New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 8671 for branches/NERC – NEMO

Changeset 8671 for branches/NERC


Ignore:
Timestamp:
2017-11-03T13:41:36+01:00 (5 years ago)
Author:
jpalmier
Message:

Update MLD Chl - create a coupled var output group in field_def_bgc

Location:
branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def_bgc.xml

    r8521 r8671  
    449449       <field id= "DMS_ANDM"   long_name="DMS Surface Concentration, Anderson modif" unit="nmol/L"      /> 
    450450       <field id= "CHL_MLD"    long_name="MLD averaged Chlorophyll"                  unit="mg Chl/m3"   /> 
     451       <field id= "CHL_CPL"    long_name="Scaled Surf or MLD Chlorophyll to UM"      unit="kg Chl/m3"   /> 
    451452       <field id= "ATM_XCO2"   long_name="Atmospheric xCO2"                          unit="ppm"         /> 
    452453       <field id= "OCN_FCO2"   long_name="Surface ocean fCO2"                        unit="uatm"        /> 
     
    703704      <field field_ref= "OCN_CO3"    name="OCN_CO3"    /> 
    704705      <field field_ref= "CO2FLUX"    name="CO2FLUX"    /> 
    705       <field field_ref= "FGCO2"      name="FGCO2"      /> 
    706706      <field field_ref= "OM_CAL"     name="OM_CAL"     /> 
    707707      <field field_ref= "OM_ARG"     name="OM_ARG"     /> 
     
    788788    </field_group> 
    789789 
     790    <field_group id="groupMEDUSA_cpl" > 
     791      <field field_ref= "CHL_CPL"    name="CHL_CPL"    /> 
     792      <field field_ref= "FGCO2"      name="FGCO2_CPL"  /> 
     793      <field field_ref= "DMS_SURF"   name="DMS_CPL"    /> 
     794      <field field_ref= "ATM_XCO2"   name="AXCO2_CPL"  /> 
     795      <field field_ref= "AEOLIAN"    name="DUST_CPL"   /> 
     796    </field_group> 
     797 
    790798    <field_group id="groupMEDUSA_3dd" > 
    791799      <field field_ref= "TPP3"       name="TPP3"       /> 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_diag_slice.F90

    r8632 r8671  
    3939# endif 
    4040      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk 
    41       USE trc,               ONLY: trn 
    42       USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl, chloro_out_cpl 
     41      USE oce,               ONLY: CO2Flux_out_cpl, DMS_out_cpl 
    4342      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj 
    4443      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis, qsr, wndm 
     
    4847                                   jdms, ocal_ccd, xpar, xze,              & 
    4948                                   zb_co2_flx, zb_dms_srf,                 & 
    50                                    zn_co2_flx, zn_dms_srf, zn_chl_srf,     & 
    51                                    scl_chl, chl_out 
     49                                   zn_co2_flx, zn_dms_srf 
    5250      USE trc,               ONLY: med_diag 
    5351 
     
    6765      !! 
    6866      IF (jk.eq.1) THEN 
    69          !! JPALM -- 02-06-2017 -- 
    70          !! add Chl surf coupling 
    71          !! no need to output, just pass to cpl var 
    72          IF (lk_oasis) THEN 
    73             IF (chl_out.eq.1) THEN 
    74                !! export and scale surface chl 
    75                zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * scl_chl * 1.0E-6 ) 
    76                                  !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl 
    77             ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN 
    78                !! export and scale mld chl 
    79                zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, fchl_ml * scl_chl * 1.0E-6 ) 
    80                                  !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl 
    81             ENDIF 
    82             chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:)        !! Coupling Chl 
    83          END IF 
    8467         IF( med_diag%MED_QSR%dgsave ) THEN 
    8568            CALL iom_put( "MED_QSR"  , qsr ) ! 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90

    r8607 r8671  
    3939# endif 
    4040      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk 
     41      USE oce,               ONLY: chloro_out_cpl  
    4142      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa_2d, jp_medusa_3d,          & 
    42                                    jp_medusa_trd 
     43                                   jp_medusa_trd, jpchd, jpchn 
    4344      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1, jpk 
    4445      USE phycst,            ONLY: rsmall 
     46      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis 
    4547      USE sms_medusa,        ONLY: jinorgben, jorgben,                  & 
    4648                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3,           & 
     
