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2016-10-05T16:26:13+02:00 (5 years ago)
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nicolasmartin
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    r6289 r6997  
    44% (C) Xavier Perseguers 2002 - xavier.perseguers@epfl.ch 
    55 
    6 \documentclass[a4paper,11pt]{book} 
    7 %\documentclass[a4paper,11pt,makeidx]{book} <== may need this to generate index 
     6% ================================================================ 
     7% PREAMBLE 
     8% ================================================================ 
    89 
    9 %  makeindex NEMO_book     <== to regenerate the index 
    10 %  bibtex         NEMO_book   <== to generate  the bibliography 
     10\include{TexFiles/Preamble} 
    1111 
    1212% ================================================================ 
    13 % HEADERS DEFINITION 
     13% TOP MATTER 
    1414% ================================================================ 
    1515 
    16 \usepackage[french]{babel} 
    17 %\usepackage{color} 
    18 \usepackage{xcolor} 
    19 %\usepackage{graphics}           % allows insertion of pictures 
    20 \usepackage{graphicx}            % allows insertion of pictures 
    21 \usepackage[capbesideposition={top,center}]{floatrow} % allows captions 
    22 \floatsetup[table]{style=plaintop}                                   % beside pictures 
    23 \usepackage[margin=10pt,font={small},labelsep=colon,labelfont={bf}]{caption} % Gives small font for captions 
    24 \usepackage{enumitem}                          % allows non-bold description items 
    25 \usepackage{longtable}                         % allows multipage tables 
    26 %\usepackage{colortbl}                           % gives coloured panels behind table columns 
    27  
    28 %hyperref 
    29 \usepackage[               % 
    30   pdftitle={NEMO ocean engine},  % 
    31   pdfauthor={Gurvan Madec},      % pdfsubject={The preprint document class 
    32                                        % elsart},% pdfkeywords={diapycnal diffusion,numerical mixing,z-level models},% 
    33   pdfstartview=FitH,          % 
    34   bookmarks=true,          % 
    35   bookmarksopen=true,         % 
    36   breaklinks=true,            % 
    37   colorlinks=true,            % 
    38   linkcolor=blue,anchorcolor=blue,  % 
    39   citecolor=blue,filecolor=blue,    % 
    40  menucolor=blue,                    % 
    41   urlcolor=blue]{hyperref} 
    42 %  usage of exteranl hyperlink :  \href{mailto:my_address@wikibooks.org}{my\_address@wikibooks.org} 
    43 %                                                 \url{http://www.wikibooks.org} 
    44 %                                     or         \href{http://www.wikibooks.org}{wikibooks home} 
    45  
    46  
    47  
    48 %%%% page styles etc................ 
    49 \usepackage{fancyhdr} 
    50 \pagestyle{fancy} 
    51 % with this we ensure that the chapter and section 
    52 % headings are in lowercase. 
    53 \renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{#1}{}} 
    54 \renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{\thesection.\ #1}} 
    55 \fancyhf{}             % delete current setting for header and footer 
    56 \fancyhead[LE,RO]{\bfseries\thepage} 
    57 \fancyhead[LO]{\bfseries\hspace{-0em}\rightmark} 
    58 \fancyhead[RE]{\bfseries\leftmark} 
    59 \renewcommand{\headrulewidth}{0.5pt} 
    60 \renewcommand{\footrulewidth}{0pt} 
    61 \addtolength{\headheight}{2.6pt}   % make space for the rule 
    62 %\addtolength{\headheight}{1.6pt}   % make space for the rule 
    63 \fancypagestyle{plain}{ 
    64   \fancyhead{}         % get rid of headers on plain pages 
    65   \renewcommand{\headrulewidth}{0pt}  % and the line 
    66 } 
    67  
    68  
    69 %%%%  Section number in Margin....... 
    70 % typeset the number of each section in the left margin, with the start of each instance of 
    71 % sectional heading text aligned with the left hand edge of  the body text. 
    72 \makeatletter 
    73 \def\@seccntformat#1{\protect\makebox[0pt][r]{\csname the#1\endcsname\quad}} 
    74 \makeatother 
    75  
    76 % Leave blank pages completely empty, w/o header 
    77 \makeatletter 
    78 \def\cleardoublepage{\clearpage\if@twoside \ifodd\c@page\else 
    79   \hbox{} 
    80   \vspace*{\fill} 
    81   \vspace{\fill} 
    82   \thispagestyle{empty} 
    83   \newpage 
    84   \if@twocolumn\hbox{}\newpage\fi\fi\fi} 
    85 \makeatother 
    86  
    87 %%%% define the chapter  style ................ 
