New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7391 – NEMO

Changeset 7391


Ignore:
Timestamp:
2016-11-30T14:25:17+01:00 (8 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merged in dev_r7012_ROBUST5_CNRS

Location:
branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM
Files:
7 deleted
85 edited
12 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r4147 r7391  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! GYRE_PISCES: Configuration namelist used to overwrite SHARED/namelist_pisces_ref 
     2!! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
     4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)     
     6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort) 
     7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo) 
     8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem) 
     9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
     10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
     11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
     12!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     13!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     14&nampismod     !  Model used  
     15!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     16    ln_p4z = .false. 
     17    ln_p2z = .true. 
     18/ 
     19!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     20&nampisext     !   air-sea exchange 
     21!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22/ 
     23!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     24&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     25!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     26/ 
     27!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     28&nampisbio     !   biological parameters 
     29!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     30/ 
     31!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     32&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
     33!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     34/ 
     35!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     36&nampisopt     !   parameters for optics 
     37!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     38/  
     39!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     40&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
     41!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     42/ 
     43!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     44&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
     45!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     46/ 
     47!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     48&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
     49!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     50/ 
     51!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     52&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
     53!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     54/ 
     55!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     56&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     57!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     58 
     59!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     60&nampisrem     !   parameters for remineralization 
     61!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     62/ 
     63!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     64&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
     65!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     66/ 
     67!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     68&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
     69!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     70/ 
     71!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     72&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
     73!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     74/ 
     75!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     76&nampisdmp     !  Damping  
     77!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     78/ 
     79!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     80&nampismass     !  Mass conservation 
     81!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     82/ 
     83!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     84!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists 
     85!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     86!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     87!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     88!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     89!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     90!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     91!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     92!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     93!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    394!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    495&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
     
    15106!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    16107&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    17 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,        
     108!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    18109/ 
    19110!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r5836 r7391  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO-TOP Configuration namelist for GYRE_PISCES configuration used to overwrite SHARED/namelist_top_ref 
     2!! NEMO/TOP1 :  Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_top_ref 
     3!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    34!----------------------------------------------------------------------- 
    45&namtrc_run     !   run information 
    56!----------------------------------------------------------------------- 
    6    nn_writetrc   =  60     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    77/ 
    88!----------------------------------------------------------------------- 
    99&namtrc     !   tracers definition 
    1010!----------------------------------------------------------------------- 
    11    ln_trcdta     =   .false.    !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     11   jp_bgc        =  6 
    1212! 
    13 !                ! name  !     title of the field          !   units       ! initial data ! save   ! 
    14 !                !       !                                 !               ! from file    ! or not ! 
    15 !                !       !                                 !               ! or not       !        ! 
    16    sn_tracer(1)   = 'DET'   , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    17    sn_tracer(2)   = 'ZOO'   , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    18    sn_tracer(3)   = 'PHY'   , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    19    sn_tracer(4)   = 'NO3'   , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    20    sn_tracer(5)   = 'NH4'   , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    21    sn_tracer(6)   = 'DOM'   , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
     13   ln_pisces     =  .true. 
     14   ln_age        =  .false. 
     15   ln_cfc11      =  .false. 
     16   ln_cfc12      =  .false. 
     17   ln_c14        =  .false. 
     18   ln_my_trc     =  .false. 
     19! 
     20!                 !           !                             !               ! 
     21!                 !    name   !   title of the field        !   units       ! initial data from file or not ! 
     22!                 !           !                                             !                               ! 
     23   sn_tracer(1)   = 'DET'     , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     
     24   sn_tracer(2)   = 'ZOO'     , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.    
     25   sn_tracer(3)   = 'PHY'     , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.   
     26   sn_tracer(4)   = 'NO3'     , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.  
     27   sn_tracer(5)   = 'NH4'     , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.    
     28   sn_tracer(6)   = 'DOM'     , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.   
    2229/ 
    2330!----------------------------------------------------------------------- 
    24 &namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    25 !-----------------------------------------------------------------------    
     31&namtrc_dta      !    Initialisation from data input file 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
     33/ 
    2634   ln_trcadv_fct =  .true.   !  FCT scheme 
    27       nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order  
    28       nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order  
     35      nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order 
     36      nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order 
    2937      nn_fct_zts =  0               !  >=1,  2nd order FCT scheme with vertical sub-timestepping 
    3038      !                             !        (number of sub-timestep = nn_fct_zts) 
    3139/ 
    3240!----------------------------------------------------------------------- 
    33 &namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
     41&namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer 
    3442!----------------------------------------------------------------------- 
    3543   rn_ahtrc_0       =  1000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
     
    4048/ 
    4149!----------------------------------------------------------------------- 
    42 &namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations  
     50&namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations 
    4351!----------------------------------------------------------------------- 
    4452   ln_trcrad   =  .false.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
    4553/ 
    4654!----------------------------------------------------------------------- 
    47 &namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
     55&namtrc_dmp      !   passive tracer newtonian damping 
     56!----------------------------------------------------------------------- 
     57/ 
     58!----------------------------------------------------------------------- 
     59&namtrc_ice      !    Representation of sea ice growth & melt effects 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61/ 
     62!----------------------------------------------------------------------- 
     63&namtrc_trd      !   diagnostics on tracer trends                       ('key_trdtrc') 
     64!                          or mixed-layer trends                        ('key_trdmld_trc') 
    4865!---------------------------------------------------------------------- 
    49    nn_writedia   =  60     !  time step frequency for diagnostics 
    5066/ 
    5167!---------------------------------------------------------------------- 
    52 &namtrc_bc        !   data for boundary conditions 
     68&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    5369!----------------------------------------------------------------------- 
    5470/ 
     71!---------------------------------------------------------------------- 
     72&namtrc_bdy      !   Setup of tracer boundary conditions 
     73!----------------------------------------------------------------------- 
     74/ 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/cpp_GYRE_PISCES.fcm

    r5930 r7391  
    1 bld::tool::fppkeys key_zdftke key_top key_pisces_reduced key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_zdftke key_top key_mpp_mpi 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5385 r7391  
    176176          <field field_ref="CO3sat"   /> 
    177177          <field field_ref="PAR"      /> 
    178           <field field_ref="PPPHY"    /> 
    179           <field field_ref="PPPHY2"   /> 
     178          <field field_ref="PPPHYN"    /> 
     179          <field field_ref="PPPHYD"   /> 
    180180          <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    181181          <field field_ref="PPNEWD"   /> 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r4147 r7391  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  :   Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_pis_ref 
    3 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     2!! PISCES reference namelist  
     3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
     4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)     
     6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort) 
     7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo) 
     8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem) 
     9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
     10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
     11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15/ 
     16!----------------------------------------------------------------------- 
     17&nampisext     !   air-sea exchange 
     18!----------------------------------------------------------------------- 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
     21&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     22!----------------------------------------------------------------------- 
     23/ 
     24!----------------------------------------------------------------------- 
     25&nampisbio     !   biological parameters 
     26!----------------------------------------------------------------------- 
     27/ 
     28!----------------------------------------------------------------------- 
     29&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     30!----------------------------------------------------------------------- 
     31/ 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
     33&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     34!----------------------------------------------------------------------- 
     35/ 
     36!----------------------------------------------------------------------- 
     37&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     38!----------------------------------------------------------------------- 
     39/ 
     40!----------------------------------------------------------------------- 
     41&nampisopt     !   parameters for optics 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
     43/  
     44!----------------------------------------------------------------------- 
     45&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     46!----------------------------------------------------------------------- 
     47/ 
    448!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    5 &nampisext     !   air-sea exchange 
     49&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    650!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    751/ 
    8 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    9 &nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    10 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     52!----------------------------------------------------------------------- 
     53&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     54!----------------------------------------------------------------------- 
    1155/ 
    12 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    13 &nampisbio     !   biological parameters 
    14 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     56!----------------------------------------------------------------------- 
     57&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     58!----------------------------------------------------------------------- 
    1559/ 
    16 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    17 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    18 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     62!----------------------------------------------------------------------- 
    1963/ 
    20 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    21 &nampisopt     !   parameters for optics 
    22 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    23 /  
    24 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    25 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    26 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     64!----------------------------------------------------------------------- 
     65&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     66!----------------------------------------------------------------------- 
    2767/ 
    28 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    29 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    30 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     68!----------------------------------------------------------------------- 
     69&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     70!----------------------------------------------------------------------- 
    3171/ 
    32 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    33 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    34 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     72!----------------------------------------------------------------------- 
     73&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     74!----------------------------------------------------------------------- 
    3575/ 
    36 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    37 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    38 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     76!----------------------------------------------------------------------- 
     77&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     78!----------------------------------------------------------------------- 
    3979/ 
    40 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    41 &nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    42 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    43  
    44 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     80!-----------------------------------------------------------------------   
    4581&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    46 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     82!----------------------------------------------------------------------- 
    4783/ 
    48 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     84!----------------------------------------------------------------------- 
     85&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     86!----------------------------------------------------------------------- 
     87/ 
     88!----------------------------------------------------------------------- 
    4989&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    50 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     90!----------------------------------------------------------------------- 
    5191/ 
    52 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     92!----------------------------------------------------------------------- 
    5393&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    54 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     94!----------------------------------------------------------------------- 
    5595/ 
    56 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     96!----------------------------------------------------------------------- 
     97&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
     99/ 
     100!----------------------------------------------------------------------- 
     101&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
     102!----------------------------------------------------------------------- 
     103/ 
     104!----------------------------------------------------------------------- 
    57105&nampisdmp     !  Damping  
    58 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     106!----------------------------------------------------------------------- 
    59107/ 
    60 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     108!----------------------------------------------------------------------- 
    61109&nampismass     !  Mass conservation 
    62 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     110!----------------------------------------------------------------------- 
    63111/ 
     112!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     113!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists 
     114!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     115!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     116!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     117!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     118!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     119!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     120!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     121!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     122!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     123!----------------------------------------------------------------------- 
     124&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
     125!----------------------------------------------------------------------- 
     126/ 
     127!----------------------------------------------------------------------- 
     128&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
     129!----------------------------------------------------------------------- 
     130/ 
     131!----------------------------------------------------------------------- 
     132&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
     133!----------------------------------------------------------------------- 
     134/ 
     135!----------------------------------------------------------------------- 
     136&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
     137!----------------------------------------------------------------------- 
     138/ 
     139!----------------------------------------------------------------------- 
     140&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
     141!----------------------------------------------------------------------- 
     142/ 
     143!----------------------------------------------------------------------- 
     144&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
     145!----------------------------------------------------------------------- 
     146/ 
     147!----------------------------------------------------------------------- 
     148&namlobrat     !   general coefficients 
     149!----------------------------------------------------------------------- 
     150/ 
     151!----------------------------------------------------------------------- 
     152&namlobopt     !   optical parameters 
     153!----------------------------------------------------------------------- 
     154/ 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r6140 r7391  
    55&namtrc_run     !   run information 
    66!----------------------------------------------------------------------- 
     7   ln_top_euler  = .true. 
    78/ 
    89!----------------------------------------------------------------------- 
    910&namtrc     !   tracers definition 
    1011!----------------------------------------------------------------------- 
    11 !                !    name   !           title of the field              ! initial data ! initial data ! save   ! 
    12 !                !           !                                           !  units       ! from file    ! or not !  
    13 !                !           !                                           !              ! or not       !        ! 
    14    sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    15    sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
    16    sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    17    sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    18    sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    19    sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    20    sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    21    sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    22    sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    23    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    24    sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    25    sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    26    sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    27    sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    28    sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    29    sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    30    sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    31    sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    32    sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    33    sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    34    sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    35    sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    36    sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    37    sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     12   jp_bgc        =  24 
     13! 
     14   ln_pisces     =  .true. 
     15   ln_age        =  .false. 
     16   ln_cfc11      =  .false. 
     17   ln_cfc12      =  .false. 
     18   ln_c14        =  .false. 
     19   ln_my_trc     =  .false. 
     20! 
     21   ln_trcdta     =  .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22!                 !           !                                          !             ! 
     23!                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not ! 
     24!                 !           !                                          !             ! 
     25   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     26   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true. 
     27   sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     28   sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     29   sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     30   sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     31   sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     32   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     33   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     34   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     35   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     36   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     37   sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     38   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     39   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     40   sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     41   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     42   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     43   sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false. 
     44   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     45   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     46   sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     47   sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     48   sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false. 
    3849/ 
    3950!----------------------------------------------------------------------- 
     
    7889/ 
    7990!----------------------------------------------------------------------- 
    80 &namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
     91&namtrc_dmp      !   passive tracer newtonian damping 
     92!----------------------------------------------------------------------- 
     93/ 
     94!----------------------------------------------------------------------- 
     95&namtrc_ice      !    Representation of sea ice growth & melt effects 
     96!----------------------------------------------------------------------- 
     97/ 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
     99&namtrc_trd      !   diagnostics on tracer trends                       ('key_trdtrc') 
     100!                          or mixed-layer trends                        ('key_trdmld_trc') 
    81101!---------------------------------------------------------------------- 
    82102/ 
    83103!---------------------------------------------------------------------- 
    84 &namtrc_bc        !   data for boundary conditions 
     104&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    85105!----------------------------------------------------------------------- 
    86106/ 
     107!---------------------------------------------------------------------- 
     108&namtrc_bdy      !   Setup of tracer boundary conditions 
     109!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/cpp_ORCA2_LIM_PISCES.fcm

    r5930 r7391  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim2 key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_mpp_mpi key_iomput 
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim2 key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_mpp_mpi key_iomput 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5385 r7391  
    108108          <field field_ref="CO3sat"   /> 
    109109          <field field_ref="PAR"      /> 
    110           <field field_ref="PPPHY"    /> 
    111           <field field_ref="PPPHY2"   /> 
     110          <field field_ref="PPPHYN"    /> 
     111          <field field_ref="PPPHYD"   /> 
    112112          <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    113113          <field field_ref="PPNEWD"   /> 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r4147 r7391  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  :   ORCA2_OFF_PISCES configuration namelsit used to overwrite SHARED/namelist_pisces_ref 
    3 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     2!! PISCES reference namelist  
     3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
     4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)     
     6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort) 
     7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo) 
     8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem) 
     9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
     10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
     11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15/ 
     16!----------------------------------------------------------------------- 
     17&nampisext     !   air-sea exchange 
     18!----------------------------------------------------------------------- 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
     21&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     22!----------------------------------------------------------------------- 
     23/ 
     24!----------------------------------------------------------------------- 
     25&nampisbio     !   biological parameters 
     26!----------------------------------------------------------------------- 
     27   nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     28/ 
     29!----------------------------------------------------------------------- 
     30&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     31!----------------------------------------------------------------------- 
     32/ 
     33!----------------------------------------------------------------------- 
     34&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     35!----------------------------------------------------------------------- 
     36/ 
     37!----------------------------------------------------------------------- 
     38&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     39!----------------------------------------------------------------------- 
     40/ 
     41!----------------------------------------------------------------------- 
     42&nampisopt     !   parameters for optics 
     43!----------------------------------------------------------------------- 
     44/  
     45!----------------------------------------------------------------------- 
     46&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     47!----------------------------------------------------------------------- 
     48/ 
    449!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    5 &nampisext     !   air-sea exchange 
     50&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    651!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    752/ 
    8 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    9 &nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    10 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     53!----------------------------------------------------------------------- 
     54&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     55!----------------------------------------------------------------------- 
    1156/ 
    12 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    13 &nampisbio     !   biological parameters 
    14 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    15    nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     57!----------------------------------------------------------------------- 
     58&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     59!----------------------------------------------------------------------- 
    1660/ 
    17 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    18 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    19 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     61!----------------------------------------------------------------------- 
     62&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
    2064/ 
    21 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    22 &nampisopt     !   parameters for optics 
    23 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    24 /  
    25 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    26 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    27 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
     66&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     67!----------------------------------------------------------------------- 
    2868/ 
    29 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    30 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    31 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     69!----------------------------------------------------------------------- 
     70&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     71!----------------------------------------------------------------------- 
    3272/ 
    33 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    34 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    35 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     73!----------------------------------------------------------------------- 
     74&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     75!----------------------------------------------------------------------- 
    3676/ 
    37 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    38 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    39 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     77!----------------------------------------------------------------------- 
     78&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     79!----------------------------------------------------------------------- 
    4080/ 
    41 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    42 &nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    43 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    44  
    45 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     81!-----------------------------------------------------------------------   
    4682&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    47 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     83!----------------------------------------------------------------------- 
    4884/ 
    49 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     85!----------------------------------------------------------------------- 
     86&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88/ 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
    5090&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    51 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     91!----------------------------------------------------------------------- 
    5292/ 
    53 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     93!----------------------------------------------------------------------- 
    5494&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    55 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     95!----------------------------------------------------------------------- 
    5696/ 
    57 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     97!----------------------------------------------------------------------- 
     98&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     99!----------------------------------------------------------------------- 
     100/ 
     101!----------------------------------------------------------------------- 
     102&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
     103!----------------------------------------------------------------------- 
     104/ 
     105!----------------------------------------------------------------------- 
    58106&nampisdmp     !  Damping  
    59 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    60    nn_pisdmp    =  1460       !  Frequency of Relaxation  
     107!----------------------------------------------------------------------- 
     108   nn_pisdmp    =  1460       !  Frequency of Relaxation 
    61109/ 
    62 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     110!----------------------------------------------------------------------- 
    63111&nampismass     !  Mass conservation 
    64 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     112!----------------------------------------------------------------------- 
    65113/ 
     114!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     115!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists 
     116!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     117!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     118!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     119!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     120!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     121!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     122!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     123!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     124!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     125!----------------------------------------------------------------------- 
     126&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
     127!----------------------------------------------------------------------- 
     128/ 
     129!----------------------------------------------------------------------- 
     130&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
     131!----------------------------------------------------------------------- 
     132/ 
     133!----------------------------------------------------------------------- 
     134&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
     135!----------------------------------------------------------------------- 
     136/ 
     137!----------------------------------------------------------------------- 
     138&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
     139!----------------------------------------------------------------------- 
     140/ 
     141!----------------------------------------------------------------------- 
     142&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
     143!----------------------------------------------------------------------- 
     144/ 
     145!----------------------------------------------------------------------- 
     146&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
     147!----------------------------------------------------------------------- 
     148/ 
     149!----------------------------------------------------------------------- 
     150&namlobrat     !   general coefficients 
     151!----------------------------------------------------------------------- 
     152/ 
     153!----------------------------------------------------------------------- 
     154&namlobopt     !   optical parameters 
     155!----------------------------------------------------------------------- 
     156/ 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r6140 r7391  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO/TOP1 : ORCA2_OFF_PISCES configuration namelist used to overwrite SHARED/namelist_top 
     2!! NEMO/TOP1 :  Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_top_ref 
    33!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    44!----------------------------------------------------------------------- 
    55&namtrc_run     !   run information 
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    7    nn_writetrc   =  1460     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
     7   ln_top_euler  = .true. 
    88/ 
    99!----------------------------------------------------------------------- 
    1010&namtrc     !   tracers definition 
    1111!----------------------------------------------------------------------- 
     12   jp_bgc        =  24 
    1213! 
    13 !              !    name   !           title of the field              !   units    ! initial data ! save   ! 
    14 !              !           !                                           !            ! from file    ! or not !  
    15 !              !           !                                           !            ! or not       !        ! 
    16    sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    17    sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true.     ,  .true. 
    18    sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    19    sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    20    sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    21    sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    22    sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    23    sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    24    sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    25    sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    26    sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    27    sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    28    sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    29    sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    30    sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    31    sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    32    sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    33    sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    34    sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    35    sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    36    sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    37    sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
    38    sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true.     ,  .true. 
    39    sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false.    ,  .true. 
     14   ln_pisces     =  .true. 
     15   ln_my_trc     =  .false. 
     16   ln_age        =  .false. 
     17   ln_cfc11      =  .false. 
     18   ln_cfc12      =  .false. 
     19   ln_c14        =  .false. 
     20! 
     21   ln_trcdta     =  .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     22!                 !           !                                          !             ! 
     23!                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not ! 
     24!                 !           !                                          !             ! 
     25   sn_tracer(1)   = 'DIC     ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     26   sn_tracer(2)   = 'Alkalini' , 'Total Alkalinity Concentration         ',  'eq/L '   ,  .true. 
     27   sn_tracer(3)   = 'O2      ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     28   sn_tracer(4)   = 'CaCO3   ' , 'Calcite Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     29   sn_tracer(5)   = 'PO4     ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     30   sn_tracer(6)   = 'POC     ' , 'Small organic carbon Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     31   sn_tracer(7)   = 'Si      ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     32   sn_tracer(8)   = 'PHY     ' , 'Nanophytoplankton Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     33   sn_tracer(9)   = 'ZOO     ' , 'Microzooplankton Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     34   sn_tracer(10)  = 'DOC     ' , 'Dissolved organic Concentration        ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     35   sn_tracer(11)  = 'PHY2    ' , 'Diatoms Concentration                  ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     36   sn_tracer(12)  = 'ZOO2    ' , 'Mesozooplankton Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     37   sn_tracer(13)  = 'DSi     ' , 'Diatoms Silicate Concentration         ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     38   sn_tracer(14)  = 'Fer     ' , 'Dissolved Iron Concentration           ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     39   sn_tracer(15)  = 'BFe     ' , 'Big iron particles Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     40   sn_tracer(16)  = 'GOC     ' , 'Big organic carbon Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     41   sn_tracer(17)  = 'SFe     ' , 'Small iron particles Concentration     ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     42   sn_tracer(18)  = 'DFe     ' , 'Diatoms iron  Concentration            ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     43   sn_tracer(19)  = 'GSi     ' , 'Sinking biogenic Silicate Concentration',  'mol-C/L' ,  .false. 
     44   sn_tracer(20)  = 'NFe     ' , 'Nano iron Concentration                ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     45   sn_tracer(21)  = 'NCHL    ' , 'Nano chlorophyl Concentration          ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     46   sn_tracer(22)  = 'DCHL    ' , 'Diatoms chlorophyl Concentration       ',  'mol-C/L' ,  .false. 
     47   sn_tracer(23)  = 'NO3     ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .true. 
     48   sn_tracer(24)  = 'NH4     ' , 'Ammonium Concentration                 ',  'mol-C/L' ,  .false. 
    4049/ 
    4150!----------------------------------------------------------------------- 
    4251&namtrc_dta      !    Initialisation from data input file 
    4352!----------------------------------------------------------------------- 
    44 ! 
    4553!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    4654!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    47    sn_trcdta(1)  = 'data_DIC_nomask'        ,        -12        ,  'DIC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    48    sn_trcdta(2)  = 'data_Alkalini_nomask'   ,        -12        ,  'Alkalini',    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    49    sn_trcdta(3)  = 'data_O2_nomask'      ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    50    sn_trcdta(5)  = 'data_PO4_nomask'     ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    51    sn_trcdta(7)  = 'data_Si_nomask'      ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    52    sn_trcdta(14) = 'data_Fer_nomask'        ,        -12        ,  'Fer'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    53    sn_trcdta(23) = 'data_NO3_nomask'     ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''  , '' 
    54 ! 
    55    cn_dir        =  './'      !  root directory for the location of the data files 
     55   sn_trcdta(1)  = 'data_DIC_nomask'        ,        -12        ,  'DIC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     56   sn_trcdta(2)  = 'data_Alkalini_nomask'   ,        -12        ,  'Alkalini',    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     57   sn_trcdta(3)  = 'data_O2_nomask'         ,        -1         ,  'O2'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     58   sn_trcdta(5)  = 'data_PO4_nomask'        ,        -1         ,  'PO4'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     59   sn_trcdta(7)  = 'data_Si_nomask'         ,        -1         ,  'Si'      ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     60   sn_trcdta(10) = 'data_DOC_nomask'        ,        -12        ,  'DOC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     61   sn_trcdta(14) = 'data_Fer_nomask'        ,        -12        ,  'Fer'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
     62   sn_trcdta(23) = 'data_NO3_nomask'        ,        -1         ,  'NO3'     ,    .true.    , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
    5663   rn_trfac(1)   =   1.0e-06  !  multiplicative factor 
    5764   rn_trfac(2)   =   1.0e-06  !  -      -      -     - 
     
    5966   rn_trfac(5)   = 122.0e-06  !  -      -      -     - 
    6067   rn_trfac(7)   =   1.0e-06  !  -      -      -     - 
     68   rn_trfac(10)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    6169   rn_trfac(14)  =   1.0      !  -      -      -     - 
    6270   rn_trfac(23)  =   7.6e-06  !  -      -      -     - 
     
