [-e Path] [-j No] [-v No]"; 
     121       " [-h] [-n name] [-m arch] [-d "dir1 dir2"] [-r conf] [-s Path] [-e Path] [-j No] [-v No] [-k 0/1]"; 
    120122   echo " -h           : help"; 
    121123   echo " -h institute : specific help for consortium members"; 
     
    128130        echo " -j No        : number of processes used to compile (0=nocompilation)"; 
    129131        echo " -v No        : set verbosity level for compilation [0-3]"; 
     132        echo " -k 0/1       : used cpp keys check (default = 1 -> check activated)"; 
    130133   echo " -t dir       : temporary directory for compilation" 
    131134   echo ""; 
     
    141144   echo "Example to clean "; 
    142145   echo "./makenemo clean"; 
     146   echo ""; 
     147   echo "Example to list the available keys of a CONFIG "; 
     148   echo "./makenemo list_key"; 
    143149   echo ""; 
    144150   echo "Example to add and remove keys"; 
     
    158164   (j)  x_j=${OPTARG};; 
    159165   (t)  x_t=${OPTARG};; 
    160     (e)  x_e=${OPTARG};; 
    161     (s)  x_s=${OPTARG};; 
    162     (v)  x_v=${OPTARG};; 
     166   (e)  x_e=${OPTARG};; 
     167   (s)  x_s=${OPTARG};; 
     168   (v)  x_v=${OPTARG};; 
     169   (k)  chk_key=${OPTARG};; 
    163170   (:)  echo ${b_n}" : -"${OPTARG}" option : missing value" 1>&2; 
    164171   exit 2;; 
     
    188195       export ${list_del_key} 
    189196       shift 
     197       ;; 
     198   list_key) 
     199       list_key=1 
    190200       ;; 
    191201   *) 
     
    222232[ "${CMP_NAM}" ==  help ] && . ${COMPIL_DIR}/Flist_archfile.sh all && exit 
    223233 
    224 #- When used for the first time, choose a compiler --- 
    225 . ${COMPIL_DIR}/Fcheck_archfile.sh arch_nemo.fcm ${CMP_NAM} || exit 
    226  
    227234#- 
    228235#- Choose a default configuration if needed --- 
    229236#- ORCA2_LIM or last one used --- 
    230237. ${COMPIL_DIR}/Fcheck_config.sh cfg.txt ${NEW_CONF} || exit 
    231  
    232238 
    233239if [ ${#NEW_CONF} -eq 0 ] ; then 
     
    269275. ${COMPIL_DIR}/Fmake_bld.sh ${CONFIG_DIR} ${NEW_CONF}  ${NEMO_TDIR} || exit 
    270276 
     277# build the complete list of the cpp keys of this configuration 
     278if [ $chk_key -eq 1 ] ; then 
     279    for i in $( grep "^ *#.* key_" ${NEW_CONF}/WORK/* )  
     280    do 
     281   echo $i | grep key_ | sed -e "s/=.*//" 
     282    done | sort -d | uniq > ${COMPIL_DIR}/full_key_list.txt 
     283    if [ $list_key -eq 1 ]; then 
     284   cat ${COMPIL_DIR}/full_key_list.txt 
     285   exit 0 
     286    fi 
     287fi 
     288 
    271289#- At this stage new configuration has been added, 
    272290#- We add or remove keys 
     
    278296    . ${COMPIL_DIR}/Fdel_keys.sh ${NEW_CONF} del_key ${list_del_key} 
    279297fi 
     298 
     299#- check that all keys are really existing... 
     300if [ $chk_key -eq 1 ] ; then 
     301    for kk in $( cat ${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm ) 
     302    do 
     303   if [ "$( echo $kk | cut -c 1-4 )" == "key_" ]; then 
     304       kk=${kk/=*/} 
     305       nb=$( grep -c $kk ${COMPIL_DIR}/full_key_list.txt ) 
     306       if [ $nb -eq 0 ]; then 
     307      echo 
     308      echo "E R R O R : key "$kk" is not found in ${NEW_CONF}/WORK routines..." 
     309      echo "we stop..." 
     310      echo 
     311      exit 1 
     312       fi 
     313   fi 
     314    done 
     315fi 
     316 
     317#- At this stage cpp keys have been updated. we can check the arch file 
     318#- When used for the first time, choose a compiler --- 
     319. ${COMPIL_DIR}/Fcheck_archfile.sh arch_nemo.fcm cpp.fcm ${CMP_NAM} || exit 
    280320 
    281321#- At this stage the configuration has beeen chosen 
     
    317357        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD 
    318358        rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/EXP00/opa 
     359        rm -f ${COMPIL_DIR}/*history ${COMPIL_DIR}/*fcm ${COMPIL_DIR}/*txt 
    319360        echo "cleaning ${NEW_CONF} WORK, BLD" 
    320361    fi 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_2/limsbc_2.F90

    r3625 r4148  
    217217            zemp_snw = rdm_snw(ji,jj) * r1_rdtice                    ! snow melting = pure water that enters the ocean 
    218218            zfmm     = rdm_ice(ji,jj) * r1_rdtice                    ! Freezing minus Melting (F-M) 
     219 
     220            fmmflx(ji,jj) = zfmm                                     ! F/M mass flux save at least for biogeochemical model 
    219221 
    220222            ! salt flux at the ice/ocean interface (sea ice fraction) [PSU*kg/m2/s] 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limsbc.F90

    r3625 r4148  
    226226            zemp_snw = rdm_snw(ji,jj) * r1_rdtice                         ! snow melting = pure water that enters the ocean 
    227227            zfmm     = rdm_ice(ji,jj) * r1_rdtice                         ! Freezing minus mesting   
     228 
     229            fmmflx(ji,jj) = zfmm                                     ! F/M mass flux save at least for biogeochemical model 
    228230 
    229231            emp(ji,jj) = zemp + zemp_snw + zfmm  ! mass flux + F/M mass flux (always ice/ocean mass exchange) 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OFF_SRC/dtadyn.F90

    r4147 r4148  
    7272   INTEGER  , SAVE      ::   jf_eiv         ! index of v-eiv 
    7373   INTEGER  , SAVE      ::   jf_eiw         ! index of w-eiv 
    74    INTEGER  , SAVE      ::   jf_sfx         ! index of downward salt flux 
     74   INTEGER  , SAVE      ::   jf_fmf         ! index of downward salt flux 
    7575 
    7676   TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: sf_dyn  ! structure of input fields (file informations, fields read) 
     
    254254      wndm(:,:)        = sf_dyn(jf_wnd)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! wind speed - needed for gas exchange 
    255255      emp (:,:)        = sf_dyn(jf_emp)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! E-P 
    256       sfx (:,:)        = 0.0_wp      ! enable testing with old inputs ! downward salt flux  
    257 !     sfx (:,:)        = sf_dyn(jf_sfx)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! downward salt flux (v3.5+) 
     256      fmmflx(:,:)      = sf_dyn(jf_fmf)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! downward salt flux (v3.5+) 
    258257      fr_i(:,:)        = sf_dyn(jf_ice)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! Sea-ice fraction 
    259258      qsr (:,:)        = sf_dyn(jf_qsr)%fnow(:,:,1) * tmask(:,:,1)    ! solar radiation 
     
    302301         CALL prt_ctl(tab2d_1=fr_i             , clinfo1=' fr_i    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    303302         CALL prt_ctl(tab2d_1=hmld             , clinfo1=' hmld    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    304          CALL prt_ctl(tab2d_1=sfx              , clinfo1=' sfx     - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
     303         CALL prt_ctl(tab2d_1=fmmflx           , clinfo1=' fmmflx  - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    305304         CALL prt_ctl(tab2d_1=emp              , clinfo1=' emp     - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
    306305         CALL prt_ctl(tab2d_1=wndm             , clinfo1=' wspd    - : ', mask1=tmask, ovlap=1 ) 
     
    332331      TYPE(FLD_N) :: sn_tem, sn_sal, sn_mld, sn_emp, sn_ice, sn_qsr, sn_wnd  ! informations about the fields to be read 
    333332      TYPE(FLD_N) :: sn_uwd, sn_vwd, sn_wwd, sn_avt, sn_ubl, sn_vbl          !   "                                 " 
    334       TYPE(FLD_N) :: sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv, sn_eiw, sn_sfx  !   "                                 " 
     333      TYPE(FLD_N) :: sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv, sn_eiw, sn_fmf  !   "                                 " 
     334      !!---------------------------------------------------------------------- 
    335335      ! 
    336336      NAMELIST/namdta_dyn/cn_dir, ln_dynwzv, ln_dynbbl, ln_degrad,    & 
    337337         &                sn_tem, sn_sal, sn_mld, sn_emp, sn_ice, sn_qsr, sn_wnd,  & 
    338338         &                sn_uwd, sn_vwd, sn_wwd, sn_avt, sn_ubl, sn_vbl,          & 
    339          &                sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv, sn_eiw, sn_sfx 
     339         &                sn_ahu, sn_ahv, sn_ahw, sn_eiu, sn_eiv, sn_eiw, sn_fmf 
    340340      ! 
    341341      REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namdta_dyn in reference namelist : Offline: init. of dynamical data 
     
    347347902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namdta_dyn in configuration namelist', lwp ) 
    348348      WRITE ( numond, namdta_dyn ) 
     349 
    349350      !                                         ! store namelist information in an array 
    350351      !                                         ! Control print 
     
    369370      ENDIF 
    370371 
    371       jf_tem = 1   ;   jf_sal = 2   ;  jf_mld = 3   ;  jf_emp = 4   ;   jf_sfx  = 5   ;  jf_ice = 6   ;   jf_qsr = 7 
     372      jf_tem = 1   ;   jf_sal = 2   ;  jf_mld = 3   ;  jf_emp = 4   ;   jf_fmf  = 5   ;  jf_ice = 6   ;   jf_qsr = 7 
    372373      jf_wnd = 8   ;   jf_uwd = 9   ;  jf_vwd = 10  ;  jf_wwd = 11  ;   jf_avt  = 12  ;  jfld  = 12 
    373374      ! 
    374375      slf_d(jf_tem) = sn_tem   ;   slf_d(jf_sal)  = sn_sal   ;   slf_d(jf_mld) = sn_mld 
    375       slf_d(jf_emp) = sn_emp   ;   slf_d(jf_sfx ) = sn_sfx   ;   slf_d(jf_ice) = sn_ice  
     376      slf_d(jf_emp) = sn_emp   ;   slf_d(jf_fmf ) = sn_fmf   ;   slf_d(jf_ice) = sn_ice  
    376377      slf_d(jf_qsr) = sn_qsr   ;   slf_d(jf_wnd)  = sn_wnd   ;   slf_d(jf_avt) = sn_avt  
    377378      slf_d(jf_uwd) = sn_uwd   ;   slf_d(jf_vwd)  = sn_vwd   ;   slf_d(jf_wwd) = sn_wwd 
     
    407408        ENDIF 
    408409      ENDIF 
    409       ! Salt flux and concntration/dilution terms (new from v3.5) !! disabled to allow testing with old input files 
    410 !!    jf_sfx = jfld + 1    ;    jfld = jfld + 1 
    411 !!    slf_d(jf_sfx) = sn_sfx 
    412410   
    413411      ALLOCATE( sf_dyn(jfld), STAT=ierr )         ! set sf structure 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdydta.F90

    r4147 r4148  
    464464            IF( nn_dyn2d(ib_bdy) .gt. 0 .and. ( nn_dyn2d_dta(ib_bdy) .eq. 1 .or. nn_dyn2d_dta(ib_bdy) .eq. 3 ) ) THEN  
    465465 
    466                IF( nn_tra(ib_bdy) .ne. 4 ) THEN ! runoff condition : no ssh reading 
     466               IF( nn_dyn2d(ib_bdy) .ne. jp_frs .and. nn_tra(ib_bdy) .ne. 4 ) THEN ! runoff condition : no ssh reading 
    467467                  jfld = jfld + 1 
    468468                  blf_i(jfld) = bn_ssh 
     
    560560            ! Recalculate field counts 
    561561            !------------------------- 
    562             nb_bdy_fld_sum = 0 
    563562            IF( ib_bdy .eq. 1 ) THEN  
     563               nb_bdy_fld_sum = 0 
    564564               nb_bdy_fld(ib_bdy) = jfld 
    565565               nb_bdy_fld_sum     = jfld               
     
    604604               ALLOCATE( dta_bdy(ib_bdy)%u2d(ilen0(2)) ) 
    605605               ALLOCATE( dta_bdy(ib_bdy)%v2d(ilen0(3)) ) 
    606                IF (nn_dyn2d_dta(ib_bdy).eq.1.or.nn_dyn2d_dta(ib_bdy).eq.3) THEN 
     606               IF ( nn_dyn2d(ib_bdy) .ne. jp_frs .and. (nn_dyn2d_dta(ib_bdy).eq.1.or.nn_dyn2d_dta(ib_bdy).eq.3) ) THEN 
    607607                  jfld = jfld + 1 
    608608                  dta_bdy(ib_bdy)%ssh => bf(jfld)%fnow(:,1,1) 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdyice_lim2.F90

    • Property svn:keywords set to Id
    r3680 r4148  
    3232   !!---------------------------------------------------------------------- 
    3333   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    34    !! $Id: bdyice.F90 2715 2011-03-30 15:58:35Z rblod $ 
     34   !! $Id$ 
    3535   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    3636   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    7676      INTEGER,         INTENT(in) ::   ib_bdy  ! BDY set index 
    7777      !! 
    78       INTEGER  ::   jb, jk, jgrd   ! dummy loop indices 
     78      INTEGER  ::   jb, jgrd   ! dummy loop indices 
    7979      INTEGER  ::   ii, ij         ! local scalar 
    8080      REAL(wp) ::   zwgt, zwgt1    ! local scalar 
     
    8686      ! 
    8787      DO jb = 1, idx%nblen(jgrd) 
    88          DO jk = 1, jpkm1 
    8988            ii    = idx%nbi(jb,jgrd) 
    9089            ij    = idx%nbj(jb,jgrd) 
     
    9493            hicif(ii,ij) = ( hicif(ii,ij) * zwgt1 + dta%hicif(jb) * zwgt ) * tmask(ii,ij,1)     ! Ice depth  
    9594            hsnif(ii,ij) = ( hsnif(ii,ij) * zwgt1 + dta%hsnif(jb) * zwgt ) * tmask(ii,ij,1)     ! Snow depth 
    96          END DO 
    9795      END DO  
    9896      CALL lbc_bdy_lnk( frld, 'T', 1., ib_bdy )                                         ! lateral boundary conditions 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdyini.F90

    r4147 r4148  
    10491049       
    10501050      bdytmask(:,:) = tmask(:,:,1) 
     1051      IF( .not. ln_mask_file ) THEN 
     1052         ! If .not. ln_mask_file then we need to derive mask on U and V grid  
     1053         ! from mask on T grid here. 
     1054         bdyumask(:,:) = 0.e0 
     1055         bdyvmask(:,:) = 0.e0 
     1056         DO ij=1, jpjm1 
     1057            DO ii=1, jpim1 
     1058               bdyumask(ii,ij)=bdytmask(ii,ij)*bdytmask(ii+1, ij ) 
     1059               bdyvmask(ii,ij)=bdytmask(ii,ij)*bdytmask(ii  ,ij+1)   
     1060            END DO 
     1061         END DO 
     1062         CALL lbc_lnk( bdyumask(:,:), 'U', 1. )   ;   CALL lbc_lnk( bdyvmask(:,:), 'V', 1. )      ! Lateral boundary cond. 
     1063      ENDIF 
    10511064 
    10521065      ! bdy masks and bmask are now set to zero on boundary points: 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diaptr.F90

    r4147 r4148  
    350350               DO jn = 1, nptr 
    351351                  tn_jk(:,:,jn) = ptr_tjk( tsn(:,:,:,jp_tem), btmsk(:,:,jn) ) * r1_sjk(:,:,jn) 
     352                  sn_jk(:,:,jn) = ptr_tjk( tsn(:,:,:,jp_sal), btmsk(:,:,jn) ) * r1_sjk(:,:,jn) 
    352353               END DO 
    353354            ENDIF 
     
    570571      !!--------------------------------------------------------------------  
    571572      ! 
    572       CALL wrk_alloc( jpi      , zphi , zfoo ) 
    573       CALL wrk_alloc( jpi , jpk, z_1 ) 
     573      CALL wrk_alloc( jpj      , zphi , zfoo ) 
     574      CALL wrk_alloc( jpj , jpk, z_1 ) 
    574575 
    575576      ! define time axis 
     
    885886      ENDIF 
    886887      ! 
    887       CALL wrk_dealloc( jpi      , zphi , zfoo ) 
    888       CALL wrk_dealloc( jpi , jpk, z_1 ) 
     888      CALL wrk_dealloc( jpj      , zphi , zfoo ) 
     889      CALL wrk_dealloc( jpj , jpk, z_1 ) 
    889890      ! 
    890891  END SUBROUTINE dia_ptr_wri 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domzgr.F90

    r4147 r4148  
    176176      !!---------------------------------------------------------------------- 
    177177      !!                   ***  ROUTINE zgr_z  *** 
    178       !!                    
     178      !!                     
    179179      !! ** Purpose :   set the depth of model levels and the resulting  
    180180      !!      vertical scale factors. 
     