    88 \usepackage{minitoc}          %In French : \usepackage[french]{minitoc} 
    89 %\usepackage{mtcoff}          % invalidate the use of minitocs 
    90 \usepackage{fancybox} 
    91  
    92 \makeatletter 
    93 \def\LigneVerticale{\vrule height 5cm depth 2cm\hspace{0.1cm}\relax} 
    94 \def\LignesVerticales{% 
    95   \let\LV\LigneVerticale\LV\LV\LV\LV\LV\LV\LV\LV\LV\LV} 
    96 \def\GrosCarreAvecUnChiffre#1{% 
    97   \rlap{\vrule height 0.8cm width 1cm depth 0.2cm}% 
    98  \rlap{\hbox to 1cm{\hss\mbox{\color{white} #1}\hss}}% 
    99   \vrule height 0pt width 1cm depth 0pt} 
    100 \def\GrosCarreAvecTroisChiffre#1{% 
    101   \rlap{\vrule height 0.8cm width 1.6cm depth 0.2cm}% 
    102  \rlap{\hbox to 1.5cm{\hss\mbox{\color{white} #1}\hss}}% 
    103   \vrule height 0pt width 1cm depth 0pt} 
    104  
    105 \def\@makechapterhead#1{\hbox{% 
    106    \huge 
    107     \LignesVerticales 
    108     \hspace{-0.5cm}% 
    109     \GrosCarreAvecUnChiffre{\thechapter} 
    110     \hspace{0.2cm}\hbox{#1}% 
    111 %    \GrosCarreAvecTroisChiffre{\thechapter} 
    112 %    \hspace{1cm}\hbox{#1}% 
    113 %}\par\vskip 2cm} 
    114 }\par\vskip 1cm} 
    115 \def\@makeschapterhead#1{\hbox{% 
    116    \huge 
    117     \LignesVerticales 
    118     %\hspace{0.5cm}% 
    119     \hbox{#1}% 
    120 }\par\vskip 2cm} 
    121 \makeatother 
    122  
    123 %\def\thechapter{\Roman{chapter}}      % chapter number to be Roman 
    124  
    125  
    126 %%%%           Mathematics............... 
    127 %\documentclass{amsart} 
    128 \usepackage{xspace}                              % helpd ensure correct spacing after macros 
    129 \usepackage{latexsym} 
    130 \usepackage{amssymb} 
    131 \usepackage{amsmath} 
    132 \allowdisplaybreaks[1]           % allow page breaks in the middle of equations 
    133 \usepackage{./TexFiles/math_abbrev}    % use maths shortcuts 
    134  
    135 \DeclareMathAlphabet{\mathpzc}{OT1}{pzc}{m}{it} 
    136  
    137 \usepackage{times}                % use times font for text 
    138 %\usepackage{mathtime}                          % font for illustrator to work (belleek fonts ) 
    139 %\usepackage[latin1]{inputenc}                % allows some unicode removed (agn) 
    140  
    141  
    142 %%% essai commande 
    143 \newcommand{\nl} [1] {\texttt{\small {\textcolor{blue}{#1}} } } 
    144 \newcommand{\nlv} [1] {\texttt{\footnotesize#1}\xspace} 
    145 \newcommand{\smnlv} [1] {\texttt{\scriptsize#1}\xspace} 
    146  
    147 %%%% namelist & code display................................ 
    148 \usepackage{alltt}      %%  alltt for namelist 
    149 \usepackage{verbatim}   %%  alltt for namelist 
    150 % namelists 
    151 \newcommand{\namdisplay} [1] { 
    152 \begin{alltt} 
    153 {\tiny \verbatiminput{./TexFiles/Namelist/#1}} 
    154 \end{alltt} 
    155   \vspace{-10pt} 
    156 } 
    157 % namelist_tools 
    158 \newcommand{\namtools} [1] { 
    159 \begin{alltt} 
    160 {\tiny \verbatiminput{./TexFiles/Namelist_tools/#1}} 
    161 \end{alltt} 
    162   \vspace{-10pt} 
    163 } 
    164 % code display 
    165 %\newcommand{\codedisplay} [1] { \begin{alltt} {\tiny  {\begin{verbatim} {#1}} \end{verbatim} }  \end{alltt}   } 
    166  
    167  
    168  
    169 %%%% commands for working with text................................ 
    170 % command to "comment out" portions of text ({} argument) or not ({#1} argument) 
    171 \newcommand{\amtcomment}[1]{}    % command to "commented out" portions of text or not (#1 in argument) 
    172 \newcommand{\sgacomment}[1]{}    % command to "commented out" portions of 
    173 \newcommand{\gmcomment}[1]{}     % command to "commented out" portions of 
    174 %                                               % text that span line breaks 
    175 %Red (NR) or Yellow(WARN) 
    176 %\newcommand{\NR} {\colorbox{red}{#1}} 
    177 %\newcommand{\WARN} {{ \colorbox{yellow}{#1}} } 
    178  
    179  
    180  
    181 %%% index commands...................... 
