source: trunk/libIGCM/libIGCM_sys/libIGCM_sys_mercurex9.ksh @ 409

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  • correct bug with TS 3D without chunck see ticket #52
  • catch return code from all nco operator except ncrcat and exit if SpaceName? is PROD. clean error code handling. Special case for cdo command. see ticket #51
    • it means that if SpaceName?=PROD all must run absolutely perfectly ; otherwise libIGCM will stop.
  • For Smooth file, first access is always true for Period=1. Get Files when SmoothMin?<CumulPeriod?<SmoothMax? and modulo [min]:[modulo:][max] is true. see ticket #44
  • Under testing : do not use unless you are willing to help testing.
  • Property svn:keywords set to Revision Author Date
File size: 34.7 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3#**************************************************************
4# Author: Sebastien Denvil, Martial Mancip
5# Contact: Sebastien.Denvil__at__ipsl.jussieu.fr
6# $Revision::                                          $ Revision of last commit
7# $Author::                                            $ Author of last commit
8# $Date::                                              $ Date of last commit
9# IPSL (2006)
10#  This software is governed by the CeCILL licence see libIGCM/libIGCM_CeCILL.LIC
11# History:
12# Modification:
13#
14#**************************************************************
15
16#=========================================================
17# The documentation of this file can be automatically generated
18# if you use the prefix #D- for comments to be extracted.
19# Extract with command: cat lib* | grep "^#D-" | cut -c "4-"
20#=========================================================
21
22#D-#==================================================
23#D-LibIGCM_sys for Mercure SX9
24#D-#==================================================
25#D-
26#D- This ksh library if a layer under some usefull
27#D-environment variables and shell commands.
28#D-All those definitions depend on host particularities.
29#D-It manages a stack mechanism and test validity of operations.
30#D-All function described bellow must be prefixed by IGCM_sys.
31
32#====================================================
33# libIGCM_sys PARAMETERS
34#====================================================
35
36# gawk specific location on SX9
37export PATH=/applications/gawk-3.0.4/bin:${PATH}
38
39#====================================================
40# set DEBUG_sys to true to output calls of function
41typeset -r DEBUG_sys=${DEBUG_sys:=true}
42
43#====================================================
44# Turn in dry run mode ? (sys_Put_Rest, sys_Put_Out, sys_Get)
45typeset -r DRYRUN=${DRYRUN:=0}
46
47# YOU MUST COMPILE YOUR EXE FILES FOR DRYRUN MODE !
48# -------------------------------------------------------------------------------------
49# | DRYRUN=  |  Date computations, | sys_Get    |  Exe    | sys_Put_Out; sys_Put_Rest |
50# |          |  Cp/Exe param files |            |  Chmod  |                           |
51# |          |      Qsub           |            |         |                           |
52# -------------------------------------------------------------------------------------
53# |    0     |       yes           |    yes     |  yes    |      yes                  |
54# -------------------------------------------------------------------------------------
55# |    1     |       yes           |    yes     |  yes    |      no                   |
56# -------------------------------------------------------------------------------------
57# |    2     |       yes           |    yes     |  no     |      no                   |
58# -------------------------------------------------------------------------------------
59# |    3     |       yes           |    no      |  no     |      no                   |
60# -------------------------------------------------------------------------------------
61
62#=====================================================
63# Global Variables :
64#=====================================================
65# Language : "fr" or "en"
66typeset -r MYLANG="fr"
67
68#=====================================================
69# Host and user names
70# $hostname ou hostname
71typeset  HOST=${HOST:=$( hostname )}
72# $username ou whoami
73typeset  LOGIN=${LOGIN:=$( whoami )}
74# $hostname of the MASTER job
75typeset -r MASTER=mercure
76
77#D-
78#D-#==================================================
79#D-Program used in libIGCM
80#D-#==================================================
81
82# rsync with path
83typeset -r RSYNC=/home/cont003/p86denv/SX_RSYNC/bin/rsync
84# RSYNC_opt args to rsync
85typeset -r RSYNC_opt="-va"
86# ie storage filesystem
87typeset -r RHOST=mercure
88
89#====================================================
90# Host specific DIRECTORIES
91#====================================================
92
93#====================================================
94#- R_EXE   (==> BIN_DIR = ${MODIPSL}/bin )
95typeset -r R_EXE="${MODIPSL}/bin"
96
97#====================================================
98#- SUBMIT_DIR : submission dir
99typeset SUBMIT_DIR=${SUBMIT_DIR:=${PBS_O_WORKDIR}}
100
101#====================================================
102#- ARCHIVE
103typeset -r ARCHIVE=${DMFDIR}
104
105# ============ CESIUM START ============ #
106
107#====================================================
108#- Mirror libIGCM from mercure to cesium if needed
