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source: geisa/web/initGeisa_script.jsp @ 686

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Interface option global et comparison
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Line
1	<%@ page import="com.ether.Controller" %>
2	<%@ page import="com.ether.IsotopeG03" %>
3	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG03" %>
4	<%@ page import="com.ether.IsotopeG09" %>
5	<%@ page import="com.ether.IsotopeIasiG09" %>
6
7	<script type="text/javascript">
8
9
10
11	var InterfaceInit = Class.create( {
12
13	initialize: function()
14	{
15
16	/ ******* CONTAINERS ******* /
17	this.containerFormSpectralRangeLower = $( "#spectralRangeLower" );
18	this.containerFormSpectralRangeUpper = $( "#spectralRangeUpper" );
19	this.containerFormIntensityLower = $( "#intensityLower" );
20	this.containerFormIntensityUpper = $( "#intensityUpper" );
21	this.containerFormMeanValue1 = $( "#meanValue1" );
22	this.containerDownload = $( "#downloadContainer" );
23	this.containerLoading = $( "#loading" );
24	this.containerTabs = $("#tabs");
25
26	/ ******* VARIABLE ******* /
27	//on va chercher les chemin dÃ©clarÃ© dans le controller
28	this.pathProcess = "<%=Controller.PATH_PROCESS%>";
29	this.LongPathImages = "<%=Controller.LONG_PATH_IMAGES%>";
30
31	<%--this.pathImg = <%=Controller.PATH_IMAGES%>;--%>
32
33	this.initializeMolecules();
34	this.createForm();
35
36	var downloadButton = new Button( {value:"Download", parent:$( "#downloadContainer" ), id:"button_submit_2", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDownload, this )} );
37
38	//onglet
39	this.ntabComparison = new Tab( {value:"Databases comparison", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Comparison", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabasesComparison, this )} );
40	this.ntabGlobal = new Tab( {value:"Global representation", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Global", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickGlobalRepresentation, this )} );
41	this.ntabContents = new Tab( {value:"Database contents", parent:this.containerTabs, numTab: 1, id:"tab_Contents", className: "tab_class", onClick:jQuery.proxy( this.onClickDatabaseContents, this )} );
42	//onglet avec la couleur active par dÃ©faut
43	this.ntabContents.active();
44	},
45
46	initializeMolecules: function()
47	{
48	this.arrayGeisa2011 = new Array();
49	this.arrayGeisa2003 = new Array();
50	this.arrayGeisaIasi2011 = new Array();
51	this.arrayGeisaIasi2003 = new Array();
52
53	var molecule = new Object();
54	molecule.id="h2o";
55	molecule.name="H<sub>2</sub>O";
56	molecule.isotopesArray = ["161", "162", "171", "181", "182", "172"];
57	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
58	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
59	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
60	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
61
62	var molecule = new Object();
63	molecule.id="co2";
64	molecule.name="CO<sub>2</sub>";
65	molecule.isotopesArray = ["626", "627", "628", "636", "637", "638", "728", "828", "838"];
66	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
67	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
68	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
69	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
70
71	var molecule = new Object();
72	molecule.id="o3";
73	molecule.name="O<sub>3</sub>";
74	molecule.isotopesArray = ["666", "668", "686", "667", "676"];
75	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
76	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
77	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
78	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
79
80	var molecule = new Object();
81	molecule.id="n2o";
82	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
83	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456","458", "546", "548", "556"];
84	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
85	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
86
87	var molecule = new Object();
88	molecule.id="n2o";
89	molecule.name="N<sub>2</sub>O";
90	molecule.isotopesArray = ["446", "447", "448", "456", "546"];
91	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
92	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
93
94	var molecule = new Object();
95	molecule.id="co";
96	molecule.name="CO";
97	molecule.isotopesArray = ["26", "36", "28", "27", "38", "37"];
98	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
99	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
100	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
101	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
102
103	var molecule = new Object();
104	molecule.id="ch4";
105	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
106	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
107	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
108	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
109
110	var molecule = new Object();
111	molecule.id="ch4";
112	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
113	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212", "312"];
114	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
115
116	var molecule = new Object();
117	molecule.id="ch4";
118	molecule.name="CH<sub>4</sub>";
119	molecule.isotopesArray = ["211", "311", "212"];
120	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
121
122	var molecule = new Object();
123	molecule.id="o2";
124	molecule.name="O<sub>2</sub>";
125	molecule.isotopesArray = ["66", "67", "68"];
126	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
127	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
128
129	var molecule = new Object();
130	molecule.id="o2";
131	molecule.name="O<sub>2</sub>";
132	molecule.isotopesArray = ["66"];
133	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
134	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
135
136	var molecule = new Object();
137	molecule.id="no";
138	molecule.name="NO";
139	molecule.isotopesArray = ["46", "48", "56"];
140	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
141	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
142	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
143	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
144
145	var molecule = new Object();
146	molecule.id="so2";
147	molecule.name="SO<sub>2</sub>";
148	molecule.isotopesArray = ["626", "646"];
149	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
150	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
151	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
152	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
153
154	var molecule = new Object();
155	molecule.id="no2";
156	molecule.name="NO<sub>2</sub>";
157	molecule.isotopesArray = ["646"];
158	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
159	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
160	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
161	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
162
163	var molecule = new Object();
164	molecule.id="nh3";
165	molecule.name="NH<sub>3</sub>";
166	molecule.isotopesArray = ["411", "511" ];
167	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
168	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
169	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
170
171	var molecule = new Object();
172	molecule.id="ph3";
173	molecule.name="PH<sub>3</sub>";
174	molecule.isotopesArray = ["131" ];
175	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
176	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
177
178	var molecule = new Object();
179	molecule.id="hno3";
180	molecule.name="HNO<sub>3</sub>";
181	molecule.isotopesArray = ["146" ];
182	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
183	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
184	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
185	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
186
187	var molecule = new Object();
188	molecule.id="oh";
189	molecule.name="OH";
190	molecule.isotopesArray = ["61", "62", "81" ];
191	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
192	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
193
194	var molecule = new Object();
195	molecule.id="hf";
196	molecule.name="HF";
197	molecule.isotopesArray = ["19" ];
198	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
199	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
200
201	var molecule = new Object();
202	molecule.id="hcl";
203	molecule.name="HCL";
204	molecule.isotopesArray = ["15", "17" ];
205	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
206	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
207
208	var molecule = new Object();
209	molecule.id="hbr";
210	molecule.name="HBR";
211	molecule.isotopesArray = ["11", "19" ];
212	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
213	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
214
215	var molecule = new Object();
216	molecule.id="hi";
217	molecule.name="HI";
218	molecule.isotopesArray = ["17" ];
219	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
220	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
221
222	var molecule = new Object();
223	molecule.id="clo";
224	molecule.name="ClO";
225	molecule.isotopesArray = ["56", "76" ];
226	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
227	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
228
229	var molecule = new Object();
230	molecule.id="ocs";
231	molecule.name="OCS";
232	molecule.isotopesArray = ["622", "624", "632", "623", "822", "634"];
233	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
234	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
235	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
236	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
237
238	var molecule = new Object();
239	molecule.id="h2co";
240	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
241	molecule.isotopesArray = ["126", "128", "136"];
242	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
243	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
244
245	var molecule = new Object();
246	molecule.id="h2co";
247	molecule.name="H<sub>2</sub>CO";
248	molecule.isotopesArray = ["126"];
249	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
250
251	var molecule = new Object();
252	molecule.id="c2h6";
253	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>6</sub>";
254	molecule.isotopesArray = ["226", "236"];
255	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
256	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
257
258	var molecule = new Object();
259	molecule.id="ch3d";
260	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
261	molecule.isotopesArray = ["212", "312"];
262	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
263
264	var molecule = new Object();
265	molecule.id="ch3d";
266	molecule.name="CH<sub>3</sub>D";
267	molecule.isotopesArray = ["212"];
268	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
269
270	var molecule = new Object();
271	molecule.id="c2h2";
272	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>2</sub>";
273	molecule.isotopesArray = ["221", "231"];
274	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
275	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
276	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
277	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
278
279	var molecule = new Object();
280	molecule.id="c2h4";
281	molecule.name="C<sub>2</sub>H<sub>4</sub>";
282	molecule.isotopesArray = ["211", "311"];
283	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
284	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
285	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
286
287	var molecule = new Object();
288	molecule.id="geh4";
289	molecule.name="GeH<sub>4</sub>";
290	molecule.isotopesArray = ["411"];
291	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
292	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
293
294	var molecule = new Object();
295	molecule.id="hcn";
296	molecule.name="HCN";
297	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134", "224"];
298	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
299	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
300
301	var molecule = new Object();
302	molecule.id="hcn";
303	molecule.name="HCN";
304	molecule.isotopesArray = ["124", "125", "134"];
305	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
306
307	var molecule = new Object();
308	molecule.id="c3h8";
309	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>8</sub>";