    182 \usepackage{makeidx} 
    183 %\usepackage{showidx}            % show the index entry 
    184  
    185 \newcommand{\mdl} [1] {\textit{#1.F90}\index{Modules!#1}}         %module (mdl) 
    186 \newcommand{\rou} [1] {\textit{#1}\index{Routines!#1}}            %module (routine) 
    187 \newcommand{\hf} [1] {\textit{#1.h90}\index{h90 file!#1}}            %module (h90 files) 
    188 \newcommand{\ngn} [1] {\textit{#1}\index{Namelist Group Name!#1}}    %namelist name (nampar) 
    189 \newcommand{\np} [1] {\textit{#1}\index{Namelist variables!#1}}             %namelist variable 
    190 \newcommand{\jp} [1] {\textit{#1}\index{Model parameters!#1}}        %model parameter (jp) 
    191 \newcommand{\pp} [1] {\textit{#1}\index{Model parameters!#1}}        %namelist parameter (pp) 
    192 \newcommand{\ifile} [1] {\textit{#1.nc}\index{Input NetCDF files!#1.nc}}   %input NetCDF files (.nc) 
    193 \newcommand{\key} [1] {\textbf{key\_#1}\index{CPP keys!key\_#1}}  %key_cpp (key) 
    194 \newcommand{\NEMO} {\textit{NEMO}\xspace}                %NEMO (nemo) 
    195  
    196 %%%%   Bibliography   ............. 
    197 \usepackage[nottoc, notlof, notlot]{tocbibind} 
    198 \usepackage[square, comma]{natbib} 
    199 \bibpunct{[}{]}{,}{a}{}{;}                           %suppress "," after "et al." 
    200 \providecommand{\bibfont}{\small} 
    201  
     16\include{TexFiles/Top_Matter} 
    20217 
    20318% ================================================================ 
    204 % FRONT PAGE 
    205 % ================================================================ 
    206  
    207 %\usepackage{pstricks} 
    208 \title{ 
    209 %\psset{unit=1.1in,linewidth=4pt}   %parameters of the units for pstricks 
    210 % \rput(0,2){ \includegraphics[width=1.1\textwidth]{./TexFiles/Figures/logo_ALL.pdf}             } \\ 
    211 % \vspace{0.1cm} 
    212 \vspace{-6.0cm} 
    213 \includegraphics[width=1.1\textwidth]{./TexFiles/Figures/logo_ALL.pdf}\\ 
    214 \vspace{5.1cm} 
    215 \includegraphics[width=0.9\textwidth]{./TexFiles/Figures/NEMO_logo_Black.pdf} \\ 
    216 \vspace{1.4cm} 
    217 \rule{345pt}{1.5pt} \\ 
    218 \vspace{0.45cm} 
    219 {\Huge NEMO ocean engine} 
    220 \rule{345pt}{1.5pt} \\ 
    221  } 
    222 %{ -- Draft --}   } 
    223 %\date{\today} 
    224 \date{ 
    225 January 2016  \\ 
    226 {\small  -- draft of version 4.0 --} \\ 
    227 ~  \\ 
    228 \textit{\small Note du P\^ole de mod\'{e}lisation de l'Institut Pierre-Simon Laplace No 27 }\\ 
    229 \vspace{0.45cm} 
    230 { ISSN No 1288-1619.} 
    231 } 
    232  
    233  
    234 \author{ 
    235 \Large Gurvan Madec, and the NEMO team  \\ 
    236  \texttt{\small gurvan.madec@locean-ipsl.umpc.fr} \\ 
    237  \texttt{\small nemo\_st@locean-ipsl.umpc.fr} \\ 
    238 %{\small Laboratoire d'Oc\'{e}anographie  et du Climat: Exp\'{e}rimentation et Approches Num\'{e}riques } 
    239 } 
    240  
    241 \dominitoc 
    242 \makeindex        %type this first :     makeindex -s NEMO.ist NEMO_book.idx 
    243  
    244 % ================================================================ 
    245 %      Include ONLY order 
    246 % ================================================================ 
    247  
    248 %\includeonly{./TexFiles/Chapters/Chap_MISC} 
    249 %\includeonly{./TexFiles/Chapters/Chap_ZDF} 
    250 %\includeonly{./TexFiles/Chapters/Chap_STP,./TexFiles/Chapters/Chap_SBC,./TexFiles/Chapters/Chap_TRA} 
    251 %\includeonly{./TexFiles/Chapters/Chap_LBC,./TexFiles/Chapters/Chap_MISC} 
    252 %\includeonly{./TexFiles/Chapters/Chap_Model_Basics} 
    253 %\includeonly{./TexFiles/Chapters/Annex_A,./TexFiles/Chapters/Annex_B,./TexFiles/Chapters/Annex_C,./TexFiles/Chapters/Annex_D} 
    254  
    255 % ================================================================ 
     19% DOCUMENT 
    25620% ================================================================ 
    25721 
     
    27236% ================================================================ 
    27337 
    274 \include{./TexFiles/Chapters/Abstracts_Foreword} 
     38\subfile{TexFiles/Chapters/Abstracts_Foreword} 
    27539 
    27640% ================================================================ 
     
    27842% ================================================================ 
    27943 
    280 \include{./TexFiles/Chapters/Introduction} 
     44\subfile{TexFiles/Chapters/Introduction} 
    28145 
    28246% ================================================================ 
     
    28448% ================================================================ 
    28549 
    286 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_Model_Basics} 
     50\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_Model_Basics} 
    28751 
    288 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_STP}       % Time discretisation (time stepping strategy) 
     52\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_STP}         % Time discretisation (time stepping strategy) 
