wiki:IGCMG/libIGCM/ExempleAjoutLMD144142

Exemple d'ajout de la résolution LMD144142 au couplé IPSLCM4_v1_OASIS3

TableOfContents?(3)

But

Cette page décrit les actions effectuées pour ajouter la résolution ORCA2xLMD144142 au couplé IPSLCM4_v1_OASIS3. Il s'agit de réaliser une simulation de 10 ans, avec production d'atlas à partir d'un restart de la simulation VV20 au 30 12 1949.

La prochaine étape concernera la mise au propre des nouveaux scripts pour la configuration IPSLCM4_v2_PAR.

Compilation

Rien de spécial pour la compilation vis à vis des nouveaux scripts. Juste les étapes nécessaires pour cette résolution supplémentaire:

  • La cible ORCA2xLMD144142 a été ajoutée au fichier IPSLCM4_v1_OASIS3/AA_make
  • Les sources modifiés dans LMDZ :
    • LMDZ : LMDZ4/libf/phylmd/readsulfate.F ligne 106-107 pour faire un contrôle actuel 
              IF (iyr .lt. 4850) THEN
           cyear='1980'}}}
  * LMDZ : LMDZ4/libf/filtrez/parafilt.h (à automatiser?)
 {{{
c 144 142 19 non-zoom:
       PARAMETER (nfilun=24, nfilus=23, nfilvn=24, nfilvs=24)}}}
  * LMDZ : Commenter dans LMDZ4/libf/phylmd/interface_surf.F90 la lecture du fichier iceberg (obsolète)
 {{{
!!    open (12,file='flux_iceberg',form='formatted',status='old')
!!    read (12,*) coeff_iceberg
!!    close (12)}}}

 /!\ et ORCHIDEE en version "beton". Récupération du fichier tar 
 {{{
wget http://www.lmd.jussieu.fr/~hourdin/PATCH_LMDZ4OR_G95/orchidee_beton.tar.gz 
}}}

 /!\ et prendre makegcm avec brodie là : 
 {{{
cp /home/rech/ces/rces452/TEST_SX8/modipsl/modeles/LMDZ4/makegcm .
cp /home/rech/ces/rces452/TEST_SX8/modipsl/modeles/LMDZ4/create_make_gcm .
}}}

= Fichiers d'entrée =
== Description de la simulation ==

La description de la simulation est à décrire dans le fichier config.card.

Pour partir d'une simulation réalisée avec l'ancienne nomenclature de fichiers, il faut :
 * utiliser le fichier config.card.!OldName
 * Créer dans l'ancienne nomenclature un lien vers les nouveaux noms de fichiers restart du coupleur. [[BR]]
 Par exemple à l'IDRIS pour un Restart depuis VV20 à la date du 30 12 1949 :
{{{
rhodes : cd $HOMEGAYA/SORTIES_CPL_IPSL/VV20/Cpl/Restart 
rhodes : ln -s VV20_flxatmos_19491230.nc VV20_19491230_flxat.nc
rhodes : ln -s VV20_sstocean_19491230.nc VV20_19491230_sstoc.nc
rhodes : ls *19491230*
lrwxr-x---    1 ...      25 Apr 24 12:09 VV20_19491230_flxat.nc -> VV20_flxatmos_19491230.nc
lrwxr-x---    1 ...      25 Apr 24 12:09 VV20_19491230_sstoc.nc -> VV20_sstocean_19491230.nc
-r--r--r--    1 ... 3131248 Apr 15 15:41 VV20_flxatmos_19491230.nc
-r--r--r--    1 ... 1519344 Apr 15 15:41 VV20_sstocean_19491230.nc
}}}


== Les fichiers texte ==
Les fichiers d'entrée de type texte ont été ajoutés au répertoire : IPSLCM4_v1_OASIS3/EXP00/PARAM.
Voir [http://forge.ipsl.jussieu.fr/cgi-bin/viewvc.cgi/IPSLCM4_v1_OASIS3/EXP00/PARAM/?hideattic=0&root=ioipsl&pathrev=CHILI les fichiers *144142*]

Pour les nouveaux scripts, la namelist de l'océan doit déjà être au format F90.
/!\ Le fichier namelist ne dépend que de la résolution océanique. N'en garder qu'un par résolution océanique. Il faudra les doubler pour les couplés avec cycle du carbone (champs à échanger supplémentaire, par exemple). Même question pour les fichiers glace.

