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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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2014WP/Met_Office (diff) – NEMO

Changes between Version 4 and Version 5 of 2014WP/Met_Office


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2013-11-05T18:05:20+01:00 (11 years ago)
Author:
rfurner
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  • 2014WP/Met_Office

    v4 v5  
    1919|| Met_Office-1 || || Ice shelf cavities || || || || || || || || || 
    2020|| Met_Office-2 || || Masked damping || || || || || || || || || 
    21 || Met_Office-3 || || || || || || || || || || || 
    22 || Met_Office-4 || || || || || || || || || || || 
    23 || Met_Office-5 || || || || || || || || || || || 
    24 || Met_Office-6 || || || || || || || || || || || 
    25 || Met_Office-7 || || || || || || || || || || || 
    26 || Met_Office-8 || || || || || || || || || || || 
    27 || Met_Office-9 || || || || || || || || || || || 
    28 || Met_Office-10 || || || || || || || || || || || 
     21|| Met_Office-3 || || Ensure CF/MOCF compliance and implement CMIP5 diagnostics || || || || || || || || || 
     22|| Met_Office-4 || || Kara mixed layer diagnostic || || || || || || || || || 
     23|| Met_Office-5 || || Sponge Layer at open boundaries || || || || || || || || || 
     24|| Met_Office-6 || || Equatorial Pressure correction || || || || || || || || || 
     25|| Met_Office-7 || || Seaice increments || || || || || || || || || 
     26|| Met_Office-8 || || Temperature Criterion Mixed Layer || || || || || || || || || 
     27|| Met_Office-9 || || Observation operator for profiles for use with all vertical coordinates || || || || || || || || || 
     28|| Met_Office-10 || || SST bias correction || || || || || || || || || 
     29|| Met_Office-11 || || ADCP data to be included in OBS routines || || || || || || || || || 
     30|| Met_Office-12 || || Read and process gridded seaice and sst data || || || || || || || || || 
     31|| Met_Office-13 || || Netcdf4 compression of feedback files || || || || || || || || || 
     32|| Met_Office-14 || || Add record information to SLA data || || || || || || || || || 
     33|| Met_Office-15 || || Addition of Satellite Surface Salinity data and Microwave SST data to OBS routines || || || || || || || || || 
     34|| Met_Office-16 || || Implement assimilation interface SETTE test || || || || || || || || || 
     35|| Met_Office-17 || || Allow specification of an hour start time || || || || || || || || || 
     36|| Met_Office-18 || || Inclusion of surface wave effects in NEMO || || || || || || || || || 
     37|| Met_Office-19 || || Salinity dependent freezing temperature || || || || || || || || || 
     38|| Met_Office-20 || || Further 1D configuration changes || || || || || || || || || 
     39|| Met_Office-21 || || Tidally meaned diagnostics || || || || || || || || || 
     40|| Met_Office-22 || || Outputting restarts at specified times instead of specified frequency || || || || || || || || || 
     41|| Met_Office-23 || || CFL diagnostic || || || || || || || || || 
     42|| Met_Office-24 || || Updates to CICE interface for CICE 5 || || || || || || || || || 
    2943 
    3044---- 
     
