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2018-05-11T12:53:25+02:00 (3 years ago)
Author:
nicolasmartin
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Global renaming for core routines (./NEMO)

  • Folders
    • LIM_SRC_3 → ICE_SRC
    • OPA_SRC → OCE_SRC
  • CPP key: key_lim3 → key_si3
  • Modules, (sub)routines and variables names
    • MPI: mpi_comm_opa → mpi_comm_oce, MPI_COMM_OPA → MPI_COMM_OCE, mpi_init_opa → mpi_init_oce
    • AGRIF: agrif_opa_* → agrif_oce_*, agrif_lim3_* → agrif_si3_* and few more
    • TOP-PISCES: p.zlim → p.zice, namp.zlim → namp.zice
  • Comments
    • NEMO/OPA → NEMO/OCE
    • ESIM|LIM3 → SI3
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branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES
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  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zbio.F90

    r9124 r9570  
    1515   USE p4zsink         !  vertical flux of particulate matter due to sinking 
    1616   USE p4zopt          !  optical model 
    17    USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     17   USE p4zice          !  Co-limitations of differents nutrients 
    1818   USE p4zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
    1919   USE p4zmort         !  Mortality terms for phytoplankton 
    2020   USE p4zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
    2121   USE p4zmeso         !  Sources and sinks of mesozooplankton 
    22    USE p5zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     22   USE p5zice          !  Co-limitations of differents nutrients 
    2323   USE p5zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
    2424   USE p5zmort         !  Mortality terms for phytoplankton 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zice.F90

    r9565 r9570  
    1 MODULE p4zlim 
     1MODULE p4zice 
    22   !!====================================================================== 
    3    !!                         ***  MODULE p4zlim  *** 
     3   !!                         ***  MODULE p4zice  *** 
    44   !! TOP :   PISCES  
    55   !!====================================================================== 
     
    6969   !!---------------------------------------------------------------------- 
    7070   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    71    !! $Id: p4zlim.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
     71   !! $Id: p4zice.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
    7272   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    7373   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    241241      INTEGER ::   ios   ! Local integer 
    242242      ! 
    243       NAMELIST/namp4zlim/ concnno3, concdno3, concnnh4, concdnh4, concnfer, concdfer, concbfe,   & 
     243      NAMELIST/namp4zice/ concnno3, concdno3, concnnh4, concdnh4, concnfer, concdfer, concbfe,   & 
    244244         &                concbno3, concbnh4, xsizedia, xsizephy, xsizern, xsizerd,          &  
    245245         &                xksi1, xksi2, xkdoc, qnfelim, qdfelim, caco3r, oxymin 
     
    253253      ! 
    254254      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist nampislim in reference namelist : Pisces nutrient limitation parameters 
    255       READ  ( numnatp_ref, namp4zlim, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    256 901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namp4zlim in reference namelist', lwp ) 
     255      READ  ( numnatp_ref, namp4zice, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
     256901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namp4zice in reference namelist', lwp ) 
    257257      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist nampislim in configuration namelist : Pisces nutrient limitation parameters  
    258       READ  ( numnatp_cfg, namp4zlim, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    259 902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namp4zlim in configuration namelist', lwp ) 
    260       IF(lwm) WRITE( numonp, namp4zlim ) 
     258      READ  ( numnatp_cfg, namp4zice, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
     259902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namp4zice in configuration namelist', lwp ) 
     260      IF(lwm) WRITE( numonp, namp4zice ) 
    261261      ! 
    262262      IF(lwp) THEN                         ! control print 
    263          WRITE(numout,*) '   Namelist : namp4zlim' 
     263         WRITE(numout,*) '   Namelist : namp4zice' 
    264264         WRITE(numout,*) '      mean rainratio                           caco3r    = ', caco3r 
    265265         WRITE(numout,*) '      NO3 half saturation of nanophyto         concnno3  = ', concnno3 
     
    311311 
    312312   !!====================================================================== 
    313 END MODULE p4zlim 
     313END MODULE p4zice 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmicro.F90

    r9169 r9570  
    1414   USE trc             ! passive tracers common variables  
    1515   USE sms_pisces      ! PISCES Source Minus Sink variables 
    16    USE p4zlim          ! Co-limitations 
     16   USE p4zice          ! Co-limitations 
    1717   USE p4zprod         ! production 
    1818   USE iom             ! I/O manager 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmort.F90

    r9169 r9570  
    1414   USE sms_pisces      ! PISCES Source Minus Sink variables 
    1515   USE p4zprod         ! Primary productivity  
    16    USE p4zlim          ! Phytoplankton limitation terms 
     16   USE p4zice          ! Phytoplankton limitation terms 
    1717   USE prtctl_trc      ! print control for debugging 
    1818 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zprod.F90

