New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7627 – NEMO

Changeset 7627


Ignore:
Timestamp:
2017-02-01T11:22:41+01:00 (8 years ago)
Author:
aumont
Message:

change in the bacterial consumption of Fe + some more diags

Location:
branches/CNRS/dev_r6270_PISCES_QUOTA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/CNRS/dev_r6270_PISCES_QUOTA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zligand.F90

    r7617 r7627  
    6464      ! 
    6565      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_ligand') 
     66      ! 
     67      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zligrem, zligpr, zrligprod ) 
    6668      ! 
    6769      ! ------------------------------------------------------------------ 

  • branches/CNRS/dev_r6270_PISCES_QUOTA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zpoc.F90

    r7617 r7627  
    413413          CALL iom_put( "REMINP" , zremipoc(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Remineralisation rate 
    414414          CALL iom_put( "REMING" , zremigoc(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Remineralisation rate 
    415           CALL iom_put( "REMINF" , zfolimi(:,:,:) * tmask(:,:,:)  * 1.e+3 * rfact2r )  ! Remineralisation rate 
     415          CALL iom_put( "REMINF" , zfolimi(:,:,:) * tmask(:,:,:)  * 1.e+9 * zrfact2 )  ! Remineralisation rate 
    416416      ENDIF 
    417417 

  • branches/CNRS/dev_r6270_PISCES_QUOTA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zrem.F90

    r7617 r7627  
    7979      CHARACTER (len=25) :: charout 
    8080      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: ztempbac 
    81       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zdepbac, zolimi, zdepprod, zfacsi, zfacsib, znitr 
     81      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zdepbac, zdepprod, zdepeff, zfacsi, zfacsib 
     82      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: znitr, zolimi,  zfecbact 
    8283      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8384      ! 
    … …  
    8687      ! Allocate temporary workspace 
    8788      CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      ztempbac ) 
    88       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zolimi, znitr, zfacsi, zfacsib ) 
     89      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zdepeff, zfacsi, zfacsib ) 
     90      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zolimi, znitr, zfebact ) 
    8991 
    9092      ! Initialization of local variables 
    … …  
    9395      ! Initialisation of temprary arrys 
    9496      zdepprod(:,:,:) = 1._wp 
     97      zdepeff (:,:,:) = 0.3_wp 
    9598      ztempbac(:,:)   = 0._wp 
     99      zfebact (:,:,:) = 0._wp 
    96100      zfacsib(:,:,:)  = xsilab / ( 1.0 - xsilab ) 
    97101      zfacsi(:,:,:)   = xsilab  
    … …  
    113117                  zdepbac (ji,jj,jk) = zdepmin**0.683 * ztempbac(ji,jj) 
    114118                  zdepprod(ji,jj,jk) = zdepmin**0.273 
     119                  zdepeff (ji,jj,jk) = 0.3 * zdepmin**0.3 
    115120               ENDIF 
    116121            END DO 
    … …  
    208213               zbactfer = feratb *  rfact2 * prmax(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)             & 
    209214                  &              * trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( xkferb + trb(ji,jj,jk,jpfer) )    & 
    210                   &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
     215                  &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepeff(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
    211216#if defined key_kriest 
    212                tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.05 
    213                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.05 
     217               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.15 
     218               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.15 
     219               zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.15 
    214220#else 
    215                tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.16 
    216                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.12 
    217                tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.04 
     221               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.39 
     222               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.3 
     223               tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.09 
     224               zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.39 
    218225#endif 
    219226            END DO 
    … …  
    274281          CALL iom_put( "NIT"   , znitr(:,:,:) * rno3 * tmask(:,:,:) * zrfact2 )  ! 
    275282          CALL iom_put( "BACT", zdepbac(:,:,:) * 1.E6 * tmask(:,:,:) )  ! Bacterial biomass 
     283          CALL iom_put( "FEBACT" , zfebact(:,:,:) * 1E9 * tmask(:,:,:) * zrfact2  )  ! Denitrification 
    276284 
    277285      ENDIF 
    278286      ! 
    279287      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,      ztempbac ) 
    280       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zolimi, zfacsi, zfacsib, znitr ) 
     288      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zdepeff, zfacsi, zfacsib ) 
     289      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk,  zolimi, znitr, zfebact ) 
    281290      ! 
    282291      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p4z_rem') 