    645645         END DO 
    646646      END DO 
     647      IF( lk_mpp )   CALL mpp_sum( icompt ) 
    647648      IF( icompt == 0 ) THEN 
    648649         IF(lwp) WRITE(numout,*)'     no isolated ocean grid points' 
     
    11051106      INTEGER  ::   ios                      ! Local integer output status for namelist read 
    11061107      REAL(wp) ::   zrmax, ztaper   ! temporary scalars 
    1107       ! 
    1108       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zenv, ztmp, zmsk, zri, zrj, zhbat 
     1108      REAL(wp) ::   zrfact   ! temporary scalars 
     1109      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: ztmpi1, ztmpi2, ztmpj1, ztmpj2 
     1110 
     1111      ! 
     1112      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zenv, zri, zrj, zhbat 
    11091113 
    11101114      NAMELIST/namzgr_sco/ln_s_sh94, ln_s_sf12, ln_sigcrit, rn_sbot_min, rn_sbot_max, rn_hc, rn_rmax,rn_theta, & 
     
    11141118      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('zgr_sco') 
    11151119      ! 
    1116       CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zenv, ztmp, zmsk, zri, zrj, zhbat                           ) 
    1117       ! 
     1120      CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      ztmpi1, ztmpi2, ztmpj1, ztmpj2         ) 
     1121      CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zenv, zri, zrj, zhbat     ) 
     1122     ! 
    11181123      REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namzgr_sco in reference namelist : Sigma-stretching parameters 
    11191124      READ  ( numnam_ref, namzgr_sco, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
     
    11681173      !                                        ! ============================= 
    11691174      ! use r-value to create hybrid coordinates 
    1170       DO jj = 1, jpj 
    1171          DO ji = 1, jpi 
    1172             zenv(ji,jj) = MAX( bathy(ji,jj), rn_sbot_min ) 
    1173          END DO 
    1174       END DO 
     1175!     DO jj = 1, jpj 
     1176!        DO ji = 1, jpi 
     1177!           zenv(ji,jj) = MAX( bathy(ji,jj), 0._wp ) 
     1178!        END DO 
     1179!     END DO 
     1180!     CALL lbc_lnk( zenv, 'T', 1._wp ) 
     1181      zenv(:,:) = bathy(:,:) 
    11751182      !  
    11761183      ! Smooth the bathymetry (if required) 
     
    11801187      jl = 0 
    11811188      zrmax = 1._wp 
    1182       !                                                     ! ================ ! 
    1183       DO WHILE( jl <= 10000 .AND. zrmax > rn_rmax )         !  Iterative loop  ! 
    1184          !                                                  ! ================ ! 
     1189      !      
     1190      ! set scaling factor used in reducing vertical gradients 
     1191      zrfact = ( 1._wp - rn_rmax ) / ( 1._wp + rn_rmax )  
     1192      ! 
     1193      ! initialise temporary evelope depth arrays 
     1194      ztmpi1(:,:) = zenv(:,:) 
     1195      ztmpi2(:,:) = zenv(:,:) 
     1196      ztmpj1(:,:) = zenv(:,:) 
     1197      ztmpj2(:,:) = zenv(:,:) 
     1198      ! 
     1199      ! initialise temporary r-value arrays 
     1200      zri(:,:) = 1._wp 
     1201      zrj(:,:) = 1._wp 
     1202      !                                                            ! ================ ! 
     1203      DO WHILE( jl <= 10000 .AND. ( zrmax - rn_rmax ) > 1.e-8_wp ) !  Iterative loop  ! 
     1204         !                                                         ! ================ ! 
    11851205         jl = jl + 1 
    11861206         zrmax = 0._wp 
    1187          zmsk(:,:) = 0._wp 
     1207         ! we set zrmax from previous r-values (zri abd zrj) first 
     1208         ! if set after current r-value calculation (as previously) 
     1209         ! we could exit DO WHILE prematurely before checking r-value 
     1210         ! of current zenv 
     1211         DO jj = 1, nlcj 
     1212            DO ji = 1, nlci 
     1213               zrmax = MAX( zrmax, ABS(zri(ji,jj)), ABS(zrj(ji,jj)) ) 
     1214            END DO 
     1215         END DO 
     1216         zri(:,:) = 0._wp 
     1217         zrj(:,:) = 0._wp 
    11881218         DO jj = 1, nlcj 
    11891219            DO ji = 1, nlci 
    11901220               iip1 = MIN( ji+1, nlci )      ! force zri = 0 on last line (ji=ncli+1 to jpi) 
    11911221               ijp1 = MIN( jj+1, nlcj )      ! force zrj = 0 on last raw  (jj=nclj+1 to jpj) 
    1192                zri(ji,jj) = ABS( zenv(iip1,jj  ) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(iip1,jj  ) + zenv(ji,jj) ) 
    1193                zrj(ji,jj) = ABS( zenv(ji  ,ijp1) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(ji  ,ijp1) + zenv(ji,jj) ) 
    1194                zrmax = MAX( zrmax, zri(ji,jj), zrj(ji,jj) ) 
    1195                IF( zri(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(ji  ,jj  ) = 1._wp 
    1196                IF( zri(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(iip1,jj  ) = 1._wp 
    1197                IF( zrj(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(ji  ,jj  ) = 1._wp 
    1198                IF( zrj(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(ji  ,ijp1) = 1._wp 
     1222               IF( (zenv(ji,jj) > 0._wp) .AND. (zenv(iip1,jj) > 0._wp)) THEN 
     1223                  zri(ji,jj) = ( zenv(iip1,jj  ) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(iip1,jj  ) + zenv(ji,jj) ) 
     1224               END IF 
     1225               IF( (zenv(ji,jj) > 0._wp) .AND. (zenv(ji,ijp1) > 0._wp)) THEN 
     1226                  zrj(ji,jj) = ( zenv(ji  ,ijp1) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(ji  ,ijp1) + zenv(ji,jj) ) 
     1227               END IF 
     1228               IF( zri(ji,jj) >  rn_rmax )   ztmpi1(ji  ,jj  ) = zenv(iip1,jj  ) * zrfact 
     1229               IF( zri(ji,jj) < -rn_rmax )   ztmpi2(iip1,jj  ) = zenv(ji  ,jj  ) * zrfact  
     1230               IF( zrj(ji,jj) >  rn_rmax )   ztmpj1(ji  ,jj  ) = zenv(ji  ,ijp1) * zrfact 
     1231               IF( zrj(ji,jj) < -rn_rmax )   ztmpj2(ji  ,ijp1) = zenv(ji  ,jj  ) * zrfact 
    11991232            END DO 
    12001233         END DO 
    12011234         IF( lk_mpp )   CALL mpp_max( zrmax )   ! max over the global domain 
    1202          ! lateral boundary condition on zmsk: keep 1 along closed boundary (use of MAX) 
    1203          ztmp(:,:) = zmsk(:,:)   ;   CALL lbc_lnk( zmsk, 'T', 1._wp ) 
    1204          DO jj = 1, nlcj 
    1205             DO ji = 1, nlci 
    1206                 zmsk(ji,jj) = MAX( zmsk(ji,jj), ztmp(ji,jj) ) 
    1207             END DO 
    1208          END DO 
    12091235         ! 
    1210          IF(lwp)WRITE(numout,*) 'zgr_sco :   iter= ',jl, ' rmax= ', zrmax, ' nb of pt= ', INT( SUM(zmsk(:,:) ) ) 
     1236         IF(lwp)WRITE(numout,*) 'zgr_sco :   iter= ',jl, ' rmax= ', zrmax 
    12111237         ! 
    12121238         DO jj = 1, nlcj 
    12131239            DO ji = 1, nlci 
    1214                iip1 = MIN( ji+1, nlci )     ! last  line (ji=nlci) 
    1215                ijp1 = MIN( jj+1, nlcj )     ! last  raw  (jj=nlcj) 
    1216                iim1 = MAX( ji-1,  1  )      ! first line (ji=nlci) 
    1217                ijm1 = MAX( jj-1,  1  )      ! first raw  (jj=nlcj) 
    1218                IF( zmsk(ji,jj) == 1._wp ) THEN 
    1219                   ztmp(ji,jj) =   (                                                                                   & 
    1220              &      zenv(iim1,ijp1)*zmsk(iim1,ijp1) + zenv(ji,ijp1)*zmsk(ji,ijp1) + zenv(iip1,ijp1)*zmsk(iip1,ijp1)   & 
    1221              &    + zenv(iim1,jj  )*zmsk(iim1,jj  ) + zenv(ji,jj  )*    2._wp     + zenv(iip1,jj  )*zmsk(iip1,jj  )   & 
    1222              &    + zenv(iim1,ijm1)*zmsk(iim1,ijm1) + zenv(ji,ijm1)*zmsk(ji,ijm1) + zenv(iip1,ijm1)*zmsk(iip1,ijm1)   & 
    1223              &                    ) / (                                                                               & 
    1224              &                      zmsk(iim1,ijp1) +               zmsk(ji,ijp1) +                 zmsk(iip1,ijp1)   & 
    1225              &    +                 zmsk(iim1,jj  ) +                   2._wp     +                 zmsk(iip1,jj  )   & 
    1226              &    +                 zmsk(iim1,ijm1) +               zmsk(ji,ijm1) +                 zmsk(iip1,ijm1)   & 
    1227              &                        ) 
    1228                ENDIF 
     1240               zenv(ji,jj) = MAX(zenv(ji,jj), ztmpi1(ji,jj), ztmpi2(ji,jj), ztmpj1(ji,jj), ztmpj2(ji,jj) ) 
    12291241            END DO 
    12301242         END DO 
    12311243         ! 
    1232          DO jj = 1, nlcj 
    1233             DO ji = 1, nlci 
    1234                IF( zmsk(ji,jj) == 1._wp )   zenv(ji,jj) = MAX( ztmp(ji,jj), bathy(ji,jj) ) 
    1235             END DO 
    1236          END DO 
    1237          ! 
    1238          ! Apply lateral boundary condition   CAUTION: keep the value when the lbc field is zero 
    1239          ztmp(:,:) = zenv(:,:)   ;   CALL lbc_lnk( zenv, 'T', 1._wp ) 
    1240          DO jj = 1, nlcj 
    1241             DO ji = 1, nlci 
    1242                IF( zenv(ji,jj) == 0._wp )   zenv(ji,jj) = ztmp(ji,jj) 
    1243             END DO 
    1244          END DO 
     1244         CALL lbc_lnk( zenv, 'T', 1._wp ) 
    12451245         !                                                  ! ================ ! 
    12461246      END DO                                                !     End loop     ! 
    12471247      !                                                     ! ================ ! 
    12481248      ! 
    1249       ! Fill ghost rows with appropriate values to avoid undefined e3 values with some mpp decompositions 
    1250       DO ji = nlci+1, jpi  
    1251          zenv(ji,1:nlcj) = zenv(nlci,1:nlcj) 
    1252       END DO 
    1253       ! 
    1254       DO jj = nlcj+1, jpj 
    1255          zenv(:,jj) = zenv(:,nlcj) 
    1256       END DO 
     1249!     DO jj = 1, jpj 
     1250!        DO ji = 1, jpi 
     1251!           zenv(ji,jj) = MAX( zenv(ji,jj), rn_sbot_min ) ! set all points to avoid undefined scale values 
     1252!        END DO 
     1253!     END DO 
    12571254      ! 
    12581255      ! Envelope bathymetry saved in hbatt 
    12591256      hbatt(:,:) = zenv(:,:)  
     1257 
    12601258      IF( MINVAL( gphit(:,:) ) * MAXVAL( gphit(:,:) ) <= 0._wp ) THEN 
    12611259         CALL ctl_warn( ' s-coordinates are tapered in vicinity of the Equator' ) 
     
    15031501      END DO 
    15041502      ! 
    1505       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,      zenv, ztmp, zmsk, zri, zrj, zhbat                           ) 
    1506       ! 
     1503      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,      zenv, ztmpi1, ztmpi2, ztmpj1, ztmpj2, zri, zrj, zhbat                           )      ! 
    15071504      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('zgr_sco') 
    15081505      ! 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r3771 r4148  
    3636   USE xios 
    3737# endif 
     38   USE ioipsl, ONLY :  ju2ymds    ! for calendar 
    3839 
    3940   IMPLICIT NONE 
     
    5253   PRIVATE iom_p1d, iom_p2d, iom_p3d 
    5354#if defined key_iomput 
    54    PRIVATE iom_set_domain_attr, iom_set_axis_attr, iom_set_field_attr, iom_set_file_attr, iom_set_grid_attr 
    55    PRIVATE set_grid, set_scalar, set_xmlatt, set_mooring 
     55   PRIVATE iom_set_domain_attr, iom_set_axis_attr, iom_set_field_attr, iom_set_file_attr, iom_get_file_attr, iom_set_grid_attr 
     56   PRIVATE set_grid, set_scalar, set_xmlatt, set_mooring, iom_update_file_name, iom_sdate 
    5657# endif 
    5758 
     
    130131 
    131132      ! end file definition 
    132        dtime%second=rdt 
    133        CALL xios_set_timestep(dtime) 
    134        CALL xios_close_context_definition() 
    135  
    136        CALL xios_update_calendar(0) 
     133      dtime%second = rdt 
     134      CALL xios_set_timestep(dtime) 
     135      CALL xios_close_context_definition() 
     136       
     137      CALL xios_update_calendar(0) 
    137138#endif 
    138  
     139       
    139140   END SUBROUTINE iom_init 
    140141 
     
    174175      LOGICAL         , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldiof    ! Interp On the Fly, needed for AGRIF (default = .FALSE.) 
    175176 
    176       CHARACTER(LEN=100)    ::   clname    ! the name of the file based on cdname [[+clcpu]+clcpu] 
    177       CHARACTER(LEN=100)    ::   cltmpn    ! tempory name to store clname (in writting mode) 
     177      CHARACTER(LEN=256)    ::   clname    ! the name of the file based on cdname [[+clcpu]+clcpu] 
     178      CHARACTER(LEN=256)    ::   cltmpn    ! tempory name to store clname (in writting mode) 
    178179      CHARACTER(LEN=10)     ::   clsuffix  ! ".nc" or ".dimg" 
    179180      CHARACTER(LEN=15)     ::   clcpu     ! the cpu number (max jpmax_digits digits) 
    180       CHARACTER(LEN=100)    ::   clinfo    ! info character 
     181      CHARACTER(LEN=256)    ::   clinfo    ! info character 
    181182      LOGICAL               ::   llok      ! check the existence  
    182183      LOGICAL               ::   llwrt     ! local definition of ldwrt 
     
    561562      REAL(wp)                       ::   zscf, zofs  ! sacle_factor and add_offset 
    562563      INTEGER                        ::   itmp        ! temporary integer 
    563       CHARACTER(LEN=100)             ::   clinfo      ! info character 
    564       CHARACTER(LEN=100)             ::   clname      ! file name 
     564      CHARACTER(LEN=256)             ::   clinfo      ! info character 
     565      CHARACTER(LEN=256)             ::   clname      ! file name 
    565566      CHARACTER(LEN=1)               ::   clrankpv, cldmspc      !  
    566567      !--------------------------------------------------------------------- 
     
    10101011   !!---------------------------------------------------------------------- 
    10111012 
    1012  
    10131013#if defined key_iomput 
    10141014 
    1015    SUBROUTINE iom_set_domain_attr( cdname, ni_glo, nj_glo, ibegin, jbegin, ni, nj, zoom_ibegin, zoom_jbegin, zoom_ni, zoom_nj,   & 
     1015   SUBROUTINE iom_set_domain_attr( cdid, ni_glo, nj_glo, ibegin, jbegin, ni, nj, zoom_ibegin, zoom_jbegin, zoom_ni, zoom_nj,   & 
    10161016      &                                    data_dim, data_ibegin, data_ni, data_jbegin, data_nj, lonvalue, latvalue, mask ) 
    1017       CHARACTER(LEN=*)                 , INTENT(in) ::   cdname 
     1017      CHARACTER(LEN=*)                 , INTENT(in) ::   cdid 
    10181018      INTEGER                , OPTIONAL, INTENT(in) ::   ni_glo, nj_glo, ibegin, jbegin, ni, nj 
    10191019      INTEGER                , OPTIONAL, INTENT(in) ::   data_dim, data_ibegin, data_ni, data_jbegin, data_nj 
     
