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2016-12-02T13:05:21+01:00 (4 years ago)
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clem
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xios added for ORCA2_LIM3_PISCES and GYRE_XIOS

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branches/2016/dev_merge_2016/NEMOGCM/CONFIG/SAS_BIPER/EXP00
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    r7355 r7443  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    27       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    28       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    29       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    30       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    31       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    32       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    337 
    34       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    35   
    36    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    37      <field field_ref="e3t"                          /> 
    38      <field field_ref="toce"         name="thetao"                                                                      operation="instant" freq_op="5d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
    39      <field field_ref="soce"         name="so"                                                                          operation="instant" freq_op="5d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
    40      <field field_ref="sst"          name="tos"      /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sos"      /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="zos"      /> 
    43      <field field_ref="sst"          name="tosstd"       long_name="sea surface temperature standard deviation"         operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @sst2 - @sst * @sst ) </field> 
    44      <field field_ref="ssh"          name="zosstd"       long_name="sea surface height above geoid standard deviation"  operation="instant" freq_op="5d" > sqrt( @ssh2 - @ssh * @ssh ) </field> 
    45      <field field_ref="sst"          name="sstdcy"       long_name="amplitude of sst diurnal cycle"                     operation="average" freq_op="1d" > @sstmax - @sstmin </field> 
    46      <field field_ref="mldkz5"                       /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"                     /> 
    48      <field field_ref="mldr10_1"     name="mldr10_1dcy"  long_name="amplitude of mldr10_1 diurnal cycle"                operation="average" freq_op="1d" > @mldr10_1max - @mldr10_1min </field> 
    49      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    50      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   /> 
    51      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   /> 
    52      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo" /> 
    53      <field field_ref="taum"                         /> 
    54      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp" /> 
    55       <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    56      <field field_ref="sbt"                          /> 
    57    </file> 
    58  
    59    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    60      <field field_ref="e3u"                       /> 
    61      <field field_ref="ssu"          name="uos"   /> 
    62      <field field_ref="uoce"         name="uo"      operation="instant" freq_op="5d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
    63      <field field_ref="utau"         name="tauuo" /> 
    64    </file> 
    65     
    66    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    67      <field field_ref="e3v"                       /> 
    68      <field field_ref="ssv"          name="vos"   /> 
    69      <field field_ref="voce"         name="vo"      operation="instant" freq_op="5d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
    70      <field field_ref="vtau"         name="tauvo" /> 
    71    </file> 
    72     
    73    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    74      <field field_ref="e3w"                        /> 
    75      <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
    76      <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
    77    </file> 
    78  
    79    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    80      <field field_ref="ice_pres"   /> 
    81      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd" /> 
    82      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit" /> 
    83      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip" /> 
    84      <field field_ref="ist_ipa"    /> 
    85      <field field_ref="uice_ipa"   /> 
    86      <field field_ref="vice_ipa"   /> 
    87      <field field_ref="utau_ice"   /> 
    88      <field field_ref="vtau_ice"   /> 
    89      <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
    90      <field field_ref="qns_io_cea" /> 
    91      <field field_ref="snowpre"    /> 
    92    </file> 
    93  
    94    <!-- 
    95    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    96      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    97      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    98      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    99      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    100      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    101      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    102    </file> 
    103    --> 
    104  
    105       </file_group> 
    106  
    107       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    108       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    109       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    110       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    111       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    112  
    113       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    114       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    115       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    116       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    117  
    118    </file_definition> 
    119      
    120     <!--  
    121 ============================================================================================================ 
    122 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    123 ============================================================================================================ 
    124     --> 
    125      
    126    <axis_definition>   
    127       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    130       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    131       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    133       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    134       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    135       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    136    </axis_definition>  
    137     
    138    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    139     
    140    <grid_definition>     
    141      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    142      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    143      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    144      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    145      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    146      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    147      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    148      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    149      <grid id="gznl_T_2D" domain_ref="gznl"/> 
    150      <grid id="gznl_T_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="deptht"/> 
    151      <grid id="gznl_W_3D" domain_ref="gznl" axis_ref="depthw"/> 
    152     </grid_definition>    
    153   </context> 
    154    
    155  <context id="1_nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    156      
    157     <!-- $id$ --> 
    158      
    159     <!--  
    160 ============================================================================================================ 
    161 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    162 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    163 ============================================================================================================ 
    164     --> 
    165     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    166     <!--  
    167 ============================================================================================================ 
