Ignore:
Timestamp:
2015-12-22T11:19:36+01:00 (6 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Final commit to make sure merge info is correct before putting into XIOS2 branch

File:
1 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2015/dev_agrif_v3_6_STABLE/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/1_namelist_ref

    r6146 r6153  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/OPA  :  1 - run manager      (namrun, namcfg) 
    3 !! namelists    2 - Domain           (namzgr, namzgr_sco, namdom, namtsd) 
     2!! NEMO/OPA  :  1 - run manager      (namrun) 
     3!! namelists    2 - Domain           (namcfg, namzgr, namzgr_sco, namdom, namtsd) 
    44!!              3 - Surface boundary (namsbc, namsbc_ana, namsbc_flx, namsbc_clio, namsbc_core, namsbc_sas 
    55!!                                    namsbc_cpl, namtra_qsr, namsbc_rnf, 
     
    1010!!              7 - dynamics         (namdyn_adv, namdyn_vor, namdyn_hpg, namdyn_spg, namdyn_ldf) 
    1111!!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_kpp, namzdf_ddm, namzdf_tmx) 
    12 !!              9 - diagnostics      (namnc4, namtrd, namspr, namflo, namptr, namhsb) 
     12!!              9 - diagnostics      (namnc4, namtrd, namspr, namflo, namhsb, namsto) 
    1313!!             10 - miscellaneous    (namsol, nammpp, namctl) 
    1414!!             11 - Obs & Assim      (namobs, nam_asminc) 
     
    1818!!                   ***  Run management namelists  *** 
    1919!!====================================================================== 
    20 !!   namrun        parameters of the run 
     20!!   namrun       parameters of the run 
    2121!!====================================================================== 
    2222! 
     
    3131   nn_leapy    =       0   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    3232   ln_rstart   = .false.   !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    33    nn_euler    =       1   !  = 0 : start with forward time step if ln_rstart=.true. 
    34    nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
     33   nn_euler    =       1   !  = 0 : start with forward time step if ln_rstart=T 
     34   nn_rstctl   =       0   !  restart control ==> activated only if ln_rstart=T 
    3535                           !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
    3636                           !    = 1 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
    3737                           !    = 2 nn_date0 read in restart  ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
    3838   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
     39   cn_ocerst_indir = "."       !  directory from which to read input ocean restarts 
    3940   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
     41   cn_ocerst_outdir = "."      !  directory in which to write output ocean restarts 
    4042   nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
     43   ln_rst_list = .false.   !  output restarts at list of times using nn_stocklist (T) or at set frequency with nn_stock (F) 
    4144   nn_stock    =    5475   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
     45   nn_stocklist = 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 ! List of timesteps when a restart file is to be written 
    4246   nn_write    =    5475   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
    4347   ln_dimgnnn  = .false.   !  DIMG file format: 1 file for all processors (F) or by processor (T) 
    4448   ln_mskland  = .false.   !  mask land points in NetCDF outputs (costly: + ~15%) 
     49   ln_cfmeta   = .false.   !  output additional data to netCDF files required for compliance with the CF metadata standard 
    4550   ln_clobber  = .false.   !  clobber (overwrite) an existing file 
    4651   nn_chunksz  =       0   !  chunksize (bytes) for NetCDF file (works only with iom_nf90 routines) 
    4752/ 
    4853! 
    49 !----------------------------------------------------------------------- 
    50 &namcfg     !   default parameters of the configuration       
     54!!====================================================================== 
     55!!                      ***  Domain namelists  *** 
     56!!====================================================================== 
     57!!   namcfg       parameters of the configuration 
     58!!   namzgr       vertical coordinate 
     59!!   namzgr_sco   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
     60!!   namdom       space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
     61!!   namtsd       data: temperature & salinity 
     62!!====================================================================== 
     63! 
     64!----------------------------------------------------------------------- 
     65&namcfg     !   parameters of the configuration 
    5166!----------------------------------------------------------------------- 
    5267   cp_cfg      =  "default"            !  name of the configuration 
    53    cp_cfz      =         ''            !  name of the zoom of configuration 
     68   cp_cfz      =  "no zoom"            !  name of the zoom of configuration 
    5469   jp_cfg      =       0               !  resolution of the configuration 
    5570   jpidta      =      10               !  1st lateral dimension ( >= jpi ) 
     
    5772   jpkdta      =      31               !  number of levels      ( >= jpk ) 
    5873   jpiglo      =      10               !  1st dimension of global domain --> i =jpidta 
    59    jpjglo      =      12               !  2nd    -                  -    --> j  =jpjdta 
     74   jpjglo      =      12               !  2nd    -                  -    --> j =jpjdta 
    6075   jpizoom     =       1               !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    6176   jpjzoom     =       1               !  in data domain indices 
    6277   jperio      =       0               !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    6378                                       !  = 0 closed                 ;   = 1 cyclic East-West 
    64                                        !  = 2 equatorial symmetric   ;   = 3 North fold T-point pivot  
     79                                       !  = 2 equatorial symmetric   ;   = 3 North fold T-point pivot 
    6580                                       !  = 4 cyclic East-West AND North fold T-point pivot 
    6681                                       !  = 5 North fold F-point pivot 
    6782                                       !  = 6 cyclic East-West AND North fold F-point pivot 
    68 / 
    69 !!====================================================================== 
    70 !!                      ***  Domain namelists  *** 
    71 !!====================================================================== 
    72 !!   namzgr       vertical coordinate 
    73 !!   namzgr_sco   s-coordinate or hybrid z-s-coordinate 
    74 !!   namdom       space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    75 !!   namtsd       data: temperature & salinity 
    76 !!====================================================================== 
    77 ! 
     83   ln_use_jattr = .false.              !  use (T) the file attribute: open_ocean_jstart, if present 
     84                                       !  in netcdf input files, as the start j-row for reading 
     85/ 
    7886!----------------------------------------------------------------------- 
    7987&namzgr        !   vertical coordinate 
     
    8290   ln_zps      = .true.    !  z-coordinate - partial steps   (T/F) 
    8391   ln_sco      = .false.   !  s- or hybrid z-s-coordinate    (T/F) 
     92   ln_isfcav   = .false.   !  ice shelf cavity               (T/F) 
    8493/ 
    8594!----------------------------------------------------------------------- 
     
    97106                        !!!!!!!  SH94 stretching coefficients  (ln_s_sh94 = .true.) 
    98107   rn_theta    =    6.0    !  surface control parameter (0<=theta<=20) 
    99    rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma    
     108   rn_bb       =    0.8    !  stretching with SH94 s-sigma 
    100109                        !!!!!!!  SF12 stretching coefficient  (ln_s_sf12 = .true.) 
    101110   rn_alpha    =    4.4    !  stretching with SF12 s-sigma 
     
    106115   rn_zb_b     =   -0.2    !  offset for calculating Zb 
    107116                        !!!!!!!! Other stretching (not SH94 or SF12) [also uses rn_theta above] 
    108    rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1)  
     117   rn_thetb    =    1.0    !  bottom control parameter  (0<=thetb<= 1) 
    109118/ 
    110119!----------------------------------------------------------------------- 
     
    114123   rn_bathy    =    0.     !  value of the bathymetry. if (=0) bottom flat at jpkm1 
    115124   nn_closea   =    0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    116    nn_msh      =    0      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
     125   nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    117126   rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
    118127   rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
     