    8189/ 
    8290!----------------------------------------------------------------------- 
    83 &namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
     91&namtrc_dmp      !   passive tracer newtonian damping 
     92!----------------------------------------------------------------------- 
     93/ 
     94!----------------------------------------------------------------------- 
     95&namtrc_ice      !    Representation of sea ice growth & melt effects 
     96!----------------------------------------------------------------------- 
     97/ 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
     99&namtrc_trd      !   diagnostics on tracer trends                       ('key_trdtrc') 
     100!                          or mixed-layer trends                        ('key_trdmld_trc') 
    84101!---------------------------------------------------------------------- 
    85    nn_writedia   =  1460     !  time step frequency for diagnostics 
    86102/ 
    87103!---------------------------------------------------------------------- 
    88 &namtrc_bc        !   data for boundary conditions 
     104&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    89105!----------------------------------------------------------------------- 
    90106/ 
     107!---------------------------------------------------------------------- 
     108&namtrc_bdy      !   Setup of tracer boundary conditions 
     109!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/cpp_ORCA2_OFF_PISCES.fcm

    r5836 r7391  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_top key_offline key_pisces key_iomput key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_top key_offline key_iomput key_mpp_mpi 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r7382 r7391  
    901901 
    902902     <field_group id="ptrc_T" grid_ref="grid_T_3D"> 
     903       <!-- PISCES standard : variables available with ln_p4z  --> 
    903904       <field id="DIC"          long_name="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    904        <field id="DIC_E3T"      long_name="DIC * E3T"                                unit="mmol/m2" > DIC * e3t </field > 
     905       <field id="DIC_e3t"      long_name="DIC * e3t"                                unit="mmol/m2" > DIC * e3t </field > 
    905906       <field id="Alkalini"     long_name="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    906        <field id="Alkalini_E3T" long_name="Alkalini * E3T"                           unit="mmol/m2"  > Alkalini * e3t </field > 
     907       <field id="Alkalini_e3t" long_name="Alkalini * e3t"                           unit="mmol/m2"  > Alkalini * e3t </field > 
    907908       <field id="O2"           long_name="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
    908        <field id="O2_E3T"       long_name="O2 * E3T"                                 unit="mmol/m2"  > O2 * e3t </field > 
     909       <field id="O2_e3t"       long_name="O2 * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > O2 * e3t </field > 
    909910       <field id="CaCO3"        long_name="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
    910        <field id="CaCO3_E3T"    long_name="CaCO3 * E3T"                              unit="mmol/m2"  > CaCO3 * e3t </field > 
     911       <field id="CaCO3_e3t"    long_name="CaCO3 * e3t"                              unit="mmol/m2"  > CaCO3 * e3t </field > 
    911912       <field id="PO4"          long_name="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    912        <field id="PO4_E3T"      long_name="PO4 * E3T"                                unit="mmol/m2"  > PO4 * e3t </field > 
     913       <field id="PO4_e3t"      long_name="PO4 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PO4 * e3t </field > 
    913914       <field id="POC"          long_name="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
    914        <field id="POC_E3T"      long_name="POC * E3T"                                unit="mmol/m2"  > POC * e3t </field > 
     915       <field id="POC_e3t"      long_name="POC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > POC * e3t </field > 
    915916       <field id="Si"           long_name="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    916        <field id="Si_E3T"       long_name="Si * E3T"                                 unit="mmol/m2"  > Si * e3t </field > 
     917       <field id="Si_e3t"       long_name="Si * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > Si * e3t </field > 
    917918       <field id="PHY"          long_name="(Nano)Phytoplankton Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    918        <field id="PHY_E3T"      long_name="PHY * E3T"                                unit="mmol/m2"  > PHY * e3t </field > 
     919       <field id="PHY_e3t"      long_name="PHY * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PHY * e3t </field > 
    919920       <field id="ZOO"          long_name="(Micro)Zooplankton Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
    920        <field id="ZOO_E3T"      long_name="ZOO2 * E3T"                               unit="mmol/m2"  > ZOO * e3t </field > 
     921       <field id="ZOO_e3t"      long_name="ZOO2 * e3t"                               unit="mmol/m2"  > ZOO * e3t </field > 
    921922       <field id="DOC"          long_name="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
    922        <field id="DOC_E3T"      long_name="DOC * E3T"                                unit="mmol/m2"  > DOC * e3t </field > 
     923       <field id="DOC_e3t"      long_name="DOC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DOC * e3t </field > 
    923924       <field id="PHY2"         long_name="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
    924        <field id="PHY2_E3T"     long_name="PHY2 * E3T"                               unit="mmol/m2"  > PHY2 * e3t </field > 
     925       <field id="PHY2_e3t"     long_name="PHY2 * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHY2 * e3t </field > 
    925926       <field id="ZOO2"         long_name="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
    926        <field id="ZOO2_E3T"     long_name="ZOO2 * E3T"                               unit="mmol/m2"  > ZOO2 * e3t </field > 
     927       <field id="ZOO2_e3t"     long_name="ZOO2 * e3t"                               unit="mmol/m2"  > ZOO2 * e3t </field > 
    927928       <field id="DSi"          long_name="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
    928        <field id="DSi_E3T"      long_name="Dsi * E3T"                                unit="mmol/m2"  > DSi * e3t </field > 
     929       <field id="DSi_e3t"      long_name="Dsi * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DSi * e3t </field > 
    929930       <field id="Fer"          long_name="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
    930        <field id="Fer_E3T"      long_name="Fer * E3T"                                unit="mmol/m2"  > Fer * e3t </field > 
     931       <field id="Fer_e3t"      long_name="Fer * e3t"                                unit="mmol/m2"  > Fer * e3t </field > 
    931932       <field id="BFe"          long_name="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
    932        <field id="BFe_E3T"      long_name="BFe * E3T"                                unit="mmol/m2"  > BFe * e3t </field > 
     933       <field id="BFe_e3t"      long_name="BFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > BFe * e3t </field > 
    933934       <field id="GOC"          long_name="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
    934        <field id="GOC_E3T"      long_name="GOC * E3T"                                unit="mmol/m2"  > GOC * e3t </field > 
     935       <field id="GOC_e3t"      long_name="GOC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GOC * e3t </field > 
    935936       <field id="SFe"          long_name="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
    936        <field id="SFe_E3T"      long_name="SFe * E3T"                                unit="mmol/m2"  > SFe * e3t </field > 
     937       <field id="SFe_e3t"      long_name="SFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > SFe * e3t </field > 
    937938       <field id="DFe"          long_name="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
    938        <field id="DFe_E3T"      long_name="DFe * E3T"                                unit="mmol/m2"  > DFe * e3t </field > 
     939       <field id="DFe_e3t"      long_name="DFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DFe * e3t </field > 
    939940       <field id="GSi"          long_name="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
    940        <field id="GSi_E3T"      long_name="GSi * E3T"                                unit="mmol/m2"  > GSi * e3t </field > 
     941       <field id="GSi_e3t"      long_name="GSi * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GSi * e3t </field > 
    941942       <field id="NFe"          long_name="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
    942        <field id="NFe_E3T"      long_name="NFe * E3T"                                unit="mmol/m2"  > NFe * e3t </field > 
     943       <field id="NFe_e3t"      long_name="NFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NFe * e3t </field > 
    943944       <field id="NCHL"         long_name="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3"   /> 
    944        <field id="NCHL_E3T"     long_name="NCHL * E3T"                               unit="mmol/m2"  > NCHL * e3t </field > 
     945       <field id="NCHL_e3t"     long_name="NCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > NCHL * e3t </field > 
    945946       <field id="DCHL"         long_name="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3"   /> 
    946        <field id="DCHL_E3T"     long_name="DCHL * E3T"                               unit="mmol/m2"  > DCHL * e3t </field > 
     947       <field id="DCHL_e3t"     long_name="DCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DCHL * e3t </field > 
    947948       <field id="NO3"          long_name="Nitrate Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
    948        <field id="NO3_E3T"      long_name="NO3 * E3T"                                unit="mmol/m2"  > NO3 * e3t </field > 
     949       <field id="NO3_e3t"      long_name="NO3 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NO3 * e3t </field > 
    949950       <field id="NH4"          long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    950        <field id="NH4_E3T"      long_name="NH4 * E3T"                                unit="mmol/m2"  > NH4 * e3t </field > 
    951  
    952        <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
    953        <field id="Num"         long_name="Number of organic particles"              unit="1" /> 
    954        <field id="Num_E3T"     long_name="Num * E3T"                                unit="m"  > Num * e3t </field > 
    955  
    956        <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced --> 
     951       <field id="NH4_e3t"      long_name="NH4 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NH4 * e3t </field > 
     952 
     953       <!-- PISCES quota : variables available with ln_p5z  --> 
     954 
     955       <field id="DON"          long_name="Dissolved organic N Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     956       <field id="DON_e3t"      long_name="DON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DON * e3t </field > 
     957       <field id="DOP"          long_name="Dissolved organic P Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     958       <field id="DOP_e3t"      long_name="DOP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DOP * e3t </field > 
     959       <field id="PON"          long_name="Small PON Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     960       <field id="PON_e3t"      long_name="PON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PON * e3t </field > 
     961       <field id="POP"          long_name="Small POP Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     962       <field id="POP_e3t"      long_name="POP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > POP * e3t </field > 
     963       <field id="GON"          long_name="Big PON Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     964       <field id="GON_e3t"      long_name="GON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GON * e3t </field > 
     965       <field id="GOP"          long_name="Big POP Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     966       <field id="GOP_e3t"      long_name="GOP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GOP * e3t </field > 
     967       <field id="PHYN"         long_name="Nanophytoplankton N biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     968       <field id="PHYN_e3t"     long_name="PHYN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHYN * e3t </field > 
     969       <field id="PHYP"         long_name="Nanophytoplankton P biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     970       <field id="PHYP_e3t"     long_name="PHYP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHYP * e3t </field > 
     971       <field id="DIAN"         long_name="Diatoms N biomass"                        unit="mmol/m3" /> 
     972       <field id="DIAN_e3t"     long_name="DIAN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DIAN * e3t </field > 
     973       <field id="DIAP"         long_name="Diatoms P biomass"                        unit="mmol/m3" /> 
     974       <field id="DIAP_e3t"     long_name="DIAP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DIAP * e3t </field > 
     975       <field id="PIC"          long_name="Picophytoplankton C biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     976       <field id="PIC_e3t"      long_name="PIC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PIC * e3t </field > 
     977       <field id="PICN"         long_name="Picophytoplankton N biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     978       <field id="PICN_e3t"     long_name="PICN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PICN * e3t </field > 
     979       <field id="PICP"         long_name="Picophytoplankton P biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     980       <field id="PICP_e3t"     long_name="PICP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PICP * e3t </field > 
     981       <field id="PFe"          long_name="Picophytoplankton Fe biomass"             unit="mmol/m3" /> 
     982       <field id="PFe_e3t"      long_name="PFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PFe * e3t </field > 
     983       <field id="PCHL"         long_name="Picophytoplankton Chl biomass"            unit="mg/m3" /> 
     984       <field id="PCHL_e3t"     long_name="PCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PCHL * e3t </field > 
     985 
     986      <!-- PISCES with ligand parametisation : variables available namelist paramter ln_ligand --> 
     987       <field id="LGW"         long_name="Weak ligands concentration"                unit="mmol/m3" /> 
     988       <field id="LGW_e3t"     long_name="LGW * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > LGW * e3t </field > 
     989       <field id="LFe"         long_name="Lithogenic iron concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     990       <field id="LFe_e3t"     long_name="LFe * e3t"                                 unit="mmol/m2"  > LFe * e3t </field > 
     991 
     992       <!-- PISCES light : variables available with ln_p2z  --> 
    957993       <field id="DET"         long_name="Detritus"                                 unit="mmol-N/m3" /> 
    958        <field id="DET_E3T"     long_name="DET * E3T"                                unit="mmol-N/m2"  > DET * e3t </field > 
     994       <field id="DET_e3t"     long_name="DET * e3t"                                unit="mmol-N/m2"  > DET * e3t </field > 
    959995       <field id="DOM"         long_name="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmol-N/m3" /> 
    960        <field id="DOM_E3T"     long_name="DOM * E3T"                                unit="mmol-N/m2"  > DOM * e3t </field > 
    961  
    962        <!-- CFC11 : variables available with key_cfc --> 
    963        <field id="CFC11"       long_name="CFC-11 Concentration"                     unit="umol/m3" /> 
    964        <field id="CFC11_E3T"   long_name="CFC11 * E3T"                              unit="umol/m2"  > CFC11 * e3t </field > 
    965        <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
    966        <field id="C14B"     long_name="Bomb C14 Concentration"                      unit="1"         /> 
    967        <field id="C14B_E3T"    long_name="C14B * E3T"                               unit="m"  > C14B * e3t </field > 
     996       <field id="DOM_e3t"     long_name="DOM * e3t"                                unit="mmol-N/m2"  > DOM * e3t </field > 
     997 
     998       <!-- CFC11 : variables available with ln_cfc11 --> 
     999       <field id="CFC11"       long_name="Chlorofluoro carbon11 Concentration"      unit="umol/m3" /> 
     1000       <field id="CFC11_e3t"   long_name="CFC11 * e3t"                              unit="umol/m2"  > CFC11 * e3t </field > 
     1001 
     1002       <!-- CFC12 : variables available with ln_cfc12 --> 
     1003       <field id="CFC12"       long_name="Chlorofluoro carbon12 Concentration"      unit="umol/m3" /> 
     1004       <field id="CFC12_e3t"   long_name="CFC12 * e3t"                              unit="umol/m2"  > CFC12 * e3t </field > 
     1005 
     1006       <!-- SF6 : variables available with ln_sf6 --> 
     1007       <field id="SF6"       long_name="Sulfur hexafluoride Concentration"      unit="umol/m3" /> 
     1008       <field id="SF6_e3t"   long_name="SF6 * e3t"                              unit="umol/m2"  > SF6 * e3t </field > 
     1009 
     1010       <!-- C14 : variables available with ln_c14 --> 
     1011       <field id="RC14"        long_name="Radiocarbon ratio"                        unit="-"         /> 
     1012       <field id="RC14_e3t"    long_name="RC14 * e3t"                               unit="m"  > RC14 * e3t </field > 
     1013 
     1014       <!-- AGE : variables available with ln_age --> 
     1015       <field id="Age"        long_name="Sea water age since surface contact"       unit="yr"         /> 
     1016       <field id="Age_e3t"    long_name="Age * e3t"                                 unit="yr * m"  > Age * e3t </field > 
     1017 
    9681018     </field_group> 
    9691019 
     
    9761026       <field id="PAR"         long_name="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9771027       <field id="PARDM"       long_name="Daily mean PAR"                          unit="W/m2"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    978        <field id="PPPHY"       long_name="Primary production of nanophyto"         unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    979        <field id="PPPHY2"      long_name="Primary production of diatoms"           unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    980        <field id="PPNEWN"      long_name="New Primary production of nanophyto"     unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    981        <field id="PPNEWD"      long_name="New Primary production of diatoms"       unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    982        <field id="PBSi"        long_name="Primary production of Si diatoms"        unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    983        <field id="PFeN"        long_name="Primary production of nano iron"         unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1028       <field id="PPPHYN"      long_name="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1029       <field id="PPPHYP"      long_name="Primary production of picophyto"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1030       <field id="PPPHYD"      long_name="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1031       <field id="PPNEWN"      long_name="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1032       <field id="PPNEWP"      long_name="New Primary production of picophyto"     unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1033       <field id="PPNEWD"      long_name="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1034       <field id="PBSi"        long_name="Primary production of Si diatoms"        unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1035       <field id="PFeN"        long_name="Primary production of nano iron"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1036       <field id="PFeP"        long_name="Primary production of pico iron"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9841037       <field id="PFeD"        long_name="Primary production of diatoms iron"      unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9851038       <field id="xfracal"     long_name="Calcifying fraction"                     unit="1"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     
    9901043       <field id="REMIN"       long_name="Oxic remineralization of OM"             unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9911044       <field id="DENIT"       long_name="Anoxic remineralization of OM"           unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1045       <field id="REMINP"       long_name="Oxic remineralization rate of POC"      unit="d-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1046       <field id="REMING"       long_name="Oxic remineralization rate of GOC"      unit="d-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9921047       <field id="Nfix"        long_name="Nitrogen fixation"                       unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9931048       <field id="Mumax"       long_name="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9941049       <field id="MuN"         long_name="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1050       <field id="MuP"         long_name="Realized growth rate for picophyto"      unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9951051       <field id="MuD"         long_name="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1052       <field id="MunetN"      long_name="Net growth rate for nanophyto"           unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1053       <field id="MunetP"      long_name="Net growth rate for picophyto"           unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1054       <field id="MunetD"      long_name="Net growth rate for diatomes"            unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9961055       <field id="LNnut"       long_name="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1056       <field id="LPnut"       long_name="Nutrient limitation term in Picophyto"   unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9971057       <field id="LDnut"       long_name="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9981058       <field id="LNFe"        long_name="Iron limitation term in Nanophyto"       unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1059       <field id="LPFe"        long_name="Iron limitation term in Picophyto"       unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    9991060       <field id="LDFe"        long_name="Iron limitation term in Diatoms"         unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
    10001061       <field id="LNlight"     long_name="Light limitation term in Nanophyto"      unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1062       <field id="LPlight"     long_name="Light limitation term in Picophyto"      unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    10011063       <field id="LDlight"     long_name="Light limitation term in Diatoms"        unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1064       <field id="SIZEN"       long_name="Mean relative size of nanophyto."        unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1065       <field id="SIZEP"       long_name="Mean relative size of picophyto."        unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     1066       <field id="SIZED"       long_name="Mean relative size of diatoms"           unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    10021067       <field id="Fe2"         long_name="Iron II concentration"                   unit="nmol/m3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    10031068       <field id="Fe3"         long_name="Iron III concentration"                  unit="nmol/m3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
     
    10121077       <field id="Sdenit"      long_name="Nitrate reduction in the sediments"      unit="mol/m2/s"                        /> 
    10131078       <field id="Ironice"     long_name="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="mol/m2/s"                        /> 
     1079       <field id="SedCal"      long_name="Calcite burial in the sediments"         unit="molC/m2/s"                       /> 
     1080       <field id="SedSi"       long_name="Silicon burial in the sediments"         unit="molSi/m2/s"                      /> 
     1081       <field id="SedC"        long_name="Organic C burial in the sediments"       unit="molC/m2/s"                       /> 
    10141082       <field id="HYDR"        long_name="Iron input from hydrothemal vents"       unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    10151083       <field id="EPC100"      long_name="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                        /> 
     
    10301098       <field id="Ironsed"     long_name="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    10311099 
    1032  
    1033        <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
    1034        <field id="EPN100"      long_name="Particulate number flux at 100 m"        unit="mol/m2/s"                        /> 
    1035        <field id="EXPN"        long_name="Particulate number flux"                 unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    1036        <field id="XNUM"        long_name="Number of particles in aggregats"        unit="1"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    1037        <field id="WSC"         long_name="sinking speed of mass flux"              unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    1038        <field id="WSN"         long_name="sinking speed of number flux"            unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    1039  
    10401100       <!-- dbio_T on T grid : variables available with key_diaar5 --> 
    10411101       <field id="TPP"         long_name="Total Primary production of phyto"                   unit="mol/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     
    10461106       <field id="ZO2MIN"      long_name="Depth of oxygen minimum concentration"               unit="m"                              /> 
    10471107       <field id="INTNFIX"     long_name="Nitrogen fixation rate : vert. integrated"           unit="mol/m2/s"                       /> 
    1048        <field id="INTPPPHY"    long_name="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="mol/m2/s"                       /> 
    1049        <field id="INTPPPHY2"   long_name="Vertically integrated primary production by diatom"  unit="mol/m2/s"                       /> 
     1108       <field id="INTPPPHYN"    long_name="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="mol/m2/s"                       /> 
     1109       <field id="INTPPPHYD"   long_name="Vertically integrated primary production by diatom"  unit="mol/m2/s"                       /> 
    10501110       <field id="INTPP"       long_name="Vertically integrated primary production by phyto"   unit="mol/m2/s"                       /> 
    10511111       <field id="INTPNEW"     long_name="Vertically integrated new primary production"        unit="mol/m2/s"                       /> 
     
    10771137       <field id="TDETSED"     long_name="TDETSED"                                 unit=""  />  
    10781138 
    1079        <!-- CFC11 : variables available with key_cfc --> 
    1080        <field id="qtrCFC11"    long_name="Air-sea flux of CFC-11"                  unit="mol/m2/s"   /> 
    1081        <field id="qintCFC11"   long_name="Cumulative air-sea flux of CFC-11"       unit="mol/m2"     /> 
    1082  
    1083        <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
    1084        <field id="qtrC14b"     long_name="Air-sea flux of Bomb C14"                unit="mol/m2/s"   /> 
    1085        <field id="qintC14b"    long_name="Cumulative air-sea flux of Bomb C14"     unit="mol/m2"     /> 
    1086        <field id="fdecay"      long_name="Radiactive decay of Bomb C14"            unit="mol/m3"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
     1139       <!-- CFC11 : variables available with ln_cfc11 --> 
     1140       <field id="qtr_CFC11"    long_name="Air-sea flux of CFC-11"                  unit="mol/m2/s"   /> 
     1141       <field id="qint_CFC11"   long_name="Cumulative air-sea flux of CFC-11"       unit="mol/m2"     /> 
     1142 
     1143       <!-- CFC12 : variables available with ln_cfc12 --> 
     1144       <field id="qtr_CFC12"    long_name="Air-sea flux of CFC12"                  unit="mol/m2/s"   /> 
     1145       <field id="qint_CFC12"   long_name="Cumulative air-sea flux of CFC12"       unit="mol/m2"     /> 
     1146 
     1147       <!-- SF6 : variables available with ln_sf6 --> 
     1148       <field id="qtr_SF6"      long_name="Air-sea flux of SF6"                    unit="mol/m2/s"   /> 
     1149       <field id="qint_SF6"     long_name="Cumulative air-sea flux of SF6"         unit="mol/m2"     /> 
     1150 
     1151       <!--  C14 : variables available with ln_c14 --> 
     1152       <field id="DeltaC14"     long_name="Delta C14"                              unit="permil" grid_ref="grid_T_3D"   /> 
     1153       <field id="C14Age"       long_name="Radiocarbon age"                        unit="yr"     grid_ref="grid_T_3D"   /> 
     1154       <field id="RAge"         long_name="Reservoir Age"                          unit="yr"     /> 
     1155       <field id="qtr_C14"      long_name="Air-sea flux of C14"                    unit="1/m2/s"   /> 
     1156       <field id="qint_C14"     long_name="Cumulative air-sea flux of C14"         unit="1/m2"     /> 
    10871157     </field_group> 
    10881158 
    1089      <field_group id="PISCES_scalar"  domain_ref="1point" > 
    1090        <field id="pno3tot"         long_name="global mean nitrate concentration"                  unit="mol/m3"   /> 
     1159     <field_group id="tracer_scalar"  domain_ref="1point" > 
     1160     <!-- PISCES scalar  --> 
     1161       <field id="pno3tot"         long_name="Global mean nitrate concentration"                  unit="mol/m3"   /> 
    10911162       <field id="ppo4tot"         long_name="global mean phosphorus concentration"               unit="mol/m3"   /> 
    1092        <field id="psiltot"         long_name="global mean silicate concentration"                 unit="mol/m3"   /> 
    1093        <field id="palktot"         long_name="global mean alkalinity concentration"               unit="mol/m3"   /> 
    1094        <field id="pfertot"         long_name="global mean iron concentration"                     unit="mol/m3"   /> 
    1095        <field id="tcflx"           long_name="total Flux of Carbon out of the ocean"              unit="mol/s"   /> 
    1096        <field id="tcflxcum"        long_name="cumulative total Flux of Carbon out of the ocean"   unit="mol/s"   /> 
    1097        <field id="tcexp"           long_name="total Carbon export at 100m"                        unit="mol/s"   /> 
    1098        <field id="tintpp"          long_name="global total integrated primary production"         unit="mol/s"   /> 
    1099        <field id="tnfix"           long_name="global total nitrogen fixation"                     unit="mol/s"   /> 
     1163       <field id="psiltot"         long_name="Global mean silicate concentration"                 unit="mol/m3"   /> 
     1164       <field id="palktot"         long_name="Global mean alkalinity concentration"               unit="mol/m3"   /> 
     1165       <field id="pfertot"         long_name="Global mean iron concentration"                     unit="mol/m3"   /> 
     1166       <field id="tcflx"           long_name="Total Flux of Carbon out of the ocean"              unit="mol/s"   /> 
     1167       <field id="tcflxcum"        long_name="Cumulative total Flux of Carbon out of the ocean"   unit="mol/s"   /> 
     1168       <field id="tcexp"           long_name="Total Carbon export at 100m"                        unit="mol/s"   /> 
     1169       <field id="tintpp"          long_name="Global total integrated primary production"         unit="mol/s"   /> 
     1170       <field id="tnfix"           long_name="Global total nitrogen fixation"                     unit="mol/s"   /> 
    11001171       <field id="tdenit"          long_name="Total denitrification"                              unit="mol/s"   /> 
     1172     <!-- C14 scalar  --> 
     1173       <field id="AtmCO2"          long_name="Global atmospheric CO2"                             unit="ppm"   /> 
     1174       <field id="AtmC14"          long_name="Global atmospheric DeltaC14"                        unit="permil"   /> 
     1175       <field id="K_C14"           long_name="Global 14C/C exchange velocity"                     unit="m/yr"   /> 
     1176       <field id="K_CO2"           long_name="Global CO2 piston velocity"                         unit="cm/h"   /> 
     1177       <field id="C14Inv"          long_name="global Radiocarbon ocean inventory"                 unit="10^26 atoms"   /> 
    11011178     </field_group> 
    11021179 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_pisces_ref

    r6945 r7391  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     2!! PISCES reference namelist  
    33!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
    44!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     
    99!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
    1010!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
    11 !!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs) 
    12 !!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia) 
    1311!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
    14 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    15 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used 
     16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used 
     17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used 
     18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
    1621&nampisext     !   air-sea exchange 
    17 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22!----------------------------------------------------------------------- 
    1823   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F) 
    1924   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F 
     