109ROOTSYS=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"/" '{print $2}' )
110if [ ! ${ROOTSYS} = "home" ] ; then
111    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=true}
112else
113    typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
114fi
115
116#====================================================
117#- libIGCM_POST
118if ( ${MirrorlibIGCM} ) ; then
119    PATHlibIGCM=$( echo ${libIGCM} | gawk -F"${LOGIN}/" '{print $2}' | sed -e "s&/libIGCM&&" )
120    typeset -r libIGCM_POST=${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}/libIGCM
121else
122    typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
123fi
124
125# ============ CESIUM  END  ============ #
126
127#====================================================
128#- MirrorlibIGCM uncomment for frontend
129#typeset -r MirrorlibIGCM=${MirrorlibIGCM:=false}
130
131#====================================================
132#- libIGCM_POST uncomment for frontend
133#typeset -r libIGCM_POST=${libIGCM}
134
135#====================================================
136#- IN
137typeset -r R_IN=${R_IN:=/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM}
138
139#====================================================
140#- OUT
141typeset -r R_OUT=${ARCHIVE}/IGCM_OUT
142
143#====================================================
144#- OUT_POST
145typeset -r R_OUT_POST=${SCRATCHDIR}/IGCM_OUT
146
147#====================================================
148#- RUN_DIR_PATH : Temporary working directory (=> TMP)
149typeset -r RUN_DIR_PATH=${RUN_DIR_PATH:=${LOCALTMPDIR}}
150
151#====================================================
152#- BIG_DIR : BIG_DIR to store files waiting for rebuild
153typeset -r BIG_DIR=${BIG_DIR:=${SCRATCHDIR}/REBUILD}
154
155#====================================================
156#- HOST_MPIRUN_COMMAND
157typeset -r HOST_MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND:="mpirun"}
158
159#====================================================
160#- Max number of arguments passed to nco operator or demigration command
161UNIX_MAX_LIMIT=360
162
163#D-#==================================================
164#D-function IGCM_sys_RshArchive
165#D-* Purpose: Archive rsh command
166#D-* Examples:
167#D-
168function IGCM_sys_RshArchive {
169    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshArchive" $@
170    /bin/ksh <<-EOF
171${@}
172EOF
173    if [ $? -gt 0 ] ; then
174        echo "IGCM_sys_RshArchive : erreur."
175        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshArchive"
176    fi
177    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshArchive"
178}
179
180#D-#==================================================
181#D-function IGCM_sys_RshPost
182#D-* Purpose: Post-process rsh command
183#D-* Examples:
184#D-
185function IGCM_sys_RshPost {
186    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_RshPost" $@
187    if ( $DEBUG_sys ) ; then
188        echo "IGCM_sys_RshPost :" $@
189    fi
190
191# ============ CESIUM START ============ #
192    typeset NB_ESSAI DELAI status i
193    # keep standard input for the loop onto temporary file
194    cat >tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
195    # number of tentative
196    NB_ESSAI=10
197    # time delay between tentative
198    DELAI=10
199    (( i = 0 ))
200    while [ $i -lt $NB_ESSAI ] ; do
201        ssh -t mercure01 ssh cesium /bin/ksh <tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
202        status=$?
203        if [ ${status} -gt 0 ]; then
204            IGCM_debug_Print 2 "IGCM_sys_RshPost : ssh failed ${i}/${NB_ESSAI}"
205            IGCM_debug_Print 2 "IGCM_sys_RshPost : sleep ${DELAI} seconds and try again."
206            sleep $DELAI
207        else
208            break
209        fi
210        (( i = i + 1 ))
211    done 
212    # delete temporary file
213    /bin/rm tmp_IGCM_sys_RshPost_$$
214# ============ CESIUM  END  ============ #
215
216# Uncomment for frontend
217#    /bin/ksh ${@}
218#    if [ $? -gt 0 ] ; then
219#       echo "IGCM_sys_RshPost : erreur."
220#       IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_RshPost"
221#    fi
222
223    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_RshPost"
224}
225
226#D-#==================================================
227#D-function IGCM_sys_SendMail
228#D-* Purpose: Send mail when simulation is over
229#D-* Examples:
230#D-
231function IGCM_sys_SendMail {
232    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_SendMail" $@
233    if ( $DEBUG_sys ) ; then
234        echo "IGCM_sys_SendMail :" $@
235    fi
236
237    cat  << END_MAIL > job_end.mail
238Dear ${LOGIN},
239
240  Simulation ${config_UserChoices_JobName} is finished on supercomputer `hostname`.
241  Job started : ${DateBegin}
242  Job ended   : ${DateEnd}
243  Ouput files are available in ${R_SAVE}
244  Script files and Script Outputs are available in ${SUBMIT_DIR}
245END_MAIL
246
247    if  [ X"${config_UserChoices_MailName}" != X ] ; then
248       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${config_UserChoices_MailName} <  job_end.mail
249    elif [ -f ~/.forward ] ; then
250       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" $( cat ~/.forward ) < job_end.mail
251    else
252       mailx -s "${config_UserChoices_JobName} completed" ${LOGIN} < job_end.mail
253    fi
254
255    if [ $? -gt 0 ] ; then
256        echo "IGCM_sys_SendMail : erreur."