    183192/ 
    184193!----------------------------------------------------------------------- 
     194&namc1d        !   1D configuration options                             ("key_c1d") 
     195!----------------------------------------------------------------------- 
     196   rn_lat1d    =      50   !  Column latitude (default at PAPA station) 
     197   rn_lon1d    =    -145   !  Column longitude (default at PAPA station) 
     198   ln_c1d_locpt=  .true.   ! Localization of 1D config in a grid (T) or independant point (F) 
     199/ 
     200!----------------------------------------------------------------------- 
    185201&namtsd    !   data : Temperature  & Salinity 
    186202!----------------------------------------------------------------------- 
     
    188204!          !  file name                            ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    189205!          !                                       !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    190    sn_tem  = 'data_1m_potential_temperature_nomask',         -1        ,'votemper' ,    .true.    , .true. , 'yearly'   , ''      ,   ''     ,    '' 
    191    sn_sal  = 'data_1m_salinity_nomask'             ,         -1        ,'vosaline' ,    .true.    , .true. , 'yearly'   , ''      ,   ''     ,    '' 
     206   sn_tem  = 'data_1m_potential_temperature_nomask',         -1        ,'votemper' ,    .true.    , .true. , 'yearly'   , ''       ,   ''    ,    '' 
     207   sn_sal  = 'data_1m_salinity_nomask'             ,         -1        ,'vosaline' ,    .true.    , .true. , 'yearly'   , ''       ,   ''    ,    '' 
    192208   ! 
    193209   cn_dir        = './'     !  root directory for the location of the runoff files 
    194210   ln_tsd_init   = .true.   !  Initialisation of ocean T & S with T &S input data (T) or not (F) 
    195    ln_tsd_tradmp = .false.   !  damping of ocean T & S toward T &S input data (T) or not (F) 
     211   ln_tsd_tradmp = .true.   !  damping of ocean T & S toward T &S input data (T) or not (F) 
    196212/ 
    197213!!====================================================================== 
     
    204220!!   namsbc_core     CORE bulk formulae formulation 
    205221!!   namsbc_mfs      MFS  bulk formulae formulation 
    206 !!   namsbc_cpl      CouPLed            formulation                     ("key_coupled") 
     222!!   namsbc_cpl      CouPLed            formulation                     ("key_oasis3") 
    207223!!   namsbc_sas      StAndalone Surface module 
    208224!!   namtra_qsr      penetrative solar radiation 
    209225!!   namsbc_rnf      river runoffs 
     226!!   namsbc_isf      ice shelf melting/freezing 
    210227!!   namsbc_apr      Atmospheric Pressure 
    211228!!   namsbc_ssr      sea surface restoring term (for T and/or S) 
     
    223240   ln_blk_core = .true.    !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
    224241   ln_blk_mfs  = .false.   !  MFS bulk formulation                      (T => fill namsbc_mfs ) 
    225    ln_cpl      = .false.   !  Coupled formulation                       (T => fill namsbc_cpl ) 
     242   ln_cpl      = .false.   !  atmosphere coupled   formulation          ( requires key_oasis3 ) 
     243   ln_mixcpl   = .false.   !  forced-coupled mixed formulation          ( requires key_oasis3 ) 
     244   nn_components = 0       !  configuration of the opa-sas OASIS coupling 
     245                           !  =0 no opa-sas OASIS coupling: default single executable configuration 
     246                           !  =1 opa-sas OASIS coupling: multi executable configuration, OPA component 
     247                           !  =2 opa-sas OASIS coupling: multi executable configuration, SAS component  
    226248   ln_apr_dyn  = .false.   !  Patm gradient added in ocean & ice Eqs.   (T => fill namsbc_apr ) 
    227249   nn_ice      = 2         !  =0 no ice boundary condition   , 
    228250                           !  =1 use observed ice-cover      , 
    229                            !  =2 ice-model used                         ("key_lim3" or "key_lim2) 
     251                           !  =2 ice-model used                         ("key_lim3" or "key_lim2") 
    230252   nn_ice_embd = 1         !  =0 levitating ice (no mass exchange, concentration/dilution effect) 
    231253                           !  =1 levitating ice with mass and salt exchange but no presure effect 
    232254                           !  =2 embedded sea-ice (full salt and mass exchanges and pressure) 
    233255   ln_dm2dc    = .false.   !  daily mean to diurnal cycle on short wave 
    234    ln_rnf      = .true.    !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
     256   ln_rnf      = .true.    !  runoffs                                   (T   => fill namsbc_rnf) 
     257   nn_isf      = 0         !  ice shelf melting/freezing                (/=0 => fill namsbc_isf) 
     258                           !  0 =no isf                  1 = presence of ISF 
     259                           !  2 = bg03 parametrisation   3 = rnf file for isf 
     260                           !  4 = ISF fwf specified 
     261                           !  option 1 and 4 need ln_isfcav = .true. (domzgr) 
    235262   ln_ssr      = .true.    !  Sea Surface Restoring on T and/or S       (T => fill namsbc_ssr) 
    236263   nn_fwb      = 2         !  FreshWater Budget: =0 unchecked 
     
    242269   nn_lsm  = 0             !  =0 land/sea mask for input fields is not applied (keep empty land/sea mask filename field) , 
    243270                           !  =1:n number of iterations of land/sea mask application for input fields (fill land/sea mask filename field) 
    244    cn_iceflx = 'linear'    !  redistribution of solar input into ice categories during coupling ice/atm. 
     271   nn_limflx = -1          !  LIM3 Multi-category heat flux formulation (use -1 if LIM3 is not used) 
     272                           !  =-1  Use per-category fluxes, bypass redistributor, forced mode only, not yet implemented coupled 
     273                           !  = 0  Average per-category fluxes (forced and coupled mode) 
     274                           !  = 1  Average and redistribute per-category fluxes, forced mode only, not yet implemented coupled 
     275                           !  = 2  Redistribute a single flux over categories (coupled mode only) 
    245276/ 
    246277!----------------------------------------------------------------------- 
     
