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2016-01-04T14:47:06+01:00 (6 years ago)
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cetlod
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back the nemo_v3_6_STABLE_XIOS2 branch into 3_6_STABLE, including bugfixes, XIOS2 and new AGRIF

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branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/CONFIG
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    r5363 r6204  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
     4 <context id="nemo" > 
    55     
    66    <!-- $id$ --> 
     
    1919=                                         put the variables you want...                                    = 
    2020============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    31       
    32       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    33       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    34       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->   
     21       --> 
     22 
     23    <file_definition src="./file_def.xml"/> 
     24 
     25    <!-- 
    3526  
    36    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    37      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    38      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    39      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    40      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    41      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    42      <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    43      <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    44       <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    45      <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    46      <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    47      <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    48     </file> 
    49     
    50    <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    51           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    52           <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    53     </file> 
    54     
    55    <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    56           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    57           <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    58     </file> 
    59     
    60    <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    61           <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    62           <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    63           <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    64     </file> 
    65  
    66       </file_group> 
    67        
    68       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    69       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    70       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    71       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    72       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    73  
    74       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    75       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    76       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    77       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    78  
    79    </file_definition> 
    80      
    81     <!--  
    8227============================================================================================================ 
    8328= grid definition = = DO NOT CHANGE = 
     
    10045    
    10146   <grid_definition>     
    102      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    103      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    104      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    105      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    106      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    107      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    108      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    109      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
     47     <grid id="grid_T_2D" > 
     48       <domain id="grid_T" /> 
     49     </grid> 
     50     <grid id="grid_T_3D" > 
     51       <domain id="grid_T" /> 
     52       <axis id="deptht" /> 
     53     </grid> 
     54     <grid id="grid_U_2D" > 
     55       <domain id="grid_U" /> 
     56     </grid> 
     57     <grid id="grid_U_3D" > 
     58       <domain id="grid_U" /> 
     59       <axis id="depthu" /> 
     60     </grid> 
     61     <grid id="grid_V_2D" > 
     62       <domain id="grid_V" /> 
     63     </grid> 
     64     <grid id="grid_V_3D" > 
     65       <domain id="grid_V" /> 
     66       <axis id="depthv" /> 
     67     </grid> 
     68     <grid id="grid_W_2D" > 
     69       <domain id="grid_W" /> 
     70     </grid> 
     71     <grid id="grid_W_3D" > 
     72       <domain id="grid_W" /> 
     73       <axis id="depthw" /> 
     74     </grid> 
     75     <grid id="scalarpoint" /> 
     76 
    11077    </grid_definition>  
    11178 
     
    12087        We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    12188--> 
    122      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    123      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    124      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    125      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    126      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     89     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     90     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     91     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    12792     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    12893    
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_XIOS/cpp_GYRE_XIOS.fcm

    r4373 r6204  
    1  bld::tool::fppkeys key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput key_mpp_mpi 
     1 bld::tool::fppkeys key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput key_mpp_mpi key_xios2 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/1_namelist_cfg

    r5499 r6204  
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    77   cn_exp      = "Agulhas" !  experience name  
    8    nn_itend    =     480   !  last  time step 
     8   nn_itend    =   10950   !  last  time step 
    99   nn_stock    =   10950   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    1010   nn_write    =   10950   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r5407 r6204  
    153153  </context> 
    154154   
     155 <context id="1_nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
     156     
     157    <!-- $id$ --> 
     158     
     159    <!--  
     160============================================================================================================ 
     161=                                  definition of all existing variables                                    = 
     162=                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
     163============================================================================================================ 
     164    --> 
     165    <field_definition src="./field_def.xml"/> 
     166    <!--  
     167============================================================================================================ 
     168=                                           output files definition                                        = 
     169=                                            Define your own files                                         = 
     170=                                         put the variables you want...                                    = 
     171============================================================================================================ 
     172    --> 
     173     
     174    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
     175     
     176      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     177      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
     178      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
     179      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
     180      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
     181      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
     182      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
     183      <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
     184 
     185      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
     186  
     187   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
     188     <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
     189     <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
     190     <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
     191     <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
     192     <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
     193     <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
     194     <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
     195     <field field_ref="mldkz5"       /> 
     196     <field field_ref="mldr10_1"     /> 
     197     <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
     198     <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
     199     <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
     200     <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo"  /> 
     201     <field field_ref="taum"         name="taum" /> 
     202     <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
     203          <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
     204   </file> 
     205 
     206   <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
     207     <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     208     <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
     209     <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
     210          <!-- variables available with MLE 
     211          <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
     212     --> 
     213   </file> 
     214    
     215   <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
     216     <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
     217     <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
     218     <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
     219          <!-- variables available with MLE 
     220          <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
     221     --> 
     222   </file> 
     223    
     224   <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
     225     <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
     226     <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
     227   </file> 
     228<!-- 
     229   <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
     230     <field field_ref="ice_pres"                     /> 
     231     <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
     232     <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
     233     <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
     234     <field field_ref="ist_ipa"      /> 
     235     <field field_ref="uice_ipa"     /> 
     236     <field field_ref="vice_ipa"     /> 
     237     <field field_ref="utau_ice"     /> 
     238     <field field_ref="vtau_ice"     /> 
     239     <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
     240     <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
     241     <field field_ref="snowpre"      /> 
     242   </file> 
     243 
     244   <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
     245     <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
     246     <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
     247     <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
     248     <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
     249     <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
     250     <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
     251   </file> 
     252   --> 
     253      </file_group> 
     254 
     255 
     256      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
     257 
     258 
     259      <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
     260      <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
     261      <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
     262      <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
     263 
     264      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
     265      <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
     266      <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
     267      <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
     268 
     269   </file_definition> 
     270     
     271    <!--  
     272============================================================================================================ 
     273= grid definition = = DO NOT CHANGE = 
     274============================================================================================================ 
     275    --> 
     276     
     277   <axis_definition>   
     278      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     279      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
     280      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
     281      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
     282      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     283      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
     284   </axis_definition>  
     285     
     286   <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
     287    
     288   <grid_definition>     
     289     <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
     290     <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
     291     <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
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     293     <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
     294     <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
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     297    </grid_definition>    
     298  </context> 
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    156300  <context id="xios"> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.