257        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_SendMail"
258    fi
259    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_SendMail"
260}
261
262#D-#==================================================
263#D-function IGCM_sys_Mkdir
264#D-* Purpose: Master locale mkdir command
265#D-* Examples:
266#D-
267function IGCM_sys_Mkdir {
268    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mkdir" $@
269    if ( $DEBUG_sys ) ; then
270        echo "IGCM_sys_Mkdir :" $@
271    fi
272    if [ ! -d ${1} ]; then
273        \mkdir -p $1
274        if [ $? -gt 0 ] ; then
275            echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
276            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
277        fi
278    fi
279    # vérification :
280    if [ ! -d ${1} ] ; then
281        echo "IGCM_sys_Mkdir : erreur."
282        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mkdir"
283    fi
284    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mkdir"
285}
286
287#D-#==================================================
288#D-function IGCM_sys_MkdirArchive
289#D-* Purpose: Mkdir on Archive
290#D-* Examples:
291#D-
292function IGCM_sys_MkdirArchive {
293    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirArchive" $@
294    if ( $DEBUG_sys ) ; then
295        echo "IGCM_sys_MkdirArchive :" $@
296    fi
297    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
298    if [ ! -d ${1} ]; then 
299        \mkdir -p $1
300        if [ $? -gt 0 ] ; then
301            echo "IGCM_sys_MkdirArchive : erreur."
302            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirArchive"
303        fi
304    fi
305    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirArchive"
306}
307
308#D-#==================================================
309#D-function IGCM_sys_MkdirWork
310#D-* Purpose: Mkdir on Work
311#D-* Examples:
312#D-
313function IGCM_sys_MkdirWork {
314    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_MkdirWork" $@
315    if ( $DEBUG_sys ) ; then
316        echo "IGCM_sys_MkdirWork :" $@
317    fi
318    #- creation de repertoire sur le serveur fichier
319    if [ ! -d ${1} ]; then 
320        \mkdir -p $1
321        if [ $? -gt 0 ] ; then
322            echo "IGCM_sys_MkdirWork : erreur."
323            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_MkdirWork"
324        fi
325    fi
326    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_MkdirWork"
327}
328
329#D-#==================================================
330#D-function IGCM_sys_Cd
331#D-* Purpose: master cd command
332#D-* Examples:
333#D-
334function IGCM_sys_Cd {
335    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cd" $@
336    if ( $DEBUG_sys ) ; then
337        echo "IGCM_sys_Cd :" $@
338    fi
339    \cd $1
340    if [ $? -gt 0 ] ; then
341        echo "IGCM_sys_Cd : erreur."
342        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cd"
343    fi
344    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cd"
345}
346
347#D-#==================================================
348#D-function IGCM_sys_Chmod
349#D-* Purpose: Chmod
350#D-* Examples:
351#D-
352function IGCM_sys_Chmod {
353    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Chmod" -- $@
354    if ( $DEBUG_sys ) ; then
355        echo "IGCM_sys_Chmod :" $@
356    fi
357    if [ $DRYRUN -le 1 ]; then
358        \chmod $@
359        if [ $? -gt 0 ] ; then
360            echo "IGCM_sys_Chmod : erreur."
361            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Chmod"
362        fi
363    else
364        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
365    fi
366    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Chmod"
367}
368
369#D-#==================================================
370#D-function IGCM_sys_FileSize
371#D-* Purpose: Filesize
372#D-* Examples:
373#D-
374function IGCM_sys_FileSize {
375    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FileSize" $@
376
377    typeset sizeF
378    set +A sizeF -- $( ls -la ${1} )
379    if [ $? -gt 0 ] ; then
380        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_FileSize"
381    fi
382    eval ${2}=${sizeF[4]}
383
384    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FileSize"
385}
386
387#D-#==================================================
388#D-function IGCM_sys_TestDir
389#D-* Purpose: Test Directory that must exists
390#D-* Examples:
391#D-
392function IGCM_sys_TestDir {
393    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDir" $@
394    if ( $DEBUG_sys ) ; then
395        echo "IGCM_sys_TestDir :" $@
396    fi
397    typeset ExistFlag
398    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
399    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDir"
400
401    return ${ExistFlag}
402}
403
404#D-#==================================================
405#D-function IGCM_sys_TestDirArchive
406#D-* Purpose: Test Directory that must exists on Archive
407#D-* Examples:
408#D-
409function IGCM_sys_TestDirArchive {
410    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestDirArchive" $@
411    if ( $DEBUG_sys ) ; then
412        echo "IGCM_sys_TestDirArchive :" $@
413    fi
414    typeset ExistFlag
415    ExistFlag=$( [ -d $1 ] && echo 0 || echo 1 )
416    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestDirArchive"
417
418    return ${ExistFlag}
419}
420
421#D-#==================================================
422#D-function IGCM_sys_TestFileArchive
423#D-* Purpose: Test file that must NOT EXISTS on Archive
424#D-* Examples:
425#D-
426function IGCM_sys_TestFileArchive {
427    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_TestFileArchive" $@
428    typeset ExistFlag
429    ExistFlag=$( [ -f $1 ] && echo 0 || echo 1 )
430    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_TestFileArchive"
431
432    return ${ExistFlag}
433}
434
435#D-#==================================================
436#D-function IGCM_sys_CountFileArchive
437#D-* Purpose: Count files on Archive filesystem
438#D-* Examples:
439#D-
440function IGCM_sys_CountFileArchive {
441    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_CountFileArchive" $@
442    ls ${@} 2>/dev/null | wc -l
443    if [ $? -gt 0 ] ; then
444        echo "IGCM_sys_CountFileArchive : erreur."
