source: XIOS/dev/dev_olga/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1132

Last change on this file since 1132 was 1132, checked in by mhnguyen, 4 years ago

Correcting a minor bug on writting unstructured grid

+) Correct the mapping between received data and written data.
+) Clean some redundant codes

Test
+) On Curie
+) Writing on unstructured grid works correctly

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 123.2 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22      {
23    SuperClass::type = MULTI_FILE;
24      }
25
26      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
27         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
28          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
29            : SuperClass()
30            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
31            , comm_file(comm_file)
32            , filename(filename)
33            , isCollective(isCollective)
34      {
35    SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
36      }
37
38      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
39    { /* Ne rien faire de plus */ }
40
41      ///--------------------------------------------------------------
42
43      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
44      {
45         return (this->filename);
46      }
47
48      //---------------------------------------------------------------
49
50      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
51      {
52        domain->computeWrittenIndex();
53        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
54        {
55          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
56            writeUnstructuredDomain(domain) ;
57          else
58            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
59          return ;
60        }
61
62       
63         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
64         CContextServer* server=context->server ;
65
66         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
67         domain->checkAttributes();
68
69         if (domain->isEmpty())
70           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
71
72         std::vector<StdString> dim0, dim1;
73         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
74         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
75         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
76         else setWrittenDomain(domid);
77       
78         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
79
80         StdString dimXid, dimYid ;
81
82         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
83         switch (domain->type)
84         {
85           case CDomain::type_attr::curvilinear :
86             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
87             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
88             break ;
89           case CDomain::type_attr::rectilinear :
90             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
91             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
92             break;
93         }
94
95         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
96
97         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
98         string areaId = "area" + appendDomid;
99/*
100         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
101                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
102                             : lonid;
103         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
104                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
105                             : latid;
106*/
107
108         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
109         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
110         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
111         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
112         CArray<double,1> writtenArea;
113
114         if (domain->hasLonLat)
115         {
116           writtenLat.resize(nbWritten);
117           writtenLon.resize(nbWritten);
118           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
119           {
120              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
121              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
122           }
123         
124
125           if (domain->hasBounds)
126           {         
127             int nvertex = domain->nvertex, idx;
128             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
129             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
130             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
131             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
132             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
133               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
134               {
135                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
136                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
137               }
138           }
139         }
140
141         if (domain->hasArea)
142         {
143           writtenArea.resize(nbWritten);           
144           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
145           {
146              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
147           }
148         }
149
150         try
151         {
152           switch (SuperClass::type)
153           {
154              case (MULTI_FILE) :
155              {
156  //               if (domain->isEmpty()) return;
157
158                 if (server->intraCommSize > 1)
159                 {
160  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
161  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
162                 }
163
164                 switch (domain->type)
165                 {
166                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
167                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
168                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
169                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
170                     break ;
171                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
172                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
173                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
174                     dim0.push_back(dimYid);
175                     dim1.push_back(dimXid);
176                     break;
177                 }
178
179                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
180                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
181
182                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
183                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj);
184
185                 if (domain->hasBounds)
186                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
187
188                 if (server->intraCommSize > 1)
189                 {
190                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin,
191                                              domain->zoom_ni,
192                                              domain->zoom_jbegin,
193                                              domain->zoom_nj,
194                                              appendDomid);
195
196                   if (singleDomain)
197                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
198                                                      domain->zoom_ibegin,
199                                                      domain->zoom_ni,
200                                                      domain->zoom_jbegin,
201                                                      domain->zoom_nj,
202                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
203                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
204                 }
205
206                 if (domain->hasLonLat)
207                 {
208                   switch (domain->type)
209                   {
210                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
211                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
212                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
213                       break ;
214                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
215                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
216                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
217                        break ;
218                   }
219
220                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
221                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
222
223                   if (domain->hasBounds)
224                   {
225                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
226                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
227
228                     dim0.clear();
229                     dim0.push_back(dimYid);
230                     dim0.push_back(dimXid);
231                     dim0.push_back(dimVertId);
232                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
233                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
234                   }
235                 }
236
237                 dim0.clear();
238                 dim0.push_back(dimYid);
239                 dim0.push_back(dimXid);
240
241
242  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
243  // supress mask               {
244  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
245  // supress mask
246  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
247  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
248  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
249  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
250  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
251  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
252  // supress mask               }
253
254                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
255
256                 if (domain->hasArea)
257                 {
258                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
259                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
260                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
261                 }
262
263                 SuperClassWriter::definition_end();
264
265                 if (domain->hasLonLat)
266                 {
267                   switch (domain->type)
268                   {
269                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
270                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
271                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
272                       break;
273                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
274                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni)) ;
275                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
276                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1)) ;
277                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
278                       break;
279                   }
280
281                   if (domain->hasBounds)
282                   {
283                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
284                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
285                   }
286                 }
287
288                 if (domain->hasArea)
289                 {
290                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
291                 }
292
293                 SuperClassWriter::definition_start();
294
295                 break;
296              }
297              case (ONE_FILE) :
298              {
299                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
300                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
301
302                 if (domain->hasBounds)
303                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
304
305                 if (domain->hasLonLat)
306                 {
307                   switch (domain->type)
308                   {
309                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
310                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
311                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
312                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
313                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
314                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
315                       break;
316
317                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
318                       dim0.push_back(dimYid);
319                       dim1.push_back(dimXid);
320                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
321                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
322                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
323                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
324                       break;
325                   }
326
327                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
328                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
329
330                   this->writeAxisAttributes
331                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
332                   this->writeAxisAttributes
333                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
334
335                   if (domain->hasBounds)
336                   {
337                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
338                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
339
340                     dim0.clear();
341                     dim0.push_back(dimYid);
342                     dim0.push_back(dimXid);
343                     dim0.push_back(dimVertId);
344                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
345                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
346                   }
347                 }
348
349                 if (domain->hasArea)
350                 {
351                   dim0.clear();
352                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
353                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
354                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
355                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
356                   dim0.clear();
357                 }
358
359                 SuperClassWriter::definition_end();
360
361                 switch (domain->type)
362                 {
363                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
364                   {
365                     std::vector<StdSize> start(2) ;
366                     std::vector<StdSize> count(2) ;
367                     if (domain->isEmpty())
368                     {
369                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
370                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
371                     }
372                     else
373                     {
374                       start[1]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
375                       start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
376                       count[1]=domain->zoom_ni ; count[0]=domain->zoom_nj ;
377                     }
378
379                     if (domain->hasLonLat)