Pour ORCHIDEE "beton" il faut ajouter dans {{{orchidee.def}}} les 2 paramêtres :
{{{
RSOL_CSTE=33000.
RVEG_CSTE=0.5
}}}

== Les fichiers binaires ==

=== Conditions aux limites atmosphériques ===
Les fichiers d'entrée de l'atmosphère (SULFATE) sont stockés dans un répertoire commun. /!\ A noter : le fichier flux_iceberg est inutile et fait planter la simul à plus haute résolution si on utilise celui de LMD9671.

==== IDRIS ====
A l'IDRIS :
{{{
rhodes:/u/rces452/IGCM/BC/ATM/IPSLCM4_v1_OASIS3
|--LMD9671
|--LMD14496
|--ISCCP
|--IPCC
|--LMD7245
|--LMD144142
   |--HISTORIQUE -> /cache2/rces452/IPCC/IPSL_SO4/ORCA2xLMD144142/HISTORIQUE
}}}

==== CCRT ====
Au CCRT :

... à compléter ...

=== Conditions aux limites du coupleur ===

Les fichiers d'entrée du coupleur, poids et états intiaux sont stockés dans un répertoire commun. Ils sont créés par Olivier Marti.

==== IDRIS ====

A l'IDRIS :
{{{
rhodes:/u/rces452/IGCM/BC/CPL/IPSLCM4_v1_OASIS3
|--ORCA2xLMD144142  
   |--areas.nc
   |--masks.nc
   |--mozaic.wa2o.i4.r8 
   |--mozaic.wo2a.i4.r8
   |--grids.nc 
   |--mozaic.wa2o.calvin.i4.r8  
   |--mozaic.wa2o.runoff.i4.r8
|--ORCA2xLMD14496   
|--ORCA2xLMD4443    
|--ORCA2xLMD9671    
|--ORCA4xLMD4443    
|--ORCA4xLMD7245
}}}

==== CCRT ====

Au CCRT :

=== Les fichiers Restart ===

Pour une simulation en cours, les fichiers Restart sont rangés là :

{{{
IGCM_OUT/
`-- IPSLCM4_v1_OASIS3
    `-- TMONRUN
        |-- ATM
        |   `-- Restart
        |-- CPL
        |   `-- Restart
        |-- ICE
        |   `-- Restart
        |-- OCE
        |   `-- Restart
        `-- SRF
            `-- Restart
}}}

= Comparaison ancienne nomenclature / nouvelle nomenclature =

== Ancienne nomenclature ==

{{{
$HOMEGAYA/SORTIES_CPL_IPSL/VV20:
 |-- Atm
      |-- Analyse
            |-- MO2YE
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_histmth.nc
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_dynzon.nc
            |-- SE
                 |-- VV20_SE_1950_1959_dynzon.nc
                 |-- VV20_SE_1950_1959_histmth.nc
                 |-- ...
            |-- TS
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_BILS.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_NETTOP.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_PRECIP.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_TSOL.nc
                 |-- ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_CLDH.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_W500.nc
            |-- TS_YE
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_BILS.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES A LA MAIN TOUS LES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_W500.nc
      |-- Output
            |-- MO
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_dynzon.nc
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_histmth.nc
                 |-- ...
      |-- Restart
            |-- VV20_19500130_restart.nc
            |-- VV20_19500130_restartphy.nc
            |-- ...