445    fi
446    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_CountFileArchive"
447}
448
449#D-#==================================================
450#D-function IGCM_sys_Tree
451#D-* Purpose: Tree directories with files on ${ARCHIVE}
452#D-* Examples: IGCM_sys_Tree ${R_IN} ${R_OUT}
453#D-
454function IGCM_sys_Tree {
455    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tree" $@
456    if ( $DEBUG_sys ) ; then
457        echo "IGCM_sys_Tree :" $@
458    fi
459
460    \ls -lR ${@}
461
462    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tree"
463}
464
465#D-#==================================================
466#D-function IGCM_sys_Tar
467#D-* Purpose: master un-tar command
468#D-* Examples:
469#D-
470function IGCM_sys_Tar {
471    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Tar" $@
472    if ( $DEBUG_sys ) ; then
473        echo "IGCM_sys_Tar :" $@
474    fi
475    \tar xvf $1
476    if [ $? -gt 0 ] ; then
477        echo "IGCM_sys_Tar : erreur."
478        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Tar"
479    fi
480    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Tar"
481}
482
483#D-#==================================================
484#D-function IGCM_sys_UnTar
485#D-* Purpose: master un-tar command
486#D-* Examples:
487#D-
488function IGCM_sys_UnTar {
489    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_UnTar" $@
490    if ( $DEBUG_sys ) ; then
491        echo "IGCM_sys_UnTar :" $@
492    fi
493    \tar xvf $1
494    if [ $? -gt 0 ] ; then
495        echo "IGCM_sys_UnTar : erreur."
496        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_UnTar"
497    fi
498    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_UnTar"
499}
500
501#D-#==================================================
502#D-function IGCM_sys_Qsub
503#D-* Purpose: Qsub new job
504#D-* Examples:
505#D-
506function IGCM_sys_Qsub {
507    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Qsub" $@
508    if ( $DEBUG_sys ) ; then
509        echo "IGCM_sys_Qsub :" $@
510    fi
511    /usr/bin/nqsII/qsub -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} < $1
512    if [ $? -gt 0 ] ; then
513        echo "IGCM_sys_Qsub : erreur -o ${Script_Output} -N ${config_UserChoices_JobName}.${CumulPeriod} $@."
514        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Qsub"
515    fi
516    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Qsub"
517}
518
519#D-#==================================================
520#D-function IGCM_sys_QsubPost
521#D-* Purpose: Qsub new job on scalaire
522#D-* Examples:
523#D-
524function IGCM_sys_QsubPost {
525    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_QsubPost" $@
526    if ( $DEBUG_sys ) ; then
527        echo "IGCM_sys_QsubPost :" $@
528    fi
529    # ============ CESIUM START ============ #
530    typeset NB_ESSAI DELAI status i
531    # number of tentative
532    NB_ESSAI=10
533    # time delay between tentative
534    DELAI=10
535    (( i = 0 ))
536    while [ $i -lt $NB_ESSAI ] ; do
537        /usr/local/bin/ccc_msub -o ${POST_DIR}/${Script_Post_Output}.out -e ${POST_DIR}/${Script_Post_Output}.e.out -E "-v ${listVarEnv}" ${libIGCM_POST}/$1.job
538        status=$?
539        if [ ${status} -gt 0 ];
540        then
541            sleep $DELAI
542        else
543            break
544        fi
545        (( i = i + 1 ))
546    done 
547    # ============ CESIUM  END  ============ #
548    #/usr/bin/nqsII/qsub -o ${POST_DIR}/$1.${PeriodDateEnd}.out ${libIGCM}/$1.job -v ${listVarEnv}
549    if [ $? -gt 0 ] ; then
550        echo "IGCM_sys_QsubPost : erreur " $@
551        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_QsubPost"
552    fi
553    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_QsubPost"
554}
555
556#D-*************************
557#D- File transfer functions
558#D-*************************
559#D-
560
561#D-#==================================================
562#D-function IGCM_sys_Rsync_out
563#D-* Purpose: treat return val of rsync
564#D-* Examples: IGCM_sys_Rsync_out out_RET_rsync
565#D-  Error values and explanations can depend on your system version.
566function IGCM_sys_Rsync_out {
567    RET=$1
568    if [ ! $RET ] ; then
569        echo "rsync error !"
570    fi
571
572    if [ $MYLANG = "fr" ]; then
573        case $RET in
574            0)  return ;;
575            1)  echo "Erreur de rsync ; RERR_SYNTAX : "
576                echo "Erreur de syntaxe ou d'utilisation."
577                return;;
578            2)  echo "Erreur de rsync ; RERR_PROTOCOL : "
579                echo "Incompatibilité de protocole."
580                return;;
581            3)  echo "Erreur de rsync ; RERR_FILESELECT 3"
582                echo "Erreurs  lors  de  la  sélection des fichiers d'entrée sortie et"
583                echo "répertoires"
584                return;;
585            4)  echo "Erreur de rsync ; RERR_UNSUPPORTED"
586                echo "Action demandée non supportée : une tentative de manipulation de"
587                echo "fichiers  64-bits  sur une plate-forme qui ne les supporte pas a"
588                echo "été faite ; ou une option qui est supportée par le  client  mais"
589                echo "pas par le serveur a été spécifiée."