    257288&namsbc_flx    !   surface boundary condition : flux formulation 
    258289!----------------------------------------------------------------------- 
    259 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !  
     290!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    260291!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    261292   sn_utau     = 'utau'      ,        24         , 'utau'    , .false.      , .false., 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     
    285316&namsbc_core   !   namsbc_core  CORE bulk formulae 
    286317!----------------------------------------------------------------------- 
    287 !              !  file name                    ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                            ! rotation ! land/sea mask ! 
    288 !              !                               !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                           ! pairing  ! filename      ! 
    289    sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'   , 'Uwnd'   , '' 
    290    sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bicubic.nc'   , 'Vwnd'   , '' 
    291    sn_qsr      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'SWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    292    sn_qlw      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'LWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    293    sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'T_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    294    sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'Q_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    295    sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    296    sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
    297    sn_tdif     = 'taudif_core'                 ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core2_agrif_bilinear.nc'     , ''       , '' 
     318!              !  file name                    ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights                               ! rotation ! land/sea mask ! 
     319!              !                               !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename                              ! pairing  ! filename      ! 
     320   sn_wndi     = 'u_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'U_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bicubic_noc.nc'   , 'Uwnd'   , '' 
     321   sn_wndj     = 'v_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'V_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bicubic_noc.nc'   , 'Vwnd'   , '' 
     322   sn_qsr      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'SWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     323   sn_qlw      = 'ncar_rad.15JUNE2009_fill'    ,        24         , 'LWDN_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     324   sn_tair     = 't_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'T_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     325   sn_humi     = 'q_10.15JUNE2009_fill'        ,         6         , 'Q_10_MOD',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     326   sn_prec     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'PRC_MOD1',   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     327   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill' ,        -1         , 'SNOW'    ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
     328   sn_tdif     = 'taudif_core'                 ,        24         , 'taudif'  ,   .false.    , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc'  , ''       , '' 
    298329 
    299330   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files 
    300    ln_2m       = .false.   !  air temperature and humidity referenced at 2m (T) instead 10m (F) 
    301331   ln_taudif   = .false.   !  HF tau contribution: use "mean of stress module - module of the mean stress" data 
    302    ln_bulk2z   = .false.   !  Air temperature/humidity and wind vectors are referenced at heights rn_zqt and rn_zu 
    303    rn_zqt      = 3.        !  Air temperature and humidity reference height (m) (ln_bulk2z) 
    304    rn_zu       = 4.        !  Wind vector reference height (m)                  (ln_bulk2z) 
     332   rn_zqt      = 10.        !  Air temperature and humidity reference height (m) 
     333   rn_zu       = 10.        !  Wind vector reference height (m) 
    305334   rn_pfac     = 1.        !  multiplicative factor for precipitation (total & snow) 
    306335   rn_efac     = 1.        !  multiplicative factor for evaporation (0. or 1.) 
    307    rn_vfac     = 0.        !  multiplicative factor for ocean/ice velocity  
     336   rn_vfac     = 0.        !  multiplicative factor for ocean/ice velocity 
    308337                           !  in the calculation of the wind stress (0.=absolute winds or 1.=relative winds) 
    309338/ 
     
    324353/ 
    325354!----------------------------------------------------------------------- 
    326 &namsbc_cpl    !   coupled ocean/atmosphere model                       ("key_coupled") 
     355&namsbc_cpl    !   coupled ocean/atmosphere model                       ("key_oasis3") 
    327356!----------------------------------------------------------------------- 
    328357!                    !     description       !  multiple  !    vector   !      vector          ! vector ! 
    329358!                    !                       ! categories !  reference  !    orientation       ! grids  ! 
    330359! send 
    331 sn_snd_temp   =       'weighted oce and ice' ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
    332 sn_snd_alb    =       'weighted ice'         ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
    333 sn_snd_thick  =       'none'                 ,    'no'   ,     ''      ,         ''           ,   '' 
    334 sn_snd_crt    =       'none'                 ,    'no'    , 'spherical' , 'eastward-northward' ,  'T' 
    335 sn_snd_co2    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     360   sn_snd_temp   =       'weighted oce and ice' ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     361   sn_snd_alb    =       'weighted ice'         ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     362   sn_snd_thick  =       'none'                 ,    'no'   ,     ''      ,         ''           ,   '' 
     363   sn_snd_crt    =       'none'                 ,    'no'    , 'spherical' , 'eastward-northward' ,  'T' 
     364   sn_snd_co2    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''           ,   '' 
    336365! receive 
    337 sn_rcv_w10m   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    338 sn_rcv_taumod =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    339 sn_rcv_tau    =       'oce only'             ,    'no'    , 'cartesian' , 'eastward-northward',  'U,V' 
    340 sn_rcv_dqnsdt =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    341 sn_rcv_qsr    =       'oce and ice'          ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    342 sn_rcv_qns    =       'oce and ice'          ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    343 sn_rcv_emp    =       'conservative'         ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    344 sn_rcv_rnf    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    345 sn_rcv_cal    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
    346 sn_rcv_co2    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     366   sn_rcv_w10m   =       'none'                 ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     367   sn_rcv_taumod =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     368   sn_rcv_tau    =       'oce only'             ,    'no'    , 'cartesian' , 'eastward-northward',  'U,V' 
     369   sn_rcv_dqnsdt =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     370   sn_rcv_qsr    =       'oce and ice'          ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     371   sn_rcv_qns    =       'oce and ice'          ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     372   sn_rcv_emp    =       'conservative'         ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     373   sn_rcv_rnf    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     374   sn_rcv_cal    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     375   sn_rcv_co2    =       'coupled'              ,    'no'    ,     ''      ,         ''          ,   '' 
     376! 
     377   nn_cplmodel   =     1     !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentialy sending/receiving data 
     378   ln_usecplmask = .false.   !  use a coupling mask file to merge data received from several models 
     379                             !   -> file cplmask.nc with the float variable called cplmask (jpi,jpj,nn_cplmodel) 
    347380/ 
    348381!----------------------------------------------------------------------- 
     
    351384!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    352385!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    353    sn_usp      = 'sas_grid_U' ,    120           , 'vozocrtx' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , ''       
     386   sn_usp      = 'sas_grid_U' ,    120           , 'vozocrtx' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
    354387   sn_vsp      = 'sas_grid_V' ,    120           , 'vomecrty' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
    355388   sn_tem      = 'sas_grid_T' ,    120           , 'sosstsst' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
    356389   sn_sal      = 'sas_grid_T' ,    120           , 'sosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
    357390   sn_ssh      = 'sas_grid_T' ,    120           , 'sossheig' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
    358  
    359    ln_3d_uv    = .true.    !  specify whether we are supplying a 3D u,v field 
     391   sn_e3t      = 'sas_grid_T' ,    120           , 'e3t_m'    ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
     392   sn_frq      = 'sas_grid_T' ,    120           , 'frq_m'    ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , ''             , '' 
     393 
     394   ln_3d_uve   = .true.    !  specify whether we are supplying a 3D u,v and e3 field 
     395   ln_read_frq = .false.    !  specify whether we must read frq or not 
    360396   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the bulk files are 
    361397/ 
     
    363399&namtra_qsr    !   penetrative solar radiation 
    364400!----------------------------------------------------------------------- 
    365 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights          ! rotation ! land/sea mask ! 
    366 !              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename         ! pairing  ! filename      ! 
    367    sn_chl      ='chlorophyll',        -1         , 'CHLA'    ,   .true.     , .true. , 'yearly'  , 'weights_bilin'  , ''       , '' 
     401!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     402!              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     403   sn_chl      ='chlorophyll',        -1         , 'CHLA'    ,   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    368404 
    369405   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
     
    390426 
    391427   cn_dir       = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
    392    ln_rnf_emp   = .false.   !  runoffs included into precipitation field (T) or into a file (F) 
    393428   ln_rnf_mouth = .true.    !  specific treatment at rivers mouths 
    394429   rn_hrnf      =  15.e0    !  depth over which enhanced vertical mixing is used 
     
