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source: geisa/web/initGeisa_script.jsp @ 675

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Début deux aures options graphiques
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Line
1	<%@ page import="com.ether.Controller" %>
2	<%@ page import="com.ether.IsotopeG03" %>
3	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG03" %>
4	<%@ page import="com.ether.IsotopeG09" %>
5	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG09" %>
6
7	<script type="text/javascript">
8
9
10
11	var InterfaceInit = Class.create( {
12
13	initialize: function()
14	{
15
16	/ ******* CONTAINERS ******* /
17	this.containerFormSpectralRangeLower = $( "#spectralRangeLower" );
18	this.containerFormSpectralRangeUpper = $( "#spectralRangeUpper" );
19	this.containerFormIntensityLower = $( "#intensityLower" );
20	this.containerFormIntensityUpper = $( "#intensityUpper" );
21	this.containerFormMeanValue1 = $( "#meanValue1" );
22	this.containerDownload = $( "#downloadContainer" );
23	this.containerLoading = $( "#loading" );
24	this.containerTabs = $("#tabs");
25
26	/ ******* VARIABLE ******* /
27	//on va chercher les chemin dÃ©clarÃ© dans le controller
28	this.pathProcess = "<%=Controller.PATH_PROCESS%>";
29	this.LongPathImages = "<%=Controller.LONG_PATH_IMAGES%>";
30
31	<%--this.pathImg = <%=Controller.PATH_IMAGES%>;--%>
32
33	this.initializeMolecules();
34	this.createForm();
35
36	var downloadButton = new Button( {value:"Download", parent:$( "#downloadContainer" ), id:"button_submit_2", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDownload, this )} );
37
38	//onglet
39	this.ntabComparison = new Tab( {value:"Databases comparison", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Comparison", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabasesComparison, this )} );
40	this.ntabGlobal = new Tab( {value:"Global representation", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Global", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickGlobalRepresentation, this )} );
41	this.ntabContents = new Tab( {value:"Database contents", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Contents", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabaseContents, this )} );
42	//onglet avec la couleur active par dÃ©faut
43	this.ntabContents.active();
44	},
45
46	initializeMolecules: function()
47	{
48	this.arrayGeisa2011 = new Array();
49	this.arrayGeisa2003 = new Array();
50	this.arrayGeisaIasi2011 = new Array();
51	this.arrayGeisaIasi2003 = new Array();
52
53	var molecule = new Object();
54	molecule.id="h2o";
55	molecule.name="H<sub>2</sub>O";
56	molecule.isotopesArray = ["161", "162", "171", "181", "182", "172"];
57	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
58	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
59	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
60	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
61
62	var molecule = new Object();
63	molecule.id="co2";
64	molecule.name="CO<sub>2</sub>";
65	molecule.isotopesArray = ["626", "627", "628", "636", "637", "638", "728", "828", "838"];
66	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
67	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
68	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
69	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
70
71	var molecule = new Object();
72	molecule.id="o3";
73	molecule.name="O<sub>3</sub>";
74	molecule.isotopesArray = ["666", "668", "686", "667", "676"];
75	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
76	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
77	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
78	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
79
80	var molecule = new Object();
81	molecule.id="n2o";
82	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
83	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456","458", "546", "548", "556"];
84	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
85	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
86
87	var molecule = new Object();
88	molecule.id="n2o";
89	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
90	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456", "546"];
91	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
92	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
93
94	var molecule = new Object();
95	molecule.id="co";
96	molecule.name="CO";
97	molecule.isotopesArray = ["26", "36", "28", "27", "38", "37"];
98	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
99	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
100	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
101	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
102
103	var molecule = new Object();
104	molecule.id="ch4";
105	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
106	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
107	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
108	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
109
110	var molecule = new Object();
111	molecule.id="ch4";
112	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
113	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212", "312"];
114	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
115
116	var molecule = new Object();
117	molecule.id="ch4";
118	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
119	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212"];
120	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
121
122	var molecule = new Object();
123	molecule.id="o2";
124	molecule.name="O<sub>2</sub>";
125	molecule.isotopesArray = ["66", "67", "68"];
126	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
127	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
128
129	var molecule = new Object();
130	molecule.id="o2";
131	molecule.name="O<sub>2</sub>";
132	molecule.isotopesArray = ["66"];
133	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
134	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
135
136	var molecule = new Object();
137	molecule.id="no";
138	molecule.name="NO";
139	molecule.isotopesArray = ["46", "48", "56"];
140	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
141	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
142	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
143	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
144
145	var molecule = new Object();
146	molecule.id="so2";
147	molecule.name="SO<sub>2</sub>";
148	molecule.isotopesArray = ["626", "646"];
149	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
150	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
151	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
152	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
153
154	var molecule = new Object();
155	molecule.id="no2";
156	molecule.name="NO<sub>2</sub>";
157	molecule.isotopesArray = ["646"];
158	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
159	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
160	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
161	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
162
163	var molecule = new Object();
164	molecule.id="nh3";
165	molecule.name="NH<sub>3</sub>";
166	molecule.isotopesArray = ["411", "511" ];
167	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
168	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
169	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
170
171	var molecule = new Object();
172	molecule.id="ph3";
173	molecule.name="PH<sub>3</sub>";
174	molecule.isotopesArray = ["131" ];
175	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
176	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
177
178	var molecule = new Object();
179	molecule.id="hno3";
180	molecule.name="HNO<sub>3</sub>";
181	molecule.isotopesArray = ["146" ];
182	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
183	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
184	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
185	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
186
187	var molecule = new Object();
188	molecule.id="oh";
189	molecule.name="OH";
190	molecule.isotopesArray = ["61", "62", "81" ];
191	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
192	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
193
194	var molecule = new Object();
195	molecule.id="hf";
196	molecule.name="HF";
197	molecule.isotopesArray = ["19" ];
198	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
199	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
200
201	var molecule = new Object();
202	molecule.id="hcl";
203	molecule.name="HCL";
204	molecule.isotopesArray = ["15", "17" ];
205	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
206	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
207
208	var molecule = new Object();
209	molecule.id="hbr";
210	molecule.name="HBR";
211	molecule.isotopesArray = ["11", "19" ];
212	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
213	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
214
215	var molecule = new Object();
216	molecule.id="hi";
217	molecule.name="HI";
218	molecule.isotopesArray = ["17" ];
219	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
220	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
221
222	var molecule = new Object();
223	molecule.id="clo";
224	molecule.name="ClO";
225	molecule.isotopesArray = ["56", "76" ];
226	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
227	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
228
229	var molecule = new Object();
230	molecule.id="ocs";
231	molecule.name="OCS";
232	molecule.isotopesArray = ["622", "624", "632", "623", "822", "634"];
233	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
234	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
235	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
236	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
237
238	var molecule = new Object();
239	molecule.id="h2co";
240	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
241	molecule.isotopesArray = ["126", "128", "136"];
242	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
243	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
244
245	var molecule = new Object();
246	molecule.id="h2co";
247	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
248	molecule.isotopesArray = ["126"];
249	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
250
251	var molecule = new Object();
252	molecule.id="c2h6";
253	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>";
254	molecule.isotopesArray = ["226", "236"];
255	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
256	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
257
258	var molecule = new Object();
259	molecule.id="ch3d";
260	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
261	molecule.isotopesArray = ["212", "312"];
262	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
263
264	var molecule = new Object();
265	molecule.id="ch3d";
266	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
267	molecule.isotopesArray = ["212"];
268	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
269
270	var molecule = new Object();
271	molecule.id="c2h2";
272	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>2</sub>";
273	molecule.isotopesArray = ["221", "231"];
274	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
275	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
276	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
277	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
278
279	var molecule = new Object();
280	molecule.id="c2h4";
281	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>4</sub>";
282	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
