source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp @ 413

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Performance improvment on Lustre

YM
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Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12
13namespace xios
14{
15      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
16      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
17         (const StdString & filename, bool exist)
18            : SuperClass()
19            , SuperClassWriter(filename, exist)
20            , filename(filename)
21      {
22         StdString timeid = StdString("time_counter");
23         SuperClass::type = MULTI_FILE;
24//         if (!exist)
25//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (const StdString & filename, bool exist, MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
30            : SuperClass()
31            , SuperClassWriter(filename, exist, &comm_file,multifile)
32            , comm_file(comm_file)
33            , filename(filename)
34            , isCollective(isCollective)
35      {
36         StdString timeid = StdString("time_counter");
37
38         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39         
40 //        if (!exist)
41//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
42      }
43
44
45      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
46      { /* Ne rien faire de plus */ }
47
48      ///--------------------------------------------------------------
49
50      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
51      {
52         return (this->filename);
53      }
54
55      //---------------------------------------------------------------
56
57      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
58      {
59         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
60         CContextServer* server=context->server ;
61         
62         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
63         domain->checkAttributes();
64         
65         if (domain->isEmpty()) 
66           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
67
68         std::vector<StdString> dim0, dim1;
69         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
70                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
71         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
72
73         StdString dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
74         StdString dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
75         
76         string lonid,latid ;
77/*
78         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
79                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
80                             : lonid;
81         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
82                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
83                             : latid;
84*/
85         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
86
87         switch (SuperClass::type)
88         {
89            case (MULTI_FILE) :
90            {
91//               if (domain->isEmpty()) return;
92               
93               if (server->intraCommSize > 1)
94               {
95//                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
96//                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
97               }
98
99               if (isCurvilinear)
100               {
101                 dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
102                 lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
103                 latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
104               }
105               else
106               {
107                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
108                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
109                 dim0.push_back(dimYid);
110                 dim1.push_back(dimXid);
111               }
112
113               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
114               SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
115               if (server->intraCommSize > 1)
116               {
117                  this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
118                                             domain->zoom_ni_srv,
119                                             domain->zoom_jbegin_srv,
120                                             domain->zoom_nj_srv,
121                                             appendDomid);
122                 
123                  if (singleDomain) this->writeLocalAttributes_IOIPSL(domain->zoom_ibegin_srv,
124                                             domain->zoom_ni_srv,
125                                             domain->zoom_jbegin_srv,
126                                             domain->zoom_nj_srv,
127                                             domain->ni_glo,domain->nj_glo,
128                                             server->intraCommRank,server->intraCommSize);
129               }
130               
131               if (isCurvilinear)
132               {
133                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
134                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
135               }
136               else
137               {
138                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
139                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
140               }
141               this->writeAxisAttributes
142                  (lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
143               this->writeAxisAttributes
144                  (latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
145
146               dim0.clear();
147               dim0.push_back(dimYid);
148               dim0.push_back(dimXid);
149
150
151// supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
152// supress mask               {
153// supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
154// supress mask
155// supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
156// supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
157// supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
158// supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
159// supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
160// supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
161// supress mask               }
162                 
163               //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
164
165               SuperClassWriter::definition_end();
166               if (isCurvilinear)
167               {
168 
169                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
170                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
171// supress mask               if (server->intraCommSize > 1) SuperClassWriter::writeData(mask, maskid);
172               }
173               else
174               {
175                  CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
176                  SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
177                  CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
178                  SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
179               }
180               SuperClassWriter::definition_start();
181
182               break;
183            }
184            case (ONE_FILE) :
185            {
186               SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni.getValue());
187               SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj.getValue());
188
189               
190               if (isCurvilinear)
191               {
192                  dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
193                  lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
194                  latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
195                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
196                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
197               }
198               else
199               {
200                  dim0.push_back(dimYid);
201                  dim1.push_back(dimXid);