    r9169 r9570  
    1515   USE trc             ! passive tracers common variables  
    1616   USE sms_pisces      ! PISCES Source Minus Sink variables 
    17    USE p4zlim          ! Co-limitations of differents nutrients 
     17   USE p4zice          ! Co-limitations of differents nutrients 
    1818   USE prtctl_trc      ! print control for debugging 
    1919   USE iom             ! I/O manager 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zrem.F90

    r9169 r9570  
    1717   USE p4zche          !  chemical model 
    1818   USE p4zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
    19    USE p4zlim 
     19   USE p4zice 
    2020   USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
    2121   USE iom             !  I/O manager 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r9539 r9570  
    1414   USE trc             !  passive tracers common variables  
    1515   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    16    USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     16   USE p4zice          !  Co-limitations of differents nutrients 
    1717   USE p4zsbc          !  External source of nutrients  
    1818   USE p4zint          !  interpolation and computation of various fields 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p5zice.F90

    r9565 r9570  
    1 MODULE p5zlim 
     1MODULE p5zice 
    22   !!====================================================================== 
    3    !!                         ***  MODULE p5zlim  *** 
     3   !!                         ***  MODULE p5zice  *** 
    44   !! TOP :   PISCES with variable stoichiometry  
    55   !!====================================================================== 
     
    123123   !!---------------------------------------------------------------------- 
    124124   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    125    !! $Id: p4zlim.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
     125   !! $Id: p4zice.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
    126126   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    127127   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    467467      INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    468468      !! 
    469       NAMELIST/namp5zlim/ concnno3, concpno3, concdno3, concnnh4, concpnh4, concdnh4,  & 
     469      NAMELIST/namp5zice/ concnno3, concpno3, concdno3, concnnh4, concpnh4, concdnh4,  & 
    470470         &                concnfer, concpfer, concdfer, concbfe, concnpo4, concppo4,   & 
    471471         &                concdpo4, concbno3, concbnh4, concbpo4, xsizedia, xsizepic,  & 
     
    479479      ! 
    480480      REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist nampislim in reference namelist : Pisces nutrient limitation parameters 
    481       READ  ( numnatp_ref, namp5zlim, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
     481      READ  ( numnatp_ref, namp5zice, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    482482901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'nampislim in reference namelist', lwp ) 
    483483      ! 
    484484      REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist nampislim in configuration namelist : Pisces nutrient limitation parameters  
    485       READ  ( numnatp_cfg, namp5zlim, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
     485      READ  ( numnatp_cfg, namp5zice, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    486486902   IF( ios >  0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'nampislim in configuration namelist', lwp ) 
    487       IF(lwm) WRITE ( numonp, namp5zlim ) 
     487      IF(lwm) WRITE ( numonp, namp5zice ) 
    488488      ! 
    489489      IF(lwp) THEN                         ! control print 
    490490         WRITE(numout,*) ' ' 
    491          WRITE(numout,*) ' Namelist parameters for nutrient limitations, namp5zlim' 
     491         WRITE(numout,*) ' Namelist parameters for nutrient limitations, namp5zice' 
    492492         WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~' 
    493493         WRITE(numout,*) '    mean rainratio                           caco3r    = ', caco3r 
     
    600600   END FUNCTION p5z_lim_alloc 
    601601   !!====================================================================== 
    602 END MODULE  p5zlim 
     602END MODULE  p5zice 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p5zmicro.F90

    r9125 r9570  
    1515   USE trc             !  passive tracers common variables  
    1616   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    17    USE p5zlim          !  Phytoplankton limitation terms 
     17   USE p5zice          !  Phytoplankton limitation terms 
    1818   USE iom             !  I/O manager 
    1919   USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p5zmort.F90

    r9124 r9570  
    1414   USE trc             !  passive tracers common variables  
    1515   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    16    USE p5zlim          !  Phytoplankton limitation terms 
     16   USE p5zice          !  Phytoplankton limitation terms 
    1717   USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
    1818 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p5zprod.F90

    r9125 r9570  
    1616   USE trc             !  passive tracers common variables  
    1717   USE sms_pisces      !  PISCES Source Minus Sink variables 
    18    USE p5zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     18   USE p5zice          !  Co-limitations of differents nutrients 
    1919   USE prtctl_trc      !  print control for debugging 
    2020   USE iom             !  I/O manager 
  • branches/2017/dev_merge_2017/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r9559 r9570  
    6161      USE p4zrem          !  Remineralisation of organic matter 
    6262      USE p4zflx          !  Gas exchange 
    63       USE p4zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     63      USE p4zice          !  Co-limitations of differents nutrients 
    6464      USE p4zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
    6565      USE p4zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
     
    7070      USE p4zpoc          !  Remineralization of organic particles 
    7171      USE p4zligand       !  Remineralization of organic ligands 
    72       USE p5zlim          !  Co-limitations of differents nutrients 
     72      USE p5zice          !  Co-limitations of differents nutrients 
    7373      USE p5zprod         !  Growth rate of the 2 phyto groups 
    7474      USE p5zmicro        !  Sources and sinks of microzooplankton 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.