wiki:LMDZ4OR_v2

Description pour un utilisation standard de LMDZOR_v4

Voici un description rapide pour utilisation de cette configuration. Pour plus des détail comment utiliser cette configuration, voir le wiki LMDZOR_v4, pour modipsl, voir le wiki ModipslBeginner et pour les scripts et les post-traitement, voir la documentation de libIGCM.

1) Extraction des sources

Extrait d'abord modipsl :

svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl

Avant extraction des sources il faut surtout pensez a quel version des sources LMDZ vous voulez utiliser. Cette configuration est prévue pour le version dites LMDZ4_AR5 (aussi appelle PROD, utilisé pour CMIP5 ancien physique) et le version de développement LMDZ5/trunk. Le choix des sources se fait dans le fichier modipsl/util/mod.def, pour LMDZ4_AR5 mettez :

#-C- LMDZOR_v4  LMDZ4/branches/LMDZ4_AR5       HEAD               11 LMDZ       modeles

ou pour LMDZ5 :

#-C- LMDZOR_v4  LMDZ5/trunk                    HEAD               11 LMDZ       modeles

Vous pouvez aussi préciser un numéro de révision au lieu de HEAD qui correspond au dernier révision sur le trunk ou branche. Si vous ne savez pas quel version choisir, prenez LMDZ4_AR5 pour l'ancienne physique ou LMDZ5/trunk pour la nouvelle physique et renseignez vous auprès de l'équipe de LMDZ.

Avant la première extraction d'ORCHIDEE il faut demander un mot-de-passe de M. Mancip. Si vous ne avez pas besoin d'ORCHIDEE, soit vous pouvez quand même compiler avec et ensuite désactiver avant lancement de la simulation (plus facile) ou vous pouvez aussi enlever ORCHIDEE de la compilation, pour les 2 cas voir le wiki LMDZOR_v4.

Extrait la configuration LMDZOR_v4 avec les sources des modèles LMDZ et ORCHIDEE, l'extraction inclue aussi IOIPSL et libIGCM :

cd modipsl/util
./model -h LMDZOR_v4
./model LMDZOR_v4

2) Compilation

Avant de compiler le premier fois, il faut ajouter le chemin pour fcm : /home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin (brodie), /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin (vargas) ou /home/cont003/p86ipsl/fcm/bin (mercure) dans la variable d'environnement PATH. Ensuite créez le Makefile avec ins_make et lancez la compilation :

./ins_make
cd ../config/LMDZOR_v4
gmake [resolution_desirée]

3) Expérience CREATE : Création des états initiaux et des fichiers limites

Choix de type d'expérience
Les états initiaux (start.nc et startphy.nc) et le fichier des conditions limites (limit.nc) sont crées avec un job dans le répertoire modipsl/config/LMDZOR_v4/CREATE. Ce job va lancer l'executable create_etat0_limit.e (ou ce0l.e) de LMDZ. Il y a deux possibilités prédéfinie pour la création des fichiers limit.nc : a partir des AMIP climatologique ou inter-annuelles. Pour un run climatologique, utilise les config.card et lmdz.card avec le suffix _Climat, fait le lien suivant :

ln -s config.card_Climat config.card; cd COMP; ln -s lmdz.card_Climat lmdz.card

ou pour un simulation inter-annuel AMIP :

ln -s config.card_Interannuel config.card; cd COMP; ln -s lmdz.card_Interannuel lmdz.card

Certains paramètres dans config.card doivent être considère et éventuellement modifié : JobName, CalendarType, DateBegin, DateEnd. Le paramètre CalendarType decide combien de jours le fichier limit.nc va contenir. Pour 360jours, mets CalendarType=360D, pour 365jours mets CalendarType=noleap et pour 365 ou 366 selon les années bissextille, mets CalendarType=leap. Par contre, pour cette expérience CREATE, il ne faut pas modifier le paramètre PeriodLength=1Y car create_etat0_limit créer toujours des fichiers d'un an. Après exécution ces fichiers crées seront stockés dans IGCM_OUT/LMDZOR_v4/JobName/ATM/Output. Le JobName est par défaut ELC-$RESOL pour "Etat Limite Climatologique" ou ELI-$RESOL pour "Etat Limite Interannuel". Le nom peut être modifié dans config.card avant le lancement de ins_job.

Création du job et lancement

cd CREATE
(éventuellement modification dans config.card, par exemple Jobname)
../../../util/ins_job
qsub Job_ELXXXX

Après la fin du simulation, les fichiers start.nc, startphy.nc, limit.nc, climoz_LMDZ.nc et grilles_gcm.nc seront stochée sur le serveur de stochage gaya(IDRIS) ou dmndir(CCRT) dans le répertoire IGCM_OUT/LMDZOR/ELY-XXXX/ATM/Output.

Trait de côte avec o2a.nc

Pour avoir les mêmes traits de côte comme dans le modèle couplé, il est necessaire de crée les fichiers limites en utilisant le fichier o2a.nc. Ce n'est pas le cas par défaut. Il faut ajouter dans COMP/lmdz.card dans la liste "ListNonDel" sous "[BoundaryFiles]" le chemin complet vers ce fichier, par exemple ${R_INIT}/ATM/IPSLCM4_v2/ORCA2xLMD9671/o2a.nc pour la résolution ORCA2xLMD9671.

4) Expérience LMDZOR : Lancer une simulation

La simulation se lance dans le répertoire modipsl/config/LMDZOR_v4/LMDZOR. Vérifiez et modifiez la mise en place de la simulation avant lancement. Deux type de simulations sont prédéfinit, avec des conditions aux limites AMIP climatologique ou inter-annuelles. Pour faire un simulation climatologique, utilise les .card avec suffix _Climat, faites les liens suivant :

cd LMDZOR/COMP; ln -s lmdz.card_Climat lmdz.card; ln -s orchidee.card_Climat orchidee.card

Ou pour un simulation AMIP inter-annuel, faites les liens suivants :

cd LMDZOR/COMP; ln -s lmdz.card_AMIP lmdz.card; ln -s orchidee.card_AMIP orchidee.card

Certains paramètres dans config.card doivent être considère et éventuellement modifié : JobName, CalendarType, DateBegin, DateEnd

Création de job et lancement
Utilisez le script "ins_job" de modipsl pour créer le job. Après certain modification dans config.card, il faut refaire ins_job pour qu'il soit prise en compte. Pour refaire ins_job, il faut d'abord effacer le job existant car il ne sera pas écrasé.

cd modipsl/config/LMDZOR_v4/LMDZOR
(éventuellement modification dans COMP, PARAM et config.card)
../../../util/ins_job
(éventuellement modification dans Job_XXXXX)
qsub Job_XXXXXX

Avant lancement du job, vérifiez l'entête du job. Modifiez éventuellement le temps cpu demandé. Pour le nombre le processus MPI, le choix se fait dans config.card. Si on le change, il faut effacer le job et refaire ins_job.

Pour apprendre à mieux gérer et suivre une simulation, voir la documentation de libIGCM et ModipslBeginner.


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