283	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
284	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
285	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
286
287	var molecule = new Object();
288	molecule.id="geh4";
289	molecule.name="GeH<sub>4</sub>";
290	molecule.isotopesArray = ["411"];
291	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
292	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
293
294	var molecule = new Object();
295	molecule.id="hcn";
296	molecule.name="HCN";
297	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134", "224"];
298	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
299	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
300
301	var molecule = new Object();
302	molecule.id="hcn";
303	molecule.name="HCN";
304	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134"];
305	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
306
307	var molecule = new Object();
308	molecule.id="c3h8";
309	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>";
310	molecule.isotopesArray = ["221"];
311	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
312	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
313
314	var molecule = new Object();
315	molecule.id="c2n2";
316	molecule.name="C<sub>2</sub>N<sub>2</sub>";
317	molecule.isotopesArray = ["224"];
318	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
319	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
320
321	var molecule = new Object();
322	molecule.id="c4h2";
323	molecule.name="C<sub>4</sub>H<sub>2</sub>";
324	molecule.isotopesArray = ["211"];
325	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
326	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
327
328	var molecule = new Object();
329	molecule.id="hc3n";
330	molecule.name="HC<sub>3</sub>N";
331	molecule.isotopesArray = ["124"];
332	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
333	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
334
335	var molecule = new Object();
336	molecule.id="hocl";
337	molecule.name="HOCl";
338	molecule.isotopesArray = ["165", "167"];
339	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
340	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
341
342	var molecule = new Object();
343	molecule.id="n2";
344	molecule.name="N<sub>2</sub>";
345	molecule.isotopesArray = ["44"];
346	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
347	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
348	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
349	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
350
351	var molecule = new Object();
352	molecule.id="ch3cl";
353	molecule.name="CH<sub>3</sub>Cl";
354	molecule.isotopesArray = ["215", "217"];
355	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
356	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
357
358	var molecule = new Object();
359	molecule.id="h2o2";
360	molecule.name="H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>";
361	molecule.isotopesArray = ["166"];
362	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
363	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
364
365	var molecule = new Object();
366	molecule.id="h2s";
367	molecule.name="H<sub>2</sub>S";
368	molecule.isotopesArray = ["121", "141", "131"];
369	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
370	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
371
372	var molecule = new Object();
373	molecule.id="hcooh";
374	molecule.name="HCOOH";
375	molecule.isotopesArray = ["261"];
376	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
377	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
378	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
379
380	var molecule = new Object();
381	molecule.id="cof2";
382	molecule.name="COF<sub>2</sub>";
383	molecule.isotopesArray = ["269"];
384	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
385	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
386
387	var molecule = new Object();
388	molecule.id="sf6";
389	molecule.name="SF<sub>6</sub>";
390	molecule.isotopesArray = ["29"];
391	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
392	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
393
394	var molecule = new Object();
395	molecule.id="c3h4";
396	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>4</sub>";
397	molecule.isotopesArray = ["341"];
398	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
399	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
400
401	var molecule = new Object();
402	molecule.id="ho2";
403	molecule.name="HO<sub>2</sub>";
404	molecule.isotopesArray = ["166"];
405	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
406	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
407
408	var molecule = new Object();
409	molecule.id="clono2";
410	molecule.name="ClONO<sub>2</sub>";
411	molecule.isotopesArray = ["564", "764"];
412	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
413	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
414
415	var molecule = new Object();
416	molecule.id="ch3br";
417	molecule.name="CH<sub>3</sub>Br";
418	molecule.isotopesArray = ["79", "81"];
419	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
420
421	var molecule = new Object();
422	molecule.id="ch3oh";
423	molecule.name="CH<sub>3</sub>OH";
424	molecule.isotopesArray = ["216"];
425	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
426	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
427
428	var molecule = new Object();
429	molecule.id="noplus";
430	molecule.name="NO<sup>+</sup>";
431	molecule.isotopesArray = ["46"];
432	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
433
434	var molecule = new Object();
435	molecule.id="hnc";
436	molecule.name="HNC";
437	molecule.isotopesArray = ["142"];
438	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
439
440	var molecule = new Object();
441	molecule.id="c6h6";
442	molecule.name="C<sub>6</sub>H<sub>6</sub>";
443	molecule.isotopesArray = ["266"];
444	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
445
446	var molecule = new Object();
447	molecule.id="c2hd";
448	molecule.name="C<sub>2</sub>HD";
449	molecule.isotopesArray = ["122"];
450	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
451
452	var molecule = new Object();
453	molecule.id="cf4";
454	molecule.name="CF<sub>4</sub>";
455	molecule.isotopesArray = ["291"];
456	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
457
458	var molecule = new Object();
459	molecule.id="ch3cn";
460	molecule.name="CH<sub>3</sub>CN";
461	molecule.isotopesArray = ["234"];
462	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
463
464
465	},
466
467	// CREATES ********************************************************
468	createForm: function()
469	{
470	//Titre de la page
471	var titlePage = document.createTextNode("Graphic vizualisation of the GEISA database");
472	document.getElementById("titlePage").appendChild(titlePage);
473
474	// Create menu deroulant choix de la base
475	var paramDatabase = new Object();
476	paramDatabase.id = "selectDatabase";
477	paramDatabase.parent = $("#database1");
478	this.selectDatabase = new Select( paramDatabase );
479	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
480	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
481	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
482	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
483	this.selectDatabase.selectFirst( false );
484	var bob = this.selectDatabase.getValues();
485
486	// Create menu deroulant choix de la base2 pour l'onglet "Database comparison"
487	var paramDatabase2 = new Object();
488	paramDatabase2.id = "selectDatabase2";
489	paramDatabase2.parent = $("#database2");
490	this.selectDatabase2 = new Select( paramDatabase );
491	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
492	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
493	this.selectDatabase2.selectFirst( false );
494
495
496
497
498	//crÃ©ation du bloc des molÃ©cules
499	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2011'), this.arrayGeisa2011, "GEISA2011");
500	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2003'), this.arrayGeisa2003, "GEISA2003");
501	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2011'), this.arrayGeisaIasi2011, "GEISAIASI2011");
502	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2003'), this.arrayGeisaIasi2003, "GEISAIASI2003");
503
504	//bouton selection-deselection toutes les molÃ©cules et isotopes
505	this.selectButton = new Button( {value:"Select all molecules", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonSelect", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.selectAll, this )} );
506	//bouton montrer-cacher les isotopes
507	this.showButton = new Button( {value:"View all isotopologues", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonShow", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.viewAll, this )} );
508
509
510
511	//Zone texte SpectralRange
512	//Titre gÃ©nÃ©ral (qui changera en fonction de la base geisa choisie)
513	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
514	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
515
516	//Titre
517	document.getElementById("spectralRangeLower").innerHTML = "Lower value, cm<sup>-1</sup> : ";
518	document.getElementById("spectralRangeUpper").innerHTML = "Upper value, cm<sup>-1</sup> : ";
519	document.getElementById("samplingStep").innerHTML = "<br><a href='#' TITLE='Allows to explore the chosen spectral range by generating a graph every spectral step (in the whole chosen spectral range). The default value is equal to size of the selected spectral range.'><b>?</b></a> Sampling step : ";
520	//zone texte SpectralRangeLower
521	var inputSpectralRangeLower = $( document.createElement( "input" ) );
522	inputSpectralRangeLower.attr( {id:"rangeLower", class:"styleInputs"} );
523	inputSpectralRangeLower.val(0);
524	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions
525	inputSpectralRangeLower.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
526	this.containerFormSpectralRangeLower.append( inputSpectralRangeLower );
527	//zone texte SpectralRangeUpper
528	var inputSpectralRangeUpper = $( document.createElement( "input" ) );
529	inputSpectralRangeUpper.attr( {id:"rangeUpper"} );
530	inputSpectralRangeUpper.val(35877.030506);
531	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions lorsque l'on change la valeur du spectral range
532	inputSpectralRangeUpper.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
533	this.containerFormSpectralRangeUpper.append( inputSpectralRangeUpper );
534	//zone texte Sampling step
535	var inputSamplingStep = $( document.createElement( "input" ) );
536	inputSamplingStep.attr( {id:"sampStep", size:6} );
537	$("#samplingStep").append( inputSamplingStep );
538
539	//Zone texte Intensity
540	//Titre
541	document.getElementById("intensityLower").innerHTML = "Lower value, cm/mol. : "
542	document.getElementById("intensityUpper").innerHTML = "Upper value, cm/mol. : "
543	//zone texte IntensityLower
544	var inputIntensityLower = $( document.createElement( "input" ) );
545	inputIntensityLower.attr( {id:"intensityLo", class:"styleInputs"} );
546	inputIntensityLower.val(0);
547	this.containerFormIntensityLower.append( inputIntensityLower );
548	//zone texte IntensityUpper
549	var inputIntensityUpper = $( document.createElement( "input" ) );
550	inputIntensityUpper.attr( {id:"intensityUp"} );
551	inputIntensityUpper.val(1e-16);
552	this.containerFormIntensityUpper.append( inputIntensityUpper );
553
554
555	// Create menu deroulant 1er choix axe des y
556	//Titre
557	var titleAxeY1 = document.createTextNode("Select parameter (left Y-axis)");
558	document.getElementById("axeY1").appendChild(titleAxeY1);
559	var spaceBr = document.createElement ("br");
