Changes between Initial Version and Version 1 of Doc/Config/NEMO


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trac
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  • Doc/Config/NEMO

    v1 v1  
     1{{{ 
     2#!html 
     3<h1>The NEMO configurations </h1> 
     4}}} 
     5---- 
     6[[PageOutline(1-2,Table of contents,,numbered)]] 
     7 
     8Person in charge: Christian Ethé 
     9---- 
     10 
     11 
     12# 0. NEMO configurations # 
     13 
     14The forced NEMO is available in its reference version with different configurations, two of which are used and updated jointly with the IPSL tools: 
     15 
     16 * ORCA2_LIM : a coupled ocean-sea ice configuration based on the ORCA (2° resolution) tripolar grid;  
     17 * ORCA2_LIM_PISCES : the ORCA2_LIM  configuration described below and coupled with the marine biogeochemistry model PISCES. 
     18 
     19To find out more about the model description and the reference configurations, go here: http://www.nemo-ocean.eu/About-NEMO 
     20  
     21# 1. Retrieving NEMO and the reference configurations # 
     22 
     23Two NEMO model versions are available with modipsl:  
     24  * the model version used to perform CMIP5: http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/CMIP5_IPSL 
     25  * the latest version which can be compiled with FCM - starting from v3.3: http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012 
     26 
     27 
     28{{{ 
     29 
     30#---- NEMO in forced mode : CMIP5_IPSL branches 
     31 
     32#-H- NEMO  NEMO in forced mode : version until v3.2 
     33#-H- NEMO  OPA  
     34#-H- NEMO  LIM  
     35#-H- NEMO  TOP  
     36#-H- NEMO  IOIPSL/src - svn - tag v2_2_1 
     37#-H- NEMO  NEMO sources and configurations - svn - branch CMIP5_IPSL 
     38#-H- NEMO  XMLF90 svn trunk revision 193 
     39#-H- NEMO  XMLIO_SERVER svn trunk revision 193 
     40#-H- NEMO  libIGCM tag libIGCM_v2.0_rc2 
     41#-M- NEMO  nemo_st@locean-ipsl.upmc.fr 
     42#-C- NEMO  IOIPSL/tags/v2_2_1/src                             HEAD  8  IOIPSL/src             modeles 
     43#-C- NEMO  XMLF90                                              193  12 XMLF90                 modeles 
     44#-C- NEMO  XMLIO_SERVER/trunk                                  193  12 XMLIO_SERVER           modeles 
     45#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/EXTERNAL/XMLF90                HEAD  7  XMLF90/external        modeles 
     46#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/EXTERNAL/XMLIO_SERVER          HEAD  7  XMLIO_SERVER/external  modeles 
     47#-C- NEMO  tags/libIGCM_v2.0_rc2                            HEAD  10 libIGCM                . 
     48#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/AGRIF                          HEAD  7  .                      modeles 
     49#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/NEMO                           HEAD  7  .                      modeles 
     50#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/UTIL                           HEAD  7  .                      modeles 
     51#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/GYRE                    HEAD  7  GYRE                   config 
     52#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/GYRE_LOBSTER            HEAD  7  GYRE_LOBSTER           config 
     53#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/ORCA2_LIM               HEAD  7  ORCA2_LIM              config 
     54#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES        HEAD  7  ORCA2_LIM_PISCES       config 
     55#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES        HEAD  7  ORCA2_OFF_PISCES       config 
     56#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/POMME                   HEAD  7  POMME                  config 
     57#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00         HEAD  7  PARAM                  config/ORCA2_LIM/IGCM00 
     58#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00  HEAD  7  PARAM                  config/ORCA2_LIM_PISCES/IGCM00 
     59#-C- NEMO  branches/CMIP5_IPSL/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00  HEAD  7  PARAM                  config/ORCA2_OFF_PISCES/IGCM00 
     60 
     61 
     62#---- NEMOGCM in forced mode : reference version 
     63 
     64 
     65#-H- NEMOGCM  NEMOGCM  in forced mode   version since v3.3 ;  Compilation using FCM 
     66#-H- NEMOGCM  libIGCM tag libIGCM_v2.0_rc2 
     67#-M- NEMOGCM  Christian.Ethe@ipsl.jussieu.fr 
     68#-C- NEMOGCM  tags/libIGCM_v2.0_rc2                                                HEAD  10 libIGCM     . 