    10221022      LOGICAL, DIMENSION(:,:), OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask 
    10231023 
    1024       IF ( xios_is_valid_domain     (cdname) ) THEN 
    1025          CALL xios_set_domain_attr     ( cdname, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
    1026             &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj   ,   & 
    1027             &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                         & 
     1024      IF ( xios_is_valid_domain     (cdid) ) THEN 
     1025         CALL xios_set_domain_attr     ( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
     1026            &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   & 
     1027            &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                       & 
    10281028            &    lonvalue=lonvalue, latvalue=latvalue,mask=mask ) 
    10291029      ENDIF 
    10301030 
    1031       IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdname) ) THEN 
    1032          CALL xios_set_domaingroup_attr( cdname, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
    1033             &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj   ,   & 
    1034             &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                         & 
     1031      IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdid) ) THEN 
     1032         CALL xios_set_domaingroup_attr( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   & 
     1033            &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   & 
     1034            &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                       & 
    10351035            &    lonvalue=lonvalue, latvalue=latvalue,mask=mask ) 
    10361036      ENDIF 
     1037      CALL xios_solve_inheritance() 
    10371038 
    10381039   END SUBROUTINE iom_set_domain_attr 
    10391040 
    10401041 
    1041    SUBROUTINE iom_set_axis_attr( cdname, paxis ) 
    1042       CHARACTER(LEN=*)      , INTENT(in) ::   cdname 
     1042   SUBROUTINE iom_set_axis_attr( cdid, paxis ) 
     1043      CHARACTER(LEN=*)      , INTENT(in) ::   cdid 
    10431044      REAL(wp), DIMENSION(:), INTENT(in) ::   paxis 
    1044       IF ( xios_is_valid_axis     (cdname) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdname, size=size(paxis),value=paxis ) 
    1045       IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdname) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdname, size=size(paxis),value=paxis ) 
     1045      IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, size=size(paxis),value=paxis ) 
     1046      IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, size=size(paxis),value=paxis ) 
     1047      CALL xios_solve_inheritance() 
    10461048   END SUBROUTINE iom_set_axis_attr 
    10471049 
    10481050 
    1049    SUBROUTINE iom_set_field_attr( cdname, freq_op) 
    1050       CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdname 
     1051   SUBROUTINE iom_set_field_attr( cdid, freq_op, freq_offset ) 
     1052      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid 
    10511053      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_op 
    1052       IF ( xios_is_valid_field     (cdname) )   CALL xios_set_field_attr     ( cdname, freq_op=freq_op ) 
    1053       IF ( xios_is_valid_fieldgroup(cdname) )   CALL xios_set_fieldgroup_attr( cdname, freq_op=freq_op ) 
     1054      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_offset 
     1055      IF ( xios_is_valid_field     (cdid) )   CALL xios_set_field_attr     ( cdid, freq_op=freq_op, freq_offset=freq_offset ) 
     1056      IF ( xios_is_valid_fieldgroup(cdid) )   CALL xios_set_fieldgroup_attr( cdid, freq_op=freq_op, freq_offset=freq_offset ) 
     1057      CALL xios_solve_inheritance() 
    10541058   END SUBROUTINE iom_set_field_attr 
    10551059 
    10561060 
    1057    SUBROUTINE iom_set_file_attr( cdname, name, name_suffix ) 
    1058       CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdname 
     1061   SUBROUTINE iom_set_file_attr( cdid, name, name_suffix ) 
     1062      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid 
    10591063      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(in) ::   name, name_suffix 
    1060       IF ( xios_is_valid_file     (cdname) )   CALL xios_set_file_attr     ( cdname, name=name, name_suffix=name_suffix ) 
    1061       IF ( xios_is_valid_filegroup(cdname) )   CALL xios_set_filegroup_attr( cdname, name=name, name_suffix=name_suffix ) 
     1064      IF ( xios_is_valid_file     (cdid) )   CALL xios_set_file_attr     ( cdid, name=name, name_suffix=name_suffix ) 
     1065      IF ( xios_is_valid_filegroup(cdid) )   CALL xios_set_filegroup_attr( cdid, name=name, name_suffix=name_suffix ) 
     1066      CALL xios_solve_inheritance() 
    10621067   END SUBROUTINE iom_set_file_attr 
    10631068 
    10641069 
    1065    SUBROUTINE iom_set_grid_attr( cdname, mask ) 
    1066       CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdname 
     1070   SUBROUTINE iom_get_file_attr( cdid, name, name_suffix, output_freq ) 
     1071      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in ) ::   cdid 
     1072      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(out) ::   name, name_suffix, output_freq 
     1073      LOGICAL                                 ::   llexist1,llexist2,llexist3 
     1074      !--------------------------------------------------------------------- 
     1075      IF( PRESENT( name        ) )   name = ''          ! default values 
     1076      IF( PRESENT( name_suffix ) )   name_suffix = '' 
     1077      IF( PRESENT( output_freq ) )   output_freq = '' 
     1078      IF ( xios_is_valid_file     (cdid) ) THEN 
     1079         CALL xios_solve_inheritance() 
     1080         CALL xios_is_defined_file_attr     ( cdid, name = llexist1, name_suffix = llexist2, output_freq = llexist3) 
     1081         IF(llexist1)   CALL xios_get_file_attr     ( cdid, name = name ) 
     1082         IF(llexist2)   CALL xios_get_file_attr     ( cdid, name_suffix = name_suffix ) 
     1083         IF(llexist3)   CALL xios_get_file_attr     ( cdid, output_freq = output_freq ) 
     1084      ENDIF 
     1085      IF ( xios_is_valid_filegroup(cdid) ) THEN 
     1086         CALL xios_solve_inheritance() 
     1087         CALL xios_is_defined_filegroup_attr( cdid, name = llexist1, name_suffix = llexist2, output_freq = llexist3) 
     1088         IF(llexist1)   CALL xios_get_filegroup_attr( cdid, name = name ) 
     1089         IF(llexist2)   CALL xios_get_filegroup_attr( cdid, name_suffix = name_suffix ) 
     1090         IF(llexist3)   CALL xios_get_filegroup_attr( cdid, output_freq = output_freq ) 
     1091      ENDIF 
     1092   END SUBROUTINE iom_get_file_attr 
     1093 
     1094 
     1095   SUBROUTINE iom_set_grid_attr( cdid, mask ) 
     1096      CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid 
    10671097      LOGICAL, DIMENSION(:,:,:), OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask 
    1068       IF ( xios_is_valid_grid     (cdname) )   CALL xios_set_grid_attr     ( cdname, mask=mask ) 
    1069       IF ( xios_is_valid_gridgroup(cdname) )   CALL xios_set_gridgroup_attr( cdname, mask=mask ) 
     1098      IF ( xios_is_valid_grid     (cdid) )   CALL xios_set_grid_attr     ( cdid, mask=mask ) 
     1099      IF ( xios_is_valid_gridgroup(cdid) )   CALL xios_set_gridgroup_attr( cdid, mask=mask ) 
     1100      CALL xios_solve_inheritance() 
    10701101   END SUBROUTINE iom_set_grid_attr 
    10711102 
     
    10731104   SUBROUTINE set_grid( cdgrd, plon, plat ) 
    10741105      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1075       !!                     ***  ROUTINE   *** 
     1106      !!                     ***  ROUTINE set_grid  *** 
    10761107      !! 
    10771108      !! ** Purpose :   define horizontal grids 
     
    11011132         END SELECT 
    11021133         ! 
    1103          CALL iom_set_domain_attr( "grid_"//cdgrd       , mask = zmask(:,:,1) /= 0. ) 
    1104          CALL iom_set_grid_attr  ( "grid_"//cdgrd//"_3D", mask = zmask(:,:,:) /= 0. ) 
     1134         CALL iom_set_domain_attr( "grid_"//cdgrd       , mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,1),(/ni,nj    /)) /= 0. ) 
     1135         CALL iom_set_grid_attr  ( "grid_"//cdgrd//"_3D", mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,:),(/ni,nj,jpk/)) /= 0. ) 
    11051136      ENDIF 
    11061137       
     
    11101141   SUBROUTINE set_scalar 
    11111142      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1112       !!                     ***  ROUTINE   *** 
     1143      !!                     ***  ROUTINE set_scalar  *** 
    11131144      !! 
    11141145      !! ** Purpose :   define fake grids for scalar point 
     
    11261157   SUBROUTINE set_xmlatt 
    11271158      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1128       !!                     ***  ROUTINE   *** 
     1159      !!                     ***  ROUTINE set_xmlatt  *** 
    11291160      !! 
    11301161      !! ** Purpose :   automatic definitions of some of the xml attributs... 
    11311162      !! 
    11321163      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1133       CHARACTER(len=6),DIMENSION( 8) ::   clsuff                   ! suffix name 
    11341164      CHARACTER(len=1),DIMENSION( 3) ::   clgrd                    ! suffix name 
    1135       CHARACTER(len=50)              ::   clname                   ! file name 
     1165      CHARACTER(len=256)             ::   clsuff                   ! suffix name 
    11361166      CHARACTER(len=1)               ::   cl1                      ! 1 character 
    11371167      CHARACTER(len=2)               ::   cl2                      ! 1 character 
    1138       CHARACTER(len=255)             ::   tfo 
    1139       INTEGER                        ::   idt                      ! time-step in seconds 
    1140       INTEGER                        ::   iddss, ihhss             ! number of seconds in 1 day, 1 hour and 1 year 
    1141       INTEGER                        ::   iyymo                    ! number of months in 1 year 
    1142       INTEGER                        ::   jg, jh, jd, jm, jy       ! loop counters 
     1168      INTEGER                        ::   ji, jg                   ! loop counters 
    11431169      INTEGER                        ::   ix, iy                   ! i-,j- index 
    11441170      REAL(wp)        ,DIMENSION(11) ::   zlontao                  ! longitudes of tao    moorings 
     
    11501176      !!---------------------------------------------------------------------- 
    11511177      !  
    1152       idt   = NINT( rdttra(1)     ) 
    1153       iddss = NINT( rday          )                                         ! number of seconds in 1 day 
    1154       ihhss = NINT( rmmss * rhhmm )                                         ! number of seconds in 1 hour 
    1155       iyymo = NINT( raamo         )                                         ! number of months in 1 year 
    1156  
    11571178      ! frequency of the call of iom_put (attribut: freq_op) 
    1158       tfo = TRIM(i2str(idt))//'s' 
    1159       CALL iom_set_field_attr('field_definition', freq_op=tfo) 
    1160       CALL iom_set_field_attr('SBC'   , freq_op=TRIM(i2str(idt* nn_fsbc ))//'s') 
    1161       CALL iom_set_field_attr('ptrc_T', freq_op=TRIM(i2str(idt* nn_dttrc))//'s') 
    1162       CALL iom_set_field_attr('diad_T', freq_op=TRIM(i2str(idt* nn_dttrc))//'s') 
     1179      WRITE(cl1,'(i1)')        1   ;   CALL iom_set_field_attr('field_definition', freq_op = cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
     1180      WRITE(cl1,'(i1)')  nn_fsbc   ;   CALL iom_set_field_attr('SBC'             , freq_op = cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
     1181      WRITE(cl1,'(i1)') nn_dttrc   ;   CALL iom_set_field_attr('ptrc_T'          , freq_op = cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
     1182      WRITE(cl1,'(i1)') nn_dttrc   ;   CALL iom_set_field_attr('diad_T'          , freq_op = cl1//'ts', freq_offset='0ts') 
    11631183        
    11641184      ! output file names (attribut: name) 
    1165       clsuff(:) = (/ 'grid_T', 'grid_U', 'grid_V', 'grid_W', 'icemod', 'ptrc_T', 'diad_T', 'scalar' /)       
    1166       DO jg = 1, SIZE(clsuff)                                                                  ! grid type 
    1167          DO jh = 1, 24                                                                         ! 1-24 hours 
    1168             WRITE(cl2,'(i2)') jh  
    1169             CALL dia_nam( clname, jh * ihhss, clsuff(jg), ldfsec = .TRUE. ) 
    1170             CALL iom_set_file_attr(TRIM(ADJUSTL(cl2))//'h_'//clsuff(jg), name=TRIM(clname)) 
    1171          END DO 
    1172          DO jd = 1, 30                                                                         ! 1-30 days 
    1173             WRITE(cl1,'(i1)') jd  
    1174             CALL dia_nam( clname, jd * iddss, clsuff(jg), ldfsec = .TRUE. ) 
    1175             CALL iom_set_file_attr(cl1//'d_'//clsuff(jg), name=TRIM(clname)) 
    1176          END DO 
    1177          DO jm = 1, 11                                                                         ! 1-11 months 
    1178             WRITE(cl1,'(i1)') jm  
    1179             CALL dia_nam( clname, -jm, clsuff(jg) ) 
    1180             CALL iom_set_file_attr(cl1//'m_'//clsuff(jg), name=TRIM(clname)) 
    1181          END DO 
    1182          DO jy = 1, 50                                                                         ! 1-50 years   
    1183             WRITE(cl2,'(i2)') jy  
    1184             CALL dia_nam( clname, -jy * iyymo, clsuff(jg) ) 
    1185             CALL iom_set_file_attr(TRIM(ADJUSTL(cl2))//'y_'//clsuff(jg), name=TRIM(clname)) 
    1186          END DO 
     1185      DO ji = 1, 9 
     1186         WRITE(cl1,'(i1)') ji  
     1187         CALL iom_update_file_name('file'//cl1) 
     1188      END DO 
     1189      DO ji = 1, 99 
     1190         WRITE(cl2,'(i2.2)') ji  
     1191         CALL iom_update_file_name('file'//cl2) 
    11871192      END DO 
    11881193 
     
    11931198         ! Equatorial section (attributs: jbegin, ni, name_suffix) 
    11941199         CALL dom_ngb( 0., 0., ix, iy, cl1 ) 
    1195          CALL iom_set_domain_attr('Eq'//cl1, zoom_jbegin=iy, zoom_ni=jpiglo) 
    1196          CALL iom_set_file_attr('Eq'//cl1, name_suffix= '_Eq') 
     1200         CALL iom_set_domain_attr ('Eq'//cl1, zoom_jbegin=iy, zoom_ni=jpiglo) 
     1201         CALL iom_get_file_attr   ('Eq'//cl1, name_suffix = clsuff             ) 
     1202         CALL iom_set_file_attr   ('Eq'//cl1, name_suffix = TRIM(clsuff)//'_Eq') 
     1203         CALL iom_update_file_name('Eq'//cl1) 
    11971204      END DO 
    11981205      ! TAO moorings (attributs: ibegin, jbegin, name_suffix) 
     
    12141221   SUBROUTINE set_mooring( plon, plat) 
    12151222      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1216       !!                     ***  ROUTINE   *** 
     1223      !!                     ***  ROUTINE set_mooring  *** 
    12171224      !! 
    12181225      !! ** Purpose :   automatic definitions of moorings xml attributs... 
     
    12231230!!$      CHARACTER(len=1),DIMENSION(4) ::   clgrd = (/ 'T', 'U', 'V', 'W' /)   ! suffix name 
    12241231      CHARACTER(len=1),DIMENSION(1) ::   clgrd = (/ 'T' /)        ! suffix name 
    1225       CHARACTER(len=50)             ::   clname                   ! file name 
     1232      CHARACTER(len=256)            ::   clname                   ! file name 
     1233      CHARACTER(len=256)            ::   clsuff                   ! suffix name 
    12261234      CHARACTER(len=1)              ::   cl1                      ! 1 character 
    12271235      CHARACTER(len=6)              ::   clon,clat                ! name of longitude, latitude 
     
    12691277               ENDIF 
    12701278               clname = TRIM(ADJUSTL(clat))//TRIM(ADJUSTL(clon)) 
    1271                CALL iom_set_domain_attr(TRIM(clname)//cl1, zoom_ibegin= ix, zoom_jbegin= iy) 
    1272                CALL iom_set_file_attr(TRIM(clname)//cl1, name_suffix= '_'//TRIM(clname)) 
     1279               CALL iom_set_domain_attr (TRIM(clname)//cl1, zoom_ibegin= ix, zoom_jbegin= iy) 
     1280               CALL iom_get_file_attr   (TRIM(clname)//cl1, name_suffix = clsuff                         ) 
     1281               CALL iom_set_file_attr   (TRIM(clname)//cl1, name_suffix = TRIM(clsuff)//'_'//TRIM(clname)) 
     1282               CALL iom_update_file_name(TRIM(clname)//cl1) 
    12731283            END DO 
    12741284         END DO 
     
    12771287   END SUBROUTINE set_mooring 
    12781288 
     1289    
     1290   SUBROUTINE iom_update_file_name( cdid ) 
     1291      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1292      !!                     ***  ROUTINE iom_update_file_name  *** 
     1293      !! 
     1294      !! ** Purpose :    
     1295      !! 
     1296      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1297      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid 
     1298      ! 
     1299      CHARACTER(LEN=256) ::   clname 
     1300      CHARACTER(LEN=20)  ::   clfreq 
     1301      CHARACTER(LEN=20)  ::   cldate 
     1302      INTEGER            ::   idx 
     1303      INTEGER            ::   jn 
     1304      INTEGER            ::   itrlen 
     1305      INTEGER            ::   iyear, imonth, iday, isec 
     1306      REAL(wp)           ::   zsec 
     1307      LOGICAL            ::   llexist 
     1308      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1309 
     1310      DO jn = 1,2 
     1311 
     1312         IF( jn == 1 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name        = clname, output_freq = clfreq ) 
     1313         IF( jn == 2 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name_suffix = clname ) 
     1314 
     1315         IF ( TRIM(clname) /= '' ) THEN  
     1316 
     1317            idx = INDEX(clname,'@expname@') + INDEX(clname,'@EXPNAME@') 
     1318            DO WHILE ( idx /= 0 )  
     1319               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cexper)//clname(idx+9:LEN_TRIM(clname)) 
     1320               idx = INDEX(clname,'@expname@') + INDEX(clname,'@EXPNAME@') 
     1321            END DO 
     1322 
     1323            idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
     1324            DO WHILE ( idx /= 0 )  
     1325               IF ( TRIM(clfreq) /= '' ) THEN 
     1326                  itrlen = LEN_TRIM(clfreq) 
     1327                  IF ( clfreq(itrlen-1:itrlen) == 'mo' ) clfreq = clfreq(1:itrlen-1) 
     1328                  clname = clname(1:idx-1)//TRIM(clfreq)//clname(idx+6:LEN_TRIM(clname)) 
     1329               ELSE 
     1330                  CALL ctl_stop('error in the name of file id '//TRIM(cdid),   & 
     1331                     & ' attribute output_freq is undefined -> cannot replace @freq@ in '//TRIM(clname) ) 
     1332               ENDIF 
     1333               idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@') 
     1334            END DO 
     1335 
     1336            idx = INDEX(clname,'@startdate@') + INDEX(clname,'@STARTDATE@') 
     1337            DO WHILE ( idx /= 0 )  
     1338               cldate = iom_sdate( fjulday - rdttra(1) / rday ) 
     1339               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+11:LEN_TRIM(clname)) 
     1340               idx = INDEX(clname,'@startdate@') + INDEX(clname,'@STARTDATE@') 
     1341            END DO 
     1342 
     1343            idx = INDEX(clname,'@startdatefull@') + INDEX(clname,'@STARTDATEFULL@') 
     1344            DO WHILE ( idx /= 0 )  
     1345               cldate = iom_sdate( fjulday - rdttra(1) / rday, ldfull = .TRUE. ) 
     1346               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+15:LEN_TRIM(clname)) 
     1347               idx = INDEX(clname,'@startdatefull@') + INDEX(clname,'@STARTDATEFULL@') 
     1348            END DO 
     1349 
     1350            idx = INDEX(clname,'@enddate@') + INDEX(clname,'@ENDDATE@') 
     1351            DO WHILE ( idx /= 0 )  
     1352               cldate = iom_sdate( fjulday + rdttra(1) / rday * REAL( nitend - nit000, wp ), ld24 = .TRUE. ) 
     1353               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+9:LEN_TRIM(clname)) 
     1354               idx = INDEX(clname,'@enddate@') + INDEX(clname,'@ENDDATE@') 
     1355            END DO 
     1356 
     1357            idx = INDEX(clname,'@enddatefull@') + INDEX(clname,'@ENDDATEFULL@') 
     1358            DO WHILE ( idx /= 0 )  
     1359               cldate = iom_sdate( fjulday + rdttra(1) / rday * REAL( nitend - nit000, wp ), ld24 = .TRUE., ldfull = .TRUE. ) 
     1360               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+13:LEN_TRIM(clname)) 
     1361               idx = INDEX(clname,'@enddatefull@') + INDEX(clname,'@ENDDATEFULL@') 
     1362            END DO 
     1363 
     1364            IF( jn == 1 )   CALL iom_set_file_attr( cdid, name        = clname ) 
     1365            IF( jn == 2 )   CALL iom_set_file_attr( cdid, name_suffix = clname ) 
     1366 
     1367         ENDIF 
     1368 
     1369      END DO 
     1370 
     1371   END SUBROUTINE iom_update_file_name 
     1372 
     1373 
     1374   FUNCTION iom_sdate( pjday, ld24, ldfull ) 
     1375      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1376      !!                     ***  ROUTINE iom_sdate  *** 
     1377      !! 
     1378      !! ** Purpose :   send back the date corresponding to the given julian day 
     1379      !! 
     1380      !!---------------------------------------------------------------------- 
     1381      REAL(wp), INTENT(in   )           ::   pjday         ! julian day 
     1382      LOGICAL , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ld24          ! true to force 24:00 instead of 00:00 
     1383      LOGICAL , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldfull        ! true to get the compleate date: yyyymmdd_hh:mm:ss 
     1384      ! 
     1385      CHARACTER(LEN=20) ::   iom_sdate 
     1386      CHARACTER(LEN=50) ::   clfmt                         !  format used to write the date  
     1387      INTEGER           ::   iyear, imonth, iday, ihour, iminute, isec 
     1388      REAL(wp)          ::   zsec 
     1389      LOGICAL           ::   ll24, llfull 
     1390      ! 
     1391      IF( PRESENT(ld24) ) THEN   ;   ll24 = ld24 
     1392      ELSE                       ;   ll24 = .FALSE. 
     1393      ENDIF 
     1394 
     1395      IF( PRESENT(ldfull) ) THEN   ;   llfull = ldfull 
     1396      ELSE                         ;   llfull = .FALSE. 
     1397      ENDIF 
     1398 
     1399      CALL ju2ymds( pjday, iyear, imonth, iday, zsec ) 
     1400      isec = NINT(zsec) 
     1401 
     1402      IF ( ll24 .AND. isec == 0 ) THEN   ! 00:00 of the next day -> move to 24:00 of the current day 
     1403         CALL ju2ymds( pjday - 1., iyear, imonth, iday, zsec ) 
     1404         isec = 86400 
     1405      ENDIF 
     1406 
     1407      IF( iyear < 10000 ) THEN   ;   clfmt = "i4.4,2i2.2"                ! format used to write the date  
     1408      ELSE                       ;   WRITE(clfmt, "('i',i1,',2i2.2')") INT(LOG10(REAL(iyear,wp))) + 1 
     1409      ENDIF 
     1410       
     1411      IF( llfull ) THEN  
     1412         clfmt = TRIM(clfmt)//",'_',i2.2,':',i2.2,':',i2.2" 
     1413         ihour   = isec / 3600 
     1414         isec    = MOD(isec, 3600) 
     1415         iminute = isec / 60 
     1416         isec    = MOD(isec, 60) 
     1417         WRITE(iom_sdate, '('//TRIM(clfmt)//')') iyear, imonth, iday, ihour, iminute, isec    ! date of the end of run 
     1418      ELSE 
     1419         WRITE(iom_sdate, '('//TRIM(clfmt)//')') iyear, imonth, iday                          ! date of the end of run 
     1420      ENDIF 
     1421 
     1422   END FUNCTION iom_sdate 
     1423 
    12791424#else 
    12801425 
     