310	molecule.isotopesArray = ["221"];
311	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
312	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
313
314	var molecule = new Object();
315	molecule.id="c2n2";
316	molecule.name="C<sub>2</sub>N<sub>2</sub>";
317	molecule.isotopesArray = ["224"];
318	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
319	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
320
321	var molecule = new Object();
322	molecule.id="c4h2";
323	molecule.name="C<sub>4</sub>H<sub>2</sub>";
324	molecule.isotopesArray = ["211"];
325	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
326	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
327
328	var molecule = new Object();
329	molecule.id="hc3n";
330	molecule.name="HC<sub>3</sub>N";
331	molecule.isotopesArray = ["124"];
332	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
333	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
334
335	var molecule = new Object();
336	molecule.id="hocl";
337	molecule.name="HOCl";
338	molecule.isotopesArray = ["165", "167"];
339	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
340	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
341
342	var molecule = new Object();
343	molecule.id="n2";
344	molecule.name="N<sub>2</sub>";
345	molecule.isotopesArray = ["44"];
346	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
347	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
348	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
349	this.arrayGeisaIasi2003.push(molecule);
350
351	var molecule = new Object();
352	molecule.id="ch3cl";
353	molecule.name="CH<sub>3</sub>Cl";
354	molecule.isotopesArray = ["215", "217"];
355	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
356	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
357
358	var molecule = new Object();
359	molecule.id="h2o2";
360	molecule.name="H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>";
361	molecule.isotopesArray = ["166"];
362	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
363	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
364
365	var molecule = new Object();
366	molecule.id="h2s";
367	molecule.name="H<sub>2</sub>S";
368	molecule.isotopesArray = ["121", "141", "131"];
369	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
370	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
371
372	var molecule = new Object();
373	molecule.id="hcooh";
374	molecule.name="HCOOH";
375	molecule.isotopesArray = ["261"];
376	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
377	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
378	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
379
380	var molecule = new Object();
381	molecule.id="cof2";
382	molecule.name="COF<sub>2</sub>";
383	molecule.isotopesArray = ["269"];
384	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
385	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
386
387	var molecule = new Object();
388	molecule.id="sf6";
389	molecule.name="SF<sub>6</sub>";
390	molecule.isotopesArray = ["29"];
391	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
392	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
393
394	var molecule = new Object();
395	molecule.id="c3h4";
396	molecule.name="C<sub>3</sub>H<sub>4</sub>";
397	molecule.isotopesArray = ["341"];
398	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
399	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
400
401	var molecule = new Object();
402	molecule.id="ho2";
403	molecule.name="HO<sub>2</sub>";
404	molecule.isotopesArray = ["166"];
405	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
406	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
407
408	var molecule = new Object();
409	molecule.id="clono2";
410	molecule.name="ClONO<sub>2</sub>";
411	molecule.isotopesArray = ["564", "764"];
412	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
413	this.arrayGeisa2003.push(molecule);
414
415	var molecule = new Object();
416	molecule.id="ch3br";
417	molecule.name="CH<sub>3</sub>Br";
418	molecule.isotopesArray = ["79", "81"];
419	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
420
421	var molecule = new Object();
422	molecule.id="ch3oh";
423	molecule.name="CH<sub>3</sub>OH";
424	molecule.isotopesArray = ["216"];
425	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
426	this.arrayGeisaIasi2011.push(molecule);
427
428	var molecule = new Object();
429	molecule.id="noplus";
430	molecule.name="NO<sup>+</sup>";
431	molecule.isotopesArray = ["46"];
432	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
433
434	var molecule = new Object();
435	molecule.id="hnc";
436	molecule.name="HNC";
437	molecule.isotopesArray = ["142"];
438	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
439
440	var molecule = new Object();
441	molecule.id="c6h6";
442	molecule.name="C<sub>6</sub>H<sub>6</sub>";
443	molecule.isotopesArray = ["266"];
444	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
445
446	var molecule = new Object();
447	molecule.id="c2hd";
448	molecule.name="C<sub>2</sub>HD";
449	molecule.isotopesArray = ["122"];
450	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
451
452	var molecule = new Object();
453	molecule.id="cf4";
454	molecule.name="CF<sub>4</sub>";
455	molecule.isotopesArray = ["291"];
456	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
457
458	var molecule = new Object();
459	molecule.id="ch3cn";
460	molecule.name="CH<sub>3</sub>CN";
461	molecule.isotopesArray = ["234"];
462	this.arrayGeisa2011.push(molecule);
463
464
465	},
466
467	// CREATES ********************************************************
468	createForm: function()
469	{
470	//Titre de la page
471	var titlePage = document.createTextNode("Graphic vizualisation of the GEISA database");
472	document.getElementById("titlePage").appendChild(titlePage);
473
474	// Create menu deroulant choix de la base
475	var paramDatabase = new Object();
476	paramDatabase.id = "selectDatabase";
477	paramDatabase.parent = $("#database1");
478	this.selectDatabase = new Select( paramDatabase );
479	this.selectDatabase.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
480	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2011', "GEISA-IASI 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG09.class%>' );
481	this.selectDatabase.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
482	this.selectDatabase.add( 'GEISAIASI2003', "GEISA-IASI 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeIasiG03.class%>' );
483	this.selectDatabase.selectFirst( false );
484	var bob = this.selectDatabase.getValues();
485
486	// Create menu deroulant choix de la base2 pour l'onglet "Database comparison"
487
488	var paramDatabase2 = new Object();
489	paramDatabase2.id = "selectDatabase2";
490	paramDatabase2.parent = $("#database2");
491	this.selectDatabase2 = new Select( paramDatabase2 );
492	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2011', "GEISA 2011", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG09.class%>' );
493	this.selectDatabase2.add( 'GEISA2003', "GEISA 2003", jQuery.proxy(this.onClickSelectDatabase, this), '<%=IsotopeG03.class%>' );
494	this.selectDatabase2.selectFirst( false );
495
496
497
498
499	//crÃ©ation du bloc des molÃ©cules
500	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2011'), this.arrayGeisa2011, "GEISA2011");
501	this.createMolecules($('#BDD-GEISA2003'), this.arrayGeisa2003, "GEISA2003");
502	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2011'), this.arrayGeisaIasi2011, "GEISAIASI2011");
503	this.createMolecules($('#BDD-GEISAIASI2003'), this.arrayGeisaIasi2003, "GEISAIASI2003");
504
505	//bouton selection-deselection toutes les molÃ©cules et isotopes
506	this.selectButton = new Button( {value:"Select all molecules", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonSelect", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.selectAll, this )} );
507	//bouton montrer-cacher les isotopes
508	this.showButton = new Button( {value:"View all isotopologues", parent:$( "#selectAndShow" ), id:"buttonShow", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.viewAll, this )} );
509
510
511
512	//Zone texte SpectralRange
513	//Titre gÃ©nÃ©ral (qui changera en fonction de la base geisa choisie)
514	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
515	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
516
517	//Titre
518	document.getElementById("spectralRangeLower").innerHTML = "Lower value, cm<sup>-1</sup> : ";
519	document.getElementById("spectralRangeUpper").innerHTML = "Upper value, cm<sup>-1</sup> : ";
520	document.getElementById("samplingStep").innerHTML = "<br> Splitting step, cm<sup>-1</sup> : <a href='#' TITLE='Split equally the selected spectral range for generating a series of graphs. Default case: one graph for the whole spectral range.'><img src='resources/images/elements/index.jpeg' height='16px' width='16px'></a> ";
521	//zone texte SpectralRangeLower
522	var inputSpectralRangeLower = $( document.createElement( "input" ) );
523	inputSpectralRangeLower.attr( {id:"rangeLower", class:"styleInputs"} );
524	inputSpectralRangeLower.val(0);
525	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions
526	inputSpectralRangeLower.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
527	this.containerFormSpectralRangeLower.append( inputSpectralRangeLower );
528	//zone texte SpectralRangeUpper
529	var inputSpectralRangeUpper = $( document.createElement( "input" ) );
530	inputSpectralRangeUpper.attr( {id:"rangeUpper"} );
531	inputSpectralRangeUpper.val(35877.030506);
532	//pour mettre Ã jour le menu dÃ©roulant des transitions lorsque l'on change la valeur du spectral range
533	inputSpectralRangeUpper.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.requestTransition, this ));
534	this.containerFormSpectralRangeUpper.append( inputSpectralRangeUpper );
535	//zone texte Sampling step
536	var inputSamplingStep = $( document.createElement( "input" ) );
537	inputSamplingStep.attr( {id:"sampStep", size:6} );
538	$("#samplingStep").append( inputSamplingStep );
539
540	//Zone texte Intensity
541	//Titre
542	document.getElementById("intensityLower").innerHTML = "Lower value, cm/mol. : "
543	document.getElementById("intensityUpper").innerHTML = "Upper value, cm/mol. : "
544	//zone texte IntensityLower
545	var inputIntensityLower = $( document.createElement( "input" ) );
546	inputIntensityLower.attr( {id:"intensityLo", class:"styleInputs"} );
547	inputIntensityLower.val(0);
548	this.containerFormIntensityLower.append( inputIntensityLower );
549	//zone texte IntensityUpper
550	var inputIntensityUpper = $( document.createElement( "input" ) );
551	inputIntensityUpper.attr( {id:"intensityUp"} );
552	inputIntensityUpper.val(1e-16);
553	this.containerFormIntensityUpper.append( inputIntensityUpper );
554
555
556	// Create menu deroulant 1er choix axe des y
557	//Titre
558	var titleAxeY1 = document.createTextNode("Select parameter (left Y-axis)");
559	document.getElementById("axeY1").appendChild(titleAxeY1);
560	var spaceBr = document.createElement ("br");
561	document.getElementById("axeY1").appendChild(spaceBr);
562	//menu dÃ©roulant
563	var paramSelectAxeY1 = new Object();
564	paramSelectAxeY1.id = "selectAxeY1";
565	paramSelectAxeY1.parent = $("#axeY1");
566	this.selectTraceAxeY1 = new Select( paramSelectAxeY1 );
567	this.selectTraceAxeY1.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ));
568	this.selectTraceAxeY1.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
569	this.selectTraceAxeY1.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
570	this.selectTraceAxeY1.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
571	this.selectTraceAxeY1.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
572	this.selectTraceAxeY1.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
573	this.selectTraceAxeY1.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
574	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( false );
575
576	// Create menu deroulant type de graphe
577	//Titre
578	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Type of graph");
579	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(titleTypeTrace);
580	var spaceBr = document.createElement ("br");
581	document.getElementById("nbCourbes").appendChild(spaceBr);
582	//menu dÃ©roulant
583	var paramNbCourbes = new Object();
584	paramNbCourbes.id = "selectNbCourbes";
585	paramNbCourbes.parent = $("#nbCourbes");
586	this.selectNbCourbes = new Select( paramNbCourbes );
587	this.selectNbCourbes.add( 'ca', "One curve for all selection", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