560	document.getElementById("axeY1").appendChild(spaceBr);
561	//menu dÃ©roulant
562	var paramSelectAxeY1 = new Object();
563	paramSelectAxeY1.id = "selectAxeY1";
564	paramSelectAxeY1.parent = $("#axeY1");
565	this.selectTraceAxeY1 = new Select( paramSelectAxeY1 );
566	this.selectTraceAxeY1.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ));
567	this.selectTraceAxeY1.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
568	this.selectTraceAxeY1.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
569	this.selectTraceAxeY1.add( 'F', "Temperature of the air broadening halfwidth ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
570	this.selectTraceAxeY1.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHM)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
571	this.selectTraceAxeY1.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
572	this.selectTraceAxeY1.add( 'R', "Temperature of the air pressure shift ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
573	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( false );
574
575	// Create menu deroulant type de graphe
576	//Titre
577	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Type of graph");
578	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(titleTypeTrace);
579	var spaceBr = document.createElement ("br");
580	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(spaceBr);
581	//menu dÃ©roulant
582	var paramNbCourbes = new Object();
583	paramNbCourbes.id = "selectNbCourbes";
584	paramNbCourbes.parent = $("#nbCourbes");
585	this.selectNbCourbes = new Select( paramNbCourbes );
586	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
587	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
588	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
589	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
590	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
591	this.selectNbCourbes.selectFirst( false );
592
593	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y1
594	//Titre
595	var titleScaleY1 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
596	document.getElementById("scaleY1Titre").appendChild(titleScaleY1);
597	//menu dÃ©roulant
598	var paramSelectScaleY1 = new Object();
599	paramSelectScaleY1.id = "selectScaleY1";
600	paramSelectScaleY1.parent = $("#scaleY1");
601	this.selectScaleY1 = new Select( paramSelectScaleY1 );
602	this.selectScaleY1.add( 'l', "Linear" );
603	this.selectScaleY1.add( '-log_scale', "Logarithmic" );
604	this.selectScaleY1.selectFirst( false );
605
606
607	// Create menu deroulant style de tracer Y1
608	//Titre
609	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
610	document.getElementById("typePlotY1").appendChild(titleTypeTrace);
611	var spaceBr = document.createElement ("br");
612	document.getElementById("typePlotY1").appendChild(spaceBr);
613	//menu dÃ©roulant
614	var paramSelectTypeTraceY1 = new Object();
615	paramSelectTypeTraceY1.id = "selectTypePlotY1";
616	paramSelectTypeTraceY1.parent = $("#typePlotY1");
617	this.selectTypeTraceY1 = new Select( paramSelectTypeTraceY1 );
618	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
619	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
620	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
621	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
622	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( false );
623
624	//menu dÃ©roulant tracÃ© de la 2Ãšme base pour l'onglet "Database comparison"
625	var paramSelectTypeTraceDatabase2 = new Object();
626	paramSelectTypeTraceDatabase2.id = "selectTypePlotDatabase2";
627	paramSelectTypeTraceDatabase2.parent = $("#typePlotDatabase2");
628	this.selectTypeTraceDatabase2 = new Select( paramSelectTypeTraceY1 );
629	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'l', "Lines" );
630	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'p', "Dots" );
631	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'i', "Peaks" );
632	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
633	this.selectTypeTraceDatabase2.selectFirst( false );
634
635
636	//lien pour montrer ou cacher le bloc "advanced options"
637	var showHide = $(document.createElement("a"));
638	showHide.html("Show advanced options");
639	showHide.attr( {id:"aShowHide", class:"fieldsetGeneralTitle"} );
640	showHide.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.onClickShowAdvancedOptions));
641	$("#showAdvancedOptions").append(showHide);
642
643
644	//titre menu deroulant transition upper
645	var titleTransitionUpper = document.createTextNode("Upper state : ");
646	document.getElementById("transitionUpper").appendChild(titleTransitionUpper);
647	//titre menu deroulant transition upper
648	this.selectTransitionUpper = $( document.createElement( "select" ) );
649	this.selectTransitionUpper.attr( {id:"transition1"} );
650	//fonction sur le menu dÃ©roulant (des qu'on clique dessus) et non sur chacune des options
651	this.selectTransitionUpper.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
652	var optTransitionUpper = $( document.createElement( "option" ) );
653	optTransitionUpper.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
654	this.selectTransitionUpper.append(optTransitionUpper);
655	$("#transitionUpper").append(this.selectTransitionUpper);
656
657
658	//titre menu deroulant transition lower
659	var titleTransitionLower = document.createTextNode("Lower state : ");
660	document.getElementById("transitionLower").appendChild(titleTransitionLower);
661	// Create menu deroulant transition lower
662	this.selectTransitionLower = $( document.createElement( "select" ) );
663	this.selectTransitionLower.attr( {id:"transition2"} );
664	this.selectTransitionLower.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
665	var optTransitionLower = $( document.createElement( "option" ) );
666	optTransitionLower.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
667	this.selectTransitionLower.append(optTransitionLower);
668	$("#transitionLower").append(this.selectTransitionLower);
669
670	//bouton reset pour les transition
671	var resetButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#transitionReset" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.requestTransition, this )} );
672
673
674	//Zone text Mean Value
675	//Titre
676	var titleMeanValue = document.createTextNode("Bin-average : ");
677	document.getElementById("meanValue1").appendChild(titleMeanValue);
678	//champ input
679	var inputMeanValue = $( document.createElement( "input" ) );
680	inputMeanValue.attr( {id:"meanValue2", size:6} );
681	inputMeanValue.val(0);
682	this.containerFormMeanValue1.append( inputMeanValue );
683	inputMeanValue.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.onBlurInputMeanValue, this ));
684
685
686	// Create menu deroulant 2eme choix axe des y
687	//Titre
688	var titleAxeY2 = document.createTextNode("Select secondary parameter (right Y-axis)");
689	document.getElementById("axeY2Titre").appendChild(titleAxeY2);
690	//menu dÃ©roulant
691	var paramSelectAxeY2 = new Object();
692	paramSelectAxeY2.id = "selectAxeY2";
693	paramSelectAxeY2.parent = $("#axeY2");
694	this.selectTraceAxeY2 = new Select( paramSelectAxeY2 );
695	this.selectTraceAxeY2.add( 'no', "None", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
696	this.selectTraceAxeY2.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
697	this.selectTraceAxeY2.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
698	this.selectTraceAxeY2.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
699	this.selectTraceAxeY2.add( 'F', "Temperature of the air broadening halfwidth ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
700	this.selectTraceAxeY2.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHM)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
701	this.selectTraceAxeY2.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
702	this.selectTraceAxeY2.add( 'R', "Temperature of the air pressure shift ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
703	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( false );
704
705
706	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y2
707	//Titre
708	var titleScaleY2 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
709	document.getElementById("scaleY2Titre").appendChild(titleScaleY2);
710	//menu dÃ©roulant
711	var paramSelectScaleY2 = new Object();
712	paramSelectScaleY2.id = "SelectScaleY2";
713	paramSelectScaleY2.parent = $("#scaleY2");
714	this.selectScaleY2 = new Select( paramSelectScaleY2 );
715	this.selectScaleY2.add( 'l', "Linear" );
716	this.selectScaleY2.add( '-log_scale2', "Logarithmic" );
717	this.selectScaleY2.selectFirst( false );
718	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
719	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
720	this.selectScaleY2.disable();
721
722
723	// Create menu deroulant style de tracer Y2
724	//Titre
725	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
726	document.getElementById("typePlotY2Titre").appendChild(titleTypeTrace);
727	//menu dÃ©roulant
728	var paramSelectTypeTraceY2 = new Object();
729	paramSelectTypeTraceY2.id = "selectTypePlotY2";
730	paramSelectTypeTraceY2.parent = $("#typePlotY2");
731	this.selectTypeTraceY2 = new Select( paramSelectTypeTraceY2 );
732	this.selectTypeTraceY2.add( 'l', "Lines" );
733	this.selectTypeTraceY2.add( 'p', "Dots" );
734	this.selectTypeTraceY2.add( 'i', "Peaks" );
735	this.selectTypeTraceY2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
736	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( false );
737	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
738	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
739	this.selectTypeTraceY2.disable();
740
741	// Create menu deroulant choix de la sortie pour l'onglet "Database comparison"
742	var paramoutputDatabasecomparison = new Object();
743	paramoutputDatabasecomparison.id = "outputDatabaseComparisonChoice1";
744	paramoutputDatabasecomparison.parent = $("#outputDatabaseComparisonChoice");
745	this.selectOutputDatabasecomparison = new Select( paramoutputDatabasecomparison );
746	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'def', "Default output" );
747	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step', "diffÃ©rences moyennes" );
748	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step100', "diffÃ©rences moyennes en pourc" );
749	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_stepboth', "diff moy et diff moy en pourc" );
750	this.selectOutputDatabasecomparison.selectFirst( false );
751
752
753	//crÃ©ation de l'image d'attente
754	var param = new Object();
755	param.id = "loadingForGraphics";
756	param.parent = this.containerLoading;
757	this.loadingGraphics = new Loading( param );
758	// this.loadingGraphics.display();
759	//this.loadingGraphics.hide();
760
761
762	// var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
763	var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "positive", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
764	//bouton reset pour toute la page
765	var resetPageButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.resetPage, this )} );
766
767
768
769	},
770
771
772
773
774	/**
775	* This method creates the case to check for the moles
776	* create cases Ã cocher pour les molÃ©cules
777	* @param container
778	* @param moleculesArray
779	*/
780	//createMolecules: function(container, moleculesArray)
781	createMolecules: function(container, moleculesArray, BddVersion)
782	{
783	var table = $(document.createElement("table"));
784	container.append(table);
785
786	var i=0;
787	//nombre de molecules par ligne
788	var l=11;
789	//taille du tableau
790	//alert("l" +moleculesArray.length);
791
792
793	$.each(moleculesArray, jQuery.proxy( function(index, moleculeElement )