    12851430 
    12861431#endif 
    1287  
    1288    FUNCTION i2str(int) 
    1289    IMPLICIT NONE 
    1290       INTEGER, INTENT(IN) :: int 
    1291       CHARACTER(LEN=255) :: i2str 
    1292  
    1293       WRITE(i2str,*) int 
    1294        
    1295    END FUNCTION i2str   
    12961432    
    12971433   !!====================================================================== 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/LBC/lib_mpp.F90

    r4147 r4148  
    163163 
    164164   ! Arrays used in mpp_lbc_north_3d() 
    165    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE   ::   ztab, znorthloc 
    166    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE, SAVE   ::   znorthgloio 
    167    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE   ::   zfoldwk      ! Workspace for message transfers avoiding mpi_allgather 
     165   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE   ::   tab_3d, xnorthloc 
     166   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE, SAVE   ::   xnorthgloio 
     167   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE   ::   foldwk      ! Workspace for message transfers avoiding mpi_allgather 
    168168 
    169169   ! Arrays used in mpp_lbc_north_2d() 
    170    REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE    ::   ztab_2d, znorthloc_2d 
    171    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE, SAVE    ::   znorthgloio_2d 
    172    REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE    ::   zfoldwk_2d    ! Workspace for message transfers avoiding mpi_allgather 
     170   REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE    ::   tab_2d, xnorthloc_2d 
     171   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE, SAVE    ::   xnorthgloio_2d 
     172   REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE    ::   foldwk_2d    ! Workspace for message transfers avoiding mpi_allgather 
    173173 
    174174   ! Arrays used in mpp_lbc_north_e() 
    175    REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE    ::   ztab_e, znorthloc_e 
    176    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE, SAVE    ::   znorthgloio_e 
     175   REAL(wp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE, SAVE    ::   tab_e, xnorthloc_e 
     176   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE, SAVE    ::   xnorthgloio_e 
    177177 
    178178   ! North fold arrays used to minimise the use of allgather operations. Set in nemo_northcomms (nemogcm) so need to be public 
     
    208208         &      t2p1(jpi,jprecj    ,2)   , t2p2(jpi,jprecj    ,2)   ,                                            & 
    209209         ! 
    210          &      ztab(jpiglo,4,jpk) , znorthloc(jpi,4,jpk) , znorthgloio(jpi,4,jpk,jpni) ,                        & 
    211          &      zfoldwk(jpi,4,jpk) ,                                                                             & 
    212          ! 
    213          &      ztab_2d(jpiglo,4)  , znorthloc_2d(jpi,4)  , znorthgloio_2d(jpi,4,jpni)  ,                        & 
    214          &      zfoldwk_2d(jpi,4)  ,                                                                             & 
    215          ! 
    216          &      ztab_e(jpiglo,4+2*jpr2dj) , znorthloc_e(jpi,4+2*jpr2dj) , znorthgloio_e(jpi,4+2*jpr2dj,jpni) ,   & 
     210         &      tab_3d(jpiglo,4,jpk) , xnorthloc(jpi,4,jpk) , xnorthgloio(jpi,4,jpk,jpni) ,                        & 
     211         &      foldwk(jpi,4,jpk) ,                                                                             & 
     212         ! 
     213         &      tab_2d(jpiglo,4)  , xnorthloc_2d(jpi,4)  , xnorthgloio_2d(jpi,4,jpni)  ,                        & 
     214         &      foldwk_2d(jpi,4)  ,                                                                             & 
     215         ! 
     216         &      tab_e(jpiglo,4+2*jpr2dj) , xnorthloc_e(jpi,4+2*jpr2dj) , xnorthgloio_e(jpi,4+2*jpr2dj,jpni) ,   & 
    217217         ! 
    218218         &      STAT=lib_mpp_alloc ) 
     
    26082608      ityp = -1 
    26092609      ijpjm1 = 3 
    2610       ztab(:,:,:) = 0.e0 
    2611       ! 
    2612       DO jj = nlcj - ijpj +1, nlcj          ! put in znorthloc the last 4 jlines of pt3d 
     2610      tab_3d(:,:,:) = 0.e0 
     2611      ! 
     2612      DO jj = nlcj - ijpj +1, nlcj          ! put in xnorthloc the last 4 jlines of pt3d 
    26132613         ij = jj - nlcj + ijpj 
    2614          znorthloc(:,ij,:) = pt3d(:,jj,:) 
     2614         xnorthloc(:,ij,:) = pt3d(:,jj,:) 
    26152615      END DO 
    26162616      ! 
    2617       !                                     ! Build in procs of ncomm_north the znorthgloio 
     2617      !                                     ! Build in procs of ncomm_north the xnorthgloio 
    26182618      itaille = jpi * jpk * ijpj 
    26192619      IF ( l_north_nogather ) THEN 
     
    26252625            ij = jj - nlcj + ijpj 
    26262626            DO ji = 1, nlci 
    2627                ztab(ji+nimpp-1,ij,:) = pt3d(ji,jj,:) 
     2627               tab_3d(ji+nimpp-1,ij,:) = pt3d(ji,jj,:) 
    26282628            END DO 
    26292629         END DO 
     
    26502650 
    26512651            DO jr = 1,nsndto(ityp) 
    2652                CALL mppsend(5, znorthloc, itaille, isendto(jr,ityp), ml_req_nf(jr) ) 
     2652               CALL mppsend(5, xnorthloc, itaille, isendto(jr,ityp), ml_req_nf(jr) ) 
    26532653            END DO 
    26542654            DO jr = 1,nsndto(ityp) 
    2655                CALL mpprecv(5, zfoldwk, itaille, isendto(jr,ityp)) 
     2655               CALL mpprecv(5, foldwk, itaille, isendto(jr,ityp)) 
    26562656               iproc = isendto(jr,ityp) + 1 
    26572657               ildi = nldit (iproc) 
     
    26602660               DO jj = 1, ijpj 
    26612661                  DO ji = ildi, ilei 
    2662                      ztab(ji+iilb-1,jj,:) = zfoldwk(ji,jj,:) 
     2662                     tab_3d(ji+iilb-1,jj,:) = foldwk(ji,jj,:) 
    26632663                  END DO 
    26642664               END DO 
     
    26752675 
    26762676      IF ( ityp .lt. 0 ) THEN 
    2677          CALL MPI_ALLGATHER( znorthloc  , itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION,                & 
    2678             &                znorthgloio, itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION, ncomm_north, ierr ) 
     2677         CALL MPI_ALLGATHER( xnorthloc  , itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION,                & 
     2678            &                xnorthgloio, itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION, ncomm_north, ierr ) 
    26792679         ! 
    26802680         DO jr = 1, ndim_rank_north         ! recover the global north array 
     
    26852685            DO jj = 1, ijpj 
    26862686               DO ji = ildi, ilei 
    2687                   ztab(ji+iilb-1,jj,:) = znorthgloio(ji,jj,:,jr) 
     2687                  tab_3d(ji+iilb-1,jj,:) = xnorthgloio(ji,jj,:,jr) 
    26882688               END DO 
    26892689            END DO 
     
    26912691      ENDIF 
    26922692      ! 
    2693       ! The ztab array has been either: 
     2693      ! The tab_3d array has been either: 
    26942694      !  a. Fully populated by the mpi_allgather operation or 
    26952695      !  b. Had the active points for this domain and northern neighbours populated 
     
    26982698      ! this domain will be identical. 
    26992699      ! 
    2700       CALL lbc_nfd( ztab, cd_type, psgn )   ! North fold boundary condition 
     2700      CALL lbc_nfd( tab_3d, cd_type, psgn )   ! North fold boundary condition 
    27012701      ! 
    27022702      DO jj = nlcj-ijpj+1, nlcj             ! Scatter back to pt3d 
    27032703         ij = jj - nlcj + ijpj 
    27042704         DO ji= 1, nlci 
    2705             pt3d(ji,jj,:) = ztab(ji+nimpp-1,ij,:) 
     2705            pt3d(ji,jj,:) = tab_3d(ji+nimpp-1,ij,:) 
    27062706         END DO 
    27072707      END DO 
     
    27402740      ityp = -1 
    27412741      ijpjm1 = 3 
    2742       ztab_2d(:,:) = 0.e0 
    2743       ! 
    2744       DO jj = nlcj-ijpj+1, nlcj             ! put in znorthloc_2d the last 4 jlines of pt2d 
     2742      tab_2d(:,:) = 0.e0 
     2743      ! 
     2744      DO jj = nlcj-ijpj+1, nlcj             ! put in xnorthloc_2d the last 4 jlines of pt2d 
    27452745         ij = jj - nlcj + ijpj 
    2746          znorthloc_2d(:,ij) = pt2d(:,jj) 
     2746         xnorthloc_2d(:,ij) = pt2d(:,jj) 
    27472747      END DO 
    27482748 
    2749       !                                     ! Build in procs of ncomm_north the znorthgloio_2d 
     2749      !                                     ! Build in procs of ncomm_north the xnorthgloio_2d 
    27502750      itaille = jpi * ijpj 
    27512751      IF ( l_north_nogather ) THEN 
     
    27572757            ij = jj - nlcj + ijpj 
    27582758            DO ji = 1, nlci 
    2759                ztab_2d(ji+nimpp-1,ij) = pt2d(ji,jj) 
     2759               tab_2d(ji+nimpp-1,ij) = pt2d(ji,jj) 
    27602760            END DO 
    27612761         END DO 
     
    27832783 
    27842784            DO jr = 1,nsndto(ityp) 
    2785                CALL mppsend(5, znorthloc_2d, itaille, isendto(jr,ityp), ml_req_nf(jr) ) 
     2785               CALL mppsend(5, xnorthloc_2d, itaille, isendto(jr,ityp), ml_req_nf(jr) ) 
    27862786            END DO 
    27872787            DO jr = 1,nsndto(ityp) 
    2788                CALL mpprecv(5, zfoldwk_2d, itaille, isendto(jr,ityp)) 
     2788               CALL mpprecv(5, foldwk_2d, itaille, isendto(jr,ityp)) 
    27892789               iproc = isendto(jr,ityp) + 1 
    27902790               ildi = nldit (iproc) 
     
    27932793               DO jj = 1, ijpj 
    27942794                  DO ji = ildi, ilei 
    2795                      ztab_2d(ji+iilb-1,jj) = zfoldwk_2d(ji,jj) 
     2795                     tab_2d(ji+iilb-1,jj) = foldwk_2d(ji,jj) 
    27962796                  END DO 
    27972797               END DO 
     
    28082808 
    28092809      IF ( ityp .lt. 0 ) THEN 
    2810          CALL MPI_ALLGATHER( znorthloc_2d  , itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION,        & 
    2811             &                znorthgloio_2d, itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION, ncomm_north, ierr ) 
     2810         CALL MPI_ALLGATHER( xnorthloc_2d  , itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION,        & 
     2811            &                xnorthgloio_2d, itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION, ncomm_north, ierr ) 
    28122812         ! 
    28132813         DO jr = 1, ndim_rank_north            ! recover the global north array 
     
    28182818            DO jj = 1, ijpj 
    28192819               DO ji = ildi, ilei 
    2820                   ztab_2d(ji+iilb-1,jj) = znorthgloio_2d(ji,jj,jr) 
     2820                  tab_2d(ji+iilb-1,jj) = xnorthgloio_2d(ji,jj,jr) 
    28212821               END DO 
    28222822            END DO 
     
    28242824      ENDIF 
    28252825      ! 
    2826       ! The ztab array has been either: 
     2826      ! The tab array has been either: 
    28272827      !  a. Fully populated by the mpi_allgather operation or 
    28282828      !  b. Had the active points for this domain and northern neighbours populated 
     
    28312831      ! this domain will be identical. 
    28322832      ! 
    2833       CALL lbc_nfd( ztab_2d, cd_type, psgn )   ! North fold boundary condition 
     2833      CALL lbc_nfd( tab_2d, cd_type, psgn )   ! North fold boundary condition 
    28342834      ! 
    28352835      ! 
     
    28372837         ij = jj - nlcj + ijpj 
    28382838         DO ji = 1, nlci 
    2839             pt2d(ji,jj) = ztab_2d(ji+nimpp-1,ij) 
     2839            pt2d(ji,jj) = tab_2d(ji+nimpp-1,ij) 
    28402840         END DO 
    28412841      END DO 
     
    28702870      ! 
    28712871      ijpj=4 
    2872       ztab_e(:,:) = 0.e0 
     2872      tab_e(:,:) = 0.e0 
    28732873 
    28742874      ij=0 
    2875       ! put in znorthloc_e the last 4 jlines of pt2d 
     2875      ! put in xnorthloc_e the last 4 jlines of pt2d 
    28762876      DO jj = nlcj - ijpj + 1 - jpr2dj, nlcj +jpr2dj 
    28772877         ij = ij + 1 
    28782878         DO ji = 1, jpi 
    2879             znorthloc_e(ji,ij)=pt2d(ji,jj) 
     2879            xnorthloc_e(ji,ij)=pt2d(ji,jj) 
    28802880         END DO 
    28812881      END DO 
    28822882      ! 
    28832883      itaille = jpi * ( ijpj + 2 * jpr2dj ) 
    2884       CALL MPI_ALLGATHER( znorthloc_e(1,1)  , itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION,    & 
    2885          &                znorthgloio_e(1,1,1), itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION, ncomm_north, ierr ) 
     2884      CALL MPI_ALLGATHER( xnorthloc_e(1,1)  , itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION,    & 
     2885         &                xnorthgloio_e(1,1,1), itaille, MPI_DOUBLE_PRECISION, ncomm_north, ierr ) 
    28862886      ! 
    28872887      DO jr = 1, ndim_rank_north            ! recover the global north array 
     
    28922892         DO jj = 1, ijpj+2*jpr2dj 
    28932893            DO ji = ildi, ilei 
    2894                ztab_e(ji+iilb-1,jj) = znorthgloio_e(ji,jj,jr) 
     2894               tab_e(ji+iilb-1,jj) = xnorthgloio_e(ji,jj,jr) 
    28952895            END DO 
    28962896         END DO 
     
    29002900      ! 2. North-Fold boundary conditions 
    29012901      ! ---------------------------------- 
    2902       CALL lbc_nfd( ztab_e(:,:), cd_type, psgn, pr2dj = jpr2dj ) 
     2902      CALL lbc_nfd( tab_e(:,:), cd_type, psgn, pr2dj = jpr2dj ) 
    29032903 
    29042904      ij = jpr2dj 
     
    29072907      ij  = ij +1 
    29082908         DO ji= 1, nlci 
    2909             pt2d(ji,jj) = ztab_e(ji+nimpp-1,ij) 
     2909            pt2d(ji,jj) = tab_e(ji+nimpp-1,ij) 
    29102910         END DO 
    29112911      END DO 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbc_oce.F90

    r4147 r4148  
    7171   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   sfx    , sfx_b    !: salt flux                                    [PSU/m2/s] 
    7272   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   emp_tot           !: total E-P over ocean and ice                 [Kg/m2/s] 
     73   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   fmmflx            !: freshwater budget: freezing/melting          [Kg/m2/s] 
    7374   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   rnf    , rnf_b    !: river runoff   [Kg/m2/s]   
    7475   !! 
     
    116117         &      qsr_tot(jpi,jpj) , qsr  (jpi,jpj) ,                        & 
    117118         &      emp    (jpi,jpj) , emp_b(jpi,jpj) ,                        & 
    118          &      sfx    (jpi,jpj) , sfx_b(jpi,jpj) , emp_tot(jpi,jpj) , STAT=ierr(2) ) 
     119         &      sfx    (jpi,jpj) , sfx_b(jpi,jpj) , emp_tot(jpi,jpj), fmmflx(jpi,jpj), STAT=ierr(2) ) 
    119120         ! 
    120121      ALLOCATE( rnf  (jpi,jpj) , sbc_tsc  (jpi,jpj,jpts) , qsr_hc  (jpi,jpj,jpk) ,     & 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbccpl.F90

    r4147 r4148  
    373373      ! 
    374374      IF( TRIM( sn_rcv_tau%cldes ) /= 'oce and ice' ) THEN        ! 'oce and ice' case ocean stress on ocean mesh used 
    375          srcv(jpr_itx1:jpr_itz2)%laction = .FALSE.    ! ice components not received 
     375         srcv(jpr_itz1:jpr_itz2)%laction = .FALSE.    ! ice components not received (itx1 and ity1 used later) 
    376376         srcv(jpr_itx1)%clgrid = 'U'                  ! ocean stress used after its transformation 
    377377         srcv(jpr_ity1)%clgrid = 'V'                  ! i.e. it is always at U- & V-points for i- & j-comp. resp. 
     