    168 =                                           output files definition                                        = 
    169 =                                            Define your own files                                         = 
    170 =                                         put the variables you want...                                    = 
    171 ============================================================================================================ 
    172     --> 
    173      
    174     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    175      
    176       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    177       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    178       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    179       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    180       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    181       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    182       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    183       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    184  
    185       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    186   
    187    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    188      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    189      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    190      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    191      <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    192      <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
    193      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
    194      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
    195      <field field_ref="mldkz5"       /> 
    196      <field field_ref="mldr10_1"     /> 
    197      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
    198      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
    199      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
    200      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo"  /> 
    201      <field field_ref="taum"         name="taum" /> 
    202      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    203           <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    204    </file> 
    205  
    206    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    207      <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    208      <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    209      <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
    210           <!-- variables available with MLE 
    211           <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
    212      --> 
    213    </file> 
    214     
    215    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    216      <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    217      <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    218      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
    219           <!-- variables available with MLE 
    220           <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
    221      --> 
    222    </file> 
    223     
    224    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    225      <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    226      <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
    227    </file> 
    228 <!-- 
    229    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    230      <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    231      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
    232      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    233      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    234      <field field_ref="ist_ipa"      /> 
    235      <field field_ref="uice_ipa"     /> 
    236      <field field_ref="vice_ipa"     /> 
    237      <field field_ref="utau_ice"     /> 
    238      <field field_ref="vtau_ice"     /> 
    239      <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
    240      <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
    241      <field field_ref="snowpre"      /> 
    242    </file> 
    243  
    244    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    245      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    246      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    247      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    248      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    249      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    250      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    251    </file> 
    252    --> 
    253       </file_group> 
    254  
    255  
    256       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    257  
    258  
    259       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    260       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    261       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    262       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    263  
    264       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    265       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    266       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    267       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    268  
    269    </file_definition> 
    270      
    271     <!--  
    272 ============================================================================================================ 
    273 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    274 ============================================================================================================ 
    275     --> 
    276      
    277    <axis_definition>   
    278       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    279       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    280       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    281       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    282       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    283       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    284    </axis_definition>  
    285      
    286    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    287     
    288    <grid_definition>     
    289      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    290      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    291      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    292      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    293      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    294      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    295      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    296      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    297     </grid_definition>    
    298   </context> 
    299  
    300   <context id="xios"> 
     8  <context id="xios" > 
    3019 
    30210      <variable_definition> 
    303     
    304      <!--  
    305         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    306 --> 
    307      <variable id="buffer_size"               type="integer">50000000</variable> 
    308      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    309      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    310      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    311      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     11 
     12     <!-- 
     13          <variable id="optimal_buffer_size"       type="string">memory</variable> 
     14          <variable id="buffer_size_factor"        type="double">1.0</variable> 
     15     --> 
     16     <variable id="info_level"                type="int">10</variable> 
     17     <variable id="using_server"              type="bool">true</variable> 
     18     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    31219     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    31320    
    31421      </variable_definition> 
    315                 
    31622  </context> 
    317    
     23 
     24<!-- ============================================================================================ --> 
     25<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     26<!-- ============================================================================================ --> 
     27 
     28  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
     29  <context id="1_nemo" src="./1_context_nemo.xml"/> 
     30<!-- 
     31  <context id="2_nemo" src="./2_context_nemo.xml"/>   
     32--> 
    31833</simulation> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.