    398433   ln_rnf_tem   = .false.   !  read in temperature information for runoff 
    399434   ln_rnf_sal   = .false.   !  read in salinity information for runoff 
     435   ln_rnf_depth_ini = .false.  ! compute depth at initialisation from runoff file 
     436   rn_rnf_max   = 5.735e-4  !  max value of the runoff climatologie over global domain ( ln_rnf_depth_ini = .true ) 
     437   rn_dep_max   = 150.      !  depth over which runoffs is spread ( ln_rnf_depth_ini = .true ) 
     438   nn_rnf_depth_file = 0    !  create (=1) a runoff depth file or not (=0) 
     439/ 
     440!----------------------------------------------------------------------- 
     441&namsbc_isf    !  Top boundary layer (ISF) 
     442!----------------------------------------------------------------------- 
     443!              ! file name ! frequency (hours) ! variable ! time interpol. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     444!              !           !  (if <0  months)  !   name   !    (logical)   !  (T/F)  ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     445! nn_isf == 4 
     446   sn_qisf      = 'rnfisf' ,         -12      ,'sohflisf',    .false.      , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     447   sn_fwfisf    = 'rnfisf' ,         -12      ,'sowflisf',    .false.      , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     448! nn_isf == 3 
     449   sn_rnfisf    = 'runoffs' ,         -12      ,'sofwfisf',    .false.      , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     450! nn_isf == 2 and 3 
     451   sn_depmax_isf = 'runoffs' ,       -12        ,'sozisfmax' ,   .false.  , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     452   sn_depmin_isf = 'runoffs' ,       -12        ,'sozisfmin' ,   .false.  , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     453! nn_isf == 2 
     454   sn_Leff_isf = 'rnfisf' ,       0          ,'Leff'         ,   .false.  , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     455! for all case 
     456   ln_divisf   = .true.  ! apply isf melting as a mass flux or in the salinity trend. (maybe I should remove this option as for runoff?) 
     457! only for nn_isf = 1 or 2 
     458   rn_gammat0  = 1.0e-4   ! gammat coefficient used in blk formula 
     459   rn_gammas0  = 1.0e-4   ! gammas coefficient used in blk formula 
     460! only for nn_isf = 1 
     461   nn_isfblk   =  1       ! 1 ISOMIP ; 2 conservative (3 equation formulation, Jenkins et al. 1991 ??) 
     462   rn_hisf_tbl =  30.      ! thickness of the top boundary layer           (Losh et al. 2008) 
     463                          ! 0 => thickness of the tbl = thickness of the first wet cell 
     464   ln_conserve = .true.   ! conservative case (take into account meltwater advection) 
     465   nn_gammablk = 1        ! 0 = cst Gammat (= gammat/s) 
     466                          ! 1 = velocity dependend Gamma (u* * gammat/s)  (Jenkins et al. 2010) 
     467                          !     if you want to keep the cd as in global config, adjust rn_gammat0 to compensate 
     468                          ! 2 = velocity and stability dependent Gamma    Holland et al. 1999 
    400469/ 
    401470!----------------------------------------------------------------------- 
     
    407476 
    408477   cn_dir      = './'       !  root directory for the location of the bulk files 
    409    rn_pref     = 101000._wp !  reference atmospheric pressure   [N/m2]/ 
     478   rn_pref     = 101000.    !  reference atmospheric pressure   [N/m2]/ 
    410479   ln_ref_apr  = .false.    !  ref. pressure: global mean Patm (T) or a constant (F) 
    411480   ln_apr_obc  = .false.    !  inverse barometer added to OBC ssh data 
     
    447516                                                      ! Initial mass required for an iceberg of each class 
    448517      rn_initial_mass          = 8.8e7, 4.1e8, 3.3e9, 1.8e10, 3.8e10, 7.5e10, 1.2e11, 2.2e11, 3.9e11, 7.4e11 
    449                                                       ! Proportion of calving mass to apportion to each class   
     518                                                      ! Proportion of calving mass to apportion to each class 
    450519      rn_distribution          = 0.24, 0.12, 0.15, 0.18, 0.12, 0.07, 0.03, 0.03, 0.03, 0.02 
    451520                                                      ! Ratio between effective and real iceberg mass (non-dim) 
    452                                                       ! i.e. number of icebergs represented at a point          
     521                                                      ! i.e. number of icebergs represented at a point 
    453522      rn_mass_scaling          = 2000, 200, 50, 20, 10, 5, 2, 1, 1, 1 
    454523                                                      ! thickness of newly calved bergs (m) 
     
    459528      rn_bits_erosion_fraction = 0.                   ! Fraction of erosion melt flux to divert to bergy bits 
    460529      rn_sicn_shift            = 0.                   ! Shift of sea-ice concn in erosion flux (0<sicn_shift<1) 
    461       ln_passive_mode          = .false.              ! iceberg - ocean decoupling    
     530      ln_passive_mode          = .false.              ! iceberg - ocean decoupling 
    462531      nn_test_icebergs         =  10                  ! Create test icebergs of this class (-1 = no) 
    463532                                                      ! Put a test iceberg at each gridpoint in box (lon1,lon2,lat1,lat2) 
    464533      rn_test_box              = 108.0,  116.0, -66.0, -58.0 
    465       rn_speed_limit           = 0.                   ! CFL speed limit for a berg    
     534      rn_speed_limit           = 0.                   ! CFL speed limit for a berg 
    466535 
    467536!              ! file name ! frequency (hours) !   variable   ! time interp.   !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    468537!              !           !  (if <0  months)  !     name     !   (logical)    !  (T/F ) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    469538      sn_icb =  'calving' ,       -1           , 'calvingmask',  .true.        , .true.  , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    470     
    471       cn_dir = './'  
     539 
     540      cn_dir = './' 
    472541/ 
    473542 
     
    523592   rn_sponge_tra = 2880.   !  coefficient for tracer   sponge layer [m2/s] 
    524593   rn_sponge_dyn = 2880.   !  coefficient for dynamics sponge layer [m2/s] 
    525    ln_chk_bathy  = .FALSE. ! 
    526594/ 
    527595!----------------------------------------------------------------------- 
     
    531599   ln_tide_ramp  = .false.  ! 
    532600   rdttideramp   =    0.    ! 
    533    clname(1)     =   'M2'   !  name of constituent 
    534    clname(2)     =   'S2' 
    535    clname(3)     =   'N2' 
    536    clname(4)     =   'K1' 
    537    clname(5)     =   'O1' 
    538    clname(6)     =   'Q1' 
    539    clname(7)     =   'M4' 
    540    clname(8)     =   'K2' 
    541    clname(9)     =   'P1' 
    542    clname(10)    =   'Mf' 
    543    clname(11)    =   'Mm' 
     601   clname(1)     = 'DUMMY'  !  name of constituent - all tidal components must be set in namelist_cfg 
    544602/ 
    545603!----------------------------------------------------------------------- 
     
    556614                                          !  = 2, use tidal harmonic forcing data from files 
    557615                                          !  = 3, use external data AND tidal harmonic forcing 
    558     cn_dyn3d      =  'none'               !   
     616    cn_dyn3d      =  'none'               ! 
    559617    nn_dyn3d_dta  =  0                    !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
    560618                                          !  = 1, bdy data are read in 'bdydata   .nc' files 
    561     cn_tra        =  'none'               !  
     619    cn_tra        =  'none'               ! 
    562620    nn_tra_dta    =  0                    !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
    563621                                          !  = 1, bdy data are read in 'bdydata   .nc' files 
     622    cn_ice_lim      =  'none'             ! 
     623    nn_ice_lim_dta  =  0                  !  = 0, bdy data are equal to the initial state 
     624                                          !  = 1, bdy data are read in 'bdydata   .nc' files 
     625    rn_ice_tem      = 270.                !  lim3 only: arbitrary temperature of incoming sea ice 
     626    rn_ice_sal      = 10.                 !  lim3 only:      --   salinity           -- 
     627    rn_ice_age      = 30.                 !  lim3 only:      --   age                -- 
     628 
    564629    ln_tra_dmp    =.false.                !  open boudaries conditions for tracers 
    565630    ln_dyn3d_dmp  =.false.                !  open boundary condition for baroclinic velocities 
    566     rn_time_dmp   =  1.                   ! Damping time scale in days  
     631    rn_time_dmp   =  1.                   ! Damping time scale in days 
    567632    rn_time_dmp_out =  1.                 ! Outflow damping time scale 
    568633    nn_rimwidth   = 10                    !  width of the relaxation zone 
     