    2328!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1) 
    2429/ 
    25 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     30!----------------------------------------------------------------------- 
    2631&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    27 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
    2833!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    2934!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    3035   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     36   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1            , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    3137   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files 
    3238! 
    33    ln_presatm  = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
    34 / 
    35 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     39   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
     40   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE 
     41/ 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
    3643&nampisbio     !   biological parameters 
    37 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     44!----------------------------------------------------------------------- 
    3845   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology 
    3946   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed 
    4047   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality 
    4148   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    42    wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     49   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed 
     50   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed 
     51   wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
    4352   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
    44    niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    45 / 
    46 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    47 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    48 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     53   niter2max  =  2        ! Maximum number of iterations for GOC 
     54!                         !  ln_ligand enabled 
     55   wfep       =  0.2      ! FeP sinking speed  
     56   ldocp      =  1.E-5    ! Phyto ligand production per unit doc  
     57   ldocz      =  1.E-5    ! Zoo ligand production per unit doc  
     58   lthet      =  0.5      ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake  
     59!                         !  ln_p5z enabled 
     60   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton 
     61   po4rat3    =  0.0094   ! P/C ratio in zooplankton 
     62/ 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
     64&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
    4966   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
    5067   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms 
     
    6683   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    6784   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
    68    oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    69 / 
    70 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     85   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     86/ 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
     90   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     91   concpno3   =  1e-6 
     92   concdno3   =  4E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
     93   concnnh4   =  1.5E-6   ! NH4 half saturation for phyto 
     94   concpnh4   =  4E-7 
     95   concdnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for diatoms 
     96   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto 
     97   concppo4   =  1.5E-6 
     98   concdpo4   =  4E-6     ! PO4 half saturation for diatoms 
     99   concnfer   =  3E-9   ! Iron half saturation for phyto 
     100   concpfer   =  1.5E-9 
     101   concdfer   =  4E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     102   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     103   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     104   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms 
     105   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria 
     106   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
     107   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
     108   xsizepic   =  1.E-6 
     109   xsizern    =  1.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     110   xsizerp    =  1.0 
     111   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms 
     112   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
     113   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     114   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
     115   caco3r     =  0.35     ! mean rain ratio 
     116   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     117/ 
     118!----------------------------------------------------------------------- 
     119&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     120!----------------------------------------------------------------------- 
     121   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto 
     122   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto 
     123   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
     124   qnnmin     =  0.29     ! Minimal N quota for nano 
     125   qnnmax     =  1.39     ! Maximal N quota for nano 
     126   qpnmin     =  0.28     ! Minimal P quota for nano 
     127   qpnmax     =  1.06     ! Maximal P quota for nano 
     128   qnpmin     =  0.42     ! Minimal N quota for pico 
     129   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico 
     130   qppmin     =  0.25     ! Minimal P quota for pico 
     131   qppmax     =  0.7      ! Maximal P quota for pico 
     132   qndmin     =  0.25     ! Minimal N quota for diatoms 
     133   qndmax     =  1.39     ! Maximal N quota for diatoms 
     134   qpdmin     =  0.29     ! Minimal P quota for diatoms 
     135   qpdmax     =  1.32     ! Maximal P quota for diatoms 
     136   qfnmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for nano 
     137   qfpmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for pico 
     138   qfdmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms 
     139/ 
     140!----------------------------------------------------------------------- 
    71141&nampisopt     !   parameters for optics 
    72 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     142!----------------------------------------------------------------------- 
    73143!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    74144!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     
    78148   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
    79149/  
    80 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    81 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    82 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    83    pislope    =  2.       ! P-I slope 
    84    pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
     150!----------------------------------------------------------------------- 
     151&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     152!----------------------------------------------------------------------- 
     153   pislopen   =  2.       ! P-I slope 
     154   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
    85155   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
    86    excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    87    excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     156   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     157   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    88158   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    89159   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate 
     
    95165   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio 
    96166/ 
    97 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    98 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    99 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    100    wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     167!----------------------------------------------------------------------- 
     168&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
     169!----------------------------------------------------------------------- 
     170   pislopen   =  3.       ! P-I slope 
     171   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton 
     172   pisloped   =  3.       ! P-I slope  for diatoms 
     173   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     174   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton 
     175   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     176   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
     177   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate 
     178   thetannm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton 
     179   thetanpm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in picophytoplankton 
     180   thetandm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in diatoms 
     181   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton 
     182   grosip     =  0.131    ! mean Si/C ratio 
     183/ 
     184!----------------------------------------------------------------------- 
     185&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     186!----------------------------------------------------------------------- 
     187   wchl       =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton 
    101188   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    102189   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     
    104191   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    105192/ 
    106 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    107 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    108 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     193!----------------------------------------------------------------------- 
     194&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     195!----------------------------------------------------------------------- 
     196   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton 
     197   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton 
     198   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     199   wchldm     =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     200   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate 
     201   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate 
     202   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
     203/ 
     204!----------------------------------------------------------------------- 
     205&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     206!----------------------------------------------------------------------- 
    109207   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    110208   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
     
    126224   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate 
    127225/ 
    128 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    129 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    130 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    131    part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     226!----------------------------------------------------------------------- 
     227&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     228!----------------------------------------------------------------------- 
     229   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     230   grazrat2   =  0.85     ! maximal mesozoo grazing rate 
     231   bmetexc2   =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon  
     232   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
     233   mzrat2     =  0.02     ! mesozooplankton mortality rate 
     234   xpref2d    =  1.       ! zoo preference for phyto 
     235   xpref2p    =  1.       ! zoo preference for POC 
     236   xpref2z    =  1.       ! zoo preference for zoo 
     237   xpref2m    =  0.2      ! meso preference for zoo 
     238   xpref2c    =  0.3      ! zoo preference for poc 
     239   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton 
     240   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton 
     241   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton 
     242   xthresh2mes = 1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton 
     243   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton 
     244   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
     245   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
     246   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     247   ssigma2     =  0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     248   srespir2    =  0.2     ! Active respiration 
     249   unass2c     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     250   unass2n     =  0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo 
     251   unass2p     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     252   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate 
     253/ 
     254!----------------------------------------------------------------------- 
     255&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     256!----------------------------------------------------------------------- 
     257   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts 
    132258   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    133259   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
     
    145271   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo 
    146272/ 
    147 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     273!----------------------------------------------------------------------- 
     274&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     275!----------------------------------------------------------------------- 
     276   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     277   grazrat    =  2.75     ! maximal zoo grazing rate 
     278   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon 
     279   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
     280   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate 
     281   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
     282   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     283   xprefp     =  1.6      ! Microzoo preference for picophyto 
     284   xprefd     =  1.0      ! Microzoo preference for Diatoms 
     285   xprefz     =  0.3      ! Microzoo preference for microzooplankton 
     286   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton 
     287   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     288   xthreshpic =  1.E-8 
     289   xthreshzoo =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     290   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton 
     291   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
     292   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
     293   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth 
     294   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     295   srespir    =  0.2      ! Active respiration 
     296   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     297   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     298   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     299/ 
     300!----------------------------------------------------------------------- 
    148301&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    149 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     302!----------------------------------------------------------------------- 
    150303   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
    151304   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration 
    152    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
    153    xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
    154    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
    155  
    156 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     305   ln_fecolloid = .false. ! variable colloidal fraction 
     306   xlam1        =  0.005  ! scavenging rate of Iron 
     307   xlamdust     =  150.0  ! Scavenging rate of dust 
     308   ligand       =  0.6E-9 ! Ligands concentration  
     309   kfep         =  0.     ! Nanoparticle formation rate constant 
     310/ 
     311!-----------------------------------------------------------------------   
    157312&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    158 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     313!----------------------------------------------------------------------- 
    159314   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC 
    160    xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    161315   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    162316   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    163317   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
    164318   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    165 / 
    166 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     319   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria 
     320   xkferb    =  2.5E-10   ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C 
     321!                         ! ln_p5z 
     322   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     323   xremikn   =  0.35      ! remineralization rate of DON 
     324   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP 
     325!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio 
     326!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C 
     327/ 
     328!----------------------------------------------------------------------- 
     329&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     330!----------------------------------------------------------------------- 
     331   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of PON 
     332   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes 
     333   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function 
     334!                         ! ln_p5z 
     335   xremipc   =  0.02      ! remineralisation rate of POC 
     336   xremipn   =  0.025     ! remineralisation rate of PON 
     337   xremipp   =  0.03      ! remineralisation rate of POP 
     338/ 
     339!----------------------------------------------------------------------- 
    167340&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    168 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     341!----------------------------------------------------------------------- 
    169342   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time) 
    170343   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless) 
    171344/ 
    172 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     345!----------------------------------------------------------------------- 
    173346&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    174 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     347!----------------------------------------------------------------------- 
    175348!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    176349!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     
    205378   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
    206379   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    207 / 
    208 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     380!                          ! ln_ligand 
     381   fep_rats    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed sources  
     382   fep_rath    =  1.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources  
     383   lgw_rath    =  0.5      ! Weak ligand ratio from sed hydro sources  
     384/ 
     385!----------------------------------------------------------------------- 
     386&nampislig      !  Namelist parameters for ligands, nampislig 
     387!----------------------------------------------------------------------- 
     388   rfep        =  0.001    ! Dissolution rate of FeP 
     389   rlgw        =  1.       ! Lifetime (years) of weak ligands 
     390   rlig        =  1.E-4    ! Remin ligand production per unit C 
     391   prlgw       =  1.E-4    ! Photolysis of weak ligand 
     392   rlgs        =  1000.    ! Lifetime (years) of strong ligands 
     393/ 
     394!----------------------------------------------------------------------- 
    209395&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    210 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     396!----------------------------------------------------------------------- 
    211397! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90 (Global, Arctic, Antarctic and Baltic) 
    212398! trc_ice_ratio     * betw 0 and 1: prescribed ice/ocean tracer concentration ratio 
     
    219405! cn_trc_o          * 'GL' use global ocean values making the Baltic distinction only 
    220406!                     'AA' use specific Arctic/Antarctic/Baltic values 
    221 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     407!----------------------------------------------------------------------- 
    222408!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o 
    223409   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA' 
     
    247433   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA' 
    248434/ 
    249 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    250 &nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest" 
    251 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    252    xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent 
    253    xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent 
    254    xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor 
    255    xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates 
    256    xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates 
    257 / 
    258 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    259 &nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest" 
    260 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    261    xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor 
    262    xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness 
    263    xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class 
    264    xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class 
    265    xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class 
    266    xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class 
    267 / 
    268 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    269 &nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics  
    270 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    271 !              !    name   !           title of the field          !     units      ! 
    272 !              !           !                                       !                !   
    273    pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    ' 
    274    pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    ' 
    275    pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm' 
    276    pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         ' 
    277    pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    ' 
    278    pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    ' 
    279    pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   ' 
    280    pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   ' 
    281    pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   ' 
    282    pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    ' 
    283    pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            ' 
    284    pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   ' 
    285    pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    ' 
    286    pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            ' 
    287    pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        ' 
    288    pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        ' 
    289    pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         ' 
    290    pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    ' 
    291    pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    ' 
    292    pisdia3d(7)  = 'PPNEWN   ' , 'New Primary production of nano    ',  'molC/m3/s    ' 
    293    pisdia3d(8)  = 'PPNEWD   ' , 'New Primary production of diat    ',  'molC/m3/s    ' 
    294    pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   ' 
    295    pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   ' 
    296    pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   ' 
    297 / 
    298 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     435!----------------------------------------------------------------------- 
    299436&nampisdmp     !  Damping  
    300 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     437!----------------------------------------------------------------------- 
    301438   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value 
    302439   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation  
    303440/ 
    304 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     441!----------------------------------------------------------------------- 
    305442&nampismass     !  Mass conservation 
    306 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     443!----------------------------------------------------------------------- 
    307444   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation 
    308445/ 
     
    317454!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
    318455!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
    319  
    320 !!              10 - biological diagnostics trends              (namlobdbi)  
    321456!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    322 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     457!----------------------------------------------------------------------- 
    323458&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    324 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     459!----------------------------------------------------------------------- 
    325460   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]  
    326461   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
     
    329464   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
    330465/ 
    331 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     466!----------------------------------------------------------------------- 
    332467&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    333 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     468!----------------------------------------------------------------------- 
    334469   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
    335470   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
     
    337472   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
    338473/ 
    339 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     474!----------------------------------------------------------------------- 
    340475&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    341 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     476!----------------------------------------------------------------------- 
    342477   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%] 
    343478   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]  
     
    351486   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
    352487/ 
    353 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     488!----------------------------------------------------------------------- 
    354489&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    355 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     490!----------------------------------------------------------------------- 
    356491   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
    357492   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution            
    358493/ 
    359 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     494!----------------------------------------------------------------------- 
    360495&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
    361 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     496!----------------------------------------------------------------------- 
    362497   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]  
    363498!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
    364499/ 
    365 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     500!----------------------------------------------------------------------- 
    366501&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    367 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     502!----------------------------------------------------------------------- 
    368503   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
    369504   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments 
     
    371506   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
    372507/ 
    373 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     508!----------------------------------------------------------------------- 
    374509&namlobrat     !   general coefficients 
    375 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     510!----------------------------------------------------------------------- 
    376511   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
    377512   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto 
    378513   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM 
    379514/ 
    380 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     515!----------------------------------------------------------------------- 
    381516&namlobopt     !   optical parameters 
    382 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     517!----------------------------------------------------------------------- 
    383518   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water 
    384519   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water 
     
    389524   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio 
    390525/ 
    391 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    392 &nampisdbi     !   biological diagnostics trends      
    393 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    394 !                !  2D bio diagnostics   units : mmole/m2/s   ("key_trdmld_trc") 
    395 !                !  name    !       title of the field      !     units      ! 
    396    pisdiabio(1)  = 'NO3PHY' , 'Flux from NO3 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    397    pisdiabio(2)  = 'NH4PHY' , 'Flux from NH4 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    398    pisdiabio(3)  = 'PHYNH4' , 'Flux from PHY to NH4          ',  'mmole/m3/s' 
    399    pisdiabio(4)  = 'PHYDOM' , 'Flux from PHY to DOM          ',  'mmole/m3/s' 
    400    pisdiabio(5)  = 'PHYZOO' , 'Flux from PHY to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    401    pisdiabio(6)  = 'PHYDET' , 'Flux from PHY to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    402    pisdiabio(7)  = 'DETZOO' , 'Flux from DET to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    403    pisdiabio(8)  = 'DETSED' , 'Flux from DET to SED          ',  'mmole/m3/s' 
    404    pisdiabio(9)  = 'ZOODET' , 'Flux from ZOO to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    405    pisdiabio(10)  = 'ZOOBOD' , 'Zooplankton closure          ',  'mmole/m3/s' 
    406    pisdiabio(11)  = 'ZOONH4' , 'Flux from ZOO to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    407    pisdiabio(12)  = 'ZOODOM' , 'Flux from ZOO to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    408    pisdiabio(13)  = 'NH4NO3' , 'Flux from NH4 to NO3         ',  'mmole/m3/s' 
    409    pisdiabio(14)  = 'DOMNH4' , 'Flux from DOM to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    410    pisdiabio(15)  = 'DETNH4' , 'Flux from DET to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    411    pisdiabio(16)  = 'DETDOM' , 'Flux from DET to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    412    pisdiabio(17)  = 'SEDNO3' , 'NO3 remineralization from SED',  'mmole/m3/s' 
    413 / 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_ref

    r6403 r7391  
    88!!               - tracer newtonian damping              (namtrc_dmp) 
    99!!               - dynamical tracer trends               (namtrc_trd) 
    10 !!               - tracer output diagonstics             (namtrc_dia) 
    1110!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    1211!----------------------------------------------------------------------- 
     
    1413!----------------------------------------------------------------------- 
    1514   nn_dttrc      =  1        !  time step frequency for passive sn_tracers 
    16    nn_writetrc   =  5475     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    1715   ln_top_euler  = .false.   !  use Euler time-stepping for TOP 
    1816   ln_rsttr      = .false.   !  start from a restart file (T) or not (F) 
     
    2826&namtrc          !   tracers definition 
    2927!----------------------------------------------------------------------- 
    30    ln_trcdta     =   .true.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     28   jp_bgc        =  0           !  Number of passive tracers of the BGC model 
     29! 
     30   ln_pisces     =  .false.     !  Run PISCES BGC model  
     31   ln_my_trc     =  .false.     !  Run MY_TRC BGC model 
     32   ln_age        =  .false.     !  Run the sea water age tracer 
     33   ln_cfc11      =  .false.     !  Run the CFC11 passive tracer 
     34   ln_cfc12      =  .false.     !  Run the CFC12 passive tracer 
     35   ln_sf6        =  .false.     !  Run the SF6 passive tracer 
     36   ln_c14        =  .false.     !  Run the Radiocarbon passive tracer 
     37! 
     38   ln_trcdta     =  .false.  !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
    3139   ln_trcdmp     =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
    3240   ln_trcdmp_clo =  .false.  !  damping term (T) or not (F) on closed seas 
     41! 
     42   jp_dia3d      = 0         ! Number of 3D diagnostic variables 
     43   jp_dia2d      = 0         ! Number of 2D diagnostic variables 
     44!                !           !                                         !            !                               ! 
     45!                !    name   !           title of the field            !   units    ! initial data from file or not !  
     46!  sn_tracer(1)  = 'tracer  ' , 'Tracer  Concentration                 ',   ' - '    ,           .false. 
     47/ 
     48!----------------------------------------------------------------------- 
     49&namage         !   AGE  
     50!----------------------------------------------------------------------- 
     51   rn_age_depth      = 10            ! depth over which age tracer reset to zero 
     52   rn_age_kill_rate  = -0.000138888  !  = -1/7200 recip of relaxation timescale (s) for  age tracer shallower than age_depth 
    3353/ 
    3454!----------------------------------------------------------------------- 
     
    3656!----------------------------------------------------------------------- 
    3757   cn_dir        =  './'     !  root directory for the location of the data files 
     58!          !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     59!          !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     60   sn_trcdta(1)  = 'data_TRC_nomask'        ,        -12        ,  'TRC'     ,    .false.   , .true. , 'yearly'  , ''       , ''   , '' 
    3861/ 
    3962!----------------------------------------------------------------------- 
     
    111134   ln_trdtrc(23) = .true. 
    112135/ 
    113 !----------------------------------------------------------------------- 
    114 &namtrc_dia      !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
    115 !---------------------------------------------------------------------- 
    116    ln_diatrc     =  .true.   !  save additional diag. (T) or not (F) 
    117    ln_diabio     =  .true.   !  output biological trends 
    118    nn_writedia   =  5475     !  time step frequency for diagnostics 
    119    nn_writebio   =    10     !  frequency of biological outputs 
    120 / 
    121136!---------------------------------------------------------------------- 
    122137&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
     
    125140   cn_dir_cbc    =  './'     !  root directory for the location of COASTAL data files 
    126141   cn_dir_obc    =  './'     !  root directory for the location of OPEN data files 
     142   ln_rnf_ctl    = .false.   !  Remove runoff dilution on tracers with absent river load 
     143   rn_bc_time    =  86400.   !  Time scaling factor for SBC and CBC data (seconds in a day) 
    127144/ 
    128145!---------------------------------------------------------------------- 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r7383 r7391  
    1111GYRE OPA_SRC 
    1212ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
     13ORCA2_LIM3_TRC OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC TOP_SRC 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limistate.F90

    r6695 r7391  
    313313 
    314314                  IF(lwp) THEN  
    315                      WRITE(numout,*) ' ztests : ', ztests 
    316315                     IF( ztests .NE. 4 )THEN 
    317316                        WRITE(numout,*) 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbc_oce.F90

    r7383 r7391  
    122122   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   sprecip           !: solid precipitation                          [Kg/m2/s] 
    123123   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   fr_i              !: ice fraction = 1 - lead fraction      (between 0 to 1) 
    124 #if defined key_cpl_carbon_cycle 
    125124   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:) ::   atm_co2           !: atmospheric pCO2                             [ppm] 
    126 #endif 
    127125   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) :: xcplmask          !: coupling mask for ln_mixcpl (warning: allocated in sbccpl) 
    128126 
     
    168166         ! 
    169167      ALLOCATE( tprecip(jpi,jpj) , sprecip(jpi,jpj) , fr_i(jpi,jpj) ,     & 
    170 #if defined key_cpl_carbon_cycle 
    171168         &      atm_co2(jpi,jpj) ,                                        & 
    172 #endif 
    173169         &      ssu_m  (jpi,jpj) , sst_m(jpi,jpj) , frq_m(jpi,jpj) ,      & 
    174170         &      ssv_m  (jpi,jpj) , sss_m(jpi,jpj) , ssh_m(jpi,jpj) , STAT=ierr(4) ) 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbccpl.F90

    r7383 r7391  
    2121   USE sbc_oce         ! Surface boundary condition: ocean fields 
    2222   USE sbc_ice         ! Surface boundary condition: ice fields 
    23    USE sbcapr 
     23   USE sbcapr          ! Stochastic param. : ??? 
    2424   USE sbcdcy          ! surface boundary condition: diurnal cycle 
    2525   USE sbcwave         ! surface boundary condition: waves 
     
    3737   USE albedo         !  
    3838   USE eosbn2         !  
    39    USE sbcrnf  , ONLY : l_rnfcpl 
    40 #if defined key_cpl_carbon_cycle 
    41    USE p4zflx, ONLY : oce_co2 
    42 #endif 
     39   USE sbcrnf, ONLY : l_rnfcpl 
    4340#if defined key_cice 
    4441   USE ice_domain_size, only: ncat 
     
    509506      !                                                      !      Atmospheric CO2      ! 
    510507      !                                                      ! ------------------------- ! 
    511       srcv(jpr_co2 )%clname = 'O_AtmCO2'   ;   IF( TRIM(sn_rcv_co2%cldes   ) == 'coupled' )    srcv(jpr_co2 )%laction = .TRUE. 
     508      srcv(jpr_co2 )%clname = 'O_AtmCO2'    
     509      IF( TRIM(sn_rcv_co2%cldes   ) == 'coupled' )  THEN 
     510         srcv(jpr_co2 )%laction = .TRUE. 
     511         l_co2cpl = .TRUE. 
     512         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     513         IF(lwp) WRITE(numout,*) '   Atmospheric pco2 received from oasis ' 
     514         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
     515      ENDIF 
    512516 
    513517      !                                                      ! ------------------------- !  
     
    11051109      ENDIF 
    11061110 
    1107 #if defined key_cpl_carbon_cycle 
    11081111      !                                                      ! ================== ! 
    11091112      !                                                      ! atmosph. CO2 (ppm) ! 
    11101113      !                                                      ! ================== ! 
    11111114      IF( srcv(jpr_co2)%laction )   atm_co2(:,:) = frcv(jpr_co2)%z3(:,:,1) 
    1112 #endif 
    11131115      !  
    11141116      !                                                      ! ========================= !  
     