590                return;;
591            10) echo "Erreur de rsync ; RERR_SOCKETIO"
592                echo "Erreur dans le socket d'entrée sortie"
593                return;;
594            11) echo "Erreur de rsync ; RERR_FILEIO"
595                echo "Erreur d'entrée sortie fichier"
596                return;;
597            12) echo "Erreur de rsync ; RERR_STREAMIO"
598                echo "Erreur dans flux de donnée du protocole rsync"
599                return;;
600            13) echo "Erreur de rsync ; RERR_MESSAGEIO"
601                echo "Erreur avec les diagnostics du programme"
602                return;;
603            14) echo "Erreur de rsync ; RERR_IPC"
604                echo "Erreur dans le code IPC"
605                return;;
606            20) echo "Erreur de rsync ; RERR_SIGNAL"
607                echo "SIGUSR1 ou SIGINT reçu"
608                return;;
609            21) echo "Erreur de rsync ; RERR_WAITCHILD"
610                echo "Une erreur retournée par waitpid()"
611                return;;
612            22) echo "Erreur de rsync ; RERR_MALLOC"
613                echo "Erreur lors de l'allocation des tampons de mémoire de coeur"
614                return;;
615            23) echo ""
616                echo "Erreur fichier inexistant"
617                return;;
618            30) echo "Erreur de rsync ; RERR_TIMEOUT"
619                echo "Temps d'attente écoulé dans l'envoi/réception de données"
620                return;;
621            *)  echo "Erreur de rsync : code de retour de rsync inconnu :" $RET
622                return;;
623        esac
624    elif [ $MYLANG = "en" ] ; then
625        case $RET in
626            0)  return;;               
627            1)  echo "rsync error : Syntax or usage error "
628                return;;
629            2)  echo "rsync error : Protocol incompatibility "
630                return;;
631            3)  echo "rsync error : Errors selecting input/output files, dirs"
632                return;;
633            4)  echo "rsync error : Requested action not supported: an attempt"
634                echo "was made to manipulate 64-bit files on a platform that cannot support"
635                echo "them; or an option was specified that is supported by the client and"
636                echo "not by the server."
637                return;;
638            5)  echo "rsync error : Error starting client-server protocol"
639                return;;
640            10) echo "rsync error : Error in socket I/O "
641                return;;
642            11) echo "rsync error : Error in file I/O "
643                return;;
644            12) echo "rsync error : Error in rsync protocol data stream "
645                return;;
646            13) echo "rsync error : Errors with program diagnostics "
647                return;;
648            14) echo "rsync error : Error in IPC code "
649                return;;
650            20) echo "rsync error : Received SIGUSR1 or SIGINT "
651                return;;
652            21) echo "rsync error : Some error returned by waitpid() "
653                return;;
654            22) echo "rsync error : Error allocating core memory buffers "
655                return;;
656            23) echo "rsync error : Partial transfer due to error"
657                return;;
658            24) echo "rsync error : Partial transfer due to vanished source files"
659                return;;
660            30) echo "rsync error : Timeout in data send/receive "
661                return;;
662            *)  echo "rsync error : return code of rsync unknown :" $RET
663                return;;
664        esac
665    else
666        echo "unknown language $MYLANG."
667        return
668    fi
669}
670   
671
672#D-#==================================================
673#D-function IGCM_sys_Miror_libIGCM
674#D-* Purpose: Mirror libIGCM PATH and lib to cesium
675#D-* Examples:
676#D-
677function IGCM_sys_Mirror_libIGCM {
678    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
679    if ( $DEBUG_sys ) ; then
680        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
681    fi
682
683    typeset RET DEST
684
685    mkdir -p ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM}
686
687    echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} > out_rsync 2>&1
688    ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${libIGCM} ${HOME}/MIRROR/${PATHlibIGCM} >> out_rsync 2>&1
689    RET=$?
690
691    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
692        echo "IGCM_sys_Mirror_libIGCM Warning : no libIGCM on cesium."
693        cat out_rsync
694    fi
695    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mirror_libIGCM"
696}
697
698#====================================================
699#- Call IGCM_sys_Mirror_libIGCM now !
700if ( $MirrorlibIGCM ) ; then
701    IGCM_sys_Mirror_libIGCM
702fi
703
704#D-#==================================================
705#D-function IGCM_sys_Cp
706#D-* Purpose: generic cp
707#D-* Examples:
708#D-
709function IGCM_sys_Cp {
710    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Cp" $@
711    if ( $DEBUG_sys ) ; then
712        echo "IGCM_sys_Cp :" $@
713    fi
714
715    typeset RET
716
717    echo cp $@ > out_rsync 2>&1
718    \cp $@ >> out_rsync 2>&1
719    RET=$?
720
721    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
722        echo "IGCM_sys_Cp : error."
