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2016-01-04T14:47:06+01:00 (5 years ago)
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cetlod
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back the nemo_v3_6_STABLE_XIOS2 branch into 3_6_STABLE, including bugfixes, XIOS2 and new AGRIF

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branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC
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  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zbio.F90

    r5215 r6204  
    599599 
    600600   !!====================================================================== 
    601 END MODULE  p2zbio 
     601END MODULE p2zbio 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zsms.F90

    r5215 r6204  
    8484 
    8585   !!====================================================================== 
    86 END MODULE  p2zsms 
     86END MODULE p2zsms 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zbio.F90

    r5385 r6204  
    109109 
    110110   !!====================================================================== 
    111 END MODULE  p4zbio 
    112  
     111END MODULE p4zbio 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zche.F90

    r5215 r6204  
    396396 
    397397   !!====================================================================== 
    398 END MODULE  p4zche 
     398END MODULE p4zche 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zflx.F90

    r5385 r6204  
    400400 
    401401   !!====================================================================== 
    402 END MODULE  p4zflx 
     402END MODULE p4zflx 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zint.F90

    r5385 r6204  
    8181 
    8282   !!====================================================================== 
    83 END MODULE  p4zint 
     83END MODULE p4zint 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlim.F90

    r5385 r6204  
    265265 
    266266   !!====================================================================== 
    267 END MODULE  p4zlim 
     267END MODULE p4zlim 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zlys.F90

    r5385 r6204  
    152152         IF( iom_use( "DCAL"   ) ) CALL iom_put( "DCAL"  , zcaldiss(:,:,:) * 1.e+3 * rfact2r   * tmask(:,:,:) ) 
    153153      ELSE 
    154          trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = -1. * LOG10( hi(:,:,:) ) * tmask(:,:,:) 
    155          trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 1) = zco3(:,:,:)              * tmask(:,:,:) 
    156          trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 2) = aksp(:,:,:) / calcon     * tmask(:,:,:) 
     154         IF( ln_diatrc ) THEN 
     155            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = -1. * LOG10( hi(:,:,:) ) * tmask(:,:,:) 
     156            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 1) = zco3(:,:,:)              * tmask(:,:,:) 
     157            trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 2) = aksp(:,:,:) / calcon     * tmask(:,:,:) 
     158         ENDIF 
    157159      ENDIF 
    158160      ! 
     
    223225#endif  
    224226   !!====================================================================== 
    225 END MODULE  p4zlys 
     227END MODULE p4zlys 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmeso.F90

    r5385 r6204  
    340340 
    341341   !!====================================================================== 
    342 END MODULE  p4zmeso 
     342END MODULE p4zmeso 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmicro.F90

    r5385 r6204  
    273273 
    274274   !!====================================================================== 
    275 END MODULE  p4zmicro 
     275END MODULE p4zmicro 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmort.F90

    r5385 r6204  
    277277 
    278278   !!====================================================================== 
    279 END MODULE  p4zmort 
     279END MODULE p4zmort 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zopt.F90

    r5385 r6204  
    439439 
    440440   !!====================================================================== 
    441 END MODULE  p4zopt 
     441END MODULE p4zopt 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zprod.F90

    r5385 r6204  
    629629 
    630630   !!====================================================================== 
    631 END MODULE  p4zprod 
     631END MODULE p4zprod 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsbc.F90

    r5507 r6204  
    519519 
    520520   !!====================================================================== 
    521 END MODULE  p4zsbc 
     521END MODULE p4zsbc 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r5385 r6204  
    436436 
    437437   !!====================================================================== 
    438 END MODULE  p4zsed 
     438END MODULE p4zsed 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsink.F90

    r5385 r6204  
    913913 
    914914   !!====================================================================== 
    915 END MODULE  p4zsink 
     915END MODULE p4zsink 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/TRP/trcnxt.F90

    r5385 r6204  
    102102      ENDIF 
    103103 
     104#if defined key_agrif 
     105      CALL Agrif_trc                   ! AGRIF zoom boundaries 
     106#endif 
    104107      ! Update after tracer on domain lateral boundaries 
    105108      DO jn = 1, jptra 
     