    28953 
    290 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_DOM}       % Space discretisation 
     54\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_DOM}         % Space discretisation 
    29155 
    292 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_TRA}       % Tracer advection/diffusion equation 
     56\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_TRA}         % Tracer advection/diffusion equation 
    29357 
    294 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_DYN}       % Dynamics : momentum equation 
     58\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_DYN}         % Dynamics : momentum equation 
    29559 
    296 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_SBC}       % Surface Boundary Conditions 
     60\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_SBC}         % Surface Boundary Conditions 
    29761 
    298 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_LBC}       % Lateral Boundary Conditions 
     62\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_LBC}         % Lateral Boundary Conditions 
    29963 
    300 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_LDF}       % Lateral diffusion 
     64\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_LDF}         % Lateral diffusion 
    30165 
    302 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_ZDF}       % Vertical diffusion 
     66\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_ZDF}         % Vertical diffusion 
    30367 
    304 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_DIA}       % Outputs and Diagnostics 
     68\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_DIA}         % Outputs and Diagnostics 
    30569 
    306 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_OBS}          % Observation operator 
     70\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_OBS}                    % Observation operator 
    30771 
    308 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_ASM}          % Assimilation increments 
     72\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_ASM}                    % Assimilation increments 
    30973 
    310 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_STO}          % Stochastic param. 
     74\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_STO}                    % Stochastic param. 
    31175 
    312 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_DIU}          % Diurnal SST models. 
     76\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_MISC}        % Miscellaneous topics 
    31377 
    314 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_MISC}         % Miscellaneous topics 
    315  
    316 \include{./TexFiles/Chapters/Chap_CFG}       % Predefined configurations 
     78\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_CFG}         % Predefined configurations 
    31779 
    31880% ================================================================ 
     
    32284\appendix 
    32385 
    324 %\include{./TexFiles/Chapters/Chap_Conservation} 
    325 \include{./TexFiles/Chapters/Annex_A}        % generalised vertical coordinate 
    326 \include{./TexFiles/Chapters/Annex_B}        % diffusive operator 
    327 \include{./TexFiles/Chapters/Annex_C}        % Discrete invariants of the eqs. 
    328 \include{./TexFiles/Chapters/Annex_ISO}                     % Isoneutral diffusion using triads 
    329 \include{./TexFiles/Chapters/Annex_D}        % Coding rules 
    330 %\include{./TexFiles/Chapters/Annex_E}                   % Notes on some on going staff (no included in the DOC) 
    331 %\include{./TexFiles/Chapters/Annex_Fox-Kemper}   % Notes on Fox-Kemper (no included in the DOC) 
    332 %\include{./TexFiles/Chapters/Annex_EVP}           % Notes on EVP (no included in the DOC) 
     86%\subfile{TexFiles/Chapters/Chap_Conservation} 
     87\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_A}       % generalised vertical coordinate 
     88\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_B}       % diffusive operator 
     89\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_C}       % Discrete invariants of the eqs. 
     90\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_ISO}                    % Isoneutral diffusion using triads 
     91\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_D}       % Coding rules 
     92%\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_E}                     % Notes on some on going staff (no included in the DOC) 
     93%\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_Fox-Kemper}   % Notes on Fox-Kemper (no included in the DOC) 
     94%\subfile{TexFiles/Chapters/Annex_EVP}          % Notes on EVP (no included in the DOC) 
    33395 
    33496% ================================================================ 
     
    344106 
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