    20982100         IF( ssnd(jps_hsnw)%laction )   CALL cpl_snd( jps_hsnw, isec, ztmp4, info ) 
    20992101      ENDIF 
    2100       ! 
    2101 #if defined key_cpl_carbon_cycle 
    21022102      !                                                      ! ------------------------- ! 
    21032103      !                                                      !  CO2 flux from PISCES     !  
    21042104      !                                                      ! ------------------------- ! 
    2105       IF( ssnd(jps_co2)%laction )   CALL cpl_snd( jps_co2, isec, RESHAPE ( oce_co2, (/jpi,jpj,1/) ) , info ) 
    2106       ! 
    2107 #endif 
     2105      IF( ssnd(jps_co2)%laction .AND. l_co2cpl )   CALL cpl_snd( jps_co2, isec, RESHAPE ( oce_co2, (/jpi,jpj,1/) ) , info ) 
     2106      ! 
    21082107      !                                                      ! ------------------------- ! 
    21092108      IF( ssnd(jps_ocx1)%laction ) THEN                      !      Surface current      ! 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/trc_oce.F90

    r6140 r7391  
    2424   PUBLIC   trc_oce_alloc      ! function called by nemogcm.F90 
    2525 
     26   LOGICAL , PUBLIC                                      ::   l_co2cpl = .false.   !: atmospheric pco2 recieved from oasis 
    2627   INTEGER , PUBLIC                                      ::   nn_dttrc      !: frequency of step on passive tracers 
    2728   REAL(wp), PUBLIC                                      ::   r_si2         !: largest depth of extinction (blue & 0.01 mg.m-3)  (RGB) 
    2829   REAL(wp), PUBLIC, SAVE, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   etot3         !: light absortion coefficient 
    29    REAL(wp), PUBLIC, SAVE, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   facvol        !: volume for degraded regions 
     30   REAL(wp), PUBLIC, SAVE, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   ::   oce_co2   !: ocean carbon flux 
    3031 
    3132#if defined key_top  
     
    7576      !!                  ***  trc_oce_alloc  *** 
    7677      !!---------------------------------------------------------------------- 
    77       INTEGER ::   ierr(2)        ! Local variables 
    78       !!---------------------------------------------------------------------- 
    79       ierr(:) = 0 
    80                      ALLOCATE( etot3 (jpi,jpj,jpk), STAT=ierr(1) ) 
    81       IF( lk_degrad) ALLOCATE( facvol(jpi,jpj,jpk), STAT=ierr(2) ) 
    82       trc_oce_alloc  = MAXVAL( ierr ) 
    83       ! 
     78      ALLOCATE( etot3(jpi,jpj,jpk), oce_co2(jpi,jpj), STAT=trc_oce_alloc ) 
    8479      IF( trc_oce_alloc /= 0 )   CALL ctl_warn('trc_oce_alloc: failed to allocate etot3 array') 
     80      ! 
    8581   END FUNCTION trc_oce_alloc 
    8682 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/par_cfc.F90

    r3680 r7391  
    1010   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces       !: number of tracers in PISCES 
    13    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_2d    !: number of 2D diag in PISCES 
    14    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_3d    !: number of 3D diag in PISCES 
    15    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_trd   !: number of biological diag in PISCES 
    1612 
    1713   IMPLICIT NONE 
    18  
    19    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc      =  jp_pisces     !: cumulative number of passive tracers 
    20    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_2d   =  jp_pisces_2d  !: 
    21    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_3d   =  jp_pisces_3d  !: 
    22    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lc_trd  =  jp_pisces_trd !: 
    23     
    24 #if defined key_cfc 
    25    !!--------------------------------------------------------------------- 
    26    !!   'key_cfc'   :                                          CFC tracers 
    27    !!--------------------------------------------------------------------- 
    28    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_cfc     = .TRUE.      !: CFC flag  
    29    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc     =  1          !: number of passive tracers 
    30    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc_2d  =  2          !: additional 2d output arrays ('key_trc_diaadd') 
    31    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc_3d  =  0          !: additional 3d output arrays ('key_trc_diaadd') 
    32    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc_trd =  0          !: number of sms trends for CFC 
    33     
    34    ! assign an index in trc arrays for each CFC prognostic variables 
    35    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpc11       = jp_lc + 1   !: CFC-11  
    36    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpc12       = jp_lc + 2   !: CFC-12    
    37 #else 
    38    !!--------------------------------------------------------------------- 
    39    !!   Default     :                                       No CFC tracers 
    40    !!--------------------------------------------------------------------- 
    41    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_cfc     = .FALSE.     !: CFC flag  
    42    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc     =  0          !: No CFC tracers 
    43    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc_2d  =  0          !: No CFC additional 2d output arrays  
    44    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc_3d  =  0          !: No CFC additional 3d output arrays  
    45    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc_trd =  0          !: number of sms trends for CFC 
    46 #endif 
    47  
    48    ! Starting/ending CFC do-loop indices (N.B. no CFC : jp_cfc0 > jp_cfc1 the do-loop are never done) 
    49    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc0     = jp_lc + 1       !: First index of CFC tracers 
    50    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc1     = jp_lc + jp_cfc  !: Last  index of CFC tracers 
    51    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc0_2d  = jp_lc_2d  + 1       !: First index of CFC tracers 
    52    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc1_2d  = jp_lc_2d  + jp_cfc_2d  !: Last  index of CFC tracers 
    53    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc0_3d  = jp_lc_3d  + 1       !: First index of CFC tracers 
    54    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc1_3d  = jp_lc_3d  + jp_cfc_3d  !: Last  index of CFC tracers 
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc0_trd = jp_lc_trd + 1       !: First index of CFC tracers 
    56    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_cfc1_trd = jp_lc_trd + jp_cfc_trd  !: Last  index of CFC tracers 
     14   INTEGER, PUBLIC  :: jp_cfc0, jp_cfc1  !:  First/last index of CFC tracers 
    5715 
    5816   !!====================================================================== 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcice_cfc.F90

    r5434 r7391  
    55   !!====================================================================== 
    66   !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_cfc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_cfc'                                               CFC tracers 
    117   !!---------------------------------------------------------------------- 
    128   !! trc_ice_cfc       : MY_TRC model main routine 
     
    4036   END SUBROUTINE trc_ice_ini_cfc 
    4137 
    42  
    43 #else 
    44    !!---------------------------------------------------------------------- 
    45    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    46    !!---------------------------------------------------------------------- 
    47 CONTAINS 
    48    SUBROUTINE trc_ice_ini_cfc             ! Empty routine 
    49    END SUBROUTINE trc_ice_ini_cfc 
    50 #endif 
    51  
    5238   !!====================================================================== 
    5339END MODULE trcice_cfc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcini_cfc.F90

    r3294 r7391  
    66   !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_cfc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_cfc'                                               CFC tracers 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_ini_cfc      : CFC model initialisation 
     
    1512   USE par_trc         ! TOP parameters 
    1613   USE trc             ! TOP variables 
     14   USE trcnam_cfc      ! CFC SMS namelist 
    1715   USE trcsms_cfc      ! CFC sms trends 
    1816 
     
    2119 
    2220   PUBLIC   trc_ini_cfc   ! called by trcini.F90 module 
    23  
    24    CHARACTER (len=34) ::   clname = 'cfc1112.atm'   ! ??? 
    2521 
    2622   INTEGER  ::   inum                   ! unit number 
     
    4642      INTEGER  ::  iskip = 6   ! number of 1st descriptor lines 
    4743      REAL(wp) ::  zyy, zyd 
     44      CHARACTER(len = 20)  ::  cltra 
    4845      !!---------------------------------------------------------------------- 
    49  
     46      ! 
     47      CALL trc_nam_cfc 
     48      ! 
    5049      IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    5150      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' trc_ini_cfc: initialisation of CFC chemical model' 
    5251      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~' 
    53  
    54  
    55       IF(lwp) WRITE(numout,*) 'read of formatted file cfc1112atm' 
     52      ! 
     53      IF(lwp) WRITE(numout,*) 'Read annual atmospheric concentratioins from formatted file : ' // TRIM(clname) 
    5654       
    5755      CALL ctl_opn( inum, clname, 'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) 
     
    6664      END DO 
    6765 100  jpyear = jn - 1 - iskip 
    68       IF ( lwp) WRITE(numout,*) '    ', jpyear ,' years read' 
     66      IF ( lwp) WRITE(numout,*) '   ---> ', jpyear ,' years read' 
    6967      !                                ! Allocate CFC arrays 
    7068 
    71       ALLOCATE( p_cfc(jpyear,jphem,2), STAT=ierr ) 
     69      ALLOCATE( p_cfc(jpyear,jphem,3), STAT=ierr ) 
    7270      IF( ierr > 0 ) THEN 
    7371         CALL ctl_stop( 'trc_ini_cfc: unable to allocate p_cfc array' )   ;   RETURN 
     
    8785         IF(lwp) THEN 
    8886            WRITE(numout,*) 
    89             WRITE(numout,*) 'Initialization de qint ; No restart : qint equal zero ' 
     87            WRITE(numout,*) 'Initialisation of qint ; No restart : qint equal zero ' 
    9088         ENDIF 
    9189         qint_cfc(:,:,:) = 0._wp 
     
    105103      jn = 31 
    106104      DO  
    107         READ(inum,*, IOSTAT=io) zyy, p_cfc(jn,1,1), p_cfc(jn,1,2), p_cfc(jn,2,1), p_cfc(jn,2,2) 
     105        READ(inum,*, IOSTAT=io) zyy, p_cfc(jn,1:2,1), p_cfc(jn,1:2,2), p_cfc(jn,1:2,3) 
    108106        IF( io < 0 ) exit 
    109107        jn = jn + 1 
    110108      END DO 
    111109 
    112       p_cfc(32,1:2,1) = 5.e-4      ! modify the values of the first years 
    113       p_cfc(33,1:2,1) = 8.e-4 
    114       p_cfc(34,1:2,1) = 1.e-6 
    115       p_cfc(35,1:2,1) = 2.e-3 
    116       p_cfc(36,1:2,1) = 4.e-3 
    117       p_cfc(37,1:2,1) = 6.e-3 
    118       p_cfc(38,1:2,1) = 8.e-3 
    119       p_cfc(39,1:2,1) = 1.e-2 
    120        
     110      !p_cfc(32,1:2,1) = 5.e-4      ! modify the values of the first years 
     111      !p_cfc(33,1:2,1) = 8.e-4 
     112      !p_cfc(34,1:2,1) = 1.e-6 
     113      !p_cfc(35,1:2,1) = 2.e-3 
     114      !p_cfc(36,1:2,1) = 4.e-3 
     115      !p_cfc(37,1:2,1) = 6.e-3 
     116      !p_cfc(38,1:2,1) = 8.e-3 
     117      !p_cfc(39,1:2,1) = 1.e-2 
    121118      IF(lwp) THEN        ! Control print 
    122119         WRITE(numout,*) 
    123          WRITE(numout,*) ' Year   p11HN    p11HS    p12HN    p12HS ' 
     120         WRITE(numout,*) ' Year   c11NH     c11SH     c12NH     c12SH     SF6NH     SF6SH' 
    124121         DO jn = 30, jpyear 
    125             WRITE(numout, '( 1I4, 4F9.2)') jn, p_cfc(jn,1,1), p_cfc(jn,2,1), p_cfc(jn,1,2), p_cfc(jn,2,2) 
     122            WRITE(numout, '( 1I4, 6F10.4)') jn, p_cfc(jn,1:2,1), p_cfc(jn,1:2,2), p_cfc(jn,1:2,3) 
    126123         END DO 
    127124      ENDIF 
     
    145142      ! 
    146143   END SUBROUTINE trc_ini_cfc 
    147     
    148 #else 
    149    !!---------------------------------------------------------------------- 
    150    !!   Dummy module                                         No CFC tracers 
    151    !!---------------------------------------------------------------------- 
    152 CONTAINS 
    153    SUBROUTINE trc_ini_cfc             ! Empty routine 
    154    END SUBROUTINE trc_ini_cfc 
    155 #endif 
    156144 
    157145   !!====================================================================== 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcnam_cfc.F90

    r4624 r7391  
    66   !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) from trcnam.cfc.h90 
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_cfc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_cfc'                                               CFC tracers 
    11    !!---------------------------------------------------------------------- 
    128   !! trc_nam_cfc      : CFC model initialisation 
    139   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1410   USE oce_trc         ! Ocean variables 
    15    USE par_trc         ! TOP parameters 
    1611   USE trc             ! TOP variables 
    1712   USE trcsms_cfc      ! CFC specific variable 
    18    USE iom             ! I/O manager 
    1913 
    2014   IMPLICIT NONE 
    2115   PRIVATE 
     16 
     17   CHARACTER(len=34), PUBLIC ::   clname ! Input filename of CFCs atm. concentrations 
    2218 
    2319   PUBLIC   trc_nam_cfc   ! called by trcnam.F90 module 
     
    4238      !! ** input   :   Namelist namcfc 
    4339      !!---------------------------------------------------------------------- 
    44       INTEGER ::  numnatc_ref = -1   ! Logical unit for reference CFC namelist 
    45       INTEGER ::  numnatc_cfg = -1   ! Logical unit for configuration CFC namelist 
    46       INTEGER ::  numonc      = -1   ! Logical unit for output namelist 
    4740      INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    4841      INTEGER :: jl, jn 
    49       TYPE(DIAG), DIMENSION(jp_cfc_2d) :: cfcdia2d 
    5042      !! 
    51       NAMELIST/namcfcdate/ ndate_beg, nyear_res 
    52       NAMELIST/namcfcdia/  cfcdia2d     ! additional diagnostics 
     43      NAMELIST/namcfc/ ndate_beg, nyear_res, clname 
    5344      !!---------------------------------------------------------------------- 
    54       !                             ! Open namelist files 
    55       CALL ctl_opn( numnatc_ref, 'namelist_cfc_ref'   ,     'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) 
    56       CALL ctl_opn( numnatc_cfg, 'namelist_cfc_cfg'   ,     'OLD', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) 
    57       IF(lwm) CALL ctl_opn( numonc, 'output.namelist.cfc', 'UNKNOWN', 'FORMATTED', 'SEQUENTIAL', -1, numout, .FALSE. ) 
     45      ! 
     46      jn = jp_cfc0 - 1 
     47      ! Variables setting 
     48      IF( ln_cfc11 ) THEN 
     49         jn = jn + 1 
     50         ctrcnm    (jn) = 'CFC11' 
     51         ctrcln    (jn) = 'Chlorofluoro carbon 11 Concentration' 
     52         ctrcun    (jn) = 'umolC/L' 
     53         ln_trc_ini(jn) = .false. 
     54         ln_trc_sbc(jn) = .false. 
     55         ln_trc_cbc(jn) = .false. 
     56         ln_trc_obc(jn) = .false. 
     57      ENDIF 
     58      ! 
     59      IF( ln_cfc12 ) THEN 
     60         jn = jn + 1 
     61         ctrcnm    (jn) = 'CFC12' 
     62         ctrcln    (jn) = 'Chlorofluoro carbon 12 Concentration' 
     63         ctrcun    (jn) = 'umolC/L' 
     64         ln_trc_ini(jn) = .false. 
     65         ln_trc_sbc(jn) = .false. 
     66         ln_trc_cbc(jn) = .false. 
     67         ln_trc_obc(jn) = .false. 
     68      ENDIF 
     69      ! 
     70      IF( ln_sf6 ) THEN 
     71         jn = jn + 1 
     72         ctrcnm    (jn) = 'SF6' 
     73         ctrcln    (jn) = 'Sulfur hexafluoride Concentration' 
     74         ctrcun    (jn) = 'umol/L' 
     75         ln_trc_ini(jn) = .false. 
     76         ln_trc_sbc(jn) = .false. 
     77         ln_trc_cbc(jn) = .false. 
     78         ln_trc_obc(jn) = .false. 
     79      ENDIF 
     80      ! 
     81      REWIND( numtrc_ref )              ! Namelist namcfcdate in reference namelist : CFC parameters 
     82      READ  ( numtrc_ref, namcfc, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
     83901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namcfc in reference namelist', lwp ) 
    5884 
    59       REWIND( numnatc_ref )              ! Namelist namcfcdate in reference namelist : CFC parameters 
    60       READ  ( numnatc_ref, namcfcdate, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    61 901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namcfcdate in reference namelist', lwp ) 
    62  
    63       REWIND( numnatc_cfg )              ! Namelist namcfcdate in configuration namelist : CFC parameters 
    64       READ  ( numnatc_cfg, namcfcdate, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    65 902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namcfcdate in configuration namelist', lwp ) 
    66       IF(lwm) WRITE ( numonc, namcfcdate ) 
     85      REWIND( numtrc_cfg )              ! Namelist namcfcdate in configuration namelist : CFC parameters 
     86      READ  ( numtrc_cfg, namcfc, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
     87902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namcfc in configuration namelist', lwp ) 
     88      IF(lwm) WRITE ( numonr, namcfc ) 
    6789 
    6890      IF(lwp) THEN                  ! control print 
    69          WRITE(numout,*) 
     91         WRITE(numout,*) ' ' 
     92         WRITE(numout,*) ' CFCs' 
     93         WRITE(numout,*) ' ' 
    7094         WRITE(numout,*) ' trc_nam: Read namdates, namelist for CFC chemical model' 
    7195         WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~' 
     
    76100      IF(lwp) WRITE(numout,*) '    initial year (aa)                       nyear_beg = ', nyear_beg 
    77101      ! 
    78  
    79       IF( .NOT.lk_iomput .AND. ln_diatrc ) THEN 
    80          ! 
    81          ! Namelist namcfcdia 
    82          ! ------------------- 
    83          REWIND( numnatc_ref )              ! Namelist namcfcdia in reference namelist : CFC diagnostics 
    84          READ  ( numnatc_ref, namcfcdia, IOSTAT = ios, ERR = 903) 
    85 903      IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namcfcdia in reference namelist', lwp ) 
    86  
    87          REWIND( numnatc_cfg )              ! Namelist namcfcdia in configuration namelist : CFC diagnostics 
    88          READ  ( numnatc_cfg, namcfcdia, IOSTAT = ios, ERR = 904 ) 
    89 904      IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namcfcdia in configuration namelist', lwp ) 
    90          IF(lwm) WRITE ( numonc, namcfcdia ) 
    91  
    92          DO jl = 1, jp_cfc_2d 
    93             jn = jp_cfc0_2d + jl - 1 
    94             ctrc2d(jn) = TRIM( cfcdia2d(jl)%sname ) 
    95             ctrc2l(jn) = TRIM( cfcdia2d(jl)%lname ) 
    96             ctrc2u(jn) = TRIM( cfcdia2d(jl)%units ) 
    97          END DO 
    98  
    99          IF(lwp) THEN                   ! control print 
    100             WRITE(numout,*) 
    101             WRITE(numout,*) ' Namelist : natadd' 
    102             DO jl = 1, jp_cfc_2d 
    103                jn = jp_cfc0_2d + jl - 1 
    104                WRITE(numout,*) '  2d diag nb : ', jn, '    short name : ', ctrc2d(jn), & 
    105                  &             '  long name  : ', ctrc2l(jn), '   unit : ', ctrc2u(jn) 
    106             END DO 
    107             WRITE(numout,*) ' ' 
    108          ENDIF 
    109          ! 
    110       ENDIF 
    111  
    112    IF(lwm) CALL FLUSH ( numonc )     ! flush output namelist CFC 
     102      IF(lwm) CALL FLUSH ( numonr )     ! flush output namelist CFC 
    113103 
    114104   END SUBROUTINE trc_nam_cfc 
    115105    
    116 #else 
    117    !!---------------------------------------------------------------------- 
    118    !!  Dummy module :                                                No CFC 
    119    !!---------------------------------------------------------------------- 
    120 CONTAINS 
    121    SUBROUTINE trc_nam_cfc                      ! Empty routine 
    122    END  SUBROUTINE  trc_nam_cfc 
    123 #endif   
    124  
    125106   !!====================================================================== 
    126107END MODULE trcnam_cfc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcsms_cfc.F90

    r6140 r7391  
    77   !!  NEMO      1.0  !  2004-03  (C. Ethe) free form + modularity 
    88   !!            2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  reorganisation 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10 #if defined key_cfc 
    11    !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    !!   'key_cfc'                                               CFC tracers 
     9   !!            4.0  !  2016-11  (T. Lovato) Add SF6, Update Schmidt number 
    1310   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1411   !!   trc_sms_cfc  :  compute and add CFC suface forcing to CFC trends 
     
    2926 
    3027   INTEGER , PUBLIC, PARAMETER ::   jphem  =   2   ! parameter for the 2 hemispheres 
    31    INTEGER , PUBLIC            ::   jpyear         ! Number of years read in CFC1112 file 
     28   INTEGER , PUBLIC            ::   jpyear         ! Number of years read in input data file (in trcini_cfc) 
    3229   INTEGER , PUBLIC            ::   ndate_beg      ! initial calendar date (aammjj) for CFC 
    3330   INTEGER , PUBLIC            ::   nyear_res      ! restoring time constant (year) 
    3431   INTEGER , PUBLIC            ::   nyear_beg      ! initial year (aa)  
    3532    
    36    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   p_cfc    ! partial hemispheric pressure for CFC 
     33   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   p_cfc    ! partial hemispheric pressure for all CFC 
    3734   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   xphem    ! spatial interpolation factor for patm 
    3835   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   qtr_cfc  ! flux at surface 
    3936   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   qint_cfc ! cumulative flux  
     37   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   atm_cfc  ! partial hemispheric pressure for used CFC 
    4038   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   patm     ! atmospheric function 
    4139 
    42    REAL(wp), DIMENSION(4,2) ::   soa   ! coefficient for solubility of CFC [mol/l/atm] 
    43    REAL(wp), DIMENSION(3,2) ::   sob   !    "               " 
    44    REAL(wp), DIMENSION(4,2) ::   sca   ! coefficients for schmidt number in degre Celcius 
     40   REAL(wp),         ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   soa      ! coefficient for solubility of CFC [mol/l/atm] 
     41   REAL(wp),         ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   sob      !    "               " 
     42   REAL(wp),         ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:)   ::   sca      ! coefficients for schmidt number in degrees Celsius 
    4543       
    4644   !                          ! coefficients for conversion 
     
    7977      INTEGER  ::   im1, im2, ierr 
    8078      REAL(wp) ::   ztap, zdtap         
    81       REAL(wp) ::   zt1, zt2, zt3, zv2 
     79      REAL(wp) ::   zt1, zt2, zt3, zt4, zv2 
    8280      REAL(wp) ::   zsol      ! solubility 
    8381      REAL(wp) ::   zsch      ! schmidt number  
     
    117115         ! time interpolation at time kt 
    118116         DO jm = 1, jphem 
    119             zpatm(jm,jl) = (  p_cfc(iyear_beg, jm, jl) * FLOAT (im1)  & 
    120                &           +  p_cfc(iyear_end, jm, jl) * FLOAT (im2) ) / 12. 
     117            zpatm(jm,jl) = (  atm_cfc(iyear_beg, jm, jl) * REAL(im1, wp)  & 
     118               &           +  atm_cfc(iyear_end, jm, jl) * REAL(im2, wp) ) / 12. 
    121119         END DO 
    122120          
     
    145143   
    146144               ! Computation of speed transfert 
    147                !    Schmidt number 
     145               !    Schmidt number revised in Wanninkhof (2014) 
    148146               zt1  = tsn(ji,jj,1,jp_tem) 
    149147               zt2  = zt1 * zt1  
    150148               zt3  = zt1 * zt2 
    151                zsch = sca(1,jl) + sca(2,jl) * zt1 + sca(3,jl) * zt2 + sca(4,jl) * zt3 
    152  
    153                !    speed transfert : formulae of wanninkhof 1992 
     149               zt4  = zt2 * zt2 
     150               zsch = sca(1,jl) + sca(2,jl) * zt1 + sca(3,jl) * zt2 + sca(4,jl) * zt3 + sca(5,jl) * zt4 
     151 
     152               !    speed transfert : formulae revised in Wanninkhof (2014) 
    154153               zv2     = wndm(ji,jj) * wndm(ji,jj) 
    155154               zsch    = zsch / 660. 
    156                zak_cfc = ( 0.39 * xconv2 * zv2 / SQRT(zsch) ) * tmask(ji,jj,1) 
     155               zak_cfc = ( 0.31 * xconv2 * zv2 / SQRT(zsch) ) * tmask(ji,jj,1) 
    157156 
    158157               ! Input function  : speed *( conc. at equil - concen at surface ) 
    159158               ! trn in pico-mol/l idem qtr; ak in en m/a 
    160159               qtr_cfc(ji,jj,jl) = -zak_cfc * ( trb(ji,jj,1,jn) - zca_cfc )   & 
    161 #if defined key_degrad 
    162                   &                         * facvol(ji,jj,1)                           & 
    163 #endif 
    164160                  &                         * tmask(ji,jj,1) * ( 1. - fr_i(ji,jj) ) 
    165161               ! Add the surface flux to the trend 
     
    185181      ! 
    186182      IF( lk_iomput ) THEN 
    187          CALL iom_put( "qtrCFC11"  , qtr_cfc (:,:,1) ) 
    188          CALL iom_put( "qintCFC11" , qint_cfc(:,:,1) ) 
    189       ELSE 
    190          IF( ln_diatrc ) THEN 
    191             trc2d(:,:,jp_cfc0_2d    ) = qtr_cfc (:,:,1) 
    192             trc2d(:,:,jp_cfc0_2d + 1) = qint_cfc(:,:,1) 
    193          END IF 
     183         DO jn = jp_cfc0, jp_cfc1 
     184            CALL iom_put( 'qtr_'//ctrcnm(jn) , qtr_cfc (:,:,jn) ) 
     185            CALL iom_put( 'qint_'//ctrcnm(jn), qint_cfc(:,:,jn) ) 
     186         ENDDO 
    194187      END IF 
    195188      ! 
     