 |-- Cpl
      |-- Output
            |-- MO
                 |-- VV20_19500101_19500130_cpl_oce_tau.nc
                 |-- VV20_19500101_19500130_cpl_oce_flx.nc
                 |-- VV20_19500101_19500130_cpl_oce_sst.nc
                 |-- VV20_19500101_19500130_cpl_atm_tauflx.nc
                 |-- VV20_19500101_19500130_cpl_atm_sst.nc
                 |-- ...
      |-- Restart
            |-- VV20_sstocean_19500130.nc
            |-- VV20_flxatmos_19500130.nc
            |-- ...
 |-- Exe
      |-- VV20_18600101_18600130_oasis
      |-- VV20_18600101_18600130_opa.xx
      |-- VV20_18600101_18600130_lmdz.x
      |-- VV20_18600101_18600130_create_etat0_limit.e
 |-- Lim
      |-- Analyse
            |-- MO2YE
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_icemod.nc
                 |-- ...
            |-- SE
                 |-- VV20_SE_1950_1959_icemod.nc
                 |-- ...
            |-- TS
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_IICEVELU.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_IICEVELV.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_IICETHIC.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_ILEADFRA.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_ISNOWTHI.nc
            |-- TS_YE
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_IICETHIC.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES A LA MAIN TOUS LES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19591230_IICEVELV.nc
      |-- Output
            |-- MO
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_icemod.nc
                 |-- ...
      |-- Restart
            |-- VV20_19500130_restart_icemod
            |-- ...
 |-- More
      |-- Atlas
            |-- WWW
                  |-- VV20
                        |-- Images
                              |-- VV20-LEVITUS-DJF-SE_1950_1959.gif
                              |-- ...
                        |-- SE_1860_1869
                        |-- ...
                        |-- SE_1950_1959
                        |-- ...
      |-- Debug
            |-- VV20_19500101_19500130_namelist
            |-- VV20_19500101_19500130.ocean.output
            |-- VV20_19500101_19500130.solver.stat
            |-- VV20_19500101_19500130_ice_mouchard
            |-- VV20_19500101_19500130_ice_evolu
            |-- VV20_19500101_19500130_Oasis.prt
            |-- VV20_19500101_19500130_opa.xx.prt0
            |-- VV20_19500101_19500130_lmdz.x.prt0
            |-- VV20_19500101_19500130_cplout
            |-- ...
      |-- Monit
             |-- WWW
                   |-- Monitoring
                         |-- online.html
                         |-- online_bils_fig1.gif
                         |-- online_bils_fig1.info
                         |-- online_bils_fig1.jpg
                         |-- ...
      |-- Out
            |-- mo2st_sl_18600101_19501230.out
            |-- mo2ye_19500101_19501230.out
            |-- MONITOR__19501230.out
            |-- mo2se_1950_1959.out
            |-- atlas_cpl_1950_1959.out
            |-- atlas_cpl_ORCA_LIM2_1950_1959.out
            |-- atlas_cpl_LMDZOR_1950_1959.out
            |-- atlas_cpl_ORCA_LIM_1950_1959.out
            |-- ...

 |-- Oce
      |-- Analyse
            |-- MO2YE
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_grid_T.nc
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_grid_U.nc
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_grid_V.nc
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_grid_W.nc
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_diaznl.nc
                 |-- ...
            |-- SE
                 |-- VV20_SE_1950_1959_grid_T.nc
                 |-- VV20_SE_1950_1959_grid_U.nc
                 |-- VV20_SE_1950_1959_grid_V.nc
                 |-- VV20_SE_1950_1959_grid_W.nc
                 |-- VV20_SE_1950_1959_diaznl.nc
                 |-- ...
            |-- TS
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_IOWAFLUP.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_SOZANFSO.nc
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_SOSSTSST.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES 1 AN ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19761230_SOZONFHE.nc
            |-- TS_YE
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_IOWAFLUP.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES A LA MAIN TOUS LES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_SOZANFSO.nc
      |-- Output
            |-- MO
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_grid_U.nc
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_grid_V.nc
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_grid_W.nc
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_grid_T.nc
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_diaznl.nc
                 |-- ...
      |-- Restart
            |-- VV20_19500130_restart.nc
            |-- VV20_19500130_EMPave.dat
            |-- ...
 |-- Out
      |-- VV20_19500101_19500130_job_output
      |-- ...
 |-- Srf
      |-- Analyse
            |-- MO2YE
                 |-- VV20_m2y_1y_19500101_19501230_sechiba_out.nc
                 |--...
            |-- SE
                 |-- VV20_SE_1950_1959_sechiba.nc
                 |-- ...
            |-- TS
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_ALB_NIR.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_TSOL_MIN.nc
            |-- TS_YE
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_ALB_NIR.nc
                 |-- ... AUTRES VARIABLES A LA MAIN TOUS LES 10 ANS ...
                 |-- VV20_1m_18600101_19691230_TSOL_MIN.nc
      |-- Output
            |-- MO
                 |-- VV20_1m_19500101_19500130_sechiba_out.nc
                 |-- 1m_19500101_19500130_orchidee.def
                 |-- ...
      |-- Restart
            |-- VV20_19500130_sechiba_rest.nc
            |-- ...