588	this.selectNbCourbes.add( 'cm', "Separated molecules : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
589	this.selectNbCourbes.add( 'gm', "Separated molecules : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
590	this.selectNbCourbes.add( 'gi', "Separated isotopologues : different graphs", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
591	this.selectNbCourbes.add( 'ci', "Separated isotopologues : same graph", jQuery.proxy(this.onClickSelectNbCourbes, this ) );
592	this.selectNbCourbes.selectFirst( false );
593
594	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y1
595	//Titre
596	var titleScaleY1 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
597	document.getElementById("scaleY1Titre").appendChild(titleScaleY1);
598	//menu dÃ©roulant
599	var paramSelectScaleY1 = new Object();
600	paramSelectScaleY1.id = "selectScaleY1";
601	paramSelectScaleY1.parent = $("#scaleY1");
602	this.selectScaleY1 = new Select( paramSelectScaleY1 );
603	this.selectScaleY1.add( 'l', "Linear" );
604	this.selectScaleY1.add( '-log_scale', "Logarithmic" );
605	this.selectScaleY1.selectFirst( false );
606
607
608	// Create menu deroulant style de tracer Y1
609	//Titre
610	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
611	document.getElementById("typePlotY1").appendChild(titleTypeTrace);
612	var spaceBr = document.createElement ("br");
613	document.getElementById("typePlotY1").appendChild(spaceBr);
614	//menu dÃ©roulant
615	var paramSelectTypeTraceY1 = new Object();
616	paramSelectTypeTraceY1.id = "selectTypePlotY1";
617	paramSelectTypeTraceY1.parent = $("#typePlotY1");
618	this.selectTypeTraceY1 = new Select( paramSelectTypeTraceY1 );
619	this.selectTypeTraceY1.add( 'l', "Lines" );
620	this.selectTypeTraceY1.add( 'p', "Dots" );
621	this.selectTypeTraceY1.add( 'i', "Peaks" );
622	this.selectTypeTraceY1.add( 'lp', "Lines and Dots" );
623	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( false );
624
625	//menu dÃ©roulant tracÃ© de la 2Ãšme base pour l'onglet "Database comparison"
626	var paramSelectTypeTraceDatabase2 = new Object();
627	paramSelectTypeTraceDatabase2.id = "selectTypePlotDatabase2";
628	paramSelectTypeTraceDatabase2.parent = $("#typePlotDatabase2");
629	this.selectTypeTraceDatabase2 = new Select( paramSelectTypeTraceDatabase2 );
630	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'l', "Lines" );
631	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'p', "Dots" );
632	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'i', "Peaks" );
633	this.selectTypeTraceDatabase2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
634	this.selectTypeTraceDatabase2.selectFirst( false );
635
636
637	//lien pour montrer ou cacher le bloc "advanced options"
638	var showHide = $(document.createElement("a"));
639	showHide.html("Show advanced options");
640	showHide.attr( {id:"aShowHide", class:"fieldsetGeneralTitle"} );
641	showHide.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.onClickShowAdvancedOptions));
642	$("#showAdvancedOptions").append(showHide);
643
644
645	//titre menu deroulant transition upper
646	var titleTransitionUpper = document.createTextNode("Upper state : ");
647	document.getElementById("transitionUpper").appendChild(titleTransitionUpper);
648	//titre menu deroulant transition upper
649	this.selectTransitionUpper = $( document.createElement( "select" ) );
650	this.selectTransitionUpper.attr( {id:"transition1"} );
651	//fonction sur le menu dÃ©roulant (des qu'on clique dessus) et non sur chacune des options
652	this.selectTransitionUpper.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
653	var optTransitionUpper = $( document.createElement( "option" ) );
654	optTransitionUpper.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
655	this.selectTransitionUpper.append(optTransitionUpper);
656	$("#transitionUpper").append(this.selectTransitionUpper);
657
658
659	//titre menu deroulant transition lower
660	var titleTransitionLower = document.createTextNode("Lower state : ");
661	document.getElementById("transitionLower").appendChild(titleTransitionLower);
662	// Create menu deroulant transition lower
663	this.selectTransitionLower = $( document.createElement( "select" ) );
664	this.selectTransitionLower.attr( {id:"transition2"} );
665	this.selectTransitionLower.bind( 'click', jQuery.proxy(this.OnclickVerifTransition, this));
666	var optTransitionLower = $( document.createElement( "option" ) );
667	optTransitionLower.attr( {value:"-1", text:"Select a molecule"} );
668	this.selectTransitionLower.append(optTransitionLower);
669	$("#transitionLower").append(this.selectTransitionLower);
670
671	//bouton reset pour les transition
672	var resetButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#transitionReset" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.requestTransition, this )} );
673
674
675	//Zone text Mean Value
676	//Titre
677	var titleMeanValue = document.createTextNode("Bin-average : ");
678	document.getElementById("meanValue1").appendChild(titleMeanValue);
679	//champ input
680	var inputMeanValue = $( document.createElement( "input" ) );
681	inputMeanValue.attr( {id:"meanValue2", size:6} );
682	inputMeanValue.val(0);
683	this.containerFormMeanValue1.append( inputMeanValue );
684	inputMeanValue.bind( 'blur', this, jQuery.proxy( this.onBlurInputMeanValue, this ));
685
686
687	// Create menu deroulant 2eme choix axe des y
688	//Titre
689	var titleAxeY2 = document.createTextNode("Select secondary parameter (right Y-axis)");
690	document.getElementById("axeY2Titre").appendChild(titleAxeY2);
691	//menu dÃ©roulant
692	var paramSelectAxeY2 = new Object();
693	paramSelectAxeY2.id = "selectAxeY2";
694	paramSelectAxeY2.parent = $("#axeY2");
695	this.selectTraceAxeY2 = new Select( paramSelectAxeY2 );
696	this.selectTraceAxeY2.add( 'no', "None", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
697	this.selectTraceAxeY2.add( 'B', "Intensity", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
698	this.selectTraceAxeY2.add( 'C', "Air broadening pressure halfwidth HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
699	this.selectTraceAxeY2.add( 'D', "Energy of the lower transition level", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
700	this.selectTraceAxeY2.add( 'F', "Temperature dependence coefficient n of HWHM", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
701	this.selectTraceAxeY2.add( 'N', "Self broadening pressure halfwidth (HWHMself)", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
702	this.selectTraceAxeY2.add( 'O', "Air pressure shift of the line transition", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
703	this.selectTraceAxeY2.add( 'R', "Temperature dependence coeff. of the air pressure shift", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
704	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( false );
705
706
707	// Create menu deroulant type d'Ã©chelle linÃ©aire ou logarithmique pour le choix y2
708	//Titre
709	var titleScaleY2 = document.createTextNode("Select the type of Scale (if intensity is choosen)");
710	document.getElementById("scaleY2Titre").appendChild(titleScaleY2);
711	//menu dÃ©roulant
712	var paramSelectScaleY2 = new Object();
713	paramSelectScaleY2.id = "SelectScaleY2";
714	paramSelectScaleY2.parent = $("#scaleY2");
715	this.selectScaleY2 = new Select( paramSelectScaleY2 );
716	this.selectScaleY2.add( 'l', "Linear" );
717	this.selectScaleY2.add( '-log_scale2', "Logarithmic" );
718	this.selectScaleY2.selectFirst( false );
719	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
720	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
721	this.selectScaleY2.disable();
722
723
724	// Create menu deroulant style de tracer Y2
725	//Titre
726	var titleTypeTrace = document.createTextNode("Select the type of plot");
727	document.getElementById("typePlotY2Titre").appendChild(titleTypeTrace);
728	//menu dÃ©roulant
729	var paramSelectTypeTraceY2 = new Object();
730	paramSelectTypeTraceY2.id = "selectTypePlotY2";
731	paramSelectTypeTraceY2.parent = $("#typePlotY2");
732	this.selectTypeTraceY2 = new Select( paramSelectTypeTraceY2 );
733	this.selectTypeTraceY2.add( 'l', "Lines" );
734	this.selectTypeTraceY2.add( 'p', "Dots" );
735	this.selectTypeTraceY2.add( 'i', "Peaks" );
736	this.selectTypeTraceY2.add( 'lp', "Lines and Dots" );
737	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( false );
738	//est inactif par defaut car selectTraceAxeY2 est positionne a none par defaut
739	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
740	this.selectTypeTraceY2.disable();
741
742	// Create menu deroulant choix de la sortie pour l'onglet "Database comparison"
743	var paramoutputDatabasecomparison = new Object();
744	paramoutputDatabasecomparison.id = "outputDatabaseComparisonChoice1";
745	paramoutputDatabasecomparison.parent = $("#outputDatabaseComparisonChoice");
746	this.selectOutputDatabasecomparison = new Select( paramoutputDatabasecomparison );
747	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'def', "Default output" );
748	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step', "diffÃ©rences moyennes" );
749	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_step100', "diffÃ©rences moyennes en pourc" );
750	this.selectOutputDatabasecomparison.add( 'diff_stepboth', "diff moy et diff moy en pourc" );
751	this.selectOutputDatabasecomparison.selectFirst( false );
752
753
754	//crÃ©ation de l'image d'attente
755	var param = new Object();
756	param.id = "loadingForGraphics";
757	param.parent = this.containerLoading;
758	this.loadingGraphics = new Loading( param );
759	// this.loadingGraphics.display();
760	//this.loadingGraphics.hide();
761
762
763	// var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "red_button", classNameText:"red_button_text", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
764	var submitButton = new Button( {value:"Submit", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"button_submit_3", className: "positive", onClick:jQuery.proxy( this.onClickSubmit, this )} );
765	//bouton reset pour toute la page
766	var resetPageButton = new Button( {value:"Reset", parent:$( "#boutonSubmit" ), id:"buttonReset", className: "gray_button", onClick:jQuery.proxy( this.resetPage, this )} );
767
768
769
770	},
771
772
773
774
775	/**
776	* This method creates the case to check for the moles
777	* create cases Ã cocher pour les molÃ©cules
778	* @param container
779	* @param moleculesArray
780	*/
781	//createMolecules: function(container, moleculesArray)
782	createMolecules: function(container, moleculesArray, BddVersion)
783	{
784	var table = $(document.createElement("table"));
785	container.append(table);
786
787	var i=0;
788	//nombre de molecules par ligne
789	var l=11;
790	//taille du tableau
791	//alert("l" +moleculesArray.length);
792
793
794	$.each(moleculesArray, jQuery.proxy( function(index, moleculeElement )
795	{
796
797
798	//this.tr et non var tr pour que tr existe encore Ã la sortie du if
799	if ( index == (i*l))
800	{
801	//alert(index);
802	this.tr = $(document.createElement("tr"));
803	this.tr.attr({valign: "top"});
804	table.append(this.tr);
805	i=i+1;
806
807	}
808	var td = $(document.createElement("td"));
809	this.tr.append(td);
810
811	var span= $(document.createElement("span"));
812	span.addClass("molecule");
813	td.append(span);
814
815	var input = $(document.createElement("input"));
816	input.attr({type:"checkbox", id:"all-"+moleculeElement.id+"-"+BddVersion});
817	input.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliquetout, [this, moleculeElement.id, BddVersion ] ));
818	span.append(input);
819
820	var a = $(document.createElement("a"));
821	a.html("<b>"+moleculeElement.name+"</b>");
822
823	a.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.visibilite, [this,"Cache-"+ moleculeElement.id] ));
824	span.append(a);
825
826	var div= $(document.createElement("div"));
827	div.addClass("divViolet");
828	div.attr({id:"Cache-"+moleculeElement.id, style: "display:none"});
829	td.append(div);
830
831	var spanIsotopes= $(document.createElement("span"));
832	spanIsotopes.addClass("isotope");
833	spanIsotopes.attr({id:moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion});
834	div.append(spanIsotopes);
835
836
837	this.createIsotopes($("#"+moleculeElement.id+"Isotope"+BddVersion), moleculeElement.isotopesArray, moleculeElement.id, BddVersion);
838
839
840	}, this) );
841
842
843	},
844
845	createIsotopes: function(container, isotopesArray, moleculeElement, BddVersion )
846	{
847
848
849	$.each(isotopesArray, jQuery.proxy( function( index, isotopeElement )
850	{
851	container.append("   ");