    212205      !!--------------------------------------------------------------------- 
    213206      INTEGER :: jn 
    214  
     207      !!---------------------------------------------------------------------- 
     208      ! 
     209      jn = 0  
    215210      ! coefficient for CFC11  
    216211      !---------------------- 
    217  
    218       ! Solubility 
    219       soa(1,1) = -229.9261  
    220       soa(2,1) =  319.6552 
    221       soa(3,1) =  119.4471 
    222       soa(4,1) =  -1.39165 
    223  
    224       sob(1,1) =  -0.142382 
    225       sob(2,1) =   0.091459 
    226       sob(3,1) =  -0.0157274 
    227  
    228       ! Schmidt number  
    229       sca(1,1) = 3501.8 
    230       sca(2,1) = -210.31 
    231       sca(3,1) =  6.1851 
    232       sca(4,1) = -0.07513 
     212      if ( ln_cfc11 ) then 
     213         jn = jn + 1 
     214         ! Solubility 
     215         soa(1,jn) = -229.9261  
     216         soa(2,jn) =  319.6552 
     217         soa(3,jn) =  119.4471 
     218         soa(4,jn) =  -1.39165 
     219 
     220         sob(1,jn) =  -0.142382 
     221         sob(2,jn) =   0.091459 
     222         sob(3,jn) =  -0.0157274 
     223 
     224         ! Schmidt number  
     225         sca(1,jn) = 3579.2 
     226         sca(2,jn) = -222.63 
     227         sca(3,jn) = 7.5749 
     228         sca(4,jn) = -0.14595 
     229         sca(5,jn) = 0.0011874 
     230 
     231         ! atm. concentration 
     232         atm_cfc(:,:,jn) = p_cfc(:,:,1) 
     233      endif 
    233234 
    234235      ! coefficient for CFC12  
    235236      !---------------------- 
    236  
    237       ! Solubility 
    238       soa(1,2) = -218.0971 
    239       soa(2,2) =  298.9702 
    240       soa(3,2) =  113.8049 
    241       soa(4,2) =  -1.39165 
    242  
    243       sob(1,2) =  -0.143566 
    244       sob(2,2) =   0.091015 
    245       sob(3,2) =  -0.0153924 
    246  
    247       ! schmidt number  
    248       sca(1,2) =  3845.4  
    249       sca(2,2) =  -228.95 
    250       sca(3,2) =  6.1908  
    251       sca(4,2) =  -0.067430 
     237      if ( ln_cfc12 ) then 
     238         jn = jn + 1 
     239         ! Solubility 
     240         soa(1,jn) = -218.0971 
     241         soa(2,jn) =  298.9702 
     242         soa(3,jn) =  113.8049 
     243         soa(4,jn) =  -1.39165 
     244 
     245         sob(1,jn) =  -0.143566 
     246         sob(2,jn) =   0.091015 
     247         sob(3,jn) =  -0.0153924 
     248 
     249         ! schmidt number  
     250         sca(1,jn) = 3828.1 
     251         sca(2,jn) = -249.86 
     252         sca(3,jn) = 8.7603 
     253         sca(4,jn) = -0.1716 
     254         sca(5,jn) = 0.001408 
     255 
     256         ! atm. concentration 
     257         atm_cfc(:,:,jn) = p_cfc(:,:,2) 
     258      endif 
     259 
     260      ! coefficient for SF6 
     261      !---------------------- 
     262      if ( ln_sf6 ) then 
     263         jn = jn + 1 
     264         ! Solubility 
     265         soa(1,jn) = -80.0343 
     266         soa(2,jn) = 117.232 
     267         soa(3,jn) =  29.5817 
     268         soa(4,jn) =   0.0 
     269 
     270         sob(1,jn) =  0.0335183  
     271         sob(2,jn) = -0.0373942  
     272         sob(3,jn) =  0.00774862 
     273 
     274         ! schmidt number 
     275         sca(1,jn) = 3177.5 
     276         sca(2,jn) = -200.57 
     277         sca(3,jn) = 6.8865 
     278         sca(4,jn) = -0.13335 
     279         sca(5,jn) = 0.0010877 
     280   
     281         ! atm. concentration 
     282         atm_cfc(:,:,jn) = p_cfc(:,:,3) 
     283       endif 
    252284 
    253285      IF( ln_rsttr ) THEN 
     
    269301      !!                     ***  ROUTINE trc_sms_cfc_alloc  *** 
    270302      !!---------------------------------------------------------------------- 
    271       ALLOCATE( xphem   (jpi,jpj)        ,     & 
    272          &      qtr_cfc (jpi,jpj,jp_cfc) ,     & 
    273          &      qint_cfc(jpi,jpj,jp_cfc) , STAT=trc_sms_cfc_alloc ) 
     303      ALLOCATE( xphem   (jpi,jpj)        , atm_cfc(jpyear,jphem,jp_cfc)  ,    & 
     304         &      qtr_cfc (jpi,jpj,jp_cfc) , qint_cfc(jpi,jpj,jp_cfc)      ,    & 
     305         &      soa(4,jp_cfc)    ,  sob(3,jp_cfc)   ,  sca(5,jp_cfc)     ,    & 
     306         &      STAT=trc_sms_cfc_alloc ) 
    274307         ! 
    275308      IF( trc_sms_cfc_alloc /= 0 ) CALL ctl_warn('trc_sms_cfc_alloc : failed to allocate arrays.') 
     
    277310   END FUNCTION trc_sms_cfc_alloc 
    278311 
    279 #else 
    280    !!---------------------------------------------------------------------- 
    281    !!   Dummy module                                         No CFC tracers 
    282    !!---------------------------------------------------------------------- 
    283 CONTAINS 
    284    SUBROUTINE trc_sms_cfc( kt )       ! Empty routine 
    285       WRITE(*,*) 'trc_sms_cfc: You should not have seen this print! error?', kt 
    286    END SUBROUTINE trc_sms_cfc 
    287 #endif 
    288  
    289312   !!====================================================================== 
    290313END MODULE trcsms_cfc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/CFC/trcwri_cfc.F90

    r5836 r7391  
    66   !! History :   1.0  !  2009-05 (C. Ethe)  Original code 
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_top && defined key_cfc && defined key_iomput 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_cfc'                                           cfc model 
     8#if defined key_top && defined key_iomput 
    119   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1210   !! trc_wri_cfc   :  outputs of concentration fields 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/par_my_trc.F90

    r3680 r7391  
    1010   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces       !: number of tracers in PISCES 
    13    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_2d    !: number of 2D diag in PISCES 
    14    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_3d    !: number of 3D diag in PISCES 
    15    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_trd   !: number of biological diag in PISCES 
    16  
    17    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc          !: number of tracers in CFC 
    18    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc_2d       !: number of tracers in CFC 
    19    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc_3d       !: number of tracers in CFC 
    20    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc_trd      !: number of tracers in CFC 
    21  
    22    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b         !: number of tracers in C14 
    23    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b_2d      !: number of tracers in C14 
    24    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b_3d      !: number of tracers in C14 
    25    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b_trd     !: number of tracers in C14 
    2612 
    2713   IMPLICIT NONE 
    2814 
    29    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm      =  jp_pisces     + jp_cfc     + jp_c14b     !:  
    30    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_2d   =  jp_pisces_2d  + jp_cfc_2d  + jp_c14b_2d  !: 
    31    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_3d   =  jp_pisces_3d  + jp_cfc_3d  + jp_c14b_3d  !: 
    32    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_trd  =  jp_pisces_trd + jp_cfc_trd + jp_c14b_trd !: 
    33  
    34 #if defined key_my_trc 
    35    !!--------------------------------------------------------------------- 
    36    !!   'key_my_trc'                     user defined tracers (MY_TRC) 
    37    !!--------------------------------------------------------------------- 
    38    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_my_trc     = .TRUE.   !: PTS flag  
    39    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc     =  1       !: number of PTS tracers 
    40    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_2d  =  0       !: additional 2d output arrays ('key_trc_diaadd') 
    41    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_3d  =  0       !: additional 3d output arrays ('key_trc_diaadd') 
    42    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_trd =  0       !: number of sms trends for MY_TRC 
    43  
    44    ! assign an index in trc arrays for each PTS prognostic variables 
    45    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmyt1 = jp_lm + 1     !: 1st MY_TRC tracer 
    46  
    47 #else 
    48    !!--------------------------------------------------------------------- 
    49    !!   Default                           No user defined tracers (MY_TRC) 
    50    !!--------------------------------------------------------------------- 
    51    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_my_trc     = .FALSE.  !: MY_TRC flag  
    52    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc     =  0       !: No MY_TRC tracers 
    53    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_2d  =  0       !: No MY_TRC additional 2d output arrays  
    54    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_3d  =  0       !: No MY_TRC additional 3d output arrays  
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_trd =  0       !: number of sms trends for MY_TRC 
    56 #endif 
    57  
    5815   ! Starting/ending PISCES do-loop indices (N.B. no PISCES : jpl_pcs < jpf_pcs the do-loop are never done) 
    59    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0     = jp_lm     + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    60    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1     = jp_lm     + jp_my_trc      !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    61    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0_2d  = jp_lm_2d  + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    62    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1_2d  = jp_lm_2d  + jp_my_trc_2d   !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    63    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0_3d  = jp_lm_3d  + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    64    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1_3d  = jp_lm_3d  + jp_my_trc_3d   !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    65    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0_trd = jp_lm_trd + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    66    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1_trd = jp_lm_trd + jp_my_trc_trd  !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    67  
     16   INTEGER, PUBLIC ::   jp_myt0             !: First index of MY_TRC passive tracers 
     17   INTEGER, PUBLIC ::   jp_myt1             !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    6818   !!====================================================================== 
    6919END MODULE par_my_trc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcice_my_trc.F90

    r5439 r7391  
    33   !!                         ***  MODULE trcice_my_trc  *** 
    44   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5 #if defined key_my_trc 
     5   !! trc_ice_my_trc       : MY_TRC model seaice coupling routine 
    66   !!---------------------------------------------------------------------- 
    7    !!   'key_my_trc'                                               CFC tracers 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !! trc_ice_my_trc       : MY_TRC model main routine 
     7   !! History :        !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    108   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119   USE par_trc         ! TOP parameters 
     
    1917 
    2018   !!---------------------------------------------------------------------- 
    21    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    22    !! $Id: trcice_my_trc.F90 4990 2014-12-15 16:42:49Z timgraham $ 
     19   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
     20   !! $Id$ 
    2321   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    2422   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    3432   END SUBROUTINE trc_ice_ini_my_trc 
    3533 
    36 #else 
    37    !!---------------------------------------------------------------------- 
    38    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    39    !!---------------------------------------------------------------------- 
    40 CONTAINS 
    41    SUBROUTINE trc_ice_ini_my_trc             ! Empty routine 
    42    END SUBROUTINE trc_ice_ini_my_trc 
    43 #endif 
    44  
    4534   !!====================================================================== 
    4635END MODULE trcice_my_trc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcini_my_trc.F90

    r5385 r7391  
    44   !! TOP :   initialisation of the MY_TRC tracers 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_my_trc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'                                               CFC tracers 
     6   !! History :        !  2007  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
     7   !!                  !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_ini_my_trc   : MY_TRC model initialisation 
     
    1512   USE oce_trc 
    1613   USE trc 
     14   USE par_my_trc 
     15   USE trcnam_my_trc     ! MY_TRC SMS namelist 
    1716   USE trcsms_my_trc 
    1817 
     
    2322 
    2423   !!---------------------------------------------------------------------- 
    25    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     24   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
    2625   !! $Id$  
    2726   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     
    3736      !! ** Method  : - Read the namcfc namelist and check the parameter values 
    3837      !!---------------------------------------------------------------------- 
    39  
     38      ! 
     39      CALL trc_nam_my_trc 
     40      ! 
    4041      !                       ! Allocate MY_TRC arrays 
    4142      IF( trc_sms_my_trc_alloc() /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'trc_ini_my_trc: unable to allocate MY_TRC arrays' ) 
     
    5354   END SUBROUTINE trc_ini_my_trc 
    5455 
    55 #else 
    56    !!---------------------------------------------------------------------- 
    57    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    58    !!---------------------------------------------------------------------- 
    59 CONTAINS 
    60    SUBROUTINE trc_ini_my_trc             ! Empty routine 
    61    END SUBROUTINE trc_ini_my_trc 
    62 #endif 
    63  
    6456   !!====================================================================== 
    6557END MODULE trcini_my_trc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcnam_my_trc.F90

    r3680 r7391  
    44   !! TOP :   initialisation of some run parameters for MY_TRC bio-model 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_my_trc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'   :                                       MY_TRC model 
     6   !! History :      !  2007  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
     7   !!                !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_nam_my_trc      : MY_TRC model initialisation 
     
    2219 
    2320   !!---------------------------------------------------------------------- 
    24    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     21   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
    2522   !! $Id$  
    2623   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     
    4340   END SUBROUTINE trc_nam_my_trc 
    4441    
    45 #else 
    46    !!---------------------------------------------------------------------- 
    47    !!  Dummy module :                                             No MY_TRC 
    48    !!---------------------------------------------------------------------- 
    49 CONTAINS 
    50    SUBROUTINE trc_nam_my_trc                      ! Empty routine 
    51    END  SUBROUTINE  trc_nam_my_trc 
    52 #endif   
    53  
    5442   !!====================================================================== 
    5543END MODULE trcnam_my_trc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcsms_my_trc.F90

    r6140 r7391  
    44   !! TOP :   Main module of the MY_TRC tracers 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_my_trc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'                                               CFC tracers 
     6   !! History :      !  2007  (C. Ethe, G. Madec)  Original code 
     7   !!                !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_sms_my_trc       : MY_TRC model main routine 
     
    1815   USE trd_oce 
    1916   USE trdtrc 
    20    USE trcbc, only : trc_bc_read 
     17   USE trcbc, only : trc_bc 
    2118 
    2219   IMPLICIT NONE 
     
    2926 
    3027   !!---------------------------------------------------------------------- 
    31    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     28   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
    3229   !! $Id$ 
    3330   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     
    5754      IF( l_trdtrc )  CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrmyt ) 
    5855 
    59       CALL trc_bc_read ( kt )       ! tracers: surface and lateral Boundary Conditions 
     56      CALL trc_bc ( kt )       ! tracers: surface and lateral Boundary Conditions 
    6057 
    6158      ! add here the call to BGC model 
     
    7471   END SUBROUTINE trc_sms_my_trc 
    7572 
    76  
    7773   INTEGER FUNCTION trc_sms_my_trc_alloc() 
    7874      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    8884   END FUNCTION trc_sms_my_trc_alloc 
    8985 
    90  
    91 #else 
    92    !!---------------------------------------------------------------------- 
    93    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    94    !!---------------------------------------------------------------------- 
    95 CONTAINS 
    96    SUBROUTINE trc_sms_my_trc( kt )             ! Empty routine 
    97       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    98       WRITE(*,*) 'trc_sms_my_trc: You should not have seen this print! error?', kt 
    99    END SUBROUTINE trc_sms_my_trc 
    100 #endif 
    101  
    10286   !!====================================================================== 
    10387END MODULE trcsms_my_trc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcwri_my_trc.F90

    r6140 r7391  
    22   !!====================================================================== 
    33   !!                       *** MODULE trcwri *** 
    4    !!    my_trc :   Output of my_trc tracers 
     4   !!     trc_wri_my_trc   :  outputs of concentration fields 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   1.0  !  2009-05 (C. Ethe)  Original code 
     6#if defined key_top && defined key_iomput 
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_top && defined key_my_trc && defined key_iomput 
     8   !! History :      !  2007  (C. Ethe, G. Madec)  Original code 
     9   !!                !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    910   !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'                                           my_trc model 
    11    !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    !! trc_wri_my_trc   :  outputs of concentration fields 
    13    !!---------------------------------------------------------------------- 
     11   USE par_trc         ! passive tracers common variables 
    1412   USE trc         ! passive tracers common variables  
    1513   USE iom         ! I/O manager 
     
    2018   PUBLIC trc_wri_my_trc  
    2119 
     20   !!---------------------------------------------------------------------- 
     21   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
     22   !! $Id$ 
     23   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     24   !!---------------------------------------------------------------------- 
    2225CONTAINS 
    2326 
     
    3639      DO jn = jp_myt0, jp_myt1 
    3740         cltra = TRIM( ctrcnm(jn) )                  ! short title for tracer 
    38          IF( ln_trc_wri(jn) ) CALL iom_put( cltra, trn(:,:,:,jn) ) 
     41         CALL iom_put( cltra, trn(:,:,:,jn) ) 
    3942      END DO 
    4043      ! 
     
    4245 
    4346#else 
    44    !!---------------------------------------------------------------------- 
    45    !!  Dummy module :                                     No passive tracer 
    46    !!---------------------------------------------------------------------- 
    47    PUBLIC trc_wri_my_trc 
     47 
    4848CONTAINS 
    49    SUBROUTINE trc_wri_my_trc                     ! Empty routine   
     49 
     50   SUBROUTINE trc_wri_my_trc 
     51      ! 
    5052   END SUBROUTINE trc_wri_my_trc 
     53 
    5154#endif 
    5255 
    53    !!---------------------------------------------------------------------- 
    54    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    55    !! $Id: trcwri_my_trc.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
    56    !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    57    !!====================================================================== 
    5856END MODULE trcwri_my_trc 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zbio.F90

    r6140 r7391  
    88   !!              -   !  2001-03  (M. Levy)  LNO3 + dia2d  
    99   !!             2.0  !  2007-12  (C. Deltel, G. Madec)  F90 
    10    !!---------------------------------------------------------------------- 
    11 #if defined key_pisces_reduced 
    12    !!---------------------------------------------------------------------- 
    13    !!   'key_pisces_reduced'                                     LOBSTER bio-model 
    1410   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1511   !!   p2z_bio        :   
     
    8682      !!                                  source      sink 
    8783      !!         
    88       !!              IF 'key_diabio' defined , the biogeochemical trends 
    89       !!              for passive tracers are saved for futher diagnostics. 
    9084      !!--------------------------------------------------------------------- 
    9185      !! 
     
    109103      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p2z_bio') 
    110104      ! 
    111       IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN 
     105      IF( lk_iomput ) THEN 
    112106         CALL wrk_alloc( jpi, jpj,     17, zw2d ) 
    113107         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, 3, zw3d ) 
     
    121115 
    122116      xksi(:,:) = 0.e0        ! zooplakton closure ( fbod) 
    123       IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN 
     117      IF( lk_iomput ) THEN 
    124118         zw2d  (:,:,:) = 0.e0 
    125119         zw3d(:,:,:,:) = 0.e0 
     
    218212               tra(ji,jj,jk,jpdom) = tra(ji,jj,jk,jpdom) + zdoma 
    219213 
    220  
    221                IF( ( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput ) .OR. l_trdtrc ) THEN 
    222                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd     ) = zno3phy 
    223                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  1) = znh4phy 
    224                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  2) = zphynh4 
    225                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  3) = zphydom 
    226                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  4) = zphyzoo 
    227                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  5) = zphydet 
    228                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  6) = zdetzoo 
    229                   !  trend number 8 in p2zsed 
    230                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  8) = zzoodet 
    231                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  9) = zzoobod 
    232                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 10) = zzoonh4 
    233                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 11) = zzoodom 
    234                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 12) = znh4no3 
    235                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 13) = zdomnh4 
    236                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 14) = zdetnh4 
    237                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 15) = zdetdom 
    238                   !  trend number 17 in p2zexp 
    239                 ENDIF 
    240                 IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN 
     214                IF( lk_iomput ) THEN 
    241215                  ! convert fluxes in per day 
    242216                  ze3t = e3t_n(ji,jj,jk) * 86400._wp 
     
    340314               tra(ji,jj,jk,jpdom) = tra(ji,jj,jk,jpdom) + zdoma 
    341315               ! 
    342                IF( ( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput ) .OR. l_trdtrc ) THEN 
    343                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd     ) = zno3phy 
    344                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  1) = znh4phy 
    345                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  2) = zphynh4 
    346                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  3) = zphydom 
    347                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  4) = zphyzoo 
    348                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  5) = zphydet 
    349                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  6) = zdetzoo 
    350                   !  trend number 8 in p2zsed 
    351                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  8) = zzoodet 
    352                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd +  9) = zzoobod 
    353                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 10) = zzoonh4 
    354                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 11) = zzoodom 
    355                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 12) = znh4no3 
    356                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 13) = zdomnh4 
    357                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 14) = zdetnh4 
    358                   trbio(ji,jj,jk,jp_pcs0_trd + 15) = zdetdom 
    359                   !  trend number 17 in p2zexp  
    360                 ENDIF 
    361                 IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN 
     316                IF( lk_iomput ) THEN 
    362317                  ! convert fluxes in per day 
    363318                  ze3t = e3t_n(ji,jj,jk) * 86400._wp 
     
    389344      END DO 
    390345 
    391       IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN 
     346      IF( lk_iomput ) THEN 
    392347         DO jl = 1, 17  
    393348            CALL lbc_lnk( zw2d(:,:,jl),'T', 1. ) 
     
    420375        CALL iom_put( "FNH4NO3", zw3d(:,:,:,3) ) 
    421376         ! 
    422        ELSE 
    423           IF( ln_diatrc ) THEN 
    424             ! 
    425             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d    ) = zw2d(:,:,1)  
    426             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 1) = zw2d(:,:,2)  
    427             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 2) = zw2d(:,:,3)  
    428             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 3) = zw2d(:,:,4)  
    429             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 4) = zw2d(:,:,5)  
    430             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 5) = zw2d(:,:,6)  
    431             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 6) = zw2d(:,:,7)  
    432                      ! trend number 8 is in p2zsed.F 
    433             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d +  8) = zw2d(:,:,8)  
    434             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d +  9) = zw2d(:,:,9)  
    435             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 10) = zw2d(:,:,10)  
    436             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 11) = zw2d(:,:,11)  
    437             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 12) = zw2d(:,:,12)  
    438             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 13) = zw2d(:,:,13)  
    439             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 14) = zw2d(:,:,14)  
    440             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 15) = zw2d(:,:,15)  
    441             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 16) = zw2d(:,:,16)  
    442             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 17) = zw2d(:,:,17)  
    443             ! trend number 19 is in p2zexp.F 
    444             trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d    ) = zw3d(:,:,:,1)  
    445             trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 1) = zw3d(:,:,:,2)  
    446             trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 2) = zw3d(:,:,:,3)  
    447          ENDIF 
    448         ! 
    449       ENDIF 
    450  
    451       IF( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput )  THEN 
    452          DO jl = jp_pcs0_trd, jp_pcs1_trd 
    453             CALL lbc_lnk( trbio(:,:,1,jl),'T', 1. ) 
    454          END DO  
    455       ENDIF 
    456       ! 
    457       IF( l_trdtrc ) THEN 
    458          DO jl = jp_pcs0_trd, jp_pcs1_trd 
    459             CALL trd_trc( trbio(:,:,:,jl), jl, kt )   ! handle the trend 
    460          END DO 
    461377      ENDIF 
    462378 
     