794	{
795
796
797	//this.tr et non var tr pour que tr existe encore Ã la sortie du if
798	if ( index == (i*l))
799	{
800	//alert(index);
801	this.tr = $(document.createElement("tr"));
802	this.tr.attr({valign: "top"});
803	table.append(this.tr);
804	i=i+1;
805
806	}
807	var td = $(document.createElement("td"));
808	this.tr.append(td);
809
810	var span= $(document.createElement("span"));
811	span.addClass("molecule");
812	td.append(span);
813
814	var input = $(document.createElement("input"));
815	input.attr({type:"checkbox", id:"all-"+moleculeElement.id+"-"+BddVersion});
816	input.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliquetout, [this, moleculeElement.id, BddVersion ] ));
817	span.append(input);
818
819	var a = $(document.createElement("a"));
820	a.html("<b>"+moleculeElement.name+"</b>");
821
822	a.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.visibilite, [this,"Cache-"+ moleculeElement.id] ));
823	span.append(a);
824
825	var div= $(document.createElement("div"));
826	div.addClass("divViolet");
827	div.attr({id:"Cache-"+moleculeElement.id, style: "display:none"});
828	td.append(div);
829
830	var spanIsotopes= $(document.createElement("span"));
831	spanIsotopes.addClass("isotope");
832	spanIsotopes.attr({id:moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion});
833	div.append(spanIsotopes);
834
835
836	this.createIsotopes($("#"+moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion), moleculeElement.isotopesArray, moleculeElement.id, BddVersion);
837
838
839	}, this) );
840
841
842	},
843
844	createIsotopes: function(container, isotopesArray, moleculeElement, BddVersion )
845	{
846
847
848	$.each(isotopesArray, jQuery.proxy( function( index, isotopeElement )
849	{
850	container.append("   ");
851	var inputIsotopes = $(document.createElement("input"));
852	inputIsotopes.attr({type:"checkbox", id:"chk-"+moleculeElement+"_"+isotopeElement+"-"+BddVersion, name:"moles", value:moleculeElement+"_"+isotopeElement});
853	inputIsotopes.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliqueIsotope, [this, moleculeElement+"_"+isotopeElement, moleculeElement, BddVersion ] ));
854	container.append(inputIsotopes);
855	container.append(isotopeElement);
856	var br = $(document.createElement("br"));
857	container.append(br);
858
859	}, this) );
860	},
861
862	// <table><tr><td>
863	// <span class="molecule"><input type=checkbox id=all-ch3cn-GEISA2011 onclick="cliquetout('this, ch3cn, GEISA2011');">
864	// <a href="javascript:visibilite('this, Cache-ch3cn');"><B>CH<sub>3</sub>CN</a></B>
865	// </span>
866	// <div class="divViolet" id="Cache-ch3cn" style="display:none;">
867	// <span class="isotope" id="ch3cnIsotopeGEISA2011">   <input type=checkbox id=chk-ch3cn_234-GEISA2011 name=moles value=ch3cn_234 onclick="cliqueIsotope('this, ch3cn_234, GEISA2011');">234<br></span>
868	// </div>
869	// </td></tr></table>
870
871	// REQUESTS ********************************************************
872	//rÃ©cupÃ©ration de toutes les valeurs choisies par l'utilisateur et transformation de ces valeurs pour les inclure dans la requÃªte fortran
873	requestGeisa: function()
874	{
875	//temps en ms pour obtenir un nom unique de rÃ©pertoire
876	var dateTime = new Date().getTime();
877	this.NomRepFileOut = "graph"+dateTime+"/";
878
879
880	// appel ajax
881
882	//sÃ©lection du fichier binaire de la base geisa sÃ©lectionnÃ©e
883	var paramBase = "";
884	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
885	case 'GEISA2003':
886	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_asc_gs03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISA2003 -database_type gs03 -type_out png";
887	break;
888	case 'GEISA2011':
889	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2009_bin -database_name GEISA2011 -database_type gs08 -type_out png";
890	break;
891	case 'GEISAIASI2003':
892	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2003_asc_gsi03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISAIASI2003 -database_type gsi03 -type_out png";
893	break;
894	case 'GEISAIASI2011':
895	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2011_bin_gsi08_v1.0 -database_name GEISAIASI2011 -database_type gsi08 -type_out png";
896	break;
897	}
898
899
900	//molÃ©cules
901	//rÃ©cupÃ©ration des molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
902	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
903	var count = inputs.length;
904	var isotopesSelectedName ="";
905	// alert(this.selectDatabase.getValue());
906	var i=0;
907	this.nbIsotopes = 0;
908	this.nbMolecules = 0;
909	this.nbGraph = 0;
910	for( i = 0; i < count; i++ )
911	{
912	var input = inputs.item( i );
913	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
914	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
915	{
916	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
917	this.nbIsotopes = this.nbIsotopes + 1;
918
919	var molN=input.value;
920	var molN1=molN.replace("_", ":");
921	// exemple : -moleisot h2o:161 -moleisot h2o:162 -moleisot co2:626 -moleisot co2:627 -moleisot o3:666 -moleisot o3:668
922	isotopesSelectedName = isotopesSelectedName+"-moleisot "+molN1+" ";
923	}
924	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
925	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
926	{
927	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
928	this.nbMolecules = this.nbMolecules + 1;
929	}
930	}
931
932
933	//averti l'utilisateur qu'il faut au moins sÃ©lectionner un isotope
934	if (this.nbIsotopes == 0) {
935	alert("Error : no molecule or isotopoloque was selected");
936	return;
937	}
938
939
940
941	//sÃ©lection du nombre de courbes ou de graphs
942
943	var nbCourbes = "";
944
945	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
946	//sswitch (document.getElementById('selectNbCourbes').options[document.getElementById('selectNbCourbes').selectedIndex].value) {
947	case 'cm':
948	nbCourbes = "-separate_mol -same_graph ";
949	this.nbGraph = 1;
950	this.nbCourbe = this.nbMolecules;
951	if (this.nbCourbe > 8) {
952	alert("Too much molecules selected to draw one curve for each molecule selected");
953	return;
954	}
955	break;
956	case 'ci':
957	nbCourbes = "-separate_iso -same_graph ";
958	this.nbGraph = 1;
959	this.nbCourbe = this.nbIsotopes;
960	if (this.nbCourbe > 8) {
961	alert("Too much isotopologues selected to draw one curve for each isotopologues selected");
962	return;
963	}
964	break;
965	case 'gm':
966	nbCourbes = "-separate_mol ";
967	this.nbGraph = this.nbMolecules;
968	if (this.nbGraph > 20) {
969	alert("Too much molecules selected to draw one graph for each molecules selected");
970	return;
971	}
972	break;
973	case 'gi':
974	nbCourbes = "-separate_iso ";
975	this.nbGraph = this.nbIsotopes;
976	if (this.nbGraph > 20) {
977	alert("Too much isotopologues selected to draw one graph for each isotopologues selected");
978	return;
979	}
980	break;
981	default:
982	nbCourbes = "";
983	this.nbGraph = 1;
984	break;
985	}
986
987
988	//Spectral range
989	var rangeLower="-wavenb_min "+$("#rangeLower").val();
990	var rangeUpper="-wavenb_max "+$("#rangeUpper").val();
991
992	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
993
994	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
995	case 'GEISA2003':
996	//isNaN = n'est pas un nombre
997	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
998	{
999	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1000	return;
1001	}
1002
1003	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1004	{
1005	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1006	return;
1007	}
1008
1009	break;
1010	case 'GEISA2011':
1011	//isNaN = n'est pas un nombre
1012	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1013	{
1014	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1015	return;
1016	}
1017
1018	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1019	{
1020	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1021	return;
1022	}
1023	break;
1024	case 'GEISAIASI2003':
1025	//isNaN = n'est pas un nombre
1026	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1027	{
1028	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1029	return;
1030	}
1031
1032	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1033	{
1034	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1035	return;
1036	}
1037	break;
1038	case 'GEISAIASI2011':
1039	//isNaN = n'est pas un nombre
1040	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1041	{
1042	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1043	return;
1044	}
1045
1046	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1047	{
1048	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1049	return;
1050	}
1051	break;
1052	}
1053
1054
1055	if ($("#rangeLower").val() == "" )
1056	{
1057	rangeLower="";
1058	}
1059
1060	if ($("#rangeUpper").val() == "" )
1061	{
1062	rangeUpper="";
1063	}
1064	if( parseInt($("#rangeLower").val()) > parseInt($("#rangeUpper").val()) )
1065	{
1066	alert("Error: lower spectral range area is superior to upper spectral range area ");
1067	return;
1068	}
1069
1070
1071
1072	//Sampling step
1073	if( $("#sampStep").val() > 0 )
1074	{
1075	var samplingStep="-band "+$("#sampStep").val();
1076	//calcul du nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s par l'option Sampling step
1077	this.nbGraphSamplingStep = (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) / parseFloat($("#sampStep").val());
1078	//calcul du nombre de graphs total Ã tracer (nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ©s par "type of graph" * nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ© par "Sampling Step")
1079	//test pour voir si "nbGraphSamplingStep" est un entier
1080	if ((this.nbGraphSamplingStep - parseInt(this.nbGraphSamplingStep)) == 0)
1081	{
1082	this.nbGraph=(this.nbGraph)*(this.nbGraphSamplingStep);
1083	}
1084	else
1085	{
1086	// si "nbGraphSamplingStep" n'est pas un entier prendre le nbre entier suivant
1087	this.nbGraph=this.nbGraph*(parseInt(this.nbGraphSamplingStep)+1);
1088	}
1089	}
1090
1091	if(isNaN($("#sampStep").val()) == true \|\| parseInt($("#sampStep").val()) < 0 )
1092	{
1093	alert("Error: Invalid value for sampling step");
1094	return;
1095	}
1096
1097	if( $("#sampStep").val() == 0 )
1098	{
1099	var samplingStep="";
1100	}
1101
1102	//test sur le nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s
1103	if (this.nbGraph > 20)
1104	{
1105	alert("Too many graphics will be drawn ("+this.nbGraph+"). Please change the value of the sampling step or change the value of the type of graph.");
1106	return;
1107	}
1108
1109
1110
1111	//Transitions to do
1112	//exemple de requete avec transition
1113	//./all -filein line_GEISA2009_bin -moleisot h2o:161 -wavenb_min 1 -wavenb_max 1000 -database_name "GEISA2011" -vib_ident_lower '[000]'
1114	var transitionUpper=document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value;
1115
1116	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1117	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1118	var nb=0;
1119	nb=25-transitionUpper.length
1120	if (nb != 0)
1121	{
1122	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1123	transitionUpper=transitionUpper+" ";
1124	}
1125	}
1126
1127
1128	var transitionLower=document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value;
1129
1130	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1131	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1132	var nb=0;
1133	nb=25-transitionLower.length
1134	if (nb != 0)
1135	{
1136	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1137	transitionLower=transitionLower+" ";
1138	}
1139	}
1140
1141	//pas de transition sÃ©lectionnÃ©e
1142
1143	if (( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "transition" ))
1144	{
1145	transitionUpper ="no";