}}}

== Nouvelle nomenclature ==

{{{
rhodes - /u/rech/psl/rpsl003/IGCM_OUT/IPSLCM4_v1_OASIS3/VC20 : find . -type d -print | tree
VC20
|--ATM
|  |--Output
|  |  |--MO
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_histmth.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_dyn_hist_ave.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_dynzon.nc
|  |  |--DA
          |-- VC20_19500101_19500130_1D_histday.nc
|  |  |--HF
          |-- VC20_19500101_19500130_HF_histhf.nc
|  |--Restart
        |-- VC20_19500130_restart.nc
        |-- VC20_19500130_restartphy.nc
|  |--Debug
        |-- VC20_19500101_19500130_lmdz.x.prt0
|--SRF
|  |--Output
|  |  |--MO
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_sechiba_history.nc
|  |--Restart
        |-- VC20_19500130_sechiba_rest.nc
|  |--Debug
|--OCE
|  |--Output
|  |  |--MO
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_grid_T.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_grid_U.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_grid_V.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_grid_W.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_diaznl.nc
|  |  |--DA
          |-- VC20_19500101_19500130_1D_grid_T.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1D_grid_U.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_1D_grid_V.nc
|  |--Restart
        |-- VC20_19500130_restart.nc
|  |--Debug
        |-- VC20_19500101_19500130_ocean.output
        |-- VC20_19500101_19500130_opa.xx.prt0
        |-- VC20_19500101_19500130_solver.stat
|--ICE
|  |--Output
|  |  |--MO
          |-- VC20_19500101_19500130_1M_icemod.nc
|  |--Restart
        |-- VC20_19500130_restart_icemod
|  |--Debug
        |-- VC20_19500101_19500130_ice_evolu
        |-- VC20_19500101_19500130_ice_mouchard
|--CPL
|  |--Output
|  |  |--MO
          |-- VC20_19500101_19500130_cpl_oce_tau.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_cpl_oce_flx.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_cpl_oce_sst.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_cpl_atm_sst.nc
          |-- VC20_19500101_19500130_cpl_atm_tauflx.nc
|  |--Restart
        |-- VC20_19500130_flxat.nc
        |-- VC20_19500130_sstoc.nc
|  |--Debug
        |-- VC20_19500101_19500130_out_oasis
        |-- VC20_19500101_19500130_cplout
        |-- VC20_19500101_19500130_Oasis.prt
|--Out
     |-- Script_Output_VC20.1
     |-- VC20_19500101_19500130_out_oasis
|--Exe
     |-- VC20_19500101_19500130_gcm.e
     |-- VC20_19500101_19500130_opa
     |-- VC20_19500101_19500130_oasis

}}}

= Le Job =

 * Pour ajouter la récupération des aérosols 1980 et .nat, il faut modifier le fichier lmdz.card. La partie !BoundaryFiles devient :
 {{{
[BoundaryFiles]
List=   ()
ListNonDel= (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1980.cdf, .),\
            (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run.nat.cdf, .),\
	    (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/ISCCP/tautab.formatted, .),\
	    (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/ISCCP/invtau.formatted, .)
}}}