723        cat out_rsync
724        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Cp"
725     else
726         \rm out_rsync
727    fi
728    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Cp"
729}
730
731#D-#==================================================
732#D-function IGCM_sys_Rm
733#D-* Purpose: generic rm
734#D-* Examples:
735#D-
736function IGCM_sys_Rm {
737    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Rm" -- $@
738    if ( $DEBUG_sys ) ; then
739        echo "IGCM_sys_Rm :" $@
740    fi
741
742    typeset RET
743
744    echo rm $@ > out_rsync 2>&1
745    \rm $@ >> out_rsync 2>&1
746    RET=$?
747
748    if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
749        echo "IGCM_sys_Rm : error."
750        cat out_rsync
751        IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Rm"
752    else
753        \rm out_rsync
754    fi
755    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Rm"
756}
757
758#D-#==================================================
759#D-function IGCM_sys_Mv
760#D-* Purpose: generic move
761#D-* Examples:
762#D-
763function IGCM_sys_Mv {
764    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Mv" $@
765    if ( $DEBUG_sys ) ; then
766        echo "IGCM_sys_Mv :" $@
767    fi
768
769    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
770
771        typeset RET
772           
773        echo mv $@ > out_rsync 2>&1
774        \mv $@ >> out_rsync 2>&1
775        RET=$?
776   
777        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
778            echo "IGCM_sys_Mv : error in mv."
779            cat out_rsync
780            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Mv"
781        else
782            \rm out_rsync
783        fi
784    else
785        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
786    fi
787
788    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Mv"
789}
790
791#D-#==================================================
792#D-function IGCM_sys_Put_Dir
793#D-* Purpose: Copy a complete directory on $(ARCHIVE)
794#D-* Examples:
795#D-
796function IGCM_sys_Put_Dir {
797    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Dir" $@
798    if ( $DEBUG_sys ) ; then
799        echo "IGCM_sys_Put_Dir :" $@
800    fi
801    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
802        if [ ! -d ${1} ] ; then
803            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
804            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
805            return
806        fi
807
808        typeset RET
809
810        # Only if we use rsync
811        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
812        #
813        #USUAL WAY
814        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
815        RET=$?
816
817        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
818            echo "IGCM_sys_Put_Dir : error."
819            cat out_rsync
820            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Dir"
821        else
822            \rm out_rsync
823        fi
824    else
825        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
826    fi
827    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Dir"
828}
829
830#D-#==================================================
831#D-function IGCM_sys_Get_Dir
832#D-* Purpose: Copy a complete directory from $(ARCHIVE)
833#D-* Examples:
834#D-
835function IGCM_sys_Get_Dir {
836    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get_Dir" $@
837    if ( $DEBUG_sys ) ; then
838        echo "IGCM_sys_Get_Dir :" $@
839    fi
840    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
841        if [ ! -d ${1} ] ; then
842            echo "WARNING : IGCM_sys_Get_Dir ${1} DOES NOT EXIST ."
843            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
844            return
845        fi
846
847        typeset RET
848
849        # Only if we use rsync
850        #IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
851        #
852        #USUAL WAY
853        \cp -r $1 $2 > out_rsync 2>&1
854        RET=$?
855
856        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
857            echo "IGCM_sys_Get_Dir : error."
858            cat out_rsync
859            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get_Dir"
860        else
861            \rm out_rsync
862        fi
863    else
864        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
865    fi
866    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get_Dir"
867}
868
869#D-#==================================================
870#D-function IGCM_sys_Put_Rest
871#D-* Purpose: Put computied restarts on $(ARCHIVE).
872#D-           File and target directory must exist.
873#D-* Examples:
874#D-
875function IGCM_sys_Put_Rest {
876    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Rest" $@
877    if ( $DEBUG_sys ) ; then
878        echo "IGCM_sys_Put_Rest :" $@
879    fi
880    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
881        if [ ! -f ${1} ] ; then
882            echo "ERROR : IGCM_sys_Put_Rest ${1} DOES NOT EXIST ."
883            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
884        fi
885
886        typeset RET
887        #
888        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
889            IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
890        fi
891        #
892        IGCM_sys_TestDirArchive $( dirname $2 )
893        #
894        # USUAL WAY
895        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
896        RET=$?
897
898#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
899#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
900#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
901
902#       #RSYNC WITH NFS USE
903#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
904#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
905
906#       RET=$?
907#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
908
909#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
910#       (( RET=RET+$? ))
911
912        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
913            echo "IGCM_sys_Put_Rest : error."
914            cat out_rsync
915            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Rest"
916        else
917            \rm out_rsync
918        fi
919    else
920        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
921    fi
922    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Rest"
923}
924
925#D-#==================================================
926#D-function IGCM_sys_Put_Out
927#D-* Purpose: Copy a file on $(ARCHIVE) after have chmod it in readonly
928#D-* Examples:
929#D-
930function IGCM_sys_Put_Out {
931    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Put_Out" $@
932    if ( $DEBUG_sys ) ; then
933        echo "IGCM_sys_Put_Out :" $@
934    fi
935    if [ $DRYRUN = 0 ]; then
936        if [ ! -f ${1} ] ; then
937            echo "WARNING : IGCM_sys_Put_Out ${1} DOES NOT EXIST ."