     69#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM                                 HEAD  7  .                       modeles 
     70#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/IGCM00         HEAD  7  ORCA2_LIM/IGCM00        config 
     71#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/IGCM00  HEAD  7  ORCA2_LIM_PISCES/IGCM00 config 
     72#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/IGCM00  HEAD  7  ORCA2_OFF_PISCES/IGCM00 config 
     73#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00          HEAD  7  PARAM                   config/ORCA2_LIM/IGCM00 
     74#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00   HEAD  7  PARAM                   config/ORCA2_LIM_PISCES/IGCM00 
     75#-C- NEMOGCM  branches/2012/dev_v3_4_STABLE_2012/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00   HEAD  7  PARAM                   config/ORCA2_OFF_PISCES/IGCM00 
     76}}} 
     77 
     78 
     79## 1.1. Setting up NEMO with the modipsl environment  ## 
     80 
     81### Retrieval ### 
     82 
     83{{{ 
     84#!sh 
     85mkdir NEMO_STD 
     86cd NEMO_STD 
     87svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl 
     88cd modipsl/util 
     89}}} 
     90 
     91then 
     92 
     93{{{ 
     94#!sh 
     95./model NEMO 
     96}}} 
     97or instead  
     98{{{ 
     99#!sh 
     100./model NEMOGCM 
     101}}} 
     102 
     103### Compiling and installing ### 
     104 
     105Compiling NEMO  : 32 CPus  
     106 
     107{{{ 
     108#!sh 
     109vi ../modeles/NEMO/OPA_SRC/par_oce.F90 
     110}}} 
     111 
     112to position 
     113{{{ 
     114   jpni = 4 
     115   jpnj = 8 
     116}}} 
     117 
     118{{{ 
     119#!sh 
     120cd ../modipsl/modeles/UTIL 
     121./fait_config ORCA2_LIM   # ou ORCA2_LIM_PISCES  
     122cd ../../config/ORCA2_LIM # ou ORCA2_LIM_PISCES ] 
     123../../util/ins_make 
     124gmake clean 
     125gmake 
     126}}} 
     127 
     128Compiling NEMOGCM : config ORCA2_LIM  [ ORCA2_LIM_PISCES ] on CURIE 
     129 
     130{{{ 
     131#!sh 
     132cd modipsl/modeles/NEMOGCM/CONFIG 
     133./makenemo -h  all   # help to see the options and the available arch 
     134}}} 
     135 
     136Available compilers at CNRS : 
     137 * ALTIX_JADE           :  ifort compiler options for CINES SGI-ALTIX Jade, http://www.cines.fr/spip.php?rubrique291 
     138 * BG_BABEL             :  babel IBM !BlueGene/P at french IDRIS, http://www.idris.fr/su/Scalaire/babel 
     139 * x3750_ADA            :  Ada  IBM x3750 at french IDRIS, http://www.idris.fr/ada/ada-hw-ada.html 
     140 * TX7_ULAM             :  ulam IBM X3950 M2 at french IDRIS, http://www.idris.fr/su/Scalaire/ulam/hw-ulam.html 
     141 * X64_CURIE            :  Curie BULL at french TGCC, http://www-hpc.cea.fr/en/complexe/tgcc-curie.htm 
     142 * X64_TITANE           :  titane BULL at french CCRT, http://www-ccrt.cea.fr/fr/moyen_de_calcul/titane.htm 
     143 * X86_CESIUM           :  cesium pre/post processing HP at french CCRT, doesn't exist anymore. 
     144 
     145{{{ 
     146#!sh 
     147./makenemo  –n ORCA2_LIM[_PISCES]        -m X64_CURIE -j 8  add_key "key_mpp_mpi"    
     148cp ORCA2_LIM[_PISCES]/BLD/bin/nemo.exe   ../../../bin/. 
     149}}} 
     150 
     151 
     152# 2. Creating the job  # 
     153 
     154{{{ 
     155#!sh 
     156vi config/ORCA2_LIM[_PISCES]/IGCM00/config.card 
     157}}} 
     158to position 
     159{{{ 
     160#============================ 
     161#-- PBS Class 
     162JobClass=multi 
     163#============================ 
     164#-- Total Number of Processors 
     165JobNumProcTot=32 
     166#============================ 
     167#-- Run Options :  
     168JobRunOptions='"-np "${BATCH_NUM_PROC_TOT}"' 
     169#============================ 
     170}}} 
     171 
     172then 
     173{{{ 
     174#!sh 
     175cd config 
     176../util/ins_job 
     177}}} 
     178 
     179 
     180# 3. Running the model  # 
     181 
     182 
     183## 3.1 Input files:  atmospheric forcings, initial states, namelists ## 
     184 
     185The card files ( opa9.card for orca2_lim and pisces.card for pisces) contain the list of files needed to perform the simulation.[[BR]] 
     186These files are described here:  https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/DocImodelAnemo 
     187 
     188 
     189## 3.2 The run ## 
     190This example is a 5-year run of ORCA2_LIM  [ ORCA2_LIM_PISCES ] splitted in 1-year jobs.  
     191 
     192{{{ 
     193#============================ 
     194#-- leap, noleap, 360d 
     195CalendarType=noleap 
     196#-- Begin and end of Job 
     197#-- "YYYY-MM-DD" 
     198DateBegin=2001-01-01 
     199DateEnd=2005-12-31 
     200#============================ 
     201#-- 1Y, 1M, 5D, 1D 
     202PeriodLength=1Y 
     203#============================ 
     204}}} 
     205 
     206The output frequencies are different than those of the IPSLCM5A configuration. 
     207 
     208{{{ 
     209#======================================================================== 
     210#D-- OCE - 
     211[OCE] 
     212WriteFrequency="1Y 1M 5D" 
     213#======================================================================== 
     214#D-- ICE - 
     215[ICE] 
     216WriteFrequency="5D" 
     217#======================================================================== 
     218#D-- MBG - 
     219[MBG] 
     220WriteFrequency="1Y 1M 5D" 
     221}}} 
     222{{{ 
     223#!sh 
     224ccc_msub Job_ORCA # ou Job_OR2LP 
     225}}} 
     226 
     227## Performance ## 
     228 
     229The ORCA2_LIM and ORCA2_LIM_PISCES configurations' performance  can be found here: https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/PerformancesIPSLCM5A#NEMO2  
     230