  • branches/CNRS/dev_r6270_PISCES_QUOTA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P5Z/p5zpoc.F90

    r7617 r7627  
    214214               zopon2 = xremipn / xremipc * zremig * trb(ji,jj,jk,jpgon) 
    215215               zopop2 = xremipp / xremipc * zremig * trb(ji,jj,jk,jpgop) 
    216                zofer2 = xremipn / xremipc * zremig * trb(ji,jj,jk,jpbfe) 
     216               zofer2 = zremig * trb(ji,jj,jk,jpbfe) 
    217217 
    218218               ! Update the appropriate tracers trends 
    … …  
    396396               zopon  = xremipn / xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jppon) 
    397397               zopop  = xremipp / xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jppop) 
    398                zofer  = xremipn / xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jpsfe) 
     398               zofer  = zremip * trb(ji,jj,jk,jpsfe) 
    399399#if defined key_kriest 
    400400               zopoc2 = xremipc * zremip * trb(ji,jj,jk,jpnum) 
    … …  
    422422          CALL iom_put( "REMINP" , zremipoc(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Remineralisation rate 
    423423          CALL iom_put( "REMING" , zremigoc(:,:,:) * tmask(:,:,:) )  ! Remineralisation rate 
    424           CALL iom_put( "REMINF" , zfolimi(:,:,:) * tmask(:,:,:)  * 1.e+3 * rfact2r )  ! Remineralisation rate 
     424          CALL iom_put( "REMINF" , zfolimi(:,:,:) * tmask(:,:,:)  * 1.E9 * zrfact2 )  ! Remineralisation rate 
    425425      ENDIF 
    426426      ! 

  • branches/CNRS/dev_r6270_PISCES_QUOTA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P5Z/p5zrem.F90

    r7617 r7627  
    8080      CHARACTER (len=25) :: charout 
    8181      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: ztempbac  
    82       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zdepbac, zwork1, zdepprod, zfacsi, zfacsib, znitr 
     82      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: zdepbac, zdepprod, zdepeff, zfacsi, zfacsib 
     83      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: znitr, zfebact, zwork1 
    8384      !!--------------------------------------------------------------------- 
    8485      ! 
    … …  
    8788      ! Allocate temporary workspace 
    8889      CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      ztempbac                  ) 
    89       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zwork1, zfacsi, zfacsib, znitr ) 
     90      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zdepeff, zfacsi, zfacsib) 
     91      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, znitr, zfebact, zwork1 ) 
    9092 
    9193      ! Initialisation of temprary arrys 
    9294      zdepprod(:,:,:) = 1._wp 
     95      zdepeff (:,:,:) = 0.3_wp 
    9396      ztempbac(:,:)   = 0._wp 
     97      zfebact (:,:,:) = 0._wp 
    9498      zfacsib(:,:,:)  = xsilab / ( 1.0 - xsilab ) 
    9599      zfacsi(:,:,:)   = xsilab 
    … …  
    111115                  zdepbac (ji,jj,jk) = zdepmin**0.683 * ztempbac(ji,jj) 
    112116                  zdepprod(ji,jj,jk) = zdepmin**0.273 
     117                  zdepeff (ji,jj,jk) = 0.3 * zdepmin**0.3 
    113118               ENDIF 
    114119            END DO 
    … …  
    220225               zbactfer = feratb *  rfact2 * prmaxp(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)             & 
    221226                  &              * biron(ji,jj,jk) / ( xkferb + biron(ji,jj,jk) )    & 
    222                   &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
     227                  &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepeff(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
    223228#if defined key_kriest 
    224229               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.05 
    225230               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.05 
     231               zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.15 
    226232#else 
    227                tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.12 
    228                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.09 
    229                tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.03 
     233               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.39 
     234               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.3 
     235               tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.09 
     236               zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.39 
    230237#endif 
    231238            END DO 
    … …  
    284291          CALL iom_put( "DENIT" , denitrc(:,:,:) * rdenit * rno3 * tmask(:,:,:) * zrfact2  )  ! Denitrification 
    285292          CALL iom_put( "NIT"   , znitr(:,:,:) * rno3 * tmask(:,:,:) * zrfact2 )  ! 
    286           CALL iom_put( "BACT"  , zdepbac(:,:,:) * 1.E6 * tmask(:,:,:) )  ! Bacterial biomass 
     293          CALL iom_put( "BACT", zdepbac(:,:,:) * 1.E6 * tmask(:,:,:) )  ! Bacterial biomass 
     294          CALL iom_put( "FEBACT" , zfebact(:,:,:) * 1E9 * tmask(:,:,:) * zrfact2  )  ! Denitrification 
    287295      ENDIF 
    288296      ! 
    289297      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,      ztempbac                  ) 
    290       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zwork1, zfacsi, zfacsib, znitr ) 
     298      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zdepbac, zdepprod, zdepeff, zfacsi, zfacsib ) 
     299      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zwork1, zfebact, znitr ) 
    291300      ! 
    292301      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('p5z_rem') 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.