    4256'''                       Motivation: '''To allow generic damping in specific regions[[BR]]                       '''                       Status :''' Code exists at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Module will be developed to damp Temperature & Salinity in any  region specified using a mask read in from a netcdf file. The module  will be developed outside of the current tradmp module to avoid  conflicts with the hard coded resolution dependent regional variations  to the damping that are currently implemented in this module. Regional  variations to the damping will be permitted by specifying values of the  mask between zero and one where zero indicates no damping at that grid  point and non-zero values indicate damping with a relaxation coefficient  value obtained by multiplying the mask value with a namelist specified  max relaxation coefficient. [[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:'''                         September 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium[[BR]]                       '''                       Depends on:'''                         N/A[[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Tim Graham (tim.graham@metoffice.gov.uk) 
    4357 
    44 === '''Met_Office-3  - '''Ensuring CF/MOCF compliance and implementation of CMIP5 diagnostics via XIOS === 
    45 '''                       Motivation: '''Standardization of output to meet CF and MOCF compliance and addition of CMIP5 diagnostics[[BR]]                       '''                       Status :''' Not started[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Necessary NEMO-side code modifications where XIOS does not support the required changes (and there are no plans to)[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:'''                        October 2014 (but depends on CMIP5 and UKMO requirements) [[BR]]                       '''                       Priority:'''                        [[BR]]                       '''                       Depends on:'''                        Feedback from Alistair Sellar (UKMO), Matt Palmer(UKMO) & others[[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Daley Calvert (daley.calvert@metoffice.gov.uk) 
     58=== '''Met_Office-3  - '''Ensure CF/MOCF compliance and implement CMIP5 diagnostics === 
     59'''                       Motivation: '''Standardization of output to meet CF and MOCF compliance and addition of CMIP5 diagnostics in XIOS[[BR]]                       '''                       Status :''' Not started[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Necessary NEMO-side code modifications where XIOS does not support the required changes (and there are no plans to)[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:'''                        October 2014 (but depends on CMIP5 and UKMO requirements) [[BR]]                       '''                       Priority:'''                        [[BR]]                       '''                       Depends on:'''                        Feedback from Alistair Sellar (UKMO), Matt Palmer(UKMO) & others[[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Daley Calvert (daley.calvert@metoffice.gov.uk) 
    4660 
    47 === '''Met_Office-4  - Implementation of a kara mixed layer diagnostic''' === 
     61=== '''Met_Office-4  - Kara mixed layer diagnostic''' === 
    4862'''                       Motivation: '''Add the Kara et al. variable density criterion MLD diagnostic to allow comparison with their MLD climatology[[BR]]                       '''                       Status :''' Has existed in a local UKMO branch for sometime, but needs updating, and retesting[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:'''                         October 2014 (likely sooner since there is little to do) [[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Daley Calvert (daley.calvert@metoffice.gov.uk) 
    4963 
     
    6983'''                       Motivation: ''' Reads current data from ADCP files for comparison with model data[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : ''' James While (james.while@metoffice.gov.uk) 
    7084 
    71 === '''Met_Office-12  - '''Read and Process gridded seaice and sst data === 
     85=== '''Met_Office-12  - '''Read and process gridded seaice and sst data === 
    7286'''                       Motivation: '''  This code would allow us to process gridded SST and seaice data through the observation operator[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : ''' James While (james.while@metoffice.gov.uk) 
    7387 
    74 === '''Met_Office-13  -'''Netcdf4 compression of feedback files === 
     88=== '''Met_Office-13  -''' Netcdf4 compression of feedback files === 
    7589'''                       Motivation: '''This code would allow us to more easily store feedback files at a higher compression[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : ''' James While (james.while@metoffice.gov.uk) 
    7690 
     
    7892'''                       Motivation: '''Allows storage of record information for SLA data[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : ''' James While (james.while@metoffice.gov.uk) 
    7993 
    80 === '''Met_Office-14  - Addition of Satellite Surface Salinity data and Microwave SST data to OBS routines''' === 
     94=== '''Met_Office-15  - Addition of Satellite Surface Salinity data and Microwave SST data to OBS routines''' === 
    8195'''                       Motivation: '''Allow comparison of satellite surface salinity and microwave SST data through the OBS routines.[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : ''' Dan Lea (dan.lea@metoffice.gov.uk) (work to be done with Niall [wiki:McConner McConnell and Jonah Roberts Jones)] 
    8296 
    83 === '''Met_Office-15  - '''Implement assimilation interface SETTE test === 
     97=== '''Met_Office-16  - '''Implement assimilation interface SETTE test === 
    8498'''                       Motivation: '''Create a SETTE test configuration which includes observation operator  and increments tests, to ensure that  future NEMO developments do not break OBS and ASM.[[BR]]                       '''                       Status :''' Not started[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' 
    8599 
     