    467383      ENDIF 
    468384      ! 
    469       IF( ln_diatrc .OR. lk_iomput ) THEN 
     385      IF( lk_iomput ) THEN 
    470386         CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,     17, zw2d ) 
    471387         CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, 3, zw3d ) 
     
    586502   END SUBROUTINE p2z_bio_init 
    587503 
    588 #else 
    589    !!====================================================================== 
    590    !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model 
    591    !!====================================================================== 
    592 CONTAINS 
    593    SUBROUTINE p2z_bio( kt )                   ! Empty routine 
    594       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    595       WRITE(*,*) 'p2z_bio: You should not have seen this print! error?', kt 
    596    END SUBROUTINE p2z_bio 
    597 #endif  
    598  
    599504   !!====================================================================== 
    600505END MODULE p2zbio 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zexp.F90

    r6140 r7391  
    1010   !!             3.5  !  2012-03  (C. Ethe)  Merge PISCES-LOBSTER 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12 #if defined key_pisces_reduced 
    13    !!---------------------------------------------------------------------- 
    14    !!   'key_pisces_reduced'                                     LOBSTER bio-model 
    15    !!---------------------------------------------------------------------- 
    1612   !!   p2z_exp        :  Compute loss of organic matter in the sediments 
    1713   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    6864      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jl, ikt 
    6965      REAL(wp) ::   zgeolpoc, zfact, zwork, ze3t, zsedpocd, zmaskt 
    70       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::  ztrbio 
    7166      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:)   ::  zsedpoca 
    7267      CHARACTER (len=25) :: charout 
     
    8075      zsedpoca(:,:) = 0. 
    8176 
    82       IF( l_trdtrc )  THEN 
    83          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrbio )   ! temporary save of trends 
    84          ztrbio(:,:,:) = tra(:,:,:,jpno3) 
    85       ENDIF 
    8677 
    8778      ! VERTICAL DISTRIBUTION OF NEWLY PRODUCED BIOGENIC 
     
    126117  
    127118      ! Oa & Ek: diagnostics depending on jpdia2d !          left as example 
    128       IF( lk_iomput ) THEN   
    129          CALL iom_put( "SEDPOC" , sedpocn ) 
    130       ELSE 
    131          IF( ln_diatrc )           trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 18) = sedpocn(:,:) 
    132       ENDIF 
     119      IF( lk_iomput )  CALL iom_put( "SEDPOC" , sedpocn ) 
    133120 
    134121       
     
    160147      ENDIF 
    161148      ! 
    162       IF( l_trdtrc ) THEN 
    163          ztrbio(:,:,:) = tra(:,:,:,jpno3) - ztrbio(:,:,:) 
    164          jl = jp_pcs0_trd + 16 
    165          CALL trd_trc( ztrbio, jl, kt )   ! handle the trend 
    166          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrbio )   ! temporary save of trends 
    167       ENDIF 
    168       ! 
    169149      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsedpoca)   ! temporary save of trends 
    170150 
     
    281261   END FUNCTION p2z_exp_alloc 
    282262 
    283 #else 
    284    !!====================================================================== 
    285    !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model 
    286    !!====================================================================== 
    287 CONTAINS 
    288    SUBROUTINE p2z_exp( kt )                   ! Empty routine 
    289       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    290       WRITE(*,*) 'p2z_exp: You should not have seen this print! error?', kt 
    291    END SUBROUTINE p2z_exp 
    292 #endif  
    293  
    294263   !!====================================================================== 
    295264END MODULE  p2zexp 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zopt.F90

    r6140 r7391  
    1010   !!   NEMO      2.0  !  2007-12  (C. Deltel, G. Madec)  F90 
    1111   !!             3.2  !  2009-04  (C. Ethe, G. Madec)  minor optimisation + style 
    12    !!---------------------------------------------------------------------- 
    13 #if defined key_pisces_reduced 
    14    !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    !!   'key_pisces_reduced'                                     LOBSTER bio-model 
    1612   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1713   !!   p2z_opt        :   Compute the light availability in the water column 
     
    208204   END SUBROUTINE p2z_opt_init 
    209205 
    210 #else 
    211    !!====================================================================== 
    212    !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model 
    213    !!====================================================================== 
    214 CONTAINS 
    215    SUBROUTINE p2z_opt( kt )                   ! Empty routine 
    216       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    217       WRITE(*,*) 'p2z_opt: You should not have seen this print! error?', kt 
    218    END SUBROUTINE p2z_opt 
    219 #endif  
    220  
    221206   !!====================================================================== 
    222207END MODULE  p2zopt 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zsed.F90

    r6140 r7391  
    77   !!              -   !  2000-12 (E. Kestenare)  clean up 
    88   !!             2.0  !  2007-12  (C. Deltel, G. Madec)  F90 + simplifications 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10 #if defined key_pisces_reduced 
    11    !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    !!   'key_pisces_reduced'                                     LOBSTER bio-model 
    139   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1410   !!   p2z_sed        :  Compute loss of organic matter in the sediments 
     
    6662      CHARACTER (len=25) :: charout 
    6763      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zw2d 
    68       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zwork, ztra, ztrbio 
     64      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zwork, ztra 
    6965      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7066      ! 
     
    7975      ! Allocate temporary workspace 
    8076      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zwork, ztra ) 
    81       IF( l_trdtrc ) THEN 
    82          CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrbio ) 
    83          ztrbio(:,:,:) = tra(:,:,:,jpdet) 
    84       ENDIF 
    8577 
    8678      ! sedimentation of detritus  : upstream scheme 
     
    116108            CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zw2d ) 
    117109         ENDIF 
    118       ELSE 
    119          IF( ln_diatrc ) THEN  
    120             CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zw2d ) 
    121             zw2d(:,:) =  ztra(:,:,1) * e3t_n(:,:,1) * 86400._wp 
    122             DO jk = 2, jpkm1 
    123                zw2d(:,:) = zw2d(:,:) + ztra(:,:,jk) * e3t_n(:,:,jk) * 86400._wp 
    124             END DO 
    125             trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 7) = zw2d(:,:) 
    126             CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zw2d ) 
    127          ENDIF 
    128110      ENDIF 
    129111      ! 
    130       IF( ln_diabio .AND. .NOT. lk_iomput )  trbio(:,:,:,jp_pcs0_trd + 7) = ztra(:,:,:) 
    131112      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zwork, ztra ) 
    132113      ! 
    133       IF( l_trdtrc ) THEN 
    134          ztrbio(:,:,:) = tra(:,:,:,jpdet) - ztrbio(:,:,:) 
    135          jl = jp_pcs0_trd + 7 
    136          CALL trd_trc( ztrbio, jl, kt )   ! handle the trend 
    137          CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, ztrbio ) 
    138       ENDIF 
    139114 
    140115      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     
    180155   END SUBROUTINE p2z_sed_init 
    181156 
    182 #else 
    183    !!====================================================================== 
    184    !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model 
    185    !!====================================================================== 
    186 CONTAINS 
    187    SUBROUTINE p2z_sed( kt )                   ! Empty routine 
    188       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    189       WRITE(*,*) 'p2z_sed: You should not have seen this print! error?', kt 
    190    END SUBROUTINE p2z_sed 
    191 #endif  
    192  
    193157   !!====================================================================== 
    194158END MODULE  p2zsed 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P2Z/p2zsms.F90

    r5656 r7391  
    66   !! History :   1.0  !            M. Levy 
    77   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  revised architecture 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9 #if defined key_pisces_reduced 
    10    !!---------------------------------------------------------------------- 
    11    !!   'key_pisces_reduced'                              LOBSTER bio-model 
    128   !!---------------------------------------------------------------------- 
    139   !!   p2zsms        :  Time loop of passive tracers sms 
     
    7268   END SUBROUTINE p2z_sms 
    7369 
    74 #else 
    75    !!====================================================================== 
    76    !!  Dummy module :                                     No passive tracer 
    77    !!====================================================================== 
    78 CONTAINS 
    79    SUBROUTINE p2z_sms( kt )                   ! Empty routine 
    80       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    81       WRITE(*,*) 'p2z_sms: You should not have seen this print! error?', kt 
    82    END SUBROUTINE p2z_sms 
    83 #endif  
    84  
    8570   !!====================================================================== 
    8671END MODULE p2zsms 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zbio.F90

    r6140 r7391  
    66   !! History :   1.0  !  2004     (O. Aumont) Original code 
    77   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9 #if defined key_pisces 
    10    !!---------------------------------------------------------------------- 
    11    !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model 
    128   !!---------------------------------------------------------------------- 
    139   !!   p4z_bio        :   computes the interactions between the different 
     
    2420   USE p4zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
    2521   USE p4zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton 
     22   USE p5zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     23   USE p5zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
     24   USE p5zmort         !  Mortality terms for phytoplankton 
     25   USE p5zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
     26   USE p5zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton 
    2627   USE p4zrem          !  Remineralisation of organic matter 
     28   USE p4zpoc          !  Remineralization of organic particles 
     29   USE p4zagg          !  Aggregation of particles 
    2730   USE p4zfechem 
     31   USE p4zligand       !  Prognostic ligand model 
    2832   USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
    2933   USE iom             !  I/O manager 
     
    7377      END DO 
    7478 
    75       CALL p4z_opt  ( kt, knt )     ! Optic: PAR in the water column 
    76       CALL p4z_sink ( kt, knt )     ! vertical flux of particulate organic matter 
    77       CALL p4z_fechem(kt, knt )     ! Iron chemistry/scavenging 
    78       CALL p4z_lim  ( kt, knt )     ! co-limitations by the various nutrients 
    79       CALL p4z_prod ( kt, knt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
    80       !                             ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
    81       CALL p4z_mort ( kt      )     ! phytoplankton mortality 
    82      !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
    83       CALL p4z_micro( kt, knt )           ! microzooplankton 
    84       CALL p4z_meso ( kt, knt )           ! mesozooplankton 
    85       CALL p4z_rem  ( kt, knt )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe 
    86       !                             ! test if tracers concentrations fall below 0. 
     79      CALL p4z_opt     ( kt, knt )     ! Optic: PAR in the water column 
     80      CALL p4z_sink    ( kt, knt )     ! vertical flux of particulate organic matter 
     81      CALL p4z_fechem  ( kt, knt )     ! Iron chemistry/scavenging 
     82      ! 
     83      IF( ln_p4z ) THEN 
     84         CALL p4z_lim  ( kt, knt )     ! co-limitations by the various nutrients 
     85         CALL p4z_prod ( kt, knt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
     86         !                             ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
     87         CALL p4z_mort ( kt      )     ! phytoplankton mortality 
     88         !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
     89         CALL p4z_micro( kt, knt )           ! microzooplankton 
     90         CALL p4z_meso ( kt, knt )           ! mesozooplankton 
     91      ELSE 
     92         CALL p5z_lim  ( kt, knt )     ! co-limitations by the various nutrients 
     93         CALL p5z_prod ( kt, knt )     ! phytoplankton growth rate over the global ocean.  
     94         !                             ! (for each element : C, Si, Fe, Chl ) 
     95         CALL p5z_mort ( kt      )     ! phytoplankton mortality 
     96         !                             ! zooplankton sources/sinks routines  
     97         CALL p5z_micro( kt, knt )           ! microzooplankton 
     98         CALL p5z_meso ( kt, knt )           ! mesozooplankton 
     99      ENDIF 
     100      ! 
     101      CALL p4z_agg  ( kt, knt )     ! Aggregation of particles 
     102      CALL p4z_rem     ( kt, knt )     ! remineralization terms of organic matter+scavenging of Fe 
     103      CALL p4z_poc     ( kt, knt )     ! Remineralization of organic particles 
     104      IF( ln_ligand ) THEN 
     105        CALL p4z_ligand( kt, knt ) 
     106      ENDIF 
    87107      !                                                             ! 
    88108      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     
    96116   END SUBROUTINE p4z_bio 
    97117 
    98 #else 
    99    !!====================================================================== 
    100    !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model 
    101    !!====================================================================== 
    102 CONTAINS 
    103    SUBROUTINE p4z_bio                         ! Empty routine 
    104    END SUBROUTINE p4z_bio 
    105 #endif  
    106  
    107118   !!====================================================================== 
    108119END MODULE p4zbio 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zche.F90

    r6945 r7391  
    1111   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90 
    1212   !!                  !  2011-02  (J. Simeon, J.Orr ) update O2 solubility constants 
    13    !!---------------------------------------------------------------------- 
    14 #if defined key_pisces 
    15    !!---------------------------------------------------------------------- 
    16    !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model 
     13   !!             3.6  !  2016-03  (O. Aumont) Change chemistry to MOCSY standards 
    1714   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1815   !!   p4z_che      :  Sea water chemistry computed following OCMIP protocol 
     
    2219   USE sms_pisces    !  PISCES Source Minus Sink variables 
    2320   USE lib_mpp       !  MPP library 
     21   USE eosbn2, ONLY : neos 
    2422 
    2523   IMPLICIT NONE 
    2624   PRIVATE 
    2725 
    28    PUBLIC   p4z_che         ! 
    29    PUBLIC   p4z_che_alloc   ! 
    30  
    31    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   sio3eq   ! chemistry of Si 
    32    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   fekeq    ! chemistry of Fe 
    33    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   chemc    ! Solubilities of O2 and CO2 
    34    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   chemo2   ! Solubilities of O2 and CO2 
     26   PUBLIC   p4z_che          ! 
     27   PUBLIC   p4z_che_alloc    ! 
     28   PUBLIC   ahini_for_at     ! 
     29   PUBLIC   solve_at_general ! 
     30 
     31   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   :: sio3eq   ! chemistry of Si 
     32   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   :: fekeq    ! chemistry of Fe 
     33   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   :: chemc    ! Solubilities of O2 and CO2 
     34   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   :: chemo2    ! Solubilities of O2 and CO2 
     35   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:,:) :: fesol    ! solubility of Fe 
    3536   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   tempis   ! In situ temperature 
     37   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   salinprac  ! Practical salinity 
     38 
     39   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   akb3       !: ??? 
     40   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   akw3       !: ??? 
     41   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   akf3       !: ??? 
     42   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   aks3       !: ??? 
     43   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   ak1p3      !: ??? 
     44   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   ak2p3      !: ??? 
     45   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   ak3p3      !: ??? 
     46   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   aksi3      !: ??? 
     47   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   borat      !: ??? 
     48   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   fluorid    !: ??? 
     49   REAL(wp), ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   sulfat     !: ??? 
     50 
     51   !!* Variable for chemistry of the CO2 cycle 
    3652 
    3753   REAL(wp), PUBLIC ::   atcox  = 0.20946         ! units atm 
    3854 
    39    REAL(wp) ::   salchl = 1. / 1.80655    ! conversion factor for salinity --> chlorinity (Wooster et al. 1969) 
    4055   REAL(wp) ::   o2atm  = 1. / ( 1000. * 0.20946 )   
    4156 
    42    REAL(wp) ::   rgas   = 83.14472       ! universal gas constants 
    43    REAL(wp) ::   oxyco  = 1. / 22.4144   ! converts from liters of an ideal gas to moles 
    44  
    45    REAL(wp) ::   bor1   = 0.00023        ! borat constants 
    46    REAL(wp) ::   bor2   = 1. / 10.82 
    47  
    48    REAL(wp) ::   st1    =      0.14     ! constants for calculate concentrations for sulfate 
    49    REAL(wp) ::   st2    =  1./96.062    !  (Morris & Riley 1966) 
    50  
    51    REAL(wp) ::   ft1    =    0.000067   ! constants for calculate concentrations for fluorides 
    52    REAL(wp) ::   ft2    = 1./18.9984    ! (Dickson & Riley 1979 ) 
    53  
    54    !                                    ! volumetric solubility constants for o2 in ml/L   
    55    REAL(wp) ::   ox0    =  2.00856      ! from Table 1 for Eq 8 of Garcia and Gordon, 1992. 
    56    REAL(wp) ::   ox1    =  3.22400      ! corrects for moisture and fugacity, but not total atmospheric pressure 
    57    REAL(wp) ::   ox2    =  3.99063      !      Original PISCES code noted this was a solubility, but  
    58    REAL(wp) ::   ox3    =  4.80299      ! was in fact a bunsen coefficient with units L-O2/(Lsw atm-O2) 
    59    REAL(wp) ::   ox4    =  9.78188e-1   ! Hence, need to divide EXP( zoxy ) by 1000, ml-O2 => L-O2 
    60    REAL(wp) ::   ox5    =  1.71069      ! and atcox = 0.20946 to add the 1/atm dimension. 
    61    REAL(wp) ::   ox6    = -6.24097e-3    
    62    REAL(wp) ::   ox7    = -6.93498e-3  
    63    REAL(wp) ::   ox8    = -6.90358e-3 
    64    REAL(wp) ::   ox9    = -4.29155e-3  
    65    REAL(wp) ::   ox10   = -3.11680e-7  
     57   REAL(wp) ::   rgas   = 83.14472      ! universal gas constants 
     58   REAL(wp) ::   oxyco  = 1. / 22.4144  ! converts from liters of an ideal gas to moles 
    6659 
    6760   !                                    ! coeff. for seawater pressure correction : millero 95 
    6861   !                                    ! AGRIF doesn't like the DATA instruction 
    69    REAL(wp) :: devk11  = -25.5 
    70    REAL(wp) :: devk12  = -15.82 
    71    REAL(wp) :: devk13  = -29.48 
    72    REAL(wp) :: devk14  = -25.60 
    73    REAL(wp) :: devk15  = -48.76 
     62   REAL(wp) :: devk10  = -25.5 
     63   REAL(wp) :: devk11  = -15.82 
     64   REAL(wp) :: devk12  = -29.48 
     65   REAL(wp) :: devk13  = -20.02 
     66   REAL(wp) :: devk14  = -18.03 
     67   REAL(wp) :: devk15  = -9.78 
     68   REAL(wp) :: devk16  = -48.76 
     69   REAL(wp) :: devk17  = -14.51 
     70   REAL(wp) :: devk18  = -23.12 
     71   REAL(wp) :: devk19  = -26.57 
     72   REAL(wp) :: devk110  = -29.48 
    7473   ! 
    75    REAL(wp) :: devk21  = 0.1271 
    76    REAL(wp) :: devk22  = -0.0219 
    77    REAL(wp) :: devk23  = 0.1622 
    78    REAL(wp) :: devk24  = 0.2324 
    79    REAL(wp) :: devk25  = 0.5304 
     74   REAL(wp) :: devk20  = 0.1271 
     75   REAL(wp) :: devk21  = -0.0219 
     76   REAL(wp) :: devk22  = 0.1622 
     77   REAL(wp) :: devk23  = 0.1119 
     78   REAL(wp) :: devk24  = 0.0466 
     79   REAL(wp) :: devk25  = -0.0090 
     80   REAL(wp) :: devk26  = 0.5304 
     81   REAL(wp) :: devk27  = 0.1211 
     82   REAL(wp) :: devk28  = 0.1758 
     83   REAL(wp) :: devk29  = 0.2020 
     84   REAL(wp) :: devk210  = 0.1622 
    8085   ! 
     86   REAL(wp) :: devk30  = 0. 
    8187   REAL(wp) :: devk31  = 0. 
    82    REAL(wp) :: devk32  = 0. 
    83    REAL(wp) :: devk33  = 2.608E-3 
    84    REAL(wp) :: devk34  = -3.6246E-3 
    85    REAL(wp) :: devk35  = 0. 
     88   REAL(wp) :: devk32  = 2.608E-3 
     89   REAL(wp) :: devk33  = -1.409e-3 
     90   REAL(wp) :: devk34  = 0.316e-3 
     91   REAL(wp) :: devk35  = -0.942e-3 
     92   REAL(wp) :: devk36  = 0. 
     93   REAL(wp) :: devk37  = -0.321e-3 
     94   REAL(wp) :: devk38  = -2.647e-3 
     95   REAL(wp) :: devk39  = -3.042e-3 
     96   REAL(wp) :: devk310  = -2.6080e-3 
    8697   ! 
    87    REAL(wp) :: devk41  = -3.08E-3 
    88    REAL(wp) :: devk42  = 1.13E-3 
    89    REAL(wp) :: devk43  = -2.84E-3 
    90    REAL(wp) :: devk44  = -5.13E-3 
    91    REAL(wp) :: devk45  = -11.76E-3 
     98   REAL(wp) :: devk40  = -3.08E-3 
     99   REAL(wp) :: devk41  = 1.13E-3 
     100   REAL(wp) :: devk42  = -2.84E-3 
     101   REAL(wp) :: devk43  = -5.13E-3 
     102   REAL(wp) :: devk44  = -4.53e-3 
     103   REAL(wp) :: devk45  = -3.91e-3 
     104   REAL(wp) :: devk46  = -11.76e-3 
     105   REAL(wp) :: devk47  = -2.67e-3 
     106   REAL(wp) :: devk48  = -5.15e-3 
     107   REAL(wp) :: devk49  = -4.08e-3 
     108   REAL(wp) :: devk410  = -2.84e-3 
    92109   ! 
    93    REAL(wp) :: devk51  = 0.0877E-3 
    94    REAL(wp) :: devk52  = -0.1475E-3      
    95    REAL(wp) :: devk53  = 0. 
    96    REAL(wp) :: devk54  = 0.0794E-3       
    97    REAL(wp) :: devk55  = 0.3692E-3       
     110   REAL(wp) :: devk50  = 0.0877E-3 
     111   REAL(wp) :: devk51  = -0.1475E-3      
     112   REAL(wp) :: devk52  = 0. 
     113   REAL(wp) :: devk53  = 0.0794E-3       
     114   REAL(wp) :: devk54  = 0.09e-3 
     115   REAL(wp) :: devk55  = 0.054e-3 
     116   REAL(wp) :: devk56  = 0.3692E-3 
     117   REAL(wp) :: devk57  = 0.0427e-3 
     118   REAL(wp) :: devk58  = 0.09e-3 
     119   REAL(wp) :: devk59  = 0.0714e-3 
     120   REAL(wp) :: devk510  = 0.0 
     121   ! 
     122   ! General parameters 
     123   REAL(wp), PARAMETER :: pp_rdel_ah_target = 1.E-4_wp 
     124   REAL(wp), PARAMETER :: pp_ln10 = 2.302585092994045684018_wp 
     125 
     126   ! Maximum number of iterations for each method 
     127   INTEGER, PARAMETER :: jp_maxniter_atgen    = 20 
     128 
     129   ! Bookkeeping variables for each method 
     130   ! - SOLVE_AT_GENERAL 
     131   INTEGER :: niter_atgen    = jp_maxniter_atgen 
    98132 
    99133   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    113147      !!--------------------------------------------------------------------- 
    114148      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
    115       REAL(wp) ::   ztkel, zt   , zt2  , zsal  , zsal2 , zbuf1 , zbuf2 
     149      REAL(wp) ::   ztkel, ztkel1, zt , zsal  , zsal2 , zbuf1 , zbuf2 
    116150      REAL(wp) ::   ztgg , ztgg2, ztgg3 , ztgg4 , ztgg5 
    117151      REAL(wp) ::   zpres, ztc  , zcl   , zcpexp, zoxy  , zcpexp2 
    118152      REAL(wp) ::   zsqrt, ztr  , zlogt , zcek1, zc1, zplat 
    119       REAL(wp) ::   zis  , zis2 , zsal15, zisqrt, za1  , za2 
     153      REAL(wp) ::   zis  , zis2 , zsal15, zisqrt, za1, za2 
    120154      REAL(wp) ::   zckb , zck1 , zck2  , zckw  , zak1 , zak2  , zakb , zaksp0, zakw 
     155      REAL(wp) ::   zck1p, zck2p, zck3p, zcksi, zak1p, zak2p, zak3p, zaksi 
    121156      REAL(wp) ::   zst  , zft  , zcks  , zckf  , zaksp1 
     157      REAL(wp) ::   total2free, free2SWS, total2SWS, SWS2total 
     158 
    122159      !!--------------------------------------------------------------------- 
    123160      ! 
    124161      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_che') 
     162      ! 
     163      ! Computation of chemical constants require practical salinity 
     164      ! Thus, when TEOS08 is used, absolute salinity is converted to  
     165      ! practical salinity 
     166      ! ------------------------------------------------------------- 
     167      IF (neos == -1) THEN 
     168         salinprac(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_sal) * 35.0 / 35.16504 
     169      ELSE 
     170         salinprac(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_sal) 
     171      ENDIF 
     172 
    125173      ! 
    126174      ! Computations of chemical constants require in situ temperature 
     