380                     {
381                       // SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue, latid, isCollective, 0,&start,&count);
382                       // SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
383                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
384                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
385                     }
386                     break;
387                   }
388                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
389                   {
390                     if (domain->hasLonLat)
391                     {
392                       std::vector<StdSize> start(1) ;
393                       std::vector<StdSize> count(1) ;
394                       if (domain->isEmpty())
395                       {
396                         start[0]=0 ;
397                         count[0]=0 ;
398                         // SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue, latid, isCollective, 0,&start,&count);
399                         // SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
400
401                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
402                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
403                       }
404                       else
405                       { 
406                         start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
407                         count[0]=domain->zoom_nj;
408                         // CArray<double,1> lat = domain->latvalue(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
409                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
410                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
411
412                         start[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
413                         count[0]=domain->zoom_ni;
414                         // CArray<double,1> lon=domain->lonvalue(Range(0,domain->zoom_ni-1));
415                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1));
416                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
417                       }
418                     }
419                     break;
420                   }
421                 }
422
423                 if (domain->hasBounds)
424                 {
425                   std::vector<StdSize> start(3);
426                   std::vector<StdSize> count(3);
427                   if (domain->isEmpty())
428                   {
429                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
430                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
431                   }
432                   else
433                   {
434                     start[2] = 0;
435                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
436                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
437                     count[2] = domain->nvertex;
438                     count[1] = domain->zoom_ni;
439                     count[0] = domain->zoom_nj;
440                   }
441
442                 // SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lonvalue, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
443                 // SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_latvalue, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
444                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
445                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
446                 }
447
448                 if (domain->hasArea)
449                 {
450                   std::vector<StdSize> start(2);
451                   std::vector<StdSize> count(2);
452
453                   if (domain->isEmpty())
454                   {
455                     start[0] = 0; start[1] = 0;
456                     count[0] = 0; count[1] = 0;
457                   }
458                   else
459                   {
460                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
461                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
462                     count[1] = domain->zoom_ni;
463                     count[0] = domain->zoom_nj;
464                   }
465
466                   // SuperClassWriter::writeData(domain->areavalue, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
467                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
468                 }
469
470                 SuperClassWriter::definition_start();
471                 break;
472              }
473              default :
474                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
475                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
476                       << " not implemented yet !");
477           }
478         }
479         catch (CNetCdfException& e)
480         {
481           StdString msg("On writing the domain : ");
482           msg.append(domid); msg.append("\n");
483           msg.append("In the context : ");
484           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
485           msg.append(e.what());
486           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
487         }
488
489         domain->addRelFile(this->filename);
490      }
491
492    //--------------------------------------------------------------
493
494    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
495    {
496      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
497      CContextServer* server=context->server ;
498
499      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
500      domain->checkAttributes();
501      if (domain->isEmpty())
502        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
503
504      std::vector<StdString> dim0;
505      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
506      StdString domainName = domain->name;
507      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
508      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
509
510      StdString node_x = domainName + "_node_x";
511      StdString node_y = domainName + "_node_y";
512
513      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
514      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
515      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
516
517      StdString face_x = domainName + "_face_x";
518      StdString face_y = domainName + "_face_y";
519      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
520      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
521      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
522      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
523
524      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
525      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
526      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
527      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
528      StdString dimTwo = "Two";
529
530      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
531      if (!isWrittenDomain(domid))
532      {
533        dim0.clear();
534        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
535        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
536        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
537        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
538        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
539      }
540
541      try
542      {
543        switch (SuperClass::type)
544        {
545          case (ONE_FILE) :
546          {
547            // Adding nodes
548            if (domain->nvertex == 1)
549            {
550              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
551              {
552                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
553                dim0.clear();
554                dim0.push_back(dimNode);
555                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
556                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
557                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
558                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
559                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
560                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
561                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
562                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
563              }
564            } // domain->nvertex == 1
565
566            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
567            if (domain->nvertex == 2)
568            {
569              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
570              {
571                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
572                dim0.clear();
573                dim0.push_back(dimNode);
574                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
575                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
576                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
577                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
578                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
579                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
580                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
581                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
582              }
583              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
584              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
585              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
586              dim0.clear();
587              dim0.push_back(dimEdge);
588              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
589              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
590              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
591              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
592              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
593              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
594              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
595              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
596              dim0.clear();
597              dim0.push_back(dimEdge);
598              dim0.push_back(dimTwo);
599              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
600              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
601              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
602              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
603            } // domain->nvertex == 2
604
605            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
606            if (domain->nvertex > 2)
607            {
608              // Nodes
609              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
610              {
611                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
612                dim0.clear();
613                dim0.push_back(dimNode);
614                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
615                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
616                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
617                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
618                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
619                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
620                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
621                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
622              }
623              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
624              {
625                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
626                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
627                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
628                dim0.clear();
629                dim0.push_back(dimEdge);
630                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
631                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
632                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
633                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
634                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
635                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
636                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
637                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
638                dim0.clear();
639                dim0.push_back(dimEdge);
640                dim0.push_back(dimTwo);
641                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
642                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
643                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
644                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
645              }
646              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
647              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
648              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
649              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
650              dim0.clear();
651              dim0.push_back(dimFace);
652              SuperClassWriter::addVariable(face_x, NC_FLOAT, dim0);
653              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
654              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
655              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
656              SuperClassWriter::addVariable(face_y, NC_FLOAT, dim0);
657              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
658              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
659              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
660              dim0.clear();
661              dim0.push_back(dimFace);
662              dim0.push_back(dimVertex);
663              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
664              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
665              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
666              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
667              dim0.clear();
668              dim0.push_back(dimFace);
669              dim0.push_back(dimVertex);
670              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
671              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
672              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
673              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
674              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
675              dim0.clear();
676              dim0.push_back(dimEdge);
677              dim0.push_back(dimTwo);
678              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
679              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
680              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
681              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
682              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
683              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
684              dim0.clear();
685              dim0.push_back(dimFace);
686              dim0.push_back(dimVertex);
687              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
688              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