938            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
939            return 1
940        fi
941        #
942        IGCM_sys_MkdirArchive $( dirname $2 )
943        #
944        typeset RET
945
946        #=====================================================
947        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
948        #=====================================================
949
950        #echo ${2} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
951        #if [ $? -eq 0 ] ; then
952        #    typeset WORKPATH FILEPATH
953        #    WORKPATH=$( dirname $2 | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
954        #    IGCM_sys_MkdirWork ${WORKPATH}
955        #    FILEPATH=${WORKPATH}/$( basename $2 )
956        #    #
957        #    IGCM_sys_Cp ${1} ${FILEPATH}
958        #fi
959
960        if [ X${JobType} = XRUN ] ; then
961            if [ X${3} = X ] ; then
962                IGCM_sys_Chmod 444 ${1}
963            fi
964        fi
965        #
966        # USUAL WAY
967        putfer $1 $2 > out_rsync 2>&1
968        RET=$?
969
970#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
971#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} > out_rsync 2>&1
972#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RUN_DIR}/$1 ${RHOST}:${2} >> out_rsync 2>&1
973
974#       #RSYNC WITH NFS USE
975#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} > out_rsync 2>&1
976#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${RUN_DIR}/$1 ${2} >> out_rsync 2>&1
977
978#       RET=$?
979#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
980
981#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
982#       (( RET=RET+$? ))
983
984        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
985            echo "IGCM_sys_Put_Out : error."
986            cat out_rsync
987            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Put_Out"
988        else
989            \rm out_rsync
990        fi
991    else
992        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
993    fi
994    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Put_Out"
995    return 0
996}
997
998#D-#==================================================
999#D-function IGCM_sys_Get
1000#D-* Purpose: Get a file from ${ARCHIVE}
1001#D-* Examples: IGCM_sys_Get myfile /destpath/myfile_with_PREFIX
1002#D-            IGCM_sys_Get /l Array_contain_myfiles /destpath/
1003function IGCM_sys_Get {
1004    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_Get" $@
1005
1006    typeset DEST RET dm_liste ifile target file_work
1007
1008    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1009        echo "IGCM_sys_Get :" $@
1010    fi
1011    if [ $DRYRUN -le 2 ]; then
1012        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1013            # test if the first file is present in the old computation :
1014            eval set +A dm_liste \${${2}}
1015        else
1016            eval set +A dm_liste ${1}
1017        fi
1018        eval DEST=\${${#}}
1019
1020        #=====================================================
1021        #         COMMENT OUT DOUBLE COPY ON SCRATCHDIR
1022        #=====================================================
1023
1024        # Is it an R_OUT file (not R_IN) ?
1025        #echo ${dm_liste[0]} | grep "${R_OUT}" > /dev/null 2>&1
1026        #if [ $? -eq 0 ] ; then
1027        #    # Yes  ? then we try to get it in SCRATCHDIR
1028        #    set +A file_work $( echo ${dm_liste[*]} | sed -e "s|${R_OUT}|${R_OUT_SCR}|" )
1029        #    if [ -f ${file_work[0]} ] ; then
1030        #       IGCM_sys_Cp ${file_work[*]} ${DEST}
1031        #       IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1032        #       return
1033        #    fi
1034        #fi
1035
1036        # test if the (first) file is present in the old computation :
1037        IGCM_sys_TestFileArchive ${dm_liste[0]}
1038        RET=$?
1039        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1040            echo "IGCM_sys_Get, ERROR : regular file ${dm_liste[0]} DOES NOT EXIST ."
1041            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1042            IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1043            return
1044        fi
1045
1046        dmget ${dm_liste[*]} > out_rsync 2>&1
1047        RET=$?
1048        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1049            echo "IGCM_sys_Get : demigration error."
1050            cat out_rsync
1051            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1052        fi
1053
1054        #USUAL WAY
1055        if [ X${1} = X'/l' ] ; then
1056            (( RET=0 ))
1057            for target in ${dm_liste[*]} ; do
1058                local_file=$( basename ${target} )
1059                \cp ${target} ${DEST}/${local_file} >> out_rsync 2>&1
1060                (( RET = RET + $? ))
1061            done
1062        else
1063            \cp ${dm_liste} ${DEST} >> out_rsync 2>&1
1064            RET=$?
1065        fi
1066
1067#       #RSYNC WITH NETWORK SSH CALL
1068#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1069#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} -e ssh ${RHOST}:"${dm_liste}" ${RHOST}:${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1070
1071#       #RSYNC WITH NFS USE
1072#       echo ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} > out_rsync 2>&1
1073#       ${RSYNC} ${RSYNC_opt} ${dm_liste} ${RUN_DIR}/${DEST} >> out_rsync 2>&1
1074
1075#       RET=$?
1076#       IGCM_sys_Rsync_out $RET
1077
1078#       ${libIGCM}/libIGCM_sys/IGCM_analyse_rsync_out.awk out_rsync
1079#       (( RET=RET+$? ))
1080
1081        if [ ${RET} -gt 0 ] ; then
1082            echo "IGCM_sys_Get : copy error."