    896896      !!                 third  as  2 components on the cp_ice_msh point  
    897897      !! 
    898       !!                In 'oce and ice' case, only one vector stress field  
     898      !!                Except in 'oce and ice' case, only one vector stress field  
    899899      !!             is received. It has already been processed in sbc_cpl_rcv 
    900900      !!             so that it is now defined as (i,j) components given at U- 
    901       !!             and V-points, respectively. Therefore, here only the third 
     901      !!             and V-points, respectively. Therefore, only the third 
    902902      !!             transformation is done and only if the ice-grid is a 'I'-grid.  
    903903      !! 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcmod.F90

    r4147 r4148  
    153153      sfx(:,:) = 0.0_wp                            ! the salt flux due to freezing/melting will be computed (i.e. will be non-zero)  
    154154                                                   ! only if sea-ice is present 
     155  
     156      fmmflx(:,:) = 0.0_wp                        ! freezing-melting array initialisation 
    155157 
    156158      !                                            ! restartability    
     
    371373                                                                ! (includes virtual salt flux beneath ice  
    372374                                                                ! in linear free surface case) 
     375         CALL iom_put( "fmmflx", fmmflx  )                      ! Freezing-melting water flux 
    373376         CALL iom_put( "qt"    , qns  + qsr )                   ! total heat flux  
    374377         CALL iom_put( "qns"   , qns        )                   ! solar heat flux 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/SAS_SRC/diawri.F90

    r3331 r4148  
    259259         CALL histdef( nid_T, "sowaflup", "Net Upward Water Flux"              , "Kg/m2/s",   &  ! (emp-rnf) 
    260260            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout ) 
    261          CALL histdef( nid_T, "sowaflcd", "concentration/dilution water flux"  , "kg/m2/s",   &  ! (emps-rnf) 
    262             &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout ) 
     261         CALL histdef( nid_T, "sosfldow", "downward salt flux"                 , "PSU/m2/s",  &  ! (sfx) 
     262             &         jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout ) 
    263263         CALL histdef( nid_T, "sohefldo", "Net Downward Heat Flux"             , "W/m2"   ,   &  ! qns + qsr 
    264264            &          jpi, jpj, nh_T, 1  , 1, 1  , -99 , 32, clop, zsto, zout ) 
     
    309309      CALL histwrite( nid_T, "sst_m", it, sst_m, ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface temperature 
    310310      CALL histwrite( nid_T, "sss_m", it, sss_m, ndim_hT, ndex_hT )   ! sea surface salinity 
    311       CALL histwrite( nid_T, "sowaflup", it, emp   , ndim_hT, ndex_hT )   ! upward water flux 
    312       CALL histwrite( nid_T, "sowaflcd", it, emps  , ndim_hT, ndex_hT )   ! c/d water flux 
     311      CALL histwrite( nid_T, "sowaflup", it, (emp - rnf )  , ndim_hT, ndex_hT )   ! upward water flux 
     312      CALL histwrite( nid_T, "sosfldow", it, sfx           , ndim_hT, ndex_hT )   ! downward salt flux  
     313                                                                                  ! (includes virtual salt flux beneath ice  
     314                                                                                  ! in linear free surface case) 
     315 
    313316      CALL histwrite( nid_T, "sohefldo", it, qns + qsr     , ndim_hT, ndex_hT )   ! total heat flux 
    314317      CALL histwrite( nid_T, "soshfldo", it, qsr           , ndim_hT, ndex_hT )   ! solar heat flux 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/SAS_SRC/sbcssm.F90

    r4147 r4148  
    143143      ! 
    144144      NAMELIST/namsbc_sas/cn_dir, ln_3d_uv, sn_tem, sn_sal, sn_usp, sn_vsp, sn_ssh 
     145      !!---------------------------------------------------------------------- 
    145146       
    146147      REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namsbc_sas in reference namelist : Input fields 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r4147 r4148  
    263263               zdep    = MIN( 1., 1000. / fsdept(ji,jj,jk) ) 
    264264               zlam1b  = xlam1 * MAX( 0.e0, ( trn(ji,jj,jk,jpfer) * 1.e9 - ztotlig(ji,jj,jk) ) ) 
    265                zcoag   = zfeequi * zlam1b * zstep + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep * zstep *zfecoll 
     265               zcoag   = zfeequi * zlam1b * zstep + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep * zstep * trn(ji,jj,jk,jpfer) 
    266266 
    267267               !  Compute the coagulation of colloidal iron. This parameterization  
     
    278278               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zscave * zdenom1 + zaggdfea + zaggdfeb 
    279279#else 
    280                zlam1b = 3.53E3 *   trn(ji,jj,jk,jpgoc) * xdiss(ji,jj,jk) + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep  
     280               zlam1b = 3.53E3 *   trn(ji,jj,jk,jpgoc) * xdiss(ji,jj,jk) 
    281281               zaggdfeb = zlam1b * zstep * zfecoll 
    282282               ! 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zflx.F90

    r4147 r4148  
    109109         ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1) 
    110110         zyr_dec = REAL( nyear + nn_offset, wp ) + REAL( nday_year, wp ) / REAL( nyear_len(1), wp ) 
    111          jm = 2 
    112          DO WHILE( jm <= nmaxrec .AND. years(jm-1) < zyr_dec .AND. years(jm) >= zyr_dec ) ;  jm = jm + 1 ;  END DO 
     111         jm = 1 
     112         DO WHILE( jm <= nmaxrec .AND. years(jm) < zyr_dec ) ;  jm = jm + 1 ;  END DO 
    113113         iind = jm  ;   iindm1 = jm - 1 
    114114         zdco2dt = ( atcco2h(iind) - atcco2h(iindm1) ) / ( years(iind) - years(iindm1) + rtrn ) 
     
    196196      END DO 
    197197 
    198       t_oce_co2_flx = t_oce_co2_flx + glob_sum( oce_co2(:,:) )            ! Cumulative Total Flux of Carbon 
    199       t_atm_co2_flx = glob_sum( satmco2(:,:) * patm(:,:) * e1e2t(:,:) )   ! Total atmospheric pCO2 
     198      t_oce_co2_flx = t_oce_co2_flx + glob_sum( oce_co2(:,:) )      ! Cumulative Total Flux of Carbon 
     199      t_atm_co2_flx = glob_sum( satmco2(:,:) * e1e2t(:,:) )         ! Total atmospheric pCO2 
    200200 
    201201      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmeso.F90

    r4147 r4148  
    5454   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5555   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    56    !! $Id: p4zmeso.F90 3295 2012-01-30 15:49:07Z cetlod $  
     56   !! $Id: p4zmeso.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
    5757   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    5858   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    7272      REAL(wp) :: zcompadi, zcompaph, zcompapoc, zcompaz, zcompam 
    7373      REAL(wp) :: zgraze2 , zdenom, zdenom2, zncratio 
    74       REAL(wp) :: zfact   , zstep, zfood, zfoodlim 
     74      REAL(wp) :: zfact   , zstep, zfood, zfoodlim, zproport 
     75      REAL(wp) :: zmortzgoc, zfrac, zfracfe, zratio, zratio2 
    7576      REAL(wp) :: zepshert, zepsherv, zgrarsig, zgraztot, zgraztotf 
    76       REAL(wp) :: zgrarem2, zgrafer2, zgrapoc2, zprcaca, zmortz2, zmortzgoc, zgrasrat 
     77      REAL(wp) :: zgrarem2, zgrafer2, zgrapoc2, zprcaca, zmortz2, zgrasrat 
    7778#if defined key_kriest 
    7879      REAL znumpoc 
     
    8081      REAL(wp) :: zrespz2, ztortz2, zgrazd, zgrazz, zgrazpof 
    8182      REAL(wp) :: zgrazn, zgrazpoc, zgraznf, zgrazf 
    82       REAL(wp) :: zgrazfff, zgrazffe 
     83      REAL(wp) :: zgrazfffp, zgrazfffg, zgrazffep, zgrazffeg 
     84      CHARACTER (len=25) :: charout 
    8385      REAL(wp) :: zrfact2 
    8486      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zgrazing 
    85       CHARACTER (len=25) :: charout 
     87 
    8688      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8789      ! 
    8890      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_meso') 
    8991      ! 
    90       IF( ln_diatrc .AND. lk_iomput )  CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zgrazing ) 
    91       ! 
     92      IF( ln_diatrc .AND. lk_iomput ) THEN 
     93         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zgrazing ) 
     94         zgrazing(:,:,:) = 0._wp 
     95      ENDIF 
     96 
    9297      DO jk = 1, jpkm1 
    9398         DO jj = 1, jpj 
     
    118123 
    119124               zfood     = xprefc * zcompadi + xprefz * zcompaz + xprefp * zcompaph + xprefpoc * zcompapoc  
    120                zfoodlim  = MAX( 0., zfood - MIN( 0.5 * zfood , xthresh2 ) ) 
     125               zfoodlim  = MAX( 0., zfood - MIN( 0.5 * zfood, xthresh2 ) ) 
    121126               zdenom    = zfoodlim / ( xkgraz2 + zfoodlim ) 
    122127               zdenom2   = zdenom / ( zfood + rtrn ) 
     
    135140               !  ---------------------------------- 
    136141# if ! defined key_kriest 
    137                zgrazffe  = grazflux * zstep * wsbio4(ji,jj,jk)          & 
    138                  &                 * tgfunc2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
    139                zgrazfff  = zgrazffe * trn(ji,jj,jk,jpbfe) / (trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
     142               zgrazffeg = grazflux  * zstep * wsbio4(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
     143               zgrazfffg = zgrazffeg * trn(ji,jj,jk,jpbfe) / (trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
     144# endif 
     145               zgrazffep = grazflux  * zstep *  wsbio3(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
     146               zgrazfffp = zgrazffep * trn(ji,jj,jk,jpsfe) / (trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
     147              ! 
     148# if ! defined key_kriest 
     149              zgraztot  = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffep + zgrazffeg 
     150              ! Compute the proportion of filter feeders 
     151              zproport  = (zgrazffep + zgrazffeg)/(rtrn + zgraztot) 
     152              ! Compute fractionation of aggregates. It is assumed that diatoms based aggregates are more prone to fractionation 
     153              ! since they are more porous (marine snow instead of fecal pellets) 
     154              zratio    = trn(ji,jj,jk,jpgsi) / ( trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn ) 
     155              zratio2   = zratio * zratio 
     156              zfrac     = zproport * zgrazffeg * ( 0.1 + 3.9 * zratio2 / ( 1.**2 + zratio2 ) ) 
     157 
     158              zfracfe   = zfrac * trn(ji,jj,jk,jpbfe) / (trn(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn) 
     159 
     160              zgrazffep = zproport * zgrazffep 
     161              zgrazffeg = zproport * zgrazffeg 
     162              zgrazfffp = zproport * zgrazfffp 
     163              zgrazfffg = zproport * zgrazfffg 
     164              zgraztot  = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffep + zgrazffeg 
     165              zgraztotf = zgrazf + zgraznf + zgrazz * ferat3 + zgrazpof + zgrazfffp + zgrazfffg 
    140166# else 
    141                zgrazffe = grazflux * zstep * wsbio3(ji,jj,jk)     & 
    142                  &                 * tgfunc2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jppoc) * trn(ji,jj,jk,jpmes) 
    143                zgrazfff   = zgrazffe * trn(ji,jj,jk,jpsfe) / (trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
     167              zgraztot  = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffep 
     168              ! Compute the proportion of filter feeders 
     169              zproport  = zgrazffep / ( zgraztot + rtrn ) 
     170              zgrazffep = zproport * zgrazffep 
     171              zgrazfffp = zproport * zgrazfffp 
     172              zgraztot  = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffep 
     173              zgraztotf = zgrazf + zgraznf + zgrazz * ferat3 + zgrazpof + zgrazfffp 
    144174# endif 
    145               ! 
    146               zgraztot   = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffe 
    147               zgraztotf  = zgrazf + zgraznf + zgrazz * ferat3 + zgrazpof + zgrazfff  
    148175 
    149176              ! Total grazing ( grazing by microzoo is already computed in p4zmicro ) 
     
    159186               zepshert  = epsher2 * MIN( 1., zncratio ) 
    160187               zepsherv  = zepshert * MIN( 1., zgrasrat / ferat3 ) 
    161                zgrarem2  = zgraztot * ( 1. - zepsherv - unass2 ) + zrespz2  & 
    162                &    + ( 1. - zepsherv - unass2 ) /( 1. - zepsherv + rtrn) * ztortz2 
    163                zgrafer2  = zgraztot * MAX( 0. , ( 1. - unass2 ) * zgrasrat - ferat3 * zepsherv )    & 
    164                &    + ferat3 * ( zrespz2 + ( 1. - zepsherv - unass2 ) /( 1. - zepsherv + rtrn) * ztortz2 ) 
     188               zgrarem2  =  zgraztot * ( 1. - zepsherv - unass2 ) + zrespz2  & 
     189                  &       + ( 1. - zepsherv - unass2 ) /( 1. - zepsherv ) * ztortz2 
     190               zgrafer2  =  zgraztot * MAX( 0. , ( 1. - unass2 ) * zgrasrat - ferat3 * zepsherv )    & 
     191                  &       + ferat3 * ( zrespz2 + ( 1. - zepsherv - unass2 ) /( 1. - zepsherv ) * ztortz2 ) 
    165192               zgrapoc2  = zgraztot * unass2 
    166193 
     
    174201               tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zgrarsig 
    175202               tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * zgrarsig               
    176 #if defined key_kriest 
    177                tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zgrapoc2 
    178                tra(ji,jj,jk,jpnum) = tra(ji,jj,jk,jpnum) + zgrapoc2 * xkr_dmeso 
    179                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zgraztotf * unass2 
    180 #else 
    181                tra(ji,jj,jk,jpgoc) = tra(ji,jj,jk,jpgoc) + zgrapoc2 
    182                tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zgraztotf * unass2 
    183 #endif 
     203 
    184204               zmortz2 = ztortz2 + zrespz2 
    185                zmortzgoc = unass2 / ( 1. - zepsherv + rtrn ) * ztortz2 
     205               zmortzgoc = unass2 / ( 1. - zepsherv ) * ztortz2 
    186206               tra(ji,jj,jk,jpmes) = tra(ji,jj,jk,jpmes) - zmortz2 + zepsherv * zgraztot  
    187207               tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) - zgrazd 
     
    205225#if defined key_kriest 
    206226               znumpoc = trn(ji,jj,jk,jpnum) / ( trn(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    207                tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zmortzgoc - zgrazpoc - zgrazffe 
    208                tra(ji,jj,jk,jpnum) = tra(ji,jj,jk,jpnum) - zgrazpoc * znumpoc & 
    209                   &    + zmortzgoc  * xkr_dmeso - zgrazffe * znumpoc * wsbio4(ji,jj,jk) / ( wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn ) 
    210                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + ferat3 * zmortz2 - zgrazfff - zgrazpof 
     227               tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + zmortzgoc - zgrazpoc - zgrazffep + zgrapoc2 
     228               tra(ji,jj,jk,jpnum) = tra(ji,jj,jk,jpnum) - zgrazpoc * znumpoc + zgrapoc2 * xkr_dmeso      & 
     229               &                   + zmortzgoc * xkr_dmeso - zgrazffep * znumpoc * wsbio4(ji,jj,jk) / ( wsbio3(ji,jj,jk) + rtrn ) 
     230               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + ferat3 * zmortz2 - zgrazfffp - zgrazpof + zgraztotf * unass2 
    211231#else 
    212                tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) - zgrazpoc 
    213                tra(ji,jj,jk,jpgoc) = tra(ji,jj,jk,jpgoc) + zmortzgoc - zgrazffe 
    214                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) - zgrazpof 
    215                tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + ferat3 * zmortzgoc - zgrazfff 
     232               tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) - zgrazpoc - zgrazffep + zfrac 
     233               tra(ji,jj,jk,jpgoc) = tra(ji,jj,jk,jpgoc) + zmortzgoc - zgrazffeg + zgrapoc2 - zfrac 
     234               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) - zgrazpof - zgrazfffp + zfracfe 
     235               tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + ferat3 * zmortzgoc - zgrazfffg + zgraztotf * unass2 - zfracfe 
    216236#endif 
    217  
    218237            END DO 
    219238         END DO 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zprod.F90

    r4147 r4148  
    201201                      zconctemp2  = trn(ji,jj,jk,jpdia) - zconctemp 
    202202                      ! 
    203                       zpislopead (ji,jj,jk) = pislope  * ( 1.+ zadap  * EXP( enano(ji,jj,jk) ) ) 
     203                      zpislopead (ji,jj,jk) = pislope  * ( 1.+ zadap  * EXP( -0.21 * enano(ji,jj,jk) ) ) 
    204204                      zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp)  / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    205205 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r3751 r4148  
    6969      REAL(wp) ::  zwflux, zfminus, zfplus 
    7070      REAL(wp) ::  zlim, zfact, zfactcal 
    71       REAL(wp) ::  zo2, zno3, zflx, zpdenit, z1pdenit 
     71      REAL(wp) ::  zo2, zno3, zflx, zpdenit, z1pdenit, zdenitt, zolimit 
    7272      REAL(wp) ::  zsiloss, zcaloss, zwsbio3, zwsbio4, zwscal, zdep, zwstpoc 
    7373      REAL(wp) ::  ztrfer, ztrpo4, zwdust 
     
    105105            DO ji = 1, jpi 
    106106               zdep    = rfact2 / fse3t(ji,jj,1) 
    107     !           zwflux  = ( emps(ji,jj) - emp(ji,jj) ) & 
    108     !           &        * tsn(ji,jj,1,jp_sal) / ( tsn(ji,jj,1,jp_sal) - 6.0 ) / 1000. 
    109                zwflux = 0. 
    110                zfminus = MIN( 0., -zwflux ) * trn(ji,jj,1,jpfer) * zdep 
    111                zfplus  = MAX( 0., -zwflux ) * 10E-9 * zdep 
     107               zwflux  = fmmflx(ji,jj) / 1000._wp 
     108               zfminus = MIN( 0._wp, -zwflux ) * trn(ji,jj,1,jpfer) * zdep 
     109               zfplus  = MAX( 0._wp, -zwflux ) * icefeinput * zdep 
    112110               zironice(ji,jj) =  zfplus + zfminus 
    113111            END DO 
     