202                  lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
203                  latid = StdString("lat").append(appendDomid);
204                  SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
205                  SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
206               }
207               this->writeAxisAttributes
208                  (latid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
209               this->writeAxisAttributes
210                  (lonid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
211
212
213               SuperClassWriter::definition_end();
214               if (isCurvilinear)
215               {
216                 std::vector<StdSize> start(2) ; 
217                 std::vector<StdSize> count(2) ;
218                 if (domain->isEmpty())
219                 {
220                   start[0]=0 ; start [1]=0 ; 
221                   count[0]=0 ; count[1]=0 ; 
222                 }
223                 else
224                 {
225                   start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
226                   count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
227                 }
228                 
229                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
230                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
231               }
232               else
233               {
234                 std::vector<StdSize> start(1) ; 
235                 std::vector<StdSize> count(1) ;
236                 if (domain->isEmpty())
237                 {
238                   start[0]=0 ; 
239                   count[0]=0 ; 
240                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
241                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);                 }
242                 else
243                 {
244                   start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
245                   count[0]=domain->zoom_nj_srv ; 
246                   CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
247                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
248
249                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; 
250                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ; 
251                   CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
252                   SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
253                 }
254               }
255               SuperClassWriter::definition_start();
256               break;
257            }           
258            default :
259               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
260                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
261                     << " not implemented yet !");
262         }
263         domain->addRelFile(this->filename);
264      }
265
266      //--------------------------------------------------------------
267
268      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
269      {
270         if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
271         axis->checkAttributes();
272         StdSize zoom_size=axis->zoom_size.getValue() ;
273         StdSize zoom_begin=axis->zoom_begin.getValue()-1 ;
274         
275         std::vector<StdString> dims;
276         StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
277                           ? axis->name.getValue() : axis->getId();
278         SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
279         dims.push_back(axisid);
280         
281         switch (SuperClass::type)
282         {
283            case (MULTI_FILE ) :
284            {}
285            case (ONE_FILE) :
286            {
287               SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
288
289               SuperClassWriter::addAttribute("axis", StdString("Z"), &axisid);
290
291               if (!axis->standard_name.isEmpty())
292                  SuperClassWriter::addAttribute
293                     ("standard_name",  axis->standard_name.getValue(), &axisid);
294
295               if (!axis->long_name.isEmpty())
296                  SuperClassWriter::addAttribute
297                     ("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
298
299               if (!axis->unit.isEmpty())
300                  SuperClassWriter::addAttribute
301                     ("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
302
303              if (!axis->positive.isEmpty())
304                if (axis->positive==CAxis::positive_attr::up) SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("up"), &axisid);
305                else   SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("down"), &axisid);
306
307               SuperClassWriter::definition_end();
308               
309               CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ;
310               for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin) ;
311               SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
312               
313               SuperClassWriter::definition_start();
314
315               break;
316            }
317            default :
318               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
319                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
320                     << " not implemented yet !");
321         }
322         axis->addRelFile(this->filename);
323     }
324     
325     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
326     {
327       SuperClassWriter::addDimension(string("time_counter"));
328     }
329      //--------------------------------------------------------------
330
331      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
332      {
333         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
334         CContextServer* server=context->server ;
335
336         std::vector<StdString> dims, coodinates;
337         CGrid* grid = field->grid;
338         CDomain* domain = grid->domain;
339           
340         if (domain->isEmpty()) 
341           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
342
343         StdString timeid    = StdString("time_counter");
344         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
345                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
346         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
347
348         StdString dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
349         StdString dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
350/*
351         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
352                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
353                             : lonid;
354         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
355                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
356                             : latid;
357*/
358         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
359                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
360
361//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
362//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
363          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ; 
364         
365         nc_type type = (!field->prec.isEmpty() &&
366                        ( field->prec.getValue() == 4))
367                        ? NC_FLOAT : NC_DOUBLE;
368         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() &&
369                         ( field->operation.getValue().compare("once") == 0));
370                         
371         if (wtime)
372         {
373            StdOStringStream oss;
374            oss << "time_" << field->operation.getValue()
375                << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
376
377            coodinates.push_back(oss.str());
378            dims.push_back(timeid);
379         }
380
381         if (!grid->axis_ref.isEmpty())
382         {
383            CAxis* axis = grid->axis ;
384            StdString axisid = (!axis->name.isEmpty()) ? axis->name.getValue() : axis->getId();
385            dims.push_back(axisid);
386            coodinates.push_back(axisid);
387         }