852	var inputIsotopes = $(document.createElement("input"));
853	inputIsotopes.attr({type:"checkbox", id:"chk-"+moleculeElement+"_"+isotopeElement+"-"+BddVersion, name:"moles", value:moleculeElement+"_"+isotopeElement});
854	inputIsotopes.bind( 'click', this, jQuery.proxy( this.cliqueIsotope, [this, moleculeElement+"_"+isotopeElement, moleculeElement, BddVersion ] ));
855	container.append(inputIsotopes);
856	container.append(isotopeElement);
857	var br = $(document.createElement("br"));
858	container.append(br);
859
860	}, this) );
861	},
862
863	// <table><tr><td>
864	// <span class="molecule"><input type=checkbox id=all-ch3cn-GEISA2011 onclick="cliquetout('this, ch3cn, GEISA2011');">
865	// <a href="javascript:visibilite('this, Cache-ch3cn');"><B>CH<sub>3</sub>CN</a></B>
866	// </span>
867	// <div class="divViolet" id="Cache-ch3cn" style="display:none;">
868	// <span class="isotope" id="ch3cnIsotopeGEISA2011">   <input type=checkbox id=chk-ch3cn_234-GEISA2011 name=moles value=ch3cn_234 onclick="cliqueIsotope('this, ch3cn_234, GEISA2011');">234<br></span>
869	// </div>
870	// </td></tr></table>
871
872	// REQUESTS ********************************************************
873	//rÃ©cupÃ©ration de toutes les valeurs choisies par l'utilisateur et transformation de ces valeurs pour les inclure dans la requÃªte fortran
874	requestGeisa: function()
875	{
876	//temps en ms pour obtenir un nom unique de rÃ©pertoire
877	var dateTime = new Date().getTime();
878	this.NomRepFileOut = "graph"+dateTime+"/";
879
880
881	// appel ajax
882
883	//sÃ©lection du fichier binaire de la base geisa sÃ©lectionnÃ©e
884	var paramBase = "";
885	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
886	case 'GEISA2003':
887	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2003_asc_gs03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISA2003 -database_type gs03 -type_out png";
888	break;
889	case 'GEISA2011':
890	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISA2009_bin -database_name GEISA2011 -database_type gs08 -type_out png";
891	break;
892	case 'GEISAIASI2003':
893	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2003_asc_gsi03_v1.0 -input_format asc -database_name GEISAIASI2003 -database_type gsi03 -type_out png";
894	break;
895	case 'GEISAIASI2011':
896	paramBase = " -dirin "+this.pathProcess+" -dirout "+this.LongPathImages+this.NomRepFileOut+" -filein "+this.pathProcess+"line_GEISAIASI2011_bin_gsi08_v1.0 -database_name GEISAIASI2011 -database_type gsi08 -type_out png";
897	break;
898	}
899
900
901	//molÃ©cules
902	//rÃ©cupÃ©ration des molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
903	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
904	var count = inputs.length;
905	var isotopesSelectedName ="";
906	// alert(this.selectDatabase.getValue());
907	var i=0;
908	this.nbIsotopes = 0;
909	this.nbMolecules = 0;
910	this.nbGraph = 0;
911	for( i = 0; i < count; i++ )
912	{
913	var input = inputs.item( i );
914	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
915	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
916	{
917	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
918	this.nbIsotopes = this.nbIsotopes + 1;
919
920	var molN=input.value;
921	var molN1=molN.replace("_", ":");
922	// exemple : -moleisot h2o:161 -moleisot h2o:162 -moleisot co2:626 -moleisot co2:627 -moleisot o3:666 -moleisot o3:668
923	isotopesSelectedName = isotopesSelectedName+"-moleisot "+molN1+" ";
924	}
925	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
926	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
927	{
928	//nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s
929	this.nbMolecules = this.nbMolecules + 1;
930	}
931	}
932
933
934	//averti l'utilisateur qu'il faut au moins sÃ©lectionner un isotope
935	if (this.nbIsotopes == 0) {
936	alert("Error : no molecule or isotopoloque was selected");
937	return;
938	}
939
940
941
942	//sÃ©lection du nombre de courbes ou de graphs
943
944	var nbCourbes = "";
945
946	switch (this.selectNbCourbes.getValue()) {
947	//sswitch (document.getElementById('selectNbCourbes').options[document.getElementById('selectNbCourbes').selectedIndex].value) {
948	case 'cm':
949	nbCourbes = "-separate_mol -same_graph ";
950	this.nbGraph = 1;
951	this.nbCourbe = this.nbMolecules;
952	if (this.nbCourbe > 8) {
953	alert("Too much molecules selected to draw one curve for each molecule selected");
954	return;
955	}
956	break;
957	case 'ci':
958	nbCourbes = "-separate_iso -same_graph ";
959	this.nbGraph = 1;
960	this.nbCourbe = this.nbIsotopes;
961	if (this.nbCourbe > 8) {
962	alert("Too much isotopologues selected to draw one curve for each isotopologues selected");
963	return;
964	}
965	break;
966	case 'gm':
967	nbCourbes = "-separate_mol ";
968	this.nbGraph = this.nbMolecules;
969	if (this.nbGraph > 20) {
970	alert("Too much molecules selected to draw one graph for each molecules selected");
971	return;
972	}
973	break;
974	case 'gi':
975	nbCourbes = "-separate_iso ";
976	this.nbGraph = this.nbIsotopes;
977	if (this.nbGraph > 20) {
978	alert("Too much isotopologues selected to draw one graph for each isotopologues selected");
979	return;
980	}
981	break;
982	default:
983	nbCourbes = "";
984	this.nbGraph = 1;
985	break;
986	}
987
988
989	//Spectral range
990	var rangeLower="-wavenb_min "+$("#rangeLower").val();
991	var rangeUpper="-wavenb_max "+$("#rangeUpper").val();
992
993	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
994
995	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
996	case 'GEISA2003':
997	//isNaN = n'est pas un nombre
998	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
999	{
1000	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1001	return;
1002	}
1003
1004	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1005	{
1006	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1007	return;
1008	}
1009
1010	break;
1011	case 'GEISA2011':
1012	//isNaN = n'est pas un nombre
1013	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1014	{
1015	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1016	return;
1017	}
1018
1019	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1020	{
1021	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 0 and 35877.030506");
1022	return;
1023	}
1024	break;
1025	case 'GEISAIASI2003':
1026	//isNaN = n'est pas un nombre
1027	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1028	{
1029	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1030	return;
1031	}
1032
1033	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1034	{
1035	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1036	return;
1037	}
1038	break;
1039	case 'GEISAIASI2011':
1040	//isNaN = n'est pas un nombre
1041	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1042	{
1043	alert("Error: Invalid value for lower spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1044	return;
1045	}
1046
1047	if(isNaN(($("#rangeUpper").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) == 0 \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseInt($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1048	{
1049	alert("Error: Invalid value for upper spectral range area. The value must be between 599.000793 and 3000.998767");
1050	return;
1051	}
1052	break;
1053	}
1054
1055
1056	if ($("#rangeLower").val() == "" )
1057	{
1058	rangeLower="";
1059	}
1060
1061	if ($("#rangeUpper").val() == "" )
1062	{
1063	rangeUpper="";
1064	}
1065	if( parseInt($("#rangeLower").val()) > parseInt($("#rangeUpper").val()) )
1066	{
1067	alert("Error: lower spectral range area is superior to upper spectral range area ");
1068	return;
1069	}
1070
1071
1072
1073	//Sampling step
1074	if( $("#sampStep").val() > 0 )
1075	{
1076	var samplingStep="-band "+$("#sampStep").val();
1077	//calcul du nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s par l'option Sampling step
1078	this.nbGraphSamplingStep = (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) / parseFloat($("#sampStep").val());
1079	//calcul du nombre de graphs total Ã tracer (nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ©s par "type of graph" * nbr de graph gÃ©nÃ©rÃ© par "Sampling Step")
1080	//test pour voir si "nbGraphSamplingStep" est un entier
1081	if ((this.nbGraphSamplingStep - parseInt(this.nbGraphSamplingStep)) == 0)
1082	{
1083	this.nbGraph=(this.nbGraph)*(this.nbGraphSamplingStep);
1084	}
1085	else
1086	{
1087	// si "nbGraphSamplingStep" n'est pas un entier prendre le nbre entier suivant
1088	this.nbGraph=this.nbGraph*(parseInt(this.nbGraphSamplingStep)+1);
1089	}
1090	}
1091
1092	if(isNaN($("#sampStep").val()) == true \|\| parseInt($("#sampStep").val()) < 0 )
1093	{
1094	alert("Error: Invalid value for sampling step");
1095	return;
1096	}
1097
1098	if( $("#sampStep").val() == 0 )
1099	{
1100	var samplingStep="";
1101	}
1102
1103	//test sur le nombre de graphs gÃ©nÃ©rÃ©s
1104	if (this.nbGraph > 20)
1105	{
1106	alert("Too many graphics will be drawn ("+this.nbGraph+"). Please change the value of the sampling step or change the type of graph.");
1107	return;
1108	}
1109
1110
1111
1112	//Transitions to do
1113	//exemple de requete avec transition
1114	//./all -filein line_GEISA2009_bin -moleisot h2o:161 -wavenb_min 1 -wavenb_max 1000 -database_name "GEISA2011" -vib_ident_lower '[000]'
1115	var transitionUpper=document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value;
1116
1117	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1118	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1119	var nb=0;
1120	nb=25-transitionUpper.length
1121	if (nb != 0)
1122	{
1123	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1124	transitionUpper=transitionUpper+" ";
1125	}
1126	}
1127
1128
1129	var transitionLower=document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value;
1130
1131	//certaine transitions ont plusieurs espaces Ã droite qui ne sont pas conservÃ©s (ex ch4 et C2HD)
1132	//si la longueur de la chaine de caracteres n'est pas 25 on rajoute le nobre d'espace nÃ©cessaire pour arriver Ã 25
1133	var nb=0;
1134	nb=25-transitionLower.length
1135	if (nb != 0)
1136	{
1137	for (i = 1; i <= nb; i++) {
1138	transitionLower=transitionLower+" ";
1139	}
1140	}
1141
1142	//pas de transition sÃ©lectionnÃ©e
1143
1144	if (( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "transition" ))
1145	{
1146	transitionUpper ="no";
1147	}
1148	if (( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == -1) \|\| (document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "transition" ))
1149	{
1150	transitionLower ="no";
1151	}
1152
1153	if ( document.getElementById('transition1').options[document.getElementById('transition1').selectedIndex].value == "")
1154	{
1155	transitionUpper ="noValue";
1156	}
1157
1158	if ( document.getElementById('transition2').options[document.getElementById('transition2').selectedIndex].value == "")
1159	{
1160	transitionLower ="noValue";
1161	}
1162
1163	var sel = document.getElementById('transition1');
1164	var idupper = sel.options[sel.selectedIndex].value;
1165
1166	//Intensity range
1167	var intensityLower="-int_min "+$("#intensityLo").val();
1168	var intensityUpper="-int_max "+$("#intensityUp").val();
1169
1170	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1171	if(isNaN($("#intensityLo").val()) == true \|\| $("#intensityLo").val() < 0 )
1172	{
1173	alert("Error: Invalid value for lower intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1174	return;
1175	}
1176	if ($("#intensityLo").val() == "" )
1177	{
1178	intensityLower="";
1179	}
1180	if(isNaN($("#intensityUp").val()) == true \|\| $("#intensityUp").val() < 0 )
1181	{
1182	alert("Error: Invalid value for upper intensity range area. The value must be between 0 and 1E-16");
1183	return;
1184	}
1185	if ($("#intensityUp").val() == "" )
1186	{
1187	intensityUpper="";
1188	}
1189
1190	//to do javascript ne sait comparer des exponenciels
1191	// if( $("#intensityLo").val() > $("#intensityUp").val() )
1192
1193	// {
1194	// alert("Error: lower intensity range area is superior to upper intensity range area ");
1195	// return;
1196	// }
1197
1198
1199	//Valeur de mean value
1200	var meanValue = "-step "+$("#meanValue2").val();
1201	//controle des valeurs entrÃ©es par l'utilisateur
1202	//Si ce n'est pas un nombre ou si il est nÃ©gatif ou si mean value est supÃ©rieur ou Ã©gal Ã l'interval spectral
1203	if(isNaN($("#meanValue2").val()) == true \|\| $("#meanValue2").val() < 0 \|\| $("#meanValue2").val() >= (parseFloat($("#rangeUpper").val()) - parseFloat($("#rangeLower").val())) )
1204	{
1205	alert("Error: Invalid value for Average calculation area");
1206	return;