1146	}
1147	if (( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "transition" ))
1148	{
1149	transitionLower ="no";
1150	}
1151
1152	if ( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "")
1153	{
1154	transitionUpper ="noValue";
1155	}
1156
1157	if ( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "")
1158	{
1159	transitionLower ="noValue";
1160	}
1161
1162	var sel = document.getElementById('transition1');
1163	var idupper = sel.options[sel.selectedIndex].value;
1164
1165	//Intensity range
1166	var intensityLower="-int_min "+$("#intensityLo").val();
1167	var intensityUpper="-int_max "+$("#intensityUp").val();
1168
1169	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1170	if(isNaN($("#intensityLo").val()) == true \|\| $("#intensityLo").val() < 0 )
1171	{
1172	alert("Error: Invalid value for lower intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1173	return;
1174	}
1175	if ($("#intensityLo").val() == "" )
1176	{
1177	intensityLower="";
1178	}
1179	if(isNaN($("#intensityUp").val()) == true \|\| $("#intensityUp").val() < 0 )
1180	{
1181	alert("Error: Invalid value for upper intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1182	return;
1183	}
1184	if ($("#intensityUp").val() == "" )
1185	{
1186	intensityUpper="";
1187	}
1188
1189	//to do javascript ne sait comparer des exponenciels
1190	// if( $("#intensityLo").val() > $("#intensityUp").val() )
1191
1192	// {
1193	// alert("Error: lower intensity range area is superior to upper intensity range area ");
1194	// return;
1195	// }
1196
1197
1198	//Valeur de mean value
1199	var meanValue = "-step "+$("#meanValue2").val();
1200	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1201	//Si ce n'est pas un nombre ou si il est nÃ©gatif ou si mean value est supÃ©rieur ou Ã©gal Ã l'interval spectral
1202	if(isNaN($("#meanValue2").val()) == true \|\| $("#meanValue2").val() < 0 \|\| $("#meanValue2").val() >= (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) )
1203	{
1204	alert("Error: Invalid value for Average calculation area");
1205	return;
1206	}
1207	//si aucune valeur
1208	if ($("#meanValue2").val() == "" )
1209	{
1210	meanValue="";
1211	}
1212
1213	//sÃ©lection du premier choix pour l'axe des Y
1214	var field="-field "+this.selectTraceAxeY1.getValue();
1215
1216
1217	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y1 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1218	if (this.selectScaleY1.getValue() == '-log_scale' && this.selectScaleY1.isDisable == false)
1219	{
1220	var logScale = this.selectScaleY1.getValue();
1221	}
1222	else
1223	{
1224	var logScale = ""
1225	}
1226
1227
1228
1229	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y1
1230	var lineType="-line_type "+this.selectTypeTraceY1.getValue();
1231	//var lineType="-line_type "+document.getElementById('selectTypePlotY1').options[document.getElementById('selectTypePlotY1').selectedIndex].value;
1232
1233
1234	//sÃ©lection ou non d'un 2eme choix pour l'axe des Y (pas de valeur pour ce champ si choix none ou si l'option n'est pas activÃ©e)
1235	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no' \|\| this.selectTraceAxeY2.isDisable == true)
1236	{
1237	var field2 = "";
1238	}
1239	else
1240	{
1241	var field2 = "-field2 "+this.selectTraceAxeY2.getValue();
1242	//var field2 = "-field2 "+document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value;
1243	}
1244
1245	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y2 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1246	if (this.selectScaleY2.getValue() == '-log_scale2' && this.selectScaleY2.isDisable == false)
1247	{
1248	var logScale2 =this.selectScaleY2.getValue();
1249	// var logScale2 = document.getElementById('selectScaleY2').options[document.getElementById('selectScaleY2').selectedIndex].value;
1250	}
1251	else
1252	{
1253	var logScale2 = "";
1254	}
1255
1256
1257	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y2 (pas de valeur si l'option n'est pas activÃ©e)
1258	if ( this.selectTypeTraceY2.isDisable == true)
1259	{
1260	var lineType2 = "";
1261	}
1262	else
1263	{
1264	var lineType2 = "-line_type2 "+this.selectTypeTraceY2.getValue();
1265	}
1266
1267
1268	//ouverture de la div de l'image d'attente
1269	this.loadingGraphics.display();
1270
1271
1272
1273
1274	//construction de la requÃªte Fortran
1275
1276	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1277	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+field2+" "+logScale2+" "+lineType2;
1278
1279
1280	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1281	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1282	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1283	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1284	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1285	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1286	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1287
1288
1289	//construction du nom du fichier (exemple GEISA2011-0_100)
1290	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1291	//envoie de la requÃªte au controller
1292	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1293	$.ajax( {
1294	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1295	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1296	} );
1297	},
1298
1299
1300	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions
1301	requestTransition: function()
1302	{
1303
1304	var nbMolecules=0;
1305
1306	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1307	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1308	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1309
1310	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1311	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1312	var count = inputs.length;
1313	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1314	var i=0;
1315
1316	for( i = 0; i < count; i++ )
1317	{
1318	var input = inputs.item( i );
1319	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1320	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1321	{
1322	var molN=input.value;
1323	var molN1=molN.replace("_", ":");
1324	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1325	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1326	}
1327
1328	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
1329	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1330	{
1331	nbMolecules = nbMolecules + 1;
1332	}
1333
1334	}
1335	//alert ("nbMolecules"+nbMolecules);
1336	//si le nombre de molÃ©cule sÃ©lectionnÃ©es est supÃ©rieure Ã 1 les menus des transition sont inactifs
1337	if (nbMolecules > 1)
1338	{
1339	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1340	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1341	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1342	}
1343	else
1344	{
1345	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
1346	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
1347	}
1348
1349
1350	//On ne fait appel Ã la BDD des transitions et si au plus 1 molÃ©cule est sÃ©lectionnÃ©e
1351	if (nbMolecules == 1 )
1352	{
1353
1354
1355	$.ajax( {
1356	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeName&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+this.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper,
1357	success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this ),
1358	error: jQuery.proxy( this.handleErrorRequestTransition, this )
1359	} );
1360
1361	}
1362	else
1363	{
1364	//pour rÃ©initialiser le menu dÃ©roulant si aucune ou plusieurs molÃ©cules sont sÃ©lectionnÃ©es
1365	document.getElementById("transition2").length=0;
1366	//this.selectTransitionUpper.clear();
1367	document.getElementById("transition1").length=0;
1368
1369	if (nbMolecules == 0 )
1370	{
1371	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1372	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1373	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1374	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1375	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1376	}
1377
1378	if (nbMolecules > 1 )
1379	{
1380
1381	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1382	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1383	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1384	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1385	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1386	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1387	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1388	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1389	}
1390	}
1391	},
1392
1393
1394
1395
1396	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition lower
1397	requestTransitionByTransitionLower: function()
1398	{
1399	var context = this[0];
1400	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1401	context.transitionLower = this[1];
1402
1403	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1404	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1405
1406	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1407	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1408	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1409
1410	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1411	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1412	var count = inputs.length;
1413	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1414	var i=0;
1415
1416	for( i = 0; i < count; i++ )
1417	{
1418	var input = inputs.item( i );
1419	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1420	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1421	{
1422	var molN=input.value;
1423	var molN1=molN.replace("_", ":");
1424	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1425	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1426	}
1427
1428	}
1429
1430	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1431	var transitionLowerReplaced = context.transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1432
1433	//Appel Ã la BDD
1434
1435	$.ajax( {
1436	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionLower&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionLower="+transitionLowerReplaced,
1437	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionLower, context)
1438	} );
1439
1440
1441
1442	},
1443
1444
1445	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition upper
1446	requestTransitionByTransitionUpper: function()
1447	{
1448	var context = this[0];
1449	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1450	context.transitionUpper = this[1];
1451
1452	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1453	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1454
1455	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1456	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1457	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1458
1459	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1460	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1461	var count = inputs.length;
1462	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1463	var i=0;
1464
1465	for( i = 0; i < count; i++ )
1466	{
1467	var input = inputs.item( i );
1468	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1469	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1470	{
1471	var molN=input.value;
1472	var molN1=molN.replace("_", ":");
1473	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1474	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1475	}
1476
1477	}
1478	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1479	var transitionUpperReplaced = context.transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1480
1481	//Appel Ã la BDD
1482	$.ajax( {
1483	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionUpper&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionUpper="+transitionUpperReplaced,