689              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
690              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
691              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
692              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
693              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
694            } // domain->nvertex > 2
695
696            SuperClassWriter::definition_end();
697
698            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
699            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
700            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
701            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
702            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
703            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
704            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
705            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
706            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
707            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
708            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
709            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
710
711            if (!isWrittenDomain(domid))
712            {
713              if (domain->nvertex == 1)
714              {
715                if (domain->isEmpty())
716                 {
717                   startNodes[0]=0 ;
718                   countNodes[0]=0 ;
719                 }
720                 else
721                 {
722                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
723                   countNodes[0] = domain->zoom_ni ;
724                 }
725
726                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
727                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
728              }
729              else if (domain->nvertex == 2)
730              {
731                if (domain->isEmpty())
732                 {
733                  startEdges[0]=0 ;
734                  countEdges[0]=0 ;
735                  startNodes[0]=0 ;
736                  countNodes[0]=0 ;
737                  startEdgeNodes[0]=0;
738                  startEdgeNodes[1]=0;
739                  countEdgeNodes[0]=0;
740                  countEdgeNodes[1]=0;
741
742                 }
743                 else
744                 {
745                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
746                   countEdges[0] = domain->zoom_ni;
747                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
748                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
749                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
750                   startEdgeNodes[1] = 0;
751                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
752                   countEdgeNodes[1] = 2;
753                 }
754                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
755                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
756                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
757                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
758                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
759              }
760              else
761              {
762                if (domain->isEmpty())
763                 {
764                   startFaces[0] = 0 ;
765                   countFaces[0] = 0 ;
766                   startNodes[0] = 0;
767                   countNodes[0] = 0;
768                   startEdges[0] = 0;
769                   countEdges[0] = 0;
770                   startEdgeFaces[0] = 0;
771                   startEdgeFaces[1] = 0;
772                   countEdgeFaces[0] = 0;
773                   countEdgeFaces[1] = 0;
774                   startFaceConctv[0] = 0;
775                   startFaceConctv[1] = 0;
776                   countFaceConctv[0] = 0;
777                   countFaceConctv[1] = 0;
778                 }
779                 else
780                 {
781                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
782                   countFaces[0] = domain->zoom_ni ;
783                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
784                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
785                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
786                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
787                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
788                   startEdgeNodes[1] = 0;
789                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
790                   countEdgeNodes[1]= 2;
791                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
792                   startEdgeFaces[1]= 0;
793                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
794                   countEdgeFaces[1]= 2;
795                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
796                   startFaceConctv[1] = 0; 
797                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
798                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
799                 }
800                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
801                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
802                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
803                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
804                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
805                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
806                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
807                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
808                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
809                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
810                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
811              }
812              setWrittenDomain(domid);
813            } // !isWrittenDomain
814            else
815            {
816              if (domain->nvertex == 2)
817              {
818                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
819                countEdges[0] = domain->zoom_ni;
820                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
821                startEdgeNodes[1] = 0;
822                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
823                countEdgeNodes[1]= 2;
824                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
825                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
826                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
827              } 
828              if (domain->nvertex > 2)
829              {
830
831                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
832                {
833                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
834                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
835                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
836                  startEdgeNodes[1] = 0;
837                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
838                  countEdgeNodes[1]= 2;
839                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
840                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
841                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
842                }
843                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
844                countFaces[0] = domain->zoom_ni;
845                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
846                startEdgeFaces[1]= 0;
847                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
848                countEdgeFaces[1]= 2;
849                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
850                startFaceConctv[1] = 0;
851                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
852                countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
853                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
854                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
855                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
856                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
857                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
858                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
859              }
860            }// isWrittenDomain
861
862            SuperClassWriter::definition_start();
863
864            break;
865          } // ONE_FILE
866
867          case (MULTI_FILE) :
868          {
869            break;
870          }
871
872          default :
873          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
874          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
875          << " not implemented yet !");
876          } // switch
877        } // try
878
879        catch (CNetCdfException& e)
880        {
881          StdString msg("On writing the domain : ");
882          msg.append(domid); msg.append("\n");
883          msg.append("In the context : ");
884          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
885          msg.append(e.what());
886          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
887        }
888
889  domain->addRelFile(this->filename);
890  }
891
892    //--------------------------------------------------------------
893
894    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
895      {
896         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
897         CContextServer* server=context->server ;
898
899         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
900         domain->checkAttributes();
901
902         if (domain->isEmpty())
903           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
904
905         std::vector<StdString> dim0, dim1;
906         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
907         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
908         else setWrittenDomain(domid);
909
910         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
911
912         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
913         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
914
915         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
916         string areaId = "area" + appendDomid;
917
918         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
919
920         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
921         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
922         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
923         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
924         CArray<double,1> writtenArea;
925
926         if (domain->hasLonLat)
927         {
928           writtenLat.resize(nbWritten);
929           writtenLon.resize(nbWritten);
930           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
931           {
932              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
933              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
934           }
935         
936
937           if (domain->hasBounds)
938           {         
939             int nvertex = domain->nvertex, idx;
940             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
941             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
942             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
943             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
944             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
945               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
946               {
947                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
948                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
949               }
950           }
951         }
952
953         if (domain->hasArea)
954         {
955           writtenArea.resize(nbWritten);           
956           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
957           {
958              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
959           }
960         }
961
962         try
963         {
964           switch (SuperClass::type)
965           {
966              case (MULTI_FILE) :
967              {
968                 dim0.push_back(dimXid);
969                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
970
971                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
972                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
973                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
974                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
975                 if (domain->hasLonLat)
976                 {
977                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
978                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
979                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
980                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
981                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
982                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
983                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
984                 }
985                 dim0.clear();
986                 if (domain->hasBounds)
987                 {
988                   dim0.push_back(dimXid);
989                   dim0.push_back(dimVertId);
990                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
991                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
992                 }
993
994                 dim0.clear();
995                 dim0.push_back(dimXid);
996                 if (domain->hasArea)
997                 {
998                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
999                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1000                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1001                 }
1002
1003                 SuperClassWriter::definition_end();
1004
1005                 if (domain->hasLonLat)
1006                 {
1007                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1008                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1009                   if (domain->hasBounds)
1010                   {
1011                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1012                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1013                   }
1014                 }
1015
1016                 if (domain->hasArea)
1017                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1018
1019                 SuperClassWriter::definition_start();
1020                 break ;
1021              }
1022
1023              case (ONE_FILE) :
1024              {
1025                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
1026                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
1027                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
1028                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
1029                 dim0.push_back(dimXid);
1030                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1031                 if (domain->hasLonLat)
1032                 {
1033                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