1207	}
1208	//si aucune valeur
1209	if ($("#meanValue2").val() == "" )
1210	{
1211	meanValue="";
1212	}
1213
1214	//sÃ©lection du premier choix pour l'axe des Y
1215	var field="-field "+this.selectTraceAxeY1.getValue();
1216
1217
1218	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y1 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1219	if (this.selectScaleY1.getValue() == '-log_scale' && this.selectScaleY1.isDisable == false)
1220	{
1221	var logScale = this.selectScaleY1.getValue();
1222	}
1223	else
1224	{
1225	var logScale = ""
1226	}
1227
1228
1229
1230	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y1
1231	var lineType="-line_type "+this.selectTypeTraceY1.getValue();
1232	//var lineType="-line_type "+document.getElementById('selectTypePlotY1').options[document.getElementById('selectTypePlotY1').selectedIndex].value;
1233
1234
1235	//sÃ©lection ou non d'un 2eme choix pour l'axe des Y (pas de valeur pour ce champ si choix none ou si l'option n'est pas activÃ©e)
1236	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no' \|\| this.selectTraceAxeY2.isDisable == true)
1237	{
1238	var field2 = "";
1239	}
1240	else
1241	{
1242	var field2 = "-field2 "+this.selectTraceAxeY2.getValue();
1243	//var field2 = "-field2 "+document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value;
1244	}
1245
1246	//sÃ©lection du type d'Ã©chelle pour le parametre Y2 (il y a une valeur pour ce champ que si logaritmic est choisi et si l'option est activÃ©e)
1247	if (this.selectScaleY2.getValue() == '-log_scale2' && this.selectScaleY2.isDisable == false)
1248	{
1249	var logScale2 =this.selectScaleY2.getValue();
1250	// var logScale2 = document.getElementById('selectScaleY2').options[document.getElementById('selectScaleY2').selectedIndex].value;
1251	}
1252	else
1253	{
1254	var logScale2 = "";
1255	}
1256
1257
1258	//sÃ©lection du type de tracÃ© pour Y2 (pas de valeur si l'option n'est pas activÃ©e)
1259	if ( this.selectTypeTraceY2.isDisable == true)
1260	{
1261	var lineType2 = "";
1262	}
1263	else
1264	{
1265	var lineType2 = "-line_type2 "+this.selectTypeTraceY2.getValue();
1266	}
1267
1268
1269	//ouverture de la div de l'image d'attente
1270	this.loadingGraphics.display();
1271
1272
1273
1274
1275	//construction de la requÃªte Fortran
1276
1277	var parameters = "&fortranRequest="+paramBase+" "+isotopesSelectedName+" "+rangeLower+" "+rangeUpper+" "+samplingStep+" "+intensityLower+" "+intensityUpper+" "+
1278	meanValue+" "+nbCourbes+" "+field+" "+logScale+" "+lineType+" "+field2+" "+logScale2+" "+lineType2;
1279
1280
1281	//remplacement de espace par "EEE" pour que le shell script ne voit qu'un seul argument en entrÃ©e
1282	parameters=parameters.replace(/ /g,"kkk");
1283	transitionUpper=transitionUpper.replace(/ /g,"kkk");
1284	//le + est interprÃ©tÃ© comme un espace (plus sera retransformÃ© en + dans le shell)
1285	transitionUpper=transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1286	transitionLower=transitionLower.replace(/ /g,"kkk");
1287	transitionLower=transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1288
1289
1290	//construction du nom du fichier (exemple GEISA2011-0_100)
1291	this.nomFichier=this.selectDatabase.getValue()+"-"+$("#rangeLower").val()+"_"+$("#rangeUpper").val();
1292	//envoie de la requÃªte au controller
1293	//en cas de succes appel de la fonction "handleGeisa"
1294	$.ajax( {
1295	url: "project?methodName=createUserRequest&"+parameters+"&transitionUpper="+ transitionUpper+"&transitionLower="+ transitionLower+"&nbGraph="+ this.nbGraph+"&nomFichier="+this.nomFichier+"&NomRepFileOut="+this.NomRepFileOut,
1296	success:jQuery.proxy( this.handleGeisa, this )
1297	} );
1298	},
1299
1300
1301	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions
1302	requestTransition: function()
1303	{
1304
1305	var nbMolecules=0;
1306
1307	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1308	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1309	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1310
1311	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1312	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1313	var count = inputs.length;
1314	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1315	var i=0;
1316
1317	for( i = 0; i < count; i++ )
1318	{
1319	var input = inputs.item( i );
1320	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1321	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1322	{
1323	var molN=input.value;
1324	var molN1=molN.replace("_", ":");
1325	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1326	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1327	}
1328
1329	//rÃ©cupÃ©ration du nombre de molÃ©cules sÃ©lectionnÃ©es
1330	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("all-")!= -1 && input.id.indexOf(this.selectDatabase.getValue())!= -1)
1331	{
1332	nbMolecules = nbMolecules + 1;
1333	}
1334
1335	}
1336	//alert ("nbMolecules"+nbMolecules);
1337	//si le nombre de molÃ©cule sÃ©lectionnÃ©es est supÃ©rieure Ã 1 les menus des transition sont inactifs
1338	if (nbMolecules > 1)
1339	{
1340	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1341	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1342	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1343	}
1344	else
1345	{
1346	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
1347	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
1348	}
1349
1350
1351	//On ne fait appel Ã la BDD des transitions et si au plus 1 molÃ©cule est sÃ©lectionnÃ©e
1352	if (nbMolecules == 1 )
1353	{
1354
1355
1356	$.ajax( {
1357	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeName&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+this.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper,
1358	success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this ),
1359	error: jQuery.proxy( this.handleErrorRequestTransition, this )
1360	} );
1361
1362	}
1363	else
1364	{
1365	//pour rÃ©initialiser le menu dÃ©roulant si aucune ou plusieurs molÃ©cules sont sÃ©lectionnÃ©es
1366	document.getElementById("transition2").length=0;
1367	//this.selectTransitionUpper.clear();
1368	document.getElementById("transition1").length=0;
1369
1370	if (nbMolecules == 0 )
1371	{
1372	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1373	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
1374	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1375	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1376	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1377	}
1378
1379	if (nbMolecules > 1 )
1380	{
1381
1382	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1383	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"", selected:"selected", disabled:"disabled"} ));
1384	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1385	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1386	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1387	//ajoute une classe Ã celle dÃ©jÃ existante de transitionUpper
1388	$("#transitionUpper").addClass("notActiveText");
1389	$("#transitionLower").addClass("notActiveText");
1390	}
1391	}
1392	},
1393
1394
1395
1396
1397	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition lower
1398	requestTransitionByTransitionLower: function()
1399	{
1400	var context = this[0];
1401	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1402	context.transitionLower = this[1];
1403
1404	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1405	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1406
1407	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1408	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1409	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1410
1411	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1412	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1413	var count = inputs.length;
1414	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1415	var i=0;
1416
1417	for( i = 0; i < count; i++ )
1418	{
1419	var input = inputs.item( i );
1420	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1421	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1422	{
1423	var molN=input.value;
1424	var molN1=molN.replace("_", ":");
1425	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1426	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1427	}
1428
1429	}
1430
1431	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1432	var transitionLowerReplaced = context.transitionLower.replace(/\+/g,"plus");
1433
1434	//Appel Ã la BDD
1435
1436	$.ajax( {
1437	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionLower&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionLower="+transitionLowerReplaced,
1438	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionLower, context)
1439	} );
1440
1441
1442
1443	},
1444
1445
1446	//requÃªte pour interrogation de la base de donnÃ©es des transitions en fonction d'une transition upper
1447	requestTransitionByTransitionUpper: function()
1448	{
1449	var context = this[0];
1450	//exemple transitionLower=" 000" : il y a 25 caractÃšres dans chaque transition
1451	context.transitionUpper = this[1];
1452
1453	//RÃ©cupÃ©ration de la Base Geisa sÃ©lectionnÃ©e
1454	var GeisaSelectedDatabase = context.selectDatabase.getValue();
1455
1456	//RÃ©cupÃ©ration du spectral range
1457	var spectralRangeLower = $("#rangeLower").val();
1458	var spectralRangeUpper = $("#rangeUpper").val();
1459
1460	//RÃ©cupÃ©ration des isotopes sÃ©lectionnÃ©s
1461	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1462	var count = inputs.length;
1463	var isotopesSelectedNameArray = new Array();
1464	var i=0;
1465
1466	for( i = 0; i < count; i++ )
1467	{
1468	var input = inputs.item( i );
1469	//ne prendre que les isotopes sÃ©lectionnÃ©s dans la base de donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©e (rechercher des id du type : "chk-ch3cn-GEISA-11")
1470	if( input.type == 'checkbox' && input.checked == true && input.id.indexOf("chk-")!= -1 && input.id.indexOf(context.selectDatabase.getValue())!= -1)
1471	{
1472	var molN=input.value;
1473	var molN1=molN.replace("_", ":");
1474	//tous les isotopes sÃ©lectionnÃ©s sont placÃ©s dans un tableau
1475	isotopesSelectedNameArray.push(molN1);
1476	}
1477
1478	}
1479	//le passage de javascript Ã java par ajax transforme les + en espace donc transformation des + en plus et dans le controller on fait l'inverse
1480	var transitionUpperReplaced = context.transitionUpper.replace(/\+/g,"plus");
1481
1482	//Appel Ã la BDD
1483	$.ajax( {
1484	url: "project?methodName=getTransitionByIsotopeNameByTransitionUpper&isotopesSelectedNameArray="+isotopesSelectedNameArray+"&geisaSelectedDatabase="+context.selectDatabase.getValue2()+"&spectralRangeLower="+spectralRangeLower+"&spectralRangeUpper="+spectralRangeUpper+"&transitionUpper="+transitionUpperReplaced,
1485	success:jQuery.proxy( context.handleRequestTransitionByTransitionUpper, context)
1486	} );
1487
1488
1489
1490	},
1491
1492
1493
1494	// requestTransition: function()
1495	// {
1496	// $.ajax( {
1497	// url: "project?methodName=transition&transitionValue="+ this.selectTransitionUpper.getValue(),
1498	// success:jQuery.proxy( this.handleRequestTransition, this )
1499	// } );
1500	// },
1501
1502	// HANDLES ******************************************************** = retours ajax
1503	//affichage sur l'interface
1504
1505	handleGeisa: function( result )
1506	{
1507
1508	//nom du rÃ©pertoire : exemple de retour de valeur du controleur
1509	//this.nb = jQuery.parseJSON( result ).nb;
1510	//this.NomRepFileOut = jQuery.parseJSON( result ).NomRepFileOut;
1511
1512	//chemin court de l'image
1513	this.pathImg = "<%=Controller.PATH_IMAGES%>"+this.NomRepFileOut;
1514
1515
1516	//Pour tracer le bon nombre de graphe et de bouton download
1517	var i=1;
1518	var content="";
1519	//bouton "Download All" si il y a plus d'un graph
1520	if (this.nbGraph > 1)
1521	{
1522	content = "<a href=project?methodName=downloadFile&fileName=" +this.NomRepFileOut + "GEISA.tar&fileNameToDisplay=GEISA.tar><button class='dataProtocolDownloadButton'>Download All</button></a>";
1523	}
1524	//tracer chaque graphe avec son bouton download associÃ©
1525	for (i=1; i<this.nbGraph+1; i++) {
1526	//content = content + '<img src=' + this.pathImg + "graph" + this.nb +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + "graph" + this.nb+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1527	content = content +'<img src=' + this.pathImg + this.nomFichier +"-"+i+ ".png"+ ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' +this.NomRepFileOut + this.nomFichier+"-"+i + ".png&fileNameToDisplay="+this.nomFichier+"-"+i + ".png"+ '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