    110113#if defined key_bdy 
    111114!!      CALL bdy_trc( kt )               ! BDY open boundaries 
    112 #endif 
    113 #if defined key_agrif 
    114       CALL Agrif_trc                   ! AGRIF zoom boundaries 
    115115#endif 
    116116 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcnam.F90

    r5411 r6204  
    397397   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    398398   !!====================================================================== 
    399 END MODULE  trcnam 
     399END MODULE trcnam 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcsms.F90

    r3680 r6204  
    7575 
    7676   !!====================================================================== 
    77 END MODULE  trcsms 
     77END MODULE trcsms 
  • branches/2015/nemo_v3_6_STABLE/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcstp.F90

    r5407 r6204  
    3232   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), SAVE, ALLOCATABLE ::   qsr_arr ! save qsr during TOP time-step 
    3333   REAL(wp) :: rdt_sampl 
    34    INTEGER  :: nb_rec_per_days 
     34   INTEGER  :: nb_rec_per_day 
    3535   INTEGER  :: isecfst, iseclast 
    3636   LOGICAL  :: llnew 
     
    123123      !!               of diurnal cycle 
    124124      !! 
    125       !! ** Method  : store in TOP the qsr every hour ( or every time-step the latter  
     125      !! ** Method  : store in TOP the qsr every hour ( or every time-step if the latter  
    126126      !!              is greater than 1 hour ) and then, compute the  mean with  
    127127      !!              a moving average over 24 hours.  
     
    134134         IF( ln_cpl )  THEN   
    135135            rdt_sampl = 86400. / ncpl_qsr_freq 
    136             nb_rec_per_days = ncpl_qsr_freq 
     136            nb_rec_per_day = ncpl_qsr_freq 
    137137         ELSE   
    138138            rdt_sampl = MAX( 3600., rdt * nn_dttrc ) 
    139             nb_rec_per_days = INT( 86400 / rdt_sampl ) 
     139            nb_rec_per_day = INT( 86400 / rdt_sampl ) 
    140140         ENDIF 
    141141         ! 
    142142         IF( lwp ) THEN 
    143143            WRITE(numout,*)  
    144             WRITE(numout,*) ' Sampling frequency dt = ', rdt_sampl, 's','   Number of sampling per day  nrec = ', nb_rec_per_days 
     144            WRITE(numout,*) ' Sampling frequency dt = ', rdt_sampl, 's','   Number of sampling per day  nrec = ', nb_rec_per_day 
    145145            WRITE(numout,*)  
    146146         ENDIF 
    147147         ! 
    148          ALLOCATE( qsr_arr(jpi,jpj,nb_rec_per_days ) ) 
    149          DO jn = 1, nb_rec_per_days 
    150             qsr_arr(:,:,jn) = qsr(:,:) 
     148         !                                            !* Restart: read in restart file 
     149         IF( ln_rsttr .AND. iom_varid( numrtr, 'qsr_mean', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN  
     150            IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_qsr_mean:   qsr_mean read in the restart file' 
     151            CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'qsr_mean', qsr_mean )   !  A mean of qsr 
     152         ELSE                                         !* no restart: set from nit000 values 
     153            IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_qsr_mean:   qsr_mean set to nit000 values' 
     154            qsr_mean(:,:) = qsr(:,:) 
     155         ENDIF 
     156         ! 
     157         ALLOCATE( qsr_arr(jpi,jpj,nb_rec_per_day ) ) 
     158         DO jn = 1, nb_rec_per_day 
     159             qsr_arr(:,:,jn) = qsr_mean(:,:) 
    151160         ENDDO 
    152          qsr_mean(:,:) = qsr(:,:) 
    153161         ! 
    154162         isecfst  = nsec_year + nsec1jan000   !   number of seconds between Jan. 1st 00h of nit000 year and the middle of time step 
     
    163171             &                      ' time = ', (iseclast+rdt*nn_dttrc/2.)/3600.,'hours ' 
    164172          isecfst = iseclast 
    165           DO jn = 1, nb_rec_per_days - 1 
     173          DO jn = 1, nb_rec_per_day - 1 
    166174             qsr_arr(:,:,jn) = qsr_arr(:,:,jn+1) 
    167175          ENDDO 
    168           qsr_arr (:,:,nb_rec_per_days) = qsr(:,:) 
    169           qsr_mean(:,:                ) = SUM( qsr_arr(:,:,:), 3 ) / nb_rec_per_days 
    170       ENDIF 
    171       ! 
     176          qsr_arr (:,:,nb_rec_per_day) = qsr(:,:) 
     177          qsr_mean(:,:                ) = SUM( qsr_arr(:,:,:), 3 ) / nb_rec_per_day 
     178      ENDIF 
     179      ! 
     180      IF( lrst_trc ) THEN    !* Write the mean of qsr in restart file  
     181         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     182         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'trc_mean_qsr : write qsr_mean in restart file  kt =', kt 
     183         IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~' 
     184         CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'qsr_mean', qsr_mean(:,:) ) 
     185      ENDIF 
     186     ! 
    172187   END SUBROUTINE trc_mean_qsr 
    173188 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.