1034                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
1035
1036                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1037                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1038                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1039                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1040                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1041                 }
1042                 dim0.clear();
1043
1044                 if (domain->hasBounds)
1045                 {
1046                   dim0.push_back(dimXid);
1047                   dim0.push_back(dimVertId);
1048                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
1049                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
1050                 }
1051
1052                 if (domain->hasArea)
1053                 {
1054                   dim0.clear();
1055                   dim0.push_back(dimXid);
1056                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
1057                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1058                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1059                 }
1060
1061                 SuperClassWriter::definition_end();
1062
1063                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1064                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1065                 if (domain->isEmpty())
1066                 {
1067                   start[0]=0 ;
1068                   count[0]=0 ;
1069                   startBounds[1]=0 ;
1070                   countBounds[1]=nvertex ;
1071                   startBounds[0]=0 ;
1072                   countBounds[0]=0 ;
1073                 }
1074                 else
1075                 {
1076                   start[0]=domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
1077                   count[0]=domain->zoom_ni;
1078                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
1079                   startBounds[1]=0 ;
1080                   countBounds[0]=domain->zoom_ni;
1081                   countBounds[1]=nvertex ;
1082                 }
1083
1084                 if (domain->hasLonLat)
1085                 {
1086                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1087                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1088                   if (domain->hasBounds)
1089                   {
1090                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1091                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1092                   }
1093                 }
1094
1095                 if (domain->hasArea)
1096                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1097
1098                 SuperClassWriter::definition_start();
1099
1100                 break;
1101              }
1102              default :
1103                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1104                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1105                       << " not implemented yet !");
1106           }
1107         }
1108         catch (CNetCdfException& e)
1109         {
1110           StdString msg("On writing the domain : ");
1111           msg.append(domid); msg.append("\n");
1112           msg.append("In the context : ");
1113           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1114           msg.append(e.what());
1115           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1116         }
1117         domain->addRelFile(this->filename);
1118      }
1119      //--------------------------------------------------------------
1120
1121      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1122      {
1123        CContext* context = CContext::getCurrent();
1124
1125        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1126        axis->checkAttributes();
1127
1128        axis->computeWrittenIndex();
1129       
1130        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n
1131                                                          : axis->global_zoom_n;
1132        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_begin
1133                                                          : axis->global_zoom_begin;
1134
1135        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1136
1137        std::vector<StdString> dims;
1138        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1139        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1140        else setWrittenAxis(axisid);
1141
1142        try
1143        {
1144          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1145          if (axis->hasValue)
1146          {
1147            dims.push_back(axisid);
1148            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
1149
1150            if (!axis->name.isEmpty())
1151              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1152
1153            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1154              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1155
1156            if (!axis->long_name.isEmpty())
1157              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1158
1159            if (!axis->unit.isEmpty())
1160              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1161
1162            if (!axis->positive.isEmpty())
1163            {
1164              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1165              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1166                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1167                                             &axisid);
1168            }
1169
1170            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1171            if (!axis->bounds.isEmpty())
1172            {
1173              dims.push_back("axis_nbounds");
1174              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
1175              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1176            }
1177
1178            SuperClassWriter::definition_end();
1179
1180            CArray<size_t, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1181            int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1182            CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1183            for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1184            CArray<double,2> axis_bounds;
1185
1186            switch (SuperClass::type)
1187            {
1188              case MULTI_FILE:
1189              {
1190                // CArray<double,1> axis_value(axis->zoom_n);
1191                // for (int i = 0; i < axis->zoom_n; i++) axis_value(i) = axis->value(i);
1192                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1193
1194                if (!axis->bounds.isEmpty())
1195                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1196
1197                SuperClassWriter::definition_start();
1198
1199                break;
1200              }
1201              case ONE_FILE:
1202              {
1203                // CArray<double,1> axis_value(axis->zoom_n);
1204                // axis_value = axis->value;
1205                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1206                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1207                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1208                count[0] = countBounds[0] = zoom_size;
1209                startBounds[1] = 0;
1210                countBounds[1] = 2;
1211                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1212
1213                if (!axis->bounds.isEmpty())
1214                {
1215                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1216                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1217                  {
1218                    axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1219                    axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1220                  }
1221                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1222                }
1223
1224                SuperClassWriter::definition_start();
1225
1226                break;
1227              }
1228              default :
1229                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1230                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1231                      << " not implemented yet !");
1232            }
1233          }
1234        }
1235        catch (CNetCdfException& e)
1236        {
1237          StdString msg("On writing the axis : ");
1238          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1239          msg.append("In the context : ");
1240          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1241          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1242          msg.append(e.what());
1243          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1244        }
1245     
1246      axis->addRelFile(this->filename);
1247     }
1248
1249      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1250      {
1251        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1252        scalar->checkAttributes();
1253        int scalarSize = 1;
1254
1255        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1256        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1257        else setWrittenAxis(scalaId);
1258
1259        try
1260        {
1261          if (!scalar->value.isEmpty())
1262          {
1263//            dims.push_back(scalaId);
1264            std::vector<StdString> dims;
1265            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, NC_FLOAT, dims);
1266
1267            if (!scalar->name.isEmpty())
1268              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1269
1270            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1271              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1272
1273            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1274              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1275
1276            if (!scalar->unit.isEmpty())
1277              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1278
1279            SuperClassWriter::definition_end();
1280
1281            switch (SuperClass::type)
1282            {
1283              case MULTI_FILE:
1284              {
1285                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1286                scalarValue(0) = scalar->value;
1287                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1288                SuperClassWriter::definition_start();
1289
1290                break;
1291              }
1292              case ONE_FILE:
1293              {
1294                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1295                scalarValue(0) = scalar->value;
1296
1297                std::vector<StdSize> start(1);
1298                std::vector<StdSize> count(1);
1299                start[0] = 0;
1300                count[0] = 1;
1301                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1302                SuperClassWriter::definition_start();
1303
1304                break;
1305              }
1306              default :
1307                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1308                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1309                      << " not implemented yet !");
1310            }
1311          }
1312        }
1313        catch (CNetCdfException& e)
1314        {
1315          StdString msg("On writing the scalar : ");
1316          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1317          msg.append("In the context : ");
1318          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1319          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1320          msg.append(e.what());
1321          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1322        }
1323        scalar->addRelFile(this->filename);
1324     }
1325
1326     //--------------------------------------------------------------
1327
1328     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1329     {
1330       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1331
1332       try
1333       {
1334         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1335         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1336         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1337         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1338         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1339
1340         std::vector<StdString> dims;
1341
1342         if (grid->isCompressible())
1343         {
1344           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1345
1346           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1347           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1348
1349           dims.push_back(varId);
1350           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1351
1352           StdOStringStream compress;
1353           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1354           {
1355             if (2 == axisDomainOrder(i))
1356             {
1357               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1358               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1359               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1360
1361               switch (domain->type)
1362               {
1363                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1364                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1365                   break;
1366                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1367                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1368                   break;
1369                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1370                   compress << "cell" << appendDomId;
1371                   break;
1372               }
1373               ++idxDomain;
1374             }
1375             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1376             {
1377               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1378               compress << axis->getAxisOutputName();
1379               ++idxAxis;
1380             }
1381             else
1382             {
1383               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1384               compress << scalar->getScalarOutputName();
1385               ++idxScalar;
1386             }
1387
1388             if (i != 0) compress << ' ';
1389           }
1390           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1391
1392           grid->computeCompressedIndex();
1393
1394           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1395           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1396           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1397           {
1398             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1399             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1400               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1401           }
1402
1403           switch (SuperClass::type)
1404           {
1405             case (MULTI_FILE):
1406             {
1407               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1408               break;
1409             }
1410             case (ONE_FILE):
1411             {
1412               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1413                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1414