1528	}
1529
1530	this.displayWindow(content);
1531	},
1532
1533
1534	handleRequestTransition: function( result )
1535	{
1536
1537
1538	// var transitions = jQuery.parseJSON( result ).transitions;
1539	var transitionsLower = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLower;
1540	var transitionsUpper = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpper;
1541
1542	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1543	// this.selectTransitionLower.clear();
1544	document.getElementById("transition2").length=0;
1545	//this.selectTransitionUpper.clear();
1546	document.getElementById("transition1").length=0;
1547
1548	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1549	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1550	// this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1551	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1552	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1553	// this.selectTransitionLower.selectFirst();
1554	// this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1555
1556
1557	$.each(transitionsLower, jQuery.proxy( function(index, transitionsLower )
1558	{
1559	// this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ]));
1560
1561
1562	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLower, text:transitionsLower} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionLower, [this, transitionsLower ])));
1563
1564	}, this));
1565
1566	$.each(transitionsUpper, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpper )
1567	{
1568	//this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper,jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ]));
1569	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpper, text:transitionsUpper} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.requestTransitionByTransitionUpper, [this, transitionsUpper ])));
1570
1571	}, this));
1572
1573	},
1574
1575	//en cas d'erreur dans la requÃªte des transitions ( pas de valeur ou caractÃšres Ã la place de nombres dans champ spectral)
1576	handleErrorRequestTransition : function()
1577	{
1578	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1579	document.getElementById("transition2").length=0;
1580	document.getElementById("transition1").length=0;
1581
1582	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1583	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"requestError", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1584
1585	},
1586
1587	handleRequestTransitionByTransitionLower : function( result )
1588	{
1589	//alert("transitionLower"+this.transitionLower);
1590	var transitionsUpperBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsUpperBis;
1591	//alert("transitionsUpper"+transitionsUpper);
1592
1593	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1594	// this.selectTransitionLower.clear();
1595	document.getElementById("transition2").length=0;
1596	//this.selectTransitionUpper.clear();
1597	document.getElementById("transition1").length=0;
1598	// while(0 < document.getElementById("transition1").length)
1599	// {
1600	// document.getElementById("transition1").options[0] = null;
1601	// }
1602
1603
1604	//this.selectTransitionLower.add(this.transitionLower, this.transitionLower);
1605	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1606	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionLower, text:this.transitionLower, selected:"selected"} ));
1607	//this.selectTransitionUpper.add('transition', "Choose a transition");
1608	//rajout du text "Choose a transition" selectionnÃ© en premier mais on ne peut pas cliquer dessus
1609	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1610
1611
1612	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1613	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1614	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1615
1616
1617
1618	$.each(transitionsUpperBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsUpperBis )
1619	{
1620	// this.selectTransitionUpper.add(transitionsUpper, transitionsUpper);
1621	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsUpperBis, text:transitionsUpperBis} ));
1622
1623	}, this));
1624
1625	},
1626
1627
1628	handleRequestTransitionByTransitionUpper : function( result )
1629	{
1630	// alert("transitionUpper"+this.transitionUpper);
1631	var transitionsLowerBis = jQuery.parseJSON( result ).transitionsLowerBis;
1632	//alert("transitionsLower"+transitionsLower);
1633
1634	//pour vider les menus dÃ©roulant des transitions prÃ©cÃ©dentes
1635	// this.selectTransitionLower.clear();
1636	document.getElementById("transition2").length=0;
1637	//this.selectTransitionUpper.clear();
1638	document.getElementById("transition1").length=0;
1639
1640	// this.selectTransitionLower.add('transition', "Choose a transition");
1641	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled", selected:"selected"} ));
1642
1643	// this.selectTransitionUpper.add(this.transitionUpper, this.transitionUpper);
1644	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"transition", text:"Choose a transition", disabled:"disabled"} ));
1645	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:this.transitionUpper, text:this.transitionUpper, selected:"selected"} ));
1646
1647
1648	//pour forcer Ã afficher le premier Ã©lÃ©ment (et non le premier Ã©lÃ©ment prÃ©cÃ©dent)
1649	//this.selectTransitionLower.selectFirst();
1650	//this.selectTransitionUpper.selectFirst();
1651
1652
1653
1654	$.each(transitionsLowerBis, jQuery.proxy( function(index, transitionsLowerBis )
1655	{
1656	//this.selectTransitionLower.add(transitionsLower, transitionsLower);
1657	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:transitionsLowerBis, text:transitionsLowerBis} ));
1658	}, this));
1659
1660	},
1661	// EVENTS ********************************************************
1662	//
1663	//Action quand on clique sur l'onglet DatabaseContents
1664	onClickDatabaseContents: function()
1665	{
1666	//change la couleur des onglets
1667	this.ntabContents.active();
1668	this.ntabGlobal.inactive();
1669	this.ntabComparison.inactive();
1670	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1671	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1672	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Graphic vizualisation of the GEISA database";
1673	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1674	document.getElementById("informationContents").style.display= "";
1675	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "";
1676	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1677	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "";
1678	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "";
1679	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1680	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1681	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1682	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1683	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1684	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1685	document.getElementById("titreTypePlotY1").style.display= "none";
1686	document.getElementById("titreTypePlotY2").style.display= "none";
1687	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1688	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "none";
1689	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1690	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1691	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1692	},
1693	//Action quand on clique sur l'onglet GlobalRepresentation
1694	onClickGlobalRepresentation: function()
1695	{
1696	//change la couleur des onglets
1697	this.ntabGlobal.active();
1698	this.ntabContents.inactive();
1699	this.ntabComparison.inactive();
1700	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1701	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1702	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Global Representation";
1703	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1704	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "";
1705	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1706	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1707	document.getElementById("informationComparison").style.display= "none";
1708	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "none";
1709	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "none";
1710	document.getElementById("database2").style.display= "none";
1711	document.getElementById("axeY1Gene").style.display= "none";
1712	document.getElementById("titreTypePlotY1").style.display= "none";
1713	document.getElementById("titreTypePlotY2").style.display= "none";
1714	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "none";
1715	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "none";
1716	document.getElementById("advancedOptions").style.display= "none";
1717	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1718	$("#database1").removeClass("containerDatabase");
1719	$("#database1").addClass("containerBeginDatabase");
1720
1721	},
1722	//Action quand on clique sur l'onglet DatabasesComparison
1723	onClickDatabasesComparison: function()
1724	{
1725	//change la couleur des onglets
1726	this.ntabComparison.active();
1727	this.ntabGlobal.inactive();
1728	this.ntabContents.inactive();
1729	//change le titre de la page en fonction de l'onglet cliquÃ©
1730	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "";
1731	document.getElementById('titlePage').innerHTML = "Databases Comparison";
1732	//ElÃ©ments qui apparaissent avec cette option
1733	document.getElementById("informationComparison").style.display= "";
1734	document.getElementById("titreDatabase1").style.display= "";
1735	document.getElementById("titreDatabase2").style.display= "";
1736	document.getElementById("database2").style.display= "";
1737	document.getElementById("titreTypePlotY1").style.display= "";
1738	document.getElementById("titreTypePlotY2").style.display= "";
1739	document.getElementById("typePlotDatabase2").style.display= "";
1740	document.getElementById("showAdvancedOptions").style.display= "";
1741	document.getElementById("outputDatabaseComparison").style.display= "";
1742	//ElÃ©ments qui disparaissent avec cette option
1743	document.getElementById("informationContents").style.display= "none";
1744	document.getElementById("informationGlobal").style.display= "none";
1745	document.getElementById("axeY2Gene").style.display= "none";
1746	document.getElementById("drawingOptionsY2").style.display= "none";
1747
1748	//ProblÃšme de marge avec le bord du fieldset
1749	$("#database1").removeClass("containerBeginDatabase");
1750	$("#database1").addClass("containerDatabase");
1751	},
1752
1753
1754	//affichage de la valeur du spectral range et affichage du bloc des molecules en fonction de la base de donnees selectionnee
1755	onClickSelectDatabase: function(value)
1756	{
1757
1758	if ('GEISA2011' == value)
1759	{
1760	//modifier le titre en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e
1761	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1762	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
1763
1764	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1765	if($("#rangeLower").val()=="")
1766	{
1767	$("#rangeLower").val(0);
1768	}
1769	if($("#rangeUpper").val()=="")
1770	{
1771	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1772	}
1773
1774	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1775	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1776	{
1777	$("#rangeLower").val(0);
1778	}
1779	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1780	{
1781	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1782	}
1783
1784	//afficher le bon bloc de molÃ©cules
1785	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "";
1786	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
1787	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
1788	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
1789	}
1790
1791	if ('GEISAIASI2011' == value)
1792	{
1793	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1794	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
1795
1796
1797	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1798	if($("#rangeLower").val()=="")
1799	{
1800	$("#rangeLower").val(599.000793);
1801	}
1802	if($("#rangeUpper").val()=="")
1803	{
1804	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1805	}
1806	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1807	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1808	{
1809	$("#rangeLower").val(599.000793);
1810	}