388
389         if (isCurvilinear)
390         {
391            coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
392            coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
393         }
394         else
395         {
396            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
397            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
398         }
399
400         switch (SuperClass::type)
401         {
402            case (MULTI_FILE) :
403            {
404               dims.push_back(dimYid);
405               dims.push_back(dimXid);
406               break ;
407            }
408            case (ONE_FILE) :
409            {
410               dims.push_back(dimYid);
411               dims.push_back(dimXid);
412               break;
413            }
414            default :
415               ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
416                     << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
417                     << " not implemented yet !");
418         }
419         
420         SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
421         
422         if (!field->standard_name.isEmpty())
423            SuperClassWriter::addAttribute
424               ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
425
426         if (!field->long_name.isEmpty())
427            SuperClassWriter::addAttribute
428               ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
429
430         if (!field->unit.isEmpty())
431            SuperClassWriter::addAttribute
432               ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
433               
434         SuperClassWriter::addAttribute
435               ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
436               
437         if (wtime)
438         {
439            SuperClassWriter::addAttribute
440                  ("interval_operation", field->freq_op.getValue(), &fieldid);
441            SuperClassWriter::addAttribute
442                  ("interval_write", field->getRelFile()->output_freq.getValue(), &fieldid);
443         }
444         
445         if (!field->default_value.isEmpty())
446         {
447            double default_value = field->default_value.getValue();
448            float fdefault_value = (float)default_value;
449            if (type == NC_DOUBLE)
450               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
451            else
452               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
453         }
454         else
455         {
456            double * default_value = NULL;
457            SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, default_value);
458         }             
459
460         {  // Ecriture des coordonnées
461         
462            StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
463            std::vector<StdString>::iterator
464               itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
465           
466            for (; itc!= endc; itc++)
467            {
468               StdString & coord = *itc;
469               if (itc+1 != endc)
470                     coordstr.append(coord).append(" ");
471               else  coordstr.append(coord);
472            }
473
474            SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
475
476         }
477
478      }
479
480      //--------------------------------------------------------------
481
482      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
483      {
484         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
485                            ? file->name.getValue() : file->getId();
486         StdString description = (!file->description.isEmpty())
487                               ? file->description.getValue()
488                               : StdString("Created by xios");
489         this->writeFileAttributes(filename, description,
490                                   StdString ("CF-1.1"),
491                                   StdString("An IPSL model"),
492                                   this->getTimeStamp());
493         if (file->nbDomain==1) singleDomain=true ;
494         else singleDomain=false ;
495      }
496 
497      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
498      {
499         SuperClassWriter::sync() ;
500      }
501
502      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
503      {
504         SuperClassWriter::close() ;
505      }
506
507      //---------------------------------------------------------------
508
509      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
510      {
511         const int buffer_size = 100;
512         time_t rawtime;
513         struct tm * timeinfo = NULL;
514         char buffer [buffer_size];
515
516         time ( &rawtime );
517         timeinfo = localtime ( &rawtime );
518         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
519
520         return (StdString(buffer));
521      }
522     
523      //---------------------------------------------------------------
524     
525      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
526      {
527         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
528//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
529         CContextServer* server=context->server ;
530
531         CGrid* grid = field->grid ;
532         CDomain* domain = grid->domain ;
533         
534         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
535
536
537         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty()) 
538                             ? field->name.getValue() 
539                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
540                             
541         StdOStringStream oss;
542         oss << "time_" << field->operation.getValue()
543             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
544             
545         CArray<double,1> time_data(1) ;
546         
547         if (field->operation.getValue()=="instant") time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv)
548                                                                      -Time(context->calendar->getTimeOrigin());
549         else time_data(0) = (Time(*field->last_Write_srv)+Time(*field->lastlast_Write_srv))/2
550                               -Time(context->calendar->getTimeOrigin());
551         
552         
553         bool isRoot ;
554         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
555         else isRoot=false ;
556           
557         if (grid->hasAxis()) // 3D
558         {
559            CAxis* axis = grid->axis ;
560            CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
561            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
562            field->outputField(field_data3D);
563            switch (SuperClass::type)
564           {
565              case (MULTI_FILE) :
566              {
567                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
568                 SuperClassWriter::writeData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1);
569                 break ;
570              }
571              case (ONE_FILE) :
572              {
573                 std::vector<StdSize> start(3) ; 
574                 std::vector<StdSize> count(3) ;
575                 if (domain->isEmpty())
576                 {
577                   start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
578                   count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
579                 }
580                 else
581                 {
582//                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
583                   start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
584                   count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
585                 }
586                 SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
587                 SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
588                 break;
589              }
590            }
591           
592         }
593         else // 2D
594         {
595            CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
596            if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