    582647   bn_tem  =    'amm12_bdyT_tra' ,         24        , 'votemper' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
    583648   bn_sal  =    'amm12_bdyT_tra' ,         24        , 'vosaline' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
     649! for lim2 
     650!   bn_frld  =    'amm12_bdyT_ice' ,         24        , 'ileadfra' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
     651!   bn_hicif =    'amm12_bdyT_ice' ,         24        , 'iicethic' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
     652!   bn_hsnif =    'amm12_bdyT_ice' ,         24        , 'isnowthi' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
     653! for lim3 
     654!   bn_a_i  =    'amm12_bdyT_ice' ,         24        , 'ileadfra' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
     655!   bn_ht_i =    'amm12_bdyT_ice' ,         24        , 'iicethic' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
     656!   bn_ht_s =    'amm12_bdyT_ice' ,         24        , 'isnowthi' ,     .true.     , .false. ,  'daily'  ,    ''    ,   ''     , '' 
    584657   cn_dir  =    'bdydta/' 
    585658   ln_full_vel = .false. 
     
    606679                           !                              = 2 : nonlinear friction 
    607680   rn_bfri1    =    4.e-4  !  bottom drag coefficient (linear case) 
    608    rn_bfri2    =    1.e-3  !  bottom drag coefficient (non linear case) 
     681   rn_bfri2    =    1.e-3  !  bottom drag coefficient (non linear case). Minimum coeft if ln_loglayer=T 
     682   rn_bfri2_max =   1.e-1  !  max. bottom drag coefficient (non linear case and ln_loglayer=T) 
    609683   rn_bfeb2    =    2.5e-3 !  bottom turbulent kinetic energy background  (m2/s2) 
    610    rn_bfrz0    =    3.e-3  ! bottom roughness for loglayer bfr coeff  
     684   rn_bfrz0    =    3.e-3  !  bottom roughness [m] if ln_loglayer=T 
    611685   ln_bfr2d    = .false.   !  horizontal variation of the bottom friction coef (read a 2D mask file ) 
    612686   rn_bfrien   =    50.    !  local multiplying factor of bfr (ln_bfr2d=T) 
     687   rn_tfri1    =    4.e-4  !  top drag coefficient (linear case) 
     688   rn_tfri2    =    2.5e-3 !  top drag coefficient (non linear case). Minimum coeft if ln_loglayer=T 
     689   rn_tfri2_max =   1.e-1  !  max. top drag coefficient (non linear case and ln_loglayer=T) 
     690   rn_tfeb2    =    0.0    !  top turbulent kinetic energy background  (m2/s2) 
     691   rn_tfrz0    =    3.e-3  !  top roughness [m] if ln_loglayer=T 
     692   ln_tfr2d    = .false.   !  horizontal variation of the top friction coef (read a 2D mask file ) 
     693   rn_tfrien   =    50.    !  local multiplying factor of tfr (ln_tfr2d=T) 
     694 
    613695   ln_bfrimp   = .true.    !  implicit bottom friction (requires ln_zdfexp = .false. if true) 
     696   ln_loglayer = .false.   !  logarithmic formulation (non linear case) 
    614697/ 
    615698!----------------------------------------------------------------------- 
    616699&nambbc        !   bottom temperature boundary condition 
    617700!----------------------------------------------------------------------- 
     701!              !                              !  (if <0  months)  !   
     702!              !  file name      ! frequency (hours) ! variable   ! time interp.   !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     703!              !                 !  (if <0  months)  !   name     !   (logical)    !  (T/F ) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     704   sn_qgh      ='geothermal_heating.nc',  -12.  , 'heatflow'      ,   .false.      , .true.  , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     705   ! 
     706   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
    618707   ln_trabbc   = .true.    !  Apply a geothermal heating at the ocean bottom 
    619708   nn_geoflx   =    2      !  geothermal heat flux: = 0 no flux 
     
    621710                           !     = 2 variable flux (read in geothermal_heating.nc in mW/m2) 
    622711   rn_geoflx_cst = 86.4e-3 !  Constant value of geothermal heat flux [W/m2] 
     712 
    623713/ 
    624714!----------------------------------------------------------------------- 
     
    636726!!   nameos        equation of state 
    637727!!   namtra_adv    advection scheme 
     728!!   namtra_adv_mle   mixed layer eddy param. (Fox-Kemper param.) 
    638729!!   namtra_ldf    lateral diffusion scheme 
    639730!!   namtra_dmp    T & S newtonian damping 
     
    643734&nameos        !   ocean physical parameters 
    644735!----------------------------------------------------------------------- 
    645    nn_eos      =   0       !  type of equation of state and Brunt-Vaisala frequency 
    646                            !     = 0, UNESCO (formulation of Jackett and McDougall (1994) and of McDougall (1987) ) 
    647                            !     = 1, linear: rho(T)   = rau0 * ( 1.028 - ralpha * T ) 
    648                            !     = 2, linear: rho(T,S) = rau0 * ( rbeta * S - ralpha * T ) 
    649    rn_alpha    =   2.0e-4  !  thermal expension coefficient (nn_eos= 1 or 2) 
    650    rn_beta     =   7.7e-4  !  saline  expension coefficient (nn_eos= 2) 
     736   nn_eos      =  -1     !  type of equation of state and Brunt-Vaisala frequency 
     737                                 !  =-1, TEOS-10 
     738                                 !  = 0, EOS-80 
     739                                 !  = 1, S-EOS   (simplified eos) 
     740   ln_useCT    = .true.  ! use of Conservative Temp. ==> surface CT converted in Pot. Temp. in sbcssm 
     741   !                             ! 
     742   !                     ! S-EOS coefficients : 
     743   !                             !  rd(T,S,Z)*rau0 = -a0*(1+.5*lambda*dT+mu*Z+nu*dS)*dT+b0*dS 
     744   rn_a0       =  1.6550e-1      !  thermal expension coefficient (nn_eos= 1) 
     745   rn_b0       =  7.6554e-1      !  saline  expension coefficient (nn_eos= 1) 
     746   rn_lambda1  =  5.9520e-2      !  cabbeling coeff in T^2  (=0 for linear eos) 
     747   rn_lambda2  =  7.4914e-4      !  cabbeling coeff in S^2  (=0 for linear eos) 
     748   rn_mu1      =  1.4970e-4      !  thermobaric coeff. in T (=0 for linear eos) 
     749   rn_mu2      =  1.1090e-5      !  thermobaric coeff. in S (=0 for linear eos) 
     750   rn_nu       =  2.4341e-3      !  cabbeling coeff in T*S  (=0 for linear eos) 
    651751/ 
    652752!----------------------------------------------------------------------- 
    653753&namtra_adv    !   advection scheme for tracer 
    654754!----------------------------------------------------------------------- 
    655    ln_traadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme 
    656    ln_traadv_tvd    =  .true.   !  TVD scheme 
    657    ln_traadv_muscl  =  .false.  !  MUSCL scheme 
    658    ln_traadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries 
    659    ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme 
    660    ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme 
    661    ln_traadv_msc_ups=  .false.  !  use upstream scheme within muscl 
     755   ln_traadv_cen2   =  .false.   !  2nd order centered scheme 
     756   ln_traadv_tvd    =  .true.    !  TVD scheme 
     757   ln_traadv_muscl  =  .false.   !  MUSCL scheme 
     758   ln_traadv_muscl2 =  .false.   !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries 
     759   ln_traadv_ubs    =  .false.   !  UBS scheme 
     760   ln_traadv_qck    =  .false.   !  QUICKEST scheme 
     761   ln_traadv_msc_ups=  .false.   !  use upstream scheme within muscl 
     762   ln_traadv_tvd_zts=  .false.  !  TVD scheme with sub-timestepping of vertical tracer advection 
    662763/ 
    663764!----------------------------------------------------------------------- 
     