1811	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1812	{
1813	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1814	}
1815
1816	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
1817	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "";
1818	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
1819	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
1820	}
1821
1822	if ('GEISA2003' == value)
1823	{
1824	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1825	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing the spectral range (0 to 35877.030506 cm<sup>-1</sup>) :";
1826
1827	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1828	if($("#rangeLower").val()=="")
1829	{
1830	$("#rangeLower").val(0);
1831	}
1832	if($("#rangeUpper").val()=="")
1833	{
1834	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1835	}
1836	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1837	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 35877.030506)
1838	{
1839	$("#rangeLower").val(0);
1840	}
1841	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 0 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 35877.030506)
1842	{
1843	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
1844	}
1845
1846	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
1847	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
1848	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "";
1849	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "none";
1850	}
1851	if ('GEISAIASI2003' == value)
1852	{
1853	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "";
1854	document.getElementById('spectralRangeTitre').innerHTML = "Choosing spectral range (599.000793 to 3000.998767 cm<sup>-1</sup>) :";
1855
1856	//remplir les valeurs par dÃ©faut
1857	if($("#rangeLower").val()=="")
1858	{
1859	$("#rangeLower").val(599.000793);
1860	}
1861	if($("#rangeUpper").val()=="")
1862	{
1863	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1864	}
1865	//Si les valeur entrÃ©es par l'utilisateur ne sont pas correctes, on remet les valeurs des bornes
1866	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeLower").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeLower").val()) > 3000.998767)
1867	{
1868	$("#rangeLower").val(599.000793);
1869	}
1870	if(isNaN(($("#rangeLower").val())) == true \|\| parseFloat( $("#rangeUpper").val()) < 599.000793 \|\| parseFloat($("#rangeUpper").val()) > 3000.998767)
1871	{
1872	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
1873	}
1874
1875	document.getElementById( "BDD-GEISA2011" ).style.display = "none";
1876	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2011" ).style.display = "none";
1877	document.getElementById( "BDD-GEISA2003" ).style.display = "none";
1878	document.getElementById( "BDD-GEISAIASI2003" ).style.display = "";
1879	}
1880
1881	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
1882	this.requestTransition();
1883	},
1884
1885	//Pour sÃ©lectionner-desÃ©lectionner tous les isotopes
1886	selectAll: function()
1887	{
1888	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1889	var count = inputs.length;
1890	var i=0;
1891
1892
1893	if( this.selectButton.getValue() == 'Select all molecules')
1894	{
1895	for( i = 0; i < count; i++ )
1896	{
1897	var input = inputs.item( i );
1898	if( input.type == 'checkbox' )
1899	{
1900	input.checked = true;
1901	}
1902	}
1903	this.selectButton.setValue("Unselect all molecules");
1904
1905	}
1906	else
1907	{
1908	for( i = 0; i < count; i++ )
1909	{
1910	var input = inputs.item( i );
1911	if( input.type == 'checkbox' )
1912	{
1913	input.checked = false;
1914	}
1915	}
1916	this.selectButton.setValue("Select all molecules");
1917	}
1918
1919	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
1920	this.requestTransition();
1921
1922	},
1923
1924	//Pour montrer-cacher tous les isotopes
1925	viewAll: function()
1926	{
1927	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
1928	var count = divs.length;
1929	var i = 0;
1930	if( this.showButton.getValue() == 'View all isotopologues')
1931	{
1932	for( i = 0; i < count; i++ )
1933	{
1934	//ouvrir que les div dont l'id contient la chaine Cache
1935	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
1936	divs.item(i).style.display = "" ;
1937	}
1938	}
1939	this.showButton.setValue("Hide all isotopologues");
1940	}
1941	else
1942	{
1943	for( i = 0; i < count; i++ )
1944	{
1945	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
1946	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
1947	divs.item(i).style.display = "none" ;
1948	}
1949	}
1950	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
1951	}
1952	},
1953
1954	//Actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur le nom d'une molÃ©cule
1955	cliquetout: function()
1956	{
1957	var context = this[0];
1958	// exemple :moleculeName = ch3ch
1959	var moleculeName = this[1];
1960	var bddVersion = this[2];
1961	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1962	var count = inputs.length;
1963	var i=0;
1964	for( i = 0; i < count; i++ )
1965	{
1966	var input = inputs.item( i );
1967	//cliquer toutes les molÃ©cules et isotopes du meme nom dans toutes les bases
1968	//if( input.type == 'checkbox' && ( input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-03') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-11') \|\| input.id == ('chk-' + name + '-GEISA-IASI-03')
1969	// \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-11') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-03') \|\| input.id == (name + '-all-GEISA-IASI-11')))
1970
1971	if( input.type == 'checkbox' && ( input.id.indexOf('chk-' + moleculeName + '_') != -1 \|\| input.id.indexOf('all-'+moleculeName+'-')!= -1 ))
1972
1973	{
1974	input.checked = document.getElementById( 'all-'+ moleculeName + '-' + bddVersion ).checked;
1975	}
1976	}
1977	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
1978	context.requestTransition();
1979	},
1980
1981	//actions dÃ©clenchÃ©es quand on clique sur un isotope
1982	cliqueIsotope: function()
1983	{
1984	var context = this[0];
1985	//exemple isotopeName = ch3cn_134
1986	var isotopeName = this[1];
1987	// exemple moleculeName= ch3cn
1988	var moleculeName = this[2];
1989	var bddVersion = this[3];
1990	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
1991	var count = inputs.length;
1992	var i = 0;
1993	for( i = 0; i < count; i++ )
1994	{
1995	input = inputs.item( i );
1996
1997	//id=chk-ch3cn_234-GEISA2011
1998	//cliquer ou decliquer le meme isotope dans toutes les bases
1999	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-' + isotopeName) != -1)
2000	{
2001	input.checked = document.getElementById( 'chk-' + isotopeName + '-' + bddVersion ).checked;
2002
2003	}
2004	// id=all-ch3cn-GEISA2011
2005	//pour dÃ©cocher la case de la molecule quand on dÃ©coche un isotope
2006	// if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('all-'+ moleculeName) != -1 && input.checked == true )
2007	// {
2008	// input.checked = false;
2009	// }
2010	}
2011
2012
2013	//pour cocher molecule quand on clique sur un isotope et dÃ©cocher molÃ©cule quand tous les isotopes de la molÃ©cule sont dÃ©cochÃ©s
2014	var nbIsotopeSelected=0;
2015	var input = "";
2016	var j=0;
2017	var k=0;
2018
2019	//tableau contenant toutes les valeurs du menu dÃ©roulant "choosing Database"
2020	var databaseValues=context.selectDatabase.getValues();
2021	//taille du menu dÃ©roulant
2022	var nbdatabaseValues=context.selectDatabase.getSize();
2023
2024	//pour chaque base faire ...
2025	for( j = 0; j < nbdatabaseValues ; j++ )
2026	{
2027	var nbIsotopeSelected=0;
2028	//calcul du nombre d'isotopes sÃ©lectionnÃ©s pour une molÃ©cule prÃ©cise et une base de donnÃ©es
2029	for( k = 0; k < count; k++ )
2030	{
2031	input = inputs.item( k );
2032	if( input.type == 'checkbox' && input.id.indexOf('chk-'+moleculeName+'_') != -1 && input.id.indexOf(databaseValues[j]) != -1 && input.checked == true )
2033	{
2034	nbIsotopeSelected=nbIsotopeSelected+1;
2035	}
2036
2037	}
2038	//si aucun isotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on dÃ©coche la molÃ©cule
2039	if ( nbIsotopeSelected == 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2040	{
2041	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=false;
2042	}
2043	//si au moins unisotope est sÃ©lectionnÃ© et que la molÃ©cule existe dans cette base alors on coche la molÃ©cule
2044	if ( nbIsotopeSelected > 0 && document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]))
2045	{
2046	document.getElementById('all-'+ moleculeName+'-'+databaseValues[j]).checked=true;
2047	}
2048	}
2049
2050
2051	//mettre a jour le menu dÃ©roulant des transitions en fonction des isotopes sÃ©lectionnÃ©s, de la longueur d'onde et de la base geisa
2052	context.requestTransition();
2053
2054	},
2055
2056
2057
2058	//pour cacher ou voir les isotopes d'une molecule
2059	visibilite: function( )
2060	{
2061	var context = this[0];
2062	var thingId = this[1];
2063	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2064	var count = divs.length;
2065	var i = 0;
2066	for( i = 0; i < count; i++ )
2067	{
2068	var div = divs.item( i );
2069
2070
2071	if ( div.id == thingId)
2072	{
2073	if( div.style.display == "none" )
2074	{
2075	div.style.display = "";
2076	}
2077	else
2078	{
2079	div.style.display = "none";
2080	}
2081	}
2082	}
2083	},
2084
2085	//Faire apparatre ou disparaitre le bloc "advanced options" quand on clique sur le lien "show advanced options"
2086	onClickShowAdvancedOptions: function()
2087	{
2088	//document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2089	if( document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display == "none" )
2090	{
2091	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "";
2092	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2093	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Hide advanced options";
2094	}
2095	else
2096	{
2097	document.getElementById( "advancedOptions" ).style.display = "none";
2098	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "";
2099	document.getElementById( "aShowHide" ).innerHTML = "Show advanced options";
2100	}
2101	},
2102
2103	//Alerter l'utilisateur si aucune transition n'a Ã©tÃ© trouvÃ©e
2104	OnclickVerifTransition : function()
2105	{
2106	//si l'utilisateur change les valeurs de spectral range et clique directement sur le menu dÃ©roulant des transitions
2107	//le menu dÃ©roulant ne se met pas Ã jour avant de faire la vÃ©rification
2108	this.containerFormSpectralRangeLower.blur();
2109	this.containerFormSpectralRangeUpper.blur();
2110
2111
2112
2113
2114	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2115	//cas oÃ¹ la requete utilisateur est correct mais il n'y a pas de transition pour cette molecule t ce domaine spectral
2116	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="transition" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="transition")
2117	{
2118	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2119	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2120	this.selectTransitionUpper.blur();
2121	this.selectTransitionLower.blur();
2122	alert("Change isotopologues selection or spectral range values to obtain transition values");
2123
2124	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2125	//document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2126	}
2127	//si il n'y a qu'un Ã©lÃ©ment dans les menu dÃ©roulant transition upper et lower et que la valeur est "transition"
2128	//cas oÃ¹ la requete est fausse = les valeurs du domaine spectral sont fausses
2129	if (document.getElementById('transition1').length==1 && document.getElementById('transition1').options[0].value=="requestError" && document.getElementById('transition2').length==1 && document.getElementById('transition2').options[0].value=="requestError")
2130	{
2131	this.selectTransitionUpper.blur();
2132	this.selectTransitionLower.blur();
2133	//document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "none";
2134	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "none";
2135	alert("Change spectral range values to obtain transition values");
2136	// document.getElementById( "transitionUpper" ).style.display = "";
2137	// document.getElementById( "transitionLower" ).style.display = "";
2138	}
2139
2140
2141	},
2142
2143	onBlurInputMeanValue: function()
2144	{
2145	//si step est sup a 0, ajout d'une ligne Z aux parametres Y1 et y2 si elle n'est pas dÃ©jÃ prÃ©sente
2146	// !this.selectTraceAxeY1.content('Z') indique que "Z" n'exite pas dans le menu dÃ©roulant selectTraceAxeY1
2147	if ($("#meanValue2").val() > 0 && !this.selectTraceAxeY1.content('Z'))