    5153                                   zb_sed_n, zb_sed_si,                 & 
    5254                                   zn_sed_c, zn_sed_ca, zn_sed_fe,      & 
    53                                    zn_sed_n, zn_sed_si, zn_chl_srf 
    54       USE trc,               ONLY: med_diag, nittrc000  
     55                                   zn_sed_n, zn_sed_si, zn_chl_srf,     & 
     56                                   scl_chl, chl_out 
     57      USE trc,               ONLY: med_diag, nittrc000, trn  
    5558      USE trcnam_trp,        ONLY: ln_trcadv_cen2, ln_trcadv_tvd 
    5659  
     
    231234            ENDDO 
    232235         ENDDO 
     236 
     237         !!!--------------------------------------------------------------- 
     238         !! Calculates Chl diag for UM coupling  
     239         !!!--------------------------------------------------------------- 
     240         !! JPALM -- 02-06-2017 -- 
     241         !! add Chl surf coupling 
     242         !! no need to output, just pass to cpl var 
     243         IF (lk_oasis) THEN 
     244            IF (chl_out.eq.1) THEN 
     245               !! export and scale surface chl 
     246               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * scl_chl * 1.0E-6 ) 
     247                                 !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl 
     248            ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN 
     249               !! export and scale mld chl 
     250               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, fchl_ml(:,:) * scl_chl * 1.0E-6 ) 
     251                                 !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl 
     252            ENDIF 
     253            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:)        !! Coupling Chl 
     254         END IF 
     255 
    233256         !!---------------------------------------------------------------- 
    234257         !! Add in XML diagnostics stuff 
     
    241264#   endif 
    242265         IF ( med_diag%INVTN%dgsave ) THEN 
    243             !! HACK - Coupled Chl sent to UM     
    244             CALL iom_put( "INVTN"  , zn_chl_srf ) 
    245             !! CALL iom_put( "INVTN"  , ftot_n ) 
     266            CALL iom_put( "INVTN"  , ftot_n ) 
    246267         ENDIF 
    247268         IF ( med_diag%INVTSI%dgsave ) THEN 
     
    262283         IF ( med_diag%CHL_MLD%dgsave ) THEN 
    263284            CALL iom_put( "CHL_MLD"  , fchl_ml ) 
     285         ENDIF 
     286         IF ( med_diag%CHL_CPL%dgsave ) THEN 
     287            CALL iom_put( "CHL_CPL"  , zn_chl_srf ) 
    264288         ENDIF 
    265289         IF ( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN 
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/trcnam_medusa.F90

    r8607 r8671  
    20792079          med_diag%CHL_MLD%dgsave = .FALSE. 
    20802080      ENDIF 
     2081      IF  (iom_use("CHL_CPL")) THEN  
     2082          med_diag%CHL_CPL%dgsave = .TRUE. 
     2083      ELSE  
     2084          med_diag%CHL_CPL%dgsave = .FALSE. 
     2085      ENDIF 
    20812086      !! 3D 
    20822087      IF  (iom_use("TPP3")) THEN  
  • branches/NERC/dev_r5518_GO6_ScalingCoupledChl/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trc.F90

    r8521 r8671  
    135135                  TPP3, DETFLUX3, REMIN3N, PH3, OM_CAL3,                                             & ! end of regular 3D 
    136136! JPALM (01/09/17): additional UKESM 2D diag 
    137                   CHL_MLD,                                                                           & 
     137                  CHL_MLD, CHL_CPL,                                                                  & 
    138138! AXY (11/11/16): additional CMIP6 2D diagnostics 
    139139                  epC100, epCALC100, epN100, epSI100,                                                & 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.