    135133         ENDIF 
    136134         zsidep(:,:) = 8.8 * 0.075 * dust(:,:) * rfact2 / fse3t(:,:,1) / ( 28.1  * rmtss ) 
    137          zpdep (:,:) = 0.1 * 0.021 * dust(:,:) * rfact2 / fse3t(:,:,1) / ( 31.   * rmtss ) 
     135         zpdep (:,:) = 0.1 * 0.021 * dust(:,:) * rfact2 / fse3t(:,:,1) / ( 31.   * rmtss ) / po4r  
    138136         !                                              ! Iron solubilization of particles in the water column 
    139137         zwdust = 0.005 / ( wdust * 55.85 * 30.42 ) / ( 45. * rday )  
     
    246244#endif 
    247245 
    248       ! THEN this loss is scaled at each bottom grid cell for 
    249       ! equilibrating the total budget of silica in the ocean. 
    250       ! Thus, the amount of silica lost in the sediments equal 
    251       ! the supply at the surface (dust+rivers) 
     246      ! This loss is scaled at each bottom grid cell for equilibrating the total budget of silica in the ocean. 
     247      ! Thus, the amount of silica lost in the sediments equal the supply at the surface (dust+rivers) 
    252248      ! ------------------------------------------------------ 
    253249#if ! defined key_sed 
     
    302298 
    303299#if ! defined key_sed 
    304             zpdenit  = MIN( ( trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, zdenit2d(ji,jj) * zwstpoc * zrivno3 ) 
     300            ! The 0.5 factor in zpdenit and zdenitt is to avoid negative NO3 concentration after both denitrification 
     301            ! in the sediments and just above the sediments. Not very clever, but simpliest option. 
     302            zpdenit  = MIN( 0.5 * ( trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, zdenit2d(ji,jj) * zwstpoc * zrivno3 ) 
    305303            z1pdenit = zwstpoc * zrivno3 - zpdenit 
    306             trn(ji,jj,ikt,jpdoc) = trn(ji,jj,ikt,jpdoc) + z1pdenit 
    307             trn(ji,jj,ikt,jppo4) = trn(ji,jj,ikt,jppo4) + zpdenit 
    308             trn(ji,jj,ikt,jpnh4) = trn(ji,jj,ikt,jpnh4) + zpdenit 
    309             trn(ji,jj,ikt,jpno3) = trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rdenit * zpdenit 
    310             trn(ji,jj,ikt,jptal) = trn(ji,jj,ikt,jptal) + rno3 * ( 1. + rdenit ) * zpdenit 
    311             trn(ji,jj,ikt,jpdic) = trn(ji,jj,ikt,jpdic) + zpdenit 
     304            zolimit = MIN( ( trn(ji,jj,ikt,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, z1pdenit * ( 1.- nitrfac(ji,jj,ikt) ) ) 
     305            zdenitt = MIN(  0.5 * ( trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rtrn ) / rdenit, z1pdenit * nitrfac(ji,jj,ikt) ) 
     306            trn(ji,jj,ikt,jpdoc) = trn(ji,jj,ikt,jpdoc) + z1pdenit - zolimit - zdenitt 
     307            trn(ji,jj,ikt,jppo4) = trn(ji,jj,ikt,jppo4) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
     308            trn(ji,jj,ikt,jpnh4) = trn(ji,jj,ikt,jpnh4) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
     309            trn(ji,jj,ikt,jpno3) = trn(ji,jj,ikt,jpno3) - rdenit * (zpdenit + zdenitt) 
     310            trn(ji,jj,ikt,jpoxy) = trn(ji,jj,ikt,jpoxy) - zolimit * o2ut 
     311            trn(ji,jj,ikt,jptal) = trn(ji,jj,ikt,jptal) + rno3 * (zolimit + (1.+rdenit) * (zpdenit + zdenitt) ) 
     312            trn(ji,jj,ikt,jpdic) = trn(ji,jj,ikt,jpdic) + zpdenit + zolimit + zdenitt 
    312313            zwork4(ji,jj) = rdenit * zpdenit * fse3t(ji,jj,ikt) 
    313314#endif 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsink.F90

    r4147 r4148  
    156156            DO ji = 1, jpi 
    157157               IF( tmask(ji,jj,jk) == 1 ) THEN 
    158                  zwsmax = 0.8 * fse3t(ji,jj,jk) / xstep 
     158                 zwsmax = 0.5 * fse3t(ji,jj,jk) / xstep 
    159159                 wsbio3(ji,jj,jk) = MIN( wsbio3(ji,jj,jk), zwsmax * FLOAT( iiter1 ) ) 
    160160                 wsbio4(ji,jj,jk) = MIN( wsbio4(ji,jj,jk), zwsmax * FLOAT( iiter2 ) ) 
     
    217217               zaggdoc  = ( ( 0.369 * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 102.4 * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * zfact       & 
    218218               &            + 2.4 * zstep * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    219 !               zaggdoc  = ( 0.83 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 271. * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * zfact * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    220219               ! transfer of DOC to GOC :  
    221220               ! 1st term is shear aggregation 
    222221               ! 2nd term is differential settling  
    223222               zaggdoc2 = ( 3.53E3 * zfact + 0.1 * zstep ) * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    224 !               zaggdoc2 = 1.07e4 * zfact * trn(ji,jj,jk,jpgoc) * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    225223               ! tranfer of DOC to POC due to brownian motion 
    226 !               zaggdoc3 =   0.02 * ( 16706. * trn(ji,jj,jk,jppoc) + 231. * trn(ji,jj,jk,jpdoc) ) * zstep * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    227224               zaggdoc3 =  ( 5095. * trn(ji,jj,jk,jppoc) + 114. * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) ) *zstep * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) 
    228225 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsms.F90

    r4147 r4148  
    7777      ! 
    7878      IF( ln_rsttr .AND. kt == nittrc000 )                         CALL p4z_rst( nittrc000, 'READ' )  !* read or initialize all required fields  
    79       IF( ln_rsttr  .AND. ln_pisclo )                              CALL p4z_clo            ! damping on closed seas 
    8079      IF( ln_pisdmp .AND. MOD( kt - nn_dttrc, nn_pisdmp ) == 0 )   CALL p4z_dmp( kt )      ! Relaxation of some tracers 
    8180      ! 
     
    165164      NAMELIST/nampiskrp/ xkr_eta, xkr_zeta, xkr_ncontent, xkr_mass_min, xkr_mass_max 
    166165#endif 
    167       NAMELIST/nampisdmp/ ln_pisdmp, nn_pisdmp, ln_pisclo 
     166      NAMELIST/nampisdmp/ ln_pisdmp, nn_pisdmp 
    168167      NAMELIST/nampismass/ ln_check_mass 
    169168      INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
     
    234233         WRITE(numout,*) '    Relaxation of tracer to glodap mean value             ln_pisdmp      =', ln_pisdmp 
    235234         WRITE(numout,*) '    Frequency of Relaxation                               nn_pisdmp      =', nn_pisdmp 
    236          WRITE(numout,*) '    Restoring of tracer to initial value  on closed seas  ln_pisclo      =', ln_pisclo 
    237235         WRITE(numout,*) ' ' 
    238236      ENDIF 
     
    436434   END SUBROUTINE p4z_chk_mass 
    437435 
    438    SUBROUTINE p4z_clo    
    439       !!--------------------------------------------------------------------- 
    440       !!                  ***  ROUTINE p4z_clo  *** 
    441       !! 
    442       !! ** Purpose :   Closed sea domain initialization 
    443       !! 
    444       !! ** Method  :   if a closed sea is located only in a model grid point 
    445       !!                we restore to initial data 
    446       !! 
    447       !! ** Action  :   ictsi1(), ictsj1() : south-west closed sea limits (i,j) 
    448       !!                ictsi2(), ictsj2() : north-east Closed sea limits (i,j) 
    449       !!---------------------------------------------------------------------- 
    450       INTEGER, PARAMETER           ::   npicts   = 4        ! number of closed sea 
    451       INTEGER, DIMENSION(npicts)   ::   ictsi1, ictsj1      ! south-west closed sea limits (i,j) 
    452       INTEGER, DIMENSION(npicts)   ::   ictsi2, ictsj2      ! north-east closed sea limits (i,j) 
    453       INTEGER :: ji, jj, jk, jn, jl, jc                     ! dummy loop indices 
    454       INTEGER :: ierr                                       ! local integer 
    455       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) ::  ztrcdta     ! 4D  workspace 
    456       !!---------------------------------------------------------------------- 
    457  
    458       IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    459       IF(lwp) WRITE(numout,*)' p4z_clo : closed seas ' 
    460       IF(lwp) WRITE(numout,*)'~~~~~~~' 
    461  
    462       ! initial values 
    463       ictsi1(:) = 1  ;  ictsi2(:) = 1  
    464       ictsj1(:) = 1  ;  ictsj2(:) = 1  
    465  
    466       ! set the closed seas (in data domain indices) 
    467       ! ------------------- 
    468  
    469       IF( cp_cfg == "orca" ) THEN 
    470          ! 
    471          SELECT CASE ( jp_cfg ) 
    472          !                                           ! ======================= 
    473          CASE ( 2 )                                  !  ORCA_R2 configuration 
    474             !                                        ! ======================= 
    475             !                                            ! Caspian Sea 
    476             ictsi1(1)   =  11  ;  ictsj1(1)   = 103 
    477             ictsi2(1)   =  17  ;  ictsj2(1)   = 112 
    478             !                                            ! Great North American Lakes 
    479             ictsi1(2)   =  97  ;  ictsj1(2)   = 107 
    480             ictsi2(2)   = 103  ;  ictsj2(2)   = 111 
    481             !                                            ! Black Sea 1 : west part of the Black Sea 
    482             ictsi1(3)   = 174  ; ictsj1(3)   = 107 
    483             ictsi2(3)   = 181  ; ictsj2(3)   = 112 
    484             !                                            ! Black Sea 2 : est part of the Black Sea 
    485             ictsi1(4)   =   2  ;  ictsj1(4)   = 107 
    486             ictsi2(4)   =   6  ;  ictsj2(4)   = 112 
    487             !                                        ! ======================= 
    488          CASE ( 4 )                                  !  ORCA_R4 configuration 
    489             !                                        ! ======================= 
    490             !                                            ! Caspian Sea 
    491             ictsi1(1)   =  4  ;  ictsj1(1)   = 53 
    492             ictsi2(1)   =  4  ;  ictsj2(1)   = 56 
    493             !                                            ! Great North American Lakes 
    494             ictsi1(2)   = 49  ;  ictsj1(2)   = 55 
    495             ictsi2(2)   = 51  ;  ictsj2(2)   = 56 
    496             !                                            ! Black Sea 
    497             ictsi1(3)   = 88  ;  ictsj1(3)   = 55 
    498             ictsi2(3)   = 91  ;  ictsj2(3)   = 56 
    499             !                                            ! Baltic Sea 
    500             ictsi1(4)   = 75  ;  ictsj1(4)   = 59 
    501             ictsi2(4)   = 76  ;  ictsj2(4)   = 61 
    502             !                                        ! ======================= 
    503             !                                        ! ======================= 
    504          CASE ( 025 )                                ! ORCA_R025 configuration 
    505             !                                        ! ======================= 
    506                                                      ! Caspian + Aral sea 
    507             ictsi1(1)   = 1330 ; ictsj1(1)   = 645 
    508             ictsi2(1)   = 1400 ; ictsj2(1)   = 795 
    509             !                                        ! Azov Sea 
    510             ictsi1(2)   = 1284 ; ictsj1(2)   = 722 
    511             ictsi2(2)   = 1304 ; ictsj2(2)   = 747 
    512             ! 
    513          END SELECT 
    514          ! 
    515       ENDIF 
    516  
    517       ! convert the position in local domain indices 
    518       ! -------------------------------------------- 
    519       DO jc = 1, npicts  
    520          ictsi1(jc)   = mi0( ictsi1(jc) ) 
    521          ictsj1(jc)   = mj0( ictsj1(jc) ) 
    522  
    523          ictsi2(jc)   = mi1( ictsi2(jc) ) 
    524          ictsj2(jc)   = mj1( ictsj2(jc) ) 
    525       END DO 
    526  
    527       ! Restore close seas values to initial data 
    528       IF( ln_trcdta .AND. nb_trcdta > 0 )  THEN   ! Initialisation of tracer from a file that may also be used for damping 
    529          ! 
    530          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, nb_trcdta, ztrcdta )   ! Memory allocation 
    531          ! 
    532          CALL trc_dta( nittrc000, ztrcdta )   ! read tracer data at nittrc000 
    533          ! 
    534          DO jn = 1, jptra 
    535             IF( ln_trc_ini(jn) ) THEN      ! update passive tracers arrays with input data read from file 
    536                 jl = n_trc_index(jn) 
    537                 DO jc = 1, npicts 
    538                    DO jk = 1, jpkm1 
    539                       DO jj = ictsj1(jc), ictsj2(jc) 
    540                          DO ji = ictsi1(jc), ictsi2(jc) 
    541                             trn(ji,jj,jk,jn) = ztrcdta(ji,jj,jk,jl) * tmask(ji,jj,jk) 
    542                             trb(ji,jj,jk,jn) = trn(ji,jj,jk,jn) 
    543                          ENDDO 
    544                       ENDDO 
    545                    ENDDO 
    546                 ENDDO 
    547              ENDIF 
    548           ENDDO 
    549           CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, nb_trcdta, ztrcdta ) 
    550       ENDIF 
    551       ! 
    552    END SUBROUTINE p4z_clo 
    553436#else 
    554437   !!====================================================================== 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/sms_pisces.F90

    r4147 r4148  
    5858   LOGICAL  ::  ln_pisdmp          !: restoring or not of nutrients to a mean value 
    5959   INTEGER  ::  nn_pisdmp          !: frequency of relaxation or not of nutrients to a mean value 
    60    LOGICAL  ::  ln_pisclo          !: Restoring or not of nutrients to initial value on closed seas 
    6160 
    6261   !!* Mass conservation 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcdmp.F90

    r4147 r4148  
    1111   !!            3.3  !  2010-06  (C. Ethe, G. Madec) merge TRA-TRC  
    1212   !!---------------------------------------------------------------------- 
    13 #if  defined key_top && defined key_trcdmp  
    14    !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    !!   key_trcdmp                                         internal damping 
     13#if  defined key_top  
    1614   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1715   !!   trc_dmp      : update the tracer trend with the internal damping 
     
    2523   USE prtctl_trc      ! Print control for debbuging 
    2624   USE trdtra 
     25   USE trdmod_oce 
    2726 
    2827   IMPLICIT NONE 
     
    3029 
    3130   PUBLIC trc_dmp            ! routine called by step.F90 
     31   PUBLIC trc_dmp_clo        ! routine called by step.F90 
    3232   PUBLIC trc_dmp_alloc      ! routine called by nemogcm.F90 
    3333 
    34    LOGICAL , PUBLIC, PARAMETER ::   lk_trcdmp = .TRUE.   !: internal damping flag 
    35  
    36    !                          !!* Namelist namtrc_dmp : passive tracer newtonian damping * 
    37    INTEGER  ::   nn_hdmp_tr    ! = 0/-1/'latitude' for damping over passive tracer 
    38    INTEGER  ::   nn_zdmp_tr    ! = 0/1/2 flag for damping in the mixed layer 
    39    REAL(wp) ::   rn_surf_tr    ! surface time scale for internal damping        [days] 
    40    REAL(wp) ::   rn_bot_tr     ! bottom time scale for internal damping         [days] 
    41    REAL(wp) ::   rn_dep_tr     ! depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
    42    INTEGER  ::   nn_file_tr    ! = 1 create a damping.coeff NetCDF file  
    43  
    4434   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   restotr   ! restoring coeff. on tracers (s-1) 
     35 
     36   INTEGER, PARAMETER           ::   npncts   = 5        ! number of closed sea 
     37   INTEGER, DIMENSION(npncts)   ::   nctsi1, nctsj1      ! south-west closed sea limits (i,j) 
     38   INTEGER, DIMENSION(npncts)   ::   nctsi2, nctsj2      ! north-east closed sea limits (i,j) 
    4539 
    4640   !! * Substitutions 
     
    8680      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index 
    8781      !! 
    88       INTEGER  ::   ji, jj, jk, jn       ! dummy loop indices 
     82      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jn, jl       ! dummy loop indices 
    8983      REAL(wp) ::   ztra                 ! temporary scalars 
    9084      CHARACTER (len=22) :: charout 
    9185      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::   ztrtrd 
     86      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) ::  ztrcdta   ! 4D  workspace 
    9287      !!---------------------------------------------------------------------- 
    9388      ! 
     