= Execution =

 Dans le répertoire EXP00, la soumission du Job : 
{{{
qsub Job_VC20
}}}

== DRYRUN=3 ==
DRYRUN=3 permet de régler les namelist
  * format F90 des namelist
  * {{{rm run.card}}} pour relancer la même simulation une fois les corrections faites. 
  * Les sorties sont dans le même répertoire, fichier Script_Output_VC20.1

== DRYRUN=2 ==
DRYRUN=2 permet de régler les noms de fichiers
  * Restart
   * utiliser config.card.!OldName
   * faire le lien pour les 2 fichiers restart coupleur flxat.nc et sstoc.nc
  * iceberg_flux à enlever (dans le fichier lmdz.card)

== DRYRUN=1 ==
DRYRUN=1 permet de lancer les executions
Aucune anomaie repérée là.

== DRYRUN=0 ==
DRYRUN=0 permet un lancement complet.

 * Il FAUT supprimer les fichiers qui sont en accès lecture seule à ce moment là. Pour VV20 à l'IDRIS
{{{
rhodes - $HOMEGAYA/IGCM_OUT/IPSLCM4_v1_OASIS3/VC20 : find . -type f -exec rm {} \; 
}}}

 * L'exécution ne démarre pas... 

  * Ajouté récupération fichier out_oasis (dans oasis.card) pour avoir qq messages.
  * Pb a l'execution de lecture de fichier restart dynamique. 
 {{{
la valeur de im =****  lue sur le fichier de dem arrage est differente de la valeur parametree iim = 144
}}}
 Provient d'un souci de compilation -D_NCDOUBLE visiblement absent de LMDZ. Reprise makegcm là : 
 {{{
cp /home/rech/ces/rces452/TEST_SX8/modipsl/modeles/LMDZ4/makegcm .
cp /home/rech/ces/rces452/TEST_SX8/modipsl/modeles/LMDZ4/create_make_gcm .
}}}
 A corriger après.

 * Ca tourne!

= Le Post-traitement =

== Atmosphere ==

Extrait du fichier lmdz.card :

{{{
...
[OutputFiles]
List=	(histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      Post_1M_histmth), \
...
[Post_1M_histmth]
Patches= (Patch_20060710_ModifyUnits, Patch_20060710_AddModulo)
GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, t_ave_02592000)
MonitoringVars= (bils, nettop, precip, tsol)
TimeSeriesVars= (bils, cldh, cldl, cldm, cldq, cldt, evap, iwp, lwp, LWdnSFC, LWdnSFCclr, LWupSFCclr, LWdn200, LWdn200clr, LWup200, LWup200clr, nettop, nettop0, precip, prw, pluc, psol, q2m, sens, slp, snow, snow_mass, soll0, soll, sols0, sols, SWdnSFC, SWupSFC, SWup200, SWup200clr, SWdnTOA, SWupTOA, SWdn200, SWdn200clr, SWdnSFCclr, SWupSFCclr, SWupTOAclr, t2m, taux_ter, taux_sic, taux_lic, taux_oce, tauy_ter, tauy_sic, tauy_lic, tauy_oce, lat_ter, lat_sic, lat_lic, lat_oce, topl0, topl, tops0, tops, topsad, topsai, tsol, u10m, u500, uv10m_m, v10m, v500, w500)
}}}

== Ocean ==

Extrait du fichier opa.card :
{{{
...
[OutputFiles]
List=	(${PREFIX_MO}_grid_T.nc, ${R_OUT_OCE_O_M}/${PREFIX}_1M_grid_T.nc, Post_1M_grid_T),\
...
[Post_1M_grid_T]
Patches = 
GatherWithInternal = (nav_lon, nav_lat, deptht, time_counter)
MonitoringVars = (sosstsst, sossheig, sohefldo, sowaflup, sosaline, soicecov)
TimeSeriesVars = (iowaflup, sohtc300, sohefldo, soicecov, somxl010, sorunoff, sosaline, sossheig, sosstsst, sowaflep, sowaflcd, sowaflup)
}}}
}}}
}}}
Last modified 16 years ago Last modified on 04/10/08 11:07:07