    133181            DO ji = 1, jpi 
    134182               zpres = gdept_n(ji,jj,jk) / 1000. 
    135                za1 = 0.04 * ( 1.0 + 0.185 * tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 0.035 * (tsn(ji,jj,jk,jp_sal) - 35.0) ) 
     183               za1 = 0.04 * ( 1.0 + 0.185 * tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 0.035 * (salinprac(ji,jj,jk) - 35.0) ) 
    136184               za2 = 0.0075 * ( 1.0 - tsn(ji,jj,jk,jp_tem) / 30.0 ) 
    137185               tempis(ji,jj,jk) = tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - za1 * zpres + za2 * zpres**2 
     
    142190      ! CHEMICAL CONSTANTS - SURFACE LAYER 
    143191      ! ---------------------------------- 
     192!CDIR NOVERRCHK 
    144193      DO jj = 1, jpj 
     194!CDIR NOVERRCHK 
    145195         DO ji = 1, jpi 
    146196            !                             ! SET ABSOLUTE TEMPERATURE 
    147197            ztkel = tempis(ji,jj,1) + 273.15 
    148198            zt    = ztkel * 0.01 
    149             zt2   = zt * zt 
    150             zsal  = tsn(ji,jj,1,jp_sal) + ( 1.- tmask(ji,jj,1) ) * 35. 
    151             zsal2 = zsal * zsal 
    152             zlogt = LOG( zt ) 
     199            zsal  = salinprac(ji,jj,1) + ( 1.- tmask(ji,jj,1) ) * 35. 
    153200            !                             ! LN(K0) OF SOLUBILITY OF CO2 (EQ. 12, WEISS, 1980) 
    154201            !                             !     AND FOR THE ATMOSPHERE FOR NON IDEAL GAS 
    155202            zcek1 = 9345.17/ztkel - 60.2409 + 23.3585 * LOG(zt) + zsal*(0.023517 - 0.00023656*ztkel    & 
    156203            &       + 0.0047036e-4*ztkel**2) 
    157             !                             ! SET SOLUBILITIES OF O2 AND CO2  
    158             chemc(ji,jj,1) = EXP( zcek1 ) * 1.e-6 * rhop(ji,jj,1) / 1000. ! mol/(kg uatm) 
     204            chemc(ji,jj,1) = EXP( zcek1 ) * 1E-6 * rhop(ji,jj,1) / 1000. ! mol/(L atm) 
    159205            chemc(ji,jj,2) = -1636.75 + 12.0408*ztkel - 0.0327957*ztkel**2 + 0.0000316528*ztkel**3 
    160206            chemc(ji,jj,3) = 57.7 - 0.118*ztkel 
     
    165211      ! OXYGEN SOLUBILITY - DEEP OCEAN 
    166212      ! ------------------------------- 
     213!CDIR NOVERRCHK 
    167214      DO jk = 1, jpk 
     215!CDIR NOVERRCHK 
    168216         DO jj = 1, jpj 
     217!CDIR NOVERRCHK 
    169218            DO ji = 1, jpi 
    170219              ztkel = tempis(ji,jj,jk) + 273.15 
    171               zsal  = tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + ( 1.- tmask(ji,jj,jk) ) * 35. 
     220              zsal  = salinprac(ji,jj,jk) + ( 1.- tmask(ji,jj,jk) ) * 35. 
    172221              zsal2 = zsal * zsal 
    173222              ztgg  = LOG( ( 298.15 - tempis(ji,jj,jk) ) / ztkel )  ! Set the GORDON & GARCIA scaled temperature 
     
    176225              ztgg4 = ztgg3 * ztgg 
    177226              ztgg5 = ztgg4 * ztgg 
    178               zoxy  = ox0 + ox1 * ztgg + ox2 * ztgg2 + ox3 * ztgg3 + ox4 * ztgg4 + ox5 * ztgg5   & 
    179                      + zsal * ( ox6 + ox7 * ztgg + ox8 * ztgg2 + ox9 * ztgg3 ) +  ox10 * zsal2 
     227 
     228              zoxy  = 2.00856 + 3.22400 * ztgg + 3.99063 * ztgg2 + 4.80299 * ztgg3    & 
     229              &       + 9.78188e-1 * ztgg4 + 1.71069 * ztgg5 + zsal * ( -6.24097e-3   & 
     230              &       - 6.93498e-3 * ztgg - 6.90358e-3 * ztgg2 - 4.29155e-3 * ztgg3 )   & 
     231              &       - 3.11680e-7 * zsal2 
    180232              chemo2(ji,jj,jk) = ( EXP( zoxy ) * o2atm ) * oxyco * atcox     ! mol/(L atm) 
    181233            END DO 
     
    187239      ! CHEMICAL CONSTANTS - DEEP OCEAN 
    188240      ! ------------------------------- 
     241!CDIR NOVERRCHK 
    189242      DO jk = 1, jpk 
     243!CDIR NOVERRCHK 
    190244         DO jj = 1, jpj 
     245!CDIR NOVERRCHK 
    191246            DO ji = 1, jpi 
    192247 
     
    199254               ! SET ABSOLUTE TEMPERATURE 
    200255               ztkel   = tempis(ji,jj,jk) + 273.15 
    201                zsal    = tsn(ji,jj,jk,jp_sal) + ( 1.-tmask(ji,jj,jk) ) * 35. 
     256               zsal    = salinprac(ji,jj,jk) + ( 1.-tmask(ji,jj,jk) ) * 35. 
    202257               zsqrt  = SQRT( zsal ) 
    203258               zsal15  = zsqrt * zsal 
     
    210265 
    211266               ! CHLORINITY (WOOSTER ET AL., 1969) 
    212                zcl     = zsal * salchl 
     267               zcl     = zsal / 1.80655 
    213268 
    214269               ! TOTAL SULFATE CONCENTR. [MOLES/kg soln] 
    215                zst     = st1 * zcl * st2 
     270               zst     = 0.14 * zcl /96.062 
    216271 
    217272               ! TOTAL FLUORIDE CONCENTR. [MOLES/kg soln] 
    218                zft     = ft1 * zcl * ft2 
     273               zft     = 0.000067 * zcl /18.9984 
    219274 
    220275               ! DISSOCIATION CONSTANT FOR SULFATES on free H scale (Dickson 1990) 
     
    224279               &         - 2698. * ztr * zis**1.5 + 1776.* ztr * zis2         & 
    225280               &         + LOG(1.0 - 0.001005 * zsal)) 
    226                ! 
    227                aphscale(ji,jj,jk) = ( 1. + zst / zcks ) 
    228281 
    229282               ! DISSOCIATION CONSTANT FOR FLUORIDES on free H scale (Dickson and Riley 79) 
     
    239292               &      * zlogt + 0.053105*zsqrt*ztkel 
    240293 
    241  
    242294               ! DISSOCIATION COEFFICIENT FOR CARBONATE ACCORDING TO  
    243295               ! MEHRBACH (1973) REFIT BY MILLERO (1995), seawater scale 
     
    247299                  - 0.01781*zsal + 0.0001122*zsal*zsal) 
    248300 
    249                ! PKW (H2O) (DICKSON AND RILEY, 1979) 
    250                zckw = -13847.26*ztr + 148.9652 - 23.6521 * zlogt    &  
    251                &     + (118.67*ztr - 5.977 + 1.0495 * zlogt)        & 
    252                &     * zsqrt - 0.01615 * zsal 
     301               ! PKW (H2O) (MILLERO, 1995) from composite data 
     302               zckw    = -13847.26 * ztr + 148.9652 - 23.6521 * zlogt + ( 118.67 * ztr    & 
     303                         - 5.977 + 1.0495 * zlogt ) * zsqrt - 0.01615 * zsal 
     304 
     305               ! CONSTANTS FOR PHOSPHATE (MILLERO, 1995) 
     306              zck1p    = -4576.752*ztr + 115.540 - 18.453*zlogt   & 
     307              &          + (-106.736*ztr + 0.69171) * zsqrt       & 
     308              &          + (-0.65643*ztr - 0.01844) * zsal 
     309 
     310              zck2p    = -8814.715*ztr + 172.1033 - 27.927*zlogt  & 
     311              &          + (-160.340*ztr + 1.3566)*zsqrt          & 
     312              &          + (0.37335*ztr - 0.05778)*zsal 
     313 
     314              zck3p    = -3070.75*ztr - 18.126                    & 
     315              &          + (17.27039*ztr + 2.81197) * zsqrt       & 
     316              &          + (-44.99486*ztr - 0.09984) * zsal  
     317 
     318              ! CONSTANT FOR SILICATE, MILLERO (1995) 
     319              zcksi    = -8904.2*ztr  + 117.400 - 19.334*zlogt   & 
     320              &          + (-458.79*ztr + 3.5913) * zisqrt       & 
     321              &          + (188.74*ztr - 1.5998) * zis           & 
     322              &          + (-12.1652*ztr + 0.07871) * zis2       & 
     323              &          + LOG(1.0 - 0.001005*zsal) 
    253324 
    254325               ! APPARENT SOLUBILITY PRODUCT K'SP OF CALCITE IN SEAWATER 
     
    258329                  &      - 0.07711*zsal + 0.0041249*zsal15 
    259330 
     331               ! CONVERT FROM DIFFERENT PH SCALES 
     332               total2free  = 1.0/(1.0 + zst/zcks) 
     333               free2SWS    = 1. + zst/zcks + zft/(zckf*total2free) 
     334               total2SWS   = total2free * free2SWS 
     335               SWS2total   = 1.0 / total2SWS 
     336 
    260337               ! K1, K2 OF CARBONIC ACID, KB OF BORIC ACID, KW (H2O) (LIT.?) 
    261                zak1    = 10**(zck1) 
    262                zak2    = 10**(zck2) 
    263                zakb    = EXP( zckb  ) 
     338               zak1    = 10**(zck1) * total2SWS 
     339               zak2    = 10**(zck2) * total2SWS 
     340               zakb    = EXP( zckb ) * total2SWS 
    264341               zakw    = EXP( zckw ) 
    265342               zaksp1  = 10**(zaksp0) 
     343               zak1p   = exp( zck1p ) 
     344               zak2p   = exp( zck2p ) 
     345               zak3p   = exp( zck3p ) 
     346               zaksi   = exp( zcksi ) 
     347               zckf    = zckf * total2SWS 
    266348 
    267349               ! FORMULA FOR CPEXP AFTER EDMOND & GIESKES (1970) 
     
    275357               !        FORMULA ON P. 1286 IS RIGHT AND CONSISTENT WITH THE 
    276358               !        SIGN IN PARTIAL MOLAR VOLUME CHANGE AS SHOWN ON P. 1285)) 
    277                zcpexp  = zpres /(rgas*ztkel) 
    278                zcpexp2 = zpres * zpres/(rgas*ztkel) 
     359               zcpexp  = zpres / (rgas*ztkel) 
     360               zcpexp2 = zpres * zcpexp 
    279361 
    280362               ! KB OF BORIC ACID, K1,K2 OF CARBONIC ACID PRESSURE 
     
    282364               !        (CF. BROECKER ET AL., 1982) 
    283365 
    284                zbuf1  = -     ( devk11 + devk21 * ztc + devk31 * ztc * ztc ) 
     366               zbuf1  = -     ( devk10 + devk20 * ztc + devk30 * ztc * ztc ) 
     367               zbuf2  = 0.5 * ( devk40 + devk50 * ztc ) 
     368               ak13(ji,jj,jk) = zak1 * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     369 
     370               zbuf1  =     - ( devk11 + devk21 * ztc + devk31 * ztc * ztc ) 
    285371               zbuf2  = 0.5 * ( devk41 + devk51 * ztc ) 
    286                ak13(ji,jj,jk) = zak1 * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     372               ak23(ji,jj,jk) = zak2 * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
    287373 
    288374               zbuf1  =     - ( devk12 + devk22 * ztc + devk32 * ztc * ztc ) 
    289375               zbuf2  = 0.5 * ( devk42 + devk52 * ztc ) 
    290                ak23(ji,jj,jk) = zak2 * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     376               akb3(ji,jj,jk) = zakb * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
    291377 
    292378               zbuf1  =     - ( devk13 + devk23 * ztc + devk33 * ztc * ztc ) 
    293379               zbuf2  = 0.5 * ( devk43 + devk53 * ztc ) 
    294                akb3(ji,jj,jk) = zakb * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     380               akw3(ji,jj,jk) = zakw * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
    295381 
    296382               zbuf1  =     - ( devk14 + devk24 * ztc + devk34 * ztc * ztc ) 
    297383               zbuf2  = 0.5 * ( devk44 + devk54 * ztc ) 
    298                akw3(ji,jj,jk) = zakw * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
    299  
     384               aks3(ji,jj,jk) = zcks * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     385 
     386               zbuf1  =     - ( devk15 + devk25 * ztc + devk35 * ztc * ztc ) 
     387               zbuf2  = 0.5 * ( devk45 + devk55 * ztc ) 
     388               akf3(ji,jj,jk) = zckf * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     389 
     390               zbuf1  =     - ( devk17 + devk27 * ztc + devk37 * ztc * ztc ) 
     391               zbuf2  = 0.5 * ( devk47 + devk57 * ztc ) 
     392               ak1p3(ji,jj,jk) = zak1p * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     393 
     394               zbuf1  =     - ( devk18 + devk28 * ztc + devk38 * ztc * ztc ) 
     395               zbuf2  = 0.5 * ( devk48 + devk58 * ztc ) 
     396               ak2p3(ji,jj,jk) = zak2p * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     397 
     398               zbuf1  =     - ( devk19 + devk29 * ztc + devk39 * ztc * ztc ) 
     399               zbuf2  = 0.5 * ( devk49 + devk59 * ztc ) 
     400               ak3p3(ji,jj,jk) = zak3p * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     401 
     402               zbuf1  =     - ( devk110 + devk210 * ztc + devk310 * ztc * ztc ) 
     403               zbuf2  = 0.5 * ( devk410 + devk510 * ztc ) 
     404               aksi3(ji,jj,jk) = zaksi * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
     405 
     406               ! CONVERT FROM DIFFERENT PH SCALES 
     407               total2free  = 1.0/(1.0 + zst/aks3(ji,jj,jk)) 
     408               free2SWS    = 1. + zst/aks3(ji,jj,jk) + zft/akf3(ji,jj,jk) 
     409               total2SWS   = total2free * free2SWS 
     410               SWS2total   = 1.0 / total2SWS 
     411 
     412               ! Convert to total scale 
     413               ak13(ji,jj,jk)  = ak13(ji,jj,jk)  * SWS2total 
     414               ak23(ji,jj,jk)  = ak23(ji,jj,jk)  * SWS2total 
     415               akb3(ji,jj,jk)  = akb3(ji,jj,jk)  * SWS2total 
     416               akw3(ji,jj,jk)  = akw3(ji,jj,jk)  * SWS2total 
     417               ak1p3(ji,jj,jk) = ak1p3(ji,jj,jk) * SWS2total 
     418               ak2p3(ji,jj,jk) = ak2p3(ji,jj,jk) * SWS2total 
     419               ak3p3(ji,jj,jk) = ak3p3(ji,jj,jk) * SWS2total 
     420               aksi3(ji,jj,jk) = aksi3(ji,jj,jk) * SWS2total 
     421               akf3(ji,jj,jk)  = akf3(ji,jj,jk)  / total2free 
    300422 
    301423               ! APPARENT SOLUBILITY PRODUCT K'SP OF CALCITE  
    302424               !        AS FUNCTION OF PRESSURE FOLLOWING MILLERO 
    303425               !        (P. 1285) AND BERNER (1976) 
    304                zbuf1  =     - ( devk15 + devk25 * ztc + devk35 * ztc * ztc ) 
    305                zbuf2  = 0.5 * ( devk45 + devk55 * ztc ) 
     426               zbuf1  =     - ( devk16 + devk26 * ztc + devk36 * ztc * ztc ) 
     427               zbuf2  = 0.5 * ( devk46 + devk56 * ztc ) 
    306428               aksp(ji,jj,jk) = zaksp1 * EXP( zbuf1 * zcpexp + zbuf2 * zcpexp2 ) 
    307429 
    308                ! TOTAL BORATE CONCENTR. [MOLES/L] 
    309                borat(ji,jj,jk) = bor1 * zcl * bor2 
     430               ! TOTAL F, S, and BORATE CONCENTR. [MOLES/L] 
     431               borat(ji,jj,jk) = 0.0002414 * zcl / 10.811 
     432               sulfat(ji,jj,jk) = zst 
     433               fluorid(ji,jj,jk) = zft  
    310434 
    311435               ! Iron and SIO3 saturation concentration from ... 
    312436               sio3eq(ji,jj,jk) = EXP(  LOG( 10.) * ( 6.44 - 968. / ztkel )  ) * 1.e-6 
    313                fekeq (ji,jj,jk) = 10**( 17.27 - 1565.7 / ( 273.15 + ztc ) ) 
    314  
     437               fekeq (ji,jj,jk) = 10**( 17.27 - 1565.7 / ztkel ) 
     438 
     439               ! Liu and Millero (1999) only valid 5 - 50 degC 
     440               ztkel1 = MAX( 5. , tempis(ji,jj,jk) ) + 273.16 
     441               fesol(ji,jj,jk,1) = 10**(-13.486 - 0.1856* zis**0.5 + 0.3073*zis + 5254.0/ztkel1) 
     442               fesol(ji,jj,jk,2) = 10**(2.517 - 0.8885*zis**0.5 + 0.2139 * zis - 1320.0/ztkel1 ) 
     443               fesol(ji,jj,jk,3) = 10**(0.4511 - 0.3305*zis**0.5 - 1996.0/ztkel1 ) 
     444               fesol(ji,jj,jk,4) = 10**(-0.2965 - 0.7881*zis**0.5 - 4086.0/ztkel1 ) 
     445               fesol(ji,jj,jk,5) = 10**(4.4466 - 0.8505*zis**0.5 - 7980.0/ztkel1 ) 
    315446            END DO 
    316447         END DO 
     