    9994 
    10095      IF( l_trdtrc )   CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrtrd )   ! temporary save of trends 
    101  
    102       ! 1. Newtonian damping trends on tracer fields 
    103       ! -------------------------------------------- 
    104       ! Initialize the input fields for newtonian damping 
    105       CALL trc_dta( kt ) 
    106       !                                                          ! =========== 
    107       DO jn = 1, jptra                                           ! tracer loop 
    108          !                                                       ! =========== 
    109          IF( l_trdtrc ) ztrtrd(:,:,:) = tra(:,:,:,jn)    ! save trends  
    110  
    111          IF( lutini(jn) ) THEN 
     96      ! 
     97      IF( nb_trcdta > 0 ) THEN  ! Initialisation of tracer from a file that may also be used for damping 
     98         ! 
     99         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, nb_trcdta, ztrcdta )    ! Memory allocation 
     100         CALL trc_dta( kt, ztrcdta )   ! read tracer data at nit000 
     101         !                                                          ! =========== 
     102         DO jn = 1, jptra                                           ! tracer loop 
     103            !                                                       ! =========== 
     104            IF( l_trdtrc ) ztrtrd(:,:,:) = tra(:,:,:,jn)    ! save trends  
    112105            ! 
    113             SELECT CASE ( nn_zdmp_trc ) 
    114             ! 
    115             CASE( 0 )                !==  newtonian damping throughout the water column  ==! 
    116                DO jk = 1, jpkm1 
    117                   DO jj = 2, jpjm1 
    118                      DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
    119                         ztra = restotr(ji,jj,jk) * ( trdta(ji,jj,jk,jn) - trb(ji,jj,jk,jn) ) 
    120                         tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
     106            IF( ln_trc_ini(jn) ) THEN      ! update passive tracers arrays with input data read from file 
     107                
     108               jl = n_trc_index(jn)  
     109 
     110               SELECT CASE ( nn_zdmp_tr ) 
     111               ! 
     112               CASE( 0 )                !==  newtonian damping throughout the water column  ==! 
     113                  DO jk = 1, jpkm1 
     114                     DO jj = 2, jpjm1 
     115                        DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     116                           ztra = restotr(ji,jj,jk) * ( ztrcdta(ji,jj,jk,jl) - trb(ji,jj,jk,jn) ) 
     117                           tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
     118                        END DO 
    121119                     END DO 
    122120                  END DO 
    123                END DO 
    124             ! 
    125             CASE ( 1 )                !==  no damping in the turbocline (avt > 5 cm2/s)  ==! 
    126                DO jk = 1, jpkm1 
    127                   DO jj = 2, jpjm1 
    128                      DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
    129                         IF( avt(ji,jj,jk) <= 5.e-4 )  THEN  
    130                            ztra = restotr(ji,jj,jk) * ( trdta(ji,jj,jk,jn) - trb(ji,jj,jk,jn) ) 
    131                            tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
    132                         ENDIF 
     121               ! 
     122               CASE ( 1 )                !==  no damping in the turbocline (avt > 5 cm2/s)  ==! 
     123                  DO jk = 1, jpkm1 
     124                     DO jj = 2, jpjm1 
     125                        DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     126                           IF( avt(ji,jj,jk) <= 5.e-4 )  THEN  
     127                              ztra = restotr(ji,jj,jk) * ( ztrcdta(ji,jj,jk,jl) - trb(ji,jj,jk,jn) ) 
     128                              tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
     129                           ENDIF 
     130                        END DO 
    133131                     END DO 
    134132                  END DO 
    135                END DO 
    136             ! 
    137             CASE ( 2 )               !==  no damping in the mixed layer   ==!  
    138                DO jk = 1, jpkm1 
    139                   DO jj = 2, jpjm1 
    140                      DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
    141                         IF( fsdept(ji,jj,jk) >= hmlp (ji,jj) ) THEN 
    142                            ztra = restotr(ji,jj,jk,jn) * ( trdta(ji,jj,jk,jn) - trb(ji,jj,jk,jn) ) 
    143                            tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
    144                         END IF 
     133               ! 
     134               CASE ( 2 )               !==  no damping in the mixed layer   ==!  
     135                  DO jk = 1, jpkm1 
     136                     DO jj = 2, jpjm1 
     137                        DO ji = fs_2, fs_jpim1   ! vector opt. 
     138                           IF( fsdept(ji,jj,jk) >= hmlp (ji,jj) ) THEN 
     139                              ztra = restotr(ji,jj,jk) * ( ztrcdta(ji,jj,jk,jl) - trb(ji,jj,jk,jn) ) 
     140                              tra(ji,jj,jk,jn) = tra(ji,jj,jk,jn) + ztra 
     141                           END IF 
     142                        END DO 
    145143                     END DO 
    146144                  END DO 
    147                END DO 
    148             !   
    149             END SELECT 
    150             !  
    151          ENDIF 
    152          ! 
    153          IF( l_trdtrc ) THEN 
    154             ztrtrd(:,:,:) = tra(:,:,:,jn) -  ztrtrd(:,:,:) 
    155             CALL trd_tra( kt, 'TRC', jn, jptra_trd_dmp, ztrtrd ) 
    156          END IF 
    157          !                                                       ! =========== 
    158       END DO                                                     ! tracer loop 
    159       !                                                          ! =========== 
     145               !   
     146               END SELECT 
     147               !  
     148            ENDIF 
     149            ! 
     150            IF( l_trdtrc ) THEN 
     151               ztrtrd(:,:,:) = tra(:,:,:,jn) -  ztrtrd(:,:,:) 
     152               CALL trd_tra( kt, 'TRC', jn, jptra_trd_dmp, ztrtrd ) 
     153            END IF 
     154            !                                                       ! =========== 
     155         END DO                                                     ! tracer loop 
     156         !                                                          ! =========== 
     157         CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, nb_trcdta, ztrcdta ) 
     158      ENDIF 
     159      ! 
    160160      IF( l_trdtrc )  CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrtrd ) 
    161161      !                                          ! print mean trends (used for debugging) 
     
    168168      ! 
    169169   END SUBROUTINE trc_dmp 
     170 
     171   SUBROUTINE trc_dmp_clo( kt ) 
     172      !!--------------------------------------------------------------------- 
     173      !!                  ***  ROUTINE trc_dmp_clo  *** 
     174      !! 
     175      !! ** Purpose :   Closed sea domain initialization 
     176      !! 
     177      !! ** Method  :   if a closed sea is located only in a model grid point 
     178      !!                we restore to initial data 
     179      !! 
     180      !! ** Action  :   nctsi1(), nctsj1() : south-west closed sea limits (i,j) 
     181      !!                nctsi2(), nctsj2() : north-east Closed sea limits (i,j) 
     182      !!---------------------------------------------------------------------- 
     183      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt      ! ocean time-step index 
     184      ! 
     185      INTEGER :: ji, jj, jk, jn, jl, jc                     ! dummy loop indicesa 
     186      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:,:) ::  ztrcdta     ! 4D  workspace 
     187 
     188      !!---------------------------------------------------------------------- 
     189 
     190      IF( kt == nit000 ) THEN 
     191         ! initial values 
     192         nctsi1(:) = 1  ;  nctsi2(:) = 1 
     193         nctsj1(:) = 1  ;  nctsj2(:) = 1 
     194 
     195         ! set the closed seas (in data domain indices) 
     196         ! ------------------- 
     197 
     198         IF( cp_cfg == "orca" ) THEN 
     199            ! 
     200            SELECT CASE ( jp_cfg ) 
     201            !                                           ! ======================= 
     202            CASE ( 2 )                                  !  ORCA_R2 configuration 
     203               !                                        ! ======================= 
     204               !                                            ! Caspian Sea 
     205               nctsi1(1)   =  11  ;  nctsj1(1)   = 103 
     206               nctsi2(1)   =  17  ;  nctsj2(1)   = 112 
     207               !                                            ! Great North American Lakes 
     208               nctsi1(2)   =  97  ;  nctsj1(2)   = 107 
     209               nctsi2(2)   = 103  ;  nctsj2(2)   = 111 
     210               !                                            ! Black Sea 1 : west part of the Black Sea 
     211               nctsi1(3)   = 174  ;  nctsj1(3)   = 107 
     212               nctsi2(3)   = 181  ;  nctsj2(3)   = 112 
     213              !                                            ! Black Sea 2 : est part of the Black Sea 
     214               nctsi1(4)   =   2  ;  nctsj1(4)   = 107 
     215               nctsi2(4)   =   6  ;  nctsj2(4)   = 112 
     216               !                                            ! Baltic Sea 
     217               nctsi1(5)   =  145 ;  nctsj1(5)   = 116 
     218               nctsi2(5)   =  150 ;  nctsj2(5)   = 126 
     219               !                                        ! ======================= 
     220            CASE ( 4 )                                  !  ORCA_R4 configuration 
     221               !                                        ! ======================= 
     222               !                                            ! Caspian Sea 
     223               nctsi1(1)   =  4  ;  nctsj1(1)   = 53 
     224               nctsi2(1)   =  4  ;  nctsj2(1)   = 56 
     225               !                                            ! Great North American Lakes 
     226               nctsi1(2)   = 49  ;  nctsj1(2)   = 55 
     227               nctsi2(2)   = 51  ;  nctsj2(2)   = 56 
     228               !                                            ! Black Sea 
     229               nctsi1(3)   = 88  ;  nctsj1(3)   = 55 
     230               nctsi2(3)   = 91  ;  nctsj2(3)   = 56 
     231               !                                            ! Baltic Sea 
     232               nctsi1(4)   = 75  ;  nctsj1(4)   = 59 
     233               nctsi2(4)   = 76  ;  nctsj2(4)   = 61 
     234               !                                        ! ======================= 
     235            CASE ( 025 )                                ! ORCA_R025 configuration 
     236               !                                        ! ======================= 
     237                                                     ! Caspian + Aral sea 
     238               nctsi1(1)   = 1330 ; nctsj1(1)   = 645 
     239               nctsi2(1)   = 1400 ; nctsj2(1)   = 795 
     240               !                                        ! Azov Sea 
     241               nctsi1(2)   = 1284 ; nctsj1(2)   = 722 
     242               nctsi2(2)   = 1304 ; nctsj2(2)   = 747 
     243               ! 
     244            END SELECT 
     245            ! 
     246         ENDIF 
     247         ! 
     248 
     249         ! convert the position in local domain indices 
     250         ! -------------------------------------------- 
     251         DO jc = 1, npncts 
     252            nctsi1(jc)   = mi0( nctsi1(jc) ) 
     253            nctsj1(jc)   = mj0( nctsj1(jc) ) 
     254 
     255            nctsi2(jc)   = mi1( nctsi2(jc) ) 
     256            nctsj2(jc)   = mj1( nctsj2(jc) ) 
     257         END DO 
     258         ! 
     259      ENDIF 
     260 
     261      ! Restore close seas values to initial data 
     262      IF( ln_trcdta .AND. nb_trcdta > 0 )  THEN   ! Initialisation of tracer from a file that may also be used for damping 
     263         ! 
     264         IF(lwp)  WRITE(numout,*) 
     265         IF(lwp)  WRITE(numout,*) ' trc_dmp_clo : Restoring of nutrients on close seas at time-step kt = ', kt 
     266         IF(lwp)  WRITE(numout,*) 
     267         ! 
     268         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, nb_trcdta, ztrcdta )   ! Memory allocation 
     269         ! 
     270         CALL trc_dta( kt , ztrcdta )   ! read tracer data at nittrc000 
     271         ! 
     272         DO jn = 1, jptra 
     273            IF( ln_trc_ini(jn) ) THEN      ! update passive tracers arrays with input data read from file 
     274                jl = n_trc_index(jn) 
     275                DO jc = 1, npncts 
     276                   DO jk = 1, jpkm1 
     277                      DO jj = nctsj1(jc), nctsj2(jc) 
     278                         DO ji = nctsi1(jc), nctsi2(jc) 
     279                            trn(ji,jj,jk,jn) = ztrcdta(ji,jj,jk,jl) * tmask(ji,jj,jk) 
     280                            trb(ji,jj,jk,jn) = trn(ji,jj,jk,jn) 
     281                         ENDDO 
     282                      ENDDO 
     283                   ENDDO 
     284                ENDDO 
     285             ENDIF 
     286          ENDDO 
     287          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, nb_trcdta, ztrcdta ) 
     288      ENDIF 
     289      ! 
     290   END SUBROUTINE trc_dmp_clo 
    170291 
    171292 
     
    199320      END SELECT 
    200321 
    201       IF( .NOT. lk_dtatrc )   & 
    202          &   CALL ctl_stop( 'no passive tracer data define key_dtatrc' ) 
    203  
    204       IF( .NOT. lk_tradmp )   & 
     322      IF( .NOT. ln_tradmp )   & 
    205323         &   CALL ctl_stop( 'passive trace damping need key_tradmp to compute damping coef.' ) 
    206324      ! 
     
    214332      ! 
    215333   END SUBROUTINE trc_dmp_init 
     334 
    216335#else 
    217336   !!---------------------------------------------------------------------- 
    218    !!   Default key                                     NO internal damping 
    219    !!---------------------------------------------------------------------- 
    220    LOGICAL , PUBLIC, PARAMETER ::   lk_trcdmp = .FALSE.    !: internal damping flag 
     337   !!  Dummy module :                                     No passive tracer 
     338   !!---------------------------------------------------------------------- 
    221339CONTAINS 
    222340   SUBROUTINE trc_dmp( kt )        ! Empty routine 
     
    225343   END SUBROUTINE trc_dmp 
    226344#endif 
     345 
     346 
    227347   !!====================================================================== 
    228348END MODULE trcdmp 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcnam_trp.F90

    r4147 r4148  
    1313   !!   trc_nam_trp  : read the passive tracer namelist for transport 
    1414   !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    USE trc                 ! ocean passive tracers variables 
     15   USE oce_trc              ! shared ocean passive tracers variables 
     16   USE trc                 ! passive tracers variables 
    1617   USE in_out_manager      ! ocean dynamics and active tracers variables 
    1718   USE lib_mpp           ! distributed memory computing library 
     
    4950   INTEGER , PUBLIC ::   nn_trczdf_exp       !: number of sub-time step (explicit time stepping) 
    5051 
    51  
    52 #if defined key_trcdmp 
    5352   !                                                 !!: ** newtonian damping namelist (nam_trcdmp) ** 
    54    INTEGER , PUBLIC ::   nn_hdmp_tr      =   -1       ! = 0/-1/'latitude' for damping over passive tracer 
    55    INTEGER , PUBLIC ::   nn_zdmp_tr      =    0       ! = 0/1/2 flag for damping in the mixed layer 
    56    REAL(wp), PUBLIC ::   rn_surf_tr      =   50.      ! surface time scale for internal damping        [days] 
    57    REAL(wp), PUBLIC ::   rn_bot_tr       =  360.      ! bottom time scale for internal damping         [days] 
    58    REAL(wp), PUBLIC ::   rn_dep_tr       =  800.      ! depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
    59    INTEGER , PUBLIC ::   nn_file_tr      =    2       ! = 1 create a damping.coeff NetCDF file  
    60 #endif 
     53   !                          !!* Namelist namtrc_dmp : passive tracer newtonian damping * 
     54   INTEGER , PUBLIC ::   nn_hdmp_tr    ! = 0/-1/'latitude' for damping over passive tracer 
     55   INTEGER , PUBLIC ::   nn_zdmp_tr    ! = 0/1/2 flag for damping in the mixed layer 
     56   REAL(wp), PUBLIC ::   rn_surf_tr    ! surface time scale for internal damping        [days] 
     57   REAL(wp), PUBLIC ::   rn_bot_tr     ! bottom time scale for internal damping         [days] 
     58   REAL(wp), PUBLIC ::   rn_dep_tr     ! depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
     59   INTEGER , PUBLIC ::   nn_file_tr    ! = 1 create a damping.coeff NetCDF file 
    6160 
    6261   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    8483      NAMELIST/namtrc_zdf/ ln_trczdf_exp  , nn_trczdf_exp 
    8584      NAMELIST/namtrc_rad/ ln_trcrad 
    86 #if defined key_trcdmp 
    87       NAMELIST/namtrc_dmp/ ln_trcdmp, nn_hdmp_tr, nn_zdmp_tr, rn_surf_tr, & 
     85      NAMELIST/namtrc_dmp/ nn_hdmp_tr, nn_zdmp_tr, rn_surf_tr, & 
    8886        &                  rn_bot_tr , rn_dep_tr , nn_file_tr 
    89 #endif 
    9087      !!---------------------------------------------------------------------- 
    9188 
     
    174171 
    175172 
    176 # if defined key_trcdmp 
    177173      REWIND( numnat_ref )              ! Namelist namtrc_dmp in reference namelist : Passive tracers newtonian damping 
    178174      READ  ( numnat_ref, namtrc_dmp, IOSTAT = ios, ERR = 909) 
     
    184180      WRITE ( numont, namtrc_dmp ) 
    185181 
    186       IF( lzoom )   nn_zdmp_trc = 0           ! restoring to climatology at closed north or south boundaries 
     182      IF( lzoom )   nn_zdmp_tr = 0           ! restoring to climatology at closed north or south boundaries 
    187183 
    188184      IF(lwp) THEN                       ! Namelist print 
     
    191187         WRITE(numout,*) '~~~~~~~' 
    192188         WRITE(numout,*) '   Namelist namtrc_dmp : set damping parameter' 
    193          WRITE(numout,*) '      add a damping term or not      ln_trcdmp = ', ln_trcdmp 
    194189         WRITE(numout,*) '      tracer damping option          nn_hdmp_tr = ', nn_hdmp_tr 
    195190         WRITE(numout,*) '      mixed layer damping option     nn_zdmp_tr = ', nn_zdmp_tr, '(zoom: forced to 0)' 
     
    199194         WRITE(numout,*) '      create a damping.coeff file    nn_file_tr = ', nn_file_tr 
    200195      ENDIF 
    201 #endif 
    202196      ! 
    203197   END SUBROUTINE trc_nam_trp 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trctrp.F90

    r3680 r4148  
    6666                                CALL trc_sbc( kstp )            ! surface boundary condition 
    6767         IF( lk_trabbl )        CALL trc_bbl( kstp )            ! advective (and/or diffusive) bottom boundary layer scheme 
    68          IF( lk_trcdmp )        CALL trc_dmp( kstp )            ! internal damping trends 
     68         IF( ln_trcdmp )        CALL trc_dmp( kstp )            ! internal damping trends 
     69         IF( ln_trcdmp_clo )    CALL trc_dmp_clo( kstp )        ! internal damping trends on closed seas only 
    6970                                CALL trc_adv( kstp )            ! horizontal & vertical advection  
    7071                                CALL trc_ldf( kstp )            ! lateral mixing 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/oce_trc.F90

    r4147 r4148  
    9292   USE sbc_oce , ONLY :   emp        =>    emp        !: freshwater budget: volume flux               [Kg/m2/s] 
    9393   USE sbc_oce , ONLY :   emp_b      =>    emp_b      !: freshwater budget: volume flux               [Kg/m2/s] 
    94    USE sbc_oce , ONLY :   sfx        =>    sfx        !: downward salt flux                          [PSU/m2/s] 
     94   USE sbc_oce , ONLY :   fmmflx     =>    fmmflx     !: freshwater budget: volume flux               [Kg/m2/s] 
    9595   USE sbc_oce , ONLY :   rnf        =>    rnf        !: river runoff   [Kg/m2/s] 
    9696   USE sbc_oce , ONLY :   ln_dm2dc   =>    ln_dm2dc   !: Daily mean to Diurnal Cycle short wave (qsr)  
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r4147 r4148  
    2828   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numrtr        !: logical unit for trc restart (read ) 
    2929   INTEGER, PUBLIC                                                 ::   numrtw        !: logical unit for trc restart ( write ) 
    30    LOGICAL, PUBLIC                                                 ::   ln_top_euler  !: boolean term for euler integration in the first timestep 
    3130 
    3231   !! passive tracers fields (before,now,after) 
     
    5554   CHARACTER(len = 80) , PUBLIC                                    ::  cn_trcrst_out  !: suffix of pass. tracer restart name (output) 
    5655   REAL(wp)            , PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:)   ::  rdttrc         !: vertical profile of passive tracer time step 
     56   LOGICAL             , PUBLIC                                    ::  ln_top_euler  !: boolean term for euler integration  
    5757   LOGICAL             , PUBLIC                                    ::  ln_trcdta      !: Read inputs data from files 
    5858   LOGICAL             , PUBLIC                                    ::  ln_trcdmp      !: internal damping flag 
     59   LOGICAL             , PUBLIC                                    ::  ln_trcdmp_clo  !: internal damping flag on closed seas 
    5960   INTEGER             , PUBLIC                                    ::  nittrc000       !: first time step of passive tracers model 
    6061 
     