1484	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionUpper, context)
1485	} );
1486
1487
1488
1489	},
1490
1491
1492
1493	// requestTransition: function()
1494	// {
1495	// $.ajax( {
1496	// url: "project?methodName=transition&transitionValue="+ this.selectTransitionUpper.getValue(),
1497	// success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this )
1498	// } );
1499	// },
1500
1501	// HANDLES ******************************************************** = retours ajax
1502	//affichage sur l'interface
1503
1504	handleGeisa: function( result )
1505	{
1506
1507	//nom du rÃ©pertoire : exemple de retour de valeur du controleur
1508	//this.nb = jQuery.parseJSON( result ).nb;
1509	//this.NomRepFileOut = jQuery.parseJSON( result ).NomRepFileOut;
1510
1511	//chemin court de l'image
1512	this.pathImg = "<%=Controller.PATH_IMAGES%>"+this.NomRepFileOut;
1513
1514
1515	//Pour tracer le bon nombre de graphe et de bouton download
1516	var i=1;
1517	var content="";
1518	//bouton "Download All" si il y a plus d'un graph
1519	if (this.nbGraph > 1)
1520	{
1521	content = "<a href=project?methodName=downloadFile&fileName=" +this.NomRepFileOut + "GEISA.tar&fileNameToDisplay=GEISA.tar><button class='dataProtocolDownloadButton'>Download All</button></a>";
1522	}
1523	//tracer chaque graphe avec son bouton download associÃ©
1524	for (i=1; i<this.nbGraph+1; i++) {
1525	//content = content + '<img src=' + this.pathImg + "graph" + this.nb +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + "graph" + this.nb+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1526	content = content +'<img src=' + this.pathImg + this.nomFichier +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + this.nomFichier+"-"+i + ".png&fileNameToDisplay="+this.nomFichier+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1527	}
1528
1529	this.displayWindow(content);
1530	},
1531
1532
1533	handleRequestTransition: function( result )
1534	{
1535
1536
1537	// var transitions = jQuery.parseJSON( result ).transitions;
1538	var transitionsLower = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLower;
1539	var transitionsUpper = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpper;
1540
1541	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1542	// this.selectTransitionLower.clear();
1543	document.getElementById("transition2").length=0;
1544	//this.selectTransitionUpper.clear();
1545	document.getElementById("transition1").length=0;
1546
1547	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1548	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1549	// this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1550	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1551	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1552	// this.selectTransitionLower.selectFirst();
1553	// this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1554
1555
1556	$.each(transitionsLower, jQuery.proxy( function(index, transitionsLower )
1557	{
1558	// this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ]));
1559
1560
1561	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLower, text:transitionsLower} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ])));
1562
1563	}, this));
1564
1565	$.each(transitionsUpper, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpper )
1566	{
1567	//this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ]));
1568	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpper, text:transitionsUpper} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ])));
1569
1570	}, this));
1571
1572	},
1573
1574	//en cas d'erreur dans la requÃªte des transitions ( pas de valeur ou caractÃšres Ã la place de nombres dans champ spectral)
1575	handleErrorRequestTransition : function()
1576	{
1577	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1578	document.getElementById("transition2").length=0;
1579	document.getElementById("transition1").length=0;
1580
1581	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1582	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1583
1584	},
1585
1586	handleRequestTransitionByTransitionLower : function( result )
1587	{
1588	//alert("transitionLower"+this.transitionLower);
1589	var transitionsUpperBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpperBis;
1590	//alert("transitionsUpper"+transitionsUpper);
1591
1592	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1593	// this.selectTransitionLower.clear();
1594	document.getElementById("transition2").length=0;
1595	//this.selectTransitionUpper.clear();
1596	document.getElementById("transition1").length=0;
1597	// while(0 < document.getElementById("transition1").length)
1598	// {
1599	// document.getElementById("transition1").options[0] = null;
1600	// }
1601
1602
1603	//this.selectTransitionLower.add(this.transitionLower, this.transitionLower);
1604	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1605	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionLower, text:this.transitionLower, selected:"selected"} ));
1606	//this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1607	//rajout du text "Choose a transition" selectionnÃ© en premier mais on ne peut pas cliquer dessus
1608	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1609
1610
1611	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1612	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1613	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1614
1615
1616
1617	$.each(transitionsUpperBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpperBis )
1618	{
1619	// this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper);
1620	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpperBis, text:transitionsUpperBis} ));
1621
1622	}, this));
1623
1624	},
1625
1626
1627	handleRequestTransitionByTransitionUpper : function( result )
1628	{
1629	// alert("transitionUpper"+this.transitionUpper);
1630	var transitionsLowerBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLowerBis;
1631	//alert("transitionsLower"+transitionsLower);
1632
1633	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1634	// this.selectTransitionLower.clear();
1635	document.getElementById("transition2").length=0;
1636	//this.selectTransitionUpper.clear();
1637	document.getElementById("transition1").length=0;
1638
1639	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1640	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1641
1642	// this.selectTransitionUpper.add(this.transitionUpper, this.transitionUpper);
1643	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1644	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionUpper, text:this.transitionUpper, selected:"selected"} ));
1645
1646
1647	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1648	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1649	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1650
1651
1652
1653	$.each(transitionsLowerBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsLowerBis )
1654	{
1655	//this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower);
1656	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLowerBis, text:transitionsLowerBis} ));
1657	}, this));
1658
1659	},
1660	// EVENTS ********************************************************
1661	//
1662	//Action quand on clique sur l'onglet DatabaseContents
1663	onClickDatabaseContents: function()
1664	{
1665	//change la couleur des onglets
1666	this.ntabContents.active();
1667	this.ntabGlobal.inactive();
1668	this.ntabComparison.inactive();
1669	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1670	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1671	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Graphic vizualisation of the GEISA database";
1672	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1673	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1674	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1675	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "";
1676	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "";
1677	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1678	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1679	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1680	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "none";
1681	},
1682	//Action quand on clique sur l'onglet GlobalRepresentation
1683	onClickGlobalRepresentation: function()
1684	{
1685	//change la couleur des onglets
1686	this.ntabGlobal.active();
1687	this.ntabContents.inactive();
1688	this.ntabComparison.inactive();
1689	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1690	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1691	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Global Representation";
1692	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1693	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1694	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "none";
1695	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1696	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "none";
1697	document.getElementById("advancedOptions").style.display= "none";
1698
1699	},
1700	//Action quand on clique sur l'onglet DatabasesComparison
1701	onClickDatabasesComparison: function()
1702	{
1703	//change la couleur des onglets
1704	this.ntabComparison.active();
1705	this.ntabGlobal.inactive();
1706	this.ntabContents.inactive();
1707	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1708	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1709	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Databases Comparison";
1710	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1711	document.getElementById("database2").style.display= "";
1712	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "";
1713	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1714	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "";
1715	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1716	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "none";
1717	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "none";
1718	},
1719
1720
1721	//affichage de la valeur du spectral range et affichage du bloc des molecules en fonction de la base de donnees selectionnee
1722	onClickSelectDatabase: function(value)
1723	{
1724
1725	if ('GEISA2011' == value)
1726	{
1727	//modifier le titre en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e
1728	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1729	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
1730
1731	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1732	if($("#rangeLower").val()=="")
1733	{
1734	$("#rangeLower").val(0);
1735	}
1736	if($("#rangeUpper").val()=="")
1737	{
1738	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1739	}
1740
1741	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1742	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1743	{
1744	$("#rangeLower").val(0);
1745	}
1746	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1747	{
1748	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1749	}
1750
1751	//afficher le bon bloc de molÃ©cules
1752	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "";
1753	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
1754	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
1755	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
1756	}
1757
1758	if ('GEISAIASI2011' == value)
1759	{
1760	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1761	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
1762
1763
1764	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1765	if($("#rangeLower").val()=="")
1766	{
1767	$("#rangeLower").val(599.000793);
1768	}
1769	if($("#rangeUpper").val()=="")
1770	{