    705806&namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping 
    706807!----------------------------------------------------------------------- 
    707    ln_tradmp   =  .false.   !  add a damping termn (T) or not (F) 
    708    nn_hdmp     =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
    709                            !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 
    710                            !                      + F(distance-to-coast) + Red and Med Seas 
     808   ln_tradmp   =  .true.   !  add a damping termn (T) or not (F) 
    711809   nn_zdmp     =    0      !  vertical   shape =0    damping throughout the water column 
    712810                           !                   =1 no damping in the mixing layer (kz  criteria) 
    713811                           !                   =2 no damping in the mixed  layer (rho crieria) 
    714    rn_surf     =   50.     !  surface time scale of damping   [days] 
    715    rn_bot      =  360.     !  bottom  time scale of damping   [days] 
    716    rn_dep      =  800.     !  depth of transition between rn_surf and rn_bot [meters] 
    717    nn_file     =    0      !  create a damping.coeff NetCDF file (=1) or not (=0) 
     812   cn_resto    = 'resto.nc' ! Name of file containing restoration coefficient field (use dmp_tools to create this) 
    718813/ 
    719814 
     
    732827!----------------------------------------------------------------------- 
    733828   ln_dynadv_vec = .true.  !  vector form (T) or flux form (F) 
     829   nn_dynkeg     = 0       ! scheme for grad(KE): =0   C2  ;  =1   Hollingsworth correction 
    734830   ln_dynadv_cen2= .false. !  flux form - 2nd order centered scheme 
    735831   ln_dynadv_ubs = .false. !  flux form - 3rd order UBS      scheme 
     832   ln_dynzad_zts = .false. !  Use (T) sub timestepping for vertical momentum advection 
    736833/ 
    737834!----------------------------------------------------------------------- 
    738835&nam_vvl    !   vertical coordinate options 
    739836!----------------------------------------------------------------------- 
    740    ln_vvl_zstar  = .true.           !  zstar vertical coordinate                    
     837   ln_vvl_zstar  = .true.           !  zstar vertical coordinate 
    741838   ln_vvl_ztilde = .false.          !  ztilde vertical coordinate: only high frequency variations 
    742839   ln_vvl_layer  = .false.          !  full layer vertical coordinate 
    743840   ln_vvl_ztilde_as_zstar = .false. !  ztilde vertical coordinate emulating zstar 
     841   ln_vvl_zstar_at_eqtor = .false.  !  ztilde near the equator 
    744842   rn_ahe3       = 0.0e0            !  thickness diffusion coefficient 
    745843   rn_rst_e3t    = 30.e0            !  ztilde to zstar restoration timescale [days] 
     
    755853   ln_dynvor_mix = .false. !  mixed scheme 
    756854   ln_dynvor_een = .true.  !  energy & enstrophy scheme 
     855   ln_dynvor_een_old = .false.  !  energy & enstrophy scheme - original formulation 
    757856/ 
    758857!----------------------------------------------------------------------- 
     
    762861   ln_hpg_zps  = .true.    !  z-coordinate - partial steps (interpolation) 
    763862   ln_hpg_sco  = .false.   !  s-coordinate (standard jacobian formulation) 
     863   ln_hpg_isf  = .false.   !  s-coordinate (sco ) adapted to isf 
    764864   ln_hpg_djc  = .false.   !  s-coordinate (Density Jacobian with Cubic polynomial) 
    765865   ln_hpg_prj  = .false.   !  s-coordinate (Pressure Jacobian scheme) 
     
    857957                           !        = 1 add a tke source below the ML 
    858958                           !        = 2 add a tke source just at the base of the ML 
    859                            !        = 3 as = 1 applied on HF part of the stress    ("key_coupled") 
     959                           !        = 3 as = 1 applied on HF part of the stress    ("key_oasis3") 
    860960   rn_efr      =   0.05    !  fraction of surface tke value which penetrates below the ML (nn_etau=1 or 2) 
    861961   nn_htau     =   1       !  type of exponential decrease of tke penetration below the ML 
     
    879979&namzdf_gls                !   GLS vertical diffusion                   ("key_zdfgls") 
    880980!----------------------------------------------------------------------- 
    881    rn_emin       = 1.e-6   !  minimum value of e   [m2/s2] 
     981   rn_emin       = 1.e-7   !  minimum value of e   [m2/s2] 
    882982   rn_epsmin     = 1.e-12  !  minimum value of eps [m2/s3] 
    883983   ln_length_lim = .true.  !  limit on the dissipation rate under stable stratification (Galperin et al., 1988) 
    884    rn_clim_galp  = 0.53    !  galperin limit 
    885    ln_crban      = .true.  !  Use Craig & Banner (1994) surface wave mixing parametrisation 
     984   rn_clim_galp  = 0.267   !  galperin limit 
    886985   ln_sigpsi     = .true.  !  Activate or not Burchard 2001 mods on psi schmidt number in the wb case 
    887986   rn_crban      = 100.    !  Craig and Banner 1994 constant for wb tke flux 
    888987   rn_charn      = 70000.  !  Charnock constant for wb induced roughness length 
    889    nn_tkebc_surf =   1     !  surface tke condition (0/1/2=Dir/Neum/Dir Mellor-Blumberg) 
    890    nn_tkebc_bot  =   1     !  bottom tke condition (0/1=Dir/Neum) 
    891    nn_psibc_surf =   1     !  surface psi condition (0/1/2=Dir/Neum/Dir Mellor-Blumberg) 
    892    nn_psibc_bot  =   1     !  bottom psi condition (0/1=Dir/Neum) 
    893    nn_stab_func  =   2     !  stability function (0=Galp, 1= KC94, 2=CanutoA, 3=CanutoB) 
    894    nn_clos       =   1     !  predefined closure type (0=MY82, 1=k-eps, 2=k-w, 3=Gen) 
     988   rn_hsro       =  0.02   !  Minimum surface roughness 
     989   rn_frac_hs    =   1.3   !  Fraction of wave height as roughness (if nn_z0_met=2) 
     990   nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2) 
     991   nn_bc_surf    =     1   !  surface condition (0/1=Dir/Neum) 
     992   nn_bc_bot     =     1   !  bottom condition (0/1=Dir/Neum) 
     993   nn_stab_func  =     2   !  stability function (0=Galp, 1= KC94, 2=CanutoA, 3=CanutoB) 
     994   nn_clos       =     1   !  predefined closure type (0=MY82, 1=k-eps, 2=k-w, 3=Gen) 
    895995/ 
    896996!----------------------------------------------------------------------- 
     
    9141014!!                  ***  Miscellaneous namelists  *** 
    9151015!!====================================================================== 
     1016!!   namsol            elliptic solver / island / free surface 
    9161017!!   nammpp            Massively Parallel Processing                    ("key_mpp_mpi) 
    9171018!!   namctl            Control prints & Benchmark 
    918 !!   namsol            elliptic solver / island / free surface 
     1019!!   namc1d            1D configuration options                         ("key_c1d") 
     1020!!   namc1d_uvd        data: U & V currents                             ("key_c1d") 
     1021!!   namc1d_dyndmp     U & V newtonian damping                          ("key_c1d") 
     1022!!   namsto            Stochastic parametrization of EOS 
    9191023!!====================================================================== 
    9201024! 
     