1415               std::vector<StdSize> start, count;
1416               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1417               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1418
1419               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1420               break;
1421             }
1422           }
1423         }
1424         else
1425         {
1426           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1427           {
1428             StdString varId, compress;
1429             CArray<int, 1> indexes;
1430             bool isDistributed;
1431             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1432             int firstGlobalIndex;
1433
1434             if (2 == axisDomainOrder(i))
1435             {
1436               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1437               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1438
1439               if (!domain->isCompressible()
1440                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1441                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1442                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1443                 continue;
1444
1445               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1446
1447               varId = domId + "_points";
1448               switch (domain->type)
1449               {
1450                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1451                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1452                   break;
1453                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1454                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1455                   break;
1456               }
1457
1458               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1459               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1460               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1461                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1462
1463               isDistributed = domain->isDistributed();
1464               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1465               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1466               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1467               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1468
1469               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1470               setWrittenCompressedDomain(domId);
1471               ++idxDomain;
1472             }
1473             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1474             {
1475               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1476               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1477
1478               if (!axis->isCompressible()
1479                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1480                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1481                 continue;
1482
1483               varId = axisId + "_points";
1484               compress = axisId;
1485
1486               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1487               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1488               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1489                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1490
1491               isDistributed = axis->isDistributed();
1492               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1493               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1494               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1495               firstGlobalIndex = axis->begin;
1496
1497               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1498               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1499               ++idxAxis;
1500             }
1501             else
1502             {
1503             }
1504
1505             if (!varId.empty())
1506             {
1507               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1508
1509               dims.clear();
1510               dims.push_back(varId);
1511               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1512
1513               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1514
1515               switch (SuperClass::type)
1516               {
1517                 case (MULTI_FILE):
1518                 {
1519                   indexes -= firstGlobalIndex;
1520                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1521                   break;
1522                 }
1523                 case (ONE_FILE):
1524                 {
1525                   std::vector<StdSize> start, count;
1526                   start.push_back(offset);
1527                   count.push_back(nbIndexes);
1528
1529                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1530                   break;
1531                 }
1532               }
1533             }
1534           }
1535
1536           if (!dims.empty())
1537             grid->computeCompressedIndex();
1538         }
1539
1540         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1541       }
1542       catch (CNetCdfException& e)
1543       {
1544         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1545         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1546         msg.append("In the context : ");
1547         CContext* context = CContext::getCurrent();
1548         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1549         msg.append(e.what());
1550         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1551       }
1552     }
1553
1554     //--------------------------------------------------------------
1555
1556     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1557     {
1558       try
1559       {
1560        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1561       }
1562       catch (CNetCdfException& e)
1563       {
1564         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1565         msg.append("In the context : ");
1566         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1567         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1568         msg.append(e.what());
1569         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1570       }
1571     }
1572
1573      //--------------------------------------------------------------
1574
1575      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1576      {
1577         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1578         CContextServer* server=context->server ;
1579
1580         std::vector<StdString> dims, coodinates;
1581         CGrid* grid = field->grid;
1582         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1583          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1584
1585         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1586         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1587         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1588         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1589         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1590
1591         StdString timeid  = getTimeCounterName();
1592         StdString dimXid,dimYid;
1593         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1594         bool hasArea = false;
1595         StdString cellMeasures = "area:";
1596         bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1597
1598         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1599         {
1600           if (2 == axisDomainOrder(i))
1601           {
1602             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1603             StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1604             StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1605
1606             if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1607             {
1608               dimIdList.push_back(domId + "_points");
1609               field->setUseCompressedOutput();
1610             }
1611
1612             switch (domain->type)
1613             {
1614               case CDomain::type_attr::curvilinear:
1615                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1616                 {
1617                   dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1618                   dimIdList.push_back(dimXid);
1619                   dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1620                   dimIdList.push_back(dimYid);
1621                 }
1622                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1623                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1624                 break ;
1625               case CDomain::type_attr::rectilinear:
1626                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1627                 {
1628                   dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1629                   dimIdList.push_back(dimXid);
1630                   dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1631                   dimIdList.push_back(dimYid);
1632                 }
1633                 break ;
1634               case CDomain::type_attr::unstructured:
1635               {
1636           if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1637           {
1638            dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1639            dimIdList.push_back(dimXid);
1640            dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1641            dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1642          }
1643           else
1644           {
1645            StdString domainName = domain->name;
1646            if (domain->nvertex == 1)
1647            {
1648              dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1649              dimIdList.push_back(dimXid);
1650              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1651              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1652            }
1653            else if (domain->nvertex == 2)
1654            {
1655              dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1656              dimIdList.push_back(dimXid);
1657              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1658              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1659            }
1660            else
1661            {
1662              dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1663              dimIdList.push_back(dimXid);
1664              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1665              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1666            }
1667          }  // ugrid convention
1668        }  // case unstructured domain
1669             }
1670
1671             if (domain->hasArea)
1672             {
1673               hasArea = true;
1674               cellMeasures += " area" + appendDomId;
1675             }
1676             ++idxDomain;
1677           }
1678           else if (1 == axisDomainOrder(i))
1679           {
1680             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1681             StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1682
1683             if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1684             {
1685               dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1686               field->setUseCompressedOutput();
1687             }
1688             else
1689               dimIdList.push_back(axisId);
1690
1691             dimCoordList.push_back(axisId);
1692             ++idxAxis;
1693           }
1694           else // scalar
1695           {
1696             /* Do nothing here */
1697           }
1698         }
1699
1700/*
1701         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1702                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1703                             : lonid;
1704         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1705                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1706                             : latid;
1707*/
1708         StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1709
1710         nc_type type ;
1711         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1712         else
1713         {
1714           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1715           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1716           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1717         }
1718
1719         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1720
1721         if (wtime)
1722         {
1723
1724            //StdOStringStream oss;
1725           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1726           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1727          //oss
1728            if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1729            else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1730            dims.push_back(timeid);
1731         }
1732
1733         if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1734         {
1735           dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1736           field->setUseCompressedOutput();
1737         }
1738         else
1739         {
1740           while (!dimIdList.empty())
1741           {
1742             dims.push_back(dimIdList.back());
1743             dimIdList.pop_back();
1744           }
1745         }
1746
1747         while (!dimCoordList.empty())
1748         {
1749           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1750           dimCoordList.pop_back();
1751         }
1752
1753         try
1754         {
1755           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1756
1757           if (!field->standard_name.isEmpty())
1758              SuperClassWriter::addAttribute
1759                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1760
1761           if (!field->long_name.isEmpty())
1762              SuperClassWriter::addAttribute
1763                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1764
1765           if (!field->unit.isEmpty())
1766              SuperClassWriter::addAttribute
1767                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1768
1769            if (!field->valid_min.isEmpty())
1770              SuperClassWriter::addAttribute
1771                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1772
1773           if (!field->valid_max.isEmpty())
1774              SuperClassWriter::addAttribute
1775                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1776
1777            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1778              SuperClassWriter::addAttribute
1779                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1780
1781             if (!field->add_offset.isEmpty())
1782              SuperClassWriter::addAttribute
1783                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1784
1785           SuperClassWriter::addAttribute
1786                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1787
1788          // write child variables as attributes
1789
1790
1791           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1792           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1793
1794           bool alreadyAddCellMethod = false;
1795           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1796           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1797           {