1771	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1772	}
1773	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1774	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1775	{
1776	$("#rangeLower").val(599.000793);
1777	}
1778	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1779	{
1780	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1781	}
1782
1783	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
1784	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "";
1785	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
1786	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
1787	}
1788
1789	if ('GEISA2003' == value)
1790	{
1791	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1792	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
1793
1794	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1795	if($("#rangeLower").val()=="")
1796	{
1797	$("#rangeLower").val(0);
1798	}
1799	if($("#rangeUpper").val()=="")
1800	{
1801	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1802	}
1803	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1804	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1805	{
1806	$("#rangeLower").val(0);
1807	}
1808	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1809	{
1810	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1811	}
1812
1813	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
1814	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
1815	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "";
1816	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
1817	}
1818	if ('GEISAIASI2003' == value)
1819	{
1820	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1821	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
1822
1823	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1824	if($("#rangeLower").val()=="")
1825	{
1826	$("#rangeLower").val(599.000793);
1827	}
1828	if($("#rangeUpper").val()=="")
1829	{
1830	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1831	}
1832	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1833	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1834	{
1835	$("#rangeLower").val(599.000793);
1836	}
1837	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1838	{
1839	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1840	}
1841
1842	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
1843	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
1844	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
1845	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "";
1846	}
1847
1848	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
1849	this.requestTransition();
1850	},
1851
1852	//Pour sÃ©lectionner-desÃ©lectionner tous les isotopes
1853	selectAll: function()
1854	{
1855	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1856	var count = inputs.length;
1857	var i=0;
1858
1859
1860	if( this.selectButton.getValue() == 'Select all molecules')
1861	{
1862	for( i = 0; i < count; i++ )
1863	{
1864	var input = inputs.item( i );
1865	if( input.type == 'checkbox' )
1866	{
1867	input.checked = true;
1868	}
1869	}
1870	this.selectButton.setValue("Unselect all molecules");
1871
1872	}
1873	else
1874	{
1875	for( i = 0; i < count; i++ )
1876	{
1877	var input = inputs.item( i );
1878	if( input.type == 'checkbox' )
1879	{
1880	input.checked = false;
1881	}
1882	}
1883	this.selectButton.setValue("Select all molecules");
1884	}
1885
1886	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
1887	this.requestTransition();
1888
1889	},
1890
1891	//Pour montrer-cacher tous les isotopes
1892	viewAll: function()
1893	{
1894	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
1895	var count = divs.length;
1896	var i = 0;
1897	if( this.showButton.getValue() == 'View all isotopologues')
1898	{
1899	for( i = 0; i < count; i++ )
1900	{
1901	//ouvrir que les div dont l'id contient la chaine Cache
1902	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
1903	divs.item(i).style.display = "" ;
1904	}
1905	}
1906	this.showButton.setValue("Hide all isotopologues");
1907	}
1908	else
1909	{
1910	for( i = 0; i < count; i++ )
1911	{
1912	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
1913	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
1914	divs.item(i).style.display = "none" ;
1915	}
1916	}
1917	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
1918	}
1919	},
1920
1921	//Actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur le nom d'une molÃ©cule
1922	cliquetout: function()
1923	{
1924	var context = this[0];
1925	// exemple :moleculeName = ch3ch
1926	var moleculeName = this[1];
1927	var bddVersion = this[2];
1928	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1929	var count = inputs.length;
1930	var i=0;
1931	for( i = 0; i < count; i++ )
1932	{
1933	var input = inputs.item( i );
1934	//cliquer toutes les molÃ©cules et isotopes du meme nom dans toutes les bases
1935	//if( input.type == 'checkbox' && ( input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-03') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-03')
1936	// \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-11') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-11')))
1937
1938	if( input.type == 'checkbox' && ( input.id.indexOf('chk-' + moleculeName + '_') != -1 \|\| input.id.indexOf('all-'+moleculeName+'-')!= -1 ))
1939
1940	{
1941	input.checked = document.getElementById( 'all-'+ moleculeName + '-' + bddVersion ).checked;
1942	}
1943	}
1944	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
1945	context.requestTransition();
1946	},
1947
1948	//actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur un isotope
1949	cliqueIsotope: function()
1950	{
1951	var context = this[0];
1952	//exemple isotopeName = ch3cn_134
1953	var isotopeName = this[1];
1954	// exemple moleculeName= ch3cn
1955	var moleculeName = this[2];
1956	var bddVersion = this[3];
1957	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1958	var count = inputs.length;
1959	var i = 0;
1960	for( i = 0; i < count; i++ )
1961	{
1962	input = inputs.item( i );
1963
1964	//id=chk-ch3cn_234-GEISA2011
1965	//cliquer ou decliquer le meme isotope dans toutes les bases
1966	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-' + isotopeName) != -1)
1967	{
1968	input.checked = document.getElementById( 'chk-' + isotopeName + '-' + bddVersion ).checked;
1969
1970	}
1971	// id=all-ch3cn-GEISA2011
1972	//pour dÃ©cocher la case de la molecule quand on dÃ©coche un isotope
1973	// if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('all-'+ moleculeName) != -1 && input.checked == true )
1974	// {
1975	// input.checked = false;
1976	// }
1977	}
1978
1979
1980	//pour cocher molecule quand on clique sur un isotope et dÃ©cocher molÃ©cule quand tous les isotopes de la molÃ©cule sont dÃ©cochÃ©s
1981	var nbIsotopeSelected=0;
1982	var input = "";
1983	var j=0;
1984	var k=0;
1985
1986	//tableau contenant toutes les valeurs du menu dÃ©roulant "choosing Database"
1987	var databaseValues=context.selectDatabase.getValues();
1988	//taille du menu dÃ©roulant
1989	var nbdatabaseValues=context.selectDatabase.getSize();
1990
1991	//pour chaque base faire ...
1992	for( j = 0; j < nbdatabaseValues ; j++ )
1993	{
1994	var nbIsotopeSelected=0;
1995	//calcul du nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s pour une molÃ©cule prÃ©cise et une base de donnÃ©es
1996	for( k = 0; k < count; k++ )
1997	{
1998	input = inputs.item( k );
1999	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-'+moleculeName+'_') != -1 && input.id.indexOf(databaseValues[j]) != -1 && input.checked == true )
2000	{
2001	nbIsotopeSelected=nbIsotopeSelected+1;
2002	}
2003
2004	}
2005	//si aucun isotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on dÃ©coche la molÃ©cule
2006	if ( nbIsotopeSelected == 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2007	{
2008	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=false;
2009	}
2010	//si au moins unisotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on coche la molÃ©cule
2011	if ( nbIsotopeSelected > 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2012	{
2013	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=true;
2014	}
2015	}
2016
2017
2018	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2019	context.requestTransition();
2020
2021	},
2022
2023
2024
2025	//pour cacher ou voir les isotopes d'une molecule
2026	visibilite: function( )
2027	{
2028	var context = this[0];
2029	var thingId = this[1];
2030	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2031	var count = divs.length;
2032	var i = 0;
2033	for( i = 0; i < count; i++ )
2034	{
2035	var div = divs.item( i );
2036
2037
2038	if ( div.id == thingId)
2039	{
2040	if( div.style.display == "none" )
2041	{
2042	div.style.display = "";
2043	}
2044	else
2045	{
2046	div.style.display = "none";
2047	}
2048	}
2049	}
2050	},
2051
2052	//Faire apparatre ou disparaitre le bloc "advanced options" quand on clique sur le lien "show advanced options"
2053	onClickShowAdvancedOptions: function()
2054	{
2055	//document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2056	if( document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display == "none" )
2057	{
2058	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2059	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2060	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Hide advanced options";
2061	}
2062	else
2063	{
2064	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2065	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2066	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Show advanced options";
2067	}
2068	},
2069
2070	//Alerter l'utilisateur si aucune transition n'a Ã©tÃ© trouvÃ©e
2071	OnclickVerifTransition : function()
2072	{
2073	//si l'utilisateur change les valeurs de spectral range et clique directement sur le menu dÃ©roulant des transitions
2074	//le menu dÃ©roulant ne se met pas Ã jour avant de faire la vÃ©rification
2075	this.containerFormSpectralRangeLower.blur();
2076	this.containerFormSpectralRangeUpper.blur();
2077
2078
2079
2080
2081	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2082	//cas oÃ¹ la requete utilisateur est correct mais il n'y a pas de transition pour cette molecule t ce domaine spectral
2083	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="transition" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="transition")
2084	{
2085	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2086	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2087	this.selectTransitionUpper.blur();
2088	this.selectTransitionLower.blur();
2089	alert("Change isotopologues selection or spectral range values to obtain transition values");
2090
2091	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2092	//document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2093	}
2094	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2095	//cas oÃ¹ la requete est fausse = les valeurs du domaine spectral sont fausses
2096	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="requestError" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="requestError")
2097	{
2098	this.selectTransitionUpper.blur();
2099	this.selectTransitionLower.blur();
2100	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2101	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2102	alert("Change spectral range values to obtain transition values");
2103	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2104	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2105	}
2106
2107
2108	},
2109
2110	onBlurInputMeanValue: function()
2111	{
2112	//si step est sup a 0, ajout d'une ligne Z aux parametres Y1 et y2 si elle n'est pas dÃ©jÃ prÃ©sente
2113	// !this.selectTraceAxeY1.content('Z') indique que "Z" n'exite pas dans le menu dÃ©roulant selectTraceAxeY1