    90104'''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014 (likely sooner since there is little to do) [[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : ''' Dan Lea (dan.lea@metoffice.gov.uk) 
    91105 
    92 === '''Met_Office-16  - '''Allow specification of an hour start time === 
     106=== '''Met_Office-17  - '''Allow specification of an hour start time === 
    93107'''                       Motivation: '''NEMO currently assumes runs start at 00 UTC. For the coupled DA work we  needed to change the code to start at a specified hour and date.[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.2[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator :  '''Dan Lea (dan.lea@metoffice.gov.uk) 
    94108 
    95 === '''Met_Office-17  - '''Inclusion of surface wave effects in NEMO === 
     109=== '''Met_Office-18  - '''Inclusion of surface wave effects in NEMO === 
    96110'''                       Motivation: '''Modifying NEMO SBC to include wave-induced mixing and Langmuir  circulation with data obtained from a surface wave model and modifying  the equation of motion to include Stokes-Coriolis forcing[[BR]]                       '''                       Status :''' Not started[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' NEMO-side code modifications to read/couple wave fields and modifications in the TKE scheme and dynamics module[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Francois-Xavier Bocquet (francois.bocquet@metoffice.gov.uk) 
    97111 
    98 === '''Met_Office-18  -'''Salinity dependent freezing temperature === 
     112=== '''Met_Office-19  -''' Salinity dependent freezing temperature === 
    99113'''                       Motivation: '''Implementation of salinity dependent freezing temperature in NEMO which can be passed to sea ice and atmosphere models[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Dave Storkey (dave.storkey@metoffice.gov.uk) 
    100114 
    101 === '''Met_Office-19  - Further 1D configuration changes''' === 
     115=== '''Met_Office-20  - Further 1D configuration changes''' === 
    102116'''                       Motivation: '''Add further functionality that there wasn't time for in the 2013 development[[BR]]                       '''                       Status :''' Plan exists[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Add namelist domain control, case studies, maybe remove CPP key dependence.[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator :  '''Daley Calvert (daley.calvert@metoffice.gov.uk) 
    103117 
    104 === '''Met_Office-20 - Loosely tidally meaned diagnostics''' === 
    105 '''                       Motivation: '''Implementing 25 hour means provides a way of loosely detiding model runs as it  largely averages out the main M2 tidal signa. These outputs give a rough idea of the residual flows, mean ssh etc. on a particular day  [[BR]] '''Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Enda O'Dea (enda.odea@metoffice.gov.uk) 
     118=== '''Met_Office-21 - Tidally meaned diagnostics''' === 
     119'''                       Motivation: '''Implementing 25 hour means (an average of 25 instantaneous hourly values, midnight to midnight, so each midnight is included for both the day preceding it, and the day following it) provides a simple way of detiding model runs as it  largely averages out the main M2 tidal signal. These outputs give a rough idea of the residual flows, mean ssh etc. on a particular day  [[BR]] '''Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Enda O'Dea (enda.odea@metoffice.gov.uk) 
    106120 
    107 === '''Met_Office-21  - ''' === 
    108 '''                       Motivation: '''[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.2[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator :  '''Dan Lea (dan.lea@metoffice.gov.uk) 
     121=== '''Met_Office-22  -''' Outputting restarts at specified times instead of specified frequency === 
     122'''                       Motivation: '''Operationally we require the flexibility to output restarts at specified  times rather than at a specified frequency.  This used to be an option  in the NEMO trunk but disappeared at v3.0 and we have been maintaining  the required code since then.  The code uses the nstocklist  functionality.[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Ed Blockley (ed.blockley@metoffice.gov.uk) 
    109123 
    110 === '''Met_Office-22  -'''Outputting restarts at specified times instead of specified frequency === 
    111 '''                       Motivation: '''Operationally we require the flexibility to output restarts at specified  times rather than at a specified frequency.  This used to be an option  in the NEMO trunk but disappeared at v3.0 and we have been maintaining  the required code since then.  The code uses the nstocklist  functionality.[[BR]]                       '''                       Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Ed Blockley (ed.blockley@metoffice.gov.uk) 
     124=== '''Met_Office-23  -''' CFL diagnostic === #MetOffice-3-AddaCFLdiagnostic 
     125'''                       Motivation: '''To calculate and output the maximum CFL parameter during a run, to inform users of stability constraints.[[BR]]'''Status :''' The code exits in a local branch at vn3.4[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Check the existing code and implement in the appropriate NEMO version, test and document[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''Rachel Furner (rachel.furner@metoffice.gov.uk) 
     126 
     127=== '''Met_Office-24  - Updates to CICE interface for CICE 5''' === 
     128'''                       Motivation: '''The coupling to CICE directly uses CICE array names and unfortunately some of these have changed between CICE4 and CICE5.   Future NEMO versions should certainly support CICE5 and ideally also  CICE4 although we could decide to deprecate that later.  If we want to allow  both options they could potentially be switched through some kind of cpp  key control.[[BR]]                       '''                       Status :''' Not yet started[[BR]]                       '''                       Main tasks :''' Amend existing CICE interface to use CICE5 names depending in cpp keys used[[BR]]                       '''                       Science Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       System Reviewer:'''                        [[BR]]                       '''                       Deadline:''' October 2014[[BR]]                       '''                       Priority:'''                         Medium [[BR]]                       '''                       Depends on: '''N/A                        [[BR]]                       '''                       Principal Investigator : '''TBD