    9591063/ 
    9601064!----------------------------------------------------------------------- 
    961 &namc1d        !   1D configuration options                             ("key_c1d") 
    962 !----------------------------------------------------------------------- 
    963    rn_lat      =    50     !  Column latitude 
    964    rn_lon      =    -145   !  Column longitude 
    965 / 
    966 !----------------------------------------------------------------------- 
    9671065&namc1d_uvd    !   data: U & V currents                                 ("key_c1d") 
    9681066!----------------------------------------------------------------------- 
     
    9811079   ln_dyndmp   =  .false.  !  add a damping term (T) or not (F) 
    9821080/ 
     1081!----------------------------------------------------------------------- 
     1082&namsto       ! Stochastic parametrization of EOS 
     1083!----------------------------------------------------------------------- 
     1084   ln_rststo = .false.           ! start from mean parameter (F) or from restart file (T) 
     1085   ln_rstseed = .true.           ! read seed of RNG from restart file 
     1086   cn_storst_in  = "restart_sto" !  suffix of stochastic parameter restart file (input) 
     1087   cn_storst_out = "restart_sto" !  suffix of stochastic parameter restart file (output) 
     1088 
     1089   ln_sto_eos = .false.          ! stochastic equation of state 
     1090   nn_sto_eos = 1                ! number of independent random walks 
     1091   rn_eos_stdxy = 1.4            ! random walk horz. standard deviation (in grid points) 
     1092   rn_eos_stdz  = 0.7            ! random walk vert. standard deviation (in grid points) 
     1093   rn_eos_tcor  = 1440.0         ! random walk time correlation (in timesteps) 
     1094   nn_eos_ord  = 1               ! order of autoregressive processes 
     1095   nn_eos_flt  = 0               ! passes of Laplacian filter 
     1096   rn_eos_lim  = 2.0             ! limitation factor (default = 3.0) 
     1097/ 
     1098 
    9831099!!====================================================================== 
    9841100!!                  ***  Diagnostics namelists  *** 
    9851101!!====================================================================== 
    9861102!!   namnc4       netcdf4 chunking and compression settings             ("key_netcdf4") 
    987 !!   namtrd       dynamics and/or tracer trends                         ("key_trddyn","key_trdtra","key_trdmld") 
     1103!!   namtrd       dynamics and/or tracer trends 
     1104!!   namptr       Poleward Transport Diagnostics 
    9881105!!   namflo       float parameters                                      ("key_float") 
    989 !!   namptr       Poleward Transport Diagnostics 
    9901106!!   namhsb       Heat and salt budgets 
    9911107!!====================================================================== 
     
    10031119/ 
    10041120!----------------------------------------------------------------------- 
    1005 &namtrd        !   diagnostics on dynamics and/or tracer trends         ("key_trddyn" and/or "key_trdtra") 
    1006 !              !       or mixed-layer trends or barotropic vorticity    ("key_trdmld" or     "key_trdvor") 
    1007 !----------------------------------------------------------------------- 
    1008    nn_trd      = 365       !  time step frequency dynamics and tracers trends 
    1009    nn_ctls     =   0       !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
    1010    rn_ucf      =   1.      !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
    1011    cn_trdrst_in      = "restart_mld"   ! suffix of ocean restart name (input) 
    1012    cn_trdrst_out     = "restart_mld"   ! suffix of ocean restart name (output) 
    1013    ln_trdmld_restart = .false.         !  restart for ML diagnostics 
    1014    ln_trdmld_instant = .false.         !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
    1015 / 
     1121&namtrd        !   diagnostics on dynamics and/or tracer trends 
     1122!              !       and/or mixed-layer trends and/or barotropic vorticity 
     1123!----------------------------------------------------------------------- 
     1124   ln_glo_trd  = .false.   ! (T) global domain averaged diag for T, T^2, KE, and PE 
     1125   ln_dyn_trd  = .false.   ! (T) 3D momentum trend output 
     1126   ln_dyn_mxl  = .FALSE.   ! (T) 2D momentum trends averaged over the mixed layer (not coded yet) 
     1127   ln_vor_trd  = .FALSE.   ! (T) 2D barotropic vorticity trends (not coded yet) 
     1128   ln_KE_trd   = .false.   ! (T) 3D Kinetic   Energy     trends 
     1129   ln_PE_trd   = .false.   ! (T) 3D Potential Energy     trends 
     1130   ln_tra_trd  = .FALSE.   ! (T) 3D tracer trend output 
     1131   ln_tra_mxl  = .false.   ! (T) 2D tracer trends averaged over the mixed layer (not coded yet) 
     1132   nn_trd      = 365       !  print frequency (ln_glo_trd=T) (unit=time step) 
     1133/ 
     1134!!gm   nn_ctls     =   0       !  control surface type in mixed-layer trends (0,1 or n<jpk) 
     1135!!gm   rn_ucf      =   1.      !  unit conversion factor (=1 -> /seconds ; =86400. -> /day) 
     1136!!gm   cn_trdrst_in      = "restart_mld"   ! suffix of ocean restart name (input) 
     1137!!gm   cn_trdrst_out     = "restart_mld"   ! suffix of ocean restart name (output) 
     1138!!gm   ln_trdmld_restart = .false.         !  restart for ML diagnostics 
     1139!!gm   ln_trdmld_instant = .false.         !  flag to diagnose trends of instantantaneous or mean ML T/S 
     1140!!gm 
    10161141!----------------------------------------------------------------------- 
    10171142&namflo       !   float parameters                                      ("key_float") 
     
    10321157!----------------------------------------------------------------------- 
    10331158   ln_diaptr  = .false.    !  Poleward heat and salt transport (T) or not (F) 
    1034    ln_diaznl  = .true.     !  Add zonal means and meridional stream functions 
    1035    ln_subbas  = .true.     !  Atlantic/Pacific/Indian basins computation (T) or not 
    1036                            !  (orca configuration only, need input basins mask file named "subbasins.nc" 
    1037    ln_ptrcomp = .true.     !  Add decomposition : overturning 
    1038    nn_fptr    =  1         !  Frequency of ptr computation [time step] 
    1039    nn_fwri    =  15        !  Frequency of ptr outputs [time step] 
     1159   ln_subbas  = .false.     !  Atlantic/Pacific/Indian basins computation (T) or not 
    10401160/ 
    10411161!----------------------------------------------------------------------- 
     