    321452   END SUBROUTINE p4z_che 
    322453 
     454   SUBROUTINE ahini_for_at(p_hini) 
     455      !!--------------------------------------------------------------------- 
     456      !!                     ***  ROUTINE ahini_for_at  *** 
     457      !! 
     458      !! Subroutine returns the root for the 2nd order approximation of the 
     459      !! DIC -- B_T -- A_CB equation for [H+] (reformulated as a cubic  
     460      !! polynomial) around the local minimum, if it exists. 
     461      !! Returns * 1E-03_wp if p_alkcb <= 0 
     462      !!         * 1E-10_wp if p_alkcb >= 2*p_dictot + p_bortot 
     463      !!         * 1E-07_wp if 0 < p_alkcb < 2*p_dictot + p_bortot 
     464      !!                    and the 2nd order approximation does not have  
     465      !!                    a solution 
     466      !!--------------------------------------------------------------------- 
     467      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(OUT)  ::  p_hini 
     468      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
     469      REAL(wp)  ::  zca1, zba1 
     470      REAL(wp)  ::  zd, zsqrtd, zhmin 
     471      REAL(wp)  ::  za2, za1, za0 
     472      REAL(wp)  ::  p_dictot, p_bortot, p_alkcb  
     473 
     474      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('ahini_for_at') 
     475      ! 
     476      DO jk = 1, jpk 
     477        DO jj = 1, jpj 
     478          DO ji = 1, jpi 
     479            p_alkcb  = trb(ji,jj,jk,jptal) * 1000. / (rhop(ji,jj,jk) + rtrn) 
     480            p_dictot = trb(ji,jj,jk,jpdic) * 1000. / (rhop(ji,jj,jk) + rtrn) 
     481            p_bortot = borat(ji,jj,jk) 
     482            IF (p_alkcb <= 0.) THEN 
     483                p_hini(ji,jj,jk) = 1.e-3 
     484            ELSEIF (p_alkcb >= (2.*p_dictot + p_bortot)) THEN 
     485                p_hini(ji,jj,jk) = 1.e-10_wp 
     486            ELSE 
     487                zca1 = p_dictot/( p_alkcb + rtrn ) 
     488                zba1 = p_bortot/ (p_alkcb + rtrn ) 
     489           ! Coefficients of the cubic polynomial 
     490                za2 = aKb3(ji,jj,jk)*(1. - zba1) + ak13(ji,jj,jk)*(1.-zca1) 
     491                za1 = ak13(ji,jj,jk)*akb3(ji,jj,jk)*(1. - zba1 - zca1)    & 
     492                &     + ak13(ji,jj,jk)*ak23(ji,jj,jk)*(1. - (zca1+zca1)) 
     493                za0 = ak13(ji,jj,jk)*ak23(ji,jj,jk)*akb3(ji,jj,jk)*(1. - zba1 - (zca1+zca1)) 
     494                                        ! Taylor expansion around the minimum 
     495                zd = za2*za2 - 3.*za1   ! Discriminant of the quadratic equation 
     496                                        ! for the minimum close to the root 
     497 
     498                IF(zd > 0.) THEN        ! If the discriminant is positive 
     499                  zsqrtd = SQRT(zd) 
     500                  IF(za2 < 0) THEN 
     501                    zhmin = (-za2 + zsqrtd)/3. 
     502                  ELSE 
     503                    zhmin = -za1/(za2 + zsqrtd) 
     504                  ENDIF 
     505                  p_hini(ji,jj,jk) = zhmin + SQRT(-(za0 + zhmin*(za1 + zhmin*(za2 + zhmin)))/zsqrtd) 
     506                ELSE 
     507                  p_hini(ji,jj,jk) = 1.e-7 
     508                ENDIF 
     509             ! 
     510             ENDIF 
     511          END DO 
     512        END DO 
     513      END DO 
     514      ! 
     515      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('ahini_for_at') 
     516      ! 
     517   END SUBROUTINE ahini_for_at 
     518 
     519   !=============================================================================== 
     520   SUBROUTINE anw_infsup( p_alknw_inf, p_alknw_sup ) 
     521 
     522   ! Subroutine returns the lower and upper bounds of "non-water-selfionization" 
     523   ! contributions to total alkalinity (the infimum and the supremum), i.e 
     524   ! inf(TA - [OH-] + [H+]) and sup(TA - [OH-] + [H+]) 
     525 
     526   ! Argument variables 
     527   REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(OUT) :: p_alknw_inf 
     528   REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(OUT) :: p_alknw_sup 
     529 
     530   p_alknw_inf(:,:,:) =  -trb(:,:,:,jppo4) * 1000. / (rhop(:,:,:) + rtrn) - sulfat(:,:,:)  & 
     531   &              - fluorid(:,:,:) 
     532   p_alknw_sup(:,:,:) =   (2. * trb(:,:,:,jpdic) + 2. * trb(:,:,:,jppo4) + trb(:,:,:,jpsil) )    & 
     533   &               * 1000. / (rhop(:,:,:) + rtrn) + borat(:,:,:)  
     534 
     535   END SUBROUTINE anw_infsup 
     536 
     537 
     538   SUBROUTINE solve_at_general( p_hini, zhi ) 
     539 
     540   ! Universal pH solver that converges from any given initial value, 
     541   ! determines upper an lower bounds for the solution if required 
     542 
     543   ! Argument variables 
     544   !-------------------- 
     545   REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(IN)   :: p_hini 
     546   REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(OUT)  :: zhi 
     547 
     548   ! Local variables 
     549   !----------------- 
     550   INTEGER   ::  ji, jj, jk, jn 
     551   REAL(wp)  ::  zh_ini, zh, zh_prev, zh_lnfactor 
     552   REAL(wp)  ::  zdelta, zh_delta 
     553   REAL(wp)  ::  zeqn, zdeqndh, zalka 
     554   REAL(wp)  ::  aphscale 
     555   REAL(wp)  ::  znumer_dic, zdnumer_dic, zdenom_dic, zalk_dic, zdalk_dic 
     556   REAL(wp)  ::  znumer_bor, zdnumer_bor, zdenom_bor, zalk_bor, zdalk_bor 
     557   REAL(wp)  ::  znumer_po4, zdnumer_po4, zdenom_po4, zalk_po4, zdalk_po4 
     558   REAL(wp)  ::  znumer_sil, zdnumer_sil, zdenom_sil, zalk_sil, zdalk_sil 
     559   REAL(wp)  ::  znumer_so4, zdnumer_so4, zdenom_so4, zalk_so4, zdalk_so4 
     560   REAL(wp)  ::  znumer_flu, zdnumer_flu, zdenom_flu, zalk_flu, zdalk_flu 
     561   REAL(wp)  ::  zalk_wat, zdalk_wat 
     562   REAL(wp)  ::  zfact, p_alktot, zdic, zbot, zpt, zst, zft, zsit 
     563   LOGICAL   ::  l_exitnow 
     564   REAL(wp), PARAMETER :: pz_exp_threshold = 1.0 
     565   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zalknw_inf, zalknw_sup, rmask, zh_min, zh_max, zeqn_absmin 
     566 
     567   IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('solve_at_general') 
     568      !  Allocate temporary workspace 
     569   CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zalknw_inf, zalknw_sup, rmask ) 
     570   CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zh_min, zh_max, zeqn_absmin ) 
     571 
     572   CALL anw_infsup( zalknw_inf, zalknw_sup ) 
     573 
     574   rmask(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     575   zhi(:,:,:)   = 0. 
     576 
     577   ! TOTAL H+ scale: conversion factor for Htot = aphscale * Hfree 
     578   DO jk = 1, jpk 
     579      DO jj = 1, jpj 
     580         DO ji = 1, jpi 
     581            IF (rmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
     582               p_alktot = trb(ji,jj,jk,jptal) * 1000. / (rhop(ji,jj,jk) + rtrn) 
     583               aphscale = 1. + sulfat(ji,jj,jk)/aks3(ji,jj,jk) 
     584               zh_ini = p_hini(ji,jj,jk) 
     585 
     586               zdelta = (p_alktot-zalknw_inf(ji,jj,jk))**2 + 4.*akw3(ji,jj,jk)/aphscale 
     587 
     588               IF(p_alktot >= zalknw_inf(ji,jj,jk)) THEN 
     589                 zh_min(ji,jj,jk) = 2.*akw3(ji,jj,jk) /( p_alktot-zalknw_inf(ji,jj,jk) + SQRT(zdelta) ) 
     590               ELSE 
     591                 zh_min(ji,jj,jk) = aphscale*(-(p_alktot-zalknw_inf(ji,jj,jk)) + SQRT(zdelta) ) / 2. 
     592               ENDIF 
     593 
     594               zdelta = (p_alktot-zalknw_sup(ji,jj,jk))**2 + 4.*akw3(ji,jj,jk)/aphscale 
     595 
     596               IF(p_alktot <= zalknw_sup(ji,jj,jk)) THEN 
     597                 zh_max(ji,jj,jk) = aphscale*(-(p_alktot-zalknw_sup(ji,jj,jk)) + SQRT(zdelta) ) / 2. 
     598               ELSE 
     599                 zh_max(ji,jj,jk) = 2.*akw3(ji,jj,jk) /( p_alktot-zalknw_sup(ji,jj,jk) + SQRT(zdelta) ) 
     600               ENDIF 
     601 
     602               zhi(ji,jj,jk) = MAX(MIN(zh_max(ji,jj,jk), zh_ini), zh_min(ji,jj,jk)) 
     603            ENDIF 
     604         END DO 
     605      END DO 
     606   END DO 
     607 
     608   zeqn_absmin(:,:,:) = HUGE(1._wp) 
     609 
     610   DO jn = 1, jp_maxniter_atgen  
     611   DO jk = 1, jpk 
     612      DO jj = 1, jpj 
     613         DO ji = 1, jpi 
     614            IF (rmask(ji,jj,jk) == 1.) THEN 
     615               zfact = rhop(ji,jj,jk) / 1000. + rtrn 
     616               p_alktot = trb(ji,jj,jk,jptal) / zfact 
     617               zdic  = trb(ji,jj,jk,jpdic) / zfact 
     618               zbot  = borat(ji,jj,jk) 
     619               zpt = trb(ji,jj,jk,jppo4) / zfact * po4r 
     620               zsit = trb(ji,jj,jk,jpsil) / zfact 
     621               zst = sulfat (ji,jj,jk) 
     622               zft = fluorid(ji,jj,jk) 
     623               aphscale = 1. + sulfat(ji,jj,jk)/aks3(ji,jj,jk) 
     624               zh = zhi(ji,jj,jk) 
     625               zh_prev = zh 
     626 
     627               ! H2CO3 - HCO3 - CO3 : n=2, m=0 
     628               znumer_dic = 2.*ak13(ji,jj,jk)*ak23(ji,jj,jk) + zh*ak13(ji,jj,jk) 
     629               zdenom_dic = ak13(ji,jj,jk)*ak23(ji,jj,jk) + zh*(ak13(ji,jj,jk) + zh) 
     630               zalk_dic   = zdic * (znumer_dic/zdenom_dic) 
     631               zdnumer_dic = ak13(ji,jj,jk)*ak13(ji,jj,jk)*ak23(ji,jj,jk) + zh     & 
     632                             *(4.*ak13(ji,jj,jk)*ak23(ji,jj,jk) + zh*ak13(ji,jj,jk)) 
     633               zdalk_dic   = -zdic*(zdnumer_dic/zdenom_dic**2) 
     634 
     635 
     636               ! B(OH)3 - B(OH)4 : n=1, m=0 
     637               znumer_bor = akb3(ji,jj,jk) 
     638               zdenom_bor = akb3(ji,jj,jk) + zh 
     639               zalk_bor   = zbot * (znumer_bor/zdenom_bor) 
     640               zdnumer_bor = akb3(ji,jj,jk) 
     641               zdalk_bor   = -zbot*(zdnumer_bor/zdenom_bor**2) 
     642 
     643 
     644               ! H3PO4 - H2PO4 - HPO4 - PO4 : n=3, m=1 
     645               znumer_po4 = 3.*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)*ak3p3(ji,jj,jk)  & 
     646               &            + zh*(2.*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk) + zh* ak1p3(ji,jj,jk)) 
     647               zdenom_po4 = ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)*ak3p3(ji,jj,jk)     & 
     648               &            + zh*( ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk) + zh*(ak1p3(ji,jj,jk) + zh)) 
     649               zalk_po4   = zpt * (znumer_po4/zdenom_po4 - 1.) ! Zero level of H3PO4 = 1 
     650               zdnumer_po4 = ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)*ak3p3(ji,jj,jk)  & 
     651               &             + zh*(4.*ak1p3(ji,jj,jk)*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)*ak3p3(ji,jj,jk)         & 
     652               &             + zh*(9.*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)*ak3p3(ji,jj,jk)                         & 
     653               &             + ak1p3(ji,jj,jk)*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk)                                & 
     654               &             + zh*(4.*ak1p3(ji,jj,jk)*ak2p3(ji,jj,jk) + zh * ak1p3(ji,jj,jk) ) ) ) 
     655               zdalk_po4   = -zpt * (zdnumer_po4/zdenom_po4**2) 
     656 
     657               ! H4SiO4 - H3SiO4 : n=1, m=0 
     658               znumer_sil = aksi3(ji,jj,jk) 
     659               zdenom_sil = aksi3(ji,jj,jk) + zh 
     660               zalk_sil   = zsit * (znumer_sil/zdenom_sil) 
     661               zdnumer_sil = aksi3(ji,jj,jk) 
     662               zdalk_sil   = -zsit * (zdnumer_sil/zdenom_sil**2) 
     663 
     664               ! HSO4 - SO4 : n=1, m=1 
     665               aphscale = 1.0 + zst/aks3(ji,jj,jk) 
     666               znumer_so4 = aks3(ji,jj,jk) * aphscale 
     667               zdenom_so4 = aks3(ji,jj,jk) * aphscale + zh 
     668               zalk_so4   = zst * (znumer_so4/zdenom_so4 - 1.) 
     669               zdnumer_so4 = aks3(ji,jj,jk) 
     670               zdalk_so4   = -zst * (zdnumer_so4/zdenom_so4**2) 
     671 
     672               ! HF - F : n=1, m=1 
     673               znumer_flu =  akf3(ji,jj,jk) 
     674               zdenom_flu =  akf3(ji,jj,jk) + zh 
     675               zalk_flu   =  zft * (znumer_flu/zdenom_flu - 1.) 
     676               zdnumer_flu = akf3(ji,jj,jk) 
     677               zdalk_flu   = -zft * (zdnumer_flu/zdenom_flu**2) 
     678 
     679               ! H2O - OH 
     680               aphscale = 1.0 + zst/aks3(ji,jj,jk) 
     681               zalk_wat   = akw3(ji,jj,jk)/zh - zh/aphscale 
     682               zdalk_wat  = -akw3(ji,jj,jk)/zh**2 - 1./aphscale 
     683 
     684               ! CALCULATE [ALK]([CO3--], [HCO3-]) 
     685               zeqn = zalk_dic + zalk_bor + zalk_po4 + zalk_sil   & 
     686               &      + zalk_so4 + zalk_flu                       & 
     687               &      + zalk_wat - p_alktot 
     688 
     689               zalka = p_alktot - (zalk_bor + zalk_po4 + zalk_sil   & 
     690               &       + zalk_so4 + zalk_flu + zalk_wat) 
     691 
     692               zdeqndh = zdalk_dic + zdalk_bor + zdalk_po4 + zdalk_sil & 
     693               &         + zdalk_so4 + zdalk_flu + zdalk_wat 
     694 
     695               ! Adapt bracketing interval 
     696               IF(zeqn > 0._wp) THEN 
     697                 zh_min(ji,jj,jk) = zh_prev 
     698               ELSEIF(zeqn < 0._wp) THEN 
     699                 zh_max(ji,jj,jk) = zh_prev 
     700               ENDIF 
     701 
     702               IF(ABS(zeqn) >= 0.5_wp*zeqn_absmin(ji,jj,jk)) THEN 
     703               ! if the function evaluation at the current point is 
     704               ! not decreasing faster than with a bisection step (at least linearly) 
     705               ! in absolute value take one bisection step on [ph_min, ph_max] 
     706               ! ph_new = (ph_min + ph_max)/2d0 
     707               ! 
     708               ! In terms of [H]_new: 
     709               ! [H]_new = 10**(-ph_new) 
     710               !         = 10**(-(ph_min + ph_max)/2d0) 
     711               !         = SQRT(10**(-(ph_min + phmax))) 
     712               !         = SQRT(zh_max * zh_min) 
     713                  zh = SQRT(zh_max(ji,jj,jk) * zh_min(ji,jj,jk)) 
     714                  zh_lnfactor = (zh - zh_prev)/zh_prev ! Required to test convergence below 
     715               ELSE 
     716               ! dzeqn/dpH = dzeqn/d[H] * d[H]/dpH 
     717               !           = -zdeqndh * LOG(10) * [H] 
     718               ! \Delta pH = -zeqn/(zdeqndh*d[H]/dpH) = zeqn/(zdeqndh*[H]*LOG(10)) 
     719               ! 
     720               ! pH_new = pH_old + \deltapH 
     721               ! 
     722               ! [H]_new = 10**(-pH_new) 
     723               !         = 10**(-pH_old - \Delta pH) 
     724               !         = [H]_old * 10**(-zeqn/(zdeqndh*[H]_old*LOG(10))) 
     725               !         = [H]_old * EXP(-LOG(10)*zeqn/(zdeqndh*[H]_old*LOG(10))) 
     726               !         = [H]_old * EXP(-zeqn/(zdeqndh*[H]_old)) 
     727 
     728                  zh_lnfactor = -zeqn/(zdeqndh*zh_prev) 
     729 
     730                  IF(ABS(zh_lnfactor) > pz_exp_threshold) THEN 
     731                     zh          = zh_prev*EXP(zh_lnfactor) 
     732                  ELSE 
     733                     zh_delta    = zh_lnfactor*zh_prev 
     734                     zh          = zh_prev + zh_delta 
     735                  ENDIF 
     736 
     737                  IF( zh < zh_min(ji,jj,jk) ) THEN 
     738                     ! if [H]_new < [H]_min 
     739                     ! i.e., if ph_new > ph_max then 
     740                     ! take one bisection step on [ph_prev, ph_max] 
     741                     ! ph_new = (ph_prev + ph_max)/2d0 
     742                     ! In terms of [H]_new: 
     743                     ! [H]_new = 10**(-ph_new) 
     744                     !         = 10**(-(ph_prev + ph_max)/2d0) 
     745                     !         = SQRT(10**(-(ph_prev + phmax))) 
     746                     !         = SQRT([H]_old*10**(-ph_max)) 
     747                     !         = SQRT([H]_old * zh_min) 
     748                     zh                = SQRT(zh_prev * zh_min(ji,jj,jk)) 
     749                     zh_lnfactor       = (zh - zh_prev)/zh_prev ! Required to test convergence below 
     750                  ENDIF 
     751 
     752                  IF( zh > zh_max(ji,jj,jk) ) THEN 
     753                     ! if [H]_new > [H]_max 
     754                     ! i.e., if ph_new < ph_min, then 
     755                     ! take one bisection step on [ph_min, ph_prev] 
     756                     ! ph_new = (ph_prev + ph_min)/2d0 
     757                     ! In terms of [H]_new: 
     758                     ! [H]_new = 10**(-ph_new) 
     759                     !         = 10**(-(ph_prev + ph_min)/2d0) 
     760                     !         = SQRT(10**(-(ph_prev + ph_min))) 
     761                     !         = SQRT([H]_old*10**(-ph_min)) 
     762                     !         = SQRT([H]_old * zhmax) 
     763                     zh                = SQRT(zh_prev * zh_max(ji,jj,jk)) 
     764                     zh_lnfactor       = (zh - zh_prev)/zh_prev ! Required to test convergence below 
     765                  ENDIF 
     766               ENDIF 
     767 
     768               zeqn_absmin(ji,jj,jk) = MIN( ABS(zeqn), zeqn_absmin(ji,jj,jk)) 
     769 
     770               ! Stop iterations once |\delta{[H]}/[H]| < rdel 
     771               ! <=> |(zh - zh_prev)/zh_prev| = |EXP(-zeqn/(zdeqndh*zh_prev)) -1| < rdel 
     772               ! |EXP(-zeqn/(zdeqndh*zh_prev)) -1| ~ |zeqn/(zdeqndh*zh_prev)| 
     773 
     774               ! Alternatively: 
     775               ! |\Delta pH| = |zeqn/(zdeqndh*zh_prev*LOG(10))| 
     776               !             ~ 1/LOG(10) * |\Delta [H]|/[H] 
     777               !             < 1/LOG(10) * rdel 
     778 
     779               ! Hence |zeqn/(zdeqndh*zh)| < rdel 
     780 
     781               ! rdel <-- pp_rdel_ah_target 
     782               l_exitnow = (ABS(zh_lnfactor) < pp_rdel_ah_target) 
     783 
     784               IF(l_exitnow) THEN  
     785                  rmask(ji,jj,jk) = 0. 
     786               ENDIF 
     787 
     788               zhi(ji,jj,jk) =  zh 
     789 
     790               IF(jn >= jp_maxniter_atgen) THEN 
     791                  zhi(ji,jj,jk) = -1._wp 
     792               ENDIF 
     793 
     794            ENDIF 
     795         END DO 
     796      END DO 
     797   END DO 
     798   END DO 
     799   ! 
     800   CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zalknw_inf, zalknw_sup, rmask ) 
     801   CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zh_min, zh_max, zeqn_absmin ) 
     802 
     803 
     804   IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('solve_at_general') 
     805 
     806 
     807   END SUBROUTINE solve_at_general 
    323808 
    324809   INTEGER FUNCTION p4z_che_alloc() 
     
    326811      !!                     ***  ROUTINE p4z_che_alloc  *** 
    327812      !!---------------------------------------------------------------------- 
    328       ALLOCATE( sio3eq(jpi,jpj,jpk), fekeq(jpi,jpj,jpk), chemc(jpi,jpj,3), chemo2(jpi,jpj,jpk),   & 
    329       &         tempis(jpi,jpj,jpk), STAT=p4z_che_alloc ) 
     813      INTEGER ::   ierr(3)        ! Local variables 
     814      !!---------------------------------------------------------------------- 
     815 
     816      ierr(:) = 0 
     817 
     818      ALLOCATE( sio3eq(jpi,jpj,jpk), fekeq(jpi,jpj,jpk), chemc(jpi,jpj,3), chemo2(jpi,jpj,jpk), STAT=ierr(1) ) 
     819 
     820      ALLOCATE( akb3(jpi,jpj,jpk)     , tempis(jpi, jpj, jpk),       & 
     821         &      akw3(jpi,jpj,jpk)     , borat (jpi,jpj,jpk)  ,       & 
     822         &      aks3(jpi,jpj,jpk)     , akf3(jpi,jpj,jpk)    ,       & 
     823         &      ak1p3(jpi,jpj,jpk)    , ak2p3(jpi,jpj,jpk)   ,       & 
     824         &      ak3p3(jpi,jpj,jpk)    , aksi3(jpi,jpj,jpk)   ,       & 
     825         &      fluorid(jpi,jpj,jpk)  , sulfat(jpi,jpj,jpk)  ,       & 
     826         &      salinprac(jpi,jpj,jpk),                 STAT=ierr(2) ) 
     827 
     828      ALLOCATE( fesol(jpi,jpj,jpk,5), STAT=ierr(3) ) 
     829 
     830      !* Variable for chemistry of the CO2 cycle 
     831      p4z_che_alloc = MAXVAL( ierr ) 
    330832      ! 
    331833      IF( p4z_che_alloc /= 0 )   CALL ctl_warn('p4z_che_alloc : failed to allocate arrays.') 
     
    333835   END FUNCTION p4z_che_alloc 
    334836 
    335 #else 
    336837   !!====================================================================== 
    337    !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model 
    338    !!====================================================================== 
    339 CONTAINS 
    340    SUBROUTINE p4z_che( kt )                   ! Empty routine 
    341       INTEGER, INTENT(in) ::   kt 
    342       WRITE(*,*) 'p4z_che: You should not have seen this print! error?', kt 
    343    END SUBROUTINE p4z_che 
    344 #endif  
    345  
    346    !!====================================================================== 
    347 END MODULE p4zche 
     838END MODULE  p4zche 
  • branches/2016/dev_INGV_METO_merge_2016/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r6140 r7391  
    55   !!====================================================================== 
    66   !! History :   3.5  !  2012-07 (O. Aumont, A. Tagliabue, C. Ethe) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_pisces 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_top'       and                                      TOP models 
    11    !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model 
     7   !!             3.6  !  2015-05  (O. Aumont) PISCES quota 
    128   !!---------------------------------------------------------------------- 
    139   !!   p4z_fechem       :  Compute remineralization/scavenging of iron 
     
    1814   USE trc             !  passive tracers common variables  
    1915   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    20    USE p4zopt          !  optical model 
    2116   USE p4zche          !  chemical model 
    2217   USE p4zsbc          !  Boundary conditions from sediments 
     
    3025   PUBLIC   p4z_fechem_init ! called in trcsms_pisces.F90 
    3126 
    32    LOGICAL          ::   ln_fechem    !: boolean for complex iron chemistry following Tagliabue and voelker 
    33    LOGICAL          ::   ln_ligvar    !: boolean for variable ligand concentration following Tagliabue and voelker 
    34    REAL(wp), PUBLIC ::   xlam1        !: scavenging rate of Iron  
    35    REAL(wp), PUBLIC ::   xlamdust     !: scavenging rate of Iron by dust  
    36    REAL(wp), PUBLIC ::   ligand       !: ligand concentration in the ocean  
    37  
    38 !!gm Not DOCTOR norm !!! 
     27   !! * Shared module variables 
     28   LOGICAL          ::  ln_fechem    !: boolean for complex iron chemistry following Tagliabue and voelker 
     29   LOGICAL          ::  ln_ligvar    !: boolean for variable ligand concentration following Tagliabue and voelker 
     30   LOGICAL          ::  ln_fecolloid !: boolean for variable colloidal fraction 
     31   REAL(wp), PUBLIC ::  xlam1        !: scavenging rate of Iron  
     32   REAL(wp), PUBLIC ::  xlamdust     !: scavenging rate of Iron by dust  
     33   REAL(wp), PUBLIC ::  ligand       !: ligand concentration in the ocean  
     34   REAL(wp), PUBLIC ::  kfep         !: rate constant for nanoparticle formation 
     35 
    3936   REAL(wp) :: kl1, kl2, kb1, kb2, ks, kpr, spd, con, kth 
    4037 
     
    5956      !!                    and one particulate form (ln_fechem) 
    6057      !!--------------------------------------------------------------------- 
    61       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt   ! ocean time step 
    62       ! 
    63       INTEGER  ::   ji, jj, jk, jic 
    64       CHARACTER (len=25) :: charout 
     58      ! 
     59      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
     60      ! 
     61      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jic, jn 
    6562      REAL(wp) ::   zdep, zlam1a, zlam1b, zlamfac 
    66       REAL(wp) ::   zkeq, zfeequi, zfesatur, zfecoll 
     63      REAL(wp) ::   zkeq, zfeequi, zfesatur, zfecoll, fe3sol 
    6764      REAL(wp) ::   zdenom1, zscave, zaggdfea, zaggdfeb, zcoag 
    6865      REAL(wp) ::   ztrc, zdust 
    69 #if ! defined key_kriest 
    70       REAL(wp) ::   zdenom, zdenom2 
    71 #endif 
    72       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zTL1, zFe3, ztotlig 
    73       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zFeL1, zFeL2, zTL2, zFe2, zFeP 
     66      REAL(wp) ::   zdenom2 
     67      REAL(wp) ::   zzFeL1, zzFeL2, zzFe2, zzFeP, zzFe3, zzstrn2 
     68      REAL(wp) ::   zrum, zcodel, zargu, zlight 
    7469      REAL(wp) :: zkox, zkph1, zkph2, zph, zionic, ztligand 
    7570      REAL(wp) :: za, zb, zc, zkappa1, zkappa2, za0, za1, za2 
    7671      REAL(wp) :: zxs, zfunc, zp, zq, zd, zr, zphi, zfff, zp3, zq2 
    77       REAL(wp) :: ztfe, zoxy 
    78       REAL(wp) :: zstep 
     72      REAL(wp) :: ztfe, zoxy, zhplus 
     73      REAL(wp) :: zaggliga, zaggligb 
     74      REAL(wp) :: dissol, zligco 
     75      CHARACTER (len=25) :: charout 
     76      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zTL1, zFe3, ztotlig, precip 
     77      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zFeL1, zFeL2, zTL2, zFe2, zFeP 
     78      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zstrn, zstrn2 
    7979      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8080      ! 
    8181      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_fechem') 
    8282      ! 
    83       CALL wrk_alloc( jpi,jpj,jpk,   zFe3, zFeL1, zTL1, ztotlig ) 
     83      ! Allocate temporary workspace 
     84      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zFe3, zFeL1, zTL1, ztotlig, precip ) 
    8485      zFe3 (:,:,:) = 0. 
    8586      zFeL1(:,:,:) = 0. 
    8687      zTL1 (:,:,:) = 0. 
    8788      IF( ln_fechem ) THEN 
    88          CALL wrk_alloc( jpi,jpj,jpk,   zFe2, zFeL2, zTL2, zFeP ) 
     89         CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zstrn, zstrn2 ) 
     90         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zFe2, zFeL2, zTL2, zFeP ) 
    8991         zFe2 (:,:,:) = 0. 
    9092         zFeL2(:,:,:) = 0. 
     
    100102         ztotlig(:,:,:) =  MIN( ztotlig(:,:,:), 10. ) 
    101103      ELSE 
    102          ztotlig(:,:,:) = ligand * 1E9 
     104        IF( ln_ligand ) THEN  ;   ztotlig(:,:,:) = trb(:,:,:,jplgw) * 1E9 
     105        ELSE                  ;   ztotlig(:,:,:) = ligand * 1E9 
     106        ENDIF 
    103107      ENDIF 
    104108 
    105109      IF( ln_fechem ) THEN 
     110         ! compute the day length depending on latitude and the day 
     111         zrum = REAL( nday_year - 80, wp ) / REAL( nyear_len(1), wp ) 
     112         zcodel = ASIN(  SIN( zrum * rpi * 2._wp ) * SIN( rad * 23.5_wp )  ) 
     113 
     114         ! day length in hours 
     115         zstrn(:,:) = 0. 
     116         DO jj = 1, jpj 
     117            DO ji = 1, jpi 
     118               zargu = TAN( zcodel ) * TAN( gphit(ji,jj) * rad ) 
     119               zargu = MAX( -1., MIN(  1., zargu ) ) 
     120               zstrn(ji,jj) = MAX( 0.0, 24. - 2. * ACOS( zargu ) / rad / 15. ) 
     121            END DO 
     122         END DO 
     123 
     124         ! Maximum light intensity 
     125         zstrn2(:,:) = zstrn(:,:) / 24. 
     126         WHERE( zstrn(:,:) < 1.e0 ) zstrn(:,:) = 24. 
     127         zstrn(