1798             StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1799             if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1800                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1801             {
1802               SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1803               alreadyAddCellMethod = true;
1804             }
1805             else
1806             {
1807               switch (field->cell_methods_mode)
1808               {
1809               case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1810                 cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1811                 cellMethodsPrefix += " ";
1812                 break;
1813               case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1814                 cellMethodsSuffix = " ";
1815                 cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1816                 break;
1817               case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1818                 break;
1819               default:
1820                 break;
1821               }
1822             }
1823           }
1824
1825
1826           if (wtime)
1827           {
1828              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1829              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1830              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1831              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1832
1833              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1834              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1835              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1836
1837              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1838              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1839              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1840              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1841              else cellMethods += field->operation;
1842              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1843                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1844              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1845              if (!alreadyAddCellMethod)
1846                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1847           }
1848
1849           if (hasArea)
1850             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1851
1852           if (!field->default_value.isEmpty())
1853           {
1854              double default_value = field->default_value.getValue();
1855              float fdefault_value = (float)default_value;
1856              if (type == NC_DOUBLE)
1857                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1858              else
1859                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1860           }
1861           else
1862              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1863
1864            if (field->compression_level.isEmpty())
1865              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1866            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1867
1868           {  // Ecriture des coordonnes
1869
1870              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1871              std::vector<StdString>::iterator
1872                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1873
1874              for (; itc!= endc; itc++)
1875              {
1876                 StdString & coord = *itc;
1877                 if (itc+1 != endc)
1878                       coordstr.append(coord).append(" ");
1879                 else  coordstr.append(coord);
1880              }
1881
1882              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1883
1884           }
1885         }
1886         catch (CNetCdfException& e)
1887         {
1888           StdString msg("On writing field : ");
1889           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1890           msg.append("In the context : ");
1891           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1892           msg.append(e.what());
1893           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1894         }
1895      } // writeField_()
1896
1897      //--------------------------------------------------------------
1898
1899      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1900      {
1901         StdString filename = file->getFileOutputName();
1902         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1903                               ? file->description.getValue()
1904                               : StdString("Created by xios");
1905
1906         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1907
1908         try
1909         {
1910       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1911             this->writeFileAttributes(filename, description,
1912                                       StdString("CF-1.5"),
1913                                       StdString("An IPSL model"),
1914                                       this->getTimeStamp());
1915           else
1916             this->writeFileAttributes(filename, description,
1917                                       StdString("UGRID"),
1918                                       StdString("An IPSL model"),
1919                                       this->getTimeStamp());
1920
1921
1922           if (!appendMode)
1923             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1924         }
1925         catch (CNetCdfException& e)
1926         {
1927           StdString msg("On writing file : ");
1928           msg.append(filename); msg.append("\n");
1929           msg.append("In the context : ");
1930           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1931           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1932           msg.append(e.what());
1933           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1934         }
1935      }
1936
1937      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1938      {
1939        StdString name = var->getVariableOutputName();
1940
1941        try
1942        {
1943          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1944            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1945          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1946            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1947          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1948            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1949          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1950            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1951          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1952            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1953          else
1954            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1955                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1956        }
1957       catch (CNetCdfException& e)
1958       {
1959         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1960         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1961         msg.append("In the context : ");
1962         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1963         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1964         msg.append(e.what());
1965         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1966       }
1967     }
1968
1969     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1970     {
1971        StdString name = var->getVariableOutputName();
1972
1973        try
1974        {
1975          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1976            addAttribute(name, var->getData<int>());
1977          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1978            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1979          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1980            addAttribute(name, var->getData<float>());
1981          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1982            addAttribute(name, var->getData<double>());
1983          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1984            addAttribute(name, var->getData<string>());
1985          else
1986            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1987                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1988        }
1989       catch (CNetCdfException& e)
1990       {
1991         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1992         msg.append(name); msg.append("\n");
1993         msg.append("In the context : ");
1994         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1995         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1996         msg.append(e.what());
1997         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1998       }
1999     }
2000
2001      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2002      {
2003        try
2004        {
2005          SuperClassWriter::sync() ;
2006        }
2007        catch (CNetCdfException& e)
2008        {
2009         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2010         msg.append("In the context : ");
2011         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2012         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2013         msg.append(e.what());
2014         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2015        }
2016      }
2017
2018      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2019      {
2020        try
2021        {
2022          SuperClassWriter::close() ;
2023        }
2024        catch (CNetCdfException& e)
2025        {
2026         StdString msg("On closing file");
2027         msg.append("In the context : ");
2028         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2029         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2030         msg.append(e.what());
2031         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2032        }
2033
2034      }
2035
2036      //---------------------------------------------------------------
2037
2038      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2039      {
2040         const int buffer_size = 100;
2041         time_t rawtime;
2042         struct tm * timeinfo = NULL;
2043         char buffer [buffer_size];
2044
2045         time ( &rawtime );
2046         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2047         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
2048
2049         return (StdString(buffer));
2050      }
2051
2052      //---------------------------------------------------------------
2053
2054      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2055      {
2056        CContext* context = CContext::getCurrent();
2057        CContextServer* server = context->server;
2058        CGrid* grid = field->grid;
2059
2060        if (field->getNStep()<1) return ;
2061       
2062        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2063          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
2064
2065        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2066
2067        StdOStringStream oss;
2068        string timeAxisId;
2069        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
2070        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
2071
2072        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2073
2074        StdString timeAxisBoundId;
2075        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2076        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2077
2078        if (!field->wasWritten())
2079        {
2080          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() &&
2081               field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2082          {
2083            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv) + 1);
2084          }
2085
2086          field->setWritten();
2087        }
2088
2089
2090        CArray<double,1> time_data(1);
2091        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2092        CArray<double,1> time_counter(1);
2093        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2094
2095        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2096
2097        if (wtime)
2098        {
2099          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2100          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2101
2102          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2103            time_data(0) = lastWrite;
2104          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2105            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2106
2107          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2108            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2109          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2110          {
2111            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2112            time_data_bound(1) = lastWrite;
2113          }
2114
2115          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
2116            time_counter(0) = lastWrite;
2117          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
2118            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2119          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
2120            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2121
2122
2123          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
2124            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
2125          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
2126          {
2127            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
2128            time_counter_bound(1) = lastWrite;
2129          }
2130          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
2131            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2132        }
2133
2134         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2135
2136         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2137         {
2138           double scaleFactor = 1.0;
2139           double addOffset = 0.0;
2140           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2141           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2142           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2143         }
2144
2145         try
2146         {
2147           size_t writtenSize;
2148           if (field->getUseCompressedOutput())
2149             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2150           else
2151             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2152
2153           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2154           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2155
2156           if (field->getUseCompressedOutput())
2157             field->outputCompressedField(fieldData);
2158           else
2159             field->outputField(fieldData);
2160
2161           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2162
2163           switch (SuperClass::type)
2164           {
2165              case (MULTI_FILE) :
2166              {
2167                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2168                 if (wtime)
2169                 {
2170                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2171                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2172                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2173                   {
2174                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2175                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2176                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2177                   }