    10761196   ln_s3d     = .false.    ! Logical switch for S profile observations 
    10771197   ln_ena     = .false.    ! Logical switch for ENACT insitu data set 
    1078    !                       !     ln_cor                  Logical switch for Coriolis insitu data set 
     1198   ln_cor     = .false.    ! Logical switch for Coriolis insitu data set 
    10791199   ln_profb   = .false.    ! Logical switch for feedback insitu data set 
    10801200   ln_sla     = .false.    ! Logical switch for SLA observations 
    1081  
    10821201   ln_sladt   = .false.    ! Logical switch for AVISO SLA data 
    1083  
    10841202   ln_slafb   = .false.    ! Logical switch for feedback SLA data 
    1085                            !     ln_ssh                  Logical switch for SSH observations 
    1086  
    1087    ln_sst     = .true.     ! Logical switch for SST observations 
    1088    ln_reysst  = .true.     !     ln_reysst               Logical switch for Reynolds observations 
    1089    ln_ghrsst  = .false.    !     ln_ghrsst               Logical switch for GHRSST observations       
    1090  
     1203   ln_ssh     = .false.    ! Logical switch for SSH observations 
     1204   ln_sst     = .false.    ! Logical switch for SST observations 
     1205   ln_reysst  = .false.    ! Logical switch for Reynolds observations 
     1206   ln_ghrsst  = .false.    ! Logical switch for GHRSST observations 
    10911207   ln_sstfb   = .false.    ! Logical switch for feedback SST data 
    1092                            !     ln_sss                  Logical switch for SSS observations 
    1093                            !     ln_seaice               Logical switch for Sea Ice observations 
    1094                            !     ln_vel3d                Logical switch for velocity observations 
    1095                            !     ln_velavcur             Logical switch for velocity daily av. cur. 
    1096                            !     ln_velhrcur             Logical switch for velocity high freq. cur. 
    1097                            !     ln_velavadcp            Logical switch for velocity daily av. ADCP 
    1098                            !     ln_velhradcp            Logical switch for velocity high freq. ADCP 
    1099                            !     ln_velfb                Logical switch for feedback velocity data 
    1100                            !     ln_grid_global          Global distribtion of observations 
    1101                            !     ln_grid_search_lookup   Logical switch for obs grid search w/lookup table 
    1102                            !     grid_search_file        Grid search lookup file header 
    1103                            !     enactfiles              ENACT input observation file names 
    1104                            !     coriofiles              Coriolis input observation file name 
    1105    !                       ! profbfiles: Profile feedback input observation file name 
    1106    profbfiles = 'profiles_01.nc' 
    1107                            !     ln_profb_enatim         Enact feedback input time setting switch 
    1108                            !     slafilesact             Active SLA input observation file name 
    1109                            !     slafilespas             Passive SLA input observation file name 
    1110    !                       ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file name 
    1111    slafbfiles = 'sla_01.nc' 
    1112                            !     sstfiles                GHRSST input observation file name 
    1113    !                       ! sstfbfiles: Feedback SST input observation file name 
    1114    sstfbfiles = 'sst_01.nc' 'sst_02.nc' 'sst_03.nc' 'sst_04.nc' 'sst_05.nc' 
    1115                            !     seaicefiles             Sea Ice input observation file name 
    1116                            !     velavcurfiles           Vel. cur. daily av. input file name 
    1117                            !     velhvcurfiles           Vel. cur. high freq. input file name 
    1118                            !     velavadcpfiles          Vel. ADCP daily av. input file name 
    1119                            !     velhvadcpfiles          Vel. ADCP high freq. input file name 
    1120                            !     velfbfiles              Vel. feedback input observation file name 
    1121                            !     dobsini                 Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1122                            !     dobsend                 Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1123                            !     n1dint                  Type of vertical interpolation method 
    1124                            !     n2dint                  Type of horizontal interpolation method 
    1125                            !     ln_nea                  Rejection of observations near land switch 
    1126    nmsshc     = 0          ! MSSH correction scheme 
    1127                            !     mdtcorr                 MDT  correction 
    1128                            !     mdtcutoff               MDT cutoff for computed correction 
     1208   ln_sss     = .false.    ! Logical switch for SSS observations 
     1209   ln_seaice  = .false.    ! Logical switch for Sea Ice observations 
     1210   ln_vel3d   = .false.    ! Logical switch for velocity observations 
     1211   ln_velavcur= .false     ! Logical switch for velocity daily av. cur. 
     1212   ln_velhrcur= .false     ! Logical switch for velocity high freq. cur. 
     1213   ln_velavadcp = .false.  ! Logical switch for velocity daily av. ADCP 
     1214   ln_velhradcp = .false.  ! Logical switch for velocity high freq. ADCP 
     1215   ln_velfb   = .false.    ! Logical switch for feedback velocity data 
     1216   ln_grid_global = .false. ! Global distribtion of observations 
     1217   ln_grid_search_lookup = .false. !  Logical switch for obs grid search w/lookup table 
     1218   grid_search_file = 'grid_search'  !  Grid search lookup file header 
     1219! All of the *files* variables below are arrays. Use namelist_cfg to add more files 
     1220   enactfiles = 'enact.nc' !  ENACT input observation file names (specify full array in namelist_cfg) 
     1221   coriofiles = 'corio.nc' !  Coriolis input observation file name 
     1222   profbfiles = 'profiles_01.nc' ! Profile feedback input observation file name 
     1223   ln_profb_enatim = .false !        Enact feedback input time setting switch 
     1224   slafilesact = 'sla_act.nc' !  Active SLA input observation file names 
     1225   slafilespas = 'sla_pass.nc' ! Passive SLA input observation file names 
     1226   slafbfiles = 'sla_01.nc' ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file names 
     1227   sstfiles = 'ghrsst.nc'   ! GHRSST input observation file names 
     1228   sstfbfiles = 'sst_01.nc' ! Feedback SST input observation file names 
     1229   seaicefiles = 'seaice_01.nc' ! Sea Ice input observation file names 
     1230   velavcurfiles = 'velavcurfile.nc'  ! Vel. cur. daily av. input file name 
     1231   velhrcurfiles = 'velhrcurfile.nc'  ! Vel. cur. high freq. input file name 
     1232   velavadcpfiles = 'velavadcpfile.nc' ! Vel. ADCP daily av. input file name 
     1233   velhradcpfiles = 'velhradcpfile.nc' ! Vel. ADCP high freq. input file name 
     1234   velfbfiles = 'velfbfile.nc' ! Vel. feedback input observation file name 
     1235   dobsini = 20000101.000000  !  Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
     1236   dobsend = 20010101.000000  !  Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
     1237   n1dint = 0  !               Type of vertical interpolation method 
     1238   n2dint = 0  !               Type of horizontal interpolation method 
     1239   ln_nea = .false.   !        Rejection of observations near land switch 
     1240   nmsshc     = 0     !        MSSH correction scheme 
     1241   mdtcorr = 1.61     !        MDT  correction 
     1242   mdtcutoff = 65.0   !        MDT cutoff for computed correction 
    11291243   ln_altbias = .false.    ! Logical switch for alt bias 
    11301244   ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files 
    1131                            !     endailyavtypes   ENACT daily average types 
     1245   endailyavtypes = 820    ! ENACT daily average types - array (use namelist_cfg to set more values) 
    11321246   ln_grid_global = .true. 
    11331247   ln_grid_search_lookup = .false. 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.