597            field->outputField(field_data2D);
598            switch (SuperClass::type)
599            {
600              case (MULTI_FILE) :
601              {
602                SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
603                SuperClassWriter::writeData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1);
604                break;
605              }
606              case (ONE_FILE) :
607              {
608                 std::vector<StdSize> start(2) ; 
609                 std::vector<StdSize> count(2) ;
610                 if (domain->isEmpty())
611                 {
612                   start[0]=0 ; start[1]=0 ;
613                   count[0]=0 ; count[1]=0 ;
614                 }
615                 else
616                 {
617                   start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; 
618                   count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
619                 }
620
621                 SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
622                 SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, oss.str(), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
623                 break; 
624             
625              }
626            }
627         }
628      }
629
630      //---------------------------------------------------------------
631
632      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
633                  (CField*    field,
634                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
635      {
636         StdOStringStream oss;
637         oss << "time_" << field->operation.getValue()
638             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
639
640         std::vector<StdString> dims;
641         StdString axisid = oss.str();
642         StdString timeid = StdString("time_counter");
643
644         dims.push_back(timeid);
645         if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
646         {
647            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
648            CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
649//            StdOStringStream oss2;
650//            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
651//                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
652//            StdString strInitdate=oss2.str() ;
653            StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
654            this->writeTimeAxisAttributes
655               (axisid, cal->getType(),
656                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
657                strTimeOrigin);
658         }
659
660      }
661
662      //---------------------------------------------------------------
663     
664      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
665                                                   const StdString & calendar,
666                                                   const StdString & units,
667                                                   const StdString & time_origin,
668                                                   const StdString & standard_name,
669                                                   const StdString & long_name,
670                                                   const StdString & title)
671      {
672         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
673         SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
674         SuperClassWriter::addAttribute("title",         title        , &axis_name);
675         SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
676         SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
677         SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
678      }
679     
680      //---------------------------------------------------------------
681
682      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
683                                               const StdString & axis,
684                                               const StdString & standard_name,
685                                               const StdString & long_name,
686                                               const StdString & units,
687                                               const StdString & nav_model)
688      {
689         SuperClassWriter::addAttribute("axis"         , axis         , &axis_name);
690         SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
691         SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
692         SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
693         SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
694      }
695
696      //---------------------------------------------------------------
697     
698      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
699         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
700      {
701         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
702         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
703         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
704         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
705      }
706
707     void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL
708         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
709      {
710         CArray<int,1> array(2) ;
711
712         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
713         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
714         array=1,2 ;
715         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
716         array=ni_glo,nj_glo ;
717         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
718         array=ni,nj ;
719         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
720         array=ibegin,jbegin ;
721         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
722         array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
723         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
724         array=0,0 ;
725         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
726         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
727         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
728/*
729         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
730         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
731         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
732         SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
733*/
734
735      }
736      //---------------------------------------------------------------
737
738      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
739                                                const StdString & description,
740                                                const StdString & conventions,
741                                                const StdString & production,
742                                                const StdString & timeStamp)
743      {
744         SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
745         SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
746         SuperClassWriter::addAttribute("conventions", conventions);
747         SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
748         SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
749      }
750
751      //---------------------------------------------------------------
752
753      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
754                                               int data_dim,
755                                               int data_ni,
756                                               int data_nj,
757                                               int data_ibegin,
758                                               int data_jbegin)
759      {
760         SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
761         SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
762         SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
763         SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
764         SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
765      }
766
767      ///--------------------------------------------------------------
768
769} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.