2178                 }
2179                 break;
2180              }
2181              case (ONE_FILE) :
2182              {
2183                // const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2184                // const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2185                // const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2186
2187                // std::vector<StdSize> start, count;
2188
2189                // if (field->getUseCompressedOutput())
2190                // {
2191                //   if (grid->isCompressible())
2192                //   {
2193                //     start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2194                //     count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2195                //   }
2196                //   else
2197                //   {
2198                //     CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2199                //     std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2200                //     std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2201                //     int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2202                //     int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2203                //     int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2204
2205                //     start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2206                //     count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2207
2208
2209                //     for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2210                //     {
2211                //       if (2 == axisDomainOrder(i))
2212                //       {
2213                //         CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2214
2215                //         if (domain->isCompressible())
2216                //         {
2217                //           start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2218                //           count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2219                //           idx -= 2;
2220                //         }
2221                //         else
2222                //         {
2223                //           if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2224                //           {
2225                //             start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2226                //             count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2227                //           }
2228                //           --idx;
2229                //           start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2230                //           count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2231                //           --idx;
2232                //         }
2233                //         --idxDomain;
2234                //       }
2235                //       else if (1 == axisDomainOrder(i))
2236                //       {
2237                //         CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2238
2239                //         if (axis->isCompressible())
2240                //         {
2241                //           start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2242                //           count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2243                //         }
2244                //         else
2245                //         {
2246                //           start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2247                //           count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2248                //         }
2249
2250                //         --idxAxis;
2251                //         --idx;
2252                //       }
2253                //     }
2254                //   }
2255                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2256                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2257                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2258
2259                std::vector<StdSize> start, count;
2260
2261                if (field->getUseCompressedOutput())
2262                {
2263                  if (grid->isCompressible())
2264                  {
2265                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2266                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2267                  }
2268                  else
2269                  {
2270                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2271                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2272                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2273                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2274                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2275                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2276
2277                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2278                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2279
2280
2281                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2282                    {
2283                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2284                      {
2285                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2286
2287                        if (domain->isCompressible())
2288                        {
2289                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2290                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2291                          idx -= 2;
2292                        }
2293                        else
2294                        {
2295                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2296                          {
2297                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2298                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2299                          }
2300                          --idx;
2301                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2302                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2303                          --idx;
2304                        }
2305                        --idxDomain;
2306                      }
2307                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2308                      {
2309                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2310
2311                        if (axis->isCompressible())
2312                        {
2313                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2314                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2315                        }
2316                        else
2317                        {
2318                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2319                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2320                        }
2321
2322                        --idxAxis;
2323                        --idx;
2324                      }
2325                    }
2326                  }               
2327                }
2328                else
2329                {
2330                  // CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2331                  // std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2332                  // std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2333                  // int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2334                  // int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2335                  // int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2336
2337                  // start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2338                  // count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2339
2340                  // for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2341                  // {
2342                  //   if (2 == axisDomainOrder(i))
2343                  //   {
2344                  //     CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2345                  //     if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2346                  //     {
2347                  //       start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2348                  //       count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2349                  //     }
2350                  //     --idx ;
2351                  //     start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2352                  //     count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2353                  //     --idx ;
2354                  //     --idxDomain;
2355                  //   }
2356                  //   else if (1 == axisDomainOrder(i))
2357                  //   {
2358                  //     start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2359                  //     count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2360                  //     --idx;
2361                  //   }
2362                  //   else
2363                  //   {
2364                  //     if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2365                  //     {
2366                  //       start.push_back(0);
2367                  //       count.push_back(1);
2368                  //     }
2369                  //     --idx;
2370                  //   }
2371                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2372                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2373                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2374                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2375                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2376                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;// nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2377
2378                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2379                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2380
2381                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2382                  {
2383                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2384                    {
2385                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2386                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2387                      {
2388                        // start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2389                        // count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2390                        // start.push_back((domain->getStartWriteIndex())[idx]);
2391                        // count.push_back((domain->getCountWriteIndex())[idx]);
2392                        start.push_back(domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin);
2393                        count.push_back(domain->zoom_nj);
2394                      }
2395                      --idx ;
2396                      // start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2397                      // count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2398                      // start.push_back((domain->getStartWriteIndex())[idx]);
2399                      // count.push_back((domain->getCountWriteIndex())[idx]);
2400                        start.push_back(domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin);
2401                        count.push_back(domain->zoom_ni);
2402                      --idx ;
2403                      --idxDomain;
2404                    }
2405                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2406                    {
2407                      CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2408                      // start.push_back(axis->getStartWriteIndex());
2409                      // count.push_back(axis->getCountWriteIndex());
2410                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2411                        count.push_back(axis->zoom_n);
2412                      --idx;
2413                      --idxAxis;
2414                    }
2415                    else
2416                    {
2417                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2418                      {
2419                        start.push_back(0);
2420                        count.push_back(1);
2421                      }
2422                      --idx;
2423                    }
2424                  }
2425                }
2426
2427                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2428                if (wtime)
2429                {
2430                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2431                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2432                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2433                   {
2434                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2435                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2436                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2437                   }
2438                }
2439
2440                break;
2441              }
2442            }
2443         }
2444         catch (CNetCdfException& e)
2445         {
2446           StdString msg("On writing field data: ");
2447           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2448           msg.append("In the context : ");
2449           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2450           msg.append(e.what());
2451           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2452         }
2453      }
2454
2455      //---------------------------------------------------------------
2456
2457      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2458                  (CField*    field,
2459                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2460      {
2461         StdOStringStream oss;
2462
2463         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2464
2465//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2466//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2467
2468//         StdString axisid = oss.str();
2469//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2470//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2471
2472         StdString axisid("time_centered") ;
2473         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2474         StdString timeid(getTimeCounterName());
2475         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2476
2477         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2478         {
2479            axisid = "time_instant";
2480            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2481         }
2482
2483         try
2484         {
2485          // Adding time_instant or time_centered
2486           std::vector<StdString> dims;
2487           dims.push_back(timeid);
2488           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2489           {
2490              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2491
2492              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2493              StdOStringStream oss2;
2494  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2495  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2496              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2497              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2498              this->writeTimeAxisAttributes