2148	// if ($("#meanValue2").val() > 0 && document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != "Z")
2149	{
2150
2151	this.selectTraceAxeY1.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2152	this.selectTraceAxeY2.add( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2153	//this.selectTraceAxeY1.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, [this, "Z" ])));
2154	//this.selectTraceAxeY2.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"Z", text:"Number of lines"} ).bind( 'click', jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, [this, "Z" ])));
2155	}
2156	//si step = a 0 et autres valeurs (a faire) , retrait de la ligne Z aux parametres Y1 et y2
2157	if ($("#meanValue2").val() == 0)
2158	{
2159	this.selectTraceAxeY1.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY1, this ) );
2160	this.selectTraceAxeY2.remove( 'Z', "Number of lines ", jQuery.proxy(this.onClickSelectTraceAxeY2, this ) );
2161	//Selection par defaut du 1er element (pour que "Number of lines" ne soit plus selectionne par defaut si il n'existe plus)
2162	this.selectTraceAxeY1.selectFirst();
2163	this.selectTraceAxeY2.selectFirst();
2164	}
2165	},
2166
2167	onClickSelectNbCourbes: function(value)
2168	{
2169	var context = this[0];
2170	var optionVal = this[1];
2171
2172	//si plusieurs courbes choisis pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont inactifs
2173	if ('cm' == value \|\| 'ci' == value)
2174	//if ('cm' == optionVal \|\| 'ci' == optionVal)
2175	{
2176	//transformer le texte en gris
2177	document.getElementById("axeY2Titre").className = "notActiveText";
2178	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2179	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2180	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2181	this.selectTraceAxeY2.disable();
2182	this.selectScaleY2.disable();
2183	this.selectTypeTraceY2.disable();
2184	//document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=true;
2185	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2186	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2187
2188	}
2189	//si une seule courbe choisie pour les isotopes et ou molecules, les choix pour Y2 sont actifs
2190	if ('ca' == value \|\| 'gm' == value \|\| 'gi' == value)
2191	//if ('ca' == optionVal \|\| 'gm' == optionVal \|\| 'gi' == optionVal)
2192	{
2193	//remet le texte en couleur active
2194	document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2195	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2196	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2197	{
2198	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2199	}
2200	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2201	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2202	{
2203	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2204	}
2205	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2206	this.selectTraceAxeY2.enable();
2207	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2208	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2209	{
2210	this.selectScaleY2.enable();
2211	}
2212	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2213	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2214	{
2215	this.selectTypeTraceY2.enable();
2216	}
2217
2218	//remet le texte en couleur active
2219	// document.getElementById("axeY2Titre").className = "activeText";
2220	//pour rendre les menu dÃ©roulant actifs
2221	// document.getElementById("selectAxeY2" ).disabled=false;
2222	//rendre actif l'echelle que si l'intensite est choisie dans les parametres
2223	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2224	// {
2225	// document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2226	// document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2227	//}
2228	//rendre actif le type de plot si ce n'est pas la valeur none qui est choisie
2229	// if (document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2230	//{
2231	// document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2232	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2233	//}
2234	}
2235
2236
2237	},
2238
2239
2240	onClickSelectTraceAxeY1: function(value)
2241	{
2242	//si intensite n'est pas choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est inactif
2243	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() != 'B')
2244	// if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value != 'B')
2245	{
2246	//transformer le texte en gris
2247	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "notActiveText";
2248	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2249	this.selectScaleY1.disable();
2250	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=true;
2251	}
2252	//si intensite est choisi pour Y1, le type d'Ã©chelle est actif
2253	if (this.selectTraceAxeY1.getValue() == 'B')
2254	//if ( document.getElementById('selectAxeY1').options[document.getElementById('selectAxeY1').selectedIndex].value == 'B')
2255	{
2256	//transformer le texte en gris
2257	document.getElementById("scaleY1Titre").className = "activeText";
2258	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2259	this.selectScaleY1.enable();
2260	// document.getElementById("selectScaleY1" ).disabled=false;
2261	}
2262	},
2263
2264	onClickSelectTraceAxeY2: function(value)
2265	{
2266	//si intensite n'est pas choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est inactif
2267	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'B')
2268	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'B')
2269	{
2270	//transformer le texte en gris
2271	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "notActiveText";
2272	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2273	this.selectScaleY2.disable();
2274	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=true;
2275	}
2276	//si intensite est choisi pour Y2, le type d'Ã©chelle est actif
2277	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'B')
2278	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'B')
2279	{
2280	//transformer le texte en foncÃ©
2281	document.getElementById("scaleY2Titre").className = "activeText";
2282	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2283	this.selectScaleY2.enable();
2284	//document.getElementById("selectScaleY2" ).disabled=false;
2285	}
2286	//si aucun parametre est choisi pour Y2, le type de plot est inactif
2287	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() == 'no')
2288	//if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value == 'no')
2289	{
2290	//transformer le texte en gris
2291	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "notActiveText";
2292	//pour rendre le menu dÃ©roulant inactif
2293	this.selectTypeTraceY2.disable();
2294	// document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=true;
2295	}
2296	//si un parametre est choisi pour Y2, le type de plot est actif
2297	if (this.selectTraceAxeY2.getValue() != 'no')
2298	// if ( document.getElementById('selectAxeY2').options[document.getElementById('selectAxeY2').selectedIndex].value != 'no')
2299	{
2300	//transformer le texte en foncÃ©
2301	document.getElementById("typePlotY2Titre").className = "activeText";
2302	//pour rendre le menu dÃ©roulant actif
2303	this.selectTypeTraceY2.enable();
2304	//document.getElementById("selectTypePlotY2" ).disabled=false;
2305	}
2306
2307	},
2308
2309	//bouton reset de toute la page (rechargement de la page)
2310	resetPage: function()
2311	{
2312	//location.reload(); //pas appliquÃ©e car supprime la fenÃªtre graphique
2313
2314	//reset du choix de la base de donnÃ©es
2315	// selectFirst : affiche le premier Ã©lÃ©ment de la liste
2316	//true : active la fonction associÃ©e au bouton
2317	//this.selectDatabase.selectFirst( true );
2318
2319	//cacher tous les isotopes
2320	var divs = document.getElementsByTagName( 'div' );
2321	var count = divs.length;
2322	var i = 0;
2323
2324	for( i = 0; i < count; i++ )
2325	{
2326	//fermer que les div dont l'id contient la chaine Cache
2327	if (divs.item(i).id.indexOf("Cache") != -1) {
2328	divs.item(i).style.display = "none" ;
2329	}
2330	}
2331	this.showButton.setValue("View all isotopologues");
2332
2333	//dÃ©selectionner tous les isotopes
2334	var inputs = document.getElementsByTagName( 'input' );
2335	var count = inputs.length;
2336	var i=0;
2337
2338	for( i = 0; i < count; i++ )
2339	{
2340	var input = inputs.item( i );
2341	if( input.type == 'checkbox' )
2342	{
2343	input.checked = false;
2344	}
2345	}
2346	this.selectButton.setValue("Select all isotopologues");
2347
2348	//spectral range
2349	//remettre les valeurs par dÃ©faut en fonction de la base sÃ©lectionnÃ©e :
2350	switch (this.selectDatabase.getValue()) {
2351	case 'GEISA2003':
2352	$("#rangeLower").val(0);
2353	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2354	break;
2355	case 'GEISA2011':
2356	$("#rangeLower").val(0);
2357	$("#rangeUpper").val(35877.030506);
2358	break;
2359	case 'GEISAIASI2003':
2360	$("#rangeLower").val(599.000793);
2361	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2362	break;
2363	case 'GEISAIASI2011':
2364	$("#rangeLower").val(599.000793);
2365	$("#rangeUpper").val(3000.998767);
2366	break;
2367	}
2368
2369	$("#sampStep").val("");
2370
2371	//intensity range
2372	$("#intensityLo").val(0);
2373	$("#intensityUp").val(1e-16);
2374
2375	this.selectNbCourbes.selectFirst( true );
2376
2377	this.selectTraceAxeY1.selectFirst( true );
2378	this.selectScaleY1.selectFirst( true );
2379	this.selectTypeTraceY1.selectFirst( true );
2380
2381	document.getElementById("transition1").length=0;
2382	document.getElementById("transition2").length=0;
2383	this.selectTransitionLower.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2384	this.selectTransitionUpper.append($( document.createElement( "option" ) ).attr( {value:"-1", text:"Select a molecule", selected:"selected"} ));
2385	$("#transitionUpper").removeClass("notActiveText");
2386	$("#transitionLower").removeClass("notActiveText");
2387
2388
2389	$("#meanValue2").val("");
2390
2391	this.selectTraceAxeY2.selectFirst( true );
2392	this.selectScaleY2.selectFirst( true );
2393	this.selectTypeTraceY2.selectFirst( true );
2394
2395	},
2396
2397	onClickSubmit: function()
2398	{
2399	this.requestGeisa();
2400	},
2401
2402	displayWindow: function(content)
2403	{
2404	//fermeture de la div de l'image d'attente
2405	this.loadingGraphics.hide();
2406
2407	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2408
2409	//alert(content);
2410	var $dialog = $( '<div></div>' )
2411
2412	.html( content )
2413
2414	.dialog( {
2415	autoOpen: false,
2416	title: "GEISA : spectroscopic database",
2417	//buttons: { "Close": function() { $(this).dialog("close"); }, "Min": function() { $(this).dialog({ height: 20, width:350 }); },"Max": function() { $(this).dialog({ height: 560, width:700 }); } },
2418	buttons:{
2419	"close":{
2420	id:'close',
2421	text:'Close',
2422	height:'30px',
2423	width:'53px',
2424	title :'to close the window',
2425	click: function() { $(this).dialog("close"); },
2426	},
2427	"min" :{
2428	id:'Min',
2429	text:'-',
2430	height:'30px',
2431	width:'30px',
2432	title :'to reduce the window',
2433	click: function() { $(this).dialog({ height:18, width:350 }); },
2434	},
2435	"max" :{
2436	id:'Max',
2437	text:'+',
2438	height:'30px',
2439	width:'30px',
2440	title :'to enlarge the window ',
2441	click: function() { $(this).dialog({ height: 640, width:700 }); },
2442	},
2443	},
2444
2445	//minHeight: 500,
2446	// minWidth: 660,
2447	height: 640,
2448	width:700,
2449	//Exemple de valeurs possible pour position : "middle", "top", [200, 100]
2450	position: "middle"
2451	} );
2452	$dialog.dialog( 'open' );
2453	},
2454
2455	// displayWindow: function(coordinate)
2456	//{
2457	//var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2458	// var content = '<img src=' + this.pathImg + ' /><a href="project?methodName=downloadFile&fileName=' + this.nameImg + '"><button class="dataProtocolDownloadButton">Download</button></a>';
2459
2460	//alert(content);
2461	// var $dialog = $( '<div></div>' )
2462	// .html( content + content1 )
2463
2464	// .dialog( {
2465	// autoOpen: false,
2466	// title: "GEISA : spectroscopic database",
2467	// minHeight: 500,
2468	// minWidth: 660,
2469
2470	//coordonnee y y
2471	// position:coordinate
2472
2473	// } );
2474	// $dialog.dialog( 'open' )
2475	//},
2476
2477
2478	onClickDownload: function()
2479	{
2480	document.location.href = "project?methodName=downloadFile&fileName=bib.txt";
2481	}
2482
2483
2484	} );
2485
2486
2487	</script>
2488
2489
2490

Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.

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