1083            cat out_rsync
1084            IGCM_debug_Exit "IGCM_sys_Get"
1085        else
1086            \rm out_rsync
1087        fi
1088    else
1089        ( ${DEBUG_debug} ) && echo "DRYRUN mode = " $DRYRUN >> stack
1090    fi
1091    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_Get"
1092}
1093
1094############################################################## A FINIR !!
1095
1096#D-#==================================================
1097#D-function IGCM_sys_GetDate_FichWork
1098#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem WORK
1099#D-* Examples:
1100#D-
1101function IGCM_sys_GetDate_FichWork {
1102    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichWork" $@
1103    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1104        echo "IGCM_sys_GetDate_FichWork :" $@
1105    fi
1106    # donne la date filesys d'un fichier sur la machine work
1107    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichWork"
1108}
1109
1110#D-#==================================================
1111#D-function IGCM_sys_GetDate_FichArchive
1112#D-* Purpose: donne la date filesys d'un fichier sur le filesystem ARCHIVE
1113#D-* Examples:
1114#D-
1115function IGCM_sys_GetDate_FichArchive {
1116    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_FichArchive" $@
1117    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1118        echo "IGCM_sys_GetDate_FichArchive :" $@
1119    fi
1120    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_FichArchive"
1121}
1122
1123##############################################################
1124# REBUILD OPERATOR
1125
1126function IGCM_sys_rebuild {
1127    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_rebuild" -- $@
1128    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1129        echo "IGCM_sys_rebuild :" $@
1130    fi
1131    /home/cont003/p86ipsl/SX8/bin/rebuild -f -o $@
1132    if [ $? -gt 0 ] ; then
1133       echo "IGCM_sys_rebuild : erreur ${@}."
1134       IGCM_debug_Exit "rebuild"
1135    fi
1136
1137    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_rebuild"
1138}
1139
1140############################################################
1141# Activate Running Environnment Variables
1142
1143function IGCM_sys_activ_variables {
1144    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_activ_variables"
1145    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1146        echo "IGCM_sys_activ_variables"
1147    fi
1148
1149# --------------------------------------------------------------------
1150#D- MPI specifications
1151# --------------------------------------------------------------------
1152
1153#D-- MPISUSPEND
1154    export MPISUSPEND=${MPISUSPEND:=OFF}
1155
1156#D-- MPIPROGINF #other choices : ALL_DETAIL2
1157    export MPIPROGINF=ALL
1158#D- activate ftrace (with -ftrace)
1159    export F_FTRACE=YES
1160#D- communication information (with -ftrace)
1161    export MPICOMMINF=DETAIL
1162
1163# --------------------------------------------------------------------
1164#D- Other specifications
1165# --------------------------------------------------------------------
1166
1167#D- max number of character/line in output job
1168    export F_SYSLEN=5000
1169#D- number of error that can be admitted on the NEC
1170    export F_ERRCNT=0
1171#D- global performance
1172    export F_PROGINF=DETAIL
1173
1174#D- I/O performance (FORTRAN I/O only not netCDF)
1175    export F_FILEINF=${F_FILEINF:=NO}
1176#D- netCDF I/O performance
1177    export NC_FILEINF=${NC_FILEINF:=NO}
1178
1179    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_activ_variables"
1180}
1181
1182############################################################
1183# Desactivate Running Environnment Variables
1184
1185function IGCM_sys_desactiv_variables {
1186    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1187    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1188        echo "IGCM_sys_desactiv_variables"
1189    fi
1190# --------------------------------------------------------------------
1191#D- MPI specifications
1192# --------------------------------------------------------------------
1193
1194#D-- MPIPROGINF
1195    export MPIPROGINF=NO
1196
1197# --------------------------------------------------------------------
1198#D- Other specifications
1199# --------------------------------------------------------------------
1200
1201#D- global performance
1202    export F_PROGINF=NO 
1203
1204    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_desactiv_variables"
1205}
1206
1207############################################################
1208# Build run file
1209
1210function IGCM_sys_build_run_file {
1211    IGCM_debug_PushStack "IGCM_sys_build_run_file" $@
1212    if ( $DEBUG_sys ) ; then
1213        echo "IGCM_sys_build_run_file " $@
1214    fi
1215    (( NUM_PROC_ATM = BATCH_NUM_PROC_TOT - 1 ))
1216    (( NUM_PROC_OASIS = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1217    (( NUM_PROC_OCE = BATCH_NUM_PROC_TOT - NUM_PROC_ATM ))
1218   
1219    if [ $1 = MPI2 ]; then
1220        cat <<EOF > run_file
1221-p 1 -np 1 -e ./oasis
1222EOF
1223        (( NUM_PROCESS = BATCH_NUM_PROC_TOT + 1 ))
1224        config_UserChoices_JobRunOptions='"-max_np ${NUM_PROCESS} -f"'
1225
1226    elif [ $1 = MPI1 ]; then
1227        cat <<EOF > run_file
1228-p $NUM_PROC_OASIS -e ./oasis
1229-p $NUM_PROC_ATM -e ./lmdz.x
1230-p $NUM_PROC_OCE -e ./opa.xx
1231EOF
1232 
1233    fi
1234
1235    IGCM_debug_PopStack "IGCM_sys_build_run_file"
1236 
1237}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.