2499                 (axisid, cal->getType(),
2500                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2501                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2502           }
2503
2504           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2505           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2506           {
2507              dims.clear() ;
2508              dims.push_back(timeid);
2509              dims.push_back(timeBoundId);
2510              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2511           }
2512
2513           if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2514           {
2515             // Adding time_counter
2516             axisid = getTimeCounterName();
2517             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2518             dims.clear();
2519             dims.push_back(timeid);
2520             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2521             {
2522                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2523                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2524
2525                if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2526                {
2527                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2528                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2529
2530                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2531                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2532                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2533                }
2534             }
2535
2536             // Adding time_counter_bound dimension
2537             if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2538             {
2539                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2540                {
2541                  dims.clear();
2542                  dims.push_back(timeid);
2543                  dims.push_back(timeBoundId);
2544                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2545                }
2546             }
2547           }
2548         }
2549         catch (CNetCdfException& e)
2550         {
2551           StdString msg("On writing time axis data: ");
2552           msg.append("In the context : ");
2553           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2554           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2555           msg.append(e.what());
2556           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2557                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2558         }
2559      }
2560
2561      //---------------------------------------------------------------
2562
2563      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2564                                                   const StdString & calendar,
2565                                                   const StdString & units,
2566                                                   const StdString & time_origin,
2567                                                   const StdString & time_bounds,
2568                                                   const StdString & standard_name,
2569                                                   const StdString & long_name)
2570      {
2571         try
2572         {
2573           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2574           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2575           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2576           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2577           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2578           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2579         }
2580         catch (CNetCdfException& e)
2581         {
2582           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2583           msg.append("In the context : ");
2584           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2585           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2586           msg.append(e.what());
2587           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2588                                                          const StdString & calendar,\
2589                                                          const StdString & units, \
2590                                                          const StdString & time_origin, \
2591                                                          const StdString & time_bounds, \
2592                                                          const StdString & standard_name, \
2593                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2594         }
2595      }
2596
2597      //---------------------------------------------------------------
2598
2599      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2600                                               const StdString & axis,
2601                                               const StdString & standard_name,
2602                                               const StdString & long_name,
2603                                               const StdString & units,
2604                                               const StdString & nav_model)
2605      {
2606         try
2607         {
2608          if (!axis.empty())
2609            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2610
2611          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2612          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2613          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2614//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2615         }
2616         catch (CNetCdfException& e)
2617         {
2618           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2619           msg.append("In the context : ");
2620           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2621           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2622           msg.append(e.what());
2623           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2624                                                      const StdString & axis, \
2625                                                      const StdString & standard_name, \
2626                                                      const StdString & long_name, \
2627                                                      const StdString & units, \
2628                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2629         }
2630      }
2631
2632      //---------------------------------------------------------------
2633
2634      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2635         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2636      {
2637        try
2638        {
2639         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2640         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2641         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2642         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2643        }
2644        catch (CNetCdfException& e)
2645        {
2646           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2647           msg.append("In the context : ");
2648           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2649           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2650           msg.append(e.what());
2651           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2652                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2653        }
2654
2655      }
2656
2657      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2658                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2659      {
2660         CArray<int,1> array(2) ;
2661
2662         try
2663         {
2664           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2665           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2666           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2667           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2668           array=ni_glo,nj_glo ;
2669           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2670           array=ni,nj ;
2671           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2672           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2673           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2674           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2675           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2676           array=0,0 ;
2677           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2678           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2679           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2680  /*
2681           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2682           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2683           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2684           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2685  */
2686         }
2687         catch (CNetCdfException& e)
2688         {
2689           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2690           msg.append("In the context : ");
2691           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2692           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2693           msg.append(e.what());
2694           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2695                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2696         }
2697      }
2698      //---------------------------------------------------------------
2699
2700      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2701                                                const StdString & description,
2702                                                const StdString & conventions,
2703                                                const StdString & production,
2704                                                const StdString & timeStamp)
2705      {
2706         try
2707         {
2708           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2709           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2710           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2711           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2712           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2713           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
2714         }
2715         catch (CNetCdfException& e)
2716         {
2717           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2718           msg.append("In the context : ");
2719           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2720           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2721           msg.append(e.what());
2722           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2723                                                const StdString & description, \
2724                                                const StdString & conventions, \
2725                                                const StdString & production, \
2726                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2727         }
2728      }
2729
2730      //---------------------------------------------------------------
2731
2732      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2733                                               int data_dim,
2734                                               int data_ni,
2735                                               int data_nj,
2736                                               int data_ibegin,
2737                                               int data_jbegin)
2738      {
2739         try
2740         {
2741           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2742           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2743           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2744           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2745           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2746         }
2747         catch (CNetCdfException& e)
2748         {
2749           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2750           msg.append("In the context : ");
2751           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2752           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2753           msg.append(e.what());
2754           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2755                                               int data_dim, \
2756                                               int data_ni, \
2757                                               int data_nj, \
2758                                               int data_ibegin, \
2759                                               int data_jbegin)", << msg);
2760         }
2761      }
2762
2763      ///--------------------------------------------------------------
2764
2765      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time)
2766      {
2767        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2768        if (it == timeToRecordCache.end())
2769        {
2770          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2771          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2772            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2773
2774          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2775          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2776
2777          StdSize record = 0;
2778          double dtime(time);
2779          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2780          {
2781            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2782            {
2783              record = n + 1;
2784              break;
2785            }
2786          }
2787          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2788        }
2789        return it->second;
2790      }
2791
2792      ///--------------------------------------------------------------
2793
2794      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2795      {
2796        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2797      }
2798
2799      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2800      {
2801        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2802      }
2803
2804      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2805      {
2806        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2807      }
2808
2809      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2810      {
2811        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2812      }
2813
2814      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2815      {
2816        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2817      }
2818
2819      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2820      {
2821        this->writtenDomains.insert(domainName);
2822      }
2823
2824      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2825      {
2826        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2827      }
2828
2829      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2830      {
2831        this->writtenAxis.insert(axisName);
2832      }
2833
2834      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2835      {
2836        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2837      }
2838
2839      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2840      {
2841        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2842      }
2843} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.