2114	if ($("#meanValue2").val() > 0 && !this.selectTraceAxeY1.content('Z'))
2115	// if ($("#meanValue2").val() > 0 && document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != "Z")
2116	{
2117
2118	this.selectTraceAxeY1.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2119	this.selectTraceAxeY2.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2120	//this.selectTraceAxeY1.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, [this, "Z" ])));
2121	//this.selectTraceAxeY2.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, [this, "Z" ])));
2122	}
2123	//si step = a 0 et autres valeurs (a faire) , retrait de la ligne Z aux parametres Y1 et y2
2124	if ($("#meanValue2").val() == 0)
2125	{
2126	this.selectTraceAxeY1.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2127	this.selectTraceAxeY2.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2128	//Selection par defaut du 1er element (pour que "Number of lines" ne soit plus selectionne par defaut si il n'existe plus)
2129	this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2130	this.selectTraceAxeY2.selectFirst();
2131	}
2132	},
2133
2134	onClickSelectNbCourbes: function(value)
2135	{
2136	var context = this[0];
2137	var optionVal = this[1];
2138
2139	//si plusieurs courbes choisis pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont inactifs
2140	if ('cm' == value \|\| 'ci' == value)
2141	//if ('cm' == optionVal \|\| 'ci' == optionVal)
2142	{
2143	//transformer le texte en gris
2144	document.getElementById("axeY2Titre").className = "notActiveText";
2145	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2146	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2147	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2148	this.selectTraceAxeY2.disable();
2149	this.selectScaleY2.disable();
2150	this.selectTypeTraceY2.disable();
2151	//document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=true;
2152	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2153	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2154
2155	}
2156	//si une seule courbe choisie pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont actifs
2157	if ('ca' == value \|\| 'gm' == value \|\| 'gi' == value)
2158	//if ('ca' == optionVal \|\| 'gm' == optionVal \|\| 'gi' == optionVal)
2159	{
2160	//remet le texte en couleur active
2161	document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2162	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2163	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2164	{
2165	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2166	}
2167	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2168	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2169	{
2170	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2171	}
2172	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2173	this.selectTraceAxeY2.enable();
2174	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2175	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2176	{
2177	this.selectScaleY2.enable();
2178	}
2179	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2180	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2181	{
2182	this.selectTypeTraceY2.enable();
2183	}
2184
2185	//remet le texte en couleur active
2186	// document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2187	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2188	// document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=false;
2189	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2190	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2191	// {
2192	// document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2193	// document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2194	//}
2195	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2196	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2197	//{
2198	// document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2199	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2200	//}
2201	}
2202
2203
2204	},
2205
2206
2207	onClickSelectTraceAxeY1: function(value)
2208	{
2209	//si intensite n'est pas choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est inactif
2210	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() != 'B')
2211	// if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != 'B')
2212	{
2213	//transformer le texte en gris
2214	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "notActiveText";
2215	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2216	this.selectScaleY1.disable();
2217	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=true;
2218	}
2219	//si intensite est choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est actif
2220	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() == 'B')
2221	//if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value == 'B')
2222	{
2223	//transformer le texte en gris
2224	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "activeText";
2225	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2226	this.selectScaleY1.enable();
2227	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=false;
2228	}
2229	},
2230
2231	onClickSelectTraceAxeY2: function(value)
2232	{
2233	//si intensite n'est pas choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est inactif
2234	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'B')
2235	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'B')
2236	{
2237	//transformer le texte en gris
2238	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2239	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2240	this.selectScaleY2.disable();
2241	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2242	}
2243	//si intensite est choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est actif
2244	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2245	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2246	{
2247	//transformer le texte en foncÃ©
2248	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2249	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2250	this.selectScaleY2.enable();
2251	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2252	}
2253	//si aucun parametre est choisi pour Y2, le type de plot est inactif
2254	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no')
2255	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'no')
2256	{
2257	//transformer le texte en gris
2258	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2259	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2260	this.selectTypeTraceY2.disable();
2261	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2262	}
2263	//si un parametre est choisi pour Y2, le type de plot est actif
2264	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2265	// if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2266	{
2267	//transformer le texte en foncÃ©
2268	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2269	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2270	this.selectTypeTraceY2.enable();
2271	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2272	}
2273
2274	},
2275
2276	//bouton reset de toute la page (rechargement de la page)
2277	resetPage: function()
2278	{
2279	//location.reload(); //pas appliquÃ©e car supprime la fenÃªtre graphique
2280
2281	//reset du choix de la base de donnÃ©es
2282	// selectFirst : affiche le premier Ã©lÃ©ment de la liste
2283	//true : active la fonction associÃ©e au bouton
2284	//this.selectDatabase.selectFirst( true );
2285
2286	//cacher tous les isotopes
2287	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2288	var count = divs.length;
2289	var i = 0;
2290
2291	for( i = 0; i < count; i++ )
2292	{
2293	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2294	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2295	divs.item(i).style.display = "none" ;
2296	}
2297	}
2298	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2299
2300	//dÃ©selectionner tous les isotopes
2301	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2302	var count = inputs.length;
2303	var i=0;
2304
2305	for( i = 0; i < count; i++ )
2306	{
2307	var input = inputs.item( i );
2308	if( input.type == 'checkbox' )
2309	{
2310	input.checked = false;
2311	}
2312	}
2313	this.selectButton.setValue("Select all isotopologues");
2314
2315	//spectral range
2316	//$("#rangeLower").val(0);
2317	//$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2318	$("#rangeLower").val("");
2319	$("#rangeUpper").val("");
2320	$("#sampStep").val("");
2321
2322	//intensity range
2323	$("#intensityLo").val(0);
2324	$("#intensityUp").val(1e-16);
2325
2326	this.selectNbCourbes.selectFirst( true );
2327
2328	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( true );
2329	this.selectScaleY1.selectFirst( true );
2330	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( true );
2331
2332	document.getElementById("transition1").length=0;
2333	document.getElementById("transition2").length=0;
2334	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2335	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2336	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
2337	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
2338
2339
2340	$("#meanValue2").val("");
2341
2342	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( true );
2343	this.selectScaleY2.selectFirst( true );
2344	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( true );
2345
2346	},
2347
2348	onClickSubmit: function()
2349	{
2350	this.requestGeisa();
2351	},
2352
2353	displayWindow: function(content)
2354	{
2355	//fermeture de la div de l'image d'attente
2356	this.loadingGraphics.hide();
2357
2358	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2359
2360	//alert(content);
2361	var $dialog = $( '<div></div>' )
2362
2363	.html( content )
2364
2365	.dialog( {
2366	autoOpen: false,
2367	title: "GEISA : spectroscopic database",
2368	//buttons: { "Close": function() { $(this).dialog("close"); }, "Min": function() { $(this).dialog({ height: 20, width:350 }); },"Max": function() { $(this).dialog({ height: 560, width:700 }); } },
2369	buttons:{
2370	"close":{
2371	id:'close',
2372	text:'Close',
2373	height:'30px',
2374	width:'53px',
2375	title :'to close the window',
2376	click: function() { $(this).dialog("close"); },
2377	},
2378	"min" :{
2379	id:'Min',
2380	text:'-',
2381	height:'30px',
2382	width:'30px',
2383	title :'to reduce the window',
2384	click: function() { $(this).dialog({ height:18, width:350 }); },
2385	},
2386	"max" :{
2387	id:'Max',
2388	text:'+',
2389	height:'30px',
2390	width:'30px',
2391	title :'to enlarge the window ',
2392	click: function() { $(this).dialog({ height: 640, width:700 }); },
2393	},
2394	},
2395
2396	//minHeight: 500,
2397	// minWidth: 660,
2398	height: 640,
2399	width:700,
2400	//Exemple de valeurs possible pour position : "middle", "top", [200, 100]
2401	position: "middle"
2402	} );
2403	$dialog.dialog( 'open' );
2404	},
2405
2406	// displayWindow: function(coordinate)
2407	//{
2408	//var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2409	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2410
2411	//alert(content);
2412	// var $dialog = $( '<div></div>' )
2413	// .html( content + content1 )
2414
2415	// .dialog( {
2416	// autoOpen: false,
2417	// title: "GEISA : spectroscopic database",
2418	// minHeight: 500,
2419	// minWidth: 660,
2420
2421	//coordonnee y y
2422	// position:coordinate
2423
2424	// } );
2425	// $dialog.dialog( 'open' )
2426	//},
2427
2428
2429	onClickDownload: function()
2430	{
2431	document.location.href = "project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt";
2432	}
2433
2434
2435	} );
2436
2437
2438	</script>
2439
2440
2441

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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