    142143   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  fr_i_tm    !: average ice fraction     [m/s] 
    143144   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  emp_tm     !: freshwater budget: volume flux [Kg/m2/s] 
    144    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  sfx_tm     !: downward salt flux [PSU/m2/s] 
     145   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  fmmflx_tm  !: freshwater budget: freezing/melting [Kg/m2/s] 
    145146   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  emp_b_hold !: hold emp from the beginning of each sub-stepping[m]   
    146147   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  qsr_tm     !: solar radiation average [m] 
     
    182183   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   ::  hdivb_temp, rotb_temp 
    183184   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  hmld_temp, qsr_temp, fr_i_temp,wndm_temp 
    184    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  emp_temp, sfx_temp, emp_b_temp 
     185   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)     ::  emp_temp, fmmflx_temp, emp_b_temp 
    185186   ! 
    186187#if defined key_trabbl 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcdta.F90

    r4147 r4148  
    259259            ENDDO 
    260260         ENDIF 
    261          ! 
    262          IF( .NOT.ln_trcdmp ) THEN                   !==   deallocate data structure   ==!  
     261          
     262         IF( .NOT.ln_trcdmp .AND. .NOT.ln_trcdmp_clo ) THEN      !==   deallocate data structure   ==!  
    263263            !                                              (data used only for initialisation) 
    264264            IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_dta: deallocate data arrays as they are only use to initialize the run' 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcnam.F90

    r4147 r4148  
    6060      !! 
    6161      NAMELIST/namtrc/ nn_dttrc, nn_writetrc, ln_rsttr, nn_rsttr, & 
    62          &             cn_trcrst_in, cn_trcrst_out, sn_tracer, ln_trcdta, ln_trcdmp, & 
    63          &             ln_top_euler 
     62         &             cn_trcrst_in, cn_trcrst_out, sn_tracer, ln_trcdta, & 
     63         &             ln_trcdmp, ln_trcdmp_clo, ln_top_euler 
    6464#if defined key_trdmld_trc  || defined key_trdtrc 
    6565      NAMELIST/namtrc_trd/ nn_trd_trc, nn_ctls_trc, rn_ucf_trc, & 
     
    109109         WRITE(numout,*) '   Read inputs data from file (y/n)             ln_trcdta     = ', ln_trcdta 
    110110         WRITE(numout,*) '   Damping of passive tracer (y/n)              ln_trcdmp     = ', ln_trcdmp 
     111         WRITE(numout,*) '   Restoring of tracer on closed seas           ln_trcdmp_clo = ', ln_trcdmp_clo 
    111112         WRITE(numout,*) '   Use euler integration for TRC (y/n)          ln_top_euler  = ', ln_top_euler 
    112113         WRITE(numout,*) ' ' 
     
    170171 
    171172 
    172       IF( ln_trcdmp .AND. .NOT.ln_trcdta ) THEN 
    173          CALL ctl_warn( 'trc_nam: passive tracer damping requires data from files we set ln_trcdta to TRUE' ) 
    174          ln_trcdta = .TRUE. 
    175       ENDIF 
     173      IF( ln_rsttr )                      ln_trcdta = .FALSE.   ! restart : no need of clim data 
    176174      ! 
    177       IF( ln_rsttr .AND. .NOT.ln_trcdmp .AND. ln_trcdta ) THEN 
    178           CALL ctl_warn( 'trc_nam: passive tracer restart and  data intialisation, ',   & 
    179              &           'we keep the restart values and set ln_trcdta to FALSE' ) 
    180          ln_trcdta = .FALSE. 
    181       ENDIF 
     175      IF( ln_trcdmp .OR. ln_trcdmp_clo )  ln_trcdta = .TRUE.   ! damping : need to have clim data 
    182176      ! 
    183177      IF( .NOT.ln_trcdta ) THEN 
     
    188182         IF( ln_rsttr ) THEN 
    189183            WRITE(numout,*) 
    190             WRITE(numout,*) '    read a restart file for passive tracer : ', TRIM( cn_trcrst_in ) 
    191             WRITE(numout,*) 
    192          ELSE 
    193             IF( .NOT.ln_trcdta ) THEN 
    194                 WRITE(numout,*) 
    195                 WRITE(numout,*) '  All the passive tracers are initialised with constant values ' 
    196                 WRITE(numout,*) 
    197             ENDIF 
     184            WRITE(numout,*) '  Read a restart file for passive tracer : ', TRIM( cn_trcrst_in ) 
     185            WRITE(numout,*) 
     186         ENDIF 
     187         IF( ln_trcdta .AND. .NOT.ln_rsttr ) THEN 
     188            WRITE(numout,*) 
     189            WRITE(numout,*) '  Some of the passive tracers are initialised from climatologies ' 
     190            WRITE(numout,*) 
     191         ENDIF 
     192         IF( .NOT.ln_trcdta ) THEN 
     193            WRITE(numout,*) 
     194            WRITE(numout,*) '  All the passive tracers are initialised with constant values ' 
     195            WRITE(numout,*) 
    198196         ENDIF 
    199197      ENDIF 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcsub.F90

    r3680 r4148  
    124124          fr_i_tm  (:,:)         = fr_i_tm  (:,:)         + fr_i  (:,:) 
    125125          emp_tm   (:,:)         = emp_tm   (:,:)         + emp   (:,:)  
    126           sfx_tm   (:,:)         = sfx_tm   (:,:)         + sfx   (:,:) 
     126          fmmflx_tm(:,:)         = fmmflx_tm(:,:)         + fmmflx(:,:) 
    127127          qsr_tm   (:,:)         = qsr_tm   (:,:)         + qsr   (:,:) 
    128128          wndm_tm  (:,:)         = wndm_tm  (:,:)         + wndm  (:,:) 
     
    212212         emp_temp   (:,:)        = emp   (:,:) 
    213213         emp_b_temp (:,:)        = emp_b (:,:) 
    214          sfx_temp   (:,:)        = sfx   (:,:) 
     214         fmmflx_temp(:,:)        = fmmflx(:,:) 
    215215         qsr_temp   (:,:)        = qsr   (:,:) 
    216216         wndm_temp  (:,:)        = wndm  (:,:) 
     
    316316         fr_i_tm  (:,:)          = fr_i_tm    (:,:)       + fr_i  (:,:) 
    317317         emp_tm   (:,:)          = emp_tm     (:,:)       + emp   (:,:)  
    318          sfx_tm   (:,:)          = sfx_tm     (:,:)       + sfx   (:,:) 
     318         fmmflx_tm(:,:)          = fmmflx_tm  (:,:)       + fmmflx(:,:) 
    319319         qsr_tm   (:,:)          = qsr_tm     (:,:)       + qsr   (:,:) 
    320320         wndm_tm  (:,:)          = wndm_tm    (:,:)       + wndm  (:,:) 
     
    335335            qsr   (:,:)          = qsr_tm     (:,:) * r1_ndttrc  
    336336            emp   (:,:)          = emp_tm     (:,:) * r1_ndttrc  
    337             sfx   (:,:)          = sfx_tm     (:,:) * r1_ndttrc  
     337            fmmflx(:,:)          = fmmflx_tm  (:,:) * r1_ndttrc  
    338338            fr_i  (:,:)          = fr_i_tm    (:,:) * r1_ndttrc 
    339339# if defined key_trabbl 
     
    351351            qsr   (:,:)          = qsr_tm     (:,:) * r1_ndttrcp1  
    352352            emp   (:,:)          = emp_tm     (:,:) * r1_ndttrcp1  
    353             sfx   (:,:)          = sfx_tm     (:,:) * r1_ndttrcp1  
     353            fmmflx(:,:)          = fmmflx_tm  (:,:) * r1_ndttrcp1  
    354354            fr_i  (:,:)          = fr_i_tm    (:,:) * r1_ndttrcp1  
    355355# if defined key_trabbl 
     
    501501         CALL lbc_lnk( emp   (:,:)         , 'T', 1. )  
    502502         CALL lbc_lnk( emp_b (:,:)         , 'T', 1. )  
    503          CALL lbc_lnk( sfx   (:,:)         , 'T', 1. )  
     503         CALL lbc_lnk( fmmflx(:,:)         , 'T', 1. )  
    504504         CALL lbc_lnk( qsr   (:,:)         , 'T', 1. )  
    505505         CALL lbc_lnk( wndm  (:,:)         , 'T', 1. )  
     
    601601      fr_i_tm(:,:) = 0._wp 
    602602      emp_tm (:,:) = 0._wp 
    603       sfx_tm(:,:)  = 0._wp 
     603      fmmflx_tm(:,:)  = 0._wp 
    604604      qsr_tm (:,:) = 0._wp 
    605605      wndm_tm(:,:) = 0._wp 
     
    708708      fr_i  (:,:)     =  fr_i_temp  (:,:) 
    709709      emp   (:,:)     =  emp_temp   (:,:) 
    710       sfx   (:,:)     =  sfx_temp   (:,:) 
     710      fmmflx(:,:)     =  fmmflx_temp(:,:) 
    711711      emp_b (:,:)     =  emp_b_temp (:,:) 
    712712      qsr   (:,:)     =  qsr_temp   (:,:) 
     
    827827      fr_i_tm    (:,:) = fr_i  (:,:) 
    828828      emp_tm     (:,:) = emp   (:,:) 
    829       sfx_tm     (:,:) = sfx   (:,:) 
     829      fmmflx_tm  (:,:) = fmmflx(:,:) 
    830830      qsr_tm     (:,:) = qsr   (:,:) 
    831831      wndm_tm    (:,:) = wndm  (:,:) 
     
    10561056         &      rnf_temp(jpi,jpj)           ,  h_rnf_temp(jpi,jpj) ,     & 
    10571057         &      tsn_temp(jpi,jpj,jpk,2)     ,  emp_b_temp(jpi,jpj),      & 
    1058          &      emp_temp(jpi,jpj)           ,  sfx_temp(jpi,jpj)  ,      & 
     1058         &      emp_temp(jpi,jpj)           ,  fmmflx_temp(jpi,jpj),     & 
    10591059         &      hmld_temp(jpi,jpj)          ,  qsr_temp(jpi,jpj) ,       & 
    10601060         &      fr_i_temp(jpi,jpj)          ,  fr_i_tm(jpi,jpj) ,        & 
     
    11041104         &      sshv_n_tm(jpi,jpj)          ,  sshv_b_hold(jpi,jpj),     & 
    11051105         &      tsn_tm(jpi,jpj,jpk,2)       ,                            & 
    1106          &      emp_tm(jpi,jpj)             ,  sfx_tm(jpi,jpj)  ,        & 
     1106         &      emp_tm(jpi,jpj)             ,  fmmflx_tm(jpi,jpj)  ,     & 
    11071107         &      emp_b_hold(jpi,jpj)         ,                            & 
    11081108         &      hmld_tm(jpi,jpj)            ,  qsr_tm(jpi,jpj) ,         & 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_archfile.sh

    r3294 r4148  
    5959# 
    6060#- 
     61cpeval ()  
     62{ 
     63    cat > $2 << EOF 
    6164 
    62 if [ ${#2} -eq 0 ]; then 
    63    if [ ! -f ${COMPIL_DIR}/$1 ]; then 
    64    echo "Warning !!!" 
    65    echo "NO compiler chosen" 
    66    echo "Try makenemo -h for help" 
    67    echo "EXITING..." 
    68    exit 1  
    69    fi 
    70 else 
    71    myfile=$( find ${MAIN_DIR}/ARCH -name arch-${2}.fcm -print ) 
    72    if [ ${#myfile} -gt 0 ]; then 
    73       ln -sf  ${myfile} ${COMPIL_DIR}/$1 
    74    else 
    75       echo "Warning !!!" 
    76       echo "Compiler not existing" 
    77       echo "Try makenemo -h for help" 
    78       echo "EXITING..." 
    79       exit 1        
    80    fi    
     65#========================================================== 
     66#    Automatically generated by Fcheck_archfile.sh from 
     67#    $1 
     68#========================================================== 
     69 
     70EOF 
     71    while read line   
     72    do   
     73   eval "echo \"$line\" >> $2" 
     74    done < $1 
     75} 
     76# cleaning related to the old version 
     77rm -f $( find ${COMPIL_DIR} -type l -name $1 -print ) 
     78# 
     79if [ ${#3} -eq 0 ]; then # arch not specified 
     80    if [ ! -f ${COMPIL_DIR}/arch.history ]; then 
     81   echo "Warning !!!" 
     82   echo "NO compiler chosen" 
     83   echo "Try makenemo -h for help" 
     84   echo "EXITING..." 
     85   exit 1  
     86    else # use the arch file defined in arch.history 
     87   myarch=$( cat ${COMPIL_DIR}/arch.history )    
     88   if [ ! -f $myarch ]; then 
     89       echo "Warning !!!" 
     90       echo "previously used arch file no more found:" 
     91       echo $myarch 
     92       echo "EXITING..." 
     93       exit 1  
     94   else 
     95       if [ -f ${COMPIL_DIR}/$1 ]; then 
     96      # has the cpp keys file been changed since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     97      mycpp=$( ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" ) 
     98      if [ "$mycpp" != "$( cat ${COMPIL_DIR}/cpp.history )" ]; then 
     99          echo $mycpp > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     100          cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     101      fi 
     102      # has the cpp keys file been updated since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     103      mycpp=$( find -L ${COMPIL_DIR} -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $2 -print ) 
     104      [ ${#mycpp} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     105      # has myarch file been updated since we copied it in ${COMPIL_DIR}? 
     106      myarchdir=$( dirname ${myarch} ) 
     107      myarchname=$( basename ${myarch} ) 
     108      myarch=$( find -L $myarchdir -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $myarchname -print ) 
     109      [ ${#myarch} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     110       else 
     111      cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     112       fi 
     113   fi 
     114    fi 
     115else  
     116    nb=$( find ${MAIN_DIR}/ARCH -name arch-${3}.fcm -print | wc -l ) 
     117    if [ $nb -eq 0 ]; then # no arch file found 
     118   echo "Warning !!!" 
     119   echo "Compiler not existing" 
     120   echo "Try makenemo -h for help" 
     121   echo "EXITING..." 
     122   exit 1        
     123    fi 
     124    if [ $nb -gt 1 ]; then # more than 1 arch file found 
     125   echo "Warning !!!" 
     126   echo "more than 1 arch file for the same compiler have been found" 
     127   find ${MAIN_DIR}/ARCH -name arch-${3}.fcm -print 
     128   echo "keep only 1" 
     129   echo "EXITING..." 
     130   exit 1        
     131    fi 
     132    myarch=$( find ${MAIN_DIR}/ARCH -name arch-${3}.fcm -print ) 
     133    # we were already using this arch file ? 
     134    if [ "$myarch" == "$( cat ${COMPIL_DIR}/arch.history )" ]; then  
     135   if [ -f ${COMPIL_DIR}/$1 ]; then 
     136       # has the cpp keys file been changed since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     137       mycpp=$( ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" ) 
     138       if [ "$mycpp" != "$( cat ${COMPIL_DIR}/cpp.history )" ]; then 
     139      echo $mycpp > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     140      cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     141       fi 
     142       # has the cpp keys file been updated since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     143       mycpp=$( find -L ${COMPIL_DIR} -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $2 -print ) 
     144       [ ${#mycpp} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     145       # has myarch file been updated since we copied it in ${COMPIL_DIR}? 
     146       myarch=$( find -L ${MAIN_DIR}/ARCH -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name arch-${3}.fcm -print ) 
     147       [ ${#myarch} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     148   else 
     149       cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     150   fi 
     151    else 
     152   ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     153   echo ${myarch} > ${COMPIL_DIR}/arch.history 
     154   cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     155    fi 
    81156fi 
     157 
     158#- do we need xios library? 
     159use_iom=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_iomput ) 
     160have_lxios=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$1 | grep -c "\-lxios" ) 
     161if [[ ( $use_iom -eq 0 ) && ( $have_lxios -ge 1 ) ]] 
     162then  
     163    sed -e "s/-lxios//g" ${COMPIL_DIR}/$1 > ${COMPIL_DIR}/tmp$$ 
     164    mv -f ${COMPIL_DIR}/tmp$$ ${COMPIL_DIR}/$1 
     165fi 
     166 
     167#- do we need oasis libraries? 
     168use_oasis=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_oasis3 ) 
     169for liboa in psmile.MPI1 mct mpeu scrip mpp_io 
     170do 
     171    have_liboa=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$1 | grep -c "\-l${liboa}" ) 
     172    if [[ ( $use_oasis -eq 0 ) && ( $have_liboa -ge 1 ) ]] 
     173    then  
     174   sed -e "s/-l${liboa}//g" ${COMPIL_DIR}/$1 > ${COMPIL_DIR}/tmp$$ 
     175   mv -f ${COMPIL_DIR}/tmp$$ ${COMPIL_DIR}/$1 
     176    fi 
     177done 
     178 
  • branches/2013/dev_LOCEAN_2013/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Flist_archfile.sh

    r3294 r4148  
    6161 
    6262echo "Available compilers for -m option :" 
    63 for file in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH | grep fcm ) 
     63for file in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH | grep "fcm$" ) 
    6464do 
    6565zvar1=${file#arch-} 
     
    7171 
    7272if [ "$1" == "all" ]; then 
    73    for dir  in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH | grep -v fcm ) 
     73   for dir  in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH | grep -v "fcm$" ) 
    7474   do  
    7575      echo "Available compilers at ${dir} :" 
    76       for file in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH/${dir} | grep  fcm ) 
     76      for file in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH/${dir} | grep "fcm$" ) 
    7777      do 
    7878      zvar1=${file#arch-} 
     
    8484elif [ -d ${MAIN_DIR}/ARCH/${1} ]; then 
    8585      echo "Available compilers at $1 :" 
    86       for file in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH/$1 | grep fcm ) 
     86      for file in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH/$1 | grep "fcm$" ) 
    8787      do 
    8888      zvar1=${file#arch-} 
     
    9393else 
    9494      echo "Available consortium member sub-directories :" 
    95       for dir  in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH | grep -v fcm ) 
     95      for dir  in  $(ls ${MAIN_DIR}/ARCH | grep -v "fcm$" ) 
    9696